Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398092.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1398.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 17720
ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.10, T:0.31
Warning! 3337 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:332 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9--1154 Score: 1053
Period size: 171 Copynumber: 6.7 Consensus size: 170
1 GAAACGCA
* * ** **
9 AAGAAAAAGATATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACGTATGCCTTTAAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * *
74 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTTATAATTGACTTTAAATT-AATTTGTTTT-TTTATTTT
66 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTCATT-TTTT
* * *
137 GGTCAAAACAAGCTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTG
129 AGTC-AAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTG
** * *
180 AAGAAAAATCTATGCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * *
245 TACTTGCTTTAAAAGGTTTTATTATCTCACAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTAT-ATTTTTT
66 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT-TCATTTTTT
* * * *
309 ATTCAAACAAATTATAGTTGAATGTCTACCTCGAGAAACTTG
129 AGTCAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTG
* * * ** * *
351 AAGAAAAAGATATTTATTAGTAAGAAAAGTCTATTTAT-CGTCGTCTATGCCAT-GAAAAGCCTT
1 AAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAC-TCACCCATGCCTTCG-AAAGCCTT
* * ** *
414 ATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGACCTTAAGTTGAA-TTTTTTC-TTATTT
64 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTT
* * ** * *
477 AGGTTAACACCATTTATAATTGAATGTCTACCTCCAGAAACGTA
129 A-GTCAA-ACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTG
** * * * * * *
521 AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATATATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * * * *
586 TACTAGTTTTAAACGATTTTATAATCCCTTAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTCATTTTTTA
66 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTCATTTTTTA
* * * * * * * *
651 GTAAAATAGATTATAATTGAATCTCTACCTTGGGAAACATG
130 GTCAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTG
* * * * * * *
692 AAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGTCTTCAAAAG-CTTCA
1 AAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT-A
* *
756 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-CTCTTTAAG-TAAATTTGTTTTTTCATTT
65 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAA--T-TTTTTTCATTT
* * *
819 TTT-GTCAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCTAGAAACGTG
126 TTTAGTC-AAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTG
* * * * *
864 AAGAAAAA-TTAATGCATTGGTGAGAAAAGTCTATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCGTA
1 AAGAAAAAGAT-ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* ** *
928 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTCCAAGTTGAATTTGTTTTCA-TTTTC
65 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTCATTTTTT
* * *
992 AGTCAAA-ATAGACTATCATTGAATGCCTACCTCGAGAAACGGG
129 AGTCAAACA-A-ACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTG
* * * * * * * * *
1035 TAGAAAAAAATATTTATTTGTGAGAAAAGTTCATTTATACTCACCCGTACCCTCGAAAGCCTTA-
1 AAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * *
1099 TATCTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
66 TA-CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1155 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 791, Mismatches: 155, Indels: 59
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.01
169 8 0.01
170 142 0.18
171 462 0.58
172 156 0.20
173 16 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTTAG
TCAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTG
Found at i:649 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 9--1154 Score: 1241
Period size: 341 Copynumber: 3.4 Consensus size: 338
1 GAAACGCA
* * *
9 AAGAAAAAGATATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACGTATGCCTTTAAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAGATATTCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCCTTGAAAAGCCTTAT
* * * *
74 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTTATAATTGACTTTAAATTAATTTGTTTTTTTATTTTGG
66 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATT-TTTTTTTATTTTGG
* *
139 TCAAAACAAGCTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAATCTATGCATTGGTGAG
130 TCAAACCAA-CTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAATCAATGCATTGGTGAG
* *
204 AAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAAGGTTTTATTA
194 AAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAAAGGTTTTATAA
* * * * *
269 TCTCACAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTAT-ATTTTTTATTCAAACAAATTATAGTTGAATG
259 TCTCATAATTGATTTCAAGTTG-ATTTTTTTTTCATTTTTTAGTCAAA-AAATTATA-TTGAATG
*
333 TCTACCTCGAGAAACTTG
321 TCTACCTCGAGAAACATG
* * ** *
351 AAGAAAAAGATATTTATTAGTAAGAAAAG-TCTATTTATCGTCGTCTATGCCATGAAAAGCCTTA
1 AAGAAAAAGATATTCATTAGTAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCTATGCCTTGAAAAGCCTTA
* * * * * *
415 TTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGACCTTAAGTTGAATTTTTTCTTATTTAGG
65 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATTTTTTTTTATTTTGG
* ** * * * * * **
480 TTAACACCATTTATAATTGAATGTCTACCTCCAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
130 TCAA-ACCAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAATCAATGCATTGGTGAG
* * * * * * * *
545 AAAAGTCCATATATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGTTTTAAACGATTTTATAA
194 AAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAAAGGTTTTATAA
* * * *
610 TCCCTTAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTCATTTTTTAGT-AAAATAGATTATAATTGAATC
259 TCTCATAATTGATTTCAAGTTGATTTTTTTTTCATTTTTTAGTCAAAA-A-ATTAT-ATTGAATG
* *
674 TCTACCTTGGGAAACATG
321 TCTACCTCGAGAAACATG
* * * * *
692 AAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGTCTTCAAAAG-CTTCA
1 AAGAAAAAGATATTCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCCTTGAAAAGCCTT-A
**
756 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCTCTTTAAG-TAAATTTGTTTTTTCATTTT
65 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATTT-TTTTTT-A-TTT
* * * * *
820 TTGTCAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCTAGAAACGTGAAGAAAAATTAATGCATTGGT
127 TGGTCAAACCA-ACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAATCAATGCATTGGT
* * *
885 GAGAAAAGTCTATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCGTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTT
191 GAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAAAGGTTTT
* * * * *
949 ATAATCTCATAATTGATTCCAAGTTGAATTTGTTTTCA-TTTTCAGTCAAAATAGACTATCATTG
255 ATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGATTTTTTTTTCATTTTTTAGTCAAAA-A-ATTAT-ATTG
* **
1013 AATGCCTACCTCGAGAAACGGG
317 AATGTCTACCTCGAGAAACATG
* * * * * * * *
1035 TAGAAAAAAATATTTATTTGTGAGAAAAGTTCATTTATACTCACCCGTA-CCCTCG-AAAGCCTT
1 AAGAAAAAGATATTCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA-CC-TATGCCTTGAAAAGCCTT
* * * *
1098 A-TATCTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
64 ATTA-CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATTTTTTT
1155 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 660, Mismatches: 125, Indels: 37
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 21 0.03
341 262 0.40
342 116 0.18
343 243 0.37
344 15 0.02
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (338 bp):
AAGAAAAAGATATTCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCCTTGAAAAGCCTTAT
TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATTTTTTTTTATTTTGGT
CAAACCAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAATCAATGCATTGGTGAGAA
AAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAAAGGTTTTATAATC
TCATAATTGATTTCAAGTTGATTTTTTTTTCATTTTTTAGTCAAAAAATTATATTGAATGTCTAC
CTCGAGAAACATG
Found at i:1772 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1315--3243 Score: 1709
Period size: 171 Copynumber: 11.3 Consensus size: 168
1305 NNNNNNNNNN
*
1315 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTAGCTTTAAATGG
1 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* **
1379 TTTTATAATCTAATAATTGATTTGAAGTT-AATTTTTTTTTATTTTTTTTATTAAAATAAATTAT
65 TTTTATAATCTCATAATTGATTT-AAGTTGAA--TTTTTTTA-CATTTTTATTAAAATAAATTAT
* * *
1443 AATTGAATGTTTACCTTGAGAAACAAG-AGAAAAA-ACCATTCAT
126 AATTGAATGTCTACC-TGAGAAACATGAAGAAAAAGA-TATTCAT
* * ** **
1486 TGGTC-AGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATTT
1 TGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * *
1550 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAA
65 TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAATAAATTATAA
* * *
1615 TTGAATGTCTACAATGAGAAACGTGAAGAAAAATATATTCAT
128 TTGAATGTCTAC-CTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCAT
* * ** * * **
1657 TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGTTTTATTGCTCGGTTTAAATAAT
1 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * *
1722 TTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTATTAAAAAAAATGATAAGT
66 TTTATAATCTCATAATTGATTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAATAAATTATAATT
* * * * * * *
1787 GATTGT-TGACAATGGGAAACGTGAAGAAAACGTTATTTAT
130 GAATGTCT-AC-CTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCAT
* * * ** * * *
1827 TGGCAAAAAAAGTTCATTTTTAGTCGTCTATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGT
1 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * **
1892 TTTATAATCTCATAATTCACTTTAGGTT---TGTTTTT-CATTTTTGATCAAAACAAACCATCAA
66 TTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAATAAATTAT-AA
* *** *
1953 -TGAATGTCTATCTCGAGAAACATGAAGAAAAATCGATGCAT
128 TTGAATGTCTACCT-GAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCAT
** * * * * * * * *
1994 TGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATTCCTTCGAAAGTCTTATTACTCACTCTAAATTGT
1 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * * * * *
2059 TCTATAATCTCATAGTTCGCTTTAA-TTTAATTTTTTTTCATTTTTAGTCAAAACATACTATAAT
66 TTTATAATCTCATAATT-GATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAATAAATTATAAT
* * * * *
2123 TGAAAGTTTACCTTGAGAGACGTGAAGAAAAAGCTATTCAT
129 TGAATGTCTACC-TGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCAT
* * * * * * * *
2164 TGGTAAGAAAAGTCTATTTATATTTACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCCTGAAATGGT
1 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * * * *
2229 TTTAGAATCCCAAAATTGATTTTAAATTTAATTTTCTTAAATTTTTTATTAAAATAGATTATAAT
66 TTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAATAAATTATAAT
* * * *
2294 TAAATGTCTACCTCAAGAAACAAGAAGAAAAAGGTATTCAT
129 TGAATGTCTACCT-GAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCAT
** * * * *
2335 CAGCAAG-AAAGATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTGAAAAGCCTTATTGCTCGCCTTCAATGG
1 TGGCAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * *
2399 TTTTATAATCTCATAATTCACTTTAAGTTGACTTTTTTT-TATTTTTGATTAAAATAGATTATAA
65 TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAATAAATTATAA
* * * *
2463 TTAAATGTCTACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTTAT
128 TTGAATGTCTACCT-GAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCAT
** * * *
2505 TGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGATTTAAATAG
1 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * *
2569 TTATATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAA
65 TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAATAAATTATAA
* *
2634 TTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCGT
128 TTGAATGTCTACCTGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATTCAT
* * * * * * * **
2676 TGGCAAAAAAATTCTATTTATAGTTACTTATGCCTTTAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATTAT
1 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * *
2741 TTTATAATCTTATAACTAACTTTGAGTTGAATTTCTTCT-CATTTTTAGTTAAAAGAAATTATAA
66 TTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTA-TTAAAATAAATTATAA
* ** *
2805 TTGAATGTCTATCTTTGA-AAATGTGAAGAAAAAGCTATTCAT
128 TTGAATGTCTA-C-CTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCAT
* * * *
2847 TAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATGCCTTCAAAAGCCATACTACTCGCTTTAAATAG
1 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * *
2911 ATTTATAATC-CTATAACTAACTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAGTAGATTATA
65 TTTTATAATCTC-ATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAATAAATTATA
* * * * *
2975 ATTGAATGTCTACCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGGTAGTCAT
127 ATTGAATGTCTACCT-GAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCAT
* * * * *
3018 TGACAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAGGTCTTATTACTCGCTTTAATTGGT
1 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * *
3083 TTTATAATCTCATAATTAATTTTATGTTGAATTTTTTTACATATTTATTAAAATAAATTATAATT
66 TTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAATAAATTATAATT
* * * * *
3148 AAATGTCTACTTGGGGAAACATGTACAAAAAGATATTCAT
130 GAATGTCTACCT-GAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCAT
* ** *
3188 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCCTATGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCT
1 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
3244 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1435, Mismatches: 275, Indels: 97
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
166 10 0.01
167 114 0.08
168 3 0.00
169 20 0.01
170 551 0.38
171 703 0.49
172 32 0.02
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
TTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAATAAATTATAATTG
AATGTCTACCTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCAT
Found at i:2489 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1315--3243 Score: 1872
Period size: 341 Copynumber: 5.7 Consensus size: 340
1305 NNNNNNNNNN
* *
1315 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTAGCTTTAAATGG
1 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGG
* * *
1379 TTTTATAATCTAATAATTGA-TTTGAAGTT-AATTTTTTTTTATTTTTTTTATTAAAATAAATTA
66 TTTTATAATCTCATAATTAACTTT-AAGTTGAA-TTTTTTTCA---TTTTTATTAAAATAAATTA
* * ** * * *
1442 TAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACAAG-AGAAAAAACCATTCATTGGTCAGAAAAGTCCATTTA
126 TAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA
* ** ** *
1506 TACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATTTTTTTATAATCTCATAATTGAT
191 TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTGAT
* * * *
1571 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACAAT-GAGAA
256 TTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-CTCAAGAA
* **
1635 ACGTGAAGAAAAATATATTCAT
319 ACATGAAGAAAAAGGTATTCAT
* ** * ** **
1657 TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCG-AAAGTTTTATTGCTCGGTTTAAATAA
1 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGG
* * * *
1721 TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTATTAAAAAAAATGATAA
66 TTTTATAATCTCATAATTAACTTT-AAGTTG-AATTTTTTTCATTTTTATTAAAATAAATTATAA
* * * ** * * * * * * * *
1785 GTGATTGT-TGACAATGGGAAACGTGAAGAAAACGTTATTTATTGGCAAAAAAAGTTCATTTTTA
129 TTAAATGTCT-ACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATA
** * * * * * * * *
1849 GTCGTCTATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCACTT
193 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTT
* * * * ** * *
1914 TAGGTT---TGTTTTT-CATTTTTGATCAAAACAAACCATCAA-TGAATGTCTATCTCGAGAAAC
258 TAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTAT-AATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
* *
1974 ATGAAGAAAAATCG-ATGCAT
321 ATGAAGAAAAA-GGTATTCAT
** * * * * * *
1994 TGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATTCCTTCG-AAAGTCTTATTACTC-ACTCTAAATT
1 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAAGCCTTATTACTCGCCT-TAAATG
* * ** * * * * *
2057 GTTCTATAATCTCATAGTTCGCTTTAA-TTTAATTTTTTTTCATTTTTAGTCAAAACATACTATA
65 GTTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTGAA-TTTTTTTCATTTTTA-TTAAAATAAATTATA
* * *
2121 ATTGAAA-GTTTACCTTGAGAGACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTAT
128 ATT-AAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * * *
2185 ATTTACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCCTGAAATGGTTTTAGAATCCCAAAATTGATT
192 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATT
* * * * *
2250 TTAAATTTAATTTTCTTAAATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAAC
257 TTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
*
2315 AAGAAGAAAAAGGTATTCAT
321 ATGAAGAAAAAGGTATTCAT
** * *
2335 CAGCAAG-AAAGATCCATTTATAGTCACCTATGCCTT-GAAAAGCCTTATTGCTCGCCTTCAATG
1 TGGCAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATG
* * * *
2398 GTTTTATAATCTCATAATTCACTTTAAGTTGACTTTTTTTTATTTTTGATTAAAATAGATTATAA
65 GTTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTT-ATTAAAATAAATTATAA
* * *
2463 TTAAATGTCTACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAG
129 TTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * *
2528 TCACTCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGATTTAAATAGTTATATAATCCCATAATTGATTTT
194 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTT
* * *
