Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397341.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1295.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 48317
ACGTcount: A:0.30, C:0.12, G:0.12, T:0.28
Warning! 8428 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1016 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 613--1793 Score: 1189
Period size: 171 Copynumber: 6.9 Consensus size: 169
603 NNNNNNNNNN
* ** * *
613 ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAATGCGAGCGATAAGGCTTTTAAAGGCTTAA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA
* * * * * * * * * *
678 CTGACTATACATGGCTTTTCT-TACCAATAGATAGCTTTTCCTTCACATTTCCTGAGGTAAAGAA
66 GTGACTATAAATGGCTTTTCTCT-CC-ATTGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACAT
* *
742 TCAATTATAATATATTTTAACCCAAAATGTAAAAAAATCCA
129 TCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCA
* * *
783 ACGTT-AAATCGATTATGAGAATATAAAACCAGTTATAGCGAGTAATAAAGG-TTTCAAAGGCTT
1 AC-TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTCAAAGGCTT
* * * * * **
846 GAGTGACTAAAAATGTGCTTTTCTCTCCGTTGCATGGCCTTTGCTTTATGTTTCCTAAGGCAGGC
64 GAGTGACTATAAATG-GCTTTTCTCTCCATTG-ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAAAC
* *
911 ATTCAATTACAACATATTTTAACTAAAAATGTAAAATAAATCCA
127 ATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATCCA
* * *
955 ACTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTAAAGGCTTGA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA
* * * * **
1020 GTGACTATAAATGTACTTTTCTCTCCATTGCATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCAAAGGTAGTCAT
66 GTGACTATAAATG-GCTTTTCTCTCCATTG-ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACAT
* *
1085 TCAATTATAACATATTTTAACAAAAAAAT-AAAAAAAATCCA
129 TCAATTATAACATATTTTAAC-CAAAAATGTAAAAAAATCCA
* * * * *
1126 ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATCATTTAATGCGAGCAGTAAGGCTGTCGAAA-GCTTG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCTTG
* * * * * *
1190 AGTGACTATAAATGGCGTTTCT-TGCCAATTGATGGTTTTTGCTTCCCATTTCCTGAGGCAAAAA
65 AGTGACTATAAATGGCTTTTCTCT-CC-ATTGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACA
* * * *
1254 ATCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTTCA
128 TTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCA
* * * * * * *
1296 ACTTTAAATCGATTATGAGAATATAAAACCATTCATAGCAAGTAATAAGGGTTTCAAACAG-TTG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA-GGCTTG
* * * * * * * * *
1360 AGCGACTATAAATGGACTTTTCTATCCCATGGGTGGATTTTGCTTTACATTTCCCAAGGTAAACA
65 AGTGACTATAAATGG-CTTTTCTCT-CCATTGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACA
* * * *
1425 TTCAATTATAACATATTTTAGCCAAAACTATAAAAAAAATCAA
128 TTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATCCA
* *
1468 ACTTAAAAAGCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAA-CTGAGTAATAAGG-TTTGCAAAGGTT
1 ACTT-AAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTT-CAAAGGCT
* * * * *
1531 TGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGTTTCATGTTT-CTCAAGACAA
63 TGAGTGACTATAAATGG-CTTTTCTCT-CCATTGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGGCAA
* * * * *
1595 GCATTTC-ATAATAGCATATTTTAATCGAAAATGTAAAAAAATCCA
125 ACA-TTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCA
*
1640 ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA
* * * * *
1705 GTGACTATAAA-GGTACTTTTCTCTCTAATTGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACA
66 GTGACTATAAATGG--CTTTTCTCTC-CATTGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACA
*
1769 TTCAATTGTAACATATTTTAACCAA
128 TTCAATTATAACATATTTTAACCAA
1794 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 835, Mismatches: 146, Indels: 59
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 11 0.01
170 189 0.23
171 328 0.39
172 183 0.22
173 121 0.14
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (169 bp):
ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA
GTGACTATAAATGGCTTTTCTCTCCATTGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTC
AATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCA
Found at i:1705 original size:514 final size:513
Alignment explanation
Indices: 613--1715 Score: 1418
Period size: 513 Copynumber: 2.1 Consensus size: 513
603 NNNNNNNNNN
* * *
613 ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAATGCGAGCGATAAGGCTTTTAAAGGCTTAA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAATGCGAGCAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA
* * * * *
678 CTGACTATACATGGCTTTTCTTACCAATAGATAGCTTTTCCTTCACATTTCCTGAGGTAAAGAAT
66 GTGACTATAAATGGCGTTTCTTACCAATAGATAGCTTTTCCTTCACATTTCCTGAGGCAAAAAAT
* **
743 CAATTATAATATATTTTAACCCAAAATGTAAAAAAATCCAACGTTAAATCGATTATGAGAATATA
131 CAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCCAACGTTAAATCGATTATGAGAATATA
* * * *
808 AAACCAGTTATAGCGAGTAATAAAGGTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAAAAATGTGCTTTTCTCTC
196 AAACCAGTTATAGCAAGTAATAAAGGTTTCAAAAGCTTGAGCGACTAAAAATGTGCTTTTCTATC
** * ** * ** *
873 CGTTGCATGGCCTTTGCTTTATGTTTCCTAAGGCAGGCATTCAATTACAACATATTTTAACTAAA
261 CCATGCATGGACTTTGCTTTACATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTACAACATATTTTAACCAAA
* * * *
938 AATGTAAAATAAATCCAACTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
326 AATATAAAAAAAATCAAACTTAAAAGCAATTATAAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* *
1003 GGATTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGTACTTTTCTCTCCATTGCATGGCTTTTGCTTCAAG
391 GGATTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCATTGCATGGCTTTTGCTTCAAG
** *
1068 TTTCCAAAGGTAGTCATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAAATAAAAAAAATCCA
456 TTTCCAAAGCAAGTCATTCAATAATAACATATTTTAACAAAAAAATAAAAAAAATCCA
* * *
1126 ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATCATTTAATGCGAGCAGTAAGGCTGTCGAAA-GCTTG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAATGCGAGCAATAAGGCTTTC-AAAGGCTTG
* * * * * *
1190 AGTGACTATAAATGGCGTTTCTTGCCAATTGATGGTTTTTGCTTCCCATTTCCTGAGGCAAAAAA
65 AGTGACTATAAATGGCGTTTCTTACCAATAGATAGCTTTTCCTTCACATTTCCTGAGGCAAAAAA
* * *
1255 TCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTTAAATCGATTATGAGAATAT
130 TCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCCAACGTTAAATCGATTATGAGAATAT
* *
1320 AAAACCA-TTCATAGCAAGTAATAAGGGTTTCAAACAG-TTGAGCGACTATAAATG-GACTTTTC
195 AAAACCAGTT-ATAGCAAGTAATAAAGGTTTCAAA-AGCTTGAGCGACTAAAAATGTG-CTTTTC
** * * * *
1382 TATCCCATGGGTGGATTTTGCTTTACATTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAACATATTTTAGC
257 TATCCCATGCATGGACTTTGCTTTACATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTACAACATATTTTAAC
* *
1447 CAAAACTATAAAAAAAATCAAACTTAAAAAGCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAA-CTGAG
322 CAAAAATATAAAAAAAATCAAACTT-AAAAGCAATTATAAGAATATAAAACCATTTAAAGC-GAG
* * *
1511 TAATAAGG-TTTGCAAAGGTTTGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTCTCCCA-TGGATGGCTTTT
385 TAATAAGGATTT-CAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CCATTGCATGGCTTTT
* * * * **
1574 GTTTCATGTTTCTC-AAGACAAG-CATTTC-ATAATAGCATATTTTAATCGAAAATGT-AAAAAA
448 GCTTCAAGTTTC-CAAAG-CAAGTCA-TTCAATAATAACATATTTTAA-CAAAAAAATAAAAAAA
1635 ATCCA
509 ATCCA
* * *
1640 ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAATGCGAGCAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA
1705 GTGACTATAAA
66 GTGACTATAAA
1716 GGTACTTTTC
Statistics
Matches: 507, Mismatches: 70, Indels: 25
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
512 3 0.01
513 294 0.58
514 195 0.38
515 15 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.15, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (513 bp):
ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAATGCGAGCAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA
GTGACTATAAATGGCGTTTCTTACCAATAGATAGCTTTTCCTTCACATTTCCTGAGGCAAAAAAT
CAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCCAACGTTAAATCGATTATGAGAATATA
AAACCAGTTATAGCAAGTAATAAAGGTTTCAAAAGCTTGAGCGACTAAAAATGTGCTTTTCTATC
CCATGCATGGACTTTGCTTTACATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTACAACATATTTTAACCAAA
AATATAAAAAAAATCAAACTTAAAAGCAATTATAAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
GGATTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCATTGCATGGCTTTTGCTTCAAG
TTTCCAAAGCAAGTCATTCAATAATAACATATTTTAACAAAAAAATAAAAAAAATCCA
Found at i:2697 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2451--4098 Score: 1623
Period size: 170 Copynumber: 9.7 Consensus size: 171
2441 CAGCTATAGT
* * * * * *
2451 ATATTTTAGCTAAAATTGTAAAAAAATCAAACTTAAAATTAATTATAAGAATATAAAACCATTTA
1 ATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTA
** *
2516 AA-CTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGTTG
66 AAGC-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATG
* * * * **
2580 GCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCCATAATAGT
130 GCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAAC
* * * * * *
2622 ATATTTCAGCCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCTATGATGACAATATAAAGCCATTTA
1 ATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTA
* *
2687 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATGAA-GGTACTTTTTCTCTATAATGGAT
66 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG-AC-TTTTCTCTCTAATGGAT
* * * * *
2751 GGCTTTTGCTTCATCTTTCCTAAGGCAGACATTTAACTGTAAC
129 GGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAAC
* * * **
2794 ATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAAGTTAAAACCAATTATGAAAAT-TGAAAATTATTT
1 ATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATAT-AAAACCATTT
* ** * * * *
2858 AAGGTAAGTAATAAAGCTTTTAAAGGCTTAAGTGACTATAAAT-GACTTTTCT-TGCCAATGGAT
65 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CTAATGGAT
* * * ** *
2921 GG-TGTTTGTTTCATGTTTCTTGAGGCAAGTATGCAATTATAAC
129 GGCT-TTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAAC
* * *
2964 ATATTTTGACCAAAAAT-TAAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATCATTT
1 ATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTT
* * * * *
3028 AAAGCGAGTAATAAGGGTTTCAAAAGCTTGAGTGACTAGAAATGGACTTTTCTCTCTGATGAATG
65 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATG
* *
3093 GCTTTTGCTTCATGTTT-CTGAAGGCAAACAATT-AAATATAAA
130 GCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGCAAAC-ATTCAATTATAAC
* * * * *
3135 AT-TTTTAACTAACAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCTATTATGAGAATATAAAACCATTTA
1 ATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTA
*
3199 AAGCGAGTACTAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCT-TACTAATGGATG
66 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CTAATGGATG
* * * * *
3262 GCTTTTTCATCATGTCTCCTAAGGCAGACATTCAATTACAAC
130 GCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAAC
* * * * *
3304 ATACTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGAATAGAAAACCATTTA
1 ATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTA
* * * * * ** *
3369 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTACTA-GCTTGAGTAACTATAAATGTG-CCTTTCTCTCTGTTGGGT
66 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGCTTGAGTGACTATAAATG-GACTTTTCTCTCTAATGGAT
* * * * ** *
3432 GACTTTTGCTTCAAGTTTCCTGAGGTAGTCATTCAATTATAAA
129 GGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAAC
* * * *
3475 ATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTA
1 ATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTA
* ** * * * *
3540 ATGCGAGCGATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAA-GGGCTTTTCT-TGCCAATTGATA
66 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CTAATGGATG
* * * * * *
3603 GCTTTTGTTTCAAGTTGCCTGATGCCAATA-ATT-AATTATAAA
130 GCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGCAA-ACATTCAATTATAAC
* ** * * * *
3645 ATGTTTTAATTAAAAATATAAAAAAATCCAACTTTAAATCAATTATGACAATATAAAATCATTTA
1 ATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTA
* * **
3710 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGGGACTATAAATGCACTTTTCTCTAGAATGGATGG
66 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGG
* * **
3775 CTTTTACTTCATGTTTTCTAAGGCAGGCATTCAATTATAAC
131 CTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAAC
* * * * * *
3816 ATATTTTGATCAAAAATTTTAAAAATTCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTA
1 ATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTA
* * * * *
3881 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTAAGTGAGTAGAAATAGACTTTTCTCTC-AGATGGATG
66 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTA-ATGGATG
* * *** * *
3945 GCTTTTGCTTCATGTTT-TTGAGGGGGACGTTCAATTATAAT
130 GCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAAC
* * ** * * * *
3986 ATATTTTGA-CAAAAATTGTAGAGCATTCCAACTTAAAATTAATTATAAGAATATTAAAA-GATT
1 ATATTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATA-TAAAACCATT
* * * *
4049 GAAAGTGGGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TTAGAGTGACTATAAATAGACTT
64 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTT-GAGTGACTATAAATGGACTT
4099 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1212, Mismatches: 229, Indels: 73
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 60 0.05
170 556 0.46
171 451 0.37
172 141 0.12
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
ATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTA
AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGG
CTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAAC
Found at i:3661 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 2462--4092 Score: 1595
Period size: 341 Copynumber: 4.8 Consensus size: 341
2452 TATTTTAGCT
* * * *
2462 AAAATTGTAAAAAAATCAAACTTAAAATTAATTATAAGAATATAAAACCATTTAAA-CTGAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAA
* * *
2526 TAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CCCATGGTTGGCTTTTGCTT
65 TAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAA-GGACTTTTCT-TGCCAATGGATGGCTTTTGTTT
* * * * ** * *
2590 CACGTTTCC-CAAGGCAAACATTCCATAATAGTATATTTCAGCCAAAAATGTAAAAAAATCCAAC
128 CATGTTTCCTGAAGGCAAA-ATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAAC
* * *
2654 TTAAAATCTATGATGACAATATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGT
192 TTAAAATCAATTATGACAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGT
* * * * * * *
2719 GACTATGAAGGTACTTTTTCTCTATAATGGATGGCTTTTGCTTCATCTTTCCTAAGGCAGACATT
257 GACTATAAATGTGC-CTTTCTCTCTGATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATT
* * * * *
2784 TAACTGTAACATATTTTAACC
321 CAATTATAAAATATTTTAATC
* * * * ** * **
2805 AAAAATGTAAAAAAATCCAAGTTAAAACCAATTATGAAAAT-TGAAAATTATTTAAGGTAAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATAT-AAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * *
2869 TAAAGCTTTTAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGACTTTTCTTGCCAATGGATGG-TGTTTGTTTC
65 TAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCT-TTTGTTTC
* * * * *
2933 ATGTTTCTTG-AGGCAAGTATGCAATTATAACATATTTTGACCAAAAAT-TAAAAAAAATCTAAC
129 ATGTTTCCTGAAGGCAA-AATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATCCAAC
* * * *
2996 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTCAAAAGCTTGAGT
192 TTAAAATCAATTATGACAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGT
* * * *
3061 GACTAGAAATG-GACTTTTCTCTCTGATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CTGAAGGCAAACAA
257 GACTATAAATGTG-CCTTTCTCTCTGATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGCAGAC-A
*
3124 TT-AAATATAAAAT-TTTTAA-C
319 TTCAATTATAAAATATTTTAATC
* * *
3144 TAACAATGT-AAAAAATTTCAACTTAAAATCTATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
1 -AAAAATGTAAAAAAATCT-AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * *
3208 CTAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGACTTTTCTTACTAATGGATGGCTTTT-TCAT
64 ATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGT-TT
* * * * * * *
3272 CATGTCTCCT-AAGGCAGACATTCAATTACAACATACTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAG
128 CATGTTTCCTGAAGGCA-AAATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAAC
* * * * *
3336 TTAAAATCAATTATGAGAATAGAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTACTA-GCTTGAG
192 TTAAAATCAATTATGACAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGCTTGAG
* * * * * * * *
3400 TAACTATAAATGTGCCTTTCTCTCTGTTGGGTGACTTTTGCTTCAAGTTTCCTGAGGTAGTCATT
256 TGACTATAAATGTGCCTTTCTCTCTGATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATT
3465 CAATTATAAAATATTTTAATC
321 CAATTATAAAATATTTTAATC
* * * **
3486 AAAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAATGCGAGCGAT
1 AAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
3551 AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAGGGCTTTTCTTGCCAATTGATAGCTTTTGTTTCAA
66 AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGTTTCAT
* * * * * ** * *
3616 GTTGCCTGATGCCAATAATT-AATTATAAAATGTTTTAATTAAAAATATAAAAAAATCCAACTTT
131 GTTTCCTGAAGGCAA-AATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTA
* *
3680 AAATCAATTATGACAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGGGAC
195 AAATCAATTATGACAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAC
* * *
3745 TATAAA--TGCACTTT-TCTCTAGAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTTCTAAGGCAGGCATTC
260 TATAAATGTGC-CTTTCTCTCT-G-ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTC
* *
3807 AATTATAACATATTTTGATC
322 AATTATAAAATATTTTAATC
* * *
3827 AAAAATTTTAAAAATTCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * *
3892 AAGGCTTTTAAAGGCTTAAGTGAGTAGAAATAGACTTTTC-T-CTCAGATGGATGGCTTTTGCTT
66 AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAA-GGACTTTTCTTGC-CA-ATGGATGGCTTTTGTTT
* * ** ** * * * ** *
3955 CATGTTT-TTGAGGGGGACGTTCAATTATAATATATTTTGA-CAAAAATTGTAGAGCATTCCAAC
128 CATGTTTCCTGAAGGCAAAATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAAATCCAAC
* * * * * * *
4018 TTAAAATTAATTATAAGAATATTAAAA-GATTGAAAGTGGGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TTAGA
192 TTAAAATCAATTATGACAATA-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTT-GA
4081 GTGACTATAAAT
255 GTGACTATAAAT
4093 AGACTTNNNN
Statistics
Matches: 1055, Mismatches: 193, Indels: 81
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 20 0.02
340 277 0.26
341 491 0.47
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AAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGTTTCAT
GTTTCCTGAAGGCAAAATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAA
AATCAATTATGACAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACT
ATAAATGTGCCTTTCTCTCTGATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATT
ATAAAATATTTTAATC
Found at i:4681 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 13.1 Consensus size: 170
4189 NNNNNNNNNN
* * * * *
4199 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATGCTATTATGGAA
1 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGA-TTTTTTACATTTTTGGTCAAAATATGTTATAATTGAA
* * ** **
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* *
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* * * * * **
4370 TATTCTTATAATTGATTTTAAGTTTGATTTTTAACAGTTTTGGT-AAAATATGCTATAGCTGAAT
1 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTACATTTTTGGTCAAAATATGTTATAATTGAAT
* * * * **
4434 GTCTACC-TCGATAAACATGATGCAAAACCCATCCATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
66 GTCTGCCTTAGA-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATCAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
** ** * * * *
4498 CTAA-TTTTTGAAAGAATTATTACCCACTTTAAATGCTTTAA
130 C-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* **
4539 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTGTTTTACATTTGTGGTCAAAATATGTTATAATCAAA
1 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATT-TTTTACATTTTTGGTCAAAATATGTTATAATTGAA
** * * ** * * * *
4604 CATCTACCTTAAAAAATGTGAAGCAAAATCCATCCATCAAAGAGAAAAGTCCATTTCTAGTAACT
65 TGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATCAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * *
4669 CAACCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAGATGATTTTA
130 CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
4710 TATTCTTATAATTTATTTTCAGTTAGATTTTTTGAAATTTTTGATGAAAATATGCTATAATTGAA
1 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTT-ACATTTTTGGTCAAAATATGTTATAATTGAA
* * * * * * * ** * *
4775 TGCCTACCTCT-GGAAACATGAAGTAAAAACTATCTATTGGAAAGAAAAG-CCATTTATAATCAC
65 TGTCTGCCT-TAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATCAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * *
4838 TCAAGCCTTTGAAAGCTTTACTAATCGGC-TTAAA-GAGTATTA
129 TCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATG-GTTTTA
* ** * ** * *
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1 TATTCT-CATAATTGATTTTAAGTTAGA-TTTTTTACATTTTTGGTCAAAATATGTTATAATTGA
* * * * * ** *
4944 ATGTCTGACTTAGGAAACATGAAGTAAAAGTCATCCATTAGAGAGAAAAGTACC-TTTCCAATCA
64 ATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATCAGAGAGAAAAGT-CCATTTATAGTCA
* * * * *
5008 TTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTG
128 CTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
5051 TTTTGTCATAATTGATTTTAAGTTTGAGTGTTTTACATTTTTGGTCAACATATGTTATAATTGAA
1 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGA-TTTTTTACATTTTTGGTCAAAATATGTTATAATTGAA
* * ** * * * *
5116 TGTTTGCCTCAGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATCAAAGAGAAAAGTCTATTTCTAATCACT
65 TGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATCAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
*
5181 GAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAATGGTTTTA
130 CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTA
* * * ** **
5222 TATTCTTATAATTGATTTTAAGTTCGACTTTTTTACAGTTTTGG-CTAAAATATACTATAGCTGA
1 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGA-TTTTTTACATTTTTGGTC-AAAATATGTTATAATTGA
*** * * * * * *
5286 ATGTCAAACTCA-ATAAACATGATGCAAAAGCTATCCATGAGAGAGAAAGGTTCATTTATAG-CT
64 ATGTCTGCCTTAGA-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATCAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTC-
* * * ** *
5349 ACTCTAA-CCTTTGGAAGCCTTATT-CCCTACTTTAAATTCTTTAA
127 ACTC-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTA
* *
5393 TATTCTCATAATTGATTTTAAG-TCGATTGTTTTACATTTTTGGTCAAAATATGTTATAATTGAG
1 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATT-TTTTACATTTTTGGTCAAAATATGTTATAATTGAA
** * * * * * *
5457 CATCCGCCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATCAGAGAGAAAAGTCCATTTCTACTCCCT
65 TGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATCAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
*
5522 CAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTA
130 CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
5562 TATTCTCATAATT-ATTTTTAAGTTACATTTTTTAAAAGTTTTGATCAAAATATGTTATAATTGA
1 TATTCTCATAATTGA-TTTTAAGTTAGATTTTTT-ACATTTTTGGTCAAAATATGTTATAATTGA
* * * * ** ** *
5626 ATGTCTGTCTCATG-AAATATGAAGTAAAAATCATCCATTGGCA-AGAAAA-ACCATTTATAGTC
64 ATGTCTGCCTTA-GAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATCAG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * *
5688 ACTCAAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCGCCTTAAATAG-TTTA
127 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * *
5731 TATTCTCATAATTGGTGTTAACTTGGATTTTTTTACATATTTAGTTAAAATATGTTACAATTGAA
1 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGA-TTTTTTACATTTTTGGTCAAAATATGTTATAATTGAA
* * * *
5796 TGTTTGTCTCAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCCT-AGAGAGAAAAGTACC-TTTATAGTCAC
65 TGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATCAGAGAGAAAAGT-CCATTTATAGTCAC
* * *
5859 TCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTGCTAGCTTTAAATAGTTTTA
129 TCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
*
5901 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTCAAAATATGATATAATTGAA
1 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGA-TTTTTTACATTTTTGGTCAAAATATGTTATAATTGAA
* ** * * *
5966 TGTTTGCCTTAGAAAATGTGAAGCAAAAGCTATCCATCAGAGAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACT
65 TGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATCAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
*
6031 CAAGCCTTTGAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTA
130 CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* *
6072 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTAAAATTTTTGGTCAAAATATGTTATAATTGCA
1 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTT-ACATTTTTGGTCAAAATATGTTATAATTGAA
* * * ** *
6137 T-ACTTGCCTTAGGAAACATGAAACAAACA-CCATCCATTGGAAAGAAAAG-CCATTTATAGTCA
65 TGTC-TGCCTTAGAAAACATGAAGCAAA-AGCCATCCATCAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * **
6199 CTCAAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTTGCCTTAAATAATTTTA
128 CTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* ** * * *
6242 TATTCTCATAATTGGTTTTCACTTTA-ATTTTTTTGCATTTTTGGTTAAAATATGTTACAATTGA
1 TATTCTCATAATTGATTTT-AAGTTAGA-TTTTTTACATTTTTGGTCAAAATATGTTATAATTGA
* * * * *
6306 ATGTTTGTCTTAGAAAACATGAAGCAAAAACCATCCATTAGAGAGAAAAGTACC-TTTATAGTCG
64 ATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATCAGAGAGAAAAGT-CCATTTATAGTCA
*
6370 CTCAAGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
128 CTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
6413 TATTCTCATAA
1 TATTCTCATAA
6424 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTACATTTTTGGTCAAAATATGTTATAATTGAAT
GTCTGCCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATCAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
Found at i:4993 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 4199--6423 Score: 2091
Period size: 341 Copynumber: 6.5 Consensus size: 341
4189 NNNNNNNNNN
* * * *
4199 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATGCTATTATGGAA
1 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAA
* * * * **
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* *
4328 TTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAATAGTTTTATATTCTTATAATTGATTTTAAG
130 TCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATA-TTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAG
* * * ** * *
4392 TTTGA-TTTTTAACAGTTTTGGT-AAAATATGCTATAGCTGAATGTCTACCTC-GATAAACATGA
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* * * * ** **
4454 TGCAAAACCCATCCATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCTAA-TTTTTGAAAGAATTAT
256 AGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * *
4518 TACCCA-CTTTAAATGCTTTAA
320 TACTCAGCTTTAAATGGTTTTA
* * * **
4539 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTGTTTTACATTTGTGGTCAAAATATGTTATAATCAAA
1 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAA
** * * * * * *
4604 CATCT-ACCTTAAAAAATGTGAAGCAAAA-TCCATCCATCAAAGAGAAAAGTCCATTTCTAGTAA
66 TGTCTGA-CTTAGAAAATATGAAGCAAAAGT-CATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * *
4667 CTCAACCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAGATGATTTTATATTCTTATAATTTATTTTCAG
129 CTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * *
4732 TTAGATTTTTTGAAATTTTTGATGAAAATATGCTATAATTGAATGCCTACCTCTGGAAACATGAA
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* * * * * * *
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* * *
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322 CTCAGCTTTAAATG-GTTTTA
* ** * ** *
4880 TATTCTCCA-AATTGGTTTTAACATGGATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATGTTACAATTGA
1 TATTCT-CATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGA
* * * ** *
4944 ATGTCTGACTTAGGAAACATGAAGTAAAAGTCATCCATTAGAGAGAAAAGTACC-TTTCCAATCA
65 ATGTCTGACTTAGAAAATATGAAGCAAAAGTCATCCATTAGAGAGAAAAGT-CCATTTATAGTCA
* * * * * *
5008 TTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTTTTGTCATAATTGATTTTAAG
129 CTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-TTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * ** **
5073 TTTGAGTGTTTTACATTTTTGGTCAACATATGTTATAATTGAATGTTTGCCTCAGAAAATGTGAA
193 TTAGA-TTTTTTAAATTTTTGGTCAAAATATGTTATAATTGAATGCCTGCCTCAGAAAACATGAA
** * * * *
5138 GCAAAAGCCATCCA-TCAAAGAGAAAAGTCTATTTCTAATCACTGAAGCCTTTGAAAGCCTTATT
257 GCAAAAGCCATCCATTGGAA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATT
5202 ACTCAG-TTTAAATGGTTTTA
321 ACTCAGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * ** **
5222 TATTCTTATAATTGATTTTAAGTTCGACTTTTTTACAGTTTTGGCTAAAATATACTATAGCTGAA
1 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAA
** * * * * * *
5287 TGTCAAACTCA-ATAAACATGATGCAAAAG-CTATCCATGAGAGAGAAAGGTTCATTTATAG-CT
66 TGTCTGACTTAGA-AAATATGAAGCAAAAGTC-ATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTC-
* * *
5349 ACTCTAA-CCTTTGGAAGCCTTATT-CCCTACTTTAAAT-TCTTTAATATTCTCATAATTGATTT
128 ACTC-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATAT-TTT-ATATTCTCATAATTGATTT
* *
5411 TAAG-TCGATTGTTTTACATTTTTGGTCAAAATATGTTATAATTGAGCAT-CC-GCCTCAGAAAA
189 TAAGTTAGATT-TTTTAAATTTTTGGTCAAAATATGTTATAATTGA--ATGCCTGCCTCAGAAAA
* ** * * * * *
5473 CGTGAAGCAAAAGCCATCCATCAGAGAGAAAAGTCCATTTCTACTCCCTCAAGCTTTTGAAAGCC
251 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCC
5538 TTATTACTC-GCTTTAAATGG-TTTA
316 TTATTACTCAGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
5562 TATTCTCATAATT-ATTTTTAAGTTACATTTTTTAAAAGTTTTGATCAAAATATGTTATAATTGA
1 TATTCTCATAATTGA-TTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGA
* * * * * *
5626 ATGTCTGTCTCATG-AAATATGAAGTAAAAATCATCCATTGGCA-AGAAAA-ACCATTTATAGTC
65 ATGTCTGACTTA-GAAAATATGAAGCAAAAGTCATCCATTAG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * * *
5688 ACTCAAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCGCCTTAAATAGTTTATATTCTCATAATTGGTGTTAAC
128 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * ** *
5753 TTGGATTTTTTTACATATTTAGTTAAAATATGTTACAATTGAATGTTTGTCTCAGAAAACATGAA
193 TTAGA-TTTTTTAAATTTTTGGTCAAAATATGTTATAATTGAATGCCTGCCTCAGAAAACATGAA
* * *
5818 GCAAAAGCCATCC-CTAGAGAGAAAAGTACC-TTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATT
257 GCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGT-CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATT
* *
5881 GCT-AGCTTTAAATAGTTTTA
321 ACTCAGCTTTAAATGGTTTTA
* *
5901 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTCAAAATATGATATAATTGAA
1 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAA
* * * * * *
