Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397338.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_330.0, whole genome shotgun sequence
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Warning! 17077 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:676 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--906 Score: 486
Period size: 171 Copynumber: 5.3 Consensus size: 170
* * ** * ***
1 TCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAGCCTTATTACCCAAGTTAAA
1 TCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* ** *** * *
65 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTGGTT-GAATTTTTTATATTTTTA-ATAAA-AATATAT
66 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGACCCTTTTACATTTTTAGTTAAACAA-ATA-
* * * * * * *
127 TATAATTGATTTTTTGTCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAGC-AT
129 -ATAATGGAATGTCTGCCTCAAAAAACGTAAAG-AAAAAGCTAT
* * ** * * *
170 TCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGT-AGCCCATTCCTTC-AAGAGCTTTATTACTCACTATA
1 TCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCCAAGCCTTCGAA-AGCCTTATTACTCGCTTTA
* * *** * ********* *
233 AATAGTCTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTNNNNNNNNNNAGAT
64 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGACCCTTTTACATTTT-TAGTTAAACAAAT
* * *** * *
298 TATAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAG-TGAT
128 AATAATGGAATGTCTGCCTCAAAAAACGTAAAGAAAAAGCT-AT
* * * * * * * *
341 TCATTGGCAAAGAAAGGCCATTTATAGTTACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
1 TCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
********** * ** *** * * *
406 TAGTTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA-ATAGTTT
66 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGACCCTTTTACATTTTTAGTTAAACA-A-ATA
* * * * ** * * * *
470 ATGATTGAATGTATGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACTAT
129 ATAATGGAATGTCTGCCTCAAAAAACGTAAAGAAAAAGCTAT
* * * *********
512 TCATTGGCAAGAAAAATTC-ATTTATGGTCACCCAAGCCTTC-AANNNNNNNNNNACTCGCTTTA
1 TCATTGGTAA-AAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAA-AGCCTTATTACTCGCTTTA
** *
575 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTCTTTTACATTTTTGGTTCAAACAAA-
64 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGACCCTTTTACATTTTTAGTT-AAACAAAT
* *
639 ATATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACGTAAAGAAAAAGGTAT
128 A-ATAATGGAATGTCTGCCTCAAAAAACGTAAAGAAAAAGCTAT
* * * ** * *
683 TCTTTGGTAAAAAAGGTCTATTTATTGTCACCCATTCCCTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
1 TCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * ** *
748 TAGTTTTATAATCTCATACTTGATTTTAGGTTTTACCCTTTTACATTTTTAGTTAAACAGATAAT
66 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGACCCTTTTACATTTTTAGTTAAACAAATAAT
* * * *
813 GATGGAATGTCTGTCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGCCAT
131 AATGGAATGTCTGCCTCAAAAAACGTAAAGAAAAAGCTAT
*
853 TCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
1 TCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA
907 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 563, Mismatches: 153, Indels: 41
0.74 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 40 0.07
170 147 0.26
171 356 0.63
172 15 0.03
173 3 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGACCCTTTTACATTTTTAGTTAAACAAATAAT
AATGGAATGTCTGCCTCAAAAAACGTAAAGAAAAAGCTAT
Found at i:900 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 569--906 Score: 464
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
559 NNNNNNACTC
** *
569 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTCTTTTACATTTTTGGTTCAA
1 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGACCCTTTTACATTTTTAGTTCAA
* ** * *
634 ACAAAATATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACGTAAAGAAAAAGGTATTCTTTGGTAAAAAAGG
66 ACAAAATATAATGGAATGTCTGCCTCAAAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAG
* **
699 TCTATTTATTGTCACCCATTCCCTCGAAAGCCTTATTACTT
131 TCTATTTATAGTCACCCAAGCCCTCGAAAGCCTTATTACTT
* * **
740 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATACTTGATTTTAGGTTTTACCCTTTTACATTTTTAGTT-AA
1 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGACCCTTTTACATTTTTAGTTCAA
* * * *
804 AC-AGATAATGATGGAATGTCTGTCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAA
66 ACAAAAT-ATAATGGAATGTCTGCCTCAAAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAA
* *
868 GTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
130 GTCTATTTATAGTCACCCAAGCCCTCGAAAGCCTTATTA
907 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 145, Mismatches: 21, Indels: 3
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.02
170 87 0.60
171 55 0.38
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGACCCTTTTACATTTTTAGTTCAA
ACAAAATATAATGGAATGTCTGCCTCAAAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAG
TCTATTTATAGTCACCCAAGCCCTCGAAAGCCTTATTACTT
Found at i:1977 original size:171 final size:171
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Indices: 1137--3432 Score: 1590
Period size: 171 Copynumber: 13.5 Consensus size: 171
1127 NNNNNNNNNN
* * * * * * **
1137 TTAAATGGTTTCATAATCTCATGATCGATTTTAAGTTGAATATTTTTATA-TTTTCATTAAAACA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACA
* * * * * * * * * **
1201 TATTACAATTAAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTTATTGACAACTAAAGTCT
66 GATTATAATTGAATTTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
* * ** **********
1266 ATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTNNNNNNNNNNT
131 ATTTATAGTCACCCATTTCTTTGAAAGCCTTATTACTCACT
* * *
1307 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATA-TGT-CATTTTTTTATA-TTTTTGATTCAA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGT-TAAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAA
* * * * * * * *
1369 ACATA-T-TAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCGAGGAAAG
63 ACAGATTATAATTGAATTTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAG
* *** * *
1432 TCTTTTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTACTATTCACT
128 TCTATTTATAGTCACCCATTTCTTTGAAAGCCTTATTACTCACT
*
1476 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAAC
* * * * * * * ** * * *
1541 AAATTATGATTAAATGTCCACCATAAGAAATGTGAAGAGAAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGT-
65 AGATTATAATTGAATTTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * ** * **
1605 TCATTTATGGTCATCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTTGCT
130 T-ATTTATAGTCACCCATTTCTTTGAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * *
1648 TTAAATGGTTTTATCATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTT-AACCA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACA
* * * ** * *
1711 GATTATTATTAAATGTT-TGGA-TTTAGGGCACGTGAAGAAAAA-GCTATTCATTGGTAAGAAAA
66 GATTATAATTGAAT-TTCT--ACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGC-ATTCATTGGCAAGAAAA
* **
1773 GTCTATTTATAGTCACCCATTTGTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
127 GTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTTGAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * * *
1818 CTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTATTTAACATTTTTTGTTAGAACA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACA
* *
1883 GATTGTAATTGAATTTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCT
66 GATTATAATTGAATTTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
* *
1948 ATTTGTAGTCACCCATTTATTTGAAAGCCTTATTACTCACT
131 ATTTATAGTCACCCATTTCTTTGAAAGCCTTATTACTCACT
* * * *
1989 TTCAATGGTTTTATAATCTCGTAATT-AGTTTTAAGTTGAATTTGTTTACA-TTTTTGATTAAAA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAA
* * * * * * **
2052 TAGATTATAATTAAATGTCCACCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAG
64 CAGATTATAATTGAATTTCTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAG
** * * *
2116 T-TCATTTATAGTCACCCATTTGGTCGAAAGCCTTGTTATTCACT
128 TCT-ATTTATAGTCACCCATTTCTTTGAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * * *
2160 TTCAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAACTTTTTTTACACTTTTTGTTAAAACA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACA
* * * * * * * *
2225 GATTACAATTGAATATCTA-CGTCGAGAAATATGAAGAAAAA-ACATTTATTGACAA-AAAAGTC
66 GATTATAATTGAATTTCTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* ** *
2287 CATTTATAGTCAATCA-TTCTTTCAAAGCCTTATTACTCACT
130 TATTTATAGTCACCCATTTCTTTGAAAGCCTTATTACTCACT
** * * *
2328 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTGGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTAAAAACA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACA
* * * * * *
2392 TG-TTATAATTGAACGTT-TACCTCAAGAAACGTGAACAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGT
66 -GATTATAATTGAA-TTTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * ** * * *
2455 AC-GTTTATATTCTCTCATGCCTTCGAAAGCCTTAGTACAT-GCT
129 -CTATTTATAGTCACCCATTTCTTTGAAAGCCTTATTAC-TCACT
** * * * * *
2498 TTGGATGGTTTTATAATCTCATCATTGATTTT-AGCTTGAATTCTTTTACATTTTTT-CTAAAAT
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAC
** * * * * * **
2561 A-ATTATAATTGAATGTT-TGTC-TCGAAAAATATGAATAAAAAGTCATTTTTTGGCAAGAAAAG
65 AGATTATAATTGAAT-TTCTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * ** * *
2623 CCCATTTATAGTCACCCA-AGCATTTGGAAGCCTTATTACTCCCT
128 TCTATTTATAGTCACCCATTTC-TTTGAAAGCCTTATTACTCACT
* * **
2667 TTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATATTTCATTAAAACA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACA
* * * * * * *
2732 GATTATAATTAAATGTCCACCTCAAGAAACATGAGGAAAAA-GCTATTCATTGACAAGAAAAGTC
66 GATTATAATTGAATTTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * **
2796 CATTTATAGTTACCCA-TTCCTTCAATAGCCTTATTGCTTGCT
130 TATTTATAGTCACCCATTTCTTTGAA-AGCCTTATTACTCACT
* * * ** *
2838 TTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAGGTTTGGTT-AAACT
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAC-
* * * * *
2902 AGATTATAATTGAATGTT-TGA-ATTTGG-GACATGTCAAGAAAAA-GCTATTTATTGACAAGAA
65 AGATTATAATTGAAT-TTCT-ACCTTAGGAAACATG--AAGAAAAAGGC-ATTCATTGGCAAGAA
* * * * * * **
2963 AAGTATATTAATAGCCATCCA-TACTTTCGAAAGCCTTATTAGTTTCT
125 AAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTT-GAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * * * * ** *
3010 TTAAATGATATTATTATCACATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTT-TATTTTTTACTAAAAT
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAAC
* * *
3074 AGATTATAATTGAATGTT-TGCCTT-GAGAAATATGAAG-AAAAGGCCATTCATTGGCAAGGAAA
65 AGATTATAATTGAAT-TTCTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGG-CATTCATTGGCAAGAAAA
* * ** ** **
3136 GCCGATTCCTAGTCACTTA-AGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
127 GTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTT-GAAAGCCTTATTACTCACT
** * *
3181 TTAAATGGTTTTACGATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTTTTAG-TAAAA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* * * * *
3245 GCAGATTATAATTGAA-TGCTTGCCTT-GAGAAACCTGAAGAGAAAGGCGTTCATTGGCAAGAAA
64 -CAGATTATAATTGAATTTC-TACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA
* * ** *
3308 AGTCTATTTACAGTCACCCATTTGTTCAAAAGCCTTATTACTCAAT
126 AGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTTGAAAGCCTTATTACTCACT
* ** * * * * **
3354 TTGAATAATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTGTTTTGCATTTTTAATTAAAACA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACA
* *
3419 TATTGTAATTGAAT
66 GATTATAATTGAAT
3433 GTTTGTCCCA
Statistics
Matches: 1683, Mismatches: 369, Indels: 146
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 46 0.03
168 70 0.04
169 284 0.17
170 284 0.17
171 585 0.35
172 279 0.17
173 128 0.08
174 7 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACA
GATTATAATTGAATTTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
ATTTATAGTCACCCATTTCTTTGAAAGCCTTATTACTCACT
Found at i:2792 original size:678 final size:675
Alignment explanation
Indices: 1306--3434 Score: 1887
Period size: 678 Copynumber: 3.1 Consensus size: 675
1296 NNNNNNNNNN
* * *
1306 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATA-TGTCATTTTTTTATATTTTTGATTCAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGT-TAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAA
* * * * * * *
1370 CATA-T-TAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCGAGGAAAG-
64 CAGATTATAATTAAATGTCCACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGT
* ** * *
1432 TCTTTTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTACTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
129 TC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTATTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCA
* * * *
1497 TAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATGATTAAATGTCCAC
192 TAATTGATTTTAAGTT-AATT-TTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-
* ** * ** * * *
1562 CATAAGAAATGTGAAGAGAAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGTTCATTTATGGTCATCCATTCCT
253 CATGAGAAATGTGAAGA-AAAAACATTTATTGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCATCCATTCTT
* * * * *
1627 TCAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATCATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
317 TCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTT
* * * * * * * ** *
1692 TTTACATTTTGGTTAACCAGATTATTATTAAATGTTTGGATTTAGGGCACGTGAAGAAAAAGCTA
381 TTTACATTTTGGTAAAACAGATTATAATTAAACGTTT-GACTCAAGAAACGTGAACAAAAAGCTA
* *** *
1757 TTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTGTTCAAAAGCCTTATTACTCACTCTCA
445 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCACTCTCA
* *
1822 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTATTTAACATTTTTTGTTAGAACAGATT
510 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTATTTAACATTTTTTGCTAAAACAGATT
* * * * *
1887 GTAATTGAATTTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTT
575 ATAATTGAATTTCTACCTGAGAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTT
* ***
1952 GTAGTCACCCATTTATTTGAAAGCCTTATTACTCAC
640 ATAGTCACCCAAGCATTTGAAAGCCTTATTACTCAC
* * *
1988 TTTCAATGGTTTTATAATCTCGTAATT-AGTTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTGATTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTGATTAAAA
* ** * *
2052 TAGATTATAATTAAATGTCCACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGT
64 CAGATTATAATTAAATGTCCACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGT
*** * * *
2117 TCATTTATAGTCACCCATTTGGTCGAAAGCCTTGTTATTCACTTTCAATGATTTTGTAATCTCAT
129 TCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATG-TTTTATAATCTCAT
* * * *
2182 AATTGATTTGAAGTTAACTTTTTTTACACTTTTTGTTAAAACAGATTACAATTGAATATCTACGT
193 AATTGATTTTAAGTTAA-TTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACAT
* *
2247 CGAGAAATATGAAGAAAAAACATTTATTGACAA-AAAAGTCCATTTATAGTCAAT-CATTCTTTC
256 -GAGAAATGTGAAGAAAAAACATTTATTGACAAGAAAAGTACATTTATAGTC-ATCCATTCTTTC
* *
2310 -AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTGGTTGAATTTTTT
319 AAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTT
*
2374 ACATTTTTGGTAAAAACATG-TTATAATTGAACGTTT-ACCTCAAGAAACGTGAACAAAAAG-TC
384 ACA-TTTTGGT-AAAACA-GATTATAATTAAACGTTTGA-CTCAAGAAACGTGAACAAAAAGCT-
* * * * * * *
2436 ATTCATTGGCAAGAAAAGTAC-GTTTATATTCTCTCATGCCTTCGAAAGCCTTAGTACAT-GCTT
444 ATTCATTGGCAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAGTAC-TCACTC
** * ** * * *
2499 TGGATGGTTTTATAATCTCATCATTGATTTT-AGCTTGAATTCTTTTACATTTTTT-CTAAAATA
507 TCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TCAAATTATTTAACATTTTTTGCTAAAACA
** * * * ** *
2562 -ATTATAATTGAATGTT-TGTCTCGA-AAAATATGAATAAAAAGTCATTTTTTGGCAAGAAAAGC
571 GATTATAATTGAAT-TTCTACCT-GAGAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGC
* *
2624 CCATTTATAGTCACCCAAGCATTTGGAAGCCTTATTACTCCC
634 CCATTTATAGTCACCCAAGCATTTGAAAGCCTTATTACTCAC
* * *
2666 TTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATATTTCATTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAC
* * *
2731 AGATTATAATTAAATGTCCACCTCAAGAAACATGAGGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTC
65 AGATTATAATTAAATGTCCACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTT
* * *
2796 CATTTATAGTTACCCATTCCTTC-AATAGCCTTATTGCTT-GCTTTAAATTGTTTTATAATCTCA
130 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAA-AGCCTTATT-ATTCACTTTAAA-TGTTTTATAATCTCA
* * * *
2859 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAGGTTTGGTT-AAACTAGATTATAATTGAATGTTTGA
192 TAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCT-A
* * * * * * * *
2923 -ATTTGGGACATGTCAAGAAAAAGCTATTTATTGACAAGAAAAGTATATTAATAGCCATCCATAC
253 CA--TGAGAAATGTGAAGAAAAAAC-ATTTATTGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCATCCATTC
* * * * * * *
2987 TTTCGAAAGCCTTATTAGTTTCTTTAAATGATATTATTATCACATAATTGATTTTAGGTTGAATT
315 TTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA--
** ** * * * * ** ** * *
3052 GTTTTTTATTTTTTACTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAATATGAAGAAAAGG
378 -TTTTTTACATTTTGGTAAAACAGATTATAATTAAACGTTTGACTCAAGAAACGTGAACAAAAAG
* * * * ** ** * * * * *
3117 CCATTCATTGGCAAGGAAAGCCGATTCCTAGTCACTTAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTT
442 CTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCACTC
* ** * * * *
3182 TAAATGGTTTTACGATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTTTTAG-TAAAAG
507 TCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TCAA-ATTATTTAACATTTTTTGCTAAAA-
* * * * * *
3246 CAGATTATAATTGAA-TGCTTGCCTTGAG-AAACCTGAAGAGAAAGGCGTTCATTGGCAAGAAAA
569 CAGATTATAATTGAATTTC-TACC-TGAGAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAA
* * * **** ** *
3309 GTCTATTTACAGTCACCCATTTGTTCAAAAGCCTTATTACTCAA
632 GCCCATTTATAGTCACCCAAGCATTTGAAAGCCTTATTACTCAC
* ** * * * * *
3353 TTTGAATAATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTGTTTTGCATTTTTAATTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAC
* * *
3418 ATATTGTAATTGAATGT
65 AGATTATAATTAAATGT
3435 TTGTCCCAAA
Statistics
Matches: 1165, Mismatches: 230, Indels: 99
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
677 6 0.01
678 284 0.24
679 44 0.04
680 181 0.16
681 68 0.06
682 125 0.11
683 155 0.13
684 127 0.11
685 29 0.02
686 1 0.00
687 144 0.12
688 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (675 bp):
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACA
GATTATAATTAAATGTCCACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTC
ATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGTTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATGAGAA
ATGTGAAGAAAAAACATTTATTGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCATCCATTCTTTCAAAAGCC
TTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTT
GGTAAAACAGATTATAATTAAACGTTTGACTCAAGAAACGTGAACAAAAAGCTATTCATTGGCAA
GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCACTCTCAATGGTTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTATTTAACATTTTTTGCTAAAACAGATTATAATTGAATT
TCTACCTGAGAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
AGCATTTGAAAGCCTTATTACTCAC
Found at i:3035 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 2767--3093 Score: 410
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 172
2757 GAAACATGAG
* * ** *
2767 GAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAATAGCCTTATTG
1 GAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTACATTAATAGCCACCCATACCTTCAATAGCCTTATTG
* * **
2832 CTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATAGGTTTGGT
66 CTTGCTTTAAATTGTATTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTT-TAGGTTTGAC
*
2896 TAAACTAGATTATAATTGAATGTTTGAATTTGGGACATGTCAA
130 TAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGAATTTGGGACATGTCAA
* * * *
2939 GAAAAAGCTATTTATTGACAAGAAAAGTATATTAATAGCCATCCATACTTTCGAA-AGCCTTATT
1 GAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTACATTAATAGCCACCCATACCTTC-AATAGCCTTATT
* * * ** *
3003 AG-TTTCTTTAAA-TGATATTATTATCACATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTTTATTTTTT
65 -GCTTGCTTTAAATTG-TATTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTAGGTTTG
3066 ACTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTG
128 ACTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTG
3094 CCTTGAGAAA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 20, Indels: 8
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
171 2 0.02
172 121 0.92
173 8 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.10, G:0.13, T:0.43
Consensus pattern (172 bp):
GAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTACATTAATAGCCACCCATACCTTCAATAGCCTTATTG
CTTGCTTTAAATTGTATTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTAGGTTTGACT
AAAATAGATTATAATTGAATGTTTGAATTTGGGACATGTCAA
Found at i:4006 original size:166 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3674--4033 Score: 451
Period size: 166 Copynumber: 2.1 Consensus size: 170
3664 NNNNNNNNNN
* * *
3674 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATGTTTGGTTAAAACAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAATGTCTTACATGTTTGGTTAAAACAAATTATAA
* * * * *
3739 TTAAATGCCTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGATAAGGAAAGCCCATTTATAGT
66 TTAAATACCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTAAAGT
* *
3804 CACCTAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGG
131 CACCCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGG
* *
3844 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT-AAAT-TCTT-CAT-TTTGGTTTAAACAAATTGTAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAATGTCTTACATGTTTGGTTAAAACAAATTATAA
* * * * * * **
3905 TTTAATATCTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAAGCCTTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTAAAG
66 TTAAATACCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTAAAG
** *
3970 TCACCCATTCCTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
130 TCACCCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGG
* *
4010 TTTTATAATCTCGTAATTAATTTT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTT
4034 TAGTTGGATT
Statistics
Matches: 164, Mismatches: 25, Indels: 6
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
166 86 0.52
167 43 0.26
168 3 0.02
169 3 0.02
170 29 0.18
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAATGTCTTACATGTTTGGTTAAAACAAATTATAA
TTAAATACCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTAAAGT
CACCCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGG
Found at i:6518 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6306--6615 Score: 417
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
6296 NNNNNNNNNN
* * *
6306 TTCTCATCAATGCATGCCTTTTTCTACACGTTTTTTGAGGTAAACATTCAATTACAATCTGGTTT
1 TTCTCATCAATGAATGCATTTTTCTACACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTACAATCTGGTTT
* * * *
6371 AACCAAAAATGTAAAAGAATTT-GACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAA-CAATTGAAACTG
66 AACCAAAAATATAAAA-AATTTCAACTTAAAATCAATTATCAGGTCATAAAATC-ATTGAAACTG
6434 AATAATAAGGCTTTCGAACAAATGAGTGACTATTAATGAAATT
129 AATAATAAGGCTTTCGAACAAATGAGTGACTATTAATGAAATT
* * * * * * *
6477 TTCTTATCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACCTTCAATTATAATCTGTTTT
1 TTCTCATCAATGAATGCATTTTTCTACACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTACAATCTGGTTT
* * * * *
6542 TACCAAAAATATAAAACATTTCAACTTAAAATCAATTATCAGGTCATAAAATCATTTAAAGTGAG
66 AACCAAAAATATAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATCAGGTCATAAAATCATTGAAACTGAA
6607 TAATAAGGC
131 TAATAAGGC
6616 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 19, Indels: 4
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.03
171 113 0.96
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TTCTCATCAATGAATGCATTTTTCTACACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTACAATCTGGTTT
AACCAAAAATATAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATCAGGTCATAAAATCATTGAAACTGAA
TAATAAGGCTTTCGAACAAATGAGTGACTATTAATGAAATT
Found at i:9796 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9570--11039 Score: 1470
Period size: 171 Copynumber: 8.6 Consensus size: 170
9560 GTCTCACAAG
* ** *
9570 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTACGATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* *
9635 GTTTTTACATTTTTGGTAAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
66 -TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
* *
9700 GGCATTCATT-AGTAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACTCATT
130 GGCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATT
** * *
9741 TGTTCGAAAGCCTTATTACTCAGTTTCAATGGTTTTATAA-CATCATAATTGATTTTAAG-TGAA
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTG-A
* * * **
9804 ATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTGTAATTGACTGTTTACCT-AAAAAATCATGTGGAA
64 ATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAA-CATGAAGAA
* ** * *
9868 AAAGGCATGCATTGATGAGAAAAGTCGATTTATAGTCACTAATT
127 AAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATT
* * * * * * *
9912 CCATCAAAAGCCCTATTGCTAACTTTAAACT-ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * *
9976 TTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTC--GTAAACGTGCAGGA
65 TT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACC-TCAAG-AAACATGAAGAA
* * *
10039 AAAGACATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATT
127 AAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATT
* * * * *
10083 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTTATAATTGATTTT-TGATCGAA
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAA
* ** * * ** ** * *
10147 TTTTTTTACTTTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATACTTGTCTCAAGAAACGTGAAAAAAA
65 -TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA
* * **
10212 AGGCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAG
129 AGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATT
* * * * * * * *
10254 CTTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGACTTTAGGTTAAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * *
10319 TTATTT--A-TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTGTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAA
66 TT-TTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
* *
10381 GGCATTCATTGACAAG-AAAGTTCATTTATAGTCACGCATT
130 GGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATT
*
10421 CCTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTT-TGATTGA
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGA
* * * * * * ***
10483 ATTTTTTTACATTTTTGGTAAAAACATATTATAGTTGAACGTTTGCCTTGGGAAACATGAA-AAA
64 A-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAA
** *** * *
10547 AAGTTATTCATTGACAAGAAAAGTATGTTTATATTCACCCATAT
128 AAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT-T
* * * ***
10591 -TTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATCATTGATTTTATCATGAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * *
10655 TCTTTTACATTTTTAGTTTAAAAT-GATTATATTTGAATGTTTACCTCATGAAACATGAATAAAA
66 T-TTTTACATTTTT-GGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA
* * ** **
10719 AGCCATTTATT-AGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACTCAAG
129 AGGCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATT
* * *
10761 CCTTTGAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-A
* * * ** * *
10826 TCTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTACACCTCAAAAAACATAAAGAAAA
65 T-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA
* * * *
10891 A-GCTATTCATCGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATT
129 AGGC-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATT
* *
10933 TCTTC-AATAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGCA
1 CCTTCGAA-AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A
* * *
10997 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAACTAGATTATAATTGAATGTTT
64 ATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
11040 GGATTCGGGA
Statistics
Matches: 1062, Mismatches: 196, Indels: 82
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 50 0.05
167 28 0.03
168 78 0.07
169 63 0.06
170 106 0.10
171 589 0.55
172 145 0.14
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG
GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATT
Found at i:11997 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 11698--13279 Score: 1170
Period size: 171 Copynumber: 9.3 Consensus size: 169
11688 NNNNNNNNTA
* *
11698 CCTTCGAAAGCTTTATTAC-TCATTTTAAA---TTTTATAATCTCATCATTGATTTT-AGCTTGA
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTTC--TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGA
* * * ** * * * *
11758 ATTCTTTTACTTTTTTGGTTCAAAA-TGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATTAATAA
63 ATTTTTTTACATTTTTGGTT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCGACCTTGAGAAACGTGAAGAA
* * * * * **
11822 AAAGCCACTAATTGCTAACAAAAGCCCATTTATAGGCATCCAAA
