Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397340.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_602.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 48516
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.12, T:0.30
Warning! 7225 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:535 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 1--690 Score: 608
Period size: 171 Copynumber: 4.0 Consensus size: 167
* * * *
1 CTTAAAATCAATTATAAGAGTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGACATTGA
1 CTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GATTGA
* * * * * * *
66 -TGACTATAAATGGACCTTTCTAACCAATGAATGGCTTTTTCT-TCATGTTTCACGATACAGACA
65 GTGACTATAAATGAACTTTTC-GA-TAATGAATGGCTTTTTCTCACAT-TTTCA-GAGACAAACA
* * * *
129 TTGAAATATAATATGTTTTAACTAAAAATTTAAAAAAATTCAA
126 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA-TGAAAAAAATTCAA
* * * * * *
172 CTTAAAATCAATTATGACATTACAAAACCATTTAAA-CAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGG
1 CTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGAG
* * * * * * ** *
236 TTACCATAAATGAACTTTTCCTATCAATTAATGGCTTTTTCTTTACGGTTCTT--GAGGTAGACA
66 TGACTATAAATGAACTTTT-CGAT-AATGAATGGCTTTTTC-TCAC-ATT-TTCAGAGACAAACA
* *
299 TTCAATTATAATTTGTTTTGA-TAAAAAATCGAAAAAAATTCAA
126 TTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAAT-GAAAAAAATTCAA
* ** * *
342 -TCCAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTTAGTAAAAAGACTTTTGAAGGATTGA
1 CT-TAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGA
*
406 GTGACTATAAAT-AGACTTTTCGATAGATGAATGGCCTTTTTTCTCACATTTTCAGAGACAAATA
65 GTGACTATAAATGA-ACTTTTCGATA-ATGAATGG-C-TTTTTCTCACATTTTCAGAGACAAACA
* * *
470 TTCAATTATAAGCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATCCAA
126 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATG-AAAAAAATTCAA
* * * *
513 CTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AG
1 CTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGA-
** * * * *
577 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTATTCACGTTTCTCA-AGCCAAACA
65 GTGACTATAAATGAACTTTTC--GATAATGAATGGCTTTTT-CTCACATTT-TCAGAGACAAACA
* * *
641 TCCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGCAAAGAATTCAA
126 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAATTCAA
683 CTTAAAAT
1 CTTAAAAT
691 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 420, Mismatches: 73, Indels: 53
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
169 9 0.02
170 158 0.38
171 227 0.54
172 21 0.05
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (167 bp):
CTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGAG
TGACTATAAATGAACTTTTCGATAATGAATGGCTTTTTCTCACATTTTCAGAGACAAACATTCAA
TTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAATTCAA
Found at i:682 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 4--668 Score: 798
Period size: 341 Copynumber: 1.9 Consensus size: 340
1 CTT
* *
4 AAAATCAATTATAAGAGTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGACATTGATGA
1 AAAATCAATTATAAGAGTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGACTTTTAAAGACATTGATGA
* * * * * *
69 CTATAAATGGACCTTTCTAACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCACGATACAGACATTGAA
66 CTATAAATAGACCTTTCGAA-CAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCACGAGACAAACATTCAA
* * *
134 ATATAATATGTTTTAACTAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTACAAAA
130 ATATAAGATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGACATTACAAAA
** * * *
199 CCATTTAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTTACCATAAATGAACTTTTCCTATCAAT
195 CCATTTAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAGGTGACCATAAATGAACTTTTCCTACCAAT
* * * * ** ** * * * *
264 TAATGGCTTTTTCTTTACGGTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTGATAAAAAATC
260 GAATGACTTTTTATTCACGGTTCTCAAGCCAAACATCCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATC
329 GAAAAAAATTCAATCC
325 GAAAAAAATTCAATCC
* ** * *
345 AAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTTAGTAAAAAGACTTTTGAAG-GATTGAGTG
1 AAAATCAATTATAAGAGTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGACTTTTAAAGACATTGA-TG
* * *
409 ACTATAAATAGACTTTTCGATA-GATGAATGGCCTTTTTTCTCACAT-TTTCA-GAGACAAATAT
65 ACTATAAATAGACCTTTCGA-ACAATGAATGG-C-TTTTTCT-ACATGTTTCACGAGACAAACAT
* * * * * *
471 TCAATTATAAGCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATCCAACTTAAAATCGATTATGAGATTAT
126 TCAAATATAAGATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGACATTAC
* * * * *
536 AAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG
191 AAAACCATTTAAA-CAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAGGTGACCATAAATGAACTTTTCCTA
*
601 CCAATGAATGACTTTTTATTCACGTTTCTCAAGCCAAACATCCAATTATAATCTGTTTTAACTAA
255 CCAATGAATGACTTTTTATTCACGGTTCTCAAGCCAAACATCCAATTATAATCTGTTTTAA-TAA
666 AAA
319 AAA
669 TGCAAAGAAT
Statistics
Matches: 269, Mismatches: 48, Indels: 12
0.82 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 13 0.05
341 144 0.54
342 103 0.38
343 9 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (340 bp):
AAAATCAATTATAAGAGTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGACTTTTAAAGACATTGATGA
CTATAAATAGACCTTTCGAACAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCACGAGACAAACATTCAAA
TATAAGATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGACATTACAAAAC
CATTTAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAGGTGACCATAAATGAACTTTTCCTACCAATG
AATGACTTTTTATTCACGGTTCTCAAGCCAAACATCCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATCG
AAAAAAATTCAATCC
Found at i:1718 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1019--2452 Score: 657
Period size: 171 Copynumber: 8.4 Consensus size: 169
1009 CAAATATATT
* *
1019 CTGTTTTAA-TCACAAATATAAAA-AATTTAACTTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATT
1 CTGTTTTAACT-A-AAA-ATAAAAGAATTCAACTTAAAAGT-GATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * ** * *
1081 TAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAAGGTTTGAGTGACTATAAACT-AACTTTTCTTACTAAT-AG
62 TAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGAGTGACTATAAATTGAA-TTTTCTTACCAATGA-
* * * * * *
1144 ATGACTTTTGCTTT--ACAT-TTTTTGAA-GTAGATATTTAATTAT-AG
125 ATGA---TT-CTTTCCCCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAAG
* * * * * * * * * *
1188 TATATTTTAACCAAAAGGGTAAAACACTTCAACTTAAAATTAATTATGAGACTATAAAACCTTTT
1 -CTGTTTTAACTAAAA--ATAAAAGAATTCAACTTAAAAGTGATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * **
1253 AAAGCATGTGATAAGGCTTTCAAAGGCAT-AGGTGACTATAAA-TAAACTTTTCTTGCCAATGTT
63 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGA-GTGACTATAAATTGAA-TTTTCTTACCAATGAA
* *** * ** *
1316 TGACTTTTTTTTTCATGCTTT-TGAAGAAAAACATTCAATTATAAG
126 TGA-TTCTTTCCCCATG-TTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAAG
* * * *
1361 CTGTTTTAACCAAGAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTGATTATTAGATTATAAAACTATTTA
1 CTGTTTTAACTAA-AA-ATAAAAGAATTCAACTTAAAAGTGATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * *
1426 AAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
64 AAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGAGTGACTATAAATTGAATTTTCTTACCAATGAATGA
** * * * *
1491 TTCTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATCCAATTATAAT
129 TTCTTTCCCCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAAG
* * *
1532 ATGTTTTAACTAAAAATACAAAGAAATTCAACTTAAAA-TCATTTATGAAATTATAAAACCATTT
1 CTGTTTTAACTAAAAATA-AAAG-AATTCAACTTAAAAGTGA-TTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * **
1596 AAAGCAAG-AATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATTGAATTTTCTTACTGATGAATG
63 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGAGTGACTATAAATTGAATTTTCTTACCAATGAATG
*
1660 ATT-TGTTCCCCATGTTT-TCAGAGGCACG-CATTCAATTTTAAG
128 ATTCT-TTCCCCATGTTTCTCA-AGGCA-GACATTCAATTATAAG
* * * * *
1702 CTATTTTAATTAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAAGTGATTATGAGTTTATAAAGCCACTTA
1 CTGTTTTAACTAAAAA--TAAAAGAATTCAACTTAAAAGTGATTATGAGATTATAAAACCATTTA
** * * *
1767 AAGCAAGTAATAAGGCTTTTGGAA-GAATGTGTGAC--TAAA-TGTACCTTTT-TCACCAATGAA
64 AAGCAAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGAATGAGTGACTATAAATTG-A-ATTTTCTTACCAATGAA
*** * * * * *
1827 TGGATT-TTTTTTCATATTTCTTAAGGTAGACATTCAAATATAAT
126 T-GATTCTTTCCCCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAAG
* * * * *
1871 TTGTTTTAA-TCAAAAATATAAAAACAATCAACTTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAATCATT
1 CTGTTTTAACT-AAAAATA-AAAGA-ATTCAACTTAAAAGT-GATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * ** * * * * *
1934 TAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTAACTACAAATGGACTTTTCTT-GCAAGTGGA
62 TAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGAGTGACTATAAATTGAATTTTCTTACCAA-T-GA
* ** * * *
1998 A-G-GTCTTTGCTTCATGTTT-TCTAAAGTAGACATTCAATTATAAT
125 ATGATTCTTT-CCCCATGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAATTATAAG
* * * * * *
2042 ATATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTTAAC-TAAATA-TCAGTTATAAGATTATAAAACCAT
1 CTGTTTTAACT-AAAAA--TAAAAGAATTCAACTTAAA-AGTGA-TTATGAGATTATAAAACCAT
** * * * * *
2104 TTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCGAA-GACAT-AGGTGACTATAAA-TAAACTTTTCTTGCTAAT
61 TTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGA-ATGA-GTGACTATAAATTGAA-TTTTCTTACCAAT
* * * ** * * * *
2166 GAGTTGCTT-TTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTCTAAT
123 GA-ATGATTCTTTCCCCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAAG
* * * * * * *
2213 ATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACGTAAAA-TCAATTATGTGATTATAAAACCATTT
1 CTGTTTTAACTAAAAA--TAAAAGAATTCAACTTAAAAGT-GATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * ** * ** * * * *
2277 AAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAACAGACTTTTCTTGCTAATGGATG
63 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGAGTGACTATAAATTGAATTTTCTTACCAATGAATG
* ** * * * *
2342 -TCTCTTACTTCACGTTTCGTGAA-GCAGAAATTCAATTATAAT
128 AT-TCTTTCCCCATGTTTC-TCAAGGCAGACATTCAATTATAAG
* * * * * *
2384 ATATTTCAACCAAAAATATAAAAACAATT-AATCTTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCAT
1 CTGTTTTAA-CTAAAA-AT-AAAAGAATTCAA-CTTAAAAGT-GATTATGAGATTATAAAACCAT
2447 TTAAAG
61 TTAAAG
2453 TGAGTGANNN
Statistics
Matches: 1002, Mismatches: 190, Indels: 142
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 17 0.02
169 115 0.11
170 194 0.19
171 465 0.46
172 198 0.20
173 11 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
CTGTTTTAACTAAAAATAAAAGAATTCAACTTAAAAGTGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
GCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGAGTGACTATAAATTGAATTTTCTTACCAATGAATGATT
CTTTCCCCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAAG
Found at i:2287 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 984--2457 Score: 1273
Period size: 342 Copynumber: 4.3 Consensus size: 341
974 ATGGGTTTTT
* * * * * * *
984 CTTCACGTTTTCT-AAGATAGATATTCAAATATATTCTGTTTTAATCACAAATAT-AAAAAATTT
1 CTTCATGTTTTCTAAAG-CAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTT
* ** **
1047 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAAGGTTTG
65 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GAATG
* *
1112 AGTGACTATAAACTAACTTTTCTTACTAAT-AGATGACTTTTGCTTTACAT-TTT-TTGAA-GTA
129 AGTGACTATAAATTAACTTTTCTTACCAATGAGATG-CTTTTGC-TT-CATGTTTCTT-AAGGTA
* * * * *** * * *
1173 GATATTTAATTATAGTATATTTTAACCAAAAGGGTAAAACACTTCAACTTAAAATTAATTATGAG
190 GACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * *
1238 ACTATAAAACCTTTTAAAGC-ATGTGATAAGGCTTTCAAAGGCAT-AGGTGACTATAAATAAACT
255 ATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGA-GTAACTATAAATAGACT
* * *
1301 TTTCTTGCCAATGTTTGACT-T-TTTT
318 TTTCTTG-CAA-GATGGA-TGTCTTTG
* * * * * * * * * * *
1326 TTTCATGCTTT-TGAAGAAAAACATTCAATTATAAGCTGTTTTAACCAAGAATATAAAAGAATTC
1 CTTCATGTTTTCTAAAG-CAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTT
** * * *
1390 AACTTAAAATTGATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATG
65 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GAATG
* * * *
1455 AGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGTTCTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGAC
129 AGTGACTATAAATTAACTTTTCTTACCAATGAGATGCTT-TTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGAC
* * * * * *
1519 ATCCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATACAAAGAAATTCAACTTAAAATCATTTATGAAATT
193 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
1584 ATAAAACCATTTAAAGCAAG-AATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATTGAATTTTCT
258 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGAGTAACTATAAATAGACTTTTCT
* * * *
1648 TAC-TGATGAATG-ATTTG
323 TGCAAGATGGATGTCTTTG
* * * * * *
1665 -TTCCCCATGTTTTC-AGAGGCACG-CATTCAATTTTAAGCTATTTTAATTAAAAATGTAAAAGA
1 CTT---CATGTTTTCTA-AAGCA-GACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAA
* * * * * * *
1727 ATTCAACTTAAAAGT-GATTATGAGTTTATAAAGCCACTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGGAA
61 ATTTAACTTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAA
* * * * ** *
1791 GAATGTGTGAC--TAAATGTACCTTTT-TCACCAATGA-ATGGATTTTTTTTCATATTTCTTAAG
124 GAATGAGTGACTATAAAT-TAACTTTTCTTACCAATGAGAT-GCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAG
* * *
1852 GTAGACATTCAAATATAATTTGTTTTAATCAAAAATATAAAAACAA-TCAACTTAAAATCAATTA
187 GTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * * *
1916 TGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTAACTACAAATGGA
251 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGAGTAACTATAAATAGA
*
1981 CTTTTCTTGCAAG-TGGAAGGTCTTTG
316 CTTTTCTTGCAAGATGG-ATGTCTTTG
* * * *
2007 CTTCATGTTTTCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTA
1 CTTCATGTTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTTA
* * * *
2072 AC-TAAATATCAGTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCGAAGACAT-
66 ACTTAAA-ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA-ATG
* * * * * *
2135 AGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCTAATGAGTTGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAAC
129 A-GTGACTATAAATTAACTTTTCTTACCAATGAGATGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGAC
* * * * *
2200 ATTCAATTCTAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACGTAAAATCAATTATGTGATT
193 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* *
2265 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAA-TATAAACAGACTTTTC
258 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGAGT-AACTATAAATAGACTTTTC
* *
2329 TTGCTA-ATGGATGTCTCTTA
322 TTGCAAGATGGATGTCT-TTG
* * * * * *
2349 CTTCACG-TTTCGTGAAGCAGAAATTCAATTATAATATATTTCAACCAAAAATATAAAAACAA-T
1 CTTCATGTTTTC-TAAAGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAA-AATT
*
2412 TAATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
64 TAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
2458 GANNNNNNNN
Statistics
Matches: 917, Mismatches: 170, Indels: 89
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
338 3 0.00
339 128 0.14
340 143 0.16
341 126 0.14
342 303 0.33
343 208 0.23
344 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
CTTCATGTTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTTA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAATGAG
TGACTATAAATTAACTTTTCTTACCAATGAGATGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATT
CAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGAGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGC
AAGATGGATGTCTTTG
Found at i:5176 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4877--5469 Score: 547
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 171
4867 CTAGCTAAAA
* * * *
4877 ATTCAATTAAAATATATTTTAA-TGAAAAATGCAAAAAAATTGAACATAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
** ********** * *
4941 TATAAAACCATTTAAAATGAGTAATANNNNNNNNNNAGGTATG-GACAACTATAAATGGACTTTT
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAG-TAACTATAAATGGACTTTT
* * * *
5005 CTTGTCAATGGGTGGCTTTTTCTTTATATTTTCCAAGGCAGAC
129 CTTGTCAATGAGTGGCTTTTTCTTCACATTTTCTAAGGCAGAC
* * *
5048 ATTCAGTTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGCAAACAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGAT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGCAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
5113 TAT-AAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTGTAAATGAACTTTTC
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTC
* * * * *
5177 ATGAT-AATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCTAA-ACAGAC
130 TTG-TCAATGAGTGGCTTTTTCTTCACATTT-TCTAAGGCAGAC
* * * * * * * *
5219 ATTCAATTACAGTATATTTTTA-TGAAAATGCAAAAACATTTC-ACTTAAACTCAATTATGATAT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGCAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* ** *
5282 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGCATGTGTAACTATAAATGGACTTTTC
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTC
** * * * *
5347 TTACCAATGAGTGACTTTTTCTTCACATTTTTTGAGGTAGAC
130 TTGTCAATGAGTGGCTTTTTCTTCACATTTTCTAAGGCAGAC
* **
5389 ATTCAATTATAA-ACTGTTTTAACTATAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-
1 ATTCAATTATAATA-TGTTTTAACTAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
5452 TATAAAACCATTTAAAGC
65 TATAAAACCATTTAAAGC
5470 AAGTNNNNNN
Statistics
Matches: 331, Mismatches: 79, Indels: 25
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 27 0.08
170 130 0.39
171 138 0.42
172 36 0.11
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
ATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCT
TGTCAATGAGTGGCTTTTTCTTCACATTTTCTAAGGCAGAC
Found at i:6123 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5730--6124 Score: 449
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 171
5720 NNNNNNNNNN
* *
5730 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTCTAAAACTATTTAAAGTGAATAATAAGCCG
1 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGCCG
* * * *
5795 TTCGGAGGCTTGAGTGACTATAAACAAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC
66 TTCGAAAGCTTGAGTGACTATAAACAAACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTGCTTCACGTTTC
** *
5860 TTGAAGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAATAT
131 TCAAAGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAAT
* * ** * *
5901 GTTAAGAAATTCAACTTAAAATCAAAGATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-
1 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGCCG
* * * * ** * *
5965 TTGCGAAAGCTT-AGGTGGCTATCAATATACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTTTTTTTATG
66 TT-CGAAAGCTTGA-GTGACTATAAACAAACTTTTCTTGCCAATGAATAGC--TTTTGCTTCACG
* * *
6029 TTT-TCAAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT
127 TTTCTCAAA-GTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAAT
* *
6074 GTAAACAAATTCAAC-TGAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGC
1 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGC
6125 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 187, Mismatches: 31, Indels: 11
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.02
171 94 0.50
172 34 0.18
173 56 0.30
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGCCG
TTCGAAAGCTTGAGTGACTATAAACAAACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTGCTTCACGTTTC
TCAAAGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAAT
Found at i:6807 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6226--7705 Score: 1176
Period size: 171 Copynumber: 8.7 Consensus size: 169
6216 NNNNNNNNNN
* * * ** * *
6226 AAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGAAATAAGGCCTCCGAAGACATGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGGTGAC
* * *
6291 TATAAATGGACTTTTTTTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGACAAACATTCAA
66 TATAAAAGGAC--TTTTTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTT-TAAGGCAAACATTCAA
** * * *
6356 TTATTTTTTATTTTAACTAAAAATGTGAAAATATTTC-ACTTA
128 TTATAATATATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTA
* * * * * **
6398 AAATCAATTATGGGATTATAAAAACATTTAAGGCGATTAATAAAGCTTTAT-AAGGC-TTGAGCA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TGAAGGCATTG-GTG
* * ** * * * * * *
6461 ATTATAAATGGACTTCTCCTACTAATAAAT-GACTTTCTCTTCACGTTTCTTAAAGCAAACATTC
64 ACTATAAAAGGACTT-TTTTGCCAATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTT-TTAAGGCAAACATTC
* ** * *
6525 AATTATAATATGTTTTAACTAAAAGCGTAAAAAAATTTAAC-TG
126 AATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * *
6568 AAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TTTGAGTGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTG-GTGA
* * * **
6632 CTATAAAAGGAATTTTTGTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGGTTTTGGAGGCAAACATTCAA
65 CTATAAAAGGACTTTTT-TGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCAT-GTTTTTAAGGCAAACATTCAA
* * * * *
6697 TTACAATATATTTGAAATAAAAATGCAAAAAAAATCAACTTA
128 TTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * *
6739 AAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGAGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGGTGAC
* * * ** * *
6804 TATAAATA-GACTTTTTTTTGCCAAT-AAGTAACTTTTTCTTCATACTTCTCGAGGTAGACATTC
66 TATAAA-AGGAC--TTTTTTGCCAATGAA-TAGCTTTTTCTTCAT-GTTTTTAAGGCAAACATTC
* * *
6867 AATTATAATATGTTTTAACTAGAAATGTAAAATAATTCAACTTA
126 AATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * *
6911 AAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCGTTCGAAGGC-TTGAGTGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTG-GTGA
* ** * * * * *
6975 CTA-AAAATGGACTTTTCGTAACAATGGAT-GATTTTTACTTTATGTTTCCTT-AGACGAACATT
65 CTATAAAA-GGACTTTT-TTGCCAATGAATAGCTTTTT-CTTCATGTTT--TTAAGGCAAACATT
* * *
7037 CAATTATAATATATTTTAA-TGAGAAATGTAAAAAAATTCTACTCA
125 CAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * ** ** *
7082 GAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGAAATAAGGCCTTCAAACACATCGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGGTGAC
* * * * * ** *
7147 TATAAATGAACTTTTCTTGCAAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCGCAAGGCAAGCATTCAAT
66 TATAAAAGGACTTTT-TTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTT-TTAAGGCAAACATTCAAT
** * * * * * **
7212 TATTTTTTGTATTAACCAAAAATGTGAAAAAATTTTACTTA
129 TATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * *
7253 AAATCAATTATGGGATTATAAAAGCATTTAAGGCGAGCAATAAAGCTTTTGAAGGC-TTGAGCGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTG-GTGA
* * * * * * * * *
7317 CTGTAAATGGACTTTTCTTGCTAATAAATAACTTTCTCTTTATGTTTCTTAAAGAAAACATTCAA
65 CTATAAAAGGACTTTT-TTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTT-TTAAGGCAAACATTCAA
* * *
7382 TTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTA
128 TTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * *
7424 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTGGGTGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATT-GGTGA
* * * * * * * * *
7488 CTATAAAAGGAATTTTCATGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCAAAGCCAAACATTCAA
65 CTATAAAAGGACTTTT-TTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTT-TAAGGCAAACATTCAA
* * * * *
7553 TTATAGTATATTTCAA-TGAAAAATGCATAAAAATTTAACTTA
128 TTATAATATATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * ***
7595 AAATCAATTATGATATTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGTA-TGAACAA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTG-GTGA
* * * *
7659 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAGTGGCTTTCTCTTCATGTTT
65 CTATAAAAGGACTTTT-TTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTT
7706 CTCGAGGCAG
Statistics
Matches: 1032, Mismatches: 239, Indels: 75
0.77 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 153 0.15
171 667 0.65
172 205 0.20
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGGTGAC
TATAAAAGGACTTTTTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTTAAGGCAAACATTCAATTA
TAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
Found at i:7664 original size:513 final size:508
Alignment explanation
Indices: 6226--7685 Score: 1515
Period size: 513 Copynumber: 2.8 Consensus size: 508
6216 NNNNNNNNNN
* ** * * *
6226 AAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGAAATAAGGCCTCCGAAGACATGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGAGAC
* *
6291 TATAAATGGACTTTTTTTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTT-TCTAAGACAAACATTCA
65 TATAAATGGACTTTTTTTTGCCAATAAATAACTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGA-AAACATTCA
** * * * *
6355 ATTATTTTTTATTTTAACTAAAAATGTGAAAATATTTCACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAA
128 ATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGT-AAAATAATTCACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AA
* * * ** ** * * * *
6420 AACATTTAAGGCGATTAATAAAGCTTTATAAGGCTTGAGCAATTATAAATGGACTTCTCCTACTA
191 AACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAAGGACTTTTCATACTA
** * *
6485 ATAAATGACTTTCTCTTCACGTTTCTTAAAGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAA
256 ATGGATGACTTT-TCTTCACGTTT-TCAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-TGAAAA
** * * *
6549 GCGTAAAAAAATTTAAC-TGAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG
318 ATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * ** *
6613 CTTTTGAAGGTTTGAGTGACTATAAAAGGAA-TTTT-TGTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATG
383 CTTTTGAAGGTATGAGTGACTAT-AAATGAACTTTTCT-TGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATC
* * *
6676 GTTTTGGAGGCAAACATTCAATTACAATATATTTGAAATAAAAATGCAAAAAAAATCAACTTA
446 GTTTCGAAGGCAAACATTCAATTACAATATATTTGAAACAAAAATGCAAAAAAAATCAACTTA
* *
6739 AAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-AGGAGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GAGA
* * ** * * * *
6803 CTATAAATAGACTTTTTTTTGCCAATAAGTAACTTTTTCTTCATACTTCTCGAGGTAGACATTCA
64 CTATAAATGGACTTTTTTTTGCCAATAAATAACTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGAAAACATTCA
* *
6868 ATTATAATATGTTTTAACTAGAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAA
128 ATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAATAATTC-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* *
6933 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCGTTCGAAGGCTTGAGTGACTA-AAAATGGACTTTTCGTAAC
192 A-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAA-GGACTTTTCAT-AC
* * * * ** * *
6997 -AATGGATGATTTTTACTTTATGTTTCCTTAGACGAACATTCAATTATAATATATTTTAATGAGA
254 TAATGGATGACTTTT-CTTCACGTTTTCAAAG-CAAACATTCAATTATAATATATTTTAATGAAA
* * *
7061 AATGTAAAAAAATTCT-ACTCAGAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGAAATAA
317 AATGTAAAAAAATT-TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* ** *** *
7125 GGCCTTCAAACACATCG-GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCAAATGAATACCTTTTTCTTCA-
381 GGCTTTTGAAGGTAT-GAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCAT
* *** * * * ** * **
7188 CGTTTCGCAAGGCAAGCATTCAATTATTTTTTGTATT-AACCAAAAATGTGAAAAAATTTTACTT
445 CGTTTCG-AAGGCAAACATTCAATTACAATATAT-TTGAAACAAAAATGCAAAAAAAATCAACTT
7252 A
508 A
* * * * * *
7253 AAATCAATTATGGGATTATAAAAGCATTTAAGGCGAGCAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGAGCGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGAGAC
* * * * *
7318 TGTAAATGGAC-TTTTCTTGCTAATAAATAACTTTCTCTTTATGTTTCTTAAAGAAAACATTCAA
65 TATAAATGGACTTTTTTTTGCCAATAAATAACTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGAAAACATTCAA
* *
7382 TTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
129 TTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAATAATTCA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * *
7447 CTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAAAGGAATTTTCATGCTAA
193 C-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAAGGACTTTTCATACTAA
* * *
7512 TGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCAAAGCCAAACATTCAATTATAGTATATTTCAATGAAAAAT
257 TGGATGACTTTT-CTTCACGTTTTCAAAG-CAAACATTCAATTATAATATATTTTAATGAAAAAT
* * * * * *
7577 GCATAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTAACAAGGCT
320 GTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
*** *
7642 TTTGAAGGTATGAACAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
385 TTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGA
7686 GTGGCTTTCT
Statistics
Matches: 772, Mismatches: 149, Indels: 52
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
512 26 0.03
513 547 0.71
514 193 0.25
515 6 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (508 bp):
AAATCAATTATGAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGAGACT
ATAAATGGACTTTTTTTTGCCAATAAATAACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGAAAACATTCAATT
ATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAATAATTCACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAT
TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAAGGACTTTTCATACTAATGGA
TGACTTTTCTTCACGTTTTCAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATGAAAAATGTAAAA
AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
GGTATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATCGTTTCGAAGG
CAAACATTCAATTACAATATATTTGAAACAAAAATGCAAAAAAAATCAACTTA
Found at i:9538 original size:170 final size:165
Alignment explanation
Indices: 9112--9749 Score: 583
Period size: 171 Copynumber: 3.8 Consensus size: 165
9102 CGTTTAATCA
* * ** *
9112 AAAATGT-AAAAAATTCAACTTACAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTGAAGCGAGTAATA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * *
9176 AGGCTTTC-AAAGGGATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTCTCTTCA
66 AGGCTTTCGAAA-GCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CAATGGATGGCTTT-TCTACA
* * * * * *
9240 TGTTTCCCGAAGCAA-ACATTCAATGACAATTTGTTTTAACAA
128 --TTT-CCTAA-CAAGACATTCAATTATAATATATTTTAAC-C
* * * *
9282 AAAAT-AAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTACAATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
1 AAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * *
9346 AAGGGTTTTGAAGGCTTGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTATAGGTGGATGGCTTTTGCATGA
65 AAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACA-ATGGATGGCTTTT-C-T-A
*
9411 CATTTCCTAACAAAGACATTGAATTATAATATATTTTAACC
126 CATTTCCTAAC-AAGACATTCAATTATAATATATTTTAACC
* *
9452 AAAATGTAAAAAAATTCAACCTT-AAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAAT
1 AAAATGTAAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* ** * * *
9516 AATGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATTAAA-GGACTTTTCCTGCCATTGGATAGCTTTTACTTC
65 AAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTA-TAAATGGACTTTT-CTTACAATGGATGGCTTTT-CTAC
*
9580 ATTTCTACTGAAGAAGACATTCAATTATAATATATTTTAACC
127 ATTTC--CT-AACAAGACATTCAATTATAATATATTTTAACC
* *
9622 AAAAATGTAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
1 -AAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * *
9686 ATAGGGCTTTCGAAGGTATG-GATGATTATAAATGGACTTTTCTTACTAAT-GAGTGGCGTTTTC
63 ATAAGGCTTTCGAAAGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-AATGGA-TGGC-TTTTC
9749 T
124 T
9750 TAAAATCAAT
Statistics
Matches: 382, Mismatches: 61, Indels: 48
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.02
169 2 0.01
170 135 0.35
171 148 0.39
172 76 0.20
173 15 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (165 bp):
AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
AGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAATGGATGGCTTTTCTACATTT
CCTAACAAGACATTCAATTATAATATATTTTAACC
Found at i:10702 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 10106--10689 Score: 579
Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 171
10096 NNNNNNNNNN
* * *** * * * *
10106 ATCAATTATGGGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCCTGGGAAACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTAACTA
* * *
10171 TAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAGTGACTTTTTCTTTACGTTTCCCAAGATAGACATTCAATTA
66 TAAATGGACTTTTCTTGACAATGAGTGACTTTTTCTTTACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTA
* * *
10236 TAATATATTTTAACTAAAAATACAAAAAAAATTTTC-A-TTAAA
131 TAATATATTTTAACAAAAAATA-TAAAGAAA--TTCAACTTAAA
* ** * * * *
10278 ATCATTTATGAGATT-GCAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTTAGTGACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTAACTA
* * * * * * *
10342 TAAATGGACTTTTCGTAACAATG-GATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTTAA-GCAGACATTCAAC
66 TAAATGGACTTTTCTTGACAATGAG-TGACTTTTTCTTTACGTTTCC-TAAGGTAGACATTCAAT
* * * * *
10405 TACACTATATTTTAATAAAAAATTTAAAAGAAAATTTAACTTAAA
129 TATAATATATTTTAACAAAAAATAT-AAAG-AAATTCAACTTAAA
* * * ** *
10450 ATCAATTATGACATTATAAGACCATTTAAAATAAGTAATAAAACTTTTGAAGG-TAT-AGATAAC
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGAG-TAAC
* * *
10513 TATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAGTGACTTTTTCTTTACGTTTTCTGAGGTAAACATTCAAT
64 TATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAGTGACTTTTTCTTTACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAT
* *
10578 TATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAGAAATTCAACTGAAA
129 TATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAGAAATTCAACTTAAA
* ** * * *
10621 ATCAATTATGATATTATAAAATTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTAACTA
10686 TAAA
66 TAAA
10690 CAAGCTTTTC
Statistics
Matches: 329, Mismatches: 70, Indels: 27
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.01
171 175 0.53
172 48 0.15
173 102 0.31
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTAACTA
TAAATGGACTTTTCTTGACAATGAGTGACTTTTTCTTTACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTA
TAATATATTTTAACAAAAAATATAAAGAAATTCAACTTAAA
Found at i:10833 original size:109 final size:109
Alignment explanation
Indices: 10637--10834 Score: 274
Period size: 109 Copynumber: 1.8 Consensus size: 109
10627 TATGATATTA
* * *
10637 TAAAATTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAACAAGCTTTTCTT
1 TAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGAGTGACTATAAACAAGCTTTTCTT
** *
10702 GCCAGTGGAAGGCTTTCGCTTCACGTTTCCTAAAGTCGAAATTG
66 GCCAGAAGAAGGCTTTCACTTCACGTTTCCTAAAGTCGAAATTG
* * *
10746 TAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTGACTATAAATCGA-CTTTTCT
1 TAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGAGTGACTATAAA-CAAGCTTTTCT
*
10810 TGCCA-AAGAATGGGTTTCACTTCAC
65 TGCCAGAAGAA-GGCTTTCACTTCAC
10835 AGTTCTCAAG
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 10, Indels: 4
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
108 3 0.04
109 72 0.94
110 2 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.19, T:0.33
Consensus pattern (109 bp):
TAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGAGTGACTATAAACAAGCTTTTCTT
GCCAGAAGAAGGCTTTCACTTCACGTTTCCTAAAGTCGAAATTG
Found at i:11117 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 10746--18619 Score: 4041
Period size: 171 Copynumber: 46.2 Consensus size: 169
10736 GTCGAAATTG
* ** * * * * *
10746 TAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTGACTATAAATCGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * ** * * * * *
10811 GCCAAAGAATGGGTTTCACTTCACAG-TT-CTCAAGGCAGACATTCAATTACAATATGTTTTAAC
66 -CCAATGGATGGCTTTTTCTTCA-TGTTTCCT-AA-GCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAT
* * * * * * *
10874 CAAAAATGAAAAAAAAAATGAACTTAATATCAATTTTGAGTTTA
127 AAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
10918 TAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGCGACTATAAAAAGACTTTTCAT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTC-T
* * * * * * * *
10983 TTCAATGGATGGCTTTTGCTTAACGTTTTCCTAAGCAAACATTCCATTATAGTATATTTTAATAA
65 TCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTAAGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAA
*
11048 AAAATGTAAAAAAACTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTA
129 AAAATATAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
11089 TAAAACCTTTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGATTATAAATAGACTTTGCAT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTC-T
* * * * * *
11154 ACCAAT-GAGTGGCTTTTTCTTTATGTTTCCTAAATCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACT
65 TCCAATGGA-TGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-T
**
11218 -AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCGCTTATG-GCATTA
127 AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTA
* * * * * *
11260 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAAGCTTG-GATGTCTATAAATGGACTTTTGT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG-TGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * * * * * * * *
11324 TGCCAATGAATAGCCTTTTCTTCATGTTTCCCAAACTGAACATTCAATTACAATATGTTTTTATT
65 T-CCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGCAG-ACATTCAATTATAATCT-ATTTTAAT
* * * *
11389 AAAAAA-GTAAAAAAATTCTACTAAAAATCAATTATTAGATTA
127 AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
11431 TAAAGCTATTTAAAGCGAATAATAAGGATTTTGAAGGCTTGAGTGACTAT-AATAAGACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-AGACTTTTCT
* * * * * *
11495 TGCCAATGGATGGGTTTTGT-TTTATGTTTCATAAGGCAGACATTCAAATATAATTTGTTTTAAC
65 T-CCAATGGATGGCTTTT-TCTTCATGTTTCCTAA-GCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-
* * * *
11559 T-AAAAATATTAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTA
126 TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * ** * *
11602 TGAGACCATTTAAAATGTA-TAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTACAAATAGACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * * * * *
11666 TGTCAAT-GAGTGGCTTTTTCTTTACGTTTCC-AAGGTAGCCAATCAATTATAATCTGTTTTAAC
65 T-CCAATGGA-TGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAA-GCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-
* * *
11729 T-AAAAATCTAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
126 TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * * * *
11772 TAAAACCATTTGAGGTG-GATATTAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGATTATAAATGGGCTTTT-T
1 TAAAACCATTTAAAGCGAG-TAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * * * * * *
11835 ATGTCAATGGATAGCTTTTGCTAT-ACGTTTCCTTATGTAGACATTCAATTATAGTATATTTTAA
65 -T-CCAATGGATGGCTTTTTCT-TCATGTTTCC-TAAGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
* **
11899 TGAAAAA-GGAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
126 TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** *
11941 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATG-GTTGACTATAAAT-GAAATTTTC
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG-TGACTATAAATAG-ACTTTT-
* * * * * * * * * *
12004 CTAT-CAGTGAATAGTTTTTTTTTCATGTTTCCCAAAGTAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAA
63 CT-TCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CCTAAGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
* * ** *
12068 CT-AATAATATAAAACAATTTGACTTAAAATCAATTATGAAATTA
126 -TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
*** * ** * ** *
12112 TAAAACCATTTAAAATAAGTAATAAGGTTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCT
* * * * * * **
12176 TACCAATGAAT-GATTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAA-TATAATCTATTTTAACC
65 T-CCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAA-GCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATA
* *
12239 AAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTA
128 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** * *
12281 TAAAACCATTGAAAGTAAGTAATAAGGCTTTC-AAGGGCTTGAGTGACCATAAATGGACTTTTCG
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTC-
* * * * * * *
12345 TACTAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCCTAAGTAGACATTTAATTAT-A-GTATTTTCAGT
64 TTCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CCTAAGCAGACATTCAATTATAATCTATTTT-AAT
* * *
12408 AGAAAATATAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTACGAGATTA
127 AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
12451 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAAGCAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA-GTGACTATAAATAGACTTTTCT
*** ** * * * * *
12515 TGTTGATAAATGGTTTTTTCTTTACGTTT-TTGAAGGC-GAACATTCAATTATAAGCTATTTTAA
65 T-CCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AA-GCAG-ACATTCAATTATAATCTATTTTAA
* * *
12578 TGAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTA
126 TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** * * *
12622 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATGGGTGACTGTAAATAAACTTTCTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTT-TCT
* * * * ***** * * * * * **
12687 GCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTGGGGGGTAGACATTCAATTACAATTTGTTTCAACCA
65 TCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTAAGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAA
** * *
12752 AAAATGCAAAGAAATTTAACTT-AAA--AATTATGAGATTA
129 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * ** *
12790 TACAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGTTATTG-GTGACTATAAATGGACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG-GCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * ** * * * * *
12854 TACGAT-GAGTCGCTTTTTCTTCACAT-TTTTATAGGCAAACTTTGAATTATAAGCTATTTTAAT
65 TCCAATGGA-TGGCTTTTTCTT--CATGTTTCCTAAGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAT
* ** * * *
12917 -AAAAATGTAAACGAATTCAATTTCAAATCAATTATGAGTTTA
127 AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** * * ** *
12959 TAAAACCACATAAAGC-AGGTAATAAGGAATTT-AAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GCACTTTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGG-CTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAG-ACTTTT
* ** ** * * * **
13021 CTTGCCAATGAATGTTTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAATAGACATTTAAATATATTCCGTTTTAA
63 CTT-CCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
** *
13085 CCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
126 TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * **
13129 TAAAACCATTTAAAACGAGCAATAAGGCTTTCAAAGGATTTAGTGACTGCAAAT-GAACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCT
* * * *
13193 TGCCAATGGATGGCCTTTGCTTCATGTTTTCCAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATA
65 T-CCAATGGATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTAAGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATA
* *
13258 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
128 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * ** * *
13300 TAAAACCATTTAAAACGTGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGGGACTATAAATAGACTTTTTTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * * * *
13365 GCCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGATGCAGACATTCAATTATAA-CATATTATAATC
66 -CCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGCAGACATTCAATTATAATC-TATTTTAATA
13429 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
128 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** * *
13471 TAAAATAATTTTTATAAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTC-AAGCCTT-AGGTGACTATAAATAGAC
1 TAAAACCA---TT-T-AAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCTTGA-GTGACTATAAATAGAC
* * * * * * * * *
13534 TTTTACTAT--AGATGAATAGCTTTTTTTTTCACGTTT-TTAGAGGTATATATTCAATTATAAGC
59 TTTT-CT-TCCA-ATGGATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCCTA-A-GCAGACATTCAATTATAATC
* * * * * *
13596 TGTTTTAACAGAAAATATAAAAGAATTCAATTTAAAATCGATTATGAG-TGTA
118 TATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT-TA
* ** * ** * *
13648 TAAAACCACTTAAAGTAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATACAC-TTTC--
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * * * * **
13710 CTAA-GG-T---TTTTTCTTCATATTTCCTAAGGTAGATATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAA
66 CCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAA-GCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAA
*****
13770 AAATATAAAAAAATTCAACTT--AA--AA-TA--ANNNNN
130 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
*****************************************************************
13803 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
****************************** * * *
13868 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AA
66 CCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAA
* * *
13932 AAATATAAAAAAATTCAACTAAAAATTAACTATGAGATTA
130 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
********* ***
13972 TAAAACCATTTAAAGC-ANNNNNNNNNNCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAACCCACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * * * * * **
14036 TATCATTGGATGGC-TTTTCTTTACAT-TTT-ATAAAGAACACAATCAATTACAAAATATTTTAA
65 T-CCAATGGATGGCTTTTTC-TT-CATGTTTCCT-AAGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
* **********
14098 TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAANNNNNNNNNNA
126 TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
14142 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TAAAGATATGAGTGATTATAAATAGATTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * * * * * **
14206 TACCAAT-GAGTGACTTTTTTTTCACGTTTCCCATAGCAGACATTCAAATATATTTTATTTTAGC
65 T-CCAATGGA-TGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTA-AGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAT
* * * * * *
14270 CAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAACATTAATTATGATATTA
127 AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * **
14313 TAAAACCATTTAGAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAAT-AGGTGACTATAAAT-GAACTTTTC
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA-GTGACTATAAATAG-ACTTTTC
* * * * * *
14376 TTGCTAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
64 TT-CCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAA-GCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAT
* ********** *
14441 CANNNNNNNNNNAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
127 AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * ** * * * *
14484 TAAAACCATTTAAAGCAAATAAAAAGGCTTTTGAAAACATGGGTGACTATCAAT-GAACTTTTAT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCT
* * ** *** * * * * *
14548 TACAAATGAATGGCTTTTTCTTCACAATTTTGGAGGCAAACATTCAATTATAAGCTGTTTTAATC
65 T-CCAATGGATGGCTTTTTCTTCA-TGTTTCCTAAGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATA
* *
14613 AAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCGATTATGAGATTA
128 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * ** * *
14655 TAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTAT-GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * * *
14719 TCCCAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTT-CTAAGGCACACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
65 T-CCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAA-GCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-T
* * * * *
14783 --AAACTGTAAAAAAAATCAACTTAAAAATTCGATTGTGAGATTA
127 AAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAAA-TCAATTATGAGATTA
* * * ** *
14826 TGACAAA-CATTTAAATGCGGCACGAGAAAAAGGCTTTTGAAGGAAT-AGGTGACTATAAATGGA
1 T-A-AAACCATTTAAA-GC-G-A-G-TAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA-GTGACTATAAATAGA
* * * * * * ** *
14889 CTTTTCTTGCCATTGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAAGAAAACATTCAGCTATAATCTGT
58 CTTTTCTT-CCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGCAGACATTCAATTATAATCTAT
* * *
14954 TTTAACTAGAAAA-GT-AAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTA
121 TTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * * *
15002 CAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGTCTTTCGAAGGCATGATTGACAAGAAATAGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * * * *
15067 ATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTCCTAAAGCAAACGTTCAAGTATAATATATTTTTAACT
66 -CCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGCAGACATTCAATTATAATCTA-TTTTAA-T
* * * *
15131 -AGAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGGGATTA
127 AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * * * * *
15173 CAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * * * * * * **
15238 ACCAAT-GATTAGTTTTTTCTTCACGTTTCATTAGGGAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACC
66 -CCAATGGA-TGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATA
* *
15302 AAAAATGTAAAAAAAATT-AAC-T----T-AATTATGATATTA
128 AAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * ** * * * * *
15338 TAAAACTATTTTAAGCAAGTACTAAAACTTTCAAAAGTTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * * *
15403 ACCAATGAATGG-TCTTTTCTTTATAG-TTCTTGAGGTA-AGCATTCAATTATAAT-TAGTTTTA
66 -CCAATGGATGGCT-TTTTCTTCAT-GTTTCCT-AAGCAGA-CATTCAATTATAATCTA-TTTTA
** * *
15464 ACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
125 ATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
15509 TAAAACCGTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GAACTTTT-T
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCT
* ** * * * * * * *
15572 GTGCTAATGGATGGCTTTTGT-TTCACATTTCCCTAGGTAAAAATTTAATTAAAATATATTTTAA
65 -T-CCAATGGATGGCTTTT-TCTTCATGTTT-CCTAAGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
* * * * *
15636 TGAAAAATGTAAAAAAATTGAACATAAAATTAATTATGAGATTA
126 TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** * * * *
15680 TAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAAGATTTTGAAGG-TATG-GATGACTATAAATGGACTTTTC
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGAG-TGACTATAAATAGACTTTTC
* * * * *
15743 TTGTCAATGGGTGGCTTTTTCTTCACAT-TTTCC-AAGGTAAACATTCAATTATAATTTATTTTA
64 TT-CCAATGGATGGCTTTTTCTT--CATGTTTCCTAA-GCAGACATTCAATTATAATCTATTTTA
** * * *
15806 ACT-AAAAATGCAAACAAAATTCAACTTAAGATCAATTATAAGATTG
125 A-TAAAAAATATAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
15852 T-AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTGTAAAT-GAACTTTTCA
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTC-
*** ** * * * * *
15915 TGATAATAAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCTAAACAGACATTCAATTACAGTATATTTTAAT-
64 TTCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTAAGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATA
* * * *
15979 GAAAATTTAAAAAAAGTT-AACTTAAACTCAATTATGACATTA
128 AAAAATATAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
16021 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTG-GTAACTATAAATGGACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * * * * *
16085 TATCAAT-AAGTGACTTTTTCTTCACAT-TTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAAACTGTTTTA
65 T-CCAATGGA-TGGCTTTTTCTT--CATGTTTCCTAA-GCAGACATTCAATTATAATCTATTTTA
* *
16147 ACT-AGAAATGA-AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TA
125 A-TAAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* *
16191 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTCT-AGTGACTATAAA-AGAAATTTTC
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTC
* * * * * * ** * * * *
16254 ATGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-TTGAAGGCAAACATTCAATTGCAGTGTACTTCAA
64 -TTCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AA-GCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
* ** * * *
16318 TGAAAAATGCAAAAAATTTCAAGTTAAAATCAATTATGACATTA
126 TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * ** *
16362 TAAAACTATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGCAACTATAAATAGATTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * * * * * *
16427 GCCAAT-GAGTGGGTTTTTCTTTATGTTTCCCGAGGCAAACATTCATTTATAATCTGTTTGAACT
66 -CCAATGGA-TGGCTTTTTCTTCATGTTT-CCTAAGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-T
* * *
16491 --AAAATGTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTC
127 AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
16532 TAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGCCGTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATAAACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * * * * * *
16597 GCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAGCAAACATTCAATGATAATATAGTTTAACAA
66 -CCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAA
* * * * * *
16662 AATATGTTAAGAAATTCAACTTAAAGTCAATGATGAGATTA
129 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * ** * * * * * *
16703 AAAAACTACATAAAGAGAGTAATAAGGCTTGCGAAAGCTTGGGTGGCTATAAATATACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * * * * * * * * *
16768 GCCAATGAATAGCTTTTTTTTTTACGTTTTCAAAGGTAAACATTCAATTATAAGCTGTTTTAACT
66 -CCAATGGATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCCTAA-GCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-T
* * * *
16833 -AAAAATGTAAACAAATTGAAC-TGAAATCAATTATGAGATTA
127 AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
16874 TGAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAA-AGGAATATTTG
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATA-GACT-TTTC
* * * * * * * * *
16938 TACCAATGGATGGC-TTTTCTTTCACGTTT-TTAGAGGTAAACATTCAATTACAGTATATTTCAA
64 TTCCAATGGATGGCTTTTTC-TTCATGTTTCCTA-A-GCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
* * * * *
17001 -AGTAAAATGA-AAAAAAA-TAAACTTAAAATCAAGTATGACATAA
126 TA-AAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
17044 TAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAAGAGACTATAAATAGAC-TTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * ** * * *
17108 GTCAAT-CAGTAACTTTTTCTTCACGTTT-CTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAC
66 -CCAATGGA-TGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AA-GCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-
** * *
17171 T-CGAAATGA-AAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTA
126 TAAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
17214 T-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCGTTCGAAGGCTTGAGTGACTATATATGGACTTTTCGT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTC-T
** * * * *
17278 AACAATGGATGG-TTTTCACTTTATGTTTCCCT-AGACAGACATTCAATTATAATATATTGTAAT
65 TCCAATGGATGGCTTTT-TCTTCATGTTT-CCTAAG-CAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAT
* * *
17341 GAAAAATATAAAAAAATTCCACTCAAAATCAATTATGAGATTA
127 AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
17384 TAAAACCATTTAAAGCGAGAAATAGGGCCTTT-GAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* ** * * ** * **
17448 TGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATTTTCTATTTTCACC
65 T-CCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAA-GCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATA
* * * * *
17513 AAAAATGTGAAAACATTTC-AGTGAAAATCAATTATGAGATTA
128 AAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * ** * ** * *
17555 TAAAAGCATTTAAGGTGAGTAATAAAGCTTTATAAGGCTTTAGCAACTATAAATGGACTTCTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
* ** * * * * * * *
17620 GCTAATAAAT-GATTTTCTCTTCATGTTTCTCAAAGTAAATATTCAATTATAATTTGTTTTAACT
66 -CCAATGGATGGCTTTT-TCTTCATGTTTC-CTAAGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-T
* * * *
17684 -AAAAGTGTAAAAAAATTCAA-TTGAAATCAATTACGAGATTA
127 AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
17725 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAAAAGAATTTT-TG
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT-
* * * *** * * * * * *
17789 TATCAATGGATGGCTTTTCCTTCACGATTTTGGAGGCAAACATTTAATTATAGTATATTTCAA-A
65 T-CCAATGGATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTAAGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATA
** * * *
17853 TAAAAATGCAAAAAAA-TCAACTTAATATTAATTATGACATTA
128 -AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * *
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** * * * ** *
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* * * * * * *
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*
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* * * *
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* * * * **
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* * *
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****
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* * * * *******
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*** * *** * * * * * * **
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*** * * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * *
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319 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAT-TGAGT
* * * * ** * *
16235 GACTATAAA-AGAAATTTTCATGCTAATG-GATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTGAAGGCAAACAT
383 GACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAG-TGGCTTTTTCTTCACG-TTTCCAAGGTAGACAT
** * * ** * ** * * *
16298 TCAATTGCAGTGTACTTCAA-TGAAAAATGCAAAAAATTTCAAGTTAAAATCAATTATGACATTA
445 TCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** * * ** ** * *
16362 TAAAACTATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGCAACTATAAATAGATTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTT-TT
* * * * ** * * * * * * *
16427 GCCAAT-GAGTGGGTTTTTCTTTATGTTTCCCGAGGCAAACATTCATTTATAATCTGTTTGAACT
65 GCCAATGGA-TAGCTTTTGCTTCATGTTTCCTTATGCAGACATTCAATTATAGTATATTTTAA-T
* * *
16491 -AAAATGTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTCTAAAACCATTTAAAGCGAA-TAA
128 GAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAA
* * * * * * **
16554 TAAGCCGTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAAT-AAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTT
192 TAAGGCTTTCGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGAAA-TTTTCTTGTCAATGAATGG-TTTTTTTT
* * *** * * *
16618 CACGTTTCTTGAAGCAAACATTC-AATGATAATATAG-TTTAAC-AAAATATGTTAAGA-AATTC
254 TATGTTTCCCAAAGCAAACATTCAAAT-ATAATCT-GTTTTAACTAAAA-AT-ATAAAACAATTC
* * * * ** * *
16679 AACTTAAAGTCAATGATGAGATTAAAAAACTACATAAAGA-GAGTAATAAGGCTTGCGAAA-GCT
315 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-ACGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGAT
* * * * * * * * *
16742 TGGGTGGCTATAAATATACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTTTTTTACGTTTTCAAAGGTAA
378 TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAGTGGC-TTTTTCTTCACG-TTTCCAAGGTAG
* * * * *
16807 ACATTCAATTATAAGCTGTTTTAACTAAAAATGTAAACAAATTGAAC-TGAAATCAATTATGAGA
441 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
16871 TTA
506 TTA
* ** * * * * *
16874 TGAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAAAGGAATATTTGT
1 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACT-TTTTT
* * * * * * * *
16939 ACCAATGGATGGCTTTT-CTTTCACGTTT--TTAGAGGTAAACATTCAATTACAGTATATTTCAA
65 GCCAATGGATAGCTTTTGC-TTCATGTTTCCTT--ATGCAGACATTCAATTATAGTATATTTTAA
* * * * * * * * *
17001 AGTAAAA-TGAAAAAAAATAAACTTAAAATCAAGTATGACATAATAAAATCATTTAAAGCGAGTA
127 TGAAAAAGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
* * * * * * * ** *
17065 ATAAGGCTTTTGAAGGCATAAGAGACTATAAAT-AGACTTTCTTGTCAATCAGTAACTTTTTCTT
191 ATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGAAATTTTCTTGTCAATGAAT-GGTTTTTTTT
* * * * * * * ** *
17129 CACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTCGAAATGA-AAAATAATTCAAC
254 TATGTTTCCCAAAGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAAT-ATAAAACAATTCAAC
* * * * *
17193 TTAAAATCAATTATGAGTTTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCGTTCGAAGGCTTGAGT
318 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGATTGAGT
* * * ** * * * * **
17257 GACTATATATGGACTTTTCGTAACAATG-GATGG-TTTTCACTTTATGTTTCCCTAGACAGACAT
383 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAG-TGGCTTTT-TCTTCACGTTT-CCAAGGTAGACAT
* * * * *
17320 TCAATTATAATATATTGTAA-TGAAAAATATAAAAAAATTCCACTCAAAATCAATTATGAGATTA
445 TCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * **
17384 TAAAACCATTTAAAGCGAGAAATAGGGCCTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTT-TT
* * * * * * * ** * * **
17449 GCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATTTTCTATTTTCACCA
65 GCCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCTTATGCAGACATTCAATTATAGTATATTTTAATGA
* * * * * * **
17514 AAAATGTGAAAACATTTC-AGTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAGGTGAGTAAT
130 AAAA-GT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* ** * * ** * * * * * * *
17578 AAAGCTTTATAAGGCTTTAGCAACTATAAATGGACTTCTCTTG-CTAATAAATGATTTTCTCTTC
193 AAGGCTTTCGAAGGC-ATGGTGACTATAAATGAAATTTTCTTGTC-AATGAATGGTTTT-TTTTT
* * * * * * * *
17642 ATGTTTCTCAAAGTAAATATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAGTGTAAAAAAATTCAA-TT
255 ATGTTTCCCAAAGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAACAATTCAACTT
* * * * ** *
17706 GAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGA
320 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGATTGAGTGA
* * ** * *** * * *
17771 CTATAAAAAGAATTTT-TGTATCAATG-GATGGCTTTTCCTTCACGATTTTGGAGGCAAACATTT
385 CTATAAATAGACTTTTCT-TGCCAATGAG-TGGCTTTTTCTTCACG-TTTCCAAGGTAGACATTC
* * * * * ** * * *
17834 AATTATAGTATATTTCAAATAAAAATGCAAAAAAA-TCAACTTAATATTAATTATGACATTA
447 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** * * * * * *
17895 TAAAACTATTTAAAGCAAATACTAAGGCTTTTGAAGGCATAGGAGACTATAAATAGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTT-TT
* ** * * * * * *
17960 GCTAATAAAT-GACTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAC
65 GCCAATGGATAG-CTTTTGCTTCATGTTTCCT-TATGCAGACATTCAATTATAGTATATTTTAA-
* * *
18023 T-AGAAA-TACAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
127 TGAAAAAGTA-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGT
* * * * * ** * * *
18086 AATAAGGCGTTCTAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTAATC-ATGGATGATTTTTAC
190 AATAAGGCTTTCGAAGGCATG-GTGACTATAAATGAAATTTTC-TTGTCAATGAATGGTTTTT-T
* * * * * * * * *
18150 TTTATGTTTCCC-TAGACGAACATTTAATTATAATATATTTTAA-TGAGAAACATAAAAAAATTC
252 TTTATGTTTCCCAAAG-CAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAACAATTC
* * * * *
18213 TACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGAAATAAGGCCTTT-AAA-CATA
