Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398091.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1398.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 873
Length: 1455
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Found at i:693 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 3--1354 Score: 787
Period size: 170 Copynumber: 7.9 Consensus size: 168
1 GG
* * * * * *
3 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGCTTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCGATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGATTTT
* * * * *
68 ATAATTTCATAATTGACTTTGAGTT-AA-TTTTTTTATTTCATTTTTGGTCAAAACATG-CTATA
66 ATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTT--TTTAT--T-AAAATA-GATTATA
* * * ** ** * * *
130 ATTGAATATTTA-CTTAACAAACATGAACAAAAATCCATGCATTTGT
125 ATTGAATGTCTACCTCATGAAATGTGAAGAAAAAT--ATTCA-TTGA
* * * * *
176 GAA-ACAAGTCCATTTATACTCACTC-ATGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAACAG-T
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGC-CGATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGAT
237 TTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAATAGATTATA
63 TTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTT-TA-TTTTTTATTAAAATAGATTATA
* * * *
301 ATTGAAAGTCTATCTCGA-GAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGG
125 ATTGAATGTCTACCTC-ATGAAATGTGAAG-AAAA-ATATTCATTGA
* * * * *
347 CAAGAAAAGTCCAATTTATCGTCGCCGATGTCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAGATGATTT
1 CAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCGCCGATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGATTT
* * * * * ** * *
412 TAT-ATCTCATAATTGACCTTAGGTTAAATTCTTTCTTA-TTCTGGTTAACACAGATTATAATTG
65 TATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATT-TTTTTTATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
* **
475 AATATCTACCT--TGAAAAATAAGAAGAAAAAGCTATTCATT-A
129 AATGTCTACCTCATG--AAATGTGAAGAAAAA--TATTCATTGA
* * *
516 GTAAGAAAAGTCCATATATAGTCGTCC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAAGATT
1 -CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCG-CCGATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGATT
* * * * * *
580 TTATAATCCTC-CAATTAATTTTAAGTTGAGTTTTTTTTATTTTTTATTAAAATAGATTTTAGTT
64 TTATAAT-CTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTTATTAAAATAGATTATAATT
644 GAATGTCTACCTCATGAAATGTGAAGAAAATATATTCATTGA
128 GAATGTCTACCTCATGAAATGTGAAGAAAA-ATATTCATTGA
* * * * * * * * **
686 CAAGAAAAATTCATTTATAGTCACCTATGCCTTAAAAAACCTTCTAACTCGCTTTAAACTATTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCGATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGATTTT
* * ** * * *
751 ATAATCTTATAATTCACTTTAAGTTG-ATTTTTTTTATTTTTGGTCAAAATAAACTATAATTGAA
66 ATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAA
* * ** * *
815 TGTTTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAATTGATGCATTGG
131 TGTCTACC-TCATGAAATGTGAAGAAAAA-T-ATTCATTGA
** * * * * ** * ** * *
855 TGAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCAAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCGATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGATTTT
** ** * * * * *
920 ATAATCTCATAATTGA-TTTCAAGTTGAATTCTTTTACATTCATTGTCAAAATAGACTATCATCG
66 ATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATT-TTTTTTATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
* * ** * *
984 AGTGTCAACCTCGA-GAAACATGAAAAAAAAGTTATTCATTGG
129 AATGTCTACCTC-ATGAAATGTGAAGAAAAA--TATTCATTGA
** * * * ** * * ** *
1026 TGAGAAGAGTCCATTTATACTCACTTATACCTTCAAAAGCCTTATTGC-CTGCTTTAATTGTTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCGATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAAAGATTT
* * * * *
1090 TATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTA
65 TATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
* * * *
1155 AATGTCTACCTTA-GAAAACGTGTAGAAAAAGATATTCTTTG-
129 AATGTCTACCTCATG-AAATGTGAAG-AAAA-ATATTCATTGA
** * ** * * *
1196 GTAGGAAAGTCCATTTATAGTAACCTATGCCTTCGGAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATAG-TT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCGATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGATT
* * * * * ** *
1259 TCAGAATCTCATAATTCA-TTTGAAATTAAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
64 TTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATT-TTTTTTATTTTTTATTAAAATAGATTATAAT
* **
1323 TGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
127 TGAATGTCTACCTCATGAAATGTGAAGAAAAA
1355 GTGATACATT
Statistics
Matches: 933, Mismatches: 190, Indels: 117
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 61 0.07
169 215 0.23
170 236 0.25
171 214 0.23
172 129 0.14
173 60 0.06
174 12 0.01
175 2 0.00
176 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCGATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGATTTT
ATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAA
TGTCTACCTCATGAAATGTGAAGAAAAATATTCATTGA
Found at i:863 original size:338 final size:339
Alignment explanation
Indices: 3--1355 Score: 1157
Period size: 338 Copynumber: 4.0 Consensus size: 339
1 GG
* * *
3 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGCTTTT
1 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTT
* **
68 ATAAT-TTCATAATTGACTTTGAGTTAATTTTTTTATTTCATTTTTGGTCAAAACATGCTATAAT
66 ATAATCTT-ATAATTGACTTTAAGTTAA--TTTTT-TTT-ATTTTTGGTCAAAACAAACTATAAT
* * *
132 TGAATATTTA-CTT-AACAAACATGAACAAAAATCCATGCATTTGTGA-AACAAGTCCATTTATA
126 TGAATATTTACCTTGAA-AAACATGAAGAAAAAT-TATGCATTAGTGAGAA-AAGTCCATTTATA
* * *
194 CTCACTCATGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAACAGTTTTATAAT-CTCATAATTGAT
188 CTCAC-CATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCATTTTAAA-AGTTTTATAATCCTCACAATTAAT
*
257 TTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAAAGTCTATCTCGAGAA
250 TTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAAAGTCTACCTCGAGAA
*
322 ACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGG
315 ACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGA
* * * * * * *
347 CAAGAAAAGTCCAATTTATCGTCGCCGATGTCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAGATGATTT
1 CAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCTATGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTT
* * * * * * * * *
412 TAT-ATCTCATAATTGACCTTAGGTTAAATTCTTTCTTA-TTCTGGTTAACACAGATTATAATTG
65 TATAATCTTATAATTGACTTTAAGTT-AATT-TTTTTTATTTTTGGTCAAAACAAACTATAATTG
* * * * * * * *
475 AATATCTACCTTGAAAAATAAGAAGAAAAAGCTATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCG
128 AATATTTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAA-TTATGCATTAGTGAGAAAAGTCCATTTATACTC-
* * *
540 TCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAAGATTTTATAATCCTC-CAATTAATTTTAA
191 ACCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAAAG-TTTTATAATCCTCACAATTAATTTGAA
* * * * *
604 GTTGAGTTTTTTT-TA-TTTTTTATTAAAATAGATTTTAGTTGAATGTCTACCTC-ATGAAATGT
255 GTTGAATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAAAGTCTACCTCGA-GAAACGT
*
666 GAAG-AAAATATATTCATTGA
319 GAAGAAAAAGATATTCATTGA
* * * *
686 CAAGAAAAATTCATTTATAGTCACCTATGCCTTAAAAAACCTTCTAACTCGCTTTAAACT-ATTT
1 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGATTT
* * *
750 TATAATCTTATAATTCACTTTAAGTTGATTTTTTTTATTTTTGGTCAAAATAAACTATAATTGAA
65 TATAATCTTATAATTGACTTTAAGTTAATTTTTTTTATTTTTGGTCAAAACAAACTATAATTGAA
