Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398095.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_140.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 16650
ACGTcount: A:0.28, C:0.12, G:0.10, T:0.28
Warning! 3662 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:839 original size:172 final size:173
Alignment explanation
Indices: 644--1286 Score: 563
Period size: 171 Copynumber: 3.8 Consensus size: 173
634 NNNNNNNNNN
* * *
644 ATTACTCCCTTTAAATGGTTTTACAACCTCATACTTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTTTACGTTG
1 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTACAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTTTACGTTG
* * *
709 TAGTCAAAACAAATTGTAATTGAACATTT-ACTTAAGGAAACATGAATAAATATGCATTCAATGG
66 TAGTCAAAACAAATTGTAATTGAATATTTGACTTAAGGAAACATGAATAAAAATGCATTCATTGG
* * *
773 CAAGAGAAGCCCATTTATAGTTTA-CTAAGCCTTCAAAAGTCTT
131 CAAGAAAAGCCCATTTATAG-TCACCCAAGCCTTCAAAAGTCTT
* * *
816 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTACAACCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATG-TTTTTTACATTT
1 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTACAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTTTACGTTG
* * ********** * * * *
880 TGGTGAAAACNNNNNNNNNNTGAATGTTTGCCTT-AGGAAACATTAAAAAAAATGCAATT-ATTG
66 TAGTCAAAACAAATTGTAATTGAATATTTGACTTAAGGAAACATGAATAAAAATGC-ATTCATTG
943 GCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGTCTT
130 GCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGTCTT
* * * * * * ** *
987 GTTACTCGC-TTAAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TCTTTCCACATT
1 ATTACTCACTTTAAA-TAGTTTTACAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTTTAC-GT
* * * * * * * * ** *
1049 TTTAGTTAAAATAGATTATAATTTAATTTTTGGCTCGA-GAAACATGAAGAAAAACT-CATTCAT
64 TGTAGTCAAAACAAATTGTAATTGAATATTTGACTTAAGGAAACATGAATAAAAA-TGCATTCAT
** * *
1112 TGGTC-AGAAAAATCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTT
128 TGG-CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGTCTT
** * * * * * *
1158 ATTACTCTTTTTAAATGGTTTTACATCCTCTTAATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTCTAATGTTG
1 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTACAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTTTACGTTG
* * * * *
1223 TGGTCAAAACAAATTGTAATTGAATATTT-ACCTAAGGAAACATTAATAAATATACATTCATTGG
66 TAGTCAAAACAAATTGTAATTGAATATTTGACTTAAGGAAACATGAATAAAAATGCATTCATTGG
1287 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 366, Mismatches: 90, Indels: 30
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 15 0.04
171 238 0.65
172 109 0.30
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (173 bp):
ATTACTCACTTTAAATAGTTTTACAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTTTACGTTG
TAGTCAAAACAAATTGTAATTGAATATTTGACTTAAGGAAACATGAATAAAAATGCATTCATTGG
CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGTCTT
Found at i:3581 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2987--5008 Score: 1583
Period size: 172 Copynumber: 11.7 Consensus size: 170
2977 NNNNNNNNNN
* * * * *
2987 TTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGACATTTATTGGCAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAG
* * * * * * *
3052 AAAAGACCATTTATATTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTCATAT
65 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAA
* * ** * **
3117 TCTCATACTTGATTTTAAGTGGAA-TGTTTTTACATTTTTTTA
130 CCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACA--TTTTGG
* ** *
3159 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCCAGAAACTTGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACC-ATTCATTGGCAAG
* ** * **
3224 TAAAGCCCATTTATAGTCATGCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGTTTTGCAA
65 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAA
* *
3288 ACTCATAATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTTTACATTGTGG
130 CCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAT-TTTTTTTACATTTTGG
* * * * * *
3330 TCAAAA-AAATTGTAATTGAATTTTTACC-TAAGGAAACATGAA-AAAATATGCATTCATTGGCA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAA-A-CCATTCATTGGCA
* * *
3392 AGAGAAGCCCATTTATAGTCGCCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTAC
63 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTAT
3457 AACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTTTGG
128 AACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTTACATTTTGG
* * * * * *
3501 TGAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAATAAAAATGCATTCATTGGCAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAG
* ** * ** *
3566 AAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGGAAGCCTTATTACTCACTTTAATTGGATTTATAA
65 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAA
* * * * *
3631 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTCTATA-TTTTTGG
130 CCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAT-TTTTTTTACATTTTGG
* ** * * *
3672 TTAAAATAGATTATAATTGAATG-TTGGCTCGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTAATTGGCAAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAG
* * * * * * *
3736 AAAAGTCCATATATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTACAG
65 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAA
*
3801 CCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTATTTACATTTTGG
130 CCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTGG
** * * * * * *
3842 GGAAAATAGA-TGTAATTGAATGTTTTCTTTGGGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGCAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATTGGCAAG
* * ** * *
3906 AGAAGCCCATTTATACTCACCCAAGCCTTCAAAAATCTTATTACTCTCTTTAAATA-GTTTTACA
65 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTATA
* * *
3970 ACCTAAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTACATTTTTGA
129 ACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACA-TTTTGG
* * * * *
4012 TGAAAACAGATCATAATTGAATATTTACCTTGAGAAACATTG-AGAAAAACCAATTTATTGGCGA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACA-TGAAGAAAAACC-ATTCATTGGCAA
* * * *** ** * * * *
4076 GAAAAACCAATTTAT-TTGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCTA-AACCTTCAAAAGCTTTAT
64 GAAAAGCCCATTTATAGT-C-ACCCAAGCCT-TCAAAAG-C-CTTATTA-C-TC----GCTTTAA
* * * ** * * ** *
4139 TA-CTCACTTTAAAATGGTTTTATAACCTTAAAATTGATTTTGAGTTTAA-TTTTTTTACATTGT
118 AAGGT---TTTATAA---CCTCATAA--TT--GATT--TTAA--GTTCAATTTTTTTTACATT-T
*
4202 TAG
168 TGG
* * * **
4205 TTAAAA-TGAATCATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACAT-ATAGAAAAAATATTCATTGGCAA
1 TTAAAACAG-ATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGA-AGAAAAACCATTCATTGGCAA
* * * * *
4268 GTAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTCAATACTCACTTTAAATA-GTTTTAT
64 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTAT
* * * * *
4332 ATCCTCAAAATTGATATTAAGTTGAATTTTTTTTTTCATTTTTGG
128 AACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTTACA-TTTTGG
* * * * * *
4377 TTAAAACAGATTATGATTGAATGTTTTCCTTGAAAAACATGAAGAAAAACCGGTCCATTGGGAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACC-ATTCATTGGCAAG
* * **
4442 AAAAGCCTATTTATAGTCACCCAA-CCTTCTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATTGTTTTATA
65 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATA
* * * * *
4506 ACCTTAAAACTGATTTTAAGTTCAA-TTTTGTTACATTTTTGC
129 ACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACA-TTTTGG
* ** **
4548 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGTAATTCATTGGCAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAG
* * *
4613 AAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATA-GTTTTAT
65 -AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTAT
* * * * * *
4677 AACCTCACAATTGATTTTAGGTT-AA-ATGTTTTGCATTTGTAG
128 AACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTT-TGG
* * * * ** *