5966 TGTTTGCCTTAGAAAATGTGAAGCAAAAG-CTATCCATCAGAGAGAAAAGTCTATTTCTAGTCAC
66 TGTCTGACTTAGAAAATATGAAGCAAAAGTC-ATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* *
6030 TCAAGCCTTTGAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGT
130 TCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * *
6095 TAGATTTTTTAAAATTTTTGGTCAAAATATGTTATAATTGCATACTTGCCTTAGGAAACATGAAA
194 TAGATTTTTT-AAATTTTTGGTCAAAATATGTTATAATTGAATGCCTGCCTCAGAAAACATGAAG
*
6160 CAAACA-CCATCCATTGGAAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCTTTATTA
258 CAAA-AGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
* * **
6223 CT-TGCCTTAAATAATTTTA
322 CTCAGCTTTAAATGGTTTTA
* ** * *
6242 TATTCTCATAATTGGTTTTCACTTTA-ATTTTTTTGCATTTTTGGTTAAAATATGTTACAATTGA
1 TATTCTCATAATTGATTTT-AAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGA
* * * ** *
6306 ATGTTTGTCTTAGAAAACATGAAGCAAAAACCATCCATTAGAGAGAAAAGTACC-TTTATAGTCG
65 ATGTCTGACTTAGAAAATATGAAGCAAAAGTCATCCATTAGAGAGAAAAGT-CCATTTATAGTCA
* *
6370 CTCAAGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAA
129 CTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTATATTCTCATAA
6424 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1544, Mismatches: 277, Indels: 127
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
337 2 0.00
338 78 0.05
339 198 0.13
340 319 0.21
341 671 0.43
342 270 0.17
343 6 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAA
TGTCTGACTTAGAAAATATGAAGCAAAAGTCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTA
GATTTTTTAAATTTTTGGTCAAAATATGTTATAATTGAATGCCTGCCTCAGAAAACATGAAGCAA
AAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCA
GCTTTAAATGGTTTTA
Found at i:7001 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6524--13216 Score: 6088
Period size: 171 Copynumber: 39.2 Consensus size: 169
6514 NNNNNNNNNN
* * ** *
6524 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCT-TGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTGCCCAATGCT
1 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGA-GGT
* * * * *
6588 -GACAATT-AATTATAAAATGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCGATTATG
64 AGAC-ATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TCCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * *
6651 AGAATATAAAACTAATTATAGTGAGTAATATGGGTTTCAAAGG
127 AGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * *
6694 CTTGAGTGACTATAAATGTGCCTTTCTCTCTATTGCG-TGGCTTTTGCTTCATG-TTCCTAAGGC
1 CTTGAGTGACTATAAATG-GCTTTTCTCTCTAATG-GATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGT
* * * *
6757 A-AGCATTCAATTACAACATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATA
64 AGA-CATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATG
* * *
6821 AGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTAAAGG
127 AGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* ** * * * * * * *
6864 CTTGAGTGACTATAAATACGCTTTTCTCTCTGTTGCATGGCTTTCGCTTTAAGTTTCTTAATGTA
1 CTTGAGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGTA
*
6929 GTCATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAACAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
65 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * **
6994 GATATAAAACCGTTTAATGCGAGCGATAAGGCTTTCAAAGG
129 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * **
7035 TTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCT-TGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTACGACA
1 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT--GAGG
* * *
7099 AAGA-A-TCAATTATCACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCCAACCTT-AAATCGATTAT
63 TAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TCCAA-CTTAAAATCAATTAT
* * *
7161 GAGAATATAAAACCAGTTATAGCGAGTAATAAGGGTTTCAAAGG
126 GAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * *
7205 CTTGAGTGACTATAAATGTGCTTTTTTCTCTATTGCATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCTAAGGCA
1 CTTGAGTGACTATAAATG-GCTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGTA
* * * * *
7270 GGCATTCAATTACAACATATTTTAACTAAAAATGTAAAACAATCTAACTTAAAATCAATTATAAG
65 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
7335 AATATAAAACTACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAG
129 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * ** * *
7376 CTTGAGTGACTATAAATGCGCTTTTCTCTCCATTACATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCTAAGGTA
1 CTTGAGTGACTATAAATG-GCTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGTA
* * * * *
7441 GTCATTTAGTTATAACATATTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATTAATTATGAG
65 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
7506 AATATAAAACTATTTAATGCGAGTGATAAGGCTTTTAAAAG
129 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * *
7547 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCT-TGTCCATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGTA
1 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTCTCT-AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGTA
* * * * * *
7611 AAGAATCAATTATAACATATTTTAACCCAAAATGTAAAAAATTCCAA-TGTTAAATCGATTATGA
65 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TCCAACT-TAAAATCAATTATGA
* * * *
7675 GAATATAAAACGAGTTATAGCGAGTAATAAGGGTTTCAAAGG
128 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
*** * *
7717 CTTGAGTGACTATAAATGTGCTTTTCTCTCCGTTGCATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCA
1 CTTGAGTGACTATAAATG-GCTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGTA
* * * ** * *
7782 GTCATTCAATTACAACATATTTTAACTAAAAGTATAAAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATA
65 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAA--AT-GTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATG
* * *
7847 AGGATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG
127 AGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * *
7890 CTTGAGTGACTATAAATGTGCTTTTCTCTCCATTGCATGACTTTTGCTTCAAGTTTCCTAAGGTA
1 CTTGAGTGACTATAAATG-GCTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGTA
* * ** * **
7955 GTCATTCAATAATAACATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATATAACTTAAAATCAATTATGAG
65 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** *
8020 AATATAAAACCATTTAATGCGAGTGGTAAGACTTTCAAAGG
129 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * *
8061 CTTGAATGACTATAAATGACTTTTCT-TACCAATTGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGTA
1 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGTA
* * ** * *
8125 AACAATCAATTATAACATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTCCAACCTT-CAATCGATTATGA
65 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TCCAA-CTTAAAATCAATTATGA
* *
8189 GAATATAAAACCATTTATAGCGAGTAATAAGGGTTTCAAAGG
128 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * ** ** *
8231 CTTCAGCGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCT-ATGGGTGGATTTTGCTTTACATTTCCCAAGGA
1 CTTGAGTGACTATAAATGG-CTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGT
* * * * * * * * **
8295 ATACATTCAACTACAATATATTTTAGCCAGAACTATAAAAAAATTGAACTTAAAAATCAATTATG
64 AGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATCCAACTT-AAAATCAATTATG
8360 AGAATATAAAACCATTTAAA-CTGAGTAATAAGG-TTTGCAAAGG
127 AGAATATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTT-CAAAGG
* ** * ** *
8403 CTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGTTTCATGTTTCCCAAGGAA
1 CTTGAGTGACTATAAATGG-CTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGTA
* * * * *
8468 AACATTCCATAATAGCATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
65 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
*
8533 AATATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
129 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
*
8574 CTTGAGTGACTATAAA-GGTACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGC
1 CTTGAGTGACTATAAATGG--CTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGT
* * * * * * * *
8638 AAACATTTAATTGTAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTGAAACCAATTATAA
64 AGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
8703 GAATATAAAACTATTTAAGGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGG
128 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * *
8745 TTTGAGTGACTATAAATGGCGTTTCT-TGTCAATGGATGGTTTTTGGTTCATGTTTCCTGAGGCA
1 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTCTCT-AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGTA
** * * * *
8809 -AGTTTTCAATTATAGCATATTTTGACCAAAAATTTTAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGA
65 GA-CATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
8873 GAATATAAAACCATTTACAGTGAGTGATGAGGCTTTCAAAGG
128 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * * ** * * *
8915 CTTGAGTGACAAGAAATAGACTTTTCTCTTTGATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTTCTAAGGCA
1 CTTGAGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGTA
* * *
8980 GACATTCAATTATAACATGTTTTGACCAAAAACGTAAAACAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
65 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
9045 AATATTAAAGCATTGAAAATG-GA-TAGTAAGGCTTTCAAAGG
129 AATATAAAACCATT-TAAA-GCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * *
9086 -TTAAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTCATGGATGGCTTTTGCATCATGTTT-ATCAAGG
1 CTT-GAGTGACTATAAATGG-CTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-GAGG
** ** * * * *
9149 TAGACATTCAGCTATATTATATTTTAGCTAAAACTGTAAAAAAATCGAACTTAAAATCAATTATG
63 TAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATG
**
9214 ACGAATATTAAAACCATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
127 A-GAATA-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
** * ** *
9259 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCGATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGCA
1 CTTGAGTGACTATAAATGG-CTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGTA
* * ** * * * * *
9324 GACATTCTATAATAGTATATTTTAGCTAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCTATGATGAC
65 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
9389 AATATATAGCCATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTCAAAAG
129 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
*
9430 CTTGAGTGACTATAAA-GGTACTTTTTCTCTCTAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGG
1 CTTGAGTGACTATAAATGG--C-TTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGG
* * * * * *
9494 CAGACATTTAATTGTAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAGCCAAGTTAAAACCAATTATG
63 TAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
9559 A-AAGTAAAAAACTATTTAAGGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGG
127 AGAA-TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * *
9602 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCT-TACAAATAGATGGTTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCA
1 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGTA
* * * * *
9666 -AGTATGCAATTATAACATATTTTGACCAAAAATTTTAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGA
65 GA-CATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
*
9730 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAG
128 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * *
9772 CTTGAGTGACTAGAAATGGACTTTTCTCTATGATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CTCAAGGC
1 CTTGAGTGACTATAAATGG-CTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-GAGGT
* * * * * *
9836 AAACAATT-AAATATAAAATTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCTATTATG
64 AGAC-ATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TCCAACTTAAAATCAATTATG
* *
9900 AGAATATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAAAGG
127 AGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * *
9943 CTTGAGTGACTATAAATGACTTTTCT-TATCAATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTGAGGCA
1 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTCTCT-AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGTA
* * * * *
10007 GACATTCAATTACAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTTCAAGTTAAAATCAATTATGAG
65 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * **
10072 AATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTACTGG
129 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * ** * * * *
10113 CTTGAGTAACTATATATGTGCATTTCTCTCTGTTGGGTGCCTTTTGTTTCAAGTTTCCTGAGGTA
1 CTTGAGTGACTATAAATG-GCTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGTA
* * * *
10178 GTCATTCAATTATAATATATTTTAACCAAATATATTATTAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTAT
65 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAA-A-A-T-GTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTAT
* **
10243 GAGAATATAAAACCATTTAATGCGAGCGATAAGGCTTTCAAAGG
126 GAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * * * *
10287 CTTGAGTGACTATAAAGGGCTTTTCT-TGCCAATGAATAGCTTTTGTTTCACGTTGCCTGACGCT
1 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGA-GGT
* * * *
10351 -GGCAATT-AATTATAA-AGTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATCCAATTTAAAATCAATTAT
64 AGAC-ATTCAATTATAACA-TATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTAT
* ** *
10413 GACAATATAAAAGTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
126 GAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * ** * * * * **
10457 CTTGAGGGACTATAAACGTACTTTTCTTTGGAATAGATGGCTTTTGCTTCATATTTTCTAAGACA
1 CTTGAGTGACTATAAATG-GCTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGTA
* * ** * *
10522 GACATTCAATTATAACATATTTTGACCAAAAATTTTAAAAAATTTAACTTAAAATCAGTTATAAG
65 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
10587 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTAAAGG
129 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * **
10628 CTTGAGTGAGTAGAAATAGACTTTTCTCTCTGATAAATGGCTTTTGCTTCTCAT-TTT-CTGAGG
1 CTTGAGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGC-T-TCATGTTTCCTGAGG
* * * * * * *
10691 TAGACGTTCAATTATAACATATTTTGACCTAAATTGTAAAGCAATCCAATTTAAAATCAATTATA
63 TAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATCCAACTTAAAATCAATTATG
* ** * * *
10756 AGAATATTAAAGGATTGAAAGTGGGTAATAAGGCTTTCAAAGG
127 AGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* ** * * * *
10799 -TTAGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCCCATGGATAGCTTTTGCATCACGTTT-ATCGAGG
1 CTT-GAGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-GAGG
*** ** * ** * * *
10862 TAGACATTCAGCAATAGTATACTTTCGCCAAAACTGTAAAAAAATCGAACCTAAAATCAATTATG
63 TAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATG
* * * *
10927 AGAATATAATACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGTTTTCAAAAG
127 AGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * ** * *
10970 CTTGAGTGACTAGAAATGGACTTTTCTCTCTAATGAATAGCTTTTACTTCACATTTTCT-ATGGC
1 CTTGAGTGACTATAAATGG-CTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGA-GGT
* * * **********
11034 AGACGTTCAATTATAAAATATTTTGACCAAAAATGTAAAACAATCCAANNNNNNNNNNATTATGA
64 AGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * *
11099 GAATATTAAAGCATTTAAAGTGGGCAACAAGGCTTCCAAAGG
128 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
** * * *
11141 -TTAGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCATCACGTTT-ATCGAGG
1 CTT-GAGTGACTATAAATGG-CTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-GAGG
* ** * ** * * * ** *
11204 TAAACATTCAGCTGTAGTATATTTTAGCCAAAACTGTTAAAAATTTAAACTTAAAATCAATTATA
63 TAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATG-TAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATG
* *
11269 AAAATATAAAACTATTTAAA-CTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
127 AGAATATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * ** ** **
11312 CTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTTTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGTC
1 CTTGAGTGACTATAAATGG-CTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGT-
* * * *
11377 A-ACATTCCATAATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACCTAAAATCAATTATGA
64 AGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
11441 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
128 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * *
11483 CTTGAGTGATTATTAAGAT-ACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGT
1 CTTGAGTGACTA-TAA-ATGGCTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGT
* * ** * * *
11547 AGACATTCAATTGTAACATATTTTAACCAAAAATCTAAAAACATTTAAGTTGAAACCAATTATGA
64 AGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
11612 GAATATAAAACTATTTAAGGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGG
128 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * * * **
11654 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCT-TACCAATGGGTGGTTTTTGCTTTATATTTCTTGACGCG
1 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGTA
* * * **
11718 GGCATTCAATTACAACATATTTTAACCAAAAATTTTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
65 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
11783 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTCAAAAG
129 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * * ** * * *
11824 CTTGAGTGAATAGAAATAGACTTTTCTCTTTGATGGATGGCTTTCGCTTCACATTTTCTAAGGCA
1 CTTGAGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGTA
** * * * *
11889 GACATTCAATTATATTATATTTTGACCAGAAATGTAAAAATATCTAACTTAAAATAAATTATGAG
65 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
11954 AATAGAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
129 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* *
11995 CTTGAGTGACTATAAA-GGTACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCTGAGGC
1 CTTGAGTGACTATAAATGG--CTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGT
* * * * ** * * *
12059 AAACATTCAACTGTAGCATATTTTAACCAACTATGTAACAAAATCGAAGTTAAAACCAATTATGA
64 AGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
12124 GAATAT-AAACTATTTAAGGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGG
128 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * ** * * ** *
12165 CTTGAGTGACTATAAATAGCTTTTCT-TGTGAATGAATGATTTTTACTTCATATTTGATGAGATA
1 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTCTCT-AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGTA
* * * * *
12229 GGCATTCAATTATAACATATTTTGATCAAAAATTTTAAAAAATCTAACTTAAAAAT-AATTATGA
65 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAATCCAACTT-AAAATCAATTATGA
*
12293 GAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
128 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * ** *
12335 CTTGAGTGAGTAGAAACGGACTTTTCTCTCTGATGGATGGCGTTTGCTTCACATTTTCTGAGGTA
1 CTTGAGTGACTATAAATGG-CTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGTA
** * * * *
12400 GACGCTCAATTATAACATATTTTGACCAAAAATGGGAAACAAT-CACCTTAAAATCAATTATGAG
65 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** * * * *
12464 AATATTAAAGTATTTAAAGTGGGGAATAAGGCTTCCAAAGG
129 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* ** ** * * * *
12505 -TTAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTCCCATGGACAGCTTTTGCATCACGTTT-ATCAAGG
1 CTT-GAGTGACTATAAATG-GCTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-GAGG
** ** * * * * * *
12568 TAGACATTCAGCTATAGTATATTTTAGCCAAAACTATAAAAAAGTCAAACTTGAAATCAATTATA
63 TAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TCCAACTTAAAATCAATTATG
*
12633 AGAATATAAAACCATTTAAA-CTGAGTGATAAGGCTTTCAAAGG
127 AGAATATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * *
12676 CTTGAGTAACTAGAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTGAGGCA
1 CTTGAGTGACTATAAATGG-CTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGTA
* * * *
12741 GACATTCAATTATAACATATTTTTACAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAC
65 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
********** * *
12806 ANNNNNNNNNNATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG
129 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * *
12847 CTTAAGTGACTGTAAA-GGCACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTTCTGAGGC
1 CTTGAGTGACTATAAATGG--CTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGT
* * * * *
12911 AAACATTCAATTGTAACATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATCCAAGTTAAAA-CTAATTAGG
64 AGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATC-AATTATG
* * * * *
12975 AGATTATAAAACTC-TTT-AAGCCCATTAATAAAGCTTTCAAATG
127 AGAATATAAAAC-CATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * * *
13018 CTTGAGTGACTATAAATAGTTTTTCTTTCCAATGGATGGTTTTTACTTCATGTTTCCAGAGGTA-
1 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGTAG
* * * * *
13082 AGCATTCAATTATAGCATATTTTCACCAAAAATTTGAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATAAG
66 A-CATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
13147 AATATAAAACCATCTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
129 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
*
13188 CTTGAGTGACTAGAAATGGACTTTTCTCT
1 CTTGAGTGACTATAAATGG-CTTTTCTCT
13217 TTGANNNNNN
Statistics
Matches: 5309, Mismatches: 1045, Indels: 337
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 139 0.03
170 1592 0.30
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172 376 0.07
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174 83 0.02
175 7 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGTAG
ACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAA
TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
Found at i:7168 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 6524--13216 Score: 6102
Period size: 341 Copynumber: 19.6 Consensus size: 338
6514 NNNNNNNNNN
* * ** * *
6524 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCT-TGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTGCCCAATGCT
1 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCTGAGGCA
* * * * *
6588 GACAATT-AATTATAAAATGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCGATTATGA
65 GAC-ATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TCCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * *
6652 GAATATAAAACTAATTATAGTGAGTAATATGGGTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGTGCCT
128 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATG-GCTT
* * * *
6717 TTCTCTCTATTGCG-TGGCTTTTGCTTCATG-TTCCTAAGGCAAGCATTCAATTACAACATATTT
192 TTCTCTCCAATG-GATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AGGCAAACATTCAATTATAACATATTT
* * *
6780 TAACTAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACCATTTAAAGCAA
255 TAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGA
* *
6845 GTAATAAGACTTTTAAAGG
320 GTAATAAGGCTTTCAAAGG
* ** * * * * * * *
6864 CTTGAGTGACTATAAATACGCTTTTCTCTCTGTTGCATGGCTTTCGCTTTAAGTTTCTTAATGTA
1 CTTGAGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCTGAGGCA
*
6929 GTCATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAACAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
65 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * ** *
6994 GATATAAAACCGTTTAATGCGAGCGATAAGGCTTTCAAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGCTTTT
129 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGCTTTT
* * * * * *
7059 CT-TGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTACGACAAAGAATCAATTATCACATATTTTA
194 CTCT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTA-GGCAAACATTCAATTATAACATATTTTA
* * * * *
7123 ACCAAAAATGTAAAAAATTCCAACCTT-AAATCGATTATGAGAATATAAAACCAGTTATAGCGAG
257 ACCAAAAATGTAAAAAAATCTAA-CTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAG
*
7187 TAATAAGGGTTTCAAAGG
321 TAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * *
7205 CTTGAGTGACTATAAATGTGCTTTTTTCTCTATTGCATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCTAAGGCA
1 CTTGAGTGACTATAAATG-GCTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCTGAGGCA
* * * * *
7270 GGCATTCAATTACAACATATTTTAACTAAAAATGTAAAACAATCTAACTTAAAATCAATTATAAG
65 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
7335 AATATAAAACTACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGCGCTTT
129 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATG-GCTTT
* ** * * ** * * *
7400 TCTCTCCATTACATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCTAAGGTAGTCATTTAGTTATAACATATTTTG
193 TCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTA
* * * *
7465 ACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAACTATTTAATGCGAGT
257 ACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * *
7530 GATAAGGCTTTTAAAAG
322 AATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * *
7547 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCT-TGTCCATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGTA
1 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTCTCT-AATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCTGAGGCA
* * * * * *
7611 AAGAATCAATTATAACATATTTTAACCCAAAATGTAAAAAATTCCAA-TGTTAAATCGATTATGA
65 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TCCAACT-TAAAATCAATTATGA
* * * *
7675 GAATATAAAACGAGTTATAGCGAGTAATAAGGGTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGTGCTT
128 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATG-GCTT
** * ** *
7740 TTCTCTCCGTTGCATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCAGTCATTCAATTACAACATATTTT
192 TTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AGGCAAACATTCAATTATAACATATTTT
* ** * * *
7805 AACTAAAAGTATAAAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATAAGGATATAAAACCATTTAAAGTG
256 AACCAAAA--ATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCG
*
7870 AGTAATAAGGCTTTTAAAGG
319 AGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * *
7890 CTTGAGTGACTATAAATGTGCTTTTCTCTCCATTGCATGACTTTTGCTTCAAGTTTCCTAAGGTA
1 CTTGAGTGACTATAAATG-GCTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCTGAGGCA
* * ** * **
7955 GTCATTCAATAATAACATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATATAACTTAAAATCAATTATGAG
65 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** * * *
8020 AATATAAAACCATTTAATGCGAGTGGTAAGACTTTCAAAGGCTTGAATGACTATAAATGACTTTT
129 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGCTTTT
* * * *
8085 CT-TACCAATTGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGTAAACAATCAATTATAACATATTTTA
194 CTCT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTA
** * * * * *
8149 ATAAAAAATGTAAAAAATTCCAACCTT-CAATCGATTATGAGAATATAAAACCATTTATAGCGAG
257 ACCAAAAATGTAAAAAAATCTAA-CTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAG
*
8213 TAATAAGGGTTTCAAAGG
321 TAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * **
8231 CTTCAGCGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCT-ATGGGTGGATTTTGCTTTACA-TTTCCCAAGG
1 CTTGAGTGACTATAAATGG-CTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCA-AGTTTCCTGAGG
* * * * * * * * * **
8294 AATACATTCAACTACAATATATTTTAGCCAGAACTATAAAAAAATTGAACTTAAAAATCAATTAT
63 CAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATCCAACTT-AAAATCAATTAT
*
8359 GAGAATATAAAACCATTTAAA-CTGAGTAATAAGG-TTTGCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATGG
126 GAGAATATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTT-CAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG
* * * * * * *
8422 ACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGTTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCCATAATAGCATA
189 -CTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CCTAGGCAAACATTCAATTATAACATA
* * *
8487 TTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTTAAG
252 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAG
8552 CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
317 CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
*
8574 CTTGAGTGACTATAAA-GGTACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGC
1 CTTGAGTGACTATAAATGG--CTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCTGAGGC
* * * * * * * *
8638 AAACATTTAATTGTAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTGAAACCAATTATAA
64 AGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
8703 GAATATAAAACTATTTAAGGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGCGTT
128 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGCTTT
* * * *** *
8768 TCT-TGTCAATGGATGGTTTTTGGTTCATGTTTCCTGAGGCAAGTTTTCAATTATAGCATATTTT
193 TCTCT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AGGCAAACATTCAATTATAACATATTTT
* * * * *
8832 GACCAAAAATTTTAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTACAGTGAG
256 AACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAG
* *
8897 TGATGAGGCTTTCAAAGG
321 TAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * * * *
8915 CTTGAGTGACAAGAAATAGACTTTTCTCTTTGATGAATGGCTTTTGCTTCACA-TTTTCTAAGGC
1 CTTGAGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCA-AGTTTCCTGAGGC
* * *
8979 AGACATTCAATTATAACATGTTTTGACCAAAAACGTAAAACAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
64 AGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
9044 GAATATTAAAGCATTGAAAATG-GA-TAGTAAGGCTTTCAAAGG-TTAAAGTGACTATAAATGGA
128 GAATATAAAACCATT-TAAA-GCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTT-GAGTGACTATAAATGG-
* * * * * ** **
9106 CTTTTCTCTCTC-ATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTATCAAGGTAGACATTCAGCTATATTATA
189 CTTTTCTCTC-CAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CCTAGGCAAACATTCAATTATAACATA
* * * *
9170 TTTTAGCTAAAACTGTAAAAAAATCGAACTTAAAATCAATTATGACGAATATTAAAACCATTTAA
252 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGA-GAATA-TAAAACCATTTAA
**
9235 ATTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
315 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
** * * **
9259 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCGATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGCA
1 CTTGAGTGACTATAAATGG-CTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCTGAGGCA
* * ** * * * * *
9324 GACATTCTATAATAGTATATTTTAGCTAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCTATGATGAC
65 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
9389 AATATATAGCCATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAA-GGTACTT
129 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG--C-T
* * * * *
9453 TTTCTCTCTAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACATTTAATTGTAACATATTT
191 TTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AGGCAAACATTCAATTATAACATATTT