2593 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACAT
259 AAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAT
* *
2658 GAAGAAAAAGATATTCGT
323 GAAGAAAAAGGTATTCAT
* * * * * * * * **
2676 TGGCAAAAAAATTCTATTTATAGTTACTTATGCCTT-TAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATTA
1 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGG
* * * * *
2740 TTTTATAATCTTATAACTAACTTTGAGTTGAATTTCTTCTCATTTTTAGTTAAAAGAAATTATAA
66 TTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTGAATTT-TTTTCATTTTTA-TTAAAATAAATTATAA
* * * * *
2805 TTGAATGTCTATCTTTGA-AAATGTGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATA
129 TTAAATGTCTA-CCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * * * *
2869 GTCACTCATGCCTTCAAAAGCCATACTACTCGCTTTAAATAGATTTATAATCCTATAACTAACTT
193 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTT
** * *
2934 TAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAGTAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAATA
258 TAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACA
*
2999 TGAAGAAAAAGGTAGTCAT
322 TGAAGAAAAAGGTATTCAT
* * * * * *
3018 TGACAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTC-AAAGGTCTTATTACTCGCTTTAATTGG
1 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGG
* * *
3082 TTTTATAATCTCATAATTAATTTTATGTTGAATTTTTTTACATATTTATTAAAATAAATTATAAT
66 TTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTGAATTTTTTT-CATTTTTATTAAAATAAATTATAAT
* * * * *
3147 TAAATGTCTA-CTTGGGGAAACATGTACAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG
130 TAAATGTCTACCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG
** * *
3211 TTGCCTATGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCT
194 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
3244 NNNNNNNNNN
Statistics
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344 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGG
TTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTATTAAAATAAATTATAATT
AAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAA
GTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA
GAAAAAGGTATTCAT
Found at i:5270 original size:171 final size:162
Alignment explanation
Indices: 4947--5275 Score: 385
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 162
4937 GCCTTCGAAA
* * *
4947 GCCTTATTACTCGCTTTACATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTGAAGTTGAAATTTTTTTAC
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTGAAGCTGAAATTGTTTTAC
* * * * *
5012 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACATTGAGAAATGATGAGAAAAGGTCATTCA
66 ATTATTTATTAAAACAGATTATAATCGAATGTTTACATCGAGAAATCATGAGAAAAAGTCATTCA
* * *
5077 TTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT
131 TTGGTAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCTAT
* *
5109 NNNNNNNNNNGCCTTATTACTCGTTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGCTG-
1 ----------GCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGACTTGAAGCTGA
*
5172 AATTGTTTTACATTATTTATTAAAACAGATTATAATCGAATGTTTACCTCGAGAAA-CATGAAGA
55 AATTGTTTTACATTATTTATTAAAACAGATTATAATCGAATGTTTACATCGAGAAATCATG-AGA
* *
5236 AAAAGTTATTCATTGGTAAAAAAAATCTATTTATAGTCAC
119 AAAAGTCATTCATTGGTAAAAAAAATCCATTTATAGTCAC
5276 TTATACTTTC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (162 bp):
GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTGAAGCTGAAATTGTTTTAC
ATTATTTATTAAAACAGATTATAATCGAATGTTTACATCGAGAAATCATGAGAAAAAGTCATTCA
TTGGTAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCTAT
Found at i:5275 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 4594--6188 Score: 813
Period size: 343 Copynumber: 4.7 Consensus size: 342
4584 NNNNNNNNNN
* * * *
4594 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGACTTTCAA-CT-
1 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAC-TTGAAGTTA
* * ** * * * * * * *
4657 AATTTTTTGTTCATTTATGGTCAAAACACACTATAATTGAATGTTTAC-CTCGAGGAACATGAAG
65 AATTTTTT-TACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-CTCTTGAGAAAAATGAAG
* * * * * * *
4721 --AGAGCATTATTCATTGGTGAGAAAAGTCTATTTATACTCA-CTCATGCCCTT-GAAAGCTTTA
128 AAAAAG-A-CATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-AT-ACCTTCAAAAGCCTTA
** * * * * **********
4782 TTACTTACTTT-AATTATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATNNNNNNNNNNTT-T
189 TTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCGCATAATTGATTTGAAGCTGAATTGTTTTACTATTAT
* * * * * * * * *
4845 TTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGGAA-ATGTATCAAAAAAGATATTGATTA
253 TTAGTAAAACAGATTATAATCGAATATCCACCTCGAGAAACATG-A--AAAAAAGATATTCATTG
* * * *
4908 GCAAGAAAAGTCCA-TTGGTAGTCACTTA
315 GCAAAAAAAATACACTT-ATAGTCACTTA
* *
4936 CGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTACATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTGAAGTTGA
1 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTGAAGTT-A
*
5001 AATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT-T-TACATTGAGAAATGATG-A
65 AATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTCT-C-TTGAGAAA-AATGAA
* * **********
5063 GAAAAGGTCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATNNNNNNNNNNGCCTTATTA
127 GAAAAAGACATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
5128 CTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGCTGAATTGTTTTAC-ATTATTTAT
192 CTCGCTTTAAATGATTTTATAATCGCATAATTGATTTGAAGCTGAATTGTTTTACTATTATTTAG
* ** * *
5192 TAAAACAGATTATAATCGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAAA
257 TAAAACAGATTATAATCGAATATCCACCTCGAGAAACATGAA-AAAAAGATATTCATTGGCAAAA
*
5257 AAAAT-CTATTTATAGTCACTTA
321 AAAATAC-ACTTATAGTCACTTA
* * * * * * ********** *
5279 TACTTTCAAAAGCGTTATTATTTGCTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAA
1 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTGAAGTTAA
* * ** * *
5344 ATTTTTTTTA-TTTTTTTGTTAAATTAGATTATAACTAAATGTCTCTCTTGAGAAAAATGAAGAA
66 A-TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTCTCTTGAGAAAAATGAAGAA
* ********** *
5408 AAAGACATTCATTGGTGAGAAAAGTCTATTTNNNNNNNNNNATACCTTCAAAAGCCTTATTACTT
130 AAAGACATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * * * *
5473 GCTTTAATTGTTTTTATAATCGCATAATTGATTTTATGCTGAATTTTTTTTCTATTTTTTAGTAA
195 GCTTTAAATGATTTTATAATCGCATAATTGATTTGAAGCTGAATTGTTTTACTATTATTTAGTAA
* * * * *
5538 AACAGATTATAATTGAATATCCACCTCTAGAAACGTGTAAAAAAGATATTCATTGGCAAAAAAAG
260 AACAGATTATAATCGAATATCCACCTCGAGAAACATGAAAAAAAGATATTCATTGGCAAAAAAAA
*
5603 TACACTTATAGTCACCTA
325 TACACTTATAGTCACTTA
********** * * *
5621 TGCCTTCGAANNNNNNNNNNCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGACTTGAAGCTCA
1 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTGAAGTTAA
* *
5686 ATTTTTTTACATTTTTTCTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-CTTG-GAAAACATGAAGT
66 ATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-CTCTTGAGAAAA-ATGAAGA
* * * ** * * *
5749 AAAAGATAGTCATTAGCAAGAAAAGT-CTTATTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTGC
129 AAAAGACATTCATTGGTGAGAAAAGTCCAT-TTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTAC
********** * * *
5813 TCGCNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGGT-AATT-TTTTA-T-TCATTTAT
193 TCGCTTTAAATGATTTTATAATCGCATAATTGA-TTTGAAGCTGAATTGTTTTACTATTATTTA-
* * * * * *
5873 GGTCAAAACAGACTATAATAGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAAATATTCATTGG-
256 -GT-AAAACAGATTATAATCGAATATCCACCTCGAGAAACATG-A-AAAAAAGATATTCATTGGC
* * * * *
5937 AGAGAAAAGT-CGACTTGTACTCA-TCCA
317 A-AAAAAAATAC-ACTTATAGTCACT-TA
* ** * * * * * ********
5964 TACCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTATTTTTATAATCTCATAATTTATTTTNNNNNNN
1 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTGAAGTTAA
*** * * * * * * *
6029 NNNTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGCCTATC-TCAAAAAACATGCAA-A
66 ATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTCTCTTGAGAAAA-ATG-AAGA
* * * * * * **
6092 AGAAGATATTCATTCGTAAGAAAAATTCATTTATAGTCACCTATGGCTTCAAAAGCCTTATTACT
129 AAAAGACATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * *
6157 AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
194 CGCTTTAAATGATTTTATAATCGCATAATTGA
6189 CTTCAAGTTA
Statistics
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0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (342 bp):
TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTGAAGTTAA
ATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTCTCTTGAGAAAAATGAAGAAA
AAGACATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
CTTTAAATGATTTTATAATCGCATAATTGATTTGAAGCTGAATTGTTTTACTATTATTTAGTAAA
ACAGATTATAATCGAATATCCACCTCGAGAAACATGAAAAAAAGATATTCATTGGCAAAAAAAAT
ACACTTATAGTCACTTA
