Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398088.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1395.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8721
ACGTcount: A:0.26, C:0.09, G:0.10, T:0.26
Warning! 2419 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:928 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 750--2011 Score: 970
Period size: 172 Copynumber: 7.4 Consensus size: 172
740 NNNNNNNNGT
* * * * ** *
750 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTCTCTTGCCAATTCATGCTCTC
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTCTT
* * ** * *
815 TTCTTTACATTTCTTGGGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATTTAAACCAAAAATGTACAAAATAA
66 TTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAATAA
880 TTAAATTTAAATCAATTTTAAGATTATAAAACTATTTAAA-C
131 TTAAATTTAAATCAATTTTAAGATTATAAAACTATTTAAAGC
* * * * * * *
921 GGAGTAATAAGGCTCTGGAAGGAATGAGTGACTATGAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATACTTT
1 -GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTCT
* * * * * * * *
986 TTTCTTCATGTTTCTGAAGGAAGACTTTCAATCCTTGTTTGTTTTAACAAAAAATGTACAAAGAT
65 TTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAA-AT
* *
1051 --TT-AA-TT---T--A----AAGATTATAAAACCATTTAAAGT
129 AATTAAATTTAAATCAATTTTAAGATTATAAAACTATTTAAAGC
* *
1082 AAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTCTT-TTGCCAATGAATGC-CT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGCCAATGAATGCTC-
* * * * * *
1145 TTTTTTTTACGTTTGTT-AGGTTAGACGTTCAATTATAGTCTG-TTTAA-CAAAAGATATA-AAA
64 TTTTCTTCACGTTTCTTAAGG-TAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAA-ATGTACAAA
* * * * *
1206 AAAATTTAACTTAAAATC-A-TTTACGGCATTACAAAACTATTTAAAGC
127 ATAA-TTAAATTTAAATCAATTTTA-AG-ATTATAAAACTATTTAAAGC
** * * * *
1253 GAGTAATAATACTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACTCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTCTT
* * * * * *
1318 TTCTTCATGTTTCTCATGGCAGACATTCAATTCTAGTTTGTTTTAACCAAAAATGTAC-AAAGAA
66 TTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAATAA
* ** *
1382 TTCAAATTTAAATTAATTTCGAGATTATAAAAATATTTAAAGC
131 TT-AAATTTAAATCAATTTTAAGATTATAAAACTATTTAAAGC
* * * **
1425 GAGTAATAAAGCCTTTGAAGGAATGGGTGACTTTAAATGGACTTTTCTTGATAATGAATGC-CTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTC-T
* ** * * * * * * **
1489 TTTATTTGCGTTTATCAAAGTAAACAATCAATTATAGTCTGTTTTAACC-AAAA-GTTTAAAATA
65 TTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAATA
* * * * * *
1552 ATTTAACTTAAAATCAATTAT-GGCATTACAAAACCATTTAAAGC
130 A-TTAAATTTAAATCAATTTTAAG-ATTATAAAACTATTTAAAGC
* * * *
1596 GAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATCAATAC-CTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTC-T
* * * * *
1660 TTTCTTCATGTTTCTAAAGGTAGACATTCAATACTAGTCTGTATTAGA-CAAAAATGTAC-AAAG
65 TTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTA-ACCAAAAATGTACAAAAT
* * * * * *
1723 AATTCAAATTTAAATTAATTCTGAGATTATAAAACCATTTAGAGT
129 AATT-AAATTTAAATCAATTTTAAGATTATAAAACTATTTAAAGC
* * ** * ** **
1768 GAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGCATGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATTCATGCTCCC
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTCTT
* ** * * * * * * *
1833 TTATTCACGTTTCTTGGGGTAGACGTTAAATTATAATATGTTTTAACTAGAAAA-G-A-AAAAAA
66 TTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCA-AAAATGTACAAAATA
* * * * *
1895 AATAGAACTTAAAATCAATTTTGAGTTTATAAAACTATTTAAAGT
130 ATTA-AA-TTTAAATCAATTTTAAGATTATAAAACTATTTAAAGC
* * * * ** * *
1940 GATTAATATGGCTTTTGAAGCAATGGGTAACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTCTT
2005 TTCTTCA
66 TTCTTCA
2012 TGTTNNNNNN
Statistics
Matches: 843, Mismatches: 203, Indels: 88
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
157 1 0.00
158 7 0.01
159 12 0.01
160 99 0.12
161 3 0.00
162 1 0.00
164 1 0.00
165 1 0.00
166 2 0.00
169 3 0.00
170 9 0.01
171 241 0.29
172 444 0.53
173 17 0.02
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTCTT
TTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAATAA
TTAAATTTAAATCAATTTTAAGATTATAAAACTATTTAAAGC
Found at i:1526 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 748--2015 Score: 1155
Period size: 343 Copynumber: 3.7 Consensus size: 342
738 NNNNNNNNNN
* * * * * **
748 GTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTCTCTTGCCAATTCATG-CT
1 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATGCCT
* * * * *** * * * * * * *
812 CTCTTCTTTACATTTCTTGGGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATTTAAACCAAAAATGTACAAAA
66 -TTTTATTTACGTTTATAAAGTTAAACAATCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAGT-TA-AAAA
* * * * * * *
877 TAA-TTAAATTTAAATCAATTTTA-AG-ATTATAAAACTATTTAAA-CGGAGTAATAAGGCTCTG
128 AAATTTAACTTAAAATCAA--TTACGGCATTACAAAACTATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTT
* * * * *
938 GAAGGAATGAGTGACTATGAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTGA
190 GAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATACTCTTTTCTTCATGTTTCTAA
* * * * *
1003 AGGAAGACTTTCAATCCTTGTTTGTTTTAACAAAAAATGTACAAAG-------ATTTAATTTAA-
255 AGGAAGACATTCAATACTAGTTTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATTAAT
1060 ---AGATTATAAAACCATTTAAA
320 TCGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * *
1080 GTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTCTT-TTGCCAATGAATGCC
1 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGACAATGAATGCC
* * * * * **
1144 TTTTTTTTTACGTTTGTTAGGTTAGACGTTCAATTATAGTCTG-TTTAA-CAAAAGATATAAAAA
65 TTTTTATTTACGTTTATAAAGTTAAACAATCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAG-T-TAAAAA
* ** *
1207 AAATTTAACTTAAAATCATTTACGGCATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTTAAA
128 AAATTTAACTTAAAATCAATTACGGCATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * *
1272 GGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACTCTTTTCTTCATGTTTCTCATGG
193 GGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATACTCTTTTCTTCATGTTTCTAAAGG
* *
1337 CAGACATTCAATTCTAGTTTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATTAATTTC
258 AAGACATTCAATACTAGTTTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATTAA-TTC
**
1402 GAGATTATAAAAATATTTAAA
322 GAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
1423 GCGAGTAATAAAGCCTTTGAAGGAATGGGTGACTTTAAATGGACTTTTCTTGATAATGAATGCCT
1 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATGCCT
* * *
1488 TTTTATTTGCGTTTATCAAAG-TAAACAATCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAGTTTAAAATA
66 TTTTATTTACGTTTAT-AAAGTTAAACAATCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAGTTAAAAAAA
* * *
1552 ATTTAACTTAAAATCAATTATGGCATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGG
130 ATTTAACTTAAAATCAATTACGGCATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* *
1617 TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATCAATAC-CTTTTTCTTCATGTTTCTAAAGGT
195 TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATACTC-TTTTCTTCATGTTTCTAAAGGA
* *
1681 AGACATTCAATACTAGTCTGTATTAGA-CAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATTAATTCT
259 AGACATTCAATACTAGTTTGTTTTA-ACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATTAATTC-
*
1745 GAGATTATAAAACCATTTAGA
322 GAGATTATAAAACCATTTAAA
* * ** * * **
1766 GTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGCATGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATTCATG-CT
1 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATGCCT
** * * *** * * ** * * * * *
1830 CCCTTATTCACGTTTCTTGGGGTAGACGTTAAATTATAATATGTTTTAACTAGAAAAG-AAAAAA
66 -TTTTATTTACGTTTATAAAGTTAAACAATCAATTATAGTCTGTTTTAAC--CAAAAGTTAAAAA
** ** * * * * *
1894 AAATAGAACTTAAAATCAATTTTGAG-TTTATAAAACTATTTAAAGTGATTAATATGGCTTTTGA
128 AAATTTAACTTAAAATCAATTACG-GCATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
** * ** * *
1958 AGCAATGGGTAACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTT
192 AGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATACTCTTTTCTTCATGTT
2016 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 773, Mismatches: 131, Indels: 52
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
329 3 0.00
330 12 0.02
331 145 0.19
332 86 0.11
333 3 0.00
338 10 0.01
342 9 0.01
343 379 0.49
344 114 0.15
345 12 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (342 bp):
GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATGCCT
TTTTATTTACGTTTATAAAGTTAAACAATCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAGTTAAAAAAAA
TTTAACTTAAAATCAATTACGGCATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT
ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATACTCTTTTCTTCATGTTTCTAAAGGAAG
ACATTCAATACTAGTTTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATTAATTCGAGA
TTATAAAACCATTTAAA
Found at i:4880 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4278--4981 Score: 531
Period size: 172 Copynumber: 4.1 Consensus size: 171
4268 NNNNNNNNNN
* * *
4278 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATTG-ATGACTATAAATGGACTTCTATTGTCAA
1 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGTAA-TGAATGACTATAAATGGACTTCTTTTGCCAA
* * * * * * * ***
4342 TTCATGCTCTCTTCTTAATGTTTCTTGGGGTCGATATTCAATTGTAATATGTTTTAAATAGAAAA
65 TTAATGCTCTCTTCTTCATGTTTCTTAGGGTAGACATTCAATTCTAATCTGTTTTAGCCA-AAAA
* *
4407 G-AAAAAAAATT-AAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
129 GTACAAAAAATTCAAA-TTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
* * * * * * ** * * * * *
4449 TATTGAAAGTGATTAATAAGGTTTTTGAAGCAATGGGTGACTATAAATAGATTTGTCTTGTCAAT
1 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGTAATGAATGACTATAAATGGACTTCTTTTGCCAAT
* * * * * * * ** *
4514 AAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCATGGTAGACGTTCAATTCTAGGCTATTTTAGCCAAAAAAG
66 TAATGCTCTCTTCTTCATGTTTCTTAGGGTAGACATTCAATTCTAATCTGTTTTAGCC-AAAAAG
* * * **********
4579 TTCAAAACATTCAAATTTTAATCAATTTTGNNNNNNNNNNAC
130 TACAAAAAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
* *
4621 TATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGTAATGAATGACTATAAATGGACTT-TTCTTGCCAA
1 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGTAATGAATGACTATAAATGGACTTCTT-TTGCCAA
** * * * *
4685 CGAAT-ATCGTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATCCTAATCTGTTTTAGCCAAAAA
65 TTAATGCTC-TCTTCTTCATGTTTCTTAGGGTAGACATTCAATTCTAATCTGTTTTAGCCAAAAA
**********
4749 TGTACAAAAAATTCAAATTTAAATCAATTTTNNNNNNNNNNAAC
129 -GTACAAAAAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
4793 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGTAATGAATGACTATAAATGGACTTCTTTTGCCAAT
1 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGTAATGAATGACTATAAATGGACTTCTTTTGCCAAT
* * * * * * *
4858 TCATGCTCTCTTCTTTATGTTTCTTGGGGTAGACGTTC-ATTGTAATATGTTTTAACCAGAAAAG
66 TAATGCTCTCTTCTTCATGTTTCTTAGGGTAGACATTCAATTCTAATCTGTTTTAGCCA-AAAAG
* * * * *
4922 CA-AAACAAATTGAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAAC
130 TACAAA-AAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
* *
4964 TATTTAAAGTGATTAATA
1 CATTTAAAGTGAGTAATA
4982 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 416, Mismatches: 106, Indels: 22
0.76 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.01
171 157 0.38
172 247 0.59
173 7 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGTAATGAATGACTATAAATGGACTTCTTTTGCCAAT
TAATGCTCTCTTCTTCATGTTTCTTAGGGTAGACATTCAATTCTAATCTGTTTTAGCCAAAAAGT
ACAAAAAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
Found at i:7589 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 7313--7886 Score: 640
Period size: 170 Copynumber: 3.4 Consensus size: 169
7303 TTGTGATTAT
* * * * * *
7313 AAAACCATATAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTCTT-TT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTT-TTCTT
*
7377 GCCAATGAA-AGCCTTTTTCTTTACA-TTTGTCAAGCTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTATCA
64 GCCAATGAATA-CCTTTTTCTTTA-AGTTTGTCAAGCTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTAACA
*
7440 AAAGATATAAAAAAATTTAAATTAAAATCAATTACGGCATTTC
