Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398150.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1453.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 22532
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.10, T:0.34
Warning! 2778 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:711 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 435--2560 Score: 1107
Period size: 171 Copynumber: 12.5 Consensus size: 171
425 NNNNNNNNNN
* * * *
435 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTGCAGTTGAA-TTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATA
* * * *
499 ACTGACTGTCTACCTCAGAAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATA
66 ATTAAATGTCTACCTCAGAAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAT-
* *
564 AG-CACCTATGCCTTCAAAATCTTTATTACTCGCTTTAAATG
130 AGTCACCTATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATG
* **
605 GCTTTATAATCTCATAATTGGCA-TT-AAGTTGAATTATTTTT-TATTTTTGGTTAAAACAGATT
1 GTTTTATAATCTCATAATT-G-ATTTGAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATT
* * * * *
667 ATAATTAAATATATACATCAGAAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTT
63 ATAATTAAATGTCTACCTCAGAAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTT
********** * *
732 ATAGNNNNNNNNNNCTTTAAAAGCATTATTACT--CTTTAAATA
128 ATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATG
* * * *
774 GTTTTATAATCCCATCATTAATTTGAACTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAC-GTATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAG-ATTAT
* * * ** *
838 AATTGAATGTCTACCTTTAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTA
65 AATTAAATGTCTACC-TCAGAAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * *
902 TACTCACCCATGGCTTCGAAAGCCTTATTAC-CTGCTTTAATTG
129 TAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCATTATTACTC-GCTTTAAATG
* * * * * *
945 TTTTTATATTCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTCTA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATA
* * *
1010 A-CAGAATGTGTACCTC-GAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCACTGGTAAGAAAAGTCCATTTA
66 ATTA-AATGTCTACCTCAGA-AAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA
* ********** *
1073 TAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTNNNNNNNNNNTTAAATA
129 TAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATG
* * ** ** *
1116 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTCTTTT-CGTTTTTGCTTAAAACAGGTTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTAT
* * * * ** * *
1180 ACTTGAAA-GTCTAACTCA-AGAAATGTAAAGAAAAAGCCATTCATTAGTGAGAAAAGTCCATTT
65 AATT-AAATGTCTACCTCAGA-AAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTT
* * * * ***********
1243 ATACTCATC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTNNNNNNNNNN
128 ATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATG
* *
1286 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATA
* * * * * * * * * * *
1351 ATTGAATTTGTACCTCCGGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAACAAAATTACATTTATA
66 ATTAAATGTCTACCTCAGAAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * *
1416 GTCACCCATGCCTTTACAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATT
131 GTCACCTATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATG
* * * ********
1457 ATTTTATAATCTCATAATTGATATGAAGTT-ACATTTTTTAATATTTTTTATTAAAANNNNNNNN
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTAT
** * * * *
1521 NNTTGAATATCTACTTC-GAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTGAA-AAAAGTCCATTT
65 AATTAAATGTCTACCTCAGA-AAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGT-AAGAAAAGTCCATTT
* * * * ********** *
1584 ATACTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATT-NNNNNNNNNNATT
128 ATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * * *
1627 GTTTTAATAATCTCATACTTGATTTTATGTTAAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTAT
1 GTTTT-ATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTAT
* * * * * * ** * *
1692 AACTGAATGTCTATCTC-GAAAAACATGAAGAAAAA-AAATTCATCGACAAGAAAAGTTCTTTTA
65 AATTAAATGTCTACCTCAG-AAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * *
1755 TTGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTGCCCACTTTAAATA
129 TAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATG
************ * *
1798 GTTTTATAATCTCATANNNNNNNNNNNNTTGATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATA
** * * * * * * * *
1863 ATTAAATGTCTACCTTGGGAAACGAGAAGAAAATGTTATTCATTGGCAACAAAATTACATTTATA
66 ATTAAATGTCTACCTCAGAAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATA
* **********
1928 GTCA-CTCATG-CTGTCACAAGCNNNNNNNNNNGCTTTAAATG
131 GTCACCT-ATGCCT-TCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * ********** *
1969 GTTTTATAATCTCATAATTGCTTTGAAGTTAAATTGTTTTACATNNNNNNNNNNAACAGCTTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATA
* * * * * * ** * * *
2034 TTTGAATGTCTACCT-TGAGAAACATTAAGAAAAGGCCATTCATTGTTGAGAAAAGTTCATTTAT
66 ATTAAATGTCTACCTCAGA-AAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * *** *
2098 -GCTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACAT-GCTTTTGTTA
130 AG-TCACCTATGCCTTCAAAAGCATTATTAC-TCGCTTTAAATG
* * * ********** * * *
2140 TTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGNNNNNNNNNNTTACATTTTTTATTAAAATAGATTTTA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATA
* * * * * * * *
2205 ACTAAATGTGTACCTC-GAGAAATGTAAAGAATACGATATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
66 ATTAAATGTCTACCTCAGA-AAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAT
********** *
2269 AGTCACCTATGCCTTCAAAAGTC-TTATTACNNNNNNNNNNTA
130 AGTCACCTATGCCTTCAAAAG-CATTATTACTCGCTTTAAATG
* ** * *
2311 GTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTT-CATTTTTGGTTCAAATAGATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTAT
* * * * * * *
2374 AATTGAATGTCTAACTC-GAGAAACATGAAG-AAAAGGTCATTCATTGGTGACAAAAGTCTATTT
65 AATTAAATGTCTACCTCAGA-AAACGTGAAGAAAAAGAT-ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * *
2437 ATACTCAACC-ATGCCTTCGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTCAATA
128 ATAGTC-ACCTATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATG
* * * *
2481 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTCTTAAAACAGATTATT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATA
*
2546 ATTGAATGTCTACCT
66 ATTAAATGTCTACCT
2561 TGTGAACCAT
Statistics
Matches: 1440, Mismatches: 463, Indels: 105
0.72 0.23 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 8 0.01
169 135 0.09
170 398 0.28
171 873 0.61
172 24 0.02
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
GTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATA
ATTAAATGTCTACCTCAGAAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATA
GTCACCTATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATG
Found at i:1554 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 435--1813 Score: 965
Period size: 341 Copynumber: 4.0 Consensus size: 342
425 NNNNNNNNNN
* * * * * *
435 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTGCAGTTGAATTT-TGTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATATGAAATTGAATTTCTTTTCA-TTTTTGATTAAAACAGGTTAT
** * ** *
498 AAC-TGACTGTCTACCTC-AGAAA-ATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATT
65 -ACTTGAAAGTCTAACTCAAGAAACA--TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATT
** * * * * * **
560 TATAAGCACCTATGCCTTCAAAATCTTTATTA-CTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATT
127 TATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACCT-GCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATT
* ** * * * * *
624 GGCA-TT-AAGTTGAATTATTTTT-TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTA-AATATATACAT
191 -G-ATTTGAAATTGAATT-TTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAA-CAGAATGTGTACCT
* * * * * **********
685 C-AGAAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGNNNNNNNNNNCTT
252 CGAG-AAACATGAAGAAAAAGATATTCACTGGCAACAAAAGTACATTTATAGTCACCCATGCCTT
* *
749 TAAAAGCATTATTACT--CTTTAAATA
316 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
* * * * * * * *
774 GTTTTATAATCCCATCATTAATTTGAACTTGAATTT-TTTTATATTTTTTATTAAAAC-GTATTA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATATGAAATTGAATTTCTTTT-CATTTTTGATTAAAACAG-GTTA
* * * **
837 TAATTGAATGTCTACCTTTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTA
64 TACTTGAAAGTCTAACTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTA
* *
902 TACTCACCCATGGCTTCGAAAGCCTTATTACCTGCTTTAATTGTTTTTATATTCTCATAATTGAT
129 TACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACCTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGAT
* ** *
967 TTTATGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTCTAACAGAATGTGTACCTCGAGAAA
194 TTGAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAACAGAATGTGTACCTCGAGAAA
* * * * *
1032 CGTGAAGAAAAAGATATTCACTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCC
259 CATGAAGAAAAAGATATTCACTGGCAACAAAAGTACATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
**********
1097 TTNNNNNNNNNNTTAAATA
324 TTATTACTCGCTTTAAATA
* * * *
1116 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTCTTTTCGTTTTTGCTTAAAACAGGTTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATATGAAATTGAATTTCTTTTCATTTTTGATTAAAACAGGTTATA
** * *
1181 CTTGAAAGTCTAACTCAAGAAATGTAAAGAAAAAGCCATTCATTAGTGAGAAAAGTCCATTTATA
66 CTTGAAAGTCTAACTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATA
* * *********
1246 CTCA-TCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTNNNNNNNNNNG-TTTTATAATCTCATAATTGATT
131 CTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACCT-GCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATT
** *
1309 TGAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATTTGTACCTCCG-GAAA
195 TGAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAACAGAATGTGTACCT-CGAGAAA
* * * * *
1373 CATGAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAACAAAATTACATTTATAGTCACCCATGCCTTTACAAGCC
259 CATGAAGAAAAAGATATTCACTGGCAACAAAAGTACATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
1438 TTATTACTCGCTTTAAATTA
324 TTATTACTCGCTTTAAA-TA
* * ******
1458 -TTTTATAATCTCATAATTGATATGAAGTT-ACATTT-TTTAAT-ATTTTTTATTAAAANNNNNN
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATATGAAATTGA-ATTTCTTT--TCATTTTTGATTAAAACAGGTT
**** * ** *
1519 NNNNTTGAATA-TCT-ACTTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTGAAAAAAGTCCAT
63 ATACTTGAA-AGTCTAAC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCAT
* * ********** * *
1582 TTATACTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTNNNNNNNNNNATTGTTTTAATAATCTCATACTT
126 TTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACCTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATT
* ** * * * * * * * *
1647 GATTTTATGTTAAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAACTGAATGTCTATCTCGAA
191 GATTTGAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAACAGAATGTGTACCTCGAG
* * * * * * *
1712 AAACATGAAGAAAAA-AAATTCA-TCGACAAGAAAAGTTCTTTTATTGTCACCTATGCCTTCAAA
256 AAACATGAAGAAAAAGATATTCACT-GGCAACAAAAGTACATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
* * *
1775 AGCCTTATTGCCCACTTTAAATA
320 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
1798 GTTTTATAATCTCATA
1 GTTTTATAATCTCATA
1814 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 832, Mismatches: 179, Indels: 56
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 49 0.06
340 212 0.25
341 342 0.41
342 223 0.27
343 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (342 bp):
GTTTTATAATCTCATAATTGATATGAAATTGAATTTCTTTTCATTTTTGATTAAAACAGGTTATA
CTTGAAAGTCTAACTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATA
CTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACCTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
GAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAACAGAATGTGTACCTCGAGAAACA
TGAAGAAAAAGATATTCACTGGCAACAAAAGTACATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
ATTACTCGCTTTAAATA
Found at i:2972 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2668--3541 Score: 902
Period size: 171 Copynumber: 5.1 Consensus size: 170
2658 NNNNNNNNNN
*
2668 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAA-AAAAAG-TCATTCAT
1 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGAT-ATTCAT
*** * * * * *
2731 TGATGAGAAATGTTCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACATGCTTT-AATTGT
65 TGGCAAGAAAAG-TCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-
*
2795 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATA-TTGAATTTTTTTATAT
128 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTATAT
* * *
2838 TTTTTATTAAAAC-GAATTTTAACTT-AATGTGTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATTCA
1 TTTTTATTAAAACAG-ATTATAA-TTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCA
* * *
2901 TTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTAATTGCTTCAAATAG
64 TTGGCAAGAAAAG-TCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG
* *
2966 TTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT-TCAC
128 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-AT
* * * * * * * * **
3009 ATTTTGTTAAAACAGATTTTAAATGAATGTCTAACTCGAGAAATATAAAGAAAAGGCCATTCATT
1 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATT
* ** * * * * * * *
3074 AGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCAGCCATGCCTACGAAAGCCTTTTTACTTACTTTAGATAGTT
66 GGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTT
* * *
3139 TGATAAACTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATAT
130 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
* * * *
3180 TTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACGTGAAGAAAAAAATTATTCAT
1 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGA-TATTCAT
* * * * * *
3245 TGGCAAAAAAATTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTTACAAGCCTTATTACTTGGTTTAAAT-GA
65 TGGCAAGAAAA-GTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-
* * * * * *
3309 TTTTATAATCTCATAACTAATTTGAAGTTGAATGTTTCTACAT
128 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
* * * * * *
3352 TTTTTATTGAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGTGAAACATGAAGAAATA-TTCATTCAT
1 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGAT-ATTCAT
* * * * * * *
3416 CGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGC
65 TGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGT
* * *
3481 TTTATAAACCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATTATAT
129 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
3523 TTTTTATTAAAACAGATTA
1 TTTTTATTAAAACAGATTA
3542 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 574, Mismatches: 113, Indels: 33
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 46 0.08
171 385 0.67
172 141 0.25
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATT
GGCAAGAAAAGTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
Found at i:3427 original size:343 final size:338
Alignment explanation
Indices: 2668--3541 Score: 1020
Period size: 343 Copynumber: 2.6 Consensus size: 338
2658 NNNNNNNNNN
* *
2668 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAAAAAAGTCATTCATTG
1 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAGTCATTCATAG
* * * * *
2733 ATGAGAAATGTTCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACATGCTTTAATTGTTTT
66 -TGAGAAAAGTCCATTTATACTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATAG-CTT
* * * *
2798 TATAATCTCAAAATTGATTTTATA-TTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACGAATTTTAACT
128 TATAAACTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAACT
* * *
2862 TAATGTGTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTC
192 TAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAAATATTCATTGGCAAAAAAAGCTCATTTATAGTC
* * *
2927 ACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTAATTGCTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAA
257 ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAATTGCTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGAATTTAA
* * *
2992 GTTGAATTTTTTTTCAC
322 GTTGAATGTTTCTACAC
* * * * * * * * *
3009 ATTTTGTTAAAACAGATTTTAAATGAATGTCTAACTCGAGAAATATAAAGAAAAGGCCATTCATT
1 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAA-GTCATTCA-T
* * *
3074 AGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCAGCCATGCCTACGAAAGCCTTTTTACTTACTTTAGATAG-T
64 AGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTA-ATAGCT
*
3138 TTGATAAACTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAA-
127 TT-ATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAAC
* * * **
3202 TTGAATGTCTACCTCTAGAAACGTGAAGAAAAAAATTATTCATTGGCAAAAAAATTTCATTTATA
191 TT-AATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAAA-TATTCATTGGCAAAAAAAGCTCATTTATA
* * * * * *
3267 GTCACCCATTCCTTTACAAGCCTTATTACTTGGTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAACT-AAT
254 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAATTGCTTCAAATAG-TTTTATAATCTCATAACTGAAT
*
3330 TTGAAGTTGAATGTTTCTACAT
318 TT-AAGTTGAATGTTTCTACAC
* * * * * *
3352 TTTTTATTGAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGTGAAACATGAAGAAATATTCATTCATC
1 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAA-AGTCATTCATA
* * * * * *
3417 GTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGCT
65 GT-GAGAAAAGTCCATTTATACTCACC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTT-AATAGCT
* * *
3482 TTATAAACCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATTATATTTTTTATTAAAACAGATTA
127 TTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTA
3542 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 447, Mismatches: 72, Indels: 26
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 51 0.11
342 147 0.33
343 244 0.55
344 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (338 bp):
TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAGTCATTCATAG
TGAGAAAAGTCCATTTATACTCACCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATAGCTTTAT
AAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAACTTAAT
GTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAAATATTCATTGGCAAAAAAAGCTCATTTATAGTCACCC
ATGCCTTCAAAAGCCTTATTAATTGCTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGAATTTAAGTTG
AATGTTTCTACAC
Found at i:4531 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4169--4554 Score: 515
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 170
4159 NNNNNNNNNN
** *
4169 AAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTT
1 AAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTCAAATTATTTA
* * * * *
4234 ATAATTTTTCTTAAATCAGATTATGAATGAAATCTACCTCGAGAAACGTAGAGAAAAAGTTATTC
66 ATAATTTTTATTAAAACAGATTATGAATGAAATCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATTC
** * * *
4299 ATTGATGAGAACAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCG
131 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCAATGCCTTCA
* * * ** *
4339 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTCTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTATTTA
1 AAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTCAAATTATTTA
* *
4404 ATATTTTTTATTAAAACAGATTAT-AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAAG-AAAAGATA
66 ATAATTTTTATTAAAACAGATTATGAA-TGAA-ATCTACCTCGAGAAACAT-AAAGAAAAAGATA
* * *
4467 TTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTCA
128 TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCAATGCCTTCA
4510 AAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
1 AAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
4555 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 81 0.44
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172 3 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTCAAATTATTTA
ATAATTTTTATTAAAACAGATTATGAATGAAATCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATTC
ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCAATGCCTTCA
Found at i:5157 original size:171 final size:169
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 169
4795 NNNNNNNNNN
** * * *
4805 AAGATATTCATTGGCAAGAAAAGGT-CATTTATAGTGACCGATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTT
1 AAGATATTCATTGATAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
** * *** * * ** *
4869 GCTTTAAATAATTTTGTAATCTCATAATTGACAGTAAGTT-GATTTTTTTTCATTTTTGGTAAAA
65 GCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAT-ATTTTTTATTAAA
* * *
4933 ACAGATTATAATTGAATATCAACCTCAAGAAACATGAAGAAA
129 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAG-AA
* * * *
4975 AAGCTATTCATTGATATGAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
1 AAGATATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
5040 CTTTAAATTGCTTTATAACCTCAAAATTCATTTTAAGTTAAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAA
66 CTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTTATTAAAA
* * *
5105 CAAATTATAATTGAATGTCAACCTCAGGAAACATGAACAA
130 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAA
* *
5145 AATGATATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGACTTATTACTC
1 AA-GATATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
5210 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTGAGTTGAATTTTTTTTA-TTTTT-TTAAAA
65 GCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAA
* * * *
5273 CATATTATATTTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAA
130 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAA
** ** * * * *
5313 CAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCTCCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTC
1 -AAGATATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * * * *
5378 GTTTTAAA-TGATTTTGTAATCTCATAATTCATTTGAAGTTGTATTTTTTTATATTTTTTATTCA