Found at i:5650 original size:171 final size:159
Alignment explanation
Indices: 5484--5798 Score: 321
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 159
5474 CTTTAATTGT
* * * * * *
5484 TTTTATAATCGCATAATTGATTTTATGCTGAATTTTTTTTCTATTTTTTAGTAAAACAGATTATA
1 TTTTATAATCACATAATTGACTTGAAGCTCAATTTTTTTAC-ATTTTTTAGTAAAACAGATTATA
* * *
5549 ATTGAATATCCACCTCTAG-AAACGTGTAA-AAAAGATATTCATTGGCAAAAAAAGTAC-ACTTA
65 ATTGAATATCCACCT-TAGAAAACATG-AAGAAAAGATAGTCATTAGCAAAAAAAGT-CTA-TTA
5611 TAGTCACCTATGCCTTCGAANNNNNNNNNNCTCGCTTTAAATAG
126 TAGTCACCTATGCCTTCGAA----------CTCGCTTTAAATAG
**
5655 TTTTATAATCACATAATTGACTTGAAGCTCAATTTTTTTACATTTTTTCTTAAAACAGATTATAA
1 TTTTATAATCACATAATTGACTTGAAGCTCAATTTTTTTACATTTTTTAGTAAAACAGATTATAA
* * * *
5720 TTGAATGTCTACCTTGGAAAACATGAAGTAAAAGATAGTCATTAGCAAGAAAAGTCTTATTATAG
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5785 TCACCTATGCCTTC
129 TCACCTATGCCTTC
5799 AAAAGCCTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (159 bp):
TTTTATAATCACATAATTGACTTGAAGCTCAATTTTTTTACATTTTTTAGTAAAACAGATTATAA
TTGAATATCCACCTTAGAAAACATGAAGAAAAGATAGTCATTAGCAAAAAAAGTCTATTATAGTC
ACCTATGCCTTCGAACTCGCTTTAAATAG
Found at i:6972 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6743--9351 Score: 1802
Period size: 171 Copynumber: 15.4 Consensus size: 171
6733 AAACATATCG
* ** * * ** *
6743 AAAAAGATATTCATTGGTAAGATAAGTCCATTGGTAGTCACCCATACCTTCGGAAGCCTTATTCC
1 AAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
**********
6808 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCNNNNNNNNNNTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTATTA
66 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATACATTTTTATTA
* *
6872 AAAT-GAATTATAATTAAATGTCTGCCTCGGGAAACATGAAA
131 AAATAG-ATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAA
* * * * *
6913 AAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATCGTCGCCTATACCTTTAAAAGCCTTGTTAC
1 AAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
** ** * ** * * *
6978 TCTATTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGACCTTAAGTTGAATTTTTTCT-CATTCTGATTA
66 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATACATTTTTATTA
* * * *
7042 ACATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCCAAAAACAT-AAA
131 AAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAA
** * * * *
7082 GAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAATTCTATATATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG-CTATATT
1 -AAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCT-TATT
* * * * *
7146 ACTCACTTGAAATGGTTTTAAAATCCCCTAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTATA-TTTTTTAT
64 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATACATTTTTAT
*********** * * *
7209 TAAAATANNNNNNNNNNGAATGTCTACTTTGAGAAACGTGAAA
129 TAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAA
* * * * *
7252 AAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGTCTTCAAAAGCCTTATTGC
1 AAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* **********
7317 TCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTANNNNNNNNNNTTT-TACATTTTTATTA
66 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATACATTTTTATTA
* *
7381 AAATAAATTATAATTAAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAA
131 AAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAA
* * * *
7422 AAGAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCTATGCCTTTAAAAGTCTTATTAC
1 AAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * ** * * **
7487 TCGCTTTATATGGTTTTATAAACTCATAATTGACCTTAAGTTGAATTTTTTCT-CATTCTGGTTA
66 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATACATTTTTATTA
* * * ** * *
7551 ACACAGATTATAATTGAATGTCTATGTCCAAAAACAT-AAA
131 AAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAA
* * * *********
7591 AAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATGTATAGTCA-CTCATGCCTTCAAAANNNNNNNNN
1 AAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * *
7655 NTCACTTTAAATAGTTTTATAATCCCCTAATTGATTTTAAGTT-AA---TTT-T---TTTTTATT
65 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATACATTTTTATT
* * * * ***
7712 AAAATAGATTATAATTGAATGT-TAACCTTGAGAAGCGTGCCT
130 AAAATAGATTATAATTAAATGTCT-ACCTCGAGAAACATGAAA
****
7754 AAAAAGATATTCATAAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAA-CCTTATTA
1 AAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTC-AAAAGCCTTATTA
** * ** * **
7818 CTAACTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTCT-TATTTTTTTAT
65 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TATACATTTTTAT
* * * * * * * * *
7882 TACAAGAAATTATAATTTAATGTTTACCTCGGGAAATAAGGAA
129 TAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAA
** ** * * * * *
7925 AAAAAGCCATTCATCAGTAAGAAAAGTCTATTTATACTCACCCT-TACCATCGAAAGCCTTATTA
1 AAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
********** * * *
7989 CTCGCTTTAANNNNNNNNNNAATCCCATAATTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTTTATATTTTTTA
65 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATACA-TTTTTA
* * * * * * *
8053 TTAAAACAGATTAGAATTGAATGGCTACCTTGTGAAACATGAAG
128 TTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAA
* * *** * ** * *
8097 GAAAAGATATTCGTTCACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACATATGCCTTCGGAAGACTTATTGC
1 AAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * * * * *
8162 CCACTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATCG-GTTGAAGTTGAATTTTTTATA-TTTTTTATTA
66 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATACATTTTTATTA
* * * *
8225 AAACAGATTATAATTGAATGTCGACCTC-AGGAAACATGAAG
131 AAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAA
* * * * * * * **
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1 AAAAAGATATTCATTGG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * *
8330 CTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAA---G----TTTTAT--TTTTTTATT
65 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATACATTTTTATT
*
8386 AAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTC-AGAAAACATGCAA
130 AAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAG-AAACATGAAA
* * * * * * ***
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* * * *
8493 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTT-TATATTTTTCATT
66 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATACATTTTT-ATT
* * * * *
8557 AAAACAGATTATAATTGAATGACTACCTTGAGAAACATGAAG
130 AAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAA
* * * *
8599 ACAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * * * *
8664 TCGCTTTAAATTGTTTCATAATCTCATAATTGACTTTAACTTGAATTTTTT-T-TATTTTTGGTT
66 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATACATTTTT-ATT
* * * * *
8727 -CAATCAGATTATAATTAAATATCTTCCTCGAGAAACGTGAAG
130 AAAAT-AGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAA
* * * * ** *
8769 AAAAA-ATCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCGATTTATACTCACCCATGCCTTTGAAAGCTTTATT
1 AAAAAGAT--ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * * *
8833 ACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTAAATTTATTTATA-TTTTTTA
64 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTATACATTTTTA
* * * * * **
8897 TTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTATCTTG-GAAAACTTGTCA
128 TTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAG-AAACATGAAA
* * ** * **
8941 AAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTGGTAGTCACCTACGCCTTCGGAAGCCTTATTAC
1 AAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * *
9006 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTTACAATTTTT-CT
66 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATAC-ATTTTTATT
* * * * *
9070 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGGAAACAAAGAGA
130 AAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGA-GAAAC-ATGAAA
* * * *
9113 AAAAGGA-ATTCATTGGTAAG-AAAGATCCATTTAGAGTCACTTATGCCTTCAAAAGTCTTATTA
1 AAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * ** * *
9176 TTTGCCTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGCCTTT-ATTTGAATTTCTTT-T--ATTTTTGG
65 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTATACATTTTT-A
* * * *
9237 TTAAAACT-GATTATACTTGAATATCTACCTC-AGGAAACATGAAG
128 TTAAAA-TAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAA
* * * * *
9281 AAAAAGATATT-ACTTGATAAGGAAAGTCCATTTATCGTCACCTATGCCTTTAAAAGTCTTATTA
1 AAAAAGATATTCA-TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
9345 CTCGCTT
65 CTCGCTT
9352 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1890, Mismatches: 479, Indels: 141
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
161 4 0.00
162 160 0.08
163 86 0.05
