Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397336.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_277.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 49415
ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.11, T:0.27
Warning! 12142 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3134 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 2781--4946 Score: 1282
Period size: 171 Copynumber: 12.8 Consensus size: 168
2771 NNNNNNTGGA
* ** * *
2781 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GCTTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTACATA
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATG-TTTTCAAGGTAGACA
* ** * *
2844 TTCAATTATAGTCCATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAACT-AATTATGAGATTA
63 TTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGA-TA
* * *
2908 TAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGG
126 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * *
2951 AGACTATAAATGGACTTTTCTTCTAAATGAATGGCTTTTT-TTACACGTTTTCAAGGTAGGA-AT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTT-CATGTTTTCAAGGTA-GACAT
* * * * *
3014 TCAATTACATTTTGTTTTAATCTAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATAC
64 TCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATA-
* * * *
3079 TAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGTATGGG
126 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* ** * **
3122 TGACAATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATACCTTTTTCCTCACCTTTCTCAAGGTAGACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGTAGACATT
* ** * *
3187 CAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAACAACTTAAAAT-AAGTTATGAGATTAC
65 CAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTTTGAGA-TAT
** *
3251 AAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG
127 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * * *
3293 AGGCTAAAAATGGACTTTTCTTGCT-GATGAAT-GCTTGTTTCTTCATG-TTTCTAGAGCTAGAC
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTT-TTTCTTCATGTTTTC-A-AGGTAGAC
* * * ** * *
3355 ATACAATTATAGTCTGTTTGAACCAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACT-AGTT
62 ATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAG-A
* * * * * * ** *
3419 TATAAAATCATTTAAAGCAAATTAGAAGGCTTATGAAGGCTTGAG
124 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * * * * * ** ** *
3464 TGGCTATAAGTGGACTATTCATGC-CAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTCCCCAAGACAGACGT
1 TGACTATAAATGGACTTTTC-TTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTT-TTCAAGGTAGACAT
** *
3528 TCAATTATAGCCT-TTCCTTAACCAAAAATGTAAAAAAATGT-AACTTAAAATCAATTTTGAGGT
64 TCAATTATAATCTGTT--TTAA-CAAAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTTTGA-GA
* * * * *
3591 TATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATAGG
124 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * * * *
3636 TGACTATAAATGGATTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTGAT-TTATCTCGAGGTTGACAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTT-T-TCAAGGTAGACAT
** * * *
3700 TCAGCTACAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTTTGAGGTTAT
64 TCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGA-GATAT
* *
3765 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG
127 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * *
3807 AGACTATAAATGGACTTTT-TTTTCCAATGAATGGCTTTTTCTAT-ATGTTTTCTGAGATAGACA
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTCT-CAATGAATGGCTTTTTCT-TCATGTTTTC-AAGGTAGACA
* * * *
3870 CTCAATTATAATCTATTTTAAC-------T--AAAAATTGAACTTAAACTCAATTTTGAGATAAT
63 TTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGAT-AT
*
3926 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
127 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * * ** * *
3968 TGACTATGAATAGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GCCTTTTCTTCAAGCTGCTCAAGGCAGGA-T
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTTCAAGGTA-GACA
* * * *
4030 TTCAATTATAGTCTGTTTTAAACAAAAATTTAAAAAAATTCAA--T----T--A-TTAGCG-TAT
63 TTCAATTATAATCTGTTTT-AACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATAT
* * * * ** ***
4085 AAAACCATTTACAGCAAATAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAA
127 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * * * ** * *
4127 TGACTATAAATGGACTTTTCATGC-CTATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTCCCTAAGGCAAACAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTC-TTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-AAGGTAGACAT
* * * * * * * *
4191 TCAATTATTACCTTTTTTAATCAAAAAATTTTAAAAAA-TCAACCTAAAATCAATTTTGACATTC
64 TCAATTATAATCTGTTTTAA-C-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGA-TA
** * * *
4255 TAAAACCATTTAAATTGAGTAACAAGGCCTTTGAAGGAA-AGG
126 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * ** * * *
4297 AGACTATAGATGGAC-TTT-TTCTACAAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCA-AGC
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTCT-C-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-AAGGTAGA-C
* * * * *********** * *
4359 ATTAAATTATCATTTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAATNNNNNNNNNNAAAATAAATTATGAGATT
62 ATTCAATTATAATCTGTTTT-AACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGA-T
* * * *
4424 ATAAAAACATTTAAAGCGAGTGATAATGCTTTTGAAGGAATGAG
125 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * * * * ** *
4468 TGACTATAATTAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTTATATTTCTTGAGATAGACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGTAGACATT
* * * *
4533 CAATTATAATCTATTTTAACTATAAAT-TAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATA
65 CAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGA-GATATA
* * * * *
4597 AAGCCATTTAAAGTGAGGAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGN
128 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
********* * ** *
4638 NNNNNNNNNATGGACTTTTCTTC-CTAATGAATGCCTTTTTCTTCACCTATCTCAAGGTAGACAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGT-TTTCAAGGTAGACAT
* * **********
4702 TCAACTACAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAANNNNNNNNNNTAAAATCAATTTTGAGATTAT
64 TCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGA-TAT
* * * * **
4767 AAAATCATTTAAAGCCAGCAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAC
127 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * * ** **
4809 AGACTATAAATGGACTTTTCTT-TCCAAGGAATGCCTTTTT-TTCACGTTTCTTGAGACA-AGCA
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTCT-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGTAGA-CA
* * * * * *
4871 TTCAATTATAGTTTGGTTTAAGGAAAAATGTAAAATAAA-TCAACTTAAAATAAATTATGAGATT
63 TTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGA-T
4935 ATAAAACCATTT
125 ATAAAACCATTT
4947 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1522, Mismatches: 380, Indels: 188
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
159 66 0.04
160 70 0.05
161 115 0.08
162 4 0.00
163 1 0.00
164 1 0.00
166 1 0.00
167 2 0.00
168 3 0.00
169 59 0.04
170 373 0.25
171 644 0.42
172 175 0.11
173 8 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCAAGGTAGACATTC
AATTATAATCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATATAAAA
CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
Found at i:3657 original size:343 final size:336
Alignment explanation
Indices: 2843--4946 Score: 1181
Period size: 341 Copynumber: 6.2 Consensus size: 336
2833 TGAGGTACAT
* * * * *
2843 ATTCAATTATAGTCCATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAACT-AATTATGAGATT
1 ATTCAATTATA--CCTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATGCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* * * * * *
2907 ATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCT
64 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * *
2972 T-CTAAATGAATGGCTTTTT-TTACACGTTT-TCA-AGGTAGGA-ATTCAATTACATTTTGTTTT
129 TGCT-AATGAAT-GCTTTTTCTT-CATGTTTCT-AGAGCTA-GACATTCAATTATAGTCTGTTTT
* * * * * * * **
3032 AATCTAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATT-TTGAGATACTAAAATCATTTAAAGTG
189 AACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTACT-AGTTA-TAAAACCATTTAAAGCA
* * * * * * **
3096 AGTAATAAGACTTTTGAAGG-TATGGGTGACAATAAATGGACTTTTC-TTCTCAATGAATACCTT
250 AATAATAAGGC-TTTGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGC-CAATGGATGGCTT
* * * * **
3159 TTTCCTCACCT-TTCTC-AAGGTAGAC
312 TTGCTTTA--TGTTCCCTAAGACAGAC
** ** *
3184 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAACAACTTAAAAT-AAGTTATGAGAT
1 ATTCAATTAT-ACCT-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATGCAACTTAAAATCAA-TTTTGAGAT
* ** * *
3248 TACAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAG-G-CTAAAAATGGACTTT
63 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AG-GTGACTATAAATGGACTTT
* * *
3311 TCTTGCTGATGAATGCTTGTTTCTTCATGTTTCTAGAGCTAGACATACAATTATAGTCTGTTTGA
126 TCTTGCTAATGAATGCTT-TTTCTTCATGTTTCTAGAGCTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA
* *
3376 ACCAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACTAGTTTATAAAATCATTTAAAGCAAAT
190 ACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTACTAG-TTATAAAACCATTTAAAGCAAAT
* * * * *
3441 TAGAAGGCTTATGAAGGCTTGAGTGGCTATAAGTGGACTATTCATGCCAATGGATGGCTTTTGCT
253 AATAAGGCTT-TGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGGATGGCTTTTGCT
*
3506 TTATGTTCCCCAAGACAGAC
317 TTATGTTCCCTAAGACAGAC
* * *
3526 GTTCAATTATAGCCTTTCCTTAACCAAAAATGTAAAAAAATGTAACTTAAAATCAATTTTGAGGT
1 ATTCAATTATA-CCTTT--TTAACCAAAAATGTAAAAAAATGCAACTTAAAATCAATTTTGAGAT
* * * *
3591 TATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGATTTTTC
63 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * ** * *
3656 TTG-TCAATGAATGTCTTTTTCTTGAT-TTATCTCGAGGTTGACATTCAGCTACAATCTGTTTTA
128 TTGCT-AATGAATG-CTTTTTCTTCATGTT-TCTAGAGCTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA
* * *
3719 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATT-TTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCAAG
190 ACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA-TAATTACT-A-GTTATAAAACCATTTAAAGCAAA
** * ** * * *
3783 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTTTTTCCAATGAATGGCTTTTTC
252 TAATAAGGC-TTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGGATGGCTTTTGC
* ** * *
3848 TATATGTTTTCTGAGATAGAC
316 TTTATGTTCCCTAAGACAGAC
* * * * *
3869 ACTCAATTATAATCTATTTTAA-C-------T-AAAAATTG-AACTTAAACTCAATTTTGAGATA
1 ATTCAATTAT-ACCT-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATGCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* * *
3924 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATGAATAGACTTTTCT
64 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * *
3989 TGCCAATGAATGCCTTTTCTTCAAGCTGCTCA-AGGC-AGGA-TTTCAATTATAGTCTGTTTTAA
129 TGCTAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCT-AGA-GCTA-GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
* * *
4051 ACAAAAATTTAAAAAAATTCAA--T----T-ATTAGC--G-TATAAAACCATTTACAGCAAATAA
191 CCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAATTA-CTAGTTATAAAACCATTTAAAGCAAATAA
* * * *
4106 TAAGGCTTTCGAAGGCTTAAATGACTATAAATGGACTTTTCATGCCTATGGATGGCTTTTGCTTC
255 TAAGGCTTT-GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGGATGGCTTTTGCTTT
* * *
4171 ACGTTCCCTAAGGCAAAC
319 ATGTTCCCTAAGACAGAC
* * * * *
4189 ATTCAATTATTACCTTTTTTAATCAAAAAATTTTAAAAAAT-CAACCTAAAATCAATTTTGACAT
1 ATTCAATTA-TACC-TTTTTAA-CCAAAAATGTAAAAAAATGCAACTTAAAATCAATTTTGAGAT
* * * * * *
4253 TCTAAAACCATTTAAATTGAGTAACAAGGCCTTTGAAGGAA-AGGAGACTATAGATGGACTTTT-
63 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * *
4316 TCTACAAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCT-GAGGCAAG-CATTAAATTATCA-TTTGTTT
128 T-TGCTAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTT-CTAGA-GCTAGACATTCAATTAT-AGTCTGTTT
** * *********** * *
4378 TAAAGAAAAATGTAAAATNNNNNNNNNNAAAATAAATTA-TGAGATTATAAAAACATTTAAAGCG
188 TAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTACT-AG-TTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * ** * * * * * *
4442 AGTGATAATGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAATTAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTT
250 AATAATAAGGC-TTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGGATGGCTTTT
* * * * * *
4507 TCTTTATATTTCTTGAGATAGAC
314 GCTTTATGTTCCCTAAGACAGAC
* * * *
4530 ATTCAATTATAATCTATTTTAACTATAAAT-TAAAAAAATTG-AACTTAAAATCAATTTTGAGGT
1 ATTCAATTAT-ACCT-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TGCAACTTAAAATCAATTTTGAGAT
* * * *********
4593 TATAAAGCCATTTAAAGTGAGGAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-GGNNNNNNNNNNATGGACTTTT
63 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG-TGACTATAAATGGACTTTT
* ** * * * * *
4657 CTTCCTAATGAATGCCTTTTTCTTCACCTATCTCA-AGGTAGACATTCAACTACAATCTGTTTTA
127 CTTGCTAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCT-AGAGCTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA
* ********** * * * *
4721 ACCAAAAATGTAAAANNNNNNNNNNTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAATCATTTAAAGCCAG
190 ACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTACT-AG-TTATAAAACCATTTAAAGCAAA
* ** ** * * *
4785 CAATAAGGCTTTCGAAGGAATGACAGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAA-GGAATGCCTTTT-
252 TAATAAGGCTTT-GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGG-ATGGCTTTTG
* * * *
4848 -TTTCACGTTTCTTGAGACA-AGC
315 CTTT-ATGTTCCCTAAGACAGA-C
** ** * *
4870 ATTCAATTATAGTTTGGTTTAAGGAAAAATGTAAAATAAAT-CAACTTAAAATAAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATACCTT--TTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATGCAACTTAAAATCAATTTTGAGAT
4934 TATAAAACCATTT
63 TATAAAACCATTT
4947 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1381, Mismatches: 285, Indels: 194
0.74 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
319 3 0.00
320 97 0.07
321 3 0.00
323 3 0.00
324 1 0.00
328 1 0.00
329 28 0.02
330 107 0.08
331 53 0.04
332 92 0.07
333 7 0.01
334 1 0.00
336 1 0.00
338 5 0.00
339 14 0.01
340 108 0.08
341 341 0.25
342 205 0.15
343 298 0.22
344 13 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (336 bp):
ATTCAATTATACCTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATGCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
CTAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTAGAGCTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAA
AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAATTACTAGTTATAAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGGC
TTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTCC
CTAAGACAGAC
Found at i:5785 original size:161 final size:161
Alignment explanation
Indices: 5515--5820 Score: 407
Period size: 161 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
5505 NNNGTAAAAT
* * *
5515 AATTCAACTTAAAATAAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTGACAAGGCTTTTGAAG
1 AATTAAACTTAAAATAAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTTGAAG
* * * * * *
5580 AAATGAGTGACTATAATTAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCGATAT
66 AAATGAGTGAATATAAATAGACTTTCCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGAT
5645 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAA
131 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAA
* ** * * *
5676 AATTAAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATACAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAG-TTTTTAAT
1 AATTAAACTTAAAATAAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTTGAA-
** * * * *
5740 GGTATGGGTGAATATAAATGGACTTTCCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGG
65 GAAATGAGTGAATATAAATAGACTTTCCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGA
5805 TAGACATTCAATTATA
130 TAGACATTCAATTATA
5821 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 21, Indels: 2
0.84 0.14 0.01
Matches are distributed among these distances:
160 6 0.05
161 117 0.95
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (161 bp):
AATTAAACTTAAAATAAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTTGAAG
AAATGAGTGAATATAAATAGACTTTCCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGAT
AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAA
Found at i:6670 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6384--7304 Score: 770
Period size: 171 Copynumber: 5.4 Consensus size: 171
6374 NNNNNNNNNN
* * * *
6384 TTATAAAACCCTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTG-G-CTGA-ATATGGACT
1 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AG-GAGACT-ATAAATGGACT
** * * *
6446 TTTCTTGCAAATGAATGC-GTTTTTCTTA-ACCTTTCTTGAGGTAGGCTTTCAATTATAATCTGT
63 TTTCTTGCAAATGAATGCTG-TTTTC-TACATGTTTCCTGAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGT
* *
6509 TTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTACT-AGA
126 TTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGAGA
* * *
6555 TTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACAATAAATAGACTTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTT
* * * *
6620 CTTTCAAATGAATTG-TGTTTGCTACATATTTCCTGAGGTAGGCATTCAATTATAGTATGTTTTA
66 CTTGCAAATGAA-TGCTGTTTTCTACATGTTTCCTGAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTA
*
6684 ACAAAAAATGTAAAAAAA---AACCTAAAATCAATTATGAGA
130 ACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
6723 TTATAAAACCATTTTAAGTGAGGAATAAGGCTTTTCAAGGAATGGGAAACTATAAATGGACTTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTT
* * ** ** * *
6788 CTTCCAAATTAATGGCT-TTTTCTACATGTTTCCCAAGGTAGTTATTCAATTCTAGTCTATTTTA
66 CTTGCAAATGAAT-GCTGTTTTCTACATGTTTCCTGAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTA
* * * * *
6852 ATAAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATTAGTTATGAGA
130 ACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
6894 TTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGGAA-G-A-AGGAGAGGCTATAAATGGACT
1 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATAGGAGA--CTATAAATGGACT
** * * *
6956 TTTCTTGCTGATGAATGCT-TGTTTCTTCATGTTT-CTAGTGGTAGACATTCAATTATAGTCTGT
63 TTTCTTGCAAATGAATGCTGT-TTTCTACATGTTTCCT-GAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGT
* * * *
7019 TTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTACT-AGT
126 TTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGAGA
** * * * * ** * *
7065 TTATAAAACCATTTAAAGAAAATTAGAAGGCTTATGAAGGCTTGAGTG-GA-TATAAGTGGACTA
1 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AG-GAGACTATAAATGGACTT
** * * * * * * * **
7128 TTAGTGCCAATGGATGGCT-TTTGCTTCATG-TTCCTCAAGGCAGACATTCAATTATACCCT-TT
64 TTCTTGCAAATGAAT-GCTGTTTTCTACATGTTTCCT-GAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTT
* * * * * *
7190 CCTTAACCAAAAGTGTAAAAAAATGCAACTTAAAATCTATTTTGAGG
127 --TTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
7237 TTATAAAGCGATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTT
7302 CTT
66 CTT
7305 TACCAATGAA
Statistics
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167 2 0.00
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TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTT
CTTGCAAATGAATGCTGTTTTCTACATGTTTCCTGAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
Found at i:7007 original size:339 final size:340
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Indices: 6384--7082 Score: 785
Period size: 339 Copynumber: 2.1 Consensus size: 340
6374 NNNNNNNNNN
* * *** *
6384 TTATAAAACCCTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGGCTGAATATGGACTTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGGAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAAACTGAAAATGGACTTTT
* *** *
6449 CTTGCAAATGAATGCGTTTTTCTTAACCTTTCTTGAGGTAGGCTTTCAATTATAATCTGTTTTAA
66 CTTCCAAATGAATGCGTTTTTCTTAACCTTTCCCAAGGTAGGCTTTCAATTATAATCTATTTTAA
* * * * * * *
6514 CCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTACTAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTA
131 CAAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTACTAGATTACAAAACCATTTAAAACGAGTA
*
6579 ATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACAATAAATAGACTTTTCTTTCAAATGAATTGTGTTTGCTA
196 ATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACAATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATTGTGTTTGCTA
* * *
6644 CATATTTCCTGAGGTAGGCATTCAATTATAGTATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA-AACCTA
261 CATATTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTGAACAAAAAATGTAAAAAAATAACATA
6708 AAATCAATTA-TGAGA
326 AAATCAATTACT-AGA
* * *
6723 TTATAAAACCATTTTAAGTGAGGAATAAGGCTTTTCAAGGAATGGGAAACT-ATAAATGGACTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGGAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAAACTGA-AAATGGACTTT
* ** * * *
6787 TCTTCCAAATTAATG-GCTTTTTC-TACATGTTTCCCAAGGTA-GTTATTCAATTCTAGTCTATT
65 TCTTCCAAATGAATGCG-TTTTTCTTA-ACCTTTCCCAAGGTAGGCT-TTCAATTATAATCTATT
* * *
6849 TTAATAAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATTAGTTA-TGAGATTACAAAACCATTTAAAAC
127 TTAACAAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTACT-AGATTACAAAACCATTTAAAAC
* * **
6913 GAGTAATAAGGCTTTTGGAA-G-A-AGGAGAGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCTGATGAA-TGC
191 GAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATAGGAGA--CAATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATTG-
* * * * *
6974 TTGTTT-CTTCATGTTT-CTAGTGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTGAACCAAAAATGTAAA
252 -TGTTTGCTACATATTTCCT-GAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTGAACAAAAAATGTAAA
*
7037 AAAATTCAACATAAAATCAATTACTAGT
315 AAAA-T-AACATAAAATCAATTACTAGA
7065 TTATAAAACCATTTAAAG
1 TTATAAAACCATTTAAAG
7083 AAAATTAGAA
Statistics
Matches: 300, Mismatches: 45, Indels: 27
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Matches are distributed among these distances:
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TTATAAAACCATTTAAAGTGAGGAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAAACTGAAAATGGACTTTT
CTTCCAAATGAATGCGTTTTTCTTAACCTTTCCCAAGGTAGGCTTTCAATTATAATCTATTTTAA
CAAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTACTAGATTACAAAACCATTTAAAACGAGTA
ATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACAATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATTGTGTTTGCTA
CATATTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTGAACAAAAAATGTAAAAAAATAACATA
AAATCAATTACTAGA
Found at i:12179 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11252--12602 Score: 1158
Period size: 172 Copynumber: 7.9 Consensus size: 170
11242 NNNNNNATAA
* * ** *
11252 TCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTACAAGATTATAAAACCTTTT
1 TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGGATTATAAAACCATTT
* * * * * *
11317 AGAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGAGTACAAATGGACTTTT-TTGTCAAATGAAT
65 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CCAATGAAT
* * * *
11381 AG-CATTTTCTACATGTTTCTCAAGGGAAACATTCAATTATAG
129 -GCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAG
* *
11423 TCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAAAATT-AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
1 TCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GATTATAAAACCAT
* * * * *
11487 TTAAAGTGAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAAATGA
63 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGA
* * * * * * * *
11551 GTGGCTTTTTCTACATGTTTCACGAGGCAGGCATTCAATTCTAG
127 ATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAG
* * * *
11595 TCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTT
1 TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GATTATAAAACCATTT
* * * * * * *
11660 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGGAGGAGTGAGAGGCTATCAAT-G--TTTGC-TG---ATGAATG
65 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* *
11718 -CTCGTTTCTTCATGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAG
130 CCT-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAG
* * * * * *
11759 TATGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACAATTT
1 TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGGATTATAAAACCATTT
* * * * ** * * * * * *
11824 AAAGCAAATTAGAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGGCTATTAGTGGACATTTCATGCTAAT-AGAT
65 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-AT
** * * *
11888 AACTTTTCCTTCATGTTT-TCCAAGGCAAACATTCAATTATAG
129 GCCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAG
* * * * **
11930 CCTTTTCTTAACCAAAAATGTTAAAAAAATGT-AACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAGTCA
1 TCTGTT-TTAACCAAAAATG-TAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATG-GATTATAAAACCA
* * *
11994 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AATGAAATGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATG
62 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * ** * * * *
12058 AATCCCTTTGTCTTCACCTATCTCGAGGTAGACATTCAACTATAA
126 AATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAG
* *
12103 TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTATAGAACCATTT
1 TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGG-ATTATAAAACCATTT
* * * * * *
12168 AAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGTAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAAGAATG
65 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* ** *
12233 CTTTTTTCTTTTTGTTTCT-AAGGGTAGGA-ATTCAATTCTAG
130 CCTTTTTCTTCATGTTTCTCAA-GGTA-GACATTCAATTATAG
* ** ** * * * * * *
12274 TATGTTTTAATAAAAAATGATCGAAGAATTCAAATCT-AAATCAATTTTAAGATTACAAAACTAT
1 TCTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTAT-GGATTATAAAACCAT
* * * * *
12338 TTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAA
63 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * * *
12403 TGCCTTTTTCATT-ACGGTTCTCAAGGTGGACAATCAATTATAG
128 TGCCTTTTTC-TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAG
** * *
12446 TCTGTTTTAACCTGAAATGTAAAAAAAATTCAATCTTAAAATCAATTATGGCATTACAAAATCAT
1 TCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGG-ATTATAAAACCAT
* * * * * *
12511 TTAAAGCAAGTGATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGATTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAA
63 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * **
12576 TTCTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGT
128 TGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT
12603 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 942, Mismatches: 195, Indels: 84
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
163 2 0.00
164 121 0.13
165 2 0.00
167 4 0.00
168 6 0.01
170 12 0.01
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174 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGATTATAAAACCATTTA
AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC
CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAG
Found at i:13845 original size:137 final size:139
Alignment explanation
Indices: 13591--13863 Score: 349
Period size: 137 Copynumber: 2.0 Consensus size: 139
13581 NNNNNNNNNN
* * * * **
13591 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTTAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * *
13656 AAGACTTTTGAAGGAATGGCAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAAGGAATGC-C-TTTTTTCA
66 AAGACTTTCGAAGCAATGGCAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAAGGAATGCTCGTTTCTTCA
13719 TGTTTCAAC
131 TGTTTCAAC
*
13728 AAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
13793 AA-AGCTTTCGGAGCAATGAG-AGGCTATAAATTGACTTTTCTTGC-CGATGAATGCTCGTTTCT
66 AAGA-CTTTCGAAGCAATG-GCAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAAGGAATGCTCGTTTCT
13855 TCATGTTTC
128 TCATGTTTC
13864 TAGAGGTAGA
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 15, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (139 bp):
AAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
AAGACTTTCGAAGCAATGGCAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAAGGAATGCTCGTTTCTTCA
TGTTTCAAC
Found at i:16084 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 15783--17084 Score: 1176
Period size: 172 Copynumber: 7.6 Consensus size: 171
15773 TTTAGACAAG
* ** *
15783 CATTCAATTATAATCTGTTTTGTCCAAAAATGTAAAAAGAATTTAAATTAAAATCAATT-TGGAG
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTAT-GAG
* * * * *
15847 ATTATAGAACCCTTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-GGATGGCTGA-AAATAGAC
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGA-GACT-ATAAATGGAC
* * *
15909 TTTTCTTGGAAATGAATGCCATTTTCTTCACT-TTTCTTTAGGTAAA
126 TTTTCTTGCAAATGAATGCCATTTTCTTCA-TGTTTCTTAAGGTAGA
* * * * * *
15955 CCTTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAAATTCAACTTAAAATCAGTTACGAGA
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
16020 TTATAAAACCTTTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTAGAAATGGACTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
16085 CTTTCAAATGAATGGCATTTTCTACATGTTTCCTAAGGTAGG
130 CTTGCAAATGAATGCCATTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGA
* * * * *
16127 CATTCAATTTTAGTCTGTTTTAA-CAAAAACTGCAAAAAAAATTTAACCTAAAATTAATTACGAG
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAA-TG-TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
*
16191 ATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACCT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTT
* * * * * * *
16255 TTCTTCCAAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCCTATGGTAGG
128 TTCTTGCAAATGAATGCCATTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGA
* * * * * *
16299 CATTCAATTCTAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAGTTATTAGAT
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * ** *
16364 TACAAAACCATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTTGGAGGAATAAGAGGCTATAAATGGACTTTTC
66 TATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTC
* *
16429 TTGCCAATG-ATGCTCA-TTTCTTGATGTTT-TTGAAGGTAGA
131 TTGCAAATGAATGC-CATTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGTAGA
* * * * *
16469 CATTCAATTATAGTTTGTTTGAACCAAAAATGT-AAAACATTTAACTTAAAATCAATTATTAGTT
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * ** * * * * * *
16533 TATAAAACAATTTAAAGCAAATTATAAGGCTTCTGAAGGCTTGAGTGGCTATAAGTGTATTTTTC
66 TATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * ** *
16598 ATGCCAATGGATGGC-TTTTGCTTCACGTTCCCCAAGGCAGA
131 TTGCAAATGAATGCCATTTT-CTTCATGTTTCTTAAGGTAGA
* * * * * * * *
16639 CATTTAATTATAGCCTTTTCTTAACCAAAGATGTAAAAGAATGTAACTTAAAATCAATTTTGAGG
1 CATTCAATTATAGTCTGTT-TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
16704 TTATAAAGCCATTTAAA-TTGAGTAATGAGGCTTTTAAAGGAATCGGTGACTATAAATGGACTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTT
* * ** * * * *
16768 TCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCACCTATCTTGAGATAAA
129 TCTTGCAAATGAATGCCATTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGA
* * * * * * * *
16811 CATTCAGA-TACAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAAGCAATTTTGAGA
1 CATTCA-ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
16875 TTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGGAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * *
16940 CTTGCCAATGAATGCC-TTTTCTTCATGTGTCTCATGGCAGG
130 CTTGCAAATGAATGCCATTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGA
* * ** * * * *
16981 CTTTCAATTATGGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATTAGCT
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
17046 TATAAAACCATTTAGAGCAAGTATTAAGGCTTTCGAAGG
66 TATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
17085 CTTAACTGAC
Statistics
Matches: 919, Mismatches: 187, Indels: 50
0.79 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 92 0.10
170 178 0.19
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ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTC
TTGCAAATGAATGCCATTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGA
Found at i:16954 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 14612--17211 Score: 1325
Period size: 171 Copynumber: 15.1 Consensus size: 171
14602 NNNNNNNNNN
* * * * * * ** *
14612 AAATCAATTATT-AGCTTATAAAACTATTTAGAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACTTAAGTG
1 AAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGGAG
* * ** * * * * * * * * * *
14675 GCTATAAATAGACTTTTAATACCTATGGATGGCTTTTACTTCACGTTCCCTAAGGCAAACATTCA
64 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCA
* * * * ** * *
14740 ATTATTGCCTTTTTTAACCAAAAATTTTTGAAAAATTCAACGTA
129 ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAAATTTAACTTA
* ** * * *
14784 AAATCAATTTTG-GCATTGTAAAACCATTTAAATTGAGTAATAAAGCATTTGAAGGAATAGGAGA
1 AAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGA
* * * * ** *
14848 CTATAAATGGACTTTT-TCTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTT-TATGAGACAGACATTA
65 CTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCT-TGAGGTAGACATTC
* ** * * **
14911 AATTATAGTTTGTTTTAAAGAAGAATGTAAAATAATGCAACTTA
128 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTA
* * * * *
14955 AAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGAC
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGAC
* * * *
15020 TATAATTGGAC-TTTCTTTGTCAATGAATGCCTTTTT-TT-ATGTTTCTTGAGATAGACATTCAA
66 TATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAA
* * ** *
15082 TTATAATCTATTTTAACTGAAAAT-TAAAAAAATTAAACTTA
130 TTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTA
* * * * *
15123 AAATCAATTTTGAGGTTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGAC
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGAC
* * * * * * *
15188 TATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTTTCTTCCCCTATCTCGAGATAGACATTCAAC
66 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAAT
* * * *
15253 TACAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTTAACTTA
131 TATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTA
* ** *
15294 AAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGATAAAC
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGAC
* * * * * ** *
15359 TATAAATGGACTTTTTTTCCCAAGGAATG-CTTTTTTTTCATGTTTCTTGAGACAGGCATTCAAT
66 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAAT
* * ** *
15423 TATAGTTTGGTTTAAAGAAAAATGTAAAATAAA-TCAACTTA
131 TATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTTAACTTA
* * * * **
15464 AAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTGATAAGGCTTTCAAAGGAATGGGTA-A
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG-AGA
* * * *
15528 CTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCGTT-AGGTTTCTTGAGGCA-AGCTTTC
65 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC-TTCACGTTTCTTGAGGTAGA-CATTC
* * *
15591 AATTATGGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
128 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTA
* * ** * * *** * *
15635 AAATCAATTATT-AGCTTATAAAACTATTTGGAGCAAATAATAAGGCTTTTGAAGTCTTGAGTGA
1 AAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGA
* * * * * * * * * *
15699 CTATAAATGGACTTGTCATGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACG-TTCTCGATGAATGGCTTTTG
65 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTA-GAC-ATT-
* * **** *
15763 CTA-CAT-GT-T-TTTTAGA-CAAGCATTCAAT-TATAATCTGTTTTGTCCAAAAATGTA
127 CAATTATAGTCTGTTTTA-ACCAA--A---AATGTA-AA--AAAATT-T----AACT-TA
** * * * * ** * *
15817 AAAAGAA-TTT-AAATTA-AAATCAATTT---G-GAGATTATAGAACCCTTT--A--AA-GTGAG
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG-TAATA-AGGCTTTTGAAGGAATGGGAG
*** * * * ***** ** * * * *
15870 --TA-ATAA-GG-CTTTTAAAG-GAATGGATGGCTGAAAATAGACTTTTCTTGGAAATGAATGCC
64 ACTATA-AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTT-G--AGGTA-GAC
*** ** * *
15929 ATTTTCTTCACTTTTCT-TTAGGTAAACCTTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAC
124 ATTCAATT-A-TAGTCTGTT---TTAACC---AA--A-AA--TG---TAA--AAAAAT-T-TAAC
15993 AAATTCAACTTA
169 ---TT------A
* ** * *
16005 AAATCAGTTACGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGAC
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGAC
* * * * * * * * * *
16070 TAGAAATGGACTTTTCTTTCAAATGAATGGCATTTTCTACATGTTTCCTAAGGTAGGCATTCAAT
66 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAAT
* * *
16135 TTTAGTCTGTTTTAA-CAAAAACTGCAAAAAAAATTTAACCTA
131 TATAGTCTGTTTTAACCAAAAA-TG-TAAAAAAATTTAACTTA
* ** *
16177 AAATTAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGAC
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGAC
* * * * * *
16242 TATAAATGGACCTTTCTT-CCAAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCCT-ATGGTAGGCATTCA
66 TATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGA-GGTAGACATTCA
* * * *
16305 ATTCTAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTA
129 ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTA
* * * * ** *
16348 AAATCAGTTATT-AGATTACAAAACCATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTTGGAGGAATAAGAGG
1 AAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGA
* * *
16412 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATG-CTCATTTCTTGATGTTT-TTGAAGGTAGACATTC
65 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCT-TTTTCTTCACGTTTCTTG-AGGTAGACATTC
* * *
16474 AATTATAGTTTGTTTGAACCAAAAATGT-AAAACATTTAACTTA
128 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTA
* * * * * * ** * * *
16517 AAATCAATTATT-AGTTTATAAAACAATTTAAAGCAAATTATAAGGCTTCTGAAGGCTTGAGTGG
1 AAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGA
* * * * * * * * *** * *
16581 CTATAAGTGTATTTTTCATGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTCCCCAAGGCAGACATTTAA
65 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAA
* * * * *
16646 TTATAGCCTTTTCTTAACCAAAGATGTAAAAGAATGTAACTTA
130 TTATAGTCTGTT-TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTA
* * ** * * * *
16689 AAATCAATTTTGAGGTTATAAAGCCATTTAAATTGAGTAATGAGGCTTTTAAAGGAATCGGTGAC
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGAC
* * * * *
16754 TATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCACCTATCTTGAGATAAACATTCAGA
66 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCA-A
* * * * * *
16819 -TACAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTCAACTTA
130 TTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTA
* * *
16860 AAAGCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGGAGGAATGGGAGAC
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGAC
* * * * * *
16925 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCC-TTTTCTTCATGTGTC-TCATGGCAGGCTTTCAA
66 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGA-GGTAGACATTCAA
* ** * *
16988 TTATGGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAACATTCAACTTA
130 TTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTA
* * * * * ** ****
17030 AAATCAATTATT-AGCTTATAAAACCATTTAGAGCAAGTATTAAGGCTTTCGAAGGCTTAACTGA
1 AAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGA
* ** * * * * * * *
17094 CTATAAGTGGACTTGCCATGCCAATGGATGGCTTTTTCTTTACATTTCTCT-AGATAGACATTTA
65 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCT-TGAGGTAGACATTCA
* * * * * *
17158 ATTGTAATATGTTTTAACTAAAAAT-TAAAAAAAATTGAACCTA
129 ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTTAACTTA
17201 AAATCAATTTT
1 AAATCAATTTT
17212 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1854, Mismatches: 455, Indels: 240
