Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398149.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1453.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11044
ACGTcount: A:0.32, C:0.10, G:0.11, T:0.30
Warning! 1821 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:293 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--959 Score: 1004
Period size: 171 Copynumber: 5.6 Consensus size: 171
* * * * ** *
1 TAAGGCTTTTGAAGGAAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATATCTTTTCCTT
1 TAAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT
* * *
65 CATGTTTC-CTGAGGTAGACATTCAGTTATAATTTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTTAA
65 CATGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * *
128 CATAAAATTAAGTATGAGATTATAAAAACAATTAAAGCAAGTAA
128 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAA
* * * * * *** *
172 TAAGGCTTTCAAAGGCATGTGTAAGTACAAATAGACTTTTCTCATCAATAAATGGCTTTTTCTTC
1 TAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTC
* * * * * * **
237 ATTTTTCTCAAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAAAAAAAAATGCAGTTT
66 ATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* ** * *
302 AAAGTCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGATTAA
131 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAA
* * * * *
343 TAGGGCTTTTGAAGGAATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTC
1 TAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTC
* * * * *
408 ATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTATTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
66 ATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* * *
473 AAAATCATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAA
131 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAA
* * * *
514 TAACGCTTTTGAAGGTATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTGTTCTTC
1 TAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTC
* * *
579 ATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGA-AAAGAAAATTCAAC
66 ATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT-ATAAA-AAAATTCAAC
* * * *
643 TTAAAGTCAATTACGAGATTAT-AAAACTATTTAAAACGAGTAA
129 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAC-ATTTAAAGCAAGTAA
* * * ** *
686 TAAGG-GTTCTGAAGGCAT-A-TGAGCTATAAATGGAATTTTCTTGCCATTGAATATCTTTTGTT
1 TAAGGCTTTC-GAAGGCATGAGTGAG-TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-TC
* * * * * *
748 TTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTTTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCA
63 TTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCA
* * *
812 ACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAAACAATTCAAGCAAGTAA
127 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAA
* * * * * *
857 TAAGGCTTCCGAAGGTATGGGTGAGTGTAAATGAACTTTTCTCT-TCAATGAATGGCTTTTTCTT
1 TAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTT
921 CATGTTTCAT-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
65 CATGTTTC-TCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
960 GANNNNNNNN
Statistics
Matches: 642, Mismatches: 129, Indels: 34
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.01
171 500 0.78
172 133 0.21
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTC
ATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
AAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAA
Found at i:837 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 4--959 Score: 1256
Period size: 342 Copynumber: 2.8 Consensus size: 341
1 TAA
* * *
4 GGCTTTTGAAGGAAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATATCTTTTCCTTCAT
1 GGCTTCTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCAT
* * * *
68 GTTTCCTGAGGTAGACATTCAGTTATAATTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACATAA
65 GTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * *
133 AATTAAGTATGAGATTATAAAAACAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGTGTAAGT
130 AATCAATTATGAGATTATAAAAACAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGAGT
* * * * * ** * *
198 ACAAATAGACTTTTCTCATCAATAAATGGCTTTTTCTTCATTTTTCTCAAGGTAAACATTTAATT
195 ATAAATGGACTTTTCT-TTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATT
* ** * *
263 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATAAAAAAAAATGCAGTTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAATT
259 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATGCAACTTAAAGTCAATTACGAGATTATAAAACT
* *
328 ATTTAAAGCGATTAATAG
324 ATTTAAAACGAGTAATAG
* *
346 GGCTTTTGAAGGAATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCAT
1 GGCTTCTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCAT
* * *
410 GTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTATTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
65 GTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * *
475 AATCATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAACGCTTTTGAAGGTATGAGTGAGT
130 AATCAATTATGAGATTATAAAAACAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGAGT
* * *
540 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTGTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATT
195 ATAAATGGACTTTTCTT-TCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATT
* *
605 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAGAAAATTCAACTTAAAGTCAATTACGAGATTATAAAAC
259 ATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-AAAAAAAAATGCAACTTAAAGTCAATTACGAGATTATAAAAC
670 TATTTAAAACGAGTAATAAG
323 TATTTAAAACGAGTAAT-AG
* * * *
690 GG-TTCTGAAGGCAT-A-TGAGCTATAAATGGAATTTTCTTGCCATTGAATATCTTTTGTTTTCA
1 GGCTTCTGAAGGAATGAGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTT-TCTTCA
* ** * *
752 CGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTTTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTG
64 TGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * *
817 AAATCAATTATGAGATTATAAAAACAATTCAAGCAAGTAATAAGGCTTCCGAAGGTATGGGTGAG
129 AAATCAATTATGAGATTATAAAAACAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGAG
* * *
882 TGTAAATGAACTTTTCTCTTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCATGAGGTAGACATTCAAT
194 TATAAATGGACTTTTCT-TTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAAT
947 TATAATCTGTTTT
258 TATAATCTGTTTT
960 GANNNNNNNN
Statistics
Matches: 533, Mismatches: 72, Indels: 17
0.86 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
341 4 0.01
342 273 0.51
343 251 0.47
344 5 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
GGCTTCTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATG
TTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
ATCAATTATGAGATTATAAAAACAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGAGTA
TAAATGGACTTTTCTTTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTAT
AATCTGTTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATGCAACTTAAAGTCAATTACGAGATTATAAAACTAT
TTAAAACGAGTAATAG
Found at i:1991 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1636--2026 Score: 380
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 169
1626 TTTCATGCCC
** * * *
1636 ATGAATAATTTTTTCTTTGCGTTTCTCAAGGTAAACATTTAATTATAAT-GTATTTTAATAAAAA
1 ATGAATAGCTTTTTC-TT-CGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCGTATTTTAATAAAAA
** * * * * ***
1700 TGTAAACAAATTCAACTTCAAATCAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGGGTAACAAGGT
64 AATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGAATATAAAACTAATTAAAGCAAGTAACAAGGT
* *
1765 TTCTAAAGGTATAGGTGACTATAAATAGACTTTTATTACTG
129 TTCTAAAGGTATAGGTGACTATAAATAGACTTTTATCACTA
* *
1806 ATGAATATCTTTTTCTCTACGTTTTTCAAAGTAGACATTCAATTATAATCG-ATTTTAATAAAAA
1 ATGAATAGCTTTTTCT-T-CGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCGTATTTTAAT-AAAA
* *
1870 AAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAAC-AATTAAAGCAAGTAATAAG
63 AAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGAATAT-AAAACTAATTAAAGCAAGTAACAAG
* * * * *
1934 GCTTTC-GAAGGTATGGGTGAGTGTAAAT-GAACTTTTCTCA-TCA
127 G-TTTCTAAAGGTATAGGTGACTATAAATAG-ACTTTTATCACT-A
* * * *
1977 ATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTACAATC
1 ATGAATAGCTTTTTCTTCGTTTTTCA--AGGTAGACATTCAATTATAATC
2027 TGTTTTGACC
Statistics
Matches: 181, Mismatches: 31, Indels: 17
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.04
170 51 0.28
171 113 0.62
172 9 0.05
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
ATGAATAGCTTTTTCTTCGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCGTATTTTAATAAAAAAA
TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGAATATAAAACTAATTAAAGCAAGTAACAAGGTTT
CTAAAGGTATAGGTGACTATAAATAGACTTTTATCACTA
Found at i:3760 original size:512 final size:510
Alignment explanation
Indices: 2813--3958 Score: 1542
Period size: 512 Copynumber: 2.2 Consensus size: 510
2803 TTCTAAAGGT
* * * * * * * * * * *
2813 ATAGGTGACTATAAATAGACTTTTATTACCGATGAATATCTTTTTCTCCACGTTTTTCAA-AGTA
1 ATAGGTGAGTATAAATGGACTATTCTCACCAATGAATAGCTTATTCTGCATGTTTCTCAACA-TA
* * * * *
2877 GACATTCAATTATAATCTACTTTAATAAAAAATCAAAAAAATCAACTTAAAATTAATTATGAGAA
65 TACATTCAATTATAATATGCTTTAATAAAAAATGAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGAA
* *
2942 TATAAAAGCATTTAAAGCGCACAATAAGGCTTTTGAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
130 TATAAAAGCATTTAAAGCGCACAATAAGGCTTTCGAGGCATGGGTGACTATAAATGGACATTTCT
* *
3007 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTGCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAACTATAATCTGTTTTAACC
195 TACCAATGAATGGCTTTTTCTGCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAACTATAATATGTTTTAACC
* *
3072 AAAAATTAAAAACAATACAACTTAATGTAAATTATCAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
260 AAAAATTAAAAACAATACAACTTAAGGTAAATTATCAAATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* * * * * * *
3137 AAGGCTTTTGAAGCCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCTAATGAATATCTTTTTTTGCA
325 AAGGCTTTTCAAGCCACAGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTACA
* * *
3202 TGTTTCTCAAGATAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAACT-AACTT
390 CGTTTCTCAAGATAGACATTCAATAATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAAACTCAACTT
* * *
3266 AAAATCTATTATGAGATTATAAAAATAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGAC
454 AAAATCAATTATGAGAATATAAAAATAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTACGAAGAC
*** * * *
3323 ATAGGTGAGTATAAATGGACTATTCTTGTCATTGAATATCTTATTCTGCATGTTTCTCTACATAT
1 ATAGGTGAGTATAAATGGACTATTCTCACCAATGAATAGCTTATTCTGCATGTTTCTCAACATAT
* * * *
3388 ACATTAAATTATAATATGCTTTAATAAAAAATGTAAAAAATGAACTTAAAATCAATTATGAGATT
66 ACATTCAATTATAATATGCTTTAATAAAAAATGAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGAAT
** * ** *
3453 ATAAAATTATTTAAGGCG-AGTGATAAGGCTTTCGAAGTCATGGGTGACTATAAATGGACATTTC
131 ATAAAAGCATTTAAAGCGCA-CAATAAGGCTTTCG-AGGCATGGGTGACTATAAATGGACATTTC
* *
3517 TTACCAATGAATGGCTTTTTCTGTATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAACTATAATATGTTTTAAC
194 TTACCAATGAATGGCTTTTTCTGCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAACTATAATATGTTTTAAC
* * * * * *
3582 CAAAAAATTAAAAATATTTCAACTTAAGGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
259 C-AAAAATTAAAAACAATACAACTTAAGGTAAATTATCAAATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
*
3647 ATAAGGCTTTTCAAGGCACAGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTA
323 ATAAGGCTTTTCAAGCCACAGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTA
* *
3712 CACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATAATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
388 CACGTTTCTCAAGATAGACATTCAATAATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAACTCAACT
*
3777 TAAAATCAATTATGAGAATATAAAAATAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTACGAAGGC
453 TAAAATCAATTATGAGAATATAAAAATAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTACGAAGAC
* * * * **
3835 ATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTCACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGTTAT
1 ATAGGTGAGTATAAATGGACTATTCTCACCAATGAATAGCTTATTCTGCATGTTTCTCAACATAT
* * ** *
3900 ACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGAAAAGAAATTCAACTTAAAGTCAATT
66 ACATTCAATTATAATATGCTTTAATAAAAAATGAAAA-AAA-TCAACTTAAAATCAATT
3959 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 550, Mismatches: 79, Indels: 10
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
509 1 0.00
510 132 0.24
511 98 0.18
512 301 0.55
513 3 0.01
514 15 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (510 bp):
ATAGGTGAGTATAAATGGACTATTCTCACCAATGAATAGCTTATTCTGCATGTTTCTCAACATAT
ACATTCAATTATAATATGCTTTAATAAAAAATGAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGAAT
ATAAAAGCATTTAAAGCGCACAATAAGGCTTTCGAGGCATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTT
ACCAATGAATGGCTTTTTCTGCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAACTATAATATGTTTTAACCA
AAAATTAAAAACAATACAACTTAAGGTAAATTATCAAATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
AGGCTTTTCAAGCCACAGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTACAC
GTTTCTCAAGATAGACATTCAATAATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAACTCAACTTAA
AATCAATTATGAGAATATAAAAATAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTACGAAGAC
Found at i:4053 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2808--4053 Score: 1243
Period size: 171 Copynumber: 7.3 Consensus size: 170
2798 AAGGCTTCTA
* * * * * * * *
2808 AAGGTATAGGTGACTATAAATAGACTTTTATTACCGATGAATATCTTTTTCTCCACGTTTTTCAA
1 AAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAA
* ** * * *
2873 AGTAGACATTCAATTATAATCTACTTTAATAAAAAATCAAAAAAA-TCAACTTAAAATTAATTAT
