Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397339.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_835.1, whole genome shotgun sequence
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Warning! 8769 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:340 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5--3158 Score: 2117
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1 TTCT
* * ** * * *
5 TTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCT-TGGAAAACATGAA-AAAAAGGCATTCATTGACAA
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* * ** *
68 GAAAAGTTCATTTATACTCACTCATTCTTTCAAAATTCTTA-TACTC-GTTGTAAAT-GATTTTA
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT-TAAATAG-TTTTA
*
130 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTTTTACATTTTTGG
128 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTGG
* * *
175 TTAAAAAAGACTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCATA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCA-A
* * *
240 -AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCTTTATTAGTCATTTTAAATAGTTTTATA
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
*
304 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
** ** ** * * * *
346 TTAAAACAGACTATTGTTGAATGTCTATTTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTTATTGGAAAG
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAG
* ** ** * * * * * *
411 CAAAGTTGATTTGGAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTATATGGTTTTATAA
66 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
*
476 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-CATTTTTCG
131 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
* * * * * **
516 CTAAAACGGACTATAATTAAATGTCTACTTCAACAAAAGTGAAGAAAAA-AGCATTCATTGGCAA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTTGAAGAAAAAGA-CATTCATTGGCAA
** * * * * * *
580 GAAAAGTGTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAATCCTTGTTACTTGA-TTTAAATGGTTTTAT
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAATAGTTTTAT
* * * *
644 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTGTTTACATTTTTTG
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
* * * * * *
687 TTAAAACATACTATAATTGAAT-ACTTTCCTTGAA-AAACGTGAAG-AAAAGAGCATTCATTTGC
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACC-TCAAGAAACTTGAAGAAAAAGA-CATTCATTGGC
* * *
749 AAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCAAAAGTCTATTTATTA
63 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTC---A--CT-TTAAATA
*** * * ** * * * * * ***
814 -TCAGACAATTCTCAGAGAAAAGCTTTATTAGTCG-CTTTAAATGGCTTGTA-ATCTCATAAC
122 GTTTTATAA-TCTC--ATAATTGATTT-TAAGTTGAATTT---T---TT-TACAT-T-TTTGG
* * * * * * * * * *
874 TATATATAGTCTAAATTTTTTACTTGAATGGCTACCTCGAGAAACGTT-AAG-GAAAGGCATTCG
1 T-TA-A-A-AC-AGA--CTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC-TTGAAGAAAAAGACATTCA
* * * * * * * * * *
937 TTGGCAAGAAAAATCTACTTATGGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCGCTTTACATGG
58 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * * *
1002 TTATATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTATTTACATTTTTTG
123 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
* ** * * **
1051 TTCAAGTA-ACTATAATTAAATGCCTACCTCGAA-AAA-TGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC-AAGAAACT-TGAAGAAAAAGACATTCATTGGCA
* * *
1113 AGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATTCTTTCAAAAGCCATATTACTCACTATAAATAGTTTTAT
64 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
********** *
1178 AATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-G
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
* * ** *
1220 -AAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACCTTGAGAAA-TATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACT-TGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAA
* * * *
1283 GAAAAGCCCATTTATAGCCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTGTAAAT-GATTTTAT
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTAT
** *
1347 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTCTATTTTTTTACATTTTTTG
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
* * * * *
1390 TTAAAACAAACTAGT-GTTGAATGCCTACCTCGAGAAACGTT-AAG-AAAAGGCATTCATTGGCA
1 TTAAAACAGACTA-TAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC-TTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCA
* * *********** *
1452 AGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCNNNNNNNNNNTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
64 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * * *
1517 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCTATTTTTTTTACATTTTTGA
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTACATTTTTGG
* * * **
1561 TT-AAACAGACTATAATTGAATGTGTACCTCAAGAAA-TCAGAAGAAAAAGATATTCATTAACAA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACT-TGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAA
* * * * * * *
1624 AAAAAATCCATTTATAGTAACTCATTCTTTTAAAAGCCTT-TTGCACGCTTTAAATAGCTTTT-T
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTAT
* * *
1687 AATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTCTACATTTTTAG
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTACATTTTTGG
* * ** *
1731 TTAAAACATACCATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACCAGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAG
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAG
* * * ***********
1796 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCTTTCGAAAGCCTTATTGCTNNNNNNNNNNGGTTTTATAA
66 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
1861 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTGTT-G
131 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTT-TTGG
* * * * * **
1903 TTAAAACTGACTATAATTGAATGTCTACCTCGATAAACTAGAAGAAAAAGATATTCATTAACAAA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTTGAAGAAAAAGACATTCATTGGC-AA
* * * * *
1968 AAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTT-CTGCTCACTTTAAATGGCTTTATA
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
** * *
2032 ATCTTGTAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTCTATATTTTTGG
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTGG
* * ** * *
2075 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCGACCTCAAGAAACTAGAAGCGAAAGACATTCATCGGTAAG
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAG
* * ***********
2140 GAAAGTCCGTTTATAGTC-CTTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTGNNNNNNNNNNATAGTTTTATA
66 AAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* **
2204 ATCTCATAATT-ATTTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTAA
130 ATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
* * * * *
2246 TTAAAATAGACTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAA-TCAGAAGAAAAAGATATTTATTGGCAA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACT-TGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAA
* * * * ****
2310 GAAAAGTCCATTTATTGTCACTTATTCTTTCAAAAGCTTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTNNNN
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATAGTTTTAT
****** * * *
2374 NNNNNNATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTTTATATTGTTGG
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
* * * * * * * *
2417 CTAAAACAGATTATAATTAAATGTCAACCTCGAGAAACTAGAAGAAAAAGACATTCATTAGTAAG
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAG
* ** * * * * *
2482 AAAAGTTCATTTATAGAAACTTATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAN
66 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
********* *
2547 NNNNNNNNNTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGG
131 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
* ** ** * *
2588 TTAAAATAGACTATTGTTGAATG-CTTACCTTGAG-AAGTGTTAAGAAAAAG-CATTCATTGGCA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCAAGAAACT-TGAAGAAAAAGACATTCATTGGCA
* * * * * * * *
2650 AAAAAAATCTATTTATAGTCA-TCCATTCCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATACTTGTA
64 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
** * **
2714 TAATCTCATAATTGATTTTAAAATGAATTTATTT--ATTTATTTA
128 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TTGG
* * * * ** ***
2757 TTAAAACAAACTATAATT-ATATGTCTAGCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGNNN
1 TTAAAACAGACTATAATTGA-ATGTCTACCTCAAGAAACTTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAA
******* * * *
2821 NNNNNNNCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGA-TTTAAATAGTTTTAT
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATAGTTTTAT
* * * * *
2885 TATCTCAAAATTGACTTTAAGTTCAAGTTTTTTTACTTTTTTGG
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGG
* * * ********** * * *
2929 TTAAAACATATTATAACTGAATNNNNNNNNNNAGAAACATGAAGAAAAATG-CATTCATTAGTAA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTTGAAGAAAAA-GACATTCATTGGCAA
* * * * *
2993 TAAAAGTCCA-TTATTA-TCACCCTTTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATTA-TTTTA
65 GAAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TAGTTTTA
* * *
3055 TAATCTCAAAATGGATTTTAAGTTCAATTGTTTTTAC-TTGTTTGG
128 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATT-TTTGG
* * * * *
3100 TTAAAACA-AGTTATAATTGAATATCTACGTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT
1 TTAAAACAGA-CTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTTGAAGAAAAAGACATTCATT
3159 AATTTTTTTA
Statistics
Matches: 2305, Mismatches: 573, Indels: 211
0.75 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 12 0.01
169 194 0.08
170 607 0.26
171 952 0.41
172 327 0.14
173 52 0.02
174 1 0.00
175 1 0.00
176 6 0.00
177 10 0.00
178 3 0.00
179 14 0.01
180 4 0.00
184 5 0.00
185 13 0.01
186 3 0.00
187 9 0.00
188 9 0.00
189 1 0.00
190 1 0.00
191 1 0.00
192 2 0.00
193 52 0.02
194 23 0.01
195 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAG
AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
Found at i:635 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 39--4415 Score: 1195
Period size: 342 Copynumber: 12.8 Consensus size: 341
29 CTGCCTTGGA
* * * *
39 AAACATGAAAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATACTCACTCATTCTTTCAAAAT
1 AAACATGAAAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTAGACTCACACATTCCTTCAAAAG
* *
104 TCTTATACTCGTTGTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTTTTACAT
66 CCTTATACTCGTTGTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTAATTTTTTTACAT
* * * **
169 TTTTGGTTAAAAAAGACTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAGACATTCATT
131 TTTTCGCTAAAAAAGACTATAATTAAATGTCTACCTTAACAAAAGTGAAGAAAAAGACATTCATT
* *
234 GGCATAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCTTTATTAGTCATTTTAAATAGTT
196 GGCATAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCATTTTAAATAGTT
* *
299 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATTGTT
261 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATTGTT
364 GAATGTCTATTTTGAG
326 GAATGTCTATTTTGAG
* * * * *
380 AAACATGAAGAAAAAGGCATTTATTGGA-AAGCAAAGTTGATTTGGAGTCACACATTCCTTCAAA
1 AAACATGAA-AAAAAGGCATTCATT-GACAAGAAAAGTTCATTTAGACTCACACATTCCTTCAAA
* * *
444 AGCCTTATTGCTCGCTT-TATATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTT
64 AGCCTTA-TACTCG-TTGTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTAATTTTTTT
**
507 -CATTTTTCGCTAAAACGGACTATAATTAAATGTCTA-CTTCAACAAAAGTGAAGAAAAA-AGCA
127 ACATTTTTCGCTAAAAAAGACTATAATTAAATGTCTACCTT-AACAAAAGTGAAGAAAAAGA-CA
** * * * * *
569 TTCATTGGCA-AGAAAAGTGTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAATCCTTGTTACTTGA-TTT
190 TTCATTGGCATA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA-GTCATTTT
* * *
632 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTGTTTACATTTTTTGTTAAAACATA
253 AAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA
** * *
697 CTATAATTGAAT-ACT-TTCCTTGAA
318 CTATTGTTGAATGTCTATT--TTGAG
* * * * * *
721 AAACGTGAAGAAAAGAGCATTCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATTCTTTCAAA
1 AAACATGAAAAAAAG-GCATTCA-TTGACAAGAAAAGTTCATTTAGACTCACACATTCCTTCAAA
* ** * *** * * ** * *
785 AGCCTTATTACTCAAAAGTCTATTTATTATCAGACAATTCTCAGAGAAAAGCTTTATTAGTCGCT
64 AGCCTTA-TACTC----GT-TGTAAATGATTTTATAA-TCTC--ATAATTGATTT-TAAGT---T
* ** * ** ** * * * * **
850 TTAAATGGCTTGTA-ATCTCATAACTATATATAGTCTA-AATTTTTTACTTGAATGGCTACCTCG
116 GT-AAT-TTTTTTACAT-TTTTCGCTA-AAAAAGACTATAA----TTA----AATGTCTACCTTA
* * * * * * * * * * *
913 AGAAACGTTAAG-GAAAGGCATTCGTTGGCA-AGAAAAATCTACTTATGGTCACACATTCCTTCA
169 ACAAAAGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCATA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCA
* * ** * * * * * *
976 AAAGCCTTAGTACTCGCTTTACATGGTTATATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTATTT
233 AAAGCCTTATTAGTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTT
* ** ** * * ** * *
1041 ACATTTTTTGTTCAAGTA-ACTATAATTAAATGCCTACCTCGAA
298 ACATTTTTTGTTAAAACAGACTATTGTTGAATGTCTATTTTGAG
** * * * * * *
1084 AAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATTCTTTCAAAA
1 AAACATGAA-AAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTAGACTCACACATTCCTTCAAAA
* ** * **********
1149 GCCATATTACTCACTATAAAT-AGTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTTG-AATTTTTTTA
65 GCCTTA-TACTCGTTGTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTAATTTTTTTA
* * *
1212 TATTTTT-G--AAAAACAGACTATAATTGAAA-GTCTACCTTGAGAAATA-TGAAGAAAAAGACA
128 CATTTTTCGCTAAAAA-AGACTATAATT-AAATGTCTACCTTAACAAA-AGTGAAGAAAAAGACA
* * * * * *
1272 TTCATTGACA-AGAAAAGCCCATTTATAGCCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATT-GCTCACTGT
190 TTCATTGGCATA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAG-TCATTTT
* ** * *
1335 AAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCTATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAA
253 AAATAG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
* * ** *
1399 ACTAGTGTTGAATGCCTACCTCGAG
317 ACTATTGTTGAATGTCTATTTTGAG
* * * * * * * * * ********
1424 AAACGTTAAGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCNNNNNNNN
1 AAACATGAAAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTAGACTCACACATTCCTTCAAAAG
** * * *
1489 NNTTATTACTCGCTT-TAAAT-AGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCTATTTTTTTTA
66 CCTTA-TACTCG-TTGTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTAATTTTTTTA
* * * * * * * *** *
1552 CATTTTT-GATTAAACAGACTATAATTGAATGTGTACCTCAAGAAATCAGAAGAAAAAGATATTC
128 CATTTTTCGCTAAAAAAGACTATAATTAAATGTCTACCTTAACAAAAGTGAAGAAAAAGACATTC
** * * * * * *
1616 ATTAACAAAAAAAATCCATTTATAGTAACTCATTCTTTTAAAAGCCTT-TT-G-CACGCTTTAAA
193 ATTGGCATAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCA--TTTTAAA
** * *
1678 TAGCTTTT-TAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TCTCTACATTTTTAGTTAAAACATA
256 TAG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTGT-T-TACATTTTTTGTTAAAACAGA
* ** ** **
1741 CCATAATTGAATGTCTACCTCAAG
318 CTATTGTTGAATGTCTATTTTGAG
* * * * * *
1765 AAACCA-GAAGAAAAAGACATTCATT-AGCAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACTCATTCTTTCG
1 AAA-CATGAA-AAAAAGGCATTCATTGA-CAAGAAAAGTTC-ATTTAGACTCACACATTCCTTCA
* ********** *
1827 AAAGCCTTATTGCTNNNNNNNNNNGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTGTT
62 AAAGCCTTA-TACTCGTTGTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTAATTT-TT
* ** * ** * *
1891 TTACATTTGTT-GTTAAAACTGACTATAATTGAATGTCTACCTCGA-TAAACTAGAAGAAAAAGA
125 TTACATTT-TTCGCTAAAAAAGACTATAATTAAATGTCTACCTTAACAAAAGT-GAAGAAAAAGA
* ** * * * *
1954 TATTCATTAACAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTT-CT-GCTCACT
188 CATTCATTGGC-ATAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAG-TCATT
* * *** * * * *
2017 TTAAATGGCTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTCTATATTTTTGGTTAAAAC
251 TTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTT-TACATTTTTTGTTAAAAC
** * ** **
2082 AGACTATAATTGAATGTCGACCTCAAG
315 AGACTATTGTTGAATGTCTATTTTGAG
** * * ** * * * * * * *
2109 AAAC-TAGAAGCGAAAGACATTCATCGGTAAGGAAAGTCCGTTTATAGTC-CTTCATTCTTTCAA
1 AAACAT-GAA-AAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTAGACTCAC-ACATTCCTTCAA
*********** *
2172 AAGCCTTATTGNNNNNNNNNNAT-AGTTTTATAATCTCATAATT-ATTTTTAAGTTG-ATTTTTT
63 AAGCCTTA-TACTCGTTGTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGTAATTTTT
*** * * * *** *
2234 TTACATTTTTAATTAAAATAGACTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAATCAGAAGAAAAAGATA
125 TTACATTTTTCGCTAAAAAAGACTATAATTAAATGTCTACCTTAACAAAAGTGAAGAAAAAGACA
* * * * * * *
2299 TTTATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATTGTCACTTATTCTTTCAAAAGCTTTATTACT-AGCTTT
190 TTCATTGGCATA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCA-TTTT
* ********** * * * * * * *
2362 AAATGGTTNNNNNNNNNNATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTTTATATTGTTGGCTAAAACAGA
253 AAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA
* ** * * ** *
2427 TTATAATTAAATGTCAACCTCGAG
318 CTATTGTTGAATGTCTATTTTGAG
* * * *** ** *
2451 AAAC-TAGAAGAAAAAGACATTCATT-AGTAAGAAAAGTTCATTTATAGAAACTTATTCTTTCAA
1 AAACAT-GAA-AAAAAGGCATTCATTGA-CAAGAAAAGTTCATTTAGACTCACACATTCCTTCAA
* * ********** *
2514 AAGCCTTATTGCTCGCTT-TAAATGGTTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTG-AATTGTTT
63 AAGCCTTA-TACTCG-TTGTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTAATTTTTT
* * * ** * * * ** *
2577 TACATTTTTGGTTAAAATAGACTATTGTTGAATG-CTTACCTTGAGAAGTGTTAAGAAAAAG-CA
126 TACATTTTTCGCTAAAAAAGACTATAATTAAATGTC-TACCTTAACAAAAGTGAAGAAAAAGACA
* * * * * **
2640 TTCATTGGCAAAAAAAATCTATTTATAGTCA-TCCATTCCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTA
190 TTCATTGGCATAAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCATTTTA
* * * ** * * *
2704 AATACTTGTATAATCTCATAATTGATTTTAAAATGAATTTATTT--ATTTATTTATTAAAACAAA
254 AATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTT-TTTGTTAAAACAGA
** ** *
2767 CTATAATT-ATATGTCTAGCTCGAG
318 CTATTGTTGA-ATGTCTATTTTGAG
* * ************ * * * *
2791 AAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGNNNNNNNNNNCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
1 AAACATGAA-AAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTAGACTCACACATTCCTTCAAAA
* * * * *
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* * * * * * * * ********** *
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* * * * * *
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* * * *
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* ** * ** **
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* ** **
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* * ** * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * ** *
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* * * * * * *
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** * * ** *
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* * * * * * * *
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* * ******
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64 AGCCTTA-TACTC-GTTGTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTAATTTTTT
**** * * * * * * ****
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126 TACATTTTTCGCTAAAAAAGACTATAATTAAATGTCTACCT-TAACAAAAGTGAAGAAAAAGACA
* * * **
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********** * * * * * *
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* ** *
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316 GACTATTGTTGAATGT-CTATTTTGAG
* * * ** * *
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* * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * *
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********** * * ** * *
4040 ANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTGTATTTTTAGTTAAAACAAA
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* ** * *
4104 CTATAT-TTGAATGCCTACCTCGAA
318 CTAT-TGTTGAATGTCTATTTTGAG
* * ** * * *
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1 AAACATG-AAAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTAGACTCACACATTCCTTCAAAA
* * * * *
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*** ** * * ** * * * * *
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129 ATTTTTCGCTAAAAAAGACTATAATTAAATGTCTACCTTAACAAAAGTGAAGAAAAAGACATTCA
* * ** * * * *
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* *
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Statistics
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GAATGTCTATTTTGAG
Found at i:1874 original size:342 final size:341
Alignment explanation
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935 CGTTGGCAAG
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* * **
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* * *
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** * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * *
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* * * *
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* *
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* ***********
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* * * *
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* * *
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** * *
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**********
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* * * *
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* * * * * ***
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1 AAAAATCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCAC-A-CTTTAAATGCTT-TTT
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* * * * ** *
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128 GTCTACCTCAAGAAACTAGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* **********
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* **
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* * * * * * * *
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1 AAAAATCCATTTATAGTCACT-CATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCACACTTTAAATGCTT-TTTA
** ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * **********
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* * * * *** **
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1 AAAAATCCATTTA-TAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCACACTTTAAATGCTTTT-TA
* * * * *
3057 ATCTCAAAATGGATTTTAAGTTCAATTGTTTTTAC-TTGTTTGGTTAAAACA-AGTTATAATTGA
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* * * ****** * * *
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* ** ** * * * * * * * *
3181 AAAACAAACTAATTGTATAATCTCATAATTGAT---TTTAAGTTGAATTTTTTACAT-T--T--T
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* * *** *** * *** * * ** * ** *
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** *** ** * * * ***
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* * * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
5115 TCTTACAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACTTTTTTGGTCAAAATATATTATAACTGAATG
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTCTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * ** *
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129 TCTACCTCAAGAAACTA-GAAGAAAAAGA-CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCAC
* * * * * *
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5286 NNNNNNNNNN
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CTTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATT
TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATCAGAAGAAAAA
GATATTCATTAACAAA
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* *
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** * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * ** *
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* * * *
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* *********
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* *
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********** * * * * * **
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* * * * * *
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* * * *
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* * ** *
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* * *
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* ********
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** * ** * * *
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1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTT-AAACAGACTATAATTGA
* * * * *
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* * * *
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* * ** *
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* * * * * *
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** * * * *
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* ** * ** * **
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* ** * * ** ** * * ** *
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* *
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*
4580 TTTCGTTT
164 --TGGTTT
* * * ** *
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1 TATAA---TCTCATAAT-T--GA-TT--TTAA--GTTGAATTTTTTACATTTTTGGTT-AAACAG
* * * * *
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* * * * * *
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117 CATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * *
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1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A-ATTTTTTACATTTTTGGTTAAACA-GACTATAATT
* * * ***
