Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398097.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1401.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 29302
ACGTcount: A:0.23, C:0.09, G:0.09, T:0.24
Warning! 10354 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:11516 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11213--12703 Score: 1320
Period size: 172 Copynumber: 8.7 Consensus size: 170
11203 NNNNNNTAGT
* * * **
11213 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTA-CATCAAGAGCCTTATTACTCAATTTAAATTATTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * *
11277 ATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATGTTTTGTACATTTTTGGTTTAAATAGACTAGAATTG
65 ATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT-TTTTCTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTG
* * * *
11342 AATGGCTACCATTAGAAACATGAACAAAAAAGTATTCATTGCC
129 AATGTCTACC-TTAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGAC
*** ** *
11385 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTGTCATTTCTTCAAATGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * *
11450 TAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTGTTT-GTTAAAACCGACTAGGATTG
66 TAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTCTACATT-TTTGGTTAAAACAGACTAGAATTG
* * *
11514 AATGTCTACCTTGAGAATCATGAAGAAAAATGCATTCATTGCC
129 AATGTCTACCTT-AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGAC
* * * ** * * *
11557 AAGAAAAGTCCATTTATGGCCACCCATACCTTCAAAAGCCATATTACTTGCTTTAACTGATTTTG
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * ** * * ** * *
11622 TAATGC-CATAATTTATTTTTAGTTGAATTTTTCTAAATTTTTTATTGAAACAGACTATAATTGA
66 TAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTCTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGA
* * * * *
11686 ATGTCTACCTCATGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGC
130 ATGTCTACCTTA-GAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGAC
* ** * **
11728 AAGAGAAA-TACATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATATTTTT
1 AAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * *
11792 ATAATCTCAAAATTGATTAAAATTTGAATTCTTTGTACATTGTTT-GTTAAAACAGACTAGGATT
65 ATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTCTACATT-TTTGGTTAAAACAGACTAGAATT
* * *
11856 GAATGTCTACCTTGAGAATCATGAAGAAAAATGCATTCATTGGC
128 GAATGTCTACCTT-AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGAC
* * **
11900 AAGAAAAGTCCATTTATTA-TCACCCATACCTTCAAAAGTCGTATTACTCGTTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * ** * * *
11964 GTCATGC-CATAATTTATTT-TTTGTTGAA-TTTTCAACATTTTTGGTTTAAACAGACTATAATT
65 ATAAT-CTCAAAATTGATTTAAAT-TTGAATTTTTCTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATT
* * **
12026 GAATGTCTACCTCGAGAAACGT-ACAG-AAAAATTATTCATTGAC
128 GAATGTCTACCT-TAGAAACATGA-AGAAAAAAGCATTCATTGAC
* * * * *
12069 AAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACCCTCAAAAGCCGTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTG
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * ** * * * *
12134 TTATAC-CATAATTTATTTTTAGTTGAATTTTTCTACATTTTTGGTTTAAACGGACTATAATTGA
66 TAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTCTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGA
* * *
12198 ATGTCTACCTCAAGAAAC-TTATAG-AAAAAG-AGTTTATTGAC
130 ATGTCTACCT-TAGAAACATGA-AGAAAAAAGCA-TTCATTGAC
* * * * * * **
12239 AACAAAAGTCCATTTATAGCCACTCTTTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTA-TTTAAATATTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTT
* * *
12303 ATAATCTAAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACATACTAGAATTG
65 ATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTCTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTG
* *
12368 AATGTCTACCTTCAGAAAAATGAAGAAAAAAGCATTCATTGAG
129 AATGTCTACCTT-AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGAC
* * * * * * *
12411 AAGAAAAGTCCATTCATAGTCAACCATACCTTTAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAGTGGTTTTG
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* ** ** * * * *
12476 TAATGC-CATAATTGATTTTGATTTGAATTTTT-TTTATATTTTAG-TCAAATAGACTATAATTG
66 TAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTCTACAT-TTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTG
* * ** *
12538 AATGTCTCCCTCTAGAAACGT-AA-AAGAAGGGCATTCATTGGC
129 AATGTCTACCT-TAGAAACATGAAGAA-AAAAGCATTCATTGAC
* * * *
12580 TAGAGAAGTCCATTT-TAAGTCACCC--ACTCTTCCAAAAGCTTTATTAATCACTTTAAATGGTT
1 AAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACCCATAC-CTT-CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * *
12642 TTATAATCTCAAAAATGATTTAAATTTGAATTCTTTCTACATTTTTAGTTGAAACAGACTAG
63 TTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTCTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAG
12704 GATNNNNNNN
Statistics
Matches: 1072, Mismatches: 204, Indels: 87
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 9 0.01
169 182 0.17
170 232 0.22
171 205 0.19
172 429 0.40
173 13 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTCTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAA
TGTCTACCTTAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGAC
Found at i:11578 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 11536--11578 Score: 50
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
11526 GAGAATCATG
* *
11536 AAGAAAAATGCATTCATTGCC
1 AAGAAAAATCCATTCATGGCC
* *
11557 AAGAAAAGTCCATTTATGGCC
1 AAGAAAAATCCATTCATGGCC
11578 A
1 A
11579 CCCATACCTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 4, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 18 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.19, G:0.16, T:0.23
Consensus pattern (21 bp):
AAGAAAAATCCATTCATGGCC
Found at i:11973 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 11313--12492 Score: 1182
Period size: 343 Copynumber: 3.4 Consensus size: 340
11303 AATGTTTTGT
* * * * * * *
11313 ACATTTTTGGTTTAAATAGACTAGAATTGAATGGCTACCATTAGAAACATGAACA-AAAAAGTAT
1 ACATTTTTGATTGAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TCAGAAACGT-AA-AGAAAAAGTAT
* ** * *
11377 TCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTGTCATTTCTTCAAATGCCTTATTACTCACTTTAAA
63 TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * *
11442 TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTGTTTGTTAAAACCGACT
128 TAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTAAAATTTGAATTCTTTGTACATTGTTTGTTAAAACAGACT
11507 AGGATTGAATGTCTACCTTGAGAATCATGAAGAAAAATGCATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTT
193 AGGATTGAATGTCTACCTTGAGAATCATGAAGAAAAATGCATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTT
* * *
11572 ATGGCCACCCATACCTTCAAAAGCCATATTACTTGCTTTAACTGATTTTGTAATGCCATAATTTA
258 ATGACCACCCATACCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAATGCCATAATTTA
11637 TTTTTAGTTGAATTTTTCTA
323 TTTTTAGTTGAA-TTTTC-A
* *
11657 A-ATTTTTTATTGAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCATGAAACGTAAAGAAAAAGGCATT
1 ACATTTTTGATTGAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCA-GAAACGTAAAGAAAAA-GTATT
* * *
11721 CATTGGCAAGAGAAA-TACATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
64 CATTGACAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
*
11785 TATTTTTATAATCTCAAAATTGATTAAAATTTGAATTCTTTGTACATTGTTTGTTAAAACAGACT
128 TAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTAAAATTTGAATTCTTTGTACATTGTTTGTTAAAACAGACT
*
11850 AGGATTGAATGTCTACCTTGAGAATCATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
193 AGGATTGAATGTCTACCTTGAGAATCATGAAGAAAAATGCATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * * *
11915 ATTATCACCCATACCTTCAAAAGTCGTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTGTCATGCCATAATTTA
258 ATGACCACCCATACCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAATGCCATAATTTA
*
11980 TTTTTTGTTGAATTTTCA
323 TTTTTAGTTGAATTTTCA
* * * *
11998 ACATTTTTGGTTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTACAGAAAAATTATTC
1 ACATTTTTGATTGAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAACGTAAAGAAAAAGTATTC
* * * * * * *
12063 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACCCTCAAAAGCCGTATTACTCGCTTTAAATG
65 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * * * *** * * * *
12128 GTTTTGTTATAC-CATAATTTATTTTTAGTTGAATT-TTTCTACATT-TTTGGTTTAAACGGACT
130 GTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTAAAATTTGAATTCTTTGTACATTGTTT-GTTAAAACAGACT
** ** * * * * *
12190 ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC-TTATAGAAAAA-G-AGTTTATTGACAACAAAAGTCCAT
193 AGGATTGAATGTCTACCTTGAGAATCATGA-AGAAAAATGCA-TTCATTGCCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * ** * * *
12252 TTAT-AGCCACTCTTTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTATTTAAAT-ATTTTTATAAT-CTAAAA
256 TTATGA-CCACCCATACCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTGTAATGC-CATA
* ** * **
12314 ATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGT
318 ATTTATTTTTAGTTGAA-T-TTTCA
* * * * ** * *
12339 ACATTTTTGGTTAAAACATACTAGAATTGAATGTCTACCTTCAGAAAAATGAAGAAAAAAGCATT
1 ACATTTTTGATTGAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TCAGAAACGTAAAG-AAAAAGTATT
* * * * * * *
12404 CATTGAGAAGAAAAGTCCATTCATAGTCAAC-CATACCTTTAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAG
64 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * *
12468 TGGTTTTGTAATGC-CATAATTGATT
128 TAGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATT
12493 TTGATTTGAA
Statistics