4719 TTAAAATAGATTATAATTGAATATTTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGAAATTCATTGGTAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAG
*** * *** ** * * * * * **
4784 AAATTTCCAATTATAGTCATTTATTCCTTCGAAAGCCTTACTACTCCCTTTAAATGGCTTCGTAA
65 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAA
* * * * *
4849 TCTCATAATTGATTTTATGTTGAATGTTTTTTACATTTTTAG
130 CCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACA-TTTTGG
* * *
4891 TTCAAACAGATTATAATGGAATGTTTACC-TAAGAAAACATGAAGAAAAACCTATTCATTGGCAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAACC-ATTCATTGGCAA
* * *
4955 GAAAA-CCTATTTATAGTCACCCGAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
64 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
5009 TTATTTTATA
Statistics
Matches: 1479, Mismatches: 300, Indels: 143
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 32 0.02
170 407 0.28
171 345 0.23
172 432 0.29
173 110 0.07
174 3 0.00
175 4 0.00
176 4 0.00
178 4 0.00
179 2 0.00
180 5 0.00
181 5 0.00
182 6 0.00
183 5 0.00
184 2 0.00
185 4 0.00
187 4 0.00
188 3 0.00
189 5 0.00
190 4 0.00
191 8 0.01
192 27 0.02
193 58 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCATTCATTGGCAAGA
AAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAAC
CTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTGG
Found at i:3710 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 2987--5019 Score: 1911
Period size: 342 Copynumber: 5.9 Consensus size: 340
2977 NNNNNNNNNN
* * *
2987 TTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGACATTTATTGGCAAG
1 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAG
* * * * * *
3052 AAAAGACCATTTATATTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTCATAT
65 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * ** * **
3117 TCTCATACTTGATTTTAAGTGGAATGTTTTTACATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG
130 CCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
** * * **
3182 TTTGCCTCCAGAAACTTGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGTAAAGCCCATTTATAGTCATGCA
194 TTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
* ** * *
3247 AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTGCAAACTCATAATTGATTTTAAGTTCA
258 AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTCA
* * *
3311 ATGTTTTTTTACATTGTGG
323 ATGTTTTTATA-TTTTTGG
* * * * *
3330 TCAAAA-AAATTGTAATTGAATTTTTACC-TAAGGAAACATGAA-AAAATATG-CATTCATTGGC
1 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT-CCTTGA-GAAACATGAAGAAAA-A-GACATTCATTGGC
* * *
3391 AAGAGAAGCCCATTTATAGTCGCCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTA
62 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * *
3456 CAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACA-TTTTGGTGAAAACAGATTGTAATTG
127 TAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * *
3520 AATGTTTGCCTTGGGAAACATGAATAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
190 AATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
* ** * * * * *
3585 CTCAAGCCTTCGGAAGCCTTATTACTCACTTTAATTGGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
254 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAG
* * *
3650 TTGAATCTTTCTATATTTTTGG
319 TTCAATGTTTTTATATTTTTGG
** * ** * *
3672 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTGGCTCGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTAATTGGCAAAA
1 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGA
* * * * * *
3737 AAAGTCCATATATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTACAGC
66 AAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAC
** * *
3802 CTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTATTTACA-TTTTGGGGAAAATAGA-TGTAATTGAATGT
131 CTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTT-TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * * *
3865 TTTCTTTGGGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATACTCACCCAA
195 TTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAA
** * * *
3930 GCCTTCAAAAATCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTACAACCTAAAAATTGATTTTAAGTTCAA
259 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA
* * *
3995 TTTTTTTACATTTTTGA
324 TGTTTTTATATTTTTGG
* * * * *
4012 TGAAAACAGATCATAATTGAATATTTACCTTGAGAAACATTGAGAAAAACCAATTTATTGGCGAG
1 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT-CCTTGAGAAACA-T--G-AAGA--AA---A------AG
* * * * * *
4077 AAAAACCAATTTATTTGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCTAAACCTTCAAAAGCTTTATTAC
50 ----A-C-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * * * *
4142 TCACTTTAAAATGGTTTTATAACCTTAAAATTGATTTTGAGTTTAATTTTTTTACATTGTTAGTT
109 TCGCTTT-AAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * ** *
4207 AAAA-TGAATCATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACAT-ATAGAAAAAATATTCATTGGCAAGT
173 AAAACAG-ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGA-AGAAAAACCATTCATTGGCAAGA
* * * *
4270 AAAGCCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTCAATACTCACTTTAAATAGTTTTATATC
236 AAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAC
* * * *
4335 CTCAAAATTGATATTAAGTTGAATTTTTTTTTTCATTTTTGG
301 CTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TGTTTTTAT-ATTTTTGG
* * * * * * *
4377 TTAAAACAGATTATGATTGAATGTTTTCCTTGAAAAACATGAAGAAAAA-CCGGTCCATTGGGAA
1 TTAAAATAGATTATAATTGAATG-TTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGAC-ATTCATTGGCAA
* * *
4441 GAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAA-CCTTCTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATTGTTTTAT
64 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
4505 AACCTTAAAACTGATTTTAAGTTCAATTTTGTTACATTTTTGCTTAAAACAGATTATAATTGAAT
128 AACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
** ** *
4570 GTTTGCCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGTAATTCATTGGCAAGAAAAAGCCTATTTATAGTCACC
193 GTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAG-AAAAGCCCATTTATAGTCACC
* ** * *
4635 CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAACCTCACAATTGATTTTAGGTT
256 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTT
* ** * *
4700 AAATG-TTTTGCATTTGTAG
321 CAATGTTTTTATATTTTTGG
* * * *
4719 TTAAAATAGATTATAATTGAATATTTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGAAATTCATTGGTAAG
1 TTAAAATAGATTATAATTGAAT-GTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAG
*** * *** ** * * * * **
4784 AAATTTCCAATTATAGTCATTTATTCCTTCGAAAGCCTTACTACTCCCTTTAAATGGCTTCGTAA
65 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
4849 TCTCATAATTGATTTTATGTTGAATGTTTTTTACATTTTTAGTTCAAACAGATTATAATGGAATG
130 CCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * *
4914 TTTACC-TAAGAAAACATGAAGAAAAACCTATTCATTGGCAAGAAAA-CCTATTTATAGTCACCC
194 TTTGCCTTGAG-AAACATGAAGAAAAACC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
*
4977 GAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTA-TTTTATAA
257 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TAGTTTTATAA
5020 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1391, Mismatches: 244, Indels: 112
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 161 0.12
341 88 0.06
342 472 0.34
343 228 0.16
344 77 0.06
345 79 0.06
347 2 0.00
350 2 0.00
356 2 0.00
359 2 0.00
361 4 0.00
362 61 0.04
363 134 0.10
364 39 0.03
365 37 0.03
366 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGA
AAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAC
CTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
TGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGC
CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATG
TTTTTATATTTTTGG
Found at i:4077 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 4053--4111 Score: 82
Period size: 21 Copynumber: 2.8 Consensus size: 21
4043 GAGAAACATT
4053 GAGAAAAACCAATTTATTGGC
1 GAGAAAAACCAATTTATTGGC
*
4074 GAGAAAAACCAATTTATTTGC
1 GAGAAAAACCAATTTATTGGC
* * *
4095 AAGAAAAGCCTATTTAT
1 GAGAAAAACCAATTTAT