315 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGG-CTTTCAAAGGAT-
* * ** * * *
18276 TGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGGCA-
378 TGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAGTGGCTTTTTCTTCACGTTT-CCAAGGTAG
** * * * *
18339 AGCATTCAATTATTTTCTGTTTTAACCAAAAATCTGAAAAAATTTC-ACTTAAAATCAATTATGG
441 A-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
18403 GATTA
504 GATTA
* * * * ** * * *
18408 TAAAAGCATTTAAGGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTCGAGCGACTGTAAATGGACTTCTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTT-TTTT
** * * * * *
18473 GCCAATAAAT-GACTTTCT-CTTCATGTTT-CTTAAAGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAA
65 GCCAATGGATAG-CTTT-TGCTTCATGTTTCCTT-ATGCAGACATTCAATTATAGTATATTTTAA
* * * *
18535 CT-AAAAGTGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGT
127 -TGAAAA-AGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGT
18599 AATAAGGCTTTCGAAGGC
190 AATAAGGCTTTCGAAGGC
18617 TTGNNNNNNN
Statistics
Matches: 5610, Mismatches: 1455, Indels: 585
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
493 3 0.00
494 96 0.02
495 21 0.00
496 36 0.01
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499 1 0.00
500 2 0.00
501 69 0.01
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520 9 0.00
521 8 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (508 bp):
TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTTTG
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AAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
GCTTTCGAAGGCATGGTGACTATAAATGAAATTTTCTTGTCAATGAATGGTTTTTTTTTATGTTT
CCCAAAGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATC
AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGATTGAGTGACTATAA
ATAGACTTTTCTTGCCAATGAGTGGCTTTTTCTTCACGTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAAT
CTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
Found at i:13021 original size:678 final size:668
Alignment explanation
Indices: 10897--18301 Score: 1993
Period size: 681 Copynumber: 10.9 Consensus size: 668
10887 AAAAATGAAC
* * * * ** * ** * *
10897 TTAATATCAATTTTGAGTTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGC
1 TTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCACTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGGT
* * ** * * * * * ** *
10962 GACTATAAAAAG-ACTTTTCATTTCAATGGATGGCTTTTGCTTAACGTTTTCCTAAGCAAACATT
66 GACTAT-AAATGCACTTTTCGTACCAATGAATGGCTTTTACTTCATG-TTTCCCAAATAGACATT
** * * ** * *
11026 CCATTATAGTATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAACTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
129 TAAATATAGT-CATTTTAACCAAAAATATAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTAT
* * * * * * ** * * * *
11090 AAAACCTTTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGATTATAAAT-AGACTTTGCAT
192 AAAACCATTTAAAACGAGCAATAAGACTTTCAAAGCATT-AGTGACTACAAATGA-ACTTTTCTT
* * * * * * * * * * ** *
11154 ACCAATGAGTGGCTTTTTCTTTATG-TTTCCTAAATCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACT
255 GCCAATAAATGGCCTTTGCTTCACGTTTTCC-AAAGCAGACATTCAATTATAAGATATTTTAA-T
** *
11218 -AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCGCTTATG-GCATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
318 GAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* ** * * ** * * *
11281 ATAAGACTTTCGAAAGCTTGGATGTCTATAAATGGACTTT-TGTTGCCAATGAATAGCCTTTTCT
381 ATAAGGCTTTCGAAAGAATGGGTGACTATAAATAAACTTTCT-CTGCTAATGAATAGCTTTTTCT
* * * * * **
11345 TCATGTTTCCCAAACT-GAACATTCAATTACAATATGTTTTTATTAAAAA-AGTAAAAAAATTCT
445 TCATGTTT-TCGAAGTAG-ACATTCAATTATAATATG-TTTAACCAAAAATA-T-AAAAAATT-T
* * * * * * * * *
11408 -ACTAAAAATCAATTATTAGATTATAAAGCTATTTAAAGCGAATAATAAGGATTTTGAAGGCT-T
504 AACTTAAAA-CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TAGTAATAAGG-CTTTCAA-GTTAT
* * * * * * * * * *
11471 GAGTGACTAT-AATAAGACTTTTCTTGCCAATGGATGGGTTTTGT-TTTATGTTTCATAAGGCAG
565 G-GTGACTATAAAT-GGACTTTTCTT-ACGATGAAT-GCTTTT-TCTTCACGTTT-TTAAGGTAA
* * ** * * *
11534 ACATTCAAATATAATTTGTTTTAACTAAAAATATTAAACAATTCAAC
624 ACTTTCAATTATAAGCTATTTTAAC-AAAAATA-TAAAGAATTCAAT
* * * * ** *
11581 TTAAAATCAATTATTAGTTTATGAGACCATTTAAAATGT-A-TAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA
1 TTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCACTT-AAA-GTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGG
* * ** * * * * * *
11644 GTGACTACAAATAG-ACTTTTCTTGTCAATGAGTGGCTTTTTCTTTACGTTT-CCAAGGTAGCCA
64 GTGACTATAAAT-GCACTTTTCGTACCAATGAATGGCTTTTACTTCATGTTTCCCAA-ATAGACA
* * * * * * * * * *
11707 ATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
127 TTTAAATATAGTC-ATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTA
* * * * * * * * * **
11772 TAAAACCATTT--GAGGTGGATATTAAGGCTTTTGAAGGC-TTAAGTGATTATAAATGGGCTTTT
191 TAAAACCATTTAAAACGAGCA-A-TAAGAC-TTTCAAAGCATT-AGTGACTACAAATGAACTTTT
* ** * * * * *
11834 -TATGTCAATGGATAGCTTTTGCTAT-ACG-TTTCCTTATGTAGACATTCAATTAT-AGTATATT
252 CT-TGCCAATAAATGGCCTTTGCT-TCACGTTTTCC-AAAGCAGACATTCAATTATAAG-ATATT
* *
11895 TTAATGAAAAAGGA-AAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
313 TTAATGAAAAA-TATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * *
11958 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGTTGACTATAAATGAAATTTTC-CT-ATCAGTGAATAGTTT
377 AGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATGGGTGACTATAAAT-AAACTTTCTCTGCT-AATGAATAGCTT
* * * * * * * *
12021 TTTTTTCATGTTTCCCAAAGTAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAATAATATAAAACAAT
440 TTTCTTCATGTTT-TCGAAGTAGACATTCAATTATAATATG-TTTAACCAAAAATATAAAA-AAT
* * * * * *
12086 TTGACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAATAAGTAATAAGGTTTTTAAAAG-A
502 TTAACTTAAAA-CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-AGTAATAAGG-CTTT-CAAGTT
* * * **
12150 ATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGATTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAA
563 AT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CGATGAATGCTTTTTCTTCACGTTT-TTAAGGTAAA
* * * *
12215 CATTCAA-TATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAACATTCAAC
625 CTTTCAATTATAAGCTATTTTAA-CAAAAATATAAAGA-ATTCAAT
* * * ** *
12260 TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCA-TTGAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAGGGCTTGAG
1 TTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCACTT-AAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGG
* * * * *
12324 TGACCATAAATGGACTTTTCGTACTAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCCTAAGTAGACATT
65 TGACTATAAATGCACTTTTCGTACCAATGAATGGCTTTTACTTCATGTTTCCC-AAATAGACATT
* * ** *
12389 TAATTATAGT-ATTTTCAGTAGAAAATATAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTACGAGATTATA
129 TAAATATAGTCATTTTAACCA-AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATA
* * * * * *
12453 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAAGCA-TAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
193 AAACCATTTAAAACGAGCAATAAGAC-TTTCAAAGCATTA-GTGACTACAAATGAACTTTTCTTG
*** ** * * ** * *
12517 TTGATAAATGGTTTTTTCTTTACGTTTTTGAAGGC-GAACATTCAATTATAAGCTATTTTAATGA
256 CCAATAAATGGCCTTTGCTTCACGTTTTCCAAAGCAG-ACATTCAATTATAAGATATTTTAATGA
*
12581 AAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
320 AAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * *
12646 AGGCTTTCGAAAGAATGGGTGACTGTAAATAAACTTTCTCTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCAC
384 AGGCTTTCGAAAGAATGGGTGACTATAAATAAACTTTCTCTGCTAATGAATAGCTTTTTCTTCAT
* ** * * **
12711 GTTTTGGGGGGTAGACATTCAATTACAATTTGTTTCAACCAAAAATGCAAAGAAATTTAACTT-A
449 GTTTT-CGAAGTAGACATTCAATTATAATATGTTT-AACCAAAAATATAAA-AAATTTAACTTAA
*
12775 AA-AATTATGAGATTATACAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGTTATTGGTGACTA
511 AACAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-AGTAATAAGGCTTTC-AAGTTA-TGGTGACTA
* * * *
12839 TAAATGGACTTTTCTTACGATGAGTCGCTTTTTCTTCACATTTTTATAGGCAAACTTTGAATTAT
573 TAAATGGACTTTTCTTACGATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTTTA-AGGTAAACTTTCAATTAT
* *
12904 AAGCTATTTTAATAAAAATGTAAACGAATTCAAT
636 AAGCTATTTTAACAAAAATATAAA-GAATTCAAT
* * * * *
12938 TTCAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCACATAAAGCAGGTAATAAGGAATTT-AAAGGAATGGG
1 TTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCACTTAAAGTAAGTAATAAGG-CTTTCAAAGGAATGGG
* * ** * *
13002 TGACTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAATAGACATTT
65 TGACTATAAATGCACTTTTCGTACCAATGAATGGCTTTTACTTCATGTTTCCCAAATAGACATTT
* * * *
13067 AAATATATTCCGTTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
130 AAATATAGT-CATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAA
* * *
13132 AACCATTTAAAACGAGCAATAAGGCTTTCAAAGGATTTAGTGACTGCAAATGAACTTTTCTTGCC
194 AACCATTTAAAACGAGCAATAAGACTTTCAAAGCA-TTAGTGACTACAAATGAACTTTTCTTGCC
** * * *
13197 AATGGATGGCCTTTGCTTCATGTTTTCCAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAA
258 AATAAATGGCCTTTGCTTCACGTTTTCCAAAGCAGACATTCAATTATAAGATATTTTAATGAAAA
* * * *
13262 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACGTGTAATAAGG
323 ATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* ** * * * * * *
13327 CTTT-TAAAGGCTTGAGG-GACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGGATAGCTTTTGCTTCATG
387 CTTTCGAAA-GAATG-GGTGACTATAAATAAACTTTCTCTGCTAATGAATAGCTTTTTCTTCATG
* * * * * * *
13390 TTTCTTGATGCAGACATTCAATTATAACATATTATAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
450 TTT-TCGAAGTAGACATTCAATTATAATATGTT-TAACCAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAA
**
13455 ATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTTTATAAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTCAAGCCTTA-GG
512 A-CAATTATGAGATTATAAAACCA---TT-T-AAAG-TAGTAATAAGGC-TTTCAAG--TTATGG
* * *
13519 TGACTATAAATAGACTTTTACTATA-GATGAATAGCTTTTTTTTTCACGTTTTTAGAGGTATA-T
567 TGACTATAAATGGACTTTT-CT-TACGATGAAT-GC-TTTTTCTTCACGTTTTTA-AGGTAAACT
*
13582 ATTCAATTATAAGCTGTTTTAACAGAAAATATAAAAGAATTCAAT
627 -TTCAATTATAAGCTATTTTAACA-AAAATAT-AAAGAATTCAAT
* * * *
13627 TTAAAATCGATTATGAGTGTATAAAACCACTTAAAGTAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGAATGGGT
1 TTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCACTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGGT
* * * * * * * *
13692 GACTATAAATACAC--TT--T-CC--T-AA-GGTTTTTTCTTCATATTTCCTAAGGTAGATATTC
66 GACTATAAATGCACTTTTCGTACCAATGAATGGCTTTTACTTCATGTTTCCCAA-ATAGACATTT
* * *******
13748 AAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT--AA--AA-TA--A-NNNNNNN
130 AAATATAGTC-ATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAA
*****************************************************************
13805 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
194 AACCATTTAAAACGAGCAATAAGACTTTCAAAGCATTAGTGACTACAAATGAACTTTTCTTGCCA
**************************** * * ** *
13870 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAA
259 ATAAATGGCCTTTGCTTCACGTTTTCCAAAGCAGACATTCAATTATAAGATATTTTAA-TGAAAA
* * * ********
13934 ATATAAAAAAATTCAACTAAAAATTAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-ANNNNNNNNN
323 ATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAG
* * ** * *** ** * * *
13998 NCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAACCCACTTT-TCTTATCATTGGATGGC-TTTTCTTTACA
386 GCTTTCGAAAGAATGGGTGACTATAAATAAACTTTCTCTGCT-AATGAATAGCTTTTTC-TT-CA
* * * * * ** * *
14061 T-TTTAT-AAAGAACACAATCAATTACAAAATAT-TTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
448 TGTTT-TCGAAGTAGACATTCAATT--ATAATATGTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTTAACTT
********** * * *
14123 AAAATCAANNNNNNNNNNATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGATATGAGTGA
509 AAAA-CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TAGTAATAAGGC-TTTCAAGTTATG-GTGA
* * * * * * ** * * *
14188 TTATAAATAGATTTTTCTTACCAATGAGTGACTTTTTTTTCACGTTTCCCATA-GCAGACATTCA
570 CTATAAATGGACTTTTCTTA-CGATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTT-TTA-AGGTAAACTTTCA
* *** * * * *
14252 AATATATTTTATTTTAGCCAAAAATGTAAACAAATTCAAC
631 ATTATAAGCTATTTTA-ACAAAAATATAAA-GAATTCAAT
* * * * * *
14292 TTAACATTAATTATGA-TATTATAAAACCATTTAGAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GAATAG
1 TTAAAATCAATTATGAGT-TTATAAAACCACTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGAATGG
* * * * * * ** *
14355 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACAT
64 GTGACTATAAATGCACTTTTCGTACCAATGAATGGCTTTTACTTCATGTTTCCCAA-ATAGACAT
* * * ********** * *
14420 TCAATTATAATCTATTTTAACCANNNNNNNNNNAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
128 TTAAATATAGTC-ATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTAT
* * ** * * * * ** *
14485 AAAACCATTTAAAGCAAATAAAAAGGCTTTTGAAAACATGGGTGACTATC-AATGAACTTTTATT
192 AAAACCATTTAAAACGAGCAATAAGAC-TTTCAAAGCATTAGTGACTA-CAAATGAACTTTTCTT
* * * * * * ** * * * * *
14549 ACAAATGAATGGCTTTTTCTTCACAATTTT-GGAGGCAAACATTCAATTATAAGCTGTTTTAATC
255 GCCAATAAATGGCCTTTGCTTCAC-GTTTTCCAAAGCAGACATTCAATTATAAGATATTTTAATG
* * * *
14613 AAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAAT
319 AAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * ** * *
14678 AAAGCTTAT-GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTCCCAATGAAT-GACTTTTTCT
383 AAGGCTT-TCGAAAGAATGGGTGACTATAAATAAACTTTCTC-TGCTAATGAATAG-CTTTTTCT
* * * * * * * * * *
14740 TCAAG-TTTCTAAGGCACACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAACTGTAAAAAAAATCAAC
445 TCATGTTTTCGAA-GTAGACATTCAATTATAATATG-TTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTTAAC
* * * * * *
14803 TTAAAAATTCGATTGTGAGATTATGACAAA-CATTTAAATGCGGCACGAGAAAAAGGCTTTTGAA
507 TT-AAAA--CAATTATGAGATTAT-A-AAACCATTTAAA----GTA-G-TAATAAGGC-TTTCAA
** * * *
14867 GGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCATTGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAAG
560 GTTAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACGA-TGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTT-TTAAGG
* * ** * * *
14932 AAAACATTCAGCTATAATCTGTTTTAACTAGAAAAGTA-AAA-AATTCAAC
621 TAAACTTTCAATTATAAGCTATTTTAAC-A-AAAA-TATAAAGAATTCAAT
* * * * * * * * * **
14981 TTAAAATCGATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGTCTTTCGAAGGCATGATT
1 TTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCACTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGGT
* * * * * * * * * *
15046 GACAAGAAATAG-ACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTCCTAAAGCAAACGTT
66 GACTATAAAT-GCACTTTTCGTACCAATGAATGGCTTTTACTTCATGTTTCCCAAA-TAGACATT
* * * * * * * * * * *
15109 CAAGTATAATATATTTTTAACTAGAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGGGATTAC
129 TAAATATAGT-CA-TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTAT
* ** * * * * ** * * *
15174 AAAACTATTTAAAGTGAGTAACAA-AGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTT
192 AAAACCATTTAAAACGAGCAATAAGA-C-TTTCAAAGCATTAGTGACTACAAATGAACTTTTCTT
* * * * ** * * * * * ** *
15238 ACCAATGATTAGTTTTTTCTTCACG-TTT-CATTAGGGAAACATTCAAATATAATCTATTTTAAC
255 GCCAATAAATGGCCTTTGCTTCACGTTTTCCA--AAGCAGACATTCAATTATAAGATATTTTAAT
* * * * * * * * *
15301 CAAAAATGTAAAAAA---AA-TT-AACTTAATTATGATATTATAAAACTATTTTAAGCAAGTACT
318 GAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
** * ** ** * * *
15361 AAAACTTTCAAAAGTTTGGGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTACCAATGAAT-GGTCTTTTCTT
383 AAGGCTTTCGAAAGAATGGGTGACTATAAATAAACTTTCTC-TGCTAATGAATAGCT-TTTTCTT
* * * *
15424 TATAGTTCTT-GAGGTA-AGCATTCAATTATAAT-TAGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCA
446 CAT-GTT-TTCGAAGTAGA-CATTCAATTATAATAT-G-TTTAACCAAAAATATAAAA-AATTTA
* * *
15486 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TG
505 ACTTAAAA-CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TAGTAATAAGGCTTTC-AA-GTTATG
* * * * * *
15550 AGTGACTATAAATGAACTTTT-TGTGCTAATGGATGGCTTTTGT-TTCACATTTCCCT-AGGTAA
566 -GTGACTATAAATGGACTTTTCT-TAC-GATGAAT-GCTTTT-TCTTCACGTTT--TTAAGGT-A
* * ** * * * * *
15612 AAATTT-AATTAAAATATATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTGAAC
623 AACTTTCAATTATAAGCTATTTTAA-CAAAAATAT-AAAGAATTCAAT
* * * * * * * * ** * *
15659 ATAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAAGATTTTGAAGGTATGGAT
1 TTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCACTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGGT
* * ** ** * ** * * * *
15724 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGGTGGCTTTTTCTTCACATTTTCCAAGGTAAACATTC
66 GACTATAAATGCACTTTTCGTACCAATGAATGGCTTTTACTTCATGTTTCCCAA-ATAGACATTT
* * * * ** * ** *
15789 AATTATAATTTATTTTAACTAAAAATGCAAACAAAATTCAACTTAAGATCAATTATAAGATTGT-
130 AAATAT-AGTCATTTTAACCAAAAATATAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATA
* * * * ** *
15853 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC-TTGAGTGACTGTAAATGAACTTTTCATG
193 AAACCATTTAAAACGAGCAATAAGACTTTCAAA-GCATT-AGTGACTACAAATGAACTTTTCTTG
** * * *
15917 ATAATAAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCTAAA-CAGACATTCAATTA-CAGTATATTTTAATG
256 CCAATAAATGGCCTTTGCTTCACGTTTTCC-AAAGCAGACATTCAATTATAAG-ATATTTTAATG
* * *
15980 -AAAATTTAAAAAAAGTT-AACTTAAACTCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
319 AAAAATAT-AAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * ** **
16043 TAAGGCTTTTGAAGGCATTGGTAACTATAAATGGACTTT-TCTTATCAAT-AAGT-GACTTTTTC
382 TAAGGCTTTCGAAAGAATGGGTGACTATAAATAAACTTTCTCTGCT-AATGAA-TAG-CTTTTTC
* *
16105 TTCACAT-TTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAA-ACTGTTTTAACTAGAAATGA-AAAACAAT
444 TT--CATGTTTTCGAA-GTAGACATTCAATTATAATA-TG-TTTAACCAAAAAT-ATAAAA-AAT
* * *
16166 TCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT
502 TTAACTTAAAA-CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TAGTAATAAGGCTTTC-AA-GTT
* * * * * * * * * * *
16230 CTAGTGACTATAAAAGAAATTTTCATGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTGAAGGCAAA
563 ATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-GATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTTT-AAGGTAAA
* ** * * * * ** * *
16295 CATTCAATT-GCAGTGTACTTCAATGAAAAATGCAAAAAATTTCAAG
625 CTTTCAATTATAAG-CTATTTTAA-CAAAAATATAAAGAA-TTCAAT
** * * * * ** * *
16341 TTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGC
1 TTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCACTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGGT
* * * * * * * * *** *
16406 AACTATAAATAG-ATTTTTCTTGCCAATGAGTGGGTTTTTCTTTATGTTTCCCGAGGCAAACATT
66 GACTATAAAT-GCACTTTTCGTACCAATGAATGGCTTTTACTTCATGTTTCCC-AAATAGACATT
* ** * * * * * *
16470 CATTTATAATC-TGTTTGAA-CTAAAATGTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTCT
129 TAAATATAGTCAT-TTT-AACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTAT
* ** * * * * *
16533 AAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGCCGTTCGAAGGC-TTAAGTGACTATAAATAAACTTTTCTT
192 AAAACCATTTAAAACGAGCAATAAGACTTTC-AAAGCATT-AGTGACTACAAATGAACTTTTCTT
** * ** * * * * *
16597 GCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACG-TTTCTTGAAGCAAACATTCAATGATAATATAGTTTAA-C
255 GCCAATAAATGGCCTTTGCTTCACGTTTTC-CAAAGCAGACATTCAATTATAAGATATTTTAATG
* * * * * * ** *
16660 AAAATATGTTAAGAAATTCAACTTAAAGTCAATGATGAGATTAAAAAACTACATAAAGAGAGTAA
319 AAAA-AT-ATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* ** * * * *
16725 TAAGGCTTGCGAAAGCTTGGGTGGCTATAAATATACTTT-TCTTGCCAATGAATAGCTTTTTTTT
382 TAAGGCTTTCGAAAGAATGGGTGACTATAAATAAACTTTCTC-TGCTAATGAATAGC-TTTTTCT
* * * * ** * * *
16789 TTACGTTTTCAAAGGTAAACATTCAATTATAAGCTGTTTTAACTAAAAATGTAAACAAATTGAAC
445 TCATGTTTTCGAA-GTAGACATTCAATTATAATATG-TTTAACCAAAAATATAAA-AAATTTAAC
* * * * * * *
16854 TGAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCT-TGAGT
507 TTAAAACAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TAGTAATAAGGC-TTTCAA-GTTATG-GT
* * * * * *
16918 GACTATAAAAGGAATATTT-GTACCAATGGATGGC-TTTTCTTTCACGTTTTTAGAGGTAAACAT
568 GACTATAAATGGACT-TTTCTTA-CGATGAAT-GCTTTTTC-TTCACGTTTTTA-AGGTAAACTT
* * * * *
16981 TCAATTA-CAG-TATATTTCAA-AGTAAAATGA-AAAAAAATAAAC
628 TCAATTATAAGCTAT-TTT-AACA--AAAAT-ATAAAGAATTCAAT
* ** * * * ** ** * ** *
17023 TTAAAATCAAGTATGACATAATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAAGA
1 TTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCACTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGGT
* * * ** * * * **
17088 GACTATAAATAG-ACTTTCTTGT--CAATCAGTAACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACAT
66 GACTATAAAT-GCACTTT-TCGTACCAATGAATGGCTTTTACTTCATGTTTCCCAA-ATAGACAT
* * * * * * *
17150 TCAATTATAAT-ATGTTTTAACTC-GAAATGA-AAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTT
128 TTAAATATAGTCA--TTTTAAC-CAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGAT
* * * * * * * *
17212 TAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCGTTCGAAGGC-TTGAGTGACTATATATGGACTTTT
189 TATAAAACCATTTAAAACGAGCAATAAGACTTTC-AAAGCATT-AGTGACTACAAATGAACTTTT
* ** ** * * * * ** * *
17275 CGTAACAATGGATGG-TTTTCACTTTATG-TTTCCCTAGACAGACATTCAATTATAATATATTGT
252 CTTGCCAATAAATGGCCTTT-GCTTCACGTTTTCCAAAG-CAGACATTCAATTATAAGATATTTT
* *
17338 AATGAAAAATATAAAAAAATTCCACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
315 AATGAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * ** * *
17403 AAATAGGGCCTTT-G-AAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTGCCAATGAATACCTTT
379 TAATAAGG-CTTTCGAAAGA-ATGGGTGACTATAAATAAACTTTCTC-TGCTAATGAATAGCTTT
* * * ** * * *
17465 TTCTTCATGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATTTTCTAT-TTTCACCAAAAATGTGAAAACAT
441 TTCTTCATGTTTTCGAA-GTAGACATTCAATTA--TAATATGTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAT
* * * * * * *
17529 TTCAGTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAGGTGAGTAATAAAGCTTTATAAGGCT
502 TTAACTTAAAA-CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-AGTAATAAGGCTTT-CAA-G-T
* ** * * * * * * * *
17594 T-TAGCAACTATAAATGGACTTCTCTTGCTAATAAATGATTTTCTCTTCATGTTTCTCAAAGTAA
562 TATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-GATGAATGCTTTT-TCTTCACGTTT-TTAAGGTAA
** * * * *
17658 A-TATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAGTGTAAAAAAATTCAA-
624 ACT-TTCAATTATAAGCTATTTTAAC-AAAAATAT-AAAGAATTCAAT
* * * * * ** ** *
17704 TTGAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCACTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGGT
* * * * * * * *** *** *
17769 GACTATAAAAAG-AATTTTTGTATCAATGGATGGCTTTTCCTTCACGATTTTGGAGGCAAACATT
66 GACTAT-AAATGCACTTTTCGTACCAATGAATGGCTTTTACTTCATG-TTTCCCAAATAGACATT
* ** ** * * * *
17833 TAATTATAGT-ATATTTCAAATAAAAATGCAAAAAAA-TCAACTTAATATTAATTATGACATTAT
129 TAAATATAGTCAT-TTT-AACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTAT
* * * ** * * * * * *
17896 AAAACTATTTAAAGCAAATACTAAGGCTTTTGAAGGCA-TAGGAGACTATAAAT-AGACTTTTCT
192 AAAACCATTTAAAACGAGCAATAAGAC-TTTCAAAGCATTA-GTGACTACAAATGA-ACTTTTCT
* * * * * * * * *
17959 TGCTAATAAATGACTTTTTCTTCATG-TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAC
254 TGCCAATAAATGGCCTTTGCTTCACGTTTTC-CAAAGCAGACATTCAATTATAAGATATTTTAA-
* * *
18023 T-AGAAATACAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
317 TGAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * ** * ** ** * * *
18087 ATAAGGCGTTCTAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT-TCGTAATCATGGAT-GATTTTTAC
381 ATAAGGCTTTCGAAAGAATGGGTGACTATAAATAAACTTTCTC-TGCTAATGAATAGCTTTTT-C
* * ** * * **
18150 TTTATGTTTCCCTAG-ACGAACATTTAATTATAATATATTTTAATGAGAAACATA-AAAAAATTC
444 TTCATGTTTTCGAAGTA-G-ACATTCAATTATAATAT-GTTTAACCA-AAA-ATATAAAAAATT-
* * * * **
18213 T-ACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGAAATAAGGCCTTTAAACATAT
503 TAACTTAAAA-CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TAGTAATAAGG-CTTTCAAGTTAT
*
18277 GGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
565 -GGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
18302 GCCAATGAAT
Statistics
Matches: 5121, Mismatches: 1267, Indels: 668
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
664 8 0.00
665 112 0.02
666 53 0.01
667 3 0.00
668 2 0.00
669 1 0.00
670 1 0.00
671 60 0.01
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675 1 0.00
676 13 0.00
677 130 0.03
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688 79 0.02
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691 9 0.00
692 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (668 bp):
TTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCACTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGGT
GACTATAAATGCACTTTTCGTACCAATGAATGGCTTTTACTTCATGTTTCCCAAATAGACATTTA
AATATAGTCATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAA
CCATTTAAAACGAGCAATAAGACTTTCAAAGCATTAGTGACTACAAATGAACTTTTCTTGCCAAT
AAATGGCCTTTGCTTCACGTTTTCCAAAGCAGACATTCAATTATAAGATATTTTAATGAAAAATA
TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
CGAAAGAATGGGTGACTATAAATAAACTTTCTCTGCTAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCG
AAGTAGACATTCAATTATAATATGTTTAACCAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAACAATTATG
AGATTATAAAACCATTTAAAGTAGTAATAAGGCTTTCAAGTTATGGTGACTATAAATGGACTTTT
CTTACGATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTTTAAGGTAAACTTTCAATTATAAGCTATTTTAACAA
AAATATAAAGAATTCAAT
Found at i:15291 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 10746--18619 Score: 4574
Period size: 341 Copynumber: 23.1 Consensus size: 340
10736 GTCGAAATTG
* ** * * * *
10746 TAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTGACTATAAATCGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * ** * * * * *
10811 GCCAAAGAATGGGTTTCACTTCACAG-TTCTCAAGGCAGACATTCAATTACAATATGTTTTAACC
66 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAC-GTTTCT-TAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-T
* * * * * * *
10875 A-AAAATGAAAAAAAAAATGAACTTAATATCAATTTTGAGTTTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGT
128 AGAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCAAGT
* * * ** * * *
10938 AATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGCGACTATAAAAAGACTTTTCATT-TCAATGGATGGCTTTTGC
191 AATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATGAATGGCTTTTTC
* * * * *
11002 TTAACGTTTTCCTAA-GCAAACATTCCATTATAGTATATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAACTT
255 TT--CATGTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAA-TT
11065 -AACTTAAAATCAATTATGAGATTA
316 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * * *
11089 TAAAACCTTTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGATTATAAATAGACTTTGCAT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * ** * * *
11154 ACCAATGAGTGGCTTTTTCTTTATGTTTCCTAAATCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTA
66 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-CTTAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-TA
* ** *
11219 -AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCGCTTATG-GCATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
129 GAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAA
* * * * * * * *
11282 TAAGACTTTCGAAAGCTTG-GATGTCTATAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAATAGCCTTTTCTT
193 TAAGGCTTTTGAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT
* * * * * * * *
11346 CATGTTTCCCAA-ACTGAACATTCAATTACAATATGTTTTTATTAAAAAAGTAAAAAAATTCTAC
257 CATG-TTCCTAAGGC-AAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* *
11410 TAAAAATCAATTATTAGATTA
320 TTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
11431 TAAAGCTATTTAAAGCGAATAATAAGGATTTTGAAGGCTTGAGTGACTAT-AATAAGACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GGACTTTTCT
* * * * * * * * *
11495 TGCCAATGGATGGGTTTTGT-TTTATGTTTCATAAGGCAGACATTCAAATATAATTTGTTTTAAC
65 TGCCAATGAATGGCTTTT-TCTTCACGTTTC-TTAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-
* * * * * * * * *
11559 TA-AAAATATTAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATGAGACCATTTAAA--ATGTA
127 TAGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAG--
** * * * * *
11621 TAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTACAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAGTGGCTTTTTC
190 TAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC
* * * ** * * * * *
11686 TTTACGTTTCC-AAGGTAGCCAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAAATATTTAA
255 TTCATG-TTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA
11750 CTTAAAATCAATTATGAGATTA
319 CTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * *
11772 TAAAACCATTTGAGGTG-GATATTAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGATTATAAATGGGCTTTT-T
1 TAAAACCATTTAAAGCGAG-TAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * * *
11835 ATGTCAATGGATAGCTTTTGCTAT-ACGTTTCCTTATGTAGACATTCAATTATAGTATATTTTAA
65 -TGCCAATGAATGGCTTTTTCT-TCACGTTT-CTTAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA
* * *
11899 T-GAAAAAGGAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
127 TAGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTA
* * * * * ** * * * *
11962 ATAAGGCTTTCGAAGGAATG-GTTGACTATAAATGAAATTTTCCTATCAGTGAATAGTTTTTTTT
192 ATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCT
* * * * * * * * **
12026 TCATGTTTCCCAAAGTAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAATAATATAAAACAATTTGAC
256 TCATG-TTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
*
12091 TTAAAATCAATTATGAAATTA
320 TTAAAATCAATTATGAGATTA
*** * * * ** * *
12112 TAAAACCATTTAAAATAAGTAATAAGGTTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * ** * * *
12177 ACCAATGAAT-GATTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAA-TATAATCTATTTTAACCA
66 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-CTTAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-TA
* * * * * *
12240 -AAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGTAAGTAAT
129 GAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAAT
* * * * * * * *
12304 AAGGC-TTTCAAGGGCTTGAGTGACCATAAATGGACTTTTCGTACTAATGGATGGCTTTTACTTC
194 AAGGCTTTTGAA-GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTC
* * * * * * * *
12368 ATGTTTCCCTAA-GTAGACATTTAATTATAGTA--TTTTCAGTAGAAAATATAAAAAAATTCTAC
258 ATG-TT-CCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTA-AAAATGTAAAAAAATTCAAC
*
12430 TTAAAATCAATTACGAGATTA
320 TTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
12451 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAAGCAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCT
*** * * * * **
12515 TGTTGATAAATGGTTTTTTCTTTACGTTT-TTGAAGGCGAACATTCAATTATAAGCTATTTTAAT
65 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTT--AGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAAT
* * * * *
12579 -GAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
128 AG-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTA
* * * * * ** *
12643 ATAAGGCTTTCGAAAGAATGGGTGACTGTAAATAAAC-TTTCTCTGCTAATGAATGGCTTTTTCT
192 ATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCT
* * ** * * * * * * * * *
12707 TCACGTT-TTGGGGGGTAGACATTCAATTACAATTTGTTTCAACCAAAAATGCAAAGAAATTTAA