Matches: 707, Mismatches: 110, Indels: 40
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 3 0.00
339 80 0.11
340 52 0.07
341 129 0.18
342 151 0.21
343 288 0.41
344 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
ACATTTTTGATTGAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAACGTAAAGAAAAAGTATTCA
TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
TTTTATAATCTCAAAATTGATTAAAATTTGAATTCTTTGTACATTGTTTGTTAAAACAGACTAGG
ATTGAATGTCTACCTTGAGAATCATGAAGAAAAATGCATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATG
ACCACCCATACCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAATGCCATAATTTATTT
TTAGTTGAATTTTCA
Found at i:12405 original size:511 final size:506
Alignment explanation
Indices: 11216--12594 Score: 1657
Period size: 511 Copynumber: 2.7 Consensus size: 506
11206 NNNTAGTAAG
* * * *
11216 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACATCAAGAGCCTTATTACTCAATTTAAAT-TATTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCTTTCCTTCAA-AGCCTTATTACTC-ATTTAAATAT-TTTTATA
* *
11280 ATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATGT-TTTGTACATTTTTGGTTTAAATAGACTAGAATTGAA
63 ATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT-TCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAA
* * * * ***
11344 TGGCTACCATTAGAAACATGAACAAAAAAGTATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTGT
127 TGTCTACC-TTAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAAC
** * * * * *
11409 CATTTCTTCAAATGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATT
191 CATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGC-CATAATTGATTT-TATT
* * ** * * *
11473 TGAATTCTTTGTACATTGTTTGTTAAAACCGACTAGGATTGAATGTCTACCTTGAGAATCATGAA
254 TGAA-T-TTTCTACATT-TTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGT-AA
* * *
11538 GAAAAATGCATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATGGCCACCCATACCTTCAAAAGCCATATTA
315 GAAAAATGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACCCTCAAAAGCCATATTA
* * * *
11603 CTTGCTTTAACTGATTTTGTAATGCCATAATTTATTTTTAGTTGAATTTTTCTAAATTTTTTATT
380 CTCGCTTTAAATGATTTTGTAATACCATAATTTATTTTTAGTTGAATTTTTCTAAATTTTTGATT
* * *
11668 GAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCATGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
445 GAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGG-ATTCATTGACAAC
*
11731 AGAAA-TACATTTATAGTCACT-TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTAT
1 A-AAAGTCCATTTATAGTCACTCT-TTCCTTC-AAAGCCTTATTACTCA-TTTAAATATTTTTAT
* *
11794 AATCTCAAAATTGATTAAAATTTGAATTCTTTGTACATTGTTT-GTTAAAACAGACTAGGATTGA
62 AATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATT-TTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGA
* *
11858 ATGTCTACCTTGAGAATCATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTA-TCA
126 ATGTCTACCTT-AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCA
* * * * * * *
11922 CCCATACCTTCAAAAGTCGTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTGTCATGCCATAATTTATTTTTTG
189 ACCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAT-
* *
11987 TTGAATTTTCAACATTTTTGGTTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTACAG
253 TTGAATTTTCTACATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTA-AG
* *
12052 AAAAAT-TATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACCCTCAAAAGCCGTATTAC
316 AAAAATGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACCCTCAAAAGCCATATTAC
* * * * *
12116 TCGCTTTAAATGGTTTTGTTATACCATAATTTATTTTTAGTTGAATTTTTCTACATTTTTGGTTT
381 TCGCTTTAAATGATTTTGTAATACCATAATTTATTTTTAGTTGAATTTTTCTAAATTTTTGATTG
* * * *
12181 AAACGGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTTATAGAAAAA-GAGTTTATTGACAAC
446 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGA-TTCATTGACAAC
*
12242 AAAAGTCCATTTATAGCCACTCTTTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTATTTAAATATTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCTTTCCTTC-AAAGCCTTATTACTC-ATTTAAATATTTTTATAA
* *
12307 TCTAAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACATACTAGAATTGAATG
64 TCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATG
* *
12372 TCTACCTTCAGAAAAATGAAGAAAAAAGCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTCATAGTCAACC
129 TCTACCTT-AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACC
* * *
12436 ATACCTTTAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAGTGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTGATTTG
192 ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTT-ATTTG
* * * * * * *
12501 AATTTTTTTTATATTTTAG-TCAAATAGACTATAATTGAATGTCTCCCTCTAGAAACGTAA-AAG
256 AA--TTTTCTACATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAGAA-
** * * *
12564 AAGGGCATTCATTGGCTAGAGAAGTCCATTT
318 AAATGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
