Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397343.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_542.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 47910
ACGTcount: A:0.25, C:0.09, G:0.10, T:0.23
Warning! 15551 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:477 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 449--494 Score: 58
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
439 NNNNAACTTA
449 AAGAAGAAG-AAGAAGAAAAC
1 AAGAAGAAGTAA-AAGAAAAC
*
469 AAGAGAGAAGTAAAAGAAAAG
1 AAGA-AGAAGTAAAAGAAAAC
490 AAGAA
1 AAGAA
495 AAACATTGCT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 4
0.82 0.04 0.14
Matches are distributed among these distances:
20 5 0.22
21 16 0.70
22 2 0.09
ACGTcount: A:0.70, C:0.02, G:0.26, T:0.02
Consensus pattern (20 bp):
AAGAAGAAGTAAAAGAAAAC
Found at i:4402 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 3909--4684 Score: 520
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3899 NNNNNNNNNN
* * *
3909 AAGCTTTATTACTCACTTTAAATTG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTGTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AATTGAATTGTTTT
* * * ** * ** * * *
3973 GCGTTTTTCA-TTAAAACAGACAATATTTGAATGTCTACTTTGAAAACATGAA-AAAAAATTAAT
64 AC-ATTTTCAGTTAAAAAAGATTATAATTG-ATGTCTACTCAGAAAACATGAAGAAAACATCATT
* * * *
4036 CATTGACAAGAAAAGTCCAA-TTATAGTCACCCATGCCTTTTA
127 CATTGACAAGAAAAAT-CAATTTATAATTACCCATGCCTTTGA
* * * * * *
4078 AAGCCTTATTACTTGCTTCAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAGGTTGAATAT-TTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-ATTGAAT-TGTTTT
* * * * * *
4142 ACGTTTTCAGTTAAAAAAACATTATAATTGATGTCTATTTCAGGAAACACGATGCAAAAGC--CA
64 ACATTTTCAGTT-AAAAAAGATTATAATTGATGTCTA-CTCAGAAAACATGAAG-AAAA-CATCA
* * ** *
4205 TCCATTGGCAA-AAAAAGTCAATTTATAATTATACAAGCCTTTGA
125 TTCATTGACAAGAAAAA-TCAATTTATAATTACCCATGCCTTTGA
*
4249 AAGCCTTACTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTACATTGAA-TGTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-ATTGAATTG-TTTT
* * * * *
4313 ACATTGTCAGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTACCTCAAAAAACATGAAGAAAACATGATT
64 ACATTTTCAGTTAAAAAAGATTATAATTGA-TGTCTA-CTCAGAAAACATGAAGAAAACATCATT
*
4378 CATTGACAAGAAAAATCTATTTAT-ATTCACCCATGCCTTCTG-
127 CATTGACAAGAAAAATCAATTTATAATT-ACCCATGCCTT-TGA
* * * *
4420 AAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATCATTTTATAACCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAATTGTTTTA
* * * * * * * *
4485 CATTTT-TGTTTAGAATATATTGTAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGATGTGAAAAC--CA
65 CATTTTCAG-TTAAAAAAGATTATAATTG-ATGTCTAC-TCAGAAAACATGA--AGAAAACATCA
* * * ** * * *
4547 -TCTATTGATAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCCAAGCCTTTGC
125 TTC-ATTGACAAGAAAAATCAATTTATAATTACCCATGCCTTTGA
* * * * ** ** * *
4591 AAGCATTATTGCTCGCTTTAAATGGTTATATAGCCTCGCAATTGATTTCAAGTTGAATCGTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAATTGTTTTA
** ** *
4656 CATTTTTGGTTAAATCATATTATAATTGA
65 CATTTTCAGTTAAAAAAGATTATAATTGA
4685 GTGCTTGCCT
Statistics
Matches: 484, Mismatches: 93, Indels: 59
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.02
169 62 0.13
170 60 0.12
171 332 0.69
172 16 0.03
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTGAATTGTTTTAC
ATTTTCAGTTAAAAAAGATTATAATTGATGTCTACTCAGAAAACATGAAGAAAACATCATTCATT
GACAAGAAAAATCAATTTATAATTACCCATGCCTTTGA
Found at i:4565 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 3909--4773 Score: 799
Period size: 342 Copynumber: 2.5 Consensus size: 340
3899 NNNNNNNNNN
* * *
3909 AAGCTTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAAT-TGTTTT
1 AAGCATTATTACTCGCTTTAAA-TGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AATTGAATGT-TTTT
* * * ** * * * * *
3973 GCGTTTTTCA-TTAAAACAGACAATATTTGAATGTCTA-CTTTGAAAACATGAA-AAAAAATTAA
63 AC-ATTTTCAGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAATGAA
* * *
4035 TCATTGACAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATGCCTTTTAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAA
127 TCATTGACAAGAAAAATCCAATTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAA
** * * * *
4100 AGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAGGTTGAATATTTTTACGTTTTCAGTTAAAAAAACATT
192 ACATTTTATAACCTCACAATTGAATTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTCAGTTAAAAAAACATT
* *
