Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398112.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1415.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5627
ACGTcount: A:0.25, C:0.08, G:0.09, T:0.25
Warning! 1826 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:776 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 412--3265 Score: 1983
Period size: 171 Copynumber: 16.5 Consensus size: 170
402 NNNNNNNNNN
** * * *
412 ATCAATTTTGAGATTATAAAATC-ATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAGTAGGAGACT
1 ATCAATTTTGAGATTATAAAA-CAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * * **
476 ATAAGTGGATATTTCTTGCTTTTCTTGCCAATGAATATTTTTTTCTTTACGTTTCTCAATATAGA
65 ATAAATGG--A-------CTTTTCTTGCCAATGAAT-TTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA
* * * * *
541 CATTAAATTATAATCTATTTTAACTGAAAAA-GTAAAAAAATTCAACTTAAA
120 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * *
592 ATCTATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCGTTTGAAGGAATGGGTGACTA
1 ATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
* *
657 T-AATGGACTTTTCTTGGCAATGAATTTGTTTTTCTTCATGTTTCTAAAGGTAGACA-TCTAATT
66 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTT-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTC-AATT
* * *
720 ATTGTGTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCGACTTAAA
129 ATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * *
762 ATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAGAAATGGATAACTA
1 ATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
* * * * * ** * *
827 TAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTTATGATTCTCTGGGTAAACTTTCAATTA
66 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-TTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
*
892 CTA-TCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTCAAA
130 -TAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAA
* * * *
934 A-CAACTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
1 ATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
* ** * * * *
998 TAAATAGACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTC-CTAAGGCAGGCATTCAAT
66 TAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-TTTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAAT
*
1061 TATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCTACTTAAA
128 TATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * *
1104 ATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTA
1 ATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
* * *
1169 TAAATGGACTTTTATTGCTGTTCTTGCCAATGAATACTTTTTT-TT-ATGTTTCTCTATGTAGAC
66 TAAATGGAC------T--T-TTCTTGCCAATGAAT-TTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGAC
* * * *
1232 ATTAAATTATCA-TCTATTTTAACCGAAAAAGTA-AAACAAATTAAACTTAAA
121 ATTCAATTAT-AGTCTGTTTTAACC-AAAAA-TATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * ** *
1283 ATCAATTTTTAGATTATAAAAGC-ATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACT
1 ATCAATTTTGAGATTATAAAA-CAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* ** *
1347 ATAAATGGACATTTCTTACTTTTCTTGCCAATGAATATTTTTTTCATT-ACGTTTCTTGATGTAG
65 ATAAATGG---------ACTTTTCTTGCCAATGAAT-TTTTTTTC-TTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * * * *
1411 ATATT-AGATTATAATTTGTTTTAACCGAAAAA-GTAAAAAAACTCAACTTAAA
119 ACATTCA-ATTATAGTCTGTTTTAACC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * *
1463 ATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGAAATGGGTGACTA
1 ATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
* * * *
1528 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCTAA-GTAGACTTTCAATT
66 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-TTTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATT
* * *
1592 ACAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTTAACTTAAA
129 ATAGTCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * *
1635 AGCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGGTTGACTA
1 ATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
* ** * * *
1700 TAAATAGA-TTGTTCTTTTCAATG-A--CTTTTTCTACATGTTTC-CTAAGGCA-AGCATTCAAT
66 TAAATGGACTT-TTCTTGCCAATGAATTTTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGA-CATTCAAT
** * *
1759 TATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAA
128 TATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * **
1802 ATC-ATTTATGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAATG-TTTTGAAAAAATGGGTGAC
1 ATCAATTT-TGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * * * * *
1865 TACAAATGAAGTTTTCTTACGAATGAATTATTTTTTCCTCATGTTTCTCAAGGTAGATATTCAAT
64 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATT-TTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
* * *
1930 TATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAA
128 TATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * *
1973 ATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGGGTGACTA
1 ATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
* * *** * * * *
2038 TAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTCTTCATGTTTCTTGAA-GTAGACGTTTAATTG
66 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTTTTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGGTAGACATTCAATTA
* ** * *
2102 TTGTCTACTTTAACAAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAA
130 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * *
2143 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGCCTTTTGATA-GAATGGGTGACT
1 ATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATGGGTGACT
* ** * ** ** **
2207 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTATTCACATTTCTCAAACTAGACATTTGATT
65 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-TTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* ***
2272 ATAGACTGTTTTAATTGAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