127 AAAGCCATTCATTGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATT
* *
11866 CCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACT-TCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
11931 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCGACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
65 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCGACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
* **
11996 GCAATTCATTGGC-AAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATT
130 GCCATTCATT-GCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATT
* * * * *
12037 CCTTC-AATAGCCTTGTTACTTTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAATTAAA
1 CCTTCGAA-AGCCTTATTAC-TTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
12101 TTTTTTAATATTTGTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCATGAG-AACTGTGGAGAAA
64 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCGACCTTGAGAAAC-GTGAAGAAA
* *
12165 AAGCCATTCCTTGGTAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACTCATT
128 AAGCCATTCATTGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATT
* ** *
12207 CTTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * *
12272 GTTTTTACATTTTTGGTT-AAACTAGATTATAATTAGATTTTTGGA--TTCG-GACATGTGAAGA
65 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC-AGATTATAATT-GA-ATGTCGACCTT-GAGAAACGTGAAGA
* * * * *
12333 AAAAGCTATTCATTAAC-AAGAAAAGTCTATTAATAGCCACCCA-T
126 AAAAGCCATTCATT-GCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATT
* * * *
12377 ACTTCCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAAGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAGGTTG-A
1 CCTT-CGAAAGCCTTATTACTT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
** *** * ** * * * *
12441 TTTTTTTTTATTTTTTACTAAAACAGATTATGATTGAATGT-TTCTTTAAGAAACATGAAGAGAA
64 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCGACCTTGAGAAACGTGAAGAAAA
* * * * ** **
12505 AGTCATTCATTGGC-AAG-GAAGACAGATTCCTAGTCACCTAAG
129 AGCCATTCATT-GCTAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACC-ATT
* * ** * *
12547 CCTTCGAACA-TCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACGATATCATAATT-AGTTTTAAGTTTA
1 CCTTCGAA-AGCCTTATTACT-TCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGA
* * * * * * *
12610 ATTTTTTTACATTTTTGGTAAAAACATATTATAATTGAATGCTTG-CCCTAAAAAACATG-AGAA
63 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TCGACCTTGAGAAACGTGAAGAA
* *
12673 AAAGGCATTTATTAGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
127 AAAGCCATTCATT-GCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATT
* * * * **
12717 TCTTCGAAAGCCTTATTA-TTCAGTTTCAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTCAAA
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTTC--TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
** * * * ** ** * *
12781 TTGCTGTACGTTTTTGGTTAAAACAAATTGCAATTGAATGTTTACCTTG-GAAAAGATGTAGAAA
64 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCGACCTTGAGAAACG-TGAAGAAA
* * * * *
12845 AAGGCATGT-ACTGGTGAGAAAAGTCGATTTATAGTCACCTATT
128 AAGCCAT-TCATTGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATT
* * *
12888 CCTT-GAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
1 CCTTCG-AAAGCCTTATTACT-TCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * ** * *
12952 TTGTCTTGC-TTTTTTTTATAAAAATATATTATAATTGAATGTCTG-CCTTTGA-AAACGT-ACA
64 TTTTTTTACATTTTTGGT-T-AAAACAGATTATAATTGAATGTC-GACC-TTGAGAAACGTGA-A
*** *
13013 -AAAAAAATATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
124 GAAAAAGCCATTCATTGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATT
** * * * *
13059 CCTTTAAAAGCTTTATTA-TTAGTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * *
13123 TCTTTTACATTTTTCGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTG-TCTT-AGAAAACGTGAACAAA
65 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-GACCTTGAG-AAACGTGAAGAAA
* * * **
13186 AAGCCATTTATTGATAA-AGAAAGCCCATTTATAGTCACCGAAG
128 AAGCCATTCATTGCTAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACC-ATT
*
13229 CCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
13280 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1129, Mismatches: 215, Indels: 137
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 35 0.03
169 130 0.12
170 419 0.37
171 501 0.44
172 35 0.03
173 8 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
CCTTCGAAAGCCTTATTACTTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCGACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAG
CCATTCATTGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATT
Found at i:12355 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 11698--13279 Score: 1301
Period size: 341 Copynumber: 4.6 Consensus size: 340
11688 NNNNNNNNTA
* * * * *
11698 CCTTCGAAAGCTTTATTA-CTCATTTTAA-A-TTTTATAATCTCATCATTGATTTT-AGCTTGAA
1 CCTTCGAAAGCCTTATTATTTC-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAA
* * * * * * *
11759 TTCTTTTACTTTTTTGGTTCAAAA-TGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATTAATAAA
64 TTCTTTTACATTTTTGGTT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AACGTGAAGAAA
* * * * * **
11823 AAGCCACTAATTGCTAACAAAAGCCCATTTATAGGCATCC-AAACCTTTG-AAAGCCTTATTACT
127 AAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CCGATTCC-TTGAAAAGCCTTATTACT
*
11886 CT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT-T
190 -TACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTAT
* * * **
11949 AAAACAGATTATAATTGAATG-TCGACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCAATTCATTGGCAAGA
254 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTG-CATTGA-AAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTAACAAGA
**
12013 AAAGTTTATTTATAGTCACCCATT
317 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
* * *
12037 CCTTC-AATAGCCTTGTTACTTTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAATTAAA
1 CCTTCGAA-AGCCTTATTA-TTTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* *
12101 TT-TTTTA-ATATTTGTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCATGAGAACTGTGGAGAA
64 TTCTTTTACAT-TTT-TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAC-GTGAAGAA
* * *
12164 AAAGCCATTCCTTGGTAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACTC-ATTCTTTTAAAAGCCTTATTACT
126 AAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-CGATTCCTTGAAAAGCCTTATTACT
* * *
12227 TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTGGT-T-
190 TACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTATA
* * * * *
12290 AAACTAGATTATAATT-AGATTTTTGGATTCGGACATGTGAAGAAAAAGCTATTCATTAACAAGA
255 AAAC-AGATTATAATTGA-ATGTTTGCATT-GAAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTAACAAGA
* * *
12354 AAAGTCTATTAATAGCCACCCA-T
317 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
* * * * *
12377 ACTTCCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA-AGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAGGTT-G
1 CCTT-CGAAAGCCTTATTA-TTTCTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
* ** *** * * * * * *
12440 ATTTTTTTTTATTTTTTACTAAAACAGATTATGATTGAATGT-TTCTTTAAGAAACATGAAGAGA
63 ATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AACGTGAAGAAA
* * * ** ** * ** * *
12504 AAGTCATTCATTGGCAAG-GAAGACAGATTCCTAGTCACCTAAGCCTTCGAACA-TCTTATTACT
127 AAGCCATTCATTGGTAAGAAAAG-CCCATTTATAGTCACCGATTCCTT-GAAAAGCCTTATTACT
* ** * *
12567 CACTTTAAATGGTTTTACGATATCATAATT-AGTTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTA-
190 TACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTAT
* * * ** * * *
12630 AAAACATATTATAATTGAATGCTTGCCCTAAAAAACATG-AGAAAAAGGC-ATTTATTAGCAAGA
254 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTG-CATTGAAAACGTGAAGAAAAA-GCTATTCATTAACAAGA
12693 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
317 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
* * * *
12717 TCTTCGAAAGCCTTATTA-TTCAGTTTCAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTCAAA
1 CCTTCGAAAGCCTTATTATTTC--TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * * ** * * *
12781 TTGC-TGTACGTTTTTGGTTAAAACAAATTGCAATTGAATGTTTACCTTG-GAAAAGATGTAGAA
64 TT-CTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AACG-TGAAGAA
* * * * * *
12844 AAAGGCATGT-ACTGGTGAGAAAAGTCGATTTATAGTCACCTATTCCTTGAAAAGCCTTATTACT
126 AAAGCCAT-TCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCGATTCCTTGAAAAGCCTTATTACT
* * * * * * **
12908 AACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTCTTGC-TTTTTTTTATA
190 TACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTAT-
* * * * ** * *
12972 AAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTTGAAAACGT-ACA-AAAAAAATATTCATTGATAAGA
254 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTG-CATTGAAAACGTGA-AGAAAAAGCTATTCATTAACAAGA
13035 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
317 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
** * ** * *
13059 CCTTTAAAAGCTTTATTATTAGTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTATTTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT
* * ** * *
13124 CTTTTACATTTTTCGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTAGAAAACGTGAACAAAAAG
66 CTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAACGTGAAGAAAAAG
* * ** * *
13189 CCATTTATTGATAA-AGAAAGCCCATTTATAGTCACCGAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCT
130 CCATTCATTGGTAAGA-AAAGCCCATTTATAGTCACCGATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTTACT
13253 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
194 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
13280 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 984, Mismatches: 203, Indels: 110
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
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338 5 0.01
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340 198 0.20
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342 179 0.18
343 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
CCTTCGAAAGCCTTATTATTTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT
CTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAACGTGAAGAAAAAGC
CATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCGATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTTACTTT
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTATAAAACAG
ATTATAATTGAATGTTTGCATTGAAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTAACAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCACCCATT
Found at i:12797 original size:510 final size:510
Alignment explanation
Indices: 11871--13279 Score: 1125
Period size: 510 Copynumber: 2.8 Consensus size: 510
11861 CCAAACCTTT
* *
11871 GAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAAGGTTTTATAATCACATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTT
** * *
11936 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCGACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCAAT
66 TACATTTTTGACTAAAACAGATTATAATTGAATGTCGACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCAAT
* ** * * **
12001 TCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAATAGCCTTGTTACTTTCTTTAAA
131 TCATTGGCAAGAAAAG--TATTCATAGTCACCCAAGCCTTCAACAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * *
12066 TAGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAATTAAATTTTTTAATATTTGTGGTTAAAACAGATTA
194 TAGTTTTACAATATCATAATTGAATTTAAATTAAATTTTTTAACATTTGTGGTAAAAACAGATTA
* * * * * *
12131 TAATTGAATGTCTACCATGAGAACTGTGGAGAAAAAGCCATTCCTTGGTAAGAAAAGCCATTTAT
259 TAATTGAATGTCTACCATAAAAACTATGGAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGCCATTTAT
* * * *
12196 AGTCACTCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
324 AGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATT
* * *
12261 TTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAACTAGATTATAATTAGATTTTTGGATTCGGACAT
389 TTAAGTCAAATGTCTGTACATTTTTGGTTAAACTAGATTATAATTAGATTTTTGGATTCGGACAT
12326 GTGAAGAAAAAGCTATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTAATAGCCACCCATACTTCC
454 GTGAAGAAAAAGCTATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTAATAGCCACCCATACTTCC
* *
12383 GAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAAAGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAGGTTG-ATTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAAAGGTTTTATAATCACATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTT
** * * ** * *
12446 TTTTATTTTTTACTAAAACAGATTATGATTGAATGT-TTCTTTAAGAAACATGAAGAGAAAGTC-
65 TTACATTTTTGACTAAAACAGATTATAATTGAATGTCGACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAG-CA
* * *
12509 ATTCATTGGCAAGGAAGACAG-ATTCCTAGTCACCTAAGCCTTCGAACA-TCTTATTACTCACTT
129 ATTCATTGGCAA-GAA-A-AGTATTCATAGTCACCCAAGCCTTC-AACAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * * *
12572 TAAATGGTTTTACGATATCATAATT-AGTTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTAAAAACA
190 TAAATAGTTTTACAATATCATAATTGA-ATTTAAATTAAATTTTTTAACATTTGTGGTAAAAACA
* * * * *
12636 TATTATAATTGAATG-CTTGCCCTAAAAAAC-AT-GAGAAAAAGGCATTTATTAGCAAGAAAAGT
254 GATTATAATTGAATGTC-TACCAT-AAAAACTATGGAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAG-
* *
12698 CCATTTATAGTCACCCATT-TCTTCGAAAGCCTTATTA-TT-CAGTTTCAATAGTTTTATAACCT
316 CCATTTATAGTCACCCATTCT-TTCAAAAGCCTTATTACTTGC--TTTAAATAGTTTTATAACCT
* * ** *
12760 CATAATTGATTTTAAGTCAAAT-TGCTGTACGTTTTTGGTTAAAAC-AAATTGCAATT-GAATGT
378 CATAATTGATTTTAAGTCAAATGT-CTGTACATTTTTGGTT-AAACTAGATTATAATTAG-ATTT
*** * * * * **** * * *
12822 TTACCTT-GGAAAAGATGTAGAAAAAGGC-ATGT-ACTGGTGAGAAAAGTCGATTTATAGTCA-C
440 TTGGATTCGGACATG-TGAAGAAAAA-GCTAT-TCATTAACAAGAAAAGTCTATTAATAGCCACC
12883 C-TA-TTCC
502 CATACTTCC
** * * *
12890 TTGAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT
1 --G-AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA-AGGTTTTATAATCACATAATTAATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * * * * * *
12954 GTCTTGCTTTTTTTTA-TAAAAATATATTATAATTGAATGTCTG-CCTT-TGAAA-ACGTACAAA
62 TTTTTAC-ATTTTTGACT-AAAACAGATTATAATTGAATGTC-GACCTTAAGAAACATGAAGAAA
** ** * ** * * * *
13015 AAAAATATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCTTTATTA-TT
124 AAGCA-ATTCATTGGCAAGAAAAGT--ATTCATAGTCACCCAAGCCTTCAACAGCCTTATTACTC
* * * * ** * * * *
13079 AGTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTCTTTT-ACATTTTTCGTTAA
186 ACTTTAAATAGTTTTACAATATCATAATTGAATTTAAATTAAATT-TTTTAACATTTGTGGTAAA
* ** * * * * * **
13143 AATAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTAGAAAAC-GTGAACAAAAAGCCATTTATTGATAAAG-A
