Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398071.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_138.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 7245 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3113 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2757--4006 Score: 697
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2747 NNNNNNNNNN
* * *
2757 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTCAATTTTTTGC
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTAC
* * * *
2822 ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCGTCAAGAAACCT-CTAAAAAAACCCATTT
66 ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGC-AAAAAAACTCATTT
* * **************
2886 ATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATATTCNNNNNNNNNNNNNN
130 ATTTAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
********** * * *
2927 NNNNNNNNNNACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTCAATTTTTTAT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTAC
* *
2992 ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTCAAGAAAGGTGCAAAAAAACTCATTTA
66 ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGCAAAAAAACTCATTTA
*
3057 TTTAGAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
131 TTTAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * ********** *
3097 AAGACTTATTACTCGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTTATTTTAAGTTCAATTATTTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-T-TTTTT
* * * * * * * * * *
3162 AC-TTTTTTAGTTAAAATAGATTATAACTAAATGTCTACATTAAGAAACGT-AAAGAAAAAGGT-
64 ACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGCAA-AAAAA-CTC
* *** * * * *
3224 ATTCATAGGGAAGAAAAGCCCATTTATAGTAACCTATTCCTTCAA
126 ATTTATTTAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * ********** * *
3269 AAGTCTTATTACTCACTTTTAANNNNNNNNNNATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTAC
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTAC
* * * * *
3334 ATTTTGCATTAAAATAGACTACAATTGAATGTCTGCCTC-AGAAAACATGCAGAAAAACTCATTT
66 ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAG-AAACGTGCAAAAAAACTCATTT
* * **********
3398 ATTTAGTAGCAAAGTCTATTTATANNNNNNNNNNCCTTCAA
130 ATTTAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * *
3439 AAGCCTTATTAGTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGACTTTTTTAC
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTAC
* * ** * ** * * * *
3504 ATTTTTTATTAAAACAAACTGCAATTG-ATAGCCTGCCTCTGGAAACTTGTAGAAAAACCCATTT
66 ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAAT-GTCTGCCTCAAGAAACGTGCAAAAAAACTCATTT
* * * * * **
3568 ATTTGGAAGAAAATTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCNN
130 ATTTAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
******** ** * * * *
3609 NNNNNNNNTTACTGGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTGTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-T-TTTTT
* * * * * * *
3674 ACATTTTT-AGTTCAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACAT-AAAAAAAAATGAA
64 ACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGCAAAAAAACT-CA
* * * * * *
3737 TTCATAT-GCAAGAAAAGTTTATTTATAATCACCTATTCCTTCTA
127 TTTATTTAG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
** * **
3781 AAGCCTTCCTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATCAATTTTAAGTTCAATTTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA--TTTTTT
* ** * * * * * **
3846 GCATTTTTTGTTAAAACGGATTATAATTGAATGTCTACCTCATGAAACGTG-AACAGAAAGGCAT
64 ACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGCAA-AAAAACTCAT
* * ***
3910 TCA-TT-GATAGAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCTTTCCTTTTT
128 TTATTTAGA-AG-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* *
3953 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
4007 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 813, Mismatches: 243, Indels: 46
0.74 0.22 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 397 0.49
171 31 0.04
172 371 0.46
173 9 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTAC
ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGCAAAAAAACTCATTTA
TTTAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
Found at i:4004 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 3624--4006 Score: 484
Period size: 172 Copynumber: 2.2 Consensus size: 172
3614 NNNTTACTGG
* * * *
3624 CTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTGTTTTTACATTTTTAGTTCAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTTTAGTTAAA
*
3689 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATAAAAAAAAATGAATTCATATGCAAGAAAAG
66 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATAAAAAAAAAGGAATTCATATGCAAGAAAAG
* *
3754 TTTATTTATAATCACCTATTCCTTCTAAAGCCTTCCTACTCA
131 TCTATTTATAATCACCTATTCCTTCTAAAGCCTTACTACTCA
* ** * * * *
3796 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATCAATTTTAAGTTCAATTTTTTTTGCATTTTTTGTTAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * * * * *
3861 ACGGATTATAATTGAATGTCTACCTCATGAAACGTGAACAGAAAGGCATTCAT-TG-ATAGAAAA
66 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATAAAAAAAAAGGAATTCATATGCA-AG-AAA
* * * *
3924 AGTCTATTTATAGTCACCCT-TTCCTTTTTAAGCCTTATTACTCA
129 AGTCTATTTATAATCA-CCTATTCCTTCTAAAGCCTTACTACTCA
3968 CTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
4007 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 179, Mismatches: 29, Indels: 6
0.84 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 4 0.02
172 171 0.96
173 3 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (172 bp):
CTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTTTAGTTAAA
ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATAAAAAAAAAGGAATTCATATGCAAGAAAAG
TCTATTTATAATCACCTATTCCTTCTAAAGCCTTACTACTCA
Found at i:4724 original size:120 final size:119
Alignment explanation
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4482 NNNNACCTTG
* * *
4492 AGAAACGTGAAGAAAAAAACATTCATTAGCAAAAAAGTCTATTTATAATCTCTCATTCCTTCAAA
1 AGAAACGTGAAGAAAAAAACAATCATTAGCAAAAAAGTCCATTTATAATCTCCCATTCCTTCAAA
* * *
4557 AGCCTTATTACTCTCTTTAAGTGGTTTTGTAATCTTATAATTAATTTTATGTTA
66 AGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTGTAATCTAAAAATTAATTTTATGTTA
*** * *
4611 AGAAACGTGAAGAAAAAGGTAATCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAAT-TACCCATTTCTTCA
1 AGAAACGTGAAGAAAAAAACAATCATTAGCAA-AAAAGTCCATTTATAATCT-CCCATTCCTTCA
* *
4675 AAAGCCTTATTAGT-TGCTTTAAATGGTTTTAG-AATCTAAAAATTGATTTT
64 AAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTT-GTAATCTAAAAATTAATTTT
4725 TAGTTCAATT
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 13, Indels: 7
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
119 29 0.30
120 67 0.69
121 1 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.12, T:0.36
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AGAAACGTGAAGAAAAAAACAATCATTAGCAAAAAAGTCCATTTATAATCTCCCATTCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTGTAATCTAAAAATTAATTTTATGTTA
Found at i:5921 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5621--6192 Score: 587
Period size: 169 Copynumber: 3.4 Consensus size: 169
5611 AAACCTATAG
* * * * * *
5621 AAAAACCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCAATTATATTCTCCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTAC
1 AAAAACCCATTTATTTGGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAG
* * * * * * *
5686 TTGCTTTAAATTGTTATATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTATATTTTTCATTAA
66 TCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTACATTTTTCATTAA
* * * * * *