* * * * * * * *
9518 TAACCAAAAATGTAAAAAAAGCCAAGTTAAAACCAATTATGA-AAGTAAAAAACTATTTAAGGCA
255 TAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAA-TATAAAACCATTTAAAGCG
*
9582 AGTAATAAAGCTTTCAAAGG
319 AGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * *
9602 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCT-TACAAATAGATGGTTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCA
1 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCTGAGGCA
* * * * *
9666 -AGTATGCAATTATAACATATTTTGACCAAAAATTTTAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGA
65 GA-CATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* *
9730 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTAGAAATGGACTT
128 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG-CTT
*** * * * *
9795 TTCTCTATGATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACAATT-AAATATAAAATTTTT
192 TTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CTAGGCAAAC-ATTCAATTATAACATATTT
* * *
9859 TAACCAAAAATGT-AAAAAATTTCAACTTAAAATCTATTATGAGAATATAAAACCATTGAAAGCG
255 TAACCAAAAATGTAAAAAAATCT-AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCG
*
9923 AGTAATAAGGCTTTAAAAGG
319 AGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * *
9943 CTTGAGTGACTATAAATGACTTTTCT-TATCAATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTGAGGCA
1 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTCTCT-AATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCTGAGGCA
* * * * *
10007 GACATTCAATTACAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTTCAAGTTAAAATCAATTATGAG
65 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * ** * * *
10072 AATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTACTGGCTTGAGTAACTATATATGTGCATT
129 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATG-GCTTT
*** * * * * * ** *
10137 TCTCTCTGTTGGGTGCCTTTTGTTTCAAGTTTCCTGAGGTAGTCATTCAATTATAATATATTTTA
193 TCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTA
*
10202 ACCAAATATAT-TATTAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAATGC
257 ACCAAA-A-ATGTA--AAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
**
10266 GAGCGATAAGGCTTTCAAAGG
318 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * * * * *
10287 CTTGAGTGACTATAAAGGGCTTTTCT-TGCCAATGAATAGCTTTTGTTTCACGTTGCCTGACGCT
1 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCTGAGGCA
* * * *
10351 GGCAATT-AATTATAA-AGTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATCCAATTTAAAATCAATTATG
65 GAC-ATTCAATTATAACA-TATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATG
* ** * * * *
10414 ACAATATAAAAGTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGGGACTATAAACGTACT
127 AGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATG-GCT
* ** * * * * *
10479 TTTCTTTGGAATAGATGGCTTTTGCTTCATATTTTCTAAGACAGACATTCAATTATAACATATTT
191 TTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AGGCAAACATTCAATTATAACATATTT
* * * * * *
10544 TGACCAAAAATTTTAAAAAATTTAACTTAAAATCAGTTATAAGAATATAAAACCATTTAAAGCGA
255 TAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGA
* *
10609 GTAATAAGGGTTTTAAAGG
320 GTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * ** * * *
10628 CTTGAGTGAGTAGAAATAGACTTTTCTCTCTGATAAATGGCTTTTGCTTCTCA-TTTTCTGAGGT
1 CTTGAGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTC-AAGTTTCCTGAGGC
* * * * * * *
10692 AGACGTTCAATTATAACATATTTTGACCTAAATTGTAAAGCAATCCAATTTAAAATCAATTATAA
64 AGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* ** * * * *
10757 GAATATTAAAGGATTGAAAGTGGGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TTAGAGTGACTATAAATAGACT
128 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTT-GAGTGACTATAAAT-GGCT
* * * * * * * * *** ** *
10821 TTTCTCTCCCATGGATAGCTTTTGCATCACGTTTATCGAGGTAGACATTCAGCAATAGTATACTT
191 TTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CCTAGGCAAACATTCAATTATAACATATTT
** * * * *
10886 TCGCCAAAACTGTAAAAAAATCGAACCTAAAATCAATTATGAGAATATAATACCATTTAAAGCGA
255 TAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGA
* * *
10951 GCAATAAGGTTTTCAAAAG
320 GTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * *
10970 CTTGAGTGACTAGAAATGGACTTTTCTCTCTAATGAATAGCTTTTACTTCACA-TTTTCT-ATGG
1 CTTGAGTGACTATAAATGG-CTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCA-AGTTTCCTGA-GG
* * * **********
11033 CAGACGTTCAATTATAAAATATTTTGACCAAAAATGTAAAACAATCCAANNNNNNNNNNATTATG
63 CAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATCCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * *
11098 AGAATATTAAAGCATTTAAAGTGGGCAACAAGGCTTCCAAAGG-TTAGAGTGACTATAAATGGAC
127 AGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTT-GAGTGACTATAAATGG-C
* * * * * * ** * **
11162 TTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCATCACGTTTATCGAGGTAAACATTCAGCTGTAGTATATT
190 TTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CCTAGGCAAACATTCAATTATAACATATT
* * * * * * *
11227 TTAGCCAAAACTGT-TAAAAATTTAAACTTAAAATCAATTATAAAAATATAAAACTATTTAAA-C
254 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATCT-AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
11290 TGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
318 -GAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * ** **
11312 CTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTTTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCACA-TTTCCCAAGGT
1 CTTGAGTGACTATAAATGG-CTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCA-AGTTTCCTGAGG-
* * * *
11376 CA-ACATTCCATAATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACCTAAAATCAATTATG
63 CAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATG
* *
11440 AGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGATTATTAAGAT-AC
127 AGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA-TAA-ATGGC
* * * *
11504 TTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTGTAACATATT
190 TTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AGGCAAACATTCAATTATAACATATT
* * * * * * * * *
11569 TTAACCAAAAATCTAAAAACATTTAAGTTGAAACCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAGGTG
254 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCG
* *
11634 AGTAATAAAGCTTTCGAAGG
319 AGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * *
11654 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCT-TACCAATGGGTGGTTTTTGCTTTATA-TTTCTTGACGC
1 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCA-AGTTTCCTGAGGC
* * * * **
11717 GGGCATTCAATTACAACATATTTTAACCAAAAATTTTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA
64 AGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
11782 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGAATAGAAATAGACTT
128 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GGCTT
*** * ** * * **
11847 TTCTCTTTGATGGATGGCTTTCGCTTCACATTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATATTATATTTT
192 TTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AGGCAAACATTCAATTATAACATATTTT
* * * * * *
11912 GACCAGAAATGTAAAAATATCTAACTTAAAATAAATTATGAGAATAGAAAATCATTTAAAGCGAG
256 AACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAG
11977 TAATAAGGCTTTCAAAGG
321 TAATAAGGCTTTCAAAGG
* *
11995 CTTGAGTGACTATAAA-GGTACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCTGAGGC
1 CTTGAGTGACTATAAATGG--CTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCTGAGGC
* * * * ** * * *
12059 AAACATTCAACTGTAGCATATTTTAACCAACTATGTAACAAAATCGAAGTTAAAACCAATTATGA
64 AGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
12124 GAATAT-AAACTATTTAAGGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGCTTT
128 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGCTTT
** * ** * * ** ** **
12188 TCT-TGTGAATGAATGATTTTTACTTCATATTTGATGAGATAGGCATTCAATTATAACATATTTT
193 TCTCT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AGGCAAACATTCAATTATAACATATTTT
* * * * *
12252 GATCAAAAATTTTAAAAAATCTAACTTAAAAAT-AATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGA
256 AACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTT-AAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGA
12316 GTAATAAGGCTTTCAAAGG
320 GTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * * *
12335 CTTGAGTGAGTAGAAACGGACTTTTCTCTCTGATGGATGGCGTTTGCTTCACA-TTTTCTGAGGT
1 CTTGAGTGACTATAAATGG-CTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCA-AGTTTCCTGAGGC
** * * * *
12399 AGACGCTCAATTATAACATATTTTGACCAAAAATGGGAAACAAT-CACCTTAAAATCAATTATGA
64 AGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* ** * * * * *
12463 GAATATTAAAGTATTTAAAGTGGGGAATAAGGCTTCCAAAGG-TTAGAGTGACTATAAATGAACT
128 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTT-GAGTGACTATAAATG-GCT
* ** * * * * * * ** **
12527 TTTCTCTCCCATGGACAGCTTTTGCATCACGTTTATCAAGGTAGACATTCAGCTATAGTATATTT
191 TTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CCTAGGCAAACATTCAATTATAACATATTT
* * * * * * *
12592 TAGCCAAAACTATAAAAAAGTCAAACTTGAAATCAATTATAAGAATATAAAACCATTTAAA-CTG
255 TAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC-G
*
12656 AGTGATAAGGCTTTCAAAGG
319 AGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * *
12676 CTTGAGTAACTAGAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTGAGGCA
1 CTTGAGTGACTATAAATGG-CTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCTGAGGCA
* * * *
12741 GACATTCAATTATAACATATTTTTACAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAC
65 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
********** * * * *
12806 ANNNNNNNNNNATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTAAGTGACTGTAAA-GGCACTT
129 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG--CTT
* * * *
12870 TTCTCTCTAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTTCTGAGGCAAACATTCAATTGTAACATATTTT
192 TTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AGGCAAACATTCAATTATAACATATTTT
* * * * *
12935 AATCAAAAATGTAAAAAAATCCAAGTTAAAA-CTAATTAGGAGATTATAAAACTC-TTT-AAGCC
256 AACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATC-AATTATGAGAATATAAAAC-CATTTAAAG-C
* * * *
12997 CATTAATAAAGCTTTCAAATG
318 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * * * * *
13018 CTTGAGTGACTATAAATAGTTTTTCTTTCCAATGGATGGTTTTTACTTCATGTTTCCAGAGGTA-
1 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCTGAGGCAG
* * * * *
13082 AGCATTCAATTATAGCATATTTTCACCAAAAATTTGAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATAAG
66 A-CATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
13147 AATATAAAACCATCTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAGAAATGGACTTT
129 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG-CTTT
13212 TCTCT
193 TCTCT
13217 TTGANNNNNN
Statistics
Matches: 5190, Mismatches: 1011, Indels: 303
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 29 0.01
340 337 0.06
341 2095 0.40
342 1580 0.30
343 469 0.09
344 563 0.11
345 117 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (338 bp):
CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCTGAGGCAG
ACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAA
TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCT
CTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAACCA
AAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
AGGCTTTCAAAGG
Found at i:13216 original size:512 final size:507
Alignment explanation
Indices: 6524--13214 Score: 6185
Period size: 512 Copynumber: 13.1 Consensus size: 507
6514 NNNNNNNNNN
* ** *
6524 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTGCCCAATGCT-
1 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGA-GGTA
* * * * *
6588 GACAATT-AATTATAAAATGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCGATTATGA
64 GAC-ATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * *
6652 GAATATAAAACTAATTATAGTGAGTAATATGGGTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGTG-CC
127 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATG-GACT
* *
6716 TTTCTCTCTATTGCG-TGGCTTTTGCTTCATG-TTCCTAAGGCA-AGCATTCAATTACAACATAT
191 TTTCTCTCTAATG-GATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGA-CATTCAATTATAACATAT
* * *
6778 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACCATTTAAAGC
254 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
* * * *** *
6843 AAGTAATAAGACTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATACGCTTTTCTCTCTGTTGCATGGCTTT
319 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATA-GCTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTT
* * * * * *
6908 CGCTTTAAGTTTCTTAATGTAGTCATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAACAAATC
383 TGCTTCATGTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATC
* * * **
6973 CAACTTAAAATCAATTATGAGGATATAAAACCGTTTAATGCGAGCGATAAGGCTTTCAAAGG
446 CAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * ***
7035 TTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTTGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTACGACAA
1 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT--GAGGT
* * *
7100 AGA-A-TCAATTATCACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCCAACCTT-AAATCGATTATG
63 AGACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATT-CAA-CTTAAAATCAATTATG
* * *
7162 AGAATATAAAACCAGTTATAGCGAGTAATAAGGGTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGTG-C
126 AGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATG-GAC
* * * * * *
7226 TTTTTTCTCTATTGCATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCTAAGGCAGGCATTCAATTACAACATATT
190 TTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATT
* * * * * *
7291 TTAACTAAAAATGTAAAACAATCTAACTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACTACTTAAAGCG
255 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * **
7356 AGTAATAAGGCTTTTAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGCGCTTTTCTCTCCATTACATGGCTTTT
320 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-AGCTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTT
* * * * *
7421 GCTTCAAGTTTCCTAAGGTAGTCATTTAGTTATAACATATTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATCC
384 GCTTCATGTTTCC-AAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATCC
* * * * * *
7486 AACTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAACTATTTAATGCGAGTGATAAGGCTTTTAAAAG
447 AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * *
7547 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTTGTCCATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGTAA
1 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTTCT-AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGTAG
* * ** * *
7612 AGAATCAATTATAACATATTTTAACCCAAAATGTAAAAAATTCCAA-TGTTAAATCGATTATGAG
65 ACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATT-CAACT-TAAAATCAATTATGAG
* * * *
7676 AATATAAAACGAGTTATAGCGAGTAATAAGGGTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGTG-CTT
128 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATG-GACTT
*** * * * *
7740 TTCTCTCCGTTGCATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCAGTCATTCAATTACAACATATTTT
192 TTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTT
* ** * * * *
7805 AACTAAAAGTATAAAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATAAGGATATAAAACCATTTAAAGTG
257 AACCAAAA--ATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * *
7870 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGTGCTTTTCTCTCCATTGCATGACTTTT
320 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-AGCTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTT
* * * ** * **
7935 GCTTCAAGTTTCCTAAGGTAGTCATTCAATAATAACATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATAT
384 GCTTCATGTTTCC-AAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATCC
* ** *
8000 AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAATGCGAGTGGTAAGACTTTCAAAGG
447 AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * *
8061 CTTGAATGACTATAAATGACTTTTCTTACCAATTGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGTAA
1 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGTAG
* * * *
8126 ACAATCAATTATAACATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTCCAACCTT-CAATCGATTATGAG
65 ACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATT-CAA-CTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
8190 AATATAAAACCATTTATAGCGAGTAATAAGGGTTTCAAAGGCTTCAGCGACTATAAATGGACTTT
128 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * ** * * * * * *
8255 TCTCTCCT-ATGGGTGGATTTTGCTTTACATTTCCCAAGGAATACATTCAACTACAATATATTTT
193 TCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTT
* * * * **
8319 AGCCAGAACTATAAAAAAATTGAACTTAAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAA-CTG
257 AACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTT-AAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC-G
* * *
8383 AGTAATAAGG-TTTGCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTT
320 AGTAATAAGGCTTT-CAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAG-CTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTT
* * * * * * *
8447 TGTTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCCATAATAGCATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATC
383 TGCTTCATGTTT-CCAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATC
*
8512 CAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
446 CAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* *
8574 CTTGAGTGACTATAAA-GGTACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGC
1 CTTGAGTGACTATAAATGG--CTTTTCT-TCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGT
* * * * * * * *
8638 AAACATTTAATTGTAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTGAAACCAATTATAA
63 AGACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
8703 GAATATAAAACTATTTAAGGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGTTTGAGTGACTATAAATGG-CGT
127 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * ** *
8767 TTCT-TGTCAATGGATGGTTTTTGGTTCATGTTTCCTGAGGCA-AGTTTTCAATTATAGCATATT
192 TTCTCTCT-AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGA-CATTCAATTATAACATATT
* * * * * *
8830 TTGACCAAAAATTTTAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTACAGTG
255 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * *** *
8895 AGTGATGAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACAAGAAATAGACTTTTCTCTTTGATGAATGGCTTTT
320 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAG-CTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTT
* * * * *
8960 GCTTCACAT-TTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATGTTTTGACCAAAAACGTAAAACAATC
384 GCTT--CATGTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATC
* * * *
9024 CAACTTAAAATCAATTATGAGAATATTAAAGCATTGAAAATG-GA-TAGTAAGGCTTTCAAAGG
446 CAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATT-TAAA-GCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * *
9086 -TTAAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTCATGGATGGCTTTTGCATCATGTTT-ATCAAGG
1 CTT-GAGTGACTATAAATGG-CTTTTCT-TCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-GAGG
** ** * * * *
9149 TAGACATTCAGCTATATTATATTTTAGCTAAAACTGTAAAAAAATCGAACTTAAAATCAATTATG
62 TAGACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATG
**
9214 ACGAATATTAAAACCATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA
126 A-GAATA-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA
** * * * * **
9279 CTTTTCTCTCCGATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCTATAATAGTATAT
189 CTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATAT
* * * * * * *
9344 TTTAGCTAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCTATGATGACAATATATAGCCATTTAAAGC
254 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
9409 GAGTAATAGGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAAGGTA-CTTTTTCTCTCTAATGGATGACT
319 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAA--TAGC-TTTTCTCTCCAATGGATGGCT
* * * *
9473 TTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACATTTAATTGTAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
381 TTTGCTTCATGTTTCC-AAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAA
* * * * * * * *
9538 GCCAAGTTAAAACCAATTATGA-AAGTAAAAAACTATTTAAGGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGG
444 TCCAACTTAAAATCAATTATGAGAA-TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * *
9602 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTTACAAATAGATGGTTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCA-
1 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGTAG
* * * * *
9666 AGTATGCAATTATAACATATTTTGACCAAAAATTTTAAAAAA-TCTAACTTAAAATCAATTATGA
65 A-CATTCAATTATAACATATTTT-AACAAAAAATGTAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGA
* *
9730 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTAGAAATGGACTT
127 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * *
9795 TTCTCTATGATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CTCAAGGCAAACAATT-AAATATAAAATTTT
192 TTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGCAGAC-ATTCAATTATAACATATT
* * * *
9858 TTAACCAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCTATTATGAGAATATAAAACCATTGAAAGCG
255 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCG
* *
9923 AGTAATAAGGCTTTAAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCT-TATCAATGGATGGCTTT
320 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAG-CTTTTCTCT-CCAATGGATGGCTTT
* * * * * * *
9986 TGCATCATGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTACAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTT
383 TGCTTCATGTTTCC-AAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TC
* * * * **
10051 CAAGTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTACTGG
446 CAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * ** * * * *
10113 CTTGAGTAACTATATATGTGCATTTCTCTCTGTTGGGTGCCTTTTGTTTCAAGTTTCCTGAGGTA
1 CTTGAGTGACTATAAATG-GCTTTTCT-TCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGTA
* *
10178 GTCATTCAATTATAATATATTTTAACCAAATATATTAT-TAAAAAA-TCTAACTTAAAATCAATT
64 GACATTCAATTATAACATATTTTAA-CAAA-A-A--ATGTAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATT
* **
10241 ATGAGAATATAAAACCATTTAATGCGAGCGATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAA-GG
123 ATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG
* * * * * * * * * * *
10305 GCTTTTCT-TGCCAATGAATAGCTTTTGTTTCACGTTGCCTGACGCTGGCAATT-AATTATAA-A
188 ACTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGAC-ATTCAATTATAACA
* * * * **
10367 GTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATCCAATTTAAAATCAATTATGACAATATAAAAGTATTTA
251 -TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTA
* * * ** *
10432 AAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGGGACTATAAACGTA-CTTTTCTTTGGAATAGATG
315 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAA--TAGCTTTTCTCTCCAATGGATG
* * ** * *
10496 GCTTTTGCTTCATATTTTCTAAGACAGACATTCAATTATAACATATTTTGACCAAAAATTTTAAA
378 GCTTTTGCTTCAT-GTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAA-TGTAAA
** * * * *
10561 AAATTTAACTTAAAATCAGTTATAAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTAAA
441 AAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA
10626 GG
506 GG
* * * * ** * * *
10628 CTTGAGTGAGTAGAAATAGACTTTTCTCTCTGATAAATGGCTTTTGCTTCTCATTTTCTGAGGTA
1 CTTGAGTGACTATAAAT-GGCTTTTCT-TCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGTA
* * ** * * * * *
10693 GACGTTCAATTATAACATATTTTGACCTAAATTGTAAAGCAATCCAATTTAAAATCAATTATAAG
64 GACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** * * * *
10758 AATATTAAAGGATTGAAAGTGGGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TTAGAGTGACTATAAATAGACTT
128 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTT-GAGTGACTATAAATGGACTT
** * * * * * * *** ** *
10822 TTCTCTCCCATGGATAGCTTTTGCATCACGTTT-ATCGAGGTAGACATTCAGCAATAGTATACTT
192 TTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGCAGACATTCAATTATAACATATTT
** * * * *
10886 TCGCCAAAACTGTAAAAAAATCGAACCTAAAATCAATTATGAGAATATAATACCATTTAAAGCGA
256 TAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * * * * *
10951 GCAATAAGGTTTTCAAAAGCTTGAGTGACTAGAAATGGACTTTTCTCTCTAATGAATAGCTTTTA
321 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAG-CTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTG
* * * * * *
11016 CTTCACAT-TTTCTATGGCAGACGTTCAATTATAAAATATTTTGACCAAAAATGTAAAACAATCC
385 CTT--CATGTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATCC
********** * * * * * * *
11080 AANNNNNNNNNNATTATGAGAATATTAAAGCATTTAAAGTGGGCAACAAGGCTTCCAAAGG
447 AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
** * *
11141 -TTAGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCATCACGTTT-ATCGAGG
1 CTT-GAGTGACTATAAATGG-CTTTTCT-TCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-GAGG
* ** * ** * * * * * *
11204 TAAACATTCAGCTGTAGTATATTTTAGCCAAAACTGTTAAAAATTTAAACTTAAAATCAATTATA
62 TAGACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * *
11269 AAAATATAAAACTATTTAAA-CTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGAC
126 AGAATATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* ** ** * * * *
11333 TTTTTTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGTCA-ACATTCCATAATAGCATAT
190 TTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGG-CAGACATTCAATTATAACATAT
*
11397 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACCTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
254 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
* *
11462 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGATTATTAAGATA-CTTTTCTCTCTAATGGATGGCTT
319 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA-TAA-ATAGCTTTTCTCTCCAATGGATGGCTT
* *
11526 TTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTGTAACATATTTTAACCAAAAATCTAAAAACAT
382 TTGCTTCATGTTTCC-AAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AT
** * * * * * * * *
11591 TTAAGTTGAAACCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAGGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGG
445 CCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * ** * * **
11654 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTTACCAATGGGTGGTTTTTGCTTTATATTTCTTGACGCGG
1 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGTAG
* * * * *
11719 GCATTCAATTACAACATATTTTAACCAAAAATTTTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
65 ACATTCAATTATAACATATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
11784 ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGAATAGAAATAGACTTTT
129 ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * ** * ** *
11849 CTCTTTGATGGATGGCTTTCGCTTCACATTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATATTATATTTTGA
194 CTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAA
* * * * * *
11914 CCAGAAATGTAAAAATATCTAACTTAAAATAAATTATGAGAATAGAAAATCATTTAAAGCGAGTA
259 CCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
*
11979 ATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAGGTA-CTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCT
324 ATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAA--TAGCTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * * * * ** * *
12043 TTATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAACTGTAGCATATTTTAACCAACTATGTAACAAAATCGAAG
387 TCATGTTTCC-AAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATCCAAC
* * * * *
12108 TTAAAACCAATTATGAGAATAT-AAACTATTTAAGGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGG
450 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * ** * ** ** *
12165 CTTGAGTGACTATAAATAGCTTTTCTTGTGAATGAATGATTTTTACTTCATATTTGATGAGATAG
1 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTTCT-AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGTAG
* * * *
12230 GCATTCAATTATAACATATTTTGATCAAAAATTTTAAAAAA-TCTAACTTAAAAAT-AATTATGA
65 ACATTCAATTATAACATATTTT-AACAAAAAATGTAAAAAATTC-AACTT-AAAATCAATTATGA
* * * *
12293 GAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAGTAGAAACGGACTT
127 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTT
* * ** * * * **
12358 TTCTCTCTGATGGATGGCGTTTGCTTCACATTTTCTGAGGTAGACGCTCAATTATAACATATTTT
192 TTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTT
* ** * * * ** * *
12423 GACCAAAAATGGGAAACAAT-CACCTTAAAATCAATTATGAGAATATTAAAGTATTTAAAGTGGG
257 AACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * **
12487 GAATAAGGCTTCCAAAGG-TTAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTCCCATGGACAGCTTTTG
322 TAATAAGGCTTTCAAAGGCTT-GAGTGACTATAAAT-AGCTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTG
* * * ** ** * * * *
12551 CATCACGTTTATCAAGGTAGACATTCAGCTATAGTATATTTTAGCCAAAACTATAAAAAAGTCAA
385 CTTCATGTTT-CCAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TCCA
* * *
12616 ACTTGAAATCAATTATAAGAATATAAAACCATTTAAA-CTGAGTGATAAGGCTTTCAAAGG
448 ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * *
12676 CTTGAGTAACTAGAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTGAGGCA
1 CTTGAGTGACTATAAATGG-CTTTTCT-TCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGTA
* *
12741 GACATTCAATTATAACATATTTTTACAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAC
64 GACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
********** * * * *
12806 ANNNNNNNNNNATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTAAGTGACTGTAAA-GGCACTT
128 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG-ACTT
* * * * *
12870 TTCTCTCTAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTTCTGAGGCAAACATTCAATTGTAACATATTTT
192 TTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTT
* * * *
12935 AATCAAAAATGTAAAAAAATCCAAGTTAAAA-CTAATTAGGAGATTATAAAACTC-TTT-AAGCC
257 AACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATC-AATTATGAGAATATAAAAC-CATTTAAAG-C
* * * * * * *
12997 CATTAATAAAGCTTTCAAATGCTTGAGTGACTATAAATAGTTTTTCTTTCCAATGGATGGTTTTT
319 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGCTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTT
* * * *
13062 ACTTCATGTTTCCAGAGGTA-AGCATTCAATTATAGCATATTTTCACCAAAAATTTGAAAAAATC
384 GCTTCATGTTTCCA-AGGTAGA-CATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATC
* * * *
13126 TAACTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACCATCTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
446 CAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
*
13188 CTTGAGTGACTAGAAATGGACTTTTCT