250 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCATA-AAAACTATGGAGAAAAAGCCATTCATT-AGCAAGAA
* ** * * *
13206 AAGCCCATTTATAGTCACCGAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATC
313 AAG-CCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAACC
13271 TCATAATTG
377 TCATAATTG
13280 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 718, Mismatches: 135, Indels: 88
0.76 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
507 4 0.01
508 3 0.00
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511 152 0.21
512 195 0.27
513 11 0.02
514 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (510 bp):
GAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAAGGTTTTATAATCACATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTT
TACATTTTTGACTAAAACAGATTATAATTGAATGTCGACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCAAT
TCATTGGCAAGAAAAGTATTCATAGTCACCCAAGCCTTCAACAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
GTTTTACAATATCATAATTGAATTTAAATTAAATTTTTTAACATTTGTGGTAAAAACAGATTATA
ATTGAATGTCTACCATAAAAACTATGGAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGCCATTTATAG
TCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTT
AAGTCAAATGTCTGTACATTTTTGGTTAAACTAGATTATAATTAGATTTTTGGATTCGGACATGT
GAAGAAAAAGCTATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTAATAGCCACCCATACTTCC
Found at i:22625 original size:114 final size:114
Alignment explanation
Indices: 22416--22650 Score: 267
Period size: 114 Copynumber: 2.1 Consensus size: 114
22406 CAATGATGAG
* *
22416 ATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGCGAATACAAACGTACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAATGGCGAATACAAACGGACTTT
** ** *
22481 TCTTGCCAATGAATGACTTTTTTTTCATGTTTCCCAAGCTGGATGTTCA
66 TCTTGCCAATGAATGACTTTTTAGTCATGTTTCCCAAGCTAAATATTCA
* * * * * * *
22530 ATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-AATGAGTGACTATAAATGGACTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAATG-GCGAATACAAACGGACTT
* * * * *
22594 TTTTTGTCAATGAATGCCTTTTTCAGT-ATGTTTTCCAAGGTAAATATTCA
65 TTCTTGCCAATGAATGACTTTTT-AGTCATGTTTCCCAAGCTAAATATTCA
22644 ATTATAA
1 ATTATAA
22651 TCTGTTTTAA
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 19, Indels: 4
0.81 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
113 3 0.03
114 96 0.96
115 1 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (114 bp):
ATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAATGGCGAATACAAACGGACTTT
TCTTGCCAATGAATGACTTTTTAGTCATGTTTCCCAAGCTAAATATTCA
Found at i:22820 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 22530--24985 Score: 1786
Period size: 171 Copynumber: 14.3 Consensus size: 170
22520 TGGATGTTCA
* * * *
22530 ATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATCGACTTT
* * * *** *
22595 TTTTGTCAATGAATGCCTTTTTCAGTATGTTTTCCAAGGTAAATATTCAATTATAATCTGTTTTA
66 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC-TTATGTTTTTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * *
22660 ACCAAAAATGCAAAAGAATTCAACCTAAAATTAATTATGAG
130 ACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* *
22701 ATTATAAAACCATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATCGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATCGACTTT
** * * * *
22766 TCTCACCAATGCATGCCTTTTTCTATATGTTTTTTGAGGTAAATATTTAATTATAGTCTGTTTTA
66 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT-TATGTTTTTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * *
22831 ACTAAAAATCTAAAATAATT-AGACTTAAAATCAATTATGAG
130 ACAAAAAATGTAAAAAAATTCA-ACCTAAAATCAATTATGAG
* * * ** * * ** * *
22872 GTTACAAAATCATGGAAACTGAGTAATAAGGCTTTCAAACAAATAGGTAACTATAAAT-GAACTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATCG-ACTT
* * * * ** *** * *
22936 TTCTTGCCAATAAATGTCTTTTTTTTCACGTTTCTTTG-GACAGGTATTCAATTATAATATATTT
65 TTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT-ATGTTT-TTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTT
* *
23000 TTACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
128 TAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* ** * ** *
23043 ATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGCGACTACGAATCGGCTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATCGACTTT
* * ** * * * * *
23108 CCCTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCATGATTCTCGGGGTAAACATTCAATTATAATTTGTTTTA
66 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT-ATGTTTTTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
** **
23173 GTAAAAAATG-AAAATAAATTCAACC-AAAATCAATTATCTG
130 ACAAAAAATGTAAAA-AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * ** * * * *
23213 ATTATAAAA-CTTTTAAAGTAACCAATAAGGCTTCCGAA-AATATGGGCTG-CTATTAATAGACT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGA-ATGGG-TGACTATAAATCGACT
* * ** ** ***
23275 TTTCTTGTCAATGAATAG-ATTTTTCTTCACCTG-TACTAAATCCAAACATTCAATTATAATCTG
64 TTTCTTGCCAATGAAT-GCCTTTTTCTT-A--TGTTTTTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTG
* * * *
23338 GTTTAAGAAAAAATGTAAAAAAGTT-AACTTAAAATCAATTATGAG
125 TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
** * * *
23383 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAATGGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATCGACTTT
* * * * ** **
23448 TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGCTTCTTGAAATGGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
66 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT-ATGTTTTTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * *
23513 ATC-AAAGATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAG
130 A-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * ** * * *
23554 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATCGACTTT
* * * * * * * * *
23619 TCTTACCAATAAATGGCATTTTATTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTACAATC-ATTTTA
66 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT-ATGTTTTTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * *
23683 AGCAAAAAAATGTAAAAGAATTCAAGCTAAAATCAATGATGAG
130 A-C-AAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* ** * * *
23726 ATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA-AATATGAGTGAATATAAA-CGTACT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGA-ATGGGTGACTATAAATCG-ACT
* * *** * * * * *
23789 TTTCTTGACAATGAATGACTTTTT-TTATGGTTTTCCAAGGCAGACGTTCAATTAAAATATGTTT
64 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTAT-GTTTTTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * *
23853 TTACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCAAAAATCAATTACGAG
128 TAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
*
23896 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATCGACTTT
* ** * * * * *
23960 TCTTGTCAATGAATGATTTTTTCTTTTTTCTTCACGTTTCCTAAG-ACAGACAATCAATTATAAT
66 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTATGT-TT----TTT--GAGGTA-A-ACATTCAATTATAAT
* *
24024 CTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
122 CTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * * *
24073 ATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATTAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAAT-GAACTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATCG-ACTT
* * * *
24137 TTCTTACCAATGAATGTCTTTTT-TTATACGTTTTTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
65 TTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTAT--GTTTTTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * *
24201 TAACTAAAAATATAAAAGAATTTAACCTAAAATCAATTATGAG
128 TAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * * * * *
24244 ATTACAAAACCATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTTTAAATTGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATCGACTTT
**** * ** * * * *
24309 TCTCATTAATGCATGCCTTTTTCTATACATTTTCTAAGGTAAACATTTAATT-TCAATCTATTTT
66 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT-TATGTTTTTTGAGGTAAACATTCAATTAT-AATCTGTTTT
* * *
24373 AACAAAAAATGTAAAACAACTT-GACTTAAAATCAATTATGA-
129 AACAAAAAATGTAAAA-AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * * * ** *
24414 AGCTATAAAACTATTGAAACTGAGTAATAAGGCTTTCGAACAAATGGGTGACTATAAATGGACTT
1 A-TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATCGACTT
* * *
24479 TTCTTAG-CAATGAATACCTTTTTCTCCACGTTTCTTTTGCAGG----CATTCAATTATAATCTG
65 TTCTT-GCCAATGAATGCCTTTTTCT-TATG-TT-TTTTG-AGGTAAACATTCAATTATAATCTG
* * * *
24539 TTTTTATAAAAAATG-AAAAACAACTCAACTTAAAATCAATTATGAG
125 TTTTAACAAAAAATGTAAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * * * *
24585 A-TAGTAAAATCACTGAAAGTGACTAATAAGGCCGTT-GAAAG-CTTGG-AAC-ATGAGGAATC-
1 ATTA-TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-CTTTCGAAGGAATGGGTGACTAT-A--AATCG
* * ** * * * *
24644 AGCTTTCCTTCCCAATGAATTACTTTTT-TTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTAAATTATAATCT
61 A-CTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT-ATGTTTTTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCT
* ** * * *
24708 ATTTTAGTAAAAACT-AAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGTG
124 GTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* ** * * * * * *
24754 ATTATAAAACCTTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATGAGTGGCTATTAATAGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATCGACTTT
* * ** * *** * * * *
24819 TCTTGTCAATGAATAG-CTTTTCCTTCACATGTCCCGA-ATCCAAATATTCAATCATAATCTGGT
66 TCTTGCCAATGAAT-GCCTTTTTCTT-ATGTTTTTTGAGGT--AAACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * *
24882 TTAGCCAAAAATATAAAAACAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAG
127 TTAACAAAAAATGT-AAAA-AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
** * ** *
24928 ATTATAAAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTTTAAAGAATGGGTGACTATAAAT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
24986 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1822, Mismatches: 377, Indels: 169
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 3 0.00
167 5 0.00
168 9 0.00
169 198 0.11
170 356 0.20
171 895 0.49
172 125 0.07
173 10 0.01
174 80 0.04
175 1 0.00
176 2 0.00
177 89 0.05
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179 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATCGACTTT
TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTATGTTTTTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
Found at i:23503 original size:511 final size:507
Alignment explanation
Indices: 22530--24986 Score: 2085
Period size: 511 Copynumber: 4.8 Consensus size: 507
22520 TGGATGTTCA
* * ** *
22530 ATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT-GGACTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATCGG-CTT
** ** ** * * *
22594 TTTTTGTCAATGAATGCCTTTTTCAGT-ATGTTT-TCCAAGGTAAATATTCAATTATAATCTGTT
65 TCCTTACCAATGAATGGATTTTT--TTCATGTTTCT-CGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTT
*** * * * **
22657 TTAACCAAAAATGCAAAAGAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTT
127 TTAGTAAAAAAT--AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCA
* * * * * *** * *
22722 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGGTGACTATAAATCGACTTTTCTCACCAATGCATGCCTTT
190 AGTAATAAGGCTTTCGAA-AATATGAGTG-CTATTAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATG-ATTT
* * ** *** * * * * * *
22786 TTC-TATATGTTTTTTGAGGTAAATATTTAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAA-TAA
252 TTCTTACATG-TTCTAAATCCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAAA
* * * ** * *
22849 TTAGACTTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAATCATGGAAA-CTGAGTAATAAGGCTTTCAAACA
316 TTA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCGAACG
* * * * * *
22913 AATAGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATAAATGTCTTTTTTTTCACGTTTCTTTGGACA
379 AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTT-GAAA
* * *
22978 GGTATTCAATTATAATATATTTTTACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
443 GGCATTCAATTATAATCTGTTTTTACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * **
23043 ATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGCGACTACGAATCGGCTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATCGGCTTT
* * * * *
23108 CCCTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCATGATTCTCGGGGTAAACATTCAATTATAATTTGTTTTA
66 CCTTACCAATGAATGGATTTTT-TTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
** * **
23173 GTAAAAAATGAAAATAAATTCAACC-AAAATCAATTATCTGATTATAAAA-CTTTTAAAGTAACC
130 GTAAAAAAT-AAAA-AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCAAGT
* *
23236 AATAAGGCTTCCGAAAATATGGGCTGCTATTAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATAGATTTTTCT
193 AATAAGGCTTTCGAAAATATGAG-TGCTATTAATAGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GATTTTTCT
* * * * *
23301 TCACCTGTACTAAATCCAAACATTCAATTATAATCTGGTTTAAGAAAAAATGTAAAA-AAGTTAA
256 T-ACATGTTCTAAATCCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAAATTAA
* * *
23365 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
320 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGAATGGG
* * *
23430 TGACTGTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGCTTC-TTGAAATGGACAT
385 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTTGAAA-GG-CAT
* * * * * *
23494 TCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAGATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAG
448 TCAATTATAATCTGTTTTTACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * * *
23554 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATCGGCTTT
* * * * *
23619 TCTTACCAATAAATGGCATTTTATTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTACAATCAT-TTTA
66 CCTTACCAATGAATGG-ATTTTTTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATC-TGTTTT
* * * *
23683 AGCAAAAAAATGTAAAAGAATTCAAGCTAAAATCAATGATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCA
129 AG-TAAAAAA--TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGCA
* *
23747 AGTAATAAGGCTTTCGAAAATATGAGTG-AATATAA-ACGTACTTTTCTTGACAATGAATGACTT
190 AGTAATAAGGCTTTCGAAAATATGAGTGCTAT-TAATA-G-ACTTTTCTTGTCAATGAATGA-TT
* * ** * * * * * *
23810 TTT-TT--ATGGTTTTCCAAGGCAGACGTTCAATTAAAATATGTTTTTACCAAAAATGTAAAA-A
251 TTTCTTACAT-GTTCT-AAATCCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACA
** * * *
23871 AATTCAACCAAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTCGAAG
314 AATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAC
* *
