Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397337.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_312.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 49030
ACGTcount: A:0.25, C:0.10, G:0.11, T:0.23
Warning! 15072 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1681 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1219--1694 Score: 539
Period size: 170 Copynumber: 2.8 Consensus size: 170
1209 NNNNNNNNNN
* * *
1219 CATTTAAAGAGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGCCTTTTCTTCCCAAT
1 CATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAT
* ** * * * ** * * * *
1284 GAAGGGTTTTTTCTTTAGGTTTCCCGTGAAAAACATTTAATTATAGTCCTTTGTATC-AATAAAT
66 GAACGCATTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGAAAACATTTAATTATA-ACCTTTTTAACTAA-AAAT
* * *
1348 ATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTTTGCGCTTATAGAAC
129 ATAAAAGAATTAAACTTAAAATCAATTTTGCGCTTATAAAAC
* *
1390 CATTTAAAGAGAGTAATAAGTCTTTTGAAGGCTTGGGTGACT-TAAATAGGCTTTTCTTGCCAAT
1 CATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAT
****
1454 GAATATGTTTTTCTTCATG-TTTCTCAAGGAAAACATTTAATTATAACCTATTTTAACTAAAAAT
66 GAACGCATTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGAAAACATTTAATTATAACCT-TTTTAACTAAAAAT
* * *
1518 TTGAAAGAATTAAACTTAAAATCAATTTTAAG-GC-TATAAAAT
129 ATAAAAGAATTAAACTTAAAATCAATTTT--GCGCTTATAAAAC
* * * * *
1560 CGTTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTGGGTGACTATGAATGGGCTTTTCTTGCCAGT
1 CATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAT
* * *
1625 GAACGCATTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAAACATTTAATTATAAACTGTTTTAACTCAAAATA
66 GAACGCATTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGAAAACATTTAATTATAACCT-TTTTAACTAAAAATA
1690 TAAAA
130 TAAAA
1695 AAAATCAATT
Statistics
Matches: 257, Mismatches: 41, Indels: 14
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.02
170 128 0.50
171 118 0.46
172 5 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
CATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAT
GAACGCATTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGAAAACATTTAATTATAACCTTTTTAACTAAAAATAT
AAAAGAATTAAACTTAAAATCAATTTTGCGCTTATAAAAC
Found at i:2372 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2082--3219 Score: 1196
Period size: 171 Copynumber: 6.7 Consensus size: 169
2072 NNNNNNNAAT
* * * * * * * *
2082 CTGTTTTAACTAAAAATTTGAAACAATTAAAGTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACTATTTA
1 CTGTTTTAAC-CAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTA
* * * *
2147 AAGAGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATGAATGGGCTTTTCTTGCTAGTGAATGG
64 AAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGG
* *
2212 GTTTTTTTTCATATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAAA
129 GTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAAA
* * * * *
2253 CTGTTTTAACTCAAAATATAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTG
1 CTGTTTTAAC-CAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTA
* * * * * * *
2318 AAGAGAGCAATAAGGCTTTTGGAGGCTAGGGTGACTATAATTGGGCTATTCTTGCCAAAG-ATCT
64 AAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAT-G
* ** * *
2382 GGTTTTTCTGCATGTTTTTCAAGTCAAAAATTCAATTATAATA
128 GGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAA-A
* * *
2425 -TTTTTTAACCAAAACTGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGGCTATAAAA-CAGTTT
1 CTGTTTTAACCAAAA-TGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCA-TTT
* * *
2488 AAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG-AGACTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATG
63 AAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATG
* * * *
2552 TGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAATACTCAGTTATAATA
128 GGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAA-A
* * *
2595 -TGTTTTAACAAAAACTGTAAAAATATTCAACTTTAAAAT-AATTTTGAGATTATAAAATCATTT
1 CTGTTTTAACCAAAA-TGTAAAAA-ATTCAAC-TTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTT
* * * * *
2658 AATGAAAGTAATAAGGCTTTTGAACGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTTCCAATGAATC
63 AAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATG
** * * * *
2723 TATTTTT-TTCATGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAGTTAT-AA
128 GGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAAA
* * * * * * *
2763 TTCGTTTTAACCTAAAATGTGAAACAATTAAACTTAAAAACAATTTTAAGGCTATAAAACCGTTT
1 CT-GTTTTAACC-AAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTT
* * *
2828 AAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTGTTGTCAAAGAATG
63 AAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATG
* * * * * * **
2893 GCTTTCTCTTTAGGTTTCCCATGGAAAACATTCAATTATAGT
128 GGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAAA
* * * *
2935 CTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAGTCAACTTCAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTA
1 CTGTTTTAACC-AAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTA
* * *
3000 TAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGATTTTCTTACCAATGAATGG
64 AAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * * * *
3065 ATTTTCCTTCATATTTCCTAAGGAAAACATTCAATTAT-AA
129 GTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAAA
* * *
3105 TTGATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTTTCAGGTTATAAAACCATTT
1 CTG-TTTTAACC-AAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTT
* * * *
3170 AAAGAAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATGAATAGGCTTT
63 AAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTT
3220 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 803, Mismatches: 145, Indels: 38
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 13 0.02
170 266 0.33
171 515 0.64
172 8 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
CTGTTTTAACCAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAA
GAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGT
TTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAAA
Found at i:2865 original size:341 final size:336
Alignment explanation
Indices: 2083--3219 Score: 1326
Period size: 341 Copynumber: 3.3 Consensus size: 336
2073 NNNNNNAATC
* * * * *
2083 TGTTTTAA-CTAAAAATTTGAAACAATTAAAGTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACTATTTA
1 TGTTTTAACCT-AAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACCATTTA
* *
2147 AAGAGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATGAATGGGCTTTTCTTG-CTAGTGAATG
65 AAGAGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTC-AATGAAT-
* * *
2211 GGTTTTTTTTCATATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAA-ACTGTTTTAACTCAAAATATAAA
128 GGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATA-TGTTTTAAC-AAAAATATAAA
* * *
2275 AAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTGAA-GAGAGCAATAAGGCTTTTG
191 AAA-TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA-CATTT-AATGAGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * * * * *
2339 GAGGCTAGGGTGACTATAATTGGGCTATTCTTGCCAAAG-ATCTGGTTTTTCTGCATGTTTTTCA
253 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATCT-ATTTTT-TTCATGTTTCTCA
*
2403 A-GTCAAAAATTCAATTATAAT
316 AGGT-AAACATTCAATTATAAT
* *
2424 ATTTTTTAACC-AAAACTGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGGCTATAAAA-CAGTT
1 -TGTTTTAACCTAAAA-TGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACCA-TT
* * *
2487 TAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG-AGACTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAAT
63 TAAAGAGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAAT
* * * *
2551 GTGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAATACTCAGTTATAATATGTTTTAACAAAAACTGTAAA