256 TCATGTTCCT--AAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA
12771 CTT-AAA--AATTATGAGATTA
319 CTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * **
12790 TACAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGTTATTG-GTGACTATAAATGGACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * * * **
12854 T-ACGATGAGTCGCTTTTTCTTCACATTTTTATAGGCAAACTTTGAATTATAAGCTATTTTAATA
65 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCT-TAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATA
** * * * * ** *
12918 -AAAATGTAAACGAATTCAATTTCAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCACATAAAGCAGGTAAT
129 GAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAAT
** * * * * **
12982 AAGGAATTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTTTCTTCA
194 AAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
* ** * * * * ** * * *
13047 TGTTTCTCAA-ATAGACATTTAAATATATTCCGTTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTTA
259 TGTTCCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
13111 AAATCAATTATGAGATTA
323 AAATCAATTATGAGATTA
* * ** * * ** *
13129 TAAAACCATTTAAAACGAGCAATAAGGCTTTCAAAGGATTTAGTGACTGCAAATGAACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * ** * * *
13194 GCCAATGGATGGCCTTTGCTTCATGTTTTCCAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAA
66 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACG-TTTCTTAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAG
* * * **
13259 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACGTGTAATA
130 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATA
* * * * * * * *
13324 AGGCTTTTAAAGGCTTGAGGGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGGATAGCTTTTGCTTCAT
195 AGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
* * * * * * * *
13389 GTTTCTTGATGCAGACATTCAATTATAACATATTATAA-TCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
260 G-TTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
13453 AAATCAATTATGAGATTA
323 AAATCAATTATGAGATTA
** * * * *
13471 TAAAATAATTTTTATAAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTCAAGCCTT-AGGTGACTATAAATAGACT
1 TAAAACCA---TT-T-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGACT
* * * * * **
13535 TTTACTAT---AGATGAATAGCTTTTTTTTTCACGTTT-TTAGAGGTATATATTCAATTATAAGC
60 TTT-CT-TGCCA-ATGAATGGC-TTTTTCTTCACGTTTCTT--AGGCAAACATTCAATTATAATA
* * * * * * * *
13596 TGTTTTAACAGAAAATATAAAAGAATTCAATTTAAAATCGATTATGAG-TGTATAAAACCACTTA
119 TATTTTAATAGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT-TATAAAACTATTTA
* * * * * * *
13660 AAGTAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAAT--AC---ACTTTCC--T-AA-GG
183 AAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * * * * * * * *
13716 TTTTTTCTTCATATTTCCTAAGGTAGATATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA
248 CTTTTTCTTCAT-GTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA
****
13781 AATTCAACTT--AA--AA-TA--A-NNNN
312 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
*****************************************************************
13802 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
******************************* * *
13867 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTA-
66 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAG
* * * * * *******
13931 AAAATATAAAAAAATTCAACTAAAAATTAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCANNNNNNN
130 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATA
*** * * *** ** * *
13996 NNNCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAACCCACTTTTCTTATCATTGGATGGC-TTTTCTTTAC
195 AGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC-TT-C
** * * * * *
14060 AT-TTTATAAAG-AACACAATCAATTACAAAATATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
258 ATGTTCCTAAGGCAA-ACATTCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACT
**********
14122 TAAAATCAANNNNNNNNNNA
321 TAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
14142 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGATATGAGTGATTATAAATAGATTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * * * * *
14206 TACCAATGAGTGACTTTTTTTTCACGTTTCCCATA-GCAGACATTCAAATATATTTTATTTTAGC
65 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT--CTTAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTA-A
* * * * * * *
14270 CA-AAAATGTAAACAAATTCAACTTAACATTAATTATGATATTATAAAACCATTTAGAGCAAGTA
127 TAGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTA
* * * * * *
14334 ATAAGGCTTTCGAAAGAAT-AGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTTCT
192 ATAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCT
* * * * * * ********** *
14398 TCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCANNNNNNNNNNAGAATTCAAC
256 TCATG-TTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
14463 TTAAAATCAATTATGAGATTA
320 TTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * ** * * * * *
14484 TAAAACCATTTAAAGCAAATAAAAAGGCTTTTGAAAACATGGGTGACTATCAATGAACTTTTATT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * ** *
14549 ACAAATGAATGGCTTTTTCTTCACAATTT-TGGAGGCAAACATTCAATTATAAGCTGTTTTAATC
66 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAC-GTTTCT-TAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAAT-
* * *
14613 A-AAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCAAGTA
128 AGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCAAGTA
* * * * * *
14676 ATAAAGCTTATGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGACTTTTTCTT
192 ATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT
* * * * * *
14741 CAAGTTTCTAAGGCACACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAACTGTAAAAAAAATCAACTT
257 CATGTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* *
14805 AAAAATTCGATTGTGAGATTA
322 -AAAA-TCAATTATGAGATTA
* * **
14826 TGACAAA-CATTTAAATGCGGCACGAGAAAAAGGCTTTTGAAGGAAT-AGGTGACTATAAATGGA
1 T-A-AAACCATTTAAA-GC-G-A-G-TAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGA
* * * ** * *
14889 CTTTTCTTGCCATTGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAAGAAAACATTCAGCTATAATCTGT
58 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTT-AGGCAAACATTCAATTATAATATAT
* *
14954 TTTAACTAGAAAA-GT-AAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAG
122 TTTAA-TAGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
* * * * * * ** *
15017 CAAGTAATAAGTCTTTCGAAGGCATGATTGACAAGAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTT
186 CAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTT
* * * * * *
15082 TTGCTTCATGTTCCTAAAGCAAACGTTCAAGTATAATATATTTTTAACTAGAAATGTAAAAAAAT
251 TTTCTTCATGTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATAT-GTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
* *
15147 TCAACTAAAAATCAATTATGGGATTA
315 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * * *
15173 CAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * * *
15238 ACCAATGATTAGTTTTTTCTTCACGTTTCATTAGGGAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCA
66 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-TTAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-TA
* * *
15303 -AAAATGTAAAAAAAATT-AAC-T----T-AATTATGATATTATAAAACTATTTTAAGCAAGTAC
129 GAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAA
** ** * ** * *
15360 TAAAACTTTCAAAAGTTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGG-TCTTTTCTT
193 TAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCT-TTTTCTT
* * * * * * *
15424 TATAGTTCTTGAGGTAAGCATTCAATTATAAT-TAGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAAC
257 CAT-GTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATAT-GTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
15488 TTAAAATCAATTATGAGATTA
320 TTAAAATCAATTATGAGATTA
* * ** *
15509 TAAAACCGTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTT-TG
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-
* * * * * * * *
15573 TGCTAATGGATGGCTTTTGT-TTCACATTTCCCTAGGTAAAAATTTAATTAAAATATATTTTAAT
65 TGCCAATGAATGGCTTTT-TCTTCACGTTT-CTTAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAAT
* * * * ***
15637 -GAAAAATGTAAAAAAATTGAACATAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTA
128 AG-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTA
* * * * **
15701 ATAAAGATTTTGAAGGTATG-GATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGGTGGCTTTTTCT
192 ATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCT
* * * * *
15765 TCACATTTTCC-AAGGTAAACATTCAATTATAATTTATTTTAACTAAAAATGCAAACAAAATTCA
256 T--CATGTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAA-AAAATTCA
* * *
15829 ACTTAAGATCAATTATAAGATTG
318 ACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** * * *
15852 T-AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTGTAAATGAACTTTTCAT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
** * * * * ** * * *
15916 GATAATAAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCTAAACAGACATTCAATTACAGTATATTTTAAT-G
66 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACG-TTTCTTAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAG
* * * * *
15980 AAAATTTAAAAAAAGTT-AACTTAAACTCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
130 AAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAAT
* ** *
16044 AAGGCTTTTGAAGGCATTG-GTAACTATAAATGGACTTTTCTTATCAAT-AAGTGACTTTTTCTT
194 AAGGCTTTTGAAGGCA-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-TGGCTTTTTCTT
* * * * *
16107 CACATTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAA-ACTGTTTTAACTAGAAATG-AAAAACAATTCA
257 --CATGTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATA-TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-AATTCA
16169 ACTTAAAATCAATTATGAGA-TA
318 ACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
16191 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTCT-AGTGACTATAAAAGAAATTTTCA
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * ** * * * *
16255 TGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-TTGAAGGCAAACATTCAATTGCAGTGTACTTCAAT
65 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTT--AGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAAT
* * * * *
16319 -GAAAAATGCAAAAAATTTCAAGTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGCAAATA
128 AG-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTA
* ** * * * *
16383 ATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGCAACTATAAATAGATTTTTCTTGCCAATGAGTGGGTTTTTCTT
192 ATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT
* ** * * *
16448 TATGTTTCCCGAGGCAAACATTCATTTATAATCTGTTTGAACT-AAAATGTAAAAAAATTCAACT
257 CATG-TTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* *
16512 TCAAATCAATTATGAGATTC
321 TAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * **
16532 TAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGCCGTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATAAACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * *
16597 GCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAGCAAACATTCAATGATAATATAGTTTAACA-
66 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTT-AGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAG
* * * * * **
16661 AAATATGTTAAGAAATTCAACTTAAAGTCAATGATGAGATTAAAAAACTACATAAAG-AGAGTAA
130 AAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCA-AGTAA
** * * * * ** * *
16725 TAAGGCTTGCGAAAGCTTGGGTGGCTATAAATATACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTTTTT
193 TAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTTCTT
* * * * * ** * *
16790 TACGTTTTCAAAGGTAAACATTCAATTATAAGCTGTTTTAACTAAAAATGTAAACAAATTGAAC-
257 CATG-TTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
*
16854 TGAAATCAATTATGAGATTA
321 TAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
16874 TGAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAAAGGAATATTT-G
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT-TTTCT
* * * * * *
16938 TACCAATGGATGGC-TTTTCTTTCACGTTT-TTAGAGGTAAACATTCAATTACAGTATATTTCAA
65 TGCCAATGAATGGCTTTTTC-TTCACGTTTCTT--AGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA
* * * * * *
17001 -AGTAAAATG-AAAAAAAATAAACTTAAAATCAAGTATGACATAATAAAA-TCATTTAAAGCGAG
127 TAG-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCAAG
* * * * * * **
17063 TAATAAGGCTTTTGAAGGCATAAGAGACTATAAATAGAC-TTTCTTGTCAATCAGTAACTTTTTC
190 TAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC
* * * **
17127 TTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTCGAAATG-AAAAATAATTCA
255 TTCATGTTCCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-AATTCA
*
17191 ACTTAAAATCAATTATGAGTTTA
318 ACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
17214 T-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCGTTCGAAGGCTTGAGTGACTATATATGGACTTTTCGT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
** * * * * * * * *
17278 AACAATGGATGG-TTTTCACTTTATGTTTCCCTAGACAGACATTCAATTATAATATATTGTAAT-
66 GCCAATGAATGGCTTTT-TCTTCACGTTT-CTTAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATA
* * * * * *
17341 GAAAAATATAAAAAAATTCCACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGAAA
129 G-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAA
* * * * **
17406 TAGGGCCTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTC
193 TAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTC
* ** * * * * * * *
17471 ATGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATTTTCTATTTTCACCAAAAATGTGAAAACATTTC-AGT
258 ATG-TTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACT
*
17535 GAAAATCAATTATGAGATTA
321 TAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * ** *
17555 TAAAAGCATTTAAGGTGAGTAATAAAGCTTTAT-AAGGCTTTAGCAACTATAAATGGACTTCTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * * * * *
17619 TGCTAATAAAT-GATTTTCTCTTCATGTTTCTCAAAGTAAATATTCAATTATAATTTGTTTTAAC
65 TGCCAATGAATGGCTTTT-TCTTCACGTTTCT-TAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-
* * * *
17683 TA-AAAGTGTAAAAAAATTCAA-TTGAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
127 TAGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTA
* ** * ** * *
17746 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAAAAGAATTTT-TGTATCAATGGATGGCTTTTCCT
192 ATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCT
* * * * * * * * *
17810 TCACGATT-TTGGAGGCAAACATTTAATTATAGTATATTTCAAATAAAAATGCAAAAAAA-TCAA
256 TCATG-TTCCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * *
17873 CTTAATATTAATTATGACATTA
319 CTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * *
17895 TAAAACTATTTAAAGCAAATACTAAGGCTTTTGAAGGCAT-AGGAGACTATAAATAGACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * * *
17959 TGCTAATAAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACT
65 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCT-TAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-T
** * * * *
18024 AG-AAATACAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
128 AGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAA
* * *** * *
18088 TAAGGCGTTCT-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTAATC-ATGGAT-GATTTTTAC
193 TAAGGC-TTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATGAATGGCTTTTT-C
* * * * * * **
18150 TTTATGTTTCCCT-AGACGAACATTTAATTATAATATATTTTAA-TGAGAAACATAAAAAAATTC
255 TTCATG-TT-CCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTC
* *
18213 TACTCAAAATCAATTATGAGATTA
317 AACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
18237 TAAAACCATTTAAAGCGAGAAATAAGGCCTTT-AA-ACATATGGGTGACTATAAATGAACTTTTC
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-T-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
** * * ** * ** * *
18300 TTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGGCAAGCATTCAATTATTTTCTGTTTTAAC
64 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-CTTAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-
* * * * * *
18365 CA-AAAATCTGAAAAAATTTC-ACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAAGC-ATTTAAGGCGAG
127 TAGAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCAAG
* * * * * * *
18427 TAATAAAGCTTTTGAAGGC-TCGAGCGACTGTAAATGGACTTCTCTTGCCAATAAATGACTTTCT
190 TAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT
* * * *
18491 CTTCATGTTTCTTAAAGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAGTGTAAAAAAATTCA
254 CTTCATG-TTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCA
* *
18556 GCTTAAAATGAATTATGAGATTA
318 ACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
18579 TAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTG
18620 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 5782, Mismatches: 1489, Indels: 521
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
324 97 0.02
325 2 0.00
326 2 0.00
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331 2 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (340 bp):
TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAGA
AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAA
GGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG
TTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
TCAATTATGAGATTA
Found at i:18309 original size:853 final size:854
Alignment explanation
Indices: 10790--18619 Score: 3589
Period size: 853 Copynumber: 9.2 Consensus size: 854
10780 AAGCATGGGT
* * ** * * * * *
10790 GACTATAAATCGACTTTTCTTGCCAA-AGAAT-GGGTTTCACTTCACAGTTCTCAAGGCAGACAT
1 GACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATA-AATAGATTTTCTCTTCA-TGTTTTCAAAGCAAACAT
* * * * * * * * *
10853 TCAATTACAATATGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAAAATGAACTT-AATATCAATTTTGAGTTT
64 TCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAGTG-TAAAAAAATTCAA-TTGAA-ATCAATTATGAGATT
* * * * * * **
10917 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGCGACTATAAAAAGACTTTTCA
126 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAAAGGAATTTTTG
* * * * * * *
10982 TTTCAATGGATGGCTTTTGCTTAACGTTTTCCTA-A-GCAAACATTCCATTATAGTATATTT-TA
191 TATCAATGGATGGCTTTTCCTTCACGATTT--TAGAGGTAAACATTCAATTATAGTATATTTCAA
* * *
11044 ATAAAAAATGTAAAAAAACTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGCGAG
254 AT-AAAAATG-AAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAA-CTATTTAAAGCAAG
* * * * * * * * * * *
11108 TAGTAAGGCTTTCGAAGG-TTTGAGTGATTATAAATAGACTTTGCATACCAATGAGTGGCTTTTT
315 TAATAAGGCTTTCGAAGGCATAG-GAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTT
* * ** * * * * *
11172 CTTTATGTTTC-CTAAATCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTC
379 CTTCACGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATACAAAATAATTC
** * * * *
11236 AACTTAAAATCGCTTATG-GCATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAAGCTT
443 AACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCGTTCTAAGGCTT
* *** * ** * * *
11300 G-GATGTCTATAAATGGACTTTT-GTTGCCAATGAATAGCCTTTTCTTCATGTTTCCC-AAACTG
507 GAG-TGACTATAAATGGACTTTTCGTAATC-ATGGAT-GGTTTTTCTTTATGTTTCCCTAGAC-A
* * * * * * *
11362 AACATTCAATTACAATATGTTTTTATTAAAAA-AGTAAAAAAATTCTAC-TAAAAATCAATTATT
568 AACATTCAATTATAATATATTTTAATGAAAAATA-TAAAAAAATTCAACATCAAAATCAATTATG
* * ** * * *
11425 AGATTATAAAGCTATTTAAAGCGA-ATAATAAGGATTTTGAAGGC-T-TGAGTGACTAT-AATAA
632 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGA-AATAAGGCCTTT-AA-ACATATGGGTGACTATAAATGA
* *** * * * * *
11486 GACTTTTCTTGCCAATGGATGGGTTTTGT-TTTATG-TTTCATAAGGCAGACATTCAAATATAAT
694 -ACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTT-TCTTCACGTTTTC-CAAGGCAAACATTCAATTAT-AT
* * * * * * * * * *
11549 T-TGTTTTAACTAAAAATATTAAACAA-TTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATGAGA-CCAT
755 TCTATTTTAACCAAAAATGTGAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCTAT
** * *
11611 TTAAAATGTA-TAATAAGGCTTTCA-AAGGCTTGAGT
820 TTAAAGCG-AGTAATAAAGCTTT-ATAAGGCTTGAGC
* * * * * * * * * * * * * ** *
11646 GACTACAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAGTGGCTTTT-TCTTTACGTTTCCAAGGTAGCCAATC
1 GACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATAAATAGATTTTCTCTTCATGTTTTCAAAGCAAACATTC
* * * * * *
11710 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
66 AATTATAATTTGTTTTAACTAAAAGTGTAAAAAAATTCAA-TTGAAATCAATTATGAGATTATAA
* *** * * * * ** * *
11775 AACCATTT-GAGGTGGATATTAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGATTATAAATGGGCTTTTTATGT
130 AACCATTTAAAGCAAG-TAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAAAGGAATTTTTGTAT
* * * * * *
11839 CAATGGATAGCTTTTGCTAT-ACG-TTTCCT-TATGTAGACATTCAATTATAGTATATTT-TAAT
194 CAATGGATGGCTTTTCCT-TCACGATTT--TAGAGGTAAACATTCAATTATAGTATATTTCAAAT
* * *
11900 GAAAAAGGAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
256 -AAAAATGAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATA
* * * * * *
11965 AGGCTTTCGAAGGAAT-GGTTGACTATAAAT-GAAATTTTCCTAT-C-AGTGAAT-AGTTTTTTT
320 AGGCTTTCGAAGGCATAGG-AGACTATAAATAG-ACTTTT-CT-TGCTAATGAATGA-CTTTTTC
* * * * * * * * * * **
12025 TTCATGTTTCCCAAAGTAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAATAATATAAAACAATTTGA
380 TTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATACAAAATAATTCAA
* ** * * * ** *
12090 CTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAATAAGTAATAAGG-TTTTTAAAAGAATGG
445 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCGTTCT-AAGGCTTGA
* * * * * * * * **
12154 GTGACTATAAATGAACTTTTC-TTACCAATGAATGATTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACAT
509 GTGACTATAAATGGACTTTTCGTAATC-ATGGATGGTTTTTCTTTATGTTTCCCTAGACAAACAT
* ** * * *
12218 TCAA-TATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAACATTCAAC-TTAAAATTAATTATGAGATTA
573 TCAATTATAATATATTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACATCAAAATCAATTATGAGATTA
* ** * * * * *
12281 TAAAACCATTGAAAGTAAGTAATAAGG-CTTTCAAGGGC-T-TGAGTGACCATAAATGGACTTTT
638 TAAAACCATTTAAAGCGAGAAATAAGGCCTTT-AA--ACATATGGGTGACTATAAATGAACTTTT
* * * * ** * * * * * * * *
12343 CGTACTAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCCTAA-GTAGACATTTAATTATA--GTATTTTC
700 CTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTTCC-AAGGCAAACATTCAATTATATTCTATTTTA
** * * * *
12405 AGTAGAAAATAT-AAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCG
764 ACCA-AAAATGTGAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCTATTTAAAGCG
* * *
12468 AGTAAT-AAGACTTT-TGAAAGCAT-AGGT
828 AGTAATAAAG-CTTTAT-AAGGCTTGA-GC
* *** * * * * * * *
12495 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTTGATAAAT-GGTTTTTTCTTTACGTTTTTGAAGGCGAACATT
1 GACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATAAATAGATTTTCTCTTCATG-TTTTCAAAGCAAACATT
** * * * * * *
12559 CAATTATAAGCTATTTTAA-TGAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTAT
65 CAATTATAATTTGTTTTAACT-AAAAGTGTAAAAAAATTCAA-TTGAAATCAATTATGAGATTAT
* * * ** * *
12623 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATGGGTGACTGTAAATA--AACTTTCTC
128 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAA-AGGAA-TTT-T-
* * * * * * * * * *
12686 TG-CT-AATGAATGGCTTTTTCTTCACG-TTTTGGGGGGTAGACATTCAATTACAATTTGTTTCA
189 TGTATCAATGGATGGCTTTTCCTTCACGATTTT-AGAGGTAAACATTCAATTATAGTATATTTCA
** * * * * * **
12748 ACCAAAAATGCAAAGAAATTTAACTT-AAA--AATTATGAGATTATACAACCATTTAAAGTGAGT
253 AATAAAAATG-AAA-AAAATCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGCAAGT
** * * * * * *
12810 AATAAGGCTTTCGAAGTTATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-GATGAGTCG-CTTTTTC
316 AATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAAT-GACTTTTTC
* * * * * ** * ** **
12873 TTCACATTT-TTATAGGCAAACTTTGAATTATAAGCTATTTTAA-TAAAAATGTAAACGAATTCA
380 TTCACGTTTCTCA-AGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATACAAAATAATTCA
* * * ** * ** **
12936 ATTTCAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCACATAAAGCAGGTAATAAGGAATT-TAAAGGAATG
444 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCGTTCT-AAGGCTTG
* * *** * * * * * * *
13000 GGTGACTATAAATGCACTTTTC-TTGCCAATGAATGTTTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAATAGAC
508 AGTGACTATAAATGGACTTTTCGTAATC-ATGGATG-GTTTTTCTTTATGTTTCCCTAGACAAAC
* * * *** ** * *
13063 ATTTAAATATATTCCGTTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAAC-TTAAAATCAATTATGAGAT
571 ATTCAATTATAATATATTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACATCAAAATCAATTATGAGAT
* * * ** **
13127 TATAAAACCATTTAAAACGAGCAATAAGG-CTTTCAAAGGAT-TTAGTGACTGCAAATGAACTTT
636 TATAAAACCATTTAAAGCGAGAAATAAGGCCTTT-AAA-CATATGGGTGACTATAAATGAACTTT
* * * * * * * *
13190 TCTTGCCAATGGATGGCC-TTTGCTTCATGTTTTCCAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTT
699 TCTTGCCAATGAAT-ACCTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATATTCTATTTT
** * * * *
13254 AATAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAA-CCATTTAAAACG
763 AACCAAAAATGTGAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCTATTTAAAGCG
* * *
13317 TGTAATAAGGCTTT-TAAAGGCTTGAGG
828 AGTAATAAAGCTTTAT-AAGGCTTGAGC
* * * ** * * ** * *
13344 GACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGGATAGCTTTT-GCTTCATGTTTCTTGATGCAGACATT
1 GACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATAAATAGATTTTCTCTTCATGTTT-TCAAAGCAAACATT
** * * * * *
13408 CAATTATAACATATTATAA-TCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
65 CAATTATAATTTGTTTTAACT-AAAAGTGTAAAAAAATTCAA-TTGAAATCAATTATGAGATTAT
** * * * *
13472 AAAATAATTTTTATAAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTCAAGCCTT-AGGTGACTATAAATA-GACT
128 AAAACCA---TT-T-AAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA-GTGACTATAAA-AGGAAT
** * * ** * * * *
13535 TTTACTAT-AGATGAATAGCTTTTTTTTTCACGTTTTTAGAGGTATATATTCAATTATAAGCTGT
186 TTTTGTATCA-ATGGATGGC-TTTTCCTTCACGATTTTAGAGGTAAACATTCAATTAT-AG-TAT
* * * * * * *
13599 -TTT-AACAGAAAATAT-AAAAGAATTCAATTTAAAATCGATTATGA-GTGTATAAAACCACTTA
247 ATTTCAA-ATAAAA-ATGAAAA-AAATCAACTTAAAATCAATTATGACAT-TATAAAACTATTTA
* * * * * *
13660 AAGTAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATACAC-TTTC---CTAA-G---G-
308 AAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGA
* ** * * * * * *
13716 TTTTTTCTTCATATTTC-CTAAGGTAGATATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA
373 CTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATACAAAA
* ***************************************
13780 AAATTCAACTT--AA--AA-TA--A-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
437 TAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCGTTCTAA
************************************************************* *
13837 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGC
502 GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTAATCATGGATGGTTTTTCTTTATGTTTCCCTAGAC
* * * * *
13902 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAAC-TAAAAATTAACTAT
567 AAACATTCAATTATAATATATTTTAA-TGAAAAATATAAAAAAATTCAACATCAAAATCAATTAT
********** * * **
13965 GAGATTATAAAACCATTTAAAGC-ANNNNNNNNNNCTTTCGAAGGC-T-TGAGTGACTATAAACC
631 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGAAATAAGGCCTTT--AA-ACATATGGGTGACTATAAATG
* ** * * ** * * ** * * * ***
14027 CACTTTTCTTATCATTGGATGGC-TTTTCTTTACATTTTATAAAG-AACACAATCAATTACAAAA
693 AACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGCAA-ACATTCAATTATATTC
** * ********** *
14090 TATTTTAATAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAANNNNNNNNNNATAAAA-CCATTT
757 TATTTTAACCAAAAATGTGAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCTATTT
* * * *
14153 AAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TAAAGATATGAGT
822 AAAGCGAGTAATAAAGCTTTATAAGGCT-TGAGC
* * * * * * * * * * * *
14186 GATTATAAATAGATTTTTCTTACCAATGAGT-GACTTTT-TTTTCACGTTTCCCATAGCAGACAT
1 GACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATAAATAGA-TTTTCTCTTCATGTTT-TCAAAGCAAACAT
* * * * * * * * *
14249 TCAAATATATTTTATTTTAGCCAAAAATGTAAACAAATTCAACTT-AACATTAATTATGATATTA
64 TCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAGTGTAAAAAAATTCAA-TTGAA-ATCAATTATGAGATTA
* * * ** * * *
14313 TAAAACCATTTAGAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAAT-AGGTGACTAT-AAATGAACTTTTC
127 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA-GTGACTATAAAAGGAATTTTTG
* * * * * * * * *
14376 T-TGCTAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTA
191 TAT-C-AATGGATGGCTTTTCCTTCACGATT-TTAGAGGTAAACATTCAATTATAGTATATTTCA
********** * * * * *
14439 ACCANNNNNNNNNNAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAAT
253 A--ATAAAAATGAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGCAAGT
* * ** * * * * * * *
14504 AAAAAGGCTTTTGAAAACATGGGTGACTATCAAT-GAACTTTTATTACAAATGAATGGCTTTTTC
316 AATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGAGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTC
* ** * ** * *
14568 TTCACAATTT-TGGAGGCAAACATTCAATTATAAGCTGTTTTAA-TCAAAAATATAAAAAAATTC
380 TTCAC-GTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATACAAAATAATTC
* * * * * **
14631 AGCTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAAGC-TTATGAAGGAAT
443 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCGTTCT-AAGGCTT
* *** * * * * * *
14695 GGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTCCCAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTT--CTAAGGCAC
507 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTAATC-ATGGATG-GTTTTTCTTTATGTTTCCCT-AGACAA
* * * * * * * * *
14757 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT--AAACTGTAAAAAAAATCAACTTAAAAATTCGATTGTG
569 ACATTCAATTATAATATATTTTAA-TGAAAAATATAAAAAAATTCAACATCAAAA-TCAATTATG
* * ** *
14820 AGATTATGACAAA-CATTTAAATGCGGCACGAGAAAAAGGCTTTTGAAGGA-ATAGGTGACTATA
632 AGATTAT-A-AAACCATTTAAA-GC-G-A-GA-AATAAGGCCTTT-AAACATATGGGTGACTATA
* * ** * * * **
14883 AATGGACTTTTCTTGCCATTGAATGGCTTTTTCTTCACG-TTTCTTAAAGAAAACATTCAGCTAT
689 AATGAACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTTC-CAAGGCAAACATTCAATTAT
* * * * *
14947 AATCTGTTTTAACTAGAAAA-GT-AAAAAA-TTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTACAAAA-C
753 ATTCTATTTTAACCA-AAAATGTGAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGC
* ** * **
15008 TATTTAAAGCAAGTAAT-AAGTCTTTCGAAGGCATGATT
817 TATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTATAAGGCTTGAGC
* * * * ** ** * * * * *
15046 GACAAGAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTT-GCTTCATG-TTCCTAAAGCAAACGTT
1 GACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATAAATAGATTTTCTCTTCATGTTTTC-AAAGCAAACATT
* ** *
15109 CAAGTATAATATAT-TTTTAACTAGAAA-TGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGGGATT
65 CAATTATAAT-T-TGTTTTAACTA-AAAGTGTAAAAAAATTCAA-TTGAAATCAATTATGAGATT
* * ** * * * * * * *
15172 ACAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCT
126 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAAAGGA-ATTTTT
* * * * * * * * *
15237 -TACCAAT-GATTAGTTTTTTCTTCACGTTTCATTAG-GG-AAACATTCAAATATAATCTATTTT
190 GTATCAATGGA-TGGCTTTTCCTTCACGATT--TTAGAGGTAAACATTCAATTATAGTATATTTC
** * * * * *
15298 AACCAAAAATGTAAAAAA--AA-TT-AACTTAATTATGATATTATAAAACTATTTTAAGCAAGTA
252 AAATAAAAATGAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTA
* ** * * ** * * * * * *
15359 CTAAAACTTTCAAAAGTTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG-GTCTTTTCT