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63 GAATGTCTACCTCAAGAAACGT-GAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* *
4897 TACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTT
127 CACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
********** * * *
4940 TATAATCTCATAATTNNNNNNNNNNTGAATATTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTT-AAACAGACTATAATTG
* ** * * *
5005 AATGTTTACCTTGAGAAAC-TAGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAAAAAAGTTCATTT-TAGTT
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* * * *
5068 ACTCATTCTTTTAAAAACCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTT
128 ACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * * * * *
5110 TATAATCTTACAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACTTTTTTGGTCAAAATATATTATAACT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTGGT-TAAACAGACTATAATT
* * ** * * *
5175 GAATGTCGACATTGAGAAACATGAAGAAAAA-ATCATTCGTTAGCAAGAAAAGTCCATTTATTA-
63 GAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAG
* * * * *
5238 TCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATTGTTT
126 TCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
5282 TATA
1 TATA
5286 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
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TGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
CATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
Found at i:6738 original size:170 final size:160
Alignment explanation
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
6479 TTGAATAGTTACCTTGAGAAACGTGAAG-AAAGGCATTCATTGGCCAA-AAAAATCTATTTATAA
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* *
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*
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1 TTGAATGGCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGT
* * *
6713 CACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCG-TTTAAATGGTTTTATAAT
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6761 CTCATAATTT
Statistics
Matches: 236, Mismatches: 30, Indels: 41
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Matches are distributed among these distances:
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167 4 0.02
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TTTTACATTTTTGGTTAAAACATACTACTG
Found at i:6987 original size:170 final size:168
Alignment explanation
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6586 NNNNNNNNNN
* * * *
6596 TAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATACTACT-GTTGAATGGCTAC
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** * * * *
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64 CTCAAAAAACGTAAAGAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAATCAATTTATACTCACCCATGCATT
* *
6725 CCAAAGCCTTATTACTCGTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
129 CAAAAGCCTTATTACTCGTTTAAATGATTTTATAATCTCA
* ********** * *
6765 TAATTTATTTTANNNNNNNNNNGTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCC
1 TAATTGATTTTA-CTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACC
* * * *** *
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65 TCAAAAAACGTAAAGAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAATCAATTTATACTCACCCATGCATTC
* *
6895 AAAAGCTTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA
130 AAAAGCCTTATTACTCG-TTTAAATGATTTTATAATCTCA
* * * * *
6935 TAATTGATTTTGAGTTCAGTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACC
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7000 TC
65 TC
7002 GAGAAANNNN
Statistics
Matches: 184, Mismatches: 49, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
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ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.12, T:0.38
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CAAAAAACGTAAAGAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAATCAATTTATACTCACCCATGCATTCA
AAAGCCTTATTACTCGTTTAAATGATTTTATAATCTCA
Found at i:11785 original size:172 final size:168
Alignment explanation
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* * *
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* * * **
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******* * *
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* * * *
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* * * *
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* *
11769 CTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCA
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* * * * * * *
11811 CATTTCCCCAAGTGGACATTCAATTATAATCTGTTTTGA-CAAAAATATAAAAAAAAGAATTGAA
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* * *
11875 CTTAAAATCAATTCTGAGATT-ATAAGACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
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* * * * *
11939 ACGACTACAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCGTTTTTTTCA
126 ACAACTAAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-ACCTTTTTTTCA
* ** * * * ** * * *
11983 TATTTCTCGACATAGACATTCAATTATTGTTTGTTTTAACCACAAATGCCAAAAAATTCAACTTA
1 CATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATGAACATA
* ********* * *
12048 AAATCAATTGT-GANNNNNNNNNNCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATTTGTGA
66 AAATCAATTTTGGA-TTAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA--TG-GA
* * * * * *
12112 CTA-T-ATATTGACTTGTCTT-CTCAAT-AAATGGCTTTTTCT-A
127 CAACTAAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAA--CCTTTTTTTCA
* * * ** *
12152 CATGGTTC-CAGAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTGAATGAAAAATGTAAAAAAAA-AAAC
1 CAT--TTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATGAAC
* * * * **********
12215 TTAAAATCAATTTTAAGATT-ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATANNNNNNNNNNAGGAATGGG
63 ATAAAATCAATTTT-GGATTAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GG
* *
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** * * * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * *
12452 GACTATAAACGGACTTTTCTT-CCTAATGAAAGGCTTTTTCT-A
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* * * * * * * * * * * *
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********** * * * *
12559 TAANNNNNNNNNNGAGATT-ATAAAACTATTTAAAGCGACTAATAAAGC-TTTGCAAGGAATGAG
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* * * ** ** *
12622 A-GACTAAAAATAGACTTTTATTGAGAATGAATGC-TTTTTTCTT
126 ACAACT-AAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAACCTTTTTTTC-A
* * * * * * * *
12665 CATGTTGCTTGATGTACACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
1 CAT-TT-CTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATGAACA
************************ * * *
12730 TAAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGAATGAGA-
64 TAAAATCAATTTTGGATTAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GAC
* * * *
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** * *
12838 TGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTAAACTAAAAATGTAAAAAAAATGAACATA
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* * * * * * *
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* * *
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129 ACTA-AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-ACCTTTTTTTCA
** * * ********** * * * * *
13008 TGTTTCTCAATGTANNNNNNNNNNTATAATCTGTTTTAACTAAAAAAGTCAAAAAAATTGAACTT
1 CATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAAATGAACAT
* * ** * * * * ** *
13073 GAAATCAATTATGAGATTTTTGAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAAAATAAGA-
65 AAAATCAATTTTG-GATTAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGAC
* ** * *
13137 GACTATAAATAAACTTTTCTTGACAAT-AAATGCTTTTTTCTTCA
128 AACTA-AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAA--CCTTTTT-TTCA
* * * **
13181 CGTTTAT-GAAGGTAGACATTCAGTTATAGTCTGTTTTAAATAAAAATGTAAAAAAAATTGAACA
1 CATTTCTCG-AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAA-TGAACA
* ** * *********
13245 T-AAATCAATTTTGAGA-TAACAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTNNNNNNNNNNG-
64 TAAAATCAATTTTG-GATTAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGGA
** ***
13307 TTACTATAAATGGACTTTTCTT-CTTC-ATG-AATGATTTTTTCTA
127 CAACTA-AAATGGACTTTTCTTGC--CAATGAAACCTTTTTTTC-A
* * * * * * * *
13350 TATGTT-TCCTAATGCA-AGCATTCAATCATAGTCTGTTTTAA-TAGAAAATGTAAAAAAATTCA
1 CAT-TTCT-C-GAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA-AAAATGTAAAAAAAATGA
* * *************** *
13412 ACTTAAAATCAATTAT-GAGNNNNNNNNNNNNNNNAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATA
61 ACATAAAATCAATTTTGGA-TTAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-
* * ** * * *
13476 AGA-GACTATAAATAAAATTTTCTTGTCAATGAATACTTTTTTCTTC-
124 GGACAACTA-AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-ACCTTTTT-TTCA
* * * *
13522 CATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACC--AAATTTATAAAAAAATCGAACT
1 CATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAAAT-GAACA
* * * * *** * *
13585 TAAAATGAATTATGAGA-TCATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAATGTTTTTGAAGGAATGAGT
64 TAAAATCAATTTTG-GATTAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT--G-
* * **
13649 GACAA-T-AAATAGACTTTTCTTTCCAATGAATGCATTTTTTTTTCA
125 GACAACTAAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA---ACCTTTTTTTCA
* * * * * * *
13694 TATTTCTCAATGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTGAAACAAATTGAACTT
1 CATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAAATGAACAT
* ********** * * *
13759 AAAATCAATTATGAGATT-ANNNNNNNNNNTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAATGAATGGGAG
65 AAAATCAATTTTG-GATTAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGAC
* * * * *
13823 AAC-ATAAATGAAATTTTCTTAG-CAATGGATACTTTTTTCTTTA
128 AACTA-AAATGGACTTTTCTT-GCCAAT-GAAACCTTTTT-TTCA
* ** *** * ** * *
13866 CGTTTCTTAAGGTAGACATTTGTTTATAGTTTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAAAAAATTGATCAA
1 CATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAA-TGAACAT
* * * * * * *
13931 AAAATCAATTTT-GACATAATAAAACTATTGAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT-AAGT
65 AAAATCAATTTTGGA-TTAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGA-C
*** *** *
13994 AACTATAAATGGACTTTTCTTTTTAATGAATGATTTTTCTACA
128 AACTA-AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAACCTTTTT-TTCA
* * * * * * ** * *
14037 CGTTTC-CTGATGCA-AGCATTGAATCATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAGGTAAACT
1 CATTTCTC-GAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATGAACA
* * * * **********
14100 TAAAATCAAGTATGAGATT-ATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGNNNNNNNNNNGAATGAGA
64 TAAAATCAATTTTG-GATTAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GA
* * ** ** *
14164 -GACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTTTTCTT-T
127 CAACTA-AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAACCTTTTT-TTCA
* *
14206 CATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATATAAAAAAAATTGAAC
1 CATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-CAAAA-ATGTAAAAAAAA-TGAAC
* * *********** * * *
14271 TTAAAATCAATTATGAGATT-NNNNNNNNNNCTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATGCG
63 ATAAAATCAATTTTG-GATTAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT--G
* *
14335 TGACAA-T-AAATGGATTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
125 -GACAACTAAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-ACCTTTTT-TTCA
** * * * * * * *
14380 TGTTTCTCGATGTAGATATTTAATTATATTCTG-TTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTGAACTTA
1 CATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATGAACATA
* * * * *
14444 AAATCAATTTTGAAAGT-ATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGA-G
66 AAATCAATTTTG-GATTAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGACA
* * **
14507 ACCATAAATGAACTTTTCTTAG-CAATGAATGC-TTTTTTCA
129 ACTA-AAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAAACCTTTTTTTCA
* * * * *
14547 TCATGTTTCTCAAGGTAAACATTGAGTTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTGAA
1 -CA--TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAA-TGAA
14612 CATAAAATCAATTTT
62 CATAAAATCAATTTT
14627 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2185, Mismatches: 656, Indels: 293
0.70 0.21 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 8 0.00
168 19 0.01
169 112 0.05
170 451 0.21
171 688 0.31
172 612 0.28
173 174 0.08
174 116 0.05
175 5 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
CATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATGAACATA
AAATCAATTTTGGATTAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGACAAC
TAAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAACCTTTTTTTCA
Found at i:11926 original size:174 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11426--12029 Score: 468
Period size: 172 Copynumber: 3.5 Consensus size: 170
11416 AGGATAGGAG
* * * * * *
11426 ACTATAAATGAACTTTTTTTACCAATGAATG-C-TTTTTCCATCCATTT-CTCATGGTAGACATT
1 ACTA-AAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTTTCA--CATTTCCCCA-AGTGGACATT
* * * * * * * * *
11488 CAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAATGT-AAAAATAATGAACATAAAATCAATTTTAGAATAAT
62 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAAATGAACGTAAAATCAATTCTGGATTAAT
* * ***
11552 AAAACCATTTAAAGTG-GTTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGNNNN
127 AAAACCATTTAAAGTGAG-TAATAAGGCTTTTCAAGGAATGG-ACA
****** * * ** * * *** * *
11597 NNNNNNATGAACTTTTCTTGCCAATGAACACCATTTTTATCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAA
1 ACTAAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCC-TTTTTTTCACATTTCCCCAAGTGGACATTCAA
* * * * * * *
11662 TTATAGTCTGTTTTAACCAAAGATGTAAAAACAAATGAACGTAATATCAATTTTGGGTTAATAAA
65 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAAATGAACGTAAAATCAATTCTGGATTAATAAA
*
11727 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATGGATA
130 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATGGACA
* *
11768 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCCCCAAGTGGACATTCA
1 ACTA-AAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTT-TTCACATTTCCCCAAGTGGACATTCA
* *
11833 ATTATAATCTGTTTTGA-CAAAAATATAAAAAAAAGAATTGAACTTAAAATCAATTCTGAGATT-
64 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAA-AA-TGAACGTAAAATCAATTCTG-GATTA
* * *
11896 ATAAGACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGACG
125 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATGGACA
* * * * * *
11942 ACTACAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCGTTTTTTTCATATTTCTCGACA-TAGACATTCAA
1 ACTAAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTTTCACATTTCCCCA-AGTGGACATTCAA
** * *
12006 TTATTGTTTGTTTTAACCACAAAT
65 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
12030 GCCAAAAAAT
Statistics
Matches: 346, Mismatches: 73, Indels: 26
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 20 0.06
171 53 0.15
172 162 0.47
173 45 0.13
174 63 0.18
175 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ACTAAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTTTCACATTTCCCCAAGTGGACATTCAAT
TATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAAATGAACGTAAAATCAATTCTGGATTAATAAAA
CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATGGACA
Found at i:13659 original size:170 final size:173
Alignment explanation
Indices: 13452--14624 Score: 571
Period size: 172 Copynumber: 6.8 Consensus size: 173
13442 NNNNAAAGCG
*
13452 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATAAAATTTTCTTGT-CAATGAATAC-TTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACAATAAATAAAATTTTCTT-TCCAATGAATACATTT
* **
13515 TTTCTTC-CATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAATTTAT-AAAAAAA
65 TTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATGAAAAAAA
*
13578 TCGAACTTAAAATGAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAACA
130 TCGAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAACA
* * * * * * *
13622 AGTAATAATGTTTTTGAAGGAATGAGTGACAATAAATAGACTTTTCTTTCCAATGAATGCATTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACAATAAATAAAATTTTCTTTCCAATGAATACATTTT
* * * * * *
13687 TTTTTCATATTTCTCAATGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTGAAACAAAT
66 TTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATGAAAAAAAT
* * ********** * *
13752 TGAACTTAAAATCAATTATGAGATTANNNNNNNNNNTAAAGCG
131 CGAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAACA
* ** * ** *
13795 AGTAATAAGGCTTTTGAATGAATGGGAGA-ACATAAATGAAATTTTCTTAGCAATGGATAC-TTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACA-ATAAATAAAATTTTCTTTCCAATGAATACATTT
* * * *** * * * *
13858 TTTCTTTACGTTTCTTAAGGTAGACATTTGTTTATAGTTTGTTTTAA-AGAAAAATGTAAAAAAA
65 TTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACA-AAAAATATGAAAAAA
* * ** * * * * *
13922 ATTGATCAAAAAATCAATTTTGACATAATAAAACTATTGAAAGA-G
129 ATCGAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAA-ACA
* * ** * ** *
13967 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAAGTA-ACTATAAATGGACTTTTCTTTTTAATGAAT-GA-TT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAG-AGACAATAAATAAAATTTTCTTTCCAATGAATACATTT
* * * * ** * * * *
14029 TTTCTACACGTTTCCTGATGCAAG-CATTGAATCATAGTCTGTTTTAATC-AAAAATGT-AAAAA
65 TTTCTTCACATTT-CTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAAATATGAAAAA
* * * * * *
14091 AGGT-AAACTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGCG
128 A-ATCGAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAA-CTATTTAAAACA
********** * * * * *
14137 AGTAATAAGNNNNNNNNNNGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTAT-CAATGAATGC--TT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACAATAAATAAAATTTTCTT-TCCAATGAATACATTT
* * * *
14199 TTTCTT-TCATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATATAAAAAA
65 TTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAAC-AAAAA-ATATGAAAAA
* ************ * *
14263 AATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTNNNNNNNNNNCTAAAGCG
128 AATCGAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAACA
* * ** * ** * * * *
14309 AGTAATAAGACTTTTAAAGGAATGCGTGACAATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAATGC-CTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACAATAAATAAAATTTTCTTTCCAATGAATACATTTT
** * * * * * * *
14373 TTCTTCATGTTTCTCGATGTAGATATTTAATTATATTCT-GTTTAACCAAAAA-A-GTAAAAAAA
66 TTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATG-AAAAAAA
* * * ***
14435 TTGAACTTAAAATCAATTTTGAAAGT-ATAAAACTATTTAAAGTG
130 TCGAACTTAAAATCAATTATGAGA-TCATAAAACTATTTAAAACA
* ** * * * ** *
14479 AGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGAGACCATAAATGAACTTTTCTTAGCAATGAATGC-TTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACAATAAATAAAATTTTCTTTCCAATGAATACATTTT
* ** * * * * * * *
14543 TTCATCATGTTTCTCAAGGTAAACATTGAGTTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAAT
66 TTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATGAAAAAAAT
* *
14608 TGAACATAAAATCAATT
131 CGAACTTAAAATCAATT
14625 TTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 760, Mismatches: 209, Indels: 66
0.73 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.01
169 27 0.04
170 256 0.34
171 70 0.09
172 279 0.37
173 96 0.13
174 26 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (173 bp):
AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACAATAAATAAAATTTTCTTTCCAATGAATACATTTT
TTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATGAAAAAAAT
CGAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAACA
Found at i:14362 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 14338--14377 Score: 53
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
14328 GAATGCGTGA
*
14338 CAATAAATGGATTTTTCTTGC
1 CAATAAATGCATTTTTCTTGC
* *
14359 CAATGAATGCCTTTTTCTT
1 CAATAAATGCATTTTTCTT
14378 CATGTTTCTC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 3, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 16 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.17, G:0.12, T:0.45
Consensus pattern (21 bp):
CAATAAATGCATTTTTCTTGC
Found at i:20751 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 19541--20958 Score: 501
Period size: 171 Copynumber: 8.3 Consensus size: 171
19531 NNNNNNNNNN
* * * * * **
19541 AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACTTTTTTCA-TTAAATTAG
1 AATGGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTT-GATTTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAG
* * ** * ** * *
19605 ATTATAATTGAATATCTAGGTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAAAAAAAAAGT
64 ACTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAAACCAGAAGAAAAAGACATTCATTG---AAAAGAAAAGT
* * * *
19670 CCATTTCTTAT-CA-TACATTC-CTTCCAAAA-CCTTATTACTCGCTTTA
126 CCATTT-ATATCCACT-CATTCTC-T-CAAAAGCCTTATTGCTCACTATA
* * * * * * *
19716 AATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTATAAATAGA-ATTTTTT-CATTTTT--TTAAAAACAGA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTAGTT-AAAACAGA
* * ** * *** * * * * *
19777 CTTTAATTGAATATCTGGCTTAAGAAATTTGTAGAAAATA-CCATTTATTGAGAAA-AAAAATTC
65 CTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAAACCAGAAGAAAA-AGACATTCATTGA-AAAGAAAAGTCC
** * * ** ** * *
19840 ATTTATAGACACCCATTCTTTCAAAAGTATTATTATTCGCTTTA
128 ATTTATATCCACTCATTCTCTCAAAAGCCTTATTGCTCACTATA
* * ** ** *
19884 AATAGTTTTATAATCTCATAATTCGTTTTAAGTCAATTTTTTTTACATTTTTTGTT-AAACAGAC
1 AATGGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAC
* ********** ** * ** *
19948 TATAATTAAATGTCTNNNNNNNNNNACGTGAAGAAAAA-AGCATTCATGGGCAAGAAAAGTACAT
66 TATAATTGAATGTCTACCTAAAGAAACCAGAAGAAAAAGA-CATTCATTGAAAAGAAAAGTCCAT
* * *
20012 TTATAGT-CACTCATTCTTTCAAAAGCCTTACTATGC-GA-TTTA
130 TTATA-TCCACTCATTCTCTCAAAAGCCTTA-T-TGCTCACTATA
* * * * * *
20054 AAT--TATTTATAATCTTATAATTGATTTTAATTTGA-GTTTTTTATC-TTTTTGGTTAAAACAG
1 AATGGT-TTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGATTTTTTTTA-CATTTTTAGTTAAAACAG
* * ** * * * *
20115 ACTATAATTAAATGTCTGCCTTGAGAAA-CATGAATAAAAGGGCATTCATT-AGCAAGAAAAGTC
64 ACTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAAACCA-GAAGAAAAAGACATTCATTGA-AAAGAAAAGTC
* * * * * ********
20178 TATTTACAGT-CACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACNNNNNNNN
127 CATTTATA-TCCACTCATTCTCTCAAAAGCCTTATTGCTCACTATA
** * * * * * * *
20223 NNTAGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTCAGTTGAATTTTTTGACATTTTT-GATTAAAATAGA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGA
* * * * **********
20287 CTGTAATTGCATATCTACCTCAAGAAA-CAGAAAGAAAAAGACATNNNNNNNNNNGAAAAGTCCA
65 CTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAAACCAG-AAGAAAAAGACATTCATTGAAAAGAAAAGTCCA
* * * * *
20351 TTTATAGT-CAC-CATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTG
129 TTTATA-TCCACTCATTCTCTCAAAAGCCTTATTGCTCACTATA
********** * * ** * * * *
20393 AATGGTTNNNNNNNNNNATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTTGGATAAAACATAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAC
* * * * ** * **
20458 TATAGTTAAATATTTACCTTGAGAAA-CATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
66 TATAATTGAATGTCTACCTAAAGAAACCA-GAAGAAAAAGACATTCATTGAAAAGAAAAGTCCAT
* * * * *
20522 TCACTAT-CA-TCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
130 TTA-TATCCACT-CATTCTCTCAAAAGCCTTATTGCTCACTATA
********** * *
20564 NNNNNNNNNNTAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGATTTTTTTTACGTTTTTAGTTAAAA-ATGG
1 AATGGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA-GA
* * * * *
20628 CTATAATTGAATTTCTACCTAAAGATATCAGAAGAAAAAGTCATTTATTGAAAAGAAAAGTCCAT
65 CTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAAACCAGAAGAAAAAGACATTCATTGAAAAGAAAAGTCCAT
*
20693 TTATAGT-CACTCATTCTCTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTA
130 TTATA-TCCACTCATTCTCTCAAAAGCCTTATTGCTCACTATA
* *********
20735 AATTGTTTTATAATCTCATANNNNNNNNNNAA-TTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
1 AATGGTTTTATAATCTCATA-ACTAATTTTAAGTTG-ATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
* * * **
20799 ACTATAATTGCATGTCTACCTCAAGAAACCTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
64 ACTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAAACCAGAAGAAAAAGACATTCATTGAAAAGAAAAGTCCA
* *
20864 TTTATATCCGCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTATA
129 TTTATATCCACTCATTCTCTCAAAAGCCTTATTGCTCACTATA
* *
20907 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-TATTTTTTTACATTTTT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAT-TTTTTTTACATTTTT
20959 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 925, Mismatches: 272, Indels: 96
0.72 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 9 0.01
168 78 0.08
169 116 0.13
170 229 0.25
171 302 0.33
172 154 0.17
173 7 0.01
174 1 0.00
175 29 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AATGGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAC
TATAATTGAATGTCTACCTAAAGAAACCAGAAGAAAAAGACATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATT
TATATCCACTCATTCTCTCAAAAGCCTTATTGCTCACTATA
Found at i:20838 original size:172 final size:162
Alignment explanation
Indices: 20599--20935 Score: 394
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 162
20589 TTTTAAGTTG
* * * * *
20599 ATTTTTTTTACGTTTTTAGTTAAAAATGGCTATAATTGAATTTCTACCTAAAGATATCAGAAGAA
1 ATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAATGACTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAAACCAGAAGAA
* *
20664 AAAGTCATTTATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGT-CACTCATTCTCTCAAAAGCCTTATTGCT
