Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398124.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1427.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 1612 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1725 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1434--2179 Score: 926
Period size: 171 Copynumber: 4.4 Consensus size: 170
1424 NNNNAATTTC
* * * * **
1434 TTTTACATTTATGG-TAAAAGCATATTATAATTAAATGTCAACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAG
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTGAGAAACATGAAGAAAAAG
* *
1498 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTT
64 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTT
* * * *
1563 TAAATAATTTTATAATCTCAAAATGGAGTTTGAGTTGAATTA
129 TAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTA
* * *
1605 CTTTACATTTTTGGCTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACTTCGAGAAACAT-AATGAAAAAG
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTT-GAGAAACATGAA-GAAAAAG
* * *
1669 GTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAACCCTTATTACTCGTT
64 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCATT
* * *
1733 TGAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTA
128 TTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTA
* * * * * *
1776 TTTTACTTTTTTTGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTCATGAAACATGAA-AGAAAAG
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTGA-GAAACATGAAGA-AAAAG
* *
1840 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTT
64 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTT
*
1905 TAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGT
129 TAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-A
* * * * *
1948 TTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACGTTGAAAAATATGAAGAGAAAGG
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-TTGAGAAACATGAAGAAAAAGG
* * * *
2013 CATTCATTGGCATGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAGAGCCTTATTACTGATTTT
65 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTT
* * * * *
2078 GAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGGTGAATT-
130 AAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTA
* * * *
2118 TTTTCACTTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAA
1 TTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTGAGAAACATGAAGAAA
2180 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 493, Mismatches: 69, Indels: 26
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 15 0.03
171 320 0.65
172 155 0.31
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGC
ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTA
AATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTA
Found at i:2129 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 1493--2162 Score: 1010
Period size: 343 Copynumber: 2.0 Consensus size: 342
1483 AATGTGAAGA
1493 AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT
* *
1558 CATTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATGGAGTTTGAGTTGAATTACTTTACATTTTTGGCTAA
66 CACTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATGGAGTTTAAGTTGAATTACTTTACATTTTTGGCTAA
* * * *
1623 AATAGATTATAATTGAATGTCTACTTCGAGAAACATAATGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAA
131 AACAGATTATAATTGAATGTCAACTTCGAAAAACATAATGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAA
* *
1688 GTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAACCCTTATTACTCGTTTGAAATTGTTTTATAATCTC
196 GTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAACCCTTATTACTCGTTTGAAATGGTTTTATAATCCC
* * *
1753 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACTTTTTTTGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTAC
261 ATAATTGATTTTAAGGTGAATTATTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
1818 CTCATGAAACATGAAAG
326 CTCATGAAACATGAAAG
*
1835 AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT
* * * ** * *
1900 CACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTATATTTTTGGTTA
66 CACTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATGGAGTTTAAGTTGAATT-ACTTTACATTTTTGGCTA
* * *
1965 AAACAGATTATAATTGAATGTCAACGTT-GAAAAATATGAA-GAGAAAGGCATTCATTGGCATGA
130 AAACAGATTATAATTGAATGTCAAC-TTCGAAAAACAT-AATGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * *
2028 AATGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAGAGCCTTATTACT-GATTTTG-AATGGTTTTAT
193 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAACCCTTATTACTCG--TTTGAAATGGTTTTAT
2090 AATCCCATAATTGATTTTAAGGTGAATT-TTTTCACTTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAA
255 AATCCCATAATTGATTTTAAGGTGAATTATTTT-ACTTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAA
2154 TGTCTACCT
319 TGTCTACCT
2163 TGAGAAACGT
Statistics
Matches: 296, Mismatches: 25, Indels: 13
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
342 110 0.37
343 174 0.59
344 12 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (342 bp):
AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT
CACTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATGGAGTTTAAGTTGAATTACTTTACATTTTTGGCTAA