5751 AACAGACTATAATTTAATGCCCACCTTGAAAAATGTGTA
131 AATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTCAAAAACGTGTA
* * * *
5790 GAAAACCTAGTTATTTGGAAAAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAG
1 AAAAACCCATTTATTTGGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAG
* *
5855 TCAG-TTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGACTTTCTTACATTTTTTATTA
66 TC-GCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTACATTTTTCATTA
* ** **
5919 AAATAGACTGTAATTGAAAATCTGTC-TCAAGAAACGTGTA
130 AAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTCAA-AAACGTGTA
* *
5959 AAAAACCCATTTATTTAGAAAAAAAGTCCA-TTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGTCTTATT-G
1 AAAAACCCATTTATTTGGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAG
* ** * * * * * * *
6022 CTCGCTCTAAGCAGTTTGATAAGCTTATAATTGATTTTCAGTTGATTTTTCTTACATTTTTGACT
66 -TCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTCTTACATTTTTCATT
* * *
6087 AAAATAGACTATAAATGAATGTCTACCTTCAAAAACATGAA
129 AAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTCAAAAACGTGTA
** * * * * *
6128 AAAAACTGAATTCATTT-GAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTAATT
1 AAAAAC-CCATTTATTTGGAAA-AAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
6192 A
64 A
6193 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 331, Mismatches: 62, Indels: 17
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.01
168 69 0.21
169 212 0.64
170 20 0.06
171 28 0.08
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AAAAACCCATTTATTTGGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAG
TCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTACATTTTTCATTAA
AATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTCAAAAACGTGTA
Found at i:8744 original size:172 final size:171
Alignment explanation
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8391 NNNNNNNNNN
* * *
8401 TTTATAATCTCAAAATCGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAAATTTTTTGTTAAAGCAGATTATAA
1 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAA
* *
8466 TTGAATGTCTACCAT-ATGAAACATGAAGAAAGAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
66 TTGAATGTCTACC-TCAAGAAACATGAAGAAA-AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
** *************
8530 GTTTCTCATTCCTTCAAAAGCCTNNNNNNNNNNNNNAAATGGT
129 GTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
*
8573 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACCTTTTTTGTTAAAACA-ATTTATA
1 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA-TTATA
* ** * *
8637 ATTGAATGTCTACCTCATGAAATGTGAATAGAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTCT
65 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGA-AAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTAT
* * **
8701 AGTCACCCATTCCTTCAAAACCCTTATTACTCATTTTAAATGGT
128 AGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
********** * * ** *
8745 TTNNNNNNNNNNAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTATGACA-AGCTATA
1 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA-TTATA
* * * ** *
8809 ATTGAATGTCAATCTCAAGAAATATGAA-AAAA-AAATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAG
65 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG
* ********** *
8872 TCTCTCATTCNNNNNNNNNNCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
130 TCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * * *
8914 TTTATAATCTTATAATTAATTTAAAATTCAATTATTTTTAC-TTCTTTGATTAAAACAGATTATA
1 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTATA
* * * * * *
8978 ATTGAATATATACATGAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTA
65 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * * *
9043 GCCACGCATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATCGT
129 GTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* ********** * * ** *
9086 TTTATAATCTCATAANNNNNNNNNNGTTGAA--TTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAA
1 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAA
* * * * * *
9149 TTGAATGTTTAGCTCGAA-AAACATGAAGAAAA-CCAATT-ATTAG-AA-AAAAATCCATTTATA
66 TTGAATGTCTACCTC-AAGAAACATGAAGAAAAGGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * *
9209 ATCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCTCTTTAAATGG
129 GTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
9251 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 512, Mismatches: 153, Indels: 32
0.73 0.22 0.05
Matches are distributed among these distances:
166 46 0.09
167 2 0.00
168 10 0.02
169 115 0.22
170 46 0.09
171 14 0.03
172 277 0.54
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAA
TTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
CACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
Found at i:9947 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9649--12153 Score: 2214
Period size: 172 Copynumber: 14.7 Consensus size: 171
9639 NNNNNNNNAA
* * * * * *
9649 TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCAT-ATGGAACACGAAGAAAATGGTATTCA
1 TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
* * * *
9713 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGG
65 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
*
9778 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATC
130 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTA-C
* * * *
9821 TTTTTTGTTAAAACAGTTTATAATTGAATGTCTACCTCATGAAACATGAATAGAAAGGCATTCAT
1 TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCAT
* * * * *
9886 TGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAACCCTTATTTCCCATTTTAAATGG
66 TGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* * * *
9950 TTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTGTTTTAC
130 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAC
* ** * * * * ***
9992 ATTTTTGGTTATGACA-AGCTATAATTGAATGTCAATCTCAAGAAATATGAA-AAAAAAATATTC
1 -TTTTTTGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTC
* * * **
10055 ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTGGCTTTAAATG
64 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * * *
10120 ATTTTATAATCTCATAATTAATTTAAAATTTAATTATTTTTAC
129 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAC
* * * * * * * *
10163 TTCTTTGATTAAAACAAATTATAATTGAATATATACATGAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTTA
1 TTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
* * * * * * * * *
10228 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTCTAGCCACGCATACGTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATCG
65 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* * *
10293 TTTTATAATCTTATAGTTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTAC
130 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAC
** * * * * * *
10333 ATTTTTCATTATAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAAAAACATAAAG-AAAA-TCAATT-
1 -TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGC-ATTC
* * * * * * *
10395 AATAG-AA-AAAAATCCATTTATAATCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCTCTTTAAATG
64 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
** *
10458 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGCTTTTTATA-
129 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAC
* * * * * ** *
10499 TTTTTTATTAAAACAGACTGTAATTGAATGTCTATCTCTAGAAACATGTAA-AAAAACCCATTTA
1 TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATG-AAGAAAAAGGCATTCA
** * * * *
10563 TTTGG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTTATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACG
65 -TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * *
10627 ATTTTATAACCTTATGATTGATTTTAAGTT-GA-TTTTTTTA-
129 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAC
* * * ** * * *
10667 TATTTTTGATTAAAATAGATTATAAATAAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAAAAAAATGAATTC
1 T-TTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTC
* * * * * *
10732 ATTTGCAAGAAAAGGCTATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATA
64 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* *
10797 GTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAC
129 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAC
* * * ** *
10840 TTTCTTGCTTAAAACAGGTTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCA
1 TTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
** * * * ** * *
10905 TTCTCAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCCTATTTTTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGG
65 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* *
10970 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTTAA-TTTTTTTAC
130 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAC
* * * * * * **
11011 ATTATTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACGTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCA
1 -TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
* * * * * * * *
11076 TTAGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAGTGAATTTAAATGA
65 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* *
11140 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTTAGTTCAATTTTTTTTTTAC
130 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA--TTTTTTTTAC
* * ** * *
11184 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTCCCTCATA-AAATGTGAAGAGAATGGCATTC
1 -TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-AGAAACATGAAGAAAAAGGCATTC
* * * *
11248 ATTGGTAAGAAAATTTTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
64 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * *
11313 GTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTAC
129 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAC
* * * * ** * * *
11356 ATTTTTTATTAAAACAGTTTATAATTGAATGTCTACCTTATGAAATGTAAATAGAAAGGCATTCA
1 -TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
* * * * *
11421 TTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCAT-CCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACG
65 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-TCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
** * ** *
11485 AATTTATAATCTCAAAATTGATTTTTTGTTAAATTATTTTTATA-
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* * * ** * * *
11529 TTTTTGGTTAAGACA-AGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAACAAAAAAGTATTCA
1 TTTTTTGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
* * * * * * *
11593 TTGACAAAAAAAATCTATTGATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
65 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* **
11658 -TTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTCAATTAGTTTTAC
130 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAC
* * * *
11699 TTTTTTGATTAAAATAGATTACAATTGAATGTCTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCA
1 TTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
* * * *
11764 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTCTAGCCAT-GCACTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
65 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-TCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * *
11828 ATTTTATAATCTTATAATTGA-TTTAAGTTGAA--TTTTTTAC
129 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAC
* * * * ** ** * * *** *
11868 ATTTCTTATTAAAACAGACTATAATTAAATACCTACCTTGAGAAACTTGTAGAAAAACTTATTTA
1 -TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
* * * * * * *
11933 TTTGG-AAGAAAAGTCCAATTATATTCTCTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATG
65 -TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * * *
11997 GTTTAATAATCTCATAATTGATTTGAATTTGAATTTTTTATAT
129 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAC
* * * * ** * **
12040 TTTTTTATTAAAACAAACTATAATTTAATGTCTACCTCGAA-AAATGTGTAG-AAAACCCAGTT-
1 TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AAGAAACATGAAGAAAAAGGCA-TTC
* * * *
12102 ATTTGAAAGTAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTA
64 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
12154 GTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1879, Mismatches: 403, Indels: 104
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
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166 79 0.04
167 10 0.01
168 16 0.01
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174 78 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCAT
TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAC
Found at i:10503 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 9708--12153 Score: 2176
Period size: 343 Copynumber: 7.2 Consensus size: 339
9698 AGAAAATGGT
* * * * *
9708 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTA
1 ATTCATTTGCAA-AAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
*
9773 AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTTATCTTTTTTG-TTAAAACA
65 AATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTATTTTTTA-C-TTTTTGATTAAAACA
* * * * *
9836 GTTTATAATTGAATGTCTACCTCATGAAACATGAATAGAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT-T
128 GATTATAATTGAATGTCTACATGA-GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
* * * * * ** * *
9900 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAACCCTTATTTCCCATTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAA
192 -ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * ** * *
9965 ATTGATTTTATGTTCAATTTGTTTTACATTTTTGGTTATGACA-AGCTATAATTGAATGTCAATC
256 ATTGATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTACATTTTTGATTAAAACAGA-CTATAATTGAATGTCTACC
* *
10029 TCAAGAAATATGAAA-AAAA-AA
318 TCAAGAAATGT-AAAGAAAAGCA
* * **
10050 TATTCA-TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTGGCTT
1 -ATTCATTTG-CAA-AAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * *
10114 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTAAAATTTAATTA-TTTTTACTTCTTTGATTAAAAC
63 TAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTATTTTTTACTT-TTTGATTAAAAC
* * * * *
10178 AAATTATAATTGAATATATACATGAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTTATTGGCAAGAAAAGTC
127 AGATTATAATTGAATGTCTACATG-AGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * * * * * * *
10243 TATTTCTAGCCACGCATACGTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATCGTTTTATAATCTTATA
191 TATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
10308 GTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTCATTATAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCA
256 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCA
* ** *
10373 AAAAACATAAAGAAAATCA
321 AGAAATGTAAAGAAAAGCA
* * * * * * *
10392 ATT-AATAG-AAAAAAATCCATTTATAATCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCTCTTTAA
1 ATTCATTTGCAAAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * ** * * *
10455 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGCT-TTTTATA-TTTTTTATTAAAACAGAC
66 ATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTATTTTTTACTTTTTGATTAAAACAGAT
* * ** *
10517 TGTAATTGAATGTCTATC-TCTAGAAACATGTAA-AAAAACCCATTTATTTGG-AAGAAAAGTCT
131 TATAATTGAATGTCTA-CAT-GAGAAACATG-AAGAAAAAGGCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCT
* * * * * * * *
10579 ATTTATAGTCTCTTATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGATTTTATAACCTTATGA
192 ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
10644 TTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTATAAATAAATGTCTACCTCAA
257 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAA
*
10709 GAAATGTGAAAAAAAATG-A
322 GAAATGT-AAAGAAAA-GCA
* * * *
10728 ATTCATTTGCAAGAAAAGGCTATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTA
1 ATTCATTTGCAA-AAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* *
10793 AAT-AGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATT-TTTTTTACTTTCTTGCTTAAAACA
65 AATGA-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTATTTTTTACTTT-TTGATTAAAACA
* * ** * *
10856 GGTTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTCTCAAGAAAAATCC
128 GATTATAATTGAATGTCTACA-TGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
** *
10921 ATTTATAGTCTC-CTATTTTTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
192 ATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * *
10985 ATTGATTTTATGTTTAATTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACGTT
256 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC
*
11050 AAGAAATGTGAAGAAAAAGGC-
320 AAGAAATGTAAAG-AAAA-GCA
* * * * * * * *
11071 ATTCATTAGCAAGAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAGTGAATTTAA
1 ATTCATTTGCAAAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * *
11136 ATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTTAGTTCAATTTTTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAG
66 ATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTATTTTTTAC-TTTTTGATTAAAACAG
* * * * * * * * *
11201 ATTATAATTGAATGTCTCCCTCATAAA-ATGTGAAGAGAATGGCATTCATTGGTAAGAAAATTTT
129 ATTATAATTGAATGTCTACATGAGAAACA--TGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
* * * * *
11265 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAA
192 ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* ** *
11330 TTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTTATTAAAACAGTTTATAATTGAATGTCTACCTT
257 TTGATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC
* *
11395 ATGAAATGTAAATAGAAAGGC-
320 AAGAAATGT-AA-AGAAAAGCA
* * * *
11416 ATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCAT-CCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT
1 ATTCATTTG-CAAAAAAGTCTATTTATAGTC-TCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * ** * * *
11480 AAACGAATTTATAATCTCAAAATTGATTTTTTGTTAAATTATTTTTATA-TTTTTGGTTAAGACA
64 AAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTATTTTT-TACTTTTTGATTAAAACA
* * * * * * * *
11544 -AGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAACAAAAAAGTATTCATTGACAAAAAAAATC
128 GA-TTATAATTGAATGTCTA-CATGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* *
11608 TATTGATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATA
191 TATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * *
11672 ACTGATTTTAAGTTCAATTAGTTTTACTTTTTTGATTAAAATAGATTACAATTGAATGTCTACAT
256 ATTGATTTTAAGTTGAATT--TTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT
** * *
11737 CAAGAAACATGAAGAAAAAGGA
319 CAAGAAATGTAAAG-AAAAGCA
* * * * *
11759 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTCTAGCCAT-GCACTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
1 ATTCATTTGCAA-AAAAGTCTATTTATAGTC-TCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * *
11823 AAATGATTTTATAATCTTATAATTGA-TTTAAGTT-GA--ATTTTTTACATTTCTT-ATTAAAAC
64 AAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTATTTTTTAC-TTT-TTGATTAAAAC
* * ** * * * *** *
11883 AGACTATAATTAAATACCTACCTTGAGAAACTTGTAGAAAAACTTATTTATTTGG-AAGAAAAGT
127 AGATTATAATTGAATGTCTA-CATGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA-TTGGCAAGAAAAGT
* * * * * *
11947 CCAATTATATTCTCTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCAT
190 CTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * *
12012 AATTGATTTGAATTTGAATTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAAACTATAATTTAATGTCTACCT
255 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT
** *
12077 CGAA-AAATGTGTAGAAAACCCA
319 C-AAGAAATGTAAAGAAAA-GCA
* *
12099 GTT-ATTTG-AAAGTAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTA
1 ATTCATTTGCAAA--AAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
12154 GTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1716, Mismatches: 323, Indels: 132
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
335 167 0.10
336 20 0.01
337 11 0.01
338 81 0.05
339 129 0.08
340 152 0.09
341 102 0.06
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345 73 0.04
346 85 0.05
347 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (339 bp):
ATTCATTTGCAAAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
ATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTATTTTTTACTTTTTGATTAAAACAGAT
TATAATTGAATGTCTACATGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
ATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
TGTAAAGAAAAGCA
Found at i:14663 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 14637--14676 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
14627 AGAAATCTAT
14637 AGAAAAACCCATTTATTTTGA
1 AGAAAAACCCATTTATTTTGA
**
14658 AGAAAAGTCCATTTATTTT
1 AGAAAAACCCATTTATTTT
14677 CTTTCATTTC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 17 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (21 bp):
AGAAAAACCCATTTATTTTGA
Found at i:16639 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 16252--17497 Score: 822
Period size: 172 Copynumber: 7.3 Consensus size: 170
16242 NTATTTTTTT
* * * *
16252 AAAAGCCTAATTACTCACTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTTAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTT
* * * * ** * * *
16317 TATATTATTGATTAAAACAGACTATAATTGAATCTTTATTTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGTAT
66 TACATTTTTG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCAT
* * *
16382 TTATTGACAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTC
130 TCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTC
********* *
16422 AAAAGCCTTATTACTCA-TTNNNNNNNNNNTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTT-TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTT
* * * * * * *
16486 TTGACATTTTTGGTAAGACAAACTACAATTGAATATCTACCTAGAAAAATGTGAAGAAAAAAGCA
65 TT-ACATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCA
*
16551 TTCATTGACAAGAAAAGACTATTTATAGTCTCTCATTCCTTC
129 TTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTC
* *
16593 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTT-TT
** * * *
16658 TTACATTTTTTGTTAAAACAGTTTATAATTGAATGTCTACCTCA-TGAAATGTGAATAGAAAGGC
65 TTACA-TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-AGAGAAATGTGAAGAAAAAGGC
** * *
16722 ATTCATTG-GTAGAAAAAGTCTATTTATAGTCAT-TCATACTTTC
128 ATTCATTGACAAG-AAAAGTCTATTTATAGTC-TCTCATTCCTTC
********** * *
16765 AAAAGCCTTATTACTCACNNNNNNNNNNTTTATAATCTCAAAATTGATTTTGTGTTAAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAA-TTTTT
* * ** * *
16830 TTACATTTTTGGTTAAGACA-AGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGT
65 TTACATTTTT-GTTAAAACAGA-CTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAATGTGAAGAAAAAGGC
* * * *
16894 ATTCATTGATAAAAAAAATCTATTGATAGTCTCTCATTCCTTC
128 ATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTC
* * * * * *
16937 AAAAG-CTGTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAACTGGTTTTAAGTTCAATTAGT
1 AAAAGCCT-TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATT-TT
* * * * * * * *
17000 TTTAC-TTTATTAATTAAAATAGATTACAATTGAATGTCTACATCA-AGAACTGTGAACAACAAG