66 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * *
2937 GAGAATATAAAAGC-ATTTAAAGCGCA-CAATAAGGCTTTTG
131 GAGATTATAAAA-CTATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTCG
* ** *
2977 -AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTGCATGTTTCTCAA
1 AAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAA
* * * ** *
3041 GGTAGACATTCAACTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTAAAAACAATACAACTTAATGTAAATTA
66 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * *
3106 TCAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
130 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCG
* * * *
3147 AAGCCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCTAATGAATATCTTTTT-TTGCATGTTTCTCA
1 AAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTT-CATGTTTCTCA
* * * * *
3211 AGATAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA-ACTAACTTAAAATCTAT
65 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAT-TAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAAT
* *
3275 TATGAGATTATAAAAATAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCG
128 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * * * * *
3318 AAGACATAGGTGAGTATAAATGGACTATTCTTGTCATTGAATATCTTATTCTGCATGTTTCTCTA
1 AAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAA
** * * * * * *
3383 CATATACATTAAATTATAATATGCTTTAATAAAAAATGT-AAAAAA-TGAACTTAAAATCAATTA
66 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
3446 TGAGATTATAAAATTATTTAAGGCGAGTGATAAGGCTTTCG
130 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * ** *
3487 AAGTCATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTGT-ATGTTTCTTA
1 AAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCT-TCATGTTTCTCA
* * * **
3551 AGGTAGACATTCAACTATAATATGTTTTAACCAAAAAATTAAAAATATTTCAACTTAAGGTCAAT
65 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAAT
*
3616 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTC-
128 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTCG
* ** * *
3659 AAGGCACAGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTACACGTTTCTCAA
1 AAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAA
* *
3724 GGTAGACATTCAATAATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
66 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
3789 TGAGAATATAAAAATAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTACG
130 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCG
* * ** *
3830 AAGGCATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTCACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAA
1 AAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAA
* * * * * * *
3895 GTTATACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGAAAAGAAATTCAACTTAAAGTCAATTN
66 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTA
********* ** **
3960 NNNNNNNNNAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTA
130 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCG
** * * *
4001 AAGGTGTAGGTGACTGTAAATGGACTTTTCGTACCAATGAATATCTTTTTCTT
1 AAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTT
4054 TACATTTTNN
Statistics
Matches: 884, Mismatches: 174, Indels: 36
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 89 0.10
169 129 0.15
170 73 0.08
171 452 0.51
172 137 0.15
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAA
GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCG
Found at i:5308 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 5119--5594 Score: 519
Period size: 170 Copynumber: 2.8 Consensus size: 168
5109 NNNNNNNNTT
*
5119 TGTTTTAACT-AAAA-ATAAAAAAAATTAACTTAAACTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
1 TGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAAATTAACTTAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAA
* * * * *
5182 AAAGAGTAATAAGGCTTTGAAGGCATTGGTGACTATAAATAGAATTTTCATGCCAATGAATAACT
64 AAAGAGTAATAAAGCTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAACT
***********
5247 TTTTCTNNNNNNNNNNNATGGCAGACATTCAATTATAATC
129 TTTTCTTCTCATTTCCCATGGCAGACATTCAATTATAATC
* * * ********
5287 TGTTTTAATAAAAATATAAAAAAACTCAACTCCAAATCAATTATGAGATTATAAAACNNNNNNNN
1 TGTTTTAATAAAAATATAAAAAAAATTAACT-TAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAA
** * * *
5352 NNGAGTAATAAACCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCT
65 AAGAGTAATAAAGC-TTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAACT
5417 TTTTCTTCTCATTTCCCATGGCAGACATTCAATTATAATC
129 TTTTCTTCTCATTTCCCATGGCAGACATTCAATTATAATC
**
5457 TGTTTTAATAGAAAATA-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATAATTA
1 TGTTTTAATA-AAAATATAAAAAAAATT-AACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTA
* *
5521 AAGCA-AGTAATAAAGCTTTGAAGGCATAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAA
63 AA-AAGAGTAATAAAGCTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAA
5585 CTTTTTCTTC
127 CTTTTTCTTC
5595 ATGTTCCTTG
Statistics
Matches: 250, Mismatches: 50, Indels: 14
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 12 0.05
169 45 0.18
170 149 0.60
171 43 0.17
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.12, T:0.32
Consensus pattern (168 bp):
TGTTTTAATAAAAATATAAAAAAAATTAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAA
AGAGTAATAAAGCTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAACTTT
TTCTTCTCATTTCCCATGGCAGACATTCAATTATAATC
Found at i:6075 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5836--8225 Score: 1776
Period size: 170 Copynumber: 14.1 Consensus size: 169
5826 ACTTTTCTCA
** * * * * **
5836 CCAATGAATGGCTATTTCTTCATGTTTCACG-AGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGACCA
1 CCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAG-TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAA
* * * * **
5900 AAAATGAAAAAAAAT-AACTTGAAGTCAGTTATGAGATTATAAAGCCATTTAGTGCGAGTAATAA
65 AAAAT-AAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * *
5964 GGCTTTTAAAGGTATAGGTGACTATAAATAAACTTTTTCATG
129 GGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGAC-TTTTCATG
* * * *
6006 CCAATAAATATCTTTTTTTTCATGTTTCTCGAAGTAGATATTCAATTATAACCTATTTTAATAAA
1 CCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAA
* * * * *
6071 AAATGTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTGTAGAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
66 AAA--TAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* ** * ** *
6136 -ACGTTTTGAAGGCATAGAAGGCTATAAAGGGACTTTTCTTG
129 GGC-TTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCATG
* * * *
6177 -CATATGAATATC-TTTTCTACATATTCCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA
1 CCA-ATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAA-GTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATA
* * * ** * *