66 AAAGACATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATA-TCCACTCATTCTCTCAAAAGCCTTATTGCT
* *
20728 CACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATANNNNNNNNNNAATTGA
130 CACTATAAATGGTTTTATAATCTCATA----------AATTGA
* * *
20771 ATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA-GACTATAATTGCATGTCTACCTCAAGAAACCTGAAGA
1 ATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA-ATGACTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAAACCAGAAGA
** * *
20835 AAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATCCGCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCT
65 AAAAGACATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATATCCACTCATTCTCTCAAAAGCCTTATTGCT
20900 CACTATAAATGGTTTTATAATCTCAT-AATTG-
130 CACTATAAATGGTTTTATAATCTCATAAATTGA
20931 ATTTT
1 ATTTT
20936 AAGTTGTATT
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 16, Indels: 16
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
160 5 0.03
161 5 0.03
171 1 0.01
172 135 0.92
173 1 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (162 bp):
ATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAATGACTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAAACCAGAAGAA
AAAGACATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATATCCACTCATTCTCTCAAAAGCCTTATTGCTC
ACTATAAATGGTTTTATAATCTCATAAATTGA
Found at i:22415 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 21790--22841 Score: 882
Period size: 171 Copynumber: 6.2 Consensus size: 170
21780 NNNNNNNGAC
* * * ** * * *
21790 AAACATGAAGAACAATACATTCATTAACAAGAAAAGA-CCATTTATTA-TCACCCATTCCTTT-A
1 AAACTTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAA-ATACATTTA-TAGCCACTCATT-CTTTCA
* * * *
21852 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTCAATTTTTTT
63 AAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-TTTTTT
* * ** ** *
21917 TACATTTTTAGATAAAACAGATTATAATTGAATACCTAGGTCGAG
126 TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
** * * * * *
21962 AAA-TGTGAAGAAAAA-AGCATTCATTGATAA-AAAAAAATCAATTTATTGTCTCCCATTCCTTT
1 AAACT-TGAAGAAAAAGA-CATTCATTGGCAAGAAAAATA-C-ATTTATAGCCACTCATT-CTTT
* * * * *
22024 CAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTATAAATTGAATTTTT
61 CAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTT
* * *
22088 TTACATTTTT--TTAAAACAGAC-AGTAATTAAATATCTAGCTCAAG
125 TTACATTTTTAGTTAAAACAGACTA-TAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * * * **
22132 AAA-TGTGCAGAAAATA-TCATTTATTGAG-AA-AAAAATCCATTTATAGATACTCATTCTTTCA
1 AAACT-TGAAGAAAA-AGACATTCATTG-GCAAGAAAAATACATTTATAGCCACTCATTCTTTCA
* * *
22193 AAAGCGTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
63 AAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTT
* * *
22258 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTGTACCTCAAG
127 ACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * * * * *
22302 AAACTTGAAGAAAAAGACTTTCATTGGCCAGAAAAGTACATATATAGCCACTCTTTCTTTTAAAA
1 AAACTTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAATACATTTATAGCCACTCATTCTTTCAAAA
* * * **
22367 GCCTTATTGCTCACTGTAAATGGTTTTATAATCT-ACTAATTAATTTTAAGCTATTTTTTTTTTA
66 GCCTTATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAG-T-TAATTTTTTTA
** ** * **
22431 CATTTTTCCTTAAAACAGACTATTGTTGAATGTTTACCTTGAG
128 CATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * *
22474 AAACATGAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATACATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAA
1 AAACTTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAATACATTTATAGCCACTCATTCTTTCAAAA
* ********** * * * *
22538 GTCTTATTNNNNNNNNNNAATAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTGTTCACA
66 GCCTTATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTACA
* * *
22603 TTTTTAGTTAAAACAGAGTATAATTGAATGCCTGCCTC-AG
130 TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * * *
22643 AAAACGTAAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGAAAAGT-CTATTTATA-CTCACTCATTCTTTCA
1 -AAACTTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAATAC-ATTTATAGC-CACTCATTCTTTCA
* * * * *
22706 AAAGCCTTATTACTGGCTGTAAATGGTTTTATATTATCATAACTGATTTGAAGTTATATTTTTTT
63 AAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-ATTTTTTT
* *
22771 ACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
127 ACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
*
22815 AAACTAGAAGAAAAAGACATTCATTGG
1 AAACTTGAAGAAAAAGACATTCATTGG
22842 TAAGNNNNNN
Statistics
Matches: 714, Mismatches: 138, Indels: 57
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 9 0.01
168 75 0.11
169 6 0.01
170 152 0.21
171 306 0.43
172 96 0.13
173 66 0.09
174 4 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAACTTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAATACATTTATAGCCACTCATTCTTTCAAAA
GCCTTATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACAT
TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
Found at i:24701 original size:170 final size:158
Alignment explanation
Indices: 24391--24713 Score: 296
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 158
24381 TAATTGATTA
* * **
24391 TAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTTTAAAACAGACTTTAATTAAATATTTGACTCAAGAAATGTG
1 TAAGTCAAATTTTTTAACATTTTTTTAAAACAGACTATAATTAAATATTTGACTCAAGAAACATG
* * * * * * *
24456 TAGAAAATACCATTTATTGAGAAAAATATCTATTTATAGACATCCACTCTTTCAAAAGCCTTATT
66 GAGAAAAAAACATTCATGGAGAAAAATATCTACTTATAGACATCCACTCTTTCAAAAGCCTTACT
*
24521 ACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNT
131 ACGCGCTTTAAATTA-TTTTATAATCTC----------T
* *
24559 TAAGTCAAATTTTTTTACATTTTTAGTT-AAACAGACTATAATTGAATATTT-ACCTCAAGAAAC
1 TAAGTCAAATTTTTTAACATTTTT--TTAAAACAGACTATAATTAAATATTTGA-CTCAAGAAAC
* * * *
24622 ATGGAGAAAAAAACATTCATGGGCAAGAAAAGT-TCT-CTTATAGTCATTCATTCTTTCAAAAGC
63 ATGGAGAAAAAAACATTCAT-GG--AGAAAAATATCTACTTATAGACATCCACTCTTTCAAAAGC
24685 CTTACTACGCGCTTTAAATTATTTTATAA
125 CTTACTACGCGCTTTAAATTATTTTATAA
24714 CCTTATAATT
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 18, Indels: 12
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 23 0.18
169 45 0.35
170 50 0.38
171 5 0.04
172 7 0.05
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (158 bp):
TAAGTCAAATTTTTTAACATTTTTTTAAAACAGACTATAATTAAATATTTGACTCAAGAAACATG
GAGAAAAAAACATTCATGGAGAAAAATATCTACTTATAGACATCCACTCTTTCAAAAGCCTTACT
ACGCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCT
Found at i:25000 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 23427--27596 Score: 2886
Period size: 171 Copynumber: 24.4 Consensus size: 171
23417 NNNNNNNNNN
* *
23427 GAAGAAAAA-AGCATTCA-TGGGCAAGAAAAGTCC-TCTTATAGTCACTCATTCTTTTAAAAGCC
1 GAAGAAAAAGA-CATTCATTGGACAAGAAAAGTCCAT-TTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCC
** ** * *
23489 TTACCACGT-GCTTTAAATTATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACCTT
64 TTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * *
23552 TTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTTCTTCAAGAAATCA
128 TTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAT-A
* * * * *
23597 -AA-ACAAAAGTCATTCATT-GAAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAGTT-TGTCAAAAGCC
1 GAAGA-AAAAGACATTCATTGGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-TTCTTTCAAAAGCC
* **********
23658 TTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAANNNNNNNNNNGTTGAATTTTTTTACATTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * *
23723 TTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATATGTACCTCGAGAAACCT-
129 TTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA--TA
* * * ** *
23767 GAAGAAAAAGATATTTATT-GATAAGAAAAGTCCATTTATAACCACTCATTCTTTCAAAAGCCTG
1 GAAGAAAAAGACATTCATTGGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTT
** ********** *
23831 ATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTT
66 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
** * * * *
23895 CTTTAAAACATACTATAATTAAATGTCTATCTCAA-AAATGT
131 AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAT-A
* * * *
23936 GAAGTAAAAAG-CATTCA-T-CACCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCGAAAGCC
1 GAAG-AAAAAGACATTCATTGGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCC
** * *
23998 TTATTACTCTATTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAGTTCAATTTTTTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT---G---AA-TTTTTT
* * * * * * * ** *
24063 TACTTTTTTGGTTAAAACATATTATAACTGAATATCTACGTTGAGAAACA
122 TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATA
* * * * *
24113 TGAAGAAAAATG-CATTCATT-AACAAGAAAAGACCATTTATTAATGC-C-CCTTCCTTCAAAAG
1 -GAAGAAAAA-GACATTCATTGGACAAGAAAAGTCCATTTA-TAGT-CACTCATTCTTTCAAAAG
* ********** *
24174 CCTTATTACTCACTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTATTTTAC-
62 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACA
** * * * * *
24238 TTTCTGGGTTAAAACAAATTATAATTGAATTTTTACGTCAAGAAACGT-
126 TTT-TTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA--TA
* * * * *
24286 CAAGAAAATAG-CATTCATT-GATAAGAAAAATCTATTTATTGTCAC-CTATTCTTTCAAAAGCC
1 GAAGAAAA-AGACATTCATTGGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCTTTCAAAAGCC
* * * * *
24348 TTATTACTCGCTTGAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTATAAGTTAAATTTTTTAACATTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * *
24413 TT--TTAAAACAGACTTTAATTAAATATTTGA-CTCAAGAAATGT
129 TTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACCTCAAGAAAT-A
* * * * * * *
24455 GTAGAAAATA-CCATTTATTGAGA-AA-AATA-TCTATTTATAGACA-TCCACTCTTTCAAAAGC
1 GAAGAAAA-AGACATTCATTG-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATTCTTTCAAAAGC
* ********** **
24515 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTCAAATTTTTTTACATT
63 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * *
24580 TTTAGTT-AAACAGACTATAATTGAATATTTACCTCAAGAAACA
128 TTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATA
* * * * *
24623 TGGAGAAAAAAACATTCA-TGGGCAAGAAAAGTTC-TCTTATAGTCATTCATTCTTTCAAAAGCC
1 -GAAGAAAAAGACATTCATTGGACAAGAAAAGTCCAT-TTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCC
* * ** * * * * *
24686 TTACTACGCGCTTTAAATTATTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTAACTTTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
********
24751 TTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCNNNNNNNNNNT-
129 TTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC--TCAAGAAATA
* *
24794 GAAGAAAAAGGCATTCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTACT-GTCACCCATTCTTTCAAAAGCCT
1 GAAGAAAAAGACATTCATTGGACAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCT
* * * *
24857 TATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATTTCATAAATGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * *
24922 TTGTTAAAATAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATA
130 TAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATA
* * *
24964 GAAAGAAAAAGACATTCATTGGAC-AGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
1 G-AAGAAAAAGACATTCATTGGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCT
* * * *
25028 TATTACTCGCTGTAAATAGTTTTATGATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATAC-TT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTT-TACATT
* * * * *
25092 TTGA-TTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACGTTAAGAAACA
128 TTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATA
********** * *
25135 GAAAGAAAAAGACATTCATTGG-CAAGAAAANNNNNNNNNNAGTCACCCATTCTTTCGAAAGCCT
1 G-AAGAAAAAGACATTCATTGGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCT
* * * * *
25199 TATTACTCGCTTTAATATGATTTTACAACCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTACATTT
65 TATTACTCGCTTTAA-ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * ** *
25264 TTGGATAAAACAGATTATAGTTGAATATCTGGCTCAAGAAATGT
129 TTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAT-A
* * * * * * *
25308 GTAGCAAATGCCATTTATTGAGA-AA-AAAA--CCATTTATAGACACCCATTCTTTCAAAAGCCT
1 GAAGAAAAAGACATTCATTG-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCT
* ********** *
25369 TATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * * *
25434 TGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTGTACCTCGAGAAACTT
130 TAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA-TA
* * * * *
25477 GAAGAAAAAGACATTCATT-GCCAAGAAAAGTTCATTTATAGCCACTCTTTCTTTTAAAAGCCTT
1 GAAGAAAAAGACATTCATTGGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTT
* * * * * * * *
25541 AGTGCTCACTGTAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGA-TTTAAGCTGTATTTTTTTTACATTTG
66 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTT
* ** ** *
25605 TCGTTAAAACAGACTATTTTTGAATG-CTTACCTTGAGAAACA
130 TAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCAAGAAATA
* * * *
25647 TGAAG-AAAAGGCTTTCATTGG-CAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATT-TCTTCAAAAGCC
1 -GAAGAAAAAGACATTCATTGGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCT-TTCAAAAGCC
****************** * *
25709 TTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * *
25774 TTAGTTAAAATAGAGTATAATTGAATGCCTGCCT-TAGAAA-A
129 TTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATA
* * *
25815 CGTAAAGAAAAAGACATTCATTCG-CAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATTCTTTCAAGAGC
1 -G--AAGAAAAAGACATTCATTGGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGC
* * * *
25879 CTTATTGCTCGCTGTAAATGGTTTTATATTATCATAATTGATTTTAAGTT-ATATTTTTTTACAT
63 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACAT
* * *
25943 TTTTAGTTAAAACATACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACCA
127 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA-TA
* * * * *
25989 GAAGAAAAAGACATTCATTGG-TAGGAAATGTCCATTTATTGTCACTCATTCTTTCAAAAGCTTT
1 GAAGAAAAAGACATTCATTGGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTT
* *
26053 ATTACTCGCTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTT
66 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * *
26118 AATTAAAATAGAGTATAATTGAATGCCTACCTC-AGAAA-A
131 AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATA
* * *
26157 CGTAAAGAAAAAGACATTCATTGG-TAAGAAAAGTCCATTTATACTAACTCATTCTTTCATAAA-
1 -G--AAGAAAAAGACATTCATTGGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCA-AAAG
* * * * *
26220 CCTTATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATATTATCATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTTTCCAT
62 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* *
26285 TTTTAGTTAAAACATACTATAAATGAATGTCTACCTCAAGAAACTA
127 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA-TA
* * * * *
26331 GAAGAAAAAGACATTCATTGG-TAAGAAATGTCCATTTATTGTCACTCATTTTTTCAAAAGCTTT
1 GAAGAAAAAGACATTCATTGGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTT
********** *
26395 ATTACTCGCTTTNNNNNNNNNNATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTTATATTT
66 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTT
* *
26459 TTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-CCTTCCAGAAGCTA
129 TTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAA-ATA
* * *
26503 GAAGAAAAAGACATTCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGACACTCGTTCTTTCGAAAGCCTT
1 GAAGAAAAAGACATTCATTGGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTT
* * * **
26567 ATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAACTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTATGTTTTT
66 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * *
26631 TGTTAAAA-ATGAATATAATTGAATGTCTACCTGAAAAAACCTA
131 AGTTAAAACA-GACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA--TA
* *
26674 -AAGAAAATGACATTCATTGG-CAAGAACAA-TCCATTTATAGCCACTCATTCTTTCAAAAGCCT
1 GAAGAAAAAGACATTCATTGGACAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCT
* * * * * * *
26736 TAATGCACACTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG-TCTTTAAGTTGTATTTTTTTATATTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* ** * * **
26800 TTTGTTAAAACAGACTATTGTTAAATGCCTACCTTGAGAAACATA
129 TTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AA-ATA
* * * * * *****
26845 -AAG-AAAAGGCATTCATTGG-CAAGAAAAATTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAANNNNN
1 GAAGAAAAAGACATTCATTGGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTT
*********** * * *
26907 NNNNNNNNNNNTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTCTTTACATTTTT
66 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * *
26972 AGTTAAAATAGAGTATAATTGAATG-CTTGCCTTGGAA-AACATA
131 AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACC-T-CAAGAA-ATA
* * * **********
27015 -AAGAAATACG-CATTCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATACTTACTCATTCTTNNNNNNNNNN
1 GAAGAAA-AAGACATTCATTGGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCT
* * * *
27077 TATTACTCGCTGTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTT-ATATTTTTTTACATGT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTT
* * * *
27141 TTACTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACCA
129 TTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA-TA
* * * ** *
27185 GAAGAAAAAGACAGTCATTGG-TAAGAAATGTCCACGTATATTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTT
1 GAAGAAAAAGACATTCATTGGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTT
* ********** * *
27249 ATTACTCGCTTTAAATGGCTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTT
66 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTT
* * * *
27314 TAGTTAAAATAGACTATAATTAAATGTAT-CTTTCCAA-AAACTA
130 TAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-CT-CAAGAAA-TA
* * * * *
27357 GAGGGAAAAGACATTCATT-GATAAGAAAAGTCCATTTATAGACAATCATTCTTTCAAAAGCCTT
1 GAAGAAAAAGACATTCATTGGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTT
* ********** *
27421 ATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATNNNNNNNNNNAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTT
66 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * *
27485 TGTTAAAATAGACTATAATTAAATGTCTACTTCAA-AAACA
131 AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATA
* * ** *
27525 TGAGGGAAAAAG-CATTCATTGG-CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTTTCATTCCTTCAAAAGCC
1 -GA-AGAAAAAGACATTCATTGGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCC
27588 TTATTACTC
64 TTATTACTC
27597 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3131, Mismatches: 727, Indels: 285
0.76 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.00
168 93 0.03
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170 783 0.25
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180 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
GAAGAAAAAGACATTCATTGGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTT
ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATA
Found at i:25183 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 23432--27596 Score: 2559
Period size: 341 Copynumber: 12.2 Consensus size: 339
23422 NNNNNGAAGA
* * **
23432 AAAAAG-CATTCATGGGCAAGAAAAGTCC-TCTTATAGTCACTCATTCTTTTAAAAGCCTTACCA
1 AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT-TTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTA
* ** * * * * *
23495 CGT-GCTTTAAATTATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACCTTTTTGGT
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* * * * * *
23558 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTTCTTCAAGAAATCA-AA-ACAAAAGTCATTCATTGAAAAA
129 TAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA-CAGAAGA-AAAAGACATTCATTGGAAGA
* ** * *
23621 AAAAGTCCATTTATAGTCATTCAGTT-TGTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATA
192 AATA-TCCATTTATAGTCACCCA-TTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
********** * *
23685 ATCTCATAANNNNNNNNNNGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAATAGACTATAATTGAAT
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*** *
23749 ATGTACC-TCGAGAAACCTG-AAG
318 GCCTACCTTC-AGAAA-CAGAAAG
* * ** ** *
23771 AAAAAGATATTTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAACCACTCATTCTTTCAAAAGCCTGATTAC
1 AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC
** * * * ********** * **
23836 TTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTCTTTA
66 TCGCTGTAAATGGTTTTATATTATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTA
* * * ** ***
23900 AAACATACTATAATTAAATGTCTATCTCAA-AAATGTGAAGTAAAAAG-CATTCATCACCAAGAA
131 AAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA-CAGAAG-AAAAAGACATTCAT-TGGAAGAA
* * * * ** *
23963 A-AGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTATTTAAATTGTTTTATAAT
193 ATA-TCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * *
24027 CTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAGTTCAATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACATATTATAACT
257 CTCATAATTGATTTTAAGTT---G---AATTTTTTATA--TTTTTGATTAAAACAGACTATAATT
** * *
24092 GAATATCTACGTTGAGAAACATG-AAG
314 GAATGCCTACCTTCAGAAACA-GAAAG
** * * * *
24118 AAAAATG-CATTCATTAACAAGAAAAGACCATTTATTAATGC-C-CCTTCCTTCAAAAGCCTTAT
1 AAAAA-GACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGT-CACTCATTCTTTCAAAAGCCTTAT
* ********* * * *
24180 TACTCACT-TNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTATTTTAC-TTTCT
63 TACTCGCTGT-AAATGGTTTTATATTATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTT-T
** * * * *
24243 GGGTTAAAACAAATTATAATTGAATTTTTACGTCAAGAAAC-GTCAAGAAAATAG-CATTCATTG
125 TAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAG--AAGAAAA-AGACATTCATTG
* * * * * *
24306 ATAAGAAAAATCTATTTATTGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGGTTT
187 -GAAGAAATATCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * *
24371 TGTAATCTCATAATTGATTATAAGTTAAATTTTTTAACATTTTT--TTAAAACAGACTTTAATTA
251 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTG
*** * **
24434 AATATTTGA-C-TCAAGAAA-TGTGTAG
315 AATGCCT-ACCTTC-AGAAACAG-AAAG
* * * * *
24459 AAAATA-CCATTTATTGAG-AA-AAATA-TCTATTTATAGACA-TCCACTCTTTCAAAAGCCTTA
1 AAAA-AGACATTCATTG-GCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACT-CATTCTTTCAAAAGCCTTA
* * * * ********** **
24519 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTCAAATTTTTTTACATTTTTA
62 TTACTCGCTGTAAATGGTTTTATATTATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
* * * * * *
24584 GTT-AAACAGACTATAATTGAATATTTACCTCAAGAAACATGGAGAAAAAAACATTCATGGGCAA
127 GTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACA-GAAGAAAAAGACATTCATTGG-AA
* ** * * **
24648 GAAA-AGTTC-TCTTATAGTCATTCATTCTTTCAAAAGCCTTACTACGCGCTTTAAATTATTTTA
190 GAAATA-TCCAT-TTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
24711 TAACCTTATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTA-ACTTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAA
253 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATA-TTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAA
* **********
24775 TGTCTACCNNNNNNNNNNTG-AAG
317 TGCCTACC-TTCAGAAACAGAAAG
* *
24798 AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACT-GTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTA
1 AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
24862 CTCGCTGTAAATGGTTTTATAATT-TCATAAATGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTTGT
65 CTCGCTGTAAATGGTTTTAT-ATTATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
* *
24926 TAAAATAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATAGAAAGAAAAAGACATTCATTGGACAGA
129 TAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAG-AAGAAAAAGACATTCATTGGA-AGA
* * * * *
24991 AATGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTATGAT
192 AATATCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
25056 CTCATAAATGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATACTTTTGATTAAAATAGACTATAATTGAATGTC
257 CTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGCC
* *
25121 TACGTTAAGAAACAGAAAG
321 TACCTTCAGAAACAGAAAG
********** * *
25140 AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAANNNNNNNNNNAGTCACCCATTCTTTCGAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * *** * * * *
25205 TCGCTTTAATATGATTTTACAACCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGAT
66 TCGCTGTAA-ATGGTTTTATATTATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTT
* * * * ** ** * * * * *
25270 AAAACAGATTATAGTTGAATATCTGGCTCAAGAAATGTGTAGCAAATGCCATTTATTGAGAA-AA
130 AAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA-CAGAAGAAAAAGACATTCATTG-GAAGAA
* * *
25334 A-AACCATTTATAGACACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
193 ATATCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
********** * * * **
25398 TNNNNNNNNNNTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTGT
258 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCT
*
25463 ACC-TCGAGAAACTTG-AAG
322 ACCTTC-AGAAAC-AGAAAG
* * * * * * *
25481 AAAAAGACATTCATTGCCAAGAAAAGTTCATTTATAGCCACTCTTTCTTTTAAAAGCCTTAGTGC
1 AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * * * * *
25546 TCACTGTAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGA-TTTAAGCTGTATTTTTTTTACATTTGTCGTT
66 TCGCTGTAAATGGTTTTATATTATCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTAGTT
* ** ** * *
25610 AAAACAGACTATTTTTGAATG-CTTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAGGCTTTCATTGGCAAGA
130 AAAACAAACTATAATTGAATGTC-TACCTCAAGAAACA-GAAGAAAAAGACATTCATTGG-AAGA
* ******************
25673 AAAATCCATTTATAGTCACCCATT-TCTTCAAAAGCCTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAA
192 AATATCCATTTATAGTCACCCATTCT-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* *
25737 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTT-AGTTAAAATAGAGTATAATTGAATG
