Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398153.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1456.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 37134
ACGTcount: A:0.28, C:0.12, G:0.11, T:0.29
Warning! 7327 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:613 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4--5045 Score: 2548
Period size: 171 Copynumber: 29.2 Consensus size: 170
1 CAT
* * * *
4 ATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTA
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
** * * * * *
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66 TTTAT-AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
134 TTGATATTAAATTGAATTTTATTACATTGTTCGCTAAAACA-
130 TTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAG
** * * *
175 AACAGCAATTGAATGTTTGGCC-TGACAAACATGAAGAAAAA-CCAATTCATTGGCAAGAAAAGT
1 ATTA-TAATTGAATGTTT-GCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATCC-ATTCATTGGCAAGAAAAGC
* * * * * * *
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* * *
303 AATCGATTTTAAGTTGAACTGTTTTGCATTTTTGGTTAAAACAG
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* * * * * *
347 ATTACAATTGAATGTTCT-CCGTG-GAAACATAAAGAGAGATTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
1 ATTATAATTGAATGTT-TGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
* * * * *
410 ATTTATAGTCACCCAAGGCTTCAAAAGCCTTATTACACTCTTTTAATGGTTTTATAACCGT-AAA
65 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATA
* * **
474 ATTAATTTTAAATTGAATTTTATTACATTTTTGACTAAAACAG
129 ATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * *
517 ATTGTAATTGAATGTTTGGCTTGAGAAACATGAAGAAAAATCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
** * * * *
582 TTTATAGTCGTCCAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
66 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
647 TGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAG
131 TGATTTTAAGTTGA--ATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * **
689 ATTATAATTGAA--TTTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAA-CTCATTCATTGGTAAG-AATGTGC
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATC-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
* * * * *
750 ATTTACAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCTCTGTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
65 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *** *
815 TTGATTTAAAGTTGAATTATTTTAAATTTTTAGTTAACGTAA
130 TTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * *
857 ATTATAATTGATTGTTTGCCTTGA-AAAGCATGTAGGAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCC
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAA-CATGAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
* * *
921 ATTTATAGTCACCCAAGTCTTCAAAAGCCTAATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
65 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * *
986 TTGATTTTAAGTTGAACGTTTTTCTA-TTTTTTGGTCAAAACAA
130 TTGATTTTAAGTTGAA--TTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * * * *
1029 ACTATAATTGAATGTTT-TCATGGGAAACCTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* *
1093 TTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTGTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
66 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* ** * *
1158 TGACTAGAAGTTGATTTATTTTATATTTTTGGTTAACAA-AG
131 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAA-AACAG
* * * * * * * *
1199 ATTATACTTGAAAGTTTACCTCGAGAAGCATGAAGAAAAACCCATTGATTGGCAAGAAAAGTCCA
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* * * * *
1264 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTTCTTTCTTTAAATGGTTTTATATTCTTATAAT
66 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
1329 TGATTTGAAGTTGATTTATTTTAAATTTTTGGTTAACATAG
131 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * *
1370 ATTATACTTGAATGTTTGCCTTGAGAAGCATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAG-AAAGCCCT
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCC-
* * * * *
1434 ATTTATGGGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATGG-TTTATAATCACAAA
65 ATTTAT-AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * ** *
1498 ATTGATATTAAATTGAATTTTATTACATTGTTGACTAAAACAA
129 ATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAG
** * * * *
1541 ATTGCAATTGAATGTTTGGCTTAAGAAACATGAAG-AAAATCTAATTCATTGGTAAGAAAAGCCC
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATC-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
* * * *
1605 ATTTATAGTCACCTAGGCCTTCAAAAGGCTTATTACTCTCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAA
65 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* *
1670 TCGATTTTAAGTTGAAATGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
130 TTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * * ****
1712 ATTACAATTGAATGTTTTCCTT-TGAAACATGAAGAGAGATCCATTCATTGGCAAGAAAAGNNNN
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
****** * * * * * *
1776 NNNNNNGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAATTGGTTTTAGAACCGCAAAAT
66 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
1841 TGATTTTAAATTAAATTTTATTACATTGTTGGCTAAAACAA
131 TGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAG
* ** * * * *
1882 ACTGCAATTGAATGCTTGCCTTCAGAAACATGAAGAAAAA-CTAATTCATTGGCAAGAAAAGCCT
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATC-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
* * *
1946 ATTTATAGTCACCCAGGCCTTCAAAAGCCTTACTACTATCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
65 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
2011 TTGATTGTAAGTTGAATTTTTTATATCTTTGGTTAACATAG
130 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * * * * *
2052 ATTACAATTAAACGTTTTCC-TCAGAAACATGAAGAGAGATCCATTCATTGGCAAGAAAGGCCCA
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* **************
2116 TTTATTGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTNNNNNNNNNNNNNNNN
66 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT--TTTATAATCTCATA
******************************************
2181 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
129 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
******************************************************
2223 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAAAGCCCA
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* * * ** *
2288 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCGTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAGTCTCATAAT
66 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
2353 TGTTTTTAATTTCAGTTTTTGAATATTTTTGGTTAAAACAG
131 TGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAG
* * *
2394 ATTACAATTGAATGGTTT-CCTTGAGAAACATGAATAAAAA-CTCATTCATTGGTAAGAAAAGCC
1 ATTATAATTGAAT-GTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATC-CATTCATTGGCAAGAAAAGCC
* * * *
2457 CATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAACCCTTATTAGTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
64 CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* ** * * *
2522 ATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTGTAGTTTTAGTTAAAATAG
129 ATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * **
2565 ATTATGATTGAACGTTTTCCTTTG-GAAACATGAAGAAAAATAAATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
1 ATTATAATTGAATGTTTGCC-TTGAGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
* * *
2629 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCCCATAA
65 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * ** *
2694 TTGATTTTAAGCTAAATGGTTTTTACATTTTTCATTTAAACAG
130 TTGATTTTAAGTTGAAT--TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * *
2737 ATTATAATTGAATGTTTTCCTCGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCA
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* * *
2802 TTTATAGTCACCTAGGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
66 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* **
2867 TGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAACAG
131 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * * **
2908 ATTACAATTGAATGTTTTCCTTG-GAAACATGAAGAGAGATCCATTCATTGACAAGAAAAATCCA
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* * * * *
2972 TTTATAGTGATCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATAGTTTTATAATCGT-AAAA
66 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAA
* * *
3036 TTGATTTTAAATTGAATTTTATTACATTGTT-GCTAAAACAG
130 TTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * * * *
3077 ACTGTAATTGAATGTTTGGCATGAGAAACGTGAAGAAAAA-CTAATTCATTGACAAGAAAAGCCC
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATC-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
* * * *
3141 ATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATGATTTTATAATCTCATAA
65 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
3206 TTGATTTTAAGTTCAGTGTTTTTATATTTTTGATTGAAACA-
130 TTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * ************
3247 ACTTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 A-TTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATCCATT------CATTGGCAAGAA
*****************************************************************
3312 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
59 AAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATC
***************** * * * * ** * **
3377 NNNNNNNNNNNNNNNNNTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
124 TCATAATTGATTTTAAGT-TGAAT-TTTTTACA---TTTT-TGGT-T-AAAACAG
*** ** * ** ** * *
3432 ATT-TAAAGTTGATTTAT-TTATATTTTTG-GTTAACACA-GATTATACTTGAATGT--TTGCCT
1 ATTAT-AA-TTGA---ATGTT-T-GCCTTGAG--AA-ACATGAAGAAAAATCCAT-TCATTGGCA
* * ** * *** * *** * * *
3491 CGAGAAG--CATGAAGAAAAACCCATTAATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
55 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC---AA--GCCTTCAAAAG-CC--TTAT--T-ACTC--TCTT
* ** * * * * * ** *
3554 TAAA-AGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTT-A--T-AATCTCATA-ATTGATTTGAAGTTGA
107 TAAATGGTTTTA-TAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATT--TTTG--GTTAA
*** *
3613 TTTAT
166 AACAG
* * ** ** * * * * ***** * **
3618 TTTATATTTTTA-GTTAACACAT-ATTATACTTGAATGTTTGCCTCGAGAAGCA-T-G-AAGAAA
1 ATTATAATTGAATGTTTGC-CTTGA-GAAACATGAA-G-AAAAATC--CATTCATTGGCAAGAAA
* ** **
3678 AACCCATTTATTGACAAGAAAAGCCCACTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCT
60 AGCCCATTTA-T----AG-TCA--CC-C--A-AG----CC--TTC---AAAAGCCTTATTACTCT
* * * * ** * *
3743 CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGACTTGAAGGTGTTTTATTTTACATTTTTAGTTAACA
104 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAA
*
3808 TAG
168 CAG
* * * * * *
3811 ATTATACTTGAATGTTTGCCTCGAGAAGCATGAAGGAAAACCCTTTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* * * * *
3876 TTTATGAGTCATCCAAGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATGGTTTTATAATCGCAAAA
66 TTTAT-AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * *
3941 TTGATATTGAA-TTGAATTTTATTACATTGTTT-GCTAAAACAA
130 TTGAT-TTTAAGTTGAATTTT-TTACATT-TTTGGTTAAAACAG
** * * *
3983 ATTGCAATTGAATGTTTGGCATGAGAAACATGAAGAAAAA-CCAATTCATTGGCAAGAAAAGCTC
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATCC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
*
4047 ATTTATAGTCACCCAGGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
65 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
*
4112 TCGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
130 TTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * * *
4154 ATTACAATTCAATGTTTTCCTTG-GAAACATCAAGAGAGATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* * * * *
4218 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCTCTTCAAATGGTTTTATAACCGT-AAAA
66 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAA
* ** * * * * * *
4282 TTAATTCAAAATTGAATTTTATTATATTGTTAGCTAAAACGG
130 TTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * * * *
4324 ATTGTAATTGAACGTTTGGCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA-CCAATTTATTGGCTAGAAAAGCCC