4165 ATAATTGATGTCTATTTCAGGAAACACGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAGTCAATTTA
257 ATAATTGATGTCTACTTCAGGAAACACGATGCAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCAATTTA
* *
4230 TAATTATACAAGCCTTTGA
322 TAATCACACAAGCCTTTGA
* *
4249 AAGCCTTACTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTACATTGAATGTTTTTA
1 AAGCATTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-ATTGAATGTTTTTA
* * * * *
4314 CATTGTCAGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTACCTCAAAAAACATGAAGAAAACATGATTC
64 CATTTTCAGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAATGAATC
* * * * * * *
4379 ATTGACAAGAAAAATCTATTTATATTCACCCATGCCTTCTGAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATC
129 ATTGACAAGAAAAATCCAATTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAAAC
* * * * * * *
4444 ATTTTATAACCTCACAATTGATTTTAAGTTGAAT-TGTTTTACATTTT-TGTTTAGAATATATTG
194 ATTTTATAACCTCACAATTGAATTTAAGTTGAATAT-TTTTACATTTTCAGTTAAAAAAACATTA
* * * * * * *
4507 TAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGATGTGAAAA-CCATCTATTGATAAGAAAAGTCTATTT
258 TAATTG-ATGTCTACTTCAGGAAACACGATG-CAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCAATTT
** * *
4571 ATTGTCACCCAAGCCTTTGC
321 ATAATCACACAAGCCTTTGA
* * ** ** *
4591 AAGCATTATTGCTCGCTTTAAATGGTTATATAGCCTCGCAATTGATTTCAAGTTGAATCG-TTTT
1 AAGCATTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAAT-GTTTTT
** * * * *
4655 ACATTTTTGGTT-AAATCATATTATAATTGAGTGCTTGCCTTAGGAAACATGAAG--AAAA-G--
63 ACATTTTCAGTTAAAAT-AGATTATAATTGAGTGTTTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAATGAA
* ** * * *
4714 GC-TTG-GTAGAAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCTTTATTACTCGCTT
127 TCATTGACAAGAAAAA-TCCAATTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTT
4774 TAAATGGTTT
Statistics
Matches: 425, Mismatches: 86, Indels: 32
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
335 7 0.02
336 41 0.10
337 1 0.00
339 9 0.02
340 78 0.18
341 35 0.08
342 248 0.58
343 6 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
AAGCATTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTGAATGTTTTTACA
TTTTCAGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAATGAATCAT
TGACAAGAAAAATCCAATTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAAACAT
TTTATAACCTCACAATTGAATTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTCAGTTAAAAAAACATTATAA
TTGATGTCTACTTCAGGAAACACGATGCAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCAATTTATAAT
CACACAAGCCTTTGA
Found at i:37007 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 36719--37085 Score: 382
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
36709 TGTTTTGACT
* *
36719 AAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATCAAACTATTTAAAGCCAATAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCCAATAAT
* * *
36783 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGAACTTTTCATCGAAATGAATGCATTTTTGTTCA
66 AAGGATTTTAAAGGAATGGGAGACTATAAATGAACTTTTCATCGAAATGAATGCATTTTTCTTCA
* *
36848 TGTTTCC-CAAGGTAGAC-TTTCAATTATAATCTGTTTTAATG
131 CG-TTCCTCAAGGTAGACATAT-AATTATAATCTGTTTTAATG
* * * *
36889 AAAAATATAAAAAAATTAAACTTAATATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCCAATAAT
********** * * * * *
36954 AAGGATTTTAAANNNNNNNNNNACTATAAATGGACTTTTC-TTGCCAGTGAATGCCTTTTTCTTC
66 AAGGATTTTAAAGGAATGGGAGACTATAAATGAACTTTTCATCG-AAATGAATGCATTTTTCTTC
** ** *
37018 ACGTTCCTTGAGGTAGACATATAATTATTGTCTGTTTTAATT
130 ACGTTCCTCAAGGTAGACATATAATTATAATCTGTTTTAATG
* *
37060 ATAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAA
1 AAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAA
37086 GTCNNNNNNN
Statistics
Matches: 159, Mismatches: 34, Indels: 7
0.80 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 14 0.09
171 143 0.90
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCCAATAAT
AAGGATTTTAAAGGAATGGGAGACTATAAATGAACTTTTCATCGAAATGAATGCATTTTTCTTCA
CGTTCCTCAAGGTAGACATATAATTATAATCTGTTTTAATG
Found at i:38679 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 38378--41455 Score: 2748
Period size: 171 Copynumber: 18.0 Consensus size: 171
38368 NNNNNNNNNN
* * * * *
38378 TTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTATTCATGTTTC
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTC
* * * * * * *
38443 TCAAGGTAAACATTCAATTATTA-TATGTTTTAACT-AAAAATATAAATAAATTAAACTTCAAAT
