Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398100.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1404.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4003
ACGTcount: A:0.26, C:0.10, G:0.07, T:0.26
Warning! 1215 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2105 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 1369--2291 Score: 759
Period size: 170 Copynumber: 5.4 Consensus size: 167
1359 NNNNNNNNNN
* *
1369 TTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTGTTTTATATTC-CTAAAAT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGTTTTATAATCTC-AAAAT
* * *
1433 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTATGATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTGCCTTGA
64 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTG-
* * * * *
1498 AAAATATGTAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAAGTCCAT
128 AGAA-ACGTAAAAAAA-ACATTCATTGAGAAGAAAAA-TCTAT
* * * * *
1541 TTATAGTCATCCATTCCTTTTAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCCCAAAAAT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGTTTTATAATCTCAAAATT
* *
1606 GATTTGAAGTTAAATTTTTTTAAATTT-TAGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-CTTACCTTG
65 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTAT-GGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTG
*
1669 AGAAACGTGTAAAAAAAAGCATTCATTGAGAA-AAAAAGTTTAT
128 AGAAAC--GTAAAAAAAA-CATTCATTGAGAAGAAAAA-TCTAT
* * ** * * ******
1712 TTATAGTCACCCATTCCTTCAACAGTTTTATTACTCGCTTTATATGGTTTTATAAACTCNNNNNN
1 TTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCAAAATT
**** * * * * * *
1777 NNNNTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGAC-ATTAATTGAATGTTTACCTTGA
65 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGACTA-TAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * *
1841 GAAACATGAAAAAAAGACATTCATTG-GCACGAAAATTCCAT
129 GAAACGT-AAAAAAA-ACATTCATTGAG-AAGAAAAATCTAT
* *********
1882 TTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGNNNNNNNNNNTTTTATAATCTCAAAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAATGTTTTATAATCTCAAAATT
* * * * * *
1947 GATTTTAACTTCAATTTTTTTATATTTATGGTCAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAG
65 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
2012 AAACGTACAAAAAAACTATTCATTGAGAAGAAAAATCTAT
130 AAACGTA-AAAAAAAC-ATTCATTGAGAAGAAAAATCTAT
* * * * * *
2052 TTATAATCAACCATTTCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTATATGATTTTATAGA-CTCATAAT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATA-ATCTCAAAAT
* * * * * * * * * ***
2116 TAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAAGAGTCTATAATTGAATGTGTGCCCCAA
64 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * *
2181 GAAAAGTGAAGAAAAAGGCATTCATTG-GTAAG-AAAAGCTCAT
129 GAAACGT-AA-AAAAA-ACATTCATTGAG-AAGAAAAATCT-AT
* * *
2223 TTATAGTCACCCATT-CTTTAAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGTTTTATAATCTCAAAATT
2287 GATTT
65 GATTT
2292 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 599, Mismatches: 124, Indels: 58
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 301 0.50
171 156 0.26
172 135 0.23
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (167 bp):
TTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAATCTCAAAATTG
ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
AACGTAAAAAAAACATTCATTGAGAAGAAAAATCTAT
Found at i:2257 original size:340 final size:330
Alignment explanation
Indices: 1369--2263 Score: 736
Period size: 341 Copynumber: 2.6 Consensus size: 330
1359 NNNNNNNNNN
* * * * * ** *
1369 TTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTG-TTTTATATTC-CTAAAA
1 TTATAATCAACCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTATA-TGATTTTATAAACTC-ATAA
* * * * * * * *
1432 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTAT-GATTAAAACAAAC-TATAATTGAATGTCTGCCT
64 TTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAG-TTAAAAGAGACAT-TAATTGAATGTGTACC-
** * * * * * *
1495 TGAA-AAATATGTAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCT
126 CCAAGAAACATG-AAAAAAAGACATTCATTG-GCAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* *
1559 TTTAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCCCAAAAATGATTTGAAGTTAAATTTT
189 TTAAAAGCCTTATTACT--C--------GTTTTATAATCCCAAAAATGATTTGAACTTAAATTTT
* *
1624 TTTAAATTTTAGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTGAGAAACGTGTAAAAAAAAGC
244 TTTAAATTTTAGGTCAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACG-GTAAAAAAAAGC
*
1689 ATTCATTGAGAAAAAAAGTTTAT
308 ATTCATTGAGAAAAAAAGTCTAT
* * * * ** * ******
1712 TTATAGTCACCCATTCCTTCAACAGTTTTATTACTCGCTTTATATGGTTTTATAAACTCNNNNNN
1 TTATAATCAACCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTATATGATTTTATAAACTCATAATT
**** * * * * ***
1777 NNNNTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGACATTAATTGAATGTTTACCTTGAG
66 AATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAAGAGACATTAATTGAATGTGTACCCCAAG
* * *
1842 AAACATGAAAAAAAGACATTCATTGGCACGAAAATTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAG
131 AAACATGAAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAG
* * * * *
1907 CCTTATTACTCGNNNNNNNNNNTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAACTTCAATTTTTTTATA-
196 CCTTATTACTCG----------TTTTATAATCCCAAAAATGATTTGAACTTAAATTTTTTTAAAT
*
1971 TTTATGGTCAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAAC-GTACAAAAAAA-CTATTCA
251 TTTA-GGTCAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACGGTA-AAAAAAAGC-ATTCA
2034 TTGAGAAGAAAAA-TCTAT
313 TTGAGAA-AAAAAGTCTAT
* *
2052 TTATAATCAACCATTTCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTATATGATTTTATAGACTCATAATT
1 TTATAATCAACCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTATATGATTTTATAAACTCATAATT
* * *
2117 AATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAAGAGTC-TATAATTGAATGTGTGCCCCAA
66 AATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAAGAGACAT-TAATTGAATGTGTACCCCAA
* *
2181 GAAA-AGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGCT-CATTTATAGTCACCCATT-CTTTA
130 GAAACA-TGAA-AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAA-CTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTA
* *
2243 AAAGCGTTATTACTCGCTTTA
192 AAAGCCTTATTACTCGTTTTA
2264 AATTATTTTA
Statistics
Matches: 447, Mismatches: 82, Indels: 59
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
330 4 0.01
331 1 0.00
339 7 0.02
340 153 0.34
341 160 0.36
342 22 0.05
343 97 0.22
344 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (330 bp):
TTATAATCAACCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTATATGATTTTATAAACTCATAATT
AATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAAGAGACATTAATTGAATGTGTACCCCAAG
AAACATGAAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAG
CCTTATTACTCGTTTTATAATCCCAAAAATGATTTGAACTTAAATTTTTTTAAATTTTAGGTCAA
AACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACGGTAAAAAAAAGCATTCATTGAGAAAAAAAG
TCTAT
Done.