23935 GAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGATTTTTTCTTTTTTCTTCACGTTTC
378 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG------TC-TTTTTCTTCACGTTT-
** * * * *
24000 CTAAGACAGACAATCAATTATAATCT-TTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATC
435 CTTTGAAAGGCATTCAATTATAATCTGTTTTT-ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATC
24064 AATTATGAG
499 AATTATGAG
* * * ** * *
24073 ATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATTAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAAT-GAACTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATCG-GCTT
* ** * ** *
24137 TTCTTACCAATGAATGTCTTTTTTT-ATACGTTTTTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
65 TCCTTACCAATGAATGGATTTTTTTCAT--GTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * * **
24201 TAACTAAAAATATAAAAGAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTTA
128 T-AGTAAAAA-ATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCAA
* * * ** * * *
24266 GTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGAGTGACT-TTAAATTGACTTTTCTCATTAATGCATGCCTTT
191 GTAATAAGGCTTTCGAA-AATATGAGTG-CTATT-AATAGACTTTTCTTGTCAATGAATG-ATTT
* * * *
24329 TTCTATACATTTTCTAAGGT--AAACATTTAATT-TCAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAACA
252 TTCT-TACATGTTCTAA-ATCCAAACATTCAATTAT-AATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACA
* * * * *
24391 ACTTGACTTAAAATCAATTATGA-AGCTATAAAACTATTGAAA-CTGAGTAATAAGGCTTTCGAA
314 AATTAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCGAA
* ** *
24454 CAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAG-CAATGAATACCTTTTTCTCCACGTTTCTTTTG
377 CGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTC-TTTG
* ** * *
24518 -CAGGCATTCAATTATAATCTGTTTTTATAAAAAATG-AAAAACAACTCAACTTAAAATCAATTA
440 AAAGGCATTCAATTATAATCTGTTTTTACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTA
24581 TGAG
504 TGAG
* * * * * * * *
24585 A-TAGTAAAATCACTGAAAGTGACTAATAAGGCCGTT-GAAAGCTT-GG-AAC-ATGAGGAATCA
1 ATTA-TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-CTTTCGAAGGCTTGGGTGACTAT-A--AATCG
* * * * *
24645 GCTTTCCTTCCCAATGAAT-TACTTTTTTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTAAATTATAATCTA
61 GCTTTCCTTACCAATGAATGGA-TTTTTTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTG
* *
24709 TTTTAGTAAAAACTAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGTGATTATAAAACCTTTTAAAGC
125 TTTTAGTAAAAAAT-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGC
* *
24774 AAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATGAGTGGCTATTAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTT
189 AAGTAATAAGGCTTTCGAAAATATGAGT-GCTATTAATAGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GATTT
* * ** * * * * * *
24839 TCCTTCACATGTCCCGAATCCAAATATTCAATCATAATCTGGTTTAGCCAAAAATATAAAAACAA
252 TTCTT-ACATGTTCTAAATCCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAACAA
* * * ** *
24904 ATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTTTAAAG
315 ATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACG
24969 AATGGGTGACTATAAATG
379 AATGGGTGACTATAAATG
24987 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1560, Mismatches: 300, Indels: 168
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
509 8 0.01
510 118 0.08
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521 7 0.00
522 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (507 bp):
ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATCGGCTTT
CCTTACCAATGAATGGATTTTTTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAG
TAAAAAATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCAAGTAAT
AAGGCTTTCGAAAATATGAGTGCTATTAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGATTTTTCTTACAT
GTTCTAAATCCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAAATTAACTTAAA
ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGAATGGGTGACTA
TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTTGAAAGGCATTCAATTAT
AATCTGTTTTTACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
Found at i:35331 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 34734--35612 Score: 603
Period size: 171 Copynumber: 5.1 Consensus size: 168
34724 NNNNNNNNNN
* * *
34734 TTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTGAACTCTTTTACAG-
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACAGT
* * * * * ** * ** *
34797 TTTTAGTTGAAAAAGATTACAATTGCATGTCTATCTTAGGAAATGTTAAGTAAATG-CAATTCAT
65 TTTTA-TT-AAAAAGATTATAATTGAATGTCTGTCTCAAGAAACATGAAAAAAAAGTC-ATTCAT
* * * *
34861 TGGTATGAAAAGTCTTTTTATAGTCAATCCAAGCCTTTGAAAGCC
127 TGGCA-AAAAAGTCTATTTATAGTC-A-CCAAGCCTTCGAAAGCC
* * ** * *
34906 TTATTATTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTCAAAATTTTTTGCA-TT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTT
** * * *
34970 TCTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTGCCTC-AGAAAACAT-AAAGAAAAA-ACATTCAT
66 T-TTATTAAAA-AGATTATAATTGAATGTCTGTCTCAAG-AAACATGAAA-AAAAAGTCATTCAT
* * ** *
35032 TGGCAAGAATAGT-TCATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCC
127 TGGCAA-AAAAGTCT-ATTTATAGTCAC-CAAGCCTTCGAAAGCC
* * * * * **********
35076 TTACTACTTGCTTTAACTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTNNNNNNNNNN
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTT
* *
35140 TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTCAAGAAACATGAAAAAAAAGTCATTTATTA
66 TTTA-TTAAAA-AGATTATAATTGAATGTCTGTCTCAAGAAACATGAAAAAAAAGTCATTCATTG
*
35205 GCAAAACAAGTCTATTTATAGTCACCAAAGCCTTCAAAAGCC
129 GCAAAA-AAGTCTATTTATAGTCACC-AAGCCTTCGAAAGCC
* *
35247 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAGTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTT
* * ** *** * *
35312 TTTATTAAGAAATATTATAATTCAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAACAAAAA-CCATCCATTG
66 TTTATTAA-AAAGATTATAATTGAATGTCTGTCTCAAGAAACATGAAA-AAAAAGTCATTCATTG
* * * * * * *
35376 GGATGAAAAGTCCATTTACAATCACTTAAGCC-TCTGAAAGCT
129 GCA-AAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CAAGCCTTC-GAAAGCC
** * * * * ** * * *
35418 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTCCACAATCTCTTGATCGATTTTAACCTGAATATTTTTATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTT
* * ** *
35483 TTTGTTAAAATA-ATTTATAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTG
66 TTTATTAAAA-AGA-TTATAATTGAATGTCTGTCTCAAGAAACATGAAAAAAAAGTCATTCATTG
* * * * *
35547 GTAAGGAAAGTTTTTTTATAGTCATCCAAGCCTTTGAAAGCC
129 GCAA-AAAAGTCTATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCGAAAGCC
*
35589 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
35613 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 543, Mismatches: 134, Indels: 61
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 110 0.20
171 327 0.60
172 99 0.18
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTT
TTTATTAAAAAGATTATAATTGAATGTCTGTCTCAAGAAACATGAAAAAAAAGTCATTCATTGGC
AAAAAAGTCTATTTATAGTCACCAAGCCTTCGAAAGCC
Found at i:36161 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 35875--37539 Score: 1124
Period size: 171 Copynumber: 9.9 Consensus size: 169
35865 TCGGAACATG
** * * * ** * * * *
35875 TGAAGAAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTAATAACCACCCATGCTTTTGAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCCTT
* * * * * *
35940 ATTACTTGCTTTAAATGGTTCTATAATCACATAATTAATTTTAGGTTGAATATTTTTACATTTTT
66 ATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTT
*
36005 TACTAAAACAGATTATAATTCAATGTTTACCTCAAGAAACA
130 TA-TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACA
* * * * **
36046 TGAAGAAAAAGCCATTCACTGGCAAGGAAAGCCTATTTCTAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCCTT
* ** *
36111 ATTACTTACTTTAAATTGTTTTACGATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
66 ATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTT
36176 GGTA-AAAACAGA-T-TAA---AATG--------AAGAAACA
130 --TATAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACA
* * * *
36204 TGAAGAAAAAGCCATTCAGTGGCAAAAAAAGTCC-ATTTATACTCACCTATTCCTTC-AAAACCT
1 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCC-
* * *
36267 TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGCATTCTTTTACATTT
64 TTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTT
* * * * **
36332 TTGGT-TGAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAATG
128 TT--TATAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACA
* * * * *
36375 TGAGGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAG-TTCATTTATAGTCA-CTCATTCCTAC-AAGAGC
1 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCT-ATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCGAA-AGC
* *
36437 CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
63 CTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATT
* * * * ** *
36502 TTGGT-TAAAACAAAGTATAATTGAATGTTTGGA-TTCGGGACACA
127 TT-TTATAAAACAGATTATAATTGAATGTTT--ACCTCAAGAAACA
* * * * * ** * * * * *
36546 AGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTAATAACCACCAATGCTTTTGAAAGACTT
1 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCCTT
* * * * *
36611 ATTACATACTTTAAATAGTTTTATAATCACATATTTAATTTT-AGATTAAATTTTTTTACATTTT
66 ATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAA-TTTTTTACATTTT
* * * *
36675 TTACTTAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCTTTAAGAAACA
129 TTA-TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACA
* * * * * * **
36717 TAAAAAAAAAAGTCATTCATTGGCAAGGAAAGCCGATTTTTAGTCACCTAAACCTTCGAAAGCCT
1 T-GAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCCT
*
36782 TATTACTTACTTTAAAT-GATTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAATTTTT-CAGT
65 TATTACTTACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT--TTTTTACA-T
* * * *
36845 TTTGGTA-AAAACAGGTTATAATTGAATGCTTGCCTCAAGAAACA
126 TTT-TTATAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACA
* ** * * **
36889 TGAAGGAAAAGGAATTCATTGGCAAAAAAAG-TTCATTTATAGTCACCTATTTGTTCGAAAGCCT
1 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCT-ATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCCT
* * * ** *
36953 TATTACTCACTTTCAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTGTTTTATATTTT
65 TATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTT
* *
37018 TGGT-TAAAACAGATTCA-AATTGAATGTTTGCCT-AGGGAAACA
129 T--TATAAAACAGATT-ATAATTGAATGTTTACCTCA-AGAAACA
* * * * * * *
37060 TAAAGAAAAAGGCATTCAATAGCAAGAAAAGTCC-GTTTATAG-CAACCCATTTCTTCGAAAGCC
1 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTC-ACCTATTCCTTCGAAAGCC
* * * * * * * *
37123 TTCTTACTCACTTTTAATGGTATTCTAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTTACA-TT
64 TTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTT
* * * *
37187 TTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTCACTTCTAGAAACA
128 TTTA--TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACA
* * * * * *
37231 TGAAGAAAAAGTCTTTTATTGGCAAGAAAAG------T-GAGTCACCCATTCCTTC-ATAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCCTT
*** * *
37288 ATTACTCGTTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTG-TTTTAGGTTGGATTTTTTTACATTTT
66 ATTACTTACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTACATTTT
** * **
37351 TGGT-TAAAACATTTTATAATTGAATGTTTGCCT-TGGAAAACA
129 T--TATAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAG-AAACA
* ** * * * * * *
37393 T-AAGAAAAAGGCATTCATTGAAAAGAAATGTGC-ATTTACAGTCA-CTCATTCCATCAAAACCC
1 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCGAAAGCC
* * ** * * * * * *
37455 TCACTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTAATTTTAACTCT-AATTTTCTTATATT
64 TTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTT-TTACATT
* *
37519 TTTTATTAAAATAAATTATAA
127 TTTTA-TAAAACAGATTATAA
37540 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1184, Mismatches: 228, Indels: 165
0.75 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
157 7 0.01
158 120 0.10
159 3 0.00
160 3 0.00
161 25 0.02
162 47 0.04
163 44 0.04
164 13 0.01
165 3 0.00
166 4 0.00
167 2 0.00
168 14 0.01
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170 71 0.06
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172 157 0.13
173 13 0.01
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCCTT
ATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTT
ATAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACA
Found at i:36959 original size:514 final size:501
Alignment explanation
Indices: 35931--37500 Score: 1405
Period size: 514 Copynumber: 3.1 Consensus size: 501
35921 CCATGCTTTT
* * * * *
35931 GAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTCTATAATCACATAATTAATTTTAGGTTGAATATTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * ** *
35996 TACATTTT-TTACTAAAACAGATTATAATTCAATGTTT-ACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
66 TACATTTTGGT--TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGA-CTCGGGAAACAAGAAGAAAAAG-C
* * * * * * * * *
36059 ATTCACTGGCAAGGAAAGCCTATTTCTAGTCACTTAA-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTT
127 ATTCAATGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCAC-CAATGCTTTTGAAAGCCTTATTAC-TACTTT
* ** * *
36123 AAATTGTTTTACGATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTA-AAAACAG
190 AAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT--TATTAAACAG
* * *
36187 A-T-TAA--AA----TG----AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAGTGGCAAAAAAAGTCCAT
253 ATTATAATTAATGTTTGCTTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGC-AAGAAAG-CCAT
* * *
36240 TTATACTCACCTATTCCTTCAAAACCTTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAAT
316 TTTTAGTCACCTATTCCTTCAAAGCC-TTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAAT
* * *
36304 TGATTTTAGGTTGCAT-TCTTTTACATTTTTGGTTGAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA
379 TGATTTTAGGTTGAATAT-TTTT-CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TGCC-TA
** ** * *
36368 GGAAATGTG-AGGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTAC
440 GGAAACATGAAGG-AAAAGGAATTCATTGG-AAAAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTC
* *
36431 -AAGAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
1 GAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * *
36495 TTACATTTTGGTTAAAACAAAGTATAATTGAATGTTTGGATTCGGGACACAAGAAGAAAAAGCTA
65 TTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-GACTCGGGAAACAAGAAGAAAAAGC-A
* * * *
36560 TTCATTGACAAGAAAAGTCTATTAATAACCACCAATGCTTTTGAAAGACTTATTACATACTTTAA