4112 AGTCACCTAA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 4, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 34 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.14, G:0.15, T:0.27
Consensus pattern (21 bp):
GAGAAAAACCAATTTATTGGC
Found at i:4242 original size:193 final size:192
Alignment explanation
Indices: 3901--4253 Score: 480
Period size: 193 Copynumber: 1.8 Consensus size: 192
3891 ACATTCATTG
* * *
3901 GCAAGAGAAGCCCATTTATACTCACCCAAGCCTTCAAAAATCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTT
1 GCAAGAAAAGCCCATTTATACTCACCCAAACCTTCAAAAATCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
*
3966 TACAACCTAAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGATGAAAACAGATCATAATTG
66 TACAACCTAAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTAGATGAAAACAGATCATAATTG
4031 AATATTTACCTTGAGAAACAT-TGAGAAAAACCAATTTATTGGCGAGAAAAACCAATTTATTT
131 AATATTTACCTTGAGAAACATAT-AGAAAAACCAATTTATTGGCGAGAAAAACCAATTTATTT
* * * * *
4093 GCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCTAAACCTTC-AAAAGCTTTATTACTCACTTTAAAATGGT
1 GCAAGAAAAGCCCATTTATACTCACCCAAACCTTCAAAAATC-TTATTACTCACTTT-AAATAGT
* * * * * *
4157 TTTATAACCTTAAAATTGATTTTGAGTTTAATTTTTTTACATTGTTAG-TTAAAA-TGAATCATA
64 TTTACAACCTAAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATT-TTAGATGAAAACAG-ATCATA
* *
4220 ATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATATAGAAAAA
127 ATTGAATATTTACCTTGAGAAACATATAGAAAAA
4254 ATATTCATTG
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 17, Indels: 9
0.84 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
191 5 0.04
192 44 0.32
193 86 0.62
194 4 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (192 bp):
GCAAGAAAAGCCCATTTATACTCACCCAAACCTTCAAAAATCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
TACAACCTAAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTAGATGAAAACAGATCATAATTG
AATATTTACCTTGAGAAACATATAGAAAAACCAATTTATTGGCGAGAAAAACCAATTTATTT
Found at i:4616 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4075--5019 Score: 963
Period size: 171 Copynumber: 5.5 Consensus size: 169
4065 TTTATTGGCG
* * * * *
4075 AGAAAAACCAATTTATTTGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCTAAACCTTCAAAAGCTTTATT
1 AGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACC-CAACCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * *
4140 ACTCACTTTAAAATGGTTTTATAACCTTAAAATTGATTTTGAGTTTAATTTTTTTACATTGTTAG
65 ACTCACTTT-AAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTG
* *
4205 TTAAAA-TGAATCATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACAT-A
128 TTAAAACAG-ATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGA
* * * * *
4246 TAGAAAAAAT-ATTCATTGGCAAGTAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTCAA
1 -AGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCC-AACCTTCAAAAGCCTTAT
* * *
4310 TACTCACTTTAAATAGTTTTATATCCTCAAAATTGATATTAAGTTGAATTTTTTTTTTCATTTTT
64 TACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTT
* *
4375 GGTTAAAACAGATTATGATTGAATGTTTTCCTTGAAAAACATGA
127 -GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGA
*** * *
4419 AGAAAAACCGGTCCATTGGGAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAACCTTCTAAAAGCCTTATT
1 AGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAACCTTC-AAAAGCCTTATT
* * * * * *
4484 ACTCTCTTTAAATTGTTTTATAACCTTAAAACTGATTTTAAGTTCAATTTTGTTACATTTTTGCT
65 ACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-T
* **
4549 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAATGTGA
129 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGA
* *
4590 AGAAAAAGTAATTCATTGGCAAGAAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
1 AGAAAAACTAATTCATTGGCAAG-AAAAGCCTATTTATAGTCACCCAA-CCTTCAAAAGCCTTAT
** * * * * * *
4655 TACTCGTTTTAAATAGTTTTATAACCTCACAATTGATTTTAGGTT-AAATGTTTTGCATTTGTAG
64 TACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TTG
* * *
4719 TTAAAATAGATTATAATTGAATATTTTCCTTGGGAAACATGA
128 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGA
** * ** * *** * * *
4761 AGAAAAAGAAATTCATTGGTAAGAAATTTCC-AATTATAGTCATTTATTCCTTCGAAAGCCTTAC
1 AGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAA-AGCCTATTTATAGTCACCCA-ACCTTCAAAAGCCTTAT
* * * ** * * *
4825 TACTCCCTTTAAATGGCTTCGTAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATGTTTTTTACATTTTTA
64 TACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTT-
* * * *
4890 GTTCAAACAGATTATAATGGAATGTTTACC-TAAGAAAACATGA
127 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAG-AAACATGA
*
4933 AGAAAAACCT-ATTCATTGGCAAGAAAA-CCTATTTATAGTCACCCGAGCCTTCAAAAGCCTTAT
1 AGAAAAA-CTAATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCC-AACCTTCAAAAGCCTTAT
4996 TACTCACTTTAAATTA-TTTTATAA
64 TACTCACTTTAAA-TAGTTTTATAA
5020 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 635, Mismatches: 116, Indels: 45
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 100 0.16
171 240 0.38
172 208 0.33
173 87 0.14
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
AGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAACCTTCAAAAGCCTTATTA
CTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTA
AAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGA
Found at i:4906 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 4095--5019 Score: 981
Period size: 343 Copynumber: 2.7 Consensus size: 340
4085 ATTTATTTGC
* * * * * *
4095 AAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCTAAACCTTC-AAAAGCTTTATTACTCACTTTAAAATGGTTT
1 AAGAAAAGCCTAATTATAGTCACC-CAACCTTCTAAAAGCCTTACTACTCCCTTT-AAATGGCTT
* * * * *
4159 TATAACCTTAAAATTGATTTTGAGTTTAATTTTTTTACATTGTTAGTTAAA-ATGAATCATAATT
64 CATAACCTCAAAATTGATTTT-AGTTCAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAACA-G-ATTATAATT
* * *
4223 GAATGTTTTCCTTGAGAAACAT-ATAGAAAAAATATTCATTGGCAAGTAAAGCCCATTTATAGTC
126 GAATGTTTACCTTGAGAAACATGA-AGAAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTC
* * * *
4287 ACCCAAACCTTCAAAAGCCTCAATACTCACTTTAAATAGTTTTATATCCTCAAAATTGATATTAA
190 ACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATATTAA
* * * * * * *
4352 GTTGAATTTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATGATTGAATGTTTTCCTTGAAAAACAT
255 GTTGAA-TATGTTTTGCATTTGTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTTCCTTGAAAAACAT
***
4417 GAAGAAAAACCGGTCCATTGGG
319 GAAGAAAAACAAATCCATTGGG
* * * * * *
4439 AAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAACCTTCTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATTGTTTTA
1 AAGAAAAGCCTAATTATAGTCACCCAACCTTCTAAAAGCCTTACTACTCCCTTTAAATGGCTTCA
* * *
4504 TAACCTTAAAACTGATTTTAAGTTCAATTTTGTTACATTTTT-GCTTAAAACAGATTATAATTGA
66 TAACCTCAAAATTGATTTT-AGTTCAATTTTTTTACATTTTTAG-TT-AAACAGATTATAATTGA
* ** *
4568 ATGTTTGCCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGTAATTCATTGGCAAGAAAAAGCCTATTTATAGTCA
128 ATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAT-ATTCATTGGCAAG-AAAAGCCTATTTATAGTCA
* ** * * *
4633 CCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAACCTCACAATTGATTTTAGG
191 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATATTAAG
* **
4698 TT-AA-ATGTTTTGCATTTGTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATATTTTCCTTGGGAAACATGA
256 TTGAATATGTTTTGCATTTGTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTTCCTTGAAAAACATGA
* * *
4761 AGAAAAAGAAATTCATTGGT
321 AGAAAAACAAATCCATTGGG
** *** * *
4781 AAGAAATTTCC-AATTATAGTCATTTATTCCTTC-GAAAGCCTTACTACTCCCTTTAAATGGCTT
1 AAGAAA-AGCCTAATTATAGTCACCCA-ACCTTCTAAAAGCCTTACTACTCCCTTTAAATGGCTT
* * * * *
4844 CGTAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATGTTTTTTACATTTTTAGTTCAAACAGATTATAATG
64 CATAACCTCAAAATTGATTTTA-GTTCAAT-TTTTTTACATTTTTAGTT-AAACAGATTATAATT
* *
4909 GAATGTTTACC-TAAGAAAACATGAAGAAAAACCTATTCATTGGCAAGAAAA-CCTATTTATAGT
126 GAATGTTTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAA-ATATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGT
*
4972 CACCCGAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTA-TTTTATAA