66 TTAAGGTAGACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * *
38506 CAATTTTCAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCT
129 CAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* *
38549 TTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGCCTTTTTCTTCACGTTTC
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTC
* * * * * * *
38614 TTGAGATATACATTCAATTGTAGTATGTTTTAATGAAAAATGTAAAACAATTGAACTTAAAATCA
66 TTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* ** *
38679 ATTA-GTAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGGT
131 ATTATG-AGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
*** *
38720 TTTGAAGGAAT--GTG----TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATTTTTTTCTTCACATTTC
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTC
* * * * *
38779 TCAATGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCGAAAAA-GTAAAAAAATT-AAGCTTAAAAT
66 TTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTTAAAAT
*
38842 CAATTATGAGATTATAAAA-CTATTGAAAGCGAGTAATAAGGCT
129 CAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * * * ** *
38885 TTTGAAGCAATGAGAGGCTATAAATGGACTTTTCTTTCAAATAAATGTGTTTCTCTAT-ACGTTT
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT-TCACGTTT
* * * * ** * *
38949 -TTCGAGGCA-AGTATTCAATTATAGTCTGTATTAACAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTCAAAA
65 CTT-AAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * *
39011 TAAATTATAAGATTATAAAA-CTATTTGAAGCGAGTAATAAAGCT
128 TCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * *
39055 TTTGAA-GAAAGTTGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGGCC-TTTTCTACACGTT
1 TTTGAAGGAATG-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCCTTTTTCTTCACGTT
* * * * * * *
39118 T-TCTGAGGTA-AGCATTCGATTATAGCCTGTTTTGATGAAAAATATAAAAAAACTCAACTCAAA
64 TCT-TAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * *
39181 ATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACAAGCAATAAGGCT
127 ATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * * * *
39226 TTTGAAGGAATGAGAGGCTATAAATGAACTTTTATT-CTAAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTT
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTT
* * ** * *
39290 AC-CAATGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAATTAAACTTAAAAT
65 -CTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* ** * * * ** * *
39353 CAATTTTGATTTTGTAAAACCAATTAAAGTAAGGAATAAGGAT
129 CAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * *
39396 TTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAAGATTACCTTTTTCTTCACGTTT-
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTC
* * * * * * *
39460 TTCATGGTGGACATACAATTATTA-TCTATTTTAATCAAAACTGTAAAACAATTCAACTTAAAAT
66 TT-AAGGTAGACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * *
39524 CAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCT
129 CAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * ** * * *
39567 TTTGAAGGAATAGGTGATTGCAAATGCG-CTTTTCTT-CTCAATGAATAG--TTTGTTGTGCACA
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GCCTTT-TTCTTCACG
** * * * *
39628 TTTCTCCAGCTAGGCATTCAATTGTAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
62 TTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
*
39693 ATTAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
127 ATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * *
39738 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTAT-TTCATGTTT
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT-TCTTCACGTTT
* * * ** * * *
39802 CTCAAGGAAGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAATATGTAAAAACATTTAACTTAAAATC
65 CTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* *
39867 -ATATATGAGATTATAAAACCATTTAGAGCGAGTAATAAGGCT
130 AAT-TATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * *
39909 TTTGAACGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCATTGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTC
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTC
* * * * *
39974 CTAAGGTATACATTCAATTCTAGTCTGCTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
66 TTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * *
40039 GTTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGAGAGCAATAA-GCTT
131 ATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-T
* * * *
40080 TTTTAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTTTTTTATATC-T