317 ATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGACT-TTTTCT
* * ** * * ** *
15423 TTATAG-TTCTTGAGGTA-AGCATTCAATTATAAT-TAGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTC
381 TCA-CGTTTCTCAAGGCAGA-CATTCAATTATAATAT-GTTTTAACTAAAAATACAAAATAATTC
* * *
15485 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTG
443 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCGTTCTAAGGCTTG
* * ** * * * ** ** *
15550 AGTGACTATAAATGAACTTTTTGTGCTAATGGATGGCTTTTGTTTCACATTTCCCTAGGTAAAAA
508 AGTGACTATAAATGGACTTTTCGTAATCATGGATGGTTTTTCTTT-ATGTTTCCCTAGACAAACA
* * * * *
15615 TTTAATTAAAATATATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTGAACAT-AAAATTAATTATGAGATT
572 TTCAATTATAATATATTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACATCAAAATCAATTATGAGATT
** * * ** * ** * *
15679 ATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAAGATTTTGAAGGTATGGATGACTATAAATGGACTTTTCT
637 ATAAAACCATTTAAAGCGAGAAATAAGGCCTTTAAACATATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCT
* ** ** * *
15744 TGTCAATGGGTGGCTTTTTCTTCACATTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATAATT-TATTTTAAC
702 TGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGCAAACATTCAATTAT-ATTCTATTTTAAC
* * * * * *
15808 TAAAAATG-CAAACAAAATTCAACTTAAGATCAATTATAAGATTGT-AAA-CTATTTAAAGCGAG
766 CAAAAATGTGAAA-AAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCTATTTAAAGCGAG
* *
15870 TAATAAGGCTTTCA-AAGGCTTGAGT
830 TAATAAAGCTTT-ATAAGGCTTGAGC
* * * * ** * * * *
15895 GACTGTAAATGAACTTTTCATGATAATAAATGGCTTTT-GCTTCATGTTTTCCTAAA-CAGACAT
1 GACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATAAATAGATTTTCTCTTCATGTTTT-C-AAAGCAAACAT
* * * * * *
15958 TCAATTACAGTATATTTTAA-TGAAAA-TTTAAAAAAAGTT-AACTT-AAACTCAATTATGACAT
64 TCAATTATAATTTGTTTTAACT-AAAAGTGTAAAAAAA-TTCAA-TTGAAA-TCAATTATGAGAT
* * * *
16019 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTG-GTAACTATAAATGGACTTTT
125 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-TTGAGTGACTATAAAAGGAATTTT
* * * * * *
16083 CT-TATCAAT-AAGTGACTTTTTCTTCAC-ATTTTTCA-AGGTAGACATTCAATTATA-AACTGT
189 -TGTATCAATGGA-TGGCTTTTCCTTCACGA-TTTT-AGAGGTAAACATTCAATTATAGTA-TAT
* * * * *
16143 TTTAACTAGAAATGAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TATAAAACCATTTAAAGC
249 TTCAAATAAAAATGAAAAA-AA-TCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGC
* * * * * *
16207 AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTCTA-GTGACTATAAA-AGAAATTTTCATGCTAATGGATGGCT
312 AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-ATAGGAGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCTAATGAATGACT
* * * * ** * * ** * *
16270 TTTGCTTCACGTTTTTGAAGGCAAACATTCAATTGCAGTGTACTTCAA-TGAAAAATGCAAAA-A
375 TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATACAAAATA
* * * * *
16333 ATTTCAAGTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGCAAATAATAAGGC-TTTTGAA
439 A-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCGTTCT-AA
* * ** * * *** *
16397 GGCATGGGCAACTATAAATAGATTTTTC-TTGCCAAT-GAGTGGGTTTTTCTTTATGTTTCCCGA
502 GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTAATC-ATGGA-T-GGTTTTTCTTTATGTTTCCCTA
* * * * * * *
16460 GGCAAACATTCATTTATAATCTGTTTGAACT--AAAATGTAAAAAAATTCAACTTC-AAATCAAT
564 GACAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-TGAAAAATATAAAAAAATTCAACATCAAAATCAAT
* * * **
16522 TATGAGATTCTAAAACCATTTAAAGCGA-ATAATAA-GCCGTTCGAAGGC-T-TAAGTGACTATA
628 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGA-AATAAGGCC-TT-TAA-ACATATGGGTGACTATA
* * ** * ** *
16583 AATAAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAA-GCAAACATTCAATGAT
689 AATGAACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTT-TCCAAGGCAAACATTCAATTAT
* * * * * * * *
16647 AATATAGTTTAA-CAAAATATGTTAAGAAA-TTCAACTTAAAGTCAATGATGAGATTA-AAAAAC
753 ATTCTATTTTAACCAAAA-ATGTGAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGC
** * * *** * * *
16709 TACATAAAGAGAGTAATAAGGCTTGCGAAAGCTTGGGT
817 TATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTATAAGGCTTGAGC
* ** * * * * * * * *
16747 GGCTATAAATATACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTTTTTTACGTTTTCAAAGGTAAACATT
1 GACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATAAATAGATTTTCTCTTCATGTTTTCAAA-GCAAACATT
** * * * * *
16812 CAATTATAAGCTGTTTTAACTAAAAATGTAAACAAATTGAACTGAAATCAATTATGAGATTATGA
65 CAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAGTGTAAAAAAATTCAATTGAAATCAATTATGAGATTATAA
* * *
16877 AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAAAGGAATATTTGTACC
130 AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAAAGGAATTTTTGTATC
* * *
16942 AATGGATGGCTTTTCTTTCACGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTACAGTATATTTCAAAGT-AA
195 AATGGATGGCTTTTCCTTCACGATTTTAGAGGTAAACATTCAATTATAGTATATTTCAAA-TAAA
* * * *
17006 AATGAAAAAAAATAAACTTAAAATCAAGTATGACATAATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAG
259 AATG-AAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACT-ATTTAAAGCAAGTAATAAG
* * * * *
17070 GCTTTTGAAGGCATAAGAGACTATAAATAGAC-TTTCTTG-TCAATCAGTAACTTTTTCTTCACG
322 GCTTTCGAAGGCATAGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCT-AATGAATGACTTTTTCTTCACG
**
17133 TTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTCGAAATGA-AAAATAATTCAACTTAA
386 TTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAAT-ACAAAATAATTCAACTTAA
* * *
17197 AATCAATTATGAGTTTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCGTTCGAAGGCTTGAGTGACT
450 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCGTTCTAAGGCTTGAGTGACT
* * *
17261 ATATATGGACTTTTCGTAA-CAATGGATGGTTTTCACTTTATGTTTCCCTAGACAGACATTCAAT
515 ATAAATGGACTTTTCGTAATC-ATGGATGGTTTT-TCTTTATGTTTCCCTAGACAAACATTCAAT
* *
17325 TATAATATATTGTAATGAAAAATATAAAAAAATTCCAC-TCAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
578 TATAATATATTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACATCAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * *
17389 CCATTTAAAGCGAGAAATAGGGCCTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
643 CCATTTAAAGCGAGAAATAAGGCCTTTAAACATATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAA
* * * *
17454 TGAATACCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATTTTCTATTTTCACCAAAAAT
708 TGAATACCTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATATTCTATTTTAACCAAAAAT
* * * * *
17519 GTGAAAACATTTC-AGTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGC-ATTTAAGGTGAGTAATAAAG
773 GTGAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCTATTTAAAGCGAGTAATAAAG
*
17582 CTTTATAAGGCTTTAGC
838 CTTTATAAGGCTTGAGC
* * * *
17599 AACTATAAATGGACTTCTCTTGCTAATAAAT-GATTTTCTCTTCATGTTTCTCAAAGTAAATATT
1 GACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATAAATAGATTTTCTCTTCATGTTT-TCAAAGCAAACATT
*
17663 CAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAGTGTAAAAAAATTCAATTGAAATCAATTACGAGATTATAA
65 CAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAGTGTAAAAAAATTCAATTGAAATCAATTATGAGATTATAA
*
17728 AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAAAAGAATTTTTGTATC
130 AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAAAGGAATTTTTGTATC
* * *
17793 AATGGATGGCTTTTCCTTCACGATTTTGGAGGCAAACATTTAATTATAGTATATTTCAAATAAAA
195 AATGGATGGCTTTTCCTTCACGATTTTAGAGGTAAACATTCAATTATAGTATATTTCAAATAAAA
* * * *
17858 ATGCAAAAAAATCAACTTAATATTAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGCAAATACTAAGGC
260 ATG-AAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGC
* * *
17923 TTTTGAAGGCATAGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATAAATGACTTTTTCTTCATGTTT
324 TTTCGAAGGCATAGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTT
* *
17988 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAGAAATACAAAATAATTCAACTTAAAATC
389 CTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATACAAAATAATTCAACTTAAAATC
* *
18053 AATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCGTTCTAAGGCTTGAGTGACTATAA
454 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCGTTCTAAGGCTTGAGTGACTATAA
* * *
18118 ATGGACTTTTCGTAATCATGGATGATTTTTACTTTATGTTTCCCTAGACGAACATTTAATTATAA
519 ATGGACTTTTCGTAATCATGGATGGTTTTT-CTTTATGTTTCCCTAGACAAACATTCAATTATAA
* * *
18183 TATATTTTAATGAGAAACATAAAAAAATTCTAC-TCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
583 TATATTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACATCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
18247 TAAAGCGAGAAATAAGGCCTTTAAACATATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAT
648 TAAAGCGAGAAATAAGGCCTTTAAACATATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * * * * *
18312 ACCTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGGCAAGCATTCAATTATTTTCTGTTTTAACCAAAAATCTGAA
713 ACCTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATATTCTATTTTAACCAAAAATGTGAA
* *
18377 AAAATTTC-ACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAAGC-ATTTAAGGCGAGTAATAAAGCTTT-
778 AAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTA
*
18439 TGAAGGCTCGAGC
843 T-AAGGCTTGAGC
* * *
18452 GACTGTAAATGGACTTCTCTTGCCAATAAAT-GACTTTCTCTTCATGTTTCTTAAAGCAAACATT
1 GACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATAAATAGATTTTCTCTTCATGTTT-TCAAAGCAAACATT
* * *
18516 CAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAGTGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATGAATTATGAGATTATA
65 CAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAGTGTAAAAAAATTCA-ATTGAAATCAATTATGAGATTATA
* *
18581 AAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG
129 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTG
18620 NNNNNNNNNN
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Consensus pattern (854 bp):
GACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATAAATAGATTTTCTCTTCATGTTTTCAAAGCAAACATTC
AATTATAATTTGTTTTAACTAAAAGTGTAAAAAAATTCAATTGAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAAAGGAATTTTTGTATCA
ATGGATGGCTTTTCCTTCACGATTTTAGAGGTAAACATTCAATTATAGTATATTTCAAATAAAAA
TGAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
TCGAAGGCATAGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCT
CAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATACAAAATAATTCAACTTAAAATCAA
TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCGTTCTAAGGCTTGAGTGACTATAAAT
GGACTTTTCGTAATCATGGATGGTTTTTCTTTATGTTTCCCTAGACAAACATTCAATTATAATAT
ATTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACATCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
AGCGAGAAATAAGGCCTTTAAACATATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATACC
TTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATATTCTATTTTAACCAAAAATGTGAAAAA
ATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTATAA
GGCTTGAGC
Found at i:19913 original size:71 final size:73
Alignment explanation
Indices: 19778--19915 Score: 208
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19768 AACATTGCTA
** * *
19778 CTTAGTCGATTAAGTGGTCTCTATCTCTAAACCCAATTTCTGGCAGTAGGCTCTTAGTCGACTAA
1 CTTAGTCGATTAAGTCATCTCTATCTCTAAACCCAAGTTCTGGCAATAGGCTCTTAGTCGACTAA
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66 CAAAACTT
* *
19851 CTTAGTCGATTAAGTCATTTCTGTCTCT-AACCC-AGTTCTGGCAATAGGCTCTTAGTCGACTAA
1 CTTAGTCGATTAAGTCATCTCTATCTCTAAACCCAAGTTCTGGCAATAGGCTCTTAGTCGACTAA
19914 CA
66 CA
19916 TTGTCTCTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CTTAGTCGATTAAGTCATCTCTATCTCTAAACCCAAGTTCTGGCAATAGGCTCTTAGTCGACTAA
CAAAACTT
Found at i:19925 original size:71 final size:72
Alignment explanation
Indices: 19754--19928 Score: 203
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19744 TAGATAAAAT
* ** *
19754 GCTCTTAGTTC-ATTAACATTGCTACTTAGTCGATTAAGTGGTCTCTATCTCTAAACCCAATTTC
1 GCTCTTAG-TCGACTAACATTGCT-CTTAGTCGATTAAGTCATCTCTATCTCTAAACCCAAGTTC
*
19818 TGGCAGTAG
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*** * *
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1 GCTCTTAGTCGACTAACATTGC-TCTTAGTCGATTAAGTCATCTCTATCTCTAAACCCAAGTTCT
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65 GGCAATAG
19898 GCTCTTAGTCGACTAACATTGTCTCTTAGTC
1 GCTCTTAGTCGACTAACATTG-CTCTTAGTC
19929 AACTAAATGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GCTCTTAGTCGACTAACATTGCTCTTAGTCGATTAAGTCATCTCTATCTCTAAACCCAAGTTCTG
GCAATAG
Found at i:21274 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
20940 NNNNNNNNAG
* * * *
20950 ACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAAATTAATTTAAAATCAATAATGAG
1 ACATTCAAATATAATATATTTTAATCAAAAATCT-AAAAAAAATTAACTTAAAATCAATAATGAC
* * * * * *
21015 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATGAATGGACTTT
65 ATCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGCGACTATAAATGGACTTT
* *
21080 TCTTACTAATGAGTGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAAGCAA
130 TCTTACTAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAAGCAA
* * * * *
21122 ACATTCAAATATAATCTATTTTAATCGAAAATCT-AAAAACATTCAACTTAAAATCGATTATGAC
1 ACATTCAAATATAATATATTTTAATCAAAAATCTAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATAATGAC
* * *
21186 ATCATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCGTGAGCGACTATAAATGGACTTT
65 ATCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGCGACTATAAATGGACTTT
* *
21251 TCTT-GTCAATGAATAGTTTTTTCTT
130 TCTTACT-AATGAATAGCTTTTTCTT
21276 TACATTTCCC
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 22, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (171 bp):
ACATTCAAATATAATATATTTTAATCAAAAATCTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATAATGACA
TCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGCGACTATAAATGGACTTTT
CTTACTAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAAGCAA
Found at i:21965 original size:109 final size:110
Alignment explanation
Indices: 21774--21976 Score: 286
Period size: 109 Copynumber: 1.9 Consensus size: 110
21764 TATAAAATTA
* * *
21774 TAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAATGACTATAAACAAGCTTTTCTT
1 TAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAATGACTATAAACAAGCTTTTCTT
21839 GCCAGTGGAAGGCTTTCACTTCAC-GTTTCCTAAAGTTGATACTC
66 GCCAGTGGAAGGCTTTCACTTCACAGTTTCCTAAAGTTGATACTC
* ** **
21883 TAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAA-TGGACTTTTCT
1 TAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAATGACTATAAACAAG-CTTTTCT
*
21947 TGCCAGT-GAATGGGTTTCACTTCACAGTTT
65 TGCCAGTGGAA-GGCTTTCACTTCACAGTTT
21977 TTAAGGCAGA
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 9, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (110 bp):
TAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAATGACTATAAACAAGCTTTTCTT
GCCAGTGGAAGGCTTTCACTTCACAGTTTCCTAAAGTTGATACTC
Found at i:22196 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 21883--23001 Score: 895
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 172
21873 GTTGATACTC
* ** ** * * *
21883 TAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCAT
* * * ** * * * * *
21948 GCCAGTGAATGGGTTTCACTTCACAGTTT--TTAAGGCAGACATTCAATTACAATTTGT-TTTAA
66 GCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC-GTTTCCCTAA-GCAAACATTCAATTA-TATCTATATTTAA
* * * * *
22010 C-CAAAAATG-AAAAAAATTTGAACTTAATATCAATTTTGAGTTTA
128 CTAAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** **
22054 TAAAACCATTTAAAGTAAGTAGTAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGCAACTATAAAAAGACTTTTCAT
1 TAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCAT
*
22119 AG-CAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCTATGCAAACATTCAATTATAT-TATATTTAA-T
66 -GCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCTAAGCAAACATTCAATTATATCTATATTTAACT
*
22181 AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTA
130 AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** * * *
22224 TAAAACCTTTTAAAACAAGTAGTAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGATTATAAATGGACTTTGCAT
1 TAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCAT
* * * * * * * * *
22289 ACCAAT-GAGTGACTTTTTCTTCATGTCTCCCGAAGCAGACATTCAAATATAATCTGT-TTTAAC
66 GCCAATGGA-TGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCTAAGCAAACATTCAATTAT-ATCTATATTTAAC
* ** *
22352 T-AAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCGCTTATGACATTA
129 TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * **
22395 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTG-GATGACTATAAATGGACTTTTGT
1 TAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCA
* * * * * * *
22459 TGCCAATGAATGGCCTTTT-CTTTATGTTTCCCAAAGCGAACATTGAATTACAATCTA-ATTTAA
65 TGCCAATGGATGG-CTTTTGCTTCACGTTTCCCTAAGCAAACATTCAATTA-TATCTATATTTAA
* * * *
22522 TTAAAAAA-GTAAAAAAATTCAACTGAAAATTAATTATTAGATTA
128 CTAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * *
22566 TAAAGCTATTTAAAGCGAA-TAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTGT-AATCTGACTTTTT
1 TAAAACCATTTAAAG-TAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GGACTTTTC
* * * * * * * * *
22629 TTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTT-CATAAGGAAAACATTCAAATATAT-TTTGTTTTA
64 ATGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCTAA-GCAAACATTCAATTATATCTAT-ATTTA
* * *
22692 ACTAAAAATAT-T-AAACAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGTTTA
127 ACTAAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * *
22737 TAAGACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTGAGTGACTACAAATGGACTTTTCAT
1 TAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCAT
* * * * * * *
22802 GTCAA-GGAGTGGCTTTT-CTTCACATTTTCC-AAGGTAGACAATCAATTATAATCTGT-TTTAA
66 GCCAATGGA-TGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCTAA-GCAAACATTCAATTAT-ATCTATATTTAA
* * *
22863 CT-AAAAATCTAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
128 CTAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** * ** * * * *
22907 TAAAATTATTTAAGGTGGGTATTAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGATTATAAATGGACTTTTTAT
1 TAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCAT
* *
22972 GCCAATGGATAGCTTTTGCTACACGTTTCC
66 GCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCC
23002 TTATGTGGAC
Statistics
Matches: 762, Mismatches: 150, Indels: 72
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 10 0.01
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172 27 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
TAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCAT
GCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCTAAGCAAACATTCAATTATATCTATATTTAACTA
AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
Found at i:23017 original size:341 final size:334
Alignment explanation
Indices: 21890--23002 Score: 1002
Period size: 341 Copynumber: 3.3 Consensus size: 334
21880 CTCTAAAATC
** * * * *
21890 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAGT
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGATTATAAATGGACTTTT-TATGCCAAT
* * ** * * * * * * *
21954 GAATGGGTTTCACTTCACAGTTT-TTAAGGCAGACATTCAATTACAATTTGTTTTAACCAAAAAT
65 GGAT-GCTTTTGCTTCA-TGTTTCCTAAAGAAGACATTCAAATATAATTTGTTTTAACTAAAAAT
* * * *
22018 GA-AAAAAATTTGAACTTAATATCAATTTTGAGTTTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAGTAAGGC
128 -ATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGC
** **
22082 TTTCGAAGGCTTGAGCAACTATAAAAAGACTTTTCATAGCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT
191 TTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCAT-GCAA-GGATGGCTTTT-CTTCACGTTT
* *
22147 CCCTATGCAAACATTCAATTAT-AT-TATATTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
253 CCC-AAG-GAACATTCAATTATAATCTAT-TTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
*
22210 CAGTTATGAGATTATAAAACCT
314 CAATTATGAGATTATAAAA-CT
* * * ** *
22232 -TTTAAAACAAGTAGTAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGATTATAAATGGACTTTGCATACCAAT-
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGATTATAAATGGACTTTTTATGCCAATG
* * ** * * *
22295 GAGTGACTTTTTCTTCATGTCTCCCGAAGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATG
66 GA-TG-CTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGAAGACATTCAAATATAATTTGTTTTAACTAAAAATA
* ** ** * *
22360 TAAAAAAATTCAATTTAAAATCGCTTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTT
129 T-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTT
** * * *
22425 TCGAAGGCTTG-GATGACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAATGGCCTTTTCTTTATGTTTC
193 TCGAAGGCTTGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCATG-CAA-GGATGG-CTTTTCTTCACGTTTC
* * * * * *
22489 CCAAAGCGAACATTGAATTACAATCTAATTTAATTAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTGAAAATTA
254 CC-AAG-GAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* *
22554 ATTATTAGATTATAAAGCT
316 ATTATGAGATTATAAAACT
* * * * * * *
22573 ATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTGT-AATCTGACTTTTTTTGCTAAT
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGATTATAAAT-GGACTTTTTATGCCAAT
* * * * *
22637 GGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCATAAGGAAAACATTCAAATATATTTTGTTTTAACTAAAAATA
65 GGAT-GCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGAAGACATTCAAATATAATTTGTTTTAACTAAAAATA
* * * * * *
22702 TTAAACAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGTTTATAAGACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTT
129 -TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTT
* * * * *
22767 TCAAAGACTTGAGTGACTACAAATGGACTTTTCATGTCAAGGAGTGGCTTTTCTTCACATTTTCC
193 TCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATG-CAAGGA-TGGCTTTTCTTCACGTTTCCC
* * * * *
22832 AAGGTAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAAACATTTAACTTAAAATCAAT
256 AAGG-A-ACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
*
22897 TATGAGATTATAAAATT
318 TATGAGATTATAAAACT
* * * * *
22914 ATTTAAGGTGGGTATTAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGATTATAAATGGACTTTTTATGCCAATG
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGATTATAAATGGACTTTTTATGCCAATG
* *
22979 GATAGCTTTTGCTACACGTTTCCT
66 GAT-GCTTTTGCTTCATGTTTCCT
23003 TATGTGGACA
Statistics
Matches: 609, Mismatches: 140, Indels: 45
0.77 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 11 0.02
341 348 0.57
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ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (334 bp):
ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGATTATAAATGGACTTTTTATGCCAATG
GATGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGAAGACATTCAAATATAATTTGTTTTAACTAAAAATATA
AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCG
AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCAAGGATGGCTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGA
ACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACT
Found at i:25910 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 25417--26748 Score: 709
Period size: 170 Copynumber: 7.8 Consensus size: 170
25407 NNNNNNNNNN
* **
25417 AAGGCTTGAGTGACTA-AAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCC-G
1 AAGGCTTGAATGACTACAAAAAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTT-CTTCATGTTTCCCTG
*** * *
25480 AAGTTGACATTCAATTATAATAGAGTTTAAT-CAAAAT-ATAAAAATATTCAA-TATAAAATCAA
65 AAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATACAAAATGA-AAAAA-ATTCAACT-TAAAATCAA
* * *** *
25542 TTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACGACTAATAAGGCTTTC-
127 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * * * * *
25585 AAGGGCATGAATGACTACAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAATGACTTTCTCTTCATG-TTCTCA
1 AA-GGCTTGAATGACTACAAAAAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTT-TCTTCATGTTTCCCT
* * * * * * *
25649 GAAGCAAACATTCAATTAGAATCTTTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTTAACTCAAAATCAA
64 GAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATACAAAATG--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
*
25714 TGT-TGAG-TTCATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAAGCTTTCG
127 T-TATGAGATT-ATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCG
* *** * *
25758 AAAGCTTGAGCAACTA-AAAAAGGACTTTTCGTAGCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCT
1 AAGGCTTGAATGACTACAAAAA-GACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTT-CTTCATGTTTCCCT
* * *
25822 G-GGCAAACATTCAATTATAGTATATTTTAATACAAAATGCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
64 GAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATACAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
*
25886 ATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
129 ATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCG
* * * *
25928 AAGGCTTGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAAT-GAGTGGCTTTTCTTCACGTTT-TCT-
1 AAGGCTTGAATGACTACAAAAAGACTTTTCTTACCAATGGA-TGGCTTTTCTTCATGTTTCCCTG
* * * * * **
25990 AGAGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTA-AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCGC
65 A-AGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-TACAAAAT-GAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * *
26054 TTATGACATTATAAAACTATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTTG
127 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * * * * * *
26098 AAGGCTTGAATGACTA-TAAATGAACTTTTGTTGCCAATGAATAGCCTTTCCTTAACGTTT-CCT
1 AAGGCTTGAATGACTACAAAAAG-ACTTTTCTTACCAATGGAT-GGCTTTTCTTCATGTTTCCCT
* *** * * * *
26161 AAAATGAACATTCAATTATAATATGTTTTAGCCA-AAAAAAT-AGACAAATTCAA-TTGAAAATC
64 GAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTA---ATACAAAATGAAAAAAATTCAACTT-AAAATC
* *
26223 AATTATTAGATTATAAAGCTATTTACAATGT-A-TAATAAGGCTTTCG
125 AATTATGAGATTATAAAACTATTTA-AA-GTAAGTAATAAGGCTTTCG
* * * ** * * * **
26269 AACGCTTGAGTGACTATAATCAGACTTTTCTTGCTAATAGATGGCTTTTCCTTCATGTTT-TATG
1 AAGGCTTGAATGACTACAAAAAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTT-CTTCATGTTTCCCTG
********* * * * * * *
26333 -AGNNNNNNNNNNAAATATAATTTGTTTTAA-CCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTTAAATCAA
65 AAG-CAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAC-AAAAT-GAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * * * *
26396 TTATGAGTTTATCAGACCATTTAAAATGAGCAATAAGACTTTCA
127 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCG
* ** * * * * *
26440 AAGGCCT-AAGTGACTACAAATGGACTTTTTTTAGCAATGGATAGCCTTTGCTTC-TCGTTT-CT
1 AAGGCTTGAA-TGACTACAAAAAGACTTTTCTTACCAATGGAT-GGCTTTTCTTCAT-GTTTCCC
* * * * *******
26502 TAAAGCAGACATTTCAATTATAATATATTTTGATAAAAAAT-ATTAAAAAATTCAACTNNNNNNN
63 TGAAGCAAACA-TTCAATTATAATATATTTTAATACAAAATGA--AAAAAATTCAACTTAAAATC
*** * *** * * *
26566 NNNTATAAGATTATAAAACTATTTAAAACGACTAATAAGGCTTCCA
125 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * * ** * * *
26612 AAGGCTTG-GTGATTA-TAAATGAACTTTT-TCTGCCAATTAATGACTTTTTCTTCACGTTT-CT
1 AAGGCTTGAATGACTACAAAAAG-ACTTTTCT-TACCAATGGATGGC-TTTTCTTCATGTTTCCC
* * * *
26673 TGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAACAATT-AACTTAAAATCA
63 TGAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATACAAAATG-AAAAA-AATTCAACTTAAAATCA
26737 ATTATGAGATTA
126 ATTATGAGATTA
26749 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 876, Mismatches: 227, Indels: 120
0.72 0.19 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.01
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171 287 0.33
172 199 0.23
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174 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AAGGCTTGAATGACTACAAAAAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTCTTCATGTTTCCCTGA
AGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATACAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCG
Found at i:26261 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 25417--26748 Score: 678
Period size: 171 Copynumber: 7.8 Consensus size: 169
25407 NNNNNNNNNN
* * * * * * * **
25417 AAGGCTTGAGTGACTA-AAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCGA
1 AAGGCTTGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAT-GCCTTTCCTTAACGTTTCCTAA
** * * * * *
25481 AGTTGACATTCAATTATAATA-GAGTTTAATC-AAAATATAAAAATATTCAA-TATAAAATCAAT
65 AGCAGACATTCAAATATAATATG-TTTTAACCAAAAAAATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAAT
* * *
25543 TATAAGATTATAAAACCATTTAAAACG-ACTAATAAGGCTTTC-
128 TATGAGATTATAAAACTATTT-AAA-GTAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * * * *
25585 AAGGGCATGAATGACTACAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAATGACTTTCTCTTCATG-TT-CTC
1 AA-GGCTTGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTC-CTTAACGTTTCCT-
* * * * * * * *
25648 AGAAGCAAACATTCAATTAGAATCTTTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAAATTTAACTCAAAATC
63 A-AAGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAAA-AT-AAAAAAATTCAACTTAAAATC
*
25712 AATGT-TGAG-TTCATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAAGCTTTCG
125 AAT-TATGAGATT-ATAAAACTATTTAAAGT-AGTAATAAGGCTTTCG
* *** * * * * * * * *
25758 AAAGCTTGAGCAACTA-AAAAAGGACTTTTCGTAGCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCT
1 AAGGCTTGAATGACTATAAATA-GACTTTTCTTACCAATGAAT-GCCTTTCCTTAACGTTT-CCT
** * * * * * * *
25822 -GGGCAAACATTCAATTATAGTATATTTTAA--TACAAAATGCAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
63 AAAGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAAAAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
25884 TTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
127 TTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGT-AGTAATAAGGCTTTCG
* * * * * *
25928 AAGGCTTGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAGTGGCTTTTCTTCACGTTTTCTAGA
1 AAGGCTTGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTCCTTAACGTTTCCTAAA
* * * **
25993 GCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCGCTTAT
66 GCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * *
26058 GACATTATAAAACTATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTTG
131 GAGATTATAAAACTATTTAAAG-TAGTAATAAGGCTTTCG
* *
26098 AAGGCTTGAATGACTATAAAT-GAACTTTTGTTGCCAATGAATAGCCTTTCCTTAACGTTTCCTA
1 AAGGCTTGAATGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGAAT-GCCTTTCCTTAACGTTTCCTA
* * * *
26162 AA--ATGAACATTCAATTATAATATGTTTTAGCCAAAAAAATAGACAAATTCAA-TTGAAAATCA
64 AAGCA-G-ACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAAAATAAAAAAATTCAACTT-AAAATCA
* *
26224 ATTATTAGATTATAAAGCTATTTACAATGTA-TAATAAGGCTTTCG
126 ATTATGAGATTATAAAACTATTTA-AA-GTAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * * * *
26269 AACGCTTGAGTGACTAT-AATCAGACTTTTCTTGCTAAT-AGATGGCTTTTCCTTCATGTTT--T
1 AAGGCTTGAATGACTATAAAT-AGACTTTTCTTACCAATGA-AT-GCCTTTCCTTAACGTTTCCT
* ********* * * *
26330 ATGAGNNNNNNNNNNAAATATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTTAAATCA
63 A-AAG-CAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * * * * *
26395 ATTATGAGTTTATCAGACCATTTAAAATGAGCAATAAGACTTTCA
126 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGT-AGTAATAAGGCTTTCG
* * * * * * * ** *
26440 AAGGCCT-AAGTGACTACAAATGGACTTTTTTTAGCAATGGATAGCCTTTGCTTCTCGTTTCTTA
1 AAGGCTTGAA-TGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAT-GCCTTTCCTTAACGTTTCCTA