128 TTCAATGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCAATGCTTTTGAAAGCCTTATTAC-TACTTTAA
* *
36625 ATAGTTTTATAATCACATATTTAATTTT-AGATTAAATTTTTTTACATTTTTTACTTAAACAGAT
192 ATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAACAGAT
* *
36689 TATAATTGAATGTTTGCTTTAAGAAACATAAAAAAAAAAGTCATTCATTGGCAAGGAAAGCCGAT
255 TATAATT-AATGTTTGCTTTAAGAAACAT-GAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAA-GAAAGCC-AT
** * *
36754 TTTTAGTCACCTAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGATTTTACAATCTCATAATT
316 TTTTAGTCACCTATTCCTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
36819 GATTTTAAGTTGAATAATTTTTCAGTTTTGGTAAAAACAGGTTATAATTGAATGCTTGCCTCAAG
380 GATTTTAGGTTGAAT-ATTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TTGCCT-AGG
**
36884 AAACATGAAGGAAAAGGAATTCATTGGCAAAAAAAGTTCATTTATAGTCAC-CTATTTGTTC
442 AAACATGAAGGAAAAGGAATTCATTGG-AAAAAAAGTTCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTC
* * * * * ** *
36945 GAAAGCCTTATTACTCACTTTCAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTGTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * *
37010 TATATTTTTGGTTAAAACAGATTCA-AATTGAATGTTTGCCTAGGGAAACATA-AAGAAAAAGGC
66 TACA-TTTTGGTTAAAACAGATT-ATAATTGAATGTTTGACTCGGGAAACA-AGAAGAAAAA-GC
** * * *
37073 ATTCAAT-AGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGCAACCCAT--TTCTTCGAAAGCCTTCTTACTCACT
127 ATTCAATGA-CAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCAATGCTT-TT-GAAAGCCTTATTACT-ACT
* * * * * * *
37135 TTTAATGGTATTCTAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAAC
188 TTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTA-TT-AAAC
** * *
37199 AGATTATAATTAAATGTTCACTTCT-AGAAACATGAAGAAAAAGTCTTTTATTGGCAAGAAA---
251 AGATTATAATT-AATGTTTGCTT-TAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAGCC
* * * * **
37260 A--GTGAGTCACCCATTCCTTCATAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAT
314 ATTTTTAGTCACCTATTCCTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAT
* * ** *
37323 TG-TTTTAGGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATTTTATAATTGAATGTTTGCCTTGG
379 TGATTTTAGGTTGAATATTTTT-CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TTGCCTAGG
* * * * *
37387 AAAACAT-AAGAAAAAGGCATTCATT-GAAAAGAAATGTGCATTTACAGTCACTCATTCCATC
442 -AAACATGAAGGAAAAGGAATTCATTGGAAAA-AAA-GTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTC
* * * * * *
37448 AAAACCCTCACTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTAATTTTAA
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAA
37501 CTCTAATTTT
Statistics
Matches: 878, Mismatches: 142, Indels: 97
0.79 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
498 2 0.00
499 29 0.03
500 181 0.21
501 7 0.01
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516 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (501 bp):
GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTT
TACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGACTCGGGAAACAAGAAGAAAAAGCATTC
AATGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCAATGCTTTTGAAAGCCTTATTACTACTTTAAATAG
TTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAACAGATTATAAT
TAATGTTTGCTTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAGCCATTTTTAGTCAC
CTATTCCTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT
GAATATTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTGCCTAGGAAACATGAAGGAAA
AGGAATTCATTGGAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTC
Found at i:37399 original size:685 final size:667
Alignment explanation
Indices: 35876--37384 Score: 1622
Period size: 685 Copynumber: 2.2 Consensus size: 667
35866 CGGAACATGT
* * * * *
35876 GAAGAAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTAATAACCACCCATGCTTTTGAAAGCCTTA
1 GAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAG--T-TGAAT-A-CACCAATGCTCTTCAAAGCCTTA
* * * * *
35941 TTACTTGCTTTAAATGGTTCTATAATCACATAATTAATTTTAGGTTGAATATTTTTACATTTTTT
61 TTACTCG-TTTAAATGATTTTATAATCACATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
* * * * *
36006 ACTAAAACAGATTATAATTCAATGTTTACC-TC-AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCACTGGC
125 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTCTAAGAAACATAAAAAAAAAGCCATTCACTGGC
* * *
36069 AAGGAAAGCCTATTTCTAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATTGTTTTA
190 AAGGAAAGCCGATTTCTAGTCACCTAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATTGTTTTA
* * *
36134 CGATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTAAAAACAGATTAAAATGAAG
255 CAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACAGTTTTGGTAAAAACAGATTAAAATGAAG
*
36199 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCAGTGGCAAAAAAAGTCCATTTATACTCACCTATTCCTTCAAAA
320 AAACATGAAGAAAAAGCAATTCAGTGGCAAAAAAAGTCCATTTATACTCACCTATTCCTTCAAAA
* * ***
36264 CCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGCATTCTTTTACA
385 CCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTCTTTTACA
* ** * * *
36329 TTTTTGGTTGAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAATGTGAGGAAAAAGCTATTCAT
450 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGCTATTCAA
* * * * **
36394 TGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTACAAGAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGT
515 TAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTACAAGAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * * *
36459 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAAAGTATAATT
580 ATTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTTACATTTTAGTTAAAACAAAGTATAATT
* * * *
36524 GAATGTTTGGATTCGGGACACAA
645 AAATGTTTGCATTCGAGAAACAA
* * * *
36547 GAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTAATAACCACCAATGCTTTTGAAAGACTTA
1 GAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAG--T-TGAAT-A-CACCAATGCTCTTCAAAGCCTTA
* * *
36612 TTACATAC-TTTAAAT-AGTTTTATAATCACATATTTAATTTTAGATTAAATTTTTTTACATTTT
61 TTAC-T-CGTTTAAATGA-TTTTATAATCACATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTACA-TTT
* * *
36675 TTACTT-AAACAGATTATAATTGAATGTTTG-CTT-TAAGAAACATAAAAAAAAAAGTCATTCAT
122 TTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTCTAAGAAACAT-AAAAAAAAAGCCATTCAC
*
36737 TGGCAAGGAAAGCCGATTTTTAGTCACCTAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAA-TGA
186 TGGCAAGGAAAGCCGATTTCTAGTCACCTAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATTG-
* *
36801 TTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAATTTTT-CAGTTTTGGTAAAAACAGGTTATA
250 TTTTACAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAAT-ATTTTTACAGTTTTGGTAAAAACA-GAT-TA
* * * *
36865 ATTGAATGCTTGCCTCAAGAAACATGAAGGAAAAGGAATTCATTGGCAAAAAAAGTTCATTTATA
312 A---AA----TG----AAGAAACATGAAGAAAAAGCAATTCAGTGGCAAAAAAAGTCCATTTATA
* ** * *
36930 GTCACCTATTTGTTCGAAAGCC-TTATTACTCACTTTCAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATT
366 CTCACCTATTCCTTC-AAAACCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATT
* * * *
36994 TTAAGTCAAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTCA-AATTGAATGTTTGCC-TAGGGAA
430 TTAAGTCAAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT-ATAATTGAATGTCTACCTTA-GGAA
* * *
37057 ACATAAAGAAAAAGGC-ATTCAATAGCAAGAAAAGTCCGTTTATAG-CAACCCATTTCTTCGAA-
493 ACATAAAGAAAAA-GCTATTCAATAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATTCCTAC-AAG
* * *
37119 AGCCTTCTTACTCACTTTTAATGGTATTCTAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTTAC
555 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTATTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTTAC
* * * *
37184 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATG-TT-CACTTCTAGAAACAT
620 A-TTTTAGTTAAAACAAAGTATAATTAAATGTTTGCA-TTCGAGAAACAA
* * * * * *
37232 GAAGAAAAAGTCT-TTTATTGGCAAGAAAAG-TGAGT-CACCCATTC-CTTCATAGCCTTATTAC
1 GAAGAAAAAG-CTATTCATTGACAAGAAAAGTTGAATACACCAATGCTCTTCAAAGCCTTATTAC
* * * **
37293 TCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT-GTTTTAGGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTA
65 TCG-TTTAAATGATTTTATAATCACATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTA
**
37357 AAACATTTTATAATTGAATGTTTGCCTT
129 AAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
37385 GGAAAACATA
Statistics
Matches: 704, Mismatches: 98, Indels: 66
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
670 1 0.00
671 144 0.20
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673 7 0.01
674 3 0.00
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686 37 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (667 bp):
GAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTTGAATACACCAATGCTCTTCAAAGCCTTATTACT
CGTTTAAATGATTTTATAATCACATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAA
ACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTCTAAGAAACATAAAAAAAAAGCCATTCACTGGCAAGGAA
AGCCGATTTCTAGTCACCTAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATTGTTTTACAATCA
CATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACAGTTTTGGTAAAAACAGATTAAAATGAAGAAACAT
GAAGAAAAAGCAATTCAGTGGCAAAAAAAGTCCATTTATACTCACCTATTCCTTCAAAACCTTTA
TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTCTTTTACATTTTTG
GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGCTATTCAATAGCAA
GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTACAAGAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTATTATA
ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTTACATTTTAGTTAAAACAAAGTATAATTAAATGT
TTGCATTCGAGAAACAA
Found at i:38283 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 37640--38526 Score: 769
Period size: 169 Copynumber: 5.2 Consensus size: 168
37630 NNNNNNNNNN
* * * *
37640 TTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTAAATGT-TCACCTCGAGA
1 TTTTAAGTCAAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGA
* * * ** * *
37704 AACATGAAGAAAAAGTCTTTTATTGGAAAGAAAAGTGTATTTATAGTCACCCATTCCTTC-ATAG
64 AACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCA-CTATTCCTTCAAAAG
** *
37768 CCTTATTACTCTTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-C
127 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
** * * * **
37809 TTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATTTTATAATTGAATGT-TTGCTTG-GAA
1 TTTTAAG-TCAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA
* ** * * * * *
37872 A-ATGGAAGAAAAAGGCATTCATTGAAAAGAAATGTACATTTACAGTTATTCATTCCATCAAAAG
65 ACAT-GAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAA-GTCCATTTATAGTCACT-ATTCCTTCAAAAG
* *
37936 CCTTACTACTCG-TTGTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGA
127 CCTTATTACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * ** *
37978 TTTTAACTCTAATTTTCTTATATTTTTTTA-TTAAAACATATTAGAATGGAATGTCTGTCTCGAG
1 TTTTAAGTCAAATTTT-TTACA--TTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * * * * * * *
38042 AAATAT-AACAAAATGTCATTCATTGACAAAAAAAGCCCATTTATAGTCACATGTTCTTTCAAAA
63 AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGC-AAGAAAGTCCATTTATAGTCAC-TATTCCTTCAAAA
38106 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TGA
126 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
*
38148 TTTTAAGTCAAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA
1 TTTTAAGTCAAATTTT-TTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA
* * * *
38213 ACATGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAGTTCATTTGTAGTCATCTATTCCTTCAAAAGTC
65 ACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAGTCCATTTATAGTCA-CTATTCCTTCAAAAGCC
* * ** *
38278 TTATTATTTGCTTTAAATGGGCTTATAAACTCATAATTGA
129 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* **
38318 TTTTAAG-CTGAATGTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAT-TTATAATTGAATGTCTGTCTTG-G
1 TTTTAAGTC-AAAT-TTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * * * * ** *
38379 AAAACATAAAGAAAAA-ACTATACATTGGCAATAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTTGTTCGA
63 -AAACATGAAGAAAAAGTC-ATTCATTGGCAA-GAAAGTCCATTTATAGTCAC-TATTCCTTCAA
* * * * *
38443 AAGCCTTATTTCTCACTTTCAATGCTTTTGTAATCTCATAATTGA
124 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * *
38488 TTTTAAGCCAAGTTTTTTCATATTTTTAGTTAAAACATA
1 TTTTAAGTCAAATTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACATA
38527 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 580, Mismatches: 107, Indels: 60
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 5 0.01
167 45 0.08
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169 206 0.36
170 166 0.29
171 90 0.16
172 12 0.02
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (168 bp):
TTTTAAGTCAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA
CATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAGTCCATTTATAGTCACTATTCCTTCAAAAGCCTT
ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
Found at i:38346 original size:339 final size:338
Alignment explanation
Indices: 37742--38526 Score: 838
Period size: 339 Copynumber: 2.3 Consensus size: 338
37732 AGAAAAGTGT
* ** * **
37742 ATTTATAGTCACCCATTCCTTC-ATAGCCTTATTACTCTTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACACATTTGTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
** ** * * * **
37806 TTCTTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATTTTATAATTGAATGTTTGCTTGGA
66 TGATTTTAAG-TCAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTACCTTGGA
* *
37871 AAATGGAAGAAAAAGGCATTCATTGAAAAGAAATGTACATTTACAGTTATTCATTCCATCAAAAG
130 AAATGGAAGAAAAAGGCATCCATTGAAAAGAAATGTACATTTACAGTCATTCATTCCATCAAAAG
** ** * *
37936 CCTTACTACTCGTTGTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAACTCTAATTTTCTTATAT
195 CCTTACTACTCGTTGTAAATGGGCTTATAAACTCATAATTGATTTTAACTCGAATTTTCTTACAT
* * ** *
38001 TTTTTTATTAAAACATATTAGAATGGAATGTCTGTCTC-GAGAA-ATATAA-CAAAATGTCATTC
260 TTTTTTATTAAAACAT-TTAGAATGGAATGTCTGTCTCGGAAAACATA-AAGAAAAAACT-ATAC
38063 ATTGACAAAAAAAGCCC
322 ATTGACAAAAAAAGCCC
** *
38080 ATTTATAGTCACATGTTCT-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
1 ATTTATAGTCACACATT-TGTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
*
38144 ATGATTTTAAGTCAAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTG
65 ATGATTTTAAGTCAAATTTT-TTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGT-TACCTTG
* ** * ** *
38209 AGAAACAT-GAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAA-GTTCATTTGTAGTCA-TCTATTCCTTC
128 -GAAA-ATGGAAGAAAAAGGCATCCATTGAAAAGAAATGTACATTTACAGTCATTC-ATTCCATC
* * * *
38271 AAAAGTCTTATTATTTGCTT-TAAATGGGCTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGCT-GAATGTT