128 G-GTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAA-TATAAA
*
2616 AATATTCAACTTTAAAAT-AATTTTGAGATTATAAAATCATTTAATGAAAGTAATAAGGCTTTTG
191 AA-ATTCAAC-TTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA-CATTTAATGAGAGTAATAAGGCTTTTG
* *
2680 AACGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTTCCAATGAATCTATTTTTTTCATGTTTCTCAAG
253 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATCTATTTTTTTCATGTTTCTCAAG
* *
2745 GTAAGCATTCAGTTATAAT
318 GTAAACATTCAATTATAAT
* * * *
2764 TCGTTTTAACCTAAAATGTGAAACAATTAAACTTAAAAACAATTTTAAGGCTATAAAACCGTTTA
1 T-GTTTTAACCTAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACCATTTA
* * *
2829 AAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTGTTGTCAAAGAATGG
65 AAGAGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGG
* * * * * * *
2894 CTTTCTCTTTAGGTTTCCCATGGAAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA
130 -TTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAATAT-AAAA
* * *
2959 AAGTCAACTTCAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACTATTT-ATAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAA
192 AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC-ATTTAAT-GAGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* ** * *
3023 GGCTTGGGTGACTATAAATGGGATTTTCTTACCAATGAATGGATTTTCCTTCATATTTC-CTAAG
255 GGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATCTATTTT-TTTCATGTTTCTC-AAG
*
3087 GAAAACATTCAATTATAAT
318 GTAAACATTCAATTATAAT
* * * * *
3106 TGATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTTTCAGGTTATAAAACCATTTA
1 TG-TTTTAACCTAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACCATTTA
* * *
3171 AAGAAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATGAATAGGCTTT
65 AAGAGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTT
3220 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 685, Mismatches: 85, Indels: 50
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 114 0.17
341 349 0.51
342 220 0.32
343 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (336 bp):
TGTTTTAACCTAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACCATTTAA
AGAGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGT
TTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAATATAAAAAATT
CAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACATTTAATGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTG
GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATCTATTTTTTTCATGTTTCTCAAGGTAAACAT
TCAATTATAAT
Found at i:3701 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3524--4047 Score: 524
Period size: 170 Copynumber: 3.1 Consensus size: 170
3514 NNNNNNNNNN
* * *
3524 CATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATG-TCGA
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG-
* *
3588 CCTTG-GAAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-
65 CCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGGAAAGTCCACTTATAGTCACCCA-AG
********** * *
3651 CTTTCAAAAGNNNNNNNNNNCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCT
128 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * * * *
3694 TATAATTGATTTCAAGTTG-ATTTTTTTTATATTTTGGTTAAAATAGATTATAATTCAATGTTTG
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATAT-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG
* **
3758 CCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-CTAATTCATT-AGCAAGAAAAACCCACTTATAGTCACCCAAG
65 CCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGA-CAAGGAAAGTCCACTTATAGTCACCCAAG
* *
3821 CTTTTAAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
128 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * *
3864 CATAATTGATTTTCAA-TTGAATTTTTTACATTGTTGGTTAAAAGAGATTATAATTGAATGTTTG
1 CATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG
* * * * * **
3928 CCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAA-GAAATGTCCAATTACAGTTATCCATTC
65 CCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGGAAA-GTCCACTTATAGTCACCCAAGC
* * * * * * *
3992 CTTCAAAAGCCCTACTACTCTCGTTAAATAGTTTTGTAAACT
129 TTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
4034 CATAATTGATTTTA
1 CATAATTGATTTTA
4048 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 290, Mismatches: 53, Indels: 23
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 17 0.06
170 256 0.88
171 17 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGC
CTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGGAAAGTCCACTTATAGTCACCCAAGCTT
TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
Found at i:4835 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4303--5272 Score: 1074
Period size: 172 Copynumber: 5.7 Consensus size: 171
4293 TCAAGAAACA
* * * * * ** * ** *
4303 TGAAGAAAAACCCGTTCATCGGCAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCCAAGCTTTTGAAAGCCTC
1 TGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * *
4368 AGTAGTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTCTTTACACTTT
66 ACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATGTT-TTTACATTTT
* * * **
4432 TAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACA
130 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAATG
* * * * * **
4474 TGAAGGAAAACCCATTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * * *
4539 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCATATTTGATTTTAACTTGAATGTTTTTATATTTTT
66 ACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTACATTTTT
** *
4604 GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGGAAAATG
131 GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAATG
* ** *
4645 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAACTATAGTCACCCATTCGTTCAAAAG-CTT
1 TGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* *
4709 GACTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATGGTTTTTACATTT
66 -ACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAT-GTTTTTACATTT
* *
4774 TTGGTTCAAAAC-GATTATAATTGAATGTTTGTCTTGGGAAACG
129 TTGGTT-AAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAATG
* * * * * *
4817 TAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTTAA-AAAAGTTCAATTATAGTCACCTATTCGTTCAAAAGCCT
1 TGAAGAAAAACCCATTCATTGG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
*
4881 TACTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTTACATTT
65 TACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATG-TTTTTACATTT
* * *
4946 TTGGTTAAAACCA-ATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAATT
129 TTGGTTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAATG
** *
4989 TGAAGAAAAACCTTTTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
5054 ACTACTCACTTTAAATGGTTTT-TGAATATCATAATTGATTTTGAGTTCAATATTTTTTATATTT
66 ACTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAT-GTTTTTACATTT
* * *** * *
5118 TTAGTTAAAACTGATTGCGATTTAATGTTTGCCTTGGGACATG
129 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAATG
* ** * *
5161 TGAA-AGAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAG-CTCATTTATAGTCGCCCAAGCCTTCGAACGCC
1 TGAAGA-AAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * * *
5224 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAATGATTTTAAGTT
64 TTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
5273 GAANNNNNNN
Statistics
Matches: 685, Mismatches: 98, Indels: 31
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.00
171 245 0.36
172 425 0.62
173 12 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
ACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTACATTTTT
GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAATG
Found at i:7917 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 7629--8667 Score: 991
Period size: 171 Copynumber: 6.1 Consensus size: 169