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCTT-CA-CGT
* * ** * **
40143 TTCCTGAGGTAGGGATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAACAATTCTTCTTAAAA
63 TTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* *
40208 TCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGCAATAAGGTTT
128 TCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CT
* * * * * * *
40253 TTTAAATGAATGGG-GACTGTAAATAGACTTTTCTT-CTGAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTT
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTT
* ** * * *
40316 TTTGCGGCA-AGCATTCAATTATTGCCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAAT
65 CTTAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * *
40379 CAACTCTCAGATTGTAAAATCATTTAAAGCGAGCAATAATGCT
129 CAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * *
40422 TTTGAAGGAATGGGTAACTGTAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTACAAGTTT-
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTC
* * * * *
40486 TCAAGGCA-AGCATTCAATTATAG-CTCATTTTAAT-AAAAAGTGTAAAAAAAATGAACTTAAAA
66 TTAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCT-GTTTTAATGAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * *
40548 TCAATTATGAAATTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
128 TCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * * ** *
40592 TTTAAAGAAATAGGAGACTATAAATGGTCTTTTCTT-CCAAATAAATGAGTTTTTCTACACGTTT
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTT
* * * * * **
40656 CCTGAGGCA-AGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAACAATTTGACTTAAAAT
65 CTTAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * *
40720 AAATTTTGAGATTATAAAA-CTATCTAAAGTGACTAATAAGGCT
129 CAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * * * * *
40763 TTTGATGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATAAATACCCTTTTCTTTATGTTTC
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTC
* * * **
40828 TTAATGTATACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
66 TTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* *
40893 GTTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCT
131 ATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * *
40934 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCATACTAATGAATCCCTTTTTCTTCACATTTC
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTC
* * ** * *
40999 TCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATTA
66 TTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
** * * * * *
41064 GGTATGAGATTATAAAACCATGTAAAACGAGTAATAAGCCC
131 ATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * * * * *
41105 TTTAAAGGAATAGGTGACTGTTAATGAACTTTTCTTTCCAATTAATTCCTTTTTCTTCATGTTTC
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTC
** * * * *
41170 TCGAGGTACACATTCAATTGTAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCA
66 TTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * *
41235 ATTAGGAGATTATAAAATCATTTAAAGGGAGTAATAAGGGT
131 ATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
** * * * *
41276 TTTGAAGGAACAGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAACGACTGCTTTTTTCTTCACGTTTC
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTC
** * * ** * *
41341 TTAACATAGACATTCAATTATAATCTACTTTT-ACCAAAAAAGTAAAAAAAAAATTGAACTTAAA
66 TTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCT-GTTTTAATGAAAAATGT---AAAAAAATTCAACTTAAA
* * * *
41405 ATCAATT-TCGAGAGTATAAAATCATTTAATGTGAGTACTAAGGCT
127 ATCAATTAT-GAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
41450 TTTGAA
1 TTTGAA
41456 TTGTTTTAAT
Statistics
Matches: 2382, Mismatches: 446, Indels: 155
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
164 3 0.00
165 128 0.05
166 7 0.00
167 2 0.00
168 7 0.00
169 50 0.02
170 488 0.20
171 1462 0.61
172 160 0.07
173 15 0.01
174 60 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTC
TTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
ATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
Found at i:40501 original size:854 final size:847
Alignment explanation
Indices: 38378--41455 Score: 3167
Period size: 854 Copynumber: 3.6 Consensus size: 847
38368 NNNNNNNNNN
* *
38378 TTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGGCTTTTCTTGC-CAATGAATGCTTTTTTATTCATGTTT
1 TTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGCTTTTTT-TTCATCTTT