* * * * * *********
26504 AAGCAGACATTTCAATTATAATATATTTTGA-TAAAAAATATTAAAAAATTCAACTNNNNNNNNN
64 AAGCAGACA-TTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * *
26568 NTATAAGATTATAAAACTATTTAAAACG-ACTAATAAGGCTTCCA
127 TTATGAGATTATAAAACTATTT-AAA-GTAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * * * * *
26612 AAGGCTTG-GTGATTATAAAT-GAACTTTT-TCTGCCAATTAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTT
1 AAGGCTTGAATGACTATAAATAG-ACTTTTCT-TACCAATGAATG-CCTTTCCTTAACGTTTCCT
* * * * * * *
26674 GAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAACAATT-AACTTAAAATCA
63 AAAGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAAA-ATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCA
26737 ATTATGAGATTA
126 ATTATGAGATTA
26749 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 881, Mismatches: 223, Indels: 118
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.01
169 64 0.07
170 291 0.33
171 328 0.37
172 175 0.20
173 16 0.02
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
AAGGCTTGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTCCTTAACGTTTCCTAAA
GCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACTATTTAAAGTAGTAATAAGGCTTTCG
Found at i:26261 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 25486--26329 Score: 847
Period size: 341 Copynumber: 2.5 Consensus size: 338
25476 CCCGAAGTTG
* * *
25486 ACATTCAATTATAATAGAGTTTAATCAAAATAT-AAAAATATTCAATATAAAATCAATTATAAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAAT-AAAAAATGAAAAA-ATTCAAT-TAAAATCAATTATAAGA
* * *
25550 TTATAAAACCATTTAAAACG-ACTAATAAGGCTTTC-AAGGGCATGAATGACTACAAATAGACTT
63 TTATAAAACTATTT-AAA-GTACTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAATGACTATAAATAGACTT
* * * * * *
25613 TTTTTGCCAATGAATGACTTTCTCTTCATGTTCTCAGAAGCAAACATTCAATTAGAATCTTTTTT
125 TTCTTGCCAATGAGTGGCTTT-TCTTCATGTTTTCAGAAGCAAACATTCAAATAGAATCTGTTTT
* * * *
25678 AACAAAAAATGTAAAAAAAATTTAACTCAAAATCAATGTTGAGTTCATAAAACTATTTAAAGTAA
189 AACAAAAAATATAAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATGTTGAATTCATAAAACTATTTAAAGAAA
* * * * * *
25743 GTAATAAAGCTTTCGAAAGCTTGAGCAACTAAAAAAGGACTTTTCGTAGCAATGGATGGCTTTTG
254 GTAATAAAGCTTTCGAAAGCTTGAACAACTAAAAAAGAACTTTTCGTAGCAATGAATAGCCTTTC
* * ***
25808 CTTCATGTTTCCCTGGGCAA
319 CTTAACGTTTCCCTGAAAAA
* * *
25828 ACATTCAATTATAGTATATTTTAATACAAAATGCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATG-AAAAAATTCAA-TTAAAATCAATTATAAGAT
*
25893 TATAAAACCT-TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAATGACTATAAATAGACTTTT
64 TATAAAA-CTATTTAAAGT-ACTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAATGACTATAAATAGACTTTT
* * * *
25957 CTTACCAATGAGTGGCTTTTCTTCACGTTTTCTAG-AGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAA
127 CTTGCCAATGAGTGGCTTTTCTTCATGTTTTC-AGAAGCAAACATTCAAATAGAATCTGTTTTAA
* * **
26021 CTAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCGCT-TATGACATT-ATAAAACTATTTAAAGAAA
191 CAAAAAATATAAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATGT-TGA-ATTCATAAAACTATTTAAAGAAA
* * * ** * * *
26083 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAATGACTATAAATGAACTTTT-GTTGCCAATGAATAGCCTTT
254 GTAATAAAGCTTTCGAAAGCTTGAACAACTAAAAAAGAACTTTTCGTAG-CAATGAATAGCCTTT
26147 CCTTAACGTTT-CCT-AAAATGA
318 CCTTAACGTTTCCCTGAAAA--A
* * *
26168 ACATTCAATTATAATATGTTTTAGCCA-AAAAAAT-AGACAAATTCAATTGAAAATCAATTATTA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTA---ATAAAAAATGA-AAAAATTCAATT-AAAATCAATTATAA
* * *
26231 GATTATAAAGCTATTTACAATGTA-TAATAAGGCTTTCGAACGCTTGAGTGACTAT-AATCAGAC
61 GATTATAAAACTATTTA-AA-GTACTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAATGACTATAAAT-AGAC
*
26294 TTTTCTTGCTAAT-AGATGGCTTTTCCTTCATGTTTT
123 TTTTCTTGCCAATGAG-TGGCTTTT-CTTCATGTTTT
26330 ATGAGNNNNN
Statistics
Matches: 420, Mismatches: 58, Indels: 48
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 7 0.02
340 129 0.31
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ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (338 bp):
ACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGAAAAAATTCAATTAAAATCAATTATAAGATTA
TAAAACTATTTAAAGTACTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTG
CCAATGAGTGGCTTTTCTTCATGTTTTCAGAAGCAAACATTCAAATAGAATCTGTTTTAACAAAA
AATATAAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATGTTGAATTCATAAAACTATTTAAAGAAAGTAATAA
AGCTTTCGAAAGCTTGAACAACTAAAAAAGAACTTTTCGTAGCAATGAATAGCCTTTCCTTAACG
TTTCCCTGAAAAA
Found at i:28697 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 28407--30710 Score: 1900
Period size: 171 Copynumber: 13.5 Consensus size: 170
28397 NNNNNNNNNN
* * * * ***
28407 AGGCTTGGGTGACTCTAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTTTC
1 AGGCTTGAGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAA
* * * *
28471 GTCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAATAAATTCAACTTAAAATCAATTA
65 GT-AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* *
28536 TGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGA
129 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * *
28578 AGGCTTGAGTGACTATAAACAGGCTATTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAA
1 AGGCTTGAGTGACTATAAA-TGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAA
*
28643 GTAGACATTCAATTATAA-CATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAGTT-AACTTAAAATCAATT
65 GTAGACATTCAATTATAATC-TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATT
* *
28706 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTGATAAGGCTTTTGA
128 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * ** * *
28749 AGCCATG-GATGTCTATAAATGGACTTTT-TT-CATACATGAATGGCTTTTTATTTATGTTT-TT
1 AGGCTTGAG-TGACTATAAATGG-CTTTTCTTGC-CA-ATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT
* * * * * * * * *
28810 CGAGGCAAACATTCAATTATAAGCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAATAATTTAACTTAAAATCAA
62 -AAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * **
28875 TTATGAGTTTATAAAACTACTGAAAGCAAGTAATAAGGCATTCAA
126 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
** * * ** * * * * * * *
28920 AGGAATAAGTGACTGTAAATACACTTTTCTTACTAATGAATAGTTTTTTCTTCATGTTTCCCAAG
1 AGGCTTGAGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAA
* * * * *
28985 GTAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTTGAAAA-AAATTA
65 GTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTA
* * * * **
29049 TGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGACATTCAA
129 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * ** * * * *
29091 AGGCTTGAGTGACAACAAATAAACTTTTCTTACCAATGGATGGCCTTTGCTTCATGTTTCCTGAA
1 AGGCTTGAGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAA
* * * *
29156 GTAAATATTCAATTATAATATATTTTAA-TAGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
65 GTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCA-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* *
29220 TAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTGA
129 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * *
29262 AGGATT-AGGTTACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAAGGCTTTCT-CTTCACGTTT-CTC
1 AGGCTTGA-GTGACTATAAATGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT-TGCTTCATGTTTCCT-
** * * * *
29324 ATGGCAGACATTCAATTATAATCTCTTTTAAGCAAAAATGTAAAAAAATTTAA-TCTAAAATCAA
62 AAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAA
* * *
29388 TTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGA
126 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * *** * * *
29433 AGGCTTAACTGACTATAAACAAACTTTTCATGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAA
1 AGGCTTGAGTGACTATAAA-TGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAA
* * * * * *
29498 GCAGACATTCAATTATAA-CATATTTTAACTAAAAATGTTAAAATATTTAACTTAAAATCAATCA
65 GTAGACATTCAATTATAATC-TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * **
29562 TGAGATTATAAAATCATTTAAGGCAAGCAATGAA-GCTTTCAA
129 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGA
* * * * *
29604 AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGTTTTTTGC-TCATGTTTTC-AA
1 AGGCTTGAGTGACTATAAATGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGG-CTTTTGCTTCATGTTTCCTAA
* * * * *
29667 AGGCA-AGCATTTAATTATAAGT-TGTTTTAACCAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAA
64 A-GTAGA-CATTCAATTATAA-TCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* *
29730 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTTGA
126 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
** * * * * * ** *
29775 AGGAATGGGTGAATATAAATGGGCTTTTCATGTCAATGAATAGCTTTTTTTTCACGTTT-CTCAA
1 AGGCTTGAGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AA
* * * * *
29839 GGTAGATATTCAATTATAATCTATTTTAGCCAAAAATGCAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTA
64 AGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* *
29904 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGA
129 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * ** * ** * * *
29946 GGGCATGGGTAACTATAAATAGATTTTTCTTACTGATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTCTTAGA
1 AGGCTTGAGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAA
* * * * *
30010 GTCAAACATTCAATTATAAGCT-GTTTATCCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAAT-AGATT
65 GT-AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA-ATT
* * **
30073 ATGAGTTTATAAAACCACTTAAAGCTG-GTAATAAGGCTTTCAA
128 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTTGA
** * * * * * * * *
30116 AGGAATGGGTGACTATAACTGCACTTATT-TTTCCGATAAATGG-TTTTCTCTTCATGTTTCC-C
1 AGGCTTGAGTGACTATAAATG-GCTT-TTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-GCTTCATGTTTCCTA
* * * * *
30178 AAGATAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAACAAATTTAACTTAAAATAAAT
63 AAG-TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
** * * **
30243 TATGAGATTATAAAATAATTTAAAACGAATAATAAGGCTTTCAA
127 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* ** * * * *
30287 AGGCTTGAGTGACTACAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCCTTGGCTTCATGTTT-CTCGA
1 AGGCTTGAGTGACTATAAATGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AA
* * * * * * * *
30351 AGCATACACTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAATGTAAAAAATTTTAATTTAAAATCAATTA
64 AGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
30415 TAAGATTCTAAAACCATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTTGA
129 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * *
30457 AGACTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTCT-CTTCACGTTT-CTCA
1 AGGCTTGAGTGACTATAAATGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT-TGCTTCATGTTTCCT-A
** * * ** * * *
30520 CTGTCGTCATTCAATTGCAATCT-TTTTAAACCAAAAATGTAAAAACATTGAACTTAACATCAAT
63 AAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTT-AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * *
30584 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAATAATAAGGCTTTTAA
127 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * * * * *
30628 AGGCTTGAGTGTCTATAAACTGGCGTTTCTTGCTAATGGATGGTTTTTGCTTTATATTTCCTGAA
1 AGGCTTGAGTGACTATAAA-TGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAA
* *
30693 GCAGACGTTCAATTATAA
65 GTAGACATTCAATTATAA
30711 CATATTATAA
Statistics
Matches: 1713, Mismatches: 352, Indels: 136
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 11 0.01
170 297 0.17
171 1358 0.79
172 46 0.03
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AGGCTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAG
TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
Found at i:29402 original size:513 final size:509
Alignment explanation
Indices: 28415--30716 Score: 2176
Period size: 513 Copynumber: 4.5 Consensus size: 509
28405 NNAGGCTTGG
* * * ***
28415 GTGACTCTAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTTCGTCAAACAT
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTAAGGTCAAACAT
* * *
28480 TCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAATAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
66 TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTAT
* ** * * * *
28545 AAAATCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAACAGGCTATTCTTG
130 AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
* * *
28610 CCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAA
195 CCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCC-AAAGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAA
*
28675 AAATATAAAAAAAGTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTGATA
259 AAATATAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATA
* * * * *
28739 AGGCTTTTGAAGCCA-TGGATGTCTATAAATGGACTTTT-TT-CATACATGAATGGCTTTTTATT
323 AGGCTTTTGAAG-GATTGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CA-ATGAAAGGCTTTTTCTT
* * * * * * *
28801 TATGTTTTTCGAGGCAAACATTCAATTATAAGCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAATAATTTAACT
384 CACGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTTAACT
* * * * * * * *
28866 TAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACTACTGAAAGCAAGTAATAAGGCATTCAAAGGAATAA
448 TAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAA
* * * * *
28928 GTGACTGTAAATACACTTTTCTTACTAATGAATAGTTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGT-AAACA
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTAAGGTCAAACA
* *
28992 TTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTTGAAAA-AAATTATGAGATT
65 TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTT-AAAATAAATTATGAGATT
* * * * * * *
29056 ATAAAA-CTATTTAAAACGAGTAATAAGACATTCAAAGGCTTGAGTGACAACAAATAAACTTTTC
128 ATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTC
* * * * *
29120 TTACCAATGGATGGCCTTTGCTTCATGTTTCCTGAAGTAAATATTCAATTATAATATATTTTAA-
192 TTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCC-AAAGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAAC
* * * * *
29184 TAGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTA
256 CA-AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTA
* *
29249 ATAAGGCTTTTGAAGGATTAGGTTACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAAGGCTTTCTCTT
320 ATAAGGCTTTTGAAGGATT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAAGGCTTTTTCTT
*
29314 CACGTTTCTC-ATGGCAGACATTCAATTATAATCTCTTTTAAGCAAAAATGTAAAAAAATTTAA-
384 CACGTTTCTCGA-GGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTTAAC
* * *
29377 TCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAA
447 T-TAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAA
* * * * * * *
29441 CTGACTATAAACAAACTTTTCATGT-C-AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAG-CAGA
1 GTGACTATAAATAGACTTTTC-T-TACTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTAAGGTCAAA
* * * * *
29503 CATTCAATTATAA-CATATTTTAACTAAAAATGTTAAAATATTTAACTTAAAATCAATCATGAGA
63 CATTCAATTATAATC-TATTTTAACCAAAAATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGA
* * * * *
29567 TTATAAAATCATTTAAGGCAAGCAATGAA-GCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
126 TTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTT
* * * * * * *
29631 TCTTGCTAATGAATGGTTTTTTGC-TCATGTTTTCAAAGGCAAGCATTTAATTATAAGT-TGTTT
190 TCTTGCCAATGAATGG-CTTTTGCTTCATGTTTCCAAA-GTAAACATTCAATTATAA-TATATTT
* * *
29694 TAACCAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAA
252 TAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGA
* * * * * **
29759 GTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATGGGCTTTTCATGTCAATGAATA-GCTTTT
317 GTAATAAGGCTTTTGAAGG-ATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAA-AGGCTTTT
* * * * * * * *
29823 TTTTCACGTTTCTCAAGGTAGATATTCAATTATAATCTATTTTAGCCAAAAATGCAAAGAAATTC
380 TCTTCACGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTA-ACAAAAATGTAAAAAAATTT
* * * * *
29888 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAGGGCATG
444 AACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATA
*
29953 G
509 A
* * * *
29954 GTAACTATAAATAGATTTTTCTTACTGATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTCTTAGAGTCAAACA
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTAAG-GTCAAACA
* * * * *
30018 TTCAATTATAAGCT-GTTTATCCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATAGATTATGAGTTTA
65 TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTA
* * * * *
30082 TAAAACCACTTAAAGCTG-GTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGGTGACTATAACT-GCACTTATT
129 TAAAATCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAG-ACTT-TT
* * * * * * * *
30145 -TTTCCGATAAATGG-TTTTCTCTTCATGTTTCCCAAGATAGACATTCAAATATAATCTATTTTA
191 CTTGCCAATGAATGGCTTTT-GCTTCATGTTTCCAAAG-TAAACATTCAATTATAATATATTTTA
* * * ** *
30208 ACCAAAAATATAAACAAATTTAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAACGAAT
254 ACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGT
** * * * * * * **
30273 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTACAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCCTTGGCT
319 AATAAGGCTTTTGAAGGATTG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAAGGCTTTTTCT
* * * * * * * *
30338 TCATGTTTCTCGAAGCATACACTCAATTATAATATATTTTAATAAAAATGTAAAAAATTTTAATT
383 TCACGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTTAACT
* * * * * * * *
30403 TAAAATCAATTATAAGATTCTAAAACCATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTTGAAGACTTGA
448 TAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAA
* * * * * * ** **
30465 GTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTCTCTTCACGTTTCTCACTGTC-GTCA
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-AAGGTCAAACA
** * * *
30529 TTCAATTGCAATCT-TTTTAAACCAAAAATGTAAAAACATTGAACTTAACATCAATTATGAGATT
65 TTCAATTATAATCTATTTT-AACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATT
* * * * * * *
30593 ATAAAA-CTATTTAAAGAGAATAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGTCTATAAACT-GGCGTTT
128 ATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAA-TAGACTTTT
* * * * * * * * * *
30656 CTTGCTAATGGATGGTTTTTGCTTTATATTTCCTGAAGCAGACGTTCAATTATAACATATT
191 CTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCC-AAAGTAAACATTCAATTATAATATATT
30717 ATAAAACCAT
Statistics
Matches: 1456, Mismatches: 277, Indels: 113
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 4 0.00
511 146 0.10
512 399 0.27
513 869 0.60
514 36 0.02
515 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (509 bp):
GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTAAGGTCAAACAT
TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATA
AAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
CAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCAAAGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAA
ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGG
CTTTTGAAGGATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAAGGCTTTTTCTTCACGTTT
CTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
ATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAA
Found at i:30828 original size:124 final size:124
Alignment explanation
Indices: 30590--30834 Score: 264
Period size: 124 Copynumber: 2.0 Consensus size: 124
30580 CAATTATGAG
* ** * * *
30590 ATTATAAAACTATTTAAAGAGAATAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGTCTATAAACTGGCGTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAATAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGACTATAAACTGACGTT
* * * * *
30655 TCTTGCTAATGGATGGTTTTTGCTTTATATTTCCTGAAGCAGACGTTCAATTATAACAT
66 TCTTGCTAATGGATGGTTTTTGCTTCATATTTCCTAAAGCAAACATTCAAATATAACAT
* * *
30714 ATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAA-TAGACT
1 ATTATAAAACCATTTAAAG-AGAATAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGACTATAAACT-GACG
* * * *
30777 TTTCTTGCTAGT-GAGTGGTTTTTTCTTCATGTTTCC-AAAGGTAAACATTCAAATATAA
64 TTTCTTGCTAATGGA-TGGTTTTTGCTTCATATTTCCTAAA-GCAAACATTCAAATATAA
30835 TTTGTTTTAA
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 18, Indels: 8
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
123 5 0.05
124 93 0.94
125 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (124 bp):
ATTATAAAACCATTTAAAGAGAATAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGACTATAAACTGACGTT
TCTTGCTAATGGATGGTTTTTGCTTCATATTTCCTAAAGCAAACATTCAAATATAACAT
Found at i:32672 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 31610--34248 Score: 2038
Period size: 341 Copynumber: 7.7 Consensus size: 339
31600 NNAAGCTTGA
* * * *
31610 GTGACTATAAATGGACTTTTCATAACAATGGATGG-TTTTTGCTTCACGTTTCCCT-AGGCAGAC
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTT-CTTCACGTTT-CCTGAGGCAGAC
* * * ** * * *
31673 ATTCAATTACAGTATATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAA--TAAAATCAATTATCACA-T
64 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * **
31735 ATAAAATCATTTAAAGCGAA-TAATAA-GATTATTGAAGAGATAG-GCAACTATAAATAGACTTT
129 ATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTT-TCGAAG-GCTTGAGTGACTATAAATAGAC-TT
** * * ** * * * * *
31797 TCTTATCAAT-GAGTAGCTTTTATTTCA-TGTTT-CTCGAGGCAAACATTCAATTATACTAT-GT
190 T-TTGCCAATGGA-TGGTTTTTCCTTCACT-TTTCCT-AAAGCAGACATTCAATTATAATATATT
* * ** * * * **
31858 TTAATCTAAAAATGTAAGAAAATTTTA-TTTAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAAT
251 TTAA--TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
31922 GAGTAA-AAGGCTTTCGAAGGCTTGA
314 AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGG
* * * * * * * * * *
31947 GTGACTATAAA-ATGACTTTTCGTGCTAATGGATGACTTTTGCTTTATGTTTTCCT-AGGTAAAC
1 GTGACTATAAATA-GACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACG-TTTCCTGAGGCAGAC
* * * * * *
32010 ATTCAATTATAGTATATTTTAA-TATAAAATACAAAAACATTAAACTTAAAATCAATTATGAGAT
64 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCA-AAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * ** * * *
32074 GATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTCCGAAGGAATGAATGACTACAAATAAACTTTTT
128 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGAC-TTTT
* ** * * * * * * * * * *
32139 TGGCCAGTAAATGGTTTTTTCTTCATGTTTTCC-AAGGTAAATATTCAAATATAATCTGTTTAAA
192 T-GCCAATGGATGGTTTTTCCTTCA-CTTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA
* * * ** * *
32203 CCAAAAAGATAAAAAAGTTTGACTTAAAATCAATTATGCA-ATTATAAAACCATTTAAAACGAGT
255 -TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGT
*
32267 AATAAGGCTTTAGAA-GCAATGG
318 AATAAGGCTTTTGAAGGC-ATGG
* * * * * ** * *
32289 GTGACTATAAATTA-AC-TTTCTTTACGAATGAATAGTTTTTTCTCCATGTTTCCCAAGGTAAAC
1 GTGACTATAAA-TAGACTTTTC-TTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAGAC
* * * *
32352 ATTCAAATATAATCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
64 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
** * * * * *
32417 ATAAAATGATTTAAAGCTAGTAGTGAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTCTTA
129 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTT-TT-
** * *
32482 TGCCAATGGATTATTTTTCCTTCACATTTTCCT-AGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAAT
192 TGCCAATGGATGGTTTTTCCTTCAC-TTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAT
** * * * * *
32546 AAAAATACCAAAATATTCAACTCAAAATCAACTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAATAAT
256 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
32611 AAGGCTTTTGAAGGCATGG
321 AAGGCTTTTGAAGGCATGG
* * * *
32630 GTGACTATAAGTAGACTTTTCTTACCCATGAGTGGCTTTTTCTTTACGTTTCCTGAGGCAGACAT
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAGACAT
* * * *
32695 TCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGCAAACAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
66 TCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
32760 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGTGTGACTATAAATAGACTTTTTGCA
131 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTTGC-
* * * * * * * * ** * *
32825 CTGATGAATGGCTTCTACTTCA-TGTTT-TTGAAAGCAAATATTCAATTATAAGCTGTTCTAACT
195 C-AATGGATGGTTTTTCCTTCACT-TTTCCT-AAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-T
* * * * *
32888 AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTCAAAGAAAATAAT
256 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* * *
32953 ATGGCTTTCGAAAGC-TCGG
321 AAGGCTTTTGAAGGCAT-GG
* * * * ** *
32972 GTGACTATAAATATACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTGT-CTCGAGATAGAGA
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCT-GAGGCAGACA
* ** * *
33036 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAATTTGAAAAAAAAATTCAA-TTGAGAATCAATTAT-AGGA
65 TTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATG-CAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGA-GA
* * * *
33099 TTATAAAATCAGTTAAAGCGAGTAATACGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTT
127 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGAC-TTT
* * * ** * *
33164 CTTGTCAATGGATGG-CTTTCACTTCACGTTTCCTAAAGCAGGTATTCAATTATAAAATAGTTTA
191 -TTGCCAATGGATGGTTTTTC-CTTCACTTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATA-TTTT
* * * *
33228 AATAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAGATCAATTATGAGATTCTCAAACCATTTAAAG-AGAG
253 AATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AG
*
33292 TAATAAGGCTTTTAAAGGCATGG
317 TAATAAGGCTTTTGAAGGCATGG
* * * * * * *
33315 GTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCATGAGGCAGATAT
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAGACAT
* * * * * *
33380 TCAAATACAATCTATTTTAACCAAAAGTAG-AAAAATAATTCAACTT-AAATCAATTATGATATT
66 TCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAAT-GCAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
33443 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG-GATGACT-GAAATGGATTTTTT
129 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG-TGACTATAAATAGA--CTTT
** * * * * * *
33506 TTGCCAAT-GACTGGCTTTTT-CTAT-ACGGTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTATATGTTGT
191 TTGCCAATGGA-TGG-TTTTTCCT-TCACTTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTT
* * * * ***
33568 AACTAAAAATGT-AAAAAATTCAGCTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAG
253 AA-TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAG
* **
33632 TAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAA
317 TAATAAGGCTTTTGAAGGCATGG
* * * * * *
33655 GTGACTATAAA-AGGACTTTT-TGTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGAT
1 GTGACTATAAATA-GACTTTTCT-TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAGAC
** ** ** * * *
33718 ATTCAATTGCAATATACTTTAATGAAAACTGCAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTT
64 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
33783 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTCGT
129 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTT-TT
* * * **
33848 GCCAATGGATAGTTTTTGCTTCA-TGTTTCCCT-AGGCAGACATTCAAGCATAATATATTTTAAT
193 GCCAATGGATGGTTTTTCCTTCACT-TTT-CCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAT
* **
33911 GAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
256 -AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
* *
33976 TAAGGCTTTTAAAGGTATGG
320 TAAGGCTTTTGAAGGCATGG
* * * *
33996 CTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAGA-GGCTTTTTCTTTACGTTTCCTGAGGCAAACA
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAGACA
* * ** *
34060 TTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCAAAAATCAATTATGAGACTA
65 TTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * * *
34125 -CAAACATATTTAAAACAAGTAATAGGGCTTTCGAAGACTTAAGTGTCTATAAACAGACGTTTCT
130 TAAAAC-CATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGAC-TTT-T
* ** * * *
34189 TGCCAATGGATGGCTTTTGGTTCACATTTCCTGAAGTAGACATTCAATTATAATATATTT
192 TGCCAATGGATGGTTTTTCCTTCACTTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTT
34249 ATGGTTTAGG
Statistics
Matches: 1847, Mismatches: 368, Indels: 169
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
336 1 0.00
337 78 0.04
338 7 0.00
339 48 0.03
340 353 0.19
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342 476 0.26
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345 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (339 bp):
GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAGACAT
TCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTTGCC
AATGGATGGTTTTTCCTTCACTTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAA
TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC
TTTTGAAGGCATGG
Found at i:34221 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 30714--34244 Score: 2223
Period size: 171 Copynumber: 20.7 Consensus size: 171
30704 ATTATAACAT
* ** *
30714 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATAGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTT
* * * * ** * * * *
30779 TCTTGCTAGT-GAGTGGTTTTTTCTTCATGTTTCCAAAGGTAAACATTCAAATATAATTTGTTTT
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* * * * *
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* * *** * * ** * *
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* * ** * * ******
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**** * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * **********
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* * * * * *
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1 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTT
* * * * * * * *
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* * ******
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130 AACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
**** * * * * **
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1 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTT
* * * * * * * * * *
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*
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******************************* *
31564 ATTATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA-GCTTGAGTGACTATAAATGGACTT
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* ** * * *
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* *
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** * * * *
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* ** * *
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* ***
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* * * * * * * * * *
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** * *
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* * * ** * * *
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* ** * * * * * * * *
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* * * **
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* * * * *
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* * * * * * * ** * * * *
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* *
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*** * * *
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* * * * * *
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* * *
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* ** * * ** *