1 CTTGAGTGACTATAAATGG-CTTTTCT
13215 CTTTGANNNN
Statistics
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0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
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509 7 0.00
510 167 0.03
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ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (507 bp):
CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGTAGA
CATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAAT
ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
CTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACC
AAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGCTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAT
GTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATCCAACTTAAAA
TCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
Found at i:14200 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 14024--14417 Score: 474
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14014 NNNNNNAACT
* * **
14024 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGAGTGACTAGAAATAGATTTTTCTCTATGATG
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTACCATG
* * *
14089 GATGGCTTTTGCTTCACATTTTTTGAGG-A-ATACGTTCA-AT-TACAACATATTTGACCACAAA
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*
14150 -GGTAAAACAATCCAACTTAAATTCAATTATGAGAATATTAAAGC
127 CGGTAAAAAAATCCAACTTAAATTCAATTATGAGAATATTAAAGC
* * * * * *
14194 ATTTAAAGTGGGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTAGGGTGACTTTACATGGACTTTTCTCTACCATG
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTACCATG
* * * ** * * *
14259 GATGGCCTTTGCATCACGTTTATTGAGGTAGATATTTAGCTATAGTATATTTTTGCCAAAACTGT
66 GATGGCCTTTGCATCACATTTATTGAGGTAGATATTCAGATATACAACATATTTGCCAAAACGGT
* *
14324 AAAAAAATCCAAGTTAAATTCAATTATGAGAATATTAAATC
131 AAAAAAATCCAACTTAAATTCAATTATGAGAATATTAAAGC
* * *
14365 ATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTT
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGAGTGACTATAAATAGACTT
14418 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 188, Mismatches: 31, Indels: 9
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 85 0.45
171 91 0.48
172 12 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTACCATG
GATGGCCTTTGCATCACATTTATTGAGGTAGATATTCAGATATACAACATATTTGCCAAAACGGT
AAAAAAATCCAACTTAAATTCAATTATGAGAATATTAAAGC
Found at i:15315 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 14947--15316 Score: 428
Period size: 170 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
14937 NNNNNNNNNN
* * *
14947 ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGA
1 ACTTAAAAT-AATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGA
* * * * * *
15012 GTGATTATAAAGGTACTTTTTTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAAGCTGACAT
65 GTGACTATAAAGGTACTTTTTTCGCTAATGGATGGCTTTTACTTCATATTTCATGAAGCAGACAT
* * *
15077 TCAATTATAACATATTTTAACTAAAAATATATAAAAATCCA
130 TCAATTATAACATAGTTTAACCAAAAATATATAAAAAACCA
* ** * *
15118 AGTTGAAACCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAGGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGA
1 ACTT-AAAATAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGA
* *
15183 GTGACTATAATTGG-A-TTTTCTT-GCTAATGGATGGTTTTTACTTCATATTTCATG-AGACA-A
65 GTGACTATAA-AGGTACTTTT-TTCGCTAATGGATGGCTTTTACTTCATATTTCATGAAG-CAGA
* * *
15243 GCATTCAATTATATCATAGTTTGACCAAAAAT-TTTAAAAAAACCA
127 -CATTCAATTATAACATAGTTTAACCAAAAATATAT-AAAAAACCA
15288 ACTTAAAAATAATTATGAGAATATAAAAC
1 ACTT-AAAATAATTATGAGAATATAAAAC
15317 CATNNNNNNN
Statistics
Matches: 166, Mismatches: 27, Indels: 13
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.03
170 91 0.55
171 65 0.39
172 5 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ACTTAAAATAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAG
TGACTATAAAGGTACTTTTTTCGCTAATGGATGGCTTTTACTTCATATTTCATGAAGCAGACATT
CAATTATAACATAGTTTAACCAAAAATATATAAAAAACCA
Found at i:16966 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 16647--18345 Score: 1179
Period size: 171 Copynumber: 10.0 Consensus size: 169
16637 NNNNNNNNNN
* * * *
16647 AGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAAGCTTGAGTGATTATAAA-GGTAC
1 AGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG-AC
* * * * *
16711 TTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGTTTCATGTTCCCTAAGGC-AGAAATTCAATTGTAACATAT
65 TTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTT-TCTGA-GCAAG-CATTCAATTATAACATAT
* * * *
16775 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAAGTTGAAACCAATTATG
127 TTTGACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
16818 AGAATATAAAACTATTTAAGGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGACCTGAGTGACTATAAATGG-CT
1 AGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * *
16882 TTTCT-TGCTAATGAATGGTTTTTACTTCATATTTCATGAGACAAGCAATCAATTATAACATATT
66 TTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-TGAG-CAAGCATTCAATTATAACATATT
* * * * *
16946 TTGATCAAAAATTTTAAAAAATCTAACTAAAAAAT-AATTATG
128 TTGACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACT-TAAAATCAATTATG
********** ** * **
16988 AGAATATAAAACCATTTNNNNNNNNNNATAAGGCTTTCAAAGATTTGAGTGACTAGAAATAAACT
1 AGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * * * *
17053 TTTTTCTATGATGGATGGTTTTTGCTTCACGTATTTTGAGGAAG-ATGTTCAATTACAATATATT
66 TTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT-TTCTGAGCAAGCA--TTCAATTATAACATATT
* * * *
17117 TTGACCATAAAGGTAAAACAATCTAACTTAAAATCAATTATG
128 TTGACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATG
* * * *
17159 AGAATACT-AAAGCATTTAAAGTTG-GTAATAAGGC-TTCTAAAGG-TTAGAGTGACTTTACATG
1 AGAATA-TAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCTT-GAGTGACTATAAATG
* * * * * ** ** **
17220 GACTTTTCTCTAC-CATGGATGGCTTGTGCATCACGTTTATGAAGGTAGACATTCAGCTATAGTA
62 GACTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTG-AGCAAG-CATTCAATTATAACA
* * * * * *
17284 TATTTT-AGCCAAAACTATAAAAAAATCAAAGTTAAAATCAATTTTA
124 TATTTTGA-CCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATG
* *
17330 AGAATATAAAACCATTTAAA-CTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGAGTGACTAGAAATGGAC
1 AGAATATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * *
17394 TTTTCTCTTTGATGGATGGCTTTTTCTTAATGTTTTTTGAGGC-AGACATTCAATTATAACATAT
65 TTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCTGA-GCAAG-CATTCAATTATAACATAT
* *
17458 TTTGACGAAAAATGTAAAACAATCCAACTTAAAATCAATTATG
127 TTTGACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATG
* ********** * * *
17501 ACAANNNNNNNNNNTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTGTAAA-GGTAC
1 AGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG-AC
* * * **
17565 TTTTCTCTCTAATAGATGGCTTTTACTTCATGATTCCTGAGGTAGACATTCAA-TAGTAACATAT
65 TTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCTGAGCAAG-CATTCAATTA-TAACATAT
* * * * *
17629 TTTAACAAAAAATGT-AAAAAATCCAAGTTAAAACCAATTAGG
127 TTTGACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATG
* * * *
17671 AGAATGTAAAACTC-TTT-AAGCCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTTAGTGACTATAAATGG-
1 AGAATATAAAAC-CATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA
* * * * * * *
17733 CTTTTCTTTCCAATGGATGGGTTTTACTTCCTGTTTCTTGAGCTAGGCATTCAATTATAGCATAT
64 CTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-TGAGC-AAGCATTCAATTATAACATAT
* * *
17798 TTTCACCAAAAAT-TACAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATA
127 TTTGACCAAAAATGTA-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATG
*
17841 AGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAGAAATGGACT
1 AGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * *
17906 TTTCTCTTTGATGGATGGATTTTGCTTCACGTTTTCTGAGGCAAACGTTTAATTATAACATATTT
66 TTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCTGA-GCAAGCATTCAATTATAACATATTT
* *
17971 TGACCACAAATGTAAAACAATCCAACTTAAAATCAATTATG
129 TGACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATG
* * ********** ** *
18012 AGAATATTAAAGCANNNNNNNNNNGTAATAATTCTTTCAAAAG-TTAGAGTGACTATAAATGGAC
1 AGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTT-GAGTGACTATAAATGGAC
* ** * ** * ***
18076 TTTTCTCT-TCAATGGATGGCTTTTGCATCACATTTATTGAGGTAGACATTCAACTATTGTATAT
65 TTTTCTCTCT-AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CTGAGCAAG-CATTCAATTATAACATAT
* * *
18140 TTT-AGCCAAACCA--T-AAAAAATCAAATTTAAAATCAATTATG
127 TTTGA-CCAAA-AATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
18181 AGAATATAAAATCATTTAAA-CTAAGTAATAAGGCTTTCAAATGCTTGAGTGACTGTAAGTGGAC
1 AGAATATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
** * ** * ** * * *
18245 TTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTTACATTTCATAAGGTAGACATTCCATAATAGCATATT
65 TTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-TGAGCAAG-CATTCAATTATAACATATT
* *
18310 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAAC-TAAAATCA
128 TTGACCAAAAATGTAAAAAAA-TCCAACTTAAAATCA
18346 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1189, Mismatches: 276, Indels: 126
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.00
169 192 0.16
170 298 0.25
171 662 0.56
172 31 0.03
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (169 bp):
AGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT
TTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTGAGCAAGCATTCAATTATAACATATTTTG
ACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATG
Found at i:18250 original size:511 final size:506
Alignment explanation
Indices: 16647--18345 Score: 1310
Period size: 511 Copynumber: 3.3 Consensus size: 506
16637 NNNNNNNNNN
* * * *
16647 AGAATATAAAA-CTATTTAAAGC-GAGTAATAAGACTTTCAAAAGCTTGAGTGATTATAAAGGTA
1 AGAATATAAAATC-ATTTAAA-CTAAGTAATAAGGCTTTC-AAAGCTTGAGTGACTATAATGG-A
* * * * * * * * * * *
16710 CTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGTTTCATGTTCCCTAAGGCAGAAATTCAATTGTAACATAT
62 CTTTTCTTTC-CATGGATGGCTTTTGCTTC-CGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAGCATAT
* * * * * * * *
16775 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAAGTTGAAACCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAGGC
125 TTT-ACCAAAAATATAAAAAAATCAAACTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACCATTTAA-AC
* * * * * * * *
16840 -GAGTAATAAAGCTTTCAAAGACCTGAGTGACTATAAATGG-CTTTTCT-TGCTAATGAATGGTT
188 TGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAGAAATGGACTTTTCTCT-TTGATGGATGGAT
* * * * * * *
16902 TTTACTT--CATATTTCATGAGACAAGCAATCAATTATAACATATTTTGATCAAAAATTTTAAAA
252 TTTGCTTAACGT-TTTC-TGAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTGACCAAAAA-TGTAAAA
* * * * * **********
16965 -AATCTAACTAAAAAAT-AATTATGAGAATATAAAACCATTTNNNNNNNNNNATAAGGCTTTC-A
314 CAATCCAACT-TAAAATCAATTATGACAATATTAAAGCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAA
* * * *** * * * * * * * *
17027 AAGATTTGAGTGACTAGAAATAAACTTTTTTCTATGATGGATGGTTTTTGCTTCA-CGTATT-TT
378 AAG-CTTAAGTGACTATAAAGGTACTTTTCTCTCTAATAGATGGCTTTTACATCATC--ATTACT
* ** * * * * * *
17090 GAGGAAGATGTTCAATTA-CAATATATTTTGACCATAAAGGTAAAACAATCTAACTTAAAATCAA
440 GAGGTAGACATTCAA-TAGTAACATATTTT-AACAAAAAAGTAAAA-AATCAAACTTAAAATCAA
17154 TTATG
502 TTATG
* * ** * *
17159 AGAATACT-AAAGCATTTAAAGTTGGTAATAAGGC-TTCTAAAGGTTAGAGTGACTTTACATGGA
1 AGAATA-TAAAATCATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTC-AAAGCTT-GAGTGACTATA-ATGGA
* * * ** *
17222 CTTTTCTCTACCATGGATGGCTTGTGCATCACGTTT-ATGAAGGTAGACATTCAGCTATAGTATA
62 CTTTTCT-TTCCATGGATGGCTTTTGCTTC-CGTTTCATG-AGGTAGACATTCAATTATAGCATA
* * *
17286 TTTTAGCCAAAACTATAAAAAAATCAAAGTTAAAATCAATTTTAAGAATATAAAACCATTTAAAC
124 TTTTA-CCAAAAATATAAAAAAATCAAACTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACCATTTAAAC
* *
17351 TGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGAGTGACTAGAAATGGACTTTTCTCTTTGATGGATGGCTT
188 TGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAGAAATGGACTTTTCTCTTTGATGGATGGATT
* * * * *
17416 TTTCTTAATGTTTTTTGAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTGACGAAAAATGTAAAACAAT
253 TTGCTTAACGTTTTCTGAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTGACCAAAAATGTAAAACAAT
********** *
17481 CCAACTTAAAATCAATTATGACAANNNNNNNNNNTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
318 CCAACTTAAAATCAATTATGACAATATTAAAGCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCT
* * * *
17546 TAAGTGACTGTAAAGGTACTTTTCTCTCTAATAGATGGCTTTTACTTCATGATTCCTGAGGTAGA
383 TAAGTGACTATAAAGGTACTTTTCTCTCTAATAGATGGCTTTTACATCATCATTACTGAGGTAGA
* * * *
17611 CATTCAATAGTAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATCCAAGTTAAAACCAATTAGG
448 CATTCAATAGTAACATATTTTAACAAAAAA-GTAAAAAATCAAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
17671 AGAATGTAAAACTC-TTTAAGCCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTTAGTGACTATAAATGG-C
1 AGAATATAAAA-TCATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTCAAA-GCTTGAGTGACTAT-AATGGAC
* * * * *
17734 TTTTCTTTCCAATGGATGGGTTTTACTTCCTGTTTCTTGAGCTAGGCATTCAATTATAGCATATT
63 TTTTCTTTCC-ATGGATGGCTTTTGCTTCC-GTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAGCATATT
*
17799 TTCACCAAAAAT-TACAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACCATTTAAAGC
126 TT-ACCAAAAATATA-AAAAAATCAAACTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACCATTTAAA-C
17863 -GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAGAAATGGACTTTTCTCTTTGATGGATGGATT
188 TGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAGAAATGGACTTTTCTCTTTGATGGATGGATT
* * * *
17927 TTGCTTCACGTTTTCTGAGGCAAACGTTTAATTATAACATATTTTGACCACAAATGTAAAACAAT
253 TTGCTTAACGTTTTCTGAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTGACCAAAAATGTAAAACAAT
* ********** **
17992 CCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATTAAAGCANNNNNNNNNNGTAATAATTCTTTCAAAAG-T
318 CCAACTTAAAATCAATTATGACAATATTAAAGCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCT
* * *
18056 TAGAGTGACTATAAATGG-ACTTTTCTCT-TCAATGGATGGCTTTTGCATCA-CATTTATTGAGG
383 TA-AGTGACTATAAA-GGTACTTTTCTCTCT-AATAGATGGCTTTTACATCATCA-TTACTGAGG
*** * ** *
18118 TAGACATTCAACTA-TTGTATATTTTAGCCAAACCA-TAAAAAATCAAATTTAAAATCAATTATG
444 TAGACATTCAA-TAGTAACATATTTTA-ACAAAAAAGTAAAAAATCAAACTTAAAATCAATTATG
*
18181 AGAATATAAAATCATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTCAAATGCTTGAGTGACTGTAAGTGGACT
1 AGAATATAAAATCATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTCAAA-GCTTGAGTGACTATAA-TGGACT
* * * * * *
18246 TTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTTACATTTCATAAGGTAGACATTCCATAATAGCATATTT
64 TTTCT-TTCCATGGATGGCTTTTGC-TTCCGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAGCATATTT
*
18311 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAAC-TAAAATCA
127 T-ACCAAAAATATAAAAAAA-TCAAACTTAAAATCA
18346 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 939, Mismatches: 204, Indels: 89
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
509 4 0.00
510 84 0.09
511 406 0.43
512 270 0.29
513 167 0.18
514 7 0.01
515 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (506 bp):
AGAATATAAAATCATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGCTTGAGTGACTATAATGGACTTT
TCTTTCCATGGATGGCTTTTGCTTCCGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAGCATATTTTACC
AAAAATATAAAAAAATCAAACTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACCATTTAAACTGAGTAAT
AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAGAAATGGACTTTTCTCTTTGATGGATGGATTTTGCTTAA
CGTTTTCTGAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTGACCAAAAATGTAAAACAATCCAACTTA
AAATCAATTATGACAATATTAAAGCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTAAGTGAC
TATAAAGGTACTTTTCTCTCTAATAGATGGCTTTTACATCATCATTACTGAGGTAGACATTCAAT
AGTAACATATTTTAACAAAAAAGTAAAAAATCAAACTTAAAATCAATTATG
Found at i:18870 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 18558--19615 Score: 1068
Period size: 170 Copynumber: 6.2 Consensus size: 169
18548 AAATTTTAAG
* * * *
18558 TTAAAACCAATTAGGAGAATATAAAACTATTT-AAGCCGACTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAG
1 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCCGAGTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAG
* * * * *
18622 TGACTATAAATGGCTTTTCTTACTAATGGATAGTTTTTACTTTATGTTTCCTGAGGCAG-GCATT
66 TGACTATAAATGGCTTTTCTCACTAATAGAT-GGTTTTACTTCATGTTTCCTGAGGAAGAG-ATT
* *
18686 CAATTATAACATATTTTCACCAAAAATTTTAAAAATCTAAC
129 CAATTATAACATATTTTCACTAAAAATTTAAAAAATCTAAC
*
18727 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAG-CGAGAAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAG
1 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCCGAGTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAG
* *
18791 TGACTATAAA-GGTACTTTTCTCACTAATAGATGGCTTTAGCTTCATGTTTCCTGAAGAAGAGAT
66 TGACTATAAATGG--CTTTTCTCACTAATAGATGGTTTTA-CTTCATGTTTCCTGAGGAAGAGAT
* * ** *
18855 TCAATTGTAACATATTTTAACTAAAAATGAAAAAAAAT-TCAAG
128 TCAATTATAACATATTTTCACTAAAAAT-TTAAAAAATCT-AAC
* * * * * *
18898 TTAAAACCAATTAGGGGAATAT-AAACCTATTT-AAGTCGACTAATAAAGCTTTCAAAAGCCTGA
1 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACC-ATTTAAAGCCGAGTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGA
** * * * * *
18961 GTGACTATAAATGGCTTTTCTTGCCAATGGATGGTTTTTACTTTATGTTTCTTGAGGCAAG-CAT
65 GTGACTATAAATGGCTTTTCTCACTAATAGATGG-TTTTACTTCATGTTTCCTGAGG-AAGAGAT
*
19025 TCAATTATAACATATTTTC-CTTAAAAATTTTAAAAAATTTAAC
128 TCAATTATAACATATTTTCAC-TAAAAA-TTTAAAAAATCTAAC
*
19068 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAG
1 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCCGAGTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAG
* * *
19132 TGACTATAAA-GGTACTTTTCTCACTAATAGATGGCTTTAGCTTCATGTTTCTTGAGGCAGAGAT
66 TGACTATAAATGG--CTTTTCTCACTAATAGATGGTTTTA-CTTCATGTTTCCTGAGGAAGAGAT
* * ** *
19196 TCAATTGTAACATATTTTAACTAAAAATGCAAAAAAAT-TCAAG
128 TCAATTATAACATATTTTCACTAAAAAT-TTAAAAAATCT-AAC
* * * *
19239 TTAAAACCAGTTAGGAGAATATAAAACTATTT-AAGCCGAGTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAG
1 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCCGAGTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAG
* * * * * * *
19303 TGACTATAAATGGCTTTTTTTACAAATGGATGATTTTTACTTCATGTTTCCTAAGGCAAG-CATT
66 TGACTATAAATGGCTTTTCTCACTAATAGATG-GTTTTACTTCATGTTTCCTGAGG-AAGAGATT
*
19367 CAATTATAACATATTTTCACCAAAAATTTTAAAAAATCTAAC
129 CAATTATAACATATTTTCACTAAAAA-TTTAAAAAATCTAAC
* * * *
19409 TTAAAATCAATTATGAGAATGTAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGCG
1 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCCGAGTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAG
* * * * * * ** ** * * *
19473 TGGCTAGAAATGAACTTTTCTCTCTGATCA-ATAGATTTTGGTTCACATTTTCTGAGGCAGACAT
66 TGACTATAAATG-GCTTTTCTCACTAAT-AGAT-GGTTTTACTTCATGTTTCCTGAGGAAGAGAT
* * * *
19537 TTAATTATAACATATTTTGACTAAAAATATAAAACAATCCAAC
128 TCAATTATAACATATTTTCACTAAAAATTTAAAA-AATCTAAC
* * * **
19580 TTAAAATTAATTATGAGTATATTAAAGAATTTAAAG
1 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAG
19616 TGGGTAATAA
Statistics
Matches: 738, Mismatches: 115, Indels: 70
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 73 0.10
170 340 0.46
171 317 0.43
172 6 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCCGAGTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAG
TGACTATAAATGGCTTTTCTCACTAATAGATGGTTTTACTTCATGTTTCCTGAGGAAGAGATTCA
ATTATAACATATTTTCACTAAAAATTTAAAAAATCTAAC
Found at i:19165 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 18510--22299 Score: 1711
Period size: 341 Copynumber: 11.2 Consensus size: 341
18500 NNNNAGGCAT
* * * * *
18510 AGATTCAATTTGTAACATATTTTAGCCAGAAATGCAAAAAATTTTAAGTTAAAACCAATTAGGAG
1 AGATTCAA-TTGTAACATATTTTAACTAAAAATGCAAAAAAATTCAAGTTAAAACCAATTAGGAG
18575 AATATAAAACTATTTAAGCCGACTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGCTTTT
65 AATATAAAACTATTTAAGCCGACTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGCTTTT
* * *
18640 CTTACTAATGGATAGTTTTTACTTTATGTTTCCTGAGGCAGGCATTCAATTATAACATATTTTCA
130 CTTACAAATGGATGGTTTTTACTTTATGTTTCCTGAGGCAAGCATTCAATTATAACATATTTTCA
*
18705 CCAAAAATTTT-AAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGAA
195 CCAAAAATTTTAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
*
18769 ATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAAGGTACTTTTCTCACTAATAGATGGCTTTAGCTT
260 ATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAAGGTACTTTTCTCACTAATAGATGGCTTTAGCTT
18834 CATGTTTCCTGAAGAAG
325 CATGTTTCCTGAAGAAG
* *
18851 AGATTCAATTGTAACATATTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATTCAAGTTAAAACCAATTAGGGGA
1 AGATTCAATTGTAACATATTTTAACTAAAAATGCAAAAAAATTCAAGTTAAAACCAATTAGGAGA
* * *
18916 ATATAAACCTATTTAAGTCGACTAATAAAGCTTTCAAAAGCCTGAGTGACTATAAATGGCTTTTC
66 ATATAAAACTATTTAAGCCGACTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTC
* * *
18981 TTGCCAATGGATGGTTTTTACTTTATGTTTCTTGAGGCAAGCATTCAATTATAACATATTTTC-C
131 TTACAAATGGATGGTTTTTACTTTATGTTTCCTGAGGCAAGCATTCAATTATAACATATTTTCAC
* *
19045 TTAAAAATTTTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
196 -CAAAAATTTTAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
19110 ATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAAGGTACTTTTCTCACTAATAGATGGCTTTAGCTT
260 ATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAAGGTACTTTTCTCACTAATAGATGGCTTTAGCTT
* * *
19175 CATGTTTCTTGAGGCAG
325 CATGTTTCCTGAAGAAG
*
19192 AGATTCAATTGTAACATATTTTAACTAAAAATGCAAAAAAATTCAAGTTAAAACCAGTTAGGAGA
1 AGATTCAATTGTAACATATTTTAACTAAAAATGCAAAAAAATTCAAGTTAAAACCAATTAGGAGA
* *
19257 ATATAAAACTATTTAAGCCGAGTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTT
66 ATATAAAACTATTTAAGCCGACTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTC
* * *
19322 TTACAAATGGATGATTTTTACTTCATGTTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTATAACATATTTTCAC
131 TTACAAATGGATGGTTTTTACTTTATGTTTCCTGAGGCAAGCATTCAATTATAACATATTTTCAC
*
19387 CAAAAATTTTAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
196 CAAAAATTTTAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * * * * * * *
19452 TAAGGCTTTCAAAGGCTTGCGTGGCTAGAAATGAACTTTTCTCTCTGATCA-ATAGATTTTGGTT
261 TAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAAGGTACTTTTCTCACTAAT-AGATGGCTTTAGCTT
** * * *
19516 CACATTTTCTGAGGCAG
325 CATGTTTCCTGAAGAAG
* * * * ** * * * ** * *
19533 ACATTTAATTATAACATATTTTGACTAAAAATATAAAACAATCCAACTTAAAATTAATTATGAGT
1 AGATTCAATTGTAACATATTTTAACTAAAAATGCAAAAAAATTCAAGTTAAAACCAATTAGGAGA
* ** * ** ** * * *
19598 ATATTAAAGAATTTAAAG-TGGGTAATAACTCGTTC-AAAGATTAAAGTGACTA-AAATGGACTT
66 ATATAAAACTATTT-AAGCCGACTAATAAAGCTTTCAAAAGCTT-GAGTGACTATAAATGG-CTT
** * * * * * * * ** **
19660 TTCTCT-CCCATGGATGGCTTTTGCATTA-GTTT-ATCAAGG-TAGACAATCAGCTATAGTATAT
128 TTCT-TACAAATGGATGGTTTTTACTTTATGTTTCCT-GAGGCAAG-CATTCAATTATAACATAT
* * * * * *
19721 TTT-AGCAAAACTGTAAAAAAATCAAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAA-C
190 TTTCACCAAAAATTTTAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
* ** * ** * * * **
19784 TGAGTAATAAGGCTCTC-CCA--TGGA-TGACT-T-TTGCTTCACGTTTCCCA-TGGTAGACAT-
255 -GAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAAG-GT-ACTTTTCTCACTAATAG--ATG
* ** **** * *
19841 TCAATAAAAGCATATTT--T-AACAA-
315 GCTTTAGCTTCATGTTTCCTGAAGAAG
* * * * * * * * * *
19864 A-A---AA-AGTAAAAAAATCTAACTTAAAAT-CAATTATAA--GAA-TATAAAACCATTTA--A
1 AGATTCAATTGTAACATATTTTAACTAAAAATGCAA-AAAAATTCAAGT-TAAAACCAATTAGGA
* * * * * * * * * *
19918 -AGT-T---AGTA-ATAAG--G-CT-TTCAAAGGC-TT---GAG--TGACTATA-AAG--AT-AC
64 GAATATAAAACTATTTAAGCCGACTAAT-AAA-GCTTTCAAAAGCTTGAGT-GACTATAAATGGC
** * * * ** ** *
19963 TTTTCTCT-TTAATGGATGGCTTTTACTTAACGTTTCCCAAAACAAACATTCAATTATAACATAT
126 TTTTCT-TACAAATGGATGGTTTTTACTTTATGTTTCCTGAGGCAAGCATTCAATTATAACATAT
* * * * * * * * *
20027 TTTAACTAAAAA-TGTAAAAAAACCAAGTTCAAATCAATTATAAGAATATAAAACTATTT-AAGC
190 TTTCACCAAAAATTTTAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
* * * ** * * *
20090 TGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGGGACTATAAATGG--CTTTTCTTGCCAATGGATGGTT
255 -GAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAA-GGTACTTTTCTCACTAATAGATGGCT
* *
20153 TTTGCCTT-ATGTTTCCT-AAGGTAG
318 TTAG-CTTCATGTTTCCTGAA-GAAG
** * * *** * * * *
20177 TCATTCAATTATAACATATTTTGA-TCAAAAATTTTAAACAA-TCTAACTT-AAATCAGTTATGG
1 AGATTCAATTGTAACATATTTTAACT-AAAAATGCAAAAAAATTC-AAGTTAAAACCAATTA-GG
* * * * * * *
20239 -GAATATGAAACTATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGAGTGACTAGAAATGGAC
63 AGAATATAAAACTATTT-AAGCCGACTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGG-C
*** * ** * * *
20302 TTTTCTCT-CTGGTGGATGGCTTTTGTTTTACG-TTCTTTGAGGC-AGACGTTCAATTATAACAT
126 TTTTCT-TACAAATGGATGGTTTTTACTTTATGTTTC-CTGAGGCAAG-CATTCAATTATAACAT
* * * * * * * *
20364 ATTTTGACCAAAAA-TGTAAAATAATCCAACTTAAATTCAATTACGAGAATATTAAAGCATTGAA
188 ATTTTCACCAAAAATTTTAAAA-AATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAA
* * * * * * * ** *
20428 AGTGGGTTATAAGACTTTCAAATG-TTAGATTGACTATAAATGG-ACTTTTCTCTCCCATGGATG
252 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTT-GAGTGACTATAAA-GGTACTTTTCTCACTAATAGATG
20491 GCTTTTA-CTTTACAT-TTT-CT-AAG--G
315 GC-TTTAGC-TT-CATGTTTCCTGAAGAAG
* * * * * * * * *
20515 CAGATGCTCAATTATAACATATTTTGACCAAAAATGTAAAACAATCCAACTTAAAATCAATTATG
1 -AGAT--TCAATTGTAACATATTTTAACTAAAAATGCAAAAAAATTCAAGTTAAAACCAATTAGG
* * ** * *
20580 AGAATATTAAAGC-ATTTAAAG-TGGGTAATAAAGCTTTC-AAAGGTTAAAGTGACTATAAATGG
63 AGAATA-TAAAACTATTT-AAGCCGACTAATAAAGCTTTCAAAAGCTT-GAGTGACTATAAATGG
* * * * * * ** * * ** **
20642 ACTTTTCTCTCCCAA-GGATGGCTTTTCCATCATGTTTATCC--AGATAGGTATTCAGCTATAGT
125 -CTTTTCT-TACAAATGGATGGTTTTTACTTTATG-TT-TCCTGAGGCAAGCATTCAATTATAAC
* * ** * *
20704 ATATTTT-AGCAACAATCATAAAAAATCAAACTTAAAATCAATTATTAGAATATAAAACCATTTA
186 ATATTTTCACCAAAAATTTTAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTA
* * * * * * * ** *
20768 AA-CTGAGTAAAAAGGCTTTCAAATGCTTAAGTGATTGT-AAGTGGACTTTTCTCTCCCATGGAT
251 AAGC-GAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAAG-GTACTTTTCTCACTAATAGAT
* * *
20831 GGCTTTTGCTTCACGTTTCAC--AAGGTAG
314 GGCTTTAGCTTCATGTTTC-CTGAA-GAAG
* ** * * * * * * * *
20859 ACATTTC-ATAATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACCTAAAAATCAATTATGA
1 AGA-TTCAATTGTAACATATTTTAACTAAAAATGCAAAAAAATTCAA-GTTAAAACCAATTAGGA
* * * * * * *
20923 GAATCTGAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAA--GATA
64 GAATATAAAACTATTT-AAGCCGACTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGCT-
* * ** * *
20985 CTTTCTCT-CTAATGGATGGCATTTT-CTCCATGTTTCCTAAGGCAGAG-ATTCAATTGTAACAT
127 -TTTCT-TACAAATGGATGG-TTTTTACTTTATGTTTCCTGAGGCA-AGCATTCAATTATAACAT
* * * * * * * *
21047 ATTTTAACTAAAAATATAAAAAAAT-TCAAGTTAAAACCAATTAGGAGAATATAAAACTATTT-A
188 ATTTTCACCAAAAATTTTAAAAAATCT-AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAA
* * ** * *
21110 AGCCGAATAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGG--CTTTTCTTGCCAATCGATA
252 AG-CGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAA-GGTACTTTTCTCACTAATAGAT-
*** * * *
21173 ATTTTTA-CTTCATATTT-CTCGAGGCAG
314 GGCTTTAGCTTCATGTTTCCT-GAAGAAG
* * *** * * *
21200 -GCATTCAATTATAACATATTTTCA-TCAAAAATTTTAAAAAA-TCTAACTTAAAATCAATTATG
1 AG-ATTCAATTGTAACATATTTTAACT-AAAAATGCAAAAAAATTC-AAGTTAAAACCAATTAGG
* * ** * * *
21262 AGAATACAAAACCATTTAA-ATGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATACA-GGTAC
63 AGAATATAAAACTATTTAAGCCGACTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGG--C
* * * * * * ** * * *
21325 TTTTCTCACTAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGATAGAG-ATTCAACTGTAATATAT
126 TTTTCTTACAAATGGATGGTTTTTACTTTATGTTTCCTGAGGCA-AGCATTCAATTATAACATAT
* * * * * * * * *
21389 TTT-AACTAAAGTTGTAAAAAAAAT-TAAAGTTAAAA-CAAATTAGGAGAATGTAAAGCTATTT-
190 TTTCACCAAAAATT-T-TAAAAAATCT-AACTTAAAATC-AATTATGAGAATATAAAACCATTTA
* * ** * *
21450 AAGTTGAGTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGG--CTTTTCTTGCCAATGGAT
251 AAG-CGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAA-GGTACTTTTCTCACTAATAGAT
* * * *
21513 AGTTTTA-CTTCATGTTTCCTGAGGCAG
314 GGCTTTAGCTTCATGTTTCCTGAAGAAG
* * * * *** * * *
21540 -GCATTCAATTATAATATAGTTTCACTAAAAATTTTAAAAAA-TCTAACTTAAAATCAATTATGA
1 AG-ATTCAATTGTAACATATTTTAACTAAAAATGCAAAAAAATTC-AAGTTAAAACCAATTAGGA
* ** *
21603 GAATATAAAACCATTTAGAG-CGAGGAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAA-GGTAC
64 GAATATAAAACTATTTA-AGCCGACTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGG--C
* ** * * * * * * *
21666 TTTTCTCATTATTAGATGGCTTTTGCTTCTA-GTTTCTTAAGGCAGAG-ATTCAATTGTAACATA
126 TTTTCTTACAAATGGATGGTTTTTACTT-TATGTTTCCTGAGGCA-AGCATTCAATTATAACATA
* * * * * * * * *
21729 TTTT-AACTAAAATGTAAAAAAATTTAAGTTAAAACCAATTAGGAGAATATAAAACTATTT-AAG
189 TTTTCACCAAAAATTTTAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAG
* * * ** * *
21792 CCAAGTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTGCCAATAGATGGTT
254 -CGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAAGGTACTTTTCTCACTAATAGATGG-C
* * *
21856 TTTA-CTTCATGTTTCTTGAGGCAG
317 TTTAGCTTCATGTTTCCTGAAGAAG
* * * * *** * * *
21880 -GCATTCAATTATAACATA-TTTCACCAACAATTTTAAAAAA-TCTAACTTAAAATCAATTATGA
1 AG-ATTCAATTGTAACATATTTTAACTAAAAATGCAAAAAAATTC-AAGTTAAAACCAATTAGGA
* * * * * *
21942 GAATATTAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAGAAATGGACT
64 GAATATAAAACTATTT-AAGCCGACTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGG-CT
** ** ** * ** * * * * *
22006 TTTCTCT-CTGATCAACAGATTTTGGTTCACGTTTTCTGAGGC-AGACGTTTAATTATAACATAT
127 TTTCT-TACAAATGGATGGTTTTTACTTTATGTTTCCTGAGGCAAG-CATTCAATTATAACATAT
* * * * **
22069 TTTGACCAAAAA-TGTAAAACAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATTAAAGAATTTAAAG
190 TTTCACCAAAAATTTTAAAA-AATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * * ** *
22133 TGGGTAGTAAGTCGTTC-AAAGGTTAGAGTGACTA-AAATGG-ACTTTTCTCTCCCATGGATGGC
254 CGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTT-GAGTGACTATAAA-GGTACTTTTCTCACTAATAGATGGC
* * * * *
22195 TTTTGCATCA-GTTTATCT-AGGTAG
317 TTTAGCTTCATGTTT-CCTGAAGAAG
* ** * * * * * * * * *
22219 ACATTCAGCTATAATATATTTTAGCCAAAACTGTAAAAAAA-TCGAGCTTAAAATCAATTATGAG
1 AGATTCAATTGTAACATATTTTAACTAAAAATGCAAAAAAATTCAAG-TTAAAACCAATTAGGAG
22283 AATATAAAACTATTTAA
65 AATATAAAACTATTTAA
22300 ACTGAGTAAT
Statistics
Matches: 2744, Mismatches: 535, Indels: 342
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (341 bp):
AGATTCAATTGTAACATATTTTAACTAAAAATGCAAAAAAATTCAAGTTAAAACCAATTAGGAGA
ATATAAAACTATTTAAGCCGACTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTC
TTACAAATGGATGGTTTTTACTTTATGTTTCCTGAGGCAAGCATTCAATTATAACATATTTTCAC
CAAAAATTTTAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
TAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAAGGTACTTTTCTCACTAATAGATGGCTTTAGCTTC
ATGTTTCCTGAAGAAG
Found at i:19594 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 18558--19793 Score: 984
Period size: 170 Copynumber: 7.3 Consensus size: 168
18548 AAATTTTAAG
* * * *
18558 TTAAAACCAATTAGGAGAATATAAAACTATTT-AAGCCGACTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAG
1 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAG
* * * * * * * * *
18622 TGACTATAAATGGCTTTTCT-TACTAATGGATAGTTTTTACTTTATGTTTCCTGAGGCAGGCATT
65 TGACTATAAATGACTTTTCTCT-CTAAT-AATGGATTTTGCTTCATATTTTCTGAGGCAGACATT
* * * *
18686 CAATTATAACATATTTTCACCAAAAATTTTAAAAATCTAAC
128 CAATTATAACATATTTTAACTAAAAATTTAAAAAATCCAAC
*
18727 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGAAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAGT
* * * * * * * * *
18792 GACTATAAAGGTACTTTTCTCACTAATAGATGGCTTTAGCTTCATGTTTCCTGAAGAAGAGATTC
66 GACTATAAATG-ACTTTTCTCTCTAATA-ATGGATTTTGCTTCATATTTTCTGAGGCAGACATTC
* ** * *
18857 AATTGTAACATATTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATTCAAG
129 AATTATAACATATTTTAACTAAAAAT-TTAAAAAATCCAAC
* * * * *
18898 TTAAAACCAATTAGGGGAATAT-AAACCTATTT-AAGTCGACTAATAAAGCTTTCAAAAGCCTGA
1 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACC-ATTTAAAG-CGAGTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGA
* * * * *
18961 GTGACTATAAATGGCTTTTCT-TGCCAATGGATGGTTTTTACTT--TATGTTTCTTGAGGCA-AG
64 GTGACTATAAATGACTTTTCTCT-CTAAT-AATGGATTTTGCTTCATAT-TTTC-TGAGGCAGA-
* **
19022 CATTCAATTATAACATATTTT-CCTTAAAAATTTTAAAAAATTTAAC
124 CATTCAATTATAACATATTTTAAC-TAAAAA-TTTAAAAAATCCAAC
*
19068 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAGT
* * * * * *
19133 GACTATAAAGGTACTTTTCTCACTAATAGATGGCTTTAGCTTCAT-GTTTCTTGAGGCAGAGATT
66 GACTATAAATG-ACTTTTCTCTCTAATA-ATGGATTTTGCTTCATATTTTC-TGAGGCAGACATT
* ** * *
19197 CAATTGTAACATATTTTAACTAAAAATGCAAAAAAATTCAAG
128 CAATTATAACATATTTTAACTAAAAAT-TTAAAAAATCCAAC
* * * *
19239 TTAAAACCAGTTAGGAGAATATAAAACTATTT-AAGCCGAGTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAG
1 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAG
* * * * * * * *
19303 TGACTATAAATGGCTTTT-TTTACAAATGGAT-GATTTTTACTTCATGTTTCCTAAGGCA-AGCA
65 TGACTATAAATGACTTTTCTCT-CTAAT-AATGGA-TTTTGCTTCATATTTTCTGAGGCAGA-CA
* * *
19365 TTCAATTATAACATATTTTCACCAAAAATTTTAAAAAATCTAAC
126 TTCAATTATAACATATTTTAACTAAAAA-TTTAAAAAATCCAAC
* * * *
19409 TTAAAATCAATTATGAGAATGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGCGT
1 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAGT
* * * * * * *
19474 GGCTAGAAATGAACTTTTCTCTCTGATCAATAGATTTTGGTTCACATTTTCTGAGGCAGACATTT
66 GACTATAAATG-ACTTTTCTCTCTAAT-AATGGATTTTGCTTCATATTTTCTGAGGCAGACATTC
* *
19539 AATTATAACATATTTTGACTAAAAATATAAAACAATCCAAC
129 AATTATAACATATTTTAACTAAAAATTTAAAA-AATCCAAC
* * * ** * * ** * * *
19580 TTAAAATTAATTATGAGTATATTAAAGAATTTAAAGTGGGTAATAACTCGTTC-AAAGATTAAAG
1 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAAGCTT-GAG
** * * * * *
19644 TGACTA-AAATGGACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCATT-AGT-TTATC-AAGGTAGACA
65 TGACTATAAAT-GACTTTTCTCTCTAAT-AATGGATTTTGC-TTCA-TATTTTCTGAGGCAGACA
* ** ** * * * *
19705 ATCAGCTATAGTATATTTTAGC-AAAACTGTAAAAAAATCAAAC
126 TTCAATTATAACATATTTTAACTAAAAAT-TTAAAAAATCCAAC
*
19748 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAA-CTGAGTAATAA
1 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAA
19794 GGCTCTCCCA
Statistics
Matches: 851, Mismatches: 173, Indels: 87
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 52 0.06
169 100 0.12
170 361 0.42
171 330 0.39
172 7 0.01
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (168 bp):
TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAGT
GACTATAAATGACTTTTCTCTCTAATAATGGATTTTGCTTCATATTTTCTGAGGCAGACATTCAA
TTATAACATATTTTAACTAAAAATTTAAAAAATCCAAC
Found at i:20114 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 19796--22311 Score: 1946
Period size: 170 Copynumber: 14.8 Consensus size: 169
19786 AGTAATAAGG
* * * * * * *
19796 CTCTCCCATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCCATGGTAGACATTCAA-TAAAAGCATATTTTA
1 CTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAA-CATATTTTA
* * * * *
19860 ACAAAAAAAGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACCATTTAAAG-TTAG
65 ACTAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTT-AAGCTGAG
*
19924 TAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAGATACTTTT
128 TAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAG-TACTTTT
** * * * * ** *
19967 CTCTTTAATGGATGGCTTTTACTTAACGTTTCCCAAAACAAACATTCAATTATAACATATTTTAA
1 CTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAA
* * * * *
20032 CTAAAAATGTAAAAAAACCAAGTTCAAATCAATTATAAGAATATAAAACTATTTAAGCTGAGTAA
66 CTAAAAATGTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAGCTGAGTAA
* *
20097 TAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGGGACTATAAA-TGGCTTTT
131 TAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAGT-ACTTTT
* * *
20136 CT-TGCCAATGGATGGTTTTTGCCTT-ATGTTTCCTAAGGTAGTCATTCAATTATAACATATTTT
1 CTCT-CCAATGGATGGCTTTTG-CTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTT
* * * * * * * *
20199 GA-TCAAAAATTTTAAACAATCTAACTT-AAATCAGTTATGGGAATATGAAACTATTTAAAG-TG
64 AACT-AAAAA-TGTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTT-AAGCTG
* * * *
20261 AGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGAGTGACTAGAAATGGACTTTT
126 AGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAA-GTACTTTT
*** * * * * * * *
20306 CTCTCTGGTGGATGGCTTTTGTTTTACG-TTCTTTGAGGCAGACGTTCAATTATAACATATTTTG
1 CTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTA
* * * * * * *
20370 ACCAAAAATGTAAAATAATCCAACTTAAATTCAATTACGAGAATATTAAAGCATTGAAAG-TGGG
65 ACTAAAAATGTAAAA-AATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATT-TAAGCTGAG
* * * *
20434 TTAT-AAGACTTTCAAATG-TTAGATTGACTATAAATGGACTTTT
128 TAATAAAG-CTTTCAAAGGCTT-GAGTGACTATAAA-GTACTTTT
* * ***
20477 CTCTCCCATGGATGGCTTTTACTTTACAT-TTT-CTAAGGCAGATGCTCAATTATAACATATTTT
1 CTCTCCAATGGATGGCTTTTGC-TT-CATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTT
* * * * *
20540 GACCAAAAATGTAAAACAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATTAAAGCATTTAAAG-TGG
64 AACTAAAAATGTAAAA-AATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTT-AAGCTGA
* *
20604 GTAATAAAGCTTTCAAAGG-TTAAAGTGACTATAAATGGACTTTT
127 GTAATAAAGCTTTCAAAGGCTT-GAGTGACTATAAA-GTACTTTT
* * ** ** ** **
20648 CTCTCCCAA-GGATGGCTTTTCCATCATGTTTATCC--AGATAGGTATTCAGCTATAGTATATTT
1 CTCT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TT-TCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTT
* * * * * *
20710 TAGC-AACAATCATAAAAAATCAAACTTAAAATCAATTATTAGAATATAAAACCATTTAAACTGA
63 TAACTAAAAAT-GTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAGCTGA
* * * *
20774 GTAA-AAAGGCTTTCAAATGCTTAAGTGATTGT-AAGTGGACTTTT
127 GTAATAAA-GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAGT--ACTTTT
* * * * *
20818 CTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCAC-AAGGTAGACATTTC-ATAATAGCATATTTT
1 CTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CTAAGGCAGACA-TTCAATTATAACATATTTT
* * * *
20881 AACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACCTAAAAATCAATTATGAGAATCTGAAACCATTTAAAGC-G
64 AACTAAAAATGT-AAAAAATCCAA-CTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTT-AAGCTG
*
20945 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAGATAC-TTT
126 AGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAG-TACTTTT
* * * *
20989 CTCTCTAATGGATGGCATTTT-CTCCATGTTTCCTAAGGCAGAGATTCAATTGTAACATATTTTA
1 CTCTCCAATGGATGGC-TTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTA
* * * * * * * *
21053 ACTAAAAATATAAAAAAATTCAAGTTAAAACCAATTAGGAGAATATAAAACTATTTAAGCCGAAT
65 ACTAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAGCTGAGT
* *
21118 AATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAA-TGGCTTTT
129 AATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAGT-ACTTTT
* *** * * * *
21159 CT-TGCCAATCGATAATTTTTACTTCATATTT-CTCGAGGCAGGCATTCAATTATAACATATTTT
1 CTCT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTT
* * * * *
21222 CA-TCAAAAATTTTAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATACAAAACCATTTAA-ATGA
64 AACT-AAAAA-TGTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAGCTGA
* * *
21285 GTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATACAGGTACTTTT
127 GTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATA-AAGTACTTTT
* * * * ** * * * *
21329 CTCACTAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGATAGAGATTCAACTGTAATATATTTTAA
1 CTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAA
** ** * * * * * *
21394 CTAAAGTTGTAAAAAAAATTAAAGTTAAAA-CAAATTAGGAGAATGTAAAGCTATTTAAGTTGAG
66 CTAAAAATGT--AAAAAATCCAACTTAAAATC-AATTATGAGAATATAAAACCATTTAAGCTGAG
* *
21458 TAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAA-TGGCTTTT
128 TAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAGT-ACTTTT
* * * * * * *
21500 CT-TGCCAATGGATAG-TTTTACTTCATGTTTCCTGAGGCAGGCATTCAATTATAATATAGTTTC
1 CTCT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTA
* *
21563 ACTAAAAATTTTAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAGAGC-GAG
65 ACTAAAAA-TGTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTA-AGCTGAG
* * *
21627 GAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAAGGTACTTTT
128 TAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAA-GTACTTTT
* * * * * *
21670 CTCAT-TATTAGATGGCTTTTGCTTC-TAGTTTCTTAAGGCAGAGATTCAATTGTAACATATTTT
1 CTC-TCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAT-GTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTT
** * * * * **
21733 AACT-AAAATGTAAAAAAATTTAAGTTAAAACCAATTAGGAGAATATAAAACTATTTAAGCCAAG
64 AACTAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAGCTGAG
*
21797 TAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAA-TGACTTTT
128 TAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAGT-ACTTTT
* * * * * * *
21839 CT-TGCCAATAGATGGTTTTTACTTCATGTTTCTTGAGGCAGGCATTCAATTATAACATA-TTTC
1 CTCT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTA
* * * * *
21902 ACCAACAATTTTAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATTAAACCATTTAAAGC-GAG
65 ACTAA-AAATGTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTT-AAGCTGAG
* * *
21966 TAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAGAAATGGACTTTT
128 TAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAA-GTACTTTT
** ** ** * * * * * * * *
22009 CTCTCTGATCAACAGATTTTGGTTCACGTTTTCTGAGGCAGACGTTTAATTATAACATATTTTGA
1 CTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAA
* * ** *
22074 CCAAAAATGTAAAACAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATTAAAGAATTTAAAG-TGGGT
66 CTAAAAATGTAAAA-AATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTT-AAGCTGAGT
* * *
22138 AGT-AAGTCGTTCAAAGG-TTAGAGTGACTA-AAATGGACTTTT
129 AATAAAG-CTTTCAAAGGCTT-GAGTGACTATAAA-GTACTTTT
* * * * ** *
22179 CTCTCCCATGGATGGCTTTTGCATCA-GTTTATCT-AGGTAGACATTCAGCTATAATATATTTTA
1 CTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTA
* * * * * * *
22242 GCCAAAACTGTAAAAAAATCGAGCTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAACTGAGT
65 ACTAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAGCTGAGT
22307 AATAA
129 AATAA
22312 GGCTCTTCCA
Statistics
Matches: 1894, Mismatches: 353, Indels: 197
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 15 0.01
169 469 0.25
170 728 0.38
171 558 0.29
172 110 0.06
173 12 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
CTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAA
CTAAAAATGTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAGCTGAGTAA
TAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAGTACTTTT
Found at i:22300 original size:340 final size:338
Alignment explanation
Indices: 19803--22315 Score: 2275
Period size: 341 Copynumber: 7.4 Consensus size: 338
19793 AGGCTCTCCC
* * * * * * * * *
19803 ATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCCATGGTAGACATTCAA-TAAAAGCATATTTTAACAAAAA
1 ATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAA-CATATTTT-ACCAAAA
* * **
19867 AAGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACCATTTAAAGTTAGTAATAAGG
64 ATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * *
19932 CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAGATACTTTTCTCTTTAATGGATGGCTTTTACTTAACGTT
129 CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAG-GACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTT
* * ** * * * *
19997 TCCCAAAACAAACATTCAATTATAACATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA-CCAAGTTCAAAT
193 TTCTAAGGCAGA-GTTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAAGTTAAAAT
** *
20061 CAATTATAAGAATATAAAACTATTTAAGCTGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGGGACTATA
257 CAATTAGGAGAATATAAAACTATTTAAGCTGAGTAATAAAGCTTTCAAA-GCTTGAGTGACTATA
20126 AATGG-CTTTTCTTGCCA
321 AATGGACTTTTCTTGCCA
* * * * * *
20143 ATGGATGGTTTTTGCCTT-ATGTTTCCTAAGGTAGTCATTCAATTATAACATATTTTGATCAAAA
1 ATGGATGGCTTTT-ACTTCATGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTT-ACCAAAA
* * * * * * * *
20207 ATTTTAAACAATCTAACTT-AAATCAGTTATGGGAATATGAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGG
64 ATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * ** * *
20271 CTTTGAAAGGCTTGAGTGACTAGAAATGGACTTTTCTCTCTGGTGGATGGCTTTTGTTTTACGTT
129 CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAA-GGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTT
* * * * *
20336 CTT-TGAGGCAGACGTTCAATTATAACATATTTTGACCAAAAATGTAAAATAATCCAACTTAAAT
193 -TTCTAAGGCAGA-GTTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAAGTTAAAA
* * * * * *
20400 TCAATTACGAGAATATTAAAGC-ATTGAAAG-TGGGTTAT-AAGACTTTCAAATG-TTAGATTGA
256 TCAATTAGGAGAATA-TAAAACTATT-TAAGCTGAGTAATAAAG-CTTTCAAA-GCTT-GAGTGA
*
20461 CTATAAATGGACTTTTCTCT-CCC
316 CTATAAATGGACTTTTCT-TGCCA
* ** ***
20484 ATGGATGGCTTTTACTTTACATTTTCTAAGGCAGATGCTCAATTATAACATATTTTGACCAAAAA
1 ATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTT-ACCAAAAA
* * * * * * *
20549 TGTAAAACAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATTAAAGCATTTAAAGTGGGTAATAAAGC
65 TGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * *
20614 TTTCAAAGG-TTAAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCAA-GGATGGCTTTTCCATCATGT
130 TTTCAAAGGCTT-GAGTGACTATAAA-GGACTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGT
* ** ** ** * * * * *
20677 TTATC-CAGATAG-GTATTCAGCTATAGTATATTTT-AGCAACAAT-CATAAAAAATCAAACTTA
192 TT-TCTAAGGCAGAG--TTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATCCAAGTTA
** * * *
20738 AAATCAATTATTAGAATATAAAACCATTTAAACTGAGTAA-AAAGGCTTTCAAATGCTTAAGTGA
253 AAATCAATTAGGAGAATATAAAACTATTTAAGCTGAGTAATAAA-GCTTTCAAA-GCTTGAGTGA
* * * *
20802 TTGTAAGTGGACTTTTCTCT-CCC
316 CTATAAATGGACTTTTCT-TGCCA
* * * * * *
20825 ATGGATGGCTTTTGCTTCACG-TTTCACAAGGTAGACATTTC-ATAATAGCATATTTTAACCAAA
1 ATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTTC-TAAGGCAGACA-TTCAATTATAACATATTTT-ACCAAA
* * * *
20888 AATGTAAAAAAATCCAACCTAAAAATCAATTATGAGAATCTGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
63 AATGTAAAAAAATCTAA-CTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * *
20953 GGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAGATAC-TTTCTCTCTAATGGATGGCATTTT-CTCCAT
127 GGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAG-GACTTTTCTCTCTAATGGATGGC-TTTTGCTTCAC
* * * * *
21016 GTTTCCTAAGGCAGAGATTCAATTGTAACATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAAGTTAA
190 GTTTTCTAAGGCAGAG-TTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAAGTTAA
* * *
21081 AACCAATTAGGAGAATATAAAACTATTTAAGCCGAATAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACT
254 AATCAATTAGGAGAATATAAAACTATTTAAGCTGAGTAATAAAGCTTTC-AAAGCTTGAGTGACT
21146 ATAAATGG-CTTTTCTTGCCA
318 ATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* *** * * * *
21166 ATCGATAATTTTTACTTCAT-ATTTCTCGAGGCAGGCATTCAATTATAACATATTTTCATCAAAA
1 ATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTTCT-AAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTT-ACCAAAA
* * * *
21230 ATTTTAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATACAAAACCATTTAAA-TGAGTAATAAGG
64 ATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * * *
21294 CTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATACAGGTACTTTTCTCACTAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTT
129 CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAGG-ACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTT
* * ** * * * * ** **
21359 TCCTGAGATAGAGATTCAACTGTAATATATTTTAACTAAAGTTGTAAAAAAAATTAAAGTTAAAA
193 TTCTAAGGCAGAG-TTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATCCAAGTTAAAA
* * *
21424 -CAAATTAGGAGAATGTAAAGCTATTTAAGTTGAGTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTA
256 TC-AATTAGGAGAATATAAAACTATTTAAGCTGAGTAATAAAGCTTTC-AAAGCTTGAGTGACTA
21488 TAAATGG-CTTTTCTTGCCA
319 TAAATGGACTTTTCTTGCCA
* * * * * * *
21507 ATGGATAG-TTTTACTTCATGTTTCCTGAGGCAGGCATTCAATTATAATATAGTTTCACTAAAAA
1 ATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATA-TTTTACCAAAAA
* * * *
21571 TTTTAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAGAGCGAGGAATAAGGC
65 TGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * *
21636 TTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAAGGTACTTTTCTCAT-TATTAGATGGCTTTTGCTTCTA-G-
130 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAGG-ACTTTTCTC-TCTAATGGATGGCTTTTGCTTC-ACGT
* * **
21698 TTTCTTAAGGCAGAGATTCAATTGTAACATATTTTAA-CTAAAATGTAAAAAAATTTAAGTTAAA
192 TTTC-TAAGGCAGAG-TTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAAGTTAAA
* **
21762 ACCAATTAGGAGAATATAAAACTATTTAAGCCAAGTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTA
255 ATCAATTAGGAGAATATAAAACTATTTAAGCTGAGTAATAAAGCTTTC-AAAGCTTGAGTGACTA
21827 TAAAT-GACTTTTCTTGCCA
319 TAAATGGACTTTTCTTGCCA
* * * * * *
21846 ATAGATGGTTTTTACTTCATG-TTTCTTGAGGCAGGCATTCAATTATAACATATTTCACCAACAA
1 ATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTTC-TAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTACCAAAAA
* * *
21910 TTTTAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATTAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
65 TGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * ** ** * *
21975 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTAGAAATGGACTTTTCTCTCTGATCAACAGATTTTGGTTCACGTTT
130 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAA-GGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT
* * * * *
22040 TCTGAGGCAGACGTTTAATTATAACATATTTTGACCAAAAATGTAAAACAATCCAACTTAAAATC
194 TCTAAGGCAGA-GTTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAAGTTAAAATC
* * ** * * * *
22105 AATTATGAGAATATTAAAGAATTTAAAG-TGGGTAGT-AAGTCGTTCAAAGGTTAGAGTGACTA-
258 AATTAGGAGAATATAAAACTATTT-AAGCTGAGTAATAAAG-CTTTCAAAGCTT-GAGTGACTAT
*
22167 AAATGGACTTTTCTCT-CCC
320 AAATGGACTTTTCT-TGCCA
* * * ** *
22186 ATGGATGGCTTTTGCATCA-GTTTATCT-AGGTAGACATTCAGCTATAATATATTTTAGCCAAAA
1 ATGGATGGCTTTTACTTCATGTTT-TCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTA-CCAAAA
* * * *
22249 CTGTAAAAAAATCGAGCTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAA-CTGAGTAATAAG
64 ATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAG
22313 GCT
128 GCT
22316 CTTCCATGGA
Statistics
Matches: 1808, Mismatches: 293, Indels: 144
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 3 0.00
339 462 0.26
340 529 0.29
341 546 0.30
342 258 0.14
343 10 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (338 bp):
ATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTACCAAAAAT
GTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
TTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTC
TAAGGCAGAGTTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAAGTTAAAATCAAT
TAGGAGAATATAAAACTATTTAAGCTGAGTAATAAAGCTTTCAAAGCTTGAGTGACTATAAATGG
ACTTTTCTTGCCA
Found at i:22901 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 22552--23213 Score: 612
Period size: 165 Copynumber: 3.9 Consensus size: 170
22542 NNNNNNNNNN
* * * * *
22552 GAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGCTAG-ATTTT
1 GAAAGCTTTATTACTCGAC-TTAAATAGTTTTATATTCTCCTAATTGGTTTTAA-CTTGAATTTT
* ** * * * * * ***
22615 TTAAAATTTTTGGTGAAAATATGTTATAATTAAATGCCTGCCTCAGGAAACATGAAG-----TTT
64 TTTACTTTTTTAGTTAAAATATGTTACAATTGAAT-CTTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCC
*
22675 TTCCATTAGCA-AGAAAAG--CCATTTATAGTCACTCAAGCTTTT
128 ATCCATTAG-AGAGAAAAGTACC-TTTATAGTCACTCAAGCTTTT
* *
22717 GAAAGCTTTATTACACGACTTAAATAGTTTTATATACTCCTAATTGGTTTTAACTTGAATTTTTT
1 GAAAGCTTTATTACTCGACTTAAATAGTTTTATATTCTCCTAATTGGTTTTAACTTGAATTTTTT
* * * *
22782 TACTTTTTTAGTTAAAACATGTTACAGTTGAATCTCTACCTCAGAAAACATGAAGCAAAAGCCAT
66 TACTTTTTTAGTTAAAATATGTTACAATTGAATCT-TGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * *
22847 CTATAAGTGAGAAAAGTACCTTTATAGTCACTCAAGCTTTT
130 CCATTAGAGAGAAAAGTACCTTTATAGTCACTCAAGCTTTT
* * * * * * * *
22888 GAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGGATTTT
1 GAAAGCTTTATTACTCGACTTAAATAG-TTTTATATTCTCCTAATTGGTTTTAACTT-GAATTTT
** * * * * * * * **
22953 TAAAATTTTTGA-TGAAAATATGTTATAATTAAATGCTTGCCTCAGGAAATATGAAGTAAAAATC
64 TTTACTTTTTTAGTTAAAATATGTTACAATTGAAT-CTTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCC
* * *
23017 ATCGATTGGCA-AGAAAAGT-CATTTATAGTCACTCAAGCTTTT
128 ATCCATTAG-AGAGAAAAGTACCTTTATAGTCACTCAAGCTTTT
* * * *
23059 GAAAGCTTTCTTATTCGGCTTAAATAGTTTTATATTCTCCTAATTAGTTTTAACTTGAATTTTTT
1 GAAAGCTTTATTACTCGACTTAAATAGTTTTATATTCTCCTAATTGGTTTTAACTTGAATTTTTT
* * * * *
23124 TACATTTTTAGCTAAAATATGTTACAATTGAATCTTTGCCTTAGGAAACATGGAGCAAATGCCAT
66 TACTTTTTTAGTTAAAATATGTTACAATTGAATC-TTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
*
23189 CCATTAGAGAGAAAAGTATCTTTAT
130 CCATTAGAGAGAAAAGTACCTTTAT
23214 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 390, Mismatches: 88, Indels: 32
0.76 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
164 4 0.01
165 92 0.24
166 2 0.01
169 15 0.04
170 92 0.24
171 90 0.23
172 79 0.20
173 16 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
GAAAGCTTTATTACTCGACTTAAATAGTTTTATATTCTCCTAATTGGTTTTAACTTGAATTTTTT
TACTTTTTTAGTTAAAATATGTTACAATTGAATCTTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
CATTAGAGAGAAAAGTACCTTTATAGTCACTCAAGCTTTT
Found at i:23204 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 22552--23205 Score: 614
Period size: 170 Copynumber: 3.9 Consensus size: 169
22542 NNNNNNNNNN
* * * *
22552 GAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGCTAG-ATTTT
1 GAAAGCTTTATTACTCGAC-TTAAATAGTTTTATATTCTCCTAATTG-TTTTAA-CTTGAATTTT
* * * * * * *
22615 TTAAAATTTTT-GGTGAAAATATGTTATAATTAAATGC-CTGCCTCAGGAAACATGAAG-----T
63 TTTACATTTTTAGAT-AAAATATGTTACAATTGAAT-CTTTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAG
*** *
22673 TTTTCCATTAGCAAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTT
126 CCATCCATTAGCAAGAAAAGTCATTTATAGTCACTCAAGCTTTT
* *
22717 GAAAGCTTTATTACACGACTTAAATAGTTTTATATACTCCTAATTGGTTTTAACTTGAATTTTTT
1 GAAAGCTTTATTACTCGACTTAAATAGTTTTATATTCTCCTAATT-GTTTTAACTTGAATTTTTT
* * * * * * *
22782 TACTTTTTTAGTTAAAACATGTTACAGTTGAATCTCTACCTCAGAAAACATGAAGCAAAAGCCAT
65 TACATTTTTAGATAAAATATGTTACAATTGAATCTTTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * ** *
22847 CTATAAGTGAGAAAAGTACCTTTATAGTCACTCAAGCTTTT
130 CCATTAGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACTCAAGCTTTT
* * * * * * *
22888 GAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGGA-TTT
1 GAAAGCTTTATTACTCGACTTAAATAG-TTTTATATTCTCCTAATTG-TTTTAACTT-GAATTTT
* * * * * * *
22952 TTAAAATTTTT-GATGAAAATATGTTATAATTAAATGC-TTGCCTCAGGAAATATGAAGTAAAAA
63 TTTACATTTTTAGAT-AAAATATGTTACAATTGAAT-CTTTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAG
* * *
23015 TCATCGATTGGCAAGAAAAGTCATTTATAGTCACTCAAGCTTTT
126 CCATCCATTAGCAAGAAAAGTCATTTATAGTCACTCAAGCTTTT
* * *
23059 GAAAGCTTTCTTATTCGGCTTAAATAGTTTTATATTCTCCTAATTAGTTTTAACTTGAATTTTTT
1 GAAAGCTTTATTACTCGACTTAAATAGTTTTATATTCTCCTAATT-GTTTTAACTTGAATTTTTT
* * * *
23124 TACATTTTTAGCTAAAATATGTTACAATTGAATCTTTGCCTTAGGAAACATGGAGCAAATGCCAT
65 TACATTTTTAGATAAAATATGTTACAATTGAATCTTTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
23189 CCATTAG-AGAGAAAAGT
130 CCATTAGCA-AGAAAAGT
23206 ATCTTTATNN
Statistics
Matches: 388, Mismatches: 80, Indels: 37
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
164 4 0.01
165 90 0.23
166 5 0.01
169 4 0.01
170 104 0.27
171 92 0.24
172 86 0.22
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
GAAAGCTTTATTACTCGACTTAAATAGTTTTATATTCTCCTAATTGTTTTAACTTGAATTTTTTT
ACATTTTTAGATAAAATATGTTACAATTGAATCTTTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
CATTAGCAAGAAAAGTCATTTATAGTCACTCAAGCTTTT
Found at i:23260 original size:342 final size:336
Alignment explanation
Indices: 22552--23213 Score: 984
Period size: 342 Copynumber: 2.0 Consensus size: 336
22542 NNNNNNNNNN
*
22552 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGCTAGATTTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGCTAGATTTTTT
* **
22617 AAAATTTTTGGTGAAAATATGTTATAATTAAATGCCTGCCTCAGGAAACATGAAGTTTTTCCATT
66 AAAATTTTTGATGAAAATATGTTATAATTAAATGCCTGCCTCAGGAAACATGAAGTTCATCCATT
22682 AGCAAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTTGAAAGCTTTATTACACGACTTAAATAGTTT
131 AGCAAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTTGAAAGCTTTATTACACGACTTAAATAGTTT
* * * *
22747 TATATACTCCTAATTGGTTTTAACTTGAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACATGTTACAGTTG
196 TATATACTCCTAATTAGTTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACATGTTACAATTG
* *
22812 AATCTCTACCTCAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATAAGTGAGAAAAGTACCTTTATAGTCA
261 AATCTCTACCTCAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATAAGAGAGAAAAGTACCTTTATAGTCA
22877 CTCAAGCTTTT
326 CTCAAGCTTTT
*
22888 GAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGGA-TTT
1 GAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGG-TTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGCTA-GATTTT
* *
22952 TTAAAATTTTTGATGAAAATATGTTATAATTAAATGCTTGCCTCAGGAAATATGAAGTAAAAATC
64 TTAAAATTTTTGATGAAAATATGTTATAATTAAATGCCTGCCTCAGGAAACATGAAGT-----TC
* * * * ** *
23017 ATCGATTGGCAAGAAAAGTCATTTATAGTCACTCAAGCTTTTGAAAGCTTTCTTATTCGGCTTAA
124 ATCCATTAGCAAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTTGAAAGCTTTATTACACGACTTAA
* *
23082 ATAGTTTTATATTCTCCTAATTAGTTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAATATGTT
189 ATAGTTTTATATACTCCTAATTAGTTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACATGTT
* * * * * * * *
23147 ACAATTGAATCTTTGCCTTAGGAAACATGGAGCAAATGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTATCTTT
254 ACAATTGAATCTCTACCTCAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATAAGAGAGAAAAGTACCTTT
23212 AT
319 AT
23214 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 289, Mismatches: 30, Indels: 8
0.88 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
336 26 0.09
337 87 0.30
338 2 0.01
342 174 0.60
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (336 bp):
GAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGCTAGATTTTTT
AAAATTTTTGATGAAAATATGTTATAATTAAATGCCTGCCTCAGGAAACATGAAGTTCATCCATT
AGCAAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTTGAAAGCTTTATTACACGACTTAAATAGTTT
TATATACTCCTAATTAGTTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACATGTTACAATTG
AATCTCTACCTCAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATAAGAGAGAAAAGTACCTTTATAGTCA
CTCAAGCTTTT
Found at i:25023 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 24485--25039 Score: 534
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 168
24475 TAAATGTGAT
** *
24485 GCAAAAGCCATCCAGGAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCTAA-CCTTTAAAAGCCTTATT
1 GCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-TAAGCC-TTGAAAGCCTTATT
* * * *
24549 ACCCACTTTAAATGCTTTAATATTCTCATAATTGATTTGAAGCTGGATTGTTTTACATTTTTGGT
64 ACTCGCTTTAAATG-TTTTATATTCTCATAATTGATTTTAA-CTGGATT-TTTTACATTTTTGGT
* *
24614 CAAAATATGTTATAGTTGAACA-TCTGCCTC-AGAAAACATGAA
126 CAAAATATGTTATAATTGAATACT-TGCCTCAAGAAAACATGAA
* * *
24656 GCACAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACTCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTA
1 GCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTT-GAAAGCCTTATTA
********** * * *
24721 CTCGCTTTAAATGGTTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTAGATTTTTTAAAATTTTTGGTC
65 CTCGCTTTAAAT-GTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAA-CTGGATTTTTT-ACATTTTTGGTC
* * **
24786 AAAATATGTTATAATTGAATGCCTATCT-AAGAAAACATGAA
127 AAAATATGTTATAATTGAATACTTGCCTCAAGAAAACATGAA
* * **
24827 GCAAAAACCATCCATT-GACAAGAAAAG-CTGTTTATAGTCACTTAAGCCATTGAAAG-CTTCAT
1 GCAAAAGCCATCCATTAGA-GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCC-TTGAAAGCCTT-AT
* * *
24889 TACTGGCCTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGGTTTTAACATGGAGTTTTTTACATTTTTGG
63 TACTCGCTTTAAAT-GTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAC-TGGA-TTTTTTACATTTTTGG
* ** *
24954 TTAAAATATAATACAATTGAATACTTGCCTCAAG-AAACATGAA
125 TCAAAATATGTTATAATTGAATACTTGCCTCAAGAAAACATGAA
24997 GCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTACC-TTTATAGTCACT
1 GCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGT-CCATTTATAGTCACT
25040 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 305, Mismatches: 64, Indels: 30
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 127 0.42
171 173 0.57
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (168 bp):
GCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTGAAAGCCTTATTAC
TCGCTTTAAATGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAACTGGATTTTTTACATTTTTGGTCAAAA
TATGTTATAATTGAATACTTGCCTCAAGAAAACATGAA
Found at i:25435 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 25101--25466 Score: 432
Period size: 172 Copynumber: 2.1 Consensus size: 170
25091 NNNNNNNNNN
** * * * *
25101 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATGCTATTATGGAA
1 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACAGTTTTGGCTAAAATATACTATTATGGAA
* * * **
25166 TGTCTACCTTGCGAAACGTGAACCAAAAGCCATCCATGGGGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
66 TGTCTACCTCGAGAAACATGAACCAAAAGCCATCCATGAAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * *
25231 AAGACTTTGAAAACCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTA
131 AAGACTTTGAAAACCTTATTACCCAGTTTAAATGCTTTAA
25271 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACAGTTTTGGCTAAAATATACTA-TA-GCT
1 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTACAGTTTTGGCTAAAATATACTATTATG--
** * ***
25334 GAATGTCTATGTCGATAAACATGATGGAAAAGCCATCCATGAAAGAGAAAAGTCCATTTATAGTC
63 GAATGTCTACCTCGAGAAACATGAACCAAAAGCCATCCATG-AAGAGAAAAGTCCATTTATAGTC
** * * *
25399 ACTTTA-ACTTTTGAAAGCTTTATTACCCATTTTAAATGCTTTAA
127 ACTCAAGAC-TTTGAAAACCTTATTACCCAGTTTAAATGCTTTAA
*
25443 TATTCTCATAATTAATTTTAAGTT
1 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTT
25467 AGATTGTTTA
Statistics
Matches: 165, Mismatches: 26, Indels: 8
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
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172 77 0.47
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACAGTTTTGGCTAAAATATACTATTATGGAA
TGTCTACCTCGAGAAACATGAACCAAAAGCCATCCATGAAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
AAGACTTTGAAAACCTTATTACCCAGTTTAAATGCTTTAA
Found at i:25686 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 25101--25682 Score: 580
Period size: 170 Copynumber: 3.4 Consensus size: 169
25091 NNNNNNNNNN
* * * *
25101 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATGCTATTATGGAA
1 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAA
* * * * ** **
25166 TGTCTACCTTGCGAAACGTGAACCAAAAGCCATCCATGGGGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
66 TGCCTACCTCGAGAAACATGATGCAAAAGCCATCCATGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * *
25231 AAGACTTTGAAAACCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTA
131 AAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCAGTTTAAAT-GTTTTA
* * * **
25271 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTCA-ATTTTTTTTACAGTTTTGGCTAAAATATACTATAGCTG
1 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTG
* ** * * *
25335 AATGTCTATGTCGATAAACATGATGGAAAAGCCATCCATGAAAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
64 AATGCCTACCTCGAGAAACATGATGCAAAAGCCATCCATGGAA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * *
25400 CTTTAA-CTTTTGAAAGCTTTATTACCCATTTTAAATGCTTTAA
128 C-TCAAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCAGTTTAAATG-TTTTA
* * * * * * * *
25443 TATTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGATTGTTTAAAATTTTTGATCAAAATGTGTTATAATTGAA
1 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAA
* ** * *
25508 TGCCTGCCTC-AGGAAACATGATGCAAAAATCATCCATTGGCAAGAAAAG-CTATTTATAGTCAC
66 TGCCTACCTCGA-GAAACATGATGCAAAAGCCATCCA-TGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
*
25571 TCAAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTC-GACTTAAATAGTTTTA
129 TCAAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCAG-TTTAAAT-GTTTTA
* * * * * *
25613 TATTCTTATAATTGGTTTTAACTTGGGTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAA
1 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAA
25678 TGCCT
66 TGCCT
25683 GCCTNNNNNN
Statistics
Matches: 330, Mismatches: 71, Indels: 22
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 126 0.38
171 121 0.37
172 77 0.23
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAA
TGCCTACCTCGAGAAACATGATGCAAAAGCCATCCATGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
AAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCAGTTTAAATGTTTTA
Found at i:26399 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 26044--27845 Score: 1746
Period size: 171 Copynumber: 10.5 Consensus size: 171
26034 ATAGATGACC
* * * * * * *
26044 TTTGCTTCACGTTTC-CTTAGGTAAACATTCCATAATAGCATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
1 TTTGCTTCATGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
*
26108 ATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCAAAG
65 ATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTT-AAGCTGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
*
26172 GCTTGAGTGACTATAAA-GGTACTTTTCTCTCTAATGGATGGCT
129 GCTTGAGTGACTATAAATGG-ACTTTTCTCTCCAATGGATGGCT
* * ** *
26215 TTTACTTCATGTTTCTCAAGGTAGGTATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
1 TTTGCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAA
* * * * * * *
26280 ACCCAAGTTAAAACCAATTATAAGAATATAAAACTATTTAAGCCT-AGTAATAAAGCTTTCGAAG
65 ATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAG-CTGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* *
26344 GCTTGAGTGACTATAAATAG-CTTTTCT-TGCCAATGGATGGTT
129 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CCAATGGATGGCT
* ** * * * * * * * * * *
26386 TTTACCGCATGTTTCTTGAGGCAGGCTTTTAATTATAACATATTTTGATAAAAAATTTTAAATAA
1 TTTGCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
* * ** *
26451 TCTAACTTAAAATCAATTATGGGAATATAAAACCATTTAAAGC-GAAAAATAAGGCTTTAAAAGG
66 TCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTT-AAGCTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * *
26515 CTTGAGTGACTAGAAATGTACTTTTCTCTCTAGTGGATGGCT
130 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCT
* * * * * * *
26557 TTTGCTTTACG-TTCTCTAAGGTAGACGTTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAATA
1 TTTGCTTCATGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
* * ** ** * *
26621 ATCCAACTCAAAATCAATTATGAAAATATTGATGCATTAAAAG-TGGGTAATAAGGCTTTCAAAG
65 ATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATT-TAAGCTGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
*
26685 G-TTAGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGATGGCT
129 GCTT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCT
* * *** * ** *
26728 TTTGATTTACAT-TTTCT-GAGGCAGATGCTCAATTATAACATATTTTGATTAAAAATGTAAAAC
1 TTTG-CTT-CATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAA
* * * * * *
26791 AATCCAACCTAAAATCAATTACGAGAATATTAAAGCATTTAAAG-TGGGTAATAAAGCTTTCAAA
64 AATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTT-AAGCTGAGTAATAAGGCTTTCAAA
* * * *
26855 GG-TTAAAGTCACTGTAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGATGGCT
128 GGCTT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCT
* * * * * ** ** * * *
26899 TTTCCATCATGTGTATCGAGATAGACATTCAGCTATAGTATATTTTAGCTAAAACTGTAAAAAAA
1 TTTGCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
** * * *
26964 TTGAACTTAAAATGAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAACTGAGTAATAAGGTTTTCAAAGGC
66 TCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAGCTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
*
27029 TTGAGTGACTATAGATGGACTTTTCTCTCC-ATGGATGGCT
131 TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCT
* * * * *
27069 TTTGCTTTACGTTTC-CTGAGGTAGACATTCCATAATAGCATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
1 TTTGCTTCATGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
* *
27133 ATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAAC-GAGTAATAAGGCTTTCAAAG
65 ATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTT-AAGCTGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* *
27197 GATTGAGTGACTATAAA-GGTACTTTTCTCTCTAATGGATGGCT
129 GCTTGAGTGACTATAAATGG-ACTTTTCTCTCCAATGGATGGCT
* * * ** * ** *
27240 TTTGCTTCATATTTCTTGAGGCAGGTATTCAATTGTAACATATTTTAACCCAAAATGTAAAAAAC
1 TTTGCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
*** * * * * * * * *
27305 TCCTTGTTAAAACCAATTACGAGAATATAAAACTATTTAAGGTCAGCAATAAAGCTTTCAATGGC
66 TCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAGCTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
* * *
27370 TTGAGTGACTATAAATGG-TTTTTCT-TGCCAATAGATGGTT
131 TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CCAATGGATGGCT
* * * * * *
27410 TTTGCTTCATGTTTTTTGAGGTAGGCAATCAATTATAACATATTTTAACCAAAACTGTAAAAAAA
1 TTTGCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
* * *
27475 TCAAACTTAAAATCAATTATGGGAATATAAAACCATTTAA-ATAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
66 TCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAGCT-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
*
27539 CTTGAGTGACTATAAATGGACATTTCTCTTCC-ATGGATGGCT
130 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTC-TCCAATGGATGGCT
* * * ** * * *
27581 TTTGCTTCACGTTTCCCTACTTATACATTCAATTATAGCATATTTCT-ACAAAAAAAGTAAAAAA
1 TTTGCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAACATATTT-TAACAAAAAATGT-AAAAA
* * *
27645 AATCTAACTTAAAATCAATTATGAAAATATAAAACCATTTAAAG-TAAGTAATAAGGCTTTCAAA
64 AATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTT-AAGCTGAGTAATAAGGCTTTCAAA
* * **
27709 GGCTTGAGTGACTAGAAATAGACTTTTCTCTCTGATGGATGGCT
128 GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCT
* * * * * *
27753 TTTGCTTCATGTTT-TCTAAGATAGACATTCAATTATAACATATTTTGACCAAAAATGTCAAACA
1 TTTGCTTCATGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
* *
27817 ATACAACTTAAAATCATTTATGAGAATAT
65 ATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATAT
27846 TAAANNNNNN
Statistics
Matches: 1328, Mismatches: 262, Indels: 82
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.01
170 360 0.27
171 721 0.54
172 229 0.17
173 10 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TTTGCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
TCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAGCTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCT
Found at i:27223 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 26044--29697 Score: 2128
Period size: 342 Copynumber: 10.5 Consensus size: 342
26034 ATAGATGACC
* * * * * *
26044 TTTGCTTCACGTTTCCTTAGGTAAACATTCCATAATAGCATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
1 TTTGCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
*
26109 TCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
66 TCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
* *
26174 TTGAGTGACTATAAAGGTACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCTCAAGGTAG
131 TTGAGTGACTATAAAGGTACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
** * * * *
26239 GTATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAACCCAAGTTAAAACCAATTATAAG
196 ACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
26304 AATATAAAACTATTT-AAGCCT-AGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAG-CT
260 AATATAAAACCATTTAAAG--TGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT
*
26366 TTTCT-TGCCAATGGATGGTT
323 TTTCTCTGCC-ATGGATGGCT
* ** * * * * * * * * * * *
26386 TTTACCGCATGTTTCTTGAGGCAGGCTTTTAATTATAACATATTTTGATAAAAAATTTTAAATAA
1 TTTGCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
* * ** *
26451 TCTAACTTAAAATCAATTATGGGAATATAAAACCATTTAAAGCGAAAAATAAGGCTTTAAAAGGC
66 TCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
* * * * * *
26516 TTGAGTGACTAGAAATGTACTTTTCTCTCTAGTGGATGGCTTTTGCTTTACG-TTCTCTAAGGTA
131 TTGAGTGACTATAAAGGTACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGGTA
* * * * *
26580 GACGTTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAATAATCCAACTCAAAATCAATTATGAA
195 GACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
** ** * *
26645 AATATTGATGCATTAAAAGTGGGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TTAGAGTGACTATAAATGGACTT
260 AATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTT-GAGTGACTATAAATGGACTT
*
26709 TTCTCTCCCATGGATGGCT
324 TTCTCTGCCATGGATGGCT
* * * * * *** * ** *
26728 TTTGATTTACATTTTCTGAGGCAGATGCTCAATTATAACATATTTTGATTAAAAATGTAAAACAA
1 TTTGCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
* * * * * * *
26793 TCCAACCTAAAATCAATTACGAGAATATTAAAGCATTTAAAGTGGGTAATAAAGCTTTCAAAGG-
66 TCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
* * * * * * * * * *
26857 TTAAAGTCACTGTAAATGG-ACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTCCATCATGTGTATCGAGAT
131 TT-GAGTGACTATAAA-GGTACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGT
** * * * * ** *
26921 AGACATTCAGCTATAGTATATTTTAGCTAAAACTGTAAAAAAATTGAACTTAAAATGAATTATGA
194 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
26986 GAATATAAAACCATTTAAACTGAGTAATAAGGTTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAGATGGACTT
259 GAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTT
27051 TTCTCT-CCATGGATGGCT
324 TTCTCTGCCATGGATGGCT
* * * *
27069 TTTGCTTTACGTTTCCTGAGGTAGACATTCCATAATAGCATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
1 TTTGCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
* * *
27134 TCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGA
66 TCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
* * ** *
27199 TTGAGTGACTATAAAGGTACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCTTGAGGCAG
131 TTGAGTGACTATAAAGGTACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
** * * ** * *** * *
27264 GTATTCAATTGTAACATATTTTAACCCAAAATGTAAAAAACTCCTTGTTAAAACCAATTACGAGA
196 ACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
27329 ATATAAAACTATTTAAGGTCAGCAATAAAGCTTTCAATGGCTTGAGTGACTATAAATGG-TTTTT
261 ATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* *
27393 CT-TGCCAATAGATGGTT
326 CTCTGCC-ATGGATGGCT
* ** * * * *
27410 TTTGCTTCATGTTTTTTGAGGTAGGCAATCAATTATAACATATTTTAACCAAAACTGTAAAAAAA
1 TTTGCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
* * **
27475 TCAAACTTAAAATCAATTATGGGAATATAAAACCATTTAAATAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
66 TCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
* * * * **
27540 TTGAGTGACTATAAATGG-ACATTTCTCTTCC-ATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCTACTT
131 TTGAGTGACTATAAA-GGTACTTTTCTC-TCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGT
* ** * *
27603 ATACATTCAATTATAGCATATTTCT-ACAAAAAAAGTAAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTAT
194 AGACATTCAATTATAATATATTT-TAACAAAAAATGT-AAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTAT
* * * *
27667 GAAAATATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAGAAATAGAC
257 GAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
*
27732 TTTTCTCT-CTGATGGATGGCT
322 TTTTCTCTGC-CATGGATGGCT
* * * * * * * *
27753 TTTGCTTCATGTTTTCTAAGATAGACATTCAATTATAACATATTTTGACCAAAAATGTCAAACAA
1 TTTGCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
* * **************
27818 TACAACTTAAAATCATTTATGAGAATATTAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
66 TCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATA-TAAA-------------------ACCATTTAAAGCGA
*****************************************************************
27883 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
111 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAGGTACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTG
**** * ** ** * * * * ** *
27948 NNGGATGGCTTTTGCTTC-ACGT-TTCCCT-ACTTATACAT-TCAATTATAGC-ATATTTTTACA
176 CTTCAT-G--TTT-C-TCAAGGTAGACATTCAATTATA-ATAT--ATTTTAACAAAAAATGT--A
*
28008 AAAAAAGTAAAAAACATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
231 AAAAAA-T------C--C-AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * *
28073 TAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAGAAATAGACTTTTCTTTCTG--ATGGATAGCT
286 TAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC--TCTGCCATGGATGGCT
* * * * *
28130 TTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTGACCAAAAATGTTAAATAA
1 TTTGCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
* * * * *
28195 TCCAACTTAAAATCATTTATGAGAATATTAAAGCATTTAAAGTGGGTAATAAGGCTTTCAAAGG-
66 TCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
* * * * * * *
28259 TTGGACTGACTATACATGG-ACTTTT-TCTTTC-ATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTATCGAGC
131 TT-GAGTGACTATA-AAGGTACTTTTCTC-TCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGG
* ** * * * * * * *
28321 TAGACATTTAGCTATAGTATATTTTAGCCAAAACTGCAAAAAAATCGAACTTAAAATGAATTATG
193 TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATG
* * * **********
28386 AGAATATAAAAACATTTAAACTGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGNNNNNNNNNNAATGGACT
258 AGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT
* **
28451 TTTCTCTCCCATGGATCACT
323 TTTCTCTGCCATGGATGGCT
** * * * * * *
28471 TTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACTTTCCATAATAGCATATTTTAACCAAAAATGCAAAAAGA
1 TTTGCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAA-A
* * * *
28536 ATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATCACTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG
65 ATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * *
28601 CTTGAGTGACTATACATGG-ACTTTTCT-TCTCAATGGATGGTTTTTACATCACGTTTCCCAAGG
130 CTTGAGTGACTATA-AAGGTACTTTTCTCTC-CAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGG
* * * * ** *
28664 TAGCCATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTGT
193 TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTAT
* * ** * * *
28729 GAGAATATAAATCCATTGAAAGCAAGTAATAAGGTTTTGAAAGGCTTGAGTGACAATAAATGGAC
257 GAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
*
28794 TTTTCT-T-CCTAGGTGGATAGCT
322 TTTTCTCTGCC-A--TGGATGGCT
* * * * * * * * * **
28816 GTTGCTTCATGTTT-CTCAAGATGGACTTTCGATTATAGCATATTTTAACTAAAAATAAAAAAAA
1 TTTGCTTCACGTTTCCT-GAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAAT-GTAAAAA
* * * * ** *
28880 AAT-CAACTTTAAATCAATTTTGAGAATATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATG
64 AATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * *
28944 GCTTTAGTGACTATAAATGG-ACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTG-TATCATGTTTATTAAG
129 GCTTGAGTGACTATAAA-GGTACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCT-TCATGTTTCTCAAG
* * * * * * * **
29007 GCAGACATTCAGA-TATAGTATATTTGAGCCAAAACTGT-AAAACATTAAACTTAAAATCAATTA
192 GTAGACATTCA-ATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTA
* * * * *
29070 TGAGAATATAAAACCATTTAAACTGAGTACTAAAGCTTTCAAAGCCTTAAGTGACTATAAATGGA
256 TGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA
29135 CTTTTCTCT-CCAATGGGAT-GC-
321 CTTTTCTCTGCC-AT-GGATGGCT
* * ** *
29156 TTTG-TTC-CATTTTCCACTAACTCTTATAATCTATTC-ATTATAAAGACATTATATTTATTTTA
1 TTTGCTTCAC-GTTT-C-CTGA--GGTA-GA-C-ATTCAATTAT--A-AC-----A--TATTTT-
* * * *
29218 AATTCAAAAAAATGTAAAAAAATCTAA-TTTAAACCAATTTATGAGAA-AGTAAAACTA-TTAAA
47 AA--C-AAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAA-TTATGAGAATA-TAAAACCATTTAAA
* * * * * **
29280 GAGAGTAATAAGGCTTGCAAAGGCTTGAGTGAATATAATGG-ACTTTTCTCTCCGATGGAT-TTT
107 GCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAGGTACTTTTCTCTCCAATGGATGGCT
* * ** *
29343 TTTGCTT-ATG-TTC-CCAGGTA-ACAACATCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
172 TTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGAC-A-TTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAA
**********
29404 NNNNNNNNNNAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATATA-GCTTTCAAA
235 AATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA-AGGCTTTCAAA
* *
29468 GGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTGCTCT-CCAATGGATGGCT
299 GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTGCC-ATGGATGGCT
** ** * *
29512 TTTGCTTCACGTTTCCCT-ACTTATTCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
1 TTTGCTTCACGTTT-CCTGAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
* * * * *
29576 ATTCAACTCAAAATTAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAAG
65 ATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * *
29641 TTTGAGTGACTATAAATAG-ACTTTCCTCTGCAATGGAT-GCTTTTTGCTTTATGTTTC
130 CTTGAGTGACTATAAA-GGTACTTTTCTCTCCAATGGATGGC-TTTTGCTTCATGTTTC
29698 CTTGGCCAAA
Statistics
Matches: 2505, Mismatches: 670, Indels: 274
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
337 34 0.01
338 47 0.02
339 27 0.01
340 26 0.01
341 674 0.27
342 709 0.28
343 166 0.07
344 211 0.08
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346 8 0.00
347 1 0.00
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349 1 0.00
350 5 0.00
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364 1 0.00
365 7 0.00
366 10 0.00
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368 2 0.00
374 1 0.00
376 3 0.00
377 179 0.07
379 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (342 bp):
TTTGCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
TCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
TTGAGTGACTATAAAGGTACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
ACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGA
ATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
CTCTGCCATGGATGGCT
Found at i:28246 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 27950--29699 Score: 1434
Period size: 172 Copynumber: 10.1 Consensus size: 171
27940 NNNNNNNNNN
** * * * *
27950 GGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCT-ACTTATACATTCAATTATAGCATATTTTTACAAAAAAA
1 GGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CCTAAGGTAGACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAAT
* *
28014 GTAAAAAACATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
65 GTAAAAAA-ATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * * **
28079 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTAGAAATAGACTTTTCTTTCTGAT
129 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAAT
* * *
28122 GGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTGACCAAAAATG
1 GGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATG
* * * * * *
28187 TTAAATAATCCAACTTAAAATCATTTATGAGAATATTAAAGCATTTAAAGTGGGTAATAAGGCTT
66 TAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * *
28252 TCAAAGG-TTGGACTGACTATACATGGACTTTT-TCTTTC-AT
131 TCAAAGGCTT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTC-TCCAAT
* * * * * * ** * * *
28292 GGATGGCTTTTGCATCATGTTT-ATCGAGCTAGACATTTAGCTATAGTATATTTTAGCCAAAACT
1 GGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAAT
* * * * * *
28356 GCAAAAAAATCGAACTTAAAATGAATTATGAGAATATAAAAACATTTAAACTGAGTAATAAAGCT
65 GTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
********** *
28421 TTCAAAGGCTTGNNNNNNNNNNAATGGACTTTTCTCTCCCAT
130 TTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAAT
** * * * *
28463 GGATCACTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACTTTCCATAATAGCATATTTTAACCAAAAATG
1 GGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATG
* * * * *
28528 CAAAAAGAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATCACTTGAAGCGAGTAATAAGGCT
66 TAAAAA-AATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* *
28593 TTTAAAGGCTTGAGTGACTATACATGGACTTTTCT-TCTCAAT
130 TTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTC-CAAT
* * * * * * *
28635 GGATGGTTTTTACATCACGTTTCCCAAGGTAGCCATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATA
1 GGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATG
** * * * ** *
28700 TAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTGTGAGAATATAAATCCATTGAAAGCAAGTAATAAGGTT
66 T-AAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * *
28765 TTGAAAGGCTTGAGTGACAATAAATGGACTTTTCT-TCCTAGGT
130 TTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCC-A-AT
* * * * * * * *
28808 GGATAGCTGTTGCTTCATGTTT-CTCAAGATGGACTTTCGATTATAGCATATTTTAACTAAAAAT
1 GGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAAT
** * * *
28872 AAAAAAAAAAT-CAACTTTAAATCAATTTTGAGAATATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
65 -GTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
** * * *
28936 TTTTGATGGCTTTAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCAT
129 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAAT
* ** * * * * *
28979 GGATGGCTTTTG-TATCATGTTTATTAAGGCAGACATTCAGA-TATAGTATATTTGAGCCAAAAC
1 GGATGGCTTTTGCT-TCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCA-ATTATAGCATATTTTAACCAAAAA
* ** * * *
29042 TGT-AAAACATTAAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAACTGAGTACTAAAGC
64 TGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* *
29106 TTTCAAAGCCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAAT
129 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAAT
* ** *
29149 GGGAT-GC-TTTG-TTC-CATTTTCCACTAACTCTTATAATCTATTC-ATTATAAAGACATTATA
1 -GGATGGCTTTTGCTTCAC-GTTT-C-CTAA--GGTA-GA-C-ATTCAATTAT--AG-C-----A
* * * *
29209 TTTATTTTAAATTCAAAAAAATGTAAAAAAATCTAA-TTTAAACCAATTTATGAGAA-AGTAAAA
49 --TATTTT-AA--C-CAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAA-TTATGAGAATA-TAAAA
* * * * *
29272 CTA-TTAAAGAGAGTAATAAGGCTTGCAAAGGCTTGAGTGAATAT-AATGGACTTTTCTCTCCGA
106 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAA
29335 T
171 T
** * * *
29336 GGAT-TTTTTTGCTT-ATG-TTCC-CAGGTA-ACAACATCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAA
1 GGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGAC-A-TTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAA
**********
29396 TGTAAAAANNNNNNNNNNAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATATA-G
64 TGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA-AGG
* *
29460 CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTGCTCTCCAAT
128 CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAAT
** **
29504 GGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCT-ACTTATTCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAAT
1 GGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CCTAAGGTAGACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAAT
* * * *
29568 GTAAAAAAATTCAACTCAAAATTAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCT
65 GTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * * * *
29633 TTCAAAAGTTTGAGTGACTATAAATAGACTTTCCTCTGCAAT
130 TTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAAT
* *
29675 GGAT-GCTTTTTGCTTTATGTTTCCT
1 GGATGGC-TTTTGCTTCACGTTTCCT
29700 TGGCCAAACA
Statistics
Matches: 1248, Mismatches: 265, Indels: 132
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 29 0.02
167 44 0.04
168 27 0.02
169 22 0.02
170 231 0.19
171 329 0.26
172 357 0.29
173 68 0.05
174 5 0.00
175 4 0.00
176 2 0.00
177 1 0.00
178 4 0.00
179 3 0.00
180 5 0.00
181 2 0.00
182 1 0.00
183 1 0.00
184 6 0.00
185 2 0.00
186 6 0.00
187 24 0.02
188 51 0.04
189 24 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
GGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATG
TAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
TCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAAT
Found at i:29714 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 27982--29718 Score: 982
Period size: 171 Copynumber: 10.1 Consensus size: 171
27972 CCCTACTTAT
* * * *
27982 ACATTCAATTATAGCATATTTTTACAAAAAAAGTAAAAAACA-TCTAACTTAAAATCAATTATGA
1 ACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-ATTC-AACTCAAAATCAATTATGA
* *
28046 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAGAAATAGACTT
64 GAATATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTT
* * ** * * * *
28111 TTCTTTCTGATGGATAGC-TTTTGCTTCACGTTT-CCTAAGG-TAG
129 TCCTCTCCAATGGAT-GCTTTTTGCTTTATGTTTCCCT--GGCAAA
* * * * * * *
28154 ACATTCAATTATAACATATTTTGACCAAAAATGTTAAATAATCCAACTTAAAATCATTTATGAGA
1 ACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
28219 ATATTAAAGCATTTAAAGTGGGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TTGGACTGACTATACATGGACTTT
66 ATATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTT-GAGTGACTATAAATAGACTTT
* * * * ** * *
28283 -TTCTTTC-ATGGATGGC-TTTTGCATCATGTTTATC-GAGCTAG
130 CCTC-TCCAATGGAT-GCTTTTTGCTTTATGTTTCCCTG-GCAAA
* ** * * * * * *
28324 ACATTTAGCTATAGTATATTTTAGCCAAAACTGCAAAAAAA-TCGAACTTAAAATGAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTCAAAATCAATTATGAG
* ** * ********** *
28388 AATATAAAAACATTTAAACTGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGNNNNNNNNNNAATGGACTTT
65 AATATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTT
* * * * * * * *
28453 TCTCTCCCATGGAT-CACTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGG-TAG
130 CCTCTCCAATGGATGC-TTTTTGCTTTATGTTTCCC-TGGCAAA
* * * * * *
28495 ACTTTCCATAATAGCATATTTTAACCAAAAATGCAAAAAGAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTCAAAATCAATTATGAG
* * * * * * *
28560 AATATAAAATCACTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATACATGGACTTT
65 AATATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTT
* * * * * * * * *
28625 TCT-TCTCAATGGATGGTTTTTACATCACGTTTCCCAAGG-TAG
130 CCTCTC-CAATGGATGCTTTTTGCTTTATGTTTCCC-TGGCAAA
* * * * * *
28667 CCATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTGTGAG
1 ACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAG
* * * * * *
28732 AATATAAATCCATTGAAAGCA-AGTAATAAGGTTTTGAAAGGCTTGAGTGACAATAAATGGACTT
65 AATATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTT
* * * * * ** **
28796 TTCT-TCCTAGGTGGATAGC-TGTTGCTTCATGTTTCTCAAG-ATGG
129 TCCTCTCC-A-ATGGAT-GCTTTTTGCTTTATGTTTCCCTGGCA-AA
* * * ** * ** *
28840 ACTTTCGATTATAGCATATTTTAACTAAAAATAAAAAAAAAATCAACTTTAAATCAATTTTGAGA
1 ACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGA
* * ** * * * *
28905 ATATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATGGCTTTAGTGACTATAAATGGACTTTT
66 ATATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTC
* * ** *
28970 CTCTCCCATGGATGGC-TTTTG-TATCATGTTT-ATTAAGGC-AG
131 CTCTCCAATGGAT-GCTTTTTGCT-TTATGTTTCCCT--GGCAAA
* * * * * * *
29011 ACATTCAGA-TATAGTATATTTGAGCCAAAACTGT-AAAACATTAAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCA-ATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAG
** * * * * *
29074 AATATAAAACCATTTAAACTGAGTACTAAAGCTTTCAAAGCCTTAAGTGACTATAAATGGACTTT
65 AATATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTT
* * **
29139 TCTCTCCAATGGGATGC--TTTG-TTCCAT-TTTCCACTAACTCTTATAA
130 CCTCTCCAAT-GGATGCTTTTTGCTT-TATGTTTCC-CT--GGC--A-AA
* * *
29185 TCTATTC-ATTATAAAGACATTATATTTATTTTAAATTCAAAAAAATGTAAAAAAA-TCTAA-TT
1 AC-ATTCAATTAT--AG-C-----A--TATTTT-AA--C-CAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTC
* * * *
29247 TAAACCAATTTATGAGAA-AGTAAAACTA-TTAAAGAGAGTAATAAGGCTTGCAAAGGCTTGAGT
50 AAAATCAA-TTATGAGAATA-TAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGT
* * * * * * *
29310 GAATAT-AATGGACTTTTCTCTCCGATGGAT-TTTTTTGC-TTATG-TTCCCAGGTAACA
113 GACTATAAATAGACTTTCCTCTCCAATGGATGCTTTTTGCTTTATGTTTCCCTGGCAA-A
