Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NW_018398106.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_141.0, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 2623
ACGTcount: A:0.29, C:0.08, G:0.10, T:0.27

Warning! 703 characters in sequence are not A, C, G, or T


Found at i:886 original size:170 final size:167

Alignment explanation


    Indices: 1--1294  Score: 738
    Period size: 170  Copynumber: 7.6  Consensus size: 167

                          *       **         *        *      *    **      *  
          1 TAAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAAGCTTTTGAGGGAATGGGTGAGTATAAATTGA
          1 TAAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACAATAAATAGA

                                      *            *      *       *        * 
         66 CTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTGTTCATGTTTCTTGAGGTAGGCATTCAACTATAATCTGT
         66 CTTTT-TTGCCAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATT-AATTAT-ATCTAT

                        *                *        *     
        131 TTTAA-T-AAAAAATGTAAAAAAATCTC-GCTTAAAATTAATTA
        127 TTTAACTGAAAATAT-T-AAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTA

             *            *                  *                *    *      *  
        172 TTAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGACTGACTATAAA-GGA
          1 TAAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACAATAAATAGA

                 *  *     *                **  *  *          *             * 
        236 CTTCTCTTACCAATCAATGCATTTTTCTTCACATTGCTCAAGGTAGACCTTTAATTATAGTCTGT
         66 CTT-TTTTGCCAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGA-CATTAATTATA-TCTAT

                   *              *********           
        301 TTTAACTAAAAATA-TAAAAANNNNNNNNNNAAAATCAATTA
        127 TTTAACTGAAAATATTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTA

             *           **         *  *      *     *        *    ********** 
        342 TGAGATTATAAAATTATTTAAAGCAAGCAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGANNNNNNNNNNA
          1 TAAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACAATAAATAGA

                               **                            *               
        407 CTTTTCTTGCCAATGAATAATTTTTTCTTCGA-GTTTC-TAATGGTAGAGATTCAATTATTATCT
         66 CTTTT-TTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTC-ATGTTTCTTAA-GGTAGACATT-AATTA-TATCT

                     *                            *     
        470 ATTTTAACTAAAAATA-TAAAACAATTCAACTTAAAATGAATTA
        125 ATTTTAACTGAAAATATTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTA

             *     *      *              *                 **********     *  
        513 TGAGATTTTAAAACCATTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTTGAAGGAANNNNNNNNNNTAAATGGA
          1 TAAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACAATAAATAGA

                    *          *            *         *                  ** *
        578 CTTTTCTTACCAATGAATCTCTTTTTCTTCA-ATTTCTCT-ATGTAGA-ATTCAATTATAGAATG
         66 CTTTT-TTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGTAGACATT-AATTATA-TCTA

                    *       *            *      *     
        640 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATTAATTA
        126 TTTTAACTGAAAATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA

             *           *    **********                                 *   
        682 TGAGATTATAAAATAATTNNNNNNNNNNAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACAATAAAAAGA
          1 TAAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACAATAAATAGA

                                        *  *                    *            
        747 CTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTTATATTTCTTAAGGTAGACATTCATTTATAGTCTATT
         66 CTTTT-TTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATT-AATTATA-TCTATT

                                                    
        812 TTAACTGAAAATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
        128 TTAACTGAAAATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA

                        **********                  *              *      *  
        852 TAAGATTATAAANNNNNNNNNNGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA
          1 TAAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACAATAAATAGA

                                                *    *   * *  *              
        917 CTGTTTTT-CTCAATGAATGACTTTTTCTAT-ATGTATCTTGAGGCAAATAATTAATTATACTCT
         66 CT-TTTTTGC-CAATGAATG-CTTTTTCT-TCATGTTTCTTAAGGTAGA-CATTAATTATA-TCT

                          * *                           
        980 ATTTT-ACTGAAAAAAGTAAAAAATTTC-ACTTAAAATCAATTA
        125 ATTTTAACTGAAAATATTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTA

             *     *                               *          *     *      * 
       1022 TTAGATTGTAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AGGAAATGGGTGACTATAAATGG
          1 TAAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-AATGAGTGACAATAAATAG

                       *****                                                 
       1086 ACTTTTNNNNNNNNNNAAT-AAT--TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTAAATTATTAT
         65 ACTTTT-----TTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATT-AATTA-TAT

                  *   **       *        *                
       1148 CTATTTGAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
        123 CTATTTTAACTGAAAATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA

              *                 *      *                                     
       1193 TATGATTATAAAATC-ATTTGAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACAATAAATAG
          1 TAAGATTATAAAA-CAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACAATAAATAG

                                                  
       1257 ACTTTTGTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCT
         65 ACTTTT-TTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCT

       1295 CANNNNNNNN


Statistics
Matches: 862,  Mismatches: 215, Indels: 93
        0.74            0.18        0.08

Matches are distributed among these distances:
 167    3  0.00
 168   16  0.02
 169  130  0.15
 170  366  0.42
 171  323  0.37
 172   18  0.02
 173    3  0.00
 174    3  0.00

ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.13, T:0.35


Consensus pattern (167 bp):   
TAAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACAATAAATAGA
CTTTTTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTAATTATATCTATTTTA
ACTGAAAATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
Done.