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* * *
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**
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** ** *
33950 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG-TATG-GCTGACTATAAATGGACT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGAG-TGACTATAAATAGACT
* * *
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**
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* * * * *** *
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** *
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* * *
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128 GGCATGGGTG-ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-C
* * * * * * * * * **
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1 TTTTTCTTCATGTTTCT-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-A-AAAATGTAAAA
* * *
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63 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTC-AG
** * * * *
37004 AGATATGGGTGACTCTAAATAGACTTTTCTTTCCAATGAATGGC
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* * * * * * * *
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1 TTTTTCTTCATG-TTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAA
* * * * *
37113 AATTCAACTTAAAAGT-GATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGCAAG-CATTAAGACTTTC-G
64 AATTCAACTTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTCAG
* * *
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127 -AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAC
* * * * * * * *
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1 T-TTTTCTTCATGTTT-CTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* * ** * * *
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** * * * * **
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* * * * * *
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* ** *
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* * * * * *
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* * * * * * * * ** *
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1 TTTTTCTTCATGTTTC-TAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAA
* * * * * *
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** * * *
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* * * * **
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1 TTTTTCTTCATGTTTCT-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT-GTAAAAA
* * * * *
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* * *** * *
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* * * * * * *
37903 TTTTTTTTTTACAT-TTCCAAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTATTTGAA-TCAAAAATGTAAA
1 --TTTTTCTT-CATGTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAA
* * * * *
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62 AAAATTCAACTTAAAATCA-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCA
* * * **
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126 G-AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAC
* ** * * * * * *
38073 TTTTTCTTCATGTTTCCTTAGAAAAACTTTCATTTAAAATCTGTTTAAACCAAAAAATGTAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTT-CTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAA
* * * * * * *
38138 CATTTAACATAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGAAATAATGGTTTC-GTA
64 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAG-A
* ** * * * * *
38202 GGCTTAAGTGACTACAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGC
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* * ** * *
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1 TTTTTCTTCATGTTT-CTAAG-GCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAA
* * ********** * *
38307 AAATTTAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACNNNNNNNNNNGAGTAATAAGGCTTT-TGA
63 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAG-
* * * * **
38371 AGGCTTGAGTGACTATAAATCGACTTTTCTTACCAATGAATGGT
127 AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAC
* * *
38415 TTTTTTTTCATGTTTCTTA---AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TCAAAAGTGTAAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGT-AAAAA
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64 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
38521 NNNNNNNNNN
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Found at i:34949 original size:341 final size:340
Alignment explanation
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* * * *
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* *
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* ** * *
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* * * * *
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* * ** * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * * * * * *
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* *
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* *
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* *
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* * * * * ** **
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* * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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*
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* * * * *
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* * * * ** * * * * *
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* * * * ** * **
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* * * * ********* *
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* * * * ** ** * ** *
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** *
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* * * * * * * * *
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* * ** * *
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* * * * * *
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* * *
36212 GGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTTAACTAAAAGTGCAAAGAAATTCAACTTAAAA-CAATT
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** * * *
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* *
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* * * *
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1 TTTTTCTTCATGTTTCCTGAGACAGACATTCAATTATAA-TCTGTTTTAACCAAAAAATGTAAAA
* * * * * **********
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* * * ** * * *
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129 AGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATTACTTTTTCTTCATGTTTCTTA-A
* * * * * *
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* ** * * * *
36621 GAGATTATAAAACCATTTAAA-ATGAGTAATAATGCTTTCAAAGTCTTGAGTGACTACAAAAGGA
256 GAGATTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGA
* * *
36685 CTTTTCAT-ACTAATGATTGGC
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*** * * * * *
36706 TTTTTCTTCATGTTTCGAAAGGCAAACATTTAATTATAAACTGTTTTAA-TAAAAAATGT-AAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCCTGAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAATGTAAAAA
* * * * * * **
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** * * * * *
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130 GACATGGGTG-ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATTA-CTTTTTCTTCATGTTTCT-TA
* * * * * * * ** * *
36896 GGAAGACATTCAATCATAATATATCTTAATGAGGAGTTGTAAAAAAATTTAGCTTAAAATCAATT
192 AGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-A-AAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * *
36961 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCT-AA-GATATGGGTGACTCTAAAT
254 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT-TGAAGGCT-TGGGTGACTATAAAT
*
37024 AGACTTTTCTT-TCCAATGAATGGC
317 GGACTTTTCTTGT-CAATGAATGGC
* * ** * * * * * * *
37048 TTTTTCTTTATGATTCCCAAGGCAGACAGTAAATTATAATATGTTTTAACTAAAAAATATAAAAT
1 TTTTTCTTCATGTTTCCTGAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAATGTAAAAA
* * * * * * *
37113 AATTCAACTTAAAAGT-GATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGCAAGCATTAAGACTTTCGAA
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* * * **
37177 AGA-ATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-TATTTTCTTCATGTTTCCCAA
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* * * * *
37240 GACAAACAATCAAATATAATCTATTTTAATTAAAAATTTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTA
193 G-CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * * *
37305 TAAGATTATAAAACCATTTAAAGTA-AGTAATAAGGCTTCTGAAGACTT-CGCGAGTTATAAGTG
255 TGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGA-CTATAAATG
* * *
37368 GACTTTTATTATCAATGAATGAC
318 GACTTTTCTTGTCAATGAATGGC
* * * * * *
37391 TTTTTCTTCATGATT-CTCAAAGCAAACATTCAATTATAAAT-GGTTTTAACC-AAAAATAT-AA
1 TTTTTCTTCATGTTTCCTGAGA-CAGACATTCAATTAT-AATCTGTTTTAACCAAAAAATGTAAA
* *
37452 AAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTTGA
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* * * * * ** * *
37517 AGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TGTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCTTAA
129 AGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGGATTACTTTTTCTTCATGTTTCTTAA
* * * * * * ** * *
37581 GGTAAATATTCAATTATAATATATTTTAGTGAAAAATACAAAACAATTCTACCTAAAATCAATTA
193 -GCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * * **
37646 TGAGATCATAAAACTATTTATAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGAATGACTATAAATGGA
255 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGA
* * * *
37711 CTTTT-GTCTCTAATGGATAGC
320 CTTTTCTTGTC-AATGAATGGC
* * * * * * * **
37732 TTTTTCTTTACGTTT-CTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTGAA-CTAAAAATACAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCCT-GAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAT-GTAAA
*
37795 AAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-A
64 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * *** * * * * * ** **
37858 AAAGTATGGGTGACTACAAAAAAACTTTTCTTACAAAT-GAATAGCTTTTTTTTTTACATTTCCA
129 AGA-CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATTA-C-TTTTTCTTCATGTTTCTT
* * * *
37922 AAGGCAAACATTCAATTATAGTCTATTTGAATCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAAT-AGA
191 AA-GCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCA-A
* * * ** *
37986 ATATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAGGTGACTATAAA
252 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAA
* * *
38050 TGAAC--TTCTTGCCAATGAATGGT
316 TGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGC
* * * * * * *
38073 TTTTTCTTCATGTTTCCTTAGAAAAACTTTCATTTAAAATCTGTTTAAACCAAAAAATGTAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCCTGAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAATGTAAAAA
* * * * * * *
38138 CATTTAACATAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGAAATAATGG-TTTCGTA
66 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTTGAA
* * ** * * * ** * * * *
38202 GGCTTAAGTGACTACAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAGTG
130 GACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATTACTTTTTCTTCATGTTTCTTA-AG
** * * * *
38267 CAGACAGCCAATTATAATATGTTTTAATGAAAAATGTTAAAAATTTAACTTAAAATCAGTTATGA
194 CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
********** * *
38332 GATTATAAAACNNNNNNNNNNGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATCGACTT
258 GATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTT
** *
38397 TTCTTACCAATGAATGGT
323 TTCTTGTCAATGAATGGC
* * * *
38415 TTTTTTTTCATGTTT-CT--TA-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAGTGTAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCCTGAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAATGT-AAAA
38475 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
65 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
38521 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3010, Mismatches: 710, Indels: 280
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Matches are distributed among these distances:
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AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
ACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATTACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGCA
GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
TTGTCAATGAATGGC
Found at i:35316 original size:512 final size:507
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* * * *
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* * *
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* ** ** * * *
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* * ** * **
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* * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * *
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* *
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1 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
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* * * * * * * *
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*
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* * * * * *
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* * * * *
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322 CTTCACGTTTCTTAAGG-CAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAATTCA
* * *
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* * * * *
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* * * * ** *
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1 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAAT-GTAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTAT
* * * *
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* ** * * * * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * ** * * * * * ****
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* * * * ** *
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447 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATG-TTTCTTAAGC
* * * * ********* *
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1 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAA-ATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * ** ** ** *
35946 GATTCTGAAACTATTTAAA-ATAAGTAATAACACTTTCAAAGGTTTGACTGACTACAAATGGACT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATAA-ACTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * * * * *
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128 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
** * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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** *
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* * * *
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* * ********* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * ***
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* ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * * * *
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* ** * *
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* * * * * * * *
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*** * * * * * * * * *
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* * ** * * *
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* * * **
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* * *
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* *** * * * ** **
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* * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * *
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* * ** * * * *
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* ** * * * *
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* * **********
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* * ** *
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446 TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGC
* * *
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* *
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* * * * * * * ** * * **
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* * *
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* *
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*
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* * ** *
41893 TGAATATCTACC-TCATGAA--ATATGAAGAAAAAGCCATTAATTGGCACGAAAGGTCCATTTAT
63 TGAATATCTACCTTGA-GAACCATAT--AGAAAAAGCCATTAATTGGCAAGAAAAATCCA-TTAC
* *
41955 AGTCA-CTCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTG
124 AGTCATC-CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TACTTTAAATGGTTTG
* * * * * *
42002 ATAATCTCATAATTGATCTTAAGTTAAATTTTTTAATA-TTTTTATTTA-AAATATATTATAATT
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TTACATTTTAGTTACAAA-AGATTATAATT
42065 GAATA
64 GAATA
42070 CTTGCTTTAG
Statistics
Matches: 201, Mismatches: 27, Indels: 23
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.02
170 35 0.17
171 85 0.42
172 69 0.34
173 8 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (170 bp):
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTAGTTACAAAAGATTATAATTGA
ATATCTACCTTGAGAACCATATAGAAAAAGCCATTAATTGGCAAGAAAAATCCATTACAGTCATC
CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTG
Found at i:42806 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 42576--42896 Score: 382
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 170
42566 NNNNNNTTTA
*
42576 TTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTATGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGAC
1 TTTACATTTTCAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTATGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAA-AC
* * * * *
42641 A-CTCATGTGTAAGAA-AAGTCCACTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGAATTATTATTTGCTT
65 ATC-CAT-TGGAAGAAGAAGTCCACTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGAATCATTACTAGCTT
42704 TAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATATT
128 TAAATCGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATATT
* * * ** *
42746 TTTACATTTTCA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTTCCT-AGGGAAATGTGAAAGAAAAAC
1 TTTACATTTTCAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTATGCCTCA-GGAAACATG-AAGAAAAAA
* * * * * **
42809 CATCCATTGGCATAAGAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTCATTACTAGCTTT
64 CATCCATTGGAAGAAGAAGTCCACTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGAATCATTACTAGCTTT
*
42874 AAATCGTTTTATAATCTCATAAT
129 AAATCGGTTTATAATCTCATAAT
42897 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 20, Indels: 10
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.05
169 83 0.66
170 37 0.29
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTTACATTTTCAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTATGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAACA
TCCATTGGAAGAAGAAGTCCACTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGAATCATTACTAGCTTTAA
ATCGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATATT
Found at i:43900 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 43354--44568 Score: 883
Period size: 171 Copynumber: 7.1 Consensus size: 169
43344 CCATTAGCAC
* * * * * * ** *
43354 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGATTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * ** * * *
43419 ATCTCATAATTAATTTTAAATAAAATTTTCTTACATTTTTAGATTAAACAT-AGTATAATTGAAT
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTT-GCTTAAA-ATGACTATAATTGAAT
* * * * * *
43483 GTTTGCCTCGAGAAACATGAA-ATAAAAGCTACTCATTGATAA
128 GTCTACCTCAAGAAACATGAAGA-AAAAGCCATTCATTGGTAA
* ** * * * * ** *
43525 GAAAAGTCTATTTATAGT-TGCCTATCTCTTCAATAATCTTATTATTCGCTTTAAATGATTTTAT
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTTGAA-AGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
43589 AATGTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAAACTGTAATTGAAT
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGC-TTAAAAT-GACTATAATTGAAT
* * * * *
43654 GTCTGCCT-AGGGAAACATGAAGCAAAAA-CCATCCATTGTTAT
128 GTCTACCTCA-AGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGTAA
* *
43696 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTTGAAAACCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * *
43761 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTTATTTTTTTTACCTTTTGCTTAAAACTGACTATAATTGAATGT
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGCTTAAAA-TGACTATAATTGAATGT
* *
43826 CTACCTCAAGAACCGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAA
130 CTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAA
* *
43866 GAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCAAGCTTTTGAAAGGCTTATTACTT-GCTTTAAATGATTTTA
1 GAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTA-TTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
43929 TAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACAATTTTG-TTAGAATATG-TTAGAATTTA
64 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTGCTTA-AA-ATGACTATAATTGA
* ** * * * * *
43992 ATATC-AGTTCTAAGAATACGTGAAGCAAAAGCCATCCGTTGGCAA
126 ATGTCTACCTC-AAGAA-ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAA
* * ** * *
44037 GAGAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG-TCTTCAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCT-TTTGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *
44101 AATCTCATAAGTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTCACATCTATGGTT-AAAT--C-AGTAATTAAAT
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTGCTTAAAATGACTA-TAATTGAAT
* ** ** ** *
44161 GTCTACTTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATCGGTAA
128 GTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAA
* * * ** *
44203 GAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTCGAAAGCCACATTACTT-GCTTTAAATAGTTTTA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCTTTTGAAAGCCTTATTA-TTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
44267 TAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTGTA-TTTTTGGTTAAAACAGA-TTTTATTGA
64 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTT-TACATTTTGCTTAAAA-TGACTATAATTGA
*** *
44330 ATGTCTACCTTTGGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGTAA
126 ATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAA
* ** * *
44374 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTTGAAAGCCTTATTACTCG-TTTCAAATAGTTTTAT
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTATTCGCTTT-AAATGGTTTTAT
* * * * * * * ** * *
44438 AATCTCGTACTTAATTATAAATTAAATTTTTTTATATTTTTAG-TTAAAACAAATTATATTTGAA
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTT-GCTTAAAA-TGACTATAATTGAA
* ** * * * *
44502 TGTTTACC-CTTGGAAACATGAAGAAAAAACCACTCACTGGCAA
127 TGTCTACCTC-AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAA
44545 GAAAAGTCTC-TTTATAGTCACCCA
1 GAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCA
44569 TTCCTTAAAA
Statistics
Matches: 838, Mismatches: 162, Indels: 88
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 42 0.05
167 65 0.08
168 17 0.02
169 30 0.04
170 240 0.29
171 427 0.51
172 16 0.02
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGCTTAAAATGACTATAATTGAATGTC
TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAA
Found at i:43955 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 43318--44611 Score: 1098
Period size: 341 Copynumber: 3.8 Consensus size: 337
43308 NNNNNNNNNN
* * ** * * * *
43318 CTAGGAAAACATAAAGCAAAAGTCATCCATTAGCACGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCT
1 CTAGGGAAACATGAAGCAAAAACCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTT
* * * ** * * *
43383 TCGAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATAAAATTTT
66 TTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTAATTTTT
* * * *
43448 CTTACATTTTTAGATTAAACATAGTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACATGAA-ATAAAAGC
131 TTTAC-TTTTTAG-TTAAAC-TACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGA-AAAAGC
* * * ** * * * *
43512 TACTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGT-TGCCTATCTCTTCAATAATCTTATTA-TTCGCT
192 CACTCATTGGTAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAATCTTTTGAA-AGTCTTATTACTT-GCT
* *
43575 TTAAAT-GATTTTATAATGTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAT
255 TTAAATAG-TTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAAT
43639 AAACTGTAATTGAATGTCTGC
318 AAA-TGTAATTGAATGTCTGC
** *
43660 CTAGGGAAACATGAAGCAAAAACCATCCATTGTTATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTT
1 CTAGGGAAACATGAAGCAAAAACCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTT
* * * *
43725 TTGAAAACCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTATTTTT
66 TTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTAATTTTT
* * * *
43790 TTTACCTTTT-GCTTAAAACTGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAACCGTGAAGAAAAAGCC
131 TTTACTTTTTAG-TT-AAACT-ACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCC
* * *
43854 ATTCATTGGTAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCTTTTGAAAGGCTTATTACTTGCTTTA
193 ACTCATTGGTAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAATCTTTTGAAAGTCTTATTACTTGCTTTA
* * *
43919 AAT-GATTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACAATTTTGTTAGAAT--AT
258 AATAG-TTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAATAAAT
* * * *
43981 GTTAGAATTTAATATCAGTT
322 G-T--AATTGAATGTCTG-C
* * * * *
44001 CTA-AGAATACGTGAAGCAAAAGCCATCCGTTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG-T
1 CTAGGGAA-ACATGAAGCAAAAACCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCT
* * * * *
44064 CTTCAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAGTAATTTTAAGTTGAA--
65 TTTGAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATT-AATT
* * * * * * * **
44127 TTTTTCACATCTATGGTTAAA-T-C-AGTAATTAAATGTCTACTTTGAGAAATGTGAAGAAAAAG
128 TTTTTTAC-TTTTTAGTTAAACTACTA-TAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAG
** * * * * * * **
44189 GTATTCATCGGTAAGAAAGGTCC-ATTTATAGTCACCCATACCTTTCGAAAGCCACATTACTTGC
191 CCACTCATTGGTAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCA-ATCTTTTGAAAGTCTTATTACTTGC
** * ** *
44253 TTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTGTATTTTTGGTTAAAAC
254 TTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAAT
* * * *
44318 AGATTTTATTGAATGTCTAC
318 AAATGTAATTGAATGTCTGC
** * * * **
44338 CTTTGGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATTCT
1 CTAGGGAAACATGAAGCAAAAACCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCT
* * * * *
44402 TTTGAAAGCCTTATTACTCG-TTTCAAATAGTTTTATAATCTCGTACTTAATTATAAATTAAATT
65 TTTGAAAACCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATT-AATT
* * * * *
44466 TTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTGAATGTTTACCCTTG-GAAACATGAAGAAAA
128 TTTTT-TACTTTTTAGTT-AAAC-TACTATAATTGAATGTCTA-CCTCGAGAAACATGAAGAAAA
* * * * * * * ** *
44529 AACCACTCACTGGCAAGAAAAGTCTCTTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGTCTTGTTACTTGC
189 AGCCACTCATTGGTAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAATCTTTTGAAAGTCTTATTACTTGC
44594 TTTAAATAGTTTTATAAT
254 TTTAAATAGTTTTATAAT
44612 ATATTATATT
Statistics
Matches: 762, Mismatches: 155, Indels: 71
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
336 5 0.01
337 152 0.20
338 94 0.12
339 16 0.02
340 42 0.06
341 270 0.35
342 178 0.23
343 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (337 bp):
CTAGGGAAACATGAAGCAAAAACCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTT
TTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTAATTTTT
TTTACTTTTTAGTTAAACTACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCACT
CATTGGTAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAATCTTTTGAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAAT
AGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAATAAATGTAA
TTGAATGTCTGC
Found at i:45244 original size:634 final size:631
Alignment explanation
Indices: 44014--45232 Score: 1422
Period size: 633 Copynumber: 1.9 Consensus size: 631
44004 AGAATACGTG
* * * *
44014 AAGCAAAAGCCATCCGTTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTCAAAAGCCTTCT
1 AAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGACACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * *
44079 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAGTAATTTTAAGTTGAATTTTTCACATCTATGGT
66 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAGTAATGTTAAGTTCAATTTTTCACATCTATGGT
* * * *** * * * * *
44144 TAAATCAGTAATTAAATGTCTACTTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATCGGTAAGAAAGG
131 TAAAACAGTAATTAAATATCGACAGCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATCAGCAAAAAAAG
* *
44209 TCCATTTATAGTCACCCATACCTTTCGAAAGCCACATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCCC
196 TCCATTTATAGTCACCCATACCTTTCGAAAGCCACATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAGAATCCC
** * * *
44274 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTGTATTTTTGGTTAAAACAGATTTTATTGAATGTCTACC
261 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTTAATTGAATGTATACC
* * * ** *
44339 TTTGGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTT
326 TTCGGAAACATGAAGAAAAAACCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTT
* * * *
44404 TGAAAGCCTTATTACTCGTTTCAAATAGTTTTATAATCTCGTACTTAATTATAAATTAAATTTTT
391 TAAAAGCCTTATTACTCGTTTCAAATACTTTTATAATCTCATAATTAATTATAAATTAAATTTTT
*
44469 TTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTGAATGTTTACCCTTGGAAACATGAAGAAAAAACCA
456 TTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTGAATGTCTACCCTTGGAAACATGAAGAAAAAACCA
* * * *
44534 CTCACTGGCAAGAAAAGTCTCTTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGTCTTGTTACTTGCTTTAA
521 CTCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACCTGCTTTAA
44599 ATAGTTTTATAATATATTATATTGAACATTTGCTTCAAGAAATATA
586 ATAGTTTTATAATATATTATATTGAACATTTGCTTCAAGAAATATA
** **
44645 AAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGA-AACG-CTTGTTTATAGACACTCAAGCCTTTGAAAGCCTT
1 AAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAGAA-GTC-CATTTATAGACACTCAAGCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * *
44708 ATTATTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATGTTAAGTTCAATGTTTTTACAT-TTT
64 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAGTAATGTTAAGTTCAAT-TTTTCACATCTAT
* * * * *
44772 GGTTAAAAAAGATGTAATTGAATATCGACAGCGAGAAACGTGATGAGAAA-GTCATTCATTAGCA
128 GGTT--AAAACA-GTAATTAAATATCGACAGCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGT-ATTCATCAGCA
* * ** *
44836 AAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCGA-GCC-TTC-AGAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTT
189 AAAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATACCTTTCGA-AAGCCACATTACTCGCTTTAAATAGTTT
** * *
44898 TAGAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAACTTT-TTTACATTTTT-ATTAAAATATATTATAATT