189 CACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TAGTTTTATAA
5020 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 493, Mismatches: 73, Indels: 33
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
341 54 0.11
342 136 0.28
343 163 0.33
344 65 0.13
345 75 0.15
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
AAGAAAAGCCTAATTATAGTCACCCAACCTTCTAAAAGCCTTACTACTCCCTTTAAATGGCTTCA
TAACCTCAAAATTGATTTTAGTTCAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAACAGATTATAATTGAATG
TTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAA
GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATATTAAGTTGAA
TATGTTTTGCATTTGTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTTCCTTGAAAAACATGAAGAAA
AACAAATCCATTGGG
Found at i:5633 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5128--6329 Score: 1254
Period size: 171 Copynumber: 7.0 Consensus size: 170
5118 NNTTTTATAG
* * * * * *
5128 TTTTGGTTTAAACAGATTATAATTGATTGTTTGCC-TCAGGAAACATGAAGAAAAACACATTTAT
1 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTTTGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAACCCATTCAT
* * * * *
5192 TGACAAAAAAAGCCCATTTATAGTGACCCAAGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
65 TGGCAAGAAAA-CCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * * *
5257 TTTATAACCTGAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTAACAT
129 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * *
5299 TTTTGGTTAAAGCAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
1 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTTTGCCTTGAG-AAACATGAAGAAAAACCCATTCAT
* ** * * ** ********** * *
5363 TGCCAAGAAATGTCCAATTATAGTCAGCCATTCCTTCAAAANNNNNNNNNNTCCCTTTTAATGGT
65 TGGCAAGAAA-ACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * *
5428 TTTGTAAACTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTATAT
129 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * ** * *
5469 TTTTAGTTAAAACAGATTATAA-TAAATTATTTTTCTTAAGAAACATGAAAAAAAACCCATTCAT
1 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTCAA-TGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCAT
* * *
5533 TGGCAAGAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGACTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATAGTT
65 TGGCAAGAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* *
5598 TTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT
130 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * *
5639 TTTCGGTTAAAACAGATTGTAATTCAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATT
1 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT
* * * * * * *
5704 GGCAAGGAAAGCCCATTTATATTCACCCATGCCATT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATAGT
66 GGCAA-GAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * *
5768 TATATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTATTACAT
129 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * *
5810 TTTTGATT-AAACAGATTATAATTCAAGGTTAGCCTTGGGAAATATGAAGTAAAACCCATTCATT
1 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT
* * *
5874 GGTAA-AAACACCCTATTTATAGTCACCAAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
66 GGCAAGAAA-ACCC-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* *
5938 TTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACAT
129 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * *
5980 TTTTAGTTAAATA-AGATTATAATTGAATGTTTGCATTGACAAACATGAAGTAAAACCCATTCAT
1 TTTTGGTTAAA-ACAGATTATAATTCAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCAT
* ** * *
6044 TGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCAAAGCCTTTGAAAGCCTTTTTATTCACTTTAAATGGT
65 TGGCAAGAAAAC-CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* *
6109 TTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACAT
129 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * *
6151 TTTTGGTTAAAGA-AGATTAT-TTCTCAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATCAATTCA
1 TTTTGGTTAAA-ACAGATTATAAT-TCAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCA
* * * * **
6214 TTGGCAAAAAAAAACCTATTTATAGCCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAGGTG
64 TTGGC--AAGAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * *
6279 GTTTTACAATCTCATGATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
127 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
6323 TTTTGGT
1 TTTTGGT
6330 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 855, Mismatches: 157, Indels: 37
0.82 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 68 0.08
170 271 0.32
171 411 0.48
172 95 0.11
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT
GGCAAGAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
Found at i:6026 original size:341 final size:336
Alignment explanation
Indices: 5135--6329 Score: 1252
Period size: 341 Copynumber: 3.5 Consensus size: 336
5125 TAGTTTTGGT
* * * * * * * *
5135 TTAAACAGATTATAATT-GATTGTTTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAACACATTTATTGACAAA
1 TTAAACAGATTATAATTCAATGGTTAGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAA
* * *
5199 AAAAGCCCATTTATAGTGACCCAAGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAA
66 AAAA-CCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
5264 CCTGA-AAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAGCAGATTATAATTGAATG
130 CCTCATAAA-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA-AAGATTATAATTGAATG
* * * *
5328 TTTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGCCAAGAAATGTCCAATTATAGTCAGCCA
193 TTTGCCTT-GAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA-GCCCATTTATAGTCACCCA
* * ********** * * *
5393 TTCCTTCAAAANNNNNNNNNNTCCCTTTTAATGGTTTTGTAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGA
256 TGCCTT-GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* *
5458 TTTTTTTATATTTTT-A
320 ATTTTTTACATTTTTGA
* ** *** *
5474 GTTAAAACAGATTATAA-TAAATTATTTTTCTTAAGAAACATGAAAAAAAACCCATTCATTGGCA
1 -TT-AAACAGATTATAATTCAATGGTTAGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCA
* * * *
5538 AGAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGACTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATAGTTTTATA
64 AAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
5603 ACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTCGGTTAAAACAGATTGTAATTCAATG
129 ACCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-AGATTATAATTGAATG
* * *
5668 TTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGGAAAGCCCATTTATATTCACCCA
193 TTTGCCTT-GAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-GAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
* * * * **
5733 TGCCATTGAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATAGTTATATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
256 TGCC-TTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGA
*
5798 ATGTTATTACATTTTTGA
320 AT-TTTTTACATTTTTGA
** * * *
5816 TTAAACAGATTATAATTCAA-GGTTAGCCTTGGGAAATATGAAGTAAAACCCATTCATTGGTAAA
1 TTAAACAGATTATAATTCAATGGTTAGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAA
* * *
5880 AACACCCTATTTATAGTCACCAAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
66 AAAACCC-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
5945 TCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTAGTTAAATAAGATTATAATTGAATGT
130 CCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA-AAGATTATAATTGAATGT
* * * * * *
6010 TTGCATTGACAAACATGAAGTAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCAAA
194 TTGCCTTGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAGC-CCATTTATAGTCACCCAT
* *
6075 GCCTTTGAAAGCCTTTTTATTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
257 GCC-TTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
*
6140 TTTCTTTACATTTTTGG
321 TTT-TTTACATTTTTGA
* * * * * *
6157 TTAAAGAAGATTAT-TTCTCAATGTTTA-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAATCAATTCATTGGCA
1 TTAAA-CAGATTATAAT-TCAATGGTTAGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGC-
* * * **
6220 AAAAAAAACCTATTTATAGCCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAGGTGGTTTTA
63 -AAAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
6285 CAATCTCATGATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
127 TAACCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
6330 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 710, Mismatches: 126, Indels: 35
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 263 0.37
341 306 0.43
342 42 0.06
343 91 0.13
344 8 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (336 bp):
TTAAACAGATTATAATTCAATGGTTAGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAA
AAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAC
CTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAGATTATAATTGAATGTTT
GCCTTGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCT
TGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
TACATTTTTGA
Found at i:7103 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 7088--7114 Score: 54
Period size: 10 Copynumber: 2.7 Consensus size: 10
7078 AGTGAGTAAT
7088 AAGGCTTTTC
1 AAGGCTTTTC
7098 AAGGCTTTTC
1 AAGGCTTTTC
7108 AAGGCTT
1 AAGGCTT
7115 GGGTGACTAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 17 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.22, T:0.37
Consensus pattern (10 bp):
AAGGCTTTTC
Found at i:7570 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 7544--7588 Score: 74
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
7534 TATTTTAACC
*
7544 AAAAATG-TAAAAAAATTCAACT
1 AAAAATGAAAAAAAAATTCAACT
7566 AAAAATGAAAAAAAAATTCAACT
1 AAAAATGAAAAAAAAATTCAACT
7589 TAATATCAAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 1
0.91 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
22 7 0.33
23 14 0.67
ACGTcount: A:0.67, C:0.09, G:0.04, T:0.20
Consensus pattern (23 bp):
AAAAATGAAAAAAAAATTCAACT
Found at i:8090 original size:169 final size:172
Alignment explanation
Indices: 7798--8113 Score: 379
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 172
7788 GTTTTAAAGT
* * * * *
7798 GAGTAATAAGGCTTCTGAAAGTTTAGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATAAATTGGTTT
1 GAGTAATAAGGCTTATGAAAGCTCAGGTGACTATAAATAGGCTTTTCATGCCAATAAATGGGTTT
* * * **
7863 TTCCCAACGTTTCTCAAGGCAAATATTCAATTATGATCTGTTTTTACCAAAAATGTAAAAA-AAT
66 TTCCCAACGTTCCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAGAAT
* *
7927 TGAACTTAAAATCAATTTTTAGGTTGTAAAACCATTTAAAAA
131 TCAACATAAAATCAATTTTTAGGTTGTAAAACCATTTAAAAA
* * * * *
7969 GAGTAATAAGGCTTATGAAGGCTCGGGTGACTATAAAT-GGGTTTTCATGCTAATGAATGGGTTT
1 GAGTAATAAGGCTTATGAAAGCTCAGGTGACTATAAATAGGCTTTTCATGCCAATAAATGGGTTT
** * * **
8033 TTTTC-ATGATTCCT-AAGGCAAACATTCCATTATAATCTGTTTGAATTAAAAATGTAAAAAGAA
66 TTCCCAACG-TTCCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAGAA
*
8096 TTCAGCATAAAATCAATT
130 TTCAACATAAAATCAATT
8114 ATNNNNNNNN
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 24, Indels: 5
0.80 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 41 0.34
170 45 0.38
171 33 0.28
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
GAGTAATAAGGCTTATGAAAGCTCAGGTGACTATAAATAGGCTTTTCATGCCAATAAATGGGTTT
TTCCCAACGTTCCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAGAAT
TCAACATAAAATCAATTTTTAGGTTGTAAAACCATTTAAAAA
Found at i:9518 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 9238--9623 Score: 442
Period size: 172 Copynumber: 2.2 Consensus size: 172
9228 ATATATATGC
* * * *
9238 ATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCGCCCAAGCCTTCAGAAGCCTTATTACTCACTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAGAAGCCTTATTACTCACTTAA
** * * *
9303 AATGGTTTTACAACCTGAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACA-TTTTGATGAAAACAG-
66 AACAGTTTTACAACCTCAAAATCGATTTCAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGATGAAAA-AGA
* * * ** *
9366 ATTGTAATTCAATGTTTTCCTTGAGAAACGTTG-AGAAAAACTA
130 ATTATAATTCAATGTTTGCCTCGAGAAAC-AAGAAGAAAAACCA
* * * * *
9409 ATTTATTGGTAAGAAAAGCCTACTTATAGTCACCTAAACCTTC-GAAAGCCTTATTACT-AGCTC
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAG-AAGCCTTATTACTCA-CT-
* * * * *
9472 TAAAACAGTTTTATAACCTCAAAATCGATTTCAAGTTTAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
63 TAAAACAGTTTTACAACCTCAAAATCGATTTCAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGATGAAAAA
*
9536 GAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACAAGAAGAAAAACCA
128 GAATTATAATTCAATGTTTGCCTCGAGAAACAAGAAGAAAAACCA
*
9581 ATTCATTGGCAAGTAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTC
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTC
9624 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 177, Mismatches: 32, Indels: 11
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
171 62 0.35
172 113 0.64
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (172 bp):
ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAGAAGCCTTATTACTCACTTAA
AACAGTTTTACAACCTCAAAATCGATTTCAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGATGAAAAAGAA
TTATAATTCAATGTTTGCCTCGAGAAACAAGAAGAAAAACCA
Found at i:10226 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 9775--10522 Score: 565
Period size: 171 Copynumber: 4.4 Consensus size: 169
9765 NNNNNNNNNN
*
9775 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTACAACCTCATAAATGATTTTAAG
1 CCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTACAACCTCA-AAATGATTTTAAG
* * * * * * *
9840 TTCCATTTTATTTACATTTTGGTGAAAACAAATTGTACTTGAATGTTTTTCTTGGGAAACATAAA
65 TT-CAATTTATTTACATTTTTGTGAAAACAAATTATAATTGAATATTTTCCTTGAGAAACATAAA
* * * **
9905 TAAAAACACATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATTTTCA
129 GAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCA
* * *
9946 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTCACAACCTAAAAATTGATTTTAAG
1 CCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTACAACCTCAAAA-TGATTTTAAG
* ** * * **
10011 TTCAATTTTTTTACATTTTTGATGAAAACCGATGATAATTGAATATTTTCCTTGAGAAACGTTGA
65 TTCAATTTATTTACATTTTTG-TGAAAACAAATTATAATTGAATATTTTCCTTGAGAAACATAAA
* *
10076 GAAAAACTA-ATTTATTGGCAAGAAAAACCTATTTATAGTCA
129 GAAAAAC-ACATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCA
* * * * ** *
10117 CCTAAACTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAAACAGTTTTATAACCTCAAAATCGATTTTAA
1 CCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTT-TAAATGGTTTTACAACCTCAAAAT-GATTTTAA
* * * * *********** *
10182 ATTTAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGNNNNNNNNNNGAAACATGA
64 GTTCAATTTATTTACATTTTT-GTGAAAACAAATTATAATTGAATATTTTCCTTGAGAAACATAA
* **
10247 AGAAAAACTA-ATTCATTGGCAAGTAAAGTCCACTTT-TAGTCA
128 AGAAAAAC-ACATTCATTGGCAAGAAAAACCCA-TTTATAGTCA
* * * * * * *
10289 CCCCAGCTTTCAAAAGCCTCAGTACT-TGCTTTAAATGGTTTT-TAACCTCATAATTGATTTTAA
1 CCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTACAACCTCA-AAATGATTTTAA
********** * * * * * *
10352 GNNNNNNNNNNTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATGATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACA-AG
64 GTTCAATTTATTTACATTTTT-GTGAAAACAAATTATAATTGAATATTTTCCTTGAGAAACATA-
* * *
10416 AAGAAAAACCCGTTCATAGGCAA-AAAAAGCCCATTTATAGTCA
127 AAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAA-CCCATTTATAGTCA
* * * * *
10459 CCTAACCCTCCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAA
1 CCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTACAACCTCAAAA-TGATTTTAA
10523 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 453, Mismatches: 108, Indels: 32
0.76 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 137 0.30
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172 125 0.28
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
CCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTACAACCTCAAAATGATTTTAAGT
TCAATTTATTTACATTTTTGTGAAAACAAATTATAATTGAATATTTTCCTTGAGAAACATAAAGA
AAAACACATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCA
Found at i:11642 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11321--11680 Score: 449
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 170
11311 NNNNNNNNNN
* *
11321 TTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGTAAAAACAGATTAGGATTGAATCTTTGCCTTGAGAAA
1 TTTTAAGTTCAATGTTTTTACATTTTTGTAAAAACAGATTAGGATTGAATCTTTGCCTTGAGAAA
* *
11386 CATGAAGAAAACCCAATTCATTAGTAAGTAAACCCCATTTAAAGTCACCAAAGCCTTCAAAAGCC
66 CATGAAAAAAACACAATTCATTAGTAAGTAAACCCCATTTAAAGTCACCAAAGCCTTCAAAAGCC
* * *
11451 TTATTAGTCACTTGAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGA
131 TTATTACTCACTTGAAATGGTTTTACAAACTCATAATTGA
* * * * * * *
11491 TTTTATGTTGAATGTTTTTAGATTTTTGTTTAAAACAGATCT-TGATTGAATGTTTGCCTTGGGA
1 TTTTAAGTTCAATGTTTTTACATTTTTG-TAAAAACAGAT-TAGGATTGAATCTTTGCCTTGAGA
* * * * *
11555 AACATTAATAAAAACAC-ATTCATT-GATAAG-AGAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
64 AACATGAA-AAAAACACAATTCATTAG-TAAGTA-AACCCCATTTAAAGTCACCAAAGCCTTCAA
* * *
11617 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTACAAACTCATAATTTA
126 AAGCCTTATTACTCACTTGAAATGGTTTTACAAACTCATAATTGA
11662 TTTTAAGTTCAATGTTTTT
1 TTTTAAGTTCAATGTTTTT
11681 TTACATTGTG
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 23, Indels: 9
0.84 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 26 0.16
171 129 0.80
172 7 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTTTAAGTTCAATGTTTTTACATTTTTGTAAAAACAGATTAGGATTGAATCTTTGCCTTGAGAAA
CATGAAAAAAACACAATTCATTAGTAAGTAAACCCCATTTAAAGTCACCAAAGCCTTCAAAAGCC
TTATTACTCACTTGAAATGGTTTTACAAACTCATAATTGA
Found at i:12137 original size:424 final size:421
Alignment explanation
Indices: 11321--12163 Score: 1077
Period size: 424 Copynumber: 2.0 Consensus size: 421
11311 NNNNNNNNNN
* ** *
11321 TTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGTAAAAACAGATTAGGATTGAATCTTTGCCTTGAGAAA
1 TTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGTAAAAACAGATTACAATTGAATCTTTGCCTCGAGAAA
* *
11386 CATGAAGAAAACCCAATTCATTAGTAAGTAAACCCCATTTAAAGTCACCAAAGCCTTCAAAAGCC
66 CATGAAGAAAAACCAATTCATTAGCAAGTAAACCCCATTTAAAGTCACCAAAGCCTTCAAAAGCC
* *
11451 TTATTAGTCACTTGAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTATGTTGAATGTTTTTAGATTT
131 TTATTACTCACTTCAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTATGTTGAATGTTTTTAGATTT
* * * *
11516 TTGTTTAAAACAGATCTTGATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATTAATAAAAACACATTCATTGA
196 TTGGTTAAAACAAATCGTAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATTAATAAAAACACATTCATTGA
*
11581 TAAGAGAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTT
261 TAAGAGAAGCATATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTT
* **********
11646 ACAAACTCATAATTTATTTTAAGTTCAATGTTTTTTTACATTGTGNNNNNNNNNNATTGTAATTG
326 ACAAACTCATAATTAATTTTAAGTTCAATGTTTTTTTACATTGTGGTGGAATTAGATTGTAATTG
*
11711 AATATTTACCCT-AGGGAAACGTGAATAAAAGA
391 AATATTTA-CCTGA-GGAAACATGAATAAAAGA
* *
11743 TTTTAAGTTCAATTTTTTTACA-TTTT-TAATTAAACAGATTACAATTGAATGTTTGCGTCGAGA
1 TTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGTAA--AAACAGATTACAATTGAATCTTTGCCTCGAGA
* * * * * * *
11806 AACATGAAGAAAAATCAATTCATTGGCAAGTAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAG
64 AACATGAAGAAAAACCAATTCATTAGCAAGTAAACCCCATTTAAAGTCACCAAAGCCTTCAAAAG
* * * *
11871 CCTTATTACTCGCTTCAAATTGTTTTATAACTTCATAATTGAGATTTTATGTTGAATTTTTTTAG
129 CCTTATTACTCACTTCAAATGGTTTTATAACCTCATAATT--GATTTTATGTTGAATGTTTTTAG
* * **********
11936 ATTTTTGGTTAAAACAAAAT-GTAATTGAGTGTTTTCCTTNNNNNNNNNNAATAAAAACACATTC
192 ATTTTTGGTTAAAAC-AAATCGTAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATTAATAAAAACACATTC
*
12000 ATTAGCA-AA-AGAAGCATATTTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
256 ATT-G-ATAAGAGAAGCATATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
* *
12063 TGGTTTTACAACCTCATAATTAATTTTAAGTTCAATGTTTTTTTACATTTTGGTGGAATTAGATT
319 TGGTTTTACAAACTCATAATTAATTTTAAGTTCAATGTTTTTTTACATTGTGGTGGAATTAGATT
*
12128 GTTATTGAATATTTACCTGAGGAAACATGAATAAAA
384 GTAATTGAATATTTACCTGAGGAAACATGAATAAAA
12164 ATGCATTTAT
Statistics
Matches: 359, Mismatches: 54, Indels: 15
0.84 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
420 3 0.01
421 4 0.01
422 139 0.39
423 18 0.05
424 188 0.52
425 6 0.02
426 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (421 bp):
TTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGTAAAAACAGATTACAATTGAATCTTTGCCTCGAGAAA
CATGAAGAAAAACCAATTCATTAGCAAGTAAACCCCATTTAAAGTCACCAAAGCCTTCAAAAGCC
TTATTACTCACTTCAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTATGTTGAATGTTTTTAGATTT
TTGGTTAAAACAAATCGTAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATTAATAAAAACACATTCATTGA
TAAGAGAAGCATATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTT
ACAAACTCATAATTAATTTTAAGTTCAATGTTTTTTTACATTGTGGTGGAATTAGATTGTAATTG
AATATTTACCTGAGGAAACATGAATAAAAGA
Found at i:12212 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11741--13788 Score: 1796
Period size: 171 Copynumber: 12.0 Consensus size: 170
11731 GTGAATAAAA
** * * * *
11741 GATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTAATT-AAACAGATTACAATTGAATGTTTGCGTCGAG
1 GATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAG
* * * *
11805 AAACATGAAGAAAAATCAATTCATTGGCAAGTAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAA
66 AAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
* * * *
11870 GCCTTATTACTCGCTTCAAATTGTTTTATAACTTCATAATT
130 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATT
* * * * * * * * *
11911 GAGATTTTATGTTGAATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAAAATGTAATTGAGTGTTTTCCTTN
1 --GATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG
********* * * ** *
11976 NNNNNNNNNAATAAAAACACATTCATTAGCAA-AAGAAGCATATTTATAGTCACCCAATCCTTCA
64 AGAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATTGGCAAGAA-AAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA
*
12040 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTACAACCTCATAATT
127 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATT
* ** ** * * *
12084 AATTTTAAGTTCAATGTTTTTTTACA-TTTTGGTGGAATTAGATTGTTATTGAATATTTACC-TG
1 GATTTTAAGTTCAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG
* * * * * * **
12147 AGGAAACATGAATAAAAATGCATTTATTGGTAAGAGAAGCCTATTTATAGTCATTCAAGCCTTCA
64 A-GAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA
* * * * *
12212 AAAGACTTATTATTCTCTTTAAATGGTCTTACAACCTCAAAATT
127 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATT
* * * *
12256 GATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTGAAAACAAAATATAATTGAATGTTTTCCTTGAG
1 GATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAG
* * ** * * *
12321 AAACATAAAGAAAAACCAATTCACTGGCAAGAAAAGCTTATTTATAGTCATCTAATCCTTCAAAA
66 AAACATGAAGAAAAACC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
* * * *
12386 GCCTTATTACATACT-TTAAAATAGTTTTATAACCTCCAAAATC
130 GCCTTATTAC-T-CTCTTTAAATGGTTTTATAACCT-CATAATT
** * * *
12429 GATTTTAAGTTTGATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTACCTTGAC
1 GATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAG
* * *
12494 AAACATGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGTAAAGCCCACTTT-TAGTCACCCAAGCTTTAAAA
66 AAACATGAAGAAAAACC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA-TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAA
* * *
12558 AGCCTCAGTACTCGCTTTAAATGGTTTT-TAACCTCATAATT
129 AGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATT
* * * * * *
12599 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTCAAACAGATTATGATTAAATGTTTGCCTTGAG
1 GATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAG
* * * * * * * *
12664 AAACATGAAGAAAAACCCGTTCATTAGCAAAAAAAGCCCATTTATAGTTATCGAACCCTTCGAAA
66 AAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
*
12729 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATT
130 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATT
* * * ** * * **
12770 TATTTTAAGTTCAATTTTGTTACATATTTCATTAAAGCAGATTATAATTGTATGTTTTTCTTGAG
1 GATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAG
* * * * **
12835 AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAATGTCCAATTA-ATGTCACCCATTCCTTCAAA
66 AAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA-GTCACCCAAGCCTTCAAA
* * * * * * *
12899 AACCTTACTATTCCCTTTAAATGGCTTTGTAATCTCATAATT
129 AGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATT
** ** * ** * * *
12941 GATTTTTTGTTGGATGTTTTTTACATTTTTAGG-TCAAATTGATTATAATGGAATGGTTACCTCG
1 GATTTTAAGTTCAAT-TTTTTTACATTTTT-GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG
* * * * * * * *
13005 GGAAACATGAAGCAAAACCCATT-TTATGGTAAGAAAA-TCCATTTATAGTTACTCGAGCCTTCA
64 AGAAACATGAAG-AAAAACCATTCAT-TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA
* * *
13068 AAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATTGTTTTATAACCTCATAATT
127 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATT
* * * * * *
13112 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTAGGTTAAAACATATTGTAATTGAATGTTTCCCTTG-G
1 GATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAG
* * * * * *
13176 CAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGCCCATTCATATTCACCCATGCCTTCGAA
66 -AAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAA
** * *
13241 AGCCTTATTACT-TGCTCAAAATGGTTTTATAACCTCAAAATA
129 AGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATT
* * ** * * *
13283 GATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTT-GTAAAAACAGATTAGGATTGAATCTTTCCCATGAG
1 GATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAG
* * * * * *
13347 AAACATGAAGAAAACCCAATTCATTGG-TA-CAAACCCCATTTAAAGTCACCAAAGCCTTCAAAA
66 AAACATGAAGAAAAACC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
* * * *
13410 ACCTTATTAGTCACTTGAAATGGTTTTATAACCTCATAATT
130 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATT
* * * * * *
13451 GATTTTATA-TTGAATGTTTTTAGATTTTTGGATAAAACAGATCT-TGATTGAATGTTTGCCTTG
1 GATTTTA-AGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT-TATAATTGAATGTTTACCTTG
* * * * * * *
13514 GGAAACATTAATAAAAACACATTCATAGGTAAGAGAAGCCCATTTATAGCCACCCAAGCCTTCAA
64 AGAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* *
13579 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTACAACCTCATAATT
128 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATT
* * * * * *
13622 GATTTTAACTTCAATGTTTTTTTACA-TTTTAGTGAAAACAGATTGTAATTGAATATTTA-CATG
1 GATTTTAAGTTCAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG
* ** * * * *
13685 AGGAAACATGAATAAAATTGCATTTATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTTACTCAAGCCTTCA
64 A-GAAACATGAAGAAAA-ACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA
* * *
13750 AAAGCCTTATTGCTCTCTTTAAATGGTCTTACAACCTCA
127 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCA
13789 AANNNNNNNN
Statistics
Matches: 1495, Mismatches: 335, Indels: 92
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 83 0.06
169 61 0.04
170 254 0.17
171 491 0.33
172 355 0.24
173 248 0.17
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
GATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAG
AAACATGAAGAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
CCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATT
Found at i:12368 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 11741--13788 Score: 1720
Period size: 343 Copynumber: 6.0 Consensus size: 342
11731 GTGAATAAAA
** * * * *
11741 GATTTTAAGTTCAA--TTTTTTTACATTTTTAATT-AAACAGATTACAATTGAATGTTTGCGTCG
1 GATTTTAAGTTCAATGTTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG
* * *
11803 A-GAAACATGAAGAAAAATCAATTCATTGGCAAGTAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTA
65 AGGAAACATGAAGAAAAAGC-ATTCATTGGCAAG-AAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA
* * * * *
11867 AAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATTGTTTTATAACTTCATAATTGAGATTTTATGTTGAATTTTT
128 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATT--GATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * ********** *
11932 TTAGATTTTTGGTTAAAACAAAATGTAATTGAGTGTTTTCCTTNNNNNNNNNNAATAAAAA-CAC
191 TTACATTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCA-
* ** *
11996 ATTCATTAGCAA-AAGAAGCATATTTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTT
255 ATTCATTGGCAAGAA-AAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTT
*
12060 AAATGGTTTTACAACCTCATAATT
319 AAATGGTTTTATAACCTCATAATT
* ** ** * * *
12084 AATTTTAAGTTCAATGTTTTTTTACATTTTGGTGGAATTAGATTGTTATTGAATATTTACC-TGA
1 GATTTTAAGTTCAATGTTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA
* * * * **
12148 GGAAACATGAATAAAAATGCATTTATTGGTAAGAGAAGCCTATTTATAGTCATTCAAGCCTTCAA
66 GGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGA-AAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* * * * * *
12213 AAGACTTATTATTCTCTTTAAATGGTCTTACAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTA
129 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * *
12278 CATTTTTGGTGAAAACAAAATATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATAAAGAAAAACCAATTC
194 CATTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCAATTC
* ** * * * *
12343 ACTGGCAAGAAAAGCTTATTTATAGTCATCTAATCCTTCAAAAGCCTTATTACATACT-TTAAAA
259 ATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-T-CTCTTTAAA
* * *
12407 TAGTTTTATAACCTCCAAAATC
322 TGGTTTTATAACCT-CATAATT
* *
12429 GATTTTAAGTT---TGATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTACCTT
1 GATTTTAAGTTCAATG-TTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * *
12491 GA-CAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGTAAAGCCCACTTT-TAGTCACCCAAGCTTT
64 GAGGAAACATGAAGAAAAAGC-ATTCATTGGCAAG-AAAGCCCA-TTTATAGTCACCCAAGCCTT
* * * *
12554 AAAAAGCCTCAGTACTCGCTTTAAATGGTTTT-TAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
126 CAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* ** * * * **
12618 TTACATTTTTAGTTCAAACAGATTATGATTAAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCG
191 TTACATTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCAA
* * * * * * *
12683 TTCATTAGCAAAAAAAGCCCATTTATAGTTATCGAACCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAA
256 TTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAA
*
12748 ATGGTTTTATAACCTCAAAATT
321 ATGGTTTTATAACCTCATAATT
* * ** * * **
12770 TATTTTAAGTTCAA--TTTTGTTACATATTTCATTAAAGCAGATTATAATTGTATGTTTTTCTTG
1 GATTTTAAGTTCAATGTTTTTTTACAT-TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG
* * * **
12833 A-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAATGTCCAATTA-ATGTCACCCATTCCTTC
65 AGGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAA-GCCCATTTATA-GTCACCCAAGCCTTC
* * * * * * * ** *
12896 AAAAACCTTACTATTCCCTTTAAATGGCTTTGTAATCTCATAATTGATTTTTTGTTGGATGTTTT
127 AAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTT
* ** * * * * * * *
12961 TTACATTTTTAGGT-CAAATTGATTATAATGGAATGGTTACCTCGGGAAACATGAAGCAAAACCC
191 TTACATTTTT-GGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCA
* * * * * * * *
13025 ATT-TTATGGTAAGAAAA-TCCATTTATAGTTACTCGAGCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTT
255 ATTCAT-TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTT
*
13088 AAATTGTTTTATAACCTCATAATT
319 AAATGGTTTTATAACCTCATAATT
* * * * *
13112 GATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACAATTTAGGTTAAAACATATTGTAATTGAATGTTTCCCTTG
1 GATTTTAAGTTCAATGTTTTTTTAC-ATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG
* * * * * * *
13175 -GCAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGCCCATTCATATTCACCCATGCCTTCG
65 AGGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAG-AAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA
** * * *
13239 AAAGCCTTATTACT-TGCTCAAAATGGTTTTATAACCTCAAAATAGATTTTAAGTTTAATTTTTT
128 AAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* ** * * * *