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 14 0.01
168 109 0.06
169 146 0.08
170 408 0.22
171 622 0.34
172 367 0.20
173 14 0.01
174 8 0.00
175 2 0.00
176 8 0.00
177 8 0.00
178 3 0.00
179 8 0.00
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181 7 0.00
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183 9 0.00
184 3 0.00
185 3 0.00
187 3 0.00
188 7 0.00
189 2 0.00
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191 9 0.00
193 5 0.00
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199 7 0.00
200 7 0.00
201 3 0.00
202 5 0.00
203 17 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGAC
TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAAT
TATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTA
Found at i:17205 original size:512 final size:510
Alignment explanation
Indices: 14751--17211 Score: 2046
Period size: 512 Copynumber: 4.7 Consensus size: 510
14741 TTATTGCCTT
* * * * *
14751 TTTTAACCAAAAATTTTTGAAAAATTCAACGTAAAATCAATTTTG-GCATTGTAAAACCATTTAA
1 TTTTAACCAAAAA--TGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAA
** * * * *
14815 ATTGAGTAATAAAGCATTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTT-TCTACTAATGAATGG
63 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAAT-G
* ** * * *
14879 CTTTTTCTTCACATTTTATGAGACAGACATTAAATTATAGTTTGTTTTAAAGAAGAATGTAAAAT
126 CCTTTTCTTCATGTTTCATG-GACAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAAA-AAAAATGTAAAAT
* * * *
14944 AATGCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAG
189 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGT-ATAAGGCTTTCGAAG
* * * *
15009 GAATGAGTGACTATAATTGGAC-TTTCTTTGTCAATGAAT-GCCTTTT-TTTATGTTTCT-TGAG
253 GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTCTGAG
* * * ** *
15070 ATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTGAAAATT-AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTT
317 ATAGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTT
*
15134 GAGGTTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
382 GAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* * *
15199 TTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTTTCTTCCCCTAT-CTCGAGATAGACATTCAACTACAATCTA
447 TTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACCTATGCTTGAGATAAACATTCAACTACAATCTA
*
15262 TTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAG
1 TTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
15327 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GATAAACTATAAATGGACTTTTTTTCCCAAGGAATGCTT
65 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCT
* * * * *
15391 TTTTTTCATGTTTCTTGAGACAGGCATTCAATTATAGTTTGGTTTAAAGAAAAATGTAAAATAAA
129 TTTCTTCATGTTTCATG-GACAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAAA-AAAAATGTAAAATAAT
* *
15456 TCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTGATAAGGCTTTCAAAGGAA
192 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGT-ATAAGGCTTTCGAAGGAA
* * * * * *
15521 TGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCGTTAGGTTTCT-TGAGGCA-
256 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTCTGA-G-AT
* *
15584 AG-C-TTTCAATTATGGTCTGTTTTAACCAAAAA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
319 AGACATTT-AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATTA-AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATT-T
* * ** ** * * *** *
15646 T-AGCTTATAAAACTATTTGGAGCAAATAATAAGGCTTTTGAAGTCTTGAGTGACTATAAATGGA
381 TGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * *
15710 CTTGTCATGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTCTCGATGAATGGCTTTTGCTACATGTTTTT
446 CTTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA----C-C--T--AT-GC--TTG----A-G-----
* * * *
15775 TAGACAAGCATTCAATTATAATCTG
489 -ATA-AA-CATTCAACTACAATCTA
** * * * *
15800 TTTTGTCCAAAAATGTAAAAAGAATTTAAATTAAAATCAATTTGGAGATTATAGAACCCTTTAAA
1 TTTTAACCAAAAATGT-AAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * **
15865 GTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-GGATGGCTGA-AAATAGACTTTTCTTGGAAATGAATGC
64 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA-GACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC
* * * * * *
15928 CATTTTCTTCACT-TTTCTTTAGGTA-A-ACCTTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
127 C-TTTTCTTCA-TGTTTC-AT-GG-ACAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAA-AAAAAATGTAA
* * * * * *
15990 AACAAATTCAACTTAAAATCAGTTACGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTT
186 AA-TAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGT-ATAAGGCTTTC
* * * * * * ** *
16055 GAAGGAATGGGAGACTAGAAATGGACTTTTCTTTCAAATGAATGGCATTTTCTACATGTTTC-CT
249 GAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTCT
* * * * * * * * *
16119 AAGGTAGGCATTCAATTTTAGTCTGTTTTAA-CAAAAACTGCAAAAAAAATTTAACCTAAAATTA
314 GAGATAGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAA-T-TAAAAAAAATTGAACTTAAAATCA
** * * *
16183 ATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAA
377 ATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * * ** * * ** *
16248 TGGACCTTTCTTCCAAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCCTATG-G-TAGGCATTCAA-TTCT
442 TGGACTTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACCTATGCT-TGAGATAAACATTCAACTAC-
*
16310 AGTCTA
505 AATCTA
* * * * *
16316 TTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAGTTATT-AGATTACAAAACCATTTAAG
1 TTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * *
16380 GCGAGTAATAAGGCTTTTGGAGGAATAAGAGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATGCTC
64 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-C
* * * ** * * *
16444 ATTTCTTGATGTTT-TTGAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTGAACCAAAAATGTAAAA-C
128 TTTTCTTCATGTTTCATG--GACAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAA-AAAAAATGTAAAATA
* * * * *
16507 ATTTAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACAATTTAAAGCAAATTATAAGGC-TTCTGAAG
190 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTATAAGGCTTTC-GAAG
** * * * * * * * * * ** *
16571 GCTTGAGTGGCTATAAGTGTATTTTTCATGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACG-TTCCCCAAGG
253 GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTCTGAGA
* * * * *
16635 CAGACATTTAATTATAGCCTTTTCTTAACCAAAGATGT-AAAAGAA-TGTAACTTAAAATCAATT
318 TAGACATTTAATTATAGTCTGTT-TTAACCAAAAAT-TAAAAAAAATTG-AACTTAAAATCAATT
* * * *
16698 TTGAGGTTATAAAGCCATTTAAATTGAGTAATGAGGCTTTTAAAGGAATCGGTGACTATAAATGG
380 TTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* *
16763 ACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCACCTAT-CTTGAGATAAACATTCAGA-TACAATC
445 ACTTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACCTATGCTTGAGATAAACATTCA-ACTACAATC
16826 TA
509 TA
* * * *
16828 TTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAAGCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAA
1 TTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* *
16893 CGAGTAATAAGGCTTTTGGAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTT
65 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTT
* * * *
16958 TTCTTCATGTGTCTCATGG-CAGGCTTTCAATTATGGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAA-ACA
130 TTCTTCATGT-T-TCATGGACAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAA-AAAAAATGTAAAATA-A
* * * *
17021 TTCAACTTAAAATCAATTATTAGCTTATAAAACCATTTAGAGCAAGTATTAAGGCTTTCGAAGGC
191 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA-TAAGGCTTTCGAAGGA
* * * * ** * * *
17086 TTAACTGACTATAAGTGGACTTGCCATGCCAATGGATGGCTTTTTCTTTACATTTCTCT-AGATA
255 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTCTGAGATA
* * * * *
17150 GACATTTAATTGTAATATGTTTTAACTAAAAATTAAAAAAAATTGAACCTAAAATCAATTTT
320 GACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTT
17212 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1559, Mismatches: 302, Indels: 177
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
509 152 0.10
510 99 0.06
511 66 0.04
512 509 0.33
513 138 0.09
514 61 0.04
515 84 0.05
516 32 0.02
517 1 0.00
518 1 0.00
519 1 0.00
521 2 0.00
523 1 0.00
525 3 0.00
529 1 0.00
530 2 0.00
531 2 0.00
532 1 0.00
533 1 0.00
535 1 0.00
536 2 0.00
537 1 0.00
538 29 0.02
539 90 0.06
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541 126 0.08
542 100 0.06
543 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (510 bp):
TTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
TCTTCATGTTTCATGGACAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAAAAAAAATGTAAAATAATTCAA
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGT
GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTCTGAGATAGACATT
TAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATA
AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCC
CAATGAATGCCTTTTTCTTCACCTATGCTTGAGATAAACATTCAACTACAATCTA
Found at i:18593 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 18308--19626 Score: 1069
Period size: 171 Copynumber: 7.7 Consensus size: 169
18298 GTAAAAGAAA
* * * * ** *
18308 AATGAGAGACTATGAATGGACTATTCTT-CCAAATGAATGGCTTTTTCTACACATTTCCTAAGGC
1 AATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAAT-GCCTTTTCTTCATGTTT-CTAAGGT
** * * * ** * * * *
18372 AGTTATTCAATTCTAGTATATTTTAATGAAAAGTGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAGTTATGA
63 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGA
* * *
18437 GATTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTCGAAGG
128 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* *
18479 AATGAGAGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTCGTTTCTTCATGTTTCTAGAGGTA
1 AATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-CTTTTCTTCATGTTTCTA-AGGTA
* *
18544 GACATTCAATTATAGTCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATT-A
64 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGA
* * * *
18608 -ATTTATAAAACCATTTAAAGCAAATTAGAAGGCTTAT-GAAGG
128 GA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TCGAAGG
** * * * * * * * * * * *
18650 CTTGAGTGGCTATAAGTTGACTATTCATGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTCCCCAAGGCA
1 AATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT-CTTCATGTT-TCTAAGGTA
** * * * *
18715 GATGTTCAATTATAGCCT-TTCCTTAAGC-AAAAGTGTAAAAAAATTCAACATAAAATCTATTTT
64 GACATTCAATTATAGTCTGTT--TTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTT
* ** **
18778 GAGGTTATAAAGA-CATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTAAAGG
126 GAGATTATAAA-ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * ** *
18822 AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACCTATCTCAAGGT
1 AATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATGCC-TTTTCTTCATGTTTCT-AAGGT
* ** * * * *
18887 CGACATTCAGCTACAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTTTGA
63 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGA
* * *
18952 TATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGGAGG
128 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * **
18994 AATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTCTTCATGTCTCTTGAGACAG
1 AATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTCTTCATGTTTC-TAAGGTAG
* * * *
19059 ACATTCAATTATGGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATT-AG
65 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAG
* * * *
19123 CTTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCGAAGG
129 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
** * * * * * * * * * *
19164 CTTAAGTGACTATAAATGGACTTGTCATGCCAATGGATGCCTTTTTTTTTTTACGTTTCTCTAGA
1 AATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCC---TTTTCTTCATGTTTCT-AAGG
* * * * *
19229 TAGACATTCAATTGTAATCTATTTTAACTAAAAAT-TAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTT
62 TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTT
* * * **
19293 GAGGTTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG
126 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * ** * *
19337 AATGGGCGACGATAAATGGACTTTTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTTTCACCTATCTCGAGGTA
1 AATGAGAGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTCTTCATGTTTCT-AAGGTA
** * * *
19402 GACATTCAGCTACAATCTGTTTGAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG
64 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG
********** *
19467 ATTATAANNNNNNNNNNAGCGAGTAATAATGCTTTTCG-AGG
129 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGG
* * * *
19508 AATGCGAGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAAT-AATTGCCTTTTCTTCACATTTTTC-ATGGT
1 AATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-TGCCTTTTCTT--CATGTTTCTAAGGT
* * * *
19571 AGGCTTTCAATTATTGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAAT
63 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
19627 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 911, Mismatches: 202, Indels: 71
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 217 0.24
171 320 0.35
172 201 0.22
173 149 0.16
174 22 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
AATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTCTTCATGTTTCTAAGGTAGA
CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
Found at i:19311 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 18308--19626 Score: 1138
Period size: 344 Copynumber: 3.9 Consensus size: 340
18298 GTAAAAGAAA
* * * * *
18308 AATGAGAGACTATGAATGGACTATTCTT-CCAAATGAATGGCTTTTTCTACACAT-TTC-CTAAG
1 AATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAAT-GCCTTTTCT--TCATGTTCTC-GAG
** * * * * * * *
18370 GCAGTTATTCAATTCTAGTATATTTTAATGAAAAGTGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAGTTAT
61 GCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * *
18435 GAGATTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTCGAAGGAATGAGAGGCTATAAATGGAC
126 TAGATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAC
** * *
18500 TTTTCTTGCCAATGAATG-CTCGTTTCTTCATGTTTCT-AGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTG
190 TTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTTCTTCACGTTTCTCA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* *
18563 TTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATT-AATTTATAAAACCATTTAAA
254 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAAATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
18627 GCAAATTAGAAGGCTTATGAAGG
318 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
** * * * * * * * * * *
18650 CTTGAGTGGCTATAAGTTGACTATTCATGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTCCCCAAGGCA
1 AATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT-CTTCATGTT-CTCGAGGCA
** * ** * * *
18715 GATGTTCAATTATAGCCT-TTCCTTAAGCAAAAGTGTAAAAAAATTCAACATAAAATCTATT-TT
64 GACATTCAATTATAGTCTGTT--TTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATT
* ** ** *
18778 GAGGTTATAAAGACATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
127 -AGATTATAAA-ACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * ** *
18843 TTTTCTTCGCCAATGAATGCC-TTTTTCTTCACCTATCTCAAGGTCGACATTCAGCTACAATCTG
190 TTTTCTT-GCCAATGAATGCCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* *
18907 TTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTTTGATATTATAAAACCATTTAAAG
254 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAG
*
18972 CGAGTAATAAGGCTTTTGGAGG
319 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* *
18994 AATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTCTTCATGTCTCTTGAGACAG
1 AATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTCTTCATGT-TCTCGAGGCAG
* * * *
19059 ACATTCAATTATGGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATTAGC
65 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGA
* ** * *
19124 TTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTGT
130 TTATAAAAC-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * * *
19189 CATGCCAATGGATGCCTTTTTTTTTTTACGTTTCTCTAGATAGACATTCAATTGTAATCTATTTT
194 CTTGCCAATGAATGCC-TTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * ** * *
19254 AACTAAAAAT-TAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAGCCATTTAAAGTGA
258 AACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGA
*
19318 GTAATAAGGCTTTTAAAGG
322 GTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * ** *
19337 AATGGGCGACGATAAATGGACTTTTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTTTCACCTATCTCGAGGTA
1 AATGAGAGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTCTTCATGT-TCTCGAGGCA
** * * * *
19402 GACATTCAGCTACAATCTGTTTGAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGA
64 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATT-A
********* * * * *
19466 GATTATAANNNNNNNNNNAGCGAGTAATAATGCTTTTCG-AGGAATGCGAGACTATAAATGGACT
128 GATTATAA-AACATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * **
19530 TTTCGTGCCAAT-AATTGCC--TTTTCTTCACATTTTTCATGGTAGGCTTTCAATTATTGTCTGT
191 TTTCTTGCCAATGAA-TGCCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* *
19592 TTTAACAAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAAT
255 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
19627 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 780, Mismatches: 171, Indels: 53
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 3 0.00
341 83 0.11
342 139 0.18
343 253 0.32
344 296 0.38
345 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (340 bp):
AATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTCTTCATGTTCTCGAGGCAGA
CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGAT
TATAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
TGCCAATGAATGCCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
TAAGGCTTTTGAAGG
Found at i:19453 original size:514 final size:511
Alignment explanation
Indices: 18400--19626 Score: 1532
Period size: 514 Copynumber: 2.4 Consensus size: 511
18390 TATTTTAATG
* * * * * *
18400 AAAAGTGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTACAAAACCATTTAAAACGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
18465 AAGACTTTCGAAGGAATGAGAGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTCGTTTCTTCA
66 AAGGCTTTTGGAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-CTTTTCTTCA
* * *
18530 TGTTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
130 TGTTTCTTGA-GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTA
* * * * *
18595 AAATCAATTATTAATTTATAAAACCATTTAAAGCAAATTAGAAGGCTTATGAAGGCTTGAGTGGC
193 AAATCAATTATTAACTTATAAAACCATTTAAAGCAAATAAGAAGGCTTACGAAGGCTTAAGTGAC
* * * * * **
18660 TATAAGTTGACTATTCATGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTCCCCAAGGCAGATGTTCAAT
258 TATAAATGGACTATTCATGCCAATGGATGCCTTTTGCTTCACGTTCCCCAAGACAGACATTCAAT
* * * *
18725 TATAGCCTTTCCTTAAGCAAAAGTGTAAAAAAATTCAACATAAAATCTATTTTGAGGTTATAAAG
323 TATAACCTTT-CTTAAGCAAAAATGTAAAAAAATTAAACATAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAG
* * *
18790 ACATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCGCCA
387 ACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGCGACGATAAATGGACTTTTCTTCGCCA
* * *
18855 ATGAATGCCTTTTTCTTCACCTATCTCAAGGTCGACATTCAGCTACAATCTGTTTTAACC
452 ATGAATGCCTTTTTCTTCACCTATCTCAAGGTAGACATTCAGCTACAATCTGTTTGAACA
* *
18915 AAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTTTGATATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
18980 AAGGCTTTTGGAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTCTTCAT
66 AAGGCTTTTGGAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTCTTCAT
* * * * *
19045 GTCTCTTGAGACAGACATTCAATTATGGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAA
131 GTTTCTTGAG-TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAA
* * * * *
19110 AATCAATTATTAGCTTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCTTAAGTGACT
194 AATCAATTATTAACTTATAAAACCATTTAAAGCAAATAAGAAGGCTTACGAAGGCTTAAGTGACT
** * * * * *
19175 ATAAATGGACT-TGTCATGCCAATGGATGCCTTTTTTTTTTTACGTTTCTCTAGATAGACATTCA
259 ATAAATGGACTAT-TCATGCCAATGGATGCC--TTTTGCTTCACGTTCCCCAAGACAGACATTCA
* * *
19239 ATTGTAATCTATT-TTAA-CTAAAAAT-TAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTAT
321 ATTATAACCT-TTCTTAAGC-AAAAATGT-AAAAAAATTAAACATAAAATCAATTTTGAGGTTAT
* * *
19301 AAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGCGACGATAAATGGACTTTTTTTT
383 AAAGACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGCGACGATAAATGGACTTTTCTTC
*
19366 GCCAATGAATGCCTTTTT-TTCACCTATCTCGAGGTAGACATTCAGCTACAATCTGTTTGAACA
448 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACCTATCTCAAGGTAGACATTCAGCTACAATCTGTTTGAACA
**********
19429 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAANNNNNNNNNNAGCGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
19494 AATGCTTTTCGAGGAATGCGAGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAAT-AATTGCCTTTTCTTCA
66 AAGGCTTTTGGAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-TGCCTTTTCTT--
* * * * *
19558 CATTTTTCATG-GTAGGCTTTCAATTATTGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAACAAATTCAACTT
128 CATGTTTCTTGAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAA-AAATTCAACTT
19622 AAAAT
192 AAAAT
19627 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 613, Mismatches: 87, Indels: 25
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
513 9 0.01
514 338 0.55
515 228 0.37
516 36 0.06
517 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (511 bp):
AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
AAGGCTTTTGGAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTCTTCAT
GTTTCTTGAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAA
TCAATTATTAACTTATAAAACCATTTAAAGCAAATAAGAAGGCTTACGAAGGCTTAAGTGACTAT
AAATGGACTATTCATGCCAATGGATGCCTTTTGCTTCACGTTCCCCAAGACAGACATTCAATTAT
AACCTTTCTTAAGCAAAAATGTAAAAAAATTAAACATAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAGACAT
TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGCGACGATAAATGGACTTTTCTTCGCCAATGA
ATGCCTTTTTCTTCACCTATCTCAAGGTAGACATTCAGCTACAATCTGTTTGAACA
Found at i:20656 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 20327--21422 Score: 932
Period size: 171 Copynumber: 6.4 Consensus size: 171
20317 NNNNNNGAGC
** * * *
20327 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAAAGACTATAAATGGATTTTTTTTTTCAAATGAATGGCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGA-CTTTTCTTTCAAATGAATGCCTT
* * ** * * * * *
20392 TTACTGA-ATGTTTATCGAGACAAGTATTTAATTATAATCTATTTTTTAACAAAAAATGTAAAAA
65 TTTCT-ACACGTTCCTCGAGACAAGCATTCAATTATAATC--TGTTTTAACTAAAAATATAAAAA
* * * *
20456 GAATTCAAATTAAAATGAATTTGGAGATTATAAAACTATTTAAACT
127 -AATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
** *
20502 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGA-TCATAAACAGACTTTTCTTTCCAATGAATAG-CT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACT-ATAAATGGACTTTTCTTTCAAATGAAT-GCCT
** * *
20565 TTTTCTACACGTTCCT-GAGACAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTGTCTAACAATGTAAAAAGA
64 TTTTCTACACGTTCCTCGAGACAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAA-A
*
20629 ATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCCTTTAAAGT
128 ATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * ** ** *
20673 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGGGTGCAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGCCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTTCAAATGAATGCCTTT
*** * * * * *
20738 TTCTTTGCCTTTCTCGAGA-TAGACCTTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAT
66 TTCTACACGTTCCTCGAGACAAG-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAT
* ** *
20802 TCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCTTTTAAAGT
130 TCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
**** * * **
20844 GAGTAAT-AGGACTTTTGAAGGAAAAACAGACTATAAATGGACTTTGCTTTCAAATGAATGGCGC
1 GAGTAATAAGG-CTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTTCAAATGAATGCCTT
* * * * * *
20908 TTGCTACATGTTTCC-CAAGGC-AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAA
65 TTTCTACACG-TTCCTCGAGACAAG-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAA
** * *
20971 A---AACCTAAAATCAATTTTTTAGATTATAAAACCATTTAAATT
128 ATTCAAATTAAAATCAA-TTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * *
21013 GAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATAGAGTTTT-TTTGCTAATGAATGCCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTT-CAAATGAATGCCTT
* * * * * * * *
21077 TTTCTTCATGTTTCC-CGAGGCAAGCATTAAATTATAGTTTATTTTAA-TAAAAAATATAAAATA
65 TTTCTACACG-TTCCTCGAGACAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAA
* * ** * *
21140 ATTCAACTTAAAATAAATAATGGGATTATAAAACCATTTAAAGC
128 ATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * * * * *
21184 GAGTGACAAGACTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAATTGGACTTTTCTTATC-AATAAATGCCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-TCAAATGAATGCCTT
* * * * * *
21248 TTTCTTCACATTTCTCGAGATAAACATTCAATTATAATCCG-TTTAACTAAAAAGTA-AAAAAAA
65 TTTCTACACGTTCCTCGAGACAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA-TATAAAAAAA
* *
21311 TT-AAACTTAAAATCAATTTTAAGAATATAAAACCATTTAAAGT
129 TTCAAA-TTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * * ** * *
21354 AAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGAATATAAATGGACTTCCCTTCCCAATGAATGCCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTTCAAATGAATGCCTTT
21419 TTCT
66 TTCT
21423 TCTCGTTTCT
Statistics
Matches: 741, Mismatches: 155, Indels: 55
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 15 0.02
169 121 0.16
170 113 0.15
171 351 0.47
172 54 0.07
173 23 0.03
174 28 0.04
175 36 0.05
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTTCAAATGAATGCCTTT
TTCTACACGTTCCTCGAGACAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATT
CAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
Found at i:21112 original size:340 final size:337
Alignment explanation
Indices: 20327--21432 Score: 1026
Period size: 340 Copynumber: 3.2 Consensus size: 337
20317 NNNNNNGAGC
* ** * * * *
20327 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAAAGACTATAAATGGATTTTTTTTTTCAAATGAATGGCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGAGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCAAATGAATGCCTT
* ** * * * * *
20392 TTACTGAATGTTTATCGAGACAAGTATTTAATTATAATCTATTTTTTAACAAAAAATGTAAAAAG
65 TTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAGCATTAAATTATAATCTA--TTTTAACAAAAAATATAAAAA-
* * ** *
20457 AATTCAAATTAAAATGAATTTGGAGATTATAAAA-CTATTTAAACTGAGTAATAAGG-CTTTTGA
127 AATTCAACTTAAAATAAATTACGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGTGAGTAAT-AGGACTTTTGA
* ** * *
20520 AGGAATGGGAGA-TCATAAACAGACTTTTCTTTCCAATGAATAGCTTTTTCTACACG-TTCCTGA
190 AGGAATGAGAGACT-ATAAATGGACTTTTCTTT-CAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCCCGA
** * * * *
20583 GACAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTGTCTAACAATGTAAAAAGAATTCAAATTAAAATCAATT
253 GACAA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAA-AA---AACTTAAAATCAATT
* *
20648 TTGAGATTATAAAACCCTTTAAAGT
313 TTAAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* ** **
20673 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGGGTGCAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGCCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGCCTTT
* * * *
20738 TTCTT--TGCCTTTCTCGA-G-ATAGACCTTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA
66 TTCTTCATG--TTTCTCGAGGCA-AG-CATTAAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAA
*
20799 AATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAGGACTTTTGAAG
127 AATTCAACTTAAAATAAATTACGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAGGACTTTTGAAG
** * * ** * * * *
20864 GAAAAACAGACTATAAATGGACTTTGCTTTCAAATGAATGGCGCTTGCTACATGTTTCCCAAGGC
192 GAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTTC-AATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCCCGAGAC
* * *
20929 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAAACCTAAAATCAATTTTTTAGA
256 A-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAAACTTAAAATCAA-TTTTAAGA
*
20994 TTATAAAACCATTTAAATT
319 TTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * * * *
21013 GAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATAGAGTTTTTTTGCTAATGAATGCCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGCCTTT
* * * * *
21078 TTCTTCATGTTTCCCGAGGCAAGCATTAAATTATAGTTTATTTTAATAAAAAATATAAAATAATT
66 TTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAGCATTAAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATT
* * * * * * * * *
21143 CAACTTAAAATAAATAATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGACAAGACTTTTGAAAGAAT
131 CAACTTAAAATAAATTACGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAGGACTTTTGAAGGAAT
* * * * * * * *
21208 GAGTGACTATAATTGGACTTTTCTTATCAATAAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGATAAAC
196 GAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-TCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCCCGAGA-CAAC
* * * *
21273 ATTCAATTATAATCCG-TTTAACTAAAAAGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGAAT
259 ATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAAATATAAAAAA--AAACTTAAAATCAATTTTAAGATT
21337 ATAAAACCATTTAAAGT
321 ATAAAACCATTTAAAGT
* * * * ** * *
21354 AAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGAATATAAATGGACTTCCCTTCCCAATGAATGCCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGCCTTT
21419 TTCTTC-TCGTTTCT
66 TTCTTCAT-GTTTCT
21433 TGATGTAAAA
Statistics
Matches: 614, Mismatches: 125, Indels: 47
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 17 0.03
340 248 0.40
341 96 0.16
342 109 0.18
343 65 0.11
344 3 0.00
345 43 0.07
346 33 0.05
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (337 bp):
GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGCCTTT
TTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAGCATTAAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATT
CAACTTAAAATAAATTACGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAGGACTTTTGAAGGAAT
GAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTTCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCCCGAGACAACAT
TCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAAACTTAAAATCAATTTTAAGATTATAAA
ACCATTTAAAGT
Found at i:21453 original size:135 final size:135
Alignment explanation
Indices: 21304--21567 Score: 372
Period size: 135 Copynumber: 2.0 Consensus size: 135
21294 CTAAAAAGTA
21304 AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGAATATAAAACCATTTAAAGT-AAGTAATAAGGCTT
1 AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAA-TAATAAGGCTT
* * *
21368 TT-AAAGGTATGGGTGAATATAAATGGACTTCCCTTCCCAATGAATGCCTTTTTCTTC-TCGTTT
65 TTGAAA-GAATGAGTGAATATAAATGGACTTCCCTTCCCAATGAATACCTTTTTCTTCAT-GTTT
21431 CTTGATGT
128 CTTGATGT
* * * *
21439 AAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTTTGAGACTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTT
* ** * *
21504 TGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCACTGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCT
66 TGAAAGAATGAGTGAATATAAATGGACTTCCCTTCCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCT
21568 CAAGGTAGAC
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 12, Indels: 6
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
135 108 0.95
136 6 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (135 bp):
AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTT
TGAAAGAATGAGTGAATATAAATGGACTTCCCTTCCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTT
GATGT
Found at i:21727 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 21435--22235 Score: 813
Period size: 171 Copynumber: 4.7 Consensus size: 168
21425 TCGTTTCTTG
* * *
21435 ATGTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTTTGAGACTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGG
1 ATGTAAAAAAATTCAA-TTAAAATCAA-TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * ** *
21500 CTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCACTGAATACCTTTTTCTTCATGTT
64 CTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTT
** * * *
21565 TCTCAAG-GTAGACATTCAATTCTAAT-TTTTTCTTACCAAAA
129 TCT-AAGACAAG-CATTCAATTATAATCTGTTT-TAACCAAAA
* * * **
21606 ATGTAAAAAAATTCAATGTAAAATCAATTATGAGATTAGAGAACCATTTAGAGTGAGTAATAAAC
1 ATGTAAAAAAATTCAAT-TAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * *
21671 CTTTTTAAGAAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTTCAAATGAATGGCTTTTTCTACACGTT
64 CTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTT
*
21736 TCTCAAGACAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
129 TCT-AAGACAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* * *
21777 ATATAAAAGGAATTCAAATTAAAATCAATTTGGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAG
1 ATGTAAAA-AAATTC-AATTAAAATCAATTT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * ** * *
21842 GCTTTTGAAGGAATGGGAGACCATAAATTCACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTAT-ACG
63 GCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCT-TCACG
* * **
21906 TTCCTGAGACAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTGTCCAAAA
127 TTTCTAAGACAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* * * * *
21948 ATCTTAAAAAAATTTAAATTAAAATCAATTTAAAGAATATAAAACCCTTTAAAGTGAGTAATAAG
1 AT-GTAAAAAAA-TTCAATTAAAATCAATTT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * * * *
22013 GCTTTTAAAGGAATGGGTGGCTGA-AAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGCCTTTTTCTTCACT
63 GCTTTTGAAGGAATGAGAGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCACG
** * *
22077 TTTCT-AGAGGTAGACCTTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAA
127 TTTCTAAGA-CAAG-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* * * **
22120 ATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATAAATTACGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCAAGTAATAAGG
1 ATGTAAAAAAATTCAA-TTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * *
22185 CTTTTCAAGGAAT-AGGAGACTATAAATAGATTTTTCTTTCAAATGAATGGC
64 CTTTTGAAGGAATGA-GAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGGC
22236 ATTTGCTATA
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TAAGACAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
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21428 TTTCTTGATG
* * * * *
21438 TAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTTTGAGACTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTT
1 TAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTCGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * ** * *
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** * * *
21567 TCAAGGTAGACATTCAATTCTAATTTTTTCTTACCAAAAATGTAAAAAAA-TTCAATGTAAAATC
130 TCAAGCAAGACATTCAATTATAATTTTTTCGTACCAAAAATGTAAAAAAATTTAAAT-TAAAATC
* * * * *
21631 AA-TTATGAGATTAGAGAACCATTTAGAGTGAGTAATAAACCTTTTTAAGAAATGAGAGACT-AT
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* *
21694 AAATGGACTTTTCTTTCAAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTCAAGA-CAAG-CATTCAATT
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*
21757 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATA
320 ATAATCTGTTTTAACAAAAAATA
* * *
21780 TAAAAGGAATTCAAATTAAAATCAATTTGGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
1 TAAAA-AAATTCAAATTAAAATCAATTTCGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* **
21845 TTTGAAGGAATGGGAGACCATAAATTCACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTATACGTTCC
65 TTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTATACGTTCC
* *
21910 T-GAGACAAG-CATTCAATTATAATCTGTTTT-GT-CCAAAAATCTTAAAAAAATTTAAATTAAA
130 TCAAG-CAAGACATTCAATTATAAT-T-TTTTCGTACCAAAAAT-GTAAAAAAATTTAAATTAAA
* * ** * * * *
21971 ATCAATTTAAAGAATATAAAACCCTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGGCTG
191 ATCAATTTAAAGAATAGAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAACCTTTTAAAGAAATGAGAGACTG
* * ** *
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256 AAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGCCTTTTTCTACACTTTTCAAGAGCAAGACATTCAATTA
*
22101 TAATCTGTTTTAACAAAAAATG
321 TAATCTGTTTTAACAAAAAATA
* * * * **
22123 TAAAAAAATTCAATTTAAAATAAATTACGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
1 TAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTCGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * *
22188 TTCAAGGAATAGGAGACTATAAATAGATTTTTCTTTCAAATGAATGGCATTTGCTATA
66 TTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTATA
22246 TCTTTACNNN
Statistics
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TAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTCGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
TTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTATACGTTCCT
CAAGCAAGACATTCAATTATAATTTTTTCGTACCAAAAATGTAAAAAAATTTAAATTAAAATCAA
TTTAAAGAATAGAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAACCTTTTAAAGAAATGAGAGACTGAAAAT
GGACTTTTCTTGCAAATGAATGCCTTTTTCTACACTTTTCAAGAGCAAGACATTCAATTATAATC
TGTTTTAACAAAAAATA
Found at i:24149 original size:171 final size:170
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Period size: 171 Copynumber: 4.5 Consensus size: 170
23563 NNNNNNNNNN
* * ** * * *
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* ** * * * * ** * ** *
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* * * * * * *
23702 TCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAAATCAACTTAAAATTA
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* * * *
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*
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* * * * *
23875 ATGTTTAAATCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
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* * * * * *
23916 GTTATTAGATTACAAAAGCATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTTGGAGTAATAAAAGGCTATAAA
1 ATTATTAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGGAGGAATGAAAGGCTATAAA
* * * *
23981 TGAAGTTTTCTTGCTGATGAATGCTCGTTTCTTCATGTTTTTTAAGGTAGACATTCAATTATAGT
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*
24046 TTGTCTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
130 TTGTCTAAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * * * ** ** ** *
24087 ATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAATTAGAAGGCTTCTAAAGGCTTGAGTGGCTATAAT
1 ATTATTAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGGAGGAATGAAAGGCTATAAA
* * * * * ** **
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* * * * * *
24216 CCTTT-TCTTAACCAAAAATGTAAAACAATGCTATTTAAAATGA
129 --TTTGTCTAAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * ** ** *** *
24259 ATT-TTGTGGTTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGCGACTATAA
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*
24323 ATAGACTTTTCTTGC
65 ATGGACTTTTCTTGC
24338 CAATNNNNNN
Statistics
Matches: 480, Mismatches: 105, Indels: 16
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.16, T:0.35
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TGTCTAAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
Found at i:27235 original size:171 final size:169
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26930 CACGTTCTTG
* * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * ** * * * *
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** * * *
27346 CTACAAAAAAAATTTAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