256 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTATATTTTTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATG
*
25801 CCTGCCTT-AGAAA-ACGTAAAG
319 CCTACCTTCAGAAACA-G-AAAG
* * * *
25822 AAAAAGACATTCATTCGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATTCTTTCAAGAGCCTTATTGC
1 AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC
25887 TCGCTGTAAATGGTTTTATATTATCATAATTGATTTTAAGTT-ATATTTTTTTACATTTTTAGTT
66 TCGCTGTAAATGGTTTTATATTATCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTAGTT
* * *
25951 AAAACATACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACCAGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAGGAA
130 AAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA-CAGAAGAAAAAGACATTCATTGG-AAGAA
* * * * *
26016 ATGTCCATTTATTGTCACTCATTCTTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATCGTTTTATAATC
193 ATATCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * *
26081 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAATTAAAATAGAGTATAATTGAATGCCT
258 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTATATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCT
26146 ACC-TCAGAAA-ACGTAAAG
322 ACCTTCAGAAACA-G-AAAG
* * *
26164 AAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATACTAACTCATTCTTTCATAAA-CCTTATTA
1 AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCA-AAAGCCTTATTA
* *
26228 CTCGCTGTAAATGGTTTTATATTATCATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTTTCCATTTTTAGTT
65 CTCGCTGTAAATGGTTTTATATTATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTT
* *
26293 AAAACATACTATAAATGAATGTCTACCTCAAGAAACTAGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAA
130 AAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC-AGAAGAAAAAGACATTCATTGG-AAGAA
* * * * * **********
26358 ATGTCCATTTATTGTCACTCATTTTTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTNNNNNNNNNNATAATC
193 ATATCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
26423 TCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
258 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTATATTTTTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATG
* *
26486 TCT-CCTTCCAGAAGCTAG-AAG
319 CCTACCTT-CAGAAAC-AGAAAG
* * * *
26507 AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGACACTCGTTCTTTCGAAAGCCTTATTGC
1 AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * ** *
26572 TCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAACTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTATGTTTTTTGTTA
66 TCGCTGTAAATGGTTTTATATTATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTA
* * *
26636 AAA-ATGAA-TATAATTGAATGTCTACCTGAAAAAACCTA-AAGAAAATGACATTCATTGGCAAG
131 AAACA--AACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA-C-AGAAGAAAAAGACATTCATTGG-AAG
* * * * * * *
26698 AACA-ATCCATTTATAGCCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTAATGCACACTGTAAATGGTTTTATA
191 AA-ATATCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* ** *
26762 ATCTCATAATTG-TCTTTAAGTTGTATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAACAGACTATTGTTAAA
255 ATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTG-AATTTTTTATA-TTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAA
* *
26825 TGCCTACCTTGAGAAACATAAAG
317 TGCCTACCTTCAGAAACAGAAAG
* * * * * **********
26848 -AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAANNNNNNNNNN
1 AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC
****** * * * * *
26912 NNNNNNTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTCTTTACATTTTTAGTTA
66 TCGCTGTAAATGGTTTTATATTATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTA
* * * * ** * *
26977 AAATAGAGTATAATTGAATG-CTTGCCT-TGGAAAACATAAAGAAATACG-CATTCATTGGCAAG
131 AAACAAACTATAATTGAATGTC-TACCTCAAG-AAACA-GAAGAAA-AAGACATTCATTGG-AAG
* * * ********** * *
27039 AAA-AGTCCATTTATACTTACTCATTCTTNNNNNNNNNNTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTATA
191 AAATA-TCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
27103 ATCTCATAATTGATTTTGAGTT-ATATTTTTTTACATGTTT-ACTTAAAACAAACTATAATTGAA
255 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-A-TTTTTTATATTTTTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAA
*
27166 TGTCTACC-TCTAGAAACCAG-AAG
317 TGCCTACCTTC-AGAAA-CAGAAAG
* * * ** *
27189 AAAAAGACAGTCATTGGTAAGAAATGTCCACGTATATTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC
* * ********** * *
27254 TCGCTTTAAATGGCTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTAGTT
66 TCGCTGTAAATGGTTTTATATTATCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTT
* * * * * * * *
27319 AAAATAGACTATAATTAAATGTAT-CTTTCCAA-AAACTAGAGGGAAAAGACATTCATTGATAAG
130 AAAACAAACTATAATTGAATGTCTAC-CT-CAAGAAAC-AGAAGAAAAAGACATTCATTG-GAAG
* ** *
27382 AAA-AGTCCATTTATAGACAATCATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATA
191 AAATA-TCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
********** * *
27446 ATCTCATNNNNNNNNNNAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTG-TTAAAATAGACTATAATTAAATG
255 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATA-TTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * **
27510 TCTA-CTTCAAAAACATGAGGG
319 CCTACCTTCAGAAACA-GAAAG
* ** *
27531 AAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTTTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC
27595 TC
66 TC
27597 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2955, Mismatches: 714, Indels: 312
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
336 1 0.00
337 9 0.00
338 127 0.04
339 89 0.03
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343 354 0.12
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351 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC
TCGCTGTAAATGGTTTTATATTATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTA
AAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAGAAGAAAAAGACATTCATTGGAAGAAATA
TCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCT
TCAGAAACAGAAAG
Found at i:25343 original size:512 final size:509
Alignment explanation
Indices: 23427--27596 Score: 2541
Period size: 512 Copynumber: 8.1 Consensus size: 509
23417 NNNNNNNNNN
* *
23427 GAAGAAAAA-AGCATTCA-TGGGCAAGAAAAGTCC-TCTTATAGTCACTCATTCTTTTAAAAGCC
1 GAAGAAAAAGA-CATTCATTGGACAAGAAAAGTCCAT-TTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCC
** * ** * *
23489 TTACCACGT-GCTTTAAATTATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA-CCTT
64 TTATTAC-TCGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATAC-T
* * * *
23552 TTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-TCTTCAAGAAATCA--AAA-CAAAAGTCATTCA
127 TTT-GTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAA-CACGAAAGAAAAAGACATTCA
* * ** * * *
23613 TT-GAAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAGTT-TGTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAAT
189 TTGGCAAGAAAAA-TCCATTTATAGTCACCCA-TTCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTGTAAAT
* ********** *
23676 GGTTTTATAATCTCATAANNNNNNNNNNGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTAT
251 GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAT
* * * * ** * * *
23741 AATTGAATATGTACCTCGAGAAACCTGAAGAAAAAGATATTTATTGATAAGAAAAGTCCATTTAT
316 AATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGACATTCATTGA-GA-AAAAGTCCATTTAT
** * * ** * **********
23806 AACCACTCATTCTTTCAAAAGCCTGATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCNNNNNNNNNN
379 AGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* ** * * *
23871 TTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTCTTTAAAACATACTATAATTAAATGTCTATCTCAA-AAA-
444 TTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
*
23933 TGT
508 T-A
* * * *
23936 GAAGTAAAAAG-CATTCA-T-CACCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCGAAAGCC
1 GAAG-AAAAAGACATTCATTGGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCC
** * * * *
23998 TTATTACTCTATTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAGTTCAATTTTTTT
64 TTATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT---G---AATTTTTTA
* * * * * * * *
24063 TACTTTTTTGGTTAAAACATATTATAACTGAATATCTACGTTGAGAAACATG-AAGAAAAATG-C
123 TAC--TTTT-GTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACACGAAAGAAAAA-GAC
** * * *
24126 ATTCATTAACAAGAAAAGA-CCATTTATTAATGC-CCC-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
184 ATTCATTGGCAAGAAAA-ATCCATTTA-TAGT-CACCCATTCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCT
********* * **
24188 -TNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTATTTTAC-TTTCTGGGTTAAA
245 GT-AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTT-TTAGTTAAA
* * * * * * * *
24251 ACAAATTATAATTGAATTTTTACGTCAAGAAACGTCAAGAAAATAG-CATTCATTGATAAGAAAA
307 ACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATGTGAAGAAAA-AGACATTCATTG---AGAAAA
* * * *
24315 A-TCTATTTATTGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TGAAATGGTTTTGTAATC
368 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTGT-AAATGGTTTTATAATC
* * * * * *
24378 TCATAATTGATTATAAGTTAAATTTTTTAACATTTTT--TTAAAACAGACTTTAATTAAATATTT
432 TCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
*
24441 GA-CTCAAGAAA-TGT
496 -ACCTCAAGAAACT-A
* * * * * * *
24455 GTAGAAAATA-CCATTTATTGAGA-AA-AATA-TCTATTTATAGACA-TCCACTCTTTCAAAAGC
1 GAAGAAAA-AGACATTCATTG-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATTCTTTCAAAAGC
* * ********** **
24515 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTCAAATTTTTT-TACAT
63 CTTATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATAC--
* * * * * * *
24579 TTTTAGTT-AAACAGACTATAATTGAATATTTACCTCAAGAAACATG-GAGAAAAAAACATTCAT
126 TTTT-GTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACACGAAAGAAAAAGACATTCAT
* * * ** * * * *
24642 GGGCAAGAAAAGTTC-TCTTATAGTCATTCATTCTTTCAAAAGCCTTACTACGCGCTTTAAATTA
190 TGGCAAGAAAAATCCAT-TTATAGTCACCCATTCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATGA
* * * * *
24706 TTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTAACTTTTTTA-TTAAAACAGACTATAA
253 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAA
* ********** *
24770 TTGAATGTCTACCNNNNNNNNNNTGAAGAAAAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTACT
318 TTGAATGTCTGCCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGACATTCATTGAG--A-AAAAGTCCATTTA-T
* *
24834 -GTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATTTCATAAATGATT
379 AGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
24898 TTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA-
444 TTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
24962 TA
508 TA
* * *
24964 GAAAGAAAAAGACATTCATTGGAC-AGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
1 G-AAGAAAAAGACATTCATTGGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCT
* * *
25028 TATTACTCGCTGTAAATAGTTTTATGATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATACTTT
65 TATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTATACTTT
*
25093 TGATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACGTTAAGAAACA-GAAAGAAAAAGACATTCATTGG
129 TG-TTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACACGAAAGAAAAAGACATTCATTGG
********** *
25157 CAAGAAAANNNNNNNNNNAGTCACCCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATATGATTT
193 CAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTGTAA-ATGATTT
* * * * * * * *
25222 TACAACCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGATAAAACAGATTATAGTTG
256 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTG
* * * * * * * ** *
25287 AATATCTGGCTCAAGAAATGTGTAGCAAATGCCATTTATTGAGAAAAAAACCATTTATAGACACC
321 AATGTCTGCCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGACATTCATTGAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * **********
25352 CATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTT
386 CATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * *
25417 GAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTGTACCTCGAGAAACTT
451 -AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTA
* * * * *
25477 GAAGAAAAAGACATTCATT-GCCAAGAAAAGTTCATTTATAGCCACTCTTTCTTTTAAAAGCCTT
1 GAAGAAAAAGACATTCATTGGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTT
* * * * * * *
25541 AGTGCTCACTGTAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGA-TTTAAGCTGTATTTTTTTTACATTTG
66 ATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATAC-TTT-
* ** * * * *
25605 TCGTTAAAACAGACTATTTTTGAATG-CTTACCTTGAGAAACATG-AAG-AAAAGGCTTTCATTG
129 T-GTTAAAATAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTAAGAAACACGAAAGAAAAAGACATTCATTG
*****************
25667 GCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATT-TCTTCAAAAGCCTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNN
192 GCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCT-TTC-AAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATGATT
* * * * *
25731 NTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTAGTTAAAATAGAGTATAATT
255 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATT
* * * * *
25796 GAATGCCTGCCT-TAGAAAACGTAAAGAAAAAGACATTCATTCGCA-AGAAAAGTCCATTTATAC
320 GAATGTCTGCCTCAAG-AAATGTGAAGAAAAAGACATTCATT-G-AGA-AAAAGTCCATTTATAG
* * * * *
25859 TCACTCATTCTTTCAAGAGCCTTATTGCTCGCTGTAAATGGTTTTATATTATCATAATTGATTTT
381 TCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * *
25924 AAGTTATATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACCA
446 AAGTTA-ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTA
* * * * *
25989 GAAGAAAAAGACATTCATTGG-TAGGAAATGTCCATTTATTGTCACTCATTCTTTCAAAAGCTTT
1 GAAGAAAAAGACATTCATTGGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTT
* * * *
26053 ATTACTCGCTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTT
66 ATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTATACTTTT
* * * *
26118 AATTAAAATAGAGTATAATTGAATGCCTACC-TCAGAAA-ACGTAAAGAAAAAGACATTCATTGG
130 -GTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACACG-AAAGAAAAAGACATTCATTGG
* * * * * * *
26181 TAAGAAAAGTCCATTTATACTAACTCATTCTTTCATAAACCTTATTACTCGCTGTAAATGGTTTT
193 CAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCA-AAGCCTTATTACTCGCTGTAAATGATTTT
* * * * * *
26246 ATATTATCATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTTTCCATTTTTAGTTAAAACATACTATAAATGA
257 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
* * *
26311 ATGTCTACCTCAAGAAACT-AGAAGAAAAAGACATTCATTG-GTAAGAAATGTCCATTTATTGTC
322 ATGTCTGCCTCAAGAAA-TGTGAAGAAAAAGACATTCATTGAG-AA-AAA-GTCCATTTATAGTC
* * * * **********
26374 ACTCATTTTTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTNNNNNNNNNNATAATCTCATAATTGATTTTAA
383 ACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * *
26439 GTTAATTTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-CCTTCCAGAAGCTA
448 GTTAA--TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACTA
* * *
26503 GAAGAAAAAGACATTCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGACACTCGTTCTTTCGAAAGCCTT
1 GAAGAAAAAGACATTCATTGGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTT
* * * * * **
26567 ATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAACTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATGTTTTTT
66 ATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAT-ACTTTT
* * * * *
26632 GTTAAAA-ATGAATATAATTGAATGTCTACCTGAAAAAAC-CTAAAGAAAATGACATTCATTGGC
130 GTTAAAATA-GACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACACGAAAGAAAAAGACATTCATTGGC
* * * * * * * *
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194 AAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATGATTTTA
* * * ** *
26760 TAATCTCATAATTG-TCTTTAAGTTGTATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATTGTTAA
258 TAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
* * ** ** * * *
26824 ATGCCTACCTTGAGAAACATAAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAA-TTCATTTATAGTCA
322 ATGTCTGCCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGACATTCATT-G--AGAAAAAGTCCATTTATAGTCA
* **************** *
26887 CCCATTCCTTCAAAANNNNNNNNNNNNNNNNTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
384 CCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * **
26952 TTAAATTTCTTTACATTTTTAGTTAAAATAGAGTATAATTGAATG-CTTGCCT-TGGAAAACATA
449 TT-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCAAG-AAAC-TA
* * * **********
27015 -AAGAAATACG-CATTCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATACTTACTCATTCTTNNNNNNNNNN
1 GAAGAAA-AAGACATTCATTGGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCT
* *
27077 TATTACTCGCTGTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTT-ATATTTTTT-TACATG
65 TATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTATAC-T-
* * * *
27140 TTTACTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCT-AGAAAC-C-AGAAGAAAAAGACAGTCA
127 TTT-GTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCT-TAAGAAACACGA-AAGAAAAAGACATTCA
* ** ** * * * *
27202 TTGGTAAGAAATGTCCACGTATATTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
189 TTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATGA
* ********** * * *
27267 CTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGACTATA
253 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATA
* * * * * * *
27332 ATTAAATGTAT-CTTTCCAA-AAACT-AGAGGGAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTT
317 ATTGAATGTCTGC-CT-CAAGAAA-TGTGAAGAAAAAGACATTCATTGA-GA-AAAAGTCCATTT
* ** * * ******
27394 ATAGACAATCATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATNNNNNN
377 ATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
**** * * * * *
27459 NNNNAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTAAATGTCTACTTCAA-AA
442 TTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
27522 AC-A
506 ACTA
* * ** *
27525 TGAGGGAAAAAG-CATTCATTGG-CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTTTCATTCCTTCAAAAGCC
1 -GA-AGAAAAAGACATTCATTGGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCC
27588 TTATTACTC
64 TTATTACTC
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Statistics
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Consensus pattern (509 bp):
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ATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATACTTTTG
TTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACACGAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAA
GAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATGATTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
CTGCCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGACATTCATTGAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
TTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTT
TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTA
Found at i:27665 original size:854 final size:838
Alignment explanation
Indices: 24558--27590 Score: 2058
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24548 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
24558 TTAAGTCAAATTTTTTTACATTTTTAGTT-AAACAGACTATAATTGAATATTTACCTCAAGAAA-
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* * * * * * * * * * *
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* * *** * * * * *
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130 TTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTA-TAT
* * ********** *
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* * ** * *
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* * * *
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322 TTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAAATGAA-TATA
* * * * * *
24940 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAATAGAAAGAAAAAGACATTCATTGG-ACAGAA-ATGTCCATTTA
385 ATTAAATGTCTACCTGAAAAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGCA-AGAACA-ATCCATTTA
* * * * * * *
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448 TAGCCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACACACTGTAAATGGTTTTATAATCTCA-AAATTG-
* * * * ** * * * *
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511 TCTTTAAGTTGTATTTTTTTATATTGTTTG-TTAAAACAGACTATTGTTAAATGCCTACCTTGAG
* * ********** *
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575 AAACATAAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATTCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAA
* * * * *
25195 GCCTTATTACTCGCTTTAATATGATTTTACAACCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTAC
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* * * * ** ** ** ** * * *
25260 ATTTTTGGA-TAAAACAGATTATAGTTGAATATCTGGCTCA-AGAAATGTGTAGCAAATGCCATT
687 ATTTTT-AATTAAAATAGAGTATAATTGAATGCCTACCTCAGA-AAACATAAAGAAAAAGACATT
* * * * * *
25323 TATTGAG-AA-AAAA-ACCATTTATA-GACACCCATTCTTTCA-AAAGCCTTATTGCTCGCTTTA
750 CATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATACTA-ACTCATTCTTTCATAAA-CCTTATTACTCGCTGTA
* * **********
25383 AATGGTTTTATAATCTNNNNNNNNNNT
812 AATAGTTTTATAATATCATAATTGATT
* * ** * * * * *
25410 TTAAGTTGA-ATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTGTACCTCGAGAAA
1 TTAAGTT-ATATTTTTTTACATGTTTACTTAAAACAAACTATAAATGAATGTCTACCTCAAGAAA
** * ** * * ** * * * *
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* * * * * * * ** *
25539 TTAGTGCTCACTGTAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGA-TTTAAGCTGTATTTTTTTTACATT
130 TTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATT
* * ** * * * * *
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195 TTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATG-TAT-CCTTCCAAAAACTA-GAAGAAAAAGACATTCA
* * * ** **************
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257 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGACAATCATTCT-TTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATG
**** * * *
25728 NNNNTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTAGTT-AAAATAGAGTAT
321 GTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTATATTTTTTGTTAAAAAT-GAATAT
* * * * * * *
25792 AATTGAATGCCTGCCTTAGAAAACGTAAAGAAAAAGACATTCATTCGCAAGAA-AAGTCCATTTA
384 AATTAAATGTCTACCTGAAAAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAACAA-TCCATTTA
* * * * * * * * *
25856 TA-CTCACTCATTCTTTCAAGAGCCTTATTGCTCGCTGTAAATGGTTTTATATTATCATAATTGA
448 TAGC-CACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACACACTGTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG-
* * * ** * ** **
25920 T-TTTAAGTTATATTTTTTTACATT-TTTAGTTAAAACATACTATAATTGAATGTTTACCTCAAG
511 TCTTTAAGTTGTATTTTTTTATATTGTTT-GTTAAAACAGACTATTGTTAAATGCCTACCTTGAG
* * * * ** * * * *
25983 AAACCA-GAAGAAAAAGACATTCATTGGTAGGAAATGTCCATTTATTGTCACTCATTCTTTCAAA
575 AAA-CATAAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATTCATTTATAGTCACCCATTCCTTC--A
* * *
26047 AGCTTTATTACTCGCTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTAC
636 A-----A--A-------TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTCTTTAC
*
26112 ATTTTTAATTAAAATAGAGTATAATTGAATGCCTACCTCAGAAAACGTAAAGAAAAAGACATTCA
687 ATTTTTAATTAAAATAGAGTATAATTGAATGCCTACCTCAGAAAACATAAAGAAAAAGACATTCA
* *
26177 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATACTAACTCATTCTTTCATAAACCTTATTACTCGCTGTAAATGG
752 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTAACTCATTCTTTCATAAACCTTATTACTCGCTGTAAATAG
*
26242 TTTTATATTATCATAATTGATT
817 TTTTATAATATCATAATTGATT
* * * * *
26264 TTAAGTTGTATTTTTTTCCATTTTTAGTTAAAACATACTATAAATGAATGTCTACCTCAAGAAAC
1 TTAAGTTATATTTTTTTACATGTTTACTTAAAACAAACTATAAATGAATGTCTACCTCAAGAAAC
* * ** * *
26329 TAGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAATGTCCATTTATTGTCACTCATTTTTTCAAAAGCTT
66 CAGAAGAAAAAGACAGTCATTGGTAAGAAATGTCCACGTATTGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCT
********** *
26394 TATTACTCGCTTTNNNNNNNNNNATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTTATATTT
131 TATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTT
* * * * *
26459 TTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTCCTTCCAGAAGCTAGAAGAAAAAGACATTCATTGG
196 TTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTATCCTTCCAAAAACTAGAAGAAAAAGACATTCATTGA
* * *
26524 CAAGAAAAGTCCATTTATAGACACTCGTTCTTTCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTT
261 CAAGAAAAGTCCATTTATAGACAATCATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
26589 ATATTCTCATAACTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATGTTTTTTGTTAAAAATGAATATAATTGAA
326 ATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAAATGAATATAATTAAA
* *
26654 TGTCTACCTGAAAAAACCTAAAGAAAATGACATTCATTGGCAAGAACAATCCATTTATAGCCACT
391 TGTCTACCTGAAAAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAACAATCCATTTATAGCCACT
* * *
26719 CATTCTTTCAAAAGCCTTAATGCACACTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGTCTTTAAGTT
456 CATTCCTTCAAAAGCCTTAATACACACTGTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGTCTTTAAGTT
*
26784 GTATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATTGTTAAATGCCTACCTTGAGAAACATAAAGA
521 GTATTTTTTTATATTGTTTGTTAAAACAGACTATTGTTAAATGCCTACCTTGAGAAACATAAAGA
26849 AAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAANNNNNNNNNNNN
586 AAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA------------
*
26914 NNNNTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTCTTTACATTTTTAGTTAAA
639 ----TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTCTTTACATTTTTAATTAAA
* * ** *
26979 ATAGAGTATAATTGAATGCTTGCCTTGGAAAACATAAAGAAATACG-CATTCATTGGCAAGAAAA
700 ATAGAGTATAATTGAATGCCTACCTCAGAAAACATAAAGAAA-AAGACATTCATTGGCAAGAAAA
* ********** *
27043 GTCCATTTATACTTACTCATTCTTNNNNNNNNNNTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTATAATCTC
764 GTCCATTTATACTAACTCATTCTTTCATAAACCTTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTATAATATC
27108 ATAATTGATT
829 ATAATTGATT
* * *
27118 TTGAGTTATATTTTTTTACATGTTTACTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAAC
1 TTAAGTTATATTTTTTTACATGTTTACTTAAAACAAACTATAAATGAATGTCTACCTCAAGAAAC
27183 CAGAAGAAAAAGACAGTCATTGGTAAGAAATGTCCACGTATAT-TCACTCATTCTTTCAAAAGCC
66 CAGAAGAAAAAGACAGTCATTGGTAAGAAATGTCCACGTAT-TGTCACTCATTCTTTCAAAAGCC
**********
27247 TTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATT
130 TTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATT
* * * *
27312 TTTAGTTAAAATAGACTATAATTAAATGTATCTTTCCAAAAACTAGAGGGAAAAGACATTCATTG
195 TTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTATCCTTCCAAAAACTAGAAGAAAAAGACATTCATTG
*
27377 ATAAGAAAAGTCCATTTATAGACAATCATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTT
260 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGACAATCATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTT
********** *
27442 TATAATCTCATNNNNNNNNNNAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTGTT-AAAATAGACTATAATTA
325 TATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAAAT-GAATATAATTA
** ** * *
27506 AATGTCTA-CTTCAAAAACATGAGGGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAA-AAGTTCATTTATAGT
389 AATGTCTACCTGAAAAAACAT-AAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAACAA-TCCATTTATAGC
**
27568 CTTTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
452 CACTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
27591 TTACTCNNNN
Statistics
Matches: 1743, Mismatches: 373, Indels: 129
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
845 1 0.00
847 1 0.00
851 2 0.00
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859 1 0.00
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (838 bp):
TTAAGTTATATTTTTTTACATGTTTACTTAAAACAAACTATAAATGAATGTCTACCTCAAGAAAC
CAGAAGAAAAAGACAGTCATTGGTAAGAAATGTCCACGTATTGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCT
TATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTT
TTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTATCCTTCCAAAAACTAGAAGAAAAAGACATTCATTGA
CAAGAAAAGTCCATTTATAGACAATCATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTT
ATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAAATGAATATAATTAAA
TGTCTACCTGAAAAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAACAATCCATTTATAGCCACT
CATTCCTTCAAAAGCCTTAATACACACTGTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGTCTTTAAGTT
GTATTTTTTTATATTGTTTGTTAAAACAGACTATTGTTAAATGCCTACCTTGAGAAACATAAAGA
AAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAATAAATAGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTCTTTACATTTTTAATTAAAATAGAGTATAATTGAA
TGCCTACCTCAGAAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTAACT
CATTCTTTCATAAACCTTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATT
Found at i:29412 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 27870--29853 Score: 1017
Period size: 171 Copynumber: 11.6 Consensus size: 170
27860 NNNNNNNNNN
* * *
27870 GATTTTAAGTTGAA-TATTTTTA-CATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATATGTACC-TC
1 GATTTTAAGTTGAACT-TTTTTATCATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTC
* * * ** * *
27932 GAGAAACCTGAAGAAAAAGACATTTATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGCCACTCATTCTTTCA
65 AAGAAA-CTGAAG-AAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCA
* * * ** *
27997 AAAGTCTTATTGCTCACTTTAAACAGTTTTATAATCTCAAAATT
128 AAAGCCTTAATACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-T
* ** * * *
28041 GATTTTAGGTTGAA-TTTTTTAT-ATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTATC-TCA
1 GATTTTAAGTTGAACTTTTTTATCATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTCA
* * * ********** * * *
28103 AGAAACGTGAGGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCNNNNNNNNNNCTCTCATTCCTTAAA
66 AGAAAC-TGAAG-AAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAA
* * * * *
28168 AAGCCTTATTACTCTA-TTTCAATGCTTTCATAATCTCAAAATT
129 AAGCCTTAATACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-T
* * * * * * * * * *
28211 GATTTGAAGTTCAATTTTTTTAACTTTTTTGGTT-AAACATATTATAACTGAATGTCTACGTT-G
1 GATTTTAAGTTGAACTTTTTTATCATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTCA
* * *
28274 AGAAACATGAAGAAAACTGCATTCATTAACAAGAAAAGAT-CATTTACTA-TCAC-CTATTCCTT
66 AGAAAC-TGAAGAAAA-GGCATTCATTGACAAGAAAAG-TCCATTTA-TAGTCACTC-ATTCTTT
* *********** *
28336 CAAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNAGTTTTATAATCTCAAAATT
126 CAAAAGCCTTAATACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-T
* * * * * * * *
28382 GATTTTAAGCTT-AATTTGTTTTA-CTTTTTTCGTTAAAACAAATTATAATTGAATTTTTA-CGT
1 GATTTTAAG-TTGAACTT-TTTTATCATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT
* * * ** *
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64 CAAGAAAC-TGAAG-AAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATT-CTT
* * * ***
28508 T-AAAAACATTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTGA-AATCTCATAAT
125 TCAAAAGCCTTAATACTCACTTTAAATGGTTTT-ATAATCTCATAAT
* * ** * *
28553 CGATTATAAGTAGAA-TATTTTTA-CATTTTTCTTTAAAACAGACT-TCGATTGAATATCTGA-C
1 -GATTTTAAGTTGAACT-TTTTTATCATTTTTGGTTAAAACAGACTAT-AATTGAATGTCT-ACC
* * ** * * *
28614 -TCAAGAAATGTGTAGAAAACACCATTTATTGGGA-AACAAAA-TCCATTTATAGGCACTCATTC
62 TTCAAGAAA-CTGAAGAAAA-GGCATTCATT--GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTC
* * * ****
28676 TTTCAAAATCATT-ATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCANNNNN
123 TTTCAAAAGCCTTAAT-ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAAT
***** ** * * *
28725 NNNNNTAAGTCAAATTTTTTTA-CATTTTTGGTTTAAA-AGA-TAATAATTGAATATCTACC-TC
1 GATTTTAAGTTGAACTTTTTTATCATTTTTGGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTTC
* * ** * *
28786 AAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTTACGGCCAAGAAAAGTCC-TCTTATAGTCACTCATTCTTTT
65 AAGAAAC-TGAAG-AAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT-TTATAGTCACTCATTCTTTC
* * * ** *
28850 AAAAGCCTTACTACGCGCTTTAAATTATTTTATAATCTTATAATT
127 AAAAGCCTTAATACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-T
*
28895 GATTTTAAGTTTAA-TTTTTTA-CA-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATT-AATTGTCTACCTT-
1 GATTTTAAGTTGAACTTTTTTATCATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA-TGTCTACCTTC
* ** * *
28955 GAGAAACATGAAGAAGAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTCCAATCACCCATTCTTTCA
65 AAGAAAC-TGAAGAA-AAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCA
* * * * ****
29020 AAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTATAATCTCANNNNN
128 AAAGCCTTAATACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAAT
************* * *
29064 NNNNNNNNNNNNNATTTTTTTA-CATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACC-TCA
1 GATTTTAAGTTGAACTTTTTTATCATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTCA
* * * * *
29127 AG-AACAGAAAGAAAAAGACATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCGA
66 AGAAACTG-AAG-AAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAA
* * * ***********
29191 AAGTCTTATTACTCACTTTGAATGGTTTTANNNNNNNNNNCTT
129 AAGCCTTAATACTCACTTTAAATGGTTTTA-TAATCTCATAAT
* * * ** * *
29234 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATC-TTTTTGGATAAAACAGATTATTGTTGTATGTCTACCTTGA
1 GATTTTAAGTTGAACTTTTTTATCATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTCA
* *
29298 A-AAACGTGAAGAGAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTACT-GTCACCCATTCTTTCA
66 AGAAAC-TGAAGA-AAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCATTCTTTCA
********** *
29361 AAAGCCNNNNNNNNNNCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACT
128 AAAGCCTTAATACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-T
* * * *
29405 AATTTTAAGTTGAACTTTTTT-GCGTTTTTGGTTGAAAA-TGACTATAATTGAATGTCT--CTCT
1 GATTTTAAGTTGAACTTTTTTATCATTTTTGGTT-AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-T
* ** *
29466 CAAGAAATCAGAAGAAAAAGTTATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTC
64 CAAGAAA-CTGAAG-AAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTC
* * * *
29531 GAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
127 AAAAGCCTTAATACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * *
29575 CGATTTCAAGTTAAACGTTTTTA-CATTTTTGGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACC-TC
1 -GATTTTAAGTTGAACTTTTTTATCATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTC
* * * *
29638 AAGAAACCTGAAGAAAATGACATTCATTGGCAAGAATAGTCCATTTATAGCCACTCATTCTTTCA
65 AAGAAA-CTGAAGAAAA-GGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCA
* *
29703 AAAGCCTTAATACTCACTGTAAATGGTTTTATAATCTGATAATT
128 AAAGCCTTAATACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-T
* * * * ** * * **
29747 GATTTTAAGTTGTATTTTTTTAT-ATTTTTCGTTAAAACAGATTATTGTTGAATGCCTGCC-TGG
1 GATTTTAAGTTGAACTTTTTTATCATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTCA
* *
29810 AGAAACATGAAGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTT
66 AGAAAC-TGAAGAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
29854 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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173 11 0.01
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Consensus pattern (170 bp):
GATTTTAAGTTGAACTTTTTTATCATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTCA
AGAAACTGAAGAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAA
GCCTTAATACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
Found at i:29664 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 27870--29853 Score: 1116
Period size: 341 Copynumber: 5.8 Consensus size: 339
27860 NNNNNNNNNN
* * * * *
27870 GATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATATGTACCTCGAG
1 GATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * * ** * * *
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65 AAACATGAAG-AAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACT-GTCACCCATTCTTTCAAA
* * * * * * * * * *
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128 AGCCTTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAACTTTTTTAC
** * * * * * *
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193 ATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAACA-G-AAAGAAAAAGA-CATT
** ********** * * ** ** *
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255 CATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * *
28191 GCTTTCATAATCTCAAAATT
320 GGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * **
28211 GATTTGAAGTTCAATTTTTTTAACTTTTTTGGTT-AAACATATTATAACTGAATGTCTACGTTGA
1 GATTTTAAGTT-AAATTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAA
* * * * *
28275 GAAACATGAAGAAAACTGCATTCATTAACAAGAAAAGAT-CATTTACTATCACCTATTCCTTCAA
64 GAAACATGAAGAAAA-GGCATTCATTGACAAGAAAAG-TCCATTTACTGTCACCCATTCTTTCAA
********** * * * *
28339 AAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTT-AATTTGTTT
127 AAGCCTTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAG-TTGAACTT-TTT
* * * * * * * * * * *
28403 TACTTTTTTCGTTAAAACAAATTATAATTGAATTTTTACGTCGAGAA-ACGTGAGGAAAAAGACA
190 TACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAACA-G-AAAGAAAAAGACA
** * * * * * *
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*
28530 AAATGGTTTTGA-AATCTCATAATC
316 AAATGGTTTT-ATAATCTCATAATT
* ** * *
28554 GATTATAAG-TAGAATATTTTTACATTTTTCTTTAAAACAGACT-TCGATTGAATATCTGA-CTC
1 GATTTTAAGTTA-AAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT-AATTGAATGTCT-ACCTC
** * ** * * * *
28616 AAGAAATGTGTAGAAAACACCATTTATTGGGA-AACAAAA-TCCATTTA-TAGGCACTCATTCTT
62 AAGAAACATGAAGAAAA-GGCATTCATT--GACAAGAAAAGTCCATTTACT-GTCACCCATTCTT
* * * * * ********** ** *
28678 TCAAAATCATTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNTAAGTCAAATTTT
123 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAACTTT
* * *
28743 TTTACATTTTTGGTTTAAA-AGA-TAATAATTGAATATCTACCTCAAGAA-ACGTGAAGAAAAA-
188 TTTACATTTTTGGTTAAAATAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAACA-G-AAAGAAAAAG
* ** ** ** * *
28804 AGCATTTACGGCCAAGAAAAGTCC-TCTTATAGTCACTCATTCTTTTAAAAGCCTTACTACGCGC
250 A-CATTCATTGAAAAGAAAAGTCCAT-TTATAGTCACTCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
** *
28868 TTTAAATTATTTTATAATCTTATAATT
313 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* **
28895 GATTTTAAGTTTAATTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATT-AATTGTCTACCTTGAG
1 GATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA-TGTCTACCTCAAG
* **
28958 AAACATGAAGAAGAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTCCAATCACCCATTCTTTCAAAA
65 AAACATGAAGAA-AAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACTGTCACCCATTCTTTCAAAA
****************** *
29023 GCCTTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTTTTACA
129 GCCTTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAACTTTTTTACA
29088 TTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAACAGAAAGAAAAAGACATTCATT
194 TTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAACAGAAAGAAAAAGACATTCATT
** * * * *
29153 GTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTGAATGGTT
259 GAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
***********
29218 TTANNNNNNNNNNCTT
324 TTATAATCTCATAATT
* * * ** * *
29234 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATC-TTTTTGGATAAAACAGATTATTGTTGTATGTCTACCTTGA
1 GATTTTAAGTT-AAATTTTTTA-CATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TCA
* *
29298 A-AAACGTGAAGAGAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTACTGTCACCCATTCTTTCAA
63 AGAAACATGAAGA-AAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACTGTCACCCATTCTTTCAA
********** * *
29362 AAGCCNNNNNNNNNNCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAACTTTTTTG
127 AAGCCTTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAACTTTTTTA
* **
29427 CGTTTTTGGTTGAAAAT-GACTATAATTGAATGTCT-CTCTCAAGAAATCAG-AAGAAAAAGTTA
192 CATTTTTGGTT-AAAATAGACTATAATTGAATGTCTAC-CTCAAG-AA-CAGAAAGAAAAAGACA
*
29489 TTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCGAAACCCTTATTACTCGCTTTAA
253 TTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
*
29554 ATGGTTTTATAATCTCATAATC
318 ATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * *
29576 GATTTCAAGTTAAACGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
1 GATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * * * * *
29641 AAACCTGAAGAAAATGACATTCATTGGCAAGAATAGTCCATTTA-TAGCCACTCATTCTTTCAAA
65 AAACATGAAGAAAA-GGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACT-GTCACCCATTCTTTCAAA
* * * * * * * * *
29705 AGCCTTAATACTCACTGTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTTTAT
128 AGCCTTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAACTTTTTTAC
* * * ** * * ** *
29770 ATTTTTCGTTAAAACAGATTATTGTTGAATGCCTGCCTGGAGAAACATG-AAG-AAAAGGCATTC
193 ATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AACA-GAAAGAAAAAGACATTC
** *
29833 ATTGGCAAGAAAAATCCATTT
256 ATTGAAAAGAAAAGTCCATTT
29854 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1257, Mismatches: 327, Indels: 118
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
337 2 0.00
338 9 0.01
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344 14 0.01
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
GATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
AACATGAAGAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACTGTCACCCATTCTTTCAAAAGC
CTTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATT
TTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAACAGAAAGAAAAAGACATTCATTGA
AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
ATAATCTCATAATT
Found at i:31593 original size:340 final size:331
Alignment explanation
Indices: 31162--31812 Score: 765
Period size: 340 Copynumber: 1.9 Consensus size: 331
31152 ATTTTTTTAC
* *
31162 ATTTTTAGTTAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCAT
1 ATTTTTAGTTAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAAAAACATAAAGAAAAAAGTATTCAT
* *
31227 GGGCAAGAAAAGTTCTCTTATAGTCACTC-ATTCTTTCAAAAGCCTTGGTACGCACTTTAAATTA
66 GGACAAGAAAAGTTCTCTTATAGTCAC-CAATTCTTTCAAAAGCCTTAGTACGCACTTT-AATTA
* * *
31291 -TTTTATAAGCTTATAATTAATTTTAAATTGAA-TTTTTTACCTTTTTAGTTAAAACAGACTATA
129 GTTTTATAAGCTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTAGATAAAACAGACTATA
* * * * * *
31354 ATTGAATGTCTACCATGAGAAATATGAA-AAAAAGGCATTCGTTGGTAAGAAAAGTCCATTTACA
194 ATTGAATGTCTAACATGAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTACA
* **
31418 ATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTTCTTGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
259 ATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
31483 GAAGTTGA
324 GAAGTTGA
* * *
31491 ANNNNNNNNNNTTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAATATAAAG-AA
1 A----------TTTTTAGTT-AAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAAAAACATAAAGAAA
* * * * *
31555 AAAGTCATTCATTGACAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACCAATTCTTTCGAAAGCCTTATTACT
55 AAAGT-ATTCATGGACAAGAAAAGTTCT-CTTATAGTCACCAATTCTTTCAAAAGCCTTAGTACG
* * * * * * * *
31619 CGCTTTGATTAGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTTTGGATAA
118 CACTTTAATTAGTTTTATAAGCTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTAGATAA
* * * * *
31684 AATAGATTATAGTTGAATGTTTAACTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAA
183 AACAGACTATAATTGAATGTCTAACATGAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAA
** *
31749 ATCCATTTACTGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
248 ATCCATTTACAATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTGTAAATGGTTTTATAATCT
31813 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 265, Mismatches: 40, Indels: 21
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
329 1 0.00
339 24 0.09
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342 80 0.30
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (331 bp):
ATTTTTAGTTAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAAAAACATAAAGAAAAAAGTATTCAT
GGACAAGAAAAGTTCTCTTATAGTCACCAATTCTTTCAAAAGCCTTAGTACGCACTTTAATTAGT
TTTATAAGCTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTAGATAAAACAGACTATAAT
TGAATGTCTAACATGAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTACAAT
CACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGA
AGTTGA
Found at i:31636 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 31154--31812 Score: 673
Period size: 171 Copynumber: 3.9 Consensus size: 170
31144 NAAGTCAAAT
* *
31154 TTTTTTACATTTTTAGTT-AAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAA
* * * * * ** *
31218 AGTATTCATGGGCAAGAAAAGTTC-TCTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTGGTACGCAC
66 GGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT-TTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * *
31282 TTTAAATTA-TTTTATAAGCTTATAATTAATTTTAAATTGAA
130 TTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * *
31323 TTTTTTACCTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCAT-GAGAAATATGAA-AAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TCAAAAAACATGAAGAAAA
* * * * * **
31386 AGGCATTCGTTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTTCTTGC
65 AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * *
31451 TGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAA
130 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
********* * * *
31492 NNNNNNNNNNTTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAATATAAAGAAAA
1 -TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAA
* * * * * *
31557 AGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
65 AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * *
31622 TTTGATTAGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAA
130 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * * **
31663 TTTTTTTGCATTTTTGGATAAAATAGATTATAGTTGAATGTTTAACTTGAAAAACATGAAGAAAA
1 -TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAA
*
31728 AGGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTACT-GTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCA
65 AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCA
*
31792 CTTTAAATGGTTTTATAATCT
129 CTTTAAATAGTTTTATAATCT
31813 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 396, Mismatches: 86, Indels: 14
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 102 0.26
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171 212 0.54
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAA
GGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
Found at i:33715 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 33465--34377 Score: 559
Period size: 171 Copynumber: 5.3 Consensus size: 170
33455 NNNNNNNNNN
* * * *
33465 TGGTTAAAATAGACTATAATTGATTGTCTACCTTGCGAAACATAAAGAAAAGGCATTCATTGACA
1 TGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAGAAAAAAAAGGCATTCATTGACA
* * * **********
33530 AGAAAAATTCCATTTACAGTCATCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTNNNNNNNNNNAATAGTTTTA
66 AG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTCAATAGTTTTA
*
33595 TAATCTCATAAATAATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
130 CAATCTCATAAATAATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
** * *
33636 TGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACAGAAACAAAAAGACATTCATTG-C
1 TGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAGAAA-AAAAAGGCATTCATTGAC
* *
33700 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTCAATGGTTTT
65 -AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTCAATAGTTTT
** * *
33765 ACAATCTCATACTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
129 ACAATCTCATAAATAATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * * * * * * *
33807 TTGATAAAACAGATTATAGTTGTATGTGTACCTTGAGAAACATGAATAAAAAGGTATTCATTGAC
1 TGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA-GAAAAAAAAGGCATTCATTGAC
* * * * * *
33872 AAGAAAAGTCCATTTATAG-CCCCTCATTCTTTCAAAAGCCTTAATGCTCACTGTAAATGGTTTT
65 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-CATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTCAATAGTTTT
* * * *
33936 ATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGTATTTTTTTACATTTT
129 ACAATCTCATAAAT-AATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * ** ********* *
33978 TTGTTAAAACAGACTATTGTTGAATG-CNNNNNNNNNNAAACATG-AAGAAAAGGCATTCATTGG
1 TGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAACA-GAAAAAAAAGGCATTCATT-G
* * * * * * * *
34041 A-AAGAAAAATCCATTTATAGCCACCCATTAC-ATCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
63 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTCAATAGTT
* ********** *
34104 TTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAATTTGTTTT-CATTTT
127 TTACAATCTCATAAATAATTTCAAGTTGAATTT-TTTTACATTTT
* * * * * *** * * ** *
34148 TAGATAAAACAGAGTATAGTTGAACACCTGCCTTG-GAAAACATAAAGAAGTAGGCATTTATTGA
1 TGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACAGAAA-AAAAAGGCATTCATTGA
* * * * * * * * *
34212 CAATAAAAGTCCATTTATACTTACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTGTAAATGGTTTT
64 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTCAATAGTTTT
* * * * ** *
34277 ATAATTTCATAATTGATTTTGAGTT-ATATTTTTTTATATTTT
129 ACAATCTCATAAATAATTTCAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTT
** * * * * * *
34319 TTCTTAAAACAAACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACCAGAAGAAAAAGACATTC
1 TGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-CAGAAAAAAAAGGCATTC
34378 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 572, Mismatches: 148, Indels: 44
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 124 0.22
171 416 0.73
172 29 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAGAAAAAAAAGGCATTCATTGACA
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTCAATAGTTTTAC
AATCTCATAAATAATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
Found at i:34368 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 32939--34377 Score: 853
Period size: 341 Copynumber: 4.2 Consensus size: 339
32929 TAAGTTCAAT
* * * * *
32939 TTTTTTTAC-TTTTTTGGTTAAAACAGATTATACTTGAATGCCTACATCAAGAAACGTGAAGAAA
1 TTTTTTTACATTTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAA-AAAC-AGAAGAAA
* ** * * * *
33003 AAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTTCT-TCAAAAGTCTTATTACTC
63 AGA-CATTCATTGCAAAGAAAAATCCATTTATAGCCACCCA-TTCTATCAAAAGCCTTATTACTC
* ** * * * * * **
33067 GCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCGTAATTGATTATAAGTAGAA-TTTTTTATATTTTTATTTAAA
126 ACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATACTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGATAAA
* * * * * ** ** ** ** * * * *
33131 ATAGACTTTAATTGAATATTTGA-CTCAAGAAATGTGTAGAAAATA-CCATTTATTGAGAAAAAA
191 ACAGAGTATAGTTGAACACCT-ACCTTGAGAAACATAAAGAAAA-AGGCATTCATTGACAAGAAA
* * ** * * * * *
33194 AATTCATTTATAGAAACCCATTCTTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
254 AGTCCATTTATAGCCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTAATACTCACTGTAAATGGTTTTATAATCT
* * * *
33259 TATAAAATTCATTTTAAGTCAAA
319 CAT--AATTGATTTTAAGTTATA
* * * * * *
33282 TGTTTTTACATTTTTGGTT-ACACAGACAATAATTGAAT-ACTTACCCCAAGAAACATGAAGAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCAA-AAACA-GAAGAAA
* * * * * * * * * * *
33345 AAAGCATTTACGTG-TAAGAAAAGTCC-TCTTATAGTCGCTCATTCTTTCAAAAGCCTTACTACA
63 AGA-CATTCA-TTGCAAAGAAAAATCCAT-TTATAGCCACCCATTCTATCAAAAGCCTTATTACT
* ** * * * * * ********** * *
33408 CGCTTTAAATTATTTTATAATTTTATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTNNNNNNNNNNTGGTTAA
125 CACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATACTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGATAA
* * * **** *
33472 AATAGACTATAATTGATTGTCTACCTTGCGAAACATAAAG-AAAAGGCATTCATTGACAAGAAAA
190 AACAGAGTATAGTTGAACACCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAG-AAA
* * * * ********** *
33536 ATTCCATTTACAGTCA-TCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTNNNNNNNNNNAATAGTTTTATAATC
254 AGTCCATTTATAGCCACT-CATTCTTTCAAAAGCCTTAATACTCACTGTAAATGGTTTTATAATC
* * *
33600 TCATAAATAATTTCAAGTTGA-A
318 TCATAATTGATTTTAAGTT-ATA
* * *
33622 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACAGAAACAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC-AAAAACAG-AA-GAAA
* * * * * * *
33687 AGACATTCATTGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCGAAAGCCTTATTGCTCGC
63 AGACATTCATTGCAAAGAAAAATCCATTTATAGCCACCCATTCTATCAAAAGCCTTATTACTCAC
* *
33752 TTTCAATGGTTTTACAATCTCATACTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGATAAAAC
128 TTTAAATGGTTTTACAATCTCATACTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGATAAAAC
* * **** * * *
33817 AGATTATAGTTGTATGTGTACCTTGAGAAACATGAATAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTC
193 AGAGTATAGTTGAACACCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* *
33882 CATTTATAGCCCCTCATTCTTTCAAAAGCCTTAATGCTCACTGTAAATGGTTTTATAATCTCATA
258 CATTTATAGCCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTAATACTCACTGTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* *
33947 ATTGACTTTAAGTTGTA
323 ATTGATTTTAAGTTATA
** ********
33964 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATTGTTGAATG-CNNNNNNNNNNAAACATGAAGAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC--TACCTCAAAAACA-GAAGAAA
* * *
34028 AGGCATTCATTGGAAAGAAAAATCCATTTATAGCCACCCATTAC-ATCAAAAGTCTTATTACTCA
63 AGACATTCATTGCAAAGAAAAATCCATTTATAGCCACCCATT-CTATCAAAAGCCTTATTACTCA
* **********
34092 CTTTAAATGGTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAATTTGTTTT-CATTTTTAGATAAA
127 CTTTAAATGGTTTTACAATCTCATACTTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTAGATAAA
* ** * *
34156 ACAGAGTATAGTTGAACACCTGCCTTG-GAAAACATAAAGAAGTAGGCATTTATTGACAATAAAA
191 ACAGAGTATAGTTGAACACCTACCTTGAG-AAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAA
* * ** *
34220 GTCCATTTATA-CTTACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTGTAAATGGTTTTATAATTT
255 GTCCATTTATAGC-CACTCATTCTTTCAAAAGCCTTAATACTCACTGTAAATGGTTTTATAATCT
*
34284 CATAATTGATTTTGAGTTATA
319 CATAATTGATTTTAAGTTATA
* * * * *
34305 TTTTTTTATATTTTTTCTTAAAACAAACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACCAGAAGAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC-A-AAAACAGAAG-AAA
34370 AGACATTC
63 AGACATTC
34378 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 843, Mismatches: 219, Indels: 69
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 36 0.04
341 394 0.47
342 374 0.44
343 34 0.04
344 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAACAGAAGAAAAGA
CATTCATTGCAAAGAAAAATCCATTTATAGCCACCCATTCTATCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
AAATGGTTTTACAATCTCATACTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGATAAAACAGA
GTATAGTTGAACACCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
TTATAGCCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTAATACTCACTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
GATTTTAAGTTATA
Found at i:34963 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 34484--35149 Score: 477
Period size: 172 Copynumber: 3.9 Consensus size: 172
34474 NNNNNNNNNN
* * * * *
34484 CTTATTGCTCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-TTTTTTTATATT
1 CTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTATATT
* * * * *
34548 TTT--TTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACCT-GAGGAAAAATG-CATTCAT
66 TTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAA-CTAGA-AAAAAAAGACATTCAT
** *
34609 TGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAG-CCTCTCATT-CATTCAAAAGC
129 TGAAAAGAAAAGTCCATTTATTAGTCATC-CATTCCA-TCAAAAGC
* ** * * ********** **
34652 TTTATTACTCTATTTAAATAGTTTNNNNNNNNNNAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTGTTTCCT-
1 CTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AATTTT-TTTTATA
** * * * * * * ** * *
34716 TTTTTGGTTAAAACATATTATAACTAAATGTCTACGTTGAGAAAC-ATGAAGAAAAATGA-ATCC
64 TTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACTA-GAA-AAAAAAGACATTC
*
34779 ATT-AACAAGAAAAGACCATTTATTA-TCA-CCAATTCCATCAAAAGC
127 ATTGAA-AAGAAAAGTCCATTTATTAGTCATCC-ATTCCATCAAAAGC
* * * * * * *
34824 CTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATTTCAAAATTTATTTTAAGTTGATTTTTTTTGTGTT
1 CTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTATATT
* *
34889 TTTCATTAAAA-ATGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA-TCAGAACAAAAAAGTCATTCA
66 TTTCATTAAAACA-GACTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACT-AGAA-AAAAAAGACATTCA
* **
34952 TTGAAAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCATTCATTCTGTCAAAAGC
128 TTGAAAAGAAAAGTCCATTTATTAGTCATCCATTCCATCAAAAGC
* * * * *
34996 CTTATTGCTTGCTATAAATGGTTTTCTAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTATATT
1 CTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTATATT
** * * * *
35061 TTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATGTACCTCGAGAAACTTGAAGAAAAAGACATTCATTG
66 TTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACTAGAAAAAAAAGACATTCATTG
**
35126 GTAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCA
131 AAAAGAAAAGTCCATTTATTAGTCA
35150 CTCNNNNNNN
Statistics
Matches: 386, Mismatches: 88, Indels: 45
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 33 0.09
169 1 0.00
170 13 0.03
171 92 0.24
172 237 0.61
173 10 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
CTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTATATT
TTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACTAGAAAAAAAAGACATTCATTG
AAAAGAAAAGTCCATTTATTAGTCATCCATTCCATCAAAAGC
Found at i:35144 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 34484--35114 Score: 718
Period size: 343 Copynumber: 1.8 Consensus size: 339
34474 NNNNNNNNNN
* *
34484 CTTATTGCTCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATATTT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATATTT
* * ** * **
34549 TTTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACCTGAGGAAAAATGCATTCATTGGCA
66 TTTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACCAGAACAAAAAAGCATTCATTGAAA
* * ***
34614 AGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTCATTCATTCAAAAGCTTTATTACTCTATTTAAATAGTTTNNN
131 AGAAAAGTCCATTTATAGCATCTCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCTA-TTAAATAGTTTATC
******* * * *
34679 NNNNNNNAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTGTTTCCTTTTTTGGTTAAAACATATTATAACTAAA
195 TAATCTCAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTGTTTCATTTTTTGGTTAAAACAGACTATAACTAAA
* * *
34744 TGTCTACGTTGAGAAACATGAAGAAAAATGAATCCATTAACAAGAAAAGACCATTTATTATCACC
260 TATCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAATGAATCCATTAACAAGAAAAGACCATTTATTATCACC
34809 AATTCCATCAAAAGC
325 AATTCCATCAAAAGC
* * * * * *
34824 CTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATTTCAAAATTTATTTTAAGTTGATTTTTTTTGTGTT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGA-TTTTTTTATATT
* *
34889 TTTCATTAAAA-ATGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATCAGAACAAAAAAGTCATTCAT
65 TTT--TTAAAACA-GACTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACCAGAACAAAAAAG-CATTCAT
*
34953 TGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAT-TCATTC-TGTCAAAAGCCTTATTGCTTGCTA-TAAAT
126 TGAAAAGAAAAGTCCATTTATAG-CATCTCATTCAT-TCAAAAGCCTTATTAC-T-CTATTAAAT
* * *
35015 GGTTT-TCTAATCTCATAGTTGATTTTAAGTT-AATTTT-TTTTATATTTTTGGTTAAAACAGAC
187 AGTTTATCTAATCTCA-AATTGATTTTAAGTTCAATTTTGTTTCAT-TTTTTGGTTAAAACAGAC
* * * *
35077 TATAATTGAATATGTACCTCGAGAAACTTGAAGAAAAA
250 TATAACTAAATATCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAA
35115 GACATTCATT
Statistics
Matches: 238, Mismatches: 42, Indels: 19
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 46 0.19
341 13 0.05
342 5 0.02
343 97 0.41
344 71 0.30
345 3 0.01
346 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
CTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATATTT
TTTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACCAGAACAAAAAAGCATTCATTGAAA
AGAAAAGTCCATTTATAGCATCTCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCTATTAAATAGTTTATCT
AATCTCAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTGTTTCATTTTTTGGTTAAAACAGACTATAACTAAAT
ATCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAATGAATCCATTAACAAGAAAAGACCATTTATTATCACCA
ATTCCATCAAAAGC
Found at i:35880 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 35530--36918 Score: 928
Period size: 172 Copynumber: 8.1 Consensus size: 170
35520 NNNNNNNNNA
* * * * *
35530 AATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTACG
1 AATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACA
* * * * ** * * *
35595 T-AGTGAAACATGAAGACAAATGCATTCATTAACAAGAAAAGACCGTTTATTA-TCACCCATTCC
65 TCA-AGAAACGTTAAGA-AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACCCATTCT
********** *
35658 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATNNNNNNNNNNTCTCAA
127 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * *
35702 AATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACTTTTTTGTTTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTACA
1 AATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACA
* * *
35767 TCGAGAAACGTTAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTCTTT
65 TCAAGAAACGTTAAGAAAAAGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTT
* * * * *
35832 TAAAAGCCTTATTACACGCTTTAACTGGTTTTGTGATCTCAT
129 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * ** * * * **
35874 AATTGATTATAAGTTAAATTTGTTTACATTTTTCTTTGAAACAAACCT-TAATTGAATATCTAGG
1 AATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGA-CTATAATTGAATGTCTACA
** * * ** * **
35938 TCAAGAATTGTGT-AGAAAATACCATTTATTGAG-AA-AAAAGTTTATTTATAGACACTTATTCT
65 TCAAGAAACGT-TAAGAAAA-AGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCT
**
36000 TTCAAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
127 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * *
36044 AAATCATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTT-AAACAGACTATAATTGAATATCTACAT
1 AATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACAT
* ** * **
36108 CAAGAAACG-TGA-AAAAAGCATTCA-TGGGTAGAAAAAGT-CTTCTTATAGTCATTCATTCTTT
66 CAAGAAACGTTAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCAT-TTATAGTCACCCATTCTTT
* * ** *
36169 TAAAAGCCTTACTA-TGCGCTTTAAATTATTTTATAATCTTAT
129 CAAAAGCCTTATTACT-CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * *
36211 AATTGATTTTAATTGTAATTTTTTAT-CTTTTTT-GTTAAAACAGAATATAATTGAATGTTTACC
1 AATTGATTTTAAGT-TAATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACA
* * * *
36274 TTAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATTCTTT
65 TCAAGAAACGTTAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTT
* * *
36339 CAAAAGCTTTATTACTTGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCAT
129 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * *
36381 AAATAATTTTAAGTTGAA-TCTTTTTACATTTTTT-ATTAAAATAGACTATAATTCAATGTCTAC
1 AATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTAC-TTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
* * * **********
36444 CTCAAGATACAG-AAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGNNNNNNNNNNGTCACCCATTCT
64 ATCAAGAAAC-GTTAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCT
* * * *
36508 TTCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTGAATGGTTTTACAATCTCAT
127 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
********** * * * * * * * *
36552 AATNNNNNNNNNNTTGAATTTTTTTTTCATTTTTGGATAAAATAGATTATAGTTGGATGTCTACC
1 AATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACA
** ** * * *
36617 TTGAGAAACGTGGAGAAAAAGACTTTCATGGGCAAGAAAAGTCTATTTACT-GTCACCCATTCTT
65 TCAAGAAACGTTAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACCCATTCTT
************
36681 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTNNNNNNNNNNNNTAATCTCAT
128 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * * *
36724 AACTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAGTATAATTGAACGTTTGCAT
1 AATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACAT
* * ** * * * *
36789 --AGAGAACGCTAAAAAAAATATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATACTAACTCATTCTTT
66 CAAGA-AACGTTAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTT
* *
36852 CAAAAGCCTTATTAGTCGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCAT
129 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
*
36894 AATTGATTTTAAGTTGTATTTTTTT
1 AATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTT
36919 ACNNNNNNNN
Statistics
Matches: 932, Mismatches: 249, Indels: 73
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
164 1 0.00
165 3 0.00
166 11 0.01
167 107 0.11
168 13 0.01
169 44 0.05
170 249 0.27
171 247 0.27
172 257 0.28
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACAT
CAAGAAACGTTAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCA
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
Found at i:37405 original size:168 final size:169
Alignment explanation
Indices: 37103--37406 Score: 414
Period size: 167 Copynumber: 1.8 Consensus size: 169
37093 NNNNNNNNNA
* * *
37103 AATGGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGCGAAAATAGAC
1 AATGGATTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTCACGAAAATAGAC
** * * * * * * *
37168 TATTGTTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTT
66 TATAATTAAATGTCTACCATAAAAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAATCAATTT
37233 ATAGTCACCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTC
131 ATAGTCACCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTC
* * **
37272 AATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTT-AGTT-AAATTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGAC
1 AATGGATTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTCACGAAAATAGAC
* * *
37335 TATAATTAAATGTCTACCATAAAAAACGTGAGGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATT
66 TATAATTAAATGTCTACCATAAAAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAATCAATT
37400 TATAGTC
130 TATAGTC
37407 TCCCANNNNN
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 19, Indels: 3
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
167 49 0.43
168 39 0.34
169 27 0.23
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
AATGGATTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTCACGAAAATAGAC
TATAATTAAATGTCTACCATAAAAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAATCAATTT
ATAGTCACCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTC
Found at i:39199 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 38603--40178 Score: 1017
Period size: 171 Copynumber: 9.2 Consensus size: 171
38593 NNNNNNNNNN
* * *
38603 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTT-CATTTTTAGTTAAAATA
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
* * *** * * * * * *
38667 TAGTATAATTGAACACCTGCCTT-GGAAA-ACGTAAAGAAGAAGGCATTTATTGGCAAGAAAAGT
65 GACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATG-AAA-AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * *
38730 CCATTTATACTTACTCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTG
128 CCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
********** * *
38774 TNNNNNNNNNNATAATCTCATAATTGATTTTGAGTT-ATATTTTTTTACATTTTT--TTAAAAGA
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAT-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
* ** * **********
38836 GACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACCA-GAAGAAAAAGACATTCANNNNNNNNNNAAGTC
65 GACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA-CATGAAAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * *
38900 CATTTATAGTTACCCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTT
129 CATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * ********** *
38943 TGAATAGTTTTACAATCTCATGATTGATTTTAAGTTAGATTTTTNNNNNNNNNNT-GATAAAACA
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
* * * * * *
39007 GATTATAGTTGAATCTCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
65 GACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * *
39072 ATTTACCA-TCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTTTTACTCGCTT
130 ATTTA-TAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * *
39114 TAGAAT-GTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACCTCTTTGGTTAAAA-A
1 TA-AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
* **
39177 TGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATCA--AAAGAAAAAGTCATTCATTGAAAAGAAAAG
65 -GACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA-CATGAAA-AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * * *
39240 TCCATTTATAGTCACTAATTCTTCCAAAAGCTTTATTGCTTGCTA
127 TCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* ********** *
39285 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGANNNNNNNNNNAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * *
39350 ACTATAATTG-ATAGTTTACCTCAAGAAACTTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTTC
66 ACTATAATTGAAT-GTCTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * *
39414 ATTTATAGCCACTCATTTTTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTG
130 ATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
********** *
39456 TAAAT-GTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTNNNNNNNNNNTACATTTTTCGTTAAAACA
1 TAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
** ** * * ** *
39520 GACTATTGTTGAATACCTACCTTGAGAAACATG-AAGAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAATCC
65 GACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* **********
39584 ATTTATAGTCACCCNNNNNNNNNNAAGCCTTATTACTCGCTT
130 ATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * * *
39626 TAAATAGTTTTATAATCTAATAATAGATTTTAAGTTGAATTTATTTACATTTTTAGTTCAAATAG
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * * * *
39691 AGTATAATTGAACG-CTTGCCTCAA-AAAC-CGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGT
66 ACTATAATTGAATGTC-TACCTTAAGAAACATG-AAA-AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * * * *
39753 CTATTTGTACTCACTTATTCGTTCAAAAGCCTCATTACTTGCTA
128 CCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * *
39797 TAAAT-GATTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTT-ATACTTTTTTACATTTTTGGTAAAAAC
1 TAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAT-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * *
39860 AAACTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACCA-GAAGAAAAAGACATTCATTGGTAA-AAAATA
64 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA-CATGAAAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAA-G
* *
39923 TCCATTTATAGTCACTCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
127 TCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * **********
39968 TAAATGGCTTTATAATCTGATAATNNNNNNNNNNTTGAATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A-TTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * *
40033 AGACTATAATTGAGTGTCT-CTTTCTAGAAACTAGTG--GAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAA
64 AGACTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAAC-A-TGAAAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAA
* * * * * *
40095 GTCTATTTATAGACACTCATTCTTTTAAAAACCTTATTAATCACTT
126 GTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
40141 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
40179 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1049, Mismatches: 312, Indels: 87
0.72 0.22 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 106 0.10
170 161 0.15
171 622 0.59
172 23 0.02
173 130 0.12
174 5 0.00
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
ACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
Found at i:39848 original size:341 final size:332
Alignment explanation
Indices: 39322--40176 Score: 656
Period size: 341 Copynumber: 2.5 Consensus size: 332
39312 NNNNNNNNNN
* * * * *
39322 AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGATAGTTTACCTCAAGAAACTTGAAGAA
1 AATTTATTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGATAGCTTACCTCAAGAAACGTAAAGAA
* ** * *
39387 AAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGCCACTCATTTTTTCAAAAGCCTTATTGCTC
66 AAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGCCACTCATTCGTTCAAAAGCCTCATTACTC
* * ********** *
39452 ACTGTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTNNNNNNNNNNTACATTTTTCGTTAAA
131 ACTATAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTATACTTTTTTACATTTTTCGTAAAA
* ** * ** **
39517 ACAGACTATTGTTGAATACCTACCTTGAGAAA-CATGAAG-AAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAA
196 ACAAACTATAATTAAATACCTACCTCAAGAAACCA-GAAGAAAAAGACATTCATTGGCAA-AAAA
39580 -ATCCATTTATAGTCACCCNNNNNNNNNNAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
259 TATCCATTTATAGTCACCC----------AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
39644 AATAATAGATTTTAAGTTG
314 AATAATAGATTTTAAGTTG
* * * *
39663 AATTTATTTACATTTTTAGTTCAAATAGAGTATAATTGA-ACGCTTGCCTCAA-AAACCGTAAAG
1 AATTTATTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGATA-GCTTACCTCAAGAAA-CGTAAAG
* * *
39726 AAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAG-TCTATTTGTA-CTCACTTATTCGTTCAAAAGCCTCATT
64 AAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTTC-ATTTATAGC-CACTCATTCGTTCAAAAGCCTCATT
** * *
39789 ACTTGCTATAAATGATTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTATACTTTTTTACATTTTTGGT
127 ACTCACTATAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTATACTTTTTTACATTTTTCGT
** *
39854 AAAAACAAACTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACCAGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAAA
192 AAAAACAAACTATAATTAAATACCTACCTCAAGAAACCAGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAAA
* * *
39919 AATATCCATTTATAGTCACTCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAAT
257 AATATCCATTTATAGTCAC-C-------C--AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* **********
39984 CTGATAATNNNNNNNNNNTTG
312 CTAATAATAGATTTTAAGTTG
* * * *
40005 AATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAGT-G-TCT-CTTTCTAGAAAC-TA
1 AA--TTTATTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA-TAGCT-TAC-CTCAAGAAACGTA
** * * * * * *
40066 GTGGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAG-TCTATTTATAGACACTCATTCTTTTAAAAACCTT
61 -AAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTTC-ATTTATAGCCACTCATTCGTTCAAAAGCCTC
* *
40130 ATTAATCACTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
124 ATTACTCACTATAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
40177 GAANNNNNNN
Statistics
Matches: 405, Mismatches: 84, Indels: 47
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
340 7 0.02
341 182 0.45
342 77 0.19
343 6 0.01
344 129 0.32
345 3 0.01
350 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (332 bp):
AATTTATTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGATAGCTTACCTCAAGAAACGTAAAGAA
AAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGCCACTCATTCGTTCAAAAGCCTCATTACTC
ACTATAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTATACTTTTTTACATTTTTCGTAAAA
ACAAACTATAATTAAATACCTACCTCAAGAAACCAGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAAAAATA
TCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATAGATTT
TAAGTTG
Found at i:41103 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 40913--41267 Score: 416
Period size: 170 Copynumber: 2.1 Consensus size: 170
40903 TTATTACTCA
40913 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATCATTTTAAGTCAAATTGTTTTATATTTTTGGTT-AAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATCATTTTAAGTCAAATT-TTTTATATTTTTGGTTAAAA
* *
40977 CAGACTATAATTGAATA-TCTACATCAAGAAACGTGAAGAAGAAAG-CATTCATGGGC-AGAAAA
65 CAGAATATAATTGAA-AGTCTACATCAAGAAACATGAAGAA-AAAGACATTCATGGGCAAG-AAA
** *
41039 AGTCCTCTTATAGTCATTCATTCTTTTAAAAGCCTTACTATGCG
127 AGTCCTCTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTACTATGCG
* * * ** * *
41083 CTTTAAAGTA-TTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATCTTTTTTGTTAAAA
1 CTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAAATCATTTTAAGTCAAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
* * * * *
41147 CAGAATATAATTGAAAGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTTATTGGCAAGAAAAGT
65 CAGAATATAATTGAAAGTCTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATGGGCAAGAAAAGT
* * *
41212 CCTTTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCTTTATTACT-CG
130 CCTCTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTACTA-TGCG
* *
41253 CTGTAAATGGTTTTA
1 CTTTAAATAGTTTTA
41268 AGTTGAATCT
Statistics
Matches: 156, Mismatches: 22, Indels: 14
0.81 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 20 0.13
170 131 0.84
171 5 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATCATTTTAAGTCAAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC
AGAATATAATTGAAAGTCTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATGGGCAAGAAAAGTC
CTCTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTACTATGCG
Found at i:41321 original size:151 final size:150
Alignment explanation
Indices: 41113--41385 Score: 399
Period size: 151 Copynumber: 1.8 Consensus size: 150
41103 TTATAATTGA
* * * *
41113 TTTTAAGTTGAATTTTTTATCTTTTTTGTTAAAACAGAATATAATTGAAAGTTTACCTTAAGAAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTATCTTTTTGGTTAAAACAGAATATAATTCAAAGTCTACCTCAAGAAA