7619 NNNNNNNNNN
* * *
7629 ATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAACCTATT
1 ATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
* * ********** *
7694 TAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATNNNNNNNNNNAAATGAACTTTTCTTATCAATGAAT
64 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAT
* * * * * * *
7759 GACTTTTTTTTTACGTTTTTCAAGGTAGATAGTCAATTATA
129 GACTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATA
* * * * *
7800 ATCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAATAATATAACCTAAAATTAATTATGTGATTATAAAACCATT
1 ATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AAT-TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
* * * *
7865 TAAAGCGAATAATTAA-GCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCGTATCAATGAA
64 TAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAA
* *
7929 TGACTTTTTCTTCATATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATA
128 TGACTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATA
* * * *
7971 ATATGCTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAACTATT
1 ATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
* * * * * * * * ** **
8036 TAAAGTGAGTGATAAGGTTTTTGAGGGAAGGGGTGACTGTAATTCAACTTTTCTTGCCAATGAAT
64 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAT
* * * *
8101 -ATCTTTTTCTCCATGTGTTCCAAGTCAGACATTCAATTACA
129 GA-CTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATA
* * * * *
8142 GGT-GGGTTCAA-TCAAAAATGTAAACAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TCA
1 -ATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAA-AAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-A
* * * ** *
8204 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTGCCAAGGA
62 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGA
** * * *
8269 ATGGGTTTTTGTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATA
127 ATGACTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATA
* * * * * * * *
8312 ATTTGTTTTAACCAAGAATGTAAAAAAATTTAGCCTACAATCAATTATAAAATTATAAAACTATT
1 ATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
*
8377 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAT
64 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAT
* * * *
8442 GA-TATTTTCTTCACGTTTTCCTAGGCACACAATCAATTATA
129 GACT-TTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATA
* * *
8483 ATCTGTTCTAA-GAAAAATGTAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TATTT
1 ATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
* * * * * *
8546 AAAACAAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATC
65 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATG
* *
8611 ACTTTTTCTTCATG-TTTCTTAAGGTAGACACTT-AATTATA
130 ACTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGCAGACA-TTCAATTATA
*
8651 ATCTGTTTTAACCAAAA
1 ATCTGTTTTAACTAAAA
8668 GTTGTTGGCT
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ATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGA
CTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATA
Found at i:8334 original size:341 final size:340
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7622 NNNNNNNATC
* * * * * * * *
7632 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAACCTATTTAA
1 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAAATTACAAAACTATTTAA
* * * *********** * *
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66 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAGAGGTGACTATAAATCAACTTTTCTTACCAATGAATGA-
* ** * * * * * * * * * *
7762 T-TTTTTTTTACGTTTTTCAAGGTAGATAGTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAAT
130 TATTTTCTCCACGTGTTCCAAGGCACACAATCAATTACAATCGGTTCTAAC-AAAAATGTAAAA-
* * * *
7826 AATAT-AACCTAAAATTAATTATGTGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATTAA-GCTTTCGA
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* * *
7889 AGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCGTATCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTCCCAAG
256 AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTATCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAG
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321 GCAGACATTCAATTATAATA
* * * * * **
7974 TGCTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAACTATTTAA
1 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAAATTACAAAACTATTTAA
* * * * * * * *
8039 AGTGAGTGATAAGGTTTTTGAGGGAAGGGGTGACTGTAATTCAACTTTTCTTGCCAATGAAT-AT
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAGAGGTGACTATAAATCAACTTTTCTTACCAATGAATGAT
* * * * * * * *
8103 CTTTTTCTCCATGTGTTCCAAGTCAGACATTCAATTACAGGTGGGTTC-AATCAAAAATGTAAAC
131 -ATTTTCTCCACGTGTTCCAAGGCACACAATCAATTACA-ATCGGTTCTAA-CAAAAATGTAAAA
* *
8167 AAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
193 AAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAG
* * ** * ** *
8232 GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTGCCAAGGAATGGGTTTTTGTTCATGTTTCCCAAGGC
258 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTATCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGC
* *
8297 AAACATTCAATTATAATT
323 AGACATTCAATTATAATA
* * * * *
8315 TGTTTTAACCAAGAATGTAAAAAAATTTAGCCTACAATCAATTATAAAATTATAAAACTATTTAA
1 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAAATTACAAAACTATTTAA
* * ** *
8380 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGAT
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAGAGGTGACTATAAATCAACTTTTCTTACCAATGAATGAT
* * * * * *
8445 ATTTTCTTCACGTTTTCCTAGGCACACAATCAATTATAATCTGTTCTAAGAAAAATGTAAAAAAA
131 ATTTTCTCCACGTGTTCCAAGGCACACAATCAATTACAATCGGTTCTAACAAAAATGTAAAAAAA
* *
8510 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT-ATTTAAAACAAATAATAAGGCTTTCGAAGGCA
196 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * * ** *
8574 TGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATCACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGA
261 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTATCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGA
*
8639 CACTT-AATTATAATC
326 CA-TTCAATTATAATA
8654 TGTTTTAACCAAAA
1 TGTTTTAACCAAAA
8668 GTTGTTGGCT
Statistics
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
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TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAAATTACAAAACTATTTAA
AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAGAGGTGACTATAAATCAACTTTTCTTACCAATGAATGAT
ATTTTCTCCACGTGTTCCAAGGCACACAATCAATTACAATCGGTTCTAACAAAAATGTAAAAAAA
TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCA
TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTATCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGA
CATTCAATTATAATA
Found at i:9832 original size:15 final size:16
Alignment explanation
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9802 CTCAGATGCT
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1 GAAGAAAGAGAAAAT
9842 TTATGTTTGA
Statistics
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Consensus pattern (16 bp):
GAAGAAAGAGAAAATG
Found at i:11506 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 10881--13887 Score: 2227
Period size: 171 Copynumber: 17.6 Consensus size: 171
10871 NNNNNNNNNN
* * * * *
10881 AACATTGAATTGTAATATGTTTTAACCAAAAAA-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTTTGA
1 AACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * ********** * *
10945 GGTTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATNNNNNNNNNNAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTT
* * ** *
11010 TCCTTTCCAATGAATACCTTTTTCTTTATG-TTTCCAAAGGTA
130 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCC-AAGGTA
* * * * *
11052 GACATTCTATTACAATCTATTTTAATC-AAAACTGTAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGA
1 AACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* ** * * ****
11115 GATTATAAAAGCATGTT-AAGCGAGTAATAAATCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGNNNN
65 GATTATAAAACCAT-TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACT
****** ** * * * *
11179 NNNNNNGTTAAT-AGATGGCTTTTGCTTCACG-TTGCTCAAGGCA
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* * * * * **
11222 GACATTCAATTACAACATATGTTAATCAAAAAA-GTAGAAAAATAAAACTTAAAATCAATTATGA
1 AACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* ** * * ** * * *
11286 GATTACAAAATTACTTAAAGCAAACAATGAA-GCTTTTGAAGACTTGGGTGACTATAAATGGGCT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACT
* * *
11350 TTTCTTGCCCATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAAGAA
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* * * *
11393 AATATTCAATTATCATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATGAG
1 AACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
** * *
11458 ATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGGGTG-GTGATAAATGTG-CT
66 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACT-ATAAATG-GACT
* ** * * * * *
11521 TTTTTTATCAATGAACGGATTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGCA
129 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTA
* * * *
11564 AACATTCAATTATAATCA-GTTTTAACCAAATATGTAAGAAACATTCAACTTAAAATCAATTATG
1 AACATTCAATTATAAT-ATATTTTAACAAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
** * * * * ** *
11628 AGATTCCAAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGTA-TATAAATGAAC
64 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTG-ACTATAAATGGAC
* * * * * *
11692 TTTTCTTACTAATGAATGGCCTTTTCTTCATATTTTCTAAGGCA
128 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTA
* * * * * *
11736 AAGATTCAATTTTAATTTATTTTAACCAAAAATATAAAAACAAATTCAACTTAAAATAAATTATG
1 AACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGT-AAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * ** *
11801 AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGATTTGAGTGACTATAAATGGACT
64 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACT
* ** * * ** * *
11866 TTTCATATCAATG-GTGG-TTTTTACTTTA-CATTTCAAAAGTA
129 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT-CTTCATGTTTTCCAAGGTA
* * * * * *
11907 TACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAAA-AT-AAAAAATTTAACTTAAAATTAAGTATGA
1 AACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* ** * * * **
11970 GATTGTAAAACCATAGAAAACGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATGGACTT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTT
** * * *
12035 TTCTTGTTAATGAATGGCTTTTTTTTTCATATTTT-CGAGGTA
130 TTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTA
* * * * * *
12077 AGCACTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAGATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
1 AACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* ** * ** ** * * **
12142 GCTTATAAAACCATTTAAAATGAGGAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGATTATAAGTAAACTT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTT
** * * * *
12207 TTCTTATCAGTGAATGGCTTTTTTGTTCATATTTCCCAAGGTA
130 TTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTA
* * * * ** * *
12250 GACACTCAATTATAATGTGTTTTAACCCAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGTG
1 AACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * **
12315 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAAGCTTGACTGACTATAAATGGACTTT
66 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTT
* ** * *
12380 TCATATCAAT-AGATAGCTTTTGCTTCATG-TTTCTCAAGGTA
131 TCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGTA
* * * *
12421 GACATTCAATTACAATATATTTTAATCAAAAAA-GTAGAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGA
1 AACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
** ** * ** *
12485 GATTATAAAATTATTTAAAATGAGCAATAAGGCTTTCGAACACTTGGGTGACTAGAAATGGACTT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTT
* ** *
12550 TTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTGTTGAA-GCA
130 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCCAAGGTA
* * * * * *
12592 AACATTTAATTCTAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAA-TTCAAAAT-AACTTATG
1 AACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAA-TTATG
* * *
12655 AGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTTGGTGAGTATAAAT-GAGC
64 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGA-C
* * ** * *
12719 TTTT-TTTCCTAATGAACGAG--TTTTCGTTTGTGTTTTCCGAGGCA
128 TTTTCTTGCC-AATGAATG-GCTTTTTC-TTCATGTTTTCCAAGGTA
* * * *** *
12763 AACATTCAATTATAATCA-GTTTTAACTAAAAGTGTAAAGCGCATTAAACTTAAAATCAATTATG
1 AACATTCAATTATAAT-ATATTTTAACAAAAAATGTAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* ** * * * ** * *
12827 AGATTACAAAACCATTTAAAGTAAGTACTAAGGTTTTGGAA-GAATGGGTGACTATAATTAGACT
64 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACT
* * * ** *
12891 TTTCTTACCAATAAATGACTTTTTCTTCA-CATTTCCTAAAGTA
129 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCC-AAGGTA
* * * *
12934 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGA
1 AACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * **
12999 GGTTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAAGCTTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAAT-GAGCT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGA-CT
* * * * **
13063 TTTTTTGCCAATGAATGGGTTTTCCTTCATG-TTTCACGAGAAA
129 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGTA
* * * * * * *
13106 AATACTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATGAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 AACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * *
13171 ATTATAAAACTATTTAAAGCGACTAATGAGGCTTTCAAAAGCTTGGGTGATTATAAATGGGCTTT
66 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTT
*
13236 TCTTGCCAATGAATAGG-TTTTTCTTCATG-TTTCTCGAGGTA
131 TCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGTA
** * *
13277 AACATTCAATTATAATCCATTTTAACCAAATATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGA
1 AACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * * *
13342 GATTATAAAATCATTTAAAGCGACTAATGAGACTTTCAAAAGCTTGGGTTATTATAAATAGG-CT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-GGACT
* * *
13406 TTTCTTGCTAATAAATGTG-TTTTTCTTCATG-TTTCTCGAGGTA
129 TTTCTTGCCAATGAATG-GCTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGTA
* * * *
13449 AACATTCAATTATAATCT-GTTTAAC-TAAAATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAG
1 AACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * * ** * * * * ** *
13512 TTTACAAAACAATTTAAAGAGAGTAGTAAGACTTTTGAAGGAATGAGTGATTGTAATTAAACATT
66 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *
13577 TCTTGTCAATGAATGGTTTTTTCTTCACG-TTTCCTAAGGGA
131 TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCC-AAGGTA
* * * * *
13618 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTCAAATTTAAATCAATTATGAC
1 AACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-
* * * * * * *
13683 G-TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTAGGTGACTATAAGTGGGCCT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * ** *
13747 TTCTTACTAATGAACGGGTTTTTCTTCATG-TTTCTTGAGG-C
130 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGTA
* * * * * *
13788 AACATTCAATTTTAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGGG
1 AACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
13853 ATTATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATCAA-GCTTT
66 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTT
13888 TGATAGTTTT
Statistics
Matches: 2260, Mismatches: 500, Indels: 153