64 TTTACATTT-TT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-AGAGAAATGTGAAGAAAAAG
* * * *
17063 GAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCAT-GCATTCCTTC
126 GCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-TCTCATTCCTTC
* ********** * * *
17108 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAA-TTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTT
* * * ** * **
17171 TACATTTCTTATTAAAACACACTATAATTGAATGCCTACCTTA-AGAAACCTGTAGAAAAACTCA
66 TACATTT-TTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TAGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCA
* * * * * * *
17235 TTTATTTG-GAAGAAAAATCCAATTATATTCTCCCATTCCTTC
129 TTCA-TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTC
* ********** * * *
17277 GAAAGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAT-TTGAA-TTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT-TATGTTCAATTTTT
* * * * * ** * * * **
17340 TTACATTTTTTATTAAAACAAACAATAATTTAATGCCTGTCTCGAAAAATGTGTAG-AAAACCCA
65 TTACA-TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCA
* *
17404 GTT-ATTTGA-AAGTAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTC
129 -TTCA-TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTC
* * * *
17446 AAAAGCCTTAGTAGTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
17498 AGTNNNNNNN
Statistics
Matches: 830, Mismatches: 213, Indels: 68
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 184 0.22
170 169 0.20
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172 239 0.29
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTT
TACATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATT
CATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTC
Found at i:17033 original size:343 final size:333
Alignment explanation
Indices: 16252--17129 Score: 874
Period size: 343 Copynumber: 2.6 Consensus size: 333
16242 NTATTTTTTT
* * * * * * *
16252 AAAAGCCTAATTACTCACTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTTAATT-TTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAACTGATTTTAAGTTCAATTAGTT
* * * * * * * ** ** * * * *
16316 TTATATTATTGATTAAAACAGACTATAATTGAATCTTTATTTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGTA
66 TTACATTTTTAATTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTACATCAAGAAATGTGAACAACAAGGAA
* * * * *
16381 TTTATTGACAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTNNN
131 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-TGCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT---
* *
16444 NNNNNNNTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTGACATTTTTGGTAAGACAAAC
192 -------TTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTAAATTTTTTTGACATTTTTGGTAAGACAAAC
** *
16509 TACAATTGAATATCTACCTAGAAAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGACTATT
250 TACAATTGAATATCTACCTAGAAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAAACTATT
*
16574 TATAGTCTCTCATTCCTTC
315 GATAGTCTCTCATTCCTTC
* * *
16593 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAACTGATTTTAAGTTCAATTAGTT
** * * * * * *
16658 TTACATTTTTTGTTAAAACAGTTTATAATTGAATGTCTACCTCATGAAATGTGAATAGA-AAGGC
66 TTACATTTTTAATTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTACATCAAGAAATGTGAACA-ACAAGGA
* * *
16722 ATTCATTGG-TAGAAAAAGTCTATTTATAGTCATTCATACTTTCAAAAGCCTTATTACTCACNNN
130 ATTCATTGGCAAG-AAAAGTCTATTTATAGTCATGCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC---
* *
16786 NNNNNNNTTTATAATCTCAAAATTGATTTTGTGTTAAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAGACAA
191 -------TTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTAAATTTTTTTGACATTTTTGG-TAAGACAA
* * * * * * *
16851 GCTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGATAA-AAAAAATCT
248 ACTACAATTGAATATCTACCTAGAAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAAA-CT
16915 ATTGATAGTCTCTCATTCCTTC
312 ATTGATAGTCTCTCATTCCTTC
* * *
16937 AAAAG-CTGTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAACTGGTTTTAAGTTCAATTAGT
1 AAAAGCCT-TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAACTGATTTTAAGTTCAATTAGT
* *
17000 TTTAC-TTTATTAATTAAAATAGATTACAATTGAATGTCTACATCAAGAACTGTGAACAACAAGG
65 TTTACATTT-TTAATTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTACATCAAGAAATGTGAACAACAAGG
* * *
17064 AATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCATGCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
129 AATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATGCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
17129 A
194 A
17130 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 450, Mismatches: 66, Indels: 50
0.80 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
333 4 0.01
341 57 0.13
342 60 0.13
343 226 0.50
344 102 0.23
353 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (333 bp):
AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAACTGATTTTAAGTTCAATTAGTT
TTACATTTTTAATTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTACATCAAGAAATGTGAACAACAAGGAA
TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATGCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAT
AATCTCAAAATTGATTTTATGTTAAATTTTTTTGACATTTTTGGTAAGACAAACTACAATTGAAT
ATCTACCTAGAAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAAACTATTGATAGTCTCTC
ATTCCTTC
Found at i:17478 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 16573--17500 Score: 407
Period size: 169 Copynumber: 5.4 Consensus size: 169
16563 AAAAGACTAT
* * * *
16573 TTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
1 TTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * **** * * *
16638 GATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGTTTATAATTGAATGTCTACCTCAT
66 GA-TTTAAGTTGAA-TT-TTTTACATTTCTTATTAAAACAAACAATAATTGAATGCCTACCTGAA
** * * * ** ** * *
16703 GAAATGTGAATAGAAAGGCA-TTCA-TTGGTAGAAAAAGTCTAT
128 GAAACCTGTAGAAAAACCCAGTT-ATTTGAAAGAAAAA-TCCAA
* * * * * ********** *
16745 TTATAGTCAT-TCATACTTTCAAAAGCCTTATTACTCACNNNNNNNNNNTTTATAATCTCAAAAT
1 TTATAGTC-TCCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
** * * * * * *
16809 TGATTTTGTGTTAAATTTTTTTTACATTT-TTGGTTAAGACAAGCTATAATTGAATGTCTACCTT
65 TGA-TTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTCTT-ATTAAAACAAACAATAATTGAATGCCTACC-T
* * *** * *
16873 G-AGAAACATGAAGAAAAAAGTA-TTCA-TTGATAAAAAAAAT-CTA
125 GAAGAAACCTGTAGAAAAACCCAGTT-ATTTGA-AAGAAAAATCCAA
* *
16916 TTGATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG-CTGTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAA
1 TT-ATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCT-TAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * ** * * *
16979 CTGGTTTTAAGTTCAATTAGTTTTAC-TTTATTAATTAAAATAGATTACAATTGAATGTCTACAT
64 -TTGATTTAAGTTGAATT--TTTTACATTTCTT-ATTAAAACAAACAATAATTGAATGCCTACCT
* * * * * * * *
17043 CAAG-AA-CTGT-GAACAA-CAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
125 GAAGAAACCTGTAGAAAAACCCA-G--TT-ATTTGAAAGAAAAATCCAA
* * * **********
17088 TTCTAGTCAT-GCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATAAT
1 TTATAGTC-TCCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
17152 TGATTTAAGTTGAATTTTTTACATTTCTTATTAAAACACACTATAATTGAATGCCTACCTTAAGA
65 TGATTTAAGTTGAATTTTTTACATTTCTTATTAAAACAAACAATAATTGAATGCCTACCTGAAGA
* * *
17217 AACCTGTAGAAAAACTCATTTATTTGGAAGAAAAATCCAA
130 AACCTGTAGAAAAACCCAGTTATTTGAAAGAAAAATCCAA
* * * **********
17257 TTATATTCTCCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTATAATCTCATAATT
1 TTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * **
17322 GATTTGAATTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAACAATAATTTAATGCCTGTCTCGAA-