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATCC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
* * * * * * *
4388 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGTCGTAATGCTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAA
65 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
4453 TTAATTTTAAGTTCAGTTTTTGTATATTTTTAGTTGAAACAG
130 TTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAG
* * *
4495 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAACAACCCATTCATTGGCAAGAAAAACCCA
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* * * *
4560 TTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAA-CTGTTATTAGTCTCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAA
66 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGC-CTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * *
4624 TTGATTTTAAGTTGAATTGCTTTATATTTTTAGTTAAAACAG
130 TTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * ** * *
4666 ATTATAATTGAATATTTTCGTTTCGAAACATGAAGAAAAA-CACATTCATTGGCAAGAACAGCTC
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATC-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
* * *
4730 ATTTATAGTCACGCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
65 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
4794 ATTGATTTTAAGTTCAGTTTTTGTATATTTTTGGTTGAAACAG
129 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAG
* * *
4837 ATTATAATTGAATGTGTGCCTTGAGAAACATGAAG-AAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCA
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
** * * * * *
4901 TTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGTCGTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAAT
66 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * *
4966 TGATTTTAAGTTCAGTTTTTGTATATTTTTGGTTGAAACAG
131 TGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAG
5007 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAA
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAA
5046 GCCCATTTAT
Statistics
Matches: 3589, Mismatches: 1103, Indels: 358
0.71 0.22 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 28 0.01
169 206 0.06
170 969 0.27
171 1654 0.46
172 496 0.14
173 19 0.01
175 1 0.00
177 3 0.00
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180 3 0.00
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189 9 0.00
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196 3 0.00
197 7 0.00
199 2 0.00
200 5 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
Found at i:3075 original size:683 final size:679
Alignment explanation
Indices: 4--5132 Score: 3452
Period size: 683 Copynumber: 7.5 Consensus size: 679
1 CAT
* *
4 ATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTA
1 ATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
** * * * * *
69 TTTATAAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGCCTTCTTACTCTCTTTAAATTGTTTTATAACCGCAAAA
66 TTTAT-AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *** ** *
134 TTGATATTAAATTGAATTTTATTACATTGTTCGCTAAAACA-AACAGCAATTGAATGTTTGGCC-
130 TTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTATATTTTTTATTAAAACAGATTA-TAATTGAATGTTT-GCCT
* * * * * * *
197 TGACAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTAATAGTCACCTAGGCATTC
192 TG-GAAACATGAAGAAAAACC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
* * * *
262 AAAAGCCTTATTGCTCTCTTTAAATGGTTATATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAACTGTTT
255 AAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
* * * * * * *
327 TGCATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTTCTCCGTG-GAAACATAAAGAGAGATTCAT
319 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT-TCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTCAT
* * *
391 TCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGGCTTCAAAAGCCTTATTACACTCTTTTAA
383 TCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
* * * * * *
456 TGGTTTTATAACCGT-AAAATTAATTTTAAATTGAATTTTATTACATTTTTGACTAAAACAGATT
448 TGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATT
* * *
520 GTAATTGAATGTTTGGCTTGAGAAACATGAAGAAAAATCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTT
511 ATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTT
** * * *
585 ATAGTCGTCCAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
576 ATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* ** * * *
650 TTTTAAGTTGAGTTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAG
641 TTTTAAGTTGAATGGTTTTTACATTTTTGGTTTAAACAG
* * * * * **
689 ATTATAATTGAA--TTTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAACTCATTCATTGGTAAG-AATGTGCA
1 ATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* * * * *
751 TTTACAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCTCTGTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
66 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * *** * *
816 TGATTTAAAGTTGAATTATTTTA-AATTTTTAGTTAACGTAAATTATAATTGATTGTTTGCCTTG
131 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTG
* * * * *
880 AAAAGCATGTAGGAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTCAA
194 GAAA-CATG-AAGAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* *
945 AAGCCTAATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACGTTTTTC
257 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTT-
* * * * * * * * *
1010 TA-TTTTTTGGTCAAAACAAACTATAATTGAATGTTTTCATGGGAAACCTAAAGAAAAAGC-CAT
319 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-CTCAT
* *
1073 TCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTGTCTTTAAA
383 TCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
* ** *
1138 TGGTTTTATAATCTCATAATTGACTAGAAGTTG-ATTTATTTTATATTTTTGGTTAACAA-AGAT
448 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTT-GTTAA-AACAGAT
* * * * * * * *
1201 TATACTTGAAAGTTTACCTCGAGAAGCATGAAGAAAAACCCATTGATTGGCAAGAAAAGTCCATT
510 TATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATT
* * ** * *
1266 TATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTTCTTTCTTTAAATGGTTTTATATTCTTATAATTG
575 TATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * *
1331 ATTTGAAGTTG-AT-TTATTTTAAATTTTTGG-TTAACATAG
640 ATTTTAAGTTGAATGGT-TTTTACATTTTTGGTTTAA-ACAG
* * * *
1370 ATTATACTTGAATGTTTGCCTTGAGAAGCATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAG-AAAGCCCT
1 ATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCC-
* * * * *
1434 ATTTATGGGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATGG-TTTATAATCACAAA
65 ATTTAT-AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * ** *
1498 ATTGATATTAAATTGAATTTTATTACATTGTTGACTAAAACAAATTGCAATTGAATGTTTGGCTT
129 ATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
* * * * * *
1563 AAGAAACATGAAGAAAATCTAATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAGGCCTTCA
193 -GGAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA
* * * *
1628 AAAGGCTTATTACTCTCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAAATGTTTT
256 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTT
* * * *
1693 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTTTTCCTT-TGAAACATGAAGAGAGA-TCCAT
320 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACT-CAT
********** * *
1756 TCATTGGCAAGAAAAGNNNNNNNNNNGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAT
383 TCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
* * * * * * * * * * * *
1821 TGGTTTTAGAACCGCAAAATTGATTTTAAATTAAATTTTATTACATTGTTGGCTAAAACAAACTG
448 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTGTTAAAACAGATTA
* * * * *
1886 CAATTGAATGCTTGCCTTCAGAAACATGAAGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTA
512 TAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTA
* *
1951 TAGTCACCCAGGCCTTCAAAAGCCTTACTACT-ATCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
577 TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * *
2015 TTGTAAGTTGAAT--TTTTTATATCTTTGG-TTAACATAG
641 TTTTAAGTTGAATGGTTTTTACATTTTTGGTTTAA-ACAG
* * * * * * * *
2052 ATTACAATTAAACGTTTTCC-TCAGAAACATGAAGAGAGATCCATTCATTGGCAAGAAAGGCCCA
1 ATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* ************
2116 TTTATTGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTNNNNNNNNNNNNNNNN
66 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT----TTTATAATCTCA
*****************************************************************
2181 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
127 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
******************************* *
2246 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGA
192 TGGAAACATGAAGAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* * ** * * * * * *
2311 AAGCCGTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAGTCTCATAATTGTTTTTAATTTCAGTTTTTGAA
257 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TA
* * *
2376 TATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATGGTTTCCTTGAGAAACATGAATAAAAACTCATTC
321 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT-GTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTC
* * * * *
2441 ATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAACCCTTATTAGTCCCTTTAAATG
385 ATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATG
* * * *
2506 GTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTGTA-GTTTTAGTTAAAATAGATTAT
450 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT-TACATTTTTGTTAAAACAGATTAT
* * * **
2570 GATTGAACGTTTTCCTTTG-GAAACATGAAGAAAAATAAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTA
513 AATTGAATGTTTGCC-TTGAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTA
* *
2634 TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCCCATAATTGAT
577 TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * **
2699 TTTAAGCTAAATGGTTTTTACATTTTTCATTTAAACAG
642 TTTAAGTTGAATGGTTTTTACATTTTTGGTTTAAACAG
* *
2737 ATTATAATTGAATGTTTTCCTCGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCA
1 ATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* * *
2802 TTTATAGTCACCTAGGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
66 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* *
2867 TGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTACAATTGAATGTTTTCCTTGG
131 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGG
* * * ** * *
2932 AAACATGAAGAGAGATCCATTCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTGATCCAAGCCTTCAAAA
195 AAACATGAAGA-AAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
* * * *
2997 GCCTTATTACTCTTTTTAAATAGTTTTATAATCGT-AAAATTGATTTTAAATTGAATTTTATTAC
259 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTAC
* * * * * * * *
3061 ATTGTT-GCTAAAACAGACTGTAATTGAATGTTTGGCATGAGAAACGTGAAGAAAAACTAATTCA
322 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCA
* * * * *
3125 TTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATGA
386 TTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGG
* * * * *
3190 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAGTGTTTTTATATTTTTGATTGAAACA-ACTTATA
451 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGA-TTATA
* *
3254 ATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
514 ATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCAATT-------------------------
************************************************************
3319 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
554 -----CATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
********** * * ** * *
3384 NNNNNNNNNNTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGATTTAT
614 TAAATGGTTTTA-TAATCTC-AT-AA---TTGA-T--T-T--TAA--G--TTGAA--TG-GTT-T
*
3449 TTATATTTTTGG-TTAACACAG
659 TTACATTTTTGGTTTAA-ACAG
* * * * *
3470 ATTATACTTGAATGTTTGCCTCGAGAAGCATGAAGAAAAACCCATTAATTGGCAAGAAAAGCCCA
1 ATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
3535 TTTATAGTCACCCAAGCCTT-AAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
66 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
3599 TGATTTGAAGTTGATTTATTTTATA-TTTTTAGTTAACACATATTATACTTGAATGTTTGCCTCG