12595 TAAGTCACCC
Statistics
Matches: 742, Mismatches: 97, Indels: 54
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
509 2 0.00
510 12 0.02
511 288 0.39
512 160 0.22
513 60 0.08
514 6 0.01
515 202 0.27
516 12 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (506 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACTCTTTCCTTCAAAGCCTTATTACTCATTTAAATATTTTTATAATC
TCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTC
TACCTTAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATAC
CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTATTTGAATTT
TCTACATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAGAAAAATGCAT
TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACCCTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAA
TGATTTTGTAATACCATAATTTATTTTTAGTTGAATTTTTCTAAATTTTTGATTGAAACAGACTA
TAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGATTCATTGACAAC
Found at i:14280 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 13300--14762 Score: 1468
Period size: 172 Copynumber: 8.5 Consensus size: 172
13290 NNNNNNNNNN
* * *
13300 AAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTCAATTCGTTGT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGT
* * * ** * *****
13365 ACATCTTT-AGTTAAAATAGACAAGGAA-TGAATGTCTACCTTGAGAATTATGAAGAAAGCTTTA
66 ACATTTTTGA-TTAAAACAGACTA-GAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCA
* * *
13428 TTCATTGGCAAGAAGAGTCCATTTATGGTCACTCATACCTTCAA
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
* * * * * * * * * * *
13472 AAGTCATATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAATGC-CATAATTTATTTTAAGTTGAAGT-TTTC
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTG
* * * * *
13535 TACATTTTT-AGTTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATACAGAAAAAGGCA
65 TACATTTTTGA-TTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCA
* *
13599 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAG
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
* ** * *
13643 AAGCCTTATTACT-AATTTAAATATTTTTATATTCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGT
* * * * * * *
13707 ACATATTTGGTTAAAATAGACTAGAATTGAATGTCTACCCTGATAAACATAAAAAAAAAAACATT
66 ACATTTTTGATTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATT
* * *
13772 CATGGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATACCTTCAA
131 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
* * * * * * *
13814 AAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATAC-CATAAA-TCATTTTAAGTTGAATTGTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCA-AAATTGATTTAAATTTGAATTCTTT
* * * * ** * * * *
13877 TTATAATTTT-AGTT-AAACAAACTCTAATTGAATGTTTACCTTGAGAAGCATAAAGAAACAGGC
64 GTACATTTTTGA-TTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGC
13940 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACT-CCTTCAA
128 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TACCTTCAA
* * * ** *
13985 AAGCCTTCTTACGCACTTGAAATCATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTTGAATTTTTTG
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTAAATTTGAATTCTTTG
* * * * * *
14050 TACATTTTT-AGTTAAAACAGATTAGGATCGAATGTCTACCTTTAGAAACATGAAGAAAAAAGTA
65 TACATTTTTGA-TTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCA
* ** * *
14114 TTCTTTTTCAAGAAAAGTCCATTTATAGACACTCATACCTTCAA
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
*
14158 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGT
*
14223 ACATTTTTGATTAAAACAGACTAGAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATT
66 ACATTTTTGATTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATT
* * * *
14288 CATGGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATACCTTCAA
131 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
* * * * * * ** * * *
14330 AAGCCATATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAATGC-CATAATTCATTTTCAGTAGAATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAA-TTCTTT
* * * * ** * *
14394 TTATATTTTTGGTTAAAA-AAACTCTAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCA
64 GTACATTTTTGATTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCA
* * *
14458 TTCATTGGCAAGAGATGTCCATTTACAGTCACCCACT-CCTTCAA
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TACCTTCAA
* * *
14502 AAGCCTTATTACGCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGC
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGT
* * * * ** * *
14567 ACATTTTTGGTTAAAACGGAATAGGATTGAATGTCTATGATT-AGAAACAT-GAGAAAAAAAGTA
66 ACATTTTTGATTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTA-CCTTGAGAAACATAAAG-AAAAAAGCA
* * * *
14630 CTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTACAGTCACCCATACCATCAA
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