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*
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* * * *
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* * ** * **
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* * * * *
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* * ** * * *
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* *** * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * *
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63 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * *
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128 CTTTTGAA-GGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAA
* * * * * * * * * * *
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* * * *
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64 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * * * * *
28093 CTTTGGAGGAATGGAAGACGATAAATGAACTTTTCTT-CTCA
129 TTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-AA
** * * * * * * **
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1 ATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC--CAAGTAGA-CATTCAATTATAGTCTAT-TTTAACCAAA
* ** * * *
28197 AATGTAAAATAATTCAACTTAAAAAAAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTGATAAG
62 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
** *
28262 GCTTTTGAAGGAATGGTTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTC-A
127 GCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAA
* * * * * * * *
28305 ATGAAT-GCCTTTTCTTCACGTTTCTTAGGACAGGCTTTCAATTAT-GATCCATTTTAACTAAAA
1 ATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-CAAG-TAGACATTCAATTATAG-TCTATTTTAACCAAAA
* ** * * * * **
28368 ATGTAAACAAATTCAACTTGCAGTTAATTATTAGATTATAAAACCATTTAGAGCAAGTAATAAGG
63 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
** * *** * *
28433 CTTTCAAAGG-CTTAAATGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCA
128 CTTTTGAAGGAATGGGA-GACTATAAATGGACTTTTCTTGCAA
* * * * *
28475 TTGGATGGCTTTTGCTTCAC-TTTCCCAA-T-GA-ATGGC--TT-T-TTCTACATGTTT--CC--
1 ATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-CCAAGTAGACAT-TCAATTATAGTCT--AT-TTTAACCAA
* * ** * * * * ** * *
28528 TAA-G-ACAAGCATTCAA-TTATAATCTATTTTGTCCAAAAATGTA-AAAAGAATTCAAATTAGA
61 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-----AGAT-TATAAAACCATTTAAAGT-GA
* * * * ********** * * *** *
28589 ATCAATTTAGAGATTAT-AANNNNNNNNNNAGTGAGTAATAAGG-CTTTTAAAG-GA
119 GT-AA-TAAG-GCTTTTGAAGGAATGGGAGACT-A-TAA-ATGGACTTTTCTTGCAA
** **** * * * * * * ** * * ** * *
28643 ATGGGTGGCTGAAAAC-TGACTTTTCTTGCAAAT-GA-ATGC-CTTTTTCTTTACCTTTCTCGAG
1 ATGAATGGCT-TTTTCTTCACGTTTC---CAAGTAGACATTCAATTATAGTCTA-TTTTAACCAA
* **** * ** * * *
28704 ATA-G-ACCTTTAATTGCAATCTGTTTTAACTAA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
61 AAATGTA-AAAAAATT-CAA-C----TTAA--AATCAAT-T-ATGAGATT--A--TAAAACCATT
* * * ** * * * *
28766 T-ACGAGA-TTATAAAACTTTTTAAATCGAGTAAT--AAGGCTTTTGAAGGAATTGGAGACTACA
111 TAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAA--G-G-AATGGGAGAC-TAT--A--AA-T-G-GACT---
*
28827 AATGGACTTTTCTGTCAA
160 --T----TTCT-TG-CAA
* * * * *
28845 ATGAATGGCATTTTCTACATGTTTCCCAAGGTAG----GC-ATT-T-G----TTTTAACAAAAAA
1 ATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-CCAA-GTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAA
* *
28899 TGTAAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGG
64 TGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * *
28964 CTTTTAAAGGAATAGGAGATTATAAATAGACTTTTCTTTCAA
128 CTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAA
* * * * *
29006 ATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCACAAGGCA-AGCATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACAAAAA
1 ATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-CAA-GTAGA-CATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAA
* * * * **********
29070 AAGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGNNNNNNNNNNGG
63 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * *
29135 CTTTTGGAGGAGTGAGAGGCTATAAAT-G--TTTGC-TG---
128 CTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAA
* * * * * * *
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********** * * * ** * * *
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* ** ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
29470 GGTTTT-AATGGAATGGGTAGTC-ATAAATGAACTTTTCTTATC-A
127 GCTTTTGAA-GGAATGGG-AGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCAA
** * * * * *
29513 ATGAA-CCCTTTTGTCTTCACCTATCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
1 ATGAATGGCTTTT-TCTTCACGT-T-TCCAAGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAA
* * * * **
29577 ATGTAAAAAAGTTCACCTTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGG
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* ** * ** *
29642 CTTTCGAAGGAATGAAAGACTATAAATGGATTTTTCTCCCTA
128 CTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAA
* ** ** * * * *
29684 ATAAATGGCTTTTTCTAT-ATATTTCTTGAGATAGGCAGTCAATTATAATCTGTTTT-ACC----
1 ATGAATGGCTTTTTCT-TCACGTTTC-CAAG-TAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAA
* * * * * *
29743 ------AAAAATTGAACTTAAACTCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAACG
63 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* *
29802 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
128 CTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAA
* * * * * * * *
29844 ATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGGCTTTCAATTGTGGTCTATTTTAACCAAAAA
1 ATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC--CAAGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAA
* * * * * * * * *
29909 TGTAAAACAATTTAACTTAAAATAAACTATTAGTTTATAAAACTATTTAGAGTAAGTAATAAGGC
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* ** ** * * *
29974 TTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCA
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* * * * * * * * *
30015 ATGGATGGCTTTTGCTTCACGGTCCCTAAGGCAAACATTCAATTATTA-CCTCTTTTAACAAAAA
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* * * * * *
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62 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * *** * *
30144 GCCTTTAAAAGAATAAAAGACTATAAATGGACTTTTGTTGCCA
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** * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * ** *
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126 GGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAA
* * * * * * *
30531 ATGAAT-GCTTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAGACTTTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAA
1 ATGAATGGC-TTTTTCTTCACGTTTC--CAAGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAA
* * * ***
30595 ATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATTG-GCTTATAAAACCATTTAGACCAAGTAATAAG
63 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
** ** * * *
30659 GCTTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCA
127 GCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAA
* * * * * * * *
30702 ATGGATGACTTTTAT-TTCA-TTTTCCCTAAGTCAAACTTTCAATTATAGCCTCTTTTAACAAAA
1 ATGAATGGCTTTT-TCTTCACGTTT-CC-AAGT-AGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAA
* * * * * * *
30765 AATTTAAAAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTTTAACATTATAAAACTATTTATAGTGAGTAATA
62 AATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * *
30830 AGGCTTTCGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTTTTGCTA
125 AGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAA
* * * * * * **
30875 ATGAATGCCTTTTT-TTGCACGTTTCTTGAGGCA-AGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAA
1 ATGAATGGCTTTTTCTT-CACGTTTC--CAAGTAGA-CATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAA
* * * * *
30938 AATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAATGATAAG
62 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* *
31003 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGGC-A
127 GCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCAA
* * * * * * * **
31046 ATGAAT-GCTTTTTCCTTCAAGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTCATAAAAA
1 ATGAATGGCTTTTT-CTTCACGTTTC--CAAGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAA
* ** * * *
31110 ATTTAAAAAACATTTGGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTGATAA
63 ATGTAAAAAA-A-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
*
31175 GGCTTTTGAAGGAAT-GGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
126 GGCTTTTGAAGGAATGGGA-GACTATAAATGGACTTTTCTTGCAA
* * * * ** * * * * * **
31219 TTGAATGCCTTGTTCTTCATGCTTCTTGAGGTAGACATTGAATTATAATCTGTTTTAACTAAANN
1 ATGAATGGCTTTTTCTTCACG-TT-TCCAAGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAA
******** * * * * * *
31284 NNNNNNNNAATTGAACTTAAAATCAATTTTGGGAGTATATAATCATTTAAAGTGAGTAAT-AGTG
64 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-G
* * ********** *
31348 CTTTTAAAGGAATGAGAGACTATANNNNNNNNNNTCTTGCCA
128 CTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAA
* * * ** * *
31390 ATGAAT-ACTTTTTTCTACATGTTTCCCAAGGCGGGCATTCAATTATAAGATGT-TTTTATA--A
1 ATGAATGGC-TTTTTCTTCACGTTT-CCAA-GTAGACATTCAATTAT-AG-TCTATTTTA-ACCA
* * * * *
31451 AAAATGTAAAGAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTA-AAGAACCATTTAATGCGAGTAAT
60 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA-AACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * * * *
31515 AAGGCTTTCGAAGAAATGCGAGACTATAAATGCACTTTT-TTCCCCA
124 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCAA
* * ** * * * * *
31561 ATGAATGGCTTTTT-TTACATGATT-CTTGTGACAGAGATTCAATTATAATCTGTTTTAGCCTAA
1 ATGAATGGCTTTTTCTT-CACGTTTCCAAGT---AGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAA
* * * ** *
31624 AATGTTAAAAAAAGAATATTAAACTTGAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTGTAGCGAGT
62 AATG-T---AAAA-AA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
* * * * *
31689 GATAAGGCTTTTGAAGTAAGGGGTGACTATAAATGGACTTGTCTTGTC-A
121 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAA
* * * * * * * * *
31738 ACGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACTTTCAATTATAGTTTGTTTTAA-TAGAAA
1 ATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC--CAAGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCA-AAA
* * * **
31802 ATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATTG-GTTTATAAAACCATTTAGAGCAAGTAATAAG
63 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
31866 GCTTTTGAAGG
127 GCTTTTGAAGG
31877 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3574, Mismatches: 930, Indels: 524
0.71 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
159 9 0.00
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
ATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCAAGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATG
TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
TTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAA
Found at i:30548 original size:344 final size:344
Alignment explanation
Indices: 28882--31876 Score: 1840
Period size: 344 Copynumber: 8.8 Consensus size: 344
28872 AAGGTAGGCA
* * *
28882 TTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
1 TTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* ** * * * * * * *
28947 TAAAGTGAA-TAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGAGATTATAAATAGACTTTTCTTTCAAATGAA
65 TAAAG-CAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAA
* * * * ** * *
29011 TGGCTTTT-TCTACACGTTTCAC-AAGGCAAGCATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACAAAAAAAGT
129 TGGCTTTTAT-TTCATGTTTC-CTAAGGCAAACATTCAATTATAACCTCTTTTAAC-AAAAAATT
* * * * **********
29074 T---AAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGNNNNNNNNNNGGC
191 TAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * * * * * * * * *
29136 TTTTGGAGGAGTGAGAGGCTATAAAT-G--TTTGC-TG---ATGAACG-CTTGTTTCTTTATGTT
256 TTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTT-TTTCTTCACGTT
** ** *
29193 TCTCAAGGTGGACATTCATTTATAG
320 TCTTGAGGCAGACATTCAATTATAG
* * ********** * * *
29218 TCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAANNNNNNNNNNAAATCAATTATTAGTTTATAAAATCATTT
1 TTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * ** * * *
29283 AAAGCAAATTAGAAGGC-TTCTGAAGGTTTAAGTGGCTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGGAT
66 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAAT
** * * * * *
29347 GGCTTTTCCTTCACGTTCCCTAAGGCAAACACTCAATTATAGCCT-TTTTGAAACCAAAAATGTT
130 GGCTTTTATTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAACCTCTTTT--AACAAAAAAT-TT
* * * * *
29411 ---AAAACA-TGCAACTTAAAATCAATTTTCAGGTTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGG
192 AAAAAAAAATTG-AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * * ** * *
29472 TTT-TAATGGAATGGGT-AGTCATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAA-CCCTTTTGTCTTCACC
256 TTTCGAA-GGAATGGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT-TCTTCACG
* * * *
29534 TATCTCGAGGTAGACATTCAATTATAA
318 TTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAG
* * * *
29561 TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAGTTC-ACCTTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATT
1 TTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * * *
29625 TAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAA-AGACTATAAATGGATTTTTC-TCCCTAATAA
65 TAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAAT-AAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCC-AATGA
* * * ** ** * *
29688 ATGGCTTTT-TCTAT-ATATTTCTTGAGATAGGCAGTCAATTATAA--TC-TGT---------TT
128 ATGGCTTTTAT-T-TCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAACCTCTTTTAACAAAAAATT
** * * * *
29739 T-ACCAAAAATTGAACTTAAACTCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAACGC
191 TAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
*
29803 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTT
256 TTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTT
* * * *
29868 CTTGAGGCAGGCTTTCAATTGTGG
321 CTTGAGGCAGACATTCAATTATAG
* * * * * * * * * *
29892 TCTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATAAACTATTAGTTTATAAAACTATTT
1 TTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * ** * *
29957 AGAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGGATG
66 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAATG
** * * * *
30022 GCTTTTGCTTCACGGTCCCTAAGGCAAACATTCAATTATTACCTCTTTTAACAAAAAAATTT--A
131 GCTTTTATTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAACCTCTTTTAAC-AAAAAATTTAAA
* * * * *
30085 AAAAAATTCAACTTGAAATCACTTTTGACATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTT
195 AAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-CTTT
* * **** * * * *
30150 -AAAAGAATAAAAGACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCT
259 CGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTT
* * *
30214 AATGC-GAACATTCAATTATAA
324 GAGGCAG-ACATTCAATTATAG
* * * * *
30235 TATGTTCTT-ATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTAGAGAACCATT
1 TTTGTT-TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
** * * * *
30299 TAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCATCCCAATGAAT
65 TAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAAT
* * * * * * ** *
30364 GGCTTTT-TTTTATGATTCCTAAGACAAAGATTCAATTATAATCTATTTTAACCTAAAATGTAAA
130 GGCTTTTATTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAACCTCTTTTAACAAAAAAT-TTAA
* * * *
30428 AAAAAAATTGAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGTGAGTGATAAGGCTTT
194 AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * * ** * *
30493 CGAAGTAAGGGGTGACTATAAATAGACTTGCCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTT
259 CGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTT
*
30558 GAGGCAGACTTTCAATTATAG
324 GAGGCAGACATTCAATTATAG
* * *
30579 TTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATTG-GCTTATAAAACCATT
1 TTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATT
* * * ** *
30643 TAGACCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGGAT
65 TAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAAT
* * * *
30708 GACTTTTATTTCAT-TTTCCCTAAGTCAAACTTTCAATTATAGCCTCTTTTAACAAAAAATTTAA
130 GGCTTTTATTTCATGTTT-CCTAAGGCAAACATTCAATTATAACCTCTTTTAACAAAAAATTTAA
* * * * * *
30772 AAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTTTAACATTATAAAACTATTTATAGTGAGTAATAAGGCTTT
194 AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * * *
30837 CGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTTTTGCTAATGAATGCCTTTTT-TTGCACGTTTCT
259 CGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT-CACGTTTCT
30901 TGAGGCA-AGCATTCAATTATAG
323 TGAGGCAGA-CATTCAATTATAG
** *
30923 TTTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATT
1 TTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * ** * * *
30987 TAAAGCGAA-TGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGGCAATGAA
65 TAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAA
* * * * * * * * * *
31051 T-GCTTTT-TCCTTCAAGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTCATAAAAAATTT
129 TGGCTTTTAT--TTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAACCTCTTTTAACAAAAAATTT
* * * * * * *
31114 AAAAAACATTTGGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCT
192 AAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * * * * *
31179 TTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCATTGAATGCCTTGTTCTTCATGCTTC
257 TTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTC
* * *
31244 TTGAGGTAGACATTGAATTATAA
322 TTGAGGCAGACATTCAATTATAG
* * ********** * * * * * * *
31267 TCTGTTTTAACTAAANNNNNNNNNNAATTGAACTTAAAATCAATTTTGGGAGTATATAATCATTT
1 TTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
** ** * * ********** *
31332 AAAGTGAGTAAT-AGTGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTATANNNNNNNNNNTCTTGCCAATGAAT
66 AAAGCAAGTAATAAG-GCTTTCGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAAT
* * *** ** * * * *
31396 -ACTTTT-TTCTACATGTTTCCCAAGGCGGGCATTCAATTATAAGATGTTTTTATAAAAAATGT-
130 GGCTTTTATT-T-CATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAACCTCTTTTAACAAAAAATTTA
* * * * * * *
31458 -AAAGAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTA-AAGAACCATTTAATGCGAGTAATAAGGCT
193 AAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAA-AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * * * * * * *
31521 TTCGAAGAAATGCGAGACTATAAATGCACTTTT-TTCCCCAATGAATGGCTTTTT-TTACATGAT
257 TTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATGCCTTTTTCTT-CACGTT
* * * *
31584 TCTTGTGACAGAGATTCAATTATAA
320 TCTTGAGGCAGACATTCAATTATAG
* * * * * * *
31609 TCTGTTTTAGCCTAAAATGTTAAAAAAAGAATATTAAACTTGAAATCAATTATTAGATTATAAAA
1 TTTGTTTTAACCAAAAATG-T---AAAA-AA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
** * * * * *** * * *
31674 CCATTTGTAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGTAAGGGGTGACTATAAATGGACTTGTCTTGTCAA
60 CCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAA
* * * * * * * *** * * *
31739 CGAATGCCTTTT-TCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACTTTCAATTATAGTTTGTTTTAATAGAAAA
125 TGAATGGCTTTTAT-TTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAACCTCTTTTAACAAAAAA
* * * * * **
31803 TGT--AAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATTG-GTTTATAAAACCATTTAGAGCAAGTAATAA
189 TTTAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
*
31865 GGCTTTTGAAGG
253 GGCTTTCGAAGG
31877 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2044, Mismatches: 524, Indels: 170
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