* * *
815 TGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATTGATGCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCACC
130 TATTTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAATT-ATGCATTAGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCA-C
* ** * * * * *
880 CAAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTCAAGT
193 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAA-AGTTTTATAATCCTCACAATTAATTTGAAGT
* * ** * * * * * ** * *
944 TGAATTCTTTTACA-TTCATTGTCAAAATAGACTATCATCGAGTGTCAACCTCGAGAAACATGAA
257 TGAATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAAAGTCTACCTCGAGAAACGTGAA
* * *
1008 AAAAAAGTTATTCATTGG
322 GAAAAAGATATTCATTGA
** * * * * * * * * *
1026 TGAGAAGAGTCCATTTATACTCACTTATACCTTCAAAAGCCTTATTGC-CTGCTTTAATTGTTTT
1 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCCTTAAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGATTT
* * ** * * * *
1090 TATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTA
65 TATAATCTTATAATTGACTTTAAGTT-AATTTTTTT-TATTTTTGGTCAAAACAAACTATAATTG
* * * * * * * * * * *
1155 AATGTCTACCTT-AGAAAACGTGTAGAAAAAGATATTCTTTGGT-AGGAAAGTCCATTTATAGTA
128 AATATTTACCTTGA-AAAACATGAAGAAAAA-TTATGCATTAGTGAGAAAAGTCCATTTATACTC
* * * * * *
1218 ACCTATGCCTTCGGAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTCAGAAT-CTCATAATTCATTTG
191 ACC-ATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCATTTTAAA-AGTTTTATAATCCTCACAATTAATTTG
* * * * * * * *
1281 AAATTAAATTGTTTTACA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACA
253 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAAAGTCTACCTCGAGAAACG
1345 TGAAGAAAAAG
318 TGAAGAAAAAG
1356 TGATACATTA
Statistics
Matches: 809, Mismatches: 169, Indels: 65
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
337 10 0.01
338 176 0.22
339 83 0.10
340 129 0.16
341 166 0.21
342 152 0.19
343 13 0.02
344 30 0.04
345 50 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTT
ATAATCTTATAATTGACTTTAAGTTAATTTTTTTTATTTTTGGTCAAAACAAACTATAATTGAAT
ATTTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAATTATGCATTAGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCACCAT
GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAAAGTTTTATAATCCTCACAATTAATTTGAAGTTGAA
TTTTTTTATATTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAAAGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAA
AAGATATTCATTGA
Found at i:1026 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4--1452 Score: 1065
Period size: 171 Copynumber: 8.5 Consensus size: 169
1 GGC
* * * * *
4 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGCTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
* * * * *
69 TAATTTCATAATTGACTTTGAGTT-AATTTTTT-TATTTCATTTTTGGTCAAAACATG-CTATAA
66 TAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTATATTT--TTTAT--T-AAAATA-GATTATAA
* * ** * * * * *
131 TTGAATATTTA-CTTAACAAACATGAACAAAAA-TCCATGCATTTGT
124 TTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGT-TATTCATTGGT
* * * *
176 GAA-ACAAGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAA-CAGTT
1 -AAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TT
238 TTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAATAGATTATAAT
63 TTATAATCTCATAATTGATTT-AAGTTGAA-TTTTTTATA-TTTTTTATTAAAATAGATTATAAT
* * * * *
303 TGAAAGTCTATCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGC
125 TGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGGT
* * * * *
348 AAGAAAAGTCCAATTTAT-CGTCGCCGATGTCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAGATGATTT
1 AAGAAAAGTCC-ATTTATAC-TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTT
* * * * ** * *
