Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397342.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_117.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 48098
ACGTcount: A:0.30, C:0.09, G:0.11, T:0.30
Warning! 9635 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:535 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 226--789 Score: 606
Period size: 172 Copynumber: 3.3 Consensus size: 168
216 TGAAGGAATG
* *
226 GGTGACTATAAAT-GACCTTTTCGTGCCAATGGATATCTTTTTCTTTATGTTTCTC-AGGGTAGA
1 GGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GGTAGA
* * * ********
289 CATTCAATTACAATCTG--GT--TAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAANNNNNNNNN
64 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTAGAAAA
* * *
350 NATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGTCTT
128 TATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAG-CAT
* * *
392 GAGTGATTATAAATGGATTTTTCTTGCCAAT-GATATCTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAGAC
1 G-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGAC
* * *
456 GTTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGAAT
65 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-GAAAAT
** * *
521 ATAAAGCCATTTAAAACGAGTAATAAGCCATTCGAAAGCAT
129 ATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGCAT
* * * * *
562 GGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAGTGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGATGCAAAC
1 -GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGAC
* * * *
627 ATTCAATTATAATATGTTTTAATAAACAATATAAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATAAAAT
65 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAGAAAA-
692 TATAAAATCATTTAAATA-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT
128 TATAAAATCATTTAAA-ACGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GCAT
* *
734 GGATCG-CTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC
1 GG-T-GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC
790 AAGNNNNNNN
Statistics
Matches: 335, Mismatches: 46, Indels: 28
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 46 0.14
167 24 0.07
168 3 0.01
170 87 0.26
171 68 0.20
172 105 0.31
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACA
TTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAGAAAATAT
AAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCAT
Found at i:1942 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1656--6661 Score: 3703
Period size: 171 Copynumber: 29.3 Consensus size: 171
1646 NNNNNNNNNN
* * * * * *
1656 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCACTGGATATCTTTTTCTTCACGT-TTGCT-GAGGCA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTC-C-TATTTCTCAAGGTA
* * * **
1719 GACATTCAATTATTATTTATTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAG
64 GACATTCAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
1784 ATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGCA
129 ATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* *
1827 TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCCTACTTCTCAAGGTAGA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCCTATTTCTCAAGGTAGA
* * * *
1892 CATTCAACTATTATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCCATTATGAGA
66 CATTCAATTATTATCTATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * **
1956 ATATAAAAATATTTACAGCTAGTAA-AAGGTCTTTTGAAGGTG
130 TTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTTGAAGGCA
* *
1998 TAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCAC-ATTT-T-ATGAGGT
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTC-CTATTTCTCA--AGGT
* * * * * * *
2060 AGACAATCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAACAATTCTACTCAAAATCAAATATGA
63 AGACATTCAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
** ** *
2125 GATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCGAAGACA
128 GATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
** *
2169 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATTG-ATATATTTTTCTTCAC-ATTTCTCAAGGTA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-TGAATATCTTTTTCTTC-CTATTTCTCAAGGTA
* * * * * * * * *
2232 GACATACAATTATAATCTATTTTAGTAAAAAATATTAAAAACTTTAATTTAAAATCAATTATAAG
64 GACATTCAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
2297 ATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGCAGGCA
129 ATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * * *
2340 TGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTC-TCCAAGTTTC-CTGAGTTA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCCTA-TTTCTC-AAGGTA
* * *
2403 GACATTCAATTATTATTTATTTT-ATCCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA
64 GACATTCAATTATTATCTATTTTAAT-AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *** * *
2467 GATTATTAAAATATTTAAAATAAGTAATAAGGC-TTTCAAGGGCG
128 GATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCA
* * * * *
2511 TGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGTC-AGGAAATATCTTTTTCTTTCTTTTTCTCAAGGTAG
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-AATATCTTTTTCTTCCTATTTCTCAAGGTAG
* * * ** * *
2575 CCATTCAATTA-TATTCTGTTTTAATCAAAAACATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATAAG
65 ACATTCAATTATTA-TCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * **
2639 ATTATAAAAATATTTAAAGCGACTAATAAAACTTTTGAAGGCA
129 ATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * * * * * * *
2682 TTGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAAGGGATATCTTTTTCTTCATGTTT-TCTGAGGCAG
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCCTATTTCTC-AAGGTAG
* ** * * * * ** * * *
2746 GCATTCAAGAATGATTTGTTATAATGGAACATGCAAAAAAATTTAA-TCTAAAATCAATTATGAG
65 ACATTCAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAG
* *
2810 ATTAT-AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGTAGGTA
129 ATTATAAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * *
2853 TGGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTGCCACTGGATATCTTTTTCTTCACGT-TTTCTC-AGGCA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTC-C-TATTTCTCAAGGTA
* * * **
2916 GACATTCAATTATTATTTATTTTAATTAAAGATGTAAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAG
64 GACATTCAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
2981 ATTGTAAAAACATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGTA
129 ATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
************* * * *
3024 TGGGTGACTATAAATNNNNNNNNNNNNNCAATGAATATATTTTTTTTCAC-ATTTCAT-GAGGTA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTC-CTATTTC-TCAAGGTA
* * * * * *
3087 GACAATCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAATATTCAACTCAAAATCAAATATGAG
64 GACATTCAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** *
3152 TTTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
129 ATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
********** * * *
3195 TGGGTNNNNNNNNNNGGACTTTTCTTGCTAATTG-ATATCTTTTTCTTCAC-GTTTCTCGAGGTA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-TGAATATCTTTTTCTTC-CTATTTCTCAAGGTA
* * * * * * * * * * *
3258 GACATACAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATTAAAAACTTTAATTTAAAATTAATTATAAG
64 GACATTCAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
3323 ATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGCAGGCA
129 ATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* ** * *
3366 TGGGTGAATATAAAAAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTT-CAAGTTTCTCAAGTTAG
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCCTA-TTTCTCAAGGTAG
* ** **********
3430 ACATTCAATTATTATTTATTTTAACCAAAAATGTANNNNNNNNNNACTTAAAATCAATTATGAGA
65 ACATTCAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ** * * *
3495 TTATTAAAATATTTAAAATGTGTAATAAGGCTTTCGAGGGCA
130 TTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * *
3537 TGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAAGGAATATCTTTTTCTTCCTGTTTCTTAAGGTAGA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCCTATTTCTCAAGGTAGA
* * ** * * *
3602 CATTCAATTA-TAT-TATGCTTTAATCAAACACATAAAAAATTTCAACTTAAAATCAAGTATAAG
66 CATTCAATTATTATCTAT--TTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
** *
3665 ATTATAAAAACATTTAAAATGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCA
129 ATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * * * * * * * *
3708 TTGATGACTATAAATAGACTTTTATTGCGAATGGATATCTTTCTCTTCATGTTTC-CTGAGGTAG
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCCTATTTCTC-AAGGTAG
** * * * * * * * * *
3772 ACATTCAAGAATTATTTGTTGTAATCAAACATGCAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGN
65 ACATTCAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
********* * *
3837 NNNNNNNNNCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGTA
130 TTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * * * *
3879 TGAGTGACTATGAATGGACTTTTCTTGCCACTGGATATCTTTTTCTTCACGT-TTCCTC-AGGCA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTC-C-TATTTCTCAAGGTA
* * ** ** *
3942 GACATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAACAATTTGACTTAAAATCTATTATGA
64 GACATTCAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
4007 GATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGTA
128 GATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
********** * * * * * *
4051 NNNNNNNNNNTAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTCATT-TT--TGTTCCCCATGATA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTT--TTCTTCCTATTTCTCAAGGTA
* * *** * * *
4113 GACATTCAATTATTATCTGTGTTAGCCAAAAATGTGAAAAAATTAAACTTAAAATCGATTATGAG
64 GACATTCAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * ** **
4178 ATTATAAAAAAATTTAAAGCTAGTAA-AACGGCTTTCAAAGGTG
129 ATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTTGAAGGCA
* * *
4221 TGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATATCTTTTTCTTCAC-ATTTCAT-GAGGTA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTC-CTATTTC-TCAAGGTA
* * ** * *
4284 GACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAG
64 GACATTCAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
** **
4349 ATTAT-AAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCA
129 ATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * * * * * * * *
4391 TGGGTGACTACAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGTATTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGTTAA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCCTATTTCTC-AAGGTAG
* * *
4455 ACATTCAATTATTATTTATTTTAACT-AAAAGTGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
65 ACATTCAATTATTATCTATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
** * * *
4519 ATTATAAAAACATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTA
129 ATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * * * * * *
4562 TGGGTGATTATAGATAGACTTTTTTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTCCTGTTTCTCGAGGAAGA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCCTATTTCTCAAGGTAGA
* * *
4627 CATTCAATTATAATCT-TCTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAG
66 CATTCAATTATTATCTAT-TTTAATAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
4691 ATTAT-AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
129 ATTATAAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * * * * * * *
4734 TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCACTGGATATCTTTTTCTTCATGTTTC-CTGAGGCAG
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCCTATTTCTC-AAGGTAG
* * * * * * * * *
4798 ACATTCAATAATTATCTGTTATAATGAAACATGCAAAAAAATTTAATTTCAAATCAATTATGAGA
65 ACATTCAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
4863 TTAT-AAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAA
130 TTATAAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * * * * *
4905 TGGGTGACAATAAATGGACTTTACTTGCAAATGGATATCTTTTTCTTTCTGTTTC-CTAAGGCAG
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCCTATTTCTC-AAGGTAG
* ** ** * *
4969 ATATTCAACAATTATCT-TTTATAATGGAACATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
65 ACATTCAATTATTATCTATTT-TAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
5033 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCA
129 ATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * * * *
5076 TGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTACCACTGGATATCTTTTGCTTCAC-GTTTC-CTAAGGTA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTC-CTATTTCTC-AAGGTA
* ** *
5139 GACATTCAATTATTATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAG
64 GACATTCAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
********** * * * *
5204 ATTATNNNNNNNNNNAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGTA
129 ATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * * *
5247 TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTTCTGTTTCCCAAGGTAGA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCCTATTTCTCAAGGTAGA
* * * ** * **********
5312 CATTGAATTATTATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTNNNNNNNNNNATGAGAT
66 CATTCAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* **
5377 TATAAAAACATTTAAAGCTAGTAA-AACGGCTTTTGAAGGTG
131 TATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTTGAAGGCA
** * * * **
5418 TGAATGACTATAAATGGACTTTTTTTTCCAATAAATCCCTTTTTCTTCAC-ATTT-T-ATGAGGT
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTC-CTATTTCTCA--AGGT
* * * ************
5480 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAATATTCAANNNNNNNNNNNNTATGA
63 AGACATTCAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
** **
5545 GATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCA
128 GATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * * * * * *
5589 TGGGTAACTACAAATAGACTTTTCTTGCTAATGGATGTCTTTTTCTTCAC-GTTTC-CTAAGTTA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTC-CTATTTCTC-AAGGTA
* ** * *
5652 GACATTCAATTATTATTTATTTTAACCAAAAGTGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
64 GACATTCAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
5717 ATTATAAAAACATTTCAAA-TGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTA
129 ATTATAAAAACATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * ** *
5760 TGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTT-TGT-CTCGTTTCTTGAGATA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCT-TCCT-ATTTCTCAAGGTA
* * ** * * * *
5823 GACAATCAATTATAATCTGCTTGAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATAAG
64 GACATTCAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* **********
5888 ATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATANNNNNNNNNNAGGCA
129 ATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* ** * * * ** * * * *
5931 TGGGTGACTATAAATGGAATTTTCTCACAAATGGATATCTTTTGCTTTATGTTTC-CTGAGGCAA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCCTATTTCTC-AAGGTAG
* * * * * * * *
5995 ACATTCAATAATTATCTGTTATAATGAAACACGGAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGA
65 ACATTCAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
********** *
6060 TNNNNNNNNNNTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCA
130 TTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * * * * * * **
6102 TGGATAACAATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTGCT-GAGACAG
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCCTATTT-CTCAAGGTAG
** * * ** * * * *
6166 ACATTCAACAATTATCTGTTATAATGGAACATGCAAAAAAATTCAATTTAAAATGAATTATGAGA
65 ACATTCAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
6231 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTAAAGGCA
130 TTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* ********** * * * **
6272 TAGGTGACTATAAATGGACNNNNNNNNNNATTGGATATCTTTTTCTTCAC-GTTTC-CTGTGGTA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTC-CTATTTCTC-AAGGTA
* * * * * *
6335 GACATTCAATTATTATTTATTTTAACT-GAAAATATAAAACAATTCGATTTAAAATCAATTATGA
64 GACATTCAATTATTATCTATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
6399 GATTATAAAAATATTTAAAGCAACTCAA-AAGCCTTTTGAAGGTA
128 GATTATAAAAACATTTAAAGCGAGT-AATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * * *
6443 TGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAGTGAATATCTTTTTCTTCTTATTTCTCGAGGTAGA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCCTATTTCTCAAGGTAGA
* ** ** * *
6508 CATTTAATTATTATCTGCTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCTATTATGAGAT
66 CATTCAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * **
6573 TATAAAAACATTTAAATCTAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGTG
131 TATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
** *
6614 TATGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATATCTTTTTCTTC
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTC
6662 ACATTTCATG
Statistics
Matches: 3821, Mismatches: 904, Indels: 220
0.77 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 15 0.00
170 405 0.11
171 3109 0.81
172 276 0.07
173 12 0.00
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCCTATTTCTCAAGGTAGA
CATTCAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
Found at i:7761 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7470--7829 Score: 465
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
7460 NNNNAAAACC
* * * * * * * *
7470 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTACCACTG
1 ATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTAAAGGAATGAGTAACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATG
* * * * *
7535 GATATCTTTTTCTTCATGTTTGCTAAGGCAGACATTCAATTATTATTATTTTTAACTAAAAATGT
66 AATATATTTTTCTTCATATTTGCTAAGGCAGACATTCAATTATTATTAGTTTTAACAAAAAATGT
*
7600 AAAACAATTCG-ACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAAT
131 AAAACAATT-GAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAT
* * * *
7641 ATTTAAAGCAAGTAAAAATCCTTTTGAAGGAATGAGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATG
1 ATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTAAAGGAATGAGTAACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATG
* * *
7706 AATATATTTTTCTTCCTATTT-CTCGAGGTAGACATTCAATTATTATCT-GTTTTAACAAAAAAT
66 AATATATTTTTCTTCATATTTGCT-AAGGCAGACATTCAATTATTAT-TAGTTTTAACAAAAAAT
*
7769 GTAAAACAATTGAACTTAAAATCCATTATGAGATTATAAAAAT
129 GTAAAACAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAT
*
7812 ATTTAAAGCTAGTAAAAA
1 ATTTAAAGCAAGTAAAAA
7830 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 23, Indels: 6
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.02
171 159 0.98
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
ATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTAAAGGAATGAGTAACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATG
AATATATTTTTCTTCATATTTGCTAAGGCAGACATTCAATTATTATTAGTTTTAACAAAAAATGT
AAAACAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAT
Found at i:9357 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8877--10436 Score: 1654
Period size: 172 Copynumber: 9.1 Consensus size: 170
8867 NNNNNNNNNN
** * *
8877 CTTATTACTCATTTTAAATATTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATT
* * * * *
8942 TTATATTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTG
65 TTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * * *********
9007 GCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATGCCNNNNNNNNN
130 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGC
* ** * * * * *
9048 NTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATTTTATATTTGATTTTGAGTTGATTTTTTTAT-TTT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTT
* * * * *
9112 TTTATTAAAATTGATTATAATTGAATGTCTACCT-ATTGAAATGTAAAGAAAAAGATATTCATTG
66 TTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-AGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * * *
9176 ACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGC
130 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGC
* * * * *
9217 GTTTTTACTAGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATGGATTTTAAGTTCAATTTTTTATATTT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTT
* * * * * * *
9282 TTGATTAAAATAGATAATTATTGAATGTGTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTGA
66 TTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTG-
* * * * *
9347 G-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCTTTCAAAAAC
130 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGC
* * *
9387 CTTATTACTCGCTTTAAAAGTATTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATAT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTATAT
* * * * * * *
9452 TTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTCTAGAAATAG-GAAGAAAAAGATATTCAG
64 TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA-CGTGAAGAAAAAGATATCCAT
* * *
9516 TGGTAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGC
128 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGC
** * * *
9559 CTTATTACTCATTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTACATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATT
** * * * * * * *
9624 TTTGGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTTTAACTTAGGAAACGTGAAAAAAAAAGATATCCATT
65 TTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTG-AAGAAAAAGATATCCATT
* ** *
9689 GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGTCTTTAAAAGC
129 GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGC
* * * * *
9731 CTTATTACTAGCATTAAATATTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATA--
* * *
9796 TTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGATGAAAAAGATATCCAT
63 TTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCAT
* *
9861 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGC
128 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGC
* * * * *
9904 CTTATTACTCGCTTTAAATGTCTTTATAACCTCATATTTGATTTTAAGTTTATTTTTGTTTATAT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTT-TTTATAT
* * * * * * **
9969 TTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCAT-ATGAAATGTGAAGAAAAAGGTGCCCAT
64 TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCAT
* * * * *
10033 TGGCAAGAAGAGTATATTTATTGTCACCCACACCTTCAAAAGT
128 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGC
* * * *
10076 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATATTT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTT
* *
10141 TTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCCACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGG
66 TTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGG
* * * * * * *
10206 CGAGAAAAGTCAATTTAGAGTCACTCATGCCTTCGAAAGA
131 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGC
* ** * *
10246 CTTATTACTCGATTTAAATAATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTGGAATTTTTTTATATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATT
* * * * * * * * *
10311 TTTTCTTAAAACAGATTATAATTGATTGTTTATCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATCCACTA
65 TTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * *
10376 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAATGG
130 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGC
10417 CTTATTACTCGCTTTAAATG
1 CTTATTACTCGCTTTAAATG
10437 GCTTTANNNN
Statistics
Matches: 1145, Mismatches: 226, Indels: 36
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 134 0.12
170 276 0.24
171 214 0.19
172 375 0.33
173 97 0.08
174 48 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTT
TTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGG
CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGC
Found at i:9604 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 8877--10435 Score: 1717
Period size: 342 Copynumber: 4.6 Consensus size: 341
8867 NNNNNNNNNN
* *
8877 CTTATTACTCATTTTAAATATTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATT
1 CTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATT
* *
8942 TTAT-ATTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATT
65 TT-TGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATT
* * ********** * *
9006 G-GCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATGCCNNNNNNNNNNTTATTACTCGCTTTAAATGGC
129 GAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* * * * **
9070 TTTATAATTTTATATTTGATTTTGAGTTGATTTTTTTAT-TTTTTTATTAAAATTGATTATAATT
194 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTATAATT
* * * * * *
9134 GAATGTCTACCT-ATTGAAA-TGTAAAGAAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAG
259 GAATGTCTACCTCA-AGAAACAG-GAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATCTATAG
* *
9197 TCACCCACACCTTCAAAAGC
322 TCACCCATACCTTCGAAAGC
* * * * *
9217 GTTTTTACT-AGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATGGATTTTAAGTTCAATTTTTTATATT
1 CTTATTACTCA-CTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATT
* * * * * *
9281 TTTGATTAAAATAGATAATTATTGAATGTGTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTG
65 TTTGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * * *
9346 AG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCTTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAA-AGTA
130 AGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT-
* *
9409 TTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAA
194 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A-TTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTATAA
* * * * * *
9474 TTGAATGTTTACCTCTAGAAATAGGAAGAAAAAGATATTCAGTGGTAAGAAAAGTCTATCTATAG
257 TTGAATGTCTACCTCAAGAAACAGGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATCTATAG
9539 TCACCCATACCTTCGAAAGC
322 TCACCCATACCTTCGAAAGC
* * *
9559 CTTATTACTCATTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTACATT
1 CTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATT
* * * * * *
9624 TTTGGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTTTAACTTAGGAAACGTGAAAAAAAAAGATATCCATT
65 TTTGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACGTG-AAGAAAAAGATATCCATT
* * * * *
9689 GA-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGTCTTTAAAAGCCTTATTACTAGCATTAAATATT
129 GAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* * *
9753 TTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTTTATTAAAATAAATTATA
194 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATT-TTTT-TATATTTTTTATTAAAATAAATTATA
* * *
9818 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGATGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
256 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAGGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATCTATA
*
9883 GTCACTCATACCTTCGAAAGC
321 GTCACCCATACCTTCGAAAGC
* * * * * * *
9904 CTTATTACTCGCTTTAAATGTCTTTATAACCTCATATTTGATTTTAAGTTTATTTTTGTTTATAT
1 CTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTT-TTTATA-
* * * **
9969 TTTTTG-TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCT-AC-CATATGAAATGTGAAGAAAAAGGTGCCC
63 TTTTTGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTAACTCA-A-GAAACGTGAAGAAAAAGATATCC
* * * ** * *
10031 ATTG-GCAAGAAGAGTATATTTATTGTCACCCACACCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAAT
126 ATTGAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * *
10095 GGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATA
191 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTATA
* * * * * *
10160 ATTGAATGTCCACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCGAGAAAAGTCAATTTAGA
256 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAGGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATCTATA
* * *
10225 GTCACTCATGCCTTCGAAAGA
321 GTCACCCATACCTTCGAAAGC
* * *
10246 CTTATTACTCGA-TTTAAATAATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTGGAATTTTTTTATAT
1 CTTATTACTC-ACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATAT
** * * * * * * * *
10310 TTTTTCTTAAAACAGATTATAATTGATTGTTTATCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATCCACT
64 TTTTGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATT
* * * *
10375 -AGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAATGGCTTATTACTCGCTTTAAAT
129 GAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
10436 GGCTTTANNN
Statistics
Matches: 1030, Mismatches: 161, Indels: 55
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.00
339 136 0.13
340 52 0.05
341 112 0.11
342 285 0.28
343 58 0.06
344 103 0.10
345 241 0.23
346 35 0.03
347 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
CTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTT
TTGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGA
GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGA
ATGTCTACCTCAAGAAACAGGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATCTATAGTCAC
CCATACCTTCGAAAGC
Found at i:10191 original size:687 final size:680
Alignment explanation
Indices: 8877--10442 Score: 1845
Period size: 687 Copynumber: 2.3 Consensus size: 680
8867 NNNNNNNNNN
*
8877 CTTATTACTCATTTTAAATATTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATT
1 CTTATTACTCATTTTAAATATTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAG-TGAATTTTTTTATATT
* * *
8942 TTATATTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTG
65 TT-TATTAAAATAAATAATAATTGAATGTTTAACTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * * ********** * * *
9007 GCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATGCCNNNNNNNNNNTTATTACTCGCTTTAAATGGCTT
129 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTAGCATTAAATAGCTT
* * ** * * **
9072 TATAATTTTATATTTGATTTTGAGTTGATTTTTTTATTTTTTTATTAAAATTGATTATAATTGAA
194 TATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGATTTTTTTATTTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAA
* ** *
9137 TGTCTACCTATTGAAATGTAAAGAAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACC
259 TGTCTACCTATAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACC
* * * *
9202 CACACCTTCAAAAGCGTTTTTACTAGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATGGATTTTAAGTT
324 CACACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGTCTTTATAACCTCATAATGGATTTTAAGTT
* * *
9267 CAATTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATAATTATTGAATGTGTACCTCAGGAAACATGAAGAA
389 CAATTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAA
* * * * ** *
9332 AAAGATATCTATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCTTTCAAAAACCTTATTACTC
454 AAAGATACCCATTGAGAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAACCTTATTACTC
* * *
9397 GCTTTAAAAGTATTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTATTAA
519 ACTTTAAAAGTATTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTATTAA
** * * * *
9462 AACAAATTATAATTGAATGTTTACCTCTAGAAATAGGAAGAAAAAGATATTCAGTGGTAAGAAAA
584 AACAAATTATAATTGAATGTCCACCTCAAGAAACAGGAAGAAAAAGATATCCAGTGGCAAGAAAA
* * *
9527 GTCTATCTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGC
649 GTCAATCTAGAGTCACCCATACCTTCGAAAGA
* *
9559 CTTATTACTCATTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTACATT
1 CTTATTACTCATTTTAAATATTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAG-TGAATTTTTTTATATT
* * *
9624 TTTGGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTTTAACTTAGGAAACGTGAAAAAAAAAGATATCCATT
65 TTT-ATTAAAATAAATAATAATTGAATGTTTAACTTAAGAAACGTG-AAGAAAAAGATATCCATT
* **
9689 GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGTCTTTAAAAGCCTTATTACTAGCATTAAATATTT
128 GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTAGCATTAAATAGCT
9754 TTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTTTATTAAAATAAATTATAA
193 TTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTG-ATT-TTTT-TA-TTTTTTTATTAAAATAAATTATAA
* * * * *
9819 TTGAATGTCTACCTCA-AGAAACATGATGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
254 TTGAATGTCTACCT-ATAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATA
* * * * * *
9883 GTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTCTTTATAACCTCATATTTGATTT
318 GTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGTCTTTATAACCTCATAATGGATTT
* * *
9948 TAAGTTTATTTTTGTTTATATTTTTTG-TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCAT-ATGAA
383 TAAGTTCA-ATTT-TTTATA-TTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACC-TCAGGAA
** * * * * * *
10011 ATGTGAAGAAAAAGGTGCCCATTG-GCAAGAAGAGTATATTTATTGTCACCCACACCTTCAAAAG
444 ACATGAAGAAAAAGATACCCATTGAG-AAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAA
* *
10075 TCTTATTACTCACTTTAAATGGT-TTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTG-A-TTTTTTTAT
508 CCTTATTACTCACTTTAAA-AGTATTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTAT
* * *
10137 ATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCCACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCA
572 ATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCCACCTCAAGAAACAGGAAGAAAAAGATATCCA
* * * * *
10202 TTGGCGAGAAAAGTCAATTTAGAGTCACTCATGCCTTCGAAAGA
637 GTGGCAAGAAAAGTCAATCTAGAGTCACCCATACCTTCGAAAGA
* *
10246 CTTATTACTCGA-TTTAAATAATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTGGAATTTTTTTATAT
1 CTTATTACTC-ATTTTAAATATTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGT-GAATTTTTTTATA-
* * * * * * * *
10310 TTTTTCTTAAAACAGATTATAATTGATTGTTTATCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATCCACT
63 TTTTTATTAAAATAAATAATAATTGAATGTTTAACTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATT
* ** * * * * *
10375 -AGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAATGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGC
128 GA-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTAGCATTAAATAGC
10439 TTTA
192 TTTA
10443 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 744, Mismatches: 123, Indels: 30
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
681 1 0.00
682 100 0.13
683 85 0.11
684 3 0.00
685 5 0.01
686 73 0.10
687 329 0.44
688 12 0.02
689 127 0.17
690 9 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (680 bp):
CTTATTACTCATTTTAAATATTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTGAATTTTTTTATATTT
TTATTAAAATAAATAATAATTGAATGTTTAACTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGAC
AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTAGCATTAAATAGCTTTA
TAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGATTTTTTTATTTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATG
TCTACCTATAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCA
CACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGTCTTTATAACCTCATAATGGATTTTAAGTTCA
ATTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAA
AGATACCCATTGAGAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAACCTTATTACTCAC
TTTAAAAGTATTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTATTAAAA
CAAATTATAATTGAATGTCCACCTCAAGAAACAGGAAGAAAAAGATATCCAGTGGCAAGAAAAGT
CAATCTAGAGTCACCCATACCTTCGAAAGA
Found at i:10952 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 10541--10971 Score: 448
Period size: 170 Copynumber: 2.5 Consensus size: 170
10531 NNNNNNNNNN
* * **
10541 GAAACATGAAGAAAAAGATATCGATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAATCACCCATGACT-TTGA
1 GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTCGCAAGAAAAGGCCATTTATAATCACCCATG-CTCTTGA
* * ** ** *
10605 AAGTCTTATTACTCACTTGAAATGATTTTATAATCTTATAGTTTATTTTAAGTAAAATTTTTTTA
65 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCCCATAGTTTATTTTAAGTAAAATTTGTTTA
*
10670 TATTTTTTTCAAAACAGATTGTAATTGAATGTGTACCTAGA
130 TATTTTTTTCAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTAGA
* * * * * *
10711 GAAACGTGAATAAAAAGATATCCATTCGCAAGAAAAGGCCTTTTATAGTCACCCATTC-CTTCAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTCGCAAGAAAAGGCCATTTATAATCACCCATGCTCTT-GA
* **
10775 AAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGCTTTATAATCCCATA-TTTGATTTT-AGATTGAATTTGTT
65 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCCCATAGTTT-ATTTTAAG-TAAAATTTGTT
* *
10838 TATGTTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-GTTACCTTA-A
128 TAT-ATTTTTT-TCAAAACAGATTATAATTGAATGTG-TACC-TAGA
* * * *
10883 G-AACTATGAAGAAAAAGGTATTCATT-GATAAG-AAAGGCCCATTTATAATCACTCATGCTCTT
1 GAAAC-ATGAAGAAAAAGATATCCATTCG-CAAGAAAAGG-CCATTTATAATCACCCATGCTCTT
*
10945 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
63 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
10972 TTTNNNNNNN
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 35, Indels: 22
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.04
170 98 0.46
171 16 0.07
172 87 0.41
173 5 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTCGCAAGAAAAGGCCATTTATAATCACCCATGCTCTTGAA
AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCCCATAGTTTATTTTAAGTAAAATTTGTTTAT
ATTTTTTTCAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTAGA
Found at i:11563 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 11202--11585 Score: 414
Period size: 170 Copynumber: 2.3 Consensus size: 171
11192 NNNNNNNNNN
* * *
11202 AATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAA-TCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGT-GAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAGTGAC
** * * ** *
11266 TCTAAATAGACTTTTCTCACCAATAGATATCTTTTTTTTCATGTTTCTTGAGGTGGACATTCAAT
65 AATAAATAGACTTTTCTCACCAATAGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTACAGGTAGACATTCAAT
* **********
11331 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAANNNNNNNNNNAA
130 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAAAAAACTTAA
* **
11373 AATCAATTATGAGATTATAAAATCGTTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGTTTGAGTGACA
1 AATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAGTGACA
* ** *
11438 ATAAATATACTTTTCTTGCCAAT-GGTATCTTTTTCTTCACGTTTC-ACATGGTAGACATTCAAT
66 ATAAATAGACTTTTCTCACCAATAGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTACA-GGTAGACATTCAAT
* *
11501 TATTATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAAAAAACTTAA
130 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAAAAAACTTAA
* * ** *
11543 AATCAAATATGAGGTTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAG
1 AATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAG
11586 GCTTNNNNNN
Statistics
Matches: 175, Mismatches: 36, Indels: 5
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 98 0.56
171 75 0.43
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
AATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAGTGACA
ATAAATAGACTTTTCTCACCAATAGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTACAGGTAGACATTCAATT
ATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAAAAAACTTAA
Found at i:12189 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 12012--14190 Score: 1652
Period size: 171 Copynumber: 12.7 Consensus size: 171
12002 NNNNNAAAAT
* * * * * *
12012 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAGATAGACTTTTCTTACCAGTGAATATCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTT
* * * * *
12077 TTCTTCCCATTTCGAAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATGAAAAAATT
66 TTCTTCACATTTCTATAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATT
* * * *
12142 CTACTTATAATTAATTATAAGATTATAAAAACGTTTAAAGC
131 CTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGC
* * * * * *
12183 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGTGTGACTGTAAATGAACTTTTCTTCCCAATGGATATCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTT
** * * * * ** *
12248 TTCTTCATGTTTC-ATGAGGCAGACATTCAATAATTATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
66 TTCTTCACATTTCTAT-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAT
** * *
12312 TGAACTTATAATCTATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGC
130 TCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGC
* * ********** ** *
12354 TAGTAAAAANNNNNNNNNNGGTGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTT
* * * *
12419 TTCTTTACATTTC-ATTAGGTAGGCATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAACATAAAAAAAT
66 TTCTTCACATTTCTA-TAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAT
* * * **
12483 T-TAACTCAAAATTAAATATGA-ATTATAAAGCCATTTAAAGC
130 TCT-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGC
* * ********** *
12524 GAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCATAGGTGACTATAANNNNNNNNNNCTTGCCAATGGATATCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTT
* * * * *
12589 TTCTTCACGTTTCTCA-AGGTAGACATACAATTATAATTTATTTTAATAAAAAATAT-TAAAAAT
66 TTCTTCACATTTCT-ATAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAT
* * * *
12652 TTTATTTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGC
130 TCTA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGC
* * * * *
12695 AAGTAATAAGGCCTTT-GAAGGCATGGATGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-AGGTGTCT
1 GAGTAATAAGG-CTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATATCT
** ** * * * * ****
12758 TTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAATATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATGCGTAAAAA
64 TTTTCTTCACATTTCTATAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
* * * * * *********
12823 TTCAAGTTCAAATCAATTACGAGATTCTAAAAA-NNNNNNNNN
129 TTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGC
* * * * * * **
12865 NACGTAATAAGGCTTTTGAAGACATAGGTGATTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGGCTT
1 GA-GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTT
** ** * * * ** *
12930 TTTCTTCAGGTTTCCCTAGGTCA-ACATTCAGTTATTATTTGTTTTAATTGAAAATGTAAAAAAA
65 TTTCTTCACATTTCTATAGGT-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
* *
12994 TTC-AGCTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
129 TTCTA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGC
** * ** * * ** *
13037 GAGTAATAAGATTTTCAAAGGCATGAATGACTATAAATGGGCCTTTCTTATCATTGAATA-CTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATC-TT
* * * *
13101 TTTCTT--CATTGGTCTTTAGGTAAACATTCAATTATAAACTGTTTTAATAAAAAAATATAAACA
65 TTTCTTCACATT--TCTATAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAAATATAAAAA
* * * * **
13164 AATTCAACCTAAAGTCAAATATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGC
127 AATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGC
* * * * * *
13209 AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAAGGCCTTTTCCTACCAATGGATATCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTT
* * ** *
13274 TTCTTCACATTTCTCTTGGTAGACATTCAATTACCATCTGTTTTAA-AAAAAATGTAAAAAAATT
66 TTCTTCACATTTCTATAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATT
* * * *
13338 -TAACTTAAATTCAACTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGT
131 CT-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGC
* ** * * * *
13379 GAGTAATAAGACTTTCGAAGTTATGGTTGATTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGGATATCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTT
** * * * * * * *
13444 TTCTTCATGTTTCTAGAGGCAGACATTCAATAATTATCTATTTTAATAAAAAATGTAAGAAAATT
66 TTCTTCACATTTCTATAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATT
** * *
13509 AAACTTATAATCTATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGC
131 CTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGC
* * * ** *
13550 TAGCAAAAAGGCTTTCGAAGGTGTGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTT
* * * *
13615 TTCTTTACATTTC-ATTAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAAT
66 TTCTTCACATTTCTA-TAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAT
* * * **
13679 T-TAACTCAAAATCAAATATGAAATTATAAAGCCATTTAAAGC
130 TCT-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGC
* * * ********** *
13721 GAATAATAAGGCTTCCGAAGGTATGGGTGACTATANNNNNNNNNNTCTTGCCAATGGATATCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTT
* * * *
13786 TTCTTCACGTTAT-TCA-AGGTAGACATACAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATAT-TAAAAA
66 TTCTTCACATT-TCT-ATAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
* * * **********
13848 TTTTAATTTAAAATCAATTATTAGATTANNNNNNNNNNTAAAGC
129 TTCT-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGC
* * * **
13892 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGGTATCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTT
* * * * * * * * *
13957 TTCTTTACATTTCCCA-AGTTAGACATTCAATTATTATTTATTTTAACATAAAATGA-AAAAACA
66 TTCTTCACATTT-CTATAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT-ATAAAAAAA
* * * * **
14020 TTCAACATAAAATCAATAATGAGATTATAAAAATATTTAAAAT
129 TTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGC
* * * * *
14063 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGAGTATAGATGGACTTTTCTTGCCAGTGAATATCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTT
* *
14128 TTCTTC-CTATTTCTAGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
66 TTCTTCAC-ATTTCTATAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
14191 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1551, Mismatches: 414, Indels: 86
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 10 0.01
170 277 0.18
171 1100 0.71
172 157 0.10
173 3 0.00
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTT
TTCTTCACATTTCTATAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATT
CTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGC
Found at i:15492 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15128--15856 Score: 603
Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 170
15118 NNNNGGTATG
* * * *
15128 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCCTTTTCTTCATATTTC-CTATGGCAGAC
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCACTGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC-A-GGCAGAC
* * * * **
15192 ATTCAATAATTATCTGTTTTCATGAAACACATG--AAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGA
64 ATTCAATTATTATTTATTTTAACCAAA-A-ATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * ***********
15255 TGATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTNNNNNNNNNNG
127 TTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAA-AAAGCATTCTGAAGGCATA
* *
15299 GGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACCACTGGATATCTTTTTCTTCATGTTTTTCATGGCAGACA
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCACTGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCA-GGCAGACA
**********
15364 TTCAATTATTATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAACAANNNNNNNNNNAATCAATTATGAGATT
65 TTCAATTATTATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATT
**
15429 ATAAAAATATTTAAAGTGAGTAAAAAGCATTCTGAAGGCATA
129 ATAAAAATATTTAAAGCAAGTAAAAAGCATTCTGAAGGCATA
** * * * ** * *
15471 GGTGACTATAAATAAACTTTTCTTCCCAATGAATATCTTTTTCTTCCCGTTTCCCGGGGCAGACA
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCACTGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AGGCAGACA
* * * * * * *
15536 TTTAATTATTATGTGTTTTTACTAAAAATGTAAAAATATTCAATTTAAAATCCATTATGAGATTA
65 TTCAATTATTATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
15601 TAAAAATATTTAAAGCAAGTAAAAAGCTTTTTGAAGGCATG
130 TAAAAATATTTAAAGCAAGTAAAAAGCATTCTGAAGGCATA
* * * *
15642 GGTGACTATAAACGGACTTTTCTTACCACCGGATATC---TTATTCATGTTTCTCGAGGTAGACA
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCACTGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AGGCAGACA
* * * *
15704 TTCAATTATTATTTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCCATTATGAGATTA
65 TTCAATTATTATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * ** *
15769 T-AAAACATTTAAAGCTAGT-AAAAGAACTTTTGAAGGTGTG
130 TAAAAATATTTAAAGCAAGTAAAAAGCA-TTCTGAAGGCATA
* * * * *
15809 GGTGATTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATATCTTTTTCTTCAT
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCACTGGATATCTTTTTCTTCAT
15857 ATTTTTTGAG
Statistics
Matches: 442, Mismatches: 106, Indels: 21
0.78 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
166 5 0.01
167 57 0.13
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170 8 0.02
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCACTGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAGGCAGACAT
TCAATTATTATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAAATATTTAAAGCAAGTAAAAAGCATTCTGAAGGCATA
Found at i:17062 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 16629--17638 Score: 802
Period size: 171 Copynumber: 5.9 Consensus size: 171
16619 NNNNNCATGG
* * * *
16629 GATTATAAAAATATTTAAA-ATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTAACTATAGATAGACT
1 GATTATAAAAATATTTAAAGCTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGAC-
* * * *
16693 TTTTCTTACCAATAAATATCTTTTTCTTTC-CGTTTCTTGAGGTAGAGATTCAATTATAATCTGT
65 TTTTCTTGCCAATAAATATCTTTTTC-TTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGT
********* * *
16757 TTTAATAANNNNNNNNNNAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAA
129 TTTAATAA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
16801 GATTATAAAAATATTTAAAGC-GAGTAATAAGGTTTTTAAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACT
1 GATTATAAAAATATTTAAAGCTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACT
********** * *
16865 TTTCTTGCCANNNNNNNNNNTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATAATTATCTGTTT
66 TTTCTTGCCAATAAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTT
* * * *
16930 TAATGAAACACGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCCATTATGA
131 TAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* ** * * *
16972 GATTATAAAAATA-TTAAAACTGACCAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAAT
1 GATTATAAAAATATTTAAAGCTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACT
* ** * * * *
17036 TTTCTTGCCACTGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACACTCAATTATTATTTATTT
66 TTTCTTGCCAATAAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTT
* *** **
17101 TAATAAAAATGTAAAGAAATT-TGTTTCAAAATCTGTTAT-A
131 TAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGA
* * * *
17141 CGATTATAAAAACATTTAAAGC-GAGTAAAAAGCCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGAC
1 -GATTATAAAAATATTTAAAGCTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGAC
* ** *
17205 TTTTCTTACCAATAAATATCTTTTTCTTTCCA--TTTCCCGGGGTAGACATTCAATTATTATCTG
65 TTTTCTTGCCAATAAATATCTTTTTC-TT-CATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTG
********* * *
17268 TTTNNNNNNNNNNTGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCTATTATGA
128 TTT-TAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
17313 GATTATAAAAATATTTAAAGCT-AGTAAAAATGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTACAAGTAGACT
1 GATTATAAAAATATTTAAAGCTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACT
* * *** * *
17377 TTTCTTGCGAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTT
66 TTTCTTGCCAATAAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTT
* * * *
17442 TAAAAAAATATATAAAAAAATTCAACTTAAAATGAAATATGA
131 TAATAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
*** * **********
17484 GATTATAAAGCCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCGNNNNNNNNNNTGACTATAAATAGACT
1 GATTATAAAAATATTTAAAGCTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACT
* ** * * *
17548 TTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATATTTC-TGAGGTGGACATTCAATTATAATCTGTTT
66 TTTCTTGCCAATAAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTT
* *
17612 TAATTAAAAATATAAAAAAATTTAACT
131 TAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
17639 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 663, Mismatches: 157, Indels: 38
0.77 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 175 0.26
171 422 0.64
172 60 0.09
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
GATTATAAAAATATTTAAAGCTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACT
TTTCTTGCCAATAAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTT
TAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
Found at i:17596 original size:341 final size:331
Alignment explanation
Indices: 16941--17612 Score: 688
Period size: 341 Copynumber: 2.0 Consensus size: 331
16931 AATGAAACAC
* *
16941 GTAAAAAAATTCAATTTAAAATCCATTATGAGATTATAAAAATATTAAAACTGACCAATAAGGCT
1 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCCATTATGAGATTATAAAAATATTAAAACTGACCAAAAAGGCT
* * * *
17006 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTGCCACTGGATATCTTTTTCTTCATGTTTC
66 TTTGAAGGCATGGGTGACTACAAATAGAATTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTC
*** * * * * *** **
17071 TTGAGGCAGACACTCAATTATTATTTATTTTAATAAAAATGTAAAGAAATTTGTTTCAAAATCTG
131 CCAAGGCAGACACTCAATTATAATTTATTTTAAAAAAAATATAAAAAAATTAACTTCAAAATCAA
*
17136 TTATACGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAAT
196 ATATACGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAAT
* *
17201 AGACTTTTCTTACCAATAAATATCTTTTTCTTTCCATTTCCCGGGGTAGACATTCAATTATTATC
261 AGACTTTTCTTACCAATAAATATCTTTTTCTTTCCATTTCCCGAGGTAGACATTCAATTATAATC
17266 TGTTTNNNNNNNNNNT
326 TGTTT----------T
* * * ** *
17282 GTAAAAAGATTCAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCT-AGTAAAAATGC
1 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCCATTATGAGATTATAAAAATA-TTAAAACTGACCAAAAAGGC
* * * *
17346 TTTTGAAGGTATGGGTGACTACAAGTAGACTTTTCTTGCGAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTT
65 TTTTGAAGGCATGGGTGACTACAAATAGAATTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTT
* * *
17411 CCCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAAAAAAATATATAAAAAAATTCAACTT-AAAAT
130 CCCAAGGCAGACACTCAATTATAATTTATTTTAAAAAAA-ATATAAAAAAATT-AACTTCAAAAT
* ** * * **********
17475 GAAATATGA-GATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGNNNNNNNNNNTGACTAT
193 CAAATAT-ACGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTTTCGAAGGTATGGGTGACTAT
** * * *
17539 AAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTC-TT-CATATTTCTGAGGTGGACATTCAATTA
257 AAATAGACTTTTCTTACCAATAAATATCTTTTTCTTTCCAT-TTCCCGAGGTAGACATTCAATTA
17602 TAATCTGTTTT
321 TAATCTGTTTT
17613 AATTAAAAAT
Statistics
Matches: 272, Mismatches: 54, Indels: 20
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
331 1 0.00
340 3 0.01
341 166 0.61
342 99 0.36
343 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (331 bp):
GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCCATTATGAGATTATAAAAATATTAAAACTGACCAAAAAGGCT
TTTGAAGGCATGGGTGACTACAAATAGAATTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTC
CCAAGGCAGACACTCAATTATAATTTATTTTAAAAAAAATATAAAAAAATTAACTTCAAAATCAA
ATATACGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAAT
AGACTTTTCTTACCAATAAATATCTTTTTCTTTCCATTTCCCGAGGTAGACATTCAATTATAATC
TGTTTT
Found at i:18607 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 18075--18889 Score: 573
Period size: 171 Copynumber: 4.8 Consensus size: 168
18065 NNTTTAAAAT
* * * * * *
18075 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAGA-TAGACTTTTTCTTGCCAATAAATATCT
1 GAGTAA-AAAGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATA-ACTAGAC-TTTTCTTACCAATGAATATCT
* * * * * * * *
18139 TTTTCTTTC-CGTTTCTTGAGGTAGAGATTCAATTATAATATTTTTTAATAAAAAATATAAAAAA
63 TTTTC-TTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATTATCTATTTTAATCAAAAATGT-AAAAA
** * * *
18203 AATTCAACCTCAAATCAATTATAAGATTAT-AAAATATTTATAGC
126 AATTCAATTTAAAATCTATTAT-AGATTATAAAAAT-TTTAAAGC
** * * * * * * **********
18247 GAGTAATAGGGTTTTTAAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTNNNNNNNNNNATGAATATCTTT
1 GAGTAA-AAAGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAACTAGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTT
* * * * * *
18312 TTCTTCATGTTTCTTCAGGCAGACATTCAATAATTATCTATTTTAATGAAACACGTGAAAAAATT
65 TTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATTATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
* *
18377 CAATTTAAAATCCATTATGAGATTATAAAAATATTAAAAGC
130 CAATTTAAAATCTATTAT-AGATTATAAAAAT-TTTAAAGC
* * ********** * * *
18418 GAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACNNNNNNNNNNCTTTTCTTGCCACTGGATATCTTT
1 GAGTAA-AAAGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAACTAGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTT
* *
18483 TTCCTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATTATTTATTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATT
65 TTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATTATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
** *
18547 CGTTTTAAAATCTGTTATACGATTATAAAAACTTTTAAAGC
130 CAATTTAAAATCTATTATA-GATTATAAAAA-TTTTAAAGC
* *
18588 GAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAACTAGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTT
1 GAGTAAAAAG-CTTTTGAAGGCATGGATGACTATAACTAGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTT
* * * * *
18653 TTCTTTC-CGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAGT
65 TTC-TTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATTATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * *
18717 TCAACTTAAAATCTATTAGGAGATTATAAAAAGATTTAAAAC
129 TCAATTTAAAATCTATTA-TAGATTATAAAAA-TTTTAAAGC
* * * * * * * * *
18759 TAGTAAAAATGCTTTTGAA-GCTGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCGAACGAATATTTT
1 GAGTAAAAA-GCTTTTGAAGGC-ATGGATGACTATAACTAGACTTTTCTTACCAATGAATA-TCT
* * * * * *
18823 TTTTCTTCATGTTTCCCT-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA
63 TTTTCTTCATGTTT-CTTGAGGCAGACATTCAATTATTATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAA
18887 ATT
127 ATT
18890 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 505, Mismatches: 124, Indels: 28
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 161 0.32
171 246 0.49
172 91 0.18
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
GAGTAAAAAGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAACTAGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTT
TCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATTATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTC
AATTTAAAATCTATTATAGATTATAAAAATTTTAAAGC
Found at i:19261 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 18962--19300 Score: 434
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
18952 NNNNNNNNNN
* * * * * *
18962 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCGATGGATATCT
1 GCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGAATATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATATCT
** * *
19027 TTTTCTTCATATTTCTTGAGGAAAATATTCAATAATTATCTATTTTAATGAAACAAGTAAAAAAA
66 TTTTCTTCATATTTCTCAAGGAAAACATTCAATAATTATCTATTTTAATGAAACAAATAAAAAAA
*
19092 TATAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAA
131 TATAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAA
19133 GCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGAATATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATATCT
1 GCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGAATATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATATCT
* ** * * * *
19198 TTTTCTTCATGTTT-TCCAAGTTAGACATTCAATTATT-TTTGGTTTTAGAT-AAA-AATATAAA
66 TTTTCTTCATATTTCT-CAAGGAAAACATTCAATAATTATCT-ATTTTA-ATGAAACAA-ATAAA
* *
19259 AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTT
127 AAAATATAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTT
19301 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 20, Indels: 8
0.84 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.03
171 137 0.95
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
GCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGAATATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATATCT
TTTTCTTCATATTTCTCAAGGAAAACATTCAATAATTATCTATTTTAATGAAACAAATAAAAAAA
TATAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAA
Found at i:19767 original size:171 final size:159
Alignment explanation
Indices: 19455--19767 Score: 315
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 159
19445 NNTTTAAAGC
* * *
19455 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGTCATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATGTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTT
* * *
19520 TTCTTCAAGTTTCCTGAGACAGACATTCAATAATTATCAGTTTTAATGAAACACATAAAAAAATT
66 TTCTTCAAGTTTCCTAAGACAGACATTCAATAATTATCAGTTTTAATGAAAAACATAAAAAAATA
* **
19585 CAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAANNNNNNNNNNNNT
131 AAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA------------T
* * *
19626 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCATTGGATATCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTT
* * * * ** *
19691 TT-TTACATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATTATTTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAA
66 TTCTT-CAAGTTTCCTAAGACAGACATTCAATAATTATCAGTTTTAA-TGAAAAACATAAAAAAA
19754 TAAAACCTAAAATC
129 TAAAACCTAAAATC
19768 CATTGTTGGA
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 19, Indels: 4
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.02
171 118 0.98
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (159 bp):
GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTT
TTCTTCAAGTTTCCTAAGACAGACATTCAATAATTATCAGTTTTAATGAAAAACATAAAAAAATA
AAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAT
Found at i:20260 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 19967--21107 Score: 985
Period size: 171 Copynumber: 6.7 Consensus size: 171
19957 NNNNNNNNNN
* * * * *
19967 AGACATGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGCCACTAGATATCTTTTTCTTCATGTTT-CTCGA
1 AGACGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AA
* ** * * ** *
20031 GGTAGACATTCAATTATTATTTATTTTAACCAAAAATATAAAATAATTTGACTTAAAATTAATTA
65 GGCAGACATTCAATTATTATCAATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * *
20096 TGAGATTTTAAAAATAATTAAAACGAGTAAAAAGCCTTTTGA
130 TGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTTTTGA
* *
20138 AGGCGTGGGTGACTATAAATGAACCTTTT-TTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAA
1 AGACGTGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAA
* * * * * * * *
20202 AGCAGACATTCAATAATTATCAATTTTAATGAAACATGTAAACAAATTTAATTTAAAATCAATTA
65 GGCAGACATTCAATTATTATCAATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * *
20267 TGAGATTTTAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
130 TGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTTTTGA
* * * * * *
20309 AGACATGGGTGACT-TAAATGGACTTTTCTTGCCAGTAGATATCTTTTTCTTCTTGTTTCTTGAG
1 AGACGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAG
* ** * * *
20373 GCAGACCTTCAATTATTATTTATTTTAATCAAAAACATAAAAAAATTCGATTTAAAATCAATTAT
66 GCAGACATTCAATTATTATCAATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * *
20438 GAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAAAAAGCATTTTAA
131 GAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTTTTGA
* * * * *
20479 AGGCGTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCCTT-CCAATGAATATCTTTTTCTTCCTGTTTCCCAA
1 AGACGTGGGTGACTATAAATGGACTTTT-CTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAA
* * * * *
20543 GGCAAACATTCAATTATTA-CATGTTTTAA-CAGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTCAAATCTAT
65 GGCAGACATTCAATTATTATCA-ATTTTAATCA-AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * *
20606 TATAATATTATAAAAATATTTCATGCTAATAAAAAGGCTTTTGA
128 TATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTTTTGA
* * * **********
20650 AGATGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTNNNNNNNNNNTAAG
1 AGACGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAG
* * * * * *
20715 GTAGACATTCAATTATAAT-ATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAAATA
66 GCAGACATTCAATTATTATCA-ATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
*** * * * * *
20779 TGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTCGA
130 TGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTTTTGA
* * ********** *
20821 AGGCATGGGTGACTNNNNNNNNNNTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTC-TCATTTCTCT-
1 AGACGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCAT-GTTTC-CTA
** * ** * * *
20884 AGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAA-ATATAATAATTGAACTTAAAATCAATT
64 AGGCAGACATTCAATTATTATCAATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * *
20947 ATGAGATTATAAAAATATTTAATGCGAGTAATATGACTTTTGA
129 ATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTTTTGA
* ** * * * * * *
20990 AGGCAAGTGTGATTATAAATGGGCTTTTCCTGCCAATGGATATCTTTTTTTTCACGTTTCCT-AG
1 AGACGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAG
* **
21054 GTTAGACATTCAATTATTATTTATTTTAATCAAAAATA-AAAAAAATTCAACTTA
66 G-CAGACATTCAATTATTATCAATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
21108 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 770, Mismatches: 183, Indels: 35
0.78 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.01
169 127 0.16
170 167 0.22
171 460 0.60
172 12 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AGACGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAG
GCAGACATTCAATTATTATCAATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTTTTGA
Found at i:20622 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 19967--21107 Score: 1192
Period size: 341 Copynumber: 3.3 Consensus size: 341
19957 NNNNNNNNNN
* * *
19967 AGACATGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGCCACTAGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAG
1 AGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAG
* * * *
20032 GTAGACATTCAATTATTATTTATTTTAACCAAAAATATAAAATAATTTGACTTAAAATTAATTAT
66 GTAGACATTCAATTATTATTTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCGACTTAAAATCAATTAT
* * * *
20097 GAGATTTTAAAAATAATTAAAACGAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGCGTGGGTGACTATAAATGAAC
131 GAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAAAAAG-CTTTTGAAGGCGTGGGTGACTATAAATG-A-
* * * * *
20162 CTTTT-TTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATAATTATCA-A
193 CTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCCTGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATTATCATG
* * * * * *
20225 TTTTAA-TGAAACATGTAAACAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAAATATTTAAA
258 TTTTAACAGAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAT
20289 GCGAGTAATAAGGCTTTTGA
322 GCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* *
20309 AGACATGGGTGACT-TAAATGGACTTTTCTTGCCAGTAGATATCTTTTTCTTCTTGTTTCTTGAG
1 AGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAG
* * * *
20373 GCAGACCTTCAATTATTATTTATTTTAATCAAAAACATAAAAAAATTCGATTTAAAATCAATTAT
66 GTAGACATTCAATTATTATTTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCGACTTAAAATCAATTAT
*
20438 GAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAAAAAGCATTTTAAAGGCGTGGGTGACTATAAATAGAC
131 GAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAAAAAGC-TTTTGAAGGCGTGGGTGACTATAAAT-GAC