329 2 0.00
330 4 0.00
331 232 0.11
332 17 0.01
333 2 0.00
334 11 0.01
335 111 0.05
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339 4 0.00
340 1 0.00
341 14 0.01
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350 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (344 bp):
TTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
AAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAATG
GCTTTTATTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAACCTCTTTTAACAAAAAATTTAAAA
AAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGA
GGCAGACATTCAATTATAG
Found at i:31344 original size:515 final size:504
Alignment explanation
Indices: 28621--31876 Score: 2042
Period size: 515 Copynumber: 6.4 Consensus size: 504
28611 NNNNNNNAGT
* ** * *
28621 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGGCTGA-AAACT-GACTTTTCTTGCAAATGAATGCCT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAATGACT-ATAAA-TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCT
* ** * * * * **
28684 TTTTCTTTACCTTTCTCGAGATAGACCTTTAATTGCAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
64 TTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC---AAA--TAAAAAAA
** ** *
28749 TTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACTTTTTAAA-TCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
124 TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT-AAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * * *
28813 AATTG-GAGACTACAAATGGACTTTTC-TGTCAAATGAATGGCATTTTCTACATGTTTCCCAAGG
187 AA-TGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CCAATGAAT-GCCTTTTTTTCACGTTTCCTAAGG
* * * *
28876 -TAG---GC-ATT-T-G----TTTTAACAAAAAATGTAAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTAT
249 CAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * ** * * *
28930 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGAGATTATAAATAGAC
313 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GAC
* * * * *** * *
28995 TTTTCTTTCAAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCACAAGGCA-AGCATTCAATTCTAGTCTGT
377 TTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCAAGTTTCTTGAGGCAGA-CATTCAATTATAATCTGT
* * * * *
29059 TTTAACAAAAAAAGTT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTACAAAACCATTTAAAG
440 TTTCAC-AAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
*
29123 N
504 C
********* * * * * *
29124 NNNNNNNNNGGCTTTTGGAGGAGTGAGA-GGCTATAAAT-G--TTTGC-TG---ATGAACG-CTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-ATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTT
* ** * * * * *
29180 GTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTGGACATTCATTTATAGTCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAN
65 -TTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-C--AAA--TAAAAAAA
********* * * ** * * *
29245 NNNNNNNNNAAATCAATTATT-AGTTTATAAAATCATTTAAAGCAAATTAGAAGGC-TTCTGAAG
124 TTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-GAAG
** * * * * * * * *
29308 GTTTAAGTGGCTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGGATGGCTTTTCCTTCACGTTCCCTAAGGC
186 GAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT-TTTCACGTTTCCTAAGGC
* * * * * * *
29373 AAACACTCAATTATAGCCT-TTTTGAAACCAAAAATGTTAAAACATGCAACTTAAAATCAATTTT
250 AAGCATTCAATTATAGTCTATTTT--AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * *
29437 CAGGTTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTT-TAATGGAATGGGT-AGTCATAAATGA
313 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGAATGGGTGACT-ATAAATG-
** ** ** * * *
29500 ACTTTTCTTATCAATGAACCCTTTTGTCTTCACCTATCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
375 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTT-TCTTCAAGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTG
* * * * * * * * *
29565 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAGTTCACCTTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAA
439 TTTTCACAAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
29630 C
504 C
* * * * * *
29631 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAAAGACTATAAATGGATTTTTC-TCCCTAATAAATGGCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGCCTT
* * * * * *
29695 TTTCTAT-ATATTTCTTGAGATAGGCAGTCAATTATAATCTGTTTT-AC-----CAAAAATTGAA
65 TTTCT-TCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAATAAAAAAATTCAA
* * * * * *
29753 CTTAAACTCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATGGG
129 CTTAAAATCAATTTTGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAG
* * * * *
29818 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGGCTTT
193 AGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT-TTCACGTTTCCTAAGGCAAGCATT
* * * * * * * *
29883 CAATTGTGGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATAAACTATTAGTTTATA
257 CAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * ** ** ** *
29948 AAACTATTTAGAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGC
322 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGC
* * * * * * * * * * * *
30013 CAATGGATGGCTTTTGCTTCACGGTCCCTAAGGCAAACATTCAATTATTACCTCTTTTAACAAAA
386 CAATGAAT-GCTTTTTCTTCAAGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTCAC-AAA
* * * * *
30078 AAATTTAAAAAAATTCAACTTGAAATCACTTTTGACATTGTAAAACCATTTAAAGT
449 AAATTTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * *
30134 GAGTAATAAGGCCTTTAAAAGAATAAAAGACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAATACCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* * * *
30199 TTCTTCATGTTTCCTAATGCG-A-ACATTCAATTATAATATGTTCTTATCAAAAATGTAAAAAAA
66 TTCTTCATGTTTCTTGA-G-GTAGACATTCAATTATAATCTGTT-TTA--ACAAA--TAAAAAAA
* * * * *
30262 TTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTAGAGAACCATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGA
124 TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA-AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGA
* * * * * * *
30327 ATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCATCCCAATGAATGGCTTTTTTTTATGATTCCTAAGACAAA
188 ATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTTTCACGTTTCCTAAGGC-AA
* * * *
30392 G-ATTCAATTATAATCTATTTTAACCTAAAATGTAAAAAAAAAATTGAACTTGAAATCAATTATG
252 GCATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGT---AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
30456 AGATTATAAAACCATTTGAAGTGAGTGATAAGGCTTTCGAAGTAAGGGGTGACTATAAATAGACT
314 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GACT
** * * *
30521 TGCCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACA-TTTCTTGAGGCAGACTTTCAATTATAGTTTGTT
378 TTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTCTTCA-AGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * * *
30585 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATTG-GCTTATAAAACCATTTAGACC
441 TTCACAAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * *
30649 AAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-CTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGGATGACTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAA-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTT
* * * * ** *
30713 TTAT-TTCAT-TTTCCCT-AAGTCAAACTTTCAATTATAGCCTCTTTTAACAAAAAATTTAAAAA
65 TT-TCTTCATGTTT-CTTGAGGT-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC---AAA--T--AAA
* * * * *
30775 AAAATTCATCTTAAAATCAATTTTAACATTATAAAACTATTTATAGTGAGTAATAAGGCTTTCGA
120 AAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * *
30840 AGGAAT-AGGAGACTATAAATGGACTTTTTTTGCTAATGAATGCCTTTTTTTGCACGTTTCTTGA
184 AGGAATGA-GAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTTT-CACGTTTCCTAA
* * ** *
30904 GGCAAGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTA
247 GGCAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
30969 TGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAATGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGA
312 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GA
* * *
31034 CTTTTCTTGGCAATGAATGCTTTTTCCTTCAAGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGT
376 CTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTT-CTTCAAGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGT
* ** * *
31099 TTTCATAAAAAATTTAAAAAACATTTGGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAA
440 TTTCACAAAAAATTTAAAAAA-A-TTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
31164 GC
503 GC
* * * *
31166 GAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCATTGAATGCCTTG
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* * ******
31231 TTCTTCATGCTTCTTGAGGTAGACATTGAATTATAATCTGTTTTAACTAAANNNNNNNNNNAATT
66 TTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAA----TAAAAAAATT
* * * * **
31296 GAACTTAAAATCAATTTTGGGAGTATATAATCATTTAAAGTGAGTAAT-AGTGCTTTTAAAGGAA
126 CAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA-AACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-GCTTTCGAAGGAA
********** * * * **
31360 TGAGAGACTATANNNNNNNNNNTCTTGCCAATGAAT-ACTTTTTTCTACATGTTTCCCAAGGCGG
189 TGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTT-T-CACGTTTCCTAAGGCAA
* * * *
31424 GCATTCAATTATAAGATGT-TTTTATA--AAAAATGTAAAGAAATTCAACCTAAAATTAATTATG
252 GCATTCAATTAT-AG-TCTATTTTA-ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * *
31486 AGATTA-AAGAACCATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATGCGAGACTATAAATGCAC
314 AGATTATAA-AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATG-AC
* * * * * *
31550 TTTT-TTCCCCAATGAATGGCTTTTT-TTACATGATTCTTGTGACAGAGATTCAATTATAATCTG
377 TTTTCTT-GCCAATGAAT-GCTTTTTCTT-CAAGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTG
** * *
31613 TTTT-AGCCTAAAATGTTAAAAAAAGAATATTAAACTTGAAATCAATTATTAGATTATAAAACCA
439 TTTTCA-CAAAAAAT-TT---AAAA-AA-ATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
**
31677 TTTGTAGC
497 TTTAAAGC
* * * ** * * *
31685 GAGTGATAAGGCTTTTGAAGTAAGGGGTGACTATAAATGGACTTGTCTTGTCAACGAATGCCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* * * * * *
31750 TTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACTTTCAATTATAGTTTGTTTTAATAGAAAATGTAAAAAAATT
66 TTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-A-A-CAAA--TAAAAAAATT
* * * ** *
31815 CAACTTGAAATCAATTATTG-GTTTATAAAACCATTTAGAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
126 CAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
31877 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2114, Mismatches: 519, Indels: 224
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (504 bp):
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TTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAATAAAAAAATTCAACT
TAAAATCAATTTTGAGATTATAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGAGA
CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTTTCACGTTTCCTAAGGCAAGCATTCAAT
TATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGACTTTTCTTGCCAATG
AATGCTTTTTCTTCAAGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTCACAAAAAATTTA
AAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
Found at i:35217 original size:341 final size:333
Alignment explanation
Indices: 34526--35594 Score: 1018
Period size: 341 Copynumber: 3.1 Consensus size: 333
34516 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
34526 AAAATCAATTTTTAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGGAGGAATAGGAGA
1 AAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATAAGAGA
* * * *
34591 CTATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGAATGCCTATTT-TTCATGTATCTTGAGGTAGGCTTTCAA
66 CTATAAATGGAC-TTT-TT-GCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGGCATTCAA
* * * **
34655 TTATGGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATGATTAGCGTATAAAA
128 TTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * ** *
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192 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT-AGTGACTATAAATGGACTTTTATTACTAA
* * * *
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256 TGAATGCCTTTTTCTTCACG-TTTCTCAGGAAAACATTCAATTA-TA-ATTTTTTAA-CAAAAA-
* * *
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316 TGTAAAAAAATTCAACTT
* * * *
34867 AAAATCAATTTTGACATTGTAAAATCATATAAATTGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATAAGAGA
1 AAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATAAGAGA
* * *
34932 CTATAAATGGACTGCTTTTGCTAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGGCATTAAA
66 CTATAAATGGACT--TTTTGC-AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGGCATTCAA
* * ** *
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128 TTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * *
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192 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT-AGTGACTATAAATGGACTTTTATTACTAA
* * * * **
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256 TGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AGGAAAACATTCAATTATAATT-TTTTAA-CAAAAATG
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318 TAAAAAAATTCAACTT
* ** **
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1 AAAATCAATT-TTGA-CATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTT-GAAGGAATAAG
* * ** * * *
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63 AGACTATAAATGGACTTTT--TG-CAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGGCATT
* * * * * *
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125 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * *
35399 AAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGAATAGGGGACTATAAATGGACTTTTTTTT
189 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATA-GTGACTATAAATGGACTTTTATTA
* * * * * * *
35463 CCAATGAATGCATTTTTCTTCACCTATCTCGAGGTAAACATTCAACTACAATCTATTTTAACAAA
252 CTAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AGGAAAACATTCAATTATAAT-T-TTTTAAC-AA
*
35528 AAATGTAAAAACATTCAACTT
313 AAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * *
35549 AAAATAAATTTTGAGACTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
1 AAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
35595 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 594, Mismatches: 113, Indels: 42
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (333 bp):
AAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATAAGAGA
CTATAAATGGACTTTTTGCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGGCATTCAATTA
TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGTGACTATAAATGGACTTTTATTACTAATGAAT
GCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAGGAAAACATTCAATTATAATTTTTTAACAAAAATGTAAAAAAA
TTCAACTT
Found at i:35254 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 34526--35594 Score: 949
Period size: 170 Copynumber: 6.3 Consensus size: 169
34516 NNNNNNNNNN
* * * * * *
34526 AAAATCAATTTTTAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGGAGGAATAGGAGA
1 AAAATCAA-TTTTAGCTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGA
* * * * * * *
34591 CTATAAATGGACTTTTCTTGGC-AATGAATGCCTATTT-TTCATGTATCTTGAGGTAGGCTTTCA
65 CTATAAATGGACTTTTATT-GCTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAGCATTCA
* *
34654 ATTATGGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTT
129 ATTATGATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * ** * * **
34696 AAAATCAATGATTAGCGTATAAAACCATTTAGAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTAAGTGA
1 AAAATCAAT-TTTAGCTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGA
* * * * * * *
34761 CTATAAATGGACTTTCA-TACTAATGGATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCTC-AGGAAAACATTCA
65 CTATAAATGGACTTTTATTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCATG-TTTCTCGAGGCAAGCATTCA
* * * * * * *
34824 ATTATTACCTTTTTTAATTAAAAATTTTTAAAAAATTCACCTT
129 ATTATGATCTGTTTTAA-CAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * * *
34867 AAAATCAATTTT-GACATTGTAAAATCATATAAATTGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATAAGAG
1 AAAATCAATTTTAG-C-TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTG
* * * *
34931 ACTATAAATGGACTGCTT-TTGCTAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGGCATTA
64 ACTATAAATGGACT-TTTATTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAGCATTC
* * * *
34995 AATTAT-AGTTTTTTTTAAAGAAAAATGTAAAATAATTCAACTT
128 AATTATGA-TCTGTTTT-AACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * * ** *
35038 AAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAAAAATGAGTGA
1 AAAATCAATT-TTAGCTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGA
* * *
35103 CTATAATTGGACTTTTATTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAGCTTTCAA
65 CTATAAATGGACTTTTATTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAGCATTCAA
*
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130 TTATGATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* ** * **
35208 AAAATCAATTATTAGCTTATAAAACCATTTAGAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGA
1 AAAATCAATT-TTAGCTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGA
* * ** *
35273 CTATAAATGGACTTTTCA-TGCCAATGGATGTTTTTTTCTTTATGTTTCTCGA-G-ATAGACATT
65 CTATAAATGGACTTTT-ATTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCA-AG-CATT
* * *
35335 CAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT-TAAAAAAAATGAACTT
127 CAATTATGATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * ** * *
35378 AAAATCAATTTTGAGGTTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATAGGGGA
1 AAAATCAATTTT-AGCTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGA
* * * * ** * * *
35443 CTATAAATGGACTTTTTTTTCCAATGAATGCATTTTTCTTCACCTATCTCGAGGTAAACATTCAA
65 CTATAAATGGACTTTTATTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAGCATTCAA
* ** * *
35508 CTACAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTCAACTT
130 TTATGATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
*
35549 AAAATAAATTTTGAGAC-TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
1 AAAATCAATTTT-AG-CTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
35595 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 721, Mismatches: 150, Indels: 55
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAAATCAATTTTAGCTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGAC
TATAAATGGACTTTTATTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAGCATTCAAT
TATGATCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
Found at i:37966 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 37750--39456 Score: 1085
Period size: 171 Copynumber: 10.0 Consensus size: 167
37740 TAAGCCTTCG
* * * *
37750 AAAGCCTTATTACTTGCTCTAAATGGTTTTATAAGCT-AATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTT
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* * * * *
37814 TACATTTTTCGTTAAAACAGACAATAATGGAAAGCCTGCCATGAAAAACATGAAGAAAAGGCAAT
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* *
37879 CACTTGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCTCACATTCCTCGA
129 CA-TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTC-A
* * *
37920 AAAGCATTATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * ** * * ** *
37985 ACATTTTTTGTTAAAACATATTGTAGCT-AAATGTCTACCTCGAGATAGGA-GAAAAAAAGGCAT
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* * * * *
38048 TCATTGGAAAAAAAAGTCCATTTATCGTCACCCATTCCTTTA
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* * * *
38090 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGCATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * *** * *
38155 ACATTTTTGGTTAAAAAAAGGCTATAATTGAACA-TTTTCCTTGGGGAACGTGAAGCAAAAGCCA
66 ACATTTTTGGTT-AAAACAGACTATAATTGAA-AGTCTGCC-TGAAAAACATGAAG-AAAAGGCA
* * * * * ** **
38219 TCCATTAGCATGAAAAGTCCACTTATAGCCACTGAAGCCTTCA