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165 3 0.00
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172 159 0.08
173 11 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATACATTTTTATTA
AAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAA
Found at i:9025 original size:513 final size:501
Alignment explanation
Indices: 6863--9285 Score: 1562
Period size: 503 Copynumber: 4.8 Consensus size: 501
6853 TTTTTTTACA
* * * * *
6863 TTTTTATTAAAAT-GAATTATAATTAAATGTCTGCCTCGGGAAACATGAAAAAAAAGATATTCAT
1 TTTTTATTAAAATAG-ATTATAATTAAATGCCTACCTCAGAAAACATGCAAAAAAAGATATTCAT
* * * * * * ** * *** * ** *
6927 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATCGTCGCCTATACCTTTAAAAGCCTTGTTACTCTATTTAAATAAT
65 TAGCAAGAAAAGTCCATTGATAGTCACCGACGCATTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* * * * * * *
6992 TTTATAATCTCATAATTGACCTT-AAGTTGAATTTTTTCT-CA-TTCTGATTAACATAGATTATA
130 TTTATAATCTCATAATTGA-TTTCAAGTTAAATTTTTT-TATATTTTTCATTAAAACAGATTATA
* ** * * ** * * * *
7054 ATTGAATGTCTACCTCCAAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAATTCTATATATA
193 ATTGAATGACTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
** * * * * * * *
7119 GTCACCCATGCCTTCAAAAG-CTATATTACTCACTTGAAATGGTTTTAAAATCCCCTAATTGATT
257 GTCACATATGCCTTCAAAAGACT-TATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTG-CT
* * ** * ********** * **
7183 TTAAGTTG-ATTTTTTATATTTTTTATTAAAATANNNNNNNNNNGAATGTCTA-CTTTGAGAAAC
320 TTAACTTGAATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAG-GAAAC
* * * ** * * ** **
7246 GTGAAAAAAAAGAT-ATTCATTAGC-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGTCTTCAAAAGC
384 ATGAAGAAAAA-ATCATTCATTGGCTAA-AAAAGCCCATTTATACTCACCCATACCTTTGAAAGC
* * * * * * ** **
7309 CTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTANNNNNNNNNNTTTTACA
447 CTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTCATTTTA--------AGTTTTATT
* * *
7372 TTTTTATTAAAATAAATTATAATTAAATGTCTGCCTC-GAGAAACATG-AAAAAGAAGATATTCA
1 TTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATGCCTACCTCAGA-AAACATGCAAAAA-AAGATATTCA
* * * * * * * *** * * *
7435 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCTATGCCTTTAAAAGTCTTATTACTCGCTTTATATGG
64 TTAGCAAGAAAAGTCCATTGATAGTCACCGACGCATTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* * * * * ** *
7500 TTTTATAAACTCATAATTGACCTT-AAGTTGAATTTTTTCT-CA-TTCTGGTTAACACAGATTAT
129 TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTCAAGTTAAATTTTTT-TATATTTTTCATTAAAACAGATTAT
* ** ** * * * * *
7562 AATTGAATGTCTATGTCCAAAAACATAAAAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATGTATA
192 AATTGAATGACTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
********** * * * * *
7627 GTCAC-TCATGCCTTCAAAANNNNNNNNNNTCACTTTAAATAGTTTTATAATCCCCTAATTGATT
257 GTCACAT-ATGCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTG-CT
* * * * * *
7691 TTAAGTT-AA----TTTT-TTTTT-ATTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TAACCT-TGAGAAG
320 TTAACTTGAATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCT-ACCTCAG-GAAA
* *** *** * * * * * *
7747 CGTGCCTAAAAAGAT-ATTCATAAAC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAA
383 CATGAAGAAAAA-ATCATTCATTGGCTAA-AAAAGCCCATTTATACTCACCCATACCTTTGAAAG
** * * * *
7810 CCTTATTACTAACTTTAAATAG-TTTTATAATCTAATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTCTTAT
446 CCTTATTACTTGCTTT-AATTGTTTTTATAATCTCATAATTCA-TT----TT-AA--GTT-TTAT
7874 T
501 T
* * * * ** * * * * * ** *
7875 TTTTTATTACAAGAAATTATAATTTAATGTTTACCTCGGGAAATAAGGAAAAAAAGCCATTCATC
1 TTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATGCCTACCTCAGAAAACATGCAAAAAAAGATATTCATT
* * * * * * ****
7940 AGTAAGAAAAGTCTATTTATACTCACCCTTAC-CA-TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAANNNN
66 AGCAAGAAAAGTCCATTGATAGTCA-CC-GACGCATTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
****** * * * *
8003 NNNNNNAATCCCATAATTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTAG
129 TTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTAAA--TTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGATTAT
* * * **
8067 AATTGAATGGCTACCTTGTGAAACATGAAGGAAAAGATATTCGTTCACAAGAAAAGTCCATTTAT
192 AATTGAATGACTACCTTGAGAAACATGAA-GAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
** * * * * *
8132 AGTCACATATGCCTTCGGAAGACTTATTGCCCACTTT-AATTGGTTTTATAATCTCATAATCGGT
256 AGTCACATATGCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATT-GTTTTATAATCTCATAATTGCT
* * * ** * *
8196 TGAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCGACCTCAGGAAACA
320 TTAACTTGAATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAGGAAACA
* * * *
8261 TGAAGAAAAAGTTATTCGTTGGCTAAAAAAGCCCATTTTTACTCACCCATACCTTTGAAAGCCTT
385 TGAAGAAAAAATCATTCATTGGCTAAAAAAGCCCATTTATACTCACCCATACCTTTGAAAGCCTT
8326 ATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTTTATT
450 ATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTTTATT
*
8378 TTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAGAAAACATGCAAAAAAAGATATTCATT
1 TTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATGCCTACCTCAGAAAACATGCAAAAAAAGATATTCATT
** * *
8443 AGCAAGAAAAGTCCATTGATAGTCACCGATTCATTTGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
66 AGCAAGAAAAGTCCATTGATAGTCACCGACGCATTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
*
8508 TTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGATTATAATT
131 TTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGATTATAATT
*
8573 GAATGACTACCTTGAGAAACATGAAGACAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
196 GAATGACTACCTTGAGAAACATGAAGA-AAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
8638 ACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTCATAATCTCATAATTGACTTTAA
260 ACATATGCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTG-CTTTAA
* * * * *
8703 CTTGAATTTTTTTTATTTTTGGTTCAATCAGATTATAATTAAATATCTTCCTC-GAGAAACGTGA
324 CTTGAATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAG-GAAACATGA
* * * * *
8767 AGAAAAAATCCATTCATTGG-TGAGAAAAGTCGATTTATACTCACCCATGCCTTTGAAAGCTTTA
388 AGAAAAAAT-CATTCATTGGCT-AAAAAAGCCCATTTATACTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTA
* *
8831 TTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTAAATTTATTTATAT
451 TTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAG-------T-TTTAT-T
* * ** *
8891 TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTATCTTGGAAAACTTGTC-AAAAAAGATATTCAT
1 TTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATGCCTACCTCAGAAAACATG-CAAAAAAAGATATTCAT
* * * * *
8955 TGGCAAGAAAAGTCTATTGGTAGTCACCTACGCCTTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
65 TAGCAAGAAAAGTCCATTGATAGTCACCGACGCATTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* *
9020 TTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTTACAATTTTTC--TAAAACAGATTATA
130 TTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTT-AAATTTTTTTA-TATTTTTCATTAAAACAGATTATA
* * *
9083 ATTGAATGTCTACCTT-AGGAAACA-AAGAGAAAAAGGA-ATTCATTGGTAAG-AAAGATCCATT
193 ATTGAATGACTACCTTGA-GAAACATGA-AG-AAAA-GATATTCATTGGCAAGAAAAG-TCCATT
* * * * * * *
9144 TAGAGTCACTTATGCCTTCAAAAGTCTTATTATTTGCCTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
253 TATAGTCACATATGCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * *
9209 CCTTT-ATTTGAATTTCTTTTATTTTTGGTTAAAACTGATTATACTTGAATATCTACCTCAGGAA
318 -CTTTAACTTGAATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAGGAA
9273 ACATGAAGAAAAA
382 ACATGAAGAAAAA
9286 GATATTACTT
Statistics
Matches: 1561, Mismatches: 284, Indels: 135
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
501 4 0.00
502 251 0.16
503 307 0.20
504 111 0.07
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514 13 0.01
515 7 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (501 bp):
TTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATGCCTACCTCAGAAAACATGCAAAAAAAGATATTCATT
AGCAAGAAAAGTCCATTGATAGTCACCGACGCATTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
TTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGATTATAATT
GAATGACTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
CATATGCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTAACT
TGAATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAGGAAACATGAAGA
AAAAATCATTCATTGGCTAAAAAAGCCCATTTATACTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACT
TGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTTTATT
Found at i:10792 original size:173 final size:170
Alignment explanation
Indices: 10298--11165 Score: 712
Period size: 173 Copynumber: 5.1 Consensus size: 170
10288 NNNNNNNNNG
* * ** * ** *
10298 TAAATGGACTTTCCTTACTAATGTCTATCTTTTTCTTGATGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTA
1 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTA
* * * * * * *
10363 TAATCTACTTTAATTGAAAATGT---AAAACATTTCACCTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAA
66 TAATCT-GTTT--TAGAAAAAGTAAAAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * **
10425 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGCATAAATGACTA
127 CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTA
* * ** * * * *
10469 TAAATGGACTTTTCTTACCGATTAATGGCTTTTGCTTCAAT-TTTCTTGAGGTAAACATTCAATT
1 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTC-ATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATT
** *
10533 ATAATCTGTTTT--AATCAGAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAGGT-AATTATGAGATTATAAAA
65 ATAATCTGTTTTAGAAAAAGTAA-AAAAAAAATTCAACTTAAA--TCAATTATGAGATTATAAAA
* * *
10595 CTATTTAAGGCAAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTA
127 CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTA
* * *
10639 TAAATGGATCTTTT-TTACCAATGACTACCTTTTTCTTCTTGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATT
1 TAAATGGA-CTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATT
* *
10703 ATAATCTGTTTTAGGAAAACTGTAAAAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAG
65 ATAATCTGTTTTA-GAAAA-AGTAAAAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAA
** * *
10768 CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCGAAAGTATAGGTGACTA
127 CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTA
** * * * *
10812 CCAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTT-TGACAAGTTTTCC-AAGAT-GAACATTCAA
1 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCT-TCATG-TTTCCTAAGGTAG-ACATTCAA
* *
10874 TTATAAGCTGTTTTAAGAAAAA--AATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
63 TTATAATCTGTTTT-AGAAAAAGTAA-A-AAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTAT-
* * ** * *
10937 AAAAC-AATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGAGTA
123 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTA
* * * * * * * * *
10984 TAAATCGACTTCTCTCACCAATGAATGGTTTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGAAGACATTTAATT
1 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATT
** * * *
11049 ATAATCT-AATT-GAACCAAA--AATAAAAAAAATTCAAGTTAAAGTCTATTATAAGATTATGAA
65 ATAATCTGTTTTAGAA--AAAGTAA-AAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTAT-AA
* *
11110 AA-AATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGTGACTA
125 AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTA
11155 TAAATGGACTT
1 TAAATGGACTT
11166 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 563, Mismatches: 103, Indels: 62
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
166 3 0.01
168 1 0.00
169 4 0.01
170 134 0.24
171 139 0.25
172 111 0.20
173 157 0.28
174 14 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTA
TAATCTGTTTTAGAAAAAGTAAAAAAAAAATTCAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTA
Found at i:11077 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 10522--11165 Score: 769
Period size: 343 Copynumber: 1.9 Consensus size: 340
10512 TCTTGAGGTA
* ** * *
10522 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAGAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAGGTAATTATGAGA
1 AACATTCAATTATAAGCTGTTTTAAAAAAAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAGATAATTATGAGA
* * ** *
10587 TTATAAAACTATTTAAGGCAAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGATCTTT
66 TTATAAAACTAATTAAAGCAAATAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATCGATCTTT
* * * ** * * ** *
10652 TTTACCAATGACTACCTTTTTCTTCTTGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAG
131 CTCACCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTGAAC
* * **
10717 GAAAACTGTAAAAAAAAAATTCAACTTGAAA-TCAATTATGAGATTAT-AAAGCTATTTAAAGCG
196 CAAAA---TAAAAAAAAAATTCAACTT-AAAGTCAATTATAAGATTATGAAA-AAATTTAAAGCG
*
10780 AGTAATAAGGCTTCCGAAAGTATAGGTGACTACCAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTT
256 AGTAATAAGGCTTCCGAAAGTATAGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTT
10845 TTGACAAGTTTTCCAAGATG
321 TTGACAAGTTTTCCAAGATG
*
10865 AACATTCAATTATAAGCTGTTTTAAGAAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAA-ATCAATTATG
1 AACATTCAATTATAAGCTGTTTTAA-AAAAAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAGAT-AATTATG
* * *
10929 AGATTATAAAAAC-AATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGAGTATAAATCGA-
63 AGATTAT-AAAACTAATTAAAGCAAATAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATCGAT
*** * *
10992 CTTCTCTCACCAATGAATGGTTTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGAAGACATTTAATTATAATCTA
127 CTT-TCTCACCAATGAAT-ACCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGAAGACATTCAATTATAATCT-
* * *
11057 ATTGAACCAAAA-ATAAAAAAAATTCAAGTTAAAGTCTATTATAAGATTATGAAAAAATTTAAAG
189 ATTGAACCAAAATAAAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATAAGATTATGAAAAAATTTAAAG
** * *
11121 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTT
254 CGAGTAATAAGGCTTCCGAAAGTATAGGTGACTACAAATGGACTT
11166 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 251, Mismatches: 41, Indels: 18
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
342 3 0.01
343 102 0.41
344 13 0.05
345 84 0.33
346 42 0.17
347 7 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (340 bp):
AACATTCAATTATAAGCTGTTTTAAAAAAAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAGATAATTATGAGA
TTATAAAACTAATTAAAGCAAATAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATCGATCTTT
CTCACCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTGAAC
CAAAATAAAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATAAGATTATGAAAAAATTTAAAGCGAGTAA
TAAGGCTTCCGAAAGTATAGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTTGAC
AAGTTTTCCAAGATG
Found at i:12044 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 11519--12211 Score: 645
Period size: 170 Copynumber: 4.1 Consensus size: 171
11509 NNNNNNNNNN
* * * * * *
11519 TAAAAACAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGA-GTATAAATAGAATTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACG-ATAAATGGACTTTTCT
* * * * ** * * * *
11583 CACCATTGAATGA-CTTTTTTTTTATGTTTCCCAAGGTAGACATTCATTTATAACCTGTTTTGAG
65 TACCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * *
11647 AATAAATA-AAAAAAATT-AACTTAAAGCCAATGATAAGATTA
129 AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAGCCAATTATGAGATTA
* ** * * *
11688 TAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGATC-TAGGTTACTATAAAT-GATCTTTTC
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG-GCATAGGTGACGATAAATGGA-CTTTTC
* * * ** * ** *
11751 TTGCCAATGAATATCTTCTTT-TGCACGTTTGTTGCGGTAGACATTCAATTATCCTCTCTTTTAA
64 TTACCAATGAATATCTT-TTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * ** *
11815 -TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAATGTTAATTATGAGTTTA
128 CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAGCCAATTATGAGATTA
* * * *
11858 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAAGGCATAGGTGACGATAAATGGACTTTCCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACGATAAATGGACTTTTCTT
* *
11923 ACCAA-GTAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGATATTCAATTATAATCAGTTTTAACA
66 ACCAATG-AATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA
*
11987 AAAAATATAAAAAAATTTAACTTTAAA-CCAATTATGAGATTA
130 AAAAATATAAAAAAATTCAAC-TTAAAGCCAATTATGAGATTA
* * * *
12029 TAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACGATAAATGGACTTTTCTT
** ** * * * * * * * *
12094 GGCAATGAATGGCTTGTTCTTCCTGTGT-CTAGAGGTAGATATTTAATTATAATTTGTTCTAACG
66 ACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCT-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA
* *
12158 AAAAAT-GAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTA
130 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAGCCAATTATGAGATTA
12199 TAAAACCATTTAA
1 TAAAACCATTTAA
12212 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 421, Mismatches: 87, Indels: 31
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.02
169 106 0.25
170 159 0.38
171 143 0.34
172 5 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACGATAAATGGACTTTTCTT
ACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAA
AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAGCCAATTATGAGATTA
Found at i:12171 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 11519--12211 Score: 776
Period size: 341 Copynumber: 2.0 Consensus size: 339
11509 NNNNNNNNNN
* * * * *
11519 TAAAAACAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGAGTATAAATAGAATTTTCTC
1 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATAGGTGAGTATAAATAGAATTTCCTC
