Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398118.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1421.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6218
ACGTcount: A:0.23, C:0.09, G:0.07, T:0.24
Warning! 2302 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:379 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--1924 Score: 1670
Period size: 171 Copynumber: 11.2 Consensus size: 170
* * ** *
1 AAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCATTTTAAATGGTTTTAAAAT
1 AAAGTCTATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * *
66 CTCATAATTGATTTTACGTTGAA-TTGTTTAACATTTTTTA-TTAAAACAAACTATATTTGAAAG
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * *** * * *
129 CCTGCCACAAGAAACTTGTAGAAAAA-GCTATTCATTAAGAAGA
129 TCTACTTGAAGAAACATGAAGAAAAAGGC-ATTCATT-AGAAAA
* * *
172 AAAGT-TCATTTATAGTCACTCATTCGTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAGTCT-ATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
** * * * *
236 TCTCATAATTGATTTTACCTTGAATTTTTTTTATATTTTTAATTAAAACATACTATAATTAAATG
64 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
** *
301 TCTACTTGAAGAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTAGTAAAA
129 TCTACTTGAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAG-AAAA
** *
344 AAAGTCTATTTATAGTCACCAATTCCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAAC
1 AAAGTCTATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
** * * *
408 CTCATAATTGATTTTAAGTT-AAACTGTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGT
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * ** * *
472 TTACCTCCAGAAACGT-ATAGAAAACA-CCATTCATTTAGAAAAA
130 CTACTTGAAGAAACATGA-AGAAAA-AGGCATTCA-TTAG-AAAA
* * * *
515 AAAGTC-ACTTCATAGTTGC-CCAATCCTTCAAAATG-CTTAGTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT
1 AAAGTCTA-TTTATAG-T-CACCATTCCTTCAAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * * * *
577 AATATAAAAATTGATTTTAAG-TCAATTTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAAATTATAATTAAA
62 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * ** * *
641 TGTCCAGCTTG-AGAGATGTGAAGAACAATGCATTCATT-GACAAGA
127 TGTCTA-CTTGAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGA-AA-A
** *
686 AAAGTCTCCTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCTATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * ** * * * *
751 CTCGTAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTAAATATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * *
815 CTACCTTG-GGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTAAAAGAA
130 CTA-CTTGAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGAA-AA
* * *
857 AAAGTCTATTTATAGTCACCGATTCCTACAAAAGCCTTACTACTCGGTTTAAACT-GTTTTATAA
1 AAAGTCTATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATAA
* * * *
921 TTTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATACA-TAATAATTGATT
64 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACT-ATAATTGAAT
* * * *
984 GTCTGTCTTGAA-AAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGA
128 GTCT-ACTTGAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT-AGAAAA
* * ** * *
1028 AAAGTCTATTTATAGCCATCCATTTCTTCAAAAGATTTATTACTTGCTTTACATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCTATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
1093 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-GTTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGACAATAATTGAATGT
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * *
1157 CTACCTCAAGAAACATGAA-AAAAAGGAATTCACTAGCAAAA
130 CTACTTGAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAG-AAAA
* * * * *
1198 AACA-TCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAGGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAG
1 AA-AGTCTATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * ** *
1262 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTGCAGTTTTAGTTAAAATGGACAATAATTGAATG
64 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* ** * * * * * *
1327 TCT-GTCACAATAAACATAAAGAAAAATGAATTCATTGGCAAGA
129 TCTACT-TGAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAG-AAAA
* * *
1370 AAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCTATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* ** * *
1435 CTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTTATGTTTTT-GCTTAGAACAGGCTATAATTGAATG
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * * *
1499 TCTACCTT-AAGAAATATGAACAAAAAAGCATTCATTGGTGAGA
129 TCTA-CTTGAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAG-AAAA
* * * *
1542 AAAGT-TCATTTATAGTCACCTATTCCTGCAAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAGTCT-ATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
1606 TCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTAACATTTTTCA-TCAAAACATA-TGATAATTGAA
64 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACT-ATAATTGAA
* *
1668 -GTCTTACCTTG-AGAAACATGTAGAAAAA-GCTATTCATTAAGAAGA
127 TGTC-TA-CTTGAAGAAACATGAAGAAAAAGGC-ATTCATT-AGAAAA
* * * *
1713 AATGACCATTTATAGTCAACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCTATTTATAGTC-ACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * *
1778 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTTACATTTTAAATTAAAACGGACAATAATTGAATGC
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * **
1842 CTACCT-AGAGAAACGTGTAGAAAAAGGGGTTCATT-GACAAGA
130 CTACTTGA-AGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGA-AA-A
* *
1884 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGTCTTATT
1 AAAGTCTATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATT
1925 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1436, Mismatches: 247, Indels: 140
0.79 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.00
170 175 0.12
171 823 0.57
172 423 0.29
173 7 0.00
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAAGTCTATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC
TACTTGAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGAAAA
Found at i:1557 original size:685 final size:668
Alignment explanation
Indices: 1--1924 Score: 2017
Period size: 685 Copynumber: 2.8 Consensus size: 668
* * * *
1 AAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCATTTTAAATGGTTTTAAAAT
1 AAAGTCTATTTATAGTC-TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * *
66 CTCATAATTGATTTTACGTTGAATTGTTTAACATTTTTT-ATTAAAACAAACTATATTTGAAAGC
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAA-ATTTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* **
130 CTGCCACAAGAAACT-TGTAGAAAAAGCTATTCATTAAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCA
129 CTACCTTAAGAAA-TATGTAGAAAAAGC-ATTCATT--GAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC-CA
* ** **
194 TTCGTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACCTTGA
189 TTCCTACAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * *
259 ATTTTTTTTATATTTTTAATT-AAAACATACTATAATTAAATGTCTACTTGAAGAA-ATGTGAAG
254 A-TTTTTTTACATTTTT-ATTAAAAACATA--ATAATT-GATGTCTTCTTGAAAAACATGT--AG
* *
322 AAAAAGGTATTCATTAGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTCCTTC-AAAGCCTTATTAC
312 AAAAAGCTATTCATTAG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* ** * * * *
386 TCGCTTTAAATTATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAACTGTTTTATATTTTTAGTTA
375 TTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGT-TTTTACATTTTTAGTTA
* * * * * ** *
451 AAATAGACTATAATTGAATGTTTACCTCCAGAAACGTAT-AGAAAACA-CCATTCATTTAGAAAA
439 AAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC--ATGA-AAAAAAGGAATTCA--TAGCAAA
* * * * *
514 AAAAGT-CACTTCATAGTTGCCCAATCCTTCAAAATGCTTAGTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
499 AAAA-TCCA-TTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAA-GCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * **
578 ATATAAAAATTGATTTTAAGTCAATTTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAAATTATAATTAAATG
561 ATATAAAAATTGATTTTAAGTCAATTGTTTTTACATTATTAGTTAAAACAAACAATAATTAAATG
*** * ** * * *
643 TCCAGCTTGAGAGATGTGAAGAACAATGCATTCATTGACAAGA
626 TCCAGCACAAGAAACATAAAGAAAAATGAATTCATTGACAAGA
** *
686 AAAGTCTCCTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCTATTTATAGTC-TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
751 CTCGTAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTAAATATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAAT-TTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
** * *
815 CTACCTTGGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTAAAAGAAAAAG-TCTATTTATAGTCACCGA
129 CTACCTTAAGAAATATGTAGAAAAAG-CATTCATT-GAAG-AAAAGTTC-ATTTATAGTCACC-A
* * *
879 TTCCTACAAAAGCCTTACTACTCGGTTTAAACT-GTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTG
189 TTCCTACAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
943 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATACATAATAATTGATTGTCTGTCTTGAAAAACATGTAGAA
253 AATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAA-ACATAATAATTGA-TGTCT-TCTTGAAAAACATGTAGAA
* * * **
1008 AAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGCCATCCATTTCTTCAAAAGATTTATTACTT
314 AAAGCTATTCATT-AGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTT
* *
1073 GCTTTACATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTGTACATTTTTTGTTAAA
377 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTT-TACATTTTTAGTTAAA
1138 ACAGACAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAAAAAGGAATTCACTAGCAAAAAACAT
441 ACAGACAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAAAAAGGAATTCA-TAGCAAAAAA-AT
* * * * * *
1203 CCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAGGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCAT
504 CCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATAAA
* * *** * *
1268 AATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTGCAGTT-TTAGTTAAAATGGACAATAATTGAATGT-CTG
568 AATTGATTTTAAG-TCAATTGTTTTTACA-TTATTAGTTAAAACAAACAATAATTAAATGTCCAG
* *
1331 TCACAATAAACATAAAGAAAAATGAATTCATTGGCAAGA
631 -CACAAGAAACATAAAGAAAAATGAATTCATTGACAAGA
*
1370 AAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCTATTTATAGTCTCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* ** * * *
1435 CTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTTATGTTTTTGCTTAGAACAGGCTATAATTGAATGT
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAAT-TTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * *
1500 CTACCTTAAGAAATATGAACAAAAAAGCATTCATTGGTGAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTAT
129 CTACCTTAAGAAATATGTA-GAAAAAGCATTCATT-G-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACC-AT
* * *
1565 TCCTGCAAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A
190 TCCTACAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * *
1629 TTTTTTTAACATTTTTCA-TCAAAACATATGATAATTGAAGTCTTACCTTGAGAAACATGTAGAA
255 TTTTTTT-ACATTTTT-ATTAAAAACATA--ATAATTGATGTCTT--CTTGAAAAACATGTAGAA
* * *
1693 AAAGCTATTCATTAAGAAGAAATGACCATTTATAGTCAACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTT
314 AAAGCTATTCATT-AGAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-ACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTT
* *
1758 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTAAATTAAA
377 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-GTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * ** *
1823 ACGGACAATAATTGAATGCCTACCT-AGAGAAACGTGTAGAAAAAGGGGTTCATTGACAAGAAAA
441 ACAGACAATAATTGAATGTCTACCTCA-AGAAACATG-AAAAAAAGGAATTCATAG-CAA-AAAA
* * *
1887 GTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGTCTTATT
502 ATCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAG-CTTATT
1925 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1042, Mismatches: 153, Indels: 87
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
682 1 0.00
683 93 0.09
684 254 0.24
685 614 0.59
686 76 0.07
687 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (668 bp):
AAAGTCTATTTATAGTCTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAATTTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
ACCTTAAGAAATATGTAGAAAAAGCATTCATTGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCATTCCTAC
AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
TACATTTTTATTAAAAACATAATAATTGATGTCTTCTTGAAAAACATGTAGAAAAAGCTATTCAT
TAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTT
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGA
ATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAAAAAGGAATTCATAGCAAAAAAATCCATTTATAGTTACCCA
TTCCTTCAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATAAAAATTGATTTTAAGTCAAT
TGTTTTTACATTATTAGTTAAAACAAACAATAATTAAATGTCCAGCACAAGAAACATAAAGAAAA
ATGAATTCATTGACAAGA
Done.