Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398107.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1410.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 968
Length: 1614
ACGTcount: A:0.24, C:0.10, G:0.08, T:0.27
Warning! 487 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:291 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--890 Score: 774
Period size: 170 Copynumber: 5.2 Consensus size: 170
* *
1 AAGTCC-TATTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCCTTTATAAT
1 AAGTCCAT-TTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAAG
* * * *
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTACTTAAAACATATTATAATTGAATGTTT
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGATTGTTTTATATTTTTA-TTAAAATAAATTATAATTGAATGTTT
* *
130 GCTTTGGCAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGAG-AAGAA
129 GCTTTGGCAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGAGTAAGAA
* * * **
171 AATTCCACTTATAGTCACCCATA-CTTTTGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGCTTTATAAG
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAAG
* *
235 CTCATAATTGATTTTAAGTTGATTGTTTTACATTTTTACTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTT
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGATTGTTTTATATTTTTA-TTAAAATAAATTATAATTGAATGTTT
* * * *
300 TCTTTTGCAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GCTCA-AA
129 GCTTTGGCAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGAG-TAAGAA
* * * * *
341 AAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTTGAAAG-CTATAATACTCGCTTTCAATGGTTTTAT-AG
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAAG
* ** *
404 TCTCGTAATCAATTTTAAGTTGAATTCG-TTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG
65 -CTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATT-GTTTTATATTTTTA-TTAAAATAAATTATAATTGAATG
* * * * ** *
468 TCTG-TTTAGGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCGCT-AGTAAGAT
126 TTTGCTTT-GGCAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGAGTAAGAA
* * * * * * * * *
512 AGGTCCATTTATAGCCACCCAAGCATTTAAAAGCCCTACTACTCGTTTTAAATAGTTTTAT-AGT
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAAG-
** * *
576 CTCATAATTGATTTTAAGTT-AAAGTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATT
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGATTG-TTTTATA-TTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATGTT
* * * *
640 TGCTTTGGGAAACATGTTA-CAAAAGCCATCCATTGA-CAAGAA
128 TGCTTTGGCAAACATG-AAGAAAAAGCCATCCATTGAGTAAGAA
* * * * ** * * * *
682 AAATCTATTTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAATCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTCAGAAT
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTT-ATAAG
* * * * * *
746 CTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTTAATTAAATTATAATTGAAAGTT
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTGTTTTATATTTTT-ATTAAAATAAATTATAATTGAATGTT
* * * * *
811 TGC-TTGAAG-AAACGTAAAGAAAAAGCTAGCCATTG-GCAAGAA
128 TGCTTTG--GCAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGAGTAAGAA
* * *
853 AAGTTCATTTATAGTCATCCATA-CCTTCGAAAGCCTTA
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTTGAAAGCCTTA
891 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 582, Mismatches: 109, Indels: 57
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 9 0.02
170 344 0.59
171 223 0.38
172 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAAGC
TCATAATTGATTTTAAGTTGATTGTTTTATATTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGC
TTTGGCAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGAGTAAGAA
Found at i:751 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 9--815 Score: 819
Period size: 341 Copynumber: 2.4 Consensus size: 339
1 AAGTCCTA
* * *
9 TTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCCTTTATAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATG--TTTATAATCTCGTAATT
* * *
74 GATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTACTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCTTTGGC
64 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTGGC
* * * * * * *
138 AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGAGAAGAAAATTCCACTTATAGTCACCCATACTTTTGAAA
129 AAACATGAAGAAAAAGCCATCCACTGAGAAGAAAAGTCCACTTATAGCCACCCATACATTTAAAA
* * * * * *
203 GCCTTATTACTTACTTTAAATGGCTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTGTTTTACAT
194 GCCCTACTACTCACTTTAAATAGCTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTAAGTGTTTTACAT
* * * *
268 TTTTACTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTTCTTTTGCAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
259 TTTTACTTAAAACAAATTATAATTGAATATTTGCTTTGGCAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATT
* * *
333 GGCTCAAAAAGTCCAT
324 GACTAAAAAAATCCAT
* * * * *
349 TTATAGTCA-TCCATGCCTTTG-AAAGCTATAATACTCGCTTTCAATGGTTTTATAGTCTCGTAA
1 TTATAGTCACT-CAAGCCTTTGAAAACCT-TATTACTCGCTTTAAAT-G-TTTATAATCTCGTAA
** **
412 TCAATTTTAAGTTGAATTCGTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTG-TTTA
62 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTT-
* * * * * * *
476 GGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCGCT-AGTAAGATAGGTCCATTTATAGCCACCCA-AGCATT
126 GGCAAACATGAAGAAAAAGCCATCCACTGAG-AAGAAAAGTCCACTTATAGCCACCCATA-CATT
** *
539 TAAAAGCCCTACTACTCGTTTTAAATAGTTTTAT-AGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAGT-T
189 TAAAAGCCCTACTACTCACTTTAAATAGCTTTATAAG-CTCATAATTGATTTTAAGTT-AAGTGT
* * * * * *
602 TTTATATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATATTTGCTTTGGGAAACATGTTA-CAAAAG
252 TTTACA-TTTTTACTTAAAACAAATTATAATTGAATATTTGCTTTGGCAAACATG-AAGAAAAAG
*
665 CCATCCATTGAC-AAGAAAAATCTAT
315 CCATCCATTGACTAA-AAAAATCCAT
* * * *
690 TTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAATCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTCAGAATCTCGTAATT
1 TTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTT-ATAATCTCGTAATT
* * * * * *
755 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GATTTAATTAAATTATAATTGAAAGTTTGCTT
64 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTT
816 GAAGAAACGT
Statistics
Matches: 378, Mismatches: 72, Indels: 32
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 4 0.01
340 70 0.19
341 287 0.76
342 17 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (339 bp):
TTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTATAATCTCGTAATTGA
TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTGGCAA
ACATGAAGAAAAAGCCATCCACTGAGAAGAAAAGTCCACTTATAGCCACCCATACATTTAAAAGC
CCTACTACTCACTTTAAATAGCTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTAAGTGTTTTACATTT
TTACTTAAAACAAATTATAATTGAATATTTGCTTTGGCAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGA
CTAAAAAAATCCAT
Done.