66 GATTT-AAGTTGAATTTTTTACATTTCTTATTAAAACAAACAATAATTGAATGCCTACCT-GAAG
** * * *
17386 AAATGTGTAG-AAAACCCAGTTATTTGAAAGTAAAGTCCAT
129 AAACCTGTAGAAAAACCCAGTTATTTGAAAGAAAAATCCAA
* *
17426 TTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTAGTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
1 TTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
17491 GATTTTAAGT
66 GA-TTTAAGT
17501 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 573, Mismatches: 152, Indels: 65
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 6 0.01
169 183 0.32
170 73 0.13
171 125 0.22
172 173 0.30
173 12 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
GATTTAAGTTGAATTTTTTACATTTCTTATTAAAACAAACAATAATTGAATGCCTACCTGAAGAA
ACCTGTAGAAAAACCCAGTTATTTGAAAGAAAAATCCAA
Found at i:20680 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 20647--20957 Score: 248
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
20637 NNNNNNNNNN
* **
20647 TATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTGACATTTTTGGTAAGCCAAACTACAATTG
1 TATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTGACATTATTGGTAAAACAAACTACAATTG
* *
20712 AATATCTACCTAGAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGGCTATTTATAGTCT
66 AATATCTACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGGCTATTTATAGTCA
* * *
20777 CCCATTCCTTGAAAAGCCTTANNNNNNNNNNTAAAT-AGTTT
131 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTA----------TTACTCA-TTT
* * * * ** * *
20818 TATTATCTCAAAATTTATTTTATGTTTAATTTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATT
1 TATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTGACATTATT-GGTAAAACAAACTACAATT
* * * * * ** * * *
20883 GGATGTCCACATTGAGAAACGCAAAGAAAAATA-TATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
65 GAATATCTACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAA-AGCATTCATTGACAAGAAAAGGCTATTTATAGT
*
20947 CACCTATTCCT
129 CACCCATTCCT
20958 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 22, Indels: 3
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
171 42 0.36
172 73 0.63
173 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (161 bp):
TATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTGACATTATTGGTAAAACAAACTACAATTG
AATATCTACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGGCTATTTATAGTCA
CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTT
Found at i:21647 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 21310--21758 Score: 483
Period size: 172 Copynumber: 2.6 Consensus size: 171
21300 NNNNNNNNNN
* *
21310 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTA-TTAAAAC
1 TTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAAC
* ** * * * * **
21373 AGATTATAATTGAATG-CTTGTCTCAAGAAACGTGTAGAAAAACCTATTTATTTGGAAGCAAAGT
65 AGACTATAATTGAATGTC-TACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAACCAATTCATTTGCAAAAAAAGT
* * * **
21437 CCATTTATAGTCTCTCATTCTATCAAAAGTCATATTACTTGCT
129 CCATTTATAGTCACCCATTCTATCAAAAGCCATATTACTCACT
* *
21480 TTAAATGATTTTATTATCTCATAATTGATTTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
1 TTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * * * **
21545 AGACTATACTTGAATGTCTACCTCCAGAAACATGAAGAGAAATGAATTCATTTGCAAAAAAAGTC
65 AGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAACCAATTCATTTGCAAAAAAAGTC
* * * * *
21610 TATTTATCGTCACCCATTCCT-TTAAAAGCCTTATTACTCATT
130 CATTTATAGTCACCCATT-CTATCAAAAGCCATATTACTCACT
* * * * * * *
21652 TTAAATGGTTTTATTATCTGAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTTACACTTTTGGTTAAGA
1 TTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
*
21717 CAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAA
64 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAA
21759 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 229, Mismatches: 43, Indels: 11
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 26 0.11
171 25 0.11
172 118 0.52
173 60 0.26
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (171 bp):
TTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
GACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAACCAATTCATTTGCAAAAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCCATTCTATCAAAAGCCATATTACTCACT
Found at i:22682 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 22211--22693 Score: 446
Period size: 169 Copynumber: 2.9 Consensus size: 169
22201 TTCTAATTTT
** * *
22211 AATTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATATAATTGAATGCATGCCTCAAGAGACATGTAGAAAA
1 AATTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGATATAATTGAATGCCTGCCTCAAGAAACATGTAGAAAA
* * ** * **********
22276 AGCTATTTATTTCAAAAAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCNNNNNNNNNNGC
66 ACCCATTTATTTGGAAAAAAAGTCTATTTATAGTCTCACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
*
22341 TTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
131 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* *
22380 AATGTTTTATATTTCTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTGCCTCAAGAAACATGTAGAAA
1 AATTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGA-TATAATTGAATGCCTGCCTCAAGAAACATGTAGAAA
* * **********************
22445 AACCCATTTATTTGGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCG
65 AACCCATTTATTTGGAAAAAAAGTCTATTTATAGTCTCACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
*
22510 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
130 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * *
22550 -ATTTTTTTTATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAAAGCCTGCCTCAAGAAACGTGTAGAAA
1 AATTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGA-TATAATTGAATGCCTGCCTCAAGAAACATGTAGAAA
* * * *
22614 AATCCATTTATTTGGAAGATAAGTCTATTTATAGTCTCACATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
65 AACCCATTTATTTGGAAAAAAAGTCTATTTATAGTCTCACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
22679 CTTTAAATGGTTTTA
130 CTTTAAATGGTTTTA
22694 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 248, Mismatches: 65, Indels: 2
0.79 0.21 0.01
Matches are distributed among these distances:
169 133 0.54
170 115 0.46
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
AATTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGATATAATTGAATGCCTGCCTCAAGAAACATGTAGAAAA
ACCCATTTATTTGGAAAAAAAGTCTATTTATAGTCTCACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
Found at i:23394 original size:170 final size:159
Alignment explanation
Indices: 23110--23441 Score: 290
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 159
23100 TATAATCTGA
* * * * *
23110 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATAGTTCTCATTAAAACAGACTAAAATTGAATGCTTGCCT
1 TAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTACAGTTCTCATTAAAACAGACTAAAATGGAATGCTTACCT
* * * * * *
23175 TGGGAAACCTATAGCAAAACCCACTTATTTGAAAAAAATGTCTATTTATATTC-TCTCATTCTTT
66 CGAGAAACCTATAGAAAAACCCACTTATTTGAAAAAAA-GTCCATTTATAGTCACCT-ATTCTTT
* *
23239 CAAAAACCTTATTATTCGCTTTAAATGATTT
129 CAAAAACCTTATTACTCGCTTCAAATGATTT
* * * * *
23270 NNNNNNNNNNTAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACGGACTATAATGGA
1 ----------TAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTACAGTTCTCATTAAAACAGACTAAAATGGA
* * * **
23335 ATGCTTACCTCGAGAAACGTATAGAAAAACTCATTTATTTTTTTAAAAAA-TCCATTTATAGTCA
56 ATGCTTACCTCGAGAAACCTATAGAAAAACCCACTTA--TTTGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * *
23399 CCTATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGGTTT
119 CCTATTCTTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTCAAATGATTT
23440 TA
1 TA
23442 TAATCTCATA
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 26, Indels: 16