AACAGATTATAATTGAATGTCAACTTCGAAAAACATAATGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAA
GTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAACCCTTATTACTCGTTTGAAATGGTTTTATAATCCC
ATAATTGATTTTAAGGTGAATTATTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
CTCATGAAACATGAAAG
Found at i:3126 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 3109--3152 Score: 54
Period size: 14 Copynumber: 3.1 Consensus size: 14
3099 AATATTATTT
*
3109 TATTAATAAAATAA
1 TATTATTAAAATAA
3123 TATTATTAATAAT-A
1 TATTATTAA-AATAA
*
3137 TAATATTAAAATAA
1 TATTATTAAAATAA
3151 TA
1 TA
3153 ACAAAATATT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 4
0.81 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.12
14 20 0.77
15 3 0.12
ACGTcount: A:0.59, C:0.00, G:0.00, T:0.41
Consensus pattern (14 bp):
TATTATTAAAATAA
Found at i:3130 original size:17 final size:17
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Indices: 3094--3144 Score: 66
Period size: 17 Copynumber: 2.9 Consensus size: 17
3084 AAAATTTAAG
*
3094 AATAAAATATTATTTTATT
1 AATAAAATA--ATATTATT
3113 AATAAAATAATATTATT
1 AATAAAATAATATTATT
*
3130 AATAATATAATATTA
1 AATAAAATAATATTA
3145 AAATAATAAC
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 2
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 21 0.70
19 9 0.30
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Consensus pattern (17 bp):
AATAAAATAATATTATT
Found at i:3978 original size:171 final size:168
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Indices: 3598--5313 Score: 1446
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3588 NNNNNNNNNN
** * * *
3598 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTTAGTTGAATTGTTTTTATATT
1 TTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATT
** * * * * * * *
3663 TTCGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTTGAGAAACATAAAGAGAAAGGCATTCCTTGG
65 TTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* *
3728 GAAGAAAAGTCCATTTATA--C-CT-ATTCCTTTACAAGCC
130 TAA-AAAA-TCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCC
* * * * * * * *
3765 TTAGTACTCGCTTTAAATAGATTTATAATCTCGTACTTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTT
1 TTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * *
3830 TTCATTAAAACAGACTATAATTGAGTGTCTGCCTCGA-AAATATGTAGAAAAAGCCATTCATTGG
66 TT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* *
3894 TAAAAAGTTATCCATTTATAATCACTCATTCCTTTAAAAGCT
130 TAAAAA---ATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCC
* * *
3936 TTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGGTGAATTTTTTTAGA-TT
1 TTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * * * *
4000 TTAGTTAAAACAAACAATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGTAGAATAAGCCATTCATTTA
66 TTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTG
* * *
4065 G-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGTC
129 GTAA-AAAA-TCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCC
* * * * *
4106 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTCTTTACATAT
1 TTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-T
** * * * * * * * * *
4171 TTGGTTAAAAAAGGCTATAATTGAATGTTTACGTTGGGAAACGTGAA-ACAAAAGCTATCCATTA
65 TTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGA-AAAAGCCATTCATT-
* * * ** *
4235 GGATAAAAAGTCTATTTATAGTTACTCAAGCCTTCAAAAGCC
128 GG-TAAAAAATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCC
* * * *
4277 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTT
1 TTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TT
** * * * * * *
4342 TTTATTAAAATTGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAAGAAGATAATGCCATTTATTGA
65 TTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * * *
4407 TAAGAAAAGCCCGTTTATAGTC-GTCCA-TCCTTTCAAAAGTC
130 TAA-AAAA-TCCATTTATAGTCACT-CATTCCTTT-AAAAGCC
* * *
4448 TTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAAG-TAAATTTTTTTACATT
1 TTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACA-T
* * * * * * *
4512 TTTTGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGTGAAACATGAGGGAAAAGGCATTCA-CG
64 TTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * *
4576 ATCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATTTCTTTAAAAGCC
129 GT-AA-AAAA-TCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCC
* * * * *
4619 TTATTGCTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGGTTATACATT
1 TTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATT
* * * ** * ** *
4684 TTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAATATGAAGAAAAAAACATTCATTA
65 TTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * * * *
4749 GCAGGAAAAGTCTATTTATAGTAACCCTTTCCTTCAAAAGCC
129 GTA--AAAAATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCC
* * * * * * *
4791 TTATTAATCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAGTTGACTTTAAGTTGAACTGTTTTACATTT
1 TTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TT
* * *
4856 TTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACTTC-ATGAAACATGAAGGAAAAGTCATTCATTG
65 TTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * *
4920 GCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGCC
129 GTAA-AAAA-TCCATTTATAGTCACTCATTCCTTT-AAAAGCC
* ** * **
4962 TTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTTTTATT
1 TTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATT
* * * * * *
5027 TTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATCTTTACCTCTAGAAACATGAAGAGAAAGGCATTCATTG
65 TTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * *
5092 GTAAAAAATATTCATCTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCC
129 GT-AAAAA-ATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCC
* * * * * * * *
5134 TTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTATGGTGAATTGTTTTAGACTT
1 TTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * *
5199 TTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAGCGT-ATAGAAAAAGCCATTCATTG
66 TTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTG
* ** * *
5263 AGAAAAAAAAGTCCATTTATAACCTCCCATTCCTTTAAAAGCC
129 -G-TAAAAAA-TCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCC
*
5306 TTCTTACT
1 TTATTACT
5314 GAATGTTTGC
Statistics
Matches: 1250, Mismatches: 248, Indels: 97
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
165 3 0.00
166 34 0.03
167 82 0.07
168 1 0.00
169 7 0.01
170 144 0.12
171 643 0.51
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173 12 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
TTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
TTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGT
AAAAAATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCC
Found at i:4853 original size:514 final size:504
Alignment explanation
Indices: 3598--5283 Score: 1684
Period size: 514 Copynumber: 3.3 Consensus size: 504
3588 NNNNNNNNNN
* * * *
3598 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTTAGTTGAATTGTTTTTATA-T
1 TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGGTTTTACATT
* * ** * * * * *
3662 TTTCGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTTGAGAAACATAAAGAGAAAGGCATTCCTTG
66 TTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTA
* * * * *
3727 GGAAGAAAAGTCCA-TT-TA-TA-CCTATTCCTTTACAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATAGATT
131 GGAAGAAAAGTCTATTTATAGTACCCT-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* * * * *
3788 TATAATCTCGTACTTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTG
195 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTG
* * * * * *
3853 AGTGTCTGCCTCGA-AAATATGTAGAAAAAGCCATTCATTGGT-A-AAAAGTTATCCATTTATAA
259 AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAG---TCCATTTATAG
* *
3915 TCACTCATTCCTTT-AAAAGCTTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
320 TCAC-CA-TCCTTTCAAAAGC-TTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
* * * * * * *
3979 TAAGGTGAATTTTTTTAGATTTTAGTTAAAACAAACAATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACAT
382 TAAAGTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGTGAAACAT
* * * * *
4044 GTAGAATAAGCCATTCATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGTC
447 G-AGAA-AAGGCATTCA--GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
** * *
4106 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATT--TCTTTACAT
1 TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGGT-TTTACAT
* * * * * * * * *
4169 ATTTGGTTAAAAAAGGCTATAATTGAATGTTTACGTTGGGAAACGTGAA-ACAAAAGCTATCCAT
65 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGC-ATTCAT
* *** *
4233 TAGGATA-AAAAGTCTATTTATAGTTACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
129 TAGGA-AGAAAAGTCTATTTATAG-TACCCTTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* * **
4297 TTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTTATTAAAATTGACTATAA
192 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAA
* * * * * *
4362 TTGAATGTCTACCTCAAGAAACAAGAAGATAATGCCATTTATTGATAAGAAAAGCCCGTTTATAG
256 TTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGA-AAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * *
4427 TCGTCCATCCTTTCAAAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCAGAATTGATTTT
320 TC-ACCATCCTTTCAAAAG-CTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
*
4492 AAAGTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGTGAAACAT
383 AAAGTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGTGAAACAT
* * *
4557 GAGGGAAAAGGCATTCACGATCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATTTCTTTAAAAGCC
447 GA--GAAAAGGCATTCA-GAT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
* * * *
4619 TTATTGCTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGGTTATACATT
1 TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGGTTTTACATT
* * * * *
4684 TTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAATATGAAGAAAAAAACATTCATTA
66 TTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTA
* * * **
4749 GCAGGAAAAGTCTATTTATAGTAACCCTTTCCTTCAAAAGCCTTATTAATCATTTTAAATAGTTT
131 GGAAGAAAAGTCTATTTATAGT-ACCCTTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* * *
4814 TATAATCTCATAGTTGACTTTAAGTTGAACTGTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTG
195 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTG
* * * * *
4879 AATGTCTACTTCATGAAACATGAAGGAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCA
259 AATGTCTACCTCAAGAAACATGAA-GAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * **
4944 CCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT-AA
323 -CCATCCTTTCAAAAG-CTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAA
** * * * *
5008 GTTGAATTATTTTTTTATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATCTTTACCTC-TAGAAACAT
386 G-TGAATT-TTTTTACATTTTTG-TTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGT-GAAACAT
* * * * * *
5072 GAAGAGAAAGGCATTCATTGGTAA-AAAATATTCATCTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCC
447 G-AGA-AAAGGCATTCA--GATAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
* * * * *
5134 TTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCT-AATAATTGATTTTATGGTGAATT-GTTTTAGAC
1 TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAATTGGTTTTACAT
* * * *
5197 TTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAGCGT-ATAG-AAAAAGCCATTCA
65 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGA-AGAAAAAAG-CATTCA
* * *
5260 TTGAGAAAAAAAAGTCCATTTATA
128 TT-AGGAAGAAAAGTCTATTTATA
5284 ACCTCCCATT
Statistics
Matches: 968, Mismatches: 169, Indels: 75
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
506 1 0.00
507 11 0.01
508 102 0.11
509 3 0.00
510 2 0.00
511 9 0.01
512 171 0.18
513 166 0.17
514 341 0.35
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516 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (504 bp):
TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGGTTTTACATT
TTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTA
GGAAGAAAAGTCTATTTATAGTACCCTTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAA
TGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCA
TCCTTTCAAAAGCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAAGTGAA
TTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGTGAAACATGAGAAAAGG
CATTCAGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
Found at i:4866 original size:343 final size:343
Alignment explanation
Indices: 3598--5313 Score: 1643
Period size: 343 Copynumber: 5.0 Consensus size: 343
3588 NNNNNNNNNN
* *
3598 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTTAGTTGAATTGTTTTTATA-T
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATT
* * * * * * * *
3662 TTTCGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTTGAGAAACATAAAGAGAAAGGCATTCCTTG
66 TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTA
* * * * * * *
3727 GGAAGAAAAGTCCA-TT-TA-T-ACCTATTCCTTTACAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATAGATT
131 GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTT
* * * * *
3788 TATAATCTCGTACTTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTG
196 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTG
* * * * * * * * *
3853 AGTGTCTGCCTCG-AAAATATGTAGAAAAAGCCATTCATTG-G-TAAAAAGTTATCCATTTATAA
261 AATGTCTACCTCGTGAAACATGAAGGAAAAGGCATTCATTGAGCAAAAAAG---TCCATTTATAG
*
3915 TCACTCATTCCTTTAAAAGCT
323 TCACTCATTCCTTTAAAAGCC
*** * * *
3936 TTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGGTGAATT-TTTTTAGA-T
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATT
* ** * ** * *
3999 TTTAGTTAAAACAAACAATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGTAGAATAAGCCATTCATTT
66 TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TT
* * * * *
4064 AG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATAGTT
130 AGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTT
* * * ** * *
4128 TTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTCTTTACATATTTGGTTAAAAAAGGCTATAATT
195 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATT
* * * * * ** * * *
4193 GAATGTTTACGTTGGGAAACGTGAAACAAAA-GCTATCCATT-AGGATAAAAAGTCTATTTATAG
260 GAATGTCTACCTCGTGAAACATGAAGGAAAAGGC-ATTCATTGAGCA-AAAAAGTCCATTTATAG
* ** *
4256 TTACTCAAGCCTTCAAAAGCC
323 TCACTCATTCCTTTAAAAGCC
* * *
4277 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACT-AATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TGTTTACAT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACA-
** * * * * * *
4340 TTTTTA-TTAAAATTGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAAGAAGATAATGCCATTTAT
64 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * ** *
4404 T-GATAAGAAAAGCCCGTTTATAGTCGTCCA-TCCTTTCAAAAGTCTTATTACTCGTTTTAAAT-
129 TAG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATA
* * * *
4466 GATTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAAG-TAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAACTA
192 G-TTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTA
* * *
4530 TAATTGAATGTCTACCTCGTGAAACATGAGGGAAAAGGCATTCA-CGATCAAGAAAAGTCCATTT
255 TAATTGAATGTCTACCTCGTGAAACATGAAGGAAAAGGCATTCATTGAGCAA-AAAAGTCCATTT
* *
4594 ATAGCCACTCATTTCTTTAAAAGCC
319 ATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCC
* * * *
4619 TTATTGCTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGGTTATACATT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATT
* * * **
4684 TTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAATATGAAGAAAAAAACATTCATTA
66 TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTA
* * * * * * *
4749 GCAGGAAAAGTCTATTTATAGTAACCCTTTCCTTCAAAAGCCTTATTAATCATTTTAAATAGTTT
131 GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTT
* * * *
4814 TATAATCTCATAGTTGACTTTAAGTTGAACTGTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTG
196 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTG
* * * *
4879 AATGTCTACTTCATGAAACATGAAGGAAAAGTCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTC
261 AATGTCTACCTCGTGAAACATGAAGGAAAAGGCATTCATTGAGCAA-AAAAGTCCATTTATAGTC
*
4943 ACCCATT-CTTTCAAAAGCC
325 ACTCATTCCTTT-AAAAGCC
* * **
4962 TTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTTTTATT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATT
* * * *
5027 TTT-GATTAAAACAGATTATAATTGAATCTTTACCTCT-AGAAACATGAAGAGAAAGGCATTCAT
66 TTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * * * * *
5090 TGGTAA-AAAATATTCATCTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAG
129 TAGTAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAG
* * * * * * *
5154 TTTTATAATCTAATAATTGATTTTATGGTGAATTGTTTTAGA-CTTTTAGTTAAAATAGACTATA
193 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGACTATA
* * * * * * * *
5218 ATTGAATGTTTACCTTGGGAAGCGT-ATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAAGTCCATTTA
257 ATTGAATGTCTACCTCGTGAAACATGA-AGGAAAAGGCATTCATTGAG-CAAAAAAGTCCATTTA
** * *
5282 TAACCTCCCATTCCTTTAAAAGCC
320 TAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCC
*
5306 TTCTTACT
1 TTATTACT
5314 GAATGTTTGC
Statistics
Matches: 1123, Mismatches: 217, Indels: 70
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
337 69 0.06
338 53 0.05
339 2 0.00
340 3 0.00
341 181 0.16
342 291 0.26
343 470 0.42
344 48 0.04
345 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (343 bp):
TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATT
TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTA
GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTT
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTG
AATGTCTACCTCGTGAAACATGAAGGAAAAGGCATTCATTGAGCAAAAAAGTCCATTTATAGTCA
CTCATTCCTTTAAAAGCC
Found at i:5614 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5341--6418 Score: 1003
Period size: 171 Copynumber: 6.4 Consensus size: 170
5331 GACATAATGC
* * * *
5341 AAAAAACATCCATTGGCATGAAAAATCCATTTATAGTCACTCTA-T-CTGTCGAAAGCCTTATTA
1 AAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATTCCT-TCAAAAGCCTTATTA
* * * * * **
5404 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTAAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTACATTTTTGGTT
64 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTATTTACATTTTTCATT
* * *
5469 AAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCTCGAACAATATGAAGA
129 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAA-AATATGTAGA
* * *
5512 AAAAAACATTCAATGGCAAGAAGAGTCCATTTATAGTTACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
1 AAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * *
5577 CGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTATTTACATTTTTCATTGA
66 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTATTTACATTTTTCATTAA
* * * * * *
5642 AACAAACTATAGTTGAATGTCTATCTTAGGAAATGTGTAG-
131 AACAGACTATAATTGAATGTCTA-CCTCGAAAATATGTAGA
** * * * * *
5682 AAAAGCCATTGATTAGG-TAGAGAAGTCCATTTATAGTC-TCTCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTA
1 AAAAAACATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * **
5745 CTCGCTTTAAATGGTTTAATAATATCATAA-AAGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGT
64 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTA-ATTTTAAGTTGAATTTATTTACATTTTTCAT
* * * *
5809 AAAAATAGACTGT-A-T---TGTCTACCTC-AAGATATGT-GA
128 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAATATGTAGA
5845 AAAGAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATT
1 AAA-AAA--CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
5910 ACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTATATTTTTCAT
63 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTATTTACATTTTTCAT
* * * *
5975 TAAAATAGACTAAAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGTAGA
128 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGA-AAATATGTAGA
** * ** *
6019 AAAAGTCATTCATTGAG-AAAAAAAGTTTATTTATAGTCTTCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
1 AAAAAACATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * *
6082 CTTGCTTTAAGTGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCT-TTTACACTTTTCAT
64 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TATTTACATTTTTCAT
* * *
6146 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGTACA
128 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGA-AAATATGTAGA
* * * * * **
6190 AAAAACCATTCATTGGTAATAAATA-TCCATTTATAGTCACCTCTCCCTTCAAAAGCCTTAGAAC
1 AAAAAACATTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
*** * * * * *
6254 TAATTTTAAATCGTTTTATGATCTCATAATTAATTTTAAGGTAAATTT-TTT-CATATTTT-TTT
65 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTATTTACAT-TTTTCATT
* * * * * * *
6316 AAAACAGACTATAACTAAATGTCTGCCTTAGGAAACATATAGA