131 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTG
* * * * *
3663 AGAAGCATGAAGAAAAACCCATTTATTGACAAGAAAAGCCCACTTATAGTCACCCAAGCCTTTAA
194 -GAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* * * * **
3728 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGACTTGAAGGTGTTTTATTTTA
257 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTA
* * * * * * * * *
3793 CATTTTTAGTTAACATAGATTATACTTGAATGTTTGCCTCGAGAAGCATGAAGGAAAACCCTTTC
321 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTC
* * *
3858 ATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATGAGTCATCCAAGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAAT
385 ATTGGCAAGAAAAGCCCATTTAT-AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAT
* * * * * * *
3923 GGTTTTATAATCGCAAAATTGATATTGAA-TTGAATTTTATTACATTGTTTGCTAAAACAAATTG
449 GGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTGTTAAAACAGATTA
* * * *
3987 CAATTGAATGTTTGGCATGAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTA
512 TAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTA
* * *
4052 TAGTCACCCAGGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGAT
577 TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* *
4117 TTTAAGTTGAATTG-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
642 TTTAAGTTGAATGGTTTTTACATTTTTGGTTTAAACAG
* * * * * *
4154 ATTACAATTCAATGTTTTCCTTG-GAAACATCAAGAGAGATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
1 ATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* * * * *
4218 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCTCTTCAAATGGTTTTATAACCGT-AAAA
66 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAA
* ** * * * * * * *
4282 TTAATTCAAAATTGAATTTTATTATA-TTGTTAGCTAAAACGGATTGTAATTGAACGTTTGGCTT
130 TTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
* * * *
4346 AAGAAACGTGAAGAAAAACCAATTTATTGGCTAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA
193 -GGAAACATGAAGAAAAACC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA
* * * * * * * * * *
4411 AAAGTCGTAATGCTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTCAGTTTTTGT
256 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-T
* * * * *
4476 ATATTTTTAGTTGAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAACAACCCATT
320 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTCATT
* * * *
4541 CATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAA-CTGTTATTAGTCTCTTTAAA
384 CATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGC-CTTATTACTCTCTTTAAA
* ** *
4605 TTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGCTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTA
448 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTA
* * * ** * *
4670 TAATTGAATATTTTCGTTTCGAAACATGAAGAAAAA-CACATTCATTGGCAAGAACAGCTCATTT
512 TAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCA-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTT
* * ** *
4734 ATAGTCACGCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA
576 ATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * *
4799 TTTTAAGTT-CA-GTTTTTGTATATTTTTGGTTGAAACAG
641 TTTTAAGTTGAATGGTTTT-TACATTTTTGGTTTAAACAG
* * *
4837 ATTATAATTGAATGTGTGCCTTGAGAAACATGAAG-AAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCA
1 ATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
** * * * * *
4901 TTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGTCGTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAAT
66 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * ** *
4966 TGATTTTAAGTTCAGTTTTTGTATATTTTTGGTTGAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-T--
131 TGATTTTAAGTTGAATTTTT-TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGG
*
5028 -----TG-AG---AA--A--CA-T-G-AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAA-
195 AAACATGAAGAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
* *
5076 CTCTTATTAGTCTCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
260 C-CTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
5133 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3332, Mismatches: 972, Indels: 303
0.72 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
662 79 0.02
663 1 0.00
664 1 0.00
665 1 0.00
667 1 0.00
670 2 0.00
673 2 0.00
674 2 0.00
680 55 0.02
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689 4 0.00
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693 3 0.00
695 1 0.00
696 1 0.00
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699 1 0.00
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705 2 0.00
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715 1 0.00
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723 1 0.00
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735 112 0.03
736 9 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (679 bp):
ATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGA
AACATGAAGAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGC
CTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTT
TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGC
AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
GTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
AATGGTTTTTACATTTTTGGTTTAAACAG
Found at i:5589 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 5233--5869 Score: 659
Period size: 171 Copynumber: 3.7 Consensus size: 168
5223 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
5233 TAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTACAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTCAGTT-TTTTATA-TTTTTAGTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * ** *
5298 TGTTTTCCTTG-GAAACATAAAGAGAGATCCGTTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACC
64 TGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGA-AAAACAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACC
* * * *
5362 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCTCTTCAAATGGTTGTA
128 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTA
* * * * * * *
5403 TAATCGT-AAAATTGATTCTAAATTGAGTTTTATTACATTGTTAGCTAAAATAGACTGTAATTGA
1 TAATC-TCATAATTGATTTTAAATTCAGTTTT-TTATATTTTTAG-TAAAACAGACTATAATTGA
* * * * **
5467 AAGTTTGGCTTGAGAAACGTGAAGAAAAACTAATTCATTTGCATTAAAAGCCCATTTATAGTCAC
63 ATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAC-AATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC
* * * * *
5532 CCAAGCCTTCGAAAGTCGTATTACTCGCTTTAAATGATTTTG
127 CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTA
* * *
5574 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTCAGTTTTTGTATATTTTTGGTTGAAACAGATTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTCAGTTTTT-TATATTTTTAG-TAAAACAGACTATAATTGAA
* * *
5639 TGCTTGCCTTGAGAAACATGAAGAGAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACC
64 TGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGA-AAAACAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACC
* * * *
5704 TAAGCCTTCAAAACCCTTATTAGTCTCTTTAAATTATTTTA
128 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTA
* * * *
5745 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTGCTTTATATTTTTAGTCAAAACAGACTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTCAGTT-TTTTATATTTTTAGT-AAAACAGACTATAATTGAA
*
5810 TGTTTTCCTATG-GAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG
64 TGTTTGCCT-TGAGAAACATGAAGAAAAACA-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG
5870 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 382, Mismatches: 73, Indels: 23
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.02
170 61 0.16
171 306 0.80
172 8 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
TAATCTCATAATTGATTTTAAATTCAGTTTTTTATATTTTTAGTAAAACAGACTATAATTGAATG
TTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAA
GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTA
Found at i:5860 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 5233--5869 Score: 809
Period size: 342 Copynumber: 1.9 Consensus size: 341
5223 NNNNNNNNNN
* * *
5233 TAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTACAATTGAA
1 TAATCTCATAATCGATTTTAAATTCAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTACAATTGAA
* * * * *
5298 TGTTTTCCTTGGAAACATAAAGAGAGATCCGTTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
66 TGCTTGCCTTGGAAACATAAAGAGAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
* * *
5363 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCTCTTCAAATGGTTGTATAATCGTAAAATTGATTCTAAATTG
131 AAGCCTTCAAAACCCTTATTAGTCTCTTCAAATGATTGTATAATCGTAAAATTGATTCTAAATTG
* * * * * *
5428 AGTTTTATTACATTGTTAGCTAAAATAGACTGTAATTGAAAGTTTGGCTTGAGAAACGTGAAGAA
196 AATTCTATTACATTGTTAGCTAAAACAGACTATAATTGAAAGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAA
* **
5493 AAACTAATTCATTTGCATTAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTCGTATTACTC
261 AAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTCGTATTACTC
5558 GCTTTAAATGATTTTG
326 GCTTTAAATGATTTTG
* * * * * *
5574 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTCAGTT-TTTGTATATTTTTGGTTGAAACAGATTATAATTGA
1 TAATCTCATAATCGATTTTAAATTCAATTGTTT-TACATTTTTGATTAAAACAGATTACAATTGA
* *
5638 ATGCTTGCCTTGAGAAACATGAAGAGAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC
65 ATGCTTGCCTTG-GAAACATAAAGAGAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC
* * * * * * *
5703 CTAAGCCTTCAAAACCCTTATTAGTCTCTTTAAATTATTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAG
129 CCAAGCCTTCAAAACCCTTATTAGTCTCTTCAAATGATTGTATAATCGT-AAAATTGATTCTAAA
* * * * *
5767 TTTAATTGCT-TTATATTTTTAG-TCAAAACAGACTATAATTGAATGTTTTCCTATG-GAAACAT
193 TTGAATT-CTATTACATTGTTAGCT-AAAACAGACTATAATTGAAAGTTTGCCT-TGAGAAACAT
5829 GAAGAAAAAC-ACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG
255 GAAGAAAAACTA-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG
5870 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 40, Indels: 13
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 3 0.01
341 64 0.26
342 179 0.72
343 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
TAATCTCATAATCGATTTTAAATTCAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTACAATTGAA
TGCTTGCCTTGGAAACATAAAGAGAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
AAGCCTTCAAAACCCTTATTAGTCTCTTCAAATGATTGTATAATCGTAAAATTGATTCTAAATTG
AATTCTATTACATTGTTAGCTAAAACAGACTATAATTGAAAGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAA
AAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTCGTATTACTC
GCTTTAAATGATTTTG
Found at i:6404 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6093--6428 Score: 391
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
6083 GAAGAAAAAC
* * * *
6093 CCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAGGCTTTCAAAAGGCTTATTACTCTCTT
1 CCATTCATTAGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGGCTTATTACTCTATT
* * ** * * *
6158 TAAATGGTTTCATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGTATTACTTTACATTTTTAGTCAAAACAG
66 TAAATGGTTTCATAACCTCAAAACTGATTTTAAGTTAAATTACTTTACATGTTAACTCAAAACAG
* *
6223 ATTAGAATTGAATGTTTTCCTT-GGAAACATGAAGAGAGAT
131 ACTAGAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAGAGAT
6263 CCATTCATTAGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACAC-AAGCCTTC-AAAGGCCTTATTACTCTA
1 CCATTCATTAGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-CTAAGCCTTCAAAAGG-CTTATTACTCTA
* * *
6326 TTTAAATGGTTTTATAACCGT-AAAATTGATTTTGAA-TTAAATT-TTATTACATCGTTAACT-A
64 TTTAAATGGTTTCATAACC-TCAAAACTGATTTT-AAGTTAAATTACT-TTACAT-GTTAACTCA
* *
6387 AAATAGACT-GTAATTGAATGTTTGGCTTGGGAAACATGAAGA
125 AAACAGACTAG-AATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGA
6429 AAAACCAACT
Statistics
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0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.05
170 112 0.80
171 21 0.15
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
CCATTCATTAGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGGCTTATTACTCTATT
TAAATGGTTTCATAACCTCAAAACTGATTTTAAGTTAAATTACTTTACATGTTAACTCAAAACAG
ACTAGAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAGAGAT
Found at i:7983 original size:171 final size:161
