Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398151.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1454.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 21131
ACGTcount: A:0.28, C:0.12, G:0.12, T:0.32
Warning! 3328 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:379 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6--819 Score: 444
Period size: 171 Copynumber: 4.8 Consensus size: 171
1 TTTTG
* * * * * * *
6 TATTATCATAATTGATTTTAAGATGGATTTTTTTATATTTTTCATTGAAATATGTTAAAATTGAA
1 TATTCTCATAACTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATATGCTAAAATTAAA
* *** * *
71 TATCTACCTAGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGGGGGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT
66 TATCTACCAAGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAACAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* *
136 CAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAATGATATTA
131 CAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAATGATATTA
* * * *
177 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTCTCATTAAAATATGCTATAATTAAA
1 TATTCTCATAACTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATATGCTAAAATTAAA
* * **
242 TGTTTGTCAAGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAACAGAGAGAAAAG-CACATTTATAGTCAC
66 TATCTACCAAGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAACAGAGAGAAAAGTC-CATTTATAGTCAC
********** * *
306 TCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTNNNNNNNNNNAATGGTTTTA
130 TCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAATGATATTA
* * * ** *
348 TATTCTCGTAACTGATTCTAAGTTGGA-TTTTTTACATTTTTAATTAAAATATG-TGGTAATTGA
1 TATTCTCATAACTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATATGCT-AAAATTAA
** * * * * ** **********
411 ATGCCTGCCTCA-GGAAACTTGAAGCAAAAGCTATCC-ATTGANNNNNNNNNNCATTTATAGTCA
65 ATATCTACC-AAGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAACAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * *
474 CTCAAGCTTTTAAAAGTCTTAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
129 CTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAATGATATTA
* * * ** ** ** *
517 TATTCTCGTAA-TAGATTTTAAGTTGAAATTTTTTAC-TTTTTGGTTAAAGCATTTTATAATTAA
1 TATTCTCATAACT-GATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATATGCTAAAATTAA
* ** * * * ** * *
580 TTAT-TGGCACCGGGCAACATAAAGCAAAAGCCATCC-ATTG-GCAAAAAAGACCATTTATAGTC
65 ATATCTACCA-AGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAACAGAG-AGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * ** ** * * * *
642 ACCCAAGCCTTTGAAAGGCTTATCGCTTTCTTTAAAAGGTTTTA
128 ACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAATGATATTA
* * * * * * * * ** *
686 TATTATTATAATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATACTATTATTGAA
1 TATTCTCATAACTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATATGCTAAAATTAAA
* * * * ** * * *
751 TGTCTACCTCA-GAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAAAAAAGTCCATTTAAAGTGAC
66 TATCTACC-AAGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAACAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
815 TCAAG
130 TCAAG
820 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 486, Mismatches: 141, Indels: 32
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.01
169 183 0.38
170 111 0.23
171 187 0.38
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TATTCTCATAACTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATATGCTAAAATTAAA
TATCTACCAAGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAACAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
CAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAATGATATTA
Found at i:1533 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 1127--1852 Score: 805
Period size: 171 Copynumber: 4.2 Consensus size: 172
1117 NNNNNNACTT
* * *
1127 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATATTTTATTTTAAGTTG
1 AAGCCTTTGAAAGCCTTA-TACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * *
1192 GAATTGTTCACATTTTT-GGTGAAAATATGTTATAATTGATTGTCTAT-CTTAA-GAAACAC--A
65 GATTTTTTTACATTTTTGGGT-AAAATATGTTATAATTGAATGTCT-TGC-TAAGGAAA-ACGTG
* *
1252 AAGCAAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAAG-CCATTTATAGTCACTT
126 AAGCAAAAGCCATCCATTGGAAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * * *
1297 AAGCCTTTGAAAGCCTTATCACTCGTTTTAAAAGGTTTTACATTCTCATAATTAATTTTAAGTTG
1 AAGCCTTTGAAAGCCTTAT-ACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* ** * *
1362 GATTTTTTTATATTTTTGACTAAAATATGTTATAATTGAATGT-TTGCCTCA-GAAAATGTGAAG
65 GATTTTTTTACATTTTTGGGTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTTG-CTAAGGAAAACGTGAAG
* * * * *
1425 CACAAGCCATCTATTGG-AGAGAAAAGTCCTTTTGTAGTTACTC
129 CAAAAGCCATCCATTGGAAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * * *
1468 AAGCCTTTGAATGCCTTACTACTTGTTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTG
1 AAGCCTTTGAAAGCCTTA-TACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* ** * * *
1533 GATATTTTTACATTTTTGGGTAAAATATAATATAATTGAATGTCTAGCTCATG-AAACGTGAAGC
65 GATTTTTTTACATTTTTGGGTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTTGCTAAGGAAAACGTGAAGC
* * *
1597 AAAAGCCATCCA-TGGAAGGGAAAAGTTCATTTAAAGTCACTC
130 AAAAGCCATCCATTGGAAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
** * *
1639 AAGCAGTTGAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTTTCATAATTGATTTTAAGTTT
1 AAGCCTTTGAAAGCCTTAT-ACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * *
1704 GATTTTTTTTACATTTCTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGT-TTGCTAAGGGAAACGTGAAG
65 GA-TTTTTTTACATTTTTGGGTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTTGCTAAGGAAAACGTGAAG
* *
1768 CAAATGCCATCTATT-GAAGAGAAAAGTCCATTTTATAGTCACTC
129 CAAAAGCCATCCATTGGAAGAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCACTC
* *
1812 AAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTAT
1 AAGCCTTTGAAAGCCTTA-TACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
1853 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 469, Mismatches: 69, Indels: 33
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 9 0.02
170 121 0.26
171 214 0.46
172 74 0.16
173 48 0.10
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
AAGCCTTTGAAAGCCTTATACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGG
ATTTTTTTACATTTTTGGGTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTTGCTAAGGAAAACGTGAAGCA
AAAGCCATCCATTGGAAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
Found at i:3096 original size:341 final size:336
Alignment explanation
Indices: 2477--4828 Score: 2077
Period size: 341 Copynumber: 6.9 Consensus size: 336
2467 NNNNNNNNNN
* * **
2477 TAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAT
1 TAAAT-GTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAT
** ** ** * * * *
2542 GCAATAATTGAACATCTGCCTCAGGAAACATAAAGCCAAAGCCATCCATGGGAGAGAAAAGTCGA
65 GTTATAATTGAATGT-TTACTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAGAAAAG-CCA
********* * * *
2607 TTTATAGTCACTCAAGCCTTTGANNNNNNNNNNACTTGCTTTGAATGGTTTTATAATCTTATAAT
128 TTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA-AAGCCTTATACTTGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAAT
* * ** ** * **
2672 TGCTTTTAAGTTGGA-TTTTTTACTTTTTTGGGTAAAATATGTTATAATTGAACATCTGCCTTGG
192 TGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACCTCAG
* * * * * * *
2736 GAAACTTGAAGTAAAAGCCATCCAACAGAGAGAAAAGCATATTTAAAGTCATTCAAGCCTTTCAA
257 GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAATAGAGAGAAAAGC-CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAA
* *
2801 AGACTTATTACTTGTT
321 AGCCTTATTACTCGTT
* * * * * **
2817 CTAAATGTTTTTATATTCTCATAATTGTTTTTCAGCTGGACTTTTTTACATTTTTGGTTAGCATA
1 -TAAATG-TTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATA
* * * * *
2882 TGCTATAATTGAATGTTTGCTTAGGAAACGGGAAGCAAAAGTCC-TCCATGGGAGACAAAAGCCC
64 TGTTATAATTGAATGTTTACTCAGGAAACGTGAAGCAAAAG-CCATCCATGGGAGAGAAAAG-CC
* *
2946 ATTTAAAGTCACTCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAA
127 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTA-TACTTGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAA
* * * * * * *
3011 TTAATTTAAAGTTGTATTTTTTTAGATTTCTGATTAAAATATGCTATAATTGAATGTTTACCTCA
191 TTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACCTCA
** * * *
3076 GGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCGTTAAAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAA
256 GGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAATAGAGAGAAAAG-CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA
*
3141 AAGCCTTATTACTCACTT
320 AAGCCTTATTACTC-GTT
* * * * *
3159 TAAATGGTTTTGTATTTTCATAATAGATTTTAAGTTAGAATTTTTTACATATTTGGTTAAAACAT
1 TAAAT-GTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAT
** * * * * * * *
3224 GTTATCCTT-AATTGTCTACATCGGGAAACGTGAAACAAAAGCCATCCAT-TGACAATAAAAGCA
65 GTTATAATTGAA-TGTTTAC-TCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGGGA-GAGAAAAGCC
*
3287 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGGAAGCCTTAT-CGTTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATA
127 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATAC-TT-GCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATA
* *
3351 ATTGATTTTAAGTTGGATTTGTTTACATTTTTTATTAAAATATGTTATAATTGAATGAT-TACCT
190 ATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATG-TCTACCT
* * * *
3415 CAGGAAATGTGAAGCAAACGCCATTCAATAGAGAGTAAAGCACATTTATAGTCACTCAAGCCTTT
254 CAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAATAGAGAGAAAAGC-CATTTATAGTCACTCAAGCCTTT
3480 GAAAGCCTTATTACTCGCTT
318 GAAAGCCTTATTACTCG-TT
* * *
3500 TAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTT-GGATTTTTTCACATTTTTAGTTCAAATA
1 TAAAT-GTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGAATTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAATA
* ** * * ** * *
3564 TGTTTTAATTGAATGCCTACCTCGGGAAACATGAAGTC-AAAGATATTCATCGGCA-A-AAAAGC
64 TGTTATAATTGAATGTTTA-CTCAGGAAACGTGAAG-CAAAAGCCATCCAT-GGGAGAGAAAAGC
* * * * * *
3626 CATTTATAGTTACTCAAACTTTTGAAAGCCGTAATACTCGTTTTAAATGGTTTTATATTCTCATA
126 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCC-TTATACTTGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATA
* * * * * * * *
3691 ATAGATTTTAAGTTGGA-ATTTTTACATTTTTGGTTAAAATATTTTGTAATT-AATTATTTACAT
190 ATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAA-TGTCTACCT
* * * *
3754 C-GAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCC-ATTGAAAAGAGAAGCCATTTATAGTCATTCAAGCCTT
254 CAG-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAATAG-AGAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
** *
3817 TGAAAGCCTTATCGCTCATTT
317 TGAAAGCCTTATTACTC-GTT
*
3838 TAAATGATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTGTTTACATTTTTGATTAAAATA
1 TAAATG-TTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGAATTT-TTTACATTTTTGGTTAAAATA
* * * ** * *
3902 TGTTAGAATTGAATCG-CTACCTCAGGAAATGTGAAGCAAACTCCATCTAAT-TGAGAGAAAAGC
64 TGTTATAATTGAAT-GTTTA-CTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC-CATGGGAGAGAAAAGC
* * *
3965 ACATTTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATGGTTTTGTATTCTCAT
126 -CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTT-ATACTTGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCAT
* * * * **
4030 AACTGTTTTTAAGTTGGATTTGATTTACATTTTT-AGTTAAAATATGTTATAATTGAATGCCTGT
189 AATTGATTTTAAGTTGGATTT-TTTTACATTTTTGA-TTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * *
4094 CTCAGAAAACATGAAGTC-AAAGACTTCC-ATTG-GCAAAAAGAGCCATTTATAGTCACTCAAGC