252 TAGAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTCTTTACATTTTTGATTAAAACAGATT-TAATT
* * ** **
44961 GAGTGTAT-GCTTCGAGAAACATGAAGCCAAGGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
315 GAATGTATACCTTCG-GAAACATGAAGAAAAAACCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * *
45025 CA-CTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTATTCGTTTTAAATTCTTTTATAATCTCATAATTTATTTT
379 CACCT-AAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGTTTCAAATACTTTTATAATCTCATAATTAATTAT
* * *
45089 AAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTA-CCTTGGGAAAC
443 AAATT-AAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTGAATGTCTACCCTT-GGAAAC
* * * * * **
45153 ATGAA-AAGAAAACCATTTATTGGCAAGAAAAGTGC-ATTTATAGTCATCCATTCTTTTGAAAGC
506 ATGAAGAA-AAAACCACTCACTGGCAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGC
45216 CTTATTACCTGCTTTAA
569 CTTATTACCTGCTTTAA
45233 GTGATTTTAT
Statistics
Matches: 486, Mismatches: 85, Indels: 31
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
630 3 0.01
631 100 0.21
632 25 0.05
633 180 0.37
634 175 0.36
635 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (631 bp):
AAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGACACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAGTAATGTTAAGTTCAATTTTTCACATCTATGGT
TAAAACAGTAATTAAATATCGACAGCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATCAGCAAAAAAAG
TCCATTTATAGTCACCCATACCTTTCGAAAGCCACATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAGAATCCC
ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTTAATTGAATGTATACC
TTCGGAAACATGAAGAAAAAACCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTT
TAAAAGCCTTATTACTCGTTTCAAATACTTTTATAATCTCATAATTAATTATAAATTAAATTTTT
TTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTGAATGTCTACCCTTGGAAACATGAAGAAAAAACCA
CTCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACCTGCTTTAA
ATAGTTTTATAATATATTATATTGAACATTTGCTTCAAGAAATATA
Found at i:45403 original size:805 final size:802
Alignment explanation
Indices: 43847--45416 Score: 1793
Period size: 805 Copynumber: 2.0 Consensus size: 802
43837 ACCGTGAAGA
* * * * *
43847 AAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCTTTTGAAAGGCTTATTACT
1 AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGACACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
* * *
43912 TGCTTTAAATGATTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACAATTTTGTTAGA
66 TGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATGTTAAGTTCAATTTTTTAACAATTTTGTTAGA
* * * * *** * * * *
43977 ATATGTTAGAATTTAATATCAGTTCTAAGAATACGTGAAGCAAAAGCCATCCGTTGGCAAGAGAA
131 AAAAGATAGAATTGAATATCACAGCTAAGAATACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAAAAAAA
* * * *
44042 GTCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTCAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
196 GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAGAATCTC
* * * *
44107 ATAAGTAATTTTAAGTTGAATTTTTCACATCTATGGTTAAATCAGTAATTAAATGTCTACTTTGA
261 ATAAGTAATTTTAAGTTGAATTTTTCACATCTATGATTAAATCAATAATTAAATGTATACTTCGA
** * * * * *
44172 GAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATCGGTAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTCGA
326 GAAACATGAAGAAAAAGGCATCCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTCAA
* *
44237 AAGCCACATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTG
391 AAGCCACATTACTTGCTTTAAATACTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTA
* * *
44302 TATTTTTGGTTAAAACAGATTTTATTGAATGTCTACCTTTGGAAACATGAAGAAAAAACCATTCA
456 TATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAACCATTCA
*
44367 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTCAAATAG
521 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTCAAATAG
* * * * * * *
44432 TTTTATAATCTCGTACTTAATTATAAATTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATAT
586 TTTTATAAACTCATAATTAATTATAAATTAAATTCTTTTACATTTTTAGGTAAAACAAATTATAA
** * * *
44497 TTGAATGTTTACCCTTGGAAACATGAAGAAAAAACCACTCACTGGCAAGAAAAGTCTCTTTATAG
651 TTGAATGTTTACCCTAAGAAACATGAAGAAAAAACCACTCACTGACAAGAAAAATCTATTTATAG
* * * * *
44562 TCACCCATTCCTTAAAAAGTCTTGTTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATATATTATATTGAACA
716 TCACCCATCCCTCAAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATATATTATATTGAACA
44627 TTTGCTTCAAGAAATATAAAGC
781 TTTGCTTCAAGAAATATAAAGC
* * * *
44649 AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAACGCTTGTTTATAGACACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA-T
1 AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGACACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
*
44713 TCTCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATGTTAAGTTCAATGTTTTT-AC-ATTTTGGT
66 T-GCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATGTTAAGTTCAAT-TTTTTAACAATTTT-GT
* * * *
44775 TA-AAAAAGAT-GTAATTGAATATCGACAGC-GAGAA-ACGTGATG-AGAAAGTCATTCATTAGC
127 TAGAAAAAGATAG-AATTGAATATC-ACAGCTAAGAATACGTGAAGCA-AAAGCCATCCATTAGC
* * *
44835 AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCGAGCCTTCAGAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTA
189 AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * * * * * * * *
44900 GAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACAT-TTTTATTAAAATATATTATAATTGAG
254 GAATCTCATAAGTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTCACATCTATGATT-AAAT-CA--ATAATTAAA
* ** *
44964 TGTATGCTTCGAGAAACATGAAG-CCAAGGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
314 TGTATACTTCGAGAAACATGAAGAAAAAGG-CATCCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* ** * * * *
45028 TCA-AGCCTTT-AAAAGCCTTATTA-TTCGTTTTAAATTCTTTTATAATCTCATAATTTATTTTA
378 CCATA-CCTTTCAAAAGCCACATTACTT-GCTTTAAATACTTTTATAATCCCATAATTGATTTTA
*
45090 AGTTGAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTGGGAAACAT
441 AGTTGAA-TTTCTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATA-TTGAATGTCTACCTTGGGAAACAT
* *
45155 GAA-AAGAAAACCATTTATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCATCC-ATTCTTTTGAAAGCCT
504 GAAGAA-AAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATTCTTTTGAAAGCCT
* * * *
45218 TATTAC-CTGCTTT-AAGT-GATTTTATAAACTCATAATCT-ATTTTAAGTTGAATTCTTTTACA
567 TATTACTC-G-TTTCAAATAG-TTTTATAAACTCATAAT-TAATTATAAATTAAATTCTTTTACA
** * * *
45279 TTTTTAGGTAAAACAGCTTATAATTGAATGTTTGACTCC-AAG-AATATGAAGAAAAAGCCATTC
628 TTTTTAGGTAAAACAAATTATAATTGAATGTTT-AC-CCTAAGAAACATGAAGAAAAAACCACTC
* *
45342 A-TCGATAAGAAAAATCTATTTATAGTTACCCATGCCCTCAAAAA-CCTTATTACTAGCTTTAAA
691 ACT-GACAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCAT-CCCTCAAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAA
*
45405 TGGTTTTATAAT
754 TAGTTTTATAAT
45417 CTCATAATTG
Statistics
Matches: 637, Mismatches: 104, Indels: 51
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
799 1 0.00
800 104 0.16
801 40 0.06
802 103 0.16
803 58 0.09
804 93 0.15
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806 17 0.03
807 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (802 bp):
AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGACACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
TGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATGTTAAGTTCAATTTTTTAACAATTTTGTTAGA
AAAAGATAGAATTGAATATCACAGCTAAGAATACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAAAAAAA
GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAGAATCTC
ATAAGTAATTTTAAGTTGAATTTTTCACATCTATGATTAAATCAATAATTAAATGTATACTTCGA
GAAACATGAAGAAAAAGGCATCCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTCAA
AAGCCACATTACTTGCTTTAAATACTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTA
TATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAACCATTCA
TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTCAAATAG
TTTTATAAACTCATAATTAATTATAAATTAAATTCTTTTACATTTTTAGGTAAAACAAATTATAA
TTGAATGTTTACCCTAAGAAACATGAAGAAAAAACCACTCACTGACAAGAAAAATCTATTTATAG
TCACCCATCCCTCAAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATATATTATATTGAACA
TTTGCTTCAAGAAATATAAAGC
Found at i:45587 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 44700--45590 Score: 784
Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 170
44690 CAAGCCTTTG
* * * *
44700 AAAGCCTTATTA-TTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATGTTAAGTTCAATGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTT
* * * * *** * * * *
44764 TACA-TTTTGGTTAAAAAAGA-TGTAATTGAATATCGACAGCGAGAAACGTGATGAGAAAGTCAT
64 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* *
44827 TCATT-AGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCGA-GCCTTCA
129 TCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATGCCTTCA
* * * * * * *
44869 GAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTAGAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTT
* * * * * * ** *
44934 ACATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAGTGTAT-GCTTCGAGAAACATGAAGCCAAGGCCAT
65 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * * * *
44997 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTA
129 TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* ** * *
45039 AAAGCCTTATTA-TTCGTTTTAAATTCTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATTTT
* * * * *
45103 TTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAA-AAGAAAACC
63 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA-AAAGCC
* * * * * * **
45167 ATTTATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCATCCATTCTTTTG
127 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * * *
45211 AAAGCCTTATTACCTGCTTTAAGTGATTTTATAAACTCATAATCT-ATTTTAAGTTGAATTCTTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTAAATT-TTT
* * ** *
45275 TACATTTTTAGG-TAAAACAGCTTATAATTGAATGTTTGA-CTCCA-AGAATATGAAGAAAAAGC
64 TACATTTTT-GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGA-AACATGAAGAAAAAGC
* * * * * *
45337 CATTCATCGATAAGAAAAATCTATTTATAGTTACCCATGCCCTCA
126 CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* *
45382 AAAACCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTCTTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTT
* * * *
45447 ACATTTTTGGCTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
65 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * *
45512 CATTGACATGAAAAG-CCTATTTATATTCACCCATTCCTTCA
130 CATTGACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
**
45553 AAAATCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
45591 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 576, Mismatches: 121, Indels: 48
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 64 0.11
170 125 0.22
171 261 0.45
172 121 0.21
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTA
CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
Found at i:46736 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 46283--47535 Score: 973
Period size: 171 Copynumber: 7.3 Consensus size: 169
46273 NNNNNNNNNN
* * * * *
46283 ATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTTAAAAGCTTGGGTGACTATAAA-GATACTTTTT
1 ATAAAACCATTTAAAG-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATG-GAC--TTT
** * * * * * *
46347 TTTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTA
62 TCATGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTA
* *
46412 ATCAAAAAAT-AAAAAAAATT-AAC-TACAAATCAATTATAAGATT
127 A-CTAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTA-AAATCAATTATGAG-TT
* * * * * * ***
46455 ATAAAATC-TGTTAAA-ATGAGTAATAAGGC-TTCGAAGACTTGGGTAACTATAAACAAACTTTT
1 ATAAAACCAT-TTAAAGA--AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * ** * * * ** ** *
46517 CTTGCCAATGGATTACTTTTGCTTCACGTTT-TCTAAAACAGGCATTCAATTATAATATATTTTA
63 CATGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-TGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTA
* ** *
46581 ACCAAAAATATTAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGTGT
127 ACTAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGT-T
* * *
46625 ATAAAACAATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACCTTTCA
1 ATAAAACCATTTAAAGA-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCA
* * * * * *
46690 TGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCATGAGGCAAACATTCAAATACAATTTGTTTTAACT
65 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACT
*
46755 AAAAGTAAAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-TACT
130 AAAAATAAAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGT--T
* * ** * **
46797 ATAAAACCATTTAAAGCAGTAATGAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTTTTT
1 ATAAAACCATTTAAAGAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCAT
* * * * * *
46862 GCTAATGAATGGCATTTTCTTCATGATTCTTGAGGTC-AACATTTAAATATAATCTGTTTTAA-T
66 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGG-CAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACT
* ** * *
46925 CCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAATATT
130 -AAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GTT
* * *
46967 ATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATATATGGACTTTTCA
1 ATAAAACCATTTAAAG-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCA
* * * * * * *
47032 TGGCAATGGATGGCTTTTACTTTATGTTTTCCT-A-GCTAGACATTCAATTATAATAC-ATGTTA
65 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCTTGAGGC-AAACATTCAATTATAAT-CTATTTTA
* *
47094 GA--AAAATACAAAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
127 -ACTAAAA-A-TAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-TT
* * * *
47139 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATACGTAACTATAAATGGACTTTTCC
1 ATAAAACCATTTAAAG-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCA
* * * * * *
47204 TGTCAAAGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTAAAATCTGTTTTAACT
65 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACT
* ** * * *
47269 AAAGATGCAAAGAAATTCAACTTCAAATGAATTATGAGATT
130 AAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-TT
* * * *
47310 ATAAAACCACTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTAT-GAGTGACTGTAAATGGACTTTT-
1 ATAAAACCATTTAAAG-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTC
* * *
47373 ATTGTCAATGAATGGCTTTTT-TGTCACGTTT-TTAGAGGCAAACATTCAATTATAAGCTATTTT
64 A-TGCCAATGAATGGCTTTTTCT-TCATGTTTCTT-GAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTT
** * * * ** * *
47436 AACT-AAAATGTAAAACAATTTAACTTAACATTGATTTTGAGATC
126 AACTAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-TT
* * * * * *
47480 ATAAAACCACTTAAAGCAAGTAATAAGCCTTTCGAACGAATGGGTGACTATAAATG
1 ATAAAACCATTTAAAG-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATG
47536 CACATTCAAA
Statistics
Matches: 874, Mismatches: 169, Indels: 78
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.01
169 66 0.08
170 164 0.19
171 431 0.49
172 200 0.23
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
ATAAAACCATTTAAAGAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCAT
GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTA
AAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTT
Found at i:47250 original size:514 final size:505
Alignment explanation
Indices: 46283--47533 Score: 1365
Period size: 514 Copynumber: 2.4 Consensus size: 505
46273 NNNNNNNNNN
* * *
46283 ATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTTAAAAGCTTGGGTGACTATAAA-GATACTTTTT
1 ATAAAACCATTTAAAG-CAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCAT-GGTGACTATAAATGA-AC--TTT
* *
46347 TTTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTA
61 TTTTGTCAATGAATGGC-TTTTCTTCACG-TTCTTGAGGCA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * *
46412 ATCAAAAAAT-AAAAAAAATTAAC-TACAAATCAATTATAAGATTATAAAATC-TGTTAAAATGA
123 ATC-AAAAATGTAAAAAAATTAACTTA-AAATCAATTATAAGATTATAAAACCAT-TTAAAGTAA
* * * * *
46474 GTAATAAGGC-TTCGAAGACTTGGGTAACTATAAACAAACTTTTCTTGCCAATGGATTACTTTTG
185 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAACAAACTTTTCATGCCAATGGATGACTTTTA
* * * * **
46538 CTTCACGTTTTCTAAAACAGGCATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATTAAAAAATTCA
250 CTTCACGTTTTCT-AAACAGACATTCAATTATAATACATGTTAA-CAAAAAAAAAAAAAAATTCA
* *
46603 GCTTAAAATCAATTATGAGTGTATAAAACAATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATAG
313 ACTTAAAATCAATTATGAGTGTATAAAACAATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATAC
* *
46668 GTGACTATAAATGGACCTTTCATGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCATGAGGCAAACAT
378 GTAACTATAAATGGACCTTTCATGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCATAAGGCAAACAT
* * *
46733 TCAAATACAATTTGTTTTAACTAAA-AGTAAAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGATACT
443 TCAAATAAAATCTGTTTTAACTAAAGA-TAAAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACT
* *
46797 ATAAAACCATTTAAAGCAGTAATGAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTTTTT
1 ATAAAACCATTTAAAGCAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCAT-GGTGACTATAAATGAACTTTTTTT
* * *
46862 G-CTAATGAATGGCATTTTCTTCATGATTCTTGAGGTCAACATTTAAATATAATCTGTTTTAATC
65 GTC-AATGAATGGC-TTTTCTTCACG-TTCTTGAGG-CAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC
* *
46926 CAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAATATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAAT
126 AAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAAT
* * *** * * *
46991 AAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATATATGGACTTTTCATGGCAATGGATGGCTTTTACTTTA
190 AAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAACAAACTTTTCATGCCAATGGATGACTTTTACTTCA
* * *
47056 TGTTTTCCT-AGCTAGACATTCAATTATAATACATGTTAGA-AAAATACAAAAAAAAAATTTAAC
255 CGTTTT-CTAAAC-AGACATTCAATTATAATACATGTTA-ACAAAA-A-AAAAAAAAAATTCAAC
* * *
47119 TTAAAATCAATTATGAGAT-TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATACG
315 TTAAAATCAATTATGAG-TGTATAAAACAATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATACG
* * * * *
47183 TAACTATAAATGGACTTTTCCTGTCAA-AGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACAT
379 TAACTATAAATGGACCTTTCATGCCAATA-AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCATAAGGCAAACAT
* ** * * * *
47247 TCAATTAAAATCTGTTTTAACTAAAGATGCAAAGAAATTCAACTTCAAATGAATTATGAGATT
443 TCAAATAAAATCTGTTTTAACTAAAGATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACT
* * * * *
47310 ATAAAACCACTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGAGTGACTGTAAATGGACTTTTAT
1 ATAAAACCATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATG-GTGACTATAAATGAACTTTTTT
* * * *
47375 TGTCAATGAATGGCTTTTTTGTCACGTTTTTAGAGGCAAACATTCAATTATAAGCTATTTTAA-C
64 TGTCAATGAATGGCTTTTCT-TCACGTTCTT-GAGGC-AACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC
* * * ** * * * * *
47439 TAAAATGTAAAACAATTTAACTTAACATTGATTTTGAGATCATAAAACCACTTAAAGCAAGTAAT
126 AAAAATGTAAAA-AAATTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAAT
* * **
47504 AAGCCTTTCGAACGAATGGGTGACTATAAA
190 AAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAA
47534 TGCACATTCA
Statistics
Matches: 620, Mismatches: 94, Indels: 47
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 6 0.01
511 68 0.11
512 51 0.08
513 236 0.38
514 256 0.41
515 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (505 bp):
ATAAAACCATTTAAAGCAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTG
TCAATGAATGGCTTTTCTTCACGTTCTTGAGGCAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAA
TGTAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCT
TTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAACAAACTTTTCATGCCAATGGATGACTTTTACTTCACGTTTT
CTAAACAGACATTCAATTATAATACATGTTAACAAAAAAAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
TATGAGTGTATAAAACAATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATACGTAACTATAAATG
GACCTTTCATGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCATAAGGCAAACATTCAAATAAAATCT
GTTTTAACTAAAGATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACT
Found at i:47822 original size:294 final size:294
Alignment explanation
Indices: 47287--47829 Score: 619
Period size: 294 Copynumber: 1.8 Consensus size: 294
47277 AAAGAAATTC
* * * *
47287 AACTTCAAATGAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATG
** * ** * * **
47352 AGTGACTGTAAATGGACTTTTATTGTCAATGAATGGCTTTTTTGTCACGTTTTTAGAGGCAAACA
66 AGTGACTACAAATGGACTTCTATTGTCAATGAATGGCTTTGCTGTAACATTTTTAGAAACAAACA
* * * * * * *
47417 TTCAATTATAAGCTATTTTAACTAAAATGTAAAACAATTTAACTTAACATTGATTTTGAGATCAT
131 TTCAATTATAAGCTATTTTAACTAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATTAATTATGAGATCAT
* * * *
47482 AAAACCACTTAAAGCAAGTAATAAGCCTTTCGAACGAATGGGTGACTATAAATGCACATTCAAAT
196 AAAACCACTTAAAACAAGTAATAAACATTTCGAACGAATAGGTGACTATAAATGCACATTCAAAT
47547 ATAATTTGTTTTAACCAAAAGTATAAAAAGATTT
261 ATAATTTGTTTTAACCAAAAGTATAAAAAGATTT
* * * * * *
47581 AACTTAAAATCAATTATGAGATTCTAAAACTATTTAAAACGAGTAATAATGCTTTCAAAGGTTTG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATG
* * * *
47646 AGTGACTACAAATGGACTTCTCTTGTCAATGGATGGCCTTTGCT-TAATATTTCTT-GAAACAGA
66 AGTGACTACAAATGGACTTCTATTGTCAATGAATGG-CTTTGCTGTAACATTT-TTAGAAACAAA
* **
47709 CATTTAATTATAATTTATTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATTAATTATGAGA
129 CATTCAATTATAAGCTATTTTAACT--AAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATTAATTATGAGA
* ** ** *
47773 TTATAAAACCTTTTAAAATGAGTAATAAACATTT-GAA-GCTATAGGTGACTATAAATG
192 TCATAAAACCACTTAAAACAAGTAATAAACATTTCGAACG-AATAGGTGACTATAAATG
47830 GACTTTTCTT
Statistics
Matches: 201, Mismatches: 43, Indels: 10
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
293 2 0.01
294 135 0.67
295 64 0.32
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (294 bp):
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATG
AGTGACTACAAATGGACTTCTATTGTCAATGAATGGCTTTGCTGTAACATTTTTAGAAACAAACA
TTCAATTATAAGCTATTTTAACTAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATTAATTATGAGATCAT
AAAACCACTTAAAACAAGTAATAAACATTTCGAACGAATAGGTGACTATAAATGCACATTCAAAT
ATAATTTGTTTTAACCAAAAGTATAAAAAGATTT
Found at i:48139 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 47537--48503 Score: 778
Period size: 171 Copynumber: 5.7 Consensus size: 170
47527 CTATAAATGC
* * * *
47537 ACATTCAAATATAATTTGTTTTAACCAAAAGTATAAAAAGATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA-ATTAAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * * *
47602 TTCTAAAACTATTTAAAACGAGTAATAATGCTTTCAAAGG-TTTGAGTGACTACAAATGGACTTC
65 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAG-GTGACTATAAATGGACTTT
** * * * * * * *
47666 TCTTGTCAATGGATGGCCTTTGCTTAATATTTCTTGAA-AC-AG
129 TCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTC--CAAGACTAG
* * * ** * * *
47708 ACATTTAATTATAATTTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATTAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *** * *
47773 TTATAAAACCTTTTAAAATGAGTAATAA-ACATTT-GAA-GCTATAGGTGACTATAAATGGACTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGC-ATAGGTGACTATAAATGGACTT
* * * *
47835 TTCTTACCAATGAGTGGCTTTTTATTCATGTTTTCAAGAC-AG
128 TTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCAAGACTAG
* * ** * *
47877 ACATTCAATTATAATCTGTTTT-ACTTAAAAGTGCAAAGAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-CAAAAATATAAA-AAATTAAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
47941 ATTCTAAAACCTTTTAAAGCGAGTAAT-AGGACTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG-CTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTT
** * * *
48005 TTCTT-GTAGATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCAGGGGCTA-
128 TTCTTACCA-ATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCA-AGACTAG
* * * *
48048 ACATTCAGTTATAAGCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAGAATTAAACTAAAAATCAATTATGAGT
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AATTAAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
48113 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAAT-GGCTGACTATATATGCACTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGG-TGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * *
48177 CCTTGCTAATGAATTGTTTTTTCTTCACGTTTCCTAAG-GTAG
129 TCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCC-AAGACTAG
* *
48219 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA-ATTAAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
48284 TTATAAAACCATTTAAA-AATGAGTAATAATGCTTTCAAAGTC-TTGAGTGACTACAAAAGGACT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCA--AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAG-GTGACTATAAATGGACT
* * * *
48347 GTTCTTACCAATGATTAACTTTTTCTTCATGTTTCCAAAGAC-AA
127 TTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCC-AAGACTAG
* ** * * * *
48391 ACATTCAATTATAATTTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *** * * *
48456 TATAGAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGA
66 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGA
48504 ACATATATGA
Statistics
Matches: 646, Mismatches: 121, Indels: 59
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.01
169 81 0.13
170 125 0.19
171 323 0.50
172 109 0.17
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTC
TTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCAAGACTAG
Found at i:48190 original size:805 final size:807
Alignment explanation
Indices: 46729--48300 Score: 1835
Period size: 805 Copynumber: 1.9 Consensus size: 807
46719 CATGAGGCAA
* *
46729 ACATTCAAATACAATTTGTTTTAACTAAAAGTAAAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAT
1 ACATTCAAATACAATTTGTTTTAACCAAAAGTAAAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
46794 ACTATAAAACCATTTAAAGCAGTAATGAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTT
66 ACTATAAAACCATTTAAAACAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTACAAATGAACTTCT
* * * ** *
46859 TTTGCTAATGAATGGCATTTTCTTCATGATTCTTGAGGTCAACATTTAAATATAATCTGTTTTAA
131 CTTGCTAATGAATGGCATTTGCTTAATGATTCTTGAGAACAACATTTAAATATAATCTATTTTAA
** * * * *
46924 TCCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAATATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTA
196 TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAATAAGTA
* * * * **
46989 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATATATGGACTTTTCATGGCAATGGATGGCTTTTACTT
261 ATAAGACATTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCAATGGATGGCTTTTACTT
* * *
47054 TATGTTTTCCTAGCTAGACATTCAATTATAATACATGTTAGAAAAATACAAAAAAAAAATTTAAC
326 CATGTTTTCCAAGCTAGACATTCAATTATAATACATGTTAGAAAAATAC--AAAAAAAATTCAAC
* * **
47119 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATACGT
389 TTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATACGT
* *
47184 AACTATAAATGGACTTTTCCTGTCAAAGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTC
454 AACTATAAATGGACTTTTCCTGTCAAAGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTC
* * * * * ** *
47249 AATTAAAATCTGTTTTAACTAAAGATGCAAAGAAATTCAACTTCAAATGAATTATGAGATTATAA
519 AATTAAAAGCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAGAAATTAAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
47314 AACCACTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGAGTGACTGTAAATGGACTTTTATTGTC
584 AACCACTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGAGTGACTATAAATGCACTTTCATTGTC
* * *
47379 AATGAATGGCTTTTTT-GTCACGTTT-TTAGAGGCAAACATTCAATTATAAGCTATTTTAA-CTA
649 AATGAATGG-TTTTTTCGTCACGTTTCCTA-AGGCAAACATTCAAATATAAGCTATTTTAACCAA
* * ** *
47441 AAATGT-AAAACAATTTAACTTAACATTGATTTTGAGATCATAAAACCACTTAAAGCAAGTAATA
712 AAATATAAAAAC-ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCACTTAAAGCAAGTAATA
47505 AGCCTTTCGAACGAATGGGTGACTATAAATGC
776 AGCCTTTCGAACGAATGGGTGACTATAAATGC
* * * *
47537 ACATTCAAATATAATTTGTTTTAACCAAAAGTATAAAAA-GATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAAATACAATTTGTTTTAACCAAAAGTAAAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * *
47601 ATTCTAAAACTATTTAAAACGAGTAATAATGCTTTCAAAGG-TTTGAGTGACTACAAATGGACTT
66 ACTATAAAACCATTTAAAAC-AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAG-GTGACTACAAATGAACTT
* * * *
47665 CTCTTG-TCAATGGATGGCCTTTGCTTAAT-ATTTCTTGA-AACAGACATTTAATTATAATTTAT
129 CTCTTGCT-AATGAATGGCATTTGCTTAATGA-TTCTTGAGAACA-ACATTTAAATATAATCTAT
* * *
47727 TTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAAT
191 TTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAAT
* *
47792 GAGTAATAA-ACATTTGAA-GCTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT-GAGTGGCT
256 AAGTAATAAGACATTTGAAGGCT-TAGGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCAATGGA-TGGC-
* * *
47854 TTTTA-TTCATGTTTT-CAAGAC-AGACATTCAATTATAAT-C-TGTTTTACTTAAAAGTGC-AA
318 TTTTACTTCATGTTTTCCAAG-CTAGACATTCAATTATAATACATG--TTA--GAAAAATACAAA
* * *
47913 AGAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTCTAAAACCTTTTAAAGCGAGTAAT-AGGACTTTC
378 AAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTC
* * * *
47977 AAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT-AGATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTT-TC
442 AAAGGCATACGTAACTATAAATGGACTTTTCCTGTCA-AAGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * * *
48040 AGGGGCTA-ACATTCAGTTATAAGCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAG-AATTAAACTAAAAATC
506 A-AGGC-AGACATTCAATTAAAAGCTGTTTTAACCAAAAAT-GAAAAGAAATTAAACTAAAAATC
* * *
48103 AATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATG-GCTGACTATA
568 AATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGAG-TGACTATA
* * * * * *
48167 TATGCACTTTCCTTG-CTAATGAATTGTTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATAT
632 AATGCACTTTCATTGTC-AATGAATGGTTTTTTCGTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAAATAT
* * * *
48231 AATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
696 AAGCTATTTTAACCAAAAATATAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCAC
48296 TTAAA
761 TTAAA
48301 AATGAGTAAT
Statistics
Matches: 639, Mismatches: 101, Indels: 50
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
804 16 0.03
805 259 0.41
806 78 0.12
807 97 0.15
808 189 0.30
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (807 bp):
ACATTCAAATACAATTTGTTTTAACCAAAAGTAAAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
ACTATAAAACCATTTAAAACAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTACAAATGAACTTCT
CTTGCTAATGAATGGCATTTGCTTAATGATTCTTGAGAACAACATTTAAATATAATCTATTTTAA
TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAATAAGTA
ATAAGACATTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCAATGGATGGCTTTTACTT
CATGTTTTCCAAGCTAGACATTCAATTATAATACATGTTAGAAAAATACAAAAAAAATTCAACTT
AAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATACGTAA
CTATAAATGGACTTTTCCTGTCAAAGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAA
TTAAAAGCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAGAAATTAAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
CCACTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGAGTGACTATAAATGCACTTTCATTGTCAA
TGAATGGTTTTTTCGTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAAATATAAGCTATTTTAACCAAAAAT
ATAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCACTTAAAGCAAGTAATAAGCCT
TTCGAACGAATGGGTGACTATAAATGC
Done.