* * *
41178 CATG-AAGAAAAAGACATTTATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGC
66 CA-GAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCTTTCAAAAGC
41242 TTTATTACTCGCTGTAAATGG
130 TTTATTACTCGCTGTAAATGG
* *
41263 TTTTAAGTTGAATCTTTTTA-CATTTTTGGTTAAAATA-AACTATAATTCAATGTCTACCTCAAG
1 TTTTAAGTTGAAT-TTTTTATC-TTTTTGGTTAAAACAGAA-TATAATTCAAAGTCTACCTCAAG
*
41326 ATACAGAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCTTT
63 AAACAGAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCTTT
41386 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 10, Indels: 7
0.87 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
150 17 0.16
151 92 0.84
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (150 bp):
TTTTAAGTTGAATTTTTTATCTTTTTGGTTAAAACAGAATATAATTCAAAGTCTACCTCAAGAAA
CAGAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCTTTCAAAAGCT
TTATTACTCGCTGTAAATGG
Found at i:42474 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 41860--42475 Score: 474
Period size: 171 Copynumber: 3.6 Consensus size: 170
41850 NNNNNNNNNN
* * ** * * * *
41860 AACAGACTATAATTTAATGTCTA-CTTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCGTTTATGGGCAAGAAA
1 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAAAATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAA
** * * * * * *** *
41924 AGTCC-TCTTAGGGTCACTCATTCTTTCGAAAGCCTGACTACGCGCTTTAAATTATTTTATAATC
65 AGTCCAT-TTATAGTCAC-CATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGGTTTAGAATC
* * * *
41988 TTATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTTACCTTTTT-GATTAA
128 TCATAATTGATTTTCAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGA-TAA
* ********** * * *
42030 AATAGACTATAATTGNNNNNNNNNNTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAA
1 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAAATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAA
* *
42095 GTCCATTTAAAGTCATCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGGTTTATAATCTC
66 GTCCATTTATAGTCA-CCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGGTTTAGAATCTC
* * * *
42160 ATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTTA
130 ATAATTGATTTTCAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGATAA
* ** * * **
42201 AACATACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAAATTACG-AAAAAGTCATTCATTGGCAAGANN
1 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAAATAAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAA
******** * * * *
42265 NNNNNNNNTATAGTCTCCAATTCTTTCGAAAA-CCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTAGAATC
65 AGTCCATTTATAGTCACC-ATTCTTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGGTTTAGAATC
42329 TCATAATTGATTTT-ATGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGATAA
128 TCATAATTGATTTTCA-GTTGAATTCTTTTACATTTTTGGATAA
* * * *
42372 AACAGATTATAGTTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAA-AAAA
1 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAAATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAA
*
42436 GTCCATTTATTGTCACCTATTCTTTCAAAAAGCCTTATTA
66 GTCCATTTATAGTCACC-ATTCTTTC-AAAAGCCTTATTA
42476 TTCTCTTTAA
Statistics
Matches: 339, Mismatches: 96, Indels: 21
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 142 0.42
171 186 0.55
172 11 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAAATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAA
GTCCATTTATAGTCACCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGGTTTAGAATCTCA
TAATTGATTTTCAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGATAA
Found at i:43166 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 42828--43520 Score: 510
Period size: 171 Copynumber: 4.1 Consensus size: 170
42818 NNNNNNNNNN
* * * * *
42828 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTACT-GTTGAATA
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTA-TAATTGAATG
* ** * ** * * *
42892 CT-TACCTTGAGAAACATG--AA-AAAAAGGTATTAATTGGCAATAAAAATCCATTTATAGTCAC
64 CTCTACC-TCA-AAA-ATGTAAAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* ********** *
42953 CCATTCTTTCAAAAGCCTTATNNNNNNNNNNAAATAGTTTTATAA
126 TCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
42998 TCTAATAATTGTTTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAATAGAGTATAATTGAACGC
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGC
* * * *
43063 T-TGCCTCAAAAATTGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATACTCACTCA
65 TCTACCTCAAAAA-TGTAAAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA
* * * *
43127 TTCCTTCAAAAGCCTCATTACTTGCTGTAAATGGTTTTATAA
129 TTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
********** * * * *
43169 TCTCATANNNNNNNNNNAGTTGTAGTTTTTTACATTTTTGGTAAAAACAAACTATAATTAAATG-
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGC
* * *
43233 TCTACCTCAAGAAA-CTAGAAGAAAAAGACATTCATTGATAA-AAAAATCCATTTATAGTCACTC
65 TCTACCTCAA-AAATGTA-AAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC
* ** *
43296 ATTCTTTCAAAAGCCTTATCACTCATTTTAAATGGCTTTATAA
128 ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* **
43339 TCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATATTTTTTTATATTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACAT-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
** * * * * *
43404 TCTCTTTC-CAGAAACTAGT--GGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTTTATTTATAGACAC
64 -CTCTACCTCA-AAAAT-GTAAAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* *
43466 TAATTCTTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
126 TCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
43511 TCTCATAATT
1 TCTCATAATT
43521 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 405, Mismatches: 100, Indels: 34
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 5 0.01
169 9 0.02
170 129 0.32
171 179 0.44
172 76 0.19
173 5 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCT
CTACCTCAAAAATGTAAAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATT
CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
Found at i:43514 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 43194--43520 Score: 451
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 172
43184 NNAGTTGTAG
43194 TTTTTTACATTTTTGGTAAAAACAAACTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACTAGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTGGTAAAAACAAACTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACTAGAAGAAAAA
* * * *
43259 GACATTCATTGATAAAAAAATCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATCACTCATTT
66 GACATTCATTGATAAAAAAATCCATTTATAGACACTAATTCTTTCAAAAACCTTATCACTCACTT
43324 TAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATAT
131 TAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATAT
* * * * * * **
43366 TTTTTTATA-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-CTTTCCAGAAACTAGTGGAAAA
1 TTTTTTACATTTTTGGTAAAAACAAACTATAATTAAATGTCTAC-CTCAAGAAACTAGAAGAAAA
* * ** * *
43429 AGACATTCATTGGTAAGAAAAGTTTATTTATAGACACTAATTCTTTCAAAAACCTTATTACTCGC
65 AGACATTCATTGATAA-AAAAATCCATTTATAGACACTAATTCTTTCAAAAACCTTATCACTCAC
*
43494 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
129 TTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATT
43521 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 19, Indels: 4
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 60 0.45
172 73 0.54
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
TTTTTTACATTTTTGGTAAAAACAAACTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACTAGAAGAAAAA
GACATTCATTGATAAAAAAATCCATTTATAGACACTAATTCTTTCAAAAACCTTATCACTCACTT
TAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATAT
Found at i:44108 original size:170 final size:168
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* * * * * * *
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***** * * ** * *
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***** * * * * * *
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* * * ** * **
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* * * *
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1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTT-AAATTTTTTATTT---T---TTCG
*** * ** * ** * *
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* * * * *
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* * * * *
45681 ----TAAATAGTTTTATAATCTCA-AAATTATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACTTTTTTTGTTTA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTT-AA-ATTTTTTA-TTTTTTCGTTAA
* * * * * ** ** * *
45741 AACATATTATAATTGAATGTCAACATTGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTAGCAAGAAAA
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* * * *
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* ** * * * *
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1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAG-TTAA-ATTTTTTA-TTTTTTCGTTAA
* * * * * * * * *
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** * ** * *
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* ** * * ** * *
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* * * **
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128 GTTCATTTATAGTCACTCATTCTTTC-AAAAGTTTATTACT-A
* ** * ********** *
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1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTTTATT---TTT-TCGTTA
* * * * * *
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127 AGTTCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAG-TTTATTACTA
* * * * *
46361 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTATATTTTTTTACTATTTTCATTTAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTA-AATTTTTTA-TTTTTTCGTTAAA
** ** ** * ** * *
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* * * *
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1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTT-TTT--ATTTTTTCGTTAA
* * * * * * *
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1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTT-TTTAT-TTTTTCGTTAAA
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1 GC-TT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAG-T-TAAATTTTTTAT-TTTTTCGTT
********** * ** **
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* * * * *
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* * * * * *
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1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTAT-TTTTTCGTTAAA
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47170 ATCTATTTATAGTCACCCATTCCNNNNNNNNNNTTATTACTC
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* * * * *
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1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTT-TTT--ATTTTTTCGTTAA
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*********** * ** * *
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1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATT-TTTTA-TTTTTTCGTTAAA
* ** *
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* * ** * * ***
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******* * * * *
47682 NNNNNNNTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGGTTATTAATTA
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* * * * * *
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1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTT-TTTA-TTTTTTCGTTAAA
* * * * * ** * * * *
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* ** * *
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129 TTCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAG-TTTATTACTA
* ** * * *
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1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAA-TGATTTTAAGTT-AAAT-TTTTTA-TTTTTTCGTTA
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* * * * *
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** **** * *
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1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAA-TGATTTTAAG-TTAAATTTTTTA-TTTTTTCGTTAA
* * * * * **** * *
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* * * ** * **********
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* * * * * * *
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1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTT-AAATTTTTTA-TTTTTTCGTTAAA
** * ** ** *
48307 ACAGACTATTGTTGAATGTCTA-CTGTGAGAAACATGAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAA
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* * ********** * * *
48370 ATCCATTTANNNNNNNNNNTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
128 GTTCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAG-TTTATTACTA
* *
48412 TCTTTGAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTTTAGATTTTTT-GTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTTT--ATTTTTTCGTTAAA
* * * * * *
48476 ATAGACTATAATTAAATGTCTACCAT-AAGAAACATGATGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAA
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* * * *
48540 G-TCAATTTATAATCTC-CTATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTC
128 GTTC-ATTTATAGTCACTC-ATTCTTTCAAAAGT-TTATTACTA
** *
48582 TATTTAAATAGTTTTATAATCTCA-AAATTGATTTTAAGTT
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAA-TGATTTTAAGTT
48622 CAAAACATAT
Statistics
Matches: 3477, Mismatches: 984, Indels: 411
0.71 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
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CATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGTTTATTACTA
Found at i:45589 original size:189 final size:182
Alignment explanation
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45356 TTAAGTTGAT
* *
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1 TTTTTTTTACTTTTTGGTTAAAAATGACTATAATTGAAA-GTCTACATCAAGAAATCAAAAGAAA
**
45430 AAG-TCATTCATTGAAAAGAAAAGGCCATTTA-TAGTCATTCATTATTCCAAAAGCCCTATTGCT
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* * * *
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124 -AC-ATAAATAGTTTTATAATCTCAAAATT-ATTTTAAGTTCAATTTTTTTATTTAAGTCAA
* * ***
45555 TTTTTTTTACTTTTTGGTTAAAACA-GATTATAATTGAAAGTCTACATCGAGAAATGTTAAGAAA
1 TTTTTTTTACTTTTTGGTTAAAA-ATGACTATAATTGAAAGTCTACATCAAGAAATCAAAAGAAA
** * * * * *
45619 AAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATTATCACCCATTCTTTCAAAGCCTTATTACATAA
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45684 ATAGTTTTATAATCTCAAAATTATTTTAAGTTCAATTTTTTT
130 ATAGTTTTATAATCTCAAAATTATTTTAAGTTCAATTTTTTT
45726 TACTTTTTTT
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 20, Indels: 15
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Matches are distributed among these distances:
182 19 0.13
183 24 0.16
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187 1 0.01
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TAGTTTTATAATCTCAAAATTATTTTAAGTTCAATTTTTTTATTTAAGTCAA
Found at i:45956 original size:172 final size:169
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Period size: 171 Copynumber: 18.0 Consensus size: 169
45535 AATTTTTTTA
* * * **
45545 TTTAAG-TCAATTTTTTTTACTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTACATCGAGAAA
1 TTTAAGTTTAATTTTTTTTACTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-TTAAGAAA
** * * *
45609 TGTTAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATTA-TCACCCATTCTTTC-AAAGC
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* *
45672 CTTATTA----C-ATAAA-TAGTTTTATAATCTCAAAATT-AT
128 CTTATTACTCGCTTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * *
45708 TTTAAGTTCAATTTTTTTTACTTTTTTTGTTTAAACATATTATAATTGAATGTCAACATTGAGAA
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* *
45773 ACATGAAGAAAAATGCATTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATTA-TCACCCATTCTTTCAAAAG
64 ACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACCCATTCTTTCAAAAG
* * * * *
45837 CCTTATTATTGGTTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAAATGAT
127 CCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGAT
* *
45880 TTTAAGTTTAATTTTTTTTACTTGTTTGGTTAAAACAGATTATTATTGAATGTCTACATTAAGAA
1 TTTAAGTTTAATTTTTTTTACTT-TTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-TTAAGAA
* * * * **
45945 ACCTAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGGCCATTTATTGTTTCCCATTCTTTCAAAAGC
64 ACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGC
** * * * * **
46010 CTTATTACTCATTTTAAATGACTTTGTAAACTCATAACGGAT
128 CTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * ** **
46052 TATAAG-TTAAATTTTTTCACATTTTT--TTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGTTTTTGAAA
1 TTTAAGTTTAATTTTTTTTAC-TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACTTAAG-AA
* ** * * * * * *
46114 ACGTGAAGAAAAAAATATTCCTTGGCAAAAAAAATCCATTTATACTCACTCATTCTTTCAAAAAC
64 ACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGC
* *
46179 CTTATTACTCACTGTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGAT
128 CTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGAT
********** *
46221 TNNNNNNNNNNTTTTTTTTACATTTCTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCT-AGA
1 TTTAAGTTTAATTTTTTTTAC-TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CT-TAAGA
* * * ** * **
46285 AACTTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAATTTAATTTGTAACCACCCATTCTTTCAAAAG
63 AACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAG
********** **
46350 CNNNNNNNNNNGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
127 CCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGAT
** * ** * *
46393 TTTAAG-TT-ATATTTTTTTACTATTTTCATTTAAACAGACTATTGTTGAATGCCTACCTTGAGA
1 TTTAAGTTTAAT-TTTTTTTACT-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CTTAAGA
* * * **
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63 AACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGC
* *
46521 CTTATTACTCGCTTT-AATTGGTTTTATAATCTCATAAATGAT
128 CTTATTACTCGCTTTAAATT-ATTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * * *
46563 TTTAAGTTGAA-TTTGTTTGCAATTTTGGTTAAAATAGAGTATAATTGAATG-CATGCCTCAAAA
1 TTTAAGTTTAATTTTTTTTAC-TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-T-ACTTAAGA
* * * * **
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* * *
46689 CCTTATTACTCGCTGTAAA-TAGTTTTGTAATCTCATAATTTAT
127 CCTTATTACTCGCTTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * ** * * * * * * *
46732 TTCAAGCTGAATTTGTTTATAC-TTTTCATGAAAACAGAGTATAACTAAATGCCTACCTCAGAAA
1 TTTAAGTTTAATTT-TTTTTACTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACTTAAGAAA
* *
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* * * * *
46860 CCTTATTACTC-ATTGTAAATGATTTTATAACCTCATAGTTTAT
127 CCTTATTACTCGCTT-TAAATTATTTTATAATCTCATAATTGAT
* * ********** *
46903 TTTAAGTTGTTTATTTTTTATA-TTTTTGGTTAAANNNNNNNNNNATTGAATGTCTACCTCAAGA
1 TTTAAG-T-TTAATTTTTTTTACTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CTTAAGA
* ** * *
46967 AATCA-GAA-AAAAAGTCATTTATTGAAAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACTCATTCTTTCAAAA
63 AA-CATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAA
* * *
47030 GCCTTATTGCTCGCTTTAAA-TAGTTTTTTAATCTCACAATTGAT
126 GCCTTATTACTCGCTTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * *
47074 TTCAAGTTAAATATTTTTATA-TTTTTTGTTAAAACAGACTATTATTAAATGTTTATCTTGAGAA
1 TTTAAGTTTAAT-TTTTTTTACTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CTTAAGAA
** * * * **********
47138 ATGTGAAG-AAAAGACATTCATTGACAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCCNNNNNNNNN
64 ACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGC
* *
47202 NTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTGTAATCTCATAATTGAT
128 CTTATTACTCGCTTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * ** * * * *
47244 TTTTAG-TCAAATTTGTTTACATTTTTTCTTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTTTGTCTCAAAA
1 TTTAAGTTTAATTTTTTTTAC-TTTTTGGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCT-ACTTAAGA
* * * * *
47307 AACATGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATACTCACTCACTCTTTCAAAAG
63 AACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAG
***********
47372 CCTTATTACTCGCTGNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGAT
127 CCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGAT
* *
47415 TTTAAGTTCT-A-TTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGA
1 TTTAAGTT-TAATTTTTTTTAC-TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACTTA-AGA
* ** *
47478 AAC-TAGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCACTTATTCTTTAAAAA
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* * * *** *
47542 GTCTTATTGCTTGCTTTAAATGGCTTTATAATTTCATAATTGAT
126 GCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * *
47586 TTTAAATTGAATTTTTTTTATCTTTTTGTTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
1 TTTAAGTTTAATTTTTTTTA-CTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CTTAAGAA
* ********** *
47651 AC-TAGAAGAAAAAGGCATTCATTGGGAANNNNNNNNNNTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
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** * ** ** *
47715 GGTTATTAATTACTTTAAATGCTTTTATAATCTCCTAATTGAT
127 CCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGAT
* * ** * * * *
47758 TTTAAGTTGAA-TTTGTTTACATTTTTCATTAAAACAAACAATAATTAAATGTCTAGCTTGAGAA
1 TTTAAGTTTAATTTTTTTTAC-TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CTTAAGAA
* ***
47822 ACATGAAGAAAGAAGCATTCATTCGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTGTCATTCTTTCAAAAGC
64 ACATGAAGAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGC
* *
47887 CTTATTACTCGATTTAAA-TATTTTTATAATCTCAAAATTGAT
128 CTTATTACTCGCTTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * *
47929 TTTAAGTTCAATTATTTTTACTTTTTTGGTTTAAACATATTATAACTGAATGTCGACATTGAGAA
1 TTTAAGTTTAATTTTTTTTAC-TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-TTAAGAA
* * * *
47994 ACATGAAAAAAAATACATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATTA-TCACCCATTCCTTCAAAAG
64 ACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACCCATTCTTTCAAAAG
* *
48058 CCTTATTACTGGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGAT
127 CCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGAT
**** * *
48101 TTTAAGTTT-GGGCTTTTTACTTGTTTGGTTAAAAGAGATTATAATTGAATGTCTACATTCAAGA
1 TTTAAGTTTAATTTTTTTTACTT-TTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-TT-AAGA
* *** * * ** * **
48165 ATATAATTGAATG-TCTA-CATTCATTGACAAGAAAATTTAATTTGTAACCACCCATTCTTTCAA
63 A-A-CA-TGAA-GAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAA
********** **
48228 AAGCCNNNNNNNNNNCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
124 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGAT
** * ** *
48274 TTTAAGTTGT-A-TTTTTTTACTATTTTCATTTAAACAGACTATTGTTGAATGTCTACTGTGAGA
1 TTTAAGTT-TAATTTTTTTTACT-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACT-TAAGA
* * ********** *
48337 AACATGAAGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTANNNNNNNNNNTTCCTTCAAAAGC
63 AACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGC
* * ** *
48402 CTTATTACTCTCTTTGAATGGTTTTATAATCTCATAAATGAT
128 CTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGAT
* ** * * * *
48444 TTTAAGTTAAATTTTTTAGA-TTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTAAATGTCTACCATAAGAAA
1 TTTAAGTTTAATTTTTTTTACTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CTTAAGAAA
* * * * * * *
48508 CATGATGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAATCTCCTATTCCTTCAAAAGTC
65 CATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCC
** *
48573 TTATTACTCTATTTAAA-TAGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
129 TTATTACTCGCTTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAATTGAT
48614 TTTAAGTT
1 TTTAAGTT
48622 CAAAACATAT
Statistics
Matches: 2242, Mismatches: 573, Indels: 191
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164 14 0.01
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175 6 0.00
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ATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGAT
Found at i:46594 original size:341 final size:340
Alignment explanation
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43774 NNNNNNNNNA
* * * * * ** *
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* * * * * * * * *
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** ** * *
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128 AAGTCCATTTATA-ATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* * * * *** * *
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** * ** * ** * * *
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* * *
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320 TCTTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * **********
44125 AGCTTTAAATTATTTTATAATTTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTNNNNNNNNNNTTAAA
1 CGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* ** * * **
44190 ACAGACTATAATTGATTGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAA
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* * * * *
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* ********* ** * * * *
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** * * * * **********
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258 CCTTGAGAAAC-GTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGC-AAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATT
*
44447 CTTTCGAAAGCCTTATTACT
321 CTTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * ********** * *