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
7658 NTAATCTCAT
* * * * *
7668 AATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTGCATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTTTTCCT
1 AATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGACTACAATTGAATGTTTGCCT
* * * * * *
7733 TGGGAAACATAAAGAAAAGTCTATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATCGTCACCCAAGCCTTC
66 TGGAAAACATAAAGAAAAGCCAATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
*
7798 AAAAACCTTATTACTCTCTTTAGATGGTTNNNNNNNNNNAA
131 AAAAACCATATTACTCTCTTTAGATGGTT----------AA
* ** *
7839 AATTGATTTTAAATTGAATT-TTATTATATTTTTGGCTAAAACAGACTGTAATTGAATGTTTGGC
1 AATTGATTTTAAATTGAATTGTT-TTACATTTTTGGCTAAAACAGACTACAATTGAATGTTTGCC
* *
7903 TTGGAAAACATGAAA-AACTA-CCAATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCATCCAAGCC
65 TTGGAAAACAT-AAAGAA-AAGCCAATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCC
* **
7966 TTCGAAAGTCATATTACTC
128 TTCAAAAACCATATTACTC
7985 GCCTTAAATG
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 21, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
170 2 0.02
171 116 0.95
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ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (161 bp):
AATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGACTACAATTGAATGTTTGCCT
TGGAAAACATAAAGAAAAGCCAATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
AAAAACCATATTACTCTCTTTAGATGGTTAA
Found at i:8064 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 7877--8195 Score: 308
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
7867 TTTTTGGCTA
* * * *
7877 AAACAGACTGTAATTGAATGTTTGGCTTG-GAAAACATG-A-AAAACTACCAATTCATTGGCAAG
1 AAACAGACTATAATTGAATGTTTGCCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAT-CC-ATTCATTGCCAAG
* *
7939 AAAAACCCATTTATAGTCATCC-AAGCCTTCGAAA-GTCATATTACTCGCCTTAAAT-GATTTTA
63 AAAAACCCATTTATAGTCA-CCTAAGCCTTC-AAATCTCATATCACTCGCCTTAAATAG-TTTTA
*
8001 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAGTTTTTGTANNNNNNNNNNTG
125 TAATCTCATAATTCATTTTAAGTTCAGTTTTTGTA----------TG
* *
8048 AAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGCCAAGAAA
1 AAACAGACTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGCCAAGAAA
* * * * * * *
8113 AGCTCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAATCTCTTATCAGTCTCTTTAAGTAGTTTTATAATCT
66 AACCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAATCTCATATCACTCGCCTTAAATAGTTTTATAATCT
8178 CATAATTCATTTTAAGTT
131 CATAATTCATTTTAAGTT
8196 GAATTGTTTT
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 16, Indels: 12
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.04
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ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (161 bp):
AAACAGACTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGCCAAGAAA
AACCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAATCTCATATCACTCGCCTTAAATAGTTTTATAATCT
CATAATTCATTTTAAGTTCAGTTTTTGTATG
Found at i:9435 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9150--10369 Score: 1551
Period size: 171 Copynumber: 7.2 Consensus size: 171
9140 NNNNNNNNNN
* * *
9150 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATCTTTTCCTTGG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGG
* * * *
9215 GAAACATGAACAGAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAA
66 GAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAA
*
9280 AGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAAT
131 AGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
9321 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATCGAATGTTTACCTTGG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGG
* * *
9386 GAAACATAAAGAAAAACCCATTCACTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAA
66 GAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAA
9451 AGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
131 AGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
9492 TGATTTTAAGTTGAATTTATTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTTTTCCTTAG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGG
* * * * * *
9557 GAAACATGAAGAGAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCTAAGCTTTCGAA
66 GAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAA
9622 AGCCTTATTACTCGT-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
131 AGCCTTATTACTC-TCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
9663 TGATTTTAGGTT-AAGTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA--TTTACCTTG
1 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG
** * * * ** *
9725 ACAAATATGAAGAAAAACCCATTCATTGG-TAGGAAAGTGCGTTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
65 GGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* * * *
9789 AAGCCTTACTACTCTCTGTAAATAGTTTTATAATGTCATAAT
130 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * ** * * * * *
9831 TGATTTGAAGTTGAATTATTTTATGTTTTTAGTTAATACAGATTATAATTGATTGTTTGCCTTGA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGG
* * * * *
9896 GAAGCATGTAGGAAAACCCATTCATTGGCAAGATAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAA
66 GAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAA
* * * *
9961 AGTCTAATTACACTCTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAAT
131 AGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
** * * * *
10002 TGATTTTAAGTTGAACGTTTTT-CAATTTTTGGTCAAAACAGACTATAATTGAATGTTT-TCATG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG
* * * * *
10065 GGAAACCTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGA
65 GGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* *
10130 AAGACTTTTTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
130 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
10172 TGATTTGAAGTTG-ATTTATTTTATATTTTTGGTTAACACAGATTATACTTGAATGTTTGCCTCG
1 TGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG
* * * * *
10236 AGAAGCATGAAGAAAAACCCATTTATTGGCAAGGAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
65 GGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* *
10301 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATTGTTTTATAA-CTGCAAAAT
130 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAAT
*
10343 AT-ATTTTAAGTTGAATTTTATTACATT
1 -TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
10370 GTTGNNNNNN
Statistics
Matches: 891, Mismatches: 144, Indels: 28
0.84 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 103 0.12
169 35 0.04
170 176 0.20
171 570 0.64
172 6 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGG
GAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
Found at i:9805 original size:510 final size:508
Alignment explanation
Indices: 9150--10369 Score: 1617
Period size: 510 Copynumber: 2.4 Consensus size: 508
9140 NNNNNNNNNN
* * * *
9150 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATCTTTTCCTTGG
1 TGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT-TTTACCTTGA
* * * *
9215 GAAACATGAACAGAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAA
64 GAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGGAAAG-TCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAA
* *
9280 AGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
128 AGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* *
9345 ATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATCGAATGTTTACCTTGGGAAACATAAAGAAAAACCCATTCA
193 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATCGAATGTTTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAACCCATTCA
* *
9410 CTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGG
258 CTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTACACTCTTTAAATGG
* * * *
9475 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTATTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTACA
323 TTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTT-TTCA-ATTTTTGGTCAAAACAGACTACA
* * * * * *
9539 ATTGAATGTTTTCCTTAGGAAACATGAAGAGAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATA
386 ATTGAATGTTTT-CATAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAAAAAAGCCCATTTATA
* * *
9604 GTCACCTAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGT-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
450 GTCACCCAAGCCTTCGAAAGACTTATTACTC-TCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
9663 TGATTTTAGGTTAAGTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA-TTTACCTTGAC
1 TGATTTTAAGTTAA-TTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATTTTACCTTGAG
* * *
9727 AAATATGAAGAAAAACCCATTCATTGG-TAGGAAAGTGCGTTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
65 AAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGGAAAGT-CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
* * * * * **
9791 GCCTTACTACTCTCTGTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTATG
129 GCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * * ** * *
9856 TTTTTAGTTAATACAGATTATAATTGATTGTTTGCCTTGAGAAGCATGTAGGAAAACCCATTCAT
194 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATCGAATGTTTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAACCCATTCAC
* * * *
9921 TGGCAAGATAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGTCTAATTACACTCTTTAAATGGT
259 TAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTACACTCTTTAAATGGT
*
9986 TTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACGTTTTTCAATTTTTGGTCAAAACAGACTATAAT
324 TTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAC-TTTTTCAATTTTTGGTCAAAACAGACTACAAT
* *
10051 TGAATGTTTTCATGGGAAACCTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAAAAAAGCCCATTTATAGTC
388 TGAATGTTTTCATAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAAAAAAGCCCATTTATAGTC
*
10116 ACCCAAGCCTTCGAAAGACTTTTTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
453 ACCCAAGCCTTCGAAAGACTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
10172 TGATTTGAAGTTGATTTATTTTAT-ATTTTTGGTTAACACAGATTATACTTGAATGTTTGCCTCG
1 TGATTTTAAGTTAATTT-TTTT-TCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT-TTTACCTTG
* * * *
10236 AGAAGCATGAAGAAAAACCCATTTATTGGCAAGGAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
63 AGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGGAAAG-TCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* * *
10301 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATTGTTTTATAA-CTGCAAAATAT-ATTTTAAGTTGAATTTTAT
127 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCT-CATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTT
10364 TACATT
190 TACATT
10370 GTTGNNNNNN
Statistics
Matches: 611, Mismatches: 83, Indels: 27
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
508 4 0.01
509 139 0.23
510 264 0.43
511 67 0.11
512 90 0.15
513 47 0.08
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (508 bp):
TGATTTTAAGTTAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATTTTACCTTGAGA
AACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGGAAAGTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGC
CTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
TTTAGTTAAAACAGATTATAATCGAATGTTTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAACCCATTCACTA
GCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTACACTCTTTAAATGGTTT
GATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTCAATTTTTGGTCAAAACAGACTACAATTGA
ATGTTTTCATAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAAAAAAGCCCATTTATAGTCACC
CAAGCCTTCGAAAGACTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
Found at i:11107 original size:340 final size:341
Alignment explanation
Indices: 10477--11880 Score: 1780
Period size: 340 Copynumber: 4.1 Consensus size: 341
10467 NNNNNNNTGG
* * * * * *
10477 GATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGATTATAAATGGGTTT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCCTGGGTGACTATAAATGGGCTT
* * *
10542 TTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCAGGTTTCTCAAGCTAAACGTTCAATTAGAGTCTGTTTT
66 TTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCAGGTTTCTCAAGCCAAACATTCAATTACAGTCTGTTTT