* *
20503 TTTTCCTT-CCAATGAATATCTTTTTCTTCCTGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATTA-CATG
194 TTTT-CTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCCTGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATTATCATG
* * * * *
20566 TTTTAACAGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTCAAATCTATTATAATATTATAAAAATATTTCATG
258 TTTTAACAGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAATG
* * *
20631 CTAATAAAAAGGCTTTTGA
323 CGAGTAATAAGGCTTTTGA
** * ********** *
20650 AGATGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT-GAATATCTTTTTCTNNNNNNNNNNTAA
1 AGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAG-ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA
* * * * * * *
20714 GGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAAATA
65 GGTAGACATTCAATTATTATTTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCGACTTAAAATCAATTA
** * * * * * ********
20779 TGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTNNNNNNNNN
130 TGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGT-AAAAAGCTTTTGAAGGCGTGGGTGACT-ATAAATGA
* * * * ** *
20844 NTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTT-CTCATTTCTCTAGATAGACATTCAATTATAATC-T
193 CTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCCT-GTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATTATCAT
* * * *
20907 GTTTTAACA-AAAA-ATATAATAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAT
257 GTTTTAACAGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAT
* *
20970 GCGAGTAATATGACTTTTGA
322 GCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * * * * * * *
20990 AGGCAAGTGTGATTATAAATGGGCTTTTCCTGCCAATGGATATCTTTTTTTTCACGTTTCCT-AG
1 AGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAG
*
21054 GTTAGACATTCAATTATTATTTATTTTAATCAAAAATA-AAAAAAATTCAACTTA
66 G-TAGACATTCAATTATTATTTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCGACTTA
21108 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 656, Mismatches: 128, Indels: 33
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 18 0.03
340 136 0.21
341 292 0.45
342 204 0.31
343 6 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (341 bp):
AGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAG
GTAGACATTCAATTATTATTTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCGACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAAAAAGCTTTTGAAGGCGTGGGTGACTATAAATGACTT
TTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCCTGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATTATCATGTTT
TAACAGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAATGCGA
GTAATAAGGCTTTTGA
Found at i:22308 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 21399--22347 Score: 446
Period size: 171 Copynumber: 5.6 Consensus size: 169
21389 NNNNNNNNNN
* * * * *
21399 GGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTG-TCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTC-CTGAGTTAA
1 GGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCT-AATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAA
* * * * * * * * * *
21462 ACATTTAATTATTATTTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATGAATTATAAGA
64 ACATTCAATTATAATCT-GTTTAAATAAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGA
* ** * *
21527 TTATAAAAATATTTAAAATGAGTAATAAA-GC-TTTCGAAGGCAT
127 TTACAAAAATATTTAAAGCGAATAA-AAAGGCTTTTC-AAGGTAT
* ** * * * **
21570 GGGTGACAATAGGT-GAACTTTTTTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTC-CTGATTT-TTGAGGTA
1 GGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCAC-G-TTTCTCAAGGTA
* * * * ********** * *
21632 AATATTCAATCATAATTTGTTTTAATAAAAAATATAAAACANNNNNNNNNNAAATCAATTATAAG
63 AACATTCAATTATAATCTGTTTAAATAAAAAATA-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAAATATGAG
* * ** * * * *
21697 ATTATAAAAACAGGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCAT
126 ATTACAAAAATATTTAAAGCGAATAAAAAGGCTTTTCAAGGTAT
* * * * ********* * *
21741 GGGAGACTATAAATAGAATTTTCTTGCTAATGGATATATTTTTCNNNNNNNNNNCT-GAGGTAGA
1 GGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTC-TTCACGTTTCTCAAGGTAAA
* * ** * * * *
21805 CATTCAATAATTATCAATTTTAATAAAACACATAAAATAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGAT
65 CATTCAATTATAATCTGTTTAAATAAAA-A-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGAT
* ********* * * *
21870 TATAAANNNNNNNNNNA-C-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
128 TACAAA-AATATTTAAAGCGAA-TAAAAAGGCTTTTCAAGGTAT
* * * * * * * ** ** *
21912 GGATGACTATAAATGGGCTTTTTTTGCCACTGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAGAC
1 GGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAAC
* * * * *
21977 ATTCAATTATTATCTGTTTGAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATTCTATTATGAGATT
66 ATTCAATTATAATCTGTTTAAAT-AAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATT
* * * * *
22042 ATAAAAATATTTACAGCTAATAAAAAGGCTTTTGAAGGTGT
129 ACAAAAATATTTAAAGCGAATAAAAAGGCTTTTCAAGGTAT
*
22083 GGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTATTCACGTTTCTCAAGGTAAAC
1 GGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAAC
* *
22148 ATTCAATTATAATCTATTTAAATAAAATAATAAATAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTA
66 ATTCAATTATAATCTGTTTAAATAAAA-AATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTA
** * *
22213 CAAAGTTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAATGGTAT
130 CAAAAATATTTAAAGCGAATAAAAAGGCTTTTCAA-GGTAT
********** * * *
22253 -GGTGACTATAAATAGACTTTTCTNNNNNNNNNNTATCTTTTTCTTCACATTTCTCAAAGTAAAT
1 GGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAAC
* *
22317 ATACAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATA
66 ATTCAATTATAATCTGTTTAAATAAAAAATA
22348 TANNNNNNNN
Statistics
Matches: 588, Mismatches: 167, Indels: 49
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.01
169 81 0.14
170 83 0.14
171 398 0.68
172 19 0.03
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
GGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAAC
ATTCAATTATAATCTGTTTAAATAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTAC
AAAAATATTTAAAGCGAATAAAAAGGCTTTTCAAGGTAT
Found at i:23838 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 23303--24079 Score: 464
Period size: 170 Copynumber: 4.6 Consensus size: 171
23293 AAAAAATATA
* ** * *
23303 TAAAAAAATTTAATTTAAAATTAATTATACGATTAT-AAAATCATTTAAATCGAGTAATAAGGCT
1 TAAAAAAATTCAAGCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAAT-ATTTAAATCGAGTAATAAGGCT
* * * * * * *
23367 TTTGAAGGCGTGGGTGAATATAAATGGACTTACCTTACCAATGGATATCT-TTTCTTCACGTTTC
65 TTTGAAGGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTCCTTGCCAATGGATATATGTTTCTTAATGTTTC
* * * * * * * * **
23431 CTAAGACAAACATTTAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATA
130 TTGAGACAGACATTCAATAATTATCAGTTTTAATGAAACACG
********** * *
23473 TANNNNNNNNNNA-CTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAAT-GAGTAATAAGGC
1 TAAAAAAATTCAAGC-TAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTT-AAATCGAGTAATAAGGC
* * * * * * * * **
23536 TTTTGAAGGTAT-AGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGTCAA-GTA-ATATCTTTTTTTCCTGT
64 TTTTGAAGGCATGA-GTGAATATAAATGGACTTTCCTTGCCAATGGATATAT-GTTTCTTAATGT
** * * * * * **
23598 TTC-TGAAGGTAAACATTCAATTATAATCTA-TTTTAATAAAAAATA
127 TTCTTG-AGACAGACATTCAATAATTATC-AGTTTTAATGAAACACG
* ********** * *
23643 TAAAACAATNNNNNNNNNNATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAATCGAATAATAAGGCTG
1 TAAAAAAATTCAAGCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAATCGAGTAATAAGGCTT
* * *
23708 TTGAAGGCATGAGTGAATATAAAAGGACTTTCCTTGCCAATGGATATAT-TTTTTTAATATTT-T
66 TTGAAGGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTCCTTGCCAATGGATATATGTTTCTTAATGTTTCT
* **
23771 CTGAGATAGACATTCAATAATTATTTGTTTTAATGAAACACG
131 -TGAGACAGACATTCAATAATTATCAGTTTTAATGAAACACG
** * * *
23813 TAAAAAAATTCAAGCTAAAATCAATTACCAGATTGTTAAAATATTTATAGT-GAGTAATAAGGCT
1 TAAAAAAATTCAAGCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTA-AATCGAGTAATAAGGCT
********** * * * *
23877 TTTGAAGGCATGNNNNNNNNNNAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATATCTGTTTCTTCATGTTTC
65 TTTGAAGGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTCCTTGCCAATGGATATATGTTTCTTAATGTTTC
* *
23942 TTGAGGCAGATATTCAATAATTATCAGTTTTAATGAAACACG
130 TTGAGACAGACATTCAATAATTATCAGTTTTAATGAAACACG
* ** * * * *
23984 TAAAAAAATTGAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGGGTAATATGACTT
1 TAAAAAAATTCAAGCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAATCGAGTAATAAGGCTT
*
24049 TTGAAGGCAT-AGGTGACTATAAATGGACTTT
66 TTGAAGGCATGA-GTGAATATAAATGGACTTT
24080 TTTTGTTATT
Statistics
Matches: 450, Mismatches: 136, Indels: 41
0.72 0.22 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 7 0.02
170 303 0.67
171 132 0.29
172 5 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TAAAAAAATTCAAGCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAATCGAGTAATAAGGCTT
TTGAAGGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTCCTTGCCAATGGATATATGTTTCTTAATGTTTCT
TGAGACAGACATTCAATAATTATCAGTTTTAATGAAACACG
Found at i:24095 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 23056--24723 Score: 789
Period size: 171 Copynumber: 9.8 Consensus size: 170
23046 NNNNNNNNNN
* * * * **
23056 TTTTCTTGTCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTT-TTCGAGATAGACATTCAATTACAATCTGT
1 TTTTCTTGCCAATGGATATC-TTTTCTTCATGTTTCTT-GAGGTAGACATTCAATAATTATCTGT
* * * **********
23120 TTTAA--AAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTA-NNNNNNNNNNAAATCATTTAAAG
64 TTTAATGAAACACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAAT-ATTTAAAG
* * * * * *
23182 TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGTG-ATGGGCGATTATAAATGCAC
128 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GCATGAGTGAATATAAATGGAC
* * * * *********
23225 TTTTCTTGCCAATGGATATCCTTATCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTANNNNNNNNN
1 TTTTCTTGCCAATGGATAT-CTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATAATTATCTGTT
** ** * ** * * * * *
23290 NCAAAAAAATATATAAAAAAATTTAATTTAAAATTAATTATACGATTAT-AAAATCATTTAAATC
65 TTAATGAAACACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAAT-ATTTAAAGC
* *
23354 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCGTGGGTGAATATAAATGGAC
129 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGAATATAAATGGAC
** * * * * ** * * *
23396 TTACCTTACCAATGGATATCTTTTCTTCACGTTTCCTAAGACAAACATTTAATTATTATCTGTTT
1 TTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATAATTATCTGTTT
* * ** ********** * * **
23461 TAATCAAAAATATANNNNNNNNNNACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAATGA
66 TAATGAAACACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGA
* * *
23526 GTAATAAGGCTTTTGAAGGTAT-AGGTGACTATAGATGGAC
131 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGAATATAAATGGAC
* * * * * * * *
23566 TTTTCTTGTCAA-GTAATATCTTTTTTTCCTGTTTC-TGAAGGTAAACATTCAATTATAATCTAT
1 TTTTCTTGCCAATG-GATATCTTTTCTTCATGTTTCTTG-AGGTAGACATTCAATAATTATCTGT
* * ** * ********** *
23629 TTTAATAAAAAATATAAAACAATNNNNNNNNNNATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAATC
64 TTTAATGAAACACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGC
* * *
23694 GAATAATAAGGCTGTTGAAGGCATGAGTGAATATAAAAGGAC
129 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGAATATAAATGGAC
* * * * * * *
23736 TTTCCTTGCCAATGGATATATTTTTTTAATATTT-TCTGAGATAGACATTCAATAATTATTTGTT
1 TTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTCTTCATGTTTCT-TGAGGTAGACATTCAATAATTATCTGTT
** * * * *
23800 TTAATGAAACACGTAAAAAAATTCAAGC-TAAAATCAATTACCAGATTGTTAAAATATTTATAGT
65 TTAATGAAACACGTAAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGC
********** *
23864 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGNNNNNNNNNNAATGAAC
129 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGAATATAAATGGAC
* * *
23906 TTTTCTTGCCAATGGATATCTGTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGATATTCAATAATTATCAGTT
1 TTTTCTTGCCAATGGATATCT-TTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATAATTATCTGTT
* *
23971 TTAATGAAACACGTAAAAAAATTGAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCG
65 TTAATGAAACACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCG
* * * *
24036 GGTAATATGACTTTTGAAGGCAT-AGGTGACTATAAATGGAC
130 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGAATATAAATGGAC
* ** * * ** * *
24077 TTTTTTTGTTATTGGATATCTTTTTCTTCACGTTTC-CCATGGTAAACATTCAATTATTATCTGT
1 TTTTCTTGCCAATGGATATC-TTTTCTTCATGTTTCTTGA-GGTAGACATTCAATAATTATCTGT
** * ** * * * * ***
24141 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAATTCCATTATGAGATTATAAAAATATTTANNNN
64 TTTAATGAAACACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTA-AAG
****** ** * *
24206 NNNNNNA-AAGGCTTTTGAAGGTGTGAGTGACTATAAATAGAC
128 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGAATATAAATGGAC
* * * * * * * * * *
24248 TTTTCTTACCAATGAATATATTTTTATTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT
1 TTTTCTTGCCAATGGATAT-CTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATAATTATCTGTT
* * * * * * * **** *
24313 TTAATACAAAAATC-T-AAAAAATTTAATTTAAAATCAAATATGAGATTATTAGGCCATTTGAAG
65 TTAAT-GAAACA-CGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAG
** ***********
24376 CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGNNNNNNNNNNCTATAAATGGAC
128 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGAATATAAATGGAC
* ** * * *
24419 TTTTCTTGCCAGTGGATATCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATACAATTATAATCTGTT
1 TTTTCTTGCCAATGGATATCTTTT-CTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATAATTATCTGTT
* * * * * * * *
24484 TTAATGAAAAATC-TAAAAAATTTTAATTTAAAATAAATTATAAGACTATACAAACATTTAAAGC
65 TTAATGAAACA-CGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGC
* ** * * * *
24548 GAGTAATAAGGCTTTCGAAAACATGGGTGACTATAAGTAGAC
129 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGAATATAAATGGAC
* * * * * *
24590 TTTTTTTGCCGATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATTATTTATT
1 TTTTCTTGCCAATGGATATC-TTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATAATTATCTGTT
** * ** * * *
24655 TTAATCGAAA-ATATTAAAAAATTTGACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAATATTTCAAGC
65 TTAAT-GAAACACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGC
*
24719 AAGTA
129 GAGTA
24724 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1118, Mismatches: 348, Indels: 64
0.73 0.23 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 50 0.04
170 374 0.33
171 674 0.60
172 20 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATAATTATCTGTTT
TAATGAAACACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGA
GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGAATATAAATGGAC
Found at i:26603 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 26354--27255 Score: 962
Period size: 172 Copynumber: 5.3 Consensus size: 171
26344 TTTTACTTAA
* * * * * *
26354 AAAAAAATTCAGCGTGAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-TGTTAAAGCTAGTAATAGGGCTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACAT-TTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * *
26418 TC-AAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATACCATTTTCTTCATATTTT
65 TCGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATC-TTTTCTTCATGTTTC
* *
26482 TTGAGGTAAACATTCAGTTATAATCTGTTTTAACAAAAAAATAT
129 TTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATAT
* * * * * ** *
26526 AAACAAATACAACCTAAAATCAAATATGAGAGTATAAAGCCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
** * * * *
26591 CGAAA-GCATGGGTGACTATAAATGGACTTACCTTACCAATGGATATCTTTTCTTGATGTTTCCT
66 CGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTCTTCATGTTTCTT
* ** * * * * *
26655 AAGACAAACATTTAATTAT-TTTTCATTTTAATGAAAAATAT
131 GAGGTAAACATTCAATTATAATCT-GTTTTAATAAAAAATAT
* **
26696 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
26761 -TAAAGGTATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGTCAA-GTAATAT-TATTTTTTC-TCGTTT
66 CGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-AATATCT-TTTCTTCAT-GTTT
* *
26822 CTGGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT
128 CTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT
* * * *
26866 AAAAAAATTCAACTTAAACTCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGCCATT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * **
26931 CG-AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAGTGGATATCTTTTTCTTCACATTTCT
66 CGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATC-TTTTCTTCATGTTTCT
*
26995 TGAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT
130 TGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT
* * * *
27037 AAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAACGAGTAATAAGGCTT
1 -AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * *
27102 T-TAAAGGTAAGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTGTTTCTTCATGTTTC
65 TCGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCT-TTTCTTCATGTTTC
* * * * * * **
27166 TTGAGGCAGACATTTAATAATAAT-TAGTTTTAATGAAACACGT
129 TTGAGGTAAACATTCAATTATAATCT-GTTTTAATAAAAAATAT
* * * *
27209 AAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTCTAAGATTATAAAAATATTTAA
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAA
27256 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 607, Mismatches: 106, Indels: 35
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 231 0.38
171 132 0.22
172 234 0.39
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
CGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTCTTCATGTTTCTT
GAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT
Found at i:26753 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 26354--27255 Score: 971
Period size: 170 Copynumber: 5.3 Consensus size: 171
26344 TTTTACTTAA
* * * * * * * *
26354 AAAAAAATTCAGCGTGAAATCAATTATGAGATTAT-AAAATCTGTTAAAGCTAGTAATAGGGCTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATAT-TTAAAACGAGTAATAAGGCTT
* * * *
26418 TC-AAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATACCATTTTCTTCATATTTT
65 TCGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATC-TTTTCTTCATGTTTC
* * *
26482 TTGAGGTAAACATTCAGTTATAATCTGTTTTAACAAAAAAATAT
129 TTGAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATAT
* * * * * * *** * *
26526 AAACAAATACAACCTAAAATCAAATATGAGAGTATAAAGCCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTT
** * * * *
26591 CGAAA-GCATGGGTGACTATAAATGGACTTACCTTACCAATGGATATCTTTTCTTGATGTTTCCT
66 CGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTCTTCATGTTTCTT
* ** * * * *
26655 AAGACAAACATTTAATTAT-TTTTCATTTTAATGAAAAATAT
131 GAGGTAAACATTTAATTATAATCT-GTTTTAATAAAAAATAT
* *
26696 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
26761 -TAAAGGTATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGTCAA-GTAATAT-TATTTTTTC-TCGTTT
66 CGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-AATATCT-TTTCTTCAT-GTTT
* * *
26822 CTGGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT
128 CTTGAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT
* * * * *
26866 AAAAAAATTCAACTTAAACTCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGCCATT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTT
* * * **
26931 CG-AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAGTGGATATCTTTTTCTTCACATTTCT
66 CGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATC-TTTTCTTCATGTTTCT
26995 TGAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT
130 TGAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT
*
27037 AAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAACGAGTAATAAGGCTT
1 -AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAACGAGTAATAAGGCTT
* * * *
27102 T-TAAAGGTAAGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTGTTTCTTCATGTTTC
65 TCGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCT-TTTCTTCATGTTTC
* * * * * **
27166 TTGAGGCAGACATTTAATAATAAT-TAGTTTTAATGAAACACGT
129 TTGAGGTAAACATTTAATTATAATCT-GTTTTAATAAAAAATAT
* *
27209 AAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTCTAAGATTATAAAAATATTTAA
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAA
27256 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 605, Mismatches: 108, Indels: 35
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 231 0.38
171 132 0.22
172 230 0.38
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTT
CGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTCTTCATGTTTCTT
GAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT
Found at i:27858 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 27451--29676 Score: 1885
Period size: 171 Copynumber: 13.0 Consensus size: 171
27441 NNNNNATTTC
* * * * *
27451 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCTAGTAAAAAGGCTTTTG-AAGGAGTGAGTGACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTA-TGGGTGACTATAA
* * * *
27515 ATGGACTTTTCTTACCAATGAATATATTTTTATTCACGTTT-TCCAAGGTAGACATTCAATTATA
65 ATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATA
* * *
27579 ATCTGTTTTAATACAAAAT-TCTAAAAAATTCAACTTAAAATCA
129 ATCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAAATTAAACTTAAAATCA
* *** **************************
27622 AATATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTATAAA
* *
27687 TGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTGGACATACAATTATAAT
66 TGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT
* *
27752 CTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTTAAATTTAAAATCA
131 CTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCA
* * * * *
27793 ATTCTAAGACTATACAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTATAAA
* * * * * ** * *
27858 TAGG-CTTTTTTTGTCAATGGATGTCTTTTTCATCAAGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATTA
66 T-GGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAA
* ** * **
27922 -CTATTTTAACCAAAAATATAAAAACATTTGACTTAAAATCA
130 TCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCA
* * * * * * ** *
27963 ATTATGAGATTATAAAAATATTTCAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTGAAAGCATGGGTGGTTATGAA
1 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTATAAA
* * * ** * * **
28028 TAGACTTTTTTTACCGGTGAATATCTTTTTCTTC-C-TATTTTCCATTGTAGACATTCAATTACT
66 TGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGT-TTCT-CAAGGTAGACATTCAATTA-T
* * * * *
28091 -ATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAGTCC
128 AATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCA
* * * * * * * *
28134 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCTAGTAAAAAGGCTTTTGAAGATTA-AGGTAACAATAG
1 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-AGTATGGGTGACTATAA
* * * * * * *
28198 ATGGATTTTTTTTGTCAATGGAT-TTTTTTTCTTCCCGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTACAA
65 ATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAA
28262 TCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA-TATAACTTAAAATCA
130 TCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTA-AACTTAAAATCA
* * * * * * * * *
28304 ATTGTAAGATTACAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGCCATTCGAAGGCATGGGTGACTAGAAA
1 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTATAAA
* * * * ** * *
28369 TGAACTTTTCTTGTCAGTGGATATCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAAACATTTAATTATAAT
66 TGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT
* * *
28434 CTATTTTAATAAAAAATATAAAAACAATTCAACTTAAAATTA
131 CTGTTTTAATAAAAAATATAAAAA-AATTAAACTTAAAATCA
* * * * *
28476 ATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTT-TAAAGGTGA-GGGAGACTATA
1 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GT-ATGGGTGACTATA
* * * ** * *
28539 AATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTGTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATAATT
64 AATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
* * * * *
28604 ATCAGTTTTAATGAAACACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
129 ATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCA
* * * * * * *
28647 ATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATGAA
1 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTATAAA
* * * * * * *
28712 TGGACTTTTCTTGTCATTGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAAGTAAACTTTCAATTATTAT
66 TGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT
* *
28777 CTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATTTC-
131 CTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAA-ATCA
* * * *
28818 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCTAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTATAAA
* * * * * * *
28883 TGGACTTTTCTTACCACTGAATATATTTTTATTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAAT
66 TGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT
* * * *
28948 CTGTTTTAATACAAAAATCT-TAAAAATTCAACTTTAAATCA
131 CTGTTTTAATA-AAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCA
* *** * *
28989 AATATGAGATTATAAAGCCATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGTATAGGTGACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GTATGGGTGACTATAA
** * *
29053 ATGGACTTTTCTTATCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGATATACAATTATAA
65 ATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAA
* * * * *
29118 TATGTTTTAATGAAAAAGATAAAAAATTTAAATTTAAAATCA
130 TCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCA
* * * * * * *
29160 ATTATAAGACTATACAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTTACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTATAAA
* * * * ** * * *
29225 TAGACTTTTTTTACCAATAGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGATATTTAATTATTAT
66 TGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT
* * * **
29290 TTATTTTAACT--AAAATATAAAAACATTTGACTTAAAATCA
131 CTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCA
* * * * * * * *
29330 ATTATGAGATTATAAAAATAATTCAAGCAAGTAAAAAGCCTTCCGAAAGCATGGGTGACTATGAA
1 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTATAAA
* * * * * *
29395 TAGACTTTTTTTGCCGATGAATATCTTTTTCTTC-CTGTTTCCCTAGGTAGACATTCAATTACT-
66 TGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCAC-GTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA-TA
* * *
29458 ATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAAATTGAACTTAAAGA-CT
129 ATCTGTTTTAATAAAAAA--TATAAAAAAATTAAACTTAAA-ATCA
* * * * * * * *
29503 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCTACTAAAAAGGCTTTTG-AAGATGTGGGTAACAATAG
1 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-TATGGGTGACTATAA
* * *
29567 ATGGA-TTTT-TTTCATCAATGGATATCTTTTTCTTTC-CGTTTCTTAAGGTAGACATCCAATTA
65 ATGGACTTTTCTTGC--CAATGGATATCTTTTTC-TTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
* *
29629 TAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
127 TAATCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAAATTAAACTTAAAATCA
29675 AT
1 AT
29677 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1633, Mismatches: 377, Indels: 89
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 8 0.00
170 395 0.24
171 915 0.56
172 185 0.11
173 124 0.08
174 5 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTATAAA
TGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT
CTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCA
Found at i:28978 original size:513 final size:508
Alignment explanation
Indices: 27451--31646 Score: 2081
Period size: 513 Copynumber: 8.2 Consensus size: 508
27441 NNNNNATTTC
* * *
27451 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCTAGTAAAAAGGCTTTTGAAG--GAGTGAGTGACTATA
1 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAAAAA-GCTTTTAAAGATGAG-G-GAGACTATA
* * *
27514 AATGGACTTTTCTTACCAATGAATATATTTTTATTCACGTTT-TCCAAGGTAGACATTCAATTAT
63 AATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * * ***
27578 AATCTGTTTTAAT-ACAAAAT-TCTAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAGCC
127 AATCAGTTTTAATGA-AAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAAT
*************************
27641 ATTTAAAGCGAGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
190 ATTTAAAGCGAGTA-ATAAGGCTTTTGAAGAATAGGTAACTAT-AATGGACTTTTCTTGCCAATG
** *
27706 GATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTGGACATACAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT
253 GATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT
* * * * * * *
27771 AAAAAATTTAAATTTAAAATCAATTCTAAGACTATACAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
318 AAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTTT
* * * * * *
27836 CGAAAGTATGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTTTTGTCAATGGATGTCTTTTTCA-TCAAGTTTC
382 CGAAAGCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTG-CCATGAATATCTTTTT-ATTCATGTTTC
** * * ** * **
27899 TTGAGGTAGACATTTAATTATTA-CTATTTTAACCAAAAATATAAAAACATTTGACTTAAAATCA
444 CCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * *
27963 ATTATGAGATTATAAAAATATTTCAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTGAAAGCATG-GGTG-G-TTAT
1 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAAAAAG-CTTTT-AAAG-ATGAGG-GAGACTAT
* * * ** * * **
28025 GAATAGACTTTTTTTACCGGTGAATATCTTTTTCTTC-C-TATTTTCCATTGTAGACATTCAATT
62 AAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGT-TTCT-CAAGGTAGACATTCAATT
* * * * * * *
28088 ACT-ATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAGTCCATTATGAGATTATAAAAA
125 A-TAATCAGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAA
* * * * * * *
28152 TATTTAAAGCTAGTAAAAAGGCTTTTGAAGATTAAGGTAACAATAGATGGATTTTTTTTGTCAAT
189 TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAT-AGGTAACTATA-ATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * *
28217 GGAT-TTTTTTTCTTCCCGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTACAATCTGTTTTAATAAAAAATA
252 GGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATA
* * * *
28281 TAAAAAAATATAACTTAAAATCAATTGTAAGATTACAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGCCAT
317 TAAAAAAAT-TAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTT
* * * * * * ** *
28346 TCGAAGGCATGGGTGACTAGAAATGAACTTTTCTTGTCAGTGGATATCTTTTTCTTCACATTTCT
381 TCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA-TGAATATCTTTTTATTCATGTTTCC
* * * *
28411 TGAGGTAAACATTTAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAACAATTCAACTTAAAATTA
445 CGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCA
* * *
28476 ATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGTGAGGGAGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAA-AAAGCTTTTAAAGATGAGGGAGACTATAAA
* * ** * *
28541 TGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTGTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATAATTAT
65 TGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT
* *
28606 CAGTTTTAATGAAACACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTA
130 CAGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTA
* * * *
28671 AAGCGAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATGAATGGACTTTTCTTGTCATTGGATAT
195 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAATAGGTAACTAT-AATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAT
* * * *
28736 CTTTTTCTTCACGTTTCCCAAAGTAAACTTTCAATTATTATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAA
258 CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAA
* * * * * *
28800 AAATTCAACTTAAATTTC-ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCTAGTAAAAAGGCTTTTGA
322 AAATT-AACTTAAA-ATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTTTCGA
* * * * *
28864 AGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCACTGAATATATTTTTATTCATGTTTCCCAAG
385 AAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA-TGAATATCTTTTTATTCATGTTTCCCGAG
* * * *
28929 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATACAAAAATCT-TAAAAATTCAACTTTAAATCA
449 GTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATA-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* *** * * * *
28989 AATATGAGATTATAAAGCCATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTAT-A-GGTGACTATA
1 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAA-AAAGCTTTTAAA-G-ATGAGGGAGACTATA
* * *
29052 AATGGACTTTTCTTATCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGATATACAATTATA
63 AATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
* * * * * * *
29117 AT-ATGTTTTAATGAAAAAGATAAAAAATTTAAATTTAAAATCAATTATAAGACTATACAAACAT
128 ATCA-GTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATAT
* * * * * * *
29181 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCAT-GAGTTACTATAAATAGACTTTTTTTACCAATAG
192 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGAATAG-GTAACTAT-AATGGACTTTTCTTGCCAATGG
** * * * * * *
29245 ATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGATATTTAATTATTATTTATTTTAACT--AAAATAT
254 ATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATAT
* * * * * * * *
29308 AAAAACATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATAATTCAAGCAAGTAAAAAGCCTTC
318 AAAAA-AATTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTTT
* * * * *
29373 CGAAAGCATGGGTGACTATGAATAGACTTTTTTTGCCGATGAATATCTTTTTCTTCCTGTTTCCC
382 CGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-ATGAATATCTTTTTATTCATGTTTCCC
* * * *
29438 TAGGTAGACATTCAATTACT-ATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAAATTGAACTTAAAGA-
446 GAGGTAGACATTCAATTA-TAATCTATTTTAATAAAAAA--TATAAAAAAATTCAACTTAAA-AT
*
29501 CT
507 CA
* * * * * *
29503 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCTACTAAAAAGGCTTTTGAAGATGTGGGTA-ACAATAG
1 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAAAAA-GCTTTTAAAGATGAGGG-AGACTATAA
* * * *
29567 ATGGA-TTTTTTTCATCAATGGATATCTTTTTCTTTC-CGTTTCTTAAGGTAGACATCCAATTAT
64 ATGGACTTTTCTT-ACCAATGGATATCTTTTTC-TTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* **
29630 AATCTA-TTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNNNNNNNN
127 AATC-AGTTTTAATGAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT---------------TA
*****************************************************************
29694 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
175 TAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAATAGGTAACTATAATGGACT
**********************************************************
29759 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTGTTT
240 TTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * *
29824 TAATAAAAAATATAAAAAAAATAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAATAATATTTAAAGCGAG
305 TAATAAAAAATATAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAG
* * * * * * * *
29889 TAATAAGGCTTT-TAAAGGCAAGGGAGACTATAAAGGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTGTTT
370 TAAAAAGCCTTTCGAAA-GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-ATGAATATCTTTTT
* ** ** * * * * **
29953 CTTCATGTTTCTTGAGACAGACATTCAATAATTATC-AGTTTTAATGAAACACGTAAAAAAATTC
433 ATTCATGTTTCCCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTA-TTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC
*
30017 AATTTAAAATCA
497 AACTTAAAATCA
* * * * * *
30029 ATTATAAAATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGCAT-A-GGTGACTATA
1 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTA-AAAAGCTTTT-AAAG-ATGAGGGAGACTATA
* * * * * * *
30092 AATGGACTTTTCTTATCACTGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCTAGGTAGATATTCAATTTTT
63 AATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
* * * * * * *
30157 ATCTGGTTTAATAAAAAATATAAGAAAATTCAACTTAAATTCCATTATGAGATTATAAAAATATT
128 ATCAGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATT
* * * ** * * * *
30222 TAAAGCTAGTAAAAAGTCTTTTGAAGGTGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT
193 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAATAGGTAACTAT-AATGGACTTTTCTTGCCAATGGAT
* * * * * * *
30287 ATCTTTTTTTTCACATTTCAT-AAGGTAGACATTCAATTATATTCTATTTTAATATAAAATGTAA
256 ATCTTTTTCTTCACGTTTC-TCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAA
* * * * * *
30351 TAAAATTCAACTCAAAATCAAATATAAGATTAT-AAAGCTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
320 AAAAATT-AACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTTTC
* * * * * *
30415 -AAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCTAT-AGATATCTTTTTCTTCACGTTTCT
383 GAAA-GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCATGA-ATATCTTTTTATTCATGTTTCC
* * * *
30478 CTAGGTAGACATACAATTATAATCTA-TTTAATAAAAAATAT-AAAAAATGTTAATTTAAAATCA
445 CGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCA
* * * * * * * *
30541 ATTATAAGACTATACAAATATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTCTGAAGGCATGAGTGA-A-TATA
1 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAA-AAAGCTT-TTAAAG-ATGAGGGAGACTATA
* * ** * ** * *
30604 AATAGAATTTTCTTGTCAATGGATATCTTCTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACACTCAATTATT
63 AATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
** ** ** * * *
30669 ATTTGTTTTAACCAAAAATGCACAAAGATTCAAGTTAAAATC-ATT-TAAG--------------
128 ATCAGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATT
* * ** * *
30718 ----GC-ACGTAATAAAGCTTTTGAAGACAT-GCGTGACTATAAATCAACTTTTCTTGCCAACGA
193 TAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTTGAAGA-ATAG-GTAACTAT-AATGGACTTTTCTTGCCAATGG
* * * *
30777 ATGA-CTTTTTCTTCAGGTTT-TCCAAGGTAAACATTCACTTATTATTTGTTTTAATTAAAAAA-
254 AT-ATCTTTTTCTTCACGTTTCT-CAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAAT
* * * * * * *
30839 GTAAAGAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
316 ATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCT
* * * * * * * **
30904 TTC-AAAGGCATGTGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTAACAATGAATACCATTTTCTTCACATTT
380 TTCGAAA-GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCATGAATATCTTTTTATTCATGTTT
* * * * * *
30968 CTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAATATAAACAAATTCAACCTAAAAT
443 CCCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
31033 CA
507 CA
* *** * * ** *
31035 AATATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTCGAGA-GCATGGGTGACTATA
1 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAA-AAAGCTTTTAAAGATG-A-GGGAGACTATA
* * * * ** * ** * *
31098 AATGGTCTTTCCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTTATATTTTTTGACGTAGACATTCAATTACA
63 AATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
* ** * * *
31163 GTTTG-TCTAA--AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAAATTAT-AAAATCAT
128 ATCAGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAAT-AT
* * * * * *
31224 TTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGTCATGGGTAATTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGGA
192 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-AATAGGTAACTAT-AATGGACTTTTCTTGCCAATGGA
* * * ** * *
31289 TATTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAA-GTAGACATTCAATTATGCTCGGTTTTAACAAAAAATATA
255 TATCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATA
* * * * * *
31353 AAAAATTTAACTTAGAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAACCGAGTAATAAGCCATTCG
319 AAAAAATTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTTTCG
* * * * * * *
31418 AAGGCATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAGTGGATATCTTTTTCTTCACGGTTCTC-A
384 AAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA-TGAATATCTTTTTATTCATGTTTCCCGA
* * * *
31482 TGGTAAACATTTAATTATAATCT-GTTTAATAAAAAATACAAAAAAATTC-ACTTAAAATCA
448 -GGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * * * *
31542 ATTATAAGATTATAAAATTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTTATGTGTGA-A-TATA
1 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAA-AAAGCTTTTAAAG--ATGAGGGAGACTATA
**
31605 AATGGACTTACCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTT
63 AATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTT
31647 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2755, Mismatches: 782, Indels: 299
0.72 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
490 2 0.00
491 28 0.01
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507 83 0.03
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ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (508 bp):
ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAAAAAGCTTTTAAAGATGAGGGAGACTATAAAT
GGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC
AGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAA
AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAATAGGTAACTATAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTT
TTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAT
TAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTTTCGAAAGCAT
GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCATGAATATCTTTTTATTCATGTTTCCCGAGGTAGACA
TTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
Found at i:30104 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 29820--30711 Score: 918
Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 169
29810 NNNNNNNTCT
* * *
29820 GTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAAT-AACTTAAAATTAATTATAAGATTATAATAATATTTAAA
1 GTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAA
* * * *
29884 GCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCA-AGGGAGACTATAAAGGGACTTTTCTTGCCAATGGATATC
65 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATA-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATATC
* * ** *
29948 TGTTTCTTCATGTTTCTTGAGACAGACATTCAATAATTATCA
129 TTTTTCTTCACGTTTCTT-AGGTAGACATTCAATTATTATCA
* ** * *
29990 GTTTTAATGAAACACGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAAATATTTAAA
1 GTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAA
* * *
30055 GCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCACTGGATATCT
65 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATATCT
* * * *
30120 TTTTCTTCACGTTTCCCTAGGTAGATATTCAATTTTTATCT
130 TTTTCTTCACGTTT-CTTAGGTAGACATTCAATTATTATCA
* * * * *
30161 GGTTTAATAAAAAATATAAGAAAATTCAACTTAAATTCCATTATGAGATTATAAAAATATTTAAA
1 GTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAA
* * * ** * *
30226 GCTAGTAAAAAGTCTTTTGAAGGTGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATATCT
65 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATATCT
* * *
30291 TTTTTTTCACATTTCATAAGGTAGACATTCAATTA-TATTCTA
130 TTTTCTTCACGTTTC-TTAGGTAGACATTCAATTATTA-TC-A
* * * * **
30333 -TTTTAATATAAAATGTAATAAAATTCAACTCAAAATCAAATATAAGATTATAAAGCTATTTAAA
1 GTTTTAATA-AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAA
** * * * * *
30397 GCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCTATAGATATCT
65 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATATCT
* *
30462 TTTTCTTCACGTTTCTCTAGGTAGACATACAATTATAATC-
130 TTTTCTTCACGTTTCT-TAGGTAGACATTCAATTATTATCA
* * * *
30502 -TATTTAATAAAAA-ATATAAAAAATGTTAATTTAAAATCAATTATAAGACTATACAAATATTTA
1 GT-TTTAATAAAAATATA-AAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTA
* * * * *
30565 AAGCTAGTAATAAGGCTTCTGAAGGCAT-GAGTGAATATAAATAGAATTTTCTTGTCAATGGATA
63 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATA
* * **
30629 TCTTCTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACACTCAATTATTATTT
127 TCTTTTTCTTCACGTTTCTT-AGGTAGACATTCAATTATTATCA
* ** * * *
30673 GTTTTAACCAAAAATGCACAAAGATTCAAGTTAAAATCA
1 GTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
30712 TTTAAGGCAC
Statistics
Matches: 593, Mismatches: 111, Indels: 35
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 13 0.02
170 150 0.25
171 412 0.69
172 15 0.03
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
GTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAG
CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATATCTT
TTTCTTCACGTTTCTTAGGTAGACATTCAATTATTATCA
Found at i:30272 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 29817--31646 Score: 1676
Period size: 342 Copynumber: 5.4 Consensus size: 341
29807 NNNNNNNNNN
* * * *
29817 TCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAAT-AACTTAAAATTAATTATAAGATTATAATAATATTT
1 TCTGGTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTT
* * * * *
29881 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCAAGGGAGACTATAAAGGGACTTTTCTTGCCAATGGATA