190 AAAAGCCTTACTACTCG-TTGTAAATGGGCTTATAAACTCATAATTGATTTTAA-CTCGAAT-TT
* * *
38334 T-TTACA-TTTTTTATTAAAACATTTATAATTGAATGTCTGTCTTGGAAAACATAAAGAAAAAAC
252 TCTTACATTTTTTTATTAAAACATTTAGAATGGAATGTCTGTCTCGGAAAACATAAAGAAAAAAC
* * *
38397 TATACATTGGCAATAAAAGTCC
317 TATACATTGACAAAAAAAGCCC
* * * * *
38419 ATTTATAGTCACACATTTGTTCGAAAGCCTTATTTCTCACTTTCAATGCTTTTGTAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACACATTTGTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * *
38484 TTGATTTTAAGCCAAGTTTTTTCATATTTTTAGTTAAAACATA
66 -TGATTTTAAGTCAAATTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACATA
38527 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 372, Mismatches: 59, Indels: 30
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 42 0.11
339 178 0.48
340 115 0.31
341 35 0.09
342 2 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (338 bp):
ATTTATAGTCACACATTTGTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
TGATTTTAAGTCAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTACCTTGGAA
AATGGAAGAAAAAGGCATCCATTGAAAAGAAATGTACATTTACAGTCATTCATTCCATCAAAAGC
CTTACTACTCGTTGTAAATGGGCTTATAAACTCATAATTGATTTTAACTCGAATTTTCTTACATT
TTTTTATTAAAACATTTAGAATGGAATGTCTGTCTCGGAAAACATAAAGAAAAAACTATACATTG
ACAAAAAAAGCCC
Found at i:38489 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 37742--38526 Score: 663
Period size: 170 Copynumber: 4.6 Consensus size: 169
37732 AGAAAAGTGT
* * **
37742 ATTTATAGTCACCCATTCCTTC-ATAGCCTTATTACTCTTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * ** * *
37806 TT-CTTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATTTTATAATTGAATGTTTG-CTTG
66 TTGATTTTAAGCT-GAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTCTTG
* ** *
37869 G-AAAATGGAAG-AAAAAGGCATTCATTGA-AAAGAAATGTAC
130 GAAAAAT-AAAGAAAAAACTCATTCATTGACAAA-AAA-GTCC
* * ** * * *
37909 ATTTACAGTTATTCATTCCATCAAAAGCCTTACTACTCG-TTGTAAATGGTTTTATAGTCTCATA
1 ATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
37973 ATTGATTTTAA-CTCTAATTTTCTTATATTTTTTTATTAAAACATATTAGAATGGAATGTCTGTC
65 ATTGATTTTAAGCT-GAATTTT-TTACA-TTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTC
* * * ** *
38037 -TCGAGAAATATAA-CAAAATGTCATTCATTGACAAAAAAAGCCC
127 TTGGAAAAATA-AAGAAAAAACTCATTCATTGAC-AAAAAAGTCC
** *
38080 ATTTATAGTCACATGTTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * **
38145 -TGATTTTAAG-TCAAATTTTCTTACA-TTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCT
66 TTGATTTTAAGCT-GAATTTT-TTACATTTTTTA-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTCT
* * * * * * *
38207 TGAGAAACATGAAG-AAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAGTTC
128 TG-GAAAAATAAAGAAAAAACTCATTCATTGACAAAAAAGTCC
* * * * * ** *
38249 ATTTGTAGTCATC-TATTCCTTCAAAAGTCTTATTATTTGCTTTAAATGGGCTTATAAACTCATA
1 ATTTATAGTCA-CACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
38313 ATTGATTTTAAGCTGAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAACAT-TTATAATTGAATGTCTGTCTT
65 ATTGATTTTAAGCTGAAT-TTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTCTT
* *
38377 GGAAAACATAAAGAAAAAACT-ATACATTGGCAATAAAAGTCC
129 GGAAAA-ATAAAGAAAAAACTCATTCATTGACAA-AAAAGTCC
** * * * * * *
38419 ATTTATAGTCACACATTTGTTCGAAAGCCTTATTTCTCACTTTCAATGCTTTTGTAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
*
38484 TTGATTTTAAGC-CAAGTTTTTT-CATATTTTTAGTTAAAACATA
66 TTGATTTTAAGCTGAA-TTTTTTACAT-TTTTTA-TTAAAACATA
38527 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 497, Mismatches: 91, Indels: 56
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 19 0.04
168 56 0.11
169 145 0.29
170 178 0.36
171 91 0.18
172 5 0.01
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (169 bp):
ATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAAGCTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGG
AAAAATAAAGAAAAAACTCATTCATTGACAAAAAAGTCC
Found at i:40599 original size:169 final size:160
Alignment explanation
Indices: 40401--40839 Score: 327
Period size: 169 Copynumber: 2.6 Consensus size: 160
40391 GTTTTATTGA
* *
40401 CTCATAATTGATTTTAACTCTAATTTTCTTATATGTTTTATTAAAACAGATTAGAATGGAATGTC
1 CTCATAATTGATTTTAACTCAAATTTTCTTACATGTTTTATTAAAACAGATTAGAATGGAATGTC
** * *
40466 TGTCTTGAGAAACAT-AA-AAAAAGTCATTCATTGACAAAAGAAAGCCCATTTATAGTCA-CATG
66 TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGAC--AAGAAAGCCCATTTATAGTCATC-TA
*
40528 TTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGNNNNNNNNNNTTTTATAAT
128 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG----------TTTTATAAT
* * * * * * *
40571 CTCATAA-TGATTTTAAGTCAAATTTTCTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTC
1 CTCATAATTGATTTTAACTCAAATTTTCTTACATGTTTTATTAAAACAGATTAGAATGGAATGTC
* * * *
40635 TACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAGTCCATTTGTAGTCATCTATTC
66 TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGACAAGAAAGCCCATTTATAGTCATCTATTC
* * *
40700 CTTCAAAAGTCTTATTATTCGCTTTAAATGGGCTTATAAA
131 CTTCAAAAGCCTTATTACTCG---T---T----TTATAAT
* * * *
40740 CTCATAATTGATTTTAAGCT-AAATGTTT-TTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATG
1 CTCATAATTGATTTTAA-CTCAAAT-TTTCTTACATGTTTTATTAAAACAGATTAGAATGGAATG
** *
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40840 GNNNNNNNNN
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165 1 0.00
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TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGACAAGAAAGCCCATTTATAGTCATCTATTC
CTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTATAAT
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* ** * * *
40254 TTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACATTTTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAATATAAGAAAA
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** * * * * * *
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** *
40383 TTTAAATGGTTTTATTGACTCATAATTGATTTTAA-CTCTAA
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* * * * *
40424 TTTTCTTATATGTTTTATTAAAACAGATTAGAATGGAATGTCTGTCTTGAGAAACATAA-AAAAA
1 TTTTCTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATAAGAAAAA
* * * * * *
40488 GTCATTCATTGACAAAAGAAAGCCCATTTATAGTCACATGTTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGN
66 ATCATTCATTGAC--AAGAAAGTCCATTTGTAGTCAC-TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
********* *
40553 NNNNNNNNNTTTTATAATCTCATAA-TGATTTTAAG-TCAAA
128 TTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGCTCAAA
* * * * *
40593 TTTTCTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACTTGAAGAAAA
1 TTTTCTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACAT-AAGAAAA
* * *
40658 AATCATTCATTGGCAAGAAAGTCCATTTGTAGTCATCTATTCCTTCAAAAGTCTTATTATTCGCT
65 AATCATTCATTGACAAGAAAGTCCATTTGTAGTCA-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
**
40723 TTAAATGGGCTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGCT-AAA
129 TTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGCTCAAA
* *
40763 TGTTT-TTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTG-GAAAACATAAAGAA
1 T-TTTCTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAG-AAACAT-AAGAA
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63 AAAATC-ATTCATTG
40840 GNNNNNNNNN
Statistics
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AAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGCTCAAA
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*
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*
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AATATTTTTTTATTCTAA
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45352 TTAAAATATT
* *
45362 AATATTTTTTTATTATTAA
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45381 AATATTATTTTATT-CTAA
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*
45399 AATATTCTTTT
1 AATATTATTTT
45410 CGCTCACTAT
Statistics
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AATATTATTTTATTACTAA
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46352 GGTCGTTACA
* * * * ** * * *
46362 TCATTGCCAAGGAAAGCCCATATATAGTCAGCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
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* **
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* * *
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* *
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* * * * *
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* * **
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* * * * *
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*
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* * **
46830 TATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAG-AAAAAGTGAT
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** * * * * *
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* * * *
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* * * * *
46989 ATATTTGAATGTTTGCCTCA-AGAAACATG-AGGAAAAAGCTAT
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* * * * ** * *
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1 TCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAGGCCTTATTACTCGCTTT-A
* * * * * ** *
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63 TATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGAT-AAATTTTTTATA-TTTTTA-GTTAAAACAG
* * ** * *
47158 ATTATAATTGAATGTTTGCCTCA-AAAAATATGCAG-AAAAAGGCAT
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* ** * * ** * *
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1 TCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCGCTTTATA
* * * * * *
47268 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTCTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTGT
65 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATAAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTAT
**
47333 AATTGAATGTCTGTCTCAG-GAAACGTGAAG-AAAAAGCCAT
130 AATTGAATGT-TACCT-AGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCCAT
* * * * * * * ** * *
47373 TCACTGGTAAGGAAAGCCCATGTGTAGTCAGCTAAGCCTTCGAAA-GTCTTATTACTCGCTTTAA
1 TCATTGGCAAGAAAAGTCCAT-TATAGTCACCCATTCCTTC-AAAGGCCTTATTACTCGCTTTAT
* * * * * *
47437 ATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTA
64 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATAAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTA
* * * ***
47502 TAATTGATTGTCTACCTCAG-GAAACTTAAAG-AAAAAGGTGT
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* * * * *
47543 TCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAGGTCTTATTACTCTCGTTT-T
1 TCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCGC-TTTAT
* * * * * *
47607 GTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-CGATAGAATTTTTTTATATTTTTGGTTTAAATAGAC
64 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATA-AA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGAT
* * *
47671 TATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTAAAG-AAAAAGCCAT
127 TATAATTGAATGT-TACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCCAT
* * * * ** * *
47714 TCATTGGCAAGGAAAGCCCATTTAAAGTCACCTA-AGCTTCCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
1 TCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTCCTT-CAAAGGCCTTATTACTCGCTTTAT
* * * *
47778 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT
64 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATAAAT-TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATT
* * *
47843 ATAATTGAATGTCTACCTAG-GAAA-AT-AAGAAGAAAAAGGCTT
128 ATAATTGAATGT-TACCTAGAGAAACGTGAAG-A-AAAAAGCCAT
* * * * ** * * *
47885 TAATTGGCAAAAAAAGTCCATTCATAGTCACTCGTTCCTTCAAAAACTTTATTAGTCGCTTTAAA
1 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATT-ATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCGCTTTATA
* * * * *
47950 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTA
65 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATAAATT-TTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTA
** * *
48015 TAATTGAATGTCTGTCTCAG-GAAACGTAAAG-AAAAAGCTA-
129 TAATTGAATGT-TACCT-AGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCCAT
* * * ** * *
48055 TCATTGGTAA-AGAAAGCCCAATTATAATCACCCAAGCCTTCGAAA-GCCTTGTTACTCTCTTTA
1 TCATTGGCAAGA-AAAGTCC-ATTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAGGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * *
48118 AATAGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTT--TTAAAACAGGTT
63 TATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATAAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATT
* * * * ***
48181 ATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAATGTGAAG-AAAAATTTAT
128 ATAATTGAATG-TTACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCCAT
* * * * *
48223 TCATTGGCAACAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAATGACTCATTACTCGCTTTATA
1 TCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCGCTTTATA
* * * * * *
48288 TGATTTTATAATCCCATAATTGATTTT-AGGTAGAAGTTTTCTAAATTTTTGGTTAAAACAGATT
65 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATA-AA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATT
* * * * * **
48352 CTAATTGAATTTTGACCTTGGGAAACATGAAG-AAAAAGTGAT
128 ATAATTGAATGTT-ACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCCAT
* * * **
48394 TCATTAGCAAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAA-GCCTTAT
1 TCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAGGCCTTAT
48446 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
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174 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.14, T:0.38
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TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCGCTTTATAT
GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATAAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATA
ATTGAATGTTACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCCAT
Found at i:47013 original size:158 final size:157
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Indices: 46581--48080 Score: 487
Period size: 171 Copynumber: 8.9 Consensus size: 157
46571 TTAAAGGCCT
* * * * * * *
46581 TATTACTTGCTTTATATGGTTATATAATCTCATAATTGATTTTAGGCTA-AA-TTTTTTACATTT
1 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGATAGAAGTGTTTTAC-TTT
* * * * * * * *
46644 TTTA-TTAAAACAAATTATAATTGATTGTTTGCCTCAGGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
64 TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTT
* ***