* * * * *
14674 AAGCCTTATTACTCTCTTTAGATAGTTTTATAATTTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGC
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGT
14739 ACATTTTTTG-TTAAAACAGACTAG
66 ACA-TTTTTGATTAAAACAGACTAG
14763 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1045, Mismatches: 221, Indels: 50
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 38 0.04
171 333 0.32
172 525 0.50
173 148 0.14
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGT
ACATTTTTGATTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATT
CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
Found at i:14301 original size:516 final size:516
Alignment explanation
Indices: 13427--14762 Score: 1799
Period size: 516 Copynumber: 2.6 Consensus size: 516
13417 AGAAAGCTTT
* * * * * * *
13427 ATTCATTGGCAAGAAGAGTCCATTTATGGTCACTCA-TACCTTCAAAAGTCATATTACTCGCTTT
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACT-CCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTT
* * * * * * *
13491 AAATGATTTTGTAATGC-CATAATTTATTTT-AAGTTGAA-GTTTTCTACATTTTTAGTTTAAAC
65 AAATGATTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTTAAATTTGAATTTTTTGTACATTTTTAGTTAAAAC
* ** * * *
13553 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACAT-ACAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
129 AGAATAGGATTGAATGTCTACCTTTAGAAACATGA-AGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * *
13617 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAGAAGCCTTATTACT-AATTTAAATATTTTTATATTCTCAA
193 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA
* * *
13681 AATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGAACATATTTGGTTAAAATAGACTAGAATTGAATGTCTACC
258 AATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGAACAT-TTTTGTTAAAACAGACTAGAATTGAATATCTACC
* * *
13746 CTGATAAACATAAAAAAAAAAACATTCATGGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATACCTT
322 CTGAGAAACATAAAAAAAAAAACATTCATGGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTT
* * *
13811 CAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATACCATAAATCATTTTAAGTTGAA-TTGT
387 CAAAAACCATATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAATACCATAAATCATTTTAAGTAGAATTTGT
* * * * *
13875 TTTTATAATTTTAGTTAAACAAACTCTAATTGAATGTTTACCTTGAGAAGCATAAAGAAACAGGC
452 TTTTATAATTTTAGTTAAAAAAACTCTAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGC
* *
13940 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACTCCTTCAAAAGCCTTCTTACGCACTTGA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTA
*
14005 AATCATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTTGAATTTTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAG
66 AATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTTGAATTTTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAG
* * * **
14070 ATTAGGATCGAATGTCTACCTTTAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCTTTTTCAAGAAAAGTCCA
131 AATAGGATTGAATGTCTACCTTTAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * *
14135 TTTATAGACACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
196 TTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAAT
* *
14200 TGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGATTAAAACAGACTAGAATTGAATATCTACCTTG
261 TGATTTAAATTTGAATTCTTTGAACATTTTTG-TTAAAACAGACTAGAATTGAATATCTACCCTG
* * *
14265 AGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATGGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATACCTTCAA
325 AGAAACATAAAAAAAAAAACATTCATGGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
* * * * *
14330 AAGCCATATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAATGCCATAATTCATTTTCAGTAGAATTTTTTTT
390 AAACCATATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAATACCATAAATCATTTTAAGTAGAATTTGTTTT
* *
14395 TATATTTTTGGTTAAAAAAACTCTAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGC
455 TATAATTTTAGTTAAAAAAACTCTAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGC
* * *
14457 ATTCATTGGCAAGAGATGTCCATTTACAGTCACCCACTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTA
* * * * * *
14522 AATGGTTTTATAATCTTAAAATTGA-TTTAAATTTGAATTCTTTGCACATTTTTGGTTAAAACGG
66 AATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTTGAATTTTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAG
*** *
14586 AATAGGATTGAATGTCTATGATTAGAAACATG-AGAAAAAAAGTACTCATTGGCAAGAAAAGTCC
131 AATAGGATTGAATGTCTACCTTTAGAAACATGAAG-AAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * *
14650 TTTTACAGTCACCCATACCATCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAGATAGTTTTATAATTTCAAAA
195 ATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAA
*
14715 TTGATTTAAATTTGAATTCTTTGCACATTTTTTGTTAAAACAGACTAG
260 TTGATTTAAATTTGAATTCTTTGAACA-TTTTTGTTAAAACAGACTAG