129 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TCGAAAATATGTAGA
*** *
6359 AAATGCCATTCATTAGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
1 AAAAAACATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTA
6419 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 746, Mismatches: 129, Indels: 66
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
162 1 0.00
163 9 0.01
164 3 0.00
165 8 0.01
166 111 0.15
167 3 0.00
168 5 0.01
169 86 0.12
170 126 0.17
171 370 0.50
172 12 0.02
173 7 0.01
174 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTATTTACATTTTTCATTAA
AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAATATGTAGA
Found at i:7073 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6769--7137 Score: 429
Period size: 170 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
6759 NNNNNNNNNN
* * * *
6769 TTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAAGCTTATGAA
1 TTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTAAGGAA
* * * * *
6834 AGAAGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGACACTCATTTCTTGAAAAGC
65 AGAAGAACAAAAAGACATTCATTGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGACACTCATTCCTTCAAAAGC
* ** *
6899 CTTATTTCTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTTAAAATTGA
130 CTTATTACTCACTTTAAATGAATTCATAATCTCAAAATTGA
* * **
6940 TTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTCCCTCAAGGA
1 TTTTAAGTTGAATTG-TTTTACATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCT-AAGGA
* * * * *
7005 ATGTA-AACAAAATGA-ATTCATTGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCAAGA
64 AAGAAGAACAAAAAGACATTCATTGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGACACTC-ATTCCTTCAAAA
* * * * *
7067 GCCTTATTACTTATTTTCAATGAATTGATAATCTCATAATTGA
128 GCCTTATTACTCACTTTAAATGAATTCATAATCTCAAAATTGA
*
7110 TTTTAAGTTGAATTGTTTAACATTTTTG
1 TTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTG
7138 GTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 28, Indels: 8
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 13 0.08
170 88 0.53
171 48 0.29
172 18 0.11
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
TTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTAAGGAAA
GAAGAACAAAAAGACATTCATTGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGACACTCATTCCTTCAAAAGCC
TTATTACTCACTTTAAATGAATTCATAATCTCAAAATTGA
Found at i:7271 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 6769--7464 Score: 479
Period size: 172 Copynumber: 4.1 Consensus size: 168
6759 NNNNNNNNNN
* * * * * *
6769 TTTTAAGTTGAATTATTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAAGCTTATGA
1 TTTTAAGTTGAATTGTTTTAACATTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCATG-
* * * * * *
6833 AAGAAGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGACACTCATT-TCTTGAAAA
64 AA-ATGAAGAAAAAGGCATTCA-TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCT-TTCAAAA
* *
6897 GCCTTATTTCTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTTAAAATTGA
126 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCAAAATTGA
* * * *
6940 TTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTCCCTCAAGGA
1 TTTTAAGTTGAATTGTTTTAACATTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCATGAA
* * * * * * *
7005 ATGTAA-ACAAAATGAATTCATTGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAGAGC
66 ATG-AAGA-AAAAGGCATTCATGGC-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGC
* * * ** * *
7069 CTTATTACTTATTTTCAATGAATTGATAATCTCATAATTGA
128 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCAAAATTGA
**********
7110 TTTTAAGTTGAATTG-TTTAACATTTTTGGTNNNNNNNNNNTATAATTGAATGTCTACCTCATGA
1 TTTTAAGTTGAATTGTTTTAACATTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCATGA
* *
7174 ACCATGAAGGAAAAGGCATTCACTGGCAAGAAAAG-CTTGTTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAA
65 A--ATGAAGAAAAAGGCATTCA-TGGCAAGAAAAGTC-TATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAA
* *
7238 GCCTTATTACTCACGTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
126 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCAAAATTGA
***************** *
7281 TTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-G
1 TTTTAAGTTGAATTGTTTTAACATTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCATG
* * * * * * * *
7345 AAACATGAAGAGAAAGGTATTCATTGGTAAGAAATGTCCATTTATAATCACCCATCCATTCAAAA
64 -AA-ATGAAGAAAAAGGCATTCA-TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAA
* * *
7410 GCGTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAA-TGA
126 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCA-AAATTGA
* *
7453 TTCTAAGGTGAA
1 TTTTAAGTTGAA
7465 CGTTTTCTCT
Statistics
Matches: 397, Mismatches: 112, Indels: 31
0.74 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 16 0.04
170 115 0.29
171 127 0.32
172 131 0.33
173 8 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
TTTTAAGTTGAATTGTTTTAACATTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCATGAA
ATGAAGAAAAAGGCATTCATGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTT
ATTACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCAAAATTGA
Done.