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 87 0.04
169 129 0.06
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTT
TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTA
Found at i:11745 original size:343 final size:338
Alignment explanation
Indices: 10881--13887 Score: 2166
Period size: 343 Copynumber: 8.8 Consensus size: 338
10871 NNNNNNNNNN
* * * * * *
10881 AACATTGAATTGTAAT-ATGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTTTGA
1 AACATTCAATTATAATCA-GTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * ********** * *
10945 GGTTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATNNNNNNNNNNAAAGCATGGGTGACTATAAATG-GACT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAG-CT
* * * ** * * * * * * *
11009 TTCCTTTCCAATGAATACCTTTTTCTTTATGTTTCCAAAGGTAGACATTCTATTACAATCTATTT
129 TTTCTTGCTAATGAAT-GGTTTTTCTTCATGTTT-CTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTT
* * **
11074 TAATC-AAAACTGTAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATGTT-AAGC
192 TAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT-TTAAAAT
** * * * ********** *
11136 GAGTAATAAATCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGNNNNNNNNNNGTTAAT-AGATGGCTT
255 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTGGGTGACTATAAATG-GCTTTTCTTATCAATGA-ATGG-TT
* * *
11200 TTGCTTCACG-TTGCTCAAGGCA
317 TTTCTTCACGTTTTCT-AAGGTA
* * * * **
11222 GACATTCAATTACAA-CA-TATGTTAATCAAAAAAGTAGAAAA-ATAAAACTTAAAATCAATTAT
1 AACATTCAATTATAATCAGT-T-TTAACCAAAAATGTA-AAAACATTCAACTTAAAATCAATTAT
* ** * * ** * *
11284 GAGATTACAAAATTACTTAAAGCAAACAATGAA-GCTTTTGAAGACTTGGGTGACTATAAATGGG
63 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAG
** * * * * *
11348 CTTTTCTTGCCCATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAAGAAAATATTCAATTATCATATAT
127 CTTTTCTTGCTAATGAATGG-TTTTTCTTCATG-TTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATAT
* *
11413 TTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAT
190 TTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAT
* * * *
11478 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGGGTG-GTGATAAATGTGCTTTTTTTATCAATGAACGGATT
255 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTGGGTGACT-ATAAATG-GCTTTTCTTATCAATGAATGG-TT
*
11542 TTTCTTCACGTTTTCTAAGGCA
317 TTTCTTCACGTTTTCTAAGGTA
*
11564 AACATTCAATTATAATCAGTTTTAACCAAATATGTAAGAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGA
1 AACATTCAATTATAATCAGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAACATTCAACTTAAAATCAATTATGA
** * * * ** *
11629 GATTCCAAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGTA-TATAAATGAACT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTG-ACTATAAATGAGCT
* * * * * *
11693 TTTCTTACTAATGAATGGCCTTTTCTTCATATTTTCTAAGGCAAAGATTCAATTTTAATTTATTT
129 TTTCTTGCTAATGAATGG-TTTTTCTTCAT-GTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTT
* * * * **
11758 TAACCAAAAATATAAAAACAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC
192 TAACAAAAAATGT-AAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAT
* * * *
11823 GAGTAATAAGGTTTTCGAA-GATTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATG-GTGGTTT
255 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGA-TTGGGTGACTATAAATGG-CTTTTCTTATCAATGAATGGTTT
* * * *
11886 TTACTTTAC-ATTTCAAAAGTA
318 TT-CTTCACGTTTTCTAAGGTA
* * ** ** * * *
11907 TACATTCAATTATAAT-ATATTTTAATTAAAAAAATAAAAA-ATTTAACTTAAAATTAAGTATGA
1 AACATTCAATTATAATCA-GTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* ** * * * * **
11970 GATTGTAAAACCATAGAAAACGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATG-GACT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAG-CT
* * * * * * * * *
12034 TTTCTTGTTAATGAATGGCTTTTTTTTTCATATTT-TCGAGGTAAGCACTCAATTATAATTTGTT
129 TTTCTTGCTAATGAATGG--TTTTTCTTCATGTTTCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATATATT
* * *
12098 TTAACAAAAAGATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACCATTTAAAAT
191 TTAACAAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAT
* ** * * * ** *
12163 GAGGAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGATTATAAGTAAACTTTTCTTATCAGTGAATGGCTTT
255 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTGGGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTATCAATGAATGG--TT
* ** * *
12228 TTTGTTCATATTTCCCAAGGTA
317 TTTCTTCACGTTTTCTAAGGTA
* * ** * *
12250 GACACTCAATTATAATGTGTTTTAACCCAAAATGTAAAAA-ACTTCAACTTAAAATCAATTATGT
1 AACATTCAATTATAATCAGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACA-TTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * **
12314 GATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAAGCTTGACTGACTATAAATG-GACT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAG-CT
* * * * *
12378 TTTCATAT-C-AAT-AGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTACAATATA
129 TTTC-T-TGCTAATGA-AT-GGTTTTTCTTCATGTTTCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATATA
* * **
12440 TTTTAATCAAAAAA-GTAGAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAA
189 TTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * ** *
12504 ATGAGCAATAAGGCTTTCGAA-CACTTGGGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGGC
253 ATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGA-TTGGGTGACTATAAATGG-CTTTTCTTATCAATGAATGG-
* *
12568 TTTTTCTTCATGTTTGT-TGAA-GCA
315 TTTTTCTTCACGTTT-TCT-AAGGTA
* * * *
12592 AACATTTAATTCTAAT-ATGTTTTAACTAAAAATATAAAAGA-ATTCAA-TTCAAAAT-AACTTA
1 AACATTCAATTATAATCA-GTTTTAACCAAAAATGTAAAA-ACATTCAACTT-AAAATCAA-TTA
* * * *
12653 TGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTTGGTGAGTATAAATGAG
62 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAG
* * * ** **
12718 CTTTTTTTCCTAATGAACGAG-TTTTCGTTTGTGTTTTCCGAGGCAAACATTCAATTATAATCA-
127 CTTTTCTTGCTAATGAATG-GTTTTTC-TTCATG-TTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAAT-AT
* * * *** * *
12781 GTTTTAACTAAAAGTGTAAAGCGCATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAA
188 ATTTTAACAAAAAATGTAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * * * * *
12846 AGTAAGTACTAAGGTTTTGGAA-GAATGGGTGACTATAATTAGACTTTTCTTACCAATAAATGAC
252 AATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTGGGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTATCAATGAATG-G
* * *
12910 TTTTTCTTCACATTTCCTAAAGTA
315 TTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGTA
* * * *
12934 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGA
1 AACATTCAATTATAATCAGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-ACATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * **
12999 GGTTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAAGCTTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGAGCTT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAGCTT
* * * * * *
13064 TTTTTGCCAATGAATGGGTTTTCCTTCATGTTTC-ACGAG-AAAAATACTCAATTATAATATGTT
130 TTCTTGCTAATGAAT-GGTTTTTCTTCATGTTTCTAAG-GCAAACAT--TCAATTATAATATATT
* * * * * **
13127 TTAACTAAAAATATGAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
191 TTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATG
* * * * * * **
13192 ACTAATGAGGCTTTCAAAAGCTTGGGTGATTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATAGGTTTT
256 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTGGGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTATCAATGAAT-GGTTTT
* *
13257 TCTTCATG-TTTCTCGAGGTA
319 TCTTCACGTTTTCT-AAGGTA
*
13277 AACATTCAATTATAATCCA-TTTTAACCAAATATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATG
1 AACATTCAATTATAAT-CAGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * ** * * *
13341 AGATTATAAAATCATTTAAAGCGACTAATGAGACTTTCAAAAGCTTGGGTTATTATAAAT-AGGC
64 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGA-GC