65 GCTTTAAATTG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTTATTAA
* * *
5442 AACAAATTAT-ATATGAATGTCTAGCT-TGAGAAACATGAAGAAA
128 AACAGATTATAAT-TGAATGTCTACCTCAG-GAAACATGAAG-AA
* * * **
5485 AAGATATTCTTTAGA-AAGAAAAGAT-CATTTCTAGTCACCTATGCCTTCGGAAGCCTTATTACT
1 AAGATATTCATT-GATAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * * *
5548 CGCTTTAAA-TGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTGAGGTTGAATTGTTTTACAATTTTT-CTA
64 CGCTTTAAATTG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTATATTTTTTATTA
* *
5611 AAATCAGATTATAATTTAAT-TCTACCTC-GACAAACAT-AGAGAAA
127 AAA-CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATGA-AG-AA
* * * * * * * * *
5655 AAGTTATTCATTGATGAGAAGAGTCCATTTATACTCACTCGTGCCTTCGAAAGCCTCATTACTTG
1 AAGATATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* *
5720 CTTT-AATTCTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTAATATTTTTTATTAAA
66 CTTTAAATT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-ATATTTTTTATTAAA
5784 ACAGATTATAATTGAATGTCTA-C-CATGGACAACATGAAGGAA
129 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-GGA-AACATGAA-GAA
* * * *
5826 AAGATATTCGTTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA-CC-TGCACTTTCAAAAACCTTATTACT
1 AAGATATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC-C-TTCAAAAGCCTTATTACT
* * *
5889 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTT
64 CGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
5930 GAANNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AAGATATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
CTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAAC
AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAA
Found at i:5820 original size:341 final size:333
Alignment explanation
Indices: 4805--5932 Score: 1247
Period size: 341 Copynumber: 3.3 Consensus size: 333
4795 NNNNNNNNNN
* * * *
4805 AAGATATTCATTGGCAAGAAAAGGT-CATTTATAGTGACCGATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTT
1 AAGATATTCATTGGAAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * ** * * *
4869 GCTTTAAATAATTTTGTAATCTCATAATTGACAGTAAGTTGATTTTTTTTCATTTTTGGTAAAAA
65 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAGTTGA-ATTTTTTCATTTTT-CT-AAAA
* *
4934 CAGATTATAATTGAATATCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGATATGAAAAGT
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** * * *
4999 CCATTTATGGTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGC-TTTATAACCTCA
190 CCATTTATAATCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AATT-CTTTTATAATCTCA
* * *
5063 AAATTCATTTTAAGTTAAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCAACC
253 TAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACC
*
5128 TCAGGAAACATGAACAAA
318 T--GGAAACATGAAGAAA
* *
5146 ATGATATTCATT-GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGACTTATTACTC
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* * * *
5210 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTGAGTTGAATTTTTTTTATTTTTTTAAAACA
65 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAGTTGAA-TTTTTTCATTTTTCTAAAACA
* * * *
5275 TATTAT-ATTTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAACAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGT
128 GATTATAATTT-AATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATT-G-ATAGAAAAGT
* * * ** *
5338 CCATTTATAATCTCCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTGTAATCTCAT
190 CCATTTATAATCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AATTCTTTTATAATCTCAT
* ** *
5403 AATTCATTTGAAGTTGTATTTTTTTATATTTTTTATTCAAACAAATTAT-ATATGAATGTCTAGC
254 AATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAAT-TGAATGTCTA-C
*
5467 TTGAGAAACATGAAGAAA
317 CTG-GAAACATGAAGAAA
* * * **
5485 AAGATATTCTTTAGAAAGAAAAGAT-CATTTCTAGTCACCTATGCCTTCGGAAGCCTTATTACTC
1 AAGATATTCATTGGAAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
*
5549 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTGAGGTTGAATTGTTTTACAATTTTTCTAAAA
65 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTGA-GTTGAATT-TTTT-C-ATTTTTCTAAAA
* * * *
5614 TCAGATTATAATTTAAT-TCTACCTCGACAAACAT-AGAGAAAAAGTTATTCATTGATGAGAAGA
126 -CAGATTATAATTTAATATCTACCTCAAGAAACATGA-AGAAAAAGCTATTCATTGAT-AGAAAA
* * * * *
5677 GTCCATTTATACTCACTCGTGCCTTCGAAAGCCTCATTACTTGCTTTAATTCTTTTTATAATCTC
188 GTCCATTTATAATCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTC-TTTTATAATCTC
* *
5742 ATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTAATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
252 ATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTT-ATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTA
*
5806 CCATGGACAACATGAAGGAA
316 CC-TGGA-AACATGAAGAAA
* *
5826 AAGATATTCGTTGGTAAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACC--TGCACTTTCAAAAACCTTATTAC
1 AAGATATTCATTGG-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGC-C-TTCAAAAGCCTTATTAC
* * *
5888 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA
63 TCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAGTTGAA
5933 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 667, Mismatches: 89, Indels: 62
0.82 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
338 13 0.02
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ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (333 bp):
AAGATATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTGAGTTGAATTTTTTCATTTTTCTAAAACAGAT
TATAATTTAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGATAGAAAAGTCCATTT
ATAATCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTCTTTTATAATCTCATAATTCAT
TTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTGGAAACA
TGAAGAAA
Found at i:6620 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6035--7595 Score: 1413
Period size: 171 Copynumber: 9.1 Consensus size: 170
6025 NNNNNNNNCT
* * * * * *
6035 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTCTTCTTGCCAATG
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGACAATG
* * * ** * *
6100 AATATCATTTTGTTTATGTTTTCTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATAT
66 AATATCTTTTTCTTCATG-TTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT
********** * * * * *
6165 ANNNNNNNNNNATTTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAGCT
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* * * * * *
6206 ATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGACCATAAAT-GAACTTCTCTTGCCAAT
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGACAAT
* * * * **
6270 GAAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAATATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
65 G-AAT--AT--CTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
** * * * **
6335 AAATA-AAAAAAATTCAACTTAATGTCAATTATATAAGATCACAAAATT
124 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-T-TATGAGATTATAAAACC
* * * * *
6383 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCCATCGGTCG-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGT-GACTATAAATAGACTTTTCTTGACAAT
* * * *
6447 GAATATCTTTTTCTTCACGTTTCCAAAGGTAGACAATCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATG
65 GAATATCTTTTTCTTCATGTTTCC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATA
* * * *
6512 TAAACAAATTCAACTCAAAATCAATTATGGGATTATTAAACC
129 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * *
6554 ATTTAAAATGAGAAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTATTGACAATG
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGACAATG
* * * * * * *
6619 AATGA-ATGTTTCTTCATATTTTTCATGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTTATAAATAAAT
66 AAT-ATCTTTTTCTTCAT-GTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA-AAAT
* *
6683 ATAAAAAAATTCAACTTCAAATCAGTTATGAGATTATAAAACC
128 ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * * * *
6726 ATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTGT-AAAGACATGGGTGACTATAAAT-GAAATTTTGTTGCCAA
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT-TCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGACAA
* * * *
6789 TGAATAACTTTTTCTTCATGGTTCCCAAGCTGGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT
64 TGAATATCTTTTTCTTCAT-GTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT
* * *
6854 ATAAAAAAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGAGTATAAAACT
128 ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * * * *
6897 ATTTAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTCAAAGG-ATTGCTGAGTATAAATAGACTTTT-GTCACTAAT
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGAC-AAT
* * * **
6960 GAAT-TGCCTTTTCTTCATGTTTCTCAAGTTAGACATTCAATTAAAATCTGTTTTAACCAAAAAT
65 GAATAT-CTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT
* * * * *
7024 AAAAAAAAATTAAACTTAAAGTCAATTATGAGATTGTAAAACT
128 ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * ** * *
7067 ATTTAAAGTGAGTAATAACGCTTTCCAAGGCATAAGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATG
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGACAATG
* * * * * * *
7132 AATATCTTATTCTTTACGTTTTTCGAGGT-GCACATTCAGTTAAAATCTGTTTTAATAAAAAATA
66 AATATCTTTTTCTTCATG-TTTCCAAGGTAG-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATA
* *
7196 TAAAAAAATTCAA-TATAAAATCAATTATGTGATTATAAAAAC
129 TAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
** * * * *
7238 AACTAAAG-CATGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTC-TCACCAA
1 ATTTAAAGTGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGA-CAA
** * * ** * * *
7301 TGAATGGCCTTTTCTTCATATTTCTTGAGATGGACATTCAATTATAATCAGTTTTAATAAAAAAT
64 TGAATATCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT
* * *
7366 ATAAAAAAATTTAACTTGAAATCAATTATGGGATTATAAAACC
128 ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * **
7409 ATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACA
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGACAATG
* * * * *
7474 AATATCTTTTTGTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTTAATTATAATATGTTTTAACAAAAAA-AT
66 AATATCTTTTTCTTCATGTTTCC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT
*
7538 GAATAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACC
130 -AA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
7581 ATTTAAAGTGAGTAA
1 ATTTAAAGTGAGTAA
7596 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
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AATATCTTTTTCTTCATGTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATA
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
Found at i:8036 original size:171 final size:168
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 168
7686 NNNNNNNNNN
* * ** *
7696 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTA-TTTTT-TT
1 ACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCAT-ATTTAATTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTTATT
* * * * * * * ** *
7759 AAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACTTGAACAAAAAGATATTTGTGGACAAGAA
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* * *
7824 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCGTTCGAAAGCTTTATT
130 AAGTCCATTTATACTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
*
7864 ACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATATTTAATTTCAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTAT
1 ACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATATTTAATTT-AAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTTAT
* ** **
7929 TAAAACTGATTATAATTGAATGTCCACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGGCCATTCATTGATGAGA
64 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGGATATTCATTGACAAGA
* *
7994 AAAGTCCATTTATACTCATCCATACCTTCGGAAGCCTTATT
129 AAAGTCCATTTATACTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * * * * * *
8035 ACAT-G-TTTTAGTTGTTTTTATAATCTTATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTATATTTTTT
1 AC-TCGATTTAAATAG-TTTTATAATCTCAT-ATTTAATTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTT
* * * * * * *
8098 ATTAAAACAGATTTTAACTGAATGTGCACCTCGAGAAATATAAAGAATAA-GATATTCATTGGCA
62 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTCAAGAAACATGAAGAA-AAGGATATTCATTGACA
* * * *
8162 AGAAAACTCTATTTATAGTTACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATT
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* * * * * **
8206 ACTCGCTTTCAATATTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTG-A--TTTTTT-TTTTTGGTT
1 ACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCAT-ATTTAATTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTTATT
* * ** * *** *
8267 AAAACAGATT-TGAATTGAATGTCTAACTTGAGATACATGAAGAAAAGGCA-ATTCATTGGTGAC
65 AAAACAGATTAT-AATTGAATGTCCACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGG-ATATTCATTGACAAG
** ** * *
8330 AAAAGTTTATTTATACTCAGCCATGCCTTTTATAGCCTTTTT
128 AAAAGTCCATTTATACTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * * * *
8372 ACGCAATTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTAAAGTTG-ATTTTTTTT
1 ACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATATTTAATTT-AAGTTGAATTTTTTTT
8426 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 453, Mismatches: 91, Indels: 36
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
165 8 0.02
166 113 0.25
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168 52 0.11
169 2 0.00
170 15 0.03
171 238 0.53
172 15 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (168 bp):
ACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATATTTAATTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTTATTA
AAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGGATATTCATTGACAAGAAA
AGTCCATTTATACTCACCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
Found at i:8408 original size:337 final size:337
Alignment explanation
Indices: 7702--8425 Score: 792
Period size: 337 Copynumber: 2.1 Consensus size: 337
7692 NNNNACTCGC
* * * * *
7702 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTTTAAAACATA
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTTTAAAACAGA
* * *
7767 TTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACTTGAACAAAAAGATATTTGTGGACAAGAAAAGTCCAT
66 TTATAACTAAATGTCTACCTCAGGAAACTTAAACAAAAAGATATTTGTGGACAAGAAAACTCCAT
* * *
7832 TTATAGTCACCCATGCGTTCGAAAGCTTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATATTT
131 TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATATTG
* * *
7897 AATTTCAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACTGATTATAATTGAATGTCCACCTCAAG
196 AATTTCAAGTTAAA-TTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCAACTCAAG
* * *
7962 AAACATGAAGAAAAGGCCATTCATTGATGAGAAAAGTCCATTTATACTCATCCATACCTTCGGAA
260 AAACATGAAGAAAAGGCAATTCATTGATGACAAAAGTCCATTTATACTCAGCCATACCTTCGGAA
*
8027 GCCTTATTACATG
325 GCCTTATTACATA
* * * *
8040 TTTTAGTTGTTTTTATAATCTTATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAA
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* * * *
8105 CAGATTTTAACTGAATGTGC-ACCTC-GAGAAA-TATAAAGAATAAGATATTCAT-TGG-CAAGA
62 CAGATTATAACTAAATGT-CTACCTCAG-GAAACT-TAAACAAAAAGATATT--TGTGGACAAGA
* * * * * *
8165 AAACTCTATTTATAGTTACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAATATTTTTATAAT
122 AAACTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAAT
* * *
8230 CTCATAATTGACTTT-AAGTT-GA-TTTTT-T-TTTTTGGTTAAAACAGATT-TGAATTGAATGT
187 CTCAT-ATTGAATTTCAAGTTAAATTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTAT-AATTGAATGT
* ** * * **
8289 CTAACTTGAGATACATGAAGAAAAGGCAATTCATTGGTGACAAAAGTTTATTTATACTCAGCCAT
250 CCAACTCAAGAAACATGAAGAAAAGGCAATTCATTGATGACAAAAGTCCATTTATACTCAGCCAT
* ** *
8354 GCCTT-TTATAGCCTTTTTACGCA-A
315 ACCTTCGGA-AGCCTTATTA--CATA
*
8378 TTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTAAAGTTG-ATTTTTTTT
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTT
8426 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
335 1 0.00
336 10 0.03
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343 11 0.03
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (337 bp):
TTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTTTAAAACAGA
TTATAACTAAATGTCTACCTCAGGAAACTTAAACAAAAAGATATTTGTGGACAAGAAAACTCCAT
TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATATTG
AATTTCAAGTTAAATTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCAACTCAAGA
AACATGAAGAAAAGGCAATTCATTGATGACAAAAGTCCATTTATACTCAGCCATACCTTCGGAAG
CCTTATTACATA
Found at i:8925 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8627--10319 Score: 1661
Period size: 171 Copynumber: 9.9 Consensus size: 170
8617 NNNNNNNNNN
* * *
8627 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATAAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAT-TAAAT
* ** * * **
8692 AGATTATAATTGAATGTCTTCCAT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTCGTGAGAAAAGT
65 AGATTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * *
8756 CCATTTATACTCACTTATACCTTCGAAAGCGTTATTACAT-GC
129 CCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGC
* * * *
8798 TTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAGTTTTTTTATATTTTTTATTAAAGT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA-T
* * * * * *
8863 AGATTTTAACTGAATGTGTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGATATTAATTGGCAAGAAAAGTC
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTC
*
8928 CATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
130 CATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
** * ** * * * **
8969 TCCAAATAGTTTTGGAATCTCATAACTGACTTTAAGTTGAATTTATTTT-CATTTTTGGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTTATT-AAA
* * * * * *
9033 TAAATTTTAATTGAATGTCTAACTCG-GAAA-AGTTGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAATAAAA
64 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACA--TGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAA
* * *
9096 TTCCATTTATAGTCATCC-ATGCCTTCAAAAGACTTATTACTCGC
127 GTCCATTTATAGTCA-CCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
9140 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTCTTTTA--AAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT-TTTTATTAAAT
* * * * * * *
9202 ATATTATAATTAAATGTCTACCTC-AGAAAACTTGAAGAAAAAGTTATTCATTGCCAACAAAATT
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * *
9266 TCATTTATAGTCATCC-ACGCCTT-TACAAGCCTTATTACTCGC
129 CCATTTATAGTCA-CCTATGCCTTCGA-AAGCCTTATTACTCGC
* * * * * *
9308 TTCAAATGATTTTATAATCTCATAACTAATTTGAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTTATTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTTTATT-AAA
* * * * * * * * *
9373 CATATTATAATTGAATGTCAACTTTGGGAAACATGAACAAAACGATATTCATTGGTAAGAAAAGT
64 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * *
9438 CTATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCTTTATTAGTCGC
129 CCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
9480 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTGACTTTAAGTTAAATTTTTTTAT-TTTTTTA--AAACA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAATA
* * * * ** * ** *** *
9542 TATTATAATTAAATGTCTACCTCAAAAAATTTGAAGAACAAGCCATTCATTGATGAGAAAAGTCT
66 GATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * *
9607 ATTTATAATCACCAATGCCTTCGAAAGCCTTTTTACTCGC
131 ATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
9647 CTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAATC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAT-
* * * * * * * * *
9712 AAATTAT-ATATGACTGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGATATTCTTTCGTAAAAAAAGA
65 AGATTATAAT-TGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * *
9776 CCATTTCTTGTCACCTATGCCTTCGGAAGCCTTATTATTCGC
129 CCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * *
9818 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTGTTTTACAATTTTTCTTAAATA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAT-
* * * * ***
9883 AGATTATAATTAAAT-TCTACCTAGAGAAACGCTG-AGAAAAAGTTATTCATTGATGAGAAAAGT
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC-ATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * *
9946 CCACTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGC
129 CCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
** * *
9988 TTT-AATTCTTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATTTTTTATTAAAA
1 TTTAAATGGTTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT-AAA
* * * *
10052 TAGAATATAATTGAATGTGC-ACCTCGAAAAACATGAAGAAAAAGATATTCGTTGGCAATAAAAG
64 TAGATTATAATTGAATGT-CTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAG
*
10116 TCCATTTATAGTCACCTATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
128 TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
10159 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTTAGTTTTTTT-TTTTTTTTATTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT-AAA-
* * * *
10223 TTG-TTATAATTAAATGTCTACCTC-AGTAAACATGAACAAAAAGATATTTATTGGCAAGAAAAG
64 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAG
*
10286 TCCATTTATAGTCA-CTCATGCCTTCAAAAGCCTT
128 TCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAGCCTT
10320 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1251, Mismatches: 233, Indels: 77
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 132 0.11
168 131 0.10
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170 251 0.20
171 573 0.46
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173 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAATA
GATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
Found at i:10245 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 8628--10319 Score: 1720
Period size: 341 Copynumber: 5.0 Consensus size: 338
8618 NNNNNNNNNT
* *
8628 TTAAATGGTTTT-ATAATCTCATAACTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATAAAAAT
1 TTAAATAGTTTTGATAATCTCATAACTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAT
* * ** * * *
8692 AGATTATAATTGAATGTCTTCCAT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTCGTGAGAAAAGT
66 A-AATATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGT
* * * * * *
8756 CCATTTATACTCACTTATACCTTCGAAAGCGTTATTACAT-GCTTTAATTGTTTTTATAATCTCA
129 CCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * * * *
8820 TAATTGATTTTATGTTGAGTTTTTTTATATTTTTTATTAAAGTAGATTTTAACTGAATGTGTACC
193 TAATTGACTTTAAGTTGA-TTTTTTTTTATTTTTT-TAAAACTTG-TTATAATTAAATGTCTACC
* * * * *
8885 TC-GAGAAACGTAAAGAAAAAGATATTAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCT
255 TCAGA-AAACTTGAAGAAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
8949 TCAAAAGCCTTATTACTCGC
319 TCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * **
8969 TCCAAATAGTTTTG-GAATCTCATAACTGACTTT-AAGTTGAATTTATTTT-CATTTTTGGTTAA
1 T-TAAATAGTTTTGATAATCTCATAACTGA-TTTGAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTTATTAA
* * * ** *
9031 AATAAATTTTAATTGAATGTCTAACTCG-GAAA-AGTTGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAATAA
63 AATAAA-TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACA--TGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAA
* * * *
9094 AATTCCATTTATAGTCATCC-ATGCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
125 AAGTCCATTTATAGTCA-CCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
9158 CTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTCTTTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTAC
189 CTCATAATTGACTTTAAGTTGATTTTTTTTTATTTTTTTAAAACTTGTTATAATTAAATGTCTAC
* * * * * * *
9223 CTCAGAAAACTTGAAGAAAAAGTTATTCATTGCCAACAAAATTTCATTTATAGTCATCCACGCCT
254 CTCAGAAAACTTGAAGAAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* *
9288 TTACAAGCCTTATTACTCGC
319 TCAAAAGCCTTATTACTCGC
* *
9308 TTCAAAT-GATTTT-ATAATCTCATAACTAATTTGAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTTATTAA
1 TT-AAATAG-TTTTGATAATCTCATAACTGATTTGAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTTTATTAA
* * * * * * * *
9371 AACATATTATAATTGAATGTCAACTTTGGGAAACATGAACAAAACGATATTCATTGGTAAGAAAA
63 AATA-AATATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAA
* * * *
9436 GTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCTTTATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
127 GTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* ** * *
9501 ATAGTTGACTTTAAGTT-AAATTTTTTTATTTTTTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTC
192 ATAATTGACTTTAAGTTGATTTTTTTTTATTTTTTTAAAACTTGTTATAATTAAATGTCTACCTC
* * * ** ** * * * *
9565 AAAAAATTTGAAGAACAAGCCATTCATTGATGAGAAAAGTCTATTTATAATCACCAATGCCTTCG
257 AGAAAACTTGAAGAAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
*
9630 AAAGCCTTTTTACTCGCC
322 AAAGCCTTATTACTCG-C
*
9648 TTAAATAGTTTTG-TAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT-AAAT
1 TTAAATAGTTTTGATAATCTCATAACTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAT
* * * * * *
9711 CAAAT-TATATATGACTGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGATATTCTTTCGTAAAAAAAG
66 -AAATATA-AT-TGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAG
* * * * *
9775 ACCATTTCTTGTCACCTATGCCTTCGGAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
128 TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
*** *
9840 TAATTGA-TTTGAAGTTGAATTGTTTTACAATTTTTCTT-AAA-TAAGATTATAATTAAAT-TCT
193 TAATTGACTTT-AAGTTG-ATT-TTTTTTTATTTTT-TTAAAACT-TG-TTATAATTAAATGTCT
* * ** * *
9901 ACCT-AGAGAAACGCTG-AGAAAAAGTTATTCATTGATGAGAAAAGTCCACTTATACTCACCCAT
252 ACCTCAGA-AAAC-TTGAAGAAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* *
9964 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGC
315 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* ** * * * *
9988 TTTAATTCTTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATTTTTTATTAAAAT
1 TTAAATAGTTTTGATAATCTCATAACTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAT
* * * *
10053 AGAATATAATTGAATGTGC-ACCTCGAAAAACATGAAGAAAAAGATATTCGTTGGCAATAAAAGT
66 A-AATATAATTGAATGT-CTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGT
*
10117 CCATTTATAGTCACCTATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
129 CCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* *
10182 AATTGACTTTAAGTTTAGTTTTTTTTTTTTTTTATTAAAACTTGTTATAATTAAATGTCTACCTC
194 AATTGACTTTAAGTTGA-TTTTTTTTTATTTTT-TTAAAACTTGTTATAATTAAATGTCTACCTC
* * * * * *
10247 AGTAAACATGAACAAAAAGATATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCA
257 AGAAAACTTGAAGAAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
10312 AAAGCCTT
322 AAAGCCTT
10320 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1116, Mismatches: 187, Indels: 96
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
336 2 0.00
337 10 0.01
338 131 0.12
339 260 0.23
340 179 0.16
341 337 0.30
342 187 0.17
343 10 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (338 bp):
TTAAATAGTTTTGATAATCTCATAACTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAT
AAATATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
TTGACTTTAAGTTGATTTTTTTTTATTTTTTTAAAACTTGTTATAATTAAATGTCTACCTCAGAA
AACTTGAAGAAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG
CCTTATTACTCGC
Found at i:10916 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 10480--11221 Score: 510
Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 170
10470 NNNNTTTCAA
* *
10480 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGACTACCTCAAGAAACATGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTTTAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGA
* * *
10545 AGAAAATGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCTATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
66 AGAAAA-GCTATTCATTGGTGAGAAAAGTCTATTTATACTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * *
10610 ACATACTTTAGTTGTTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAT
130 ACATACTTTAATAGTTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAG
* *
10651 GTTGAATTTTTTTAC-TTTATTTATTAAAACAGATTTTAACTGAAAT-TGC-ACCTCTAGAAA-A
1 GTTGAATTTTTTTACATTT-TTTATTAAAACAGATTTTAATTG-AATGT-CTACCTCAAGAAACA
* * * * * * **
10712 GTAAAGAATAAGATATTTATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATACCTTCAAAAGCCT
63 -TGAAGAA-AAGCTATTCATTGGTGAGAAAAGTCTATTTATACTCACCCATACCTTCAAAAGCCT
**********
10777 NNNNNNNNNNTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGACTTTAG
126 TATTACATACTTT-AATAGTTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAG
* ** * * * *
10822 GTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAAAAAATTTTAATTGAATGTTTAACTCAAGAAACATGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTTTAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGA
* * * * ** *
10887 AGAAAAGGCTATTCATTGGTGACAAAAGTCTATTTATACTCAGCTATGCCTTTGAAAGCCTTTTT
66 AGAAAA-GCTATTCATTGGTGAGAAAAGTCTATTTATACTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
10952 AC-T-CGTTTTAAATAG-TTTTATAATCTTATAATT-AATTTAAA
130 ACATAC--TTT-AATAGTTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AG
* * * * * * * *** *
10993 ATTAAATTTTCTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATACA-TGATTGTCTATCTTGGGAACCATG
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTTTA-ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATG
* ** * * * ** * *
11057 AAGAAAAAGTTATTCATTGGCAACGCAGA-TCCATTTATAGC-CACCCATGTCTTTACAAGCCTT
65 AAG-AAAAGCTATTCATTGGTGA-GAAAAGTCTATTTATA-CTCACCCATACCTTCAAAAGCCTT
* * *
11120 ATTAC-T-CGTTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAACTGA-TATGAA
127 ATTACATAC--TTT-AATAGTTTTTATAATCTCATAATTGACT-TTAG
* * * *
11164 GTTGAATATTTTTATA-TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTTTAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
11222 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 446, Mismatches: 104, Indels: 43
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 48 0.11
171 374 0.84
172 23 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
GTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTTTAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGA
AGAAAAGCTATTCATTGGTGAGAAAAGTCTATTTATACTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTA
CATACTTTAATAGTTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAG
Found at i:11631 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 11331--12951 Score: 1402
Period size: 171 Copynumber: 9.5 Consensus size: 171
11321 NNNNNNNNNT
* * * *
11331 TTTTATAATCTTATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTTTA
1 TTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATA
* * * ***
11396 ACTGAATGTGTACCT-TAGGAAACGCAAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
65 ATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* *** * *
11460 AGTTACCTATGCCTTCAAAAAATTTTTTACTCGATTCAAATAG
129 AGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAG
* * * * *
11503 TTTTACAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTTAAATAGATTTTAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
* * * ** * ** *
11568 TTGAATGTCTAACTCGAGAAATATGAAGAAAAGGCCATTCATTAGTGATAAAAG-CCTATTTATA
66 TTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATA
* * * * * *
11632 CTCA-GTCATGCCTTCGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATAA
130 GTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAG
*
11674 TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTTATTAAAACAGATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATA
* * * * * * * *
11738 ATTGAATGTTTACCTC-AGGAAACTTGAATAAAAAGTTATTCTTTGGCAACAAAATTTCATTTAT
65 ATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * *
11802 AGTCACCCATGCATTTACAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGG
129 AGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAG
* * * * * *
11845 TTTTAAAATTTCATAACT-AATTTGAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTTATTAAAACATATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATA
* * * * ** **
11909 ATTGAATGTCTACCGT-GGGAAATATGAAGAAACA-TTCATTCATTGTTAAGAAAAGTGTATTTA
65 ATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACATGAAGAAAAAGAT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
** *
11972 TAGTCA-CTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC-ATTTTAAATGG
128 TAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATAG
********* * * *
12016 NNNNNNNNNNC-CATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATA
1 -TTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATA
* * * **
12080 ATTTATTGTCTACCTATG-GAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
65 ATTGAATGTCTACCT-CGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
** ** * *
12144 AGAGACCGGTGGCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATAA
129 AGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATAG
* * ** ** **