14763 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 720, Mismatches: 93, Indels: 17
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
512 1 0.00
513 77 0.11
514 8 0.01
515 114 0.16
516 371 0.52
517 149 0.21
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (516 bp):
ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTA
AATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTTGAATTTTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAG
AATAGGATTGAATGTCTACCTTTAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAAT
TGATTTAAATTTGAATTCTTTGAACATTTTTGTTAAAACAGACTAGAATTGAATATCTACCCTGA
GAAACATAAAAAAAAAAACATTCATGGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAA
AACCATATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAATACCATAAATCATTTTAAGTAGAATTTGTTTTT
ATAATTTTAGTTAAAAAAACTCTAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGC
Found at i:16275 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 15989--16797 Score: 1126
Period size: 172 Copynumber: 4.7 Consensus size: 172
15979 NNNNNNNNNN
* * * * * *
15989 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGGCACCCACACCTTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATACCTTCAAAA
* *
16054 GCCTTATTACTC-CTTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTGTA
66 GCCTTATTACTCGC-TTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTA
16118 CTTTTTTGGTTAAAACATACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAG
130 CTTTTTTGGTTAAAACATACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAG
* *
16161 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTTATACCTTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATACCTTCAAAA
* *
16226 GCCTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATTCTTTGTAC
66 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTAC
* *
16291 ATTTTTTGGTTAAAATAGACT-GAAATTGAATGTCTACCTTGAG
131 -TTTTTTGGTTAAAACATACTAG-AATTGAATGTCTACCTTGAG
* * * * * *
16334 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCGTTGGGAAGAAAAGTTCATTTATAGGCACTCACACCTTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATACCTTCAAAA
*
16399 GCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTGTA
66 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTA
*
16463 CTTTTTTGGTTAAAACATACTAGAATTGAATGTCTACATTGAG
130 CTTTTTTGGTTAAAACATACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * *
16506 AAACAAGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTTATACCTTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATACCTTCAAAA
* * * * *
16571 GCCTTACTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAGTATCAAAATTGATTTAAATTCGAATTCTTTGTAC
66 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTAC
* *
16636 ATTTTTGGTTAAAACATACTAGAATTGATTGTCTACCTTGAG
131 TTTTTTGGTTAAAACATACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * * *
16678 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAATG-AAAGTCAAT-TCATATTCACCCATACCTTTAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAA-GAAAAGTCCATCT-ATAGTCACTCATACCTTCAA
* * * * * * *
16741 AAGCCATATTACTCTCTTCAAATAGTTTTGTAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTGAA
64 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAA
16798 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 564, Mismatches: 64, Indels: 18
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
171 1 0.00
172 404 0.72
173 159 0.28
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATACCTTCAAAA
GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTAC
TTTTTTGGTTAAAACATACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAG
Found at i:16620 original size:345 final size:344
Alignment explanation
Indices: 15989--16754 Score: 1250
Period size: 345 Copynumber: 2.2 Consensus size: 344
15979 NNNNNNNNNN
*
15989 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGGCACCCACACCTTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGGCACCCACACCTTCAAAA
*
16054 GCCTTATTACTCCTTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTGTAC
66 GCCTTATTACTCCTTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTGTAC
* *
16119 TTTTTTGGTTAAAACATACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCA
131 TTTTTTGGTTAAAACATACTAGAATTGAATGTCTACATTGAGAAACAAGAAGAAAAAAGCATTCA
*
16184 TTAGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTTATACCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATAG
196 TTAGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTTATACCTTCAAAAGCCTTACTACTAGCTTTAAATAG
* * *
16249 TTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTGGTTAAAATAGACT-G
261 TTTTATAATATCAAAATTAATTTAAATTCGAATTCTTTGTACA-TTTTTGGTTAAAACAGACTAG
16313 AAATTGAATGTCTACCTTGAG
325 -AATTGAATGTCTACCTTGAG
* * *