6239 AAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAATAATTAAAGCAAGTAAT
64 AAAAA--TAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * * * *
6304 AAGTCTTCTAAAAG-AGTGGGCGAGTATAAATGGATTTTTC-T-
127 AAGGCTTTTGAAGGCA-TAGGTGACTATAAATAGACTTTTCATG
** * * * *
6345 CAGCAATGAATGGCTATGTT-TTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTTAATTATAATTTGTTTTAA
1 C--CAATGAATATCT-TTTTCTTCATGTTTCTCGAA-GTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
* * * **
6408 CT-AAAAATAAAAAAAAATTAACTTAAACTCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAAAGAGTA
62 -TAAAAAAT-AAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * *
6472 ATAAGGC-TGTGAAGGCATTGGTGACTATAAATAGAATTTTCATG
125 ATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCATG
* * * * *
6516 CCAATGAATAACTTTTTCTTC-TCATTTCTC-ATGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA
1 CCAATGAATATCTTTTTCTTCAT-GTTTCTCGA-AGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATA
* * * * *
6579 AAAATATAAAAAAACTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGGGTAACA
64 AAAA-ATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* *
6644 AGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTA
128 AGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCATG
* * * * * * *
6686 TCGATGAATATGTTTTTCTACATGTTTTTCAAAGTAGACATTCAATTATAATCGATTTTAATAAA
1 CCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAA
* * * * * * *
6751 AAAT-ATAGAAA--AA-TTGAAGTCAATTATGAGATGATAAAGCCATTTAAAGCGAGT-ATGAGG
66 AAATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * *
6811 CTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAAAAGACTTTTGTATA
131 CTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTT-CATG
* ** * * *
6851 CCAATAAATATCTTTTTCTTCACCTTTC-CCAAGGTAGACATTGAATTATAATCGATTTTAATAA
1 CCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAA-GTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAA
* * * *
6915 AAAAT-ATAAAAA--AA-TTGAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAA
65 AAAATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * * * * *
6976 GCTTCTGAAAGCATAAGTAATTACAAATGGACTATTCTTG
130 GCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCATG
* * * * * * * * *
7016 CCATTGAATATCTTGTTCTACATGTTTTTTG-AGCTAAACATTCTATTATAATCTACTGTAATAA
1 CCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAG-TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAA
* * * *
7080 AAAATATGAAAAAATCACCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGCGCA-TAATA
65 AAAATA-AAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATA
* * * *
7144 AGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAACTAGACTTTTCTTA
128 AGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCATG
** * * * * * * *
7186 CCAATGAATGGC-TTTTCTGCAAGTTTTTC-AAGGTAGACATTCAACTACAATCTGTTTTAACCA
1 CCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAA-GTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TA
* * *
7249 AAAATTAAAAACAATTCAACTT--AAT--ATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
64 AAAAATAAAAA-AAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
** *
7310 AGGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
128 AGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCATG
** * * ** * *
7352 CCAATGAATAAATTTCTCTGCATGTTT-TTTAAGATACATATTCAATTATAATCTATTTTAATAA
1 CCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAG-TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAA
* * ** * *
7416 AAAATGTAAAAAAAAAATTAACTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAAATAATTAAAGCAAGTAA
65 AAAA--T--AAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
** *
7481 TAAGGC-TTTGAAGGCATAGGTGACTATAAAGGGACTTTTCTTG
126 TAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCATG
* * * * * * * * *
7524 CCAATGAATAACTTTTTCTTCATGTTCCTTGAGGTAAACTTTCAATTACAATATATTTCAATAAA
1 CCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAA
* * * * *
7589 AAATATAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATCAGATCAT-AAATCACTTAAAGCGAGTAATAA
66 AAATA-AAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * * *
7653 GACTTTCGAAGGCATGGGTAAGTATAAATGGACTTTTC-TCA
129 GGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCAT-G
* * * * *
7694 CCAATGAAT-GCTTTTTTCTTCACGTTTCTCG-AGTTAAACATTCAATTATAATTTTTTTTAACT
1 CCAATGAATATC-TTTTTCTTCATGTTTCTCGAAG-TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-T
* * *
7757 -AAAAATGAAAAGAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGA
63 AAAAAAT-AAAA-AAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
** *** * * * * *
7821 TAAACCTTTTGAAGGCATAAAAGGCTATAGACAGACTTGTCTTG
126 TAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCATG
* * * * *
7865 CCAATGAATATC-TTTTCTACATGTTCCTC-AATGTAGAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAA
1 CCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAA-GTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAA
* * * * * * *
7928 ACAATATAAAATAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAACAATTAAAGCAAGTAATA
65 A-AA-ATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* ** * * * *
7993 AGACTTTCAAAGGAATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTC-T-
128 AGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCATG
** * * * *
8033 CATCAATGAATGGCTATTTCTTCATGTTTTTC-AAGGTAGACATTTAATTATAATCTAGTTTAAT
1 C--CAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAA-GTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAT
* * ********** * *
8097 TAAAAATAAAAAACAATTCAACTTAAAGTCAATTNNNNNNNNNNAAAATCATTTGAAA-AGAGTA
63 AAAAAATAAAAAA-AA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTA
** * *
8161 ATAAGGCTTCCGAAGGCATTGGTGACTATAAATAGAATTTTCATG
125 ATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCATG
*
8206 CCAATGAATAACTTTTTCTT
1 CCAATGAATATCTTTTTCTT
8226 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1757, Mismatches: 383, Indels: 159
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
164 41 0.02
165 190 0.11
166 120 0.07
167 41 0.02
168 15 0.01
169 218 0.12
170 672 0.38
171 262 0.15
172 159 0.09
173 39 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
CCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAA
AAATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
CTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCATG
Found at i:6369 original size:341 final size:336
Alignment explanation
Indices: 5870--8130 Score: 1703
Period size: 339 Copynumber: 6.7 Consensus size: 336
5860 TTTCACGAGA
* ** * * *
5870 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGA-AAAAAAA-T-AACTTGAAGTCAGTTAT
1 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* ** ** * * * **
5932 GAGATTATAAAGCCATTTAGTGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATAGGTGACTATAAATAAAC
65 GAGAATATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGAC-TTTAAAAG-ATAGGTGAGTATAAATGGAC
* * * *
5997 TTTT-TCATGCCAATAAATATCTTTTTTTTCATGTTTCTCGAAGTAGATATTCAATTATAACCTA
128 TTTTCTCA-G-CAATGAATAGC--TTTTTTCATGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTATAATCTA
* * *
6061 TTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTGTAGAACTATTTAAAG
189 TTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
6126 CGAGTAATAAACGTTTTGAAGGCATAGAAGGCTATAAAGGGACTTTTCTTG-CATATGAATATC-
253 CGAGTAAT-AAGGTTTTGAAGGCATAGAAGACTATAAAGAGACTTTTCTTGCCA-ATGAATATCT
6189 TTTTCTACATATTCCTCAAGG
316 TTTTCTACATATTCCTCAAGG
* *
6210 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATG
1 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * *
6275 AGAATATAAAAATAATTAAAGCAAGTAATAAGTCTTCTAAAAGAGTGGGCGAGTATAAATGGATT
66 AGAATATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGACTT-TAAAAGA-TAGGTGAGTATAAATGGACT
* * * *
6340 TTTCTCAGCAATGAATGGCTATGTTTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTTAATTATAATTTGTT
129 TTTCTCAGCAATGAATAGCT-T-TTTTCATGTTTCTCGAA-GTAGACATTCAATTATAATCTATT
** * **
6404 TTAACT-AAAAATAAAAAAAAATT-AACTTAAACTCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAAA
191 TTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * ** * * * *
6467 GAGTAATAAGGCTGTGAAGGCATTGGTGACTATAAATAGAATTTTCATGCCAATGAATAACTTTT
254 GAGTAATAAGGTTTTGAAGGCATAGAAGACTATAAAGAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTT
* * *
6532 TCTTC-TCATTTCTCATGG
319 TCTACAT-ATTCCTCAAGG
* * *
6550 CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAACTCAACTTCAAATCAATTATG
1 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * * * * *
6614 AGATTACAAAACCATTTAAAGCGGGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACT
66 AGAATATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGAC-TTTAAAAG-ATAGGTGAGTATAAATGGACT
* * * * * *
6679 TTTCTTATCGATGAATATG-TTTTTCTACATGTTTTTCAAAGTAGACATTCAATTATAATCGATT
129 TTTCTCAGCAATGAATA-GCTTTTT-T-CATGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTATAATCTATT
* * * * * *
6743 TTAATAAAAAATATAGAAAAA-T----TGAAGTCAATTATGAGATGATAAAGCCATTTAAAGCGA
191 TTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * *
6803 GT-ATGAGGCTTTTGAAGGCATA-AGTGACTATAAAAAGACTTTTGTATACCAATAAATATCTTT
256 GTAATAAGG-TTTTGAAGGCATAGA-AGACTATAAAGAGACTTTTCT-TGCCAATGAATATCTTT
*
6866 TTCTTCACCT-TTCC-CAAGG
318 TTC-T-ACATATTCCTCAAGG
* *
6885 TAGACATTGAATTATAATC-GATTTTAATAAAAAATAT--AAAAA---AA-TTGAAATCAATTAT
1 TAGACATTCAATTATAATCTG-TTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * * *
6943 GAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-AGCTTCTGAAAGCATAAGTAATTACAAATGGA
65 GAGAATATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGA-CTT-TAAAAG-ATAGGTGAGTATAAATGGA
* * * * * * * * *
7007 CTATTCT-TGCCATTGAATATCTTGTTCTACATGTTTTTTG-AGCTAAACATTCTATTATAATCT
127 CTTTTCTCAG-CAATGAATAGCTT-TT-TTCATGTTTCTCGAAG-TAGACATTCAATTATAATCT
* * * * * * *
7070 ACTGTAATAAAAAATATGAAAAAA-TCACCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAA
188 ATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* ** ** * **
7134 GCGCA-TAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAACTAGACTTTTCTTACCAATGAATGGC
252 GCG-AGTAATAAGG-TTTTGAAGGCATAGAAGACTATAAAGAGACTTTTCTTGCCAATGAATATC
* **
7198 -TTTTCTGCA-AGTTTTTCAAGG
315 TTTTTCTACATA-TTCCTCAAGG
* * ** *
7219 TAGACATTCAACTACAATCTGTTTTAACCAAAAAT-TAAAAACAATTCAACTT--AAT--ATTAC
1 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * *
7279 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAA-ATAGGTGACTATAAATAGA
65 GAGAATATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGAC-TTT-AA-AAGATAGGTGAGTATAAATGGA
* ** * ** * *
7343 CTTTTCT-TGCCAATGAATAAATTTCTCTGCATGTTT-TTTAAGATACATATTCAATTATAATCT
127 CTTTTCTCAG-CAATGAATAGCTTT-T-TTCATGTTTCTCGAAG-TAGACATTCAATTATAATCT
* ** *
7406 ATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAAATAATT
188 ATTTTAATAAAAAATGT---AAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * ** * *
7470 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAAGGGACTTTTCTTGCCAATGAATAA
249 AAAGCGAGTAATAAGGTTTTGAAGGCATAGAAGACTATAAAGAGACTTTTCTTGCCAATGAATAT
* * **
7535 CTTTTTCTTCATGTTCCTTGAGG
314 CTTTTTCTACATATTCCTCAAGG
* * * * * * * *
7558 TAAACTTTCAATTACAATATATTTCAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATC
1 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * *
7623 AG-ATCAT-AAATCACTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGTAAGTATAAATGGAC
66 AGAAT-ATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT-AAAAG-ATAGGTGAGTATAAATGGAC
* * * * *
7686 TTTTCTCACCAATGAAT-GCTTTTTTCTTCACGTTTCTCG-AGTTAAACATTCAATTATAATTTT
128 TTTTCTCAGCAATGAATAGC--TTTT-TTCATGTTTCTCGAAG-TAGACATTCAATTATAATCTA
7749 TTTTAACT-AAAAATG-AAAAGAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
189 TTTTAA-TAAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* ** * * * * *
7812 AGCGAGTGATAAACCTTTTGAAGGCATAAAAGGCTATAGACAGACTTGTCTTGCCAATGAATATC
251 AGCGAGTAAT-AAGGTTTTGAAGGCATAGAAGACTATAAAGAGACTTTTCTTGCCAATGAATATC
* *
7877 -TTTTCTACATGTTCCTCAATG
315 TTTTTCTACATATTCCTCAAGG
* * * * *
7898 TAGAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAACAATATAAAATAATTCAAATTAAAATCAATTATG
1 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * *
7963 AGAATATAAAAACAATTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCAAAGGAATGGGTGAGTATAAATGGACT
66 AGAATATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT-AAAAG-ATAGGTGAGTATAAATGGACT
* * * * *
8028 TTTCTCATCAATGAATGGCTATTTCTTCATGTTTTTC-AAGGTAGACATTTAATTATAATCTAGT
129 TTTCTCAGCAATGAATAGCT-TTT-TTCATGTTTCTCGAA-GTAGACATTCAATTATAATCTATT
* *
8092 TTAATTAAAAAT-AAAAAACAATTCAACTTAAAGTCAATT
191 TTAATAAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAA-TCAATT
8131 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1537, Mismatches: 290, Indels: 187
0.76 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
329 4 0.00
330 124 0.08
331 4 0.00
332 2 0.00
333 9 0.01
334 102 0.07
335 97 0.06
336 164 0.11
337 7 0.00
338 57 0.04
339 289 0.19
340 252 0.16
341 248 0.16
342 162 0.11
343 16 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (336 bp):
TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
AGAATATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTAAAAGATAGGTGAGTATAAATGGACTTT
TCTCAGCAATGAATAGCTTTTTTCATGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAT
AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
AAGGTTTTGAAGGCATAGAAGACTATAAAGAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTACAT
ATTCCTCAAGG
Found at i:8178 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 5870--8224 Score: 1816
Period size: 341 Copynumber: 7.0 Consensus size: 337
5860 TTTCACGAGA
** * * *
5870 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGA-AAAAAAA-T-AACTTGAAGTCAGTTAT