44467 CGCTTTCAATGGTTTTACAATCTCATACTTNNNNNNNNNNTGAATTTTTTTATATTTTTTGATAA
1 CGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAA
* * ** * * *
44532 AACAGATTATAATTGTATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAA-AGTATTCATTGACAAGAAA
65 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTTGAAGAAAAAGA-CATTCATTGACAAGAAA
* *********** *
44596 AGTCCATTTATAGTC-CCTCATTCTTTCAAAAGCCTTAANNNNNNNNNNAAATGGTTTTATAATC
129 AGTCCATTTATAATCACC-CATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * * ** *
44660 TCATAATTGACTTTAAGTTGTATTTTTTTTAC-ATTTTTCATTAAAATAGACTATTGTTGAATGC
193 TCATAATTGATTTTAAG-T-TAATTTTTTTACTA-TTTTCATTTAAACAGACTATAATTGAATGT
*
44724 CTACCTTGAGAAACATGAATG--AAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAG-CTACCC
255 CTACCTTGAGAAACGTGAA-GAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTC-ACCC
*
44786 ATTAC-TTCAAAAGTCTTATTACT
318 ATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACT
* ********* **
44809 CACTTTAAAT-ANNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTT-TCATTTTCAGTT
1 CGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTAT-ATTTTTGGTT
* ** * ** * * ** * * *
44872 AAAACAGAGTATAATTGAA-CACTTGCCT-TGGAAAACATAAAGAAGTAGGCATTTATTGGCAAG
63 AAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCAAG-AAACTTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAG
* * ** * * *
44935 AAAAGTCCATTTATACTTACTTATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCG-TTGTCAATGGTTTTATA
126 AAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATAGTTTTATA
* * *
44999 ATCTCATAATTGATTTTGAGTTATATTTTTTTA-TATTTTTTC-TTAAAATAGACTATAATTGAA
190 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-ATTTTTTTACTA--TTTTCATTTAAACAGACTATAATTGAA
* ** ** * * *
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252 TGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACC
*
45127 CATTCTTTCGAAAGCCTTATTACT
317 CATTCTTTCAAAAGCCTTATTACT
* * ********** * ** * *
45151 CGCTTTGAAT-AGTTTTACANNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTGCATTTTTTGATA
1 CGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTATATTTTTGGTTA
* * ** ** * * *
45215 AAACAGATTATAGTTGAACCTCTACCTTGAGAAA-TGTGAAAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
64 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACT-TGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAA
** ********** * *
45279 AAGTCCATTTACCATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATNNNNNNNNNNAGATGGTTTTATAATC
128 AAGTCCATTTATAATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * ** * *
45344 TCATAACTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTCCT-TTTT-GGTTAAAAATGACTATAATTAAATGT
193 TCATAATTGATTTTAAGTT-A-ATTTTTTTACTATTTTCATTTAAACA-GACTATAATTGAATGT
** ** * ** ** **
45407 CTACCTCAAGAAATC-AAAAGAAAAAGTCATTCATTGAAAAGAAAAGGCCATTTATAGTCATTCA
255 CTACCTTGAGAAA-CGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCA
* * * *
45471 TTATTCCAAAAGCCCTATTGCT
319 TTCTTTCAAAAGCCTTATTACT
* *
45493 CGCTATAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTAAGTCAATTT
1 CGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-----TT-TTT---T--A---
* * * * *
45558 TTTTTACTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTACATCGAGAAA-TGTTAAGAAAAAG
52 ----TA-TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACT-TGAAGAAAAAG
** * *
45622 -CTATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATTATCACCCATTCTTTC-AAAGCCTTATTA----C-
111 AC-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * **
45680 ATAAATAGTTTTATAATCTCAAAATT-ATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACTTTTTTTGTTTAAAC
175 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-TTTTTTTACTATTTTCATTTAAAC
* * * * * * * * *
45744 ATATTATAATTGAATGTCAACATTGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTAGCAAGAAAAGTT
238 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATC
*
45809 CATTTATTA-TCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTATT
303 CATTTA-TAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * * *
45847 GGTTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAAATGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACTTGTTTGGTTA
1 CGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATA-TT-TTTGGTTA
* * * * * * *
45912 AAACAGATTATTATTGAATGTCTACATTAAGAAACCTAAAGAAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAA
64 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTTGAAGAAAAAGA-CATTCATTGACAAGAA
* ** ** ** *
45976 AAGGCCATTTATTGTTTCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGACTTTGTA-AA
128 AAGTCCATTTATAATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTT-TATAA
** * *
46040 -CTCATAACGGATTATAAGTTAAATTTTTTCAC-ATTTT--TTTAAAACAGACTATAATTGAATG
191 TCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACTATTTTCATTT-AAACAGACTATAATTGAATG
* *** *** * * * *
46101 CCTGTTTTTGA-AAACGTGAAGAAAAAAATATTCCTTGGCAAAAAAAATCCATTTATACTCACTC
254 TCT-ACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCC
*
46165 ATTCTTTCAAAAACCTTATTACT
318 ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * ********** * *
46188 CACTGTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTNNNNNNNNNNTTTTTTTTACATTTCTGGTTA
1 CGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT--TTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTA
*
46253 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACTTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAA
64 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAA
* ** * * ********** *
46318 ATTTAATTTGTAACCACCCATTCTTTCAAAAGCNNNNNNNNNNGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
129 AGTCCATTTATAATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
** *
46383 CATAATTGATTTTAAGTTATATTTTTTTACTATTTTCATTTAAACAGACTATTGTTGAATGCCTA
194 CATAATTGATTTTAAGTTA-ATTTTTTTACTATTTTCATTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
*
46448 CCTTGAGAAACGTGAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCC
258 CCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCT
*
46512 ATCAAAAGCCTTATTACT
323 TTCAAAAGCCTTATTACT
* * * ** *
46530 CGCTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTGTTTGCAATTTTGGTTAA
1 CGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTATATTTTTGGTTAA
* * * * ** *
46595 AATAGAGTATAATTGAATG-CATGCCTCAAAAAACGAGAA-AAAAAAACATTCATTGACAAGAAA
65 AACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCAAGAAACTTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAA
* ** * *
46658 AGTCCATTTATACTCACTAATTCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTGTAATCT
129 AGTCCATTTATAATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * * * ** * * * *
46722 CATAATTTATTTCAAGCTGAATTTGTTTA-TACTTTTCATGAAAACAGAGTATAACTAAATGCCT
194 CATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTACTA-TTTTCATTTAAACAGACTATAATTGAATGTCT
* * * * *
46786 ACC-TCAGAAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCTATT
257 ACCTTGAG-AAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATT
46850 CTTTCAAAAGCCTTATTACT
321 CTTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * *
46870 C-ATTGTAAATGATTTTATAACCTCATAGTTTATTTTAAGTTGTTTATTTTTTATATTTTTGGTT
1 CGCTT-TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG--AATTTTTTATATTTTTGGTT
********** * * * *
46934 AAANNNNNNNNNNATTGAATGTCTACCTCAAGAAA-TCAGAA-AAAAAGTCATTTATTGAAAAGA
63 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACT-TGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGA
* * * * *
46997 AAAGTCCATTTCTAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTTTAAT
127 AAAGTCCATTTATAATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* * * * * *
47062 CTCACAATTGATTTCAAGTTAAATATTTTTA-TATTTT-TTGTTAAAACAGACTATTATTAAATG
192 CTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACTATTTTCAT-TT-AAACAGACTATAATTGAATG
* * * * * *
47125 TTTATCTTGAGAAATGTGAAG-AAAAGACATTCATTGACAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCA
254 TCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCA
***********
47189 TTCCNNNNNNNNNNTTATTACT
319 TTCTTTCAAAAGCCTTATTACT
* * ** * **
47211 CGCTTTAAAT-AGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTTAGTCAAATTTGTTTACATTTTTTCTTA
1 CGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTATATTTTTGGTTA
* ** * * * *
47275 AAACAGA-TAATAATTGAATGTTTGTCTCAAAAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAGAA
64 AAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAA
* * * * ***********
47339 AAGTCTATTTATACTCACTCACTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTGNNNNNNNNNNTATAATC
128 AAGTCCATTTATAATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
* * ** *
47404 TCATAATTGATTTTAAGTTCTATTGTTTTAC-ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC
193 TCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACTA-TTTTCATTTAAACAGACTATAATTGAATGTC
* * **
47468 TACCTAGAGAAAC-TAGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCACTTAT
256 TACCTTGAGAAACGT-GAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCAT
* * *
47532 TCTTTAAAAAGTCTTATTGCT
320 TCTTTCAAAAGCCTTATTACT
* ** * * * *
47553 TGCTTTAAATGGCTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTTATCTTTTTGTTTA
1 CGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTATATTTTTGGTTA
* * * ** ****
47618 AAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTAGAAGAAAAAGGCATTCATTGGGAANNNN
64 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAA
****** * * ** * **
47683 NNNNNNTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGGTTATTAATTACTTTAAAT-GCTTTTATAATC
129 AGTCCATTTATAATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATC
* * * * * *
47747 TCCTAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTAC-ATTTTTCATTAAAACAAACAATAATTAAATGTC
193 TCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACTA-TTTTCATTTAAACAGACTATAATTGAATGTC
* * * * ***
47811 TAGCTTGAGAAACATGAAGAAAGAA-GCATTCATTCGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTGTCAT
256 TACCTTGAGAAACGTGAAGAAA-AAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCAT
47875 TCTTTCAAAAGCCTTATTACT
320 TCTTTCAAAAGCCTTATTACT
* * *
47896 CGATTTAAAT-ATTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTATTTT-TACTTTTTTGGT
1 CGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATA--TTTTTGGT
* * * * * * ** * * *
47959 TTAAACATATTATAACTGAATGTCGACATTGAGAAACATGAAAAAAAATACATTCATT-AGCAAG
62 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTTGAAGAAAAAGACATTCATTGA-CAAG
* * *
48023 AAAAGTCCATTTATTATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTGGCTTTAAATTA-TTTTATA
126 AAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATA
* **** ** * * *
48087 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTGGGCTTTTTACT-TGTTTGGTTAAAAGAGATTATAATTGAAT
190 ATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTACTAT-TTTCATTTAAACAGACTATAATTGAAT
* * ***** * * ** * **
48151 GTCTACATTCAAGAATA--T-AATTGAATGTCTACATTCATTGACAAGAAAATTTAATTTGTAAC
253 GTCTACCTT-GAGAA-ACGTGAA--GAA-AAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGT
********
48213 CACCCATTCTTTCAAAAGCCNNNNNNNN
313 CACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACT
** * * ** *
48241 NNCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTT-TACTATTTTCATTT
1 CGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATA-T-TTTTGGTTA
** ** * * *
48305 AAACAGACTATTGTTGAATGTCTA-CTGTGAGAAACATGAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
64 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-CAAGAAACTTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAA
* ********** * * * *
48368 AAATCCATTTANNNNNNNNNNTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTGAATGGTTTTATAATC
128 AAGTCCATTTATAATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * * * *
48433 TCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTTTA-GATTTT-TTGTTAAAATAGACTATAATTAAATGTC
193 TCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACTATTTTCAT-TT-AAACAGACTATAATTGAATGTC
* * * * * * * * * *
48496 TACCATAAGAAACATGATGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAATCTCCTATT
256 TACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATT
* *
48561 CCTTCAAAAGTCTTATTACT
321 CTTTCAAAAGCCTTATTACT
** *
48581 CTATTTAAAT-AGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
1 CGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
48622 CAAAACATAT
Statistics
Matches: 3387, Mismatches: 952, Indels: 317
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
336 5 0.00
337 84 0.02
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340 323 0.10
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343 682 0.20
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345 82 0.02
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347 3 0.00
348 3 0.00
349 2 0.00
350 1 0.00
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355 9 0.00
359 12 0.00
360 87 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
CGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAA
ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAG
TCCATTTATAATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
TAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACTATTTTCATTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT
TGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCTTTC
AAAAGCCTTATTACT
Found at i:47419 original size:512 final size:503
Alignment explanation
Indices: 45771--48102 Score: 1135
Period size: 511 Copynumber: 4.6 Consensus size: 503
45761 CAACATTGAG
** * * * *
45771 AAACATGAAGAAAAATGCATTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATTA-TCACCCATTCTTTCAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TACTCACCTACTCTTTCAAA
* *** * * * * * *
45835 AGCCTTATTATTGGTTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAAATGATTTTAAGTT-TAATTTTTTTT
65 AGCCTTATTACTCACTGTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCT-A-TTGTTTT
* * * *
45899 AC-TTGTTTGGTTAAAACAGATTATTATTGAATGTCTACATTA-AGAAACCTA-AAGAAAAAAGC
128 ACATT-TTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-CTAGAGAAA-CTAGAAGAAAAAGGC
** ** * ** * * * **
45961 ATTCATTGGCAAGAAAAGGCCATTTATTGTTTCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTA
190 ATTCATTGAAAAGAAAACTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTAAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTA
* * * ** * * *
46026 AAT-GACTTTGTAAACTCATAACGGATTAT-AAGTTAAATTTTTT-CA-CATTTT-TTTAAAACA
255 AATAG-CTTTATAATCTCACAATTGATT-TCAAATTAAATTTTTTATATCTTTTTGTTTAAAACA
* * * * * * *
46086 GACTATAATTGAATGCCTGTT-T-TTGA-AAACGTGAAGAAAAAAATATTCCTTGGCAAAAAAAA
318 GACTATAATTAAATG--T-TTATCTTGAGAAATGTGAAG-AAAAGACATTCATTGACAAGAAAAA
* * * * *
46148 TCCATTTATACTCACTCATTCTTTCAAAAACCTTATTACTCACTGTAAATTA-TTTTATAATCTC
379 TCTATTTATAGTCAC-C---CATT------CCTTATTACTCGCTGTAAA-TAGTTTTGTAATCTC
********** * ** * * * * *
46212 ATAATTGATTNNNNNNNNNNTTTTTTTTACA-TTTCTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
433 ATAATTGATT-TCAAGCTAAATTTGTTTACACTTT-TCATGAAAACAGAGTATAACTAAATGCCT
* *
46276 ACCTCTAG
496 ACCTCAAA
* * * * ** * * *
46284 AAACTTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAATTTAATTTGTAAC-CACCCATTCTTTCAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-ACTCACCTACTCTTTCAAA
*********** * * * * *
46348 AGCNNNNNNNNNNGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTATATTTTTTTAC
65 AGCCTTATTACTCACTGTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCTATTGTTTTAC
** * ** * *
46413 -TATTTTCATTTAAACAGACTATTGTTGAATGCCTACCTTGAGAAACGT-GAAG-AAAAGGCATT
130 AT-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAAC-TAGAAGAAAAAGGCATT
** * * ** * * *
46475 CATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATT
193 CATTGAAAAGAAAACTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTAAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAAT
* * * * * * * * * * * * *
46540 GGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTGTT-T-GCAATTTTGGTTAAAATAGAGT
258 AGCTTTATAATCTCACAATTGATTTCAAATTAAATTTTTTATATC-TTTTTGTTTAAAACAGACT
* ** ** ** * * * * * * *
46603 ATAATTGAATGCATGCCTCAAAAAACGAGAAAAAAAAACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
322 ATAATTAAATGTTTATCTTGAGAAATGTGAAGAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAATCTATTTA
* ** *
46668 TACTCACTAATTCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTTATT
387 TAGTCAC-----C---C-ATTCCTTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATT
* * *
46733 TCAAGCTGAATTTGTTTATACTTTTCATGAAAACAGAGTATAACTAAATGCCTACCTCAGA
443 TCAAGCTAAATTTGTTTACACTTTTCATGAAAACAGAGTATAACTAAATGCCTACCTCAAA
** ** *
46794 AAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCTATTCTTTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCTACTCTTTCAAAA
* * * *
46859 GCCTTATTACTCATTGTAAATGATTTTATAACCTCATAGTTTATTTTAAGTTGTTTATT-TTTTA
66 GCCTTATTACTCACTGTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAG-T-TCTATTGTTTTA
* ********** *
46923 TATTTTTGGTTAAANNNNNNNNNNATTGAATGTCTACCTCA-AGAAA-TCAGAA-AAAAAGTCAT
129 CATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-AGAGAAACT-AGAAGAAAAAGGCAT
* * * *
46985 TTATTGAAAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAA
192 TCATTGAAAAGAAAACTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTAAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAA
* * *
47050 TAGTTTTTTAATCTCACAATTGATTTCAAGTTAAATATTTTTATAT-TTTTTG-TTAAAACAGAC
257 TAGCTTTATAATCTCACAATTGATTTCAAATTAAAT-TTTTTATATCTTTTTGTTTAAAACAGAC
*
47113 TATTATTAAATGTTTATCTTGAGAAATGTGAAGAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAATCTATTT
321 TATAATTAAATGTTTATCTTGAGAAATGTGAAGAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAATCTATTT
*
47178 ATAGTCACCCATTCCNNNNNNNNNNTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGA
386 ATAGTCACCCATTCC----------TTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGA
** * * * * ** **
47243 TTTTTAG-TCAAATTTGTTTACATTTTTTC-TTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTTTGTCTCAA
441 TTTCAAGCT-AAATTTGTTTACA-CTTTTCATGAAAACAGAGT-ATAACTAAATGCCTACCTCAA
47305 A
503 A
*
47306 AAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATACTCA-CTCACTCTTTCAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCT-ACTCTTTCAAA
* ********** *
47370 AGCCTTATTACTCGCTGNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCTATTGTTTTAC
65 AGCCTTATTACTCACTGTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCTATTGTTTTAC
47435 ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACTAGAAGAAAAAGGCATTCA
130 ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACTAGAAGAAAAAGGCATTCA
** * * * *
47500 TTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCACTTATTCTTTAAAAAGTCTTATTGCTTGCTTTAAATGG
195 TTGAAAAGAAAACTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTAAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATAG
* * * * * *
47565 CTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTTATCTTTTTGTTTAAAATAGACTATA
260 CTTTATAATCTCACAATTGATTTCAAATTAAATTTTTTATATCTTTTTGTTTAAAACAGACTATA
* * * ** * * ** **********
47630 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACT-AGAAGAAAAAGGCATTCATTGGGAANNNNNNNNNNTTTAT
325 ATTAAATGTTTATCTTGAGAAA-TGTGAAG-AAAAGACATTCATTGACAAGAAAAATCTATTTAT
* ** * * *
47694 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGGGTTATTAATTACTTTAAAT-GCTTTTATAATCTCCTAATTGAT
388 AGTCACCCATT-C--C-------TTATTACTCGCTGTAAATAG-TTTTGTAATCTCATAATTGAT
* * * * * * ** * * * ** *
47758 TTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTCATTAAAACAAACAATAATTAAATGTCTAGCTTGAG
442 TTCAAGCTAAATTTGTTTACACTTTTCATGAAAACAGAGTATAACTAAATGCCTACCTCAAA
* * * * ** *
47820 AAACATGAAGAAAGAAGCATTCATTCGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TGTCATTCTTTCAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCT-ACTCTTTCAAA
* * * * *
47884 AGCCTTATTACTCGA-TTTAAAT-ATTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTATTTT
65 AGCCTTATTACTC-ACTGTAAATGA-TTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCTATT-GTTT
* * * * * * * * * **
47947 TACTTTTTTGGTTTAAACATATTATAACTGAATGTCGACATTGAGAAAC-ATGAAAAAAAATACA
127 TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACTA-GAAGAAAAAGGCA
* * * * * * *
48011 TTCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATTA-TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTGGCTTT
191 TTCATTGA-AAAGAAAACTCCATTTA-TAGTCACTCATTCTTTAAAAAGCCTTATTGCTCGCTTT
* *
48074 AAATTA-TTTTATAATCTCAAAATTGATTT
254 AAA-TAGCTTTATAATCTCACAATTGATTT
48103 TAAGTTTGGG
Statistics
Matches: 1415, Mismatches: 334, Indels: 138
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
502 3 0.00
503 1 0.00
506 1 0.00
509 3 0.00
510 131 0.09
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512 374 0.26
513 169 0.12
514 209 0.15
515 129 0.09
516 8 0.01
517 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (503 bp):
AAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCTACTCTTTCAAAA
GCCTTATTACTCACTGTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCTATTGTTTTACA
TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACTAGAAGAAAAAGGCATTCAT
TGAAAAGAAAACTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTAAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATAGC
TTTATAATCTCACAATTGATTTCAAATTAAATTTTTTATATCTTTTTGTTTAAAACAGACTATAA
TTAAATGTTTATCTTGAGAAATGTGAAGAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAATCTATTTATAGT
CACCCATTCCTTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTCAAGCTAAATTT
GTTTACACTTTTCATGAAAACAGAGTATAACTAAATGCCTACCTCAAA
Found at i:48015 original size:343 final size:332
Alignment explanation
Indices: 47397--48016 Score: 703
Period size: 343 Copynumber: 1.8 Consensus size: 332
47387 NNNNNNNNNN
* ** * * *
47397 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCTATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAAACAATAATTA
*
47462 AATGTCTACCTAGAGAAACTAGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCA
66 AATGTCTACCTAGAGAAACTAGAAGAAAAAGGCATTCATTCGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCA
* * * * * * * *
47527 CTTATTCTTTAAAAAGTCTTATTGCTTGCTTTAAATGGCTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAA
131 CTCATTCTTTAAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAA
* * * * *
47592 TTGAATTTTTTTTATCTTTTTGTTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTAGA
196 TTCAATTATTTTTATCTTTTTGTTTAAAATA-ACTATAACTGAATGTCGACATCAAGAAACTAGA
* *
47657 AGAAAAAGGCATTCATTGGGAANNNNNNNNNNTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGGTTATT
260 AAAAAAAGACATTCATTGGGAA----------TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGGTTATT
47722 AATTACTTTAAATGCTTT
315 AATTACTTTAAATGCTTT
* *
47740 TATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTTGAATT-TGTTTACATTTTTCATTAAAACAAACAATAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTGT-TTTACATTTTTCATTAAAACAAACAATAATT
* * *
47804 AAATGTCTAGCTTGAGAAAC-ATGAAGAAAGAA-GCATTCATTCGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
65 AAATGTCTACCTAGAGAAACTA-GAAGAAA-AAGGCATTCATTCGCAAGAAAACTCCATTTATAG
** * **
47867 TCTGTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATATTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
128 TCACTCATTCTTTAAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
* * **
47932 AAGTTCAATTATTTTTA-CTTTTTTGGTTTAAACAT-ATTATAACTGAATGTCGACATTGAGAAA
193 AAATTCAATTATTTTTATC-TTTTT-GTTTAAA-ATAACTATAACTGAATGTCGACATCAAGAAA
*
47995 C-ATGAAAAAAAATACATTCATT
255 CTA-GAAAAAAAAGACATTCATT
48017 AGCAAGAAAA
Statistics
Matches: 233, Mismatches: 37, Indels: 14
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
342 4 0.02
343 218 0.94
344 9 0.04
345 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (332 bp):
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAAACAATAATTA
AATGTCTACCTAGAGAAACTAGAAGAAAAAGGCATTCATTCGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCA
CTCATTCTTTAAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAA
TTCAATTATTTTTATCTTTTTGTTTAAAATAACTATAACTGAATGTCGACATCAAGAAACTAGAA
AAAAAAGACATTCATTGGGAATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGGTTATTAATTACTTTAA
ATGCTTT
Found at i:48669 original size:150 final size:150
Alignment explanation
Indices: 48490--48763 Score: 372
Period size: 150 Copynumber: 1.8 Consensus size: 150
48480 ACTATAATTA
* ** * *
48490 AATGTCTACCATAAGAAACATGATGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAATCT
1 AATGTCTACCATAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAACAAGAAAAGACAATTTATAATCA
* * * *
48555 CCTATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCTATTTAAA-TAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAA
66 CCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATTA-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAA
48619 GTTCAAAACATATTATAACTG
130 GTTCAAAACATATTATAACTG
* * * ** *
48640 AATGTCTA-CGTAGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTAACAGGAAAAGACCGTTTATTATC
1 AATGTCTACCATA-AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAACAAGAAAAGACAATTTATAATC
*
48704 ACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGAT
65 ACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGAT
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 16, Indels: 4
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
149 3 0.03
150 101 0.95
151 2 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.16, G:0.10, T:0.34
Consensus pattern (150 bp):
AATGTCTACCATAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAACAAGAAAAGACAATTTATAATCA
CCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
TTCAAAACATATTATAACTG
Done.