16334 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCGTTGGGAAGAAAAGTTCATTTATAGGCACTCACACCTTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGGCACCCACACCTTCAAAA
16399 GCCTTATTACTCGC-TTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTGTA
66 GCCTTATTACTC-CTTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTGTA
16463 CTTTTTTGGTTAAAACATACTAGAATTGAATGTCTACATTGAGAAACAAGAAGAAAAAAGCATTC
130 CTTTTTTGGTTAAAACATACTAGAATTGAATGTCTACATTGAGAAACAAGAAGAAAAAAGCATTC
* *
16528 ATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTTATACCTTCAAAAGCCTTACTACTAGCTTTAAATA
195 ATTAGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTTATACCTTCAAAAGCCTTACTACTAGCTTTAAATA
* * *
16593 GTTTTATAGTATCAAAATTGATTTAAATTCGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACATACTAG
260 GTTTTATAATATCAAAATTAATTTAAATTCGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAG
*
16658 AATTGATTGTCTACCTTGAG
325 AATTGAATGTCTACCTTGAG
* * * ** * *
16678 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAATG-AAAGTCAATTCATATTCACCCATACCTTTAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCGTTGGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGGCACCCACACCTTCAAA
*
16742 AGCCATATTACTC
65 AGCCTTATTACTC
16755 TCTTCAAATA
Statistics
Matches: 390, Mismatches: 28, Indels: 7
0.92 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
344 100 0.26
345 289 0.74
346 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (344 bp):
AAACATGAAGAAAAAAGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGGCACCCACACCTTCAAAA
GCCTTATTACTCCTTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTGTAC
TTTTTTGGTTAAAACATACTAGAATTGAATGTCTACATTGAGAAACAAGAAGAAAAAAGCATTCA
TTAGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTTATACCTTCAAAAGCCTTACTACTAGCTTTAAATAG
TTTTATAATATCAAAATTAATTTAAATTCGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGA
ATTGAATGTCTACCTTGAG
Found at i:17368 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 17057--17457 Score: 398
Period size: 172 Copynumber: 2.3 Consensus size: 172
17047 NNNNNNNTTG
* * *
17057 CTTCAAAAGCCTTATTAATAACTTTAAGTGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAAAC
1 CTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAATTCAAAC
*** * ** * *
17122 TTTTTCGCTTTTCTGGTTAAAACATATTATAATTGAACGTCTACCCTGAGAAACATAAAGAAGAG
66 TTTTTAAATTTTCTGGTTAAAACAGACAAGAATTGAACGTCTACCCTGAGAAACATAAAGAAGAA
* ** *
17187 AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTACTCACTTATTC
131 AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATAC
* * *
17229 CTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTAAATTTAAA-
1 CTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAATTCAAAC
* * * * * *
17292 TTCGTTGTAAATTTT-TGGTTAAAACAGACAAGGATTGAATGTCTACCTTGTGAATCATGAAGAA
66 TT--TT-TAAATTTTCTGGTTAAAACAGACAAGAATTGAACGTCTACCCTGAGAAACATAAAGAA
* * **
17356 -AAATGTATTCATTGGCAAGAACAGTCCATTTATGGTCACCCATAC
128 GAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATAC
* * * * * * * *
17401 CTTCAAAAGTCGTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTGTAATGC-CATAATTTATTTTAA
1 CTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTAATTTTAA
17458 GTTGAATTTT
Statistics
Matches: 187, Mismatches: 36, Indels: 11
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
171 12 0.06
172 162 0.87
173 11 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
CTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAATTCAAAC
TTTTTAAATTTTCTGGTTAAAACAGACAAGAATTGAACGTCTACCCTGAGAAACATAAAGAAGAA
AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATAC
Found at i:20909 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 20613--21133 Score: 508
Period size: 172 Copynumber: 3.0 Consensus size: 172
20603 NNNNNNNNNN
* *
20613 ATAATCTCAAAATTGATTTCAATTTGAATTCTTTGTTCATTTTTAGTTAAAACATACTAGGATTG
1 ATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACATACTAGGATTG
* * *
20678 AATGTCTACCTTTAGAAACATGAAGAAAAAAGAATTCATTGATAAGAGAAGTCCATTTATAGTCA
66 AATGTCTACCTTTAGAAACATGAAGAAAAAAGAATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGACA
* *
20743 CCCACT-CCTTCAAATGCCTTATTATTCACTTTAAACGGTTTT
131 CCCA-TACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTT
* * **********
20785 ATAATCACAAAATTGATTTAAATTTGATTTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACANNNNNNNNNNG
1 ATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACATACTAGGATTG
* * * * * * *
20850 AATGTCTACCTTTAGAAACATGAAGAGAAGAGTATTCTTTGGCAAGAAAATTTCATTTATAGACA
66 AATGTCTACCTTTAGAAACATGAAGAAAAAAGAATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGACA
* * *
20915 CCCATATCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
131 CCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTT
* * * * *