1 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AATAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * ** * * * * **
5932 GAGATTATAAAGCCATTTAGTGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATAGGTGACTATAAATAAAC
64 GAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGAATAGGTGAGTATAAATGGAC
* * * * * * *
5997 TTTT-TCATGCCAATAAATATCTTTTTTTTCATGTTTCTCGAA-GTAGATATTCAATTATAACCT
129 TTTTCTCA--CCAATGAAT-GCTATTTCTTCATGTTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* * * *
6060 ATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTCAAA-TCAATTATGAGATTGTAGAACTATTTAA
190 ATTTTAATAAAAAAT-AAAAAAAATT-AACTT-AAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * ** * **
6124 AGCGAGTAATAA-ACGTTTTGAAGGCATAGAAGGCTATAAAGGGACTTTTCTTG-CATATGAATA
252 A-AGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAACAGACTTTTCTTGCCA-ATGAATA
*
6187 TC-TTTTCTACATATTCCTCAAGG
314 TCTTTTTCTACATGTTCCTCAAGG
* *
6210 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATG
1 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
** * * * * * * * *
6275 AGAATATAAAAATAATTAAAGCAAGTAATAAGTC-TTCTAAAAGAGTGGGCGAGTATAAATGGAT
65 AGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTC-AAAGGAATAGGTGAGTATAAATGGAC
* * * * *
6339 TTTTCTCAGCAATGAATGGCTATGTT-TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATTTGT
129 TTTTCTCACCAATGAAT-GCTAT-TTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* *
6403 TTTAACT-AAAAATAAAAAAAAATTAACTTAAACTCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAAA
192 TTTAA-TAAAAAAT-AAAAAAAATTAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATT-TAAAA
* * * * * *
6467 GAGTAATAAGGC-TGTGAAGGCATTGGTGACTATAAATAGAATTTTCATGCCAATGAATAACTTT
254 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAACAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTT
* *
6531 TTCTTCTCAT-TT-CTCATGG
319 TTC-T-ACATGTTCCTCAAGG
* * *
6550 CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAACTCAACTTCAAATCAATTATGA
1 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * ** * * *
6615 GATTACAAAACCATTTAAAGCGGGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTT
66 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGAATAGGTGAGTATAAATGGACTT
* * * * * * *
6680 TTCTTATCGATGAATATG-TTTTTCTACATGTTTTTCAAAGTAGACATTCAATTATAATCGATTT
131 TTCTCACCAATG-A-ATGCTATTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTT
* * * * * *
6744 TAATAAAAAAT-ATAGAAA--AA-TTGAAGTCAATTATGAGATGATAAAGCCATTTAAAGCGAGT
194 TAATAAAAAATAAAAAAAATTAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-AGAGT
* * * * * *
6805 -ATGAGGCTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAAAAGACTTTTGTATACCAATAAATATCTTTTTC
258 AATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAACAGACTTTTCT-TGCCAATGAATATCTTTTTC
*
6869 TTCACCT-TTCC-CAAGG
322 -T-ACATGTTCCTCAAGG
* * *
6885 TAGACATTGAATTATAATC-GATTTTAATAAAAA-ATATAAAAA---AA-TTGAAATCAATTATG
1 TAGACATTCAATTATAATCTG-TTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * * *
6944 AGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-AGCTTCTGAAA-GCATAAGTAATTACAAATGGA
65 AGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGA-CTT-TCAAAGGAATAGGTGAGTATAAATGGA
* ** * * * ** * * *
7007 CTATTCTTGCCATTGAATATCT-TGTTCTACATGTTTTTTGAGCTAAACATTCTATTATAATCTA
128 CTTTTCTCACCAATGAAT-GCTAT-TTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTA
* * * * * * * *
7071 CTGTAATAAAAAATATGAAAAAATCACCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAGCATTT-AAAG
191 TTTTAATAAAAAATA-AAAAAAATTAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAG
* * * **
7135 CGCATAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTAT-AACTAGACTTTTCTTACCAATGAATGGC-
255 AG--TAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAAC-AGACTTTTCTTGCCAATGAATATCT
* * **
7198 TTTTCTGCAAGTTTTTCAAGG
317 TTTTCTACATGTTCCTCAAGG
* * * *
7219 TAGACATTCAACTACAATCTGTTTTAACCAAAAAT-TAAAAACAATTCAACTT--AAT--ATTAC
1 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * ** * * *
7279 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATAGAC
64 GAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGAATAGGTGAGTATAAATGGAC
** ** * * * *
7344 TTTTCTTGCCAATGAAT-AAATTTCTCTGCATGTTTTTTAAGATACATATTCAATTATAATCTAT
129 TTTTCTCACCAATGAATGCTATTTCT-T-CATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* * ** *
7408 TTTAATAAAAAATGTAAAAAAAAAATTAACTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAAATAATT-AA
192 TTTAATAAAAAA--T--AAAAAAAATTAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
** *
7472 AGCAAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATAGGTGACTATAAAGGGACTTTTCTTGCCAATGAATAAC
253 AG--AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAACAGACTTTTCTTGCCAATGAATATC
* **
7536 TTTTTCTTCATGTTCCTTGAGG
316 TTTTTCTACATGTTCCTCAAGG
* * * * * * * *
7558 TAAACTTTCAATTACAATATATTTCAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATC
1 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * *
7623 AG-ATCAT-AAATCACTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGTAAGTATAAATGGAC
65 AGAAT-ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGAATAGGTGAGTATAAATGGAC
* * * * * * * *
7686 TTTTCTCACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGTTAAACATTCAATTATAATTTTTT
129 TTTTCTCACCAATGAATGC-TATTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT
* *
7751 TTAACT-AAAAATGAAAAGAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
193 TTAA-TAAAAAAT-AAAAAAAATT-AACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-A
* ** *** * * *
7815 GAGTGATAAACCTTTTGAAGGCATAAAAGGCTATAGACAGACTTGTCTTGCCAATGAATATC-TT
254 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAACAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTT
*
7879 TTCTACATGTTCCTCAATG
319 TTCTACATGTTCCTCAAGG
* * * *
7898 TAGAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAACAATATAAAATAATTCAAATTAAAATCAATTATG
1 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA-AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * *
7963 AGAATATAAAAACAATTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCAAAGGAATGGGTGAGTATAAATGGACT
65 AGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGAATAGGTGAGTATAAATGGACT
* * *
8028 TTTCTCATCAATGAATGGCTATTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTTAATTATAATCTAGTT
130 TTTCTCACCAATGAAT-GCTATTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTT
* ********** *
8093 TAATTAAAAATAAAAAACAATTCAACTTAAAGTCAATTNNNNNNNNNNAAAATCATTTGAAAAGA
194 TAATAAAAAATAAAAAA-AATT-AACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAAGA
** * * * * *
8158 GTAATAAGGCTTCCGAAGGCATTGGTGACTATAAATAGAATTTTCATGCCAATGAATAACTTTTT
256 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAACAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTT
8223 CT
321 CT