66 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATA
* * ** * * **
29946 TCTGTTTCTTCATGTTTCTTGAGACAGACATTCAATAATTATCAGTTTTAATGAAACACGTAAAA
131 TCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTATCAGTTTTAAT-AAAAAAATAAAA
* * * * *
30011 AAATTCAATTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAA
195 AAATTCAACTTAAAATCAAATATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* ** *
30076 GGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCACTGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCTAGG
260 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCACTGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCTAGG
* * *
30141 TAGATATTCAATTTTTA
325 TAGACATTCAATTATAA
* * * *
30158 TCTGGTTTAATAAAAAATATAAGAAAATTCAACTTAAATTCCATTATGAGATTATAAAAATATTT
1 TCTGGTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTT
* * * ** ** *
30223 AAAGCTAGTAAAAAGTCTTTTGAAGGTGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATA
66 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATA
* * * * **
30288 TCTTTTTTTTCACATTTCATAAGGTAGACATTCAATTA-TATTCTA-TTTTAATATAAAATGTAA
131 TCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTA-TC-AGTTTTAATA-AAAAAATAA
* * ** *
30351 TAAAATTCAACTCAAAATCAAATATAAGATTATAAAGCTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA
193 AAAAATTCAACTTAAAATCAAATATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
* * * *
30416 AAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCTA-TAGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCT
258 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCACTGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCT
*
30480 AGGTAGACATACAATTATAA
322 AGGTAGACATTCAATTATAA
* * * * *
30500 TCT-ATTTAATAAAAAATAT-AAAAAATGTTAATTTAAAATCAATTATAAGACTATACAAATATT
1 TCTGGTTTAATAAAAAATATAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATT
* * * * * * **
30563 TAAAGCTAGTAATAAGGCTTCTGAAGGCATGAGTGAATATAAATAGAATTTTCTTGTCAATGGAT
65 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGAT
* * ** **
30628 ATCTTCTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACACTCAATTATTATTTG-TTT--T-----AA-CCAA
130 ATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTATCAGTTTTAATAAAAAAATAAAA
* * * * *
30684 AAATGC-AC--AAAGAT----T-CAAG--T-T-AAAATCATTTAAGGC-ACGTAATAAAGCTTTT
195 AAATTCAACTTAAA-ATCAAATATAAGATTATAAAAAT-ATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTC
* * ** * *
30736 GAAGACATGCGTGACTATAAATCAACTTTTCTTGCCAAC-GAATGA-CTTTTTCTTCAGGTTT-T
257 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-ACTGGAT-ATCTTTTTCTTCACGTTTCT
* * * *
30798 CCAAGGTAAACATTCACTTATTA
320 -CTAGGTAGACATTCAATTATAA
* * * * * * **
30821 TTTGTTTTAATTAAAAAA-GTAAAGAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
1 TCTGGTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATT
** * * * *
30885 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGTGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTAACAATGAAT
65 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGAT
* * * * * * * *
30950 ACCATTTTCTTCACATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAATATAA
130 ATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTATCAGTTTTAATAAAAAAATA-AA
* * *** *
31015 ACAAATTCAACCTAAAATCAAATATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCG
194 A-AAATTCAACTTAAAATCAAATATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * ** *
31080 -AGAGCATGGGTGACTATAAATGGTCTTTCCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTTATATTT-TTT
258 AAG-GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCACTGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCT
* * *
31143 GACGTAGACATTCAATTACAG
322 -AGGTAGACATTCAATTATAA
* * * *
31164 T-TTGTCT-A-AAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAAATTAT-AAAATCATT
1 TCTGGTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAAT-ATT
* * * * *
31225 TAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGTCATGGGTAATTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGGAT
65 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGAT
* * * * ** * *
31290 ATTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTATGCTCGGTTTTAA-CAAAAAATATAA
130 ATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTATCAGTTTTAATAAAAAAATA-AA
* * * * * *
31354 AAAATTTAACTTAGAATCAATTATAAGATTAT-AAAATCATTTAAACCGAGTAATAAGCCATTCG
194 AAAATTCAACTTAAAATCAAATATAAGATTATAAAAAT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
* * *
31418 AAGGCATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAGTGGATATCTTTTTCTTCACGGTTCTC-A
258 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCACTGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCTA
* *
31482 TGGTAAACATTTAATTATAA
323 -GGTAGACATTCAATTATAA
* *
31502 TCT-GTTTAATAAAAAATACAAAAAAATTC-ACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATTATTT
1 TCTGGTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTT
* ** * * **
31565 AAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTTATGTGTGAATATAAATGGACTTACCTTACCAATGGATA
66 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATA
31630 TCTTTTTCTTCACGTTT
131 TCTTTTTCTTCACGTTT
31647 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1188, Mismatches: 245, Indels: 114
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
320 6 0.01
321 85 0.07
322 126 0.11
323 16 0.01
324 3 0.00
325 1 0.00
328 3 0.00
329 2 0.00
330 4 0.00
331 6 0.01
332 2 0.00
333 5 0.00
334 2 0.00
335 2 0.00
336 3 0.00
337 3 0.00
338 116 0.10
339 125 0.11
340 162 0.14
341 163 0.14
342 268 0.23
343 82 0.07
344 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
TCTGGTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTT
AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATA
TCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTATCAGTTTTAATAAAAAAATAAAAA
AATTCAACTTAAAATCAAATATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCACTGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCTAGGT
AGACATTCAATTATAA
Found at i:31438 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 30704--31646 Score: 952
Period size: 170 Copynumber: 5.5 Consensus size: 170
30694 AGATTCAAGT
* * * * * **
30704 TAAAATCATTTAAGGC-ACGTAATAAAGCTTTTGAAGACATGCGTGACTATAAATCAACTTTTCT
1 TAAAATCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * * *
30768 TGCCAACGAATGA-CTTTTTCTTCAGGTTT-TCCAAGGTAAACATTCACTTATTATTTGTTTTAA
65 TACCAATGGAT-ATCTTTTTCTTCACGTTTCT-CGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * * *
30831 TTAAAAAAGTA-AAGAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTA
128 -CAAAAAA-TATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
* * * *
30875 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGTGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
1 TAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * *
30940 AACAATGAATACCATTTTCTTCACATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAA
66 ACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-A
* * * *
31005 AAAAATATAAACAAATTCAACCTAAAATCAAATATGAGATTA
130 AAAAATATAAA-AAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
** * * *
31047 TAAAGCCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCG-AGAGCATGGGTGACTATAAATGGTCTTTCCT
1 TAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG-GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * ** * * * * * * * *
31111 TGCCAATGGATATCTTTTTCTTTATATTTTTTGACGTAGACATTCAATTACAGTTTG-TCT-A-A
65 TACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA
*
31173 AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAAATTA
130 AAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
* * * * * *
31215 TAAAATCATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGTCATGGGTAATTATAAATGGACTTTTTTT
1 TAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * ** *
31280 ACCAATGGATATTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTATGCTCGGTTTTAACAA
66 ACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAA
*
31345 AAAATATAAAAAATTTAACTTAGAATCAATTATAAGATTA
131 AAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
* * * *
31385 TAAAATCATTTAAACCGAGTAATAAGCCATTCGAAGGCATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 TAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * *
31450 GCCAGTGGATATCTTTTTCTTCACGGTTCTC-ATGGTAAACATTTAATTATAATCTG-TTTAATA
66 ACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGA-GGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA
* * *
31513 AAAAATACAAAAAAATTCACTTAAAATCAATTATAAGATTA
130 AAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
* * * ** * * **
31554 TAAAATTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTTATGTGTGAATATAAATGGACTTACCTT
1 TAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
31619 ACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTT
66 ACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTT
31647 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 641, Mismatches: 118, Indels: 28
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 129 0.20
169 129 0.20
170 134 0.21
171 122 0.19
172 127 0.20
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
ACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAA
AAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
Found at i:32377 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 31882--33284 Score: 1340
Period size: 171 Copynumber: 8.1 Consensus size: 169
31872 NNNNNNNNNN
* *
31882 AAAATAT-AAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAATCAAGTAATA
1 AAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATA
* * * * *
31946 AGGCTTTTAAAGGTATGAGTGATTATAAATAGACTTTCCTTGCCAATGGTTATCTTTTTCTTCAT
66 AGGCTTTTGAAGGCATG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCAT
* * * *
32011 ATTTCCT-GAGGCAGACATTCAATAATTATCTGTTTTAATA
130 GTTT-CTAGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACA
** * * * * ** * *
32051 AAACACGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAAATATTTATTTGCGAGTAG
1 AAA-ATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTA-AAGCAAGTAA
* * *
32116 TAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTGCCACTGGATATCTTTTTTTT
64 TAAGGCTTTTGAAGGCATG-GTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTT
* * *
32180 CATGTTTCTTGAGGTAGATATTCAATTATTA-CTTATTTTAAGCA
127 CATGTTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATTATC-TGTTTTAA-CA
* * * * *
32224 AAATTATAAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTCAAGCAAGTAAAA
1 AAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATA
* * * * * * *
32289 AGCCTTTTGAAGGCGTGGCTAACTATAAATAGACTTTTTTTGCCGATGAATATCTTTTTCTTCTT
66 AGGCTTTTGAAGGCATGG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCAT
32354 GTTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTA
130 GTTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAAC-A
* * * * * *
32395 AAAATATAAAACAATTGAACTTAAAATCCATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCTAA-TAAA
1 AAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGC-AAGTAAT
* * * * * * *
32459 AAGGCTTTTGAAGATGTA-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATAGATATTTTTTTCTTA
65 AAGGCTTTTGAAG--GCATGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTC
* * * * * *
32523 ATGTTTCTTGAGGTAGATATACAATTATAATATGTTTTAATAA
128 ATGTTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-CA
* *
32566 AAAATATTAAAAAATTT-ACTTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAATATAAAAAAATTTAAC-TTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAAT
* * * *
32630 AAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAACGGATATCTTTTTCTTCA
65 AAGGCTTTTGAAGGCAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCA
* * *
32695 CGTTT-TCAGA-GTGAGACATTCAATTATTATTTATTTTAACCA
129 TGTTTCT-AGAGGT-AGACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-CA
* * * * *
32737 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAAATTCTAAAAATATTTAAA-AAGAGTAAT
1 AAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCA-AGTAAT
* * * *
32801 AAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAGATAGACTTTTCTTGCAAATGGATATCTTTTTATTGC
65 AAGGCTTTTGAAGGCAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTT--
* *
32866 CAATGGATATCTTTTTCTTATCATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAA
127 C-AT-G-------TTTC---T-A------GAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-CA
* * *
32929 AAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATA
1 AAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATA
* * * * * *
32994 AGACTTTTGAAGGCATGGGTAAATATAAATGGACTTTCCTTGCCAAAGGATATCTTTTTCTTCAT
66 AGGCTTTTGAAGGCAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCAT
* *
33059 GTTTCCT-GAGGTAAACATTTAATTATTATCTGTTTTAAGCA
130 GTTT-CTAGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-CA
* * * * ***
33100 TAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTCTAAAAATATTTAAAATGAGTAATA
1 AAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATA
* * *
33165 AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTTTC
66 AGGCTTTTGAAGGCATG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTC--TTC
* *
33230 A--TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-ACTAA
128 ATGTTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAAC--A
33271 AAAATATAAAAAAA
1 AAAATATAAAAAAA
33285 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1023, Mismatches: 158, Indels: 104
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.01
170 14 0.01
171 694 0.68
172 142 0.14
173 10 0.01
174 1 0.00
175 1 0.00
179 1 0.00
181 3 0.00
182 4 0.00
186 3 0.00
188 1 0.00
189 2 0.00
190 1 0.00
192 137 0.13
193 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATA
AGGCTTTTGAAGGCATGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATG
TTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACA
Found at i:32640 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 31882--33284 Score: 1486
Period size: 342 Copynumber: 4.0 Consensus size: 342
31872 NNNNNNNNNN
* *
31882 AAAATAT-AAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAATCAAGTAATA
1 AAAATATAAAAAAATTT-ACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATA
* * * * * *
31946 AGGCTTTTAAAGGTATGAGTGATTATAAATAGACTTTCCTTGCCAATGGTTATCTTTTTCTTCAT
65 AGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTCCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCAT
* * * * *
32011 ATTTCCTGAGGCAGACATTCAATAATTATCTGTTTTAA-TAAAACACGTAAAAAAATTCAATTTA
130 GTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTA
* ** * * **
32075 AAATCGATTATGAGATTATAAAAATATTTATTTGCGAGTAGTAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGA
194 AAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTA-AAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA
* * * * * * * *
32140 CTATAAATGAACTTTTCTTGCCACTGGATATCTTTTTT-TTCAT-GTTTCTTGAGGTAGATATTC
258 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAGATATATTTTTTCTT-ATCATTTCTCGAGGTAGACATTC
* * **
32203 AATTATTA-CTTATTTTAAGCA
322 AATTATAATC-TGTTTTAATAA
* * * *
32224 AAATTATAAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTCAAGCAAGTAAAA
1 AAAATATAAAAAAATTT-ACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATA
* * * ** * * *
32289 AGCCTTTTGAAGGCGTGGCTAACTATAAATAGACTTTTTTTGCCGATGAATATCTTTTTCTTCTT
65 AGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTCCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCAT
* * *
32354 GTTT-CTAGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAACAATTGAACTTA
130 GTTTCCT-GAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * ** * * *
32418 AAATCCATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCTAATAAAAAGGCTTTTGAA-G-ATGTAGGTG
194 AAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG-A-GTG
* * * * *
32481 ACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATAGATAT-TTTTTTCTTAAT-GTTTCTTGAGGTAGATATA
257 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAGATATATTTTTTCTT-ATCATTTCTCGAGGTAGACATT
*
32544 CAATTATAATATGTTTTAATAA
321 CAATTATAATCTGTTTTAATAA
* *
32566 AAAATATTAAAAAATTTACTTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATA
1 AAAATATAAAAAAATTTAC-TTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATA
* * * *
32631 AGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGAC-TTCTCTTGCCAACGGATATCTTTTTCTTCA
65 AGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTC-CTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCA
* * * * * *
32695 CGTTTTCAGA-GTGAGACATTCAATTATTATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
129 TGTTTCCTGAGGT-AGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * *
32759 AAAATCAATTATAAAATTCTAAAAATATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
193 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA
* * **
32824 CTATAGATAGACTTTTCTTGCAAATGGATATCTTTTTATTGCCAATGGATATCTTTTTCTTATCA
258 CTATAAATGGACTTTTCTT----A-CCA-A------TA--G---AT--ATAT-TTTTTCTTATCA
32889 TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAA
303 TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAA
* * *
32929 AAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATA
1 AAAATATAAAAAAATT-TACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATA
* * * *
32994 AGACTTTTGAAGGCATGGGTAAATATAAATGGACTTTCCTTGCCAAAGGATATCTTTTTCTTCAT
65 AGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTCCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCAT
* * * *
33059 GTTTCCTGAGGTAAACATTTAATTATTATCTGTTTTAAGC-ATAAATGTAAAAAAATTTAACTTA
130 GTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
*
33123 AAATCAATTATGAGATTCTAAAAATATTTAAA-ATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA
194 AAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGA-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA
* * * * *
33187 CTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAT-CTTTTTCTTTTCATTTCTCGAGGTAGACATTCA
258 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAGATATATTTTTTCTTATCATTTCTCGAGGTAGACATTCA
*
33251 ATTATAATCTGTTTTACTAA
323 ATTATAATCTGTTTTAATAA
33271 AAAATATAAAAAAA
1 AAAATATAAAAAAA
33285 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 895, Mismatches: 126, Indels: 80
0.81 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 3 0.00
341 14 0.02
342 375 0.42
343 179 0.20
344 10 0.01
346 3 0.00
347 1 0.00
348 1 0.00
349 1 0.00
351 1 0.00
354 2 0.00
356 1 0.00
357 1 0.00
358 1 0.00
359 2 0.00
361 2 0.00
362 4 0.00
363 286 0.32
364 8 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (342 bp):
AAAATATAAAAAAATTTACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATAA
GGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTCCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATG
TTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
ATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTA
TAAATGGACTTTTCTTACCAATAGATATATTTTTTCTTATCATTTCTCGAGGTAGACATTCAATT
ATAATCTGTTTTAATAA
Found at i:32860 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 32836--32884 Score: 80
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
32826 ATAGATAGAC
32836 TTTTCTTGCAAATGGATATCT
1 TTTTCTTGCAAATGGATATCT
* *
32857 TTTTATTGCCAATGGATATCT
1 TTTTCTTGCAAATGGATATCT
32878 TTTTCTT
1 TTTTCTT
32885 ATCATTTCTC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 25 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.14, G:0.12, T:0.53
Consensus pattern (21 bp):
TTTTCTTGCAAATGGATATCT
Found at i:33008 original size:192 final size:192
Alignment explanation
Indices: 32670--33052 Score: 531
Period size: 192 Copynumber: 2.0 Consensus size: 192
32660 TGGACTTCTC
* * *
32670 TTGCCAACGGATATCTTTTTCTTCACGTTTTCAGAGTGAGACATTCAATTATTATTTATTTTAAC
1 TTGCCAACGGATATCTTTTTCTTCACATTTTCAGAGTGAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
* * *
32735 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAAATTCTAAAAATATTTAAAAAGAGTAA
66 AAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAAATATTTAAAAAGAGTAA
* * * * *
32800 TAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAGATAGACTTTTCTTG-CAAATGGATATCTTTTTA
131 TAAGACTTTCGAAGGCATGGGTAAATATAAATAGACTTTCCTTGCCAAA-GGATATCTTTTTA
* *
32862 TTGCCAATGGATATCTTTTTCTT-ATCATTTCTC-GAG-GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
1 TTGCCAACGGATATCTTTTTCTTCA-CATTT-TCAGAGTG-AGACATTCAATTATAATCTATTTT
* * **
32924 AATAAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAG
63 AACAAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAAATATTTAAAAAGAG
* *
32989 TAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTAAATATAAATGGACTTTCCTTGCCAAAGGATATCTTTTT
128 TAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGTAAATATAAATAGACTTTCCTTGCCAAAGGATATCTTTTT
33053 CTTCATGTTT
Statistics
Matches: 168, Mismatches: 19, Indels: 8
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
191 2 0.01
192 160 0.95
193 6 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (192 bp):
TTGCCAACGGATATCTTTTTCTTCACATTTTCAGAGTGAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
AAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAAATATTTAAAAAGAGTAA
TAAGACTTTCGAAGGCATGGGTAAATATAAATAGACTTTCCTTGCCAAAGGATATCTTTTTA
Found at i:33179 original size:363 final size:363
Alignment explanation
Indices: 32508--33223 Score: 1098
Period size: 363 Copynumber: 2.0 Consensus size: 363
32498 CTTACTAATA
* * * *
32508 GATATTTTTTTCTTAATGTTTCTTGAGGTAGATATACAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATAT
1 GATATCTTTTTCTTAATATTTCTCGAGGTAGACATACAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATAT
* * *
32573 TAAAAAATTTACTTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
66 AAAAAAATTAACTTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT
* * * * *
32638 TGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAACGGATATCTTTTTCTTCACGTTTTCA
131 TGAAGGCATGGGTAAATATAAATGGACTTCTCTTGCCAAAGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCCA
* *
32703 GAGTGAGACATTCAATTATTATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
196 GAGTGAAACATTCAATTATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
*
32768 TATAAAATTCTAAAAATATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAGATA
261 TATAAAATTCTAAAAATATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAGATA
32833 GACTTTTCTTGCAAATGGATATCTTTTTATTGCCAATG
326 GACTTTTCTTGCAAATGGATATCTTTTTATTGCCAATG
* * *
32871 GATATCTTTTTCTT-ATCATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATG
1 GATATCTTTTTCTTAAT-ATTTCTCGAGGTAGACATACAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATA
32935 TAAAAAAATTAAAC-TTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGACT
65 TAAAAAAATT-AACTTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGACT
*
32999 TTTGAAGGCATGGGTAAATATAAATGGACTT-TCCTTGCCAAAGGATATCTTTTTCTTCATGTTT
129 TTTGAAGGCATGGGTAAATATAAATGGACTTCT-CTTGCCAAAGGATATCTTTTTCTTCACGTTT
* * * * * *
33063 CCTGAG-GTAAACATTTAATTATTATCTGTTTTAAGCATAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAAT
193 CCAGAGTG-AAACATTCAATTATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * *
33127 CAATTATGAGATTCTAAAAATATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATA
257 CAATTATAAAATTCTAAAAATATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATA
* *
33192 GATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTT
322 GATAGACTTTTCTTGCAAATGGATATCTTTTT
33224 CTTTTCATTT
Statistics
Matches: 319, Mismatches: 30, Indels: 8
0.89 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
362 4 0.01
363 313 0.98
364 2 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (363 bp):
GATATCTTTTTCTTAATATTTCTCGAGGTAGACATACAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATAT
AAAAAAATTAACTTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT
TGAAGGCATGGGTAAATATAAATGGACTTCTCTTGCCAAAGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCCA
GAGTGAAACATTCAATTATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
TATAAAATTCTAAAAATATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAGATA
GACTTTTCTTGCAAATGGATATCTTTTTATTGCCAATG
Found at i:34004 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 33505--34042 Score: 463
Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 171
33495 NNNNNNNNNN
* * * * *
33505 GTGACTATAGATGGACTTTTTTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTTCCATCTCTCGAGGTAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTTCCGTTTCTTGAGGTAGACAT
* *
33570 TCAA-T-TAATCTATTTTAGTAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATTAATTATAAGATTAT
66 TCAATTATAATCTGTTTTAGTAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATAAGATTAT
* * *****************
33633 AAAAATATTTAAAGCGAGTAATAANNNNNNNNNNNNNNNNN
131 AAAAATATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGG
****** * * * * *
33674 NNNNNNATAAATGGACTTTCCTTGCCAAAGGATATCTTTTTC-TTCATGTTTCCTGAGGTATACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTTC-CGTTTCTTGAGGTAGACA
* * * * * *
33738 TTTAATTATTATCTGTTTTAAG-CAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATT
65 TTCAATTATAATCTGTTTT-AGTAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATAAGATT
* ********** *
33802 CTAAAAATATTTAAANNNNNNNNNNAGGCTTTCGAAGGCATGG
129 ATAAAAATATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGG
* * * *
33845 GTGACAATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGGATACCTTTTTCTTTCCGTTTCTTAAGGTAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTTCCGTTTCTTGAGGTAGACAT
* *
33910 TCAATTATAATCTGTTTTAGTAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATAAGATTAT
66 TCAATTATAATCTGTTTTAGTAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATAAGATTAT
* *
33975 AAAAATATTTAAAATAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGG
131 AAAAATATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGG
34016 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
34043 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 274, Mismatches: 89, Indels: 10
0.73 0.24 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 48 0.18
170 3 0.01
171 215 0.78
172 5 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTTCCGTTTCTTGAGGTAGACAT
TCAATTATAATCTGTTTTAGTAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATAAGATTAT
AAAAATATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGG
Found at i:34689 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 34384--35033 Score: 741
Period size: 171 Copynumber: 3.8 Consensus size: 172
34374 NNNNNNNNNN
* * * *
34384 TTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATGA
1 TTTAAAGCTAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA
*** * ** *
34449 ATATCTTTTTCTTTTTATTT-TCGAAGGTAGACAATCAATTATTATCCGTTTTAACAAAAAATAT
66 ATATCTTTTTCTTCACATTTCTCGAAGGTAGACATTCAATTATTATCAATTTTAACAAAAAATGT
* *
34513 AAAAAAATTGAAGCTAAAATCCATTATG-GTATTATAAAAACA
131 AAAAAAATTGAAGCTAAAATCAAATATGAG-ATTATAAAAACA
**
34555 TTTAAAGCTAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGTGTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA
1 TTTAAAGCTAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA
* *
34620 ATATCTTTTTCTTCACATTTCTC-AAGGTAGACATTCAATT-TTAATCAATTTTAATAAAAGATG
66 ATATCTTTTTCTTCACATTTCTCGAAGGTAGACATTCAATTATT-ATCAATTTTAACAAAAAATG
* * *
34683 TAAAAAAATTGAAGTTAAAATCAAATATGAGATTAT-AAAGCTT
130 TAAAAAAATTGAAGCTAAAATCAAATATGAGATTATAAAAAC-A
* * *
34726 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCATTGA
1 TTTAAAGCTAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA
** * **
34791 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCG--GGCTAGATATTCAATTATTATTTATTTTAACAAAAAATG
66 ATATCTTTTTCTTCACATTTCTCGAAGG-TAGACATTCAATTATTATCAATTTTAACAAAAAATG
* * * * *
34854 TAAAACAATTTG-A-CTTAAAATTAACTACGAGATTATAAACACA
130 TAAAA-AAATTGAAGC-TAAAATCAAATATGAGATTATAAAAACA
* * * *
34897 TTTAAAG-TGAG-AATAA-TCATTCTGAAGGCATGGGTGACTTTAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
1 TTTAAAGCT-AGTAAAAAGGC-TTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
* * * *** *
34959 GAATATCTTTTTCTTCCCATTTC-CTAAGGTAGACATTCAATTACTATTTGTTTTAACCAAAAAT
64 GAATATCTTTTTCTTCACATTTCTCGAAGGTAGACATTCAATTATTATCAATTTTAACAAAAAAT
35023 GTAAAAAAATT
129 GTAAAAAAATT
35034 CAACTTAAAN
Statistics
Matches: 411, Mismatches: 54, Indels: 30
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 110 0.27
171 282 0.69
172 13 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
TTTAAAGCTAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA
ATATCTTTTTCTTCACATTTCTCGAAGGTAGACATTCAATTATTATCAATTTTAACAAAAAATGT
AAAAAAATTGAAGCTAAAATCAAATATGAGATTATAAAAACA
Found at i:35675 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 35413--35847 Score: 399
Period size: 171 Copynumber: 2.5 Consensus size: 169
35403 NNNNNNNTTC
* * * * * * *
35413 AATTATTATCTATTTTAA-CTAAAAGTATAAAAAAATTTAGCTTAAATTCCATTATGAGATTATA
1 AATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGATTAT-
* * *
35477 AAAATATTTAAAGTTAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTAG
63 AAAACATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTAG
* * *
35542 CAATGAATATATTTTTATTTATGTTT-TCCAAGGTAGACATTT
128 CAATGAATATATTTTTATTCACGTTTCT-CAAGGTAGACATAT
* *
35584 AATTATAATCTGTTTTAATACAAAAATCTAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAAT-CAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAA
* * * ************ * * *
35649 AGCCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTNNNNNNNNNNNNGTGACTATAAATGGACTTTTTTTATC
65 A-ACATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTAGC
* * *
35714 AATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATAT
129 AATGAATATATTTTTATTCACGTTTCTCAAGGTAGACATAT
* * * * *
35755 AATTATAATCTGTTTTAATGAAACATATAAAAAATTTTAATTTAAAAT-AAATTATAAGACTATA
1 AATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAA-TTTAACTTAAAATCAAA-TATGAGATTATA
35819 CAAACATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTT
64 -AAACATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTT
35848 CGAAAGCATG
Statistics
Matches: 210, Mismatches: 47, Indels: 14
0.77 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 18 0.09
171 182 0.87
172 9 0.04
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
AATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAA
ACATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTAGCAA
TGAATATATTTTTATTCACGTTTCTCAAGGTAGACATAT
Found at i:36167 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 35990--36300 Score: 405
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
35980 NNNNNNNNNN
* ** * *
35990 AAAATATTTCAAGCAAGTAAAAAGCTTTTTGAAGGCATGGGTAACTAT-GAATAGACTTTTTTTA
1 AAAATATTTAAAGCAAGTAAAAAGAATTTTGAAGACATGGGTAACAATAG-ATAGACTTTTTTTA
* * *
36054 CCGATGAATATCTTTTTCTT-CC-TGTTTTTAGATGTAGACATTCAATTACT-ATATGTTTTAAT
65 CCAATGAATATCTTTTTCTTACCAT-TTCTT-GAGGTAGACATTCAATTA-TAATATGTTTTAAT
* *
36116 CAAAAATGTAAAAAAATTGACCTTAAAATCTATTATAAGATTATA
127 AAAAAATATAAAAAAATTGACCTTAAAATCTATTATAAGATTATA
* ** * * *
36161 AAAATATTTAAAGCTAGTAAAAAGAATTTTGAAGATGTGGGTGACAATAGATAGATTTTTTTTAT
1 AAAATATTTAAAGCAAGTAAAAAGAATTTTGAAGACATGGGTAACAATAGATAGACTTTTTTTAC
*
36226 CAATGGATATCTTTTTCTTACCATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAA
66 CAATGAATATCTTTTTCTTACCATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAA
36291 AATATAAAAA
131 AATATAAAAA
36301 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 17, Indels: 8
0.83 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 110 0.92
172 7 0.06
173 1 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AAAATATTTAAAGCAAGTAAAAAGAATTTTGAAGACATGGGTAACAATAGATAGACTTTTTTTAC
CAATGAATATCTTTTTCTTACCATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAA
AATATAAAAAAATTGACCTTAAAATCTATTATAAGATTATA
Found at i:36828 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 36535--36928 Score: 486
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 171
36525 NNNNNNNNAT
* * *
36535 ATAAAAAAATTTAATTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAACGCT
1 ATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGCAATAACGCT
*
36600 TTTAAAGGCAAGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATTTGTTTCTTCATGTTTC
66 TTTAAAGGCAAGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATTTGTTTCTTCACGTTTC
* * ** *
36665 TTGAGGAAGACATTCAATAATTATC-AGTTTTAATGAAAGAC
131 CTAAGGAAGACATTCAATAATTATCTA-TTTTAACCAAAAAC
* *
36706 GTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGCAATAAGGCT
1 ATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGCAATAACGCT
********** * * *
36771 TTNNNNNNNNNNGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCACTGGATATCTT-TTTCTTCACGTTT
66 TTTAAAGGCAAGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAT-TTGTTTCTTCACGTTT
* * * *
36835 CCTAAGGTAGATATTCAATTATTATCTATTTTAACCAAAAAT
130 CCTAAGGAAGACATTCAATAATTATCTATTTTAACCAAAAAC
* *
36877 ATAAAAAAATTCAATTTAAATTCCATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGC
1 ATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGC
36929 TAGTAAAAAG
Statistics
Matches: 190, Mismatches: 31, Indels: 4
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
171 187 0.98
172 3 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGCAATAACGCT
TTTAAAGGCAAGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATTTGTTTCTTCACGTTTC
CTAAGGAAGACATTCAATAATTATCTATTTTAACCAAAAAC
Found at i:36960 original size:171 final size:165
Alignment explanation
Indices: 36535--37027 Score: 432
Period size: 171 Copynumber: 2.9 Consensus size: 165
36525 NNNNNNNNAT
* * * * *
36535 ATAAAAAAATTTAATTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAACGCT
1 ATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGCAAAAAGGCT
* * * *
36600 TT-TAAAGGCAAGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATTTGTTTCTTCATGTTT
66 TTGT----G--TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATATTT-TTTCTTCACGTTT
* * * * ** *
36664 CTTGAGGAAGACATTCAATAATTATCAGTTTTAATGAAAGAC
124 CCTAAGGTAGACATTCAATTATTATCAGTTTTAACCAAAAAC
* *
36706 GTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGCAATAAGGCT
1 ATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGCAAAAAGGCT
***** *
36771 TTNNNNNNNNNNGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCACTGGATATCTTTTTCTTCACGTTTC
66 TT-----GTGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATAT-TTTTTCTTCACGTTTC
* *
36836 CTAAGGTAGATATTCAATTATTATCTA-TTTTAACCAAAAAT
125 CTAAGGTAGACATTCAATTATTATC-AGTTTTAACCAAAAAC
* * * *
36877 ATAAAAAAATTCAATTTAAATTCCATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCTAGTAAAAAGNNN
1 ATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGCAAAAAG---
***** * ** *
36942 NNNNNNNGTGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATAAATATATTTTTATTCACGTTTC
63 --GCTTTGTGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATAT-TTTTTCTTCACGTTTC
*
37007 CCAAGGTAGACATTCAATTAT
125 CTAAGGTAGACATTCAATTAT
37028 AATATGTTTT
Statistics
Matches: 263, Mismatches: 46, Indels: 26
0.79 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
171 260 0.99
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (165 bp):
ATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGCAAAAAGGCT
TTGTGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATATTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGG
TAGACATTCAATTATTATCAGTTTTAACCAAAAAC
Found at i:37465 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 37173--38634 Score: 1071
Period size: 170 Copynumber: 8.6 Consensus size: 170
37163 NNNNNNTTCA
* * *
37173 AAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATATCTTTTT-TTCACT-TTTCTCG
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACAATGGATATCTTTTTCTTCA-TGTTTCTCA
* ** * * *
37236 AGGTAGACATACAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAATTTTAATTTAAAATCAATT
64 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * *
37301 ATAAGACTATACCAA-TATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTG
129 ATAAGATTATA-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * *
37343 AAGGCATGAGTGAATATAAATAGAATTTTCTTACAATTGGATATCTTTTTCTTTATGTTTCTCGA
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAA-TGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAA
* * * ** * * *
37408 GGTAGACATTCAATTATTATTTG-TTTAACCAAAAATGCACAAAGATTCAAGTTAAAATCAATT-
65 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * *
37471 TAGAGATTCTAAAAACATTTTAGGC-ACGTAACAAGGCTTTCG
130 TA-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTTG
* * * ** *
37513 AA-GCGATG-GATGACTATAAATCGACTTTTCTTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCTC
1 AAGGC-ATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTC-TTACAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * * * * * * * * *
37576 AAGGTAAACATTTAGTTATTATTTGTTTTAATTAAAAAA-GTAAAAAAATTCAGCTTGAAATAAA
63 AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * *
37640 TTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGC-TTTC
127 TTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * **
37683 AACGGCATGTGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATA-CTATTTTCTTCACATTTCTC
1 AA-GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CAATGGATATCT-TTTTCTTCATGTTTCTC
* * *
37747 AAGGTAAACATTCAATTATAATCTTTTTTAACAAAAAAAATAAACAAAA-TCAACTTAAAATCAA
63 AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * ********** *
37811 ATATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCNNNNNNNNNNGCTTTCG
127 TTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * *
37855 -AGAGCATGGGTGACTATAAATGGTCTTTTCTTGCCACTGGATATTTTTTTCTTCATGTTTCTTA
1 AAG-GCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCA
* * * * *
37919 TGGTAGACATTCAATAACAATCTGTTTT-A-AAAAAATATAAAAACATCCAACTTAAAATCAATT
64 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* ********** *
37982 ATGAGNNNNNNNNNNCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
129 ATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * ** * * **
38024 AAGCCATGGGTGTTTATAAATGGACTTTTTTTACCAATTGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAA
* * * ****
38089 GGTAGTCATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATCT-AAAAAATTCAACTTAAAATCANNNN
65 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
****** * * *
38153 NNNNNNTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCATTTA
130 TAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * * *
38194 AAGGCACGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAGTGGATATCTTTTTCTTTAGGTTTCTCAA
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-AATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAA
* * * * * *
38259 GGTAAACATTTAATTATAATCTG-TTTAATAAAAAAAATATAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
65 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* ** *
38323 TAAGATTATTAAATTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTG
130 TAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * ** * *
38364 AAGGTATGGGTGAATATAAATAGACTTACCTTACCAATAGATAT-TTTTTCTTCACGTTTC-CTA
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC-A
* * * *
38427 AGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATT
64 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
** **
38491 ATCAA-ATTATAAAAATATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTG
129 AT-AAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * ** **
38533 AAGGTAT-AGGTAACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATTAATATCTTTTTCTTTTTGTTTCT-A
1 AAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCA
* *
38596 GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTGAAGAAAAAAT
64 -AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAT
38635 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1004, Mismatches: 247, Indels: 81
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 278 0.28
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171 286 0.28
172 17 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAG
GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
AAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
Found at i:39769 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 39186--39776 Score: 504
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 169
39176 NNNNNNNNNN
* * *
39186 AAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTCCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATAAT
1 AAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATAAT
* * * * * * * *
39251 TCTCTATTTTAATGAAACACGTAAAAAAATTCAATTTAAAATGAATTATGATATTACAAAAACAT
66 TATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACAT
**********
39316 TTAAAG-TGAGTAATANNNNNNNNNNAGGCATGAGTGACTAT
130 TTAAAGCT-AGTAA-AAAACTTTTGAAGGCATGAGTGACTAT
* * ** * * * * *
39357 AAATGGA-TTTTTTGTGCCTGTGGATATTTTTTTCTTCACGTTT-CTCAAGGCAGACATTTAATT
1 AAATAGACTTTTCT-TGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCT-GAGGCAGACATTCAATA
*
39420 ATTATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTAGACTTAAAATCAATTATGAGATTATATAAAC
64 ATTATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAC
* * * *
39485 ATTTAAAGCAAGTAAAAAACCTTTTGATGGCATGGGTGATTAT
128 ATTTAAAGCTAGTAAAAAA-CTTTTGAAGGCATGAGTGACTAT
* * * * * * ***********
39528 AAATAGACTTTTTTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCCTGTTTCTTGAGGTAGGNNNNNNNNNNT
1 AAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATAAT
* * * * *
39593 TATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTGAACATAAAATCCATTATGAGATTGTAAAAACAT
66 TATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACAT
** *
39658 TTAAAGCTAGTAAAAAGACTTTTGAAGGTGTGAGTAACTAT
130 TTAAAGCTAGTAAAAA-ACTTTTGAAGGCATGAGTGACTAT
* * *
39699 AAATAGACTTTTCCTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGCCATTCAATAAT
1 AAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATAAT
*
39764 TATCTGTTTTAAT
66 TATCTATTTTAAT
39777 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 325, Mismatches: 86, Indels: 18
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Matches are distributed among these distances:
170 9 0.03
171 307 0.94
172 9 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
AAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATAAT
TATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATT
TAAAGCTAGTAAAAAACTTTTGAAGGCATGAGTGACTAT
Found at i:42980 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 42690--43843 Score: 826
Period size: 171 Copynumber: 6.8 Consensus size: 168
42680 NNNNNNTGAT
** * *
42690 ATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGATTTT
1 ATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG-GTGACTATAAATAGACTTT
* * ** * * * * * *
42755 TTTTGCCTGTGGATATCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGCAAACATTTAATTATTATTTATTTTA
65 TCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATTATCTATTTTA
* *
42820 ATCAAAAATGTAAAACAATTTGACTTAAAATAAATTATGAG
130 AT-AAAAATGTAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
** *
42861 ATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAA-AAAACTTTTTGAAGGCATAGGTGATTATAAATAGACTT
1 ATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGCAT-GGTGACTATAAATAGACTT
* * * * ** ****
42925 TTTTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCCTGTTTCTTGAGGTAGGCATTCAATTATTATCTNNNNN
64 TTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATTATCT-ATTT
***** * *
42990 NNNNNAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCTATTATGAG
128 TAATAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * ** * *
43032 ATTATAAAAACATTTAGAGCTAGTAAAAAGGCTTTTGATGGTGTGAATGACTATAAATGGACTTT
1 ATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG-GTGACTATAAATAGACTTT
* * * * *
43097 TCTGACCAATGGATATCTTTTTTTTCATGTTT-TCTGAGGTAGAA-ATTCAATAATTATTTGTTT
65 TCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC-GAGGTA-AACATTCAATTATTATCTATTT
* ** * * * *
43160 AAATAAAACACATAAAAAATTCAATTTAAAATGAATTATGGG
128 TAATAAAA-ATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
* ********** * *
43202 ATTATAAAAA-ATTTTAAAGCAAGTAATAAGACTTNNNNNNNNNNGGGTGACTATAAATGGCCTT
1 ATTATAAAAACA-TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT-TTGAAGGCATGGTGACTATAAATAGACTT
* ** * * * * **
43266 TTCCTATGAACGGATATATTTTTTTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAACTACAATCTATTTT
64 TTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATTATCTA-TTT
* * **