* * * * *
13405 TTTTCTTGCTAATAAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCT-GT
128 TTTTCTTGCTAATGAATG-GTTTTTCTTCATGTTTCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATATATT
* * * * *
13469 TTAAC-TAAAATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGTTTACAAAACAATTTAAAGA-
191 TTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-AT
* * * * * * * * ** * *
13532 GAGTAGTAAGACTTTTGAAGGAATGAGTGATTGTAATTAAACATTTCTTGTCAATGAATGGTTTT
255 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTGGGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTATCAATGAATGG-TTT
* *
13597 TTCTTCACGTTTCCTAAGGGA
318 TTCTTCACGTTTTCTAAGGTA
* * * *
13618 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTCAAATTTAAATCAATTATGAC
1 AACATTCAATTATAATCAGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGA-
* * * * * *
13683 G-TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTAGGTGACTATAAGTGGGCCT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAGCTT
* * * * * *
13747 TTCTTACTAATGAACGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGC-AACATTCAATTTTAATCTGTTTT
130 TTCTTGCTAATGAA-TGGTTTTTCTTCATGTTTC-TAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTT
* * * * *
13811 AACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTGAAAGTGAG
193 AACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAG
13876 TAATCAA-GCTTT
258 TAAT-AAGGCTTT
13888 TGATAGTTTT
Statistics
Matches: 2105, Mismatches: 460, Indels: 202
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 18 0.01
340 201 0.10
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345 99 0.05
346 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
AACATTCAATTATAATCAGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAGCTTT
TCTTGCTAATGAATGGTTTTTCTTCATGTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAAC
AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAA
TAAGGCTTTCGAAGGATTGGGTGACTATAAATGGCTTTTCTTATCAATGAATGGTTTTTCTTCAC
GTTTTCTAAGGTA
Found at i:13905 original size:129 final size:130
Alignment explanation
Indices: 13764--14009 Score: 318
Period size: 130 Copynumber: 1.9 Consensus size: 130
13754 TAATGAACGG
** * * * * ** *
13764 GTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGG-CAACATTCAATTTTAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA
1 GTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAGTATAATCTATTAAAACTAAAAATATAAAAA
*
13828 AATTTAACTTAAAATCAATTATG-GGATTATAAAACCATTGAAAG-TGAGTAATCAAGCTTTTGA
66 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGG-TTATAAAACCATTGAAAGCT-AGTAATCAAGCTTTTGA
13891 TA
129 TA
*
13893 GTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAGTATAATCTATTAAAACTAAAAATATAAAAT
1 GTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAGTATAATCTATTAAAACTAAAAATATAAAAA
* * * *
13958 AATTCAATTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAAT
66 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTGAAAGCTAGTAAT
14010 AGGACTTTTA
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 15, Indels: 5
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
129 21 0.21
130 75 0.76
131 3 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (130 bp):
GTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAGTATAATCTATTAAAACTAAAAATATAAAAA
AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTGAAAGCTAGTAATCAAGCTTTTGATA
Found at i:14359 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 13894--14339 Score: 493
Period size: 171 Copynumber: 2.6 Consensus size: 169
13884 CTTTTGATAG
* * * * ** * *
13894 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAGTATAATCTATTAAAACTAAAAATATAAAATA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATAAAAAATA
* * *
13959 ATTCAATTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAGGACTTTTAAAGG
66 ATTCAACTTAAAATCAATTAT-AAGTTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAGG-CTTTTAAAGG
** *
14024 CATGGACGACTATAAATCGACTTTTCTTACCAATGAATGCC
129 CATGGACGACTATAAATAAACTATTCTTACCAATGAATGCC
* * * *
14065 TTTTTCTTCACGTTT-TGCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGCTTTAATAAAAAATATAATAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATA-AAAAA
* * * * * *
14129 -AACTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
64 TAATTCAACTTAAAATCAATTATAAG-TTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAAT-AGGCTTTTAAA
** * *
14193 GGCATGGGTGATTATAAATAAACTATTCTTGCCAATGAATGGCC
127 GGCATGGACGACTATAAATAAACTATTCTTACCAATGAAT-GCC
* * *
14237 -TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTAAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATAAAAAATA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATAAAAAATA
* * *
14301 ATTTAACTTAAAGTCAATTATCAAGTTACAAAACTATTT
66 ATTCAACTTAAAATCAATTAT-AAGTTATAAAACTATTT
14340 GGTGCTACTA
Statistics
Matches: 225, Mismatches: 42, Indels: 16
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.03
171 207 0.92
172 12 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATAAAAAATA
ATTCAACTTAAAATCAATTATAAGTTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAGGCTTTTAAAGGCA
TGGACGACTATAAATAAACTATTCTTACCAATGAATGCC
Found at i:26501 original size:76 final size:76
Alignment explanation
Indices: 26375--26527 Score: 254
Period size: 76 Copynumber: 2.0 Consensus size: 76
26365 NNNNNNNNNN
* *
26375 TTGGGTGATCAATAAAAATAGGAAATTATTTCCTACTTTAAAAGCAATTCCTAAAATTAAGGATA
1 TTGGGTGATCAATAAAAATAGAAAATTATTTCCTACTTTAAAAGAAATTCCTAAAATTAAGGATA
26440 GGATTTTAATT
66 GGATTTTAATT
*
26451 TTGGGTGATTC-ATAAAAATAGAAAATTATTTCCTACTTTAAAAGAAATTCCTAAAATTAATGAT
1 TTGGGTGA-TCAATAAAAATAGAAAATTATTTCCTACTTTAAAAGAAATTCCTAAAATTAAGGAT
*
26515 AGTATTTTAATT
65 AGGATTTTAATT
26527 T
1 T
26528 GAAAAATTAA
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 4, Indels: 2
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
76 70 0.97
77 2 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (76 bp):
TTGGGTGATCAATAAAAATAGAAAATTATTTCCTACTTTAAAAGAAATTCCTAAAATTAAGGATA
GGATTTTAATT
Found at i:42389 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 41722--42796 Score: 794
Period size: 171 Copynumber: 6.3 Consensus size: 170
41712 TTACCCAGGC
* * * * * * *
41722 AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCACTGACAAGAAAAATCTATTTATAGTCATCCACGCCTTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTACTCCTTCAAAA
* ********** **
41787 GCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTNNNNNNNNNNTGAAGGTTTTTATA
65 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
* ** * * * *
41852 TTTTTGGTTAAAACGGACTATAATTGAATGTTTGCC-TCGA
130 TTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGA
* * ** * * ** *
41892 GAAACATGAAG-AAAAGCCCATTCATTTG-CAGGAAAAGAACATTTATAGTTACCAAAGCCTTCG
1 -AAACATGAAGAAAAAG-TCATTCA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTACTCCTTCA
* ***********
41955 AAAGCCTTATTACTCCCTTTNNNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
62 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * *
42020 ATATTTTTAGTTAAAATAGAGTATAATTGAATG-CTTACCTTGGA
127 ATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTC-TACCTTGGA
* * * * * *
42064 AAGCATGAAG-AAAAGGCATTCATT-AGCAAGAAAAGTCTAATTACAGTCACTCATTTCC-TCAA
1 AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-A-CTCCTTCAA
* * **********
42126 AAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTNNNNNNNNNNTTTTTTTA
63 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
*
42191 CT-TTTTTGGTTAAAACAGTA-TATAATTGAATGTCTACCTTGGA
128 -TATTTTTAGTTAAAACA-TATTATAATTGAATGTCTACCTTGGA
* * * * *
42234 AAATATGAAGAAAAAGTCATTTATTGACAAGAATAGTCCATTTATAGTCACCTACGCCTTCGAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTACTCCTTCAAAA
** *
42299 GCCTTATTACTTGCTTTAAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTAT
65 GCCTTATTACTCACTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
** * *
42364 ATTTTTTCTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGG
129 ATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGA
** * * * * * * ** * *
42406 AAATGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGC-ATAAAAGTTTCACTTATAGTCACCTAAACTTTCGAA
1 AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCA-CTACTCCTTCAAA
* * * * * *
42470 AGCTTTATTACTCGCATTT-AATGATTATATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTA
64 AGCCTTATTACTCAC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * *
42534 TATTTTTAGTTAAAACATATTAGAATTGAATGTTTGCCTTGGA
128 TATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGA
* * * * * *
42577 AAACATGAAGAAAACGACATAT-ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATGGTCACT-CATTCTCTCAA
1 AAACATGAAGAAAAAGTCAT-TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAC-TCCT-TC-A
* ** * *
42640 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGGAATCTAATAATT-ACTTTTAAGTTGAGTTTTTT
62 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTT
* *
42704 TACATTTTTAATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTA-CTATGGA
126 TATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCT-TGGA
*
42749 AAACATGAAGACAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
1 AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
42797 TTAACAATCT
Statistics
Matches: 699, Mismatches: 176, Indels: 57
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 120 0.17
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173 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTACTCCTTCAAAAG
CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
TTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGA
Found at i:42605 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 41986--42768 Score: 649
Period size: 172 Copynumber: 4.6 Consensus size: 169
41976 NNNNNNNNNN
* * *
41986 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGAGTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAA
* * * * * *
42051 TG-CTTACCTTGGAAAGCATGAAGAAAAGGCAT-TCATTAGCAAGAAAAGTCT-AATTACAGTCA
66 TGTC-TACCTTGGAAAACATGAAGAAAAGTCATAT-ATTGGC-A-AAAAGTTTCATTTATAGTCA
* * * * * * *
42113 -CT-CATTTCCTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTG
127 CCTAAACTT--TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
********** *
42156 TAATCTCATAATTGATTNNNNNNNNNNTTTTTTTACT-TTTTTGGTTAAAACAGTA-TATAATTG
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTAGTTAAAACA-TATTATAATTG
* * * *
42219 AATGTCTACCTTGGAAAATATGAAGAAAAAGTCATTTATTGACAAGAATAG-TCCATTTATAGTC
64 AATGTCTACCTTGGAAAACATGAAG-AAAAGTCATATATTGGCAA-AA-AGTTTCATTTATAGTC
** * * *
42283 ACCTACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTGGTTTTA
126 ACCTAAACTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGATTTTA
* ** *
42328 TAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTTCTTAAAATATATTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAA
* ** ** *
42393 TGTCTACCTTGGGAAATGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCATAAAAGTTTCACTTATAGTCACC
66 TGTCTACCTTGGAAAACATGAAG-AAAAGTCATATATTGGCA-AAAAGTTTCATTTATAGTCACC
* *
42458 TAAACTTTCGAAAGCTTTATTACTCGCATTT-AATGATTATA
129 TAAACTTTCGAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGATTTTA
* * *
42499 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTAGAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAA
* * * * *
42564 TGTTTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAACGACATATATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATGGTCA-
66 TGTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAA-GTCATATATTGGC-A-AAAAGTTTCATTTATAGTCAC
** * * * *
42627 CTCATTCTCTCAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTG
128 CT-AAACTTTC-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTA
* * * * *
42671 GAATCTAATAATT-ACTTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTAATTAAAACATATTATAATTGA
1 TAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGA
42735 ATGTCTA-CTATGGAAAACATGAAGACAAAGTCAT
65 ATGTCTACCT-TGGAAAACATGAAGA-AAAGTCAT
42769 TCATTGACAA
Statistics
Matches: 492, Mismatches: 96, Indels: 48
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 76 0.15
171 166 0.34
172 240 0.49
173 9 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAA
TGTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAGTCATATATTGGCAAAAAGTTTCATTTATAGTCACCTA
AACTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
Found at i:43052 original size:301 final size:302
Alignment explanation
Indices: 42500--43074 Score: 731
Period size: 301 Copynumber: 1.9 Consensus size: 302
42490 ATGATTATAT
* * *
42500 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTAGAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGATAAATGTTTTTATATTTTTAGTCAAAACAGATTAGAATTGAAT
* ** * * * *
42565 GTTTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAACGACATATATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATGGTCACTC
66 ATTTGCCTAAGAAAACATGAAGAAAACGACATATATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCC
* *
42630 ATTCTCTCAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGGAATCTAATAATTACTTTTAAGTT
131 ATCCTCTCAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAGAATCTAATAATTACTTTTAAGTT
* *
42695 GAGTTTTTTTACATTTTTAATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACTATGGAAAACATGAAGA
196 GAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTATGGAAAACATGAAGA
* **
42760 CAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTTAAC
261 AAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTTAAC
* * *
42802 AATCTCATAATTGATTTTAGGATGAAT-TTTTTAATATTTTT-GATCAAAACAGATTATAATTG-
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGATAAATGTTTTT-ATATTTTTAG-TCAAAACAGATTAGAATTGA
*
42864 ATCATTTGCCTCAAG-AAATATGAAGAAAA-GACCAT-TCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAG
64 AT-ATTTGCCT-AAGAAAACATGAAGAAAACGA-CATAT-ATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAG
* * *
42926 TCACCCATACCT-TC-GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTTATAATCTTATAATTGA-
125 TCACCCAT-CCTCTCAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTAGAATCTAATAATT-AC
* * * *
42987 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCT-TGGAA
187 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTATGGAA
43051 AACATGAAGAAAAACCCATTCATT
251 AACATGAAGAAAAACCCATTCATT
43075 TGCAGAAAAA
Statistics
Matches: 235, Mismatches: 28, Indels: 21
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
300 1 0.00
301 126 0.54
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303 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (302 bp):
AATCTCATAATTGATTTTAAGATAAATGTTTTTATATTTTTAGTCAAAACAGATTAGAATTGAAT
ATTTGCCTAAGAAAACATGAAGAAAACGACATATATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCC
ATCCTCTCAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAGAATCTAATAATTACTTTTAAGTT
GAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTATGGAAAACATGAAGA
AAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTTAAC
Found at i:43118 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 42802--43515 Score: 691
Period size: 171 Copynumber: 4.2 Consensus size: 169
42792 ATAGTTTAAC
* * * * *
42802 AATCTCATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTAATATTTTTGATCAAAACAGATTATAATTG-AT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * *
42866 CATTTGCC-TCAAGAAATATGAAGAAAAGA-CCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCA
65 -ATTTACCTTGAA-AAACATGAAGAAAA-ACCCATTCATTG-CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