20957 GTAA-CTTCAAAAGTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAGCATACTAGAATT
1 ATAATC-TCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACATACTAGGATT
* ********** * * * *
21021 GAATGTCTACCTTGAGANNNNNNNNNNAAAAAGCATTCATGGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG-C
65 GAATGTCTACCTTTAGAAACATGAAGAAAAAAGAATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGAC
* * * *
21085 TACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGGTTTT
130 -ACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTT
*
21129 GTAAT
1 ATAAT
21134 TCCNNNNNNN
Statistics
Matches: 278, Mismatches: 67, Indels: 7
0.79 0.19 0.02
Matches are distributed among these distances:
171 3 0.01
172 275 0.99
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
ATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACATACTAGGATTG
AATGTCTACCTTTAGAAACATGAAGAAAAAAGAATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGACA
CCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTT
Found at i:24651 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 24428--24866 Score: 483
Period size: 171 Copynumber: 2.6 Consensus size: 172
24418 NNNNNNNNNN
* * * *
24428 GGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCCTCATGTTTCTGAAGGTAGACATTAAATCCTCA-T
1 GGACTTTTCTTGTCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTAAAGGTAGACATTCAATCCT-AGT
* * * * * * *
24492 ATGTTTTAACCAAAAATGAACAAATAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAG-ATTATAAACCCATT
65 CTGTTTTAACCAAAAATGAACAAATAATTCAAATTAAAATCAATTATG-GTAATACAAAACCAAT
* * *
24556 TAAAGTGATTAATAAGGCTCTTGAAGGAATGAGTGGCTATAAAT
129 TAAAGTGAGTAATAAGGCTCTTGAAAGAATGAGTGACTATAAAT
* * * * * * * **
24600 GGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTGTTTACGTTTATCAAGGTAGACATTCAATTATAGTC
1 GGACTTTTCTTGTCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTAAAGGTAGACATTCAATCCTAGTC
* * * *
24665 TGTTTAAACCAAAAAT-ACAGAAAT-ATTCAACTTAAAATCAATTATGGTAATACAAAACTAATT
66 TGTTTTAACCAAAAATGA-ACAAATAATTCAAATTAAAATCAATTATGGTAATACAAAACCAATT
* * * *
24728 AAAGTGAGTAATACGGCTTTTGAAAGTATGGGTGACTATAAAT
130 AAAGTGAGTAATAAGGCTCTTGAAAGAATGAGTGACTATAAAT
* * *
24771 GGACTTTT-TTTTCCAATGAATATTTTTTTCTTCATGTTTCTAAAAGTAGACATTCAATCCTAGT
1 GGACTTTTCTTGT-CAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTAAAGGTAGACATTCAATCCTAGT
* *
24835 CTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAA
65 CTGTTTTAACCAAAAATGAACAAATAATTCAA
24867 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 215, Mismatches: 46, Indels: 12
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.02
171 135 0.63
172 76 0.35
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
GGACTTTTCTTGTCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTAAAGGTAGACATTCAATCCTAGTC
TGTTTTAACCAAAAATGAACAAATAATTCAAATTAAAATCAATTATGGTAATACAAAACCAATTA
AAGTGAGTAATAAGGCTCTTGAAAGAATGAGTGACTATAAAT
Found at i:25649 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 25225--25675 Score: 530
Period size: 172 Copynumber: 2.6 Consensus size: 171
25215 NNNNNNGTAC
* * * * * *
25225 AAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGT-ACGTAACAAGACTTT
1 AAAGAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA-TTGATAAGGCTTT
* * * * *
25289 TGAAGGACTGGGTGACTATAAGTGGACTTCTCTTGCCAATGAATGCTCCCTTCTTTATGTTTCTA
65 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTCTCTTGCCAATGAATACTCCCTTCTTCATGTTTCTA
* * * *
25354 AGGGTAAATGTTCAATTATAATATGTTTTAACCTGAAAAGCA
130 AAGGTAAATATTCAATCATAATATGTTTTAACCTAAAAAGCA
* * * *
25396 AAAAAATTTGAACTTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGATTGATAAGGCTTT
1 AAAGAA-TTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGATTGATAAGGCTTT
* * * ***
25461 TAAAGTAATGGGTGACTATAACTAGACTTCTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTA
65 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTCTCTTGCCAATGAATACTCCCTTCTTCATGTTTCTA
* * * *
25526 AAGGTAGATATTCAATCGTAGTCTGTTTTAA-CTAAAAATG-A
130 AAGGTAAATATTCAATCATAATATGTTTTAACCTAAAAA-GCA
* * *
25567 ACAAGAATTCAAATTGAAATCAATTTTGAGATTATAAACCCATTTAAAGTGATTGATAAGGCTGT
1 A-AAGAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGATTGATAAGGCTTT
* * *
25632 TGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAAT
65 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTCTCTTGCCAATGAAT
25676 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 235, Mismatches: 41, Indels: 8
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
171 103 0.44
172 131 0.56
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAAGAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGATTGATAAGGCTTTT
GAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTCTCTTGCCAATGAATACTCCCTTCTTCATGTTTCTAA
AGGTAAATATTCAATCATAATATGTTTTAACCTAAAAAGCA
Done.