12187 TTTTGTAATCTCATAACTGACAATAAGTT-AATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
* *
12251 TTGAATATCTACCTTC-AGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
66 TTGAATGTCTACC-TCGAGAAACATGAAGAAAAAG--A-T-A-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * *
12315 TTATGGTCACCTATGCCTTCAAAAGTCTAATTACTCGCTTTAAATAG
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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*
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* * *
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* * * * ** * *
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* ** * * * *
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* * *
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1 TTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATA
* * * ** * *
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* ** * *
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* * *
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* * *
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** * *
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* *
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* * * * *
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*** *
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* * * * * *
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* * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * *
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** * **
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* ** * * * * * **
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * *
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** * * *
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* * *
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130 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * *
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* *** * * * *
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* *
16276 CCTTATTACTCGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGCTT
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* ** * * *
16320 TGAAGTTGAATTGTTTTACAATTTTT-CTAAAATCAGATTATAATTTAAT-TCTACCTCGAGAAA
1 TTAAGTTGAATT-TTTTTTATTTTTTATTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA
* * * * * **
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64 CATGA-AGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG
* * **
16446 CCTTATTACTTGCTTTAATTCTTTTTATAATCTCATAATTGATT
127 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
16490 TTAAGTTAAATTTTTTAATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACAGTGGA-AAA
1 TTAAGTTGAATTTTTT-TTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-CTCGAGAAA
* * * **********
16554 TATGAAGAAAAAGATATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCNNNNNNNNNNAAAGCC
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* *
16619 TTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACT
129 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * * * *
16661 TTGAGTTAAATTTTTTTTTATTTTTTGTTCAAATATATTATAATTAAATGTTTACCT-TAGGAAA
1 TTAAGTTGAA-TTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAA
* * ** * * * * * *
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64 CATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * *
16790 TTATTACTCGATTTAAATAGTTTTTTAATCCCATAATTGATT
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* * * * *
16832 TTAAGTT-AAATTGTTTTACATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTTG-GAAAA
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* * *
16958 CCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATT
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17002 TTAAGTT
1 TTAAGTT
17009 AANNNNNNNN
Statistics
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* *
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* *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* *
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**
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1 TT-AAGTTAAATTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC
* * ** * * *
14520 GTGAAGAACAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCATTCATGCCTTCGAAAGCCT
65 ATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCT
* * * ** * * *
14585 TATTACTTGTTTTAAATGGTTTGGTAATCTCATAACTGATTTAAAGTTGAATATTTTTACATTTT
129 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTT
* * * *
14650 TTATTAAAACAGATTAT-ATATGAAAGTCTACCTCGAGAAACATGAAAAAAAAAGATATTCTTTC
193 TTATTAAAACAGATTATAAT-TGAATGTCTACCTCGAGAAACAT-AAAGAAAAAGATATTCATTG
* * * *
14714 CCAAGAAAAGACCATTTCTAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTGGCTTTAAATGGTTT
256 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
*
14779 TATTATCTCATAATTGATT
321 TATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * * *
14798 TGAAGTTGAATTGTTTTATAATTTTTCTTAAATCAGATTATGATTGAAT-TCTACTTCGAGAAAC
1 TTAAGTTAAATT-TTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC
* * * * * * *
14862 GT-AGAGAAAAAGTTATTCATTGATGAGAACAGTCCATTGAT-GCTCACCCATGCCTTTGAAAGC
65 ATGA-AGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCA-CCATGCCTTCGAAAGC
* ** **
14925 CTTATTACTTGCTTT-AATTCTTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTAATAT
127 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATAT
* *
14989 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACATGAAAG-AAAAGATATTCGT
190 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACAT-AAAGAAAAAGATATTCAT
* *
15053 TAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
254 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
*
15118 TTTATAATCTCATAATTGACT
319 TTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * *
15139 TTAAGTTGATTTTTTTTTATTTTTT-TTTAAACATATTATAATTAAATGTCTACCT-TAGAAAAC
1 TTAAGTTAAATTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAAC
* * * ** * * *
15202 GTGAACAAAAAAATATTTGTTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTCGAAAGCTT
65 ATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCGAAAGCCT
*** * * *
15267 TATTACTTAATTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTT-TATTTTT
129 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATA-TTTT
* * * * * * * * *
15331 TTATTAAAACAGAATATAATTGAATATCCACCTTGGGAAACATGAAGAAATA-TTCATTCATTGT
193 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGAT-ATTCATTGG
* * *
15395 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTT
257 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
*
15460 ATAATCTCATAATTAATT
322 ATAATCTCATAATTGATT
* * * * * *
15478 TTAACTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTACAATTGAATGTCTACCTTGGGAAAC
1 TTAAGTTAAATTTTTTT-TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC
* * * *
15543 ATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGGT-CATTTATAGTGACCGATGCCTTCAAAAGCG
65 ATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCGAAAGCC
* * **
15607 TTATTACTCGCTTTAAATAATTTTGTAATCTCATAATTGACATTAAGTTGAATTTTTT-TCATTT
128 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAT-ATTT
** * * * * * ** * *
15671 TTGGTAAAAATATATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGG
192 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATTCATTGG
* * * * *
15736 TAAGAAAAGTCCATTTATGGTCA-CTCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTATATGGCTT
257 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
*
15800 TATAATCTCAAAATTGATT
321 TATAATCTCATAATTGATT
* * * *
15819 TTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTACTAGAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAAC
1 TTAAGTTAAATTTTTTT-TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC
* * * * *
15884 ATGAACAAAACGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGACT
65 ATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCGAAAGCCT
* * * * *
15949 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTCATTTTGAGTTG----------ATCTTT
129 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTT
* * * * * ** *
16004 T-TTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAA-AACAAGCCATTCATTGGT
194 TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACAT-AAAGAAAAAGATATTCATTGGC
* * * * * *
16067 AAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTG
258 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
*
16132 TAATTTCATAATTGATT
323 TAATCTCATAATTGATT
* * * * * *
16149 TAAAGTTATATTTTTTTATATTTTTTAATAAAACAAATTAT-ATATGAATGTCTAGCTTGAGAAA
1 TTAAGTTAAATTTTTTT-TATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT-TGAATGTCTACCTCGAGAAA
* *** * *
16213 CATGAAGAAAAAGATATTCCTTCACAAGAAAAGAT-CATTTCTAGTCACCTATGCATTCGAAAGC
64 CATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCGAAAGC
* * * * * *
16277 CTTATTACTCGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTGAAGTTGAATTGTTTTACAAT
127 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATT
* * * *
16342 TTTT-CTAAAATCAGATTATAATTTAAT-TCTACCTCGAGAAACATAGAGAAAAAGTTATTCATT
191 TTTTATTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATTCATT
*** * * * ** * * **
16405 GATGAGAACAA-TCCATTCATACTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTCTT
255 GGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
16469 TTTATAATCTCATAATTGATT
319 TTTATAATCTCATAATTGATT
* * *
16490 TTAAGTTAAATTTTTTAATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACAGTGGA-AAA
1 TTAAGTTAAATTTTTT-TTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-CTCGAGAAA
* * * *********
16554 TATGAAGAAAAAGATATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCNNNNNNNNNNAAAGCC
64 CATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCGAAAGCC
* * * * * *
16619 TTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTGAGTTAAATTTTTTTTTATTT
128 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTT
* * * * * * * * **
16684 TTTGTTCAAATATATTATAATTAAATGTTTACCT-TAGGAAACATAAACAAAAAGATATTTGTTG
192 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATAAAGAAAAAGATATTCATTG
* * * * * *
16748 GCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACAC-ATGCCTACGAAAGCTTTATTACTCGATTTAAATAGTT
256 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* *
16812 TTTTAATCCCATAATTGATT
320 TTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
16832 TTAAGTTAAA-TTGTTTTACATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTTG-GAAAA
1 TTAAGTTAAATTTTTTTTA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAA
* * * * * **
16895 CATGAATAAATA-TTCATTCATT-GTCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACGATCGAAAG
64 CATGAAGAAAAAGAT-ATTCATTGGT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAG
* *
16958 CCTTATTACTCGTTTTAAAT-GATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTT
126 CCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
17009 AANNNNNNNN
Statistics