252 CTCAGGAAACGTGAAG-CAAAAGCCATCCAATAGAG-AGAAA-AGCCATTTATAGTCACTCAAGC
*
4156 CTTTGAAAGCCTTAATACTCGCTT
314 CTTTGAAAGCCTTATTACTCG-TT
* * * * *
4180 TAAATAGTATTATATTCTCATAATAGTTTTTAAGTTAGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAT
1 TAAAT-GTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAT
* * * *
4245 TTTATAATT-AATTGTTTACATCAGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAAGCC
65 GTTATAATTGAA-TGTTTAC-TCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCA-TGGGAGAGAAAAGCC
* * * * * *
4308 ATTTATAGTCACTCAATCCTTTGAAAGCTTTAT-CGTTCACTTTAAAAGGTTTTATATTATCACA
127 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATAC-TT-GCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATA
* * *
4372 ATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTTTCATTTTT-AGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACC
190 ATTGATTTTAAGTTGGA-TTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACC
* * * * *
4436 T-TGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCAT-CAATTGGAGAGAAATGTGCATTTATAGTCACTCAAGTC
253 TCAG-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAA-TAGAGAGAAAAG-CCATTTATAGTCACTCAAGCC
*
4499 TTT-AGAAGCCTTATTACTCACTT
315 TTTGA-AAGCCTTATTACTC-GTT
* * * *
4522 TAAATGGTTTATATTTTCATAATTGATTTTATGTTAGAATATTTTACATTTTTGGTTAAAATATG
1 TAAATGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATG
* * ** * * * *
4587 TTAAAATTAAATGTCTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATGGGGGAGAAAAGCCCAT
66 TTATAATTGAATGT-TTACTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAGAAAAG-CCAT
* * * *
4652 TTATAGTCCCTCAAGTCTTTGAAAGCTTTATTACTCAG-TTTAAATGGTTTTATATTCTCATAAT
129 TTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTA-TACT-TGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAAT
* * * ** *** ** *
4716 TGATTTTAAGTTTGATTTTTTTATAATTTTGGCTAAAATATACGATAGCTGAATGTCTACCT--T
192 TGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACCTCAG
* * * *
4779 GAAACGTGATGCCAAAGCCAT-CTATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTC
257 GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAAT-AGAGAGAAAAG-CCATTTATAGTC
4829 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1638, Mismatches: 299, Indels: 150
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
337 3 0.00
338 134 0.08
339 119 0.07
340 263 0.16
341 758 0.46
342 344 0.21
343 16 0.01
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (336 bp):
TAAATGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATG
TTATAATTGAATGTTTACTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAGAAAAGCCATTT
ATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATACTTGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGAT
TTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAA
CGTGAAGCAAAAGCCATCCAATAGAGAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
TATTACTCGTT
Found at i:3162 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2236--4828 Score: 2167
Period size: 170 Copynumber: 15.2 Consensus size: 170
2226 NNNNNNNNNN
* * * *
2236 AAGCCATCCATTAGAGAGGAAAGTCCTTTTATAGTCACTCAAGTCTTTGAAAGCTTTATTACTCG
1 AAGCCATCCATTAGAGAGAAAAG-CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * **
2301 CTTTAAATAGTTTTATATTCTCCTAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTAAAAAAAATTT-AGTT
65 CTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTT---ACATTTTTGA-TT
* * * * * *
2365 AAAATATGTTTTAATTAAATG-CTTGCCTTAGGAAATGTGAAGTAA
126 AAAATATGTTATAATTGAATGTC-TACCTCAGGAAACGTGAAGCAA
** * * *****************
2410 AAGCCATTGATTGGCA-AGAAAAGCCATTTTTAGTCACTCAAGCCTTTNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 AAGCCATCCATTAG-AGAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
*** * * * *
2474 NNNTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTATATTTTTCATTAAAA
65 CTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAA
** ** * * * *
2539 TATGCAATAATTGAACATCTGCCTCAGGAAACATAAAGCCA
130 TATGTTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCAA
** * ********** *
2580 AAGCCATCCATGGGAGAGAAAAGTCGATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGANNNNNNNNNNACTTG
1 AAGCCATCCATTAGAGAGAAAAG-CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * **
2645 CTTTGAATGGTTTTATAATCTTATAATTGCTTTTAAGTTGGA-TTTTTTACTTTTTTGGGTAAAA
65 CTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAA
** * ** * *
2709 TATGTTATAATTGAACATCTGCCTTGGGAAACTTGAAGTAA
130 TATGTTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCAA
** * * * * * *
2750 AAGCCATCCAACAGAGAGAAAAGCATATTTAAAGTCATTCAAGCCTTTCAAAGACTTATTACTTG
1 AAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGC-CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * * **
2815 -TTCTAAATGTTTTTATATTCTCATAATTGTTTTTCAGCTGGACTTTTTTACATTTTTGGTTAGC
65 CTT-TAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGATTAAA
* ** * *
2879 ATATGCTATAATTGAATGT-TTGCTTAGGAAACGGGAAGCAA
129 ATATGTTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCAA
** * * * *
2920 AAGTCC-TCCATGGGAGACAAAAGCCCATTTAAAGTCACTCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTT
1 AAG-CCATCCATTAGAGAGAAAAG-CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
2984 GCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTAAAGTTGTATTTTTTTAGATTTCTGATTAAA
64 GCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGATTAAA
* *
3049 ATATGCTATAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACGTGAAGCAA
129 ATATGTTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCAA
* * * * *
3091 AAGCCATCCGTTAAAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCA
1 AAGCCATCCATTAGAGAGAAAAG-CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * * *
3156 CTTTAAATGGTTTTGTATTTTCATAATAGATTTTAAGTTAGAATTTTTTACATATTTGGTTAAAA
65 CTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAA
* ** * * *
3221 CATGTTATCCTT-AATTGTCTACATCGGGAAACGTGAAACAA
130 TATGTTATAATTGAA-TGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCAA
* * * * ***
3262 AAGCCATCCATT-GACAATAAAAGCAATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGGAAGCCTTATCGTTCG
1 AAGCCATCCATTAGA-GAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* *
3326 CTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTGTTTACATTTTTTATTAAAA
65 CTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAA
*
3391 TATGTTATAATTGAATGAT-TACCTCAGGAAATGTGAAGCAA
130 TATGTTATAATTGAATG-TCTACCTCAGGAAACGTGAAGCAA
* * * *
3432 ACGCCATTCAATAGAGAGTAAAGCACATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
1 AAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGC-CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* *
3497 CTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTCACATTTTT-AGTTCAA
65 CTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAA
* * * *
3561 ATATGTTTTAATTGAATGCCTACCTCGGGAAACATGAAGTC-A
129 ATATGTTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAG-CAA
** * * * * * * * *
3603 AAGATATTCA-TCG-GCAAAAAAGCCATTTATAGTTACTCAAACTTTTGAAAGCCGTAATACTCG
1 AAGCCATCCATTAGAG-AGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
3666 TTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATAGATTTTAAGTTGGA-ATTTTTACATTTTTGGTTAAAA
65 CTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAA
* * * * *
3730 TATTTTGTAATT-AATTATTTACATC-GAGAAACGTGAAGCAA
130 TATGTTATAATTGAA-TGTCTACCTCAG-GAAACGTGAAGCAA
* * * ** *
3771 AAGCCATCCATT-GAAAAGAGAAGCCATTTATAGTCATTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATCGCTCA
1 AAGCCATCCATTAG-AGAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
3835 TTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTGATTAAAA
65 CTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAA
* *
3900 TATGTTAGAATTGAATCG-CTACCTCAGGAAATGTGAAGCAA
130 TATGTTATAATTGAAT-GTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCAA
** * * *
3941 ACTCCATCTAATT-GAGAGAAAAGCACATTTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAATACTC
1 AAGCCATC-CATTAGAGAGAAAAGC-CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
* * * *
4005 GCTTTAAATGGTTTTGTATTCTCATAACTGTTTTTAAGTTGGATTTGATTTACATTTTT-AGTTA
64 GCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTT-TTTTACATTTTTGA-TTA
* ** * *
4069 AAATATGTTATAATTGAATGCCTGTCTCAGAAAACATGAAGTC-A
127 AAATATGTTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAG-CAA
* * * *
4113 AAGACTTCCATT-G-GCAAAAAGAGCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAATACTC
1 AAGCCATCCATTAGAG-AGAAA-AGCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
* * * * * *
4176 GCTTTAAATAGTATTATATTCTCATAATAGTTTTTAAGTTAGAATTTTTTACATTTTTTG-TTAA
64 GCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACA-TTTTTGATTAA
* * * * * *
4240 AACATTTTATAATT-AATTGTTTACATCAGAAAATGTGAAGCAA
128 AATATGTTATAATTGAA-TGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCAA
* * * *** *
4283 AAGCCATCCATTGGCA-AGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAATCCTTTGAAAGCTTTATCGTTCA
1 AAGCCATCCATTAG-AGAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * *
4347 CTTTAAAAGGTTTTATATTATCACAATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTTTCATTTTT-AGTTAA
65 CTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGA-TTTTTTTACATTTTTGA-TTAA
*
4411 AATATGTTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACGTGAAGCAA
128 AATATGTTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACGTGAAGCAA
* * * * *
4454 AAGCCATCAATTGGAGAGAAATGTGCATTTATAGTCACTCAAGTCTTT-AGAAGCCTTATTACTC
1 AAGCCATCCATTAGAGAGAAAAG-CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA-AAGCCTTATTACTC
* * * * * * *
4518 ACTTTAAATGG-TTTATATTTTCATAATTGATTTTATGTTAGAATATTTTACATTTTTGGTTAAA
64 GCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGATTAAA
* * * * *
4582 ATATGTTAAAATTAAATGTCTGCCTCGGGAAACATGAAGCAA
129 ATATGTTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCAA
* ** * * * *
4624 AAGCTATCCATGGGGGAGAAAAGCCCATTTATAGTCCCTCAAGTCTTTGAAAGCTTTATTACTCA
1 AAGCCATCCATTAGAGAGAAAAG-CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC-
* * * **
4689 G-TTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTTGATTTTTTTATAATTTTGGCTAAA
64 GCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGATTAAA
*** ** * * *
4753 ATATACGATAGCTGAATGTCTACCT--TGAAACGTGATGCCA
129 ATATGTTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCAA
* **
4793 AAGCCATCTATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTC
1 AAGCCATCCATTAGAGAGAAAAG-CCATTTATAGTC
4829 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1955, Mismatches: 402, Indels: 129
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.00
168 52 0.03
169 203 0.10
170 768 0.39
171 744 0.38
172 99 0.05
173 67 0.03
174 17 0.01
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
TTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAT
ATGTTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCAA
Found at i:5665 original size:170 final size:166
Alignment explanation
Indices: 5290--5785 Score: 525
Period size: 170 Copynumber: 2.9 Consensus size: 166
5280 NNNNNNNNNN
* * *
5290 TTTAAATGGTTTTATATCCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTAG-TAAAAT
* * * * * *
5355 ATGCTATTATGGAATGTCTTCCTTGAGAAACT-TGAAACAAAAGCCATCCA-TGGGAGAGAAAAG
65 AT--TTTTATTGAATGTCTGCC-TCAGAAA-TATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAAG
* * * *
5418 TCTATTTATAGTCACTCAAGCTTTTGAAAGCTTTATTACTCAG
125 -CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCTTTAGTACTCAC
* *
5461 TTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTAGATAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTAG-TAAAAT
* **