129 ATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * ***********
2314 ATCACTTTTTAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAANNNNNNNNNNCTA
1 ATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
* * ** * * *
2379 TAAATGCACTTTTCTTCCCAATGAATAACTTTTTCTACATGTTTCCCAAGGTAGTCATTCAATTA
66 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-TTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
* ** * * *
2444 TAATCTAG-TTTAA-TGAAAATGGTAAAAATATTTAACTTAAA
130 TAGTCT-GTTTTAACCAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * ********** * * *
2485 ATAAATTATGAGATTANNNNNNNNNNTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGACTGAGTGACTA
1 ATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
** * * ** * *
2550 TAAATGGACTCTTGTTGCATTTCTTGCCAATGAAAACTTTTTTCTTTAAGTTTCTTGATGTAGAT
66 TAAATGGA--C----T---TTTCTTGCCAATG-AATTTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGAC
* * * * ******
2615 ATTAAATTATAATCTGTTTTAACCGAAAAAGTAAAAAAAAAATTGAANNNNNN
121 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACC-AAAAA-T-ATAAAAAAATTCAACTTAAA
**** * * * * ** *
2668 NNNNATTTTGAGATTATAAAACCATTTTGAAGCTAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATAAGAGACT
1 ATCAATTTTGAGATTATAAAA-CAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * * * * *
2733 ATAAATAGACATTTCTTGCATTTCTTATCAATGAATACTTTTTTCTTTATGTTTCTTAACGTAGA
65 ATAAATGGAC--TT-TT-C-TTGC----CAATGAAT-TTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA
* * ** *
2798 CGTTAAATTATAACCTGGTTTAACCAAAAA-AGTAAAAAAATTCAACTTAAA
120 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAA
********** * *
2849 ATCAATTTTGAGATTATNNNNNNNNNNAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTA
1 ATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
** ** ** *
2914 T-AATGGACTTTTCTTGATAATGAATGCATTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTA
66 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-TTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * * *
2978 TTGTGTATTTTAACCAAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAA
130 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
********** * * ** * * *
3019 ATCAANNNNNNNNNNATAAAACCATTTAAAGCGAGTAGTAAACCTTTTGAAAGAATAGGAGACTA
1 ATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
* * ** * *
3084 TAAATGGAGTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTCTTTATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTAT
66 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* *
3149 AGTTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC-ACTTAAA
131 AGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* ********** * * *
3188 ATCAATTATGAGATTANNNNNNNNNNTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAAAGGGTGACTA
1 ATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
3253 TAAATGGACTTTT
66 TAAATGGACTTTT
3266 TTTTACTAAT
Statistics
Matches: 2105, Mismatches: 474, Indels: 201
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 3 0.00
167 80 0.04
168 49 0.02
169 64 0.03
170 470 0.22
171 724 0.34
172 106 0.05
173 1 0.00
174 2 0.00
175 1 0.00
176 2 0.00
177 6 0.00
178 33 0.02
179 123 0.06
180 247 0.12
181 67 0.03
182 6 0.00
183 29 0.01
184 90 0.04
188 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
AGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
Found at i:2255 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 494--3203 Score: 1962
Period size: 341 Copynumber: 7.8 Consensus size: 339
484 ATATTTCTTG
* * ** * *
494 CTTTTCTTGCCAATGAATATTTTTTTCTTTACGTTTCTCAATATAGACATTAAATTATAATCTAT
1 CTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT-ATCTGT
* * * * * *
559 TTTAACTGAAAAA-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCTATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
65 TTTAAC-CAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAG
* * * * * *
623 TGAGTAATAAGGCGTTTGAAGGAATGGGTGACTAT-AATGGACTTTTCTTGGCAATGAATTTG-T
129 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAA--TGCT
* * * *
686 TTTTCTTCATGTTT-CTAAAGGTAGACATCTAATTATTGTGTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
192 TTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGTAGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAA
* * *
750 ATTCGACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAGA
256 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAG-
* * *
815 AATGGATAACTATAAATAGA
320 AATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * ** * *
835 CTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTTATGATTCTCTGGGTAAACTTTCAATTACTATCTGT
1 CTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA-TATCTGT
*
900 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTCAAAA-CAACTATGAGATTATAAAACAATTTAAAG
65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAG
* * * *
964 CAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCT
129 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGC-CAATGAAT-GCT
* * * * * *
1028 TTTTCTACACGTTTCCTAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
192 TTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAA
* ** *
1093 TTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
257 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAA-GA
*
1158 ATGGGTTACTATAAATGGA
321 ATGGGTGACTATAAATGGA
* * * *
1177 CTTTTATTGCTGTTCTTGCCAATGAATACTTTTTT-TT-ATGTTTCTCTATGTAGACATTAAATT
1 C------T--T-TTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * * * *
1240 ATCATCTATTTTAACCGAAAAAGTA-AAACAAATTAAACTTAAAATCAATTTTTAGATTATAAAA
57 AT-ATCTGTTTTAACC-AAAAA-TATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * *
1304 GC-ATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATA-AGAGACTATAAATGGACATTTCTTACT
119 -CAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-AGGGTGACTATAAAT--AGA---C-T--T
* * * * * * *
1367 TTTCTTGCCAATGAAT-ATTTTT-TTCATTACGTTTCTTGATGTAGATA-TTAGATTATAATTTG