127 AAAGATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTACGGCATTTC
* *
7483 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * ** * ** *
7548 CCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTAAAGGAAGACATTTAATCCTAATCTGTTTTAACCAA
65 CCAATGAATACCTTTTTCTTTAAGTTTGTCAAGCTAGACATTCAATTATAGTCTG-TTTAA-CAA
* * * * ** *
7613 AATG-TGT-AAAGAATTCATATTTAAATCAATTTTGAG-ACTAT-
128 AA-GATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTACG-GCA-TTTC
* *
7654 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-CTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * *
7719 CCAATGAATGCCTTTTTCTTTAAGTTTGTCGAGCTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTAACAAAT
65 CCAATGAATACCTTTTTCTTTAAGTTTGTCAAGCTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTAACAAAA
* * *
7784 GATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCTATTACGGCATTAC
130 GATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTACGGCATTTC
* * *
7824 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGTATAGGTGACTACAAATGGACTTTTCT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
7887 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 328, Mismatches: 62, Indels: 28
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 10 0.03
170 177 0.54
171 129 0.39
172 10 0.03
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
CAATGAATACCTTTTTCTTTAAGTTTGTCAAGCTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTAACAAAAG
ATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTACGGCATTTC
Found at i:8325 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8012--8721 Score: 676
Period size: 172 Copynumber: 4.1 Consensus size: 171
8002 NNNNNNAGGT
* * * * * * ** * * *
8012 TTTTGAAGGAATAGGTAACTATAACTGGACTTTTCTTACCAATTCATGCTCTCTTCTTTATGTTT
1 TTTTGAAGCAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACTCTTTTCTTCATGTTT
* * ** * * * * * *
8077 CTTG-GGGTAAATGTTCAATTGTAATATCTTTTAACCAGAAAAGCAGAAAAAATTGAACTTTAAA
66 C-TGAAGGTAGACATTCAATTCTAATCTGTTTTAACCAGAAAAGCA-CAAAAATTCAAATTTAAA
* *
8141 TCAATGTTGAGATTATAAAACGATTTAAAGTGATTAATAAGGC
129 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGC
* * * *
8184 TTTTGGAGCAATGGGTGGCTATAGATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTT
1 TTTTGAAGCAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACTCTTTTCTTCATGTTT
* * * *
8249 CTGAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTAACCA-AAAATGTACAAAACATTCAACTTTAAA
66 CTGAAGGTAGACATTCAATTCTAATCTGTTTTAACCAGAAAA-GCACAAAA-ATTCAAATTTAAA
* *
8313 TTAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
129 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGC
* ** *
8356 TTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAC-CGTTTTCTTCATGTT
1 TTTTGAAGCAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACTC-TTTTCTTCATGTT
* * * * *
8420 TCTGATGGTAAACATTCAATCCTAATCTGTTTTAACCA-AAATTGTACAAAGAATTCAAATTTAA
65 TCTGAAGGTAGACATTCAATTCTAATCTGTTTTAACCAGAAA-AGCACAAA-AATTCAAATTTAA
* * *
8484 ACCAATTTTGAGTTTATAAAACCATTTAAAGT-TTGTAATAAGGC
128 ATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAT-TAATAAGGC
* * * * * * ** ** * *
8528 TTTTAAAGGAATGGATGACTTTAAATAGAATTCTCTTGCCAATTCACGCTCTCTTCTTTATGTTT
1 TTTTGAAGCAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACTCTTTTCTTCATG-TT
* * * * * * * * *
8593 TTTG-GGGTAGACGTTCAATTGTAATATGTTTTAACTAGAAAAGCAAAAAATATTGAAATTGAAA
65 TCTGAAGGTAGACATTCAATTCTAATCTGTTTTAACCAGAAAAGCACAAAA-ATTCAAATTTAAA
* *
8657 TCAATTTTGAAATTATAAAACTATTTAAAGTGATTAATAAGGC
129 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGC
8700 TTTTGAAGCAATGGGTGACTAT
1 TTTTGAAGCAATGGGTGACTAT
Statistics
Matches: 440, Mismatches: 86, Indels: 24
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 11 0.03
172 418 0.95
173 11 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTTTGAAGCAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACTCTTTTCTTCATGTTT
CTGAAGGTAGACATTCAATTCTAATCTGTTTTAACCAGAAAAGCACAAAAATTCAAATTTAAATC
AATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGC
Done.