412 TAT-ATCTCATAATTGACCTTAGGTTAAATTCTTTCT-TA-TTCTGGTTAACACAGATTATAATT
64 TATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATT-TTT-TATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATT
* * * * * * *
474 GAATATCTACCTTGAAAAATAAGAAGAAAAAGCTATTCATTAGT
126 GAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGGT
* * ** * *
518 AAGAAAAGTCCATATATAGTCGTCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAAGATTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
* * * * * *
583 TAATCCTC-CAATTAATTTTAAGTTGAGTTTTTTTTATTTTTTATTAAAATAGATTTTAGTTGAA
66 TAAT-CTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAA
** **
647 TGTCTACCTC-ATGAAATGTGAAG-AAAA-TATATTCATTGAC
129 TGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGT-TATTCATTGGT
* * * * * * * *
687 AAGAAAAATTCATTTATAGTCACCTATGCCTTAAAAAACCTTCTAACTCGCTTTAAACT-ATTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGATTTT
* * * ** * * *
751 ATAATCTTATAATTCACTTTAAGTTG-ATTTTTTTTATTTTTGGTCAAAATAAACTATAATTGAA
65 ATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAA
* * *
815 TGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-TTGATGCATTGGT
129 TGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTT-ATTCATTGGT
* * ** * ** *
856 GAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCAAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
* ** * * * * * *
921 TAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTCTTTTACATTCATTGTCAAAATAGACTATCATCGAG
66 TAATCTCATAATTGATTT-AAGTTGAATT-TTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAA
* *
986 TGTCAACCTCGAGAAACATGAAAAAAAAGTTATTCATTGGT
129 TGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGGT
* * ** * * * *
1027 GAGAAGAGTCCATTTATACTCACTTATACCTTCAAAAGCCTTATTGC-CTGCTTTAATTGTTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGATTTT
* * * *
1091 ATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAA
65 ATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGA
* * * * *
1156 ATGTCTACCT-TAGAAAACGTGTAGAAAAAGATATTCTTTGGT
128 ATGTCTACCTCGAG-AAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGGT
* * * * * *
1198 -AGGAAAGTCCATTTATAGTAACCTATGCCTTCGGAAA-CCTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTT
* * * * * * *
1260 CAGAATCTCATAATTCATTTGAAATTAAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTG
64 TATAATCTCATAATTGATTT-AAGTTGAATT-TTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
* * * *
1325 AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTGATACATTAGT
127 AATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGGT
* * ** * * * * * * *
1368 GACAAAAGTCTTTTTATACTCACCAATGCCTTCGAAAGCCTTAATAGTTGCTTTAATTGTTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
* *
1433 TATTCTAATAATTGATTTAA
66 TAATCTCATAATTGATTTAA
1453 AGT
Statistics
Matches: 1006, Mismatches: 222, Indels: 99
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 55 0.05
169 218 0.22
170 255 0.25
171 279 0.28
172 134 0.13
173 49 0.05
174 11 0.01
175 2 0.00
176 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
TAATCTCATAATTGATTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATG
TCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGGT
Found at i:1299 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 747--1455 Score: 789
Period size: 341 Copynumber: 2.1 Consensus size: 340
737 CTTTAAACTA
* * * * *
747 TTTTATAATCTTATAATTCACTTTAAGTTGATTTTTTTTATTTTTGGTCAAAATAAACTATAATT
1 TTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTCATTTTTGATCAAAACAAACTATAATT
* * * *
812 GAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATTGATGCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTC
66 AAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAATGATGCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTA
* * * * * * *
877 ACCCAAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAA
131 ACCCAAGCCTTGGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTCAGAATCTCATAATTCATTTCAA
* * * * * * *
942 GTTGAATTCTTTTACATTCATTGTCAAAATAGACTATCATCGAGTGTCAACCTCGAGAAACATGA
196 ATTAAATTCTTTTACATTCATTATCAAAACAGACTATAATCGAATGTCAACCTCAAGAAACATGA
* * * * * **
1007 AAAAAAAGTTATTCATTGGTGAGAAGAGTCCATTTATACTCACTTATACCTTCAAAAGCCTT-AT
261 AAAAAAAGTGATACATTAGTGACAAAAGTCCATTTATACTCACCAATACCTTCAAAAGCCTTAAT
*
1071 TGCCTGCTTTAATTGT
326 AG-CTGCTTTAATTGT
* * * *
1087 TTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
1 TTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTT-CATTTTTGATCAAAACAAACTATAA
* * * * *
1152 TTAAATGTCTACCTT-AGAAAACGTGTAGAAAAAGAT-ATTCTTTGGT-AGGAAAGTCCATTTAT
64 TTAAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAA-ATGATGCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTAT
* * *
1214 AGTAACCTATGCCTTCGGAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTCAGAATCTCATAATTCAT
127 ACTAACCCAAGCCTT-GGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTCAGAATCTCATAATTCAT
* * ** * * * *
1278 TTGAAATTAAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
191 TTCAAATTAAATTCTTTTACATTCATTATCAAAACAGACTATAATCGAATGTCAACCTCAAGAAA
* ** * *
1343 CATGAAGAAAAAGTGATACATTAGTGACAAAAGTCTTTTTATACTCACCAATGCCTTCGAAAGCC
256 CATGAAAAAAAAGTGATACATTAGTGACAAAAGTCCATTTATACTCACCAATACCTTCAAAAGCC
*
1408 TTAATAGTTGCTTTAATTGT
321 TTAATAGCTGCTTTAATTGT
* * *
1428 TTTTATATTCTAATAATTGATTTAAAGT
1 TTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGT
Statistics
Matches: 303, Mismatches: 60, Indels: 11
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 28 0.09
341 215 0.71
342 59 0.19
343 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
TTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTCATTTTTGATCAAAACAAACTATAATT
AAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAATGATGCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTA
ACCCAAGCCTTGGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTCAGAATCTCATAATTCATTTCAA
ATTAAATTCTTTTACATTCATTATCAAAACAGACTATAATCGAATGTCAACCTCAAGAAACATGA
AAAAAAAGTGATACATTAGTGACAAAAGTCCATTTATACTCACCAATACCTTCAAAAGCCTTAAT
AGCTGCTTTAATTGT
Found at i:1306 original size:680 final size:681
Alignment explanation
Indices: 3--1353 Score: 1534
Period size: 680 Copynumber: 2.0 Consensus size: 681
1 GG
* * * * *
3 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGCTTTT
1 CAAGAAAAATTCATTTATAGTCACCTATGCCTTAAAAAACCTTATAACTCACTTTAAATGATTTT
* * **
68 ATAATTTCATAATTGACTTTGAGTTAATTTTTTTATTTCATTTTTGGTCAAAACATGCTATAATT
66 ATAATTTCATAATTCACTTTAAGTTAA-TTTTTTATTTCATTTTTGGTCAAAACAAACTATAATT
*
133 GAATATTTACTTAACAAACATGAACAAAAATCCATGCATTTGTGAAACAAGTCCATTTATACTCA
130 GAATATTTACTTAACAAACATGAACAAAAATCCATGCATTGGTGAAACAAGTCCATTTATACTCA
* * *
198 CTCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAACAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAG
195 CCCAAGCCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAACAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAG
* * ** * * * * * *
263 TTGAATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAAAGTCTATCTCGAGAAACGTGA
260 TTGAATTCTTTTACATTTCATTATCAAAATAGACTATAATCGAAAGTCAACCTCGAGAAACATGA
* * ** *
328 AGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTTATCGTCGCCGATGTCTTTAAAAGCCTTAT
325 AAAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTTATCGTCACCGATACCTTCAAAAGCCTTAT
* *
393 TACTCGCTTTAGATGATTTTATATCTCATAATTGACCTTAGGTTAAATTCTTTCTTATTCTGGTT