* * *
42929 CCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAT
126 CCTA-AGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAT
*
42973 AATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * *
43038 GTTTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTTGC-AGAAAAAGCCCATTTATCGTCACC
65 ATTTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAACCCATTCA-TTGCAAG-AAAAGCCCATTTATAGTCACC
* * *
43102 TAAGTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTATAT-AGTTTTAT
128 TAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTAT
*
43144 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTTAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * *
43209 TATTTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAACAAAAGCCCATTTATAGTCACC
64 TATTTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTG-CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACC
* *
43274 TATGCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATTG-TTTTAT
128 TAAG-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGATTTTAT
* * * ** * * **
43316 AATCTCATAATTGATTTT-AGGTCAAATTTTTTGCA--TTT-TTAAAATAAATTGTAATTGAAGG
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATA
** * * * * * *
43377 TTTACCTTGGGAAATATAAAGAAAAACCCATTCTTTAGCAAGAAAAGCCTATTTATATTTACCCT
66 TTTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT-GCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CCT
* * * * * *
43442 -AGCCTTCGAAAGTCTTATTATTC-GTGTTAAATGGTTTTAT
129 AAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACT-TTAAATGATTTTAT
* * * *
43482 AATCTCATAATTGGTGTTACGTTAAATTTTTTTA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
43516 CTTTNNNNNN
Statistics
Matches: 455, Mismatches: 68, Indels: 44
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 6 0.01
166 106 0.23
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173 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATA
TTTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAA
GCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAT
Found at i:46392 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 45996--46753 Score: 775
Period size: 171 Copynumber: 4.5 Consensus size: 168
45986 TTGGGACTAA
* * ** * *
45996 CAAAAATGTTAGAAAATTCAACCTAAAA-CGAATTATGAGATTATCAAACCATTT-AAAGGTAGT
1 CAAAAATGTAAAAAAATTCAATGTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACG-AGT
* * * * * * * * *
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64 AATAAGGCTTTTGAAGG-CTTGCGTGACTATAAATGGCTTTTCTAG-CAATGAATGGC-TTTTCT
* * *
46123 TCAAGTTTC-CTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
126 TCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATTTATTTTAAC
* *
46166 CAAAAATGT-AAAAAACTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTA
1 CAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTA
* * * *
46229 ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGTGTGACTATAAATGGACTTTTCATAGAAATTG-ATGGCTTTGGCT
65 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGCGTGACTATAAATGG-CTTTTC-TAGCAA-TGAATGGCTTT-TCT
* * * *
46293 TTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTATTC
126 TCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTATTTTA-AC
* * *
46337 CAAAAA-GTAAAAAAATTCAATGTAACATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAATGAGTAA
1 CAAAAATGTAAAAAAATTCAATGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAA
* * *
46401 TAAGGCTTTTAAAGGCTTGCATGACTATAAATAGGCTTTTCTTACCAATGAATGGGCTTTTCTTC
66 TAAGGCTTTTGAAGGCTTGCGTGACTATAAAT-GGCTTTTC-TAGCAATGAAT-GGCTTTTCTTC
* *
46466 ATGTTTC-CAAAGGTAAACATTCAATTACAATTTATTTTAAC
128 ATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATTTATTTTAAC
* * ** * *
46507 TAAAAATGTTAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
1 CAAAAATGTAAAAAAATTCAATGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAA
* * * *
46572 TAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGACCTTTTCTTC
66 TAAGGCTTTTGAAGGCTTGCGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTAG-CAATGAATG-GCTTTTCTTC
*
46637 ATGTTTCTTAAGGTAGACAGTT-AATTATAATTTGA-TTTAAC
128 ATGTTTCTCAAGGTAGACA-TTCAATTATAATTT-ATTTTAAC
* * * *
46678 CAAAAATGTAAAAAACTTC-ATGCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGTA
1 CAAAAATGTAAAAAAATTCAATG-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTA
46742 ATAAGGCTTTTG
65 ATAAGGCTTTTG
46754 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 500, Mismatches: 65, Indels: 45
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 70 0.14
170 77 0.15
171 340 0.68
172 11 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
CAAAAATGTAAAAAAATTCAATGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAA
TAAGGCTTTTGAAGGCTTGCGTGACTATAAATGGCTTTTCTAGCAATGAATGGCTTTTCTTCATG
TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTATTTTAAC
Found at i:46652 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 45996--46752 Score: 870
Period size: 342 Copynumber: 2.2 Consensus size: 339
45986 TTGGGACTAA
* * ** *
45996 CAAAAATGTTAGAAAATTCAACCTAAAA-CGAATTATGAGATTATCAAACCATTT-AAAGGTAGT
1 CAAAAATGTAAAAAAATTCATGCTAAAATC-AATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAACG-AGT
* * * * * *
46059 ACTAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGATTATAAATTGATTTTCTTGCCAATAAATAGCTTTTTCTT
63 AATAAGGCTTTTAAAGGAATAGATGACTATAAATGGATTTTCTTACCAATAAATAGCTTTTTCTT
** * * *
46124 CAAGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAACTCAACTT
128 CAAGTTTCCAAAGGTAAACATTCAATTACAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAACTCAACAT
* * *
46189 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGTGTGA
193 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
* *
46254 CTATAAATGGACTTTTCATAGAAATTGATGGCTTTGGCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACA-TTCA
258 CTATAAATGGACTTTTCATAGAAATTGATGCCTTTGGCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAGTT-A
*
46318 ATTATAATAT-ATTTTATTC
322 ATTATAATATGA-TTTA-AC
* *
46337 CAAAAA-GTAAAAAAATTCAATG-TAACATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAATGAGTA
1 CAAAAATGTAAAAAAATTC-ATGCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-CCATTTAAAACGAGTA
* * * * *
46400 ATAAGGCTTTTAAAGG-CTTGCATGACTATAAATAGGCTTTTCTTACCAATGAATGGGC-TTTTC
64 ATAAGGCTTTTAAAGGAATAG-ATGACTATAAAT-GGATTTTCTTACCAATAAAT-AGCTTTTTC
* * * *
46463 TTCATGTTTCCAAAGGTAAACATTCAATTACAATTTATTTTAACTAAAAATGTTAAAAAATTCAA
126 TTCAAGTTTCCAAAGGTAAACATTCAATTACAATCTATTTTAACCAAAAATG-TAAAAAACTCAA
* * *
46528 CATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGG
190 CATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGG
* * * * * *
46593 TGACTATAAATGGGCTTTTC-TTGTCAA-TGAATGACCTTT-TCTTCATGTTTCTTAAGGTAGAC
255 TGACTATAAATGGACTTTTCATAG-AAATTG-ATG-CCTTTGGCTTCACGTTTCTCAAGGTAGAC
*
46655 AGTTAATTATAATTTGATTTAAC
317 AGTTAATTATAATATGATTTAAC
* * * *
46678 CAAAAATGTAAAAAACTTCATGCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
1 CAAAAATGTAAAAAAATTCATGCTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAACGAGTAA
46743 TAAGGCTTTT
65 TAAGGCTTTT
46753 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 352, Mismatches: 48, Indels: 31
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 5 0.01
340 62 0.18
341 92 0.26
342 183 0.52
343 10 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
CAAAAATGTAAAAAAATTCATGCTAAAATCAATTATGAGATTATAAACCATTTAAAACGAGTAAT
AAGGCTTTTAAAGGAATAGATGACTATAAATGGATTTTCTTACCAATAAATAGCTTTTTCTTCAA
GTTTCCAAAGGTAAACATTCAATTACAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAACTCAACATAAA
ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTA
TAAATGGACTTTTCATAGAAATTGATGCCTTTGGCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAGTTAATTA
TAATATGATTTAAC
Done.