* * *
10607 AGCTAACAATGTAATAAAATTCAATTTAGAATCAATTTTACGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAG
131 AGCCAACAATGTAATAAAATTCAATTTAAAATCAATTTTGCGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAG
* * * * * *
10672 TAGTAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATTGCCCTTTCTTGTCAATGAATGGATCTCTC
196 TAATAAGACTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGATCTCTC
* * * * *
10737 TTCATGTTTCCTAGGAAAACATTTAATTGTAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AATTCAAC
261 TTCATGTTTCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAATAATTCAAC
10801 TTAAAATCAATTATGA
326 TTAAAATCAATTATGA
*
10817 GATTATAAAGCCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCCTGGGTGACTATAAATGGGCTT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCCTGGGTGACTATAAATGGGCTT
* * * * * *
10882 CTCTTGCTAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCCAAACATTTAATTGCAGTTTGTTTT
66 TTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCAGGTTTCTCAAGCCAAACATTCAATTACAGTCTGTTTT
* *
10947 AGCCAACAATGTAATAAAATTCAATTTAAAATCAATTTTGCGGTTATAAAACCAATTGAAGAGAG
131 AGCCAACAATGTAATAAAATTCAATTTAAAATCAATTTTGCGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAG
*
11012 TAATAAGACTTTTGAAGGCTTGGGTGACTCTAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGATCTCTC
196 TAATAAGACTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGATCTCTC
* *
11077 TTCATGTTTCCAAGGAAAACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAAC
261 TTCATGTTTCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAATAATTCAAC
11142 TTAAAATCAATTATGA
326 TTAAAATCAATTATGA
* *
11158 GATTATAAAAACATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCCT-GGTGATTATAAATGGGCTT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCCTGGGTGACTATAAATGGGCTT
* * * * * * *
11222 TTCTTGCCAAAGAATTAGTTTTTCTTCATGTTTCTGAAGCCAAACATTCAATTACAATTTATTTT
66 TTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCAGGTTTCTCAAGCCAAACATTCAATTACAGTCTGTTTT
* * * *
11287 AGGCAACAATGTAATAAAATTCAATTTAATATCAATTTTTCAGTTATAAAACCATTTAAAGAGAG
131 AGCCAACAATGTAATAAAATTCAATTTAAAATCAATTTTGCGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAG
* * * * ** * * * *
11352 TAGTAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATAAATGGATTTTTT
196 TAATAAGACTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGATCTCTC
* * * * * * *
11417 TTCATGCTTTTCGAGGCAAACATTCAAGTATAAT-TTTTGTTAGCCAAAAATATAAAATAAATCA
261 TTCATG-TTTCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTT-TTAACCAAAAATATAAAATAATTCA
*
11481 ACTTTAAATCAATTATGA
324 ACTTAAAATCAATTATGA
* * *
11499 GATTATAAAATCATTGAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCCTGGGTGACTATAAATGGGCTT
* * * * *
11564 TTTTTGCCAATGAA-TGGCTTTTTCTTCAGGTTTCCCATG-AAAACATTCAATTATAGTCTGTTT
66 TTCTTGCCAATGAATTGG-TTTTTCTTCAGGTTTCTCAAGCCAAACATTCAATTACAGTCTGTTT
* * ** * * * *
11627 T-GACCAAAAAT-TGAAGAACGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA
130 TAG-CCAACAATGT-AATAAAATTCAATTTAAAATCAATTTTGCGGTTATAAAACCATTTAAAGA
** * * *
11690 GAGTAATTGGACTTTTGAAGGCTTGGATGACTATAAATGGGCTTTTCCTGCCAATGAATGGGT-T
193 GAGTAATAAGACTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGATCT
* * * * ** *
11754 TTCTTACATGCTTCTCAAGGAAAATAATCAATTATAATCTGCATTAACTAAAAATATAAAATAAT
258 CTCTT-CATGTTTC-CAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAATAAT
* **
11819 TCAATTTTGAATCAATTATGA
321 TCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
11840 CATTACAAAACTATTTACAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
1 GATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
11881 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 921, Mismatches: 133, Indels: 19
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
340 489 0.53
341 384 0.42
342 48 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
GATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCCTGGGTGACTATAAATGGGCTT
TTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCAGGTTTCTCAAGCCAAACATTCAATTACAGTCTGTTTT
AGCCAACAATGTAATAAAATTCAATTTAAAATCAATTTTGCGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAG
TAATAAGACTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGATCTCTC
TTCATGTTTCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAATAATTCAAC
TTAAAATCAATTATGA
Found at i:11462 original size:511 final size:509
Alignment explanation
Indices: 10477--11880 Score: 1514
Period size: 511 Copynumber: 2.7 Consensus size: 509
10467 NNNNNNNTGG
* * * * * * *
10477 GATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGATTATAAATGGGTTT
1 GATTATAAAACCAATTGAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
** *
10542 TTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCAGGTTTCTCAAGCTAAACGTTCAATTAG-AGTCTGTTT
66 TTCTTGCCAATGAA-TGGTTTTTCTTCAGGTTTC-CAAGGAAAACATTCAATT-GTAGTCTGTTT
* * * * * * * *
10606 TAGCTAACAATGTAATAA-AATTCAATTTAGAATCAATT-TTACGGTTATAAAACCATTTAAAGA
128 TAACCAAAAAT-TAAGAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGA
* * * * * *
10669 GAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATTGCCCTTTCTTGTCAATGAA-TGGATC
191 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTT-GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTAGATC
* * ** *
10733 TCTCTTCATGTTTCCTAGGAAAACATTTAATTGTAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTC
255 TCTCTTCATGTTTCCTAGCAAAACATTCAATTACAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTC
* * *
10798 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCCTG
320 AACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
* ** * *
10863 GGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCTAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCCAAACA
385 AGTGACTATAAATGCACTTCTCTTGCCAATGAAATGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCCAAACA
* * * * * * * * *
10928 TTTAATTGCAGTTTGTTTTAGCCAACAATGTAATAA-AATTCAA-TTTAAAATCAATTTTGC
450 TTCAAGTACAATTTGTTTTAGCCAAAAATATAA-AATAAATCAACTTT-AAATCAATTATGA
* * *
10988 GGTTATAAAACCAATTGAAGAGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCTTGGGTGACTCTAAATGGGCTT
1 GATTATAAAACCAATTGAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
* * * *
11053 TTCTTGCCAATGAATGGATCTCTCTTCATGTTTCCAAGGAAAACATTCAATTGTAATCTGTTTTA
66 TTCTTGCCAATGAATGG-TTTTTCTTCAGGTTTCCAAGGAAAACATTCAATTGTAGTCTGTTTTA
*
11118 ACCAAAAATATAA-AACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGAGAG
130 ACCAAAAAT-TAAGAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAG
* * * * *
11182 TAATAAGGCTTTTGAAGGCCTGGTGATTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAAGAATTAG-TTTTTC
194 TAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTAGATCTCTC
* * * *
11246 TTCATGTTT-CTGAAGCCAAACATTCAATTACAATTTATTTTAGGC-AACAATGTAATAAAATTC
259 TTCATGTTTCCT--AGCAAAACATTCAATTACAATCTATTTTA-ACAAAAAATGTAA-AAAATTC
* * * *
11309 AATTTAATATCAATTTTTCAG-TTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGCAT
320 AACTTAAAATCAA-TTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
* * * *
11373 GAGTGACTATAAATGCACTTTTCTTGCCAAT-AAATGGATTTTTTTTCATGCTTT-TCGAGGCAA
384 GAGTGACTATAAATGCACTTCTCTTGCCAATGAAATGG-TTTTTCTTCATG-TTTCTCAAGCCAA
*
11436 ACATTCAAGTATAATTT-TTGTTAGCCAAAAATATAAAATAAATCAACTTTAAATCAATTATGA
447 ACATTCAAGTACAATTTGTT-TTAGCCAAAAATATAAAATAAATCAACTTTAAATCAATTATGA
*
11499 GATTATAAAATC-ATTGAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT
1 GATTATAAAACCAATTG-AAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT
* * * *
11563 TTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTCCCATGAAAACATTCAATTATAGTCTGTTTT
65 TTTCTTGCCAATGAATGG-TTTTTCTTCAGGTTTCCAAGGAAAACATTCAATTGTAGTCTGTTTT
* *
11628 GACCAAAAATTGAAGAAC-GTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGA
129 AACCAAAAATT-AAGAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGA
* * * *
11692 GTAAT-TGGACTTTTGAAGGCTTGGATGACTATAAATGGGCTTTTCCTGCCAATGAA-TGGGT-T
193 GTAATAAGG-CTTTTGAAGGCTTGG-TGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTAGATCT
* * * * * * * *** * *
11754 TTCTTACATGCTTCTCAAGGAAAATAATCAATTATAATCTGCATTAACTAAAAATATAAAATAAT
256 CTCTT-CATGTTTC-CTAGCAAAACATTCAATTACAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAA-AAT
* ** * * * * *
11819 TCAATTTTGAATCAATTATGACATTACAAAACTATTTACAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
318 TCAACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
11881 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 748, Mismatches: 118, Indels: 53
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
508 2 0.00
509 43 0.06
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512 127 0.17
514 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (509 bp):
GATTATAAAACCAATTGAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
TTCTTGCCAATGAATGGTTTTTCTTCAGGTTTCCAAGGAAAACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAA
CCAAAAATTAAGAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTA
ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTAGATCTCTCTT
CATGTTTCCTAGCAAAACATTCAATTACAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTA
AAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGAC
TATAAATGCACTTCTCTTGCCAATGAAATGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCCAAACATTCAAG
TACAATTTGTTTTAGCCAAAAATATAAAATAAATCAACTTTAAATCAATTATGA
Found at i:14514 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 13825--14555 Score: 635
Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 169
13815 NNNNNNNNNN
* * * * * * * * *
13825 AAAATCAATTTTAAGGCTATTAAACCGTTTAGAGAGGGTAATAAGGCTTTTGAATG-ATAAGGTG
1 AAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGAAATAAGGC-TTTGAAGGCAT-GGGTG
* * ***
13889 ACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCCTCATGCTTCTTGAGGCAAACATTCA
64 ACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCA
* * * * *
13954 ATTACAGTCTATTTTACCCAACAAT-GTAATAAAATTCAACTT
129 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAG-AA-AAAATTCAACTT
*
13996 AAAAT-ATATTTTG-GGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAA-AAGGCTGTTGAAGGCTTGGG
1 AAAATCA-ATTTTGAGG-TTATAAAACCATTTAAAGAGAG-AAATAAGGCT-TTGAAGGCATGGG
* *
14058 TGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAAACA
62 TGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGG--GTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACA
********** * *
14123 NNNNNNNNNNATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATACAACTT
125 TTCAATTATAATCTGTTTTAACC-AAAA-ATAGAAAAAATTCAACTT
* ********** *
14170 AAAATCAATTTTGAGTTTATAAAACCATTTAAANNNNNNNNNNAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGA
1 AAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGAAATAAGGCTTT-GAAGGCATGGGTGA
* * ** * * *
14235 CTATAAATGGGCTTTCCTTGACAATGAATGTATCTTTCTTCATGTTTCCAAAGGTAAACATTCAA
65 CTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAA
***********
14300 TTATAATCTGTTTTAAATNNNNNNNNNNAAAAATTCAACTT
130 TTATAATCTGTTTT-AACCAAAAATAGAAAAAATTCAACTT
*
14341 AAAATTAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGAAATAAGGCTATTGAAGGCATGGGTGA
1 AAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGAAATAAGGCT-TTGAAGGCATGGGTGA
* **
14406 TTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTAATTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAA
65 CTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAA
*
14471 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAGAAAACAATTCCACTT
130 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAGAAAA-AATTCAACTT
* * *
14512 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAA
1 AAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGAAATAA
14556 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 432, Mismatches: 111, Indels: 34
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 9 0.02
171 253 0.59
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175 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (169 bp):
AAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGAAATAAGGCTTTGAAGGCATGGGTGAC
TATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAAT
TATAATCTGTTTTAACCAAAAATAGAAAAAATTCAACTT
Found at i:15377 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 15188--15609 Score: 472
Period size: 172 Copynumber: 2.5 Consensus size: 171
15178 NNNNNNNNNN
* * *
15188 TTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTG-AGTGCCTAGGTGACTATAAATGGGCTTTACTTGCCAATG
1 TTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GCTTAGGTGACTATAAATAGGCTTT-CTTGCCAATG
** * * *
15252 AATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-TGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATG
64 AATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGGT-AACATTCAATTATAATATGTTTCAACCAAAAATA
* * * *
15316 TA-AAAACCATTTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
128 TACAAAA-AACTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
* * ********* *
15360 TTTAAAGAGACTAATAAGGGTTTTGAAGGCTTAGGTGACTANNNNNNNNNNTTTCTTCCCAATGA
1 TTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTA-TAAATAGGCTTTCTTGCCAATGA
*
15425 ATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGGTAACATTCAATTATAATCTGTTTCAACCAAAAATATA
65 ATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGGTAACATTCAATTATAATATGTTTCAACCAAAAATATA
*
15490 CAAAAAACTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTA
130 CAAAAAACTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
* * * * * *
15532 TTTCAAGCGAGTAATAACGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATATGCTTTTCTTGCCAATGA
1 TTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATAGGC-TTTCTTGCCAATGA
*
15597 ATGTGTTTTTCTT
65 ATGGGTTTTTCTT
15610 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 202, Mismatches: 43, Indels: 10
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
172 191 0.95
173 11 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATAGGCTTTCTTGCCAATGAA
TGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGGTAACATTCAATTATAATATGTTTCAACCAAAAATATAC
AAAAAACTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
Found at i:16573 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 15802--16595 Score: 608
Period size: 171 Copynumber: 4.7 Consensus size: 169
15792 NNNNNNNNAA
* *
15802 ATGAAGAAAAACACATTCATTGGAAAGAAAAGCCCATTTATACTCACCCAAGCCTTCAGAAGCCT
1 ATGAAGAAAAAC-CATTCATTGGAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCT
********** * **
15867 TATTACTCTCTTTAAACT-GTTNNNNNNNNNNAAAATTGATTTTAAGTTTAATTGTTTCACATTT
65 TATTACTCTCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTCATTT
* * * * * *
15931 TTAGATAAAACAGATTATAACTAAATGTTTGCCTTAAGAAAC
128 TTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCTTGAGAAAC
* * *
15973 ATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAG-AAAGCCAATTTATAGTCACCCAAGCCATCAAAAGCCT
1 ATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCT
* ** * ** **********
16037 TATTATTAACTTTAAATGGTCTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGNNNNNNNNNNCATTTT
65 TATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTCATTTT
* * * *
16102 TGGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAAC
129 TGGCTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCTTGAGAAAC
* * * **
16143 TTGAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCAAAAATCT
1 ATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCT
* * * * * ********
16208 TATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAA-CAGCAAAATTAATTTTAAATTGAATTTTNNNNNNNNN
65 TATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTT-TTTCATTT
* * * *
16272 NTGGCTAAAACAGACTGTAATTGAA-AGTTTGGCTTGAGAAAC
128 TTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATA-TTTGCCTTGAGAAAC
* *
16314 ATGAAGAAAAACTAATTCATTGGCAAA-AAAAGCACATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCC
1 ATGAAGAAAAAC-CATTCATTGG-AAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCC
*********** *
16378 TTATNNNNNNNNNNNAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTCTATTT
64 TTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTC-ATTT
* * * * *
16443 TTGGCCAAAACATATTATAATTGAATATTTACCTTTAGAAAA
128 TTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCTTGAGAAAC
* * * *
16485 ATGAAGAAAAACATATTCATTGGAAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAATGCCT
1 ATGAAGAAAAAC-CATTCATTGGAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCT
* **
16550 TATTACTCTCTTTAAAAGGTTTTATAGCCTCAAAATTGATTTTAAG
65 TATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
16596 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 473, Mismatches: 137, Indels: 26
0.74 0.22 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 133 0.28
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172 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.32
Consensus pattern (169 bp):
ATGAAGAAAAACCATTCATTGGAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTT
ATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTCATTTTTG
GCTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCTTGAGAAAC
Found at i:17203 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 16767--17252 Score: 472
Period size: 171 Copynumber: 2.8 Consensus size: 169
16757 NNNNNNNNNN
* * *
16767 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATTA-TTTTATAATATCAAAA
1 TTTATAGTCA-CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTC-TTAAAATAGTTTTATAATCTCAAAA
* * * * * *
16831 TTGATTTGAAGTTGATTTATTTTCTATTTTTGGATAAAACAGATTATAATTTAATATTTACCTTT
64 TTGATTTGAAGTTGATTT-TTTTCTATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCATG
* *
16896 GGAAACATGAAGAAAGACACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
128 GGAAACATAAAGAAAGACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* * * *
16938 TTTATAGTCAACCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAAT
1 TTTATAGTC-ACCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTAAAATAGTTTTATAATCTCAAAAT
*************** * * **
17003 NNNNNNNNNNNNNNNNTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTTCATGG
65 -TGATTTGAAGTTGATTTTTTTCTATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCATGG
* *
17068 GAAACCTAAAGAAAGAGC-CTTTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
129 GAAACATAAAGAAAGA-CACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* * *
17109 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATGACTCTCTAAAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCAC-CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTAAAATAGTTTTATAATCTCAAAAT
* * * * * *
17174 TTATTTTAAGTTGAGTTTTTTTCTATTTTTAATGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGG
65 TGATTTGAAGTTGA-TTTTTTTCTATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCATGG
*
17239 GAAACATGAAGAAA
129 GAAACATAAAGAAA
17253 AACCCATNNN
Statistics
Matches: 243, Mismatches: 66, Indels: 12
0.76 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.03
171 232 0.95
172 4 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TTTATAGTCACCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTAAAATAGTTTTATAATCTCAAAATT
GATTTGAAGTTGATTTTTTTCTATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCATGGGA
AACATAAAGAAAGACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
Found at i:17709 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 17413--17739 Score: 465
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
17403 NNNNNNNNNN
* * *
17413 ACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGACTTCAATAGC
1 ACATGAAGAAAAACACATTCATTGACAAGAAAAACCCATTTATAGTCACACAAGACTTCAAAAGC
* * * * * *
17478 CTTATTACACTATTTACATGGTTTTATAACATCAAAATTAATTCTAGGTTGAATTTTTTTATGTT
66 CTGATTACACTATTTAAATGGTCTTATAACATCAAAATTAATTCTAAGTTGAAGTTTTTTATATT
* *
17543 TTTGTTTAAAAGAGATTATAATTGAATGTTTACCTTTAGAA
131 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTTAGAA
* * * *
17584 ACATGAAGAAAGACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACACAAGCCTTCAAAAGC
1 ACATGAAGAAAAACACATTCATTGACAAGAAAAACCCATTTATAGTCACACAAGACTTCAAAAGC
* * * * * *
17649 CTGATTACTCTCTTTAAATGGTCTTATAACCTCAAATTTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATT
66 CTGATTACACTATTTAAATGGTCTTATAACATCAAAATTAATTCTAAGTTGAAGTTTTTTATATT
17714 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
131 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
17740 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 21, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
171 135 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ACATGAAGAAAAACACATTCATTGACAAGAAAAACCCATTTATAGTCACACAAGACTTCAAAAGC
CTGATTACACTATTTAAATGGTCTTATAACATCAAAATTAATTCTAAGTTGAAGTTTTTTATATT
TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTTAGAA
Found at i:18935 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 18639--19826 Score: 1134
Period size: 171 Copynumber: 7.0 Consensus size: 168
18629 GTGAGACATG
** * * * * * * * * *
18639 AAGAAAAATCCATTTATAGTTACCCAAACCTTTAATAGCATTATTACGCTCATTACATAGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
18704 TAACCTCAAAATTAATTATAATTTGAATTTTTTAACATTTTT-GTTTACAACAGATTATAATTGA
65 TAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGA
* * *
18768 ATGTTTACCTTTGGAAACATGAGGAAAGACACATTCATTGGC
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* *
18810 AGGAAAAGCCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* * *
18875 TAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAG
65 TAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * * *
18940 TGTTTTCTATAGAAAACCTGAAGAAGGAGCCATTCATTGAC
129 TGTTTCCT-TGGGAAACATGAAGAAAGACCCATTCATTGGC
*
18981 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCTCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
19046 TAACGTCAAAATTAATTTCAAGTTGCATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
65 TAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* *
19111 TGTTTTCCTCGGGAAACATGAAGAAAGAGCCATTCATTGGC
129 TG-TTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAGACCCATTCATTGGC
* ** * *
19152 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGG-TTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * * *
19216 TAATCGCAAAATAT-ATTTTAAGTTGAATTTTATTACATTGTTGGGTAAAACGGACTGTAATTGA
65 TAACCTCAAAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTT-TTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
*** *
19280 ATGTTTGCCTCAAGAAGCATGAAGAGAA-ACCCATTCATTGGC
128 ATGTTT-CCTTGGGAAACATGAAGA-AAGACCCATTCATTGGC
* * * * * *
19322 AAGAAAAGCCCATTTATAGTTACCTAATCTTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTCTAAATTGTTTAA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
19387 TAGCCTTAAAATTTATTTTAAGTTTAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATCATTGAAT
65 TAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * *
19452 GTTTTCCTTGGGAAACATAAAGAAAAACCCATTCGTTAGC
130 G-TTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAGACCCATTCATTGGC
* * * * * *
19492 AAGAAATA-CCTATTTATAGCCACCTAAACCTTGAAAAGCCTTTTTACTCTCTTTAAATAGTTTT
1 AAGAAA-AGCCCATTTATAGTCACC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * * * *
19556 AAAATCGCAAAATAT-ATTTTAAGTTAAATTTTATTACATTGTTGGGTAAAACAGACTGTAATTG
64 ATAACCTCAAAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTT-TTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
*** * *
19620 AATGTTTGCCTCAAGAAGCATGAAGAAAAACCCATTCATTGGC
127 AATGTTT-CCTTGGGAAACATGAAGAAAGACCCATTCATTGGC
* * * * * *
19663 AAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCTAATCCTTCAAAAGCCTTATTACCCTCTCTT-CACGGTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCT-TTAAATGGTTTT
* * *
19727 ATAGCCTTC-AAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATCATTG
64 ATAACC-TCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
*
19791 AATGCTTTCCTTGGGAGACATGAAGAACA-ACCCATT
127 AATG-TTTCCTTGGGAAACATGAAGAA-AGACCCATT
19827 TATAGTTACC
Statistics
Matches: 834, Mismatches: 155, Indels: 56
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 10 0.01
170 267 0.32
171 532 0.64
172 25 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTAT
AACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
TTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAGACCCATTCATTGGC
Found at i:19575 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 18639--20254 Score: 1657
Period size: 341 Copynumber: 4.8 Consensus size: 338
18629 GTGAGACATG
** * * * * * * * *
18639 AAGAAAAATCCATTTATAGTTACCCAAACCTTTAATAGCATTATTACGCTCAT-TACATAGTTTT
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTC-TCTAAATGGTTTT
* * * *
18703 ATAACCTCAAAATTAATTATAA-TTTGAATTTTTTAACATTTTT-GTTTACAACAGATTATAATT
65 ATAGCCTCAAAATTAATTTTAAGTTT-AATTTTTT-ATATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATT
* * * * *
18766 GAATGTTTACCTTTGGAAACATGAGGAAAGACACATTCATTGGCAGGAAAAGCCTATTTATAGTC
127 GAATGTTTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAGACCCATTCATT-GCAAGAAAAGCCTATTTATAGTC
18831 A-CTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTA
191 ACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTA
* * * * * * * * * *
18895 AGTTGAAGTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTT-TCT-ATAGAAAACC
255 AGTTGAA-TTTTTTACATTGTTGGGTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCA-AG-AAGCA
* * *
18958 TGAAGAAGGAGCCATTCATTGAC
317 TGAAGAA-AACCCATTCATTGGC
* *
18981 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCTCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTCTAAATGGTTTTA
* * * * *
19046 TAACGTCAAAATTAATTTCAAGTTGCATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
66 TAGCCTCAAAATTAATTTTAAGTT-TAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * *
19111 TGTTTTCCTCGGGAAACATGAAGAAAGAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACT
130 TGTTTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAGACCCATTCATT-GCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACC
** * * * *
19176 TAAGCCTTTGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCGCAAAATAT-ATTTTAAGT
194 TAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAAT-TGATTTTAAGT
* *
19239 TGAATTTTATTACATTGTTGGGTAAAACGGACTGTAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAGCATGAAG
258 TGAATTTT-TTACATTGTTGGGTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAGCATGAAG
19304 AGAAACCCATTCATTGGC
322 A-AAACCCATTCATTGGC
* * * * * *
19322 AAGAAAAGCCCATTTATAGTTACCTAATCTTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTCTAAATTGTTTAA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTCTAAATGGTTTTA
* * * *
19387 TAGCCTTAAAATTTATTTTAAGTTTAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATCATTGAAT
66 TAGCCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * *
19452 GTTTTCCTTGGGAAACATAAAGAAAAACCCATTCGTTAGCAAGAAATA-CCTATTTATAGCCACC
131 GTTTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAGACCCATTCATT-GCAAGAAA-AGCCTATTTATAGTCACC
* * * * * * *
19516 TAAACCTTGAAAAGCCTTTTTACTCTCTTTAAATAGTTTTAAAATCGCAAAATAT-ATTTTAAGT
194 TAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAAT-TGATTTTAAGT
* *
19580 TAAATTTTATTACATTGTTGGGTAAAACAGACTGTAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAGCATGAAG
258 TGAATTTT-TTACATTGTTGGGTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAGCATGAAG
19645 AAAAACCCATTCATTGGC
322 -AAAACCCATTCATTGGC
* * * * ** * *
19663 AAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCTAATCCTTCAAAAGCCTTATTACCCTCTCTTCACGGTTTAA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTCTAAATGGTTTTA
* *
19728 TAGCCTTC-AAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATCATTGA
66 TAGCC-TCAAAATTAATTTTAAGTTTAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * *
19792 ATGCTTTCCTTGGGAGACATGAAG--A-A--CA---A---C--------CC-ATTTATAGTTACC
129 ATGTTTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAGACCCATTCATTGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACC
* * * * * * **
19837 CAAGCCTTCAACAGCATTATTACGCTCTTTACATGGTTTTATAACCTCAAAATTAATCCTAAGTT
194 TAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTT
* * ** * * * *
19902 GAATTTTTTAATATTTTTGTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTTGAA-AA-CATGAG
259 GAATTTTTT-ACATTGTTGGGTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGCC--TCAAGAAGCATGAA
*
19965 GAAAGACACATTCATTGGC
321 GAAA-ACCCATTCATTGGC
* * *
19984 AAGAAAAGCCCATTTGTAGCCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTCTAAATGGTTTTA
* * *
20049 T-GACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGA
66 TAG-CCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * *
20113 ATGTTTT-CTATGGGAAACCTGAAGAAAGAGCCATTCATTGACAAGAAAATCCCATTTATAGTCA
129 ATGTTTTCCT-TGGGAAACATGAAGAAAGACCCATTCATTG-CAAGAAAAGCCTATTTATAGTCA
*
20177 CGC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAA
192 C-CTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAA
20241 GTTGAAGTTTTTTA
256 GTTGAA-TTTTTTA
20255 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1077, Mismatches: 151, Indels: 92
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
320 11 0.01
321 244 0.23
322 4 0.00
323 4 0.00
324 1 0.00
326 2 0.00
329 1 0.00
330 1 0.00
333 1 0.00
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339 1 0.00
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343 19 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (338 bp):
AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTCTAAATGGTTTTA
TAGCCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
GTTTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAGACCCATTCATTGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCTA
AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGA
ATTTTTTACATTGTTGGGTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAGCATGAAGAAAA
CCCATTCATTGGC
Found at i:19934 original size:150 final size:150
Alignment explanation
Indices: 19673--19952 Score: 361
Period size: 150 Copynumber: 1.9 Consensus size: 150
19663 AAGAAAAGCT
* * * *
19673 CATTTATAGTCACCTAATCCTTCAAAAGCCTTATTACCCTCTCTTCACGGTTTAATAGCCTTCAA
1 CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACCCTCTCTTCACGGTTTAATAACCTTCAA
* ** * * *
19738 ATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATCATTGAATGCTTT-CCT
66 ATTAATCCTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TTTACCT
19802 TGGGAGACATGAAGAACAACC
130 TGGGAGACATGAAGAACAACC
* * * * *
19823 CATTTATAGTTACCCAAGCCTTCAACAGCATTATTACGCTCT-TTACATGGTTTTATAACC-TCA
1 CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACCCTCTCTT-CACGGTTTAATAACCTTC-
19886 AAATTAATCCTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTT-GTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTAC
64 AAATTAATCCTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTAC
19950 CTT
128 CTT
19953 TGAAAACATG
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 15, Indels: 8
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
149 8 0.07
150 103 0.93
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (150 bp):
CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACCCTCTCTTCACGGTTTAATAACCTTCAA
ATTAATCCTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
GGGAGACATGAAGAACAACC
Found at i:20106 original size:171 final size:173
Alignment explanation
Indices: 19813--20255 Score: 621
Period size: 171 Copynumber: 2.6 Consensus size: 173
19803 GGGAGACATG
** * * * *
19813 AAGAACAA-CCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTCAACAGCATTATTACGCTCTTTACATGGTTTT
1 AAGAA-AAGCCCATTTATAGCCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTT
* **
19877 ATAACCTCAAAATTAATCCTAAGTTGAA-TTTTTTA-ATATTTTTGTTTAAAACAGATTATAATT
65 ATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATATTTTTGTTTAAAACAGATTATAATT
* * *
19940 GAATGTTTACCT-TTGAAAACATGAGGAAAGA-CACATTCATTGGC
130 GAATGTTT-CCTATGGAAAACATGAAGAAAGAGC-CATTCATTGAC
*
19984 AAGAAAAGCCCATTTGTAGCCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGCCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
*
20049 TGACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATAT-TTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTG
66 TAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATATTTTTGTTTAAAACAGATTATAATTG
* * *
20112 AATGTTTTCTATGGGAAACCTGAAGAAAGAGCCATTCATTGAC
131 AATGTTTCCTATGGAAAACATGAAGAAAGAGCCATTCATTGAC
* * * *
20155 AAGAAAATCCCATTTATAGTCACGCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCTCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGCCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
20220 TAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTAT
66 TAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTAT
20256 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 244, Mismatches: 23, Indels: 10
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.02
171 224 0.92
172 14 0.06
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (173 bp):
AAGAAAAGCCCATTTATAGCCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
TAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATATTTTTGTTTAAAACAGATTATAATTG
AATGTTTCCTATGGAAAACATGAAGAAAGAGCCATTCATTGAC
Found at i:21322 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 20679--22646 Score: 1620
Period size: 341 Copynumber: 5.8 Consensus size: 338
20669 NTTGAATTCG
* * * * * * * *
20679 TTTACACTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTTAATATTTTCGTTGGGAAACATGAAGAAAAATCC
1 TTTACATTTTTGGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCC
* * * * **
20744 ATTCATTGACAAGAAATGCCCATTTATAGCCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGTTCTCTTTA
65 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
* * * * *
20809 AATAGTTTTATAACTGTAAAATTGATTTTAAATTCAATT-TTATTACATTGTTGGGT-AAACAAA
130 AATGGTTTTATAACT-CAAAATTGATTTTAAATTGAATTGTT-TTACATTGTTAGGTAAAACAGA
* * ** *
20872 TTGTAATTGATTGTTTGCCTCAAGAAGCATGAAGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCAT
193 TTATAATTGAATGTTTGCCT-TGGAAACATGAAGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCAT
* * * *
20937 TTATAGACACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATT
257 TTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAT-TCATAATT
21002 GATTTTAAGTTGAGTATTT
321 GATTTTAAGTTGAGT-TTT
* ** * * * * * *
21021 TTTACATTTTTGGTTATCACAGATTATTCTTGATTGTTTCCCTCGAGAAGCATGGAGAAAAACCT
1 TTTACATTTTTGGTTA-AACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCC
* * *
21086 ATTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAATAGCCTTATTACTCTCTTCA
65 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
*
21151 AATGGTTTTATAACTGCAAAATTGATTCTAAATTGAATT-TTATTACATTGTTAGGTAAAACAGA
130 AATGGTTTTATAACT-CAAAATTGATTTTAAATTGAATTGTT-TTACATTGTTAGGTAAAACAGA
* * * * *
21215 CTATAATTGAATGGTTGACTTGAGAAACGTGAAGAAAAACTAATTCATTGACAAG-AAAGCCCAT
193 TTATAATTGAATGTTTGCCTTG-GAAACATGAAGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCAT
*
21279 TTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
257 TTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAT-TCATAATT
*
21344 GATTTTAAGTTCAGTTTT
321 GATTTTAAGTTGAGTTTT
* * *
21362 TGTATATTTTTGGTTGAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAACCC
1 TTTACATTTTTGGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCC
* * * * * *
21427 ATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTAACCTAAGCATTCAAAAGCCTTATTAGTTTCTTTA
65 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
* * * * * * * * *
21492 ATTTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGCTTTATATTTTTAGTTAAAACGGAT
130 AATGGTTTTATAA-CTCAAAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTACATTGTTAGGTAAAACAGAT
* * * *
21557 TGTAATTGAATGTTTTCCTTTGGAAACATTAAGGAAAAC-ACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCAT
194 TATAATTGAATGTTTGCC-TTGGAAACATGAAGAAAAACTA-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCAT
* * * * * *
21621 TTATAGTCTCCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCCAATAATT
257 TTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATTC-ATAATT
* * *
21686 GATTTTAAGCTGAATGGTT
321 GATTTTAAGTTGAGT-TTT
* * *
21705 TTTACATTTTTGGTTAAAACTGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAATATGAAGAAAAACCC
1 TTTACATTTTTGGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCC
* * * *
21770 ATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCTAGGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTTCTTTA
65 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
* * * * *
21835 AATGGTTTTATAAACTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATT-TTTGGTTAAAACAGA
130 AATGGTTTTAT-AACTCAAAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTACATTGTTAGG-TAAAACAGA
* * * * *
21899 TTACAATTGAATGTTTTCCTTGGAAACATGAAGAGAGA-TCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCAT
193 TTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAACATGAAGAAAAACT-AATTCATTGGCAAGAAAAGCCCAT
* * *
21963 TTATAGTCACCCAAGCCTTC-AAAGGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTCTAA-TCGTAAAA
257 TTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAA-GCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATTC--ATAA
* *
22026 TTTATTTTGAA-TTGAATTTT
319 TTGATTTT-AAGTTGAGTTTT
* * * * * ** ********** *
22046 ATTACATTTTTGGCTAAAAAAGACTGTAATTGAATGTTTGGCTTGANNNNNNNNNNGAAAAACCA
1 TTTACATTTTTGG-TTAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCC
* * * * *
22111 ATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCATCAAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
65 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
********** * * * * * *
22176 NNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTGTTTTTTTTA-ATT-TTTGGTTAAAAT
130 AATGGTTTTATAA-CTCAAAATTGATTTTAAATTGA---ATTGTTTTACATTGTTAGG-TAAAAC
* ** ** * ************
22239 AGATTATAATTGAA--TTTACCTTGAGAATTATGAAGAAAAACCCATTTATT-NNNNNNNNNNNN
190 AGATTATAATTGAATGTTTGCCTTG-GAAACATGAAGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGCC
*** * * * *
22301 NNNTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTGTAAAT-AGTTTTATAATCTCAT
254 CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAAT-TCAT
* * * * *
22365 AATTAATTTGAAGTTTAATTAT
317 AATTGATTTTAAGTTGAGTTTT
* * * * * *
22387 TTTATATTTTTAGG-TAACATAGATTATAATTGATTATTTACCTTGAGAAACATGGAGGAAAACC
1 TTTACATTTTT-GGTTAA-ACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACC
* ********** * *
22451 CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGNNNNNNNNNNCCTAATTACTCTTTTT
64 CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTT
* ** *
22516 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAACTT-TTTT-CTATT-TTTGGTTAAAAC
129 AAATGGTTTTATAA-CTCAAAATTGATTTTAAATTGAA-TTGTTTTAC-ATTGTTAGG-TAAAAC
* * * * * * *
22578 AGACTATAATTGAATTTTTTCATGGGAAACTTGAAGAAAAAGC-CATTCATTGGCAAGAAAAGCC
190 AGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAACATGAAGAAAAA-CTAATTCATTGGCAAGAAAAGCC
22642 CATTT
254 CATTT
22647 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1307, Mismatches: 280, Indels: 79
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 4 0.00
339 29 0.02
340 28 0.02
341 520 0.40
342 448 0.34
343 269 0.21
344 9 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (338 bp):
TTTACATTTTTGGTTAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCA
TTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAA
ATGGTTTTATAACTCAAAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTACATTGTTAGGTAAAACAGATTA
TAATTGAATGTTTGCCTTGGAAACATGAAGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTAT
AGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATTCATAATTGATTT
TAAGTTGAGTTTT
Found at i:21565 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 20686--22646 Score: 1821
Period size: 170 Copynumber: 11.5 Consensus size: 170
20676 TCGTTTACAC
* * * * * * *
20686 TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTTAATATTTTCGTTGGGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATT
1 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT
* * * * ** *
20751 GACAAGAAATGCCCATTTATAGCCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGTTCTCTTTAAATAGTT
66 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTT
* * * * *
20816 TTATAA-CTGTAAAATTGATTTTAAATTCAATTTTATTACAT
131 TTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTATAT
* * * * * * ** * **
20857 TGTTGGGT-AAACAAATTGTAATTGATTGTTTGCCTCAAGAAGCATGAAGAAAAACTAATTCATT
1 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT
* * * *
20921 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGACACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
66 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTT
* *
20986 TTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAGTATTTTTTACAT
131 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA--ATTTTTTATAT
** ** * * * * * * *
21028 TTTTGGTTATCACAGATTATTCTTGATTGTTTCCCTCGAGAAGCATGGAGAAAAACCTATTCACT
1 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT
* *
21093 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAATAGCCTTATTACTCTCTTCAAATGGTT
66 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTT
* * * *
21158 TTATAA-CTGCAAAATTGATTCTAAATTGAATTTTATTACAT
131 TTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTATAT
* * * * **
21199 TGTTAGG-TAAAACAGACTATAATTGAATGGTTGA-CTTGAGAAACGTGAAGAAAAACTAATTCA
1 T-TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT-GTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCA
* * * * *
21262 TTGACAAG-AAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATGA
64 TTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGG
* *
21326 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAGTTTTTGTATAT
129 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TATAT
* *
21369 TTTTGGTTGAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAACCCATTCATT
1 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT
* * * * * * * *
21434 GGCAAGAAAAACCCATTTATAGTAACCTAAGCATTCAAAAGCCTTATTAGTTTCTTTAATTTGTT
66 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTT
*
21499 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGCTTTATAT
131 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATAT
* * * * * * *
21540 TTTTAGTTAAAACGGATTGTAATTGAATGTTTTCCTTTG-GAAACATTAAGGAAAACACATTCAT
1 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC-TTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCAT
* * *
21604 TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCTCCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGT
65 TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
* * *
21669 TTTCTAATC-CAATAATTGATTTTAAGCTGAATGGTTTTTACAT
130 TTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAAT--TTTTTATAT
* * *
21712 TTTTGGTTAAAACTGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAATATGAAGAAAAACCCATTCATT
1 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT
* * * *
21777 GGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCTAGGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTTCTTTAAATGGTT
66 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTT
* *
21842 TTATAAACTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATAT
131 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATAT
* * * * *
21883 TTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTTTTCCTTG-GAAACATGAAGAGAGATCCATTCATT
1 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT
* *
21947 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAGGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATT
66 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTT
* * * *
22012 TTCTAATCGT-AAAATTTATTTTGAA-TTGAATTTTATTACAT
131 TTATAATC-TCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTT-TTATAT
* * * * ** ********** *
22053 TTTTGGCTAAAAAAGACTGTAATTGAATGTTTGGCTTGANNNNNNNNNNGAAAAACCAATTCATT
1 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT
* * * * * *******
22118 GGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCATCAAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTANNNNNNN
66 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTT
*** * *
22183 NNNTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTGTTTTTTTTAAT
131 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA--ATTTTTTAT-AT
* ** *
22226 TTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA--TTTACCTTGAGAATTATGAAGAAAAACCCATTTATT
1 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT
*************** * * *
22289 -NNNNNNNNNNNNNNNTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTGTAAATAGTT
66 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTT
* * *
22353 TTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTTTAATTATTTTATAT
131 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATAT
* * * * * *
22394 TTTTAGG-TAACATAGATTATAATTGATTATTTACCTTGAGAAACATGGAGGAAAACCCATTCAT
1 TTTT-GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCAT
* ********** * *
22458 TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGNNNNNNNNNNCCTAATTACTCTTTTTAAATGGT
65 TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
* *
22523 TTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAACTTTTTTCTAT
130 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATAT
* ** * * * *
22565 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT-TTTTTCATGGGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATT
1 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT
22629 GGCAAGAAAAGCCCATTT
66 GGCAAGAAAAGCCCATTT
22647 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1431, Mismatches: 322, Indels: 75
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 26 0.02
169 18 0.01
170 541 0.38
171 526 0.37
172 289 0.20
173 31 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT
GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTT
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATAT
Found at i:22057 original size:684 final size:682
Alignment explanation
Indices: 20679--22166 Score: 1719
Period size: 684 Copynumber: 2.2 Consensus size: 682
20669 NTTGAATTCG
* * * * * * * *
20679 TTTACACTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTTAATATTTTCGTTGGGAAACATGAAGAAAAATCC
1 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCC
* ** *
20744 ATTCATTGACAAGAAATGCCCATTTATAGCCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATT-GTTCTCTTT
66 ATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTAGTTCTCTTT
* * *
20808 AAATAGTTTTATAACTGTAAAATTGATTTTAAATTCAATTTTATTACATTGTTGGGTAAACAAAT
130 AAATAGTTTTATAACTGCAAAATTGATTTTAAATTCAATTCTATTACATTGTTAGGTAAACAAAT
* *
20873 TGTAATTGATTGTTTGCCTCAAGAAGCATGAAGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATT
195 TGTAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATT
* * *
20938 TATAGACACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTG
260 TATAGACACCCAAGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATACCATAATTG
* * * ** ** *
21003 ATTTTAAGTTGAGTATTTTTTACATTTTTGGTTATCACAGATTATTCTTGATTGTTTCCCTCGAG
325 ATTTTAAGCTGAATAGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCCCTCGAG
* * * *
21068 AAGCATGGAGAAAAACCTATTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAATA
390 AAACATGAAGAAAAACCCATTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
*
21133 GCCTTATTACTCTCTTCAAATGGTTTTATAACTGCAAAATTGATTCTAAATTGAATTTTATTACA
455 GCCTTATTACTCTCTTCAAATGGTTTTATAACTGCAAAATCGATTCTAAATTGAATTTTATTACA
* *
21198 TTGTTAGGTAAAACAGACTATAATTGAATGGTTGACTTGAGAAACGTGAAGAAAAACTAATTCAT
520 TTGTTAGGTAAAACAGACTACAATTGAATGGTTGACTTGAGAAACATGAAGAAAAACTAATTCAT
21263 TGACAAGAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATGATT
585 TGACAAGAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATGATT
* *
21328 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAGTTT
650 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTT
* * *
21361 TTGTATATTTTTGGTTGAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAACC
1 TT-TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACC
* *
21426 CATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTAACCTAAGCATTCAAAAGCCTTATTAGTT-TCTT
65 CATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCA-CTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAGTTCTCTT
* * * * * * * *
21490 TAATTTGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTGCT-TTATATTTTTAGTTAAAAC
129 TAAATAGTTTTATAA-CTGCAAAATTGATTTTAAATTCAATT-CTATTACATTGTTAGGT-AAAC
** * *