* * *
38442 CTCAAGGTAAACATTCAATTATTA-TATGTTTTAACTAAAAATATAAATAAATTAAACTTCAAAT
64 CTCAAGGTAGACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAAC-AAAAATATAAA-AAATTAAACTTAAAAT
* * *
38506 CAATTTTCAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATA
126 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGG-GACTATA
* * * * *
38571 AATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGATATACATTCAATTGTA
190 AATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTACACATTCAATTATA
* * *
38636 GTATGTTTTAATGAAAAATGTAAAACAATTGAACTTAAAATCAATTAGT-AGATTATAAAACCAT
255 GTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATT-GTGAGATTATAAAACCAT
** *
38700 TTAAAAAGAGTAATAAGGGTTTTGAAGG-A-A--TG--TGTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
319 TTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * *
38759 TATTTTTTTCTTCACATTTCTCAATG-TAGACATTCAATTATAAT-TTGTTTTAACCGAAAAAG-
384 TA-CTTTTTCTTCACATTTCTCAA-GCAAGACATTCAATTATAATCTAGTTTTAA-CGAAAAAGT
*
38821 -TAAAAAAATT-AAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTGAAAGCGAGTAATAAGGC
446 ATAAAAAAATTGAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * *
38884 TTTTGAAGCAATGAGAGGCTATAAATGGACTTTTCTTTCAAATAAATGTGTTTCTCTAT-ACGTT
510 TTTTGAAGAAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTC-TTCCAATAAATGTGTTT-T-TTTCACGTT
* * * * *
38948 TTTCGAGGCAAGTATTCAATTATAGTCTGTATTAACAAAAAATATAAAAA-ATTCAACTCAAAAT
572 TCTCGAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAACATTTAACTTAAAAT
* * * * *
39012 AAATTATAAGATTATAAAACTATTT-GAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGAAAGTTGAGACTAT
637 AAATTATGAGATTATAAAACTATTTAG-AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAATG-AGTGACTAT
* * * * * * *
39076 AAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGGCCTTTTCTACACGTTTTCTGAGGTA-AGCATTCGATTA
700 AAATGAACTTTTCTTGCCAATAAAT-GCCTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTATA-CATTCAATTA
* * * * * * *
39140 TAGCCTGTTTTGATGAAAAATATAAAAAAACTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TC
763 TAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACT-
*
39204 ATTTAAA-ACAAGCAATAAGGCT
827 ATTTAAAGA-GAGCAATAA-GCT
* * * * * * *
39226 TTTGAAGGAATGAGAGGCTATAAATGAACTTTTATTCTAAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTA
1 TTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGC-TTTTTTTTCATCTTT-
*
39291 C-CAATGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATCA
64 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATCA
* ** * * ** * ** *
39355 ATTTTGATTTTGTAAAACCAATTAAAGTAAGGAATAAGGATTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAA
128 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATG-GGGACTATAAA
* * * * ** *
39420 TGGACTTTTCTTACCAAAGATTACCTTTTTCTTCACGTTT-TTCATGGTGGACATACAATTATTA
192 TGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGA-GGTACACATTCAATTA-TA
* *
39484 -TCTATTTTAATCAAAACTGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACCATT
255 GTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACCATT
* *
39548 TAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGATTGCAAATGCG-CTTTTCTT-CTCAATGA
320 TAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTGTAAATG-GACTTTTCTTGC-CAATGA
* * * * * * * * *
39611 ATAGTTTGTTGTGCACATTTCTCCAGCTAGGCATTCAATTGTAGTCT-GTTTTAATGAAAAA-TA
383 ATACTTT-TTCTTCACATTTCTCAAGCAAGACATTCAATTATAATCTAGTTTTAACGAAAAAGTA
* *
39674 TAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
447 TAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * *
39739 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTATTTCATGTTTCT
512 TTGAAGAAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATAAATGTGTTTT-TTTCACGTTTCT
* * * * * *
39804 CAAGG-AAGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAATATGTAAAAACATTTAACTTAAAAT-C
575 CGAGGCAAG-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAACATTTAACTTAAAATAA
* *
39867 ATATATGAGATTATAAAACCATTTAGAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAACGAATGGGTGACTATAA
639 AT-TATGAGATTATAAAACTATTTAGAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAATGAGTGACTATAA
* * * *
39932 ATGAACTTTTCTTGCCATTGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTATACATTCAATTCTAG
702 ATGAACTTTTCTTGCCAATAAATGC-CTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTATACATTCAATTATAG
*