127 TTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCC-TCA
* * * * * *
38262 GAAGCCTTCTAATTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACT-AATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * *
38325 TACATTTTTAGTTCAAATAGACTATAATTGAATGTCTATCTCT-AGAAACATGAA-AAAACGAGT
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* * *
38388 ATTCATCTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTCATTCTTCCA
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* * * * * * * *
38432 AAAGCCTTACTAGTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAACTGATTTTAAGTTTATTTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* ** * * * * * * * * *
38497 ACTTTTTTCATTAAAATAGACTAGAATTGAATA-ACTACCTTAGGAAACGTGTAGAAAAAGCCAT
66 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA-AGTCTGCCTGA-AAAACATGAAG-AAAAGGCAT
* * * *
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* * * * *
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* * * * * * ** * * *
38668 TTATATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGGAAACATGTAG-CAAGCACA
64 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTG-CCTGAAAAACATGAAGAAAAG-GC-
* *
38732 ATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCA
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* * * *
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1 AAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * **
38840 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAGGTCTACGTCAAGAAAGGTGAAGAAAAAGGCAT
65 TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTGCCTGAA-AAACATGAAG-AAAAGGCAT
* * * *
38905 TCATTTGCAAGCAAAGTCCATTT-TCAGCCACCCATTCCTTTA
128 TCA-TTGCAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCTCCCATTCC-TCA
* * * *
38947 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAAGGGTTTTATAATCTCCAAATTGATTTTAATTTGAATTCTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT
* ** * * * * ** * *
39012 TACAGTTTTGGACAAAACAGATTATAATTGAATG-CTTGTCTCAAAAATGTGTAGAAAAAGCTAT
65 TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTC-TGCCTGAAAAACATGAAGAAAAGGC-AT
* **
39076 TCATTGGAAAGAAAAGTCTGTTTAT-GATCTCCCATTCCTTCA
128 TCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCTCCCATTCC-TCA
* * * *
39118 AAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAATAGTTTTATAATCTCCAAATTGATTTTAATTTGAATTCCTT
1 AAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT
* * * * * * * ** *
39182 TTACATTTTTTGTTCAAAATAGATTATAATT-AAATATTTGTCTCGATAAACATTCAGTAAAAGC
64 TTACATTTTTGGTT-AAAACAGACTATAATTGAAA-GTCTGCCT-GAAAAACATGAAG-AAAAGG
* * *
39246 CATTCATTTGAAAAAAAAATCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCA
125 CATTCA-TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCC-TCA
********** * * * * *
39291 AAANNNNNNNNNNTCGCTCTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAGGTTG-ATATTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * ** *
39355 ACATTTTTTGG--AAGAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGCGAAACATGAAGAAAAAGGTA
66 ACA-TTTTTGGTTAA-AACAGACTATAATTGAAAGTCTGCC-TGAAAAACATGAAG-AAAAGGCA
* * * *
39418 TTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCC
127 TTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCC
39457 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1205, Mismatches: 270, Indels: 124
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 14 0.01
170 371 0.31
171 411 0.34
172 193 0.16
173 200 0.17
174 12 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (167 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTGCCTGAAAAACATGAAGAAAAGGCATTCA
TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTCA
Found at i:38813 original size:344 final size:340
Alignment explanation
Indices: 37744--39456 Score: 1138
Period size: 344 Copynumber: 5.0 Consensus size: 340
37734 GTCACTTAAG
* ** * * * * * *
37744 CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTCTAAATGGTTTTATAAGCTAATAATTGATTTTAAGTTGAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTT-CAT
* * * * * * * * * *
37809 TTGTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACAATAATGGAA-AGCCTGCCAT-GAAAAACATGAAG-AA
65 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGACTATAATTGAACA-TCTACCTTAG-GAAACGTGAAGAAA
* * * * * * * * * * *
37871 AAGGCAATCACTTGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCTCACATTC-CTCGAAAAGCATTATTAGTC
128 AAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGT-CAATTATAGCCACCCATTCTTTC-AAAAGCCTTATTACTC
* * *
37935 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAA
191 ACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTGATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAA
* * ** * * * ** * ** *
38000 ACATATTGTAGCTAAATGTCTACCTCGAGATAGGA-GAAAAAAAGGC-ATTCATTGGAAAAAAAA
256 ACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGA-AACATGTAAAAAACACTATTCATTGGAAAGAAAA
* *
38063 GTCCATTTATCGTCACCCATT
320 GTCCATTTATAGTCTCCCATT
* * * * * *
38084 CCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGCAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTT-CAT
* * * * * *
38149 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAGGCTATAATTGAACATTTTCCTTGGGGAACGTGAAGCAAA
65 TTTTTTACATTTTTGGTT-AAAAAAGACTATAATTGAACATCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAA
* * * * ** ** * * * * * **
38214 AGCCATCCATTAGCATGAAAAGTCCACTTATAGCCACTGAAGCCTTCAGAAGCCTTCTAATTTGC
129 AGCCATTCATTTGCAAGAAAAGT-CAATTATAGCCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * *
38279 TTTAAATGGTTTTATAAA-CT-AATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTAGTTCAA
193 TTTAAATGGTTTTA-AAATCTCAA-AATTGATTTTAGGTTGATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAA
* * * *
38341 ATAGACTATAATTGAATGTCTATCTCT-AGAAACATG-AAAAAACGAGTATTCATCT-GCAAGAA
256 ACAGATTATAATTGAATGTCTATCT-TGAGAAACATGTAAAAAAC-ACTATTCAT-TGGAAAGAA
* *
38403 AAGTCCATTTATAGCCTCTCATT
318 AAGTCCATTTATAGTCTCCCATT
* * * * *
38426 -CTTCCAAAAGCCTTACTAGTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAACTGATTTTAAGTTTAT
1 CCTT-CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTCA-
* ** * * * * *
38490 TTTTTTTACTTTTTTCATTAAAATAGACTAGAATTGAATAACTACCTTAGGAAACGTGTAGAAAA
64 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGACTATAATTGAACATCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAA
* * *
38555 AGCCATTCATTTGGAAGAAAAGTCAATTCATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
129 AGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCAATT-ATAGCCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* *
38620 TTTAAATGGTTTTAAAATCTCAAAAATTGATTTTAGGTTTATTTTTTTTTATATTTTTTGTTAAA
193 TTTAAATGGTTTTAAAATCTC-AAAATTGATTTTAGGTTGA-TTTTTTTTACATTTTTTGTTAAA
* * * ** * * *
38685 ACATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGGAAACATGTAGCAAGCACAATTCATTTGAAAGAAAAG
256 ACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATGTAAAAAACACTATTCATTGGAAAGAAAAG
*
38750 TCCATTTATAGTCTCCTATT
321 TCCATTTATAGTCTCCCATT
* *
38770 CCTTCAAAAGTCC-TATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAA
1 CCTTCAAAAG-CCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTT-CA
* * * ** * * * *
38834 ATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAGGTCTACGTCAAGAAAGGTGAAGAAAA
64 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGACTATAATTGAACATCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAA
* * * *
38899 AGGCATTCATTTGCAAGCAAAGTCCATTTTCAGCCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCA
129 AGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCAATTAT-AGCCACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * ** * * * **
38963 CTTTAAAGGGTTTTATAATCTCCAAATTGATTTTAATTTGAATTCTTTTTACAGTTTTGGACAAA
192 CTTTAAATGGTTTTAAAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTG-ATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAA
* * * ** *
39028 ACAGATTATAATTGAATG-CT-TGTCTCAAAAATGTGTAGAAAAA-GCTATTCATTGGAAAGAAA
256 ACAGATTATAATTGAATGTCTATCT-TGAGAAACATGTA-AAAAACACTATTCATTGGAAAGAAA
**
39090 AGTCTGTTTAT-GATCTCCCATT
319 AGTCCATTTATAG-TCTCCCATT
* * * *
39112 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATA-GTTTTATAATCTCCA-AATTGATTTTAATTTGA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-AGGTTTTATAATCT-CATAACTGATTTTAAGTT-C
* * * * * * * ** * * * **
39175 ATTCCTTTTACATTTTTTGTTCAAAATAGATTATAATTAAATATTTGTC-TCGATAAACATTCAG
63 ATT-TTTTTACATTTTTGGTT-AAAAAAGACTATAATTGAACATCTACCTTAG-GAAACGTGAAG
* * * * * * * * **********
39239 TAAAAGCCATTCATTTGAAAAAAAAATCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAANNNNNNNNNN
125 AAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGT-CAATTATAGCCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC
* * ** * * *
39304 TCGCTCTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA-TATTTTTACATTTTTTG-GA
189 TCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTGATTTTTTTTACATTTTTTGTTA
* ** * * *
39367 AGAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGCGAAACATG-AAGAAAA-AGGTATTCATTGGTAAG
254 A-AACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATGTAA-AAAACA-CTATTCATTGGAAAG
* * *
39430 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATT
316 AAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATT
39455 CC
1 CC
39457 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1072, Mismatches: 255, Indels: 89
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 86 0.08
341 174 0.16
342 323 0.30
343 125 0.12
344 346 0.32
345 18 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTCATT
TTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGACTATAATTGAACATCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAG
CCATTCATTTGCAAGAAAAGTCAATTATAGCCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
AAATGGTTTTAAAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTGATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA
TTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATGTAAAAAACACTATTCATTGGAAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCTCCCATT
Found at i:38966 original size:515 final size:501
Alignment explanation
Indices: 37744--39445 Score: 1412
Period size: 515 Copynumber: 3.3 Consensus size: 501
37734 GTCACTTAAG
* * *
37744 CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTCTAAATGGTTTTATAAGCTAATAATTGATTTTAAGTTGAAT
1 CCTTCAAAAGCC-TATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * *
37809 TTGTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACAATAATGGAAAGCCTGC-CATGAAAAACATGAAG-AAA
65 TT-TTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACTCA--AGAAACATGAAGAAAA
* * * * * *
37872 AGGCAATCACTTGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCTCACATTCC-TCGAAAAGCATTATTAGTCG
127 AGGCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCACATTCCTTC-AAAAGCCTTATTAGTCA
* * * *
37936 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
191 CTTTAAATGGTTTTATAATCTC-AAATTGATTTTAAGTTTATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAA
* * ** * * * * * * * * *
38001 CATATTGTAGCTAAATGTCTACC-TCGAGATAGGAG-AAAAAAAGGCATTCATTGGAAAAAAAAG
255 CAGATAG-AATTGAAT-ACTACCTTAG-GAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAG
* * * *
38064 TCCATTTATCGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAACCTC
317 TCAATTTAT-GTCTCCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * *
38128 AAAATTGATTTTAAGTTGCA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAGGCTATAATTGAACATTT
380 AAAATTGATTTT-AGTT-TATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAA--TTATAATTGAATATTG
* * * * * * * * *
38192 TCCTTGGGGAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCATGAAAAGTCCACTTATAG-C-CACTGAA
441 T-CTTGGGAAACATGTAGC--AAGCCATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-CT-AT
*
38255 G
501 T
* *
38256 CCTTCAGAAGCCT-TCTAATTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAA
1 CCTTCAAAAGCCTAT-T-ACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * *
38320 TTTTTTACATTTTTAGTTCAAATAGACTATAATTGAATGTCTATCTCTAGAAACATGAA-AAAAC
64 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTA-CTCAAGAAACATGAAGAAAAA
* * * *
38384 GAGTATTCATCTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTCATT-CTTCCAAAAGCCTTACTAGTCA
128 G-GCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCACATTCCTT-CAAAAGCCTTATTAGTCA
* *
38448 CTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAACTGATTTTAAGTTTATTTTTTTTAC-TTTTTTCATTAAA
191 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AATTGATTTTAAGTTTATTTTTTTTACATTTTTT-ATTAAA
*
38512 ATAGACTAGAATTGAATAACTACCTTAGGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTTGG-AAGAAAA
254 ACAGA-TAGAATTGAAT-ACTACCTTAGGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCA-TTGGAAAGAAAA
* *
38576 GTCAATTCATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTC
316 GTCAATTTAT-GTCTCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * *
38641 AAAAATTGATTTTAGGTTTATTTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCT
380 -AAAATTGATTTTA-GTTTA-TTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA-AAATTATAATTGAATAT-T
38706 GTCTTGGGAAACATGTAGCAAGCACAATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATT
440 GTCTTGGGAAACATGTAGCAAGC-C-ATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATT
* * * * *
38770 CCTTCAAAAGTCCTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAAA
1 CCTTCAAAAG-CCTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTG-AA
* * * **
38835 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAGGTCTACGTCAAGAAAGGTGAAGAAAAA
64 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTAC-TCAAGAAACATGAAGAAAAA
* * * * *
38900 GGCATTCATTTGCAAGCAAAGTCCATTT-TCAGCCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCAC
128 GGCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTAT-AGCCTCACATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCAC
* * ** *
38964 TTTAAAGGGTTTTATAATCTCCAAATTGATTTTAA-TTTGAATTCTTTTTACAGTTTTGGA-CAA
192 TTTAAATGGTTTTATAATCT-CAAATTGATTTTAAGTTT--ATTTTTTTTACA-TTTTTTATTAA
* * ** * * * *
39027 AACAGATTATAATTGAATGCTTGTCTCA-AAAATGTGTAGAAAAAGCTATTCATTGGAAAGAAAA
253 AACAGA-TAGAATTGAATAC-TACCTTAGGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAA
** * * *
39091 GTCTGTTTATGATCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATAGTTTTATAATCTC
316 GTCAATTTATG-TCTCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * ** * *
39156 CAAATTGATTTTAATTTGAATTCCTTTTACATTTTTTGTTCAAAATAGATTATAATTAAATATTT
380 AAAATTGATTTTAGTTT--ATTTTTTTTACATTTTTTGTT-AAAA-AAATTATAATTGAATA-TT
* ** * * * *
39221 GTCTCGATAAACAT-TCAGTAAAAGCCATTCATTTGAAAAAAAAATCCATTTATAGTCTCCCATT
440 GTCTTGGGAAACATGT-AG--CAAGCCATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATT
********* * * * * * *
39285 CCTTCAAAANNNNNNNNNNTCGCTCTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAGGTTG-AT
1 CCTTCAAAA-GCCTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * ***
39349 ATTTTTACATTTTTTG-GAAGAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGCGAAACATGAAGAAAA
65 -TTTTTACATTTTTAGTTAA-AACAGACTATAATTGAAAGTCT-ACTCAAGAAACATGAAGAAAA
* * * *
39413 AGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAG
127 AGGCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
39446 TCACTCATTC
Statistics
Matches: 973, Mismatches: 165, Indels: 102
0.78 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
510 1 0.00
511 56 0.06
512 181 0.19
513 88 0.09
514 231 0.24
515 360 0.37
516 47 0.05
517 5 0.01
518 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (501 bp):
CCTTCAAAAGCCTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAATT
TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGC
ATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCACATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTA
AATGGTTTTATAATCTCAAATTGATTTTAAGTTTATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATA
GAATTGAATACTACCTTAGGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCAATTTAT
GTCTCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
TAGTTTATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAATTATAATTGAATATTGTCTTGGGAAACATGT
AGCAAGCCATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATT
Found at i:40938 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 40637--41688 Score: 867
Period size: 172 Copynumber: 6.1 Consensus size: 170
40627 NNNNNNNNNN
* * * *
40637 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGAGTTTAAGTTCAAATTTTGTTACA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-AAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACA
* * * ** * *
40702 TTTTTGGTTAAACTAGATTATAATTGAGTGCCTATCTCAGGAAACATAT-AGAAAAAGCCATTCA
64 TTTTTTGTTAAAC-ATATTATAATTGAATGCCTGCCTCAGGAAACATGTAAGAAAAAGTCATTCA
*
40766 TTGGGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAG
128 TTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAG
* *
40809 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTACTTTTTTTTTACA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AATTGATTTTAAGTTA-ATTTTTTTTACA
* ** *
40874 TTTTTTGTTCAAACATACTATAATTGAATGCCTGCCTCAGGAAACATGTACCAAACA-TCATTCA
64 TTTTTTGTT-AAACATATTATAATTGAATGCCTGCCTCAGGAAACATGTAAGAAAAAGTCATTCA
* *
40938 TTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAG
128 TTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAG
* * * * * * *
40981 TCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATATTCTCGCAATTGATTTTAAGTTAATTCTTTTTATAA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-AAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACAT
* ** * * * *
41046 TTTTTGTTACAACAGATTATAATTGGCTGTCTACCTCTA-G-AA-AGGTAAAGAAAAAGGCATTC
65 TTTTTGTTA-AACATATTATAATTGAATGCCTGCCTC-AGGAAACATGT-AAGAAAAAGTCATTC
* * * * * * *
41108 ATTTGCAAGAAAAGTCCATTT-TCAGCCACTCATTCCTTTAAAAC
127 ATTGGGAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCTCCCATTCCTTCAAAAG
* * * * * *
41152 CCATATTGCTCACTTTAAAGGGTTTTATAATCTCCAAATTGATTTTAATTTAAATTCTTTTAACA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-CAAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACA
* ** * * * ** * *
41217 TTTTTAGACAAA-ATAGGTTATAATTGAATGCTTGTCTCAAGAAATGTGT-AGCAAAAGCCATTC
64 TTTTTTGTTAAACATA--TTATAATTGAATGCCTGCCTCAGGAAACATGTAAGAAAAAGTCATTC
* * * *
41280 ATCGAGAAGAAAAGTCCATTTAT-GATCTCCCATTTCTTTAAAAG
127 ATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCTCCCATTCCTTCAAAAG
* * ** *
41324 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTTTAATCTCCAAATTGATTTTAATTTGAATTCCTTCTACA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-CAAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACA
* * * * * *
41389 TTTTTTTGTTAAAAATAGATTATAACTAAATGCTTGCCTC-GAGAAACAT-TCAGAAAAA-TAGA
64 -TTTTTTGTTAAACAT--ATTATAATTGAATGCCTGCCTCAG-GAAACATGTAAGAAAAAGT-CA
* * * * * **
41451 TTCATTTGAAAGGAAAGTCCATTTACAGTCTCTCATTTTTTCAAAAG
124 TTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAG
* * * * *
41498 TCTTATTACTCACTCTAAATGGTTCTCTAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTTACA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACA
* * * * * ** *
41562 -TTTTGGTAAGAACAAATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGGAAACGTG-AAGAAAAAGGT-ATTC
64 TTTTTTGTTA-AACATATTATAATTGAATGCCTGCCTCAGGAAACATGTAAGAAAAA-GTCATTC
* * * * * *
41624 TTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAG
127 ATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAG
41668 CCTTATTACTCACTTTAAATG
1 CCTTATTACTCACTTTAAATG
41689 CCTTATTACT
Statistics
Matches: 705, Mismatches: 142, Indels: 68
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 97 0.14
171 135 0.19
172 323 0.46
173 30 0.04
174 115 0.16
175 1 0.00
176 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACATT
TTTTGTTAAACATATTATAATTGAATGCCTGCCTCAGGAAACATGTAAGAAAAAGTCATTCATTG
GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAG
Found at i:41281 original size:343 final size:343
Alignment explanation
Indices: 40637--41590 Score: 832
Period size: 343 Copynumber: 2.8 Consensus size: 343
40627 NNNNNNNNNN
* *
40637 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-TATCTCAAAATTGAGTTTAAGTTCAAATT-TTGTTA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAT-TCTC-CAATTGATTTTAAGTT-AAATTCTTGTTA
* * *
40700 CATTTTTGGTTAAACTAGATTATAATTGAGTGCCTATCTCAGGAAACATATAGAAAAAGCCATTC
63 AATTTTTGGTTAAACTAGATTATAATTGAGTGCCTACCTCAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTC
* * * * * *
40765 ATTGGGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
128 ATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAACCCATATTACTCACTTTAAAGG
* ** * * * *
40830 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTACTTTTTTTTTACATTTTTTGTTCAAACATACTAT
193 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTAACATTTTTAGTACAAACATACTAT
* * *
40895 AATTGAATGCCTGCCTCAGGAAACATGTACCAAACATCATTCATTTG-GAAGAAAAGTCCATTTA
258 AATTGAATGCCTGCCTCAAGAAACATGTACCAAACACCATTCA-TCGAGAAGAAAAGTCCATTTA
*
40959 T-AGTCTCCTATTCCTTCAAAAG
322 TGA-TCTCCCATTCCTTCAAAAG
* * *
40981 TCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATATTCTCGCAATTGATTTTAAGTT-AATTCTTTTTATA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTC-CAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTGTTA-A
* ** *
41045 ATTTTT-GTTACAAC-AGATTATAATTG-GCTGTCTACCTCTA-GAAAGGTAAAGAAAAAGGCAT
64 ATTTTTGGTTA-AACTAGATTATAATTGAG-TGCCTACCTC-AGGAAACATAAAGAAAAAGCCAT
* * * * *
41106 TCATTTGCAAGAAAAGTCCATTT-TCAGCCACTCATTCCTTTAAAACCCATATTGCTCACTTTAA
126 TCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTAT-AGCCACCCATTCCTTCAAAACCCATATTACTCACTTTAA
*
41170 AGGGTTTTATAATCTCCA-AATTGATTTTAATTTAAATTCTTTTAACATTTTTAG-ACAAA-ATA
190 AGGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTAACATTTTTAGTACAAACATA
* * * ** *
41232 GGTTATAATTGAATGCTTGTCTCAAGAAATGTGTAGCAAA-AGCCATTCATCGAGAAGAAAAGTC
254 --CTATAATTGAATGCCTGCCTCAAGAAACATGTACCAAACA-CCATTCATCGAGAAGAAAAGTC
* *
41296 CATTTATGATCTCCCATTTCTTTAAAAG
316 CATTTATGATCTCCCATTCCTTCAAAAG
* * * * *
41324 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTTTAATCTCCAAATTGATTTTAATTTGAATTCCTT-CTAC
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCC-AATTGATTTTAAGTTAAATT-CTTGTTA-
* * * * * * * * ** ***
41388 ATTTTTTTGTTAAAAATAGATTATAACTAAATGCTTGCCTC-GAGAAACATTCAGAAAAATAGAT
63 AATTTTTGGTT-AAACTAGATTATAATTGAGTGCCTACCTCAG-GAAACATAAAGAAAAAGCCAT
* * * * * * ** ** * *
41452 TCATTTG-AAAGGAAAGTCCATTTACAGTCTCTCATTTTTTCAAAAGTCTTATTACTCACTCTAA
126 TCATTGGCAAA-AAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAACCCATATTACTCACTTTAA
* * * * * * * *
41516 ATGGTTCTCTAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTTTTACA-TTTTGGTA-AGAACAAA
190 AGGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTAACATTTTTAGTACA-AACATA
*
41578 TTATAATTGAATG
254 CTATAATTGAATG
41591 TCTGTCTTGG
Statistics
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0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
341 3 0.01
342 14 0.03
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346 110 0.22
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (343 bp):
CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCCAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTGTTAAAT
TTTTGGTTAAACTAGATTATAATTGAGTGCCTACCTCAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATT
GGCAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAACCCATATTACTCACTTTAAAGGGTT
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTAACATTTTTAGTACAAACATACTATAAT
TGAATGCCTGCCTCAAGAAACATGTACCAAACACCATTCATCGAGAAGAAAAGTCCATTTATGAT
CTCCCATTCCTTCAAAAG
Found at i:41708 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 41659--41709 Score: 93
Period size: 21 Copynumber: 2.4 Consensus size: 21
41649 TCACTCATTC
*
41659 CTTTAAAAGCCTTATTACTCA
1 CTTTAAATGCCTTATTACTCA
41680 CTTTAAATGCCTTATTACTCA
1 CTTTAAATGCCTTATTACTCA
41701 CTTTAAATG
1 CTTTAAATG
41710 GTTTTATAGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
21 29 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.22, G:0.06, T:0.41
Consensus pattern (21 bp):
CTTTAAATGCCTTATTACTCA
Found at i:41860 original size:192 final size:191
Alignment explanation
Indices: 41499--41880 Score: 489
Period size: 192 Copynumber: 2.0 Consensus size: 191
41489 TTTCAAAAGT
* * * *
41499 CTTATTACTCACTCTAAATGGTTCTCTAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATT
1 CTTATTACTCACTCTAAATGGTTCTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* ** * * * *
41564 TTGGTAAGAACAAATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCTTTGG
66 TTAGTAAGAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGG
*
41629 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGC
131 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGC
* * * *
41690 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
1 CTTATTACTCACTCTAAATGGTTCTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-T
* * * * * * *
41755 TTTCATTAA-AACAGATTGTAGTTGAATGTCTACCTCGAGATAGGTGAAGCAAAAGGCATTCATT
65 TTT-AGTAAGAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT
* * *
41819 GGGAAGAACAGTCCATTTATAGTCAC-CAATTCCTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATG
129 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
41881 GCTTTATAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
191 56 0.35
192 103 0.64
193 3 0.02
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.14, T:0.39
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CTTATTACTCACTCTAAATGGTTCTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
TTAGTAAGAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGG
CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGC
Found at i:44223 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 8.4 Consensus size: 171
43729 NNNNNNNNNN
* * * * * * ** *
43739 TAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGAGGATGAAACCA
1 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * *
43804 TTGAAAGTGTGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATTAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
66 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * ** * * * *
43869 ATGCCTTTTCCTGCTTGTTTCTTGACGTTGACATTTAATTA
131 ATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTA
* * * * ** * *
43910 TAATCTTTTTTAATCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTCAATCAATTTTGAGATTACAAAACC
1 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
*
43975 ATTTAAAGTGAGT-ATGAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-
65 ATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* ** * * * *
44038 GAAAT-ATCTTTTTCTTTGCGTTTCTCGAGATTGACATTTAACTA
129 G-AATGCT-TTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTA
* * ** * *
44082 TACTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAACCTCAACTAAAAATCAATTATG-GCATTATAAAGCC
1 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACC
* * * * * *
44146 ATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAACGGATTTTTCTTGTCAATG
65 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * *
44211 TATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGGCTTTCAATTA
130 AATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTA
*
44253 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTACT-AGATTATAAAACC
1 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACC
* * * **** * *
44317 TTTTAAAATGAGTAATAAGGATTTTGAAGGAATAAAAGACTATAAATGGACTTTTCTTTCAAATG
65 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * ** * * *
44382 AAT-CATGTTTGCTACATATTTC-CTAAGGCAGGCATTCAATTA
130 AATGC-TTTTTTCTTCACGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTA
* * ** *
44424 TAGTATGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAA-AAAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
1 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * ** * * * *
44487 TTTTAAGTGAGTAATAAAGCTTTTAAAGTTATGGGTGAATATAAAGGGAC-TTTGTTGCCCATGA
66 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * *
44551 ATGCCTTTTTT-TTCACGTTTTTTGAGGTAAACATTCAATTA
131 ATG-CTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTA
* * * *
44592 TAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGACTATAAAACTA
1 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * *
44657 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGAATGAGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGA
66 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * *
44722 ATACCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTA
131 ATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTA
* * * *
44763 TAATTTGTTCCT-ACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA-AAGAAC
1 TAATCTGTT-TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA-AAC
* * * * *
44826 CATTTATAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTGTTTTTCCAA
64 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTGCCAA
* * * *
44891 TGAATAGC-TTTTTCTAT-ATGTTTC-CTGAGATAGGCACTCAATTA
128 TGAAT-GCTTTTTTCT-TCACGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTA
** * * * * **
44935 TAATCTGTTTTAAATAAAAATGTAACAAAAATTGAACTTAAACTCAATTTTGAGATAATAAAATT
1 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * **
45000 ATTTAAAGTGTGTAATAATGCTTTT-AGAGGAATGGGTGACTATTAATAGACTTTTCTTATCAAT
65 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * *
45064 GAATG-TCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAAGGCAGGCTTTCAATTA
129 GAATGCT-TTTTTCTTCACGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTA
** * * * * *
45108 TGGTCTATTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGCTTATAAAACTA
1 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
45173 TTTA
66 TTTA
45177 GAGCAAGTAN
Statistics
Matches: 1023, Mismatches: 210, Indels: 67
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 45 0.04
169 84 0.08
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171 420 0.41
172 266 0.26
173 109 0.11
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
ATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTA
Found at i:44653 original size:339 final size:334
Alignment explanation
Indices: 43778--45175 Score: 1220
Period size: 343 Copynumber: 4.1 Consensus size: 334
43768 ATTCAAATTT
* ** * ** * * * *
43778 AAATCAATTTTGAGAGGATGAAACCATTGAAAGTGTGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGAC
* * * ** * * * * * *
43843 TATTAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTCCTGCTTGTTTCTTGACGTTGACATTTAAT
66 TATAAACGGAC-TTTGTTGCCAATGAATG-CTTTTTTTTCATGTTTCTTGAGGTAGGCATTCAAT
* * * * ** *
43908 TATAATCTTTTTTAATCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTCAATCAATTTTGAGATTACAAAA
129 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGA-TATAAAA
* *
43973 CCATTTAAAGTGAGT-ATGAAGGCTTTTGAAGGAATG-GATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
192 CTATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGCTTTT-AAGGAATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTT-TC
*** * *** * * * * * *
44036 AA-GAAATATCTTTTTCTTTGCGTTTCTC-GAGATTGACATTTAACTATACTCTATTTTAACCAA
253 AATG--A-ATCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAAGGCAGGCATTCAATTATAGTATGTTTTAACCAA
* *
44099 AAATGTAAAAAACCTCAACTAA
314 AAATGTAAAAAA-ATAAACTAA
* * *
44121 AAATCAATTATG-GCATTATAAAGCCATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGA
1 AAATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGA
* * * * * *
44185 CTATAAACGGATTTTTCTTGTCAATGTATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGGCTTTCAA
65 CTATAAACGGA-CTTTGTTGCCAATGAATGCTTTTTT-TTCATGTTTCTTGAGGTAGGCATTCAA
* *
44250 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTACT-AGATTATAAA
128 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGA-TATAAA
* * * **
44314 ACCT-TTTAAAATGAGTAATAAGGATTTTGAAGGAATAAAAGACTATAAATGGACTTTTCTTTCA
191 A-CTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTC-
* * * *
44378 AATGAATCATGTTTGCTACATATTTCCTAAGGCAGGCATTCAATTATAGTATGTTTTAA-CAAAA
253 AATGAATC-T-TTTTCTTCATGTTTCCAAAGGCAGGCATTCAATTATAGTATGTTTTAACCAAAA
*
44442 ATGTAAAAAAAAAAACTAA
316 ATGTAAAAAAATAAACTAA
* * * ** *
44461 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAGTGAGTAATAAAGCTTTTAAAGTTATGGGTGAA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGAC
* * * * **
44526 TATAAAGGGACTTTGTTGCCCATGAATGCCTTTTTTTTCACGTTTTTTGAGGTAAACATTCAATT
66 TATAAACGGACTTTGTTGCCAATGAATG-CTTTTTTTTCATGTTTCTTGAGGTAGGCATTCAATT
*
44591 ATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGACTATAAAACT
130 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGA-TATAAAACT
* *
44656 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGAATGAGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATG
194 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-TCAATG
* * * ** * * * *
44721 AATACCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAATTTGTTCCT-ACTAAAAATG
257 AAT--CTTTTTCTTCATGTTTCCAAAGGCAGGCATTCAATTATAGTATGTT-TTAACCAAAAATG
*
44785 TAAAAAAATTCAACCT-A
319 TAAAAAAA-T-AAACTAA
* *
44802 AAATCAATTATGAGATTA-AAGAACCA-TTTATAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAG
1 AAATCAATTATGAGATTATAA-AACCATTTTA-AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTG
* * * * * *
44865 ACTATAAATGGACTTTGTTTTTCCAATGAATAGCTTTTTCTAT-ATGTTTCCTGAGATAGGCACT
64 ACTATAAACGGACTTTG--TTGCCAATGAAT-GCTTTTT-TTTCATGTTTCTTGAGGTAGGCATT
** * *
44929 CAATTATAATCTGTTTTAAATAAAAATGTAACAAAAATTGAACTTAAACTCAATTTTGAGATAAT
125 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGAT-AT
* * * * * *
44994 AAAATTATTTAAAGTGTGTAATAATGCTTTTAGAGGAATGGGTGACTATTAATAGACTTTTCTTA
188 AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTA-AGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-
* * * *
45059 TCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAAGGCAGGCTTTCAATTATGGTCTATTTTAACCA
251 TCAATGAA--TCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAAGGCAGGCATTCAATTATAGTATGTTTTAACCA
* * *
45124 AAAATGTTAAAAAATTCAACTTA
313 AAAATG-TAAAAAAATAAACTAA
* * *
45147 AAATCAATTATTAGCTTATAAAACTATTT
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
45176 AGAGCAAGTA
Statistics
Matches: 858, Mismatches: 156, Indels: 79
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 3 0.00
339 181 0.21
340 107 0.12
341 86 0.10
342 120 0.14
343 188 0.22
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345 51 0.06
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ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (334 bp):
AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGAC
TATAAACGGACTTTGTTGCCAATGAATGCTTTTTTTTCATGTTTCTTGAGGTAGGCATTCAATTA
TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATATAAAACTAT
TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCAATGAATC
TTTTTCTTCATGTTTCCAAAGGCAGGCATTCAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
ATAAACTAA
Found at i:44736 original size:510 final size:515
Alignment explanation
Indices: 43951--45185 Score: 1273
Period size: 510 Copynumber: 2.4 Consensus size: 515
43941 TTCAAATTTC
* * * * * * *
43951 AATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGT-ATGAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGAC
1 AATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAAGCTTTTAAAGGAATGGGTGAA
* ** ** * **** *
44015 TATAAATG-GACTTTTCTTGCCAA-GAAATATCTTTTTCTTTGCGTTTCTC-GAGATTGACATTT
65 TATAAA-GAGACTTTTCTTACCAATG-AATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGGCAAACATTC
* * * ** * * *
44077 AACTATACTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAACCTCAACTAAAAATCAATTATG-GCATTATA
128 AATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG-ACTATA
* * * * *
44141 AAGCCATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAACGGATTTTTCTTGT
192 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGACTATAAACGGATTTTTCTTGC
* * * * * * * *
44206 CAATGTATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGGCT-TTCAATTATAATCTGTT-TTAACCA
257 CAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTA-GATATTCAATTATAATCTGTTCCT-ACCA
** * *
44269 AAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTACT-AGATTATAA-AACCTTTTAAAATGAGTAA
320 AAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA-TGAGATTA-AAGAACCATTTAAAACGAGTAA
44332 TAAGGATTTTGAAGGAATAAAAGACTATAAATGGACTTT-TCTTTCAAATGAATCATG-TTTGCT
383 TAAGGATTTTGAAGGAATAAAAGACTATAAATGGACTTTGTCTTTCAAATGAAT-A-GCTTTGCT
* * *
44395 ACATATTTCCTAAGGCAGGCATTCAATTATAGTATGTTTT-AACAAAAATGTAA-AAAAA-AAAA
446 ACATATTTCCTAAGACAGGCACTCAATTATAATATGTTTTAAACAAAAATGTAACAAAAATAAAA
44457 CTAAA
511 CTAAA
* * **
44462 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAGTGAGTAATAAAGCTTTTAAAGTTATGGGTGAAT
1 AATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGAATGGGTGAAT
* * * * * *** *
44527 ATAAAGGGAC-TTTGTTGCCCATGAATGCCTTTTTTTTCACGTTT-TTTGAGGTAAACATTCAAT
66 ATAAAGAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGGCAAACATTCAAT
*
44590 TATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGACTATAAAAC
131 TATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGACTATAAAAC
* * * *
44655 TATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGAATGAGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAAT
196 TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGACTATAAACGGATTTTTCTTGCCAAT
* *
44720 GAATACCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAATTTGTTCCTACTAAAAATG
261 GAATACCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTCCTACCAAAAATG
* * *
44785 TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAAAGAACCATTTATAGCGAGTAATAAGGCTT
326 TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAAAGAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGATT
*** * * * * *
44850 TTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTGTTTTTCCAATGAATAGCTTTTTCTATATGTTTC
391 TTGAAGGAATAAAAGACTATAAATGGACTTTGTCTTTCAAATGAATAGC-TTTGCTACATATTTC
* * * * ** *
44915 CTGAGATAGGCACTCAATTATAATCTGTTTTAAATAAAAATGTAACAAAAATTGAACTTAA
455 CTAAGACAGGCACTCAATTATAATATGTTTTAAACAAAAATGTAACAAAAATAAAACTAAA
* * ** * * * *
44976 ACTCAATTTTGAGATAATAAAATTATTTAAAGTGTGTAATAATGCTTTTAGAGGAATGGGTGACT
1 AATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGAATGGGTGAAT
* * * * * ** *
45041 ATTAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAAGGCAGGCTTTCAAT
66 ATAAAGAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGGCAAACATTCAAT
** * *
45106 TATGGTCTATTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATT-AG-CTTATAAA
131 TATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGAC-TATAAA
* *
45169 ACTATTTAGAGCAAGTA
194 ACTATTTAAAGCGAGTA
45186 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 594, Mismatches: 111, Indels: 33
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
509 7 0.01
510 280 0.47
511 113 0.19
512 14 0.02
513 5 0.01
514 66 0.11
515 28 0.05
516 79 0.13
517 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (515 bp):
AATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGAATGGGTGAAT
ATAAAGAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGGCAAACATTCAAT
TATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGACTATAAAAC
TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGACTATAAACGGATTTTTCTTGCCAAT
GAATACCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTCCTACCAAAAATG
TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAAAGAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGATT
TTGAAGGAATAAAAGACTATAAATGGACTTTGTCTTTCAAATGAATAGCTTTGCTACATATTTCC
TAAGACAGGCACTCAATTATAATATGTTTTAAACAAAAATGTAACAAAAATAAAACTAAA
Done.