Matches: 2940, Mismatches: 525, Indels: 195
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
329 2 0.00
330 269 0.09
331 9 0.00
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335 5 0.00
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ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
TTAAGTTAAATTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACA
TGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATGCCTTCGAAAGCCTTA
TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTA
TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAG
AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATT
Found at i:18193 original size:172 final size:159
Alignment explanation
Indices: 18015--18326 Score: 360
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 159
18005 NNNNNNNNNN
* * *
18015 TTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT-AAGTTTTTTAATATTTTTTTATTAAAATAGATTATAA
1 TTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA-TTTTTT--TA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAA
* * *
18079 TTGAATGTCTACCATGA-AAAACATAAAGAAAAAGATATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
62 TTAAATGTCTACC-TCAGAAAACATAAACAAAAAGATATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
18143 GTCAC-CTATGCCTTCAAAAGCCTTANNNNNNNNNNTAAATGGTT
126 GTCACAC-ATGCCTTCAAAAGCCTTA----------TAAATGGTT
*
18187 TTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTTATTAAAACATATTATAATTAA
1 TTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAA
* ** *
18252 ATGTCTACCTCAGGAAATGTAAACAAAAAGATATTTGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
66 ATGTCTACCTCAGAAAACATAAACAAAAAGATATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
18317 ACATGCCTTC
131 ACATGCCTTC
18327 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 11, Indels: 9
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.02
169 88 0.70
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172 31 0.25
173 2 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (159 bp):
TTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAA
ATGTCTACCTCAGAAAACATAAACAAAAAGATATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
ACATGCCTTCAAAAGCCTTATAAATGGTT
Found at i:18896 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 18611--19471 Score: 673
Period size: 171 Copynumber: 5.0 Consensus size: 169
18601 NNNNNNNNNN
* * *
18611 CATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTTTAATTGAATGTAC-
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTTTAATTGAATGT-CT
* * ** * * * *
18675 ACCTCGAGAAATGTAAAGAATAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCTATGC
65 AACTTGAGAAACATGAAGAAAAAGA-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGC
*
18740 CTTATAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
129 CTT-TAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * * * *
18782 CATAATTGACTTTAAGTTGAAATTTTTTT-TATTTTTGATTAAAACATATTTTAATTAAATGTTT
1 CATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTTTAATTGAATGTCT
* * ** * *
18846 AACTTGAGAAATATGAAGAAAAGGCAATTCATTGGTGACAAAAGTCTATTTAT-GCTTAGCC-AT
65 AACTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-AATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG-TCA-CCTAT
*
18909 GCCTTTAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
127 GCCTTT-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
************ * *
18953 CATAATTGA-TTNNNNNNNNNNNNTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTTTAATTGAATGTCTA
* * * * * * *
19017 TCTTGGGAACCATGAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAACAAAATTCTATTTATAGTCACCCATGCC
66 ACTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-AATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCC
********** *
19082 TTTACAAGCCTTANNNNNNNNNNTAAATGGTTTTATAATCT
130 TTTA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * * * * *
19123 CATAACTAATTTGAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATCATTGAATGTCTA
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTTTAATTGAATGTCTA
* * * * ** * * *
19188 CCTCGAGAAACATGAAGAAAATGTCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCA-CTCATAC
66 ACTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-AATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCT-ATGC
** *
19252 CTTTGAAAGCCTTATTACAT-AATTTAATTA-TGTTTATAATCT
129 CTTT-AAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATAGT-TTTATAATCT
* * * * * *
19294 CATAATTAATTTTATGCTGAATTTTTTTATAATTTTTATTAAAACAGATTTTAACTGAATGTGT-
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTTTAATTGAATGTCTA
* * *** *
19358 ACCTCAGGAAACGCAAAGAAAAAGATATTCAGTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCTATG
66 ACTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGA-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCTATG
* *
19422 -CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCATATAGTTTTATAATCT
128 CCTTT--AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
19465 CATAATT
1 CATAATT
19472 TTTTTATATT
Statistics
Matches: 535, Mismatches: 133, Indels: 44
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.01
170 126 0.24
171 386 0.72
172 16 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTTTAATTGAATGTCTA
ACTTGAGAAACATGAAGAAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCT
TTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
Found at i:21726 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 20018--22523 Score: 1923
Period size: 170 Copynumber: 14.7 Consensus size: 169
20008 NNNNNNNNNN
* * * *
20018 CTTATTA-TTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGACTTTAAGTTCAATTGTTTTT-TA
1 CTTATTACTT-GCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATT-TTTTTATA
* * * * * * **
20081 TTTTTTGTTAAAACATATTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAACGTAAAGAACAAGCCATTCAT
63 TTTTTTG-TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCAT
** * * *
20146 TGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCTATGGCTTCGAAAGC
127 TGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGC
* * * * *
20189 CTTATTA-TTCGCTTTAAATAG-TTTTATAGTCTCATAATTAATTTGAAGTTGAATTTTTTTACA
1 CTTATTACTT-GCTTT-AATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATA
* *
20252 TTTGTTAT-TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGT-AAGGAAAAAGATATTT
63 TTT-TT-TGTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAA-GAAAAAGATA-TT
** * * * * * *
20315 GTTTG-CAAGAAAAGTCTATTTCTAGCCACCTATGCCTTTGAAAGT
124 CATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGC
** * * * **********
20360 CTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTTATAATTGATTTGAAGTTGNNNNNNNNNNCT-
1 CTTATTACTTGCTTT-AATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT--AATTTTTTTATA
* ** * * * **
20423 TTTTTTATTAAAGTAGATTAT-ATTAAATGTCTATCTTGAGAAAC-ACAGAGAAAAAG-TCATTC
63 TTTTTT-GTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGA-AGAAAAAGAT-ATTC
* * * * * ** *
20485 ATTGATGAGAAAAGTCGATCTATACTCA-TTCATGCCTTTAAAATC
125 ATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAGC
*
20530 CTTATTACTTGCTTTAATTATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTT-TACT
1 CTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTATA--
* * * ** * * * * *
20594 TTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTAATTTGAGAAAGGTAAAAAAAAAATGTTATTC
63 TTTTTT-GTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGT-GAAGAAAAA-GATATTC
** ** * * *
20659 GCTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGC
125 ATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGC
* * * *
20704 CTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTGTAATCTCATAATTGAATTTAAG-T-ATTTCTTTT-TCA
1 CTTATTACTTGCTTT-AATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTT-TTTTAT-A
* * *
20765 TTCTTTGTCAAAACAGACTATAATCGAATG-CTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAG-TCATTC
63 TTTTTTGT-AAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGAT-ATTC
* * * * *
20828 ATTGATGAGAAAAGTCTATTTACACTCAGCC-ATGCCTTCAAAAGC
125 ATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATGCCTTCGAAAGC
* *
20873 CTTATTGCTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTCTTTTATA-T
1 CTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTATATT
* * * * *
20937 TTTT-TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATT-AGAAAACATGCCA-AAAAAGATATCCATT
65 TTTTGTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACGTG-AAGAAAAAGATATTCATT
*
20999 GGA-AAGAAAAAGTCCATTTATAGTCATCTATGCCTTC-AGAAGC
128 -GATAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGA-AAGC
* * *
21042 CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTTAGTA
1 CTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-TTTTTTTA-TA
* * * * * * * *
21107 TTTTTTATCAAAACATAATATAATTGAATGTTTACATCAAGAAACATGGAGAAAAAG-TCATTCA
63 TTTTTTGT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGAT-ATTCA
* * * * *
21171 TTGATGAGAAAAGTCCATTGATACTCACCCATACCTTCGAAAGC
126 TTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGC
* * * * * *
21215 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTCTAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTATATT
1 CTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATT
* * * * * * *
21280 TTATAT-TAAAATAGATTATAATTGAATATCCACCTCAAGAAACATGAAGAAGAAGATATTCGTT
65 TT-T-TGTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATT
* * * * *
21344 CG-TAGGAGAAGTTCATTTATAGTCACCTTTGCCTTCAAAAGC
128 -GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGC
* * * * * * *
21386 CGTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATCACTTTAAGTTAATTTTTTT-TATTT
1 CTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTT
* * * * * * * * * * *
21450 TTTATCAAACAGACTACAATTGAATGTCAATCTCAAGAAACGTTAACAAAAAG-TCATTAATTGG
66 TTTGTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGAT-ATTCATTGA
* * * **
21514 TGAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGTATTCGAAAGC
130 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGC
* * *
21554 CTTATTGCTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGTTTTTAAGTTGGATTTTTTTATATT
1 CTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATT
* * ** *
21619 TTTTGTAAAACGGATTATAATTGAATGTCTACCATGGGGAACGT-ATAGAAAAAGATATTCATTG
65 TTTTGTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGA-AGAAAAAGATATTCATTG
* * * *
21683 ACAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCTATACCTTCGGAAGC
129 ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGC
* * * * * *
21724 CTTATTACATGCCTTAAATAG-TTTTATAATTTCTTAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATAT
1 CTTATTACTTG-CTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATAT
* * * *
21788 TTTTTATTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-GATGAAGAAAAAGTTATTCAT
64 TTTTT-GTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACG-TGAAGAAAAAGATATTCAT