39997 TCTGCTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACTATTT
766 TCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACTATTT
40062 AAAGAGAGCAATAAGCTT
831 AAAGAGAGCAATAAGC-T
* * *
40080 TTTTAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTTTTATATCTTT
1 TTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCTTTTTTTT-CATCTTT
* ** * * ***
40145 C-CTGAGGTAGGGATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAACAATTCTTCTTAAAAT
64 CTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAATATAAAA-AATTAAACTTAAAAT
* * ** * *
40209 CAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGCAATAAGGTTTTTTAAATGAATGGGGACTGTA
126 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCCTTTTAAAGGAATGGGGACTATA
* * * * * * *
40274 AATAGACTTTTCTT-CTGAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTTTTGCGGCA-AGCATTCAATTA
190 AATGGACTTTTCTTAC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTACA-CATTCAATTA
* * * * * * * *
40337 TTGCCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAACTCTCAGATTGTAAAATCA
253 TAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACCA
* * * * * *
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318 TTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * *
40466 ATGACTTTTTCTACA-AGTTT-TCAAGGCAAG-CATTCAATTAT-AGCTCA-TTTTAA-TAAAAA
383 AT-ACTTTTTCTTCACA-TTTCTCAA-GCAAGACATTCAATTATAATCT-AGTTTTAACGAAAAA
* * * * *
40525 GTGTAAAAAAAATGAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGG
444 GTATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * * *
40590 CTTTTAAAGAAATAGGAGACTATAAATGGTCTTTTCTTCCAAATAAATGAGTTTTTCTACACGTT
509 CTTTTGAAGAAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCC-AATAAATGTGTTTTT-TTCACGTT
** *
40655 TC-CTGAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATAT-AAAACAATTTGACTTAAA
572 TCTC-GAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAC-ATTTAACTTAAA
* * * * * *
40718 ATAAATTTTGAGATTATAAAACTATCTAAAGTGACTAATAAGGCTTTTGATGGAATGAGTGACTA
635 ATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTAGAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGAATGAGTGACTA
* * * * *
40783 TAAAT-AGACTTTTCTTGCTAATAAATACCCTTTTCTTTATGTTTCTTAATGTATACATTCAATT
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*
40847 ATTGTCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAAC
762 ATAGTCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAAC
* *
40911 TATTTAAAGCGAGTAATAAGCCT
826 TATTTAAAGAGAGCAATAAG-CT
* * * * *
40934 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCATACT-AATGAATCCCTTTTTCTTCA-CATT
1 TTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTC-TTCTCAATGAAT-GCTTTTTTTTCATC-TT
* * * *
40997 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAAT
63 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAATAT-AAAAAATTAAACTTAAAAT
* ** * * * * * *
41062 TAGGTATGAGATTATAAAACCATGTAAAACGAGTAATAAGCCCTTTAAAGGAATAGGTGACTGTT
126 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAAT-GGGGACTATA
* * * * * * *
41127 AATGAACTTTTCTTTCCAATTAATTCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTACACATTCAATTGTA
190 AATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTACACATTCAATTATA
*
41192 GTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAG-GAGATTATAAAATCAT
255 GTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATT-GTGAGATTATAAAACCAT
* * * * * *
41256 TTAAAGGGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAACAGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAACGAC
319 TTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * * * * *
41321 TGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAA-CATAGACATTCAATTATAATCTACTTTTACCAAAAAAGTA
384 TAC-TTTTTCTTCACATTTCTCAAGCA-AGACATTCAATTATAATCTAGTTTTAACGAAAAAGT-
* * * * *
41385 AAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATT-TCGAGAGTATAAAA-TCATTTAATGTGAGTACTAAGG
446 ATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGG
41448 CTTTTGAA
509 CTTTTGAA
41456 TTGTTTTAAT
Statistics
Matches: 1850, Mismatches: 297, Indels: 156
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
846 5 0.00
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Consensus pattern (847 bp):
TTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCTTTTTTTTCATCTTTCT
CAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATCAATT
ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGGACTATAAATGGA
CTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTACACATTCAATTATAGTCTAT
TTTAATGAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGG
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTT
TCTTCACATTTCTCAAGCAAGACATTCAATTATAATCTAGTTTTAACGAAAAAGTATAAAAAAAT
TGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAA
TGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAATAAATGTGTTTTTTTCACGTTTCTCGAGGCAAGCA
TTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAACATTTAACTTAAAATAAATTATGAGATTA
TAAAACTATTTAGAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG
CCAATAAATGCCTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTATACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAA
AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGCAATAAG
CT
Found at i:43614 original size:167 final size:166
Alignment explanation
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Period size: 170 Copynumber: 2.4 Consensus size: 166
43220 NNNNNATGAG
* * * **
43230 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGATTTTTTCCACA-CA
1 GCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGTTTTTTTCTTCATCA
* * * * *
43294 TTTCCTGAAGTAAGAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAACAATCAACTTAAA
66 TTTCC-GAAGTAAGAATTCAATTATA----GTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATAAACTCAAA
*
43359 ACCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAA
126 ACCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAA
* ** ** * *
43400 GGTTTTGAAAAAATTGGTTCCTATAAATAAACTTTTCTTGTCAATGAATGTTTTTTTCTTCATTA
1 GCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGTTTTTTTCTTCATCA
*
43465 TTTTCC-AGGTAA-ACATAT-AATTATA-TTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTAAACTCAAAA
66 -TTTCCGAAGTAAGA-AT-TCAATTATAGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAA-TAAACTCAAAA
* * *
43526 TCATTTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAA
127 CCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGCAATAA
* * * *
43566 TGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCATGCCAATGAATATCTTTTTCTTCAT
1 -GCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGTTTTTTTCTTCAT
43630 GTTNNNNNNN
Statistics
Matches: 191, Mismatches: 32, Indels: 17
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
165 22 0.12
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172 5 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (166 bp):
GCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGTTTTTTTCTTCATCA
TTTCCGAAGTAAGAATTCAATTATAGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATAAACTCAAAACCAA
TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAA
Found at i:46158 original size:172 final size:171
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Indices: 45980--46369 Score: 400
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 171
45970 NNNNNAAAGC
*
45980 GAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTATTAATAAAT-ACTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTATTAATAAATCAC-TT
** * * ** *
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*
46107 AATTCAAATTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAT
128 AA-TCAAATTAAAACT-AATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAAT
* * * * *
46152 GAGTAATGAGGCTATTGAAGGAA-AAAATGACTATAAAT-GAACTTTTCTTATTAATGAATCACT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGA-GACTATAAATAG-ACTTTTCTTATTAATAAATCACT
* * * ** * *
46215 TTTTTCACACGTTTTTCGAAGAAAAAATTTAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATATGAACA
64 TTTTTCACAAGTTTTTCAAAGAAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATATAAAAA
* *
46280 ATCAATTTAAAACTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGT
129 ATCAAATTAAAACTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAAT
* * * ** *
46323 GAGCAATAA-G-TTTTGAAAGAATGGGTTAGTATAAATAGACTTTTCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTT
46370 GCTAATGAAT
Statistics
Matches: 177, Mismatches: 33, Indels: 19
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 26 0.15
170 4 0.02
171 85 0.48
172 60 0.34
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTATTAATAAATCACTTT
TTTCACAAGTTTTTCAAAGAAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATATAAAAAAT
CAAATTAAAACTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAAT
Done.