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
160 2 0.02
170 120 0.90
171 2 0.02
172 9 0.07
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (159 bp):
TAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTACAGTTCTCATTAAAACAGACTAAAATGGAATGCTTACCT
CGAGAAACCTATAGAAAAACCCACTTATTTGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTCA
AAAACCTTATTACTCGCTTCAAATGATTT
Found at i:24442 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 24144--24493 Score: 454
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
24134 NNNNNNNNNN
* * *
24144 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGCTTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGAATATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGCGTTTT
* * * * *
24209 TGTTCATATTTCTAAAGGTAGACATTTAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTA
66 TGCTCATATTTCTAAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTA
*
24274 AACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCG
131 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * *
24315 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGAATATAAATGGACTTTTTTTTTCAAATAAATGGGTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGAATATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATAAATGCGTTT
** * ** * *
24380 TT-CT-ATAGGTTTCTTGAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAGAAATGT-AAAAAA
65 TTGCTCATA--TTTCTAAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
* * *
24442 TTCAACTTAAATTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCT
128 TTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
24486 AGTAATAA
1 AGTAATAA
24494 AACTTTAAAT
Statistics
Matches: 154, Mismatches: 22, Indels: 6
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.02
171 102 0.66
172 49 0.32
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGAATATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGCGTTTT
TGCTCATATTTCTAAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTA
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
Found at i:24785 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 24550--25819 Score: 1261
Period size: 170 Copynumber: 7.4 Consensus size: 172
24540 TCTCTTAACA
* * * ** * * *
24550 TAGATATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAATAATTGAACTTAAAATCAATTAT
1 TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * *
24615 GAAATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATAACTATAAATGGAT
66 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGAC
* *
24680 TTTTCTTTCAAATAAATGGGTTTTTCTACACATTTTCTAAGG
131 TTTTCTTGCAAATAAATGCGTTTTTCTACACATTTTCTAAGG
* * * *
24722 TAGACATTCAATTATAGTATATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAAATAAACTTAAAATCAATTAT
1 TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* ** * *
24787 GAAATTATAAAACTATTTAAAATGAG---TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGA-GAATATAAATAGA
66 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GATGACTATAAATGGA
* * * **
24848 CTTTT-TTTCTAAATAAATGCATTTTTCTATA-GGTTTCTTAAGG
130 CTTTTCTTGC-AAATAAATGCGTTTTTCTACACATTTTC-TAAGG
* * * * * *
24891 CA-AGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAGAAATGT--AAAAACTTCAACTTAATATCAATTA
1 TAGA-CATTCAATTATAATCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * *
24953 TGAGATTATAAAACCATTTAGAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAAGAATAGG-TGACTATAAATGG
65 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGATGACTATAAATGG
* * * * *
25017 ACTTTTCTTAGC-TATGAATGCCTTTTTCT--TCATGTTTCTTAACG
129 ACTTTTCTT-GCAAATAAATGCGTTTTTCTACACAT-TTTC-TAAGG
* * * * *
25061 TATACATTCAATTATAATCTATTTTAACGAAAAAAGTAAAAATAATTGAACTTAAAATCAATTAT
1 TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
*
25126 GAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
66 GAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGA
* * * * * * *
25190 CTTTACTTCCAAATAAATGGGTTTTTTTATA-AGTTTCTCGAGG
130 CTTTTCTTGCAAATAAATGCGTTTTTCTACACATTTTCT-AAGG
* * * * * * *
25233 CAGGCATTCAATTATATTCTATTTTAATGAGAACTGT--AAAAAATTTAACATAAAATCAATTAT
1 TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * **
25296 GAGATTATAAAACTATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAACAGAC
66 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGAC
* * * **
25361 TTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT--TTATGTTTC-ACATGG
131 TTTTCTTGCAAATAAATGCGTTTTTCTACACAT-TTTCTA-A-GG
* * * * *
25403 TAGATATTTAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAATAATTGAACTTAAAATCAATTA
1 TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
25467 CGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGA-GAATATAAATGT
65 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GATGACTATAAATGG
* * * *
25531 ACTTTTCTTGCTAATGAATGCATTTTTCTTCACA-TTTC-AGTAGG
129 ACTTTTCTTGCAAATAAATGCGTTTTTCTACACATTTTCTA--AGG
* * * * *
25575 TAGACATTCAATTATATTCTGTTTT-A-GCCAAAATAT-AAAATAATTCAACTTAAAATCAATTA
1 TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATG-AAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
*
25637 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGA-GACTATAAATGG
65 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GATGACTATAAATGG
* *
25701 ACTTTTCTTCCAAATAAATGGGTTTTTCTACACA-TTTCTTAAGG
129 ACTTTTCTTGCAAATAAATGCGTTTTTCTACACATTTTC-TAAGG
* ** *
25745 CA-AGCATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAT-AAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
1 TAGA-CATTCAATTATAATCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
25808 TGAGATTATAAA
65 TGAGATTATAAA
25820 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 913, Mismatches: 143, Indels: 85
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 44 0.05
168 9 0.01
169 90 0.10
170 361 0.40
171 60 0.07
172 345 0.38
173 3 0.00
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGAC
TTTTCTTGCAAATAAATGCGTTTTTCTACACATTTTCTAAGG
Found at i:25056 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 24499--25819 Score: 1272
Period size: 172 Copynumber: 7.7 Consensus size: 171
24489 AATAAAACTT
* * * * * * * *
24499 TAAATGGACTTTTCATACCTATGAATGTCTTTTTCTTTACGTCTCTTAA--CATAGATATTCAAT
1 TAAATGGACTTTTC-TTCCAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCA-AGACATTCAAT
* * * * * *
24562 TATAATATGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAATAATTGAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAA
64 TATAATCTATTTTAACGAAAAATGTAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
*
24627 CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATAACTA
129 CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG-TGACTA
* * ** * *
24671 TAAATGGATTTTTCTTTCAAATAAATGGGTTTTTCTACACAT-TTTC-TAAGG-TAGACATTCAA
1 TAAATGGACTTTTC-TTCCAATAAATGCCTTTTTCT--TCATGTTTCTTAAGGCAAGACATTCAA
* * * * * * *
24733 TTATAGTATATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAAATAAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAA
63 TTATAATCTATTTTAACGAAAAATGTAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
** * *
24798 ACTATTTAAAATGAG---TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGAATA
128 ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTA
* * * * *
24840 TAAATAGACTTTTTTTCTAAATAAATGCATTTTTCTAT-AGGTTTCTTAAGGCAAG-CATTCAAT
1 TAAATGGACTTTTCTTC-CAATAAATGCCTTTTTCT-TCATGTTTCTTAAGGCAAGACATTCAAT
* * * * * *
24903 TATAGTCTGTTTTAATGAGAAATGT-AAAA-ACTTCAACTTAATATCAATTATGAGATTATAAAA
64 TATAATCTATTTTAACGAAAAATGTAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * *
24966 CCATTTAGAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAAGAATAGGTGACTA
129 CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTA
* * * * * *
25010 TAAATGGACTTTTCTTAGCTATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAACG-TATACATTCAATT
1 TAAATGGACTTTTCTT-CCAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAGACATTCAATT
* *
25074 ATAATCTATTTTAACGAAAAAAGTAAAAATAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-
65 ATAATCTATTTTAACGAAAAATGTAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
25138 TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
130 T-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTA
* ** ** *
25182 TAAATGGACTTTACTTCCAAATAAATGGGTTTTT-TT-ATAAGTTTCTCGAGGC-AGGCATTCAA
1 TAAATGGACTTTTCTTCC-AATAAATGCCTTTTTCTTCAT--GTTTCTTAAGGCAAGACATTCAA
* * * * * *
25244 TTATATTCTATTTTAATGAGAACTGT-AAAA-AATTTAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAA
63 TTATAATCTATTTTAACGAAAAATGTAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
*
25307 ACTATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
128 ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTA
** * * ** * * * *
25352 TAAACAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCACATGG-TAGATATTTAATT
1 TAAATGGACTTTTCTT-CCAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAGACATTCAATT
* * * *
25416 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAATAATTGAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAAC
65 ATAATCTATTTTAACGAAAAATGTAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * *
25481 TATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGAATA
130 TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTA
* * * * ** * *
25524 TAAATGTACTTTTCTTGCTAATGAATGCATTTTTCTTCACATTTCAGT-AGG-TAGACATTCAAT
1 TAAATGGACTTTTCTT-CCAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC-TTAAGGCAAGACATTCAAT
* * * * *
25587 TATATTCTGTTTTAGC-CAAAATAT-AAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
64 TATAATCTATTTTAACGAAAAATGTAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* *
25650 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGAGACTA
129 CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTA
** * **
25694 TAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAATGGGTTTTTCTACACATTTCTTAAGGCAAG-CATTCAATT
1 TAAATGGACTTTTCTTCC-AATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAGACATTCAATT
* * *
25758 ATAATCTATTTTAACAAAAAAT-AAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
65 ATAATCTATTTTAACGAAAAATGTAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
25820 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 955, Mismatches: 157, Indels: 75
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 41 0.04
168 11 0.01
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173 3 0.00
174 1 0.00
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Consensus pattern (171 bp):
TAAATGGACTTTTCTTCCAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAGACATTCAATTA
TAATCTATTTTAACGAAAAATGTAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGTGACTA
Found at i:25326 original size:342 final size:342
Alignment explanation
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Period size: 342 Copynumber: 3.7 Consensus size: 342
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* * ** * * * *
24555 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAATAATTGAACTTAAAATCAATTATGAAAT
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* * *
24620 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATAACTATAAATGGATTTTTC
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* ** * *
24685 TTTCAAATAAATGGGTTTTTCTACACAT-TTTC-TAAGGTAGACATTCAATTATAGTATATTTTA
129 TTGCAAATAAATGCCTTTTTCT--ACATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTA
* * * * * *
24748 ATGAAAAATGTAAAAAAAAATAAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAATGAG
192 ACGAAAAAAGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG
* * * *
24813 ---TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGAATATAAATAGACTTTTTTTCTAAATAAATGCATTTTTC
257 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGAATATAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAATGCATTTTTT
* *
24875 TATAGGTTTCTTA-AGGCAAGC
322 TATAAGTTTC-TAGAGGCAGGC
* * *
24896 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAGAAATGTAAAA-ACTTCAACTTAATATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATATTCTGTTTTAATGAGAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
24960 ATAAAACCATTTAGAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * *
25025 TAGC-TATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAACGTATACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
130 T-GCAAATAAATGCCTTTTTCTACATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
* *
25089 GAAAAAAGTAAAAATAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGT
194 GAAAAAAGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGT
* * * * **
25153 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTACTTCCAAATAAATGGGTTTTTTT
258 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGAATATAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAATGCATTTTTTT
*
25218 ATAAGTTTCTCGAGGCAGGC
323 ATAAGTTTCTAGAGGCAGGC
* * * *
25238 ATTCAATTATATTCTATTTTAATGAGAACTGTAAAA-AATTTAACATAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATATTCTGTTTTAATGAGAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * **
25302 ATAAAACTATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAACAGACTTTTCT
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * ** ** * * * * *
25367 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCACATGGTAGATATTTAATTATAATCTGTTTTAACT
130 TGCAAATAAATGCCTTTTTCTACATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACG
* * *
25432 AAAAATGTAAAAATAATTGAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA
195 AAAAAAGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA
* * * *
25497 TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGAATATAAATGTACTTTTCTTGCTAATGAATGCATTTTTCTTC
260 TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGAATATAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAATGCATTTTT-TT-
* * *
25562 A-CA-TTTC-AGTAGGTAGAC
323 ATAAGTTTCTAG-AGGCAGGC
*** *
25580 ATTCAATTATATTCTGTTTTAGCCA-AAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATATTCTGTTTTAATGAGAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
*
25644 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGAGACTATAAATGGACTTTTCT
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCT
* ** ** *
25709 TCCAAATAAATGGGTTTTTCTACACATTTCTTAAGGCA-AGCATTCAATTATAATCTATTTTAAC
130 TGCAAATAAATGCCTTTTTCTACATGTTTCTTAAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTATTTTAAC
*
25773 -AAAAAA-TAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
194 GAAAAAAGT-AAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
25820 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 781, Mismatches: 125, Indels: 36
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
337 3 0.00
338 5 0.01
339 175 0.22
340 8 0.01
341 81 0.10
342 504 0.65
343 4 0.01
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (342 bp):
ATTCAATTATATTCTGTTTTAATGAGAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
GCAAATAAATGCCTTTTTCTACATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACGA
AAAAAGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT
AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGAATATAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAATGCATTTTTTTATA
AGTTTCTAGAGGCAGGC
Done.