43331 TAA-AAAAAAGTAAAAAACTTTTACTTAAAATTGATTATGAG
128 TAATAAAAATGTAAAAAA-TTTAACTTAAAATCAATTATGAG
** * * * * *
43372 ATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGTCATGGGTAATTATAAATAGACTTT
1 ATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGTGACTATAAATAGACTTT
* * * *
43437 TCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTTAATTATAATATGTTTTA
65 TCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATTATCTATTTTA
*
43502 ATAAAAAATAG-AAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
130 AT-AAAAAT-GTAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** * *
43543 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGAGTGACTATAAATAGACTTT
1 ATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG-GTGACTATAAATAGACTTT
* * * * * * *
43608 TC-T----A--GATGTCTATTTT-TTCACGTTTAAT-GAGTTAGACACTCAATTATTATTTATTT
65 TCTTACCAATGGATATCT-TTTTCTTCATGTTT-CTCGAGGTAAACATTCAATTATTATCTATTT
* * * * *
43664 TAACCAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAAATATGAG
128 TAA-TAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** ** * * * *
43707 GTTATAAAGTCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCGTGAGTAACTATAAATGGACTTT
1 ATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG-GTGACTATAAATAGACTTT
* * * * * * * *
43772 CCTTGCCAATTGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGATAGATATTGAATTATAATCTATTTTA
65 TCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATTATCTATTTTA
43837 ATAAAAA
130 ATAAAAA
43844 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 768, Mismatches: 179, Indels: 73
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
164 126 0.16
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166 1 0.00
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172 11 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
ATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGTGACTATAAATAGACTTTT
CTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATTATCTATTTTAA
TAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
Found at i:43361 original size:170 final size:160
Alignment explanation
Indices: 43079--43572 Score: 301
Period size: 170 Copynumber: 3.0 Consensus size: 160
43069 ATGGTGTGAA
* *
43079 TGACTATAAATGGACTTTTCTGACCAATGGATATCTTTTTTTTCATGTTTTCTGAGGTAGAAATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTGACCAACGGATATATTTTTTTTCATGTTTTCTGAGGTAGAAATT
* *
43144 CAATAATTATTTGTTTAAATAAAACACATAAAAAATTCAATTTAAAA-TGAATTATGGGATTATA
66 CAATAATTATTTGTTTAAATAAAACACATAAAAAATTCAACTTAAAATTG-ATTATGAGATTATA
43208 AAAA-ATTTTAAAGCAAGTAATAAGACTTNNNNNNNNNNGGG
130 AAAATA-TTTAAAGCAAGTAATAAGACTT----------GGG
* **
43249 TGACTATAAATGGCCTTTTCCT-ATGAACGGATATATTTTTTTTCATG-TTTCTCGAGGTA-AAC
1 TGACTATAAATGGACTTTT-CTGACCAACGGATATATTTTTTTTCATGTTTTCT-GAGGTAGAA-
* **
43311 ATTCAACTACAATCTA-TT-TTTAAA-AAAA-A-GTAAAAAACTTTTACTTAAAATTGATTATGA
63 ATTCAA-T--AAT-TATTTGTTTAAATAAAACACATAAAAAA-TTCAACTTAAAATTGATTATGA
* * *
43371 GATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGTCATGGG
123 GATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATAA-------G-A--CTTGGG
* * * * * * *
43419 TAATTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATG-TTTCTCGAGGTA-AACA
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTGACCAACGGATATATTTTTTTTCATGTTTTCT-GAGGTAGAA-A
* * * * * * * * **
43482 TTTAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATAGAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
64 TTCAATAATTATTTGTTTAAATAAAACACATAAAA-AATTCAACTTAAAATTGATTATGAGATTA
** **
43547 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
128 TAAAAATATTTAAAGCAAGTAATAAG
43573 GCTTTCGAAC
Statistics
Matches: 261, Mismatches: 36, Indels: 60
0.73 0.10 0.17
Matches are distributed among these distances:
164 1 0.00
166 1 0.00
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170 152 0.58
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172 8 0.03
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174 2 0.01
177 1 0.00
178 1 0.00
180 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (160 bp):
TGACTATAAATGGACTTTTCTGACCAACGGATATATTTTTTTTCATGTTTTCTGAGGTAGAAATT
CAATAATTATTTGTTTAAATAAAACACATAAAAAATTCAACTTAAAATTGATTATGAGATTATAA
AAATATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTGGG
Found at i:44528 original size:171 final size:159
Alignment explanation
Indices: 44325--44657 Score: 296
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 159
44315 AATTCAATTT
* * ** * *
44325 AAAATGAATTATGATATTATAAAAACATTTAAAGTGAGT-ACTAAGGCTTTGGAATGCATGAGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAAC-AA-CCTTTGGAAGGCATGAGTG
* ** *
44389 ACTATAAATAGATTTTTTTTGCCTGTTG-ATATCTTTTTCTTCGCGTTTCTAGAGGC-AGACATT
64 ACTATAAATAGA-CTTTTTTGCC-AATGAATATCTTTTTCTTCGCGCTTCTAGAGGCAAG-CATT
*
44452 CAATTATTATT-TATTTTAATCAAAAATGTAAAAA
126 CAATTATT-TTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* *
44486 ANNNNNNNNNNAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAAACAACCTTTTGAAG
1 A----------AAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGT-AACAACCTTTGGAAG
* * * ** * *
44551 GCATGGGTGATTATAAATAGACTTTTTTGCCAATGAATATCTTTTTTTTCTTGCTTCTTGAGGTA
55 GCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCGCGCTTCTAGAGGCA
*
44616 AGCATTCAATTATTTTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
120 AGCATTCAATTATTTTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
44656 AA
1 AA
44658 GTGAACTTAA
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 21, Indels: 31
0.72 0.11 0.16
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.01
161 1 0.01
169 4 0.03
170 65 0.48
171 61 0.45
172 2 0.01
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (159 bp):
AAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAACAACCTTTGGAAGGCATGAGTGAC
TATAAATAGACTTTTTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCGCGCTTCTAGAGGCAAGCATTCAATT
ATTTTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
Found at i:44939 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 43991--45156 Score: 822
Period size: 171 Copynumber: 6.9 Consensus size: 169
43981 NNNNNNNTAG
* * * * *
43991 TTATGAGATTATAAAAACATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGATGACTATAAAT
1 TTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * * * * *** *
44056 GGACTTTTTTTGCTAATGGACATCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGTTAAACCCCCAATTATTATT
66 GGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATTATC
* * *
44121 TATTTTAACCAAATATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAA
131 TATTTTAA-TAAAAATGTAAAAAATTTC-ACTTAAAATGAA
* * *
44162 TTATAAGATTATAAAAACATTTCAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGGAGGCATGGGTGACTATAAAT
1 TTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * * * *
44227 GGGCTTTTCTTGCCAATTGATATCTATTCCTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATAATTATC
66 GGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATTATC
* ********* *
44292 TGTTTTAATGAAANNNNNNNNNNAA-TTCAATTTAAAATGAA
131 TATTTTAAT-AAA-AATGTAAAAAATTTC-ACTTAAAATGAA
* ** * * * *
44333 TTATGATATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTACTAAGGCTTTGGAATGCATGAGTGACTATAAAT
1 TTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * ** * ** * *
44398 AGATTTTTTTTGCCTGTTGATATCTTTTTCTTCGCGTTT-CTAGAGGCAGACATTCAATTATTAT
66 GGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCT-GAGGTAAACATTCAATTATTAT
* ********* *
44462 TTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAANNNNNNNNNNAAATCAA
130 CTATTTTAAT-AAAAATGTAAAAAA-TTTCACTTAAAATGAA
* ** * *
44504 TTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAA-ACAACCTTTTGAAGGCATGGGTGATTATAAA
1 TTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATA-AGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * * * * * *
44568 TAGACTTTT-TTGCCAATGAATATCTTTTTTTTCTTGCTTCTTGAGGTAAGCATTCAATTATTTT
65 TGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATTAT
* * * ** **
44632 CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAGTGAACTTAAAATCCA
130 CTATTTTAA-TAAAAATGT-AAAAAATTTCACTTAAAATGAA
* * * * * *
44674 TTATGAGATTGTAGAAACATTTAAAGCTAGTGAA-AAGGCTTTTGAAGGTATGTGTGACTATAAA
1 TTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGT-AATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* ********** * *
44738 TGGATTTTTCTTNNNNNNNNNNATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATAATTAT
65 TGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATTAT
** *
44803 CTATTTTAATAAAACACATAAAAAATTTCATTTAAAATGAA
130 CTATTTTAATAAAA-ATGTAAAAAATTTCACTTAAAATGAA
* * * * **
44844 TTATGGGATTATAAAAAAATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGATATGGGTGACTATAAAT
1 TTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* ** * ** * * **
44909 GGCCTTTTCTTATCAATGGATATTTTTTTCTTCACATTT-CTCAAGGTAAACATTCAACTACAAT
66 GGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCT-GAGGTAAACATTCAATTATTAT
*
44973 CTATTTTTAA-AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCG-A
130 CTA-TTTTAATAAAAATGT-AAAAAATTTCACTTAAAAT-GAA
** * * * ** * *
45014 TTATGAGATTATAAAATTATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGTAATGGGTAATTATAAAT
1 TTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * * * * * *
45079 AGACTTTCCTTGCCAATTGATATC-TTTTCTTCATGTTT-CTCGAGATAGATATTGAATTATAAT
66 GGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCT-GAGGTAAACATTCAATTATTAT
45142 CTATTTTAATAAAAA
130 CTATTTTAATAAAAA
45157 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 760, Mismatches: 217, Indels: 38
0.75 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.01
169 44 0.06
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ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
GGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATTATC
TATTTTAATAAAAATGTAAAAAATTTCACTTAAAATGAA
Found at i:46274 original size:161 final size:161
Alignment explanation
Indices: 45983--46302 Score: 419
Period size: 161 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
45973 NNNNNNNNNN
* * * * * *
45983 AATCAATTATGAGATTATTAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCGTGGGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTCGAAAGCATGGGTGAAT
* * * * * *
46048 ATAAATATACTTTTCTTGCCAATAAATGTCTTTTTTTTCTCGTTTTTCGAGTTAGACACTCAATT
66 ATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATATCTTTTTTTTCTCGTTTCTCAAGGTAGACACTCAATT
*
46113 ATTATTTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
131 ATTATTTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
* * *
46144 AATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAATGAGTAATAAAGCTTTCG-AAGATATGGGTGAA
1 AATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTCGAAAG-CATGGGTGAA
** * * *
46208 TATAGCTGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTTC-CGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
65 TATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATATCTTTTT-TTTCTCGTTTCTCAAGGTAGACACTCAA
46272 TTATTATTTATTTTAACAAAAAATGTAAAAA
129 TTATTATTTATTTTAACAAAAAATGTAAAAA
46303 CATTTGACTT
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 21, Indels: 4
0.84 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
160 3 0.02
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ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (161 bp):
AATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTCGAAAGCATGGGTGAAT
ATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATATCTTTTTTTTCTCGTTTCTCAAGGTAGACACTCAATT
ATTATTTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
Found at i:46663 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 46142--47530 Score: 623
Period size: 171 Copynumber: 8.1 Consensus size: 171
46132 AATGTAAAAA
*** * **
46142 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAATGAGTAATAAAG-CTTTCGAAGATATGGGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAA-AAAGCCTTTTGAAGGCATGGGTG
* * ** ** ** *
46206 AATATAGCTGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTTCC-GTTT-CTCAAGGTAGACATT
65 ACTAAAAATAAACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTC-TTCCTGTTTCCT-GAGGTAGACATT
** * *
46269 CAATTATTATTTATTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTTG-ACTT
128 CAATTATTATCCATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTGAACTT
********** * *
46313 AAAATCAATTATGAGATTANNNNNNNNNNTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTAAAGGTATGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGCATGGGTGA
* * * * ********* *
46378 CTATAAACAGAC-TTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTNNNNNNNNNNC-GAGATAGACATTCA
66 CTAAAAATAAACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCT-TCCTGTTTCCTGAGGTAGACATTCA
* ** * ** * * *
46441 ATTATAATCTGTTTGAATAAAAAATATAAAAATATTTCAACTT
130 ATTATTATCCATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTGAACTT
* * * ********** *
46484 AGAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGNNNNNNNNNNTTTGAAGGCATTGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGCATGGGTGA
* ** * *** * *
46549 CTATAAATGGACTTTTCTTTTGGCTGGATATCTTTTTCTTCAC-GTTT-CTCGAGGTATACATTC
66 CTAAAAATAAACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTC-CTGTTTCCT-GAGGTAGACATTC
** *
46612 AATTATTATTTATTTTAACCAAAAATGTATAAAAATTTG-ACTT
129 AATTATTATCCATTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTGAACTT
* * * * *
46655 AAAATCAATTATGATAGTATTAAAACATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGTATGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGCATGGGTGA
46720 CTAAAAATAAACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTCCTGTTTCCTGAGGTAGACATTCAA
66 CTAAAAATAAACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTCCTGTTTCCTGAGGTAGACATTCAA
*
46785 TTATTATCCATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTGAACTT
131 TTATTATCCATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTGAACTT
* * * * * * * ** *
46826 AATATCCATTATGGGGTTATAAAAATATTTAAAGCTAGTAAAAAGGCTTTTGATGGTGTAGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGCATGGGTGA
* ** * ** * **
46891 CTATAAATGCACTTTTGTTACCAATGGATATCTTTTTCTTTATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAA
66 CTAAAAATAAACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTCCTGTTTCCTGAGGTAGACATTCAA
* ** ** * *
46956 TAATTATCTGTTTTAATGAAACACATG--AAAAAATTTAATTT
131 TTATTATCCATTTTAACCAAA-A-ATGTAAAAAAATTGAACTT
********************************* * * *
46997 AAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGCATGGGTGA
* ** * * * **
47062 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCACT-AGATATCTTTTTCTTTAC-GTTT-CTGAAGAAAGACATT
66 CTAAAAATAAACTTTTCTTGTCAATGA-ATATCTTTTTC-TTCCTGTTTCCTG-AGGTAGACATT
* * *
47124 CAATTATTTTTCATTTTAACCAAATATGTAAAAAAATTTG-ACTT
128 CAATTATTATCCATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TTGAACTT
* * *********
47168 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAAAAAGTCTTTTGAAGGNNNNNNNNN
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGCATGGGTGA
* * * * * *
47233 NTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATATCTTTTTTTTTCC-GTTTCTTGAGGTAGACATTCA
66 CTAAAAATAAACTTTTCTTGTCAATGAATATC-TTTTTCTTCCTGTTTCCTGAGGTAGACATTCA
* * *** * ** * *
47297 ATTCTAATATGTTTTTATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
130 ATTATTATCCATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTGAACTT
* * * * * *** ** *
47339 AAAATCAATTATAAGATTACAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATTAGCGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGCATGGGTGA
* * * ** * * * *
47404 CTATAAATATACTTTTCTTGTCACTGGGTATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAA
66 CTAAAAATAAACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTCCTGTTTCCTGAGGTAGACATTCAA
* ** * *
47469 TTAATATTTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTAAACTT
131 TTATTATCCATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTGAACTT
47510 AAAATCAATTATGAGATTATA
1 AAAATCAATTATGAGATTATA
47531 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 880, Mismatches: 312, Indels: 52
0.71 0.25 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.00
170 93 0.11
171 703 0.80
172 73 0.08
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGCATGGGTGA
CTAAAAATAAACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTCCTGTTTCCTGAGGTAGACATTCAA
TTATTATCCATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTGAACTT
Found at i:46892 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 45983--47530 Score: 955
Period size: 342 Copynumber: 4.6 Consensus size: 338
45973 NNNNNNNNNN
* * * * **
45983 AATCAATTATGAGATTATTAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCGTGGGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATTAAAACATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGTATGGGTGACT
* * * * * * *
46048 ATAAATATACTTTTCTTGCCAATAAATGTCTTTTT-TTTCTCGTTTTTCGAGTTAGACACTCAAT
66 ATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCCT-GTTTCT-GAGATAGACATTCAAT
*
46112 TATTATTTATTTTAA-CTAAAAATGT---AAAA--AA---AAATCAATTATGAGATTATAAAAAT
129 TATTATCTATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAAAT
* * * * * **
46168 ATTTAAA-ATGAGTAATAAAGCTTTCGAAGATATGGGTGAATATAGCTGGACTTTTCTTACCAAT
193 ATTTAAAGCT-AGTAA-AAAGCTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT
* *
46232 GAATATCTTTTTCTTTC-CGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTATTTATTTTAACAAAAAAT
256 GGATATCTTTTTC-TTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATTATTTATTTTAACAAAAAAT
46296 GTAAAAACATTTGACTTAA
320 GTAAAAACATTTGACTTAA
********** *
46315 AATCAATTATGAGATTANNNNNNNNNNTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTAAAGGTATGGGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATTAAAACATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGTATGGGTGACT
* * ********
46380 ATAAACAGAC-TTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTNNNNNNNNNNC-GAGATAGACATTCAAT
66 ATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCT--TCCTGTTTCTGAGATAGACATTCAAT
* * * * * * *
46443 TATAATCTGTTTGAATAAAAAATATAAAAATATTTCAACTTAGAATCAATTATAAGATTATAAAA
129 TATTATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAA-AATT-AACTTA-AATCAATTATGAGATTATAAAA
* ********* * * *****
46508 ATATTTAAAGCGAGNNNNNNNNNNTTTGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTTGGC
191 ATATTTAAAGCTAG-TAAAAAGCTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAA
* *
46573 TGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTATACATTCAATTATTATTTATTTTAACCAAAAAT
255 TGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATTATTTATTTTAACAAAAAAT
46638 GTATAAAA-ATTTGACTTAA
320 GTA-AAAACATTTGACTTAA
* *
46657 AATCAATTATGATAGTATTAAAACATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGTATGGGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATTAAAACATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGTATGGGTGACT
* * *
46722 AAAAATAAACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTCCTGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATT
66 ATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCCTGTTT-CTGAGATAGACATTCAATT
* * * *
46787 ATTATCCATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAATATCCATTATGGGGTTATAAAAAT
130 ATTATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAA-ATCAATTATGAGATTATAAAAAT
* * * *
46852 ATTTAAAGCTAGTAAAAAGGCTTTTGATGGTGTAGGTGACTATAAATGCACTTTTGTTACCAATG
193 ATTTAAAGCTAGTAAAAA-GCTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
* * * * * * *
46917 GATATCTTTTTCTTTATGTTTC-CTGAGGTAGACATTCAATAATTATCTGTTTTAATGAAACACA
257 GATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATTATTTATTTTAA-CAAA-AAA
* *
46981 TG-AAAAA-ATTTAATTTAA
319 TGTAAAAACATTTGACTTAA
********************************* * *
46999 ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATTAAAACATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGTATGGGTGACT
** * * *
47064 ATAAATGGACTTTTCTTGCCACT-AGATATCTTTTTCTTTAC-GTTTCTGAAGAAAGACATTCAA
66 ATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGA-ATATCTTTTTC-TTCCTGTTTCTG-AGATAGACATTCAA
* * * *
47127 TTATT-TTTCATTTTAACCAAATATGTAAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
128 TTATTATCT-ATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAA-TTAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAA
* * ********** * *
47191 AACATTTAAAGCAAGTAAAAAGTCTTTTGAAGGNNNNNNNNNNTATAAATAGACTTTTCTTATCA
190 AATATTTAAAGCTAGTAAAAAG-CTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCA
* * * * * * * * *
47256 ATGAATATCTTTTTTTTTC-CGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTCTAATATGTTTTTATAAAAA
254 ATGGATATC-TTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATTATTTATTTTAACAAAAA
* * **
47320 ATATAAAAAAATTCAACTTAA
318 ATGTAAAAACATTTGACTTAA
* ** * * * * *** * ** *
47341 AATCAATTATAAGATTACAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATTAGCGACT
1 AATCAATTATGAGATTATTAAAACATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGTATGGGTGACT
* * * ** * * **
47406 ATAAATATACTTTTCTTGTCACTGGGTATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATT
66 ATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCCTGTTTC-TGAGATAGACATTCAATT
* *
47471 AATATTTATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
130 ATTATCTATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATT-AACTT-AAATCAATTATGAGATTATA
47531 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 899, Mismatches: 273, Indels: 78
0.72 0.22 0.06
Matches are distributed among these distances:
331 54 0.06
332 57 0.06
334 2 0.00
335 1 0.00
338 2 0.00
340 3 0.00
341 25 0.03
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343 89 0.10
344 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (338 bp):
AATCAATTATGAGATTATTAAAACATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGTATGGGTGACT
ATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCCTGTTTCTGAGATAGACATTCAATTA
TTATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATT
TAAAGCTAGTAAAAAGCTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATA
TCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATTATTTATTTTAACAAAAAATGTAAAA
ACATTTGACTTAA
Done.