8225 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1595, Mismatches: 335, Indels: 168
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
328 2 0.00
329 2 0.00
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332 5 0.00
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Consensus pattern (337 bp):
TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGAATAGGTGAGTATAAATGGACTT
TTCTCACCAATGAATGCTATTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTA
ATAAAAAATAAAAAAAATTAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAGAGTAAT
AAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAACAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTACA
TGTTCCTCAAGG
Found at i:9344 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 12.1 Consensus size: 170
8979 NNNNNNNNNN
***
8989 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTTCAT-TTACGGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAATTTTTTT-ATATTTTTGTTAAA
* * * * * * * *
9052 ACAAATTATAATTAAATGTCTATACC--AAGAAACGTGGAGAACAAGACATTTATTGGTAAGAAA
64 ACAGATTATAATTGAATGT-T-TACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATCGGTAAGAAA
* * * * *
9115 AGTCC-ATTCGTAGTCACCTATGCCTTTGAAAAGCCTTATTACTCG
127 AGTCCAATT-ATAGTCACCTATACCTTCG-GAAGCCTTATTACTCA
* * *
9160 CTTTAAATGGTTTTATAAACTTATAACTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATAGTTTTTGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGTTAAAA
* * * *
9225 CAGATTATAATTGAATGTTTAACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATCGGTAAGAGAAGT
65 CAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATCGGTAAGAAAAGT
* *************
9290 CCAATTCTAGTCACCTATACCTTCNNNNNNNNNNNNNCTCA
130 CCAATTATAGTCACCTATACCTTCGGAAGCCTTATTACTCA
* * * * *
9331 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAAGTTTTCTATATTCTTTATTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATT-TTTGTTAAAA
* * * * *
9396 CATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAGGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAAAGT
65 CAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATCGGTAAGAAAAGT
* * ** **
9461 CCATTTATTGTCACCTATGTCTTCGGAAGCCTTATTACTTG
130 CCAATTATAGTCACCTATACCTTCGGAAGCCTTATTACTCA
* * *
9502 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTAGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTG-TTAAAA
* * *
9567 CAGATTATAACTT-AATGTTTACCTTGGGAAATGAGAAGAAAAAGATATTCATCGGTAAGAAAAG
65 CAGATTATAA-TTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATCGGTAAGAAAAG
* ** ** * ***
9631 TCCATTTATAAACTTCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCA
129 TCCAATTATAGTCACCTATACCTTCGGAAGCCTTATTACTCA
* * * *
9673 CTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGGGTTT-AAGTTGAATTTGTTTT-TCTTTTTTGGTTA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTGAAGTTGAATTT-TTTTAT-ATTTTT-GTTA
* ********** * * * ** *
9736 AAATAGATTATAANNNNNNNNNNACCTCAAGAAACATGAAGAAAAATCTATTCATTGGT------
62 AAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATCGGTAAGAAA
* * * * * **
9795 -GTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTG
127 AGTCCAATTATAGTCACCTATACCTTCGGAAGCCTTATTACTCA
* * * * * *
9838 CTTTAATTGTTTTTATAATTTCATACTTGATTTTATGTTGAATTTTTTTAT-TTTTT-TTAAAAC
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGTTAAAAC
* * * * ** * * *
9901 ATATTATAATTGAATGTCTACTTTAGGAAATGTGAACTAAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGTC
66 AGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATCGGTAAGAAAAGTC
* * *********** ** *
9966 TATTTATNNNNNNNNNNGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
131 CAATTATAGTCACCTATACCTTCGGAAGCCTTATTACTCA
* * * ********** *
10006 CCTTAAATGGTTTTAGAATCCCATAATTGATTTGAAGTTGAATTGTTNNNNNNNNNNTATTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTGTTAAAA
* * * ** * ** *
10071 CAGATTATAATTAAATGTCTACCTCTA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTTGTGAGAAAAG
65 CAGATTATAATTGAATGTTTACCT-TAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATCGGTAAGAAAAG
* * * * * * * *
10135 TCCATTTGTAGTCTCCTGTGCTTTCGAAAGCCTTATTACAT-G
129 TCCAATTATAGTCACCTATACCTTCGGAAGCCTTATTAC-TCA
* ** * * * * *
10177 CTTTAATTATTTTTATATTCTCATAAATGATTTTATGTTG-ATTTGTTTTATATTTTTTATTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTT-TTTTATA-TTTTTGTTAAA
* * * ** ** * * * *
10241 ACAGATTTTAACTGAATGTGTATATCGGGAAACATGAAGAAAAGGATATTCATTGGCAAGAAAAG
64 ACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATCGGTAAGAAAAG
* * * ***
10306 TTCATTTATAGTCACATATA-CTTTTAACAGCCTTATTACT-A
129 TCCAATTATAGTCACCTATACCTTCGGA-AGCCTTATTACTCA
* * ** * *
10347 GCTGTAGATGGTTTTGCAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTTAATTTTTTTTTATTTTTTGTTAA
1 -CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGTTAA
* * * * * * * ** *
10411 AACATATTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACATTAAGAAAAAGCCAGTT-ATTC-GTGAGAA
63 AACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATA-TTCA-TCGGTAAGAA
* * * * * **
10474 AAGTCCATTTAT-GCTCACCGATTCCTTCGAAAGCCTTATGACTTG
126 AAGTCCAATTATAG-TCACCTATACCTTCGGAAGCCTTATTACTCA
* * * * * * *
10519 CTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTAATTTTATGTTGAA-TGTTTTATATTTTTTGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGTTAAAA
* * * * * ****
10583 CATATTATAACTAAATGTCTACCTTA-GAGAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTTACAAGAAAAG
65 CAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGA-AACGTGAAGAAAAAGATATTCATCGGTAAGAAAAG
* * * * ** *
10647 TCTATTTATAGTCACCTATGCCTCCAAAAGCCTTATTACTCG
129 TCCAATTATAGTCACCTATACCTTCGGAAGCCTTATTACTCA
********** ** * * * *
10689 CTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTTTATTCTTTCAT-TTTTGGTCAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGTTAAAA
* * * ** * * *
10752 CAGATAAT-ATTGAATGTTTACC-TCGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGGTGAGAAAAG
65 CAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATCGGTAAGAAAAG
* ** * * *
10815 TCCATTTATACACACCCACACCTTCGAGAA-CCTTATTACTCG
129 TCCAATTATAGTCACCTATACCTTCG-GAAGCCTTATTACTCA
* * * * * * * *
10857 TTTTAATTGCTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATGTTTTTAGATTTTTTGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGTTAAAA
* * * * ** * *
10922 CA-AGTTATAATTGAATGTCTACTTTGGGAAACATGAAGTTAAAGATATTCATTGGCT-AGGAAA
65 CAGA-TTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATCGG-TAAGAAAA
* * * * **
10985 GTTCATTTATAGTCACCTATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGA
128 GTCCAATTATAGTCACCTATACCTTCGGAAGCCTTATTACTC-A
*
11029 -TTTAAATTGTTTTATA
1 CTTTAAATGGTTTTATA
Statistics
Matches: 1408, Mismatches: 418, Indels: 118
0.72 0.22 0.06
Matches are distributed among these distances:
161 40 0.03
163 5 0.00
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167 4 0.00