390 TACTCGCTTTAGATGATTTTATATCTCATAATTGACCTTAAGTTAAATTCTTTCTTATTCTGATT
* * *
458 AACACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAAAAATAAGAAGAAAAAGCTATTCATTAGTAAGAA
455 AAAACAGATTATAATTAAATATCTACCTTGAAAAAT-AGAAGAAAAAGATATTCATTAGTAAGAA
** ** * *
523 AAGTCCATATATAGTCGTCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAAGATTTTATAATC
519 AAGTCCATATATAGTCAACCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGATTTCAGAATC
* * * * ** * * *
588 CTCCAATTAATTTTAAGTTGAGTTTTTTTTATTTTTTATTAAAATAGATTTTAGTTGAATGTCTA
584 CTCCAATTAATTTGAAATTAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
* **
653 CCTCATGAAATGTGAAGAAAATATATTCATTGA
649 CCTCAAGAAACATGAAGAAAATATATTCATTGA
* *
686 CAAGAAAAATTCATTTATAGTCACCTATGCCTTAAAAAACCTTCTAACTCGCTTTAAACT-ATTT
1 CAAGAAAAATTCATTTATAGTCACCTATGCCTTAAAAAACCTTATAACTCACTTTAAA-TGATTT
* *
750 TATAATCTT-ATAATTCACTTTAAGTTGA-TTTTT-TTT-ATTTTTGGTCAAAATAAACTATAAT
65 TATAAT-TTCATAATTCACTTTAAGTTAATTTTTTATTTCATTTTTGGTCAAAACAAACTATAAT
* * * * **
811 TGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATTGATGCATTGGTGAGAA-AAGTCCATTTATAC
129 TGAATATTTA-CTTAACAAACATGAACAAAAATCCATGCATTGGTGA-AACAAGTCCATTTATAC
* ** * **
875 TCACCCAAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTC
192 TCACCCAAGCCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAACAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTC
* * **
940 AAGTTGAATTCTTTTACA-TTCATTGTCAAAATAGACTATCATCGAGTGTCAACCTCGAGAAACA
257 AAGTTGAATTCTTTTACATTTCATTATCAAAATAGACTATAATCGAAAGTCAACCTCGAGAAACA
* ** * **
1004 TGAAAAAAAAGTTATTCATTGGTGAGAAGAGTCC-ATTTATAC-TCACTTATACCTTCAAAAGCC
322 TGAAAAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTTAT-CGTCACCGATACCTTCAAAAGCC
* * * ** *
1067 TTATTGC-CTGCTTTA-ATTGTTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TTAC
386 TTATTACTC-GCTTTAGA-TGATTTTAT-ATCTCATAATTGACCTTAAGTTAAATTCTTTCTT--
* * * * *
1128 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAGAAAACGT-GTAGAAAAAGATATTC
446 A-TTCTGATTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCTT-GAAAA-ATAGAAGAAAAAGATATTC
* * * * *
1192 TTTGGT-AGGAAAGTCCATTTATAGT-AACCTATGCCTTCGGAAA-CCTTATTACTCACTTTAAA
508 ATTAGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCAACC-ATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* *
1254 TAG-TTTCAGAAT-CTCATAATTCATTTGAAATTAAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAT
571 -AGATTTCAGAATCCTC-CAATTAATTTGAAATTAAATT-TTTTACATTTTTTATTAAAACAGAT
1317 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA
633 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA
1354 AGTGATACAT
Statistics
Matches: 555, Mismatches: 95, Indels: 39
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
677 4 0.01
678 49 0.09
679 182 0.33
680 227 0.41
681 12 0.02
682 1 0.00
683 77 0.14
684 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (681 bp):
CAAGAAAAATTCATTTATAGTCACCTATGCCTTAAAAAACCTTATAACTCACTTTAAATGATTTT
ATAATTTCATAATTCACTTTAAGTTAATTTTTTATTTCATTTTTGGTCAAAACAAACTATAATTG
AATATTTACTTAACAAACATGAACAAAAATCCATGCATTGGTGAAACAAGTCCATTTATACTCAC
CCAAGCCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAACAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGT
TGAATTCTTTTACATTTCATTATCAAAATAGACTATAATCGAAAGTCAACCTCGAGAAACATGAA
AAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTTATCGTCACCGATACCTTCAAAAGCCTTATT
ACTCGCTTTAGATGATTTTATATCTCATAATTGACCTTAAGTTAAATTCTTTCTTATTCTGATTA
AAACAGATTATAATTAAATATCTACCTTGAAAAATAGAAGAAAAAGATATTCATTAGTAAGAAAA
GTCCATATATAGTCAACCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGATTTCAGAATCCT
CCAATTAATTTGAAATTAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
TCAAGAAACATGAAGAAAATATATTCATTGA
Done.