5526 ATTTTGTAGTTGAATGCCTGCCTCAGTAAATATGAAGCAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGCC
65 ATTTT-TA-TTGAATGTCTGCCTCAG-AAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGCC
5591 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAG-TCTTAGTACT-ACC
127 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCT-TTAGTACTCA-C
* * * * *
5631 TTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATCGATTTTAAGTTTGAATTTTTTACATTGTTAGTTAAATC
1 TTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTAGTAAAAT-
* * * * * *
5696 ATTTTATAATT-AATTGTCGGCATCGGACAACATGATGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGC
65 ATTTT-T-ATTGAA-TGTCTGCCTCAGA-AATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGC
*
5760 CATTTATAGTCACTCAAGCCGTTGAA
126 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAA
5786 CGCCTTAAGT
Statistics
Matches: 277, Mismatches: 37, Indels: 23
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 12 0.04
170 164 0.59
171 97 0.35
172 4 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (166 bp):
TTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTAGTAAAATA
TTTTTATTGAATGTCTGCCTCAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGCCATTT
ATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCTTTAGTACTCAC
Found at i:8080 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6525--13100 Score: 5674
Period size: 170 Copynumber: 38.5 Consensus size: 171
6515 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
6525 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTTCCTTAAGAAACGTGAAGGAAAAGCTATCCATTGG
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
** * * * *** **
6590 AGAGAATGGTGCATCTATAGTCACTCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTTATTTTAAAAAGTTTT
66 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
6655 GTATTCTCATAATTGATTTTAAGATGGATATTTTTACATTT
131 ATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* * * ** ** *
6696 TTGGTTGAAATATGTTAGAATTGAATGTCTACCT-TGGAAACGCGAAGCAAAAACCATCCA-TAG
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTA-
* ** * *
6759 GAGAGAAAAG-CCAATTCATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTACTTTAACTAG-T
65 GAGAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* *
6822 TTATATTCTTATAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
129 TTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* ** * * * * *
6865 CTCATTAAAATATACTT-TAATTGAATGTATG--TCAAGGGAAACATTAAGCAAAAGTCATCCAA
1 TTGGTTAAAATAT-GTTATAATTGAATGTCTGCCTCAA--GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAT
* * * * *
6927 TGGAGAAAAAAGAACC-TTTATCGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
63 TAGAGAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * ** *
6991 TTTTATTTTCTCGTAACAGATTCTAAGTTGGA-TTTTTTACATTT
127 TTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* * * ***
7035 TTGGTTAAAATATGCTATAATCGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGCCAAAA-CCATCCAACG
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAG-CAAAAGCCATCCATTA
* * *
7099 GAGAGAAAAG-CACATTGATATTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
65 GAGAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* ** *
7163 TTATATTCTCATAATTCACATTAAGTTGGATATTTTTACA-TT
129 TTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* ** *
7205 TTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGTCTGCCT-TGGAAA-ATGTGAAGCAAAAGCTATCCATT
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACA--TGAAGCAAAAGCCATCCATT
* * *
7268 AGCA-AGACAAG-CCATTTAGAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGT
64 AG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* *
7331 TTTATATTCTCACAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTTTACATTT
128 TTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGA--TTTTTTTACATTT
* * * *** ** *
7377 TTGGTTAAAATATGCTATTATTGAATGTTTGCCTGGGGAAATGTTAAGCAAAAGCCATCCATTAG
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
* * * * * * * *
7442 AGAAAAAAGTCTATTTAGAGTGACTCGAGCCTTTAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGATTTT
66 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * ** * *
7507 CTATTCTCATAATTCATTTTAAGTTAGATTTTTAAAAAATT
131 ATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
** * *** * * *
7548 TTAATTAAAATATATTATAATTGAATG-CTTGCCTTGGGAAACATGAAGGAAAAACCATCCATTG
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTC-TGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTA
* * *
7612 GCA-AGAAAAG-CCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTTCTCGTTTTAAATGGTT
65 G-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * *
7675 TAATATTCTCATAATTGATTTTTAGTTGGAATTGTTTACATTT
129 TTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* * * * * * *
7718 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGATTTTCTACCTCGAGAGACAAGAAGCAAAAGCCATCCATTCG
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
** * * * * *
7783 CTAGAAAAG-CTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATCACTCACTTTAAAAGGTTCT
66 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* ** * * * *
7847 ATATTCCCATGGTTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTGCACTT
131 ATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* * * * *
7888 CTGCTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCCCAAGAAGCACGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
* * * * ** *
7953 AGAAAAAAGTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAATGCCTTATTACTCTCTACAAATAGTTTT
66 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
8018 ACATTCTCTTAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTATATTT
131 ATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* * * * * **
8059 CTAGTTAAAATATGCTATAATTAAATGTCTG-C-CAAGGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAAC
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAA-G-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
* * *
8122 AGAGAGAAAAG-CACATTTATAGTCACTCAAGCCGTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
64 AGAGAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * *
8186 TTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTCGATTGTTTTATATTT
128 TTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* * * * * * *
8230 TTAGTTAAAATATATCATAATTGAACGACTGCCTCAAGAAACGTGAAGTAAAAGCCATCCAATTA
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCC-ATTA
* * * * *
8295 -AGAGAAAAG-CACATTGATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATAGTT
65 GAGAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* *
8358 TTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTCGATTTTTTTGCATTT
129 TTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
** * ** *
8401 TTTATTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTG-C-CAATGGAAACATGAAGCAAAAGTCATTTATG
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAA--GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
* ** * * * * **
8464 AGA-AAAAAAAACCATTTATAGTCACTCAAGCTTTTGAATGCTTTATTAATCGCTGCAAATGGTT
64 AGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* *
8528 TTATATTCTAATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTT
129 TTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* ** * * * * *
8571 TTTGTTAAACCATATTATAATT-AATTGTTTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAGGCCATCCATTG
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAA-TGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTA
* * * *** *
8635 GCA-AGAGAAG-CCATTTCTTGTCAAGAAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTT
65 G-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* *
8698 TTATATTCTCATAATTGATTTGAAGTTGGATTTTTTTATATTT
129 TTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* ** * * * * * * *
8741 TTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGTCTATCTTAGGAAACATAAAGTAAAAGCCATCTAATGG
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
* * * *
8806 CA-AAAAAAGT-CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTATTCCCTTTAAATAGTTT
66 -AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* *
8869 TATATTCTCATAATTCATTTTAAGTTGGATATTTTTACATTT
130 TATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* * * ** ** *
8911 TTGATTAAAATATGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGCAAAAGCTATCCATTAG
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
*
8976 CA-AGAAAAG-CCATTTATAGTCACTCAGGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
66 -AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * **
9039 TATATCCTCATAATTGATTTTGAGTT---TTTTTTTGGATTT
130 TATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* * * * * * *** ** *
9078 GTAGTTAAAATATGCTATTATCGAATGTCTGCTTTGGGAAACGGGAAGCAAAAGCCGTCCATTAG
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
* * * * * * *
9143 AGAAAAAAGTCTATTTATAGTGACTCAAACCCTTGTAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
66 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
9208 ATATTCTCATAATTCATTTTAAGTTGGATTTTTTAAAATTCT
131 ATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATT-T
* * * *
9250 TT-ATTAAAATATATTATAATTGAATG-CTTGCCTCAAAAAACATGAAAG-AAAAGCTATCCATT
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTC-TGCCTCAAGAAACATG-AAGCAAAAGCCATCCATT
* * *
9312 GGCA-AGAAAAG-CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
64 AG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * *
9375 TTAATATTCTCATAATTGTTTTTTAGTTGGAATTGTTTACATTT
128 TTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* * * * * * * *
9419 TTTGTTAAAATATGTTATAATTGATTCTCTACCTCGAGAGACAAGAAGCAAAAGGCATCCATTCA
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-A
** * * * * *
9484 -CTAGAAAA--CCTATTTATAGTCACTCAAGCCTCTGAAAGCCTTATCACTCACTTTAAAAGATT
65 GAGAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * *
9546 TT-TATTCCCATGATTAATTTTAAGTTGGATTTTTTTACACTT
129 TTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* * * ** *
9588 TT-GTTAAAAATAAGTTATAATTGAATGTTTGCC-CTAAGAAGCGCGAAGTAAAAGCCATCCATT
1 TTGGTT-AAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTC-AAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
* * * * * *
9651 AGAGAGAAAAGTACATTTATAGTTACTCAAGCTTTTGAATGCCTTATTACTTGCTTCAAATGGTT
64 AGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
9716 TTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
129 TTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* * * * * * * * * ***
9759 TTTGTTAAAATATGATATAAGTGAATGACTACTTCAGGAAACGTGAAGGAAAAGCCATCCAACGG
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
* * * ** *
9824 AGAGAAAGGTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAACCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTC
66 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* *
9889 ATATTCTCATAATTGATTTGAAGTTGGA--TTTTTACATAT
131 ATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* * * * * * * *
9928 TTGGTTATAATTTGTTATAATTGAATGCCTGCCTTAGGAAACTTCAAGCAAAAGCCATCCATTGG
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
* * * *
9993 TA-AGAAAA-ACCATTTATAGTCAGTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATGGTTT
66 -AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * *
10056 TATATTCTCATAATTGACTTTAAGTT-GAGTTTTTTATATTT
130 TATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* * * * * * * * * * *
10097 TGGGTTAAAATATATTATAATTAAATGGCTGTCTCAAGAAACGTGGAGTAAAAGTCATCCAATGG
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
* * * * *
10162 AGAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCAAGCGTTTGAAAGCCTTACTACTCGCATTAAATGGCTTT
66 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* *