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173 4 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGTTAAAAC
AGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATCGGTAAGAAAAGTC
CAATTATAGTCACCTATACCTTCGGAAGCCTTATTACTCA
Found at i:9682 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 8992--11044 Score: 1442
Period size: 342 Copynumber: 6.0 Consensus size: 338
8982 NNNNNNNCTT
* *** *
8992 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTCATT-TACGGTTAAAACAA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTCT-TTATTAAAACAG
* * * * * *
9056 ATTATAATTAAATGTCTATAC-CAAGAAACGTGGAGAACAAGACATTTATTGGTAAGAAAAGTCC
65 ATTATAATTAAATGTCTA-CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
** * * * * *
9120 ATTCGTAGTCACCTATGCCTTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTTATA
129 ATTTATAGTCACCTATGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
* * * * *
9185 ACTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATAGTTTTTGTTAAAACAGATTATAA-TTGAATGTTTAACT
193 ATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTA-A-TTTTTGTTAAAACAGATTATAACTT-AATGTCTACCT
* * * * * *
9249 CAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATCGGTAAGAGAAGTCCAATTCTAGTCACCTATACCTTC
255 TAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTATACCTTC
************* *
9314 NNNNNNNNNNNNNCTCACTT
319 AAAAGCCTTATTACTCACTG
* * * * *
9334 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAAGTTTTCTATATTCTTTATTAAAACAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA-TTTTTTTTATTCTTTATTAAAACAG
* * * ** **
9399 ATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAGGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
65 ATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
* * *
9464 TTTATTGTCACCTATGTCTTCGGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAT
130 TTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAT
** * * *
9529 TGATTAGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAACTTAATGTTTACCTTGG
195 TGATTTTATGTTGAATTTTTTTA-ATTTTTG-TTAAAACAGATTATAACTTAATGTCTACCTTAG
* * * ** * * *
9594 GAAATGAGAAGAAAAAGATATTCATCGGTAAGAAAAGTCCATTTATAAACTTCTATTCCTTTAAA
258 GAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTATACCTTCAAA
9659 AGCCTTATTACTCACTG
322 AGCCTTATTACTCACTG
* ** * * * *
9676 TAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGGGTTTAAGTTGAATTTGTTTTTCTTTTTTGGTTAAAATA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTT-TTTTTATTCTTT-ATTAAAACA
********** * *
9741 GATTATAANNNNNNNNNNACCTCAAGAAACATGAAGAAAAATCTATTCATTGGT-------GTCC
64 GATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
* * * * * *
9799 ATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATTTCATAC
129 ATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
* * *
9864 TTGATTTTATGTTGAATTTTTTT-ATTTTTTTTAAAACATATTATAA-TTGAATGTCTACTTTAG
194 TTGATTTTATGTTGAATTTTTTTAATTTTTGTTAAAACAGATTATAACTT-AATGTCTACCTTAG
* ** * * * **********
9927 GAAATGTGAACTAAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATNNNNNNNNNNGCCTTCAAA
258 GAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACTATACCTTCAAA
*
9992 AGCCTTATTACTCGCCT-
322 AGCCTTATTACTC-ACTG
* * **********
10009 TAAATGGTTTTAGAATCCCATAATTGA-TTTGAAGTTGAATTGTTNNNNNNNNNNTATTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATT-TTTTTTATTCTTTATTAAAACA
* * * *
10073 GATTATAATTAAATGTCTACCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTTGTGAGAAAAGTCC
64 GATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
* * * * * * *
10138 ATTTGTAGTCTCCTGTGCTTTCGAAAGCCTTATTACATGCTTT-AATTATTTTTATATTCTCATA
129 ATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATA
* * * * * **
10202 AATGATTTTATGTTG-ATTTGTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTTTAACTGAATGTGTATAT
193 ATTGATTTTATGTTGAATTT-TTTTA-A-TTTTTGTTAAAACAGATTATAACTTAATGTCTACCT
** * * * * * *
10266 CGGGAAACATGAAGAAAAGGATATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACATATACTTTT
255 TAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TATACCTTC
*
10331 AACAGCCTTATTACT-AGCTG
319 AAAAGCCTTATTACTCA-CTG
* ** * * * *
10351 TAGATGGTTTTGCAATCTCATAATTGACTTTAAGTTTAATTTTTTTTTATTTTTTGTTAAAACAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA-TTTTTTTTATTCTTTATTAAAACAG
* * * * *
10416 ATTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACATTAAGAAAAAGCCAGTT-ATTCGTGAGAAAAGTCC
65 ATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCA-TTCATTGGTAAGAAAAGTCC
* * * * *
10480 ATTTAT-GCTCACCGATTCCTTCGAAAGCCTTATGACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATA
129 ATTTATAG-TCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
* * * * * *
10544 CTTAATTTTATGTTGAATGTTTTATATTTTTTGTTAAAACATATTATAACTAAATGTCTACCTTA
193 ATTGATTTTATGTTGAAT-TTTTTTAATTTTTGTTAAAACAGATTATAACTTAATGTCTACCTTA
* *** * * *
10609 -GAGAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTTACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTCCA
257 GGA-AACGTGAAGAAAAAGATATTCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTATACCTTCA
* *
10673 AAAGCCTTATTACTCGCTT
320 AAAGCCTTATTACTCACTG
********** ** * * * *
10692 TAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGACTTTAAGTTTTA-TTCTTTCATT-TTTGGTCAAAACAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTCTTT-ATTAAAACAG
* * * * ** * *
10755 ATAAT-ATTGAATGTTTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGGTGAGAAAAGTCCA
65 ATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
** * ** * * * *
10819 TTTATACACACCCACACCTTCGAGAA-CCTTATTACTCGTTTTAATTGCTTTTATAATCTCATAA
130 TTTATAGTCACCTATGCCTTCGA-AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
* * * * *
10883 TTCATTTTAAGTTAAATGTTTTTAGATTTTTTGTTAAAACA-AGTTATAA-TTGAATGTCTACTT
194 TTGATTTTATGTTGAATTTTTTTA-A-TTTTTGTTAAAACAGA-TTATAACTT-AATGTCTACCT
* * ** * * * * * *
10946 TGGGAAACATGAAGTTAAAGATATTCATTGGCTAGGAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCTTTC
255 TAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTATACCTTC
*
11011 AAAAGCCTTATTACTCGA-TT
319 AAAAGCCTTATTACTC-ACTG
*
11031 TAAATTGTTTTATA
1 TAAATGGTTTTATA
Statistics
Matches: 1334, Mismatches: 328, Indels: 101
0.76 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
332 51 0.04
333 120 0.09
334 9 0.01
336 80 0.06
337 7 0.01
338 124 0.09
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340 4 0.00
341 132 0.10
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344 3 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (338 bp):
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTCTTTATTAAAACAGA
TTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
GATTTTATGTTGAATTTTTTTAATTTTTGTTAAAACAGATTATAACTTAATGTCTACCTTAGGAA
ACGTGAAGAAAAAGATATTCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTATACCTTCAAAAGCC
TTATTACTCACTG
Done.