* * * * **
21852 TG-TCAAGAAAAGTCTATTTTTAGCCACTTATGCCTTTAAAAGC
127 TGAT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGC
* * * * * *
21895 CTTATTACCTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGACTGTAAGTTTAAGTTTTTT-TATT
1 CTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTATATT
* * * * * * **
21959 TTTAGTTAAATCAGATTATAATTAAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
65 TTTTG-TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTG
* * * * *
22024 ATGAGAAAAGTCCATTCATACTCACCCATGCCTTTGAAAGC
129 ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGC
* *
22065 CTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATCATTGATTTTATGTTAATTTTTTTATATTT
1 CTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTT
*
22130 TTTAGTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTTAAGAAACGTGCAA-AAAAAGATATTCATTG
66 TTT-GTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTG-AAGAAAAAGATATTCATTG
** * *
22194 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTTGAAAGC
129 ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGC
* * * * * *
22235 CTTATTACTCGCTTTAAATAG--TTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTTAATATATTTACAT
1 CTTATTACTTGCTTT-AATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTATAT
* * * * *
22298 TTTTTCTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCTT-GGAAAACATGAAGTAAAAGATATTCAT
64 TTTTT-GTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACGTGAAGAAAAAGATATTCAT
* * * * *
22362 TGAGAAGAAAAGTCCATTTATAATTACCTTTGCGTTCGAAAGC
127 TGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGC
* * *** * ** * * *
22405 CTTTTTGCTCAATTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGGTT--TTTTTTTTTCAT
1 CTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTTAATTTTTTTAT-AT
* * * *
22468 TTTTGGTCAAAA-AGGACTATAATTGAATGTCTACTTTGAGAAACGTGAAGAAAAAG
64 TTTTTGT-AAAACA-GATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAG
22524 TGATGCATT
Statistics
Matches: 1873, Mismatches: 370, Indels: 185
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 5 0.00
168 168 0.09
169 229 0.12
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172 60 0.03
173 91 0.05
174 123 0.07
175 8 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
CTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTT
TTTGTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGAT
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGC
Found at i:22424 original size:681 final size:672
Alignment explanation
Indices: 20018--22524 Score: 2394
Period size: 681 Copynumber: 3.7 Consensus size: 672
20008 NNNNNNNNNN
* *
20018 CTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGACTTTAAGTTCAATTGTTTTTTATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTT-AATT-TTTTTTATT
* * * * *
20083 TTTTGTTAAAACATATTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAACGTAA-AGAACAAGCCATTCATT
64 TTTTG-TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAACA-AA-AAGTCATTCATT
* * * *
20147 GGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCTATGGCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATAGTT
126 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AATAGTT
* * * *
20212 TTATAGTCTCATAATTAATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTGTTATTAAAATAGATTATAATT
190 TTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TTTTTAAAACAGATTATAATT
** * ** * * *
20277 GAATGTCTACC-TCAAGAAACGTAAGGAAAAAGATATTTGTTTGCAAGAAAAGTCTATTTCTAGC
254 GAATGTCTACCTTGGA-AAACATAA-GAAAAAGATA-TTCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
20341 CACCTATGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTGA
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********** * * *
20406 AGTTGNNNNNNNNNNCT-TTTTTTATT-AAAGTAGATTAT-ATTAAATGTCTATCTTGAGAAACA
381 AGTTG-AATTTTTTTATATTTTTTATTCAAA-CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
* * * *
20468 -CAGAGAAAAAGTCATTCATTGATGAGAAAAGTCGATCTATACTCA-TTCATGCCTTTAAAATCC
444 TGA-AGAAAAAGTCATTCATTGATGAGAAAAGTCCATTTATACTCACTT-ATGCCTTTAAAAGCC
* *
20531 TTATTACTTGCTTT-AATTATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACTT
507 TTATTACCTGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTA---
* * ** ** * * *
20595 TTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTAATTTGAGAAAGGTAAAAAAAAAATGTTATTCG
568 TTTTTATTAAATCAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACAT-GAAGAAAAA-GATATTCG
* * * *
20660 CTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGC
631 -TTG-TAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGC
* * *
20704 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGAATTTAAG-T-ATTTCTTTTTCATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAATTT-TTTTT-ATT
* * * *
20767 CTTTGTCAAAACAGACTATAATCGAATG-CTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATT
64 TTTTGT-AAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCAAGAAACGT-AACAAAAAGTCATTCATT
*** * * * * * * *
20831 GATGAGAAAAGTCTATTTACACTCAGCC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAATTGTT
126 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATAG-T
* * * * *
20895 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTCTTTT--ATATTTTTTAAAATAGATTATAATT
189 TTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTTTAAAACAGATTATAATT
* * * * *
20958 GAATGTCTACATTAGAAAACATGCCA-AAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAAGTCCATTTATAG
254 GAATGTCTACCTTGGAAAACAT--AAGAAAAAGATATTCATT-GCAAG-AAAAGTCCATTTATAG
* ** *
21022 TCATCTATGCCTTC-AGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
315 TCACCTATGCCTTCGA-AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * **
21086 AAAGTTGAATTTTTTTTAGTATTTTTTA-TCAAAACATAATATAATTGAATGTTTACATCAAGAA
379 GAAGTTGAA-TTTTTTTA-TATTTTTTATTC-AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA
* * ** * **
21150 ACATGGAGAAAAAGTCATTCATTGATGAGAAAAGTCCATTGATACTCACCCATACCTTCGAAAGC
441 ACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGATGAGAAAAGTCCATTTATACTCACTTATGCCTTTAAAAGC
* * * * *
21215 CTTATTA-CTCGCTTTAAATGGTTTTCTAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTATAT
506 CTTATTACCT-GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTT-TAT
* ** ** *
21279 TTTATATTAAAAT-AGATTATAATTGAATATCCACCTCAAGAAACATGAAGAAGAAGATATTCGT
569 TTT-TATT-AAATCAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCGT
* * *
21343 TCGTAGGAGAAGTTCATTTATAGTCACCTTTGCCTTCAAAAGC
632 T-GTA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGC
* * *
21386 CGTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATCACTTTAAGTTAATTTTTTTTATTTT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAATTTTTTTTATTTT
* * * * * * **
21451 TTATCAAACAGACTACAATTGAATGTCAATCTCAAGAAACGTTAACAAAAAGTCATTAATTGGTG
66 TTGTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACG-TAACAAAAAGTCATTCATTGGCA
* * ** * * *
21516 AGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGTATTCGAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAATTGTTTTTAT
130 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATAG-TTTTAT
* * * * * *
21581 AATCTCATAATTGTTTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTTTTGTAAAACGGATTATAATTGAATG
194 AATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* ** * *
21646 TCTACCATGGGGAACGTATAGAAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCTA
259 TCTACCTTGGAAAACATA-AGAAAAAGATATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTA
* * * *
21711 TACCTTCGGAAGCCTTATTACATGC-C-TTAAATAGTTTTATAATTTCTTAATTGATTTGAAGTT
322 TGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-T-CACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTT
*
21774 GAATTTTTTTATATTTTTTATTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAGATGAAGA
385 GAATTTTTTTATATTTTTTATTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
* * * *
21839 AAAAGTTATTCATTG-TCAAGAAAAGTCTATTTTTAGC-CACTTATGCCTTTAAAAGCCTTATTA
450 AAAAGTCATTCATTGAT-GAGAAAAGTCCATTTATA-CTCACTTATGCCTTTAAAAGCCTTATTA
* * *
21902 CCTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGACTGTAAGTTTAAGTTTTTTTATTTTTAGTTA
513 CCTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTATTTTTA-TTA
* ** *
21967 AATCAGATTATAATTAAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATGAGAAA
577 AATCAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCGTTG-T-AGAAA
* * * **
22032 AGTCCATTCATACTCACCCATGCCTTTGAAAGC
640 AGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGC
* * * * * *
22065 CTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATCATTGATTTTATGTTAATTTTTTTATATTT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAATTTTTTT-TATTT
* * *
22130 TTTAGTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTTAAGAAACGTGCAA-AAAAAGAT-ATTCATT
65 TTT-GTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGT--AACAAAAAG-TCATTCATT
* *
22193 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-T
126 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AATAGTT
* * *
22257 TTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTTAATATATTTACATTTTTTCTTAAAACAGATTATAATT
190 TTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-TTAAAACAGATTATAATT
* * * * *
22322 GAATGCCTACCTTGGAAAACATGAAGTAAAAGATATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAATT
254 GAATGTCTACCTTGGAAAACAT-AAGAAAAAGATATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * * * *
22387 ACCTTTGCGTTCGAAAGCCTTTTTGCTCAATTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTAACTTT-A
317 ACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGA
* ** * * *
22451 AGGTT---TTTTTTTTTCA-TTTTTGGTCAAAAAGGACTATAATTGAATGTCTACTTTGAGAAAC
381 A-GTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTTATTCAAACA-GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC
*
22512 GTGAAGAAAAAGT
443 ATGAAGAAAAAGT
22525 GATGCATT
Statistics
Matches: 1486, Mismatches: 271, Indels: 134
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
678 7 0.00
679 151 0.10
680 230 0.15
681 402 0.27
682 262 0.18
683 88 0.06
684 170 0.11
685 127 0.09
686 49 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (672 bp):
CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAATTTTTTTTATTTT
TTGTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAACAAAAAGTCATTCATTGGCAA
GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATAGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
TACCTTGGAAAACATAAGAAAAAGATATTCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCC
TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTT
TTTTATATTTTTTATTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGT
CATTCATTGATGAGAAAAGTCCATTTATACTCACTTATGCCTTTAAAAGCCTTATTACCTGCTTT
AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTATTTTTATTAAATCAGATT
ATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCGTTGTAGAAAAGTCCATTTAT
AGTCACCTATGCCTTCAAAAGC
Done.