**********
29366 ACA-TCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAANNNNNNNNNNAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGA
*
29430 ATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATATA-GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTT
66 ATATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATA-AGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTT
* * * * * *
29494 GCTCTCCAATGGATGGC-TTTTGCTTCACGTTTCCCT-ACTTAT
130 CCTCTCCAATGGAT-GCTTTTTGCTTTATGTTTCCCTGGC-AAA
* *
29536 TCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATTAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGA
* *
29601 ATATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGTTTGAGTGACTATAAATAGACTTTC
66 ATATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTC
* * *
29666 CTCTGCAATGGATGCTTTTTGCTTTATGTTTCCTTGGCCAA
131 CTCTCCAATGGATGCTTTTTGCTTTATGTTTCCCTGGCAAA
29707 ACATTCAATTAT
1 ACATTCAATTAT
29719 GAGAGTATAA
Statistics
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0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
166 29 0.02
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189 23 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
ACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGA
ATATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTC
CTCTCCAATGGATGCTTTTTGCTTTATGTTTCCCTGGCAAA
Found at i:29944 original size:291 final size:293
Alignment explanation
Indices: 29418--29960 Score: 786
Period size: 291 Copynumber: 1.9 Consensus size: 293
29408 NNNNNNAAAA
* *
29418 TCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATATAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAT
1 TCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATATAGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTAT
*
29483 AAATAGACTTTGCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCTACTTATTCATTCAATTAT
66 AAATAGACTTTGCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCTACTTATACATTCAATTAT
*
29548 AGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATTAATTATGAGAATATAAAACCAT
131 AGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCAT
*
29613 TTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGTTTGAGTGACTATAAATAGACTTTCCTCTGCAATGGA
196 TTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTCCTCTGCAATGGA
29678 TGCTTTTTGCTTTATGTTTCCTTGGCCAAACAT
261 TGCTTTTTGCTTTATGTTTCCTTGGCCAAACAT
* * * *
29711 TCAATTATGAGAGTATAAAACCATTTGAAGCGAGTAATATGGCTTTTAAAAGCTTGAGTGACTAT
1 TCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATATAGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTAT
* **********
29776 AAATAGACTTT-C-CTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCACGTNNNNNNNNNNATACATTCAATTAT
66 AAATAGACTTTGCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCTACTTATACATTCAATTAT
** * *
29839 AGCATATTTTAATGAAAAATGT-AAAAATTTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCA
131 AGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-CAACTCAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCA
* * * * * *
29903 TTTAAAGCGAGTAATACGTCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT
195 TTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTCCTCT
29961 TCCATGAATG
Statistics
Matches: 219, Mismatches: 30, Indels: 4
0.87 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (293 bp):
TCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATATAGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTAT
AAATAGACTTTGCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCTACTTATACATTCAATTAT
AGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCAT
TTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTCCTCTGCAATGGA
TGCTTTTTGCTTTATGTTTCCTTGGCCAAACAT
Found at i:30320 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 29711--31617 Score: 1224
Period size: 171 Copynumber: 11.3 Consensus size: 170
29701 GGCCAAACAT
* * * * *
29711 TCAATTATGAGAGTATAAAACCATTTGAAGCGAGTAATATGGCTTTTAAAAGCTTGAGTGACTAT
1 TCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAT
** * ********** * *
29776 AAAT-AGAC-TTTC-CTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCACGTNNNNNNNNNNATACATTCAATTA
66 AAATGA-ACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGC-TCACATTTTCCAAGGCAAAGATTCAATTA
* * **
29838 TAGCATATTTTAATGAAAAATGTAAAAATTTCCAACTTAAAA
129 TAACATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAA
* *
29880 TCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATACGTCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAT
1 TCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAT
* * * * * * *** * * *
29945 AAATGGACTTTTCTCT-TCCATGAATGGCTTTTGCTCCCTATTTCCCTACTTATACATTTAATTA
66 AAATGAACTTTTCTCTCT-AATGGATGGCTTTTGCTCAC-ATTTTCCAAGGCAAAGATTCAATTA
* * * * *
30009 TAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCTAAATTTAAA
129 TAACATATTTTAATCAAAAATGT-AAAAAAATCCAACTTAAAA
* ** **********
30052 TCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTCANNNNNNNNNNTGACTAT
1 TCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAT
* * ** *
30117 AAATGAACTTTTCCCTCCAATGGAT-TTTTTTGCTTTACATTTTCCAAGGCAAAGATTCAATTAT
66 AAATGAACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGC-TCACATTTTCCAAGGCAAAGATTCAATTAT
* * *
30181 AACATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTCTAACTTAAAA
130 AACATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAA
* * * * * * * * *
30222 TTAGTTATGAGAATATAAAATCTTTTAAAGCGAGTGATACGGCTTTCATAGGCCTGAGTGATTAT
1 TCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAT
** * * * * *
30287 AAACCAACTTTTCTCTCTAATGAATGGTTTTTGCTTCAC-GTTGCC----TAAAG---C----A-
66 AAATGAACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGC-TCACATTTTCCAAGGCAAAGATTCAATTAT
*
30339 GAC--ATTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAA
130 AACATATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAA
* * * * * *
30378 TCAACTATGAGAGTATAAAGCCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTCAAAGGCTTGAGTAACTAT
1 TCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAT
* * * * * *
30443 AAA-GATACTTTTCTCTCTAATGGATGCCTTTTGCT-TCATGGTTCCTAAGGCAGACATTGAATT
66 AAATGA-ACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTCACAT-TTTCC-AAGGCAAAGATTCAATT
* * * ** * *
30506 GTAATATATTTTAACCAAATGTATAAAAAAATCCAAGTTAAAA
128 ATAACATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAA
* * * *
30549 CCAATTATGAGAATATAAAACTA-TTAAAGGCGAGCAACAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
1 TCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAA-GCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
* * * * ** *
30613 TAAATG-GCTTTTCT-TGCCAATGGATGGTTTTTGCT-TCATGTTTCTGGAGGC-AGGCATTCAA
65 TAAATGAACTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTCACAT-TTTC-CAAGGCAAAG-ATTCAA
* * * * * * *
30674 TCATAATATATTTTGATCAAAAATTTTAAAAAATCTAACTTTAAA
126 TTATAACATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAA
* *
30719 TCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAG
1 TCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAT
* * * ***
30784 AAATAAACTTTTCTCTCTGATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTATGAGGCAAATG-TTCAATTA
66 AAATGAACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGC-TCACATTTTCCAAGGCAAA-GATTCAATTA
* * **
30848 TAACATATTTTGACCAAAAATGTAAACCAATCCAACTTAAAA
129 TAACATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAA
* * * * * * * * * * * *
30890 TCAATTACGAGAATATTAAAGCAATGAAAGTGGGTAATAAGGTTTTC-AACGATTAGAGAGACTT
1 TCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTT-GAGTGACTA
* * * * * * ** * *
30954 TGAATGGACTTTTCTTTCTCATGGATGGCTGTTGCCTCA-AGTTT-CTTGAG-ATAGTAATTTAA
65 TAAATGAACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTG-CTCACATTTTCCAAG-GCAAAG--ATTCAA
* ** *
31016 TTATAACATATTTTAA-CAAAAAATGTTAAAATGTCTAACTTAAAA
126 TTATAACATATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAA
* * *
31061 TCAATTATGAGAACATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTAACTAT
1 TCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAT
* * * * * * * * * * *
31126 AAATGGATTTTTCTCTCTAATGCATGACTTTTGAT-TCATGTTTTCGAGGTAGACATTCAATTAT
66 AAATGAACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTCACAT-TTTCCAAGGCAAAGATTCAATTAT
* * * ** **
31190 AACATATTTTAACCAAATATATAAAAAAATCTTAGGTAAAA
130 AACATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAA
* * * * *
31231 TCAATTTTGAGAATATAAAACCATTGAAAGAGAATATAAAAATCTGGCTTTCAAAGGCTTGAGTG
1 TCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCG-A-GTAATAA---GGCTTTCAAAGGCTTGAGTG
* * * ** * * * ***
31296 --TA-ACATG--GTTTTGTCTCTGTTAGATGGCTTTTGCTTCAC-GTTTCTCGAGGCAGTCATTC
61 ACTATAAATGAACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGC-TCACATTTTC-CAAGGCAAAGATTC
*
31355 AATTATAACATATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAA
124 AATTATAACATATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAA
* ** * * *
31402 TCAAATATGAGAATATAAAAATATTTAAGGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTAGAGTGACTAT
1 TCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAT
* ** * * *
31467 AAAT-AGACTTTTTTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTCGACA-G-AAACATTCAAT
66 AAATGA-ACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGC-TCAC-ATTTTCCA-AGGCAAAGATTCAAT
* * * * * *
31529 TATAACATATTTCAA-CAAAAAATGTAGAGAATTCTAACTTAAAG
127 TATAACATATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAA
* *
31573 CCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGATTAATAAGGCTT
1 TCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
31618 GTTAGCTCTA
Statistics
Matches: 1343, Mismatches: 323, Indels: 142
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
154 1 0.00
155 2 0.00
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158 2 0.00
159 1 0.00
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163 1 0.00
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172 114 0.08
173 10 0.01
175 18 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
TCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAT
AAATGAACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTCACATTTTCCAAGGCAAAGATTCAATTATA
ACATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAA
Found at i:30475 original size:156 final size:156
Alignment explanation
Indices: 30186--30825 Score: 378
Period size: 156 Copynumber: 3.9 Consensus size: 156
30176 ATTATAACAT
* * * ** * *
30186 ATTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTCTAACTTAAAATTAGTTATGAGAATATAAAATCTTTTAAA
1 ATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAACTATGAGAATATAAAACCATTTAAA
* * * * * * **
30251 GCGAGTGATACGGCTTTCATAGGCCTGAGTGATTATAAACCAACTTTTCTCTCTAATGAATGGTT
66 GCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCCTGAGTAACTATAAACCAACTTTTCTCTCTAATGAATGCCT
30316 TTTGCTTCA-CGTTGCCTAAAGCAGAC
131 TTTGCTTCATCGTT-CCTAAAGCAGAC
* *
30342 ATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAACTATGAGAGTATAAAGCCATTTAA
1 ATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAACTATGAGAATATAAAACCATTTAA
* * * *
30406 AGCAAGTAATAAGGTTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAA-GATACTTTTCTCTCTAATGGATGC
65 AGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCCTGAGTAACTATAAACCA-ACTTTTCTCTCTAATGAATGC
* *
30470 CTTTTGCTTCATGGTTCCTAAGGCAGAC
129 CTTTTGCTTCATCGTTCCTAAAGCAGAC
* * *
30498 ATTGAATTGTAATATATTTTAACCAAATGTATAAAAAAATCCAAGTTAAAACCAATTATGAGAAT
1 A-T---TT-T-A-ATA----AA--AAATG--TAAAAAAATCCAACTTAAAATCAACTATGAGAAT
* * * * * * ***
30563 ATAAAACTA-TTAAAGGCGAGCAACAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAA-TGGCTTTTC
51 ATAAAACCATTTAAA-GCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCCTGAGTAACTATAAACCAACTTTTC
* * ** * * *
30626 T-TGCCAATGGATGGTTTTTGCTTCAT-GTTTCTGGAGGCAGGCATTC
115 TCT-CTAATGAATGCCTTTTGCTTCATCGTTCCT-AAAGCA-G-A--C
* * * * * *
30672 AATCATAATATATTTTGATCAAAAATTTTAAAAAATCTAACTTTAAATCAATTATGAGAATATAA
1 -AT--T--T-TA-----ATAAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAACTATGAGAATATAA
** * * * **
30737 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAGAAATAAACTTTTCTCTCT
55 AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCCTGAGTAACTATAAACCAACTTTTCTCTCT
* * *
30802 GATGGATGGCTTTTGCTTCA-CGTT
120 AATGAATGCCTTTTGCTTCATCGTT
30826 TTATGAGGCA
Statistics
Matches: 384, Mismatches: 63, Indels: 59
0.76 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
155 1 0.00
156 126 0.33
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161 1 0.00
162 2 0.01
163 1 0.00
167 2 0.01
169 11 0.03
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178 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (156 bp):
ATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAACTATGAGAATATAAAACCATTTAAA
GCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCCTGAGTAACTATAAACCAACTTTTCTCTCTAATGAATGCCT
TTTGCTTCATCGTTCCTAAAGCAGAC
Found at i:30797 original size:497 final size:497
Alignment explanation
Indices: 29844--30825 Score: 1117
Period size: 497 Copynumber: 2.0 Consensus size: 497
29834 ATTATAGCAT
** *
29844 ATTTTAATGAAAAATGTAAAAATTTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAA
1 ATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAACTATGAGAATATAAAACCATTTAAA
* * * *
29909 GCGAGTAATACGTCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTTCCATGAATGGCT
66 GCAAGTAATACGTCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTCTTCAATGAATGCCT
* * ** * * *
29974 TTTGCTCCCTATTTCCCTACTTATACATTTAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
131 TTTGCTCCATAGTTCCCTACGCAGACATTGAATTATAACATATTTTAACC-AAAATGTAAAAAAA
* * * * * ****
30039 ATCTAAATTTAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTCANNNN
195 ATCCAAATTAAAACCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGAAAGCAACAAGGCTTTCAAAGG
****** *
30104 NNNNNNTGACTATAAATGAACTTTTCCCTCCAATGGATTTTTTTGCTTTACATTTTCCAAGGCAA
260 CTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCCCTCCAATGGATGTTTTTGCTTTACATTTTCCAAGGCAA
* * *
30169 AGATTCAATTATAACATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTCTAACTTAAAATTAGTTATGAGA
325 AGATTCAATCATAACATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTCTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * *
30234 ATATAAAATCTTTTAAAGCGAGTGATACGGCTTTCATAGGCCTGAGTGATTATAAACCAACTTTT
390 ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCCTGAGTGACTAGAAACAAACTTTT
*
30299 CTCTCTAATGAATGGTTTTTGCTTCACGTTGCCTAAAGCAGAC
455 CTCTCTAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTGCCTAAAGCAGAC
* *
30342 ATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAACTATGAGAGTATAAAGCCATTTAA
1 ATTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAACTATGAGAATATAAAACCATTTAA
* * *
30406 AGCAAGTAATAAGGT-TTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAA-GATACTTTTCTC-TCTAATGGAT
65 AGCAAGTAAT-ACGTCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATG-GACTTTTCTCTTC-AATGAAT
* * * * *
30468 GCCTTTTGCTTCATGGTT-CCTAAGGCAGACATTGAATTGTAATATATTTTAACC-AAATGTATA
127 GCCTTTTGCTCCATAGTTCCCT-ACGCAGACATTGAATTATAACATATTTTAACCAAAATGTA-A
* **
30531 AAAAAATCCAAGTTAAAACCAATTATGAGAATATAAAACTA-TTAAAGGCGAGCAACAAGGCTTT
190 AAAAAATCCAAATTAAAACCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAA-GAAAGCAACAAGGCTTT
* *
30595 CAAAGGCTTGAGTGACTATAAATG-GCTTTT-CTTGCCAATGGATGGTTTTTGC-TT-CATGTTT
254 CAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCCCT-CCAATGGAT-GTTTTTGCTTTACAT-TTT
** * * * * * *
30656 CTGGAGGC-AGGCATTCAATCATAATATATTTTGATCAAAAATTTTAAAAAA-TCTAACTTTAAA
316 C-CAAGGCAAAG-ATTCAATCATAACATATTTTAAT-AAAAAATGTAAAAAATTCTAACTTAAAA
* *
30719 TCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAG
378 TCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCCTGAGTGACTAG
* * *
30784 AAATAAACTTTTCTCTCTGATGGATGGCTTTTGCTTCACGTT
443 AAACAAACTTTTCTCTCTAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTT
30826 TTATGAGGCA
Statistics
Matches: 401, Mismatches: 70, Indels: 27
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
495 5 0.01
496 34 0.08
497 204 0.51
498 154 0.38
499 4 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (497 bp):
ATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAACTATGAGAATATAAAACCATTTAAA
GCAAGTAATACGTCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTCTTCAATGAATGCCT
TTTGCTCCATAGTTCCCTACGCAGACATTGAATTATAACATATTTTAACCAAAATGTAAAAAAAA
TCCAAATTAAAACCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGAAAGCAACAAGGCTTTCAAAGGC
TTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCCCTCCAATGGATGTTTTTGCTTTACATTTTCCAAGGCAAA
GATTCAATCATAACATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTCTAACTTAAAATCAATTATGAGAA
TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCCTGAGTGACTAGAAACAAACTTTTC
TCTCTAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTGCCTAAAGCAGAC
Found at i:31115 original size:512 final size:510
Alignment explanation
Indices: 30342--31617 Score: 1252
Period size: 512 Copynumber: 2.5 Consensus size: 510
30332 TAAAGCAGAC
* * * * ** * *
30342 ATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAACTATGAGAGTATAAAGCCATTTAAA
1 ATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAAATACGAGAATATAAAAACAATGAAA
* * * * * * ** *
30407 GCAAGTAATAAGGTTTTCAAAGGCTTGAGTA-ACTATAAAGATACTTTTCTCTCTAATGGATGCC
66 GCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTAGAG-AGACTATAAATAGACTTTTTTCTCCCATGGATGGC
* * * * * * * * * * * ** * * *
30471 TTTTGCTTCATGGTTCCTAAGGCAG--ACATTGAATTGTAATATATTTTAACCAAATGTATAAAA
130 TGTTGCCTCA-AGTT-TTTAGACAGAAACATTCAATTATAACATATTTCAACAAAAAATGTAGAG
* * * * * *
30534 AAATCCAAGTTAAAACCAATTATGAGAATATAAAACTA-TTAAAGGCGAGCAACAAGGCTTTCAA
193 AATTCTAACTTAAAACCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAA-GCGAGTAATAAGGCTTTCAA
* * ** * *
30598 AGGCTTGAGTGACTATAAATGG-CTTTTCT-TGCCAATGGATGGTTTTTGCTTCATGTTTCTGGA
257 AGGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTCT-CCAATGCATGACTTTTGATTCATGTTT-TCGA
* * * * * * * *
30661 GGCAGGCATTCAATCATAATATATTTTGATCAAAAATTTTAAAAAATCTAACTTTAAATCAATTA
320 GGCAGACATTCAATCATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCTAACGTAAAATCAATTA
* * * *
30726 TGAGAATATAAAACCATTTAAAGTG-A-GTAATAA-GGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAGAAAT
385 TGAGAATATAAAACCATTGAAAGAGAATATAAAAATGGCTTTCAAAGGCTTGAGTG--TA-AAAT
* * *
30788 AAACTTTTCTCTCTGATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-TATGAGGCAAAT-GTTCAATTATAA
447 --ACTTTTCTCTCTGATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCT-CGAGGC-AATCATTCAATTATAA
30851 CAT
508 CAT
* * ** * * *
30854 ATTTTGACCAAAAATGTAAACCAATCCAACTTAAAATCAATTACGAGAATATTAAAGCAATGAAA
1 ATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAAATACGAGAATATAAAAACAATGAAA
*** * * * * * * *
30919 GTGGGTAATAAGGTTTTCAACGATTAGAGAGACTTTGAATGGACTTTTCTT-TCTCATGGATGGC
66 GCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTAGAGAGACTATAAATAGACTTTT-TTCTCCCATGGATGGC
* * * *
30983 TGTTGCCTCAAGTTTCTTGAGATAG-TA-ATTTAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTTA-A
130 TGTTGCCTCAAGTTT-TT-AGACAGAAACATTCAATTATAACATATTTCAACAAAAAATG-TAGA
* * *
31045 -AATGTCTAACTTAAAATCAATTATGAGAACATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
192 GAAT-TCTAACTTAAAACCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA
* *
31109 AAGGCTTGAGTAACTATAAATGGATTTTTCTCTCTAATGCATGACTTTTGATTCATGTTTTCGAG
256 AAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGCATGACTTTTGATTCATGTTTTCGAG
* * * * * *
31174 GTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAATATATAAAAAAATCTTAGGTAAAATCAATTTT
321 GCAGACATTCAATCATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCTAACGTAAAATCAATTAT
* **
31239 GAGAATATAAAACCATTGAAAGAGAATATAAAAATCTGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGTAACATGG
386 GAGAATATAAAACCATTGAAAGAGAATATAAAAA--TGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGTAAAATAC
* * *
31304 TTTTGTCTCTGTTAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCGAGGCAGTCATTCAATTATAACAT
449 TTTTCTCTCTGATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCGAGGCAATCATTCAATTATAACAT
* * * * * *
31366 ATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAAATATGAGAATATAAAAATATTTAAG
1 ATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAAATACGAGAATATAAAAACAATGAAA
* *
31431 GCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTAGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTCTCCCATGGATGGCT
66 GCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTAGAGAGACTATAAATAGACTTTTTTCTCCCATGGATGGCT
* * * *
31496 TTTGCTTCACGTTTTTCGACAGAAACATTCAATTATAACATATTTCAACAAAAAATGTAGAGAAT
131 GTTGCCTCAAGTTTTTAGACAGAAACATTCAATTATAACATATTTCAACAAAAAATGTAGAGAAT
* *
31561 TCTAACTTAAAGCCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGATTAATAAGGCTT
196 TCTAACTTAAAACCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
31618 GTTAGCTCTA
Statistics
Matches: 620, Mismatches: 122, Indels: 44
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 4 0.01
511 16 0.03
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513 42 0.07
514 9 0.01
515 2 0.00
517 20 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (510 bp):
ATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAAATACGAGAATATAAAAACAATGAAA
GCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTAGAGAGACTATAAATAGACTTTTTTCTCCCATGGATGGCT
GTTGCCTCAAGTTTTTAGACAGAAACATTCAATTATAACATATTTCAACAAAAAATGTAGAGAAT
TCTAACTTAAAACCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
TTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGCATGACTTTTGATTCATGTTTTCGAGGCAGA
CATTCAATCATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCTAACGTAAAATCAATTATGAGAA
TATAAAACCATTGAAAGAGAATATAAAAATGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGTAAAATACTTTTCTC
TCTGATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCGAGGCAATCATTCAATTATAACAT
Found at i:31396 original size:341 final size:333
Alignment explanation
Indices: 30342--31617 Score: 1187
Period size: 341 Copynumber: 3.8 Consensus size: 333
30332 TAAAGCAGAC
* * * * *
30342 ATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAACTATGAGAGTATAAAGCCATTTAAA
1 ATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAA
* * * * *
30407 GCAAGTAATAAGGTTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAAGATACTTTTCTCTCTAATGGATGCCT
66 GCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATAGATTTTTCTCTCTAATGGATGGCT
* * * * * * * * *
30472 TTTGCTTCATGGTTCCTAAGGCAGACATTGAATTGTAATATATTTTAACCAAATGTATAAAAAAA
131 TTTGCTTCACGTTTTC-GAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAATATATAAAAAAA
* * * *
30537 TCCAAGTTAAAACCAATTATGAGAATATAAAACTATT-AAAGGCGAGCAACAAGGCTTTCAAAGG
195 TCCAAGTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTGAAA-G-GAGTAAAAAGGCTTTCAAAGG
* * * *
30601 CTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCT-TGCCAATGGATGGTTTTTGCTTCATGTTTCTGGAGGCA
258 CTTGAGTG----TAAATGGTTTTTCTCTG---ATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCTCGAGGCA
* * *
30665 GGCATTCAATCATAATAT
316 GTCATTCAATTATAACAT
* * * *
30683 ATTTTGATC-AAAAATTTTAAAAAATCTAACTTTAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAA
1 ATTTT-AACAAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAA
** * * * * *
30747 AGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAGAAATAAACTTTTCTCTCTGATGGATGGC
65 AGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATAGATTTTTCTCTCTAATGGATGGC
* ** * * * **
30812 TTTTGCTTCACGTTTTATGAGGCAAATGTTCAATTATAACATATTTTGACCAAAAATGTAAACCA
130 TTTTGCTTCACGTTTT-CGAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAATATATAAAAAA
* * * * * * * * *
30877 ATCCAACTTAAAATCAATTACGAGAATATTAAAGCAATGAAAGTGGGTAATAAGGTTTTC-AACG
194 ATCCAAGTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTGAAAG-GAGTAAAAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * * * * **
30941 ATTAGAGAGACTTTGAATGGACTTTTCTTTCTCATGGATGGCTGTTGCCTCAAGTTTCTTGAGAT
258 CTT---GAG--TGTAAATGG--TTTT-TCTCTGATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCTCGAGGC
* *
31006 AGTAATTTAATTATAACAT
315 AGTCATTCAATTATAACAT
* ** *
31025 ATTTTAACAAAAAATGTTAAAATGTCTAACTTAAAATCAATTATGAGAACATAAAACCATTTAAA
1 ATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAA
* * * * *
31090 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGATTTTTCTCTCTAATGCATGACT
66 GCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATAGATTTTTCTCTCTAATGGATGGCT
* * * *
31155 TTTGATTCATGTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAATATATAAAAAAAT
131 TTTGCTTCACGTTTTCGAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAATATATAAAAAAAT
** * * *
31220 CTTAGGTAAAATCAATTTTGAGAATATAAAACCATTGAAAGAGAATATAAAAATCTGGCTTTCAA
196 CCAAGTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTGAAAG-G-A-GTAAAAA---GGCTTTCAA
* * *
31285 AGGCTTGAGTGTAACATGGTTTTGTCTCTGTTAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCGAGGCAGT
255 AGGCTTGAGTGTAA-ATGGTTTT-TCTCTGATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCTCGAGGCAGT
31350 CATTCAATTATAACAT
318 CATTCAATTATAACAT
* ** *
31366 ATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAAATATGAGAATATAAAAATATTTAAG
1 ATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAA
* * **
31431 GCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTAGAGTGACTATAAATAGACTTTTT-TCTCCCATGGATGGC
66 GCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATAGA-TTTTTCTCTCTAATGGATGGC
* * * * * * *
31495 TTTTGCTTCACGTTTTTCGACAG-AAACATTCAATTATAACATATTTCAACAAAAAATGTAGAGA
130 TTTTGCTTCACG-TTTTCGA-GGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAATATATAAAAA
* * * ** * * *
31559 ATTCTAACTTAAAGCCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGATTAATAAGGCTT
193 AATCCAAGTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTGAAAG-GAGTAAAAAGGCTT
31618 GTTAGCTCTA
Statistics
Matches: 750, Mismatches: 162, Indels: 50
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
337 5 0.01
340 10 0.01
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343 16 0.02
344 5 0.01
345 2 0.00
346 6 0.01
347 5 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (333 bp):
ATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAA
GCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATAGATTTTTCTCTCTAATGGATGGCT
TTTGCTTCACGTTTTCGAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAATATATAAAAAAAT
CCAAGTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTGAAAGGAGTAAAAAGGCTTTCAAAGGCTT
GAGTGTAAATGGTTTTTCTCTGATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCTCGAGGCAGTCATTCAAT
TATAACAT
Found at i:33258 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 32960--35480 Score: 2031
Period size: 171 Copynumber: 14.7 Consensus size: 169
32950 NNNNNNNNNN
* *** * * ** *
32960 TTTTGCTTCACGTTTCCCTACTTATACATTCAATTATAGCATATTTTAACCCAAAATATAAAAAA
1 TTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAA-TAAAAATGT-AAAAA
* * *
33025 AATCCAACTTCAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
64 ATTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
** *
33090 ATTTGAGTGACTAGAAATAGACTTTTCTCTACAATGGAT-GC
129 GCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCT-CAATGGATGGC
* *
33131 TTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAATAGAAAATGTAAAAA
1 -TTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAATA-AAAATGTAAAAA
* * * *
33196 ATTACGA-TCTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATATGTCTTTCAAA
64 ATTCCAACT-TAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA
* *
33260 GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTACCATGGATGGC
128 GGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCT-CAATGGATGGC
* * * *** * *
33303 TTTTCCTCCACGTTTCCCTACTTAAACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAAATGTAAAAA
1 TTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAA--TAAAAATGTAAAAA
**** * *
33368 ACAATAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAG
64 ATTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * ***
33433 GCTTGAGTGACTATAAATCGGCTTTTCGCTCTAATGGATTTT
129 GCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTC-AATGGATGGC
* ** * * *
33475 TTTTACTTTGCGTTTCCCATGGAAAACATTCAATTATAACATATTTTAATCGAAAATGTAAAAAA
1 TTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAAT-AAAAATGTAAAAAA
* * * *
33540 TTCCAACTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAACGAGTAATACGTG-TTTCAAAG
65 TTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTCAAAG
* *
33604 GCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCCCATCGATGGC
129 GCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCT-CAATGGATGGC
* * * *** * * * *
33646 TTTTCCTTCATGTTTCCCTACTTATACATTTAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTGAAAAC
1 TTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAA-TAAAAATGT-AAAA-
* * **
33711 AA-TCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTCAAA
63 AATTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA
* **
33775 GGCTTGAGTGACTATAAAT-GAACTTTTCCCTCCAATGGAT-TT
128 GGCTTGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTCT-CAATGGATGGC
* * ** *
33817 TTTTGCTTTACATTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAATTGAAAATGTAAAAAA
1 TTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAA-TAAAAATGTAAAAAA
* * * * * *
33882 TTCTAACTTAAAATCAGTTATGAGAATATAAAATCATTTAAAACGAGTAATACA-GCTTTTAATG
65 TTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTCAAAG
* * ** *
33946 GATTGAGTGATTATAAATCA-ACTTTTCTCTCTAATAAATGGT
129 GCTTGAGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTCTC-AATGGATGGC
* * * * * *
33988 TTTTGCTTTATGTTGT-CCAAAGCAAACATTCCATAATAGA-ATATTTTAACTAAAACTGTAAAA
1 TTTTGCTTCACGTT-TCCCAAGGCAAACATTCAATTATA-ACATATTTTAA-TAAAAATGTAAAA
* *
34051 ATATT-CAACTTAAAATCAACTATGAGAGTATAAAACCATTTAAAGC-AGGTAATAAGGCTTTTC
63 A-ATTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGC-TTTC
* * * * *
34114 AAAAGCTTGAGTAACTATAAAGATACTTTTCTCTCTAATGGATGCC
125 AAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTC-AATGGATGGC
* *** * * * **
34160 TTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTGAATTGTAACATATTTTAACTAAATGTGTAAAAAA
1 TTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAA-TAAAAATGTAAAAAA
* * * * * * * * *
34225 ATCTAAGTTAAAACCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAGGCGAGCAACAAAGCTTTCAAAGG