10227 ATATTCTCATAATGGATTTTAAGTTGGATTTTTTTTTATATATTT
131 ATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGA---TTTTTT-TACATTT
* ** *
10272 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGCCTGCCTTGAGAAACTTGAAGCAAAAGCCATCCATT-G
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
* * *
10336 ACAAGAAAAG-CCATTTATAGTCAGTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
66 A-GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * *
10400 T-TATTCTCATAATAGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTT
130 TATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* * * * * * *
10441 TTGGTTAAAACATATTATAATT-AATTGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGCGAAAGCTATCCATTG
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAA-TGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTA
* * * * **
10505 GCA-AAAAAAGT-CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGGCTTACTACTTACTTTAAATGGTT
65 G-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * *
10568 TTGTATTCTCATAATTCATTTTTAGTTGGATATTTTTATATTT
129 TTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* * * * *
10611 TTGATTAAAATATGCTATAATTGAATGTCTGCCT-TAGAAA-ATGTGAACCAAAAGCTATCCATT
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACA--TGAAGCAAAAGCCATCCATT
* * * **
10674 AGTA-AGAAAAG-CCATTTATAGTCACTCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATAAT
64 AG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * *
10737 ATTATATTCTCATAATTCATTTTAAGTTGAAATTTTTTTATATTT
128 TTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTG-GATTTTTTTACATTT
** * * * * * **
10782 TTTATTAAAATATGCTATTATTGAATGCCTGCCT-TAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCTGTTA
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTA
* * * * * * *
10846 GTGAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCATTTGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATTGTTT
65 GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* *
10911 TATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTTTTGCA-TT
130 TATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGA---TTTTTTTACATTT
* * * * * * *
10955 TTAGTTAAAATATGCTATTATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACTTGAAGTAAAAGCCATCCATTAG
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
* * * * *
11020 AGACAAAAGTCTATTTATAGTGACTCAAGCCTTTGAAAGCATTATTACTGGCTTTAAATGGTTTT
66 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
** * *
11085 ATATTCTCATAATCCATTTTAAGGTGGATTTTTTTA-AATT
131 ATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* * * * ** *
11125 TTGATTAAAATATATGATAATTGATTG-CTGCCAT-GGGAAACATGAAGGAAAAGCCATCCATT-
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCC-TCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTA
* * * * * *
11187 GACAAGAAAAG-CCATTTAAAGTCACTCAAGCCTTTGGAAGCC-TATCACTTGCTTTAAAAGGTT
65 GA-GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * ** * *
11250 TTATATTCTCAAAATTAATTTTAAGTTATATTTCTTTATATTT
129 TTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
** * * *** * *
11293 TTATTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGGAAACTTGAAGCAAAATCCATCCATTAG
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
* * * *
11358 AGAGCAAAGTACATTTATAGTCACACAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCATT-AA-----TT
66 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* *
11417 ATTTTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTT
131 ATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGA-TTTTTTTACATTT
* *
11459 TTGGCTAAAATATGCTATAATTGAATGTCTGCCTCAA-AAA-ATGTAAAGCAAAAGCCATCCATT
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATG--AAGCAAAAGCCATCCATT
* ** * * *** ** **
11522 GGCA-AGAAAAG-CCATCCATTGGCAAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTAGAAAGC-C
64 AG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCAAGCC--TT-T-G--A---AAGCCTTATTACTCGC
* * * * * * * * * * * *
11584 TTATTACTTGCTTTA-ATTGGTTTGATATTCTCCTAATTCATTTTAACTTAGATATTTTTACATT
118 TT-TAAATGGTTTTATA-T--TCTCATA--AT--TGA-T--TTTA-AGTTGGATTTTTTTACATT
11648 T
171 T
* * ** *
11649 TTGGTTAAAATATGATATAGTTGAATGTCTGCCT-TGGAAA-ATGTGAAGAAAAAGCCATCCATT
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACA--TGAAGCAAAAGCCATCCATT
* *
11712 AGCA-AGAAAAG-CCATTTATTA-TCACTCAAGCATTTTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
64 AG-AGAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * *
11774 TTTTATATTCTCATACTTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTTTGCATCTT
127 TTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGA--TTTTTTTACAT-TT
* * * * * * *
11822 TT-GTTAAAATATGCTATTATTGAATGTCGGTCTTAGGAAACATGAAGCAAAAACCATCCATTAG
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
* * * * * *
11886 AGAGAAAAGACCATTTATAGTGACTCAAGCCTTTGAAAACATTATTACTCGTTTTCAATGGTTTT
66 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
11951 ATATTCTCATAATTCATTTTAGGTTGAATTTTTTTAAAATT
131 ATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* * * * ** * * *
11992 GTGATTAATATATATTATAATTGAATG-CTTATCTCAGGAAACATGAAAG-AAAAGCCTTCCCTT
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTC-TGCCTCAAGAAACATG-AAGCAAAAGCCATCCATT
* * * * * *
12055 GGCA-AGAAAAGT-CATTTAAAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCC-TATCACTTGCTTTAAAAGAT
64 AG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* *
12117 TTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTTATATATTT
128 TTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTT-TACATTT
* * * * * * * * *
12162 TT--TAAAAATATGTTATGATTGAGTGTTTGCCTCAGGAAACTTTAAGCAGAATCCATCCATTAG
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
* * * * *
12225 AGAGAAAAGTCCATATATAGTC-TTACAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
66 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* *
12289 TATACTCTCATAGTTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACA-TT
130 TATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* * * * * * * * * **
12330 TTCGTTAAAATATGTTGTAATTCAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCAATTCATGGG
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
* * * *
12395 AGAAAAAAGTCCATTTATAGTCAATCAAGCCTTTTAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
66 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * ** *
12460 TCTATTCTTATAATTCATTTTAGGTTTAAATTTTTTTTCATTT
130 TATATTCTCATAATTGATTTTAAG-TTGGATTTTTTTACATTT
** * * ** * * * *
12503 TTGGTTAAAATATGCAATAATTTAATGTCTACCTTTAGAAA-GTGATGAAAAAGCCATCCATTGG
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
********** *
12567 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCNNNNNNNNNNCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
66 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
*
12632 AT-TTGCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTT
131 ATATT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* * ********** * **
12673 TTAGTTAAAATATGCTATAATTGANNNNNNNNNNCAGGAAACATGAAG-TGAAGCCATCCATT-G
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
* * * * * * **
12736 CAGAGAACAGTCCATTTATAGTCACTAAAACTTTTAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAATTT
66 -AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * *
12801 TATATTCTCATAACTGATTTTAAGTTGGATTTGTTTATATTT
130 TATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* * * * *** * * * *
12843 TTGATTAAAATATGCTATAATTGAATGTTTACAAGAAGAAACGTGAAGCAAAAACTATTCATTAG
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
* * * * * * * *
12908 AAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACTTAAACTTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGATTTT
66 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* *
12973 ATATTCTCATAATTGATTTTTAAATTTGATTTTTTTACATTT
131 ATATTCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* * ** *
13015 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTATACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCA-TAG
1 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTA-
*
13079 GAGAGAAAGGTCCATTTATAGT
65 GAGAGAAAAGTCCATTTATAGT
13101 TTCTCNNNNN
Statistics
Matches: 5176, Mismatches: 1047, Indels: 363
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
164 2 0.00
165 35 0.01
166 71 0.01
167 126 0.02
168 263 0.05
169 640 0.12
170 1921 0.37
171 1104 0.21
172 370 0.07
173 355 0.07
174 70 0.01
175 76 0.01
176 3 0.00
178 5 0.00
180 19 0.00
181 8 0.00
183 6 0.00
185 1 0.00
186 1 0.00
187 4 0.00
188 1 0.00
189 5 0.00
190 83 0.02
191 5 0.00
192 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
ATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
Found at i:8240 original size:853 final size:850
Alignment explanation
Indices: 6525--13100 Score: 6128
Period size: 853 Copynumber: 7.7 Consensus size: 850
6515 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
6525 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTTCCTTAAGAAACGTGAAGGAAAAGCTATCCATTGG
1 TTGGTTAAAATATGCTATTATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
** * * * *** **
6590 AGAGAATGGTGCATCTATAGTCACTCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTTATTTTAAAAAGTTTT
66 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * * *
6655 GTATTCTCATAATTGATTTTAAGATGGATATTTTTACATTTTTGGTTGAAATATGTTAGAATTGA
131 ATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTAAAATTTTAGTTAAAATATGTTATAATTGA
* * ** * * *
6720 ATGTCTACCT-TGGAAACGCGAAGCAAAAACCATCCATAGGAGAGAAAAG-CCAATTCATAGTCA
196 ATGT-TGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCA
** * * * *
6783 CTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTACTTTAACTAG-TTTATATTCTTATAATTAATTTTAAG
259 CTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * ** ** * *
6847 TTGGATTTTTTTACATTTCTCATTAAAATATACTT-TAATTGAATGTATGTCAAGGGAAACATTA
324 TTGGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAT-GTTATAATTGATTTTCTACCTCGAGAAACATGA
* * * * * *
6911 AGCAAAAGTCATCCAATGG-AGAAAAAAGAAC-CTTTATCGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTA
388 AGCAAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAAG--CTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTA
* * * * * *
6974 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATTTTCTCGTAA-CAGATTCTAAGTTGGA-TTTTTTACATTTTT
450 TCACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTA-ATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTT
* * * ***
7037 GGTTAAAATATGCTATAATCGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGCCAAAA-CCATCCAACGGA
514 GGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAG-CAAAAGCCATCCATTAGA
* * * * * *
7101 GAGAAAAGCACATTGATATTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
578 GAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTA
* ** * *
7166 TATTCTCATAATTCACATTAAGTTGGATATTTTTACATTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAAT
643 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGTTAAAATATGCTATAATTGAAT
* * * * *
7231 GTCTGCCTTGGAAAATGTGAAGCAAAAGCTATCCATTAGCA-AGACAAGCCATTTAGAGTCACTC
708 GTCTGCCTAGGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATCAG-AGAGAAAAGCCATTTATAGTCACTC
* * *
7295 AAGCCTTTGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCACAATTGATTTTAAGTTA
772 AAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTA
7360 GATTTTTTTTTACATTT
837 GA---TTTTTTACATTT
* ** * *
7377 TTGGTTAAAATATGCTATTATTGAATGTTTGCCTGGGGAAATGTTAAGCAAAAGCCATCCATTAG
1 TTGGTTAAAATATGCTATTATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
* * * * * * * *
7442 AGAAAAAAGTCTATTTAGAGTGACTCGAGCCTTTAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGATTTT
66 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * ** * *
7507 CTATTCTCATAATTCATTTTAAGTTAGATTTTTAAAAAATTTTAATTAAAATATATTATAATTGA
131 ATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTAAAATTTTAGTTAAAATATGTTATAATTGA
** * *
7572 ATGCTTGCCTTGGGAAACATGAAGGAAAAACCATCCATTGGCA-AGAAAAG-CCATTTATAGTCA
196 ATG-TTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * *
7635 CTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTTCTCGTTTTAAATGGTTTAATATTCTCATAATTGATTTTTAG
259 CTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * *
7700 TTGGAATTGTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGATTTTCTACCTCGAGAGACAAGAA
324 TTGGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGATTTTCTACCTCGAGAAACATGAA
* *
7765 GCAAAAGCCATCCATTCGCTAGAAAAGCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATCAC
389 GCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATCAC
* * * ** * * * * *
7830 TCACTTTAAAAGGTTCTATATTCCCATGGTTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTGCACTTCTGCTTA
454 TCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTA
* * * *
7895 AAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCCCAAGAAGCACGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAAAAA
519 AAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAA
* ** *
7960 AGTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAATGCCTTATTACTCTCTACAAATAGTTTTACATTCT
584 AGTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATATTCT
* * * * *
8025 CTTAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTATATTTCTAGTTAAAATATGCTATAATTAAATGTCTG
649 CATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT-TTGTTAAAATATGCTATAATTGAATGTCTG
* * *
8090 CCAAGGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAACAGAGAGAAAAGCACATTTATAGTCACTCAAGCC
713 CCTAGGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATCAGAGAGAAAAGC-CATTTATAGTCACTCAAGCC
* * *
8155 GTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTCGATTG
777 TTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATT-
*
8220 TTTTATATTT
841 TTTTACATTT
* * * * * * * *
8230 TTAGTTAAAATAT-ATCATAATTGAACGACTGCCTCAAGAAACGTGAAGTAAAAGCCATCCAATT
1 TTGGTTAAAATATGCT-ATTATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCC-ATT
* * * * *
8294 A-AGAGAAAAG-CACATTGATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATAGT
64 AGAGAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * **
8357 TTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTCGATTTTTTTGCATTTTTTA-TTAAAATATGTTATAA
128 TTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTT-AAAATTTTAGTTAAAATATGTTATAA
* * ** * **
8421 TTGAATGTCTGCC-AATGGAAACATGAAGCAAAAGTCATTTA-T-GAGAAAAAAAAACCATTTAT
192 TTGAATGT-TGCCTCA-GGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAG-AGAAAAGTCCATTTAT
* * * * ** *
8483 AGTCACTCAAGCTTTTGAATGCTTTATTAATCGCTGCAAATGGTTTTATATTCTAATAATTGATT
254 AGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATT
* ** * * *
8548 TTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAACCATATTATAATTAATTGTT-TGCCTC-AGGA
319 TTAAGTTGGATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGATT-TTCTACCTCGA-GA
* * * * * ***
8610 AACATGAAGCAAAGGCCATCCATTGGCAAGAGAAGCCATTTCTTGTCAAGAAAGCCTTTGAAAGC
381 AACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGC
* * * * * *
8675 CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTGAAGTTGGATTTTTTTATATT
446 CTTATCACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATT
* ** * * * * * * *
8740 TTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGTCTATCTTAGGAAACATAAAGTAAAAGCCATCTAATG
511 TTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTA
* * *
8805 GCA-AAAAAAGT-CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTATTCCCTTTAAATAGTT
576 G-AGAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTT
* *
8868 TTATATTCTCATAATTCATTTTAAGTTGGATATTTTTACATTTTTGATTAAAATATGCTATAATT
640 TTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAATATGCTATAATT
* * * *
8933 GAATGTCTACCT-TGAGAAATGTGAAGCAAAAGCTATCCATTAGCA-AGAAAAGCCATTTATAGT
704 GAATGTCTGCCTAGGA-AAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATCAG-AGAGAAAAGCCATTTATAGT
* * * *
8996 CACTCAGGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATCCTCATAATTGATTTTG
767 CACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTA
* **
9061 AGTT--TTTTTTTGGATTT
832 AGTTAGATTTTTTACATTT
* * * * * * *
9078 GTAGTTAAAATATGCTATTATCGAATGTCTGCTTTGGGAAACGGGAAGCAAAAGCCGTCCATTAG
1 TTGGTTAAAATATGCTATTATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
* * * * * * *
9143 AGAAAAAAGTCTATTTATAGTGACTCAAACCCTTGTAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
66 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
9208 ATATTCTCATAATTCATTTTAAGTTGGA-TTTTTTAAAATTCTTTA-TTAAAATATATTATAATT
131 ATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTAAAA-T-TTTAGTTAAAATATGTTATAATT
** *
9271 GAATGCTTGCCTCAAAAAACATGAAAG-AAAAGCTATCCATTGGCA-AGAAAAG-CCATTTATAG
194 GAATG-TTGCCTCAGGAAACATG-AAGCAAAAGCCATCCATTGG-AGAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * *
9333 TCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTAATATTCTCATAATTGTTTTT
256 TCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTT
* * * * *
9398 TAGTTGGAATTGTTTACATTTTTTG-TTAAAATATGTTATAATTGATTCTCTACCTCGAGAGACA
321 AAGTTGGATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGATTTTCTACCTCGAGAAACA
* * ** * * *
9462 AGAAGCAAAAGGCATCCATTCACTAGAAAACCTATTTATAGTCACTCAAGCCTCTGAAAGCCTTA
385 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTA
* * * * *
9527 TCACTCACTTTAAAAGATTTT-TATTCCCATGATTAATTTTAAGTTGGATTTTTTTACACTTTT-
450 TCACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTG
* * * ** *
9590 GTTAAAAATAAGTTATAATTGAATGTTTGCC-CTAAGAAGCGCGAAGTAAAAGCCATCCATTAGA
515 GTT-AAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTC-AAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGA
* * * * *
9654 GAGAAAAGTACATTTATAGTTACTCAAGCTTTTGAATGCCTTATTACT-TGCTTCAAATGGTTTT
578 GAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATAGTTTT
* *
9718 ATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATGATATAAGTGA
642 ATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAATATGCTATAATTGA
* * * * * * * * *
9783 ATGACTACTTCAGG-AAACGTGAAGGAAAAGCCATCCAACGGAGAGAAAGGTACATTTATAGTCA
706 ATGTCTGCCT-AGGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATCAGAGAGAAAAG-CCATTTATAGTCA
** * *
9847 CTCAAGCCTTTGAAAA-CCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTCATATTCTCATAATTGATTTGAA
769 CTCAAGCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAA
* *
9911 GTTGGA-TTTTTACATAT
833 GTTAGATTTTTTACATTT
* * * * * * * *
9928 TTGGTTATAATTTGTTATAATTGAATGCCTGCCTTAGGAAACTTCAAGCAAAAGCCATCCATTGG
1 TTGGTTAAAATATGCTATTATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
* * * *
9993 TA-AGAAAA-ACCATTTATAGTCAGTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATGGTTT
66 -AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * *
10056 TATATTCTCATAATTGACTTTAAGTT-GAGTTTTTT-ATATTTTGGGTTAAAATATATTATAATT
130 TATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTAAAATTTT-AGTTAAAATATGTTATAATT
* * * * * * * * * *
10119 AAATGGCTGTCTCAAGAAACGTGGAGTAAAAGTCATCCAATGGAGAGAAAAGTACATTTATAGTC
194 GAAT-GTTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * *
10184 ACTCAAGCGTTTGAAAGCCTTACTACTCGCATTAAATGGCTTTATATTCTCATAATGGATTTTAA
258 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAA
* * * ** * *
10249 GTTGGATTTTTTTTTATATATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGCCTGCCTTGAGAAAC
323 GTTGGA---TTTTTT-TACATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGATTTTCTACCTCGAGAAAC
* * * *
10314 TTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGCCATTTATAGTCAGTCAAGCCTTTGAAAGCCTT
384 ATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTT
* * * * *
10379 ATTACTCACTTTAAATGGTTTT-TATTCTCATAA-TAGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTT
449 ATCACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTA-ATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTT
* * * * * * *
10442 TGGTTAAAACATATTATAATT-AATTGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGCGAAAGCTATCCATTGG
513 TGGTTAAAATATGTTATAATTGAA-TGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
* * * * *
10506 CA-AAAAAAGT-CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGGCTTACTACT-TACTTTAAATGGTT
577 -AGAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATAGTT
* * * * *
10568 TTGTATTCTCATAATTCATTTTTAGTTGGATATTTTTATATTTTTGATTAAAATATGCTATAATT
640 TTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAATATGCTATAATT
* * *
10633 GAATGTCTGCCTTA-GAAAATGTGAACCAAAAGCTATCCATTAGTA-AGAAAAGCCATTTATAGT
704 GAATGTCTGCC-TAGGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATCAG-AGAGAAAAGCCATTTATAGT
* * * * ** * *
10696 CACTCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATAATATTATATTCTCATAATTCATTTTA
767 CACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTA
* *
10761 AGTTGAAATTTTTTTATATTT
832 AGTT-AGA-TTTTTTACATTT
** * * **
10782 TTTATTAAAATATGCTATTATTGAATGCCTGCCTTAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCTGTTAG
1 TTGGTTAAAATATGCTATTATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
* * * * * * *
10847 TGAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCATTTGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATTGTTTT
66 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
*** * *
10912 ATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTTTTGCATTTTAGTTAAAATATGCTATTATT
131 ATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGA--TTTTTTTAAAATTTTAGTTAAAATATGTTATAATT
* * * * *
10977 GAATGTTTGCCTC-GAGAAACTTGAAGTAAAAGCCATCCATTAGAGACAAAAGTCTATTTATAGT
194 GAATG-TTGCCTCAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * **
11041 GACTCAAGCCTTTGAAAGCATTATTACTGGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATCCATTTTA
257 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * *
11106 AGGTGGATTTTTTTA-AATTTTGATTAAAATATATGATAATTGA-TTGCTGCCAT-GGGAAACAT
322 AGTTGGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGATTTTCTACC-TCGAGAAACAT
* * * * *
11168 GAAGGAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGCCATTTAAAGTCACTCAAGCCTTTGGAAGCC-TAT
386 GAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * ** * * **
11232 CACTTGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCAAAATTAATTTTAAGTTATATTTCTTTATATTTTTAT
451 CACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGG
* * *** * *
11297 TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGGAAACTTGAAGCAAAATCCATCCATTAGAGAG
516 TTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAG
* * * * *
11362 CAAAGTACATTTATAGTCACACAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCATT--A-A---TTATTT
581 AAAAGTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAT
* *
11421 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGCTAAAATATGCTATAATTGAATG
646 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGGA-TTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATATGCTATAATTGAATG
* *
11486 TCTGCCTCA-AAAAATGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGCCATCCATTGGCAAGAA
709 TCTGCCT-AGGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCA-T--C------AG------A---G--AGAA
* * *
11550 AAGCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTAGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGGTTTGATATTC
753 AAGCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTA-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTC
* * *
11614 TCCTAATTCATTTTAACTTAGATATTTTTACATTT
817 TCATAATTGATTTTAAGTTAGAT-TTTTTACATTT
* * *
11649 TTGGTTAAAATATGATA-TAGTTGAATGTCTGCCTT-GGAAAATGTGAAGAAAAAGCCATCCATT
1 TTGGTTAAAATATGCTATTA-TTGAATGTCTGCCTTAGG-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATT
* *
11712 AGCA-AGAAAAG-CCATTTATTA-TCACTCAAGCATTTTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
64 AG-AGAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* *** * *
11774 TTTTATATTCTCATACTTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTTTGCATCTTTTGTTAAAATATGCTAT
127 TTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGA-TTTTTTTAAAAT-TTTAGTTAAAATATGTTAT
* * * * * * *
11839 TATTGAATGTCGGTCTTAGGAAACATGAAGCAAAAACCATCCATTAGAGAGAAAAGACCATTTAT
190 AATTGAATGT-TGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * *
11904 AGTGACTCAAGCCTTTGAAAACATTATTACTCGTTTTCAATGGTTTTATATTCTCATAATTCATT
254 AGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATT
* * * * * * * * * *
11969 TTAGGTTGAATTTTTTTAAAATTGTGATTAATATATATTATAATTGA-ATGCTTATCTC-AGGAA
319 TTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGATTTTC-TACCTCGA-GAA
* * *
12032 ACATGAAAG-AAAAGCCTTCCCTTGGCAAGAAAAG-TCATTTAAAGTCACTCAAGCCTTTGAAAG
382 ACATG-AAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGCT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAG
* * *
12095 CC-TATCACTTGCTTTAAAAGATTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTTATATA
445 CCTTATCACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTT-TACA
* * * * * * * * *
12159 TTTTT--TAAAAATATGTTATGATTGAGTGTTTGCCTCAGGAAACTTTAAGCAGAATCCATCCAT
509 TTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAT
* * * * *
12222 TAGAGAGAAAAGTCCATATATAGTC-TTACAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
574 TAGAGAGAAAAGTACATTTATAGTCACT-CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAG
* * * * *
12286 TTTTATACTCTCATAGTTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTCGTTAAAATATGTTGTAAT
638 TTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGTTAAAATATGCTATAAT
* * * * * ** *
12351 TCAATGTCTACCTTAGGAAACA--TGAAGTAAAAGCAATTCATGGGAGAAAAAAGTCCATTTATA
703 TGAATGTCTGCC-TAGGAAA-ATGTGAAGCAAAAGCCATCCATCAGAGAGAAAAG-CCATTTATA
* * * * *
12414 GTCAATCAAGCCTTTTAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTCTATTCTTATAATTCATT
765 GTCACTCAAGCC-TTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATT
* * *
12479 TTAGGTTTAAATTTTTTTTCATTT
829 TTAAG-TTAGA-TTTTTTACATTT
* * * * * * *
12503 TTGGTTAAAATATGCAATAATTTAATGTCTACCTTTA-GAAA-GTGATGAAAAAGCCATCCATTG
1 TTGGTTAAAATATGCTATTATTGAATGTCTGCC-TTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTA
********** *
12566 GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCNNNNNNNNNNCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
65 GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * *
12631 TAT-TTGCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATGCTATAATT
130 TATATT-CTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTAAAATTTTAGTTAAAATATGTTATAATT
********* ** * *
12695 GANNNNNNNNNNCAGGAAACATGAAG-TGAAGCCATCCATTGCAGAGAACAGTCCATTTATAGTC
194 GA-ATGTTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * * ** *
12759 ACTAAAACTTTTAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATATTCTCATAACTGATTTTAA
258 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAA
* * * * ** *
12824 GTTGGATTTGTTTATATTTTTGATTAAAATATGCTATAATTGAATGTT-TA-CAAGAAGAAACGT
323 GTTGGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTG-ATTTTCTACCTCG-AGAAACAT
* * * * * * * * * *
12887 GAAGCAAAAACTATTCATTAGAAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACTTAAACTTTTGAAAGCCTTG
386 GAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG-CTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTA
* * * * * *
12952 TTACTCGCTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTGATTTTTAAATTTGATTTTTTTACATTTTT
450 TCACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATT-AATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTT
* * ** *
13017 GGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTATACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCA-TAGGA
514 GGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTA-GA
* *
13081 GAGAAAGGTCCATTTATAGT
578 GAGAAAAGTACATTTATAGT
13101 TTCTCNNNNN
Statistics
Matches: 4683, Mismatches: 870, Indels: 339
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
846 8 0.00
847 130 0.03
848 610 0.13
849 239 0.05
850 76 0.02
851 320 0.07
852 810 0.17
853 1109 0.24
854 288 0.06
855 223 0.05
856 3 0.00
857 3 0.00
858 133 0.03
859 5 0.00
862 2 0.00
865 14 0.00
866 223 0.05
867 201 0.04
868 186 0.04
869 13 0.00
870 2 0.00
871 40 0.01
872 18 0.00
873 27 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (850 bp):
TTGGTTAAAATATGCTATTATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
ATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTAAAATTTTAGTTAAAATATGTTATAATTGA
ATGTTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTT
GGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGATTTTCTACCTCGAGAAACATGAAGC
AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATCACTC
GCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
ATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAG
TACATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATATTCTCA
TAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGTTAAAATATGCTATAATTGAATGTCTGCCT
AGGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATCAGAGAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTA
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTA
CATTT
Found at i:11533 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 11508--11556 Score: 98
Period size: 20 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
11498 AATGTAAAGC
11508 AAAAGCCATCCATTGGCAAG
1 AAAAGCCATCCATTGGCAAG
11528 AAAAGCCATCCATTGGCAAG
1 AAAAGCCATCCATTGGCAAG
11548 AAAAGCCAT
1 AAAAGCCAT
11557 TTATAGTCAC
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 29 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.24, G:0.18, T:0.14
Consensus pattern (20 bp):
AAAAGCCATCCATTGGCAAG
Found at i:11692 original size:190 final size:185
Alignment explanation
Indices: 11369--11726 Score: 477
Period size: 190 Copynumber: 1.9 Consensus size: 185
11359 GAGCAAAGTA
* * *
11369 CATTTATAGTCACACAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCATTAATTATTTTCTCATAATTGAT
1 CATTTATAGTCACACAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACTCGCATTAATTATATTCTCATAATTCAT
* * *
11434 TTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGCTAAAATATGCTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAA
66 TTTAACTTGAATTATTTTTACATTTTTGGCTAAAATATGATATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAA
* *
11499 ATGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGC
131 ATGTAAAGAAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGC
* * * *
11554 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGGTTTGATATTCTCCTA
1 CATTTATAGTCACACAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACTCGCATTAA-----TT-ATATTCTCATA
* *
11619 ATTCATTTTAACTT-AGA-TATTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGATATAGTTGAATGTCTGCC
60 ATTCATTTTAACTTGA-ATTATTTTTACATTTTTGGCTAAAATATGATATAATTGAATGTCTGCC
*** *
11682 TTGGAAAATGTGAAGAAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGCCAT
124 TCAAAAAATGTAAAGAAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGCCAT
11727 TTATTATCAC
Statistics
Matches: 148, Mismatches: 18, Indels: 9
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
185 42 0.28
190 84 0.57
191 22 0.15
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (185 bp):
CATTTATAGTCACACAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACTCGCATTAATTATATTCTCATAATTCAT
TTTAACTTGAATTATTTTTACATTTTTGGCTAAAATATGATATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAA
ATGTAAAGAAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGC
Found at i:13510 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 13207--14238 Score: 877
Period size: 170 Copynumber: 6.1 Consensus size: 170
13197 NNNNNNNNNT
* * * * * * *
13207 CCTTGGGAAACTTGAAACAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCTATTTATAATCACTCAAGCG
1 CCTTAGGAAACATGAAACAAAAGCCACCCATGGGAGAGAAAAG-CCATTTATAGTCACTCAAGCC
* * ** * * * * * **
13272 TTTGAAAGCCTTATTGCTCAATTTAAATAGTTTTATATTCTTATAATTGATTTTAA-GTTCTATT
65 TTTAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATATTCTCATAA-TCAATTTAAGGTTGGATT
* * * *
13336 TTTTTATAGTTTTGGCTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA
129 TTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTA
* ** * * **
13378 CCTTAAGAAATGTGAAACAAAATCCACCCATGGGAGAGAAAAGTCCAATTATAGTTGCTCAAGCC
1 CCTTAGGAAACATGAAACAAAAGCCACCCATGGGAGAGAAAAG-CCATTTATAGTCACTCAAGCC
* * * *
13443 -TTAAAAGCCTTATTATTCGCTATAAATGGTTTTATATTCTCATAATCAAGTTAAGGTCGGAATT
65 TTTAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATATTCTCATAATCAATTTAAGGTTGGATTT
** * * *
13507 TTTTACATTTTTTATTAAAATATGTTATAATTGATTATCTG
130 TTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTA
* * * **
13548 CCTTAGGAAACAT-AAAGCAAAAGCCGCCTATTGGCCAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCC
1 CCTTAGGAAACATGAAA-CAAAAGCCACCCATGGGAGAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCC
* * * * * * ** * *
13612 TTTGAAAGCCTTATCGA-TTGC-ATTAAATAGTTTTTTATACTCATAATTGATTTTAGGTTAGAT
65 TTTAAAAGCCTTAT-TACTCGCTA-TAAATGGTTTTATATTCTCATAATCAATTTAAGGTTGGAT
* *
13675 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTCTAATTGAATGACTA
128 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTA
* * ** ** *
13718 CCTTAGGAAACTTGAAGCAAAAGCCATGCAACGGAGAGAAAAGCACATTTATAGTCACTCAAGTC
1 CCTTAGGAAACATGAAACAAAAGCCACCCATGGGAGAGAAAAGC-CATTTATAGTCACTCAAGCC
* * * * *
13783 TTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTATTCTCATAATTGATTTTAA-GTTGGATT
65 TTTAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATATTCTCATAA-TCAATTTAAGGTTGGATT
* * * * *
13847 TTTTTACATTTTTAGTTAAACTATGTTGTAATTGAATGCCTG
129 TTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTA
* * * * *
13889 CCTTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCC
1 CCTTAGGAAACATGAAACAAAAGCCACCCA-TGGGAGAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCC
* * * * * *
13953 TTTAAAAGTCTTAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATCGATTTTAA-GTTTGAAT
65 TTTAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATATTCTCATAATC-AATTTAAGGTTGGATT
* * *
14017 TTTTTATATTGTTGGTT-AAATCATGTTATAATT-AATTGT-TG
129 TTTTTACATTTTTGGTTAAAAT-ATGTTATAATTGAA-TGTCTA
* * * * ** * * *
14058 GCATAGGGCAACGTGATGCAAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAAGTCATTTATAGTCACTCAAGC
1 CCTTA-GGAAACATGAAACAAAAGCCACCCA-TGGGAGAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGC
* * * * * * *
14122 CGTTGAACGCCTTATTGCTCGC-ATTAAATGTTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAA-GTTGGA
64 CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTA-TAAATGGTTTTATATTCTCATAA-TCAATTTAAGGTTGGA
* *
14185 TTTTTTTACATTTTTGGTTAACATATGTTATAATTGAATGACTA
127 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTA
*
14229 CCTCAGGAAA
1 CCTTAGGAAA
14239 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 694, Mismatches: 147, Indels: 41
0.79 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 39 0.06
170 452 0.65
171 196 0.28
172 7 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
CCTTAGGAAACATGAAACAAAAGCCACCCATGGGAGAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
TTAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATATTCTCATAATCAATTTAAGGTTGGATTTT
TTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTA
Found at i:13660 original size:340 final size:336
Alignment explanation
Indices: 13207--14223 Score: 1056
Period size: 340 Copynumber: 3.0 Consensus size: 336
13197 NNNNNNNNNT
* * * * *
13207 CCTTGGGAAACTTGAAA-CAAAAGCCATCCATTGG-AGAGAAAAGTCTATTTATAATCACTCAAG
1 CCTTAGGAAACAT-AAAGCAAAAGCCAGCCATTGGCA-AGAAAAG-CCATTTATAGTCACTCAAG
* * *
13270 CGTTTGAAAGCCTTATTG-CT-CAATTTAAATAGTTTTATATTCTTATAATTGATTTTAAGTTCT
63 CCTTTGAAAGCCTTA-TGATTGC-A-TTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTT-T
* * *
13333 ATTTTTTTATAGTTTTGGCTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAAACAA
124 ATTTTTTTATA-TTTTGG-TAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAATGTGAAGCAA
* * * ** *
13398 AATCCACCCATGGGAGAGAAAAGTCCAATTATAGTTGCTCAAGCCTTAAAAGCCTTATTATTCGC
187 AAGCCATCCATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTAAAAGCCTTATTACTCGC
* ** * *
13463 TATAAATGGTTTTATATTCTCATAA-TCAAGTTAAGGTCGGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAA
252 TATAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAA-GTTGGATTTTTTTACATTTTTTATTAAAA
* *
13527 TATGTTATAATTGATTATCTG
316 TATGTTATAATTGAATACCTG
*
13548 CCTTAGGAAACATAAAGCAAAAGCC-GCCTATTGGCCAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCC
1 CCTTAGGAAACATAAAGCAAAAGCCAGCC-ATTGGCAAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCC
* * * *
13612 TTTGAAAGCCTTATCGATTGCATTAAATAGTTTTTTATACTCATAATTGATTTTAGGTTAGATTT
65 TTTGAAAGCCTTAT-GATTGCATTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTT-TATTT
* * *
13677 TTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTCTAATTGAATGACTACCTTAGGAAACT-TGAAGCAAAAG
128 TTTTATA-TTTTGG-TAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAA-TGTGAAGCAAAAG
* ** * *
13741 CCATGCAACGGAGAGAAAAG-CACATTTATAGTCACTCAAGTCTTTAAAAGCCTTATTACTCACT
190 CCATCCATGGGAGAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACTCAAG-CCTTAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * *
13805 TTAAATGGTTTTGTATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAACT
253 ATAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAAT
* *
13869 ATGTTGTAATTGAATGCCTG
317 ATGTTATAATTGAATACCTG
* * * *
13889 CCTTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
1 CCTTAGGAAACATAAAGCAAAAGCCAGCCATTGGCAAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
* * * * * * *
13954 TTAAAAGTCTTA-GTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATCGATTTTAAGTTTGAATT
66 TTGAAAGCCTTATG-A-TTGCATTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTT-ATTT
* ** * * * *
14018 TTTTATATTGTTGGTTAAATCATGTTATAATT-AATTGT-TGGCATAGGGCAACGTGATGCAAAA
128 TTTTATATT-TTGGTAAAAT-ATGTTATAATTGAA-TGTCTACCTTA-GGAAATGTGAAGCAAAA
* * * *
14081 GCCATCCATTGGCA-AGAAAAGT-CATTTATAGTCACTCAAGCCGTTGAACGCCTTATTGCTCGC
189 GCCATCCA-TGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTAAAAGCCTTATTACTCGC
* ** *
14144 -ATTAAATGTTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAACA
252 TA-TAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTTATTAAAA
14208 TATGTTATAATTGAAT
316 TATGTTATAATTGAAT
14224 GACTACCTCA
Statistics
Matches: 563, Mismatches: 88, Indels: 51
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 4 0.01
340 278 0.49
341 270 0.48
342 11 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (336 bp):
CCTTAGGAAACATAAAGCAAAAGCCAGCCATTGGCAAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
TTGAAAGCCTTATGATTGCATTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTTATTTTTT
TATATTTTGGTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCC
ATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGG
TTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATGTTATAA
TTGAATACCTG
Found at i:13793 original size:511 final size:511
Alignment explanation
Indices: 13207--14238 Score: 1299
Period size: 511 Copynumber: 2.0 Consensus size: 511
13197 NNNNNNNNNT
* ** *
13207 CCTTGGGAAACTTGAAACAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCTATTTATAATCACTCAAGCG
1 CCTTAGGAAACTTGAAACAAAAGCCATCCAACGGAGAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGCG
* * * *
13272 TTTGAAAGCCTTATTGCTCAATTTAAATAGTTTTATATTCTTATAATTGATTTTAAGTTCTATTT
66 TTTAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTCGATTT
* * * ** *
13337 TTTTATAGTTTTGGCTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAAACAAAATC
131 TTTTACAGTTTTAGCTAAAATATATTATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACATGAAACAAAAGC
* ** * *
13402 CACCCA-TGGGAGAGAAAAGTCCAATTATAGTTGCTCAAGCC-TTAAAAGCCTTATTATTCGCTA
196 CACCCATTGGCA-AGAAAA-TCCAATTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTAGTACTCGCTA
* *
13465 TAAATGGTTTTATATTCTCATAATC-AAGTTAAGGTCGGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAAT-
259 TAAATGGTTTTATATTCTCATAATCGAAGTTAA-GTCGGAATTTTTTACATTGTTGATT-AAATC
* * *
13528 ATGTTATAATTGATTATCTGCCTTA-GGAAACATAAAGCAAAAGCC-GCCTATTGGCCAGAAAAG
322 ATGTTATAATTAATTAT-TGCCATAGGGAAACATAAAGCAAAAGCCAGCC-ATTGGCAAGAAAAG
* *
13591 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATCGATTGCATTAAATAGTTTTT-TATACTCA
385 CCATTTATAGTCACTCAAGCCGTTGAAAGCCTTATCGATCGCATTAAAT-GTTTTTATATACTCA
* *
13655 TAATTGATTTTAGGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTCTAATTGAATGACTA
449 TAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGACTA
* * *
13718 CCTTAGGAAACTTGAAGCAAAAGCCATGCAACGGAGAGAAAAG-CACATTTATAGTCACTCAAGT
1 CCTTAGGAAACTTGAAACAAAAGCCATCCAACGGAGAGAAAAGTC-CATTTATAATCACTCAAG-
* * * *
13782 C-TTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGAT
64 CGTTTAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTCGAT
* * * * * * * * *
13846 TTTTTTACATTTTTAGTTAAACTATGTTGTAATTGAATGCCTGCCTTAGGAAACATGAAGCGAAA
129 TTTTTTACAGTTTTAGCTAAAATATATTATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACATGAAACAAAA
* * * *
13911 GCCATCCATTGGCAAGAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGTCTTAGTACTCGCTT
194 GCCACCCATTGGCAAGAAAATCCAATTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTAGTACTCGCTA
** ** * *
13976 TAAATGGTTTTATATTCTCATAATCGATTTTAAGTTTGAATTTTTTATATTGTTGGTTAAATCAT
259 TAAATGGTTTTATATTCTCATAATCGAAGTTAAGTCGGAATTTTTTACATTGTTGATTAAATCAT
* * * * * * * *
14041 GTTATAATTAATTGTTGGCATAGGGCAACGTGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCAT
324 GTTATAATTAATTATTGCCATAGGGAAACATAAAGCAAAAGCCAGCCATTGGCAAGAAAAGCCAT
* * * *
14106 TTATAGTCACTCAAGCCGTTGAACGCCTTATTGCTCGCATTAAATGTTTTTATATTCTCATAATT
389 TTATAGTCACTCAAGCCGTTGAAAGCCTTATCGATCGCATTAAATGTTTTTATATACTCATAATT
* *
14171 GATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAACATATGTTATAATTGAATGACTA
454 GATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGACTA
*
14229 CCTCAGGAAA
1 CCTTAGGAAA
14239 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 443, Mismatches: 69, Indels: 18
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
510 35 0.08
511 396 0.89
512 12 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (511 bp):
CCTTAGGAAACTTGAAACAAAAGCCATCCAACGGAGAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGCG
TTTAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTCGATTT
TTTTACAGTTTTAGCTAAAATATATTATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACATGAAACAAAAGC
CACCCATTGGCAAGAAAATCCAATTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTAGTACTCGCTATA
AATGGTTTTATATTCTCATAATCGAAGTTAAGTCGGAATTTTTTACATTGTTGATTAAATCATGT
TATAATTAATTATTGCCATAGGGAAACATAAAGCAAAAGCCAGCCATTGGCAAGAAAAGCCATTT
ATAGTCACTCAAGCCGTTGAAAGCCTTATCGATCGCATTAAATGTTTTTATATACTCATAATTGA
TTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGACTA
Found at i:18922 original size:171 final size:166
Alignment explanation
Indices: 18204--20528 Score: 1647
Period size: 171 Copynumber: 13.7 Consensus size: 166
18194 NNNNNNNNNN
* * *
18204 AAAAGCCATCCGTTGGCA-AGAAAAGCTATTTATAGTCACTCAAGTCTTTGAAAGCCTTAGTACT
1 AAAAGCCATCCATTGG-AGAGAAAAGCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
* ** * *
18268 CGCTTTAAAT-AGTTTTATATTCCCATAA-TAGATTTTAAGTTAAAATTTTTTACATTTTTAGTT
65 CGCTTTAAATGA-TTTTATATTCTCATAATTA-ATTTTAAGTT-GGATTTTTTATATTTTGA-TT
** * * * ** * *
18331 GTAACATTTTATAATT-AATGTCAACGTTGGGCAACGTGAAGC
126 AAAATATGTTATAATTGAATGTC--TGTCAGGAAACATGAAGC
* * * * **
18373 AAAAGCTATCCATT-GATAAGAAAAG-TCATTTATAATCACTCAAGCCTTTGAAAGGCTTATCGC
1 AAAAGCCATCCATTGGA-GAGAAAAGCT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
** * * *
18436 TTACTTTAACA-GGTTTTATATTATCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTATATTTAT-ATTT
64 TCGCTTTAA-ATGATTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTTATATTT-TGA-TT
* * * *
18499 AAAATATATTATAATTGAATGTCTTCCTCAAGAAACGTGAAGC
126 AAAATATGTTATAATTGAATGTC-T-GTCAGGAAACATGAAGC
* * * * * * * *
18542 GATAGCCATTCAATGGAGA-AAATGGTATATTTATAGTCACTTAAGTCTTTGAAAGCCTTATTAC
1 AAAAGCCATCCATTGGAGAGAAA-AG-CTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
** * * * * * * *
18606 T-TATTTGAAAT-AGTTTTGTATTTTCATAATTGATTTTAAGATAGATTTTTTACATTTTTGGTT
64 TCGCTTT-AAATGA-TTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTTATA-TTTTGATT
* * * * * ** *
18669 GAAATATATTAGAATTGAATGTTTGCCTAAGGAAACGGGAAAC
126 AAAATATGTTATAATTGAATGTCTG--TCAGGAAACATGAAGC
* * * *
18712 AAAAGCCATCCATGGGAGAGAAAAATCCATTTCTAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGCCATCCATTGGAGAG-AAAAGCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
* *
18777 CGCTTTAAATGATTTTATATCCTCATAATTAATTTTAAGTTGGATTGTTTTATATTTCTCATTAA
65 CGCTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTGGATT-TTTTATATTT-TGATTAA
** *
18842 AATATACTATAATTGAATGTCTGTCAAGGGAAACATAAAGC
128 AATATGTTATAATTGAATGTCTGTC-A-GGAAACATGAAGC
* ** * * *
18883 GAAAGCCATCCAAAGGAGAGAAAAGCATCTTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCTTTATTACT
1 AAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGC-TATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
* * * *
18948 CGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTATATTTTTAGTTAA
65 CGCTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTGGA-TTTTTTATATTTTGA-TTAA
* * * *
19013 AATATGTTGTAATTGAATGCCTGCCTTAGGAAACAT-AAGGT
128 AATATGTTATAATTGAATGTCTG--TCAGGAAACATGAA-GC
* * * * *
19054 ACACGCCATCTATTGGCA-AGAAAAGCTATTTATAGTCACTCAAACCTTTGAAAGCCTTAGTACT
1 AAAAGCCATCCATTGG-AGAGAAAAGCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
* * * * *
19118 TGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCA-AGA-TAGATTTTAAGTTGAAATTTTTAACATTTTTTTG-
65 CGCTTTAAATGATTTTATATTCTCATA-ATTA-ATTTTAAGTTG-GATTTTT--TA-TATTTTGA
* * * * * * *
19180 TTAAAACATTTTATAATT-AATTGTCGATGTCGGGCAACGTCAAAC
124 TTAAAATATGTTATAATTGAA-TGTC--TGTCAGGAAACATGAAGC
**
19225 AAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAAG-TCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATCGC
1 AAAAGCCATCCATTGG-AGAGAAAAGCT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
* * *
19288 TCGCATTAAATGATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTGTTTTCAT-TTTTGGTTA
64 TCGCTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTGGATT-TTTT-ATATTTTGATTA
* * * *
19352 AAATATGTTATAATTGAGTGACTACCTCAGGAAACTTGAAGC
127 AAATATGTTATAATTGAATGTCT--GTCAGGAAACATGAAGC
* * ** * * * *
19394 AAAAGCCACCCAATGGAGAGAAAAGGAAATTTATAGTCACTCAAGCCTGTAAAAGCGTTATTATT
1 AAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAA-GCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
* * * * *
19459 TGCTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAA
65 CGCTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTGGA-TTTTTTATATTTTGA-TTAA
* *
19524 AATATGTTGTAATTGAATG-CTTGCCTCAGGAAACATGATGC
128 AATATGTTATAATTGAATGTC-TG--TCAGGAAACATGAAGC
* * *
19565 AAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAAGCTATTTATAGTCACTCAAGCCGTTAAAAGCCTTAATACT
1 AAAAGCCATCCATTGG-AGAGAAAAGCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
* ** * * *
19629 CGCTTTAAAT-AGTTTTATATTCTCACAA-TAGATTTTAAGTTAAAAGTTTTTACATTTTTAGTT
65 CGCTTTAAATGA-TTTTATATTCTCATAATTA-ATTTTAAGTT-GGATTTTTTATATTTTGA-TT
* * *
19692 AAAAAATTTTATAATT-AATTGTTTGCCTCTA-GAAACATGAAGC
126 AAAATATGTTATAATTGAA-TGTCTG--TC-AGGAAACATGAAGC
** * * * *
19735 AAAAGCCATCCATCAGAGAAAAAAGTCTATTTCTAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCTTTATTATT
1 AAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAG-CTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
* * * * * * *
19800 CCCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAACTAATTTTAAGTTAGATTTTTTAAAATTTTTGGTCAA
65 CGCTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTT-ATA-TTTTGATTAA
* * * *
19865 AATTTGTTATAATTTATTGCCTGCCTCAGGAAACATGAAGC
128 AATATGTTATAATTGAATGTCTG--TCAGGAAACATGAAGC
** *
19906 AAAAATCATCCATTGGCA-AGAAAAGCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGACAG-CTTAATTAC
1 AAAAGCCATCCATTGG-AGAGAAAAGCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTT-ATTAC
* * * * ** * * *
19969 TCACCTTAAATAATTTTATATTCTTATAATTGGTTTTAACTTGGACTTCTTTATATTTTTGGTTA
64 TCGCTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTGGA-TTTTTTATA-TTTTGATTA
* * * * *
20034 AAATATGTTACAATTGAAATATCTGCCTTAAGAAATATGAAGC
127 AAATATGTTATAATTG-AATGTCTG--TCAGGAAACATGAAGC
* * * * * * *
20077 AAATGCCATTCATTAGAGAGAAAAG-TACCTTTGTAATCACTCAAGCTTTTGAAATCCTTATTAC
1 AAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGCTA--TTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
* * ** *
20141 TCGCTTTAAATGGTTTTATATTGTCATAATTGGTTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGATTA
64 TCGCTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTGGA-TTTTTTATA-TTTTGATTA
* * * * ** * *
20206 AAATATGCTATTATGGAATGTTTGCCTTGGGAACCGTGAAGC
127 AAATATGTTATAATTGAATGTCTG--TCAGGAAACATGAAGC
* * * * * *
20248 AAAAGTCATCCATAGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTAACTCAAGCTTTTGAACGCCTTATTACT
1 AAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAG-CTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
* * **
20313 CAG-TTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTTGATTTTTTTATAGTTTTGGGTA
65 C-GCTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTGGA-TTTTTTATA-TTTTGATTA
** ** * * * * * *
20377 AAATATACTATAGCTCAATCTCTACCTC-GATAAACAAGATGC
127 AAATATGTTATAATTGAATGTCT--GTCAG-GAAACATGAAGC
* * * * *
20419 AAAAGCTATCCATGGGAGATAAAAGTCCATTTATAGTCACTCTAA-CCTTTGAAAGGCTTATTA-
1 AAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAG-CTATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
* * * * *
20482 TCCACTTTCAATGCTTTAATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGAT
64 T-CGCTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTGGAT
20529 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1725, Mismatches: 336, Indels: 189
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 39 0.02
169 178 0.10
170 602 0.35
171 776 0.45
172 116 0.07
173 12 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (166 bp):
AAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
GCTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTTATATTTTGATTAAAAT
ATGTTATAATTGAATGTCTGTCAGGAAACATGAAGC
Found at i:18922 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 18204--20528 Score: 1992
Period size: 341 Copynumber: 6.8 Consensus size: 338
18194 NNNNNNNNNN
* * *
18204 AAAAGCCATCCGTTGGCAAGAAAAGCTATTTATAGTCACTCAAGTCTTTGAAAGCCTTAGTACTC
1 AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
* * * * **
18269 GC-TTTAAATAGTTTTATATTCCCATAATAGATTTTAAGTTAAAATTTTTTACATTTTTAGTTGT
66 -CATTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGATTTTTTACATTTTTGGTTAA
* * ** * * * * * * *
18333 AACATTTTATAATT-AATGTCAACGTTGGGCAACGTGAAGCAAAAGCTATCCAT-TGATAAGAAA
129 AATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGGGA-GAGAAA
* * ** ** *
18396 AGT-CATTTATAATCACTCAAGCCTTTGAAAGGCTTATCGCTTACTTTAACA-GGTTTTATATTA
193 AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA-ATGGTTTTATATTC
* * *
18459 TCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTATATTTAT-ATTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT
257 TCATAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTTATATTTTTGA-TTAAAATATGTTATAATTGAATGTCT
* * *
18523 TCCTCAAGAAACGTGAAGC
321 T-GTCAGGAAACATGAAGC
* * * * * * *
18542 GATAGCCATTCAATGG--AGAAAATGGTATATTTATAGTCACTTAAGTCTTTGAAAGCCTTATTA
1 AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA--G-CTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
* * * *
18605 CT-TATTTGAAATAGTTTTGTATTTTCATAATTGATTTTAAGATAGATTTTTTACATTTTTGGTT
63 CTCCATTT-AAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTACATTTTTGGTT
* * * * * ** *
18669 GAAATATATTAGAATTGAATGTTTGCCTAAGGAAACGGGAAACAAAAGCCATCCATGGGAGAGAA
127 AAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAGAA
* * * *
18734 AAATCCATTTCTAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATATCC
192 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTC
* * **
18799 TCATAATTAATTTTAAGTTGGATTGTTTTATATTTCTCATTAAAATATACTATAATTGAATGTC-
257 TCATAATTAATTTTAAGTTGGATT-TTTTATATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATGTCT
*
18863 TGTCAAGGGAAACATAAAGC
321 TGTC-A-GGAAACATGAAGC
* ** * * *
18883 GAAAGCCATCCAAAGG-AGAGAAAAGCATCTTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCTTTATTAC
1 AAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAAGC-TATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
* * *
18947 TCGC-TTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTATATTTTTAGTT
64 TC-CATTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGA-TTTTTTACATTTTTGGTT
* * * * * * *
19011 AAAATATGTTGTAATTGAATGCCTGCCTTAGGAAACAT-AAGGTACACGCCATCTATTGGCA-AG
127 AAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAA-GCAAAAGCCATCCA-TGGGAGAG
* * * *
19074 AAAAG-CTATTTATAGTCACTCAAACCTTTGAAAGCCTTAGTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAT
190 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAT
* * * * *
19138 TCTCA-AGA-TAGATTTTAAGTTGAAATTTTTAACATTTTTTTG-TTAAAACATTTTATAATT-A
255 TCTCATA-ATTA-ATTTTAAGTTG-GATTTTT--TATATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGA
* * * * * *
19199 ATTGTCGATGTCGGGCAACGTCAAAC
315 A-TGTC-TTGTCAGGAAACATGAAGC
**
19225 AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG-TCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATCGCT
1 AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGCT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
*
19289 CGCA-TTAAAT-GATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTGTTTT-CATTTTTGGTT
65 C-CATTTAAATAG-TTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATT-TTTTACATTTTTGGTT
* * * * * *
19351 AAAATATGTTATAATTGAGTGACTACCTCAGGAAACTTGAAGCAAAAGCCACCCAAT-GGAGAGA
127 AAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCC-ATGGGAGAGA
*** * * * * * *
19415 AAAGGAAATTTATAGTCACTCAAGCCTGTAAAAGCGTTATTATTTGCTTTAAATGATTTTATATT
191 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATT
* * * *
19480 CTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAATATGTTGTAATTGAATG-
256 CTCATAATTAATTTTAAGTTGGA-TTTTTTATATTTTTGA-TTAAAATATGTTATAATTGAATGT
*
19543 CTTGCCTCAGGAAACATGATGC
319 CTTG--TCAGGAAACATGAAGC
* * *
19565 AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGCTATTTATAGTCACTCAAGCCGTTAAAAGCCTTAATACTC
1 AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
19630 GC-TTTAAATAGTTTTATATTCTCACAATAGATTTTAAGTTAAAAGTTTTTACATTTTTAGTTAA
66 -CATTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGATTTTTTACATTTTTGGTTAA
* * * ** *
19694 AAAATTTTATAATT-AATTGTTTGCCTCTA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATCAGAGAAAA
129 AATATGTTATAATTGAA-TGTCTGCCT-TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAGAA
* * * * *
19757 AAGTCTATTTCTAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCTTTATTATTCCCTTTAAATGGTTTTATATTC
192 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTC
* * * * * * * * *
19822 TCATAACTAATTTTAAGTTAGATTTTTTAAAATTTTTGGTCAAAATTTGTTATAATTTATTG-CC
257 TCATAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTT-ATATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATGTCT
19886 TGCCTCAGGAAACATGAAGC
321 TG--TCAGGAAACATGAAGC
** *
19906 AAAAATCATCCATTGGCAAGAAAAGCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGACAG-CTTAATTACT
1 AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTT-ATTACT
* * * * * * * *
19970 -CACCTTAAATAATTTTATATTCTTATAATTGGTTTTAACTTGGACTTCTTTATATTTTTGGTTA
65 CCA-TTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGA-TTTTTTACATTTTTGGTTA
* * * * * * **
20034 AAATATGTTACAATTGAAATATCTGCCTTAAGAAATATGAAGCAAATGCCATTCATTAGAGAGAA
128 AAATATGTTATAATTG-AATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAGAA
* * * *
20099 AAGTACC-TTTGTAATCACTCAAGCTTTTGAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATT
192 AAGT-CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATT
* ** * * * *
20163 GTCATAATTGGTTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGCTATTATGGAATGT-
256 CTCATAATTAATTTTAAGTTGGA-TTTTTTATATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATGTC
** * *
20227 TTGCCTTGGGAACCGTGAAGC
320 TTG--TCAGGAAACATGAAGC
* * * * * *
20248 AAAAGTCATCCATAGG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTAACTCAAGCTTTTGAACGCCTTATTAC
1 AAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAAG-CTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
* * * * * *
20312 T-CAGTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTTGATTTTTTTATAGTTTTGGGT
64 TCCA-TTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGA-TTTTTTACATTTTTGGTT
** ** * * * * * * * * *
20376 AAAATATACTATAGCTCAATCTCTACC-TCGATAAACAAGATGCAAAAGCTATCCATGGGAGATA
127 AAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAGA
* * * * *
20440 AAAGTCCATTTATAGTCACTCTAA-CCTTTGAAAGGCTTATTA-TCCACTTTCAATGCTTTAATA
191 AAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT-CGCTTTAAATGGTTTTATA
*
20503 TTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGAT
254 TTCTCATAATTAATTTTAAGTTGGAT
20529 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1613, Mismatches: 301, Indels: 143
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
336 6 0.00
338 48 0.03
339 116 0.07
340 278 0.17
341 652 0.40
342 387 0.24
343 119 0.07
344 7 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (338 bp):
AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
CATTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
TATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAGAAAAGT
CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCAT
AATTAATTTTAAGTTGGATTTTTTATATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTTGTCA
GGAAACATGAAGC
Found at i:19701 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 19660--19702 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
19650 CTCACAATAG
**
19660 ATTTTAAGTTAAAAGTTTTTAC
1 ATTTTAAGTTAAAAAATTTTAC
*
19682 ATTTTTAGTTAAAAAATTTTA
1 ATTTTAAGTTAAAAAATTTTA
19703 TAATTAATTG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 18 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.02, G:0.07, T:0.51
Consensus pattern (22 bp):
ATTTTAAGTTAAAAAATTTTAC
Done.