174 TTT-TTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCA-T--GTTTCCTAAGGTAGACATTTA-ATTATAGTCTG
* * * * *
1429 TTTTAACCGAAAAA-GTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAA
234 TTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
1493 GCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGA
298 GCGAGTAATAAGCCTTTTGAAG-AATGGGTGACTATAAATGGA
* * *
1536 CTTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCTAA-GTAGACTTTCAATTACAATCTG
1 CTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTA-TATCTG
* *
1600 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTTAACTTAAAAGCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAA
64 TTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAA
* * * *
1665 GCGTGTAATAAGGCTTTT-AAAGAAATGGTTGACTATAAATAGA-TTGTTCTTT-TCAATG-A--
128 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAA-GGGTGACTATAAATAGACTT-TT-TTTGCCAATGAATG
* * * ** *
1724 CTTTTTCTACATGTTTCCTAAGGCA-AGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAA
190 CTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGA-CATTTAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAA
* * * * * ***
1788 AAATTCAAGTTAAAATCATTTATGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAATGTTTTGAA
254 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTG-A
* * *
1853 AAAATGGGTGACTACAAATGAA
318 AGAATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * *
1875 GTTTTCTTACGAATGAATTA-TTTTTTCCTCATGTTTCTCAAGGTAGATATTCAATTATAGTCTG
1 CTTTTCTTGCCAATGAA-TACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA-TCTG
* * *
1939 TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAG
64 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAG
* *
2004 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAATGCCTT
129 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAATGCTTT
* * * * ** *
2069 TTCTTCATGTTTCTTGAA-GTAGACGTTTAATTGTTGTCTACTTTAACAAAAAATACAAAAAAAT
194 TTCTTCATGTTTCCT-AAGGTAGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAT
*
2133 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGCCTTTTGATAGAA
258 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGA-AGAA
2198 TGGGTGACTATAAATGGA
322 TGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * ** ** *
2216 CTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTATTCACATTTCTCAAACTAGACATTTGATTATAGACTGT
1 CTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA-TCTGT
*** * * * * *
2281 TTTAATTGAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCACTTTTTAGATTATAAAACAATTTAAAAC
65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGC
*********** * * *
2346 GAGTAATAAGGCTTTTGAAANNNNNNNNNNCTATAAAT-GCACTTTTCTTCCCAATGAATAACTT
130 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTTTTGCCAATGAAT-GCTT
* * * * * ** * *
2410 TTTCTACATGTTTCCCAAGGTAGTCATTCAATTATAATCTAG-TTTAA-TGAAAATGGTAAAAAT
193 TTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTTAATTATAGTCT-GTTTTAACAAAAAAT-ATAAAAAA
* * ********** * *
2473 ATTTAACTTAAAATAAATTATGAGATTANNNNNNNNNNTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGG
256 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAA-G
* *
2538 ACTGAGTGACTATAAATGGA
320 AATGGGTGACTATAAATGGA
* * * ** * * *
2558 CTCTTGTTGCATTTCTTGCCAATGAAAACTTTTTTCTTTAAGTTTCTTGATGTAGATATTAAATT
1 --C----T---TTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * ********** *
2623 ATAATCTGTTTTAACCGAAAAAGTAAAAAAAAAATTGAANNNNNNNNNNATTTTGAGATTATAAA
57 AT-ATCTGTTTTAACC-AAAAA-T-ATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * *
2688 ACCATTTTGAAGCTAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATA-AGAGACTATAAATAGACATTTCTTGC
118 A-CAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-AGGGTGACTATAAATAGAC-TTT-TT--
* * * * * * * ** *
2752 ATTTCTTATCAATGAATACTTTTTTCTTTATGTTTCTTAACGTAGACGTTAAATTATAACCTGGT
177 -TTGC----CAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTTAATTATAGTCTGTT
* * ********** *
2817 TTAACCAAAAAA-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATNNNNNNNNNNAAAGT
236 TTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* *
2881 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTAT-AATGGA
300 GAGTAATAAGCCTTTTGAA-GAATGGGTGACTATAAATGGA
** * * * * *
2921 CTTTTCTTGATAATGAATGCATTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTAT-TGTGTA
1 CTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATATCTG--
* * * ********** *
2985 TTTTAACCAAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAANNNNNNNNNNATAAAACCATTTAAAG
64 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAG
* ** * * * * * *
3050 CGAGTAGTAAACCTTTTGAAAGAATA-GGAGACTATAAATGGAGTTTTCTTGCTAATGAATGCTT
129 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-AGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAATGCTT
* * * * * *
3114 TTTCTTTATGTTT-TTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
193 TTTCTTCATGTTTCCT-AAGGTAGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAA
3178 TTC-ACTTAAAATCAATTATGAGATTA
257 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
3204 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1882, Mismatches: 379, Indels: 218
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
337 3 0.00
338 96 0.05
339 203 0.11
340 66 0.04
341 413 0.22
342 267 0.14
343 9 0.00
344 5 0.00
345 5 0.00
348 4 0.00
349 40 0.02
350 145 0.08
351 104 0.06
352 111 0.06
353 8 0.00
354 79 0.04
355 36 0.02
356 8 0.00
357 7 0.00
358 6 0.00
359 120 0.06
360 10 0.01
361 1 0.00
363 9 0.00
364 123 0.07
366 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
CTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATATCTGTT
TTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCG
AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAATGCTTTTT
CTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGAATGGG
TGACTATAAATGGA
Done.