46708 GCAAGAAAAATTCATTTATAGTCACACATTCATTCAAA
129 GTAAGAAAAGCCCATTTATAG--------TCA-TCAAA
* * *
46746 GGCTTTATTACTCGCTTTATATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATAGAAGTGTTTTAC
1 -----TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGATAGAAGTGTTTTAC
* ** *
46811 TTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAG-TGATTC
61 TTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTC
* *
46875 A-TTGATATGGAAAGCCCATTTATAGTCATCAAA
125 ATTTG-TAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCAAA
* * *
46908 TATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATATATCTTCATAATTGACTTTAAGTTA-AA-TTTTTTA-TA
1 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA-ATC-TCATAATTGA-TTTAAGATAGAAGTGTTTTACT-
* * * * *
46970 TTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAGGAAAAAGCTATTCAT
62 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCAT
* *
47035 TTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACGCATTTGTTCGAAA
127 TTGTAAGAAAAGCCCATTTATAG----TCA-----TC-AAA
* * * * * * * *
47076 GCCTTATTTCTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTGTAA-CTCA-AATTTTTTTT
1 ----TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT-TAAGAT-AGAA-GTGTTTT
* ** * * * * * *
47139 AC-ATTGCATGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAAAAATATGCAGAAAAAGGC-A
59 ACTTTTTTA-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-GCTA
* * *
47202 TGCATTGGTGAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAA
122 TTCATTTGTAAGAAAAGCCCATTTATAGT----CA-----TC--AAA
* * * * *
47249 CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-T-TCTTTA-T
1 ---TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGATAGAAGTGT-TTTACT
* * ** * * *
47311 ATTTTTAGTTAAAACAAATTGTAATTGAATGTCTGTCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA
62 -TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCA
* * * *
47376 CTGGTAAGGAAAGCCCATGTGTAGTCAGCTAAGCCTTCGAAA
126 TTTGTAAGAAAAGCCCAT-T-TA-T-AG-T----CATC-AAA
* * *
47418 GTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAG-TTGAA-TTTTTTAC
1 ----TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGATAGAAGTGTTTTAC
* * * * * * * *
47481 ATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGATTGTCTACCTCAGGAAACTTAAAGAAAAAGGTGTTCA
61 TTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCA
* **
47546 TTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAA
126 TTTGTAAGAAAAGCCCATTTATAG----TCA-----TCAAA
* ** * ** * *
47587 GGTCTTATTACTCTCGTTT-TGTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCGATAGAATTTTTTTA
1 -----TATTACTCGC-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGATAGAAGTGTTTTA
* * * * *** * * *
47651 -TATTTTTGGTTTAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATT
60 CT-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATT
* * * *
47715 CATTGGCAAGGAAAGCCCATTTAAAGTCACCTAAGCTTCCAAAA
124 CATTTGTAAGAAAAGCCCATTTATAGT---C--A---T-C-AAA
* *
47759 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AA-TGCTTTTA
1 ----TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGATAGAAGTG-TTTTA
* * *
47822 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AGGAAA-ATAAGAAGAAAAAGGCT-
60 CTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAT--GAAGAAAAA-GCTA
* * * * * *
47884 TTAATTGGCAAAAAAAGTCCATTCATAGTCACTCGTTCCTTCAAAAA
122 TTCATTTGTAAGAAAAGCCCATT--TA-T-A---G-T-CATC--AAA
* * * * * * * *
47931 CTTTATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTCTTTTACAT
1 ---TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGATAGAAGTGTTTTACTT
* ** * * *
47996 TTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGTCTCAGGAAACGTAAAGAAAAAGCTA-TCATT
63 TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATT
* *
48060 GGTAA-AGAAAGCCCAATTATA
128 TGTAAGA-AAAGCCCATTTATA
48081 ATCACCCAAG
Statistics
Matches: 1054, Mismatches: 182, Indels: 192
0.74 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
157 24 0.02
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160 7 0.01
162 7 0.01
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165 1 0.00
166 3 0.00
167 5 0.00
168 7 0.01
169 27 0.03
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175 5 0.00
177 2 0.00
178 1 0.00
179 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (157 bp):
TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGATAGAAGTGTTTTACTTTTT
TAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTTGT
AAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCAAA
Found at i:47767 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 46908--48445 Score: 1232
Period size: 171 Copynumber: 9.0 Consensus size: 169
46898 AGTCATCAAA
* * * * *
46908 TATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATATATCTTCATAATTGACTTTAAGTTA-AATTTTTTATATT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA-ATC-TCATAATTGA-TTTTAGGTAGAATTTTTTACATT
* * * * * * * * * * *
46972 TTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAGGAAAAAGCTATTCATTT
63 TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * * *
47037 GTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACGCATTTG-TTCGAAAGCCT
128 GCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA--AGCTTCAAAAGCCT
* * * * * **
47080 TATTTCTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTGTAACTCA-AATTTTTTTTACA-T
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGT-AGAA--TTTTTTACATT
** * * * * ** ** ** * *
47143 TGCATGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAAAAATATGCAGAAAAAGGCATGCATT
63 TTTA-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATT
** ** *
47208 GGTGAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAACCT
127 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGC-TTCAAAAGCCT
* * * *
47252 TATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTCTTTATATTTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAGAATTTTTTACATTTTT
* * ** * * * *
47317 AGTTAAAACAAATTGTAATTGAATGTCTGTCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCACTGGTA
66 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* * * * * * *
47382 AGGAAAGCCCATGTGTAGTCAGCTAAGCCTTCGAAAGTCT
131 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAG-CTTCAAAAGCCT
* * * *
47422 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAGAATTTTTTACATTTTT
* * * * *** *
47487 AGTTAAAACATATTATAATTGATTGTCTACCTCAGGAAACTTAAAGAAAAAGGTGTTCATTGGTA
66 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
** * ** * *
47552 AGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAGGTCT
131 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA-AGCTTCAAAAGCCT
* ** * * *
47592 TATTACTCTCGTTT-TGTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCGATAGAATTTTTTTATATTT
1 TATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAGAA-TTTTTTACATTT
* * * * *
47656 TTGGTTTAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGG
64 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * *
47721 CAAGGAAAGCCCATTTAAAGTCACCTAAGCTTCCAAAAGCCT
129 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCTT-CAAAAGCCT
* *
47763 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATGCTTTTACATTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGGTAGAAT-TTTTTACATTT
* * * * *
47827 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAGGAAA-ATAAGAAGAAAAAGGCTTTAATT
64 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGT-A-AAGAAAAAGCCATTCATT
* * * **** * *
47890 GGCAAAAAAAGTCCATTCATAGTCACTCGTTCCTTCAAAAACTT
127 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-CCAAGCTTCAAAAGCCT
* *
47934 TATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTCTTTTACATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAGAATT-TTTTACATTTT
* ** * * *
47999 TAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGTCTCAGGAAACGTAAAGAAAAAGCTA-TCATTGGT
65 TAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
* * *
48063 AA-AGAAAGCCCAATTATAATCACCCAAGCCTTCGAAAGCCT
130 AAGA-AAAGCCCATTTATAGTCACCCAAG-CTTCAAAAGCCT
* * * * * *
48104 TGTTACTCTCTTTAAATAGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTATATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGGTAGAATTTTTTACATTTT
* * * * * * ***
48168 T--TTAAAACAGGTTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAATGTGAAGAAAAATTTATTCATTGGC
65 TAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
* * * ** * *
48231 AACAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAATGACT
130 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA-AGCTTCAAAAGCCT
* * * * * *
48272 CATTACTCGCTTTATATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAGGTAGAAGTTTTCTAAATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAGAA-TTTTTTACATTTT
* * * * * * ** *
48337 TGGTTAAAACAGATTCTAATTGAAT-TTTGACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGTGATTCATTAG
65 TAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTAGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* *
48401 CAAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCT
129 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAG-CTTCAAAAGCCT
48443 TAT
1 TAT
48446 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1094, Mismatches: 237, Indels: 71
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 47 0.04
168 73 0.07
169 31 0.03
170 371 0.34
171 403 0.37
172 168 0.15
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAGAATTTTTTACATTTTT
AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCTTCAAAAGCCT
Found at i:47799 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 46908--48445 Score: 1503
Period size: 342 Copynumber: 4.5 Consensus size: 341
46898 AGTCATCAAA
* * * *
46908 TATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATATATCTTCATAATTGACTTTAAGTTA-AA-TTTTTTATAT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA-ATC-TCATAATTGA-TTTTAGGTAGAATTTTTTTATAT
* * * * * * * * * *
46971 TTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAGGAAAAAGCTATTCATT
63 TTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * * * * **** * * * *
47036 TG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACGCATTTGTTCGAAAGCCTTATTTCTCACTTTCAATGGT
128 GGCAAAG-AAAGCCCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* * * * ** *
47100 TTTATAATCTTATAATTGATTGTAACTCAAATTTTTTTTACA-TTGCATGTTAAAACATATTATA
192 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA--TTTTTTACATTTTTA-GTTAAAACAGATTATA
* * * ** * * ** **
47164 ATTGAATGTTTGCCTCA-AAAAATATGCAGAAAAAGGCATGCATTGGTGAGAAAAGCCCATTTAT
254 ATTGAATGTCTACCTCAGGAAAATATAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTAT
*
47228 AGTCACCCATTCTTTCAAAAACCT
319 AGTCACCCATTCCTTCAAAAA-CT
* * *
47252 TATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTCTTTATATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAGAATTTTTTTATATTTT
* ** * * *
47316 TAGTTAAAACAAATTGTAATTGAATGTCTGTCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCACTGGT
66 TAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
* * ** * * *
47381 AAGGAAAGCCCATGTGTAGTCAGCTAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
131 AAAGAAAGCCCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * * *
47446 TAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGATT
196 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * *
47511 GTCTACCTCAGGAAACT-TAAAGAAAAAGGTGTTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACT
261 GTCTACCTCAGGAAAATATAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACC
**
47575 CATTCCTTCAAAGGTCT
326 CATTCCTTCAAA-AACT
* ** * *
47592 TATTACTCTCGTTT-TGTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCGATAGAATTTTTTTATATTT
1 TATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAGAATTTTTTTATATTT
* * * * * **
47656 TTGGTTTAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGG
65 TTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * * *
47721 CAAGGAAAGCCCATTTAAAGTCACCTAAG-CTTCCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
130 CAAAGAAAGCCCATTTAAAGTCACCCAAGCCTT-CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* *
47785 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
194 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
* *
47850 AATGTCTACCT-AGGAAAATA-AGAAGAAAAAGGCT-TTAATTGGCAA-AAAAAGTCCATTCATA
258 AATGTCTACCTCAGGAAAATATA-AAGAAAAAGG-TATTCATTGGCAAGAAAAA-TCCATTTATA
* *
47911 GTCACTCGTTCCTTCAAAAACTT
320 GTCACCCATTCCTTCAAAAAC-T
* * * *
47934 TATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTCTTTTACATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAGAATTTTTTTATATTTT
** * *
47999 TAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGTCTCAGGAAACGTAAAGAAAAAGCTA-TCATTGGT
66 TAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
* * *
48063 AAAGAAAGCCCAATTATAA-TCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCTCTTTAAATAGTTTT
131 AAAGAAAGCCCATTTA-AAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * *
48127 AGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTT--TTAAAACAGGTTATAATTGAA
195 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * * ** * * *
48190 TGTTTGCCT-TGGGAAATGTGAAGAAAAATTTATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTACAGTCAC
260 TGTCTACCTCAGGAAAATATAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCAC
*
48254 CCATTCCTTCAAATGACT
325 CCATTCCTTCAAA-AACT
* * * * * * *
48272 CATTACTCGCTTTATATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAGGTAGAAGTTTTCTAAATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAGAATTTTTTTATATTTT
* * * * ** * * ** *
48337 TGGTTAAAACAGATTCTAATTGAAT-TTTGACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGTGATTCATTAG
66 TAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCT-ACCTCAGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* *
48401 CAAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
130 CAAAGAAAGCCCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
48446 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 995, Mismatches: 175, Indels: 53
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
337 3 0.00
338 173 0.17
339 50 0.05
340 144 0.14
341 262 0.26
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343 6 0.01
344 25 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAGAATTTTTTTATATTTT
TAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
AAAGAAAGCCCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
GTCTACCTCAGGAAAATATAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACC
CATTCCTTCAAAAACT
Done.