13303 TACATTTTT-GTAAAAACAGATTAGGATTGAATCTTTCCCATGAGAAACATGAAGAAAACCCAAT
192 TACATTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCAAT
* * * * * * * * *
13367 TCATTGG-TA-CAAACCCCATTTAAAGTCACCAAAGCCTTCAAAAACCTTATTAGTCACTTGAAA
257 TCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
13430 TGGTTTTATAACCTCATAATT
322 TGGTTTTATAACCTCATAATT
* * * * *
13451 GATTTTATA-TTGAATG--TTTTTAGATTTTTGGATAAAACAGATCT-TGATTGAATGTTTGCCT
1 GATTTTA-AGTTCAATGTTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGAT-TATAATTGAATGTTTACCT
* * * * * *
13512 TG-GGAAACATTAATAAAAACACATTCATAGGTAAGAGAAGCCCATTTATAGCCACCCAAGCCTT
63 TGAGGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGA-AAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
* * * *
13576 CAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTACAACCTCATAATTGATTTTAACTTCAATGTTT
126 CAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTT
* * * * * * *
13641 TTTTACA-TTTTAGTGAAAACAGATTGTAATTGAAT-ATTTACATGAGGAAACATGAATAAAATT
189 TTTTACATTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGA-GAAACATGAAGAAAA-A
* * * * * *
13704 GC-ATTTATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTTACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCTCT
252 CCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCT
* *
13768 TTAAATGGTCTTACAACCTCA
317 TTAAATGGTTTTATAACCTCA
13789 AANNNNNNNN
Statistics
Matches: 1372, Mismatches: 280, Indels: 106
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 5 0.00
339 209 0.15
340 62 0.05
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342 246 0.18
343 392 0.29
344 127 0.09
345 139 0.10
346 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (342 bp):
GATTTTAAGTTCAATGTTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA
GGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
TTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCAT
TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
TTTATAACCTCATAATT
Found at i:14973 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 14477--16350 Score: 1471
Period size: 172 Copynumber: 11.0 Consensus size: 169
14467 NNNNNNNNNN
* * * * *
14477 TTAAATGGTTTTATAACCTTAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTGTTACATATTGGATTAAAAC
1 TTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTGG-TTAAAAC
* * * * *
14541 AGATCATAATTCAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAA-GAAATGT
65 AGATTATAATTGAATGTTTTCCTTG-GAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGGAAA-GC
* * *** * * *
14605 CTAATTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTACTGCTCCCT
127 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * * ** *
14648 TTAAATGGTTTTGTAATCTCAGAATTGATTTTATA-CTGAATTCTTTTTACATTTTTTATTCAAA
1 TTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAA
* * * ** * * * *
14712 TAGGTTATAATGGAATGTTTTCCCCAGGAATCATGAAGAAAAACCCTGTCATTGGC-ATGAAAAC
64 CAGATTATAATTGAATGTTTT-CCTTGGAAACATGAAGAAAAACCAT-TCATTGGCAAGGAAAGC
* *
14776 CCGTTTATAGTCACCCGAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
127 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * *
14819 TTAAATTGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTAGGTAAAAAA
1 TTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTT-GGTTAAAAC
* * * *
14883 AGATTGTAATTGAATGTTTGTCCTAT-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGTAAGGATAG-
65 AGATTATAATTGAATGTTT-TCCT-TGGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGGAAAGC
* * *
14946 CCAATTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCCCT
127 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * * *
14989 TTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTATA-TTTTTAGTTAAAAT
1 TTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTTACATTTTGGTTAAAAC
* * *
15053 AGACTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAA-TAAAACACATTCATTGGCAA-GAGAAGC
65 AGATTATAATTGAATGTTTTCCTT-GGAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATTGGCAAGGA-AAGC
* * * *
15116 CCATTTATAGTCACCCGAGCCTTCAAAAACTTTATTACTCTCT
127 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * * *
15159 TTAAATGGTTTTACAACCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTGTTTTACATTTTGGTGAAAATA
1 TTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTGGTTAAAACA
** * * * **** *
15224 GATCGTAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACACGAATCAAAATGTGTTCATTAGCAA-GAGAAGCC
66 GATTATAATTGAATGTTTTCCTT-GGAAACATGAA-GAAAAACCATTCATTGGCAAGGA-AAGCC
* *
15288 CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCT
128 CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * * * * * * *
15330 CTGAATAGTTTAACAACCTCAAAATTGATTTTACGTTTAA-TTTTTTTACATTTTTGGTGAAAAT
1 TTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAAC
* * * * * * * *
15394 AGATTATAATTGAATGTTTACCATGAGAAACGTCAAGAAAAACTAATTAATTGGAAAGAAAAGCC
65 AGATTATAATTGAATGTTTTCCTTG-GAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATTGGCAAGGAAAGCC
* *** * * **
15459 TATTTATAGTCACTTGAGCTTTCAAAAGCGTTATTACTTGCT
128 CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * ** *
15501 TTAAAATAGTTTTATAACCTCAGAATCAATTTTAAGTTTAA-TTTTTTTACACTTTTGGTTAAAA
1 TT-AAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAA
* * * * * *
15565 CATATTATAATTGAATATTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCCTTGGCAAGTAAAGG
64 CAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTG-GAAACATGAAGAAAAACC-ATTCATTGGCAAGGAAAGC
* * *
15630 CCACTTATAGTCACCCAAGCATTCAAAAGCCTTATTACTCCCT
127 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
** * * *
15673 TTAAATAATTTTGTAACCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGCTTAAAAC
1 TTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAAC
* * * *
15738 AGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTC
65 AGATTATAATTGAATGTTTTCCTT-GGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGGAAAGCC
* * * ** * * **
15803 TAATTATACTCACCCATTCCTTCAGAAGCTTTGCTACTCACT
128 CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * * * * *
15845 TTAAATGGTTTTGTAATCTCATACTTAATTTTAAGTTGAATGTTGTTTATATTTTTAGTTAAAAC
1 TTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAAC
* * * * * **
15910 AGATTGTAATTGAATGTTTTACTTGGAAAATATGAATAAAAACAGATTTGTTGGCAA-GAGAAGC
65 AGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGG-AAACATGAAGAAAAAC-CATTCATTGGCAAGGA-AAGC
* * *
15974 CCATTTATAGACACCCAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACT
127 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
** *
16017 TTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATGTTTTGTTAAAGA
1 TTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACAT-TTTGGTTAAA-A
** * * * ** * * *
16081 -AGATTATAATTGAATGTTGGCCTAGTGAAACGTTAAGAAAAAGTTATTCATTAGCAAGAAAAGT
64 CAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTG-GAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGGAAAGC
* ** * ** **
16145 TCAACTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTACAACTCACT
127 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * ** * * * *
16188 TTAATTAGTCTTGCAAACTC--AATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAC
1 TTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAAC
* * * *** * * *
16251 AGATTATTATCGAATGTTTCCCACAAGAAACGTGAAGAAAAACCCGTTCATTGGCAAGAAAAGCC
65 AGATTATAATTGAATGTTTTCC-TTGGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGGAAAGCC
* * ** **
16316 CAATTATAGTCATCTTAGCCTTTGAAAGCCTTATT
128 CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATT
16351 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1361, Mismatches: 299, Indels: 87
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 48 0.04
170 385 0.28
171 434 0.32
172 481 0.35
173 9 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTGGTTAAAACA
GATTATAATTGAATGTTTTCCTTGGAAACATGAAGAAAAACCATTCATTGGCAAGGAAAGCCCAT
TTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
Done.