* * * * * * *
11584 ACCATTGAATGACTTTTTTTTTATGTTTCCCAAGGTAGACATTCATTTATAACCTGTTTTGAGAA
66 ACCAGTGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAACCAGTTTTAACAA
*
11649 TAAATAAAAAAAATTAACTTAAAGCCAATGATAAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAG
131 AAAATAAAAAAAATTAACTTAAAGCCAATGATAAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAG
* * * *
11714 GCTTTTGAAGATCTAGGTTACTATAAATGATCTTTTCTTGCCAATGAATATCTTCTTTTGCACGT
196 GCTTTCGAAGAGCTAGGTGACTATAAATGATCTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTCTTTTGCACGT
* * ** * * *
11779 TTGTTGCGGTAGACATTCAATTATCCTCTCTTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAATGT
261 GTGTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTCTTCTAAGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGT
* *
11844 TAATTATGAGTTTA
326 CAATTATGAGATTA
* * * * *
11858 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAAGGCATAGGTGACG-ATAAATGGACTTTCCT
1 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATAGGTGA-GTATAAATAGAATTTCCT
* ** * *
11922 TACCAAGT-AAT-ATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGATATTCAATTATAATCAGTTTTAA
65 CACC-AGTGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAACCAGTTTTAA
* * * *
11985 CAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTTAAA-CCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGT
128 CAAAAAATA-AAAAAAA-TTAAC-TTAAAGCCAATGATAAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGT
* * * *
12049 AATAAGGCTTTCGAAG-GCATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGGCAATGAATGGCTTGTT
190 AATAAGGCTTTCGAAGAGC-TAGGTGACTATAAAT-GATCTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTCTT
* * * *
12112 CTT-C-C-TGTGTCTAGAGGTAGATATTTAATTATAATTTGTTCTAACGAAAAATG-AAAAAAAT
253 -TTGCACGTGTGT-T-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTCTTCTAA-GAAAAATGTAAAAAAAT
12173 TCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTA
314 TCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTA
12199 TAAAACCATTTAA
1 TAAAACCATTTAA
12212 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 293, Mismatches: 49, Indels: 22
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 110 0.38
340 13 0.04
341 153 0.52
342 16 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATAGGTGAGTATAAATAGAATTTCCTC
ACCAGTGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAACCAGTTTTAACAA
AAAATAAAAAAAATTAACTTAAAGCCAATGATAAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAG
GCTTTCGAAGAGCTAGGTGACTATAAATGATCTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTCTTTTGCACGT
GTGTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTCTTCTAAGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGT
CAATTATGAGATTA
Found at i:12907 original size:164 final size:168
Alignment explanation
Indices: 12507--12931 Score: 430
Period size: 164 Copynumber: 2.5 Consensus size: 168
12497 NNNNNNNNNN
* * ** *
12507 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTAAAGGCTTAGGTGATT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCACAGGTGACT
* * * * **
12572 ATATATGGACTTTTTTTACCAATGAATATATTTTTCTTCACGTTTTCAGAGGTAAACATTCAATT
66 ATAAATGGACTTTTCTTGCTAATG---ATATTGGTCTTCACGTTTTCAGAGGTAAACATTCAATT
** * *
12637 ATAATTTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTGA
128 ATAATCAACTTTAATAAAAAATAGAAAAAAATTCAACTTGA
** * ***********
12678 AATCAATCGTGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCNNNNNNNNNNGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCACAGGTGACT
* * * * * *
12743 ATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGA-A-TGGT-TTGATG-TTTCATGAGGTAGATATTTAATTAT
66 ATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGATATTGGTCTTCACGTTTTCA-GAGGTAAACATTCAATTAT
12804 AATCAACTTTAATAAAAAAT-GAAAAAAATTCAACTT-A
130 AATCAACTTTAATAAAAAATAGAAAAAAATTCAACTTGA
*
12841 AAGTCAATTATGAGATTATAAAACGATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCACAGGTGAC
1 AA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCACAGGTGAC
*
12906 TATAAATGGACTTTCCTTGCTAATGA
65 TATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGA
12932 CTATCTTTTT
Statistics
Matches: 202, Mismatches: 50, Indels: 11
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
163 3 0.01
164 91 0.45
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166 2 0.01
167 1 0.00
168 1 0.00
171 67 0.33
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCACAGGTGACT
ATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGATATTGGTCTTCACGTTTTCAGAGGTAAACATTCAATTATA
ATCAACTTTAATAAAAAATAGAAAAAAATTCAACTTGA
Found at i:14035 original size:171 final size:159
Alignment explanation
Indices: 13842--14163 Score: 285
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 159
13832 AAGACTTTTA
* * * * *
13842 AAGGCATAGGTGACACTAAATGGACTTTCCTT-ACCAAGTAATATCTT-TTTCTTC-ATGTTTTC
1 AAGGCATAGGTGACACTAAATGGACTTTCCTTGACAAAG-AATAGCTTGTTCCTCCTATG-TCT-
* * * *
13904 TGATATAGATATTCAATTATAATTAGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAAATTTAATTTTAAATCA
63 TGAGATAGATATTCAATTATAATTAGTTCTAA-AAAAAAT-TGAAAAAAATTCAA-CTTAAATCA
*
13968 ATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGAGAGNNNNNNNNNNTTCG
125 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAG----------TTCG
* * * *
14013 AAGGCATGGGTGACTA-TAAATGGACTTTTCTTGGCAAAGAATGGCTTGTTCCTCCTATGTCTTG
1 AAGGCATAGGTGAC-ACTAAATGGACTTTCCTTGACAAAGAATAGCTTGTTCCTCCTATGTCTTG
* * * * *
14077 AGATAGATATTTAATTATAATTTGTTCTAACAAAAATTGAAAAAAATTCAACTTAAGTTAATTAT
65 AGATAGATATTCAATTATAATTAGTTCTAAAAAAAATTGAAAAAAATTCAACTTAAATCAATTAT
14142 GAGATTATAAAACCATTTAAAG
130 GAGATTATAAAACCATTTAAAG
14164 CAAGTAATAA
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 19, Indels: 12
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 33 0.26
170 17 0.13
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172 12 0.09
173 3 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (159 bp):
AAGGCATAGGTGACACTAAATGGACTTTCCTTGACAAAGAATAGCTTGTTCCTCCTATGTCTTGA
GATAGATATTCAATTATAATTAGTTCTAAAAAAAATTGAAAAAAATTCAACTTAAATCAATTATG
AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTTCG
Found at i:15880 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 15534--16249 Score: 447
Period size: 171 Copynumber: 4.2 Consensus size: 171
15524 NNNNNNNNNN
* *** *
15534 TATGAGATTATGAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGTAACTATAAATG
1 TATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATAGGTAACTATAAATG
15599 GACTTTTCTTGCCAATGAATAACTTTGTCTTCATGTCTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
66 GACTTTTCTTGCCAATGAATAACTTTGTCTTCATGTCTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* * **********
15664 GTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTNNNNNNNNNNTCAAT
131 ATTTTAATAAAAAAGATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
* * * * *
15705 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCAAATGCATCGGTGACTATCAATG
1 TATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATAGGTAACTATAAATG
** * * * * * ** *
15770 GACTTTTCTTGTTAATGAAT-ATTTTTTTTTGCATGTTTTCTGAGGTAGACATTTAATTATAATC
66 GACTTTTCTTGCCAATGAATAACTTTGTCTT-CATGTCTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATC
* *
15834 TATTTTAATTAAAAAGATAAAAAAATTTAACTTAAAATCGAT
130 TATTTTAATAAAAAAGATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
********** * * * * * **
15876 TATGAGATTATAAANNNNNNNNNNGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGAGTATAAACA
1 TATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATAGGTAACTATAAATG
* * ** * * * * **
15941 AAATTTTCTAACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCTAGGTAGACATTCAATTATAGCCT
66 GACTTTTCTTGCCAATGAATAACTTTGTCTTCATGTCTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* * ** * ** ***
16006 GTTTTGA-CCATAA-ATAAAAAAAACTAACTTAAGGCCAAT
131 ATTTTAATAAAAAAGATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
* * * ** *** * * * *
16045 GATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAATCTTTTGAAGATC-TAGCTGACTATAATT
1 TATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCAAAG-GCATAGGTAACTATAAAT
* * * * *** *
16109 GAACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTCT-T-TTGCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATCA
65 GGACTTTTCTTGCCAATGAATAACTT-TGTCTT-CATGTCTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAA
* * * * ** *
16172 TCTCTTTTAATAAAAATG-TAAAACAATTCAACTTAATGTTAAT
128 TCTATTTTAATAAAAAAGATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
* *
16215 TATGAGTTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
1 TATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAA
16250 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 408, Mismatches: 130, Indels: 15
0.74 0.24 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 112 0.27
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171 223 0.55
172 8 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATAGGTAACTATAAATG
GACTTTTCTTGCCAATGAATAACTTTGTCTTCATGTCTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
ATTTTAATAAAAAAGATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
Found at i:17135 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 16599--17720 Score: 901
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 169
16589 NAAAACAGGC
* * * * * * *
16599 TATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGTC-ATTCTTTGGTGAGAAAATTCTAT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGGACAAAAAG-CAATTCATTGGTGAGAAAAGTCCAT
* * ** * *
16663 TTATACTCACCCATGCCTTTAAAAG-TCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAAT
65 TTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCT-TTATTAC-T-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* *
16727 AT-ATTGTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTATAACAGAA-
127 -TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACA-AAT
* * * * * ** *
16770 TATAATTGAATGTTTATCTTGAGAAACGT-GTCAAAAAAG-ATATTCATTGGCAAGAAAAGTTCA
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGGAC-AAAAAGCA-ATTCATTGGTGAGAAAAGTCCA
* * * * *
16833 TTTGTAGTCACCTATGTCTTC-AGAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCTTAA
64 TTTATAGTCACCTATGCCTTCGA-AAGCTTTATTA--CTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
16897 TTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAAAT
126 TTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAAT
* * * * **
16942 TATAATTAAATGTTTACCTCGAGAAACATGGACAAAAAGCAATTCGTTGGTGAGAAAATTTTATT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGGACAAAAAGCAATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATT
* * * * *
17007 TCTAGTCACCCATGCCTTCGGAAGCTTTATTACTCATTGTAAATGGTTTCATAATCCCATAATTG
66 TATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTC-TT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* *
17072 ATTTTAATTTAAATTTTATTATATTTTTTATTAAAACAAAT
129 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAAT
* * * * * *
17113 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACTTGAAGAAAAAG-ATATTCATTCGTAAGAAAAGTCCAC
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGGACAAAAAGCA-ATTCATTGGTGAGAAAAGTCCAT
* * * * * * *
17177 TTATACTCACCTATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTCTAATCTCATACTT
65 TTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCTTTATTACT--CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* **** * * *
17242 GACTTTAAGTT-AATTTTTTGT-TCATTTAAGGTCAAAACAGAC
128 GATTTTAAGTTAAATTTTTT-TAT-ATTTTTTATTAAAACAAAT
* * *
17284 TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA-AAAAATC-ATTCATTGGTGAGAAACGTCCA
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG--GACAAAAAGCAATTCATTGGTGAGAAAAGTCCA
* * * * * **
17347 TTTATACTCA-CTCATGCCTTTGAAAGCTTTATCATTTGCTTTAATTATTTTTATAATCTCATAA
64 TTTATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAGCTTTATTA-CT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * *
17411 TTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTATTAAAACAGAT
126 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAAT
* * **
17455 TATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAA-ATGTGCCGAAAAAG-ATATTCATTTGCAAGAAAAGTCC
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG-GAC-AAAAAGCA-ATTCATTGGTGAGAAAAGTCC
** * * * *
17517 ATTGGTAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTACAATCTCATAA
63 ATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCTTTATTACT--CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * ** * * *
17582 TTGACTTGAAGTTGACTTTTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGAT
126 TTGATTTTAAGTT-A-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAAT
* * * * * *
17628 TATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAATGA-GGAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCTAT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA-CATGGACAAAAAGCAATTCATTGGTGAGAAAAGTCCAT
* *
17692 TTATAGTCACCTATACCTTCGGAAGCTTT
65 TTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCTTT
Statistics
Matches: 756, Mismatches: 156, Indels: 76
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 3 0.00
170 27 0.04
171 470 0.62
172 149 0.20
173 98 0.13
174 6 0.01
175 1 0.00
176 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGGACAAAAAGCAATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
TTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAAT
Found at i:17451 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 16590--17720 Score: 1243
Period size: 342 Copynumber: 3.3 Consensus size: 340
16580 NNNNNNNNNN
* * * * *
16590 AAAACAGGCTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCTTTGGTGAGAA
1 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGGTGAGAA
* *
16655 AATTCTATTTATACTCACCCATGCCTTTAAAAG-TCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAAT
66 AAGTCTATTTATACTCACCCATGCCTTTGAAAGCT-TTATTA-TTGCTTTAATTGTTTTTATAAT
* *
16719 CTCATAATAT-ATTGTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTATAACAGAA-TATAATTGAATG
129 CTCATAAT-TGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACA-AATTATAATTGAATG
* * * * * *
16782 TTTATCTTGAGAAACGTGTCA-AAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTGTAGTCACCT
191 TCTACCTCGAGAAACTTG-CAGAAAAAGATATTCATTCGCAAGAAAAGTCCA-TTGTAGTCACCT
* * * *
16846 ATG-TCTTCAGAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCTTAATTGA-TTTGAAGT
254 ATGCT-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTCTAATCTCATAATTGACTTT-AAGT
16909 TGAATTTTTTTTACATTTTTTATT
317 TGAATTTTTTTTACATTTTTTATT
* * * * * * *
16933 AAAATAAATTATAATTAAATGTTTACCTCGAGAAACATG--GACAAAAAGCAATTCGTTGGTGAG
1 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGA-AAAAATC-ATTCATTGGTGAG
* * * * * * * * * *
16996 AAAATTTTATTTCTAGTCACCCATGCCTTCGGAAGCTTTATTACT-CATTGTAAATGGTTTCATA
64 AAAAGTCTATTTATACTCACCCATGCCTTTGAAAGCTTTATTATTGC-TT-TAATTGTTTTTATA
* *
17060 ATCCCATAATTGATTTTAATTTAAATTTTATTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATG
127 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT-TTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATG
* * * *
17125 TCTACCTCGAGAAACTTGAAGAAAAAGATATTCATTCGTAAGAAAAGTCCACTTATACTCACCTA
191 TCTACCTCGAGAAACTTGCAGAAAAAGATATTCATTCGCAAGAAAAGTCCA-TTGTAGTCACCTA
* *
17190 TGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTCTAATCTCATACTTGACTTTAAGTT-A
255 TGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTCTAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGA
**** *
17254 ATTTTTTGTT-CATTTAAGGTC
320 ATTTTTT-TTACATTTTTTATT
*
17275 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGGTGAGAA
1 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGGTGAGAA
* * * * *
17340 ACGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTTGAAAGCTTTATCATTTGCTTTAATTATTTTTATAATC
66 AAGTCTATTTATACTCACCCATGCCTTTGAAAGCTTTATTA-TTGCTTTAATTGTTTTTATAATC
* *
17405 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
130 TCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCT
* * *
17470 ACCTC-AGAAAATGTGCCGAAAAAGATATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTGGTAGTCACCTATG
194 ACCTCGAGAAACT-TGCAGAAAAAGATATTCATTCGCAAGAAAAGTCCATT-GTAGTCACCTATG
* *
17534 CCTTT-GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-AGGTTTTAC-AATCTCATAATTGACTTGAAGTTG
257 -CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA-GTTTT-CTAATCTCATAATTGACTTTAAGTTG
*
17596 ACTTTTTTTTTACATTTTTTATT
319 A-ATTTTTTTTACATTTTTTATT
* * * * **
17619 AAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAG-AA-ATGAGGAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAG
1 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGA--AGAAAAAATCATTCATTGGTGAG
* * * * *
17682 AAAAGTCTATTTATAGTCACCTATACCTTCGGAAGCTTT
64 AAAAGTCTATTTATACTCACCCATGCCTTTGAAAGCTTT
Statistics
Matches: 656, Mismatches: 105, Indels: 53
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
341 12 0.02
342 277 0.42
343 268 0.41
344 99 0.15
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGGTGAGAA
AAGTCTATTTATACTCACCCATGCCTTTGAAAGCTTTATTATTGCTTTAATTGTTTTTATAATCT
CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTAC
CTCGAGAAACTTGCAGAAAAAGATATTCATTCGCAAGAAAAGTCCATTGTAGTCACCTATGCTTT
CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTCTAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTT
TTTACATTTTTTATT
Done.