65 TTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * *
34290 CTTGAGTGACTATAAAT-GGCTTTTCT-TGCCAATGGATAGT
130 CTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCT--CAATGGATGGC
* *** * ** * * * *
34330 TTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGTAGGCATTCAATTATAATATATTCTGATCAAAAATTTAAAAAA
1 TTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAAT-AAAAATGTAAAAAA
* * * * **
34395 ATCTAACTTCAAATCAATTATAAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGGAGGCTTTCAAAGG
65 TTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * ** *
34460 CTTGAGTGACTAGAAATAAACTTCTCTCTTTGATGCATGGC
130 CTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTC-TCAATGGATGGC
**** * * *
34501 TTTTGCTTCACGTTTTATGAGGCAGAA-GTTCAATTATAACATATTTTGACTAAAAATATAAAAC
1 TTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCA-AACATTCAATTATAACATATTTT-AATAAAAATGTAAAA-
* * * * * *
34565 AA-TCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATTAAAGCATTGAAAGTGGGTAATAAGGCTTTCACA
63 AATTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA
* * * * *
34629 -GATTAGAGAGACTTTGAATAGACTTTTCTCTCTCATGGATGGC
128 GGCTT-GAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTC-AATGGATGGC
* * ** *
34672 TGTTGCCTCACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAATGAAAAATGT-AAAAA
1 TTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAAT-AAAAATGTAAAAAA
* *
34736 TGTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTTCAAAG
65 T-TCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * *
34801 GCTTGAGTAACTATAAATAGACTTTTTTCCCTAATAGATGGC
129 GCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTC-AATGGATGGC
* * * * * * * *
34843 TTTCGCCTCAAGTTTCCCAAGGCAGATATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATATAAAAAA
1 TTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAA-TAAAAATGTAAAAAA
* * ** ********** * *
34908 ATCAAACTTAAAGCCAATTATGAGAATANNNNNNNNNNTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAAG
65 TTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * *
34973 CTTGAGTAACTGTAAATGGATTTTTCTCTCTAATGTATGAC
130 CTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTC-AATGGATGGC
** * * * * * * * *
35014 TTTTAATTCATGTCTCCTAAGGCAGACGTTCAATTATAAAATATTTTAACCAAATAA-ATAAAAA
1 TTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAA-TAAA-AATGTAAAAA
* * * * * * * * **
35078 AATCAAAGTTAAAATCAATTTTGAGAATATAAAAACTATTGAAAGAGTGTAATCTGGCTTTCAAA
64 ATTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATAT-AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA
* * **
35143 GGCTTGAGTGACTATAAACATGA-TTTTGTCTCTGTTGGATGGC
128 GGCTTGAGTGACTATAAATA-GACTTTTCTCTC-AATGGATGGC
* ** * * * *
35186 TTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAGTCATTCAATTTTAACTTATTTTAACAAAAAATATAAAAAA
1 TTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAA-TAAAAATGT-AAAAA
* * * * * * *
35251 AATCTAACTTCAAATCAAATATGAGAATATAAAAACATTTAAGGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAG
64 ATTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
********** * *
35316 GCTTGAGTGNNNNNNNNNNGACTTTTTTCTCCCATGGATGGC
129 GCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCT-CAATGGATGGC
* * * * * * * *
35358 TTTTGCTTTACATTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTCAACTAAAAATTTAGAGAA
1 TTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAA-TAAAAATGTAAAAAA
** **
35423 TTCTTACTTAAAGCCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
65 TTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
35481 GTTAGCTTTA
Statistics
Matches: 1881, Mismatches: 411, Indels: 115
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.00
170 238 0.13
171 978 0.52
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173 39 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
TTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAATAAAAATGTAAAAAAT
TCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
TTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCAATGGATGGC
Found at i:33602 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 32960--35480 Score: 2039
Period size: 343 Copynumber: 7.4 Consensus size: 340
32950 NNNNNNNNNN
* * * *
32960 TTTTGCTTCACGTTTCCCTACTTATACATTCAATTATAGCATATTTTAACCCAAAATATAAAAAA
1 TTTTCCTTCACGTTTCCCTACTTAAACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
*
33025 AATCCAACTTCAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
66 AAT--AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
** * *
33090 ATTTGAGTGACTAGAAATAGACTTTTCTCTAC-AATGGATGCTTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGG
129 GCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCT-CTAATGGATGCTTTTTGCTTTACGTTTCCCAAGG
* * *
33154 CAAACATTCAATTATAACATATTTTAATAGAAAATGTAAAAAATTACGA-TCTAAAATCAATTAT
193 CAAACATTCAATTATAACATATTTTAATCGAAAATGTAAAAAATTCCAACT-TAAAATCAATTAT
* * *
33218 GAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATATGTCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
257 GAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGTCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGAC
33283 TTTTCTCTACCATGGATGGC
322 TTTTCTCT-CCATGGATGGC
*
33303 TTTTCCTCCACGTTTCCCTACTTAAACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAAATGTAAAAA
1 TTTTCCTTCACGTTTCCCTACTTAAACATTCAATTATAGCATATTTTAACC-AAAAATGTAAAAA
*
33368 ACAATAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAG
65 A-AATAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * ** * * * *
33433 GCTTGAGTGACTATAAATCGGCTTTTCGCTCTAATGGATTTTTTTTACTTTGCGTTTCCCATGGA
129 GCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTAATGGATGCTTTTTGCTTTACGTTTCCCAAGGC
*
33498 AAACATTCAATTATAACATATTTTAATCGAAAATGTAAAAAATTCCAACTTAAAATTAATTATGA
194 AAACATTCAATTATAACATATTTTAATCGAAAATGTAAAAAATTCCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
33563 GAATATAAAACTATTTAAAACGAGTAATACGTGTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTT
259 GAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGTCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTT
*
33628 TTCTCTCCCATCGATGGC
324 TTCTCT-CCATGGATGGC
* * *
33646 TTTTCCTTCATGTTTCCCTACTTATACATTTAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTGAAAAC
1 TTTTCCTTCACGTTTCCCTACTTAAACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGT-AAAA-
** * *
33711 AATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTCAAAG
64 AAAATAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * * **
33776 GCTTGAGTGACTATAAAT-GAACTTTTCCCTCCAATGGAT-TTTTTTGCTTTACATTTTTCAAGG
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* * *
33839 CAAACATTCAATTATAACATATTTTAATTGAAAATGTAAAAAATTCTAACTTAAAATCAGTTATG
193 CAAACATTCAATTATAACATATTTTAATCGAAAATGTAAAAAATTCCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
33904 AGAATATAAAA-TCATTTAAAACGAGTAATACAG-CTTTTAATGGATTGAGTGATTATAAATCA-
258 AGAATATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATA-AGTCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-AG
* ** *
33966 ACTTTTCTCTCTAATAAATGGT
320 ACTTTTCTCTC-CATGGATGGC
* * * ** * * * * *
33988 TTTTGCTTTATGTTGTCCAAAGC--AAACATTCCATAATAGAATATTTTAACTAAAACTGTAAAA
1 TTTTCCTTCACGTT-TCCCTA-CTTAAACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * *
34051 ATATTCAACTTAAAATCAACTATGAGAGTATAAAACCATTTAAAGCAG-GTAATAAGGCTTTTCA
64 AAAAT-AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGC-TTTCA
* * * * * * * ***
34115 AAAGCTTGAGTAACTATAAAGATACTTTTCTCTCTAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTCTTGA
126 AAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTAATGGATGCTTTTTGCTTTACGTTTCCCAA
* * * * * * * * *
34180 GGCAGACATTGAATTGTAACATATTTTAA-CTAAATGTGTAAAAAAATCTAAGTTAAAACCAATT
191 GGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAATCGAAA-ATGTAAAAAATTCCAACTTAAAATCAATT
* * *
34244 ATGAGAATATAAAACTATTTAAGGCGAGCAACAAAG-CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-
255 ATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA-TAAGTCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATA
* * *
34307 GGCTTTTCT-TGCCAATGGATAGT
319 GACTTTTCTCT-CC-ATGGATGGC
* * * ** ** ** * * * *
34330 TTTTGCTTCATGTTT-CTTGAGGTAGGCATTCAATTATAATATATTCTGATCAAAAATTTAAAAA
1 TTTTCCTTCACGTTTCCCT-ACTTAAACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * * **
34394 AATCTAACTTCAAATCAATTATAAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGGAGGCTTTCAAAG
65 AA-ATAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * * * * * ****
34459 GCTTGAGTGACTAGAAATAAACTTCTCTCTTTGATGCATGGC-TTTTGCTTCACGTTTTATGAGG
129 GCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTAATGGAT-GCTTTTTGCTTTACGTTTCCCAAGG
* * * *
34523 CAGAA-GTTCAATTATAACATATTTTGA-CTAAAAATATAAAACAA-TCCAACTTAAAATCAATT
193 CA-AACATTCAATTATAACATATTTTAATC-GAAAATGTAAAA-AATTCCAACTTAAAATCAATT
* * * * * * * * * *
34585 ATGAGAATATTAAAGC-ATTGAAAGTGGGTAATAAGGCTTTCACA-GATTAGAGAGACTTTGAAT
255 ATGAGAATA-TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGTCTTTCAAAGGCTT-GAGTGACTATAAAT
34648 AGACTTTTCTCTCTCATGGATGGC
318 AGACTTTTCTCTC-CATGGATGGC
* *** * * **
34672 TGTTGCC-TCACGTTT-CCTGAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAATGAAAAATGT-AAA
1 T-TTTCCTTCACGTTTCCCT-ACTTAAACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAA
** * *
34734 AATGTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTTCAA
64 AAAAT--AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAA
* * * * * * * *
34799 AGGCTTGAGTAACTATAAATAGACTTTTTTCCCTAATAGATGGC-TTTCGCCTCAAGTTTCCCAA
127 AGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTAATGGAT-GCTTTTTGCTTTACGTTTCCCAA
* * * * * * * * **
34863 GGCAGATATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCAAACTTAAAGCCAATTA
191 GGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAATCGAAAATGTAAAAAATTCCAACTTAAAATCAATTA
********** * * * *
34928 TGAGAATANNNNNNNNNNTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTCAAAAGCTTGAGTAACTGTAAATGG
256 TGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT-AAGTCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAG
* * * *
34992 ATTTTTCTCTCTAATGTATGAC
320 ACTTTTCTCTC-CATGGATGGC
** * * *** * * ** *
35014 TTTTAATTCATGTCT-CCTAAGGCAGACGTTCAATTATAAAATATTTTAACCAAATAA-AT-AAA
1 TTTTCCTTCACGTTTCCCT-ACTTAAACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAA-AATGTAAAA
* * * * * **
35076 AAAATCAAAGTTAAAATCAATTTTGAGAATATAAAAACTATTGAAAGAGTGTAATCTGGCTTTCA
64 AAAAT--AACTTAAAATCAATTATGAGAATAT-AAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCA
* * ** * *
35141 AAGGCTTGAGTGACTATAAACATGA-TTTTGTCTCTGTTGGATGGC-TTTTGCTTCACGTTTCTC
126 AAGGCTTGAGTGACTATAAATA-GACTTTTCTCTCTAATGGAT-GCTTTTTGCTTTACGTTTCCC
** * * * * * * *
35204 AAGGCAGTCATTCAATTTTAACTTATTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAAATCTAACTTCAAATCA
189 AAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAATC-GAAAATGT-AAAAAATTCCAACTTAAAATCA
* * * * *******
35268 AATATGAGAATATAAAAAC-ATTTAAGGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGNNNNNNN
252 ATTATGAGAATAT-AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGTCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAA
*** *
35332 NNNGACTTTTTTCTCCCATGGATGGC
316 ATAGACTTTTCTCT-CCATGGATGGC
* * * * * *** * * * * *
35358 TTTTGCTTTACATTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTCAACTAAAAATTTAGAGAA
1 TTTTCCTTCACGTTTCCCTACTTAAACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTA-AAAA
*** * ** *
35423 TTCTTACTTAAAGCCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
65 AAATAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
35481 GTTAGCTTTA
Statistics
Matches: 1768, Mismatches: 349, Indels: 122
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 10 0.01
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345 5 0.00
346 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (340 bp):
TTTTCCTTCACGTTTCCCTACTTAAACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
AATAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
TTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTAATGGATGCTTTTTGCTTTACGTTTCCCAAGGCAA
ACATTCAATTATAACATATTTTAATCGAAAATGTAAAAAATTCCAACTTAAAATCAATTATGAGA
ATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGTCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTT
CTCTCCATGGATGGC
Found at i:38386 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 37997--38902 Score: 465
Period size: 171 Copynumber: 5.3 Consensus size: 170
37987 AATAAAAAAA
* * *
37997 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATAAATGGCTTTTGCTTCAGGTTTCTCAATGT
1 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAAT-AATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGT
* * * * * * *
38062 AGACATTTAATTATAACAAATTTTAACAAAAAATGTGAAAAAATCCAACAGACAATCAATTATGG
65 AGACATTCAATTATAACAAATCTCAACAAAAAATATAAAAAAATCCAACAGAAAATCAATTATGA
*** * *
38127 GAATATGGAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCAAAG
130 GAATACAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGACTTTCAAAG
*** * * * * *
38168 GCACAAGTGACTATAAATAGACTTTTCCCTATAATAGATGACTTTTGCTTTACGTTTCCCAAGGC
1 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATA-ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGG-
* * * * * * **
38233 T-GACATTCAATTATAATAGATCTCAACCATAACTATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATG
64 TAGACATTCAATTATAACAAATCTCAACAAAAAATATAAAAAAATCCAACAGAAAATCAATTATG
* *
38297 AGAATACAAAACCATTTAAAGTTATTAATAAGACTTTCAAAG
129 AGAATACAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGACTTTCAAAG
* * * * ** ******
38339 GCTTGGGTTACTATAAATGGACTTTTCTCTCCATTGAATGGCTTTTGCTTCACAATTCTTNNNNN
1 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAAT-AATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-CCAAGG
***** * * * * * ** **
38404 NNNNNA-TCAATTATAACATATTTTAACTAAAACTGGAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATG
64 TAGACATTCAATTATAACAAATCTCAACAAAAAATATAAAAAAATCCAACAGAAAATCAATTATG
* * * * **********
38468 AGAATATAAAAGCTTTTAAAGCGAGTAANNNNNNNNNNAAAG
129 AGAATACAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGACTTTCAAAG
* * ** * ** *
38510 ACTTGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTGAAGAT
1 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAAT-AATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGT
* * * * * * **
38575 AGGCATTCAATTATAGCATAAT-TTAACTAGAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATG
65 AGACATTCAATTATAACA-AATCTCAACAAAAAATATAAAAAAATCCAACAGAAAATCAATTATG
********** * * **
38639 AGAANNNNNNNNNNTTTAAAGCAAGTGATAAGGTTTTCAAAG
129 AGAATACAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGACTTTCAAAG
** * * * * ***
38681 GCTTGAGTGACTATAAATATATTTTTCTCTGTAATGGACGGCTTTTGCTTCACGTTTCGTGAGGT
1 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAAT-AATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGT
* * * * * * * * * * *
38746 AGACTTTCAATTACAACATATTTTAACCAAAAATGTCAAAAAATCTAA-ATTAAAATTAATTATG
65 AGACATTCAATTATAACAAATCTCAACAAAAAATATAAAAAAATCCAACA-GAAAATCAATTATG
* ** * * * * *
38810 AGAATATAAAACTTTTTAAAGCGAGTGATAAGGCGTTCAATG
129 AGAATACAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGACTTTCAAAG
* * *
38852 GTTTGAGTGACTATAAAT-GACTTTT-TTTACTAATGGATGGCTTTTGCTTCA
1 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CTAAT-AATGGCTTTTGCTTCA
38903 TGATAACTCT
Statistics
Matches: 551, Mismatches: 174, Indels: 21
0.74 0.23 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 30 0.05
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ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTA
GACATTCAATTATAACAAATCTCAACAAAAAATATAAAAAAATCCAACAGAAAATCAATTATGAG
AATACAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGACTTTCAAAG
Found at i:41168 original size:170 final size:153
Alignment explanation
Indices: 41126--41433 Score: 215
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 153
41116 NNNNNNNNNN
* * * * *
41126 TTAACCAAAAGTGTAATAAAATCCAACTTAATAA-CTAATTATGAGAGTATAAAACCATTTAAAG
1 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAAATTAA-AATC-AATTATGAGAATATAAAACCATCTAAAG
* * * * * * *
41190 TGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTTTGAGTAAGTGTAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTT
64 CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAATAACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTT
* *
41255 TTGCATCATGTTTCCCTAGGCAAACATTC
129 TTGCATCATGTTTCCCAAGGC--AGA--C
* * * *
41284 AATTATAACATATTTTAATAAAAAAAGTAAACAAATTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATA
1 ---T-TAAC-------CA-AAAA--TGTAAA-AAAATCCAAATTAAAATCAATTATGAGAATATA
* * *
41349 AAACCATTTAAAG-GAAATAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTCT
51 AAACCATCTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAATAACTATAAATGGACTTTTCTCT
41413 CCAATGGATGGCTTTTGCATC
115 CCAATGGATGGCTTTTGCATC
41434 CCGTTTCCTG
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 12, Indels: 17
0.81 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.01
162 4 0.03
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171 1 0.01
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173 14 0.12
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (153 bp):
TTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAAATTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATCTAAAGCG
AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAATAACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTT
GCATCATGTTTCCCAAGGCAGAC
Found at i:41521 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 40513--41851 Score: 1250
Period size: 341 Copynumber: 3.9 Consensus size: 341
40503 ACTTGGGACC
*
40513 AATAAGGCTTTCAAAGGTTTGAGTAACTATAAAT-GACTTTTCT-TACCAATGGATGGC-TTT-C
1 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTCT-CCAATGGATGGCTTTTGC
* * *
40574 AATTCATGTTT-CCTCAGGCAAGCATTCAATTATAACATATTTTAAGCAAAAATTTAAAAAAATC
65 -A-TCATGTTTCCCT-AGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATC
* * * * **
40638 CAACTTAAAATCAGTTATGAGAATATAAAACAATTTAAAGAGTGTAATCTGGCTTTCAAAGGCTT
127 CAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATCTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTT
* * * **
40703 GAATGACTATAAATGTG-CTTTTCTCTCCATTGGATGGCATTTGCTTTACATTT-CTAGATTTAG
192 GAATGACTATAAATG-GACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCT-GAGGTAG
* * ********* *
40766 TCATTCAATTATAACATATTTTAACCNNNNNNNNNNAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATCAGA
255 ACATTCAATTATAGCATATTTTAACC-AAAAATGTAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
40831 ATATAAAGCCATTTAAAGCGAAG-
319 ATATAAAACCATTTAAAGTG-AGT
* * * **
40854 AATAAGGCTTTAAAAGGCTT-AGGTCACTATAAATGGTCTTTTCTCTTTAATGGATGGCTTTTGC
1 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA-GTAACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGC
* * * ** * * * * *
40918 TTCATGTTTCCTTAGGCAGACATTCTGTAATAGCATATTATAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAA
65 ATCATGTTTCCCTAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATCCAA
* *
40983 ATTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTT-AA
130 CTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATCTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAA
* * * ** ** * **
41047 TGACTATTAATGTACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGCAGAC-NN
195 TGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTGAGGTAGACATT
*************** * * *
41111 NNNNNNNNNNNNNNNTTAACCAAAAGTGTAATAAAATCCAACTTAATAA-CTAATTATGAGAGTA
260 CAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATCTAACTTAA-AATC-AATTATGAGAATA
41175 TAAAACCATTTAAAGTGAGT
322 TAAAACCATTTAAAGTGAGT
* * * * *
41195 AATAAGGCTTTTAAAGGTTTGAGTAAGTGTAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCA
1 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCA
* * *
41260 TCATGTTTCCCTAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAATAAAAAAAGTAAACAAATTCCAA
66 TCATGTTTCCCTAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAATCAAAAATGTAAA-AAAATCCAA
* *
41325 CTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAG-GAAATAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA
130 CTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATCTAAAGAG-AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA
* * * * *
41389 GTAACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCATCCCGTTTCCTGAGGTAGACAT
194 ATGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTGAGGTAGACAT
* * *
41454 TCAATTATAGCATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATCTAATTTAAAATCGATTATGAGAATATA
259 TCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATA
*
41519 AAACCATTTAAAGTAAGT
324 AAACCATTTAAAGTGAGT
********** * * * * *
41537 ANNNNNNNNNNCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGTACTATTCTCTCCCATGGGTGGCTTTTGC-
1 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCA
* ** * ** * * *
41601 TCTACGTTTCCGAAGGTAGTCATTCAATTATAACATATTTTAA-CTAAAAATGCAAAAACATCTA
66 TC-ATGTTTCCCTAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATCCA
* * * * *
41665 ACTTAAAATGAATTCTGAGAATATAAAACTATCTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTTA
129 ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATCTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA
* * * * * *
41730 ATGACTATAAATGGACTTTACTCACCAATGGATGGCTTTTGCCTCACATTTTCTGAGGTAAAAAT
194 ATGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTGAGGTAGACAT
* *
41795 TCTATTATAGCATACTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTAT
259 TCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATCTAACTTAAAATCAATTAT
41852 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 793, Mismatches: 183, Indels: 43
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 23 0.03
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343 72 0.09
344 15 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (341 bp):
AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCA
TCATGTTTCCCTAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATCCAAC
TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATCTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAAT
GACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTGAGGTAGACATTC
AATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAA
ACCATTTAAAGTGAGT
Found at i:41583 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 40513--41851 Score: 1070
Period size: 171 Copynumber: 7.8 Consensus size: 169
40503 ACTTGGGACC
* *
40513 AATAAGGCTTTCAAAGGTTTGAGTAACTATAAAT-GACTTTTCT-TACCAATGGATGGC-TTT-C
1 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CCAATGGATGGCTTTTGC
* * * * *
40574 AATTCATGTTTCCTCAGGCAAGCATTCAATTATAACATATTTTAAGC-AAAAATTTAAAAAAATC
65 -A-TCACGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATAACATATTTTAA-CAAAAAATGT-AAAAAATC
* * * *
40638 CAACTTAAAATCAGTTATGAGAATATAAAACAATTTAAAGAGTGT
126 TAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGA-AGT
** * * *
40683 AATCTGGCTTTCAAAGGCTTGAATGACTATAAATGTG-CTTTTCTCTCCATTGGATGGCATTTGC
1 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATG-GACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGC
* * * ** ** **********
40747 TTTACATTT-CTAGATTTAGTCATTCAATTATAACATATTTTAACCNNNNNNNNNNAAAAATCTA
65 ATCACGTTTCCT-GAGGTAAACATTCAATTATAACATATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAATCTA
* *
40811 ACTTAAAATCAATTATCAGAATATAAAGCCATTTAAAGCGAAG-
128 ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAA--GAAGT
* * * **
40854 AATAAGGCTTTAAAAGGCTT-AGGTCACTATAAATGGTCTTTTCTCTTTAATGGATGGCTTTTGC
1 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGC
* * * * * ** * * * *
40918 TTCATGTTTCCTTAGGCAGACATTCTGTAATAGCATATTATAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAA
65 ATCACGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATCTAA
* * *
40983 ATTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATCTAAAGCGAGT
129 CTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAG-AAGT
* * * * *
41025 AATAAGGCTTTCAAAGGCTT-AATGACTATTAATGTACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCT
1 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCA
* ** * * ***************** * * *
41089 TCATGTTTCCCAAGGCAGAC-NNNNNNNNNNNNNNNNNTTAACCAAAAGTGTAATAAAATCCAAC
66 TCACGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAA-AAAATCTAAC
* *
41153 TTAATAA-CTAATTATGAGAGTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
130 TTAA-AATC-AATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAG-AAGT
* * * * * *
41195 AATAAGGCTTTTAAAGGTTTGAGTAAGTGTAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCA
1 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCA
* * * * *
41260 TCATGTTTCCCT-AGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAATAAAAAAAGTAAACAAATTCCA
66 TCACGTTT-CCTGAGGTAAACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAA-AAA-TCTA
*
41324 ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGGAAAT
128 ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAA-GAAGT
*
41367 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCA
1 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCA
* * * *
41432 TCCCGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAGCATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATCTAATT
66 TCACGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATCTAACT
*
41497 TAAAATCGATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTAAGT
131 TAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAG-AAGT
********** * * * *
41537 ANNNNNNNNNNCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGTACTATTCTCTCCCATGGGTGGCTTTTGC-
1 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCA
** * *
41601 TCTACGTTTCC-GAAGGTAGTCATTCAATTATAACATATTTTAACTAAAAATGCAAAAACATCTA
66 TC-ACGTTTCCTG-AGGTAAACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAA-ATCTA
* * * *
41665 ACTTAAAATGAATTCTGAGAATATAAAACTATCTAAAGAGAGT
128 ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGA-AGT
* * * * * *
41708 AATAAGGCTTTCAAAAGCTTTAATGACTATAAATGGACTTTACTCACCAATGGATGGCTTTTGCC
1 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCA
* * * * * * *
41773 TCACATTTTCTGAGGTAAAAATTCTATTATAGCATACTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAAC
66 TCACGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATCTAAC
41838 TTAAAATCAATTAT
130 TTAAAATCAATTAT
41852 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 923, Mismatches: 212, Indels: 67
0.77 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 30 0.03
170 280 0.30
171 429 0.46
172 167 0.18
173 15 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (169 bp):
AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCA
TCACGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATCTAACT
TAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGAAGT
Found at i:42249 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 41952--42998 Score: 1252
Period size: 171 Copynumber: 6.1 Consensus size: 171
41942 NNNNNNNNNN
* * *
41952 TCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATCGATTTTAAGT
1 TCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAG-
* * * *
42017 TA-GATTTTTTTACATTTTTTTGTTAAAATATGCTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGA
65 TAGGATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGA
* * *
42081 TGCAAAAGCTATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTTAC
129 AGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * *
42124 TCAAGCCTTTGAAAGTCTTATTATTTC-CTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAA
1 TCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA-CTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAG
* * *
42188 TAGGAATTTTTTTACTTTTTTTGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACATGA
65 TAGG-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGA
* * * *
42253 TGCAAAAGCTATCCA-TGGAAGAGAAAAGTCCATTTACAGTTAC
129 AGCAAAAGCCATCCATTGG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * *
42296 TCAAACCTTTGAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTATACTCTCATAATTGGTTATTAAG
1 TCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATT-TTAAG
* * * * *
42361 TTGGATTTTATTACACTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAA
65 TAGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAA
* * *
42426 GCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTACATTTATAGTCAT
130 GCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * *
42468 TTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAGATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAATT
1 TCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAA-G
* * ** *
42533 TA-GATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATTACAGAATGTCTGCCT-TAGGAAACATGA
65 TAGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCGA-GAAACATGA
** * * *
42596 AGCAAAAGTTATCCATTAGAGAGAAAAGACCATTTATAGTGA-
129 AGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * **
42638 TCCAAGCCTTTTAAAGCCTTATT-CTTCGCTTTAAATGGTTTTACATTCAGATAATTGATTTTAA
1 T-CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAA
* * * * *
42702 GTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGACTACATCTAGAAACATGA
64 GTAGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGA
*
42767 AGCAAAAGCCATCCAATGGAGAGAAAAG-CGCATTTATAGTCAC
129 AGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTC-CATTTATAGTCAC
* * * * *
42810 TCAAGCCTTTGAAAGCCATATTACACTCTTTAAATTGTTTTATATTCTCATAACTGATTTTAAGT
1 TCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * ** * *
42875 TGAATTTTTTTAAATTTTTACTTAAAATATGTCATAATTGAATG-CTTGCCTCGGGAAACATGAA
66 AGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTC-TGCCTCGAGAAACATGAA
***
42939 TTGAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAAGT-CATTTATAGTCAC
130 GCAAAAGCCATCCATTGG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
*
42980 TCAAGCTTTTGAAAGCCTT
1 TCAAGCCTTTGAAAGCCTT
42999 GTTGGTCCCA
Statistics
Matches: 756, Mismatches: 100, Indels: 40
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 35 0.05
171 366 0.48
172 334 0.44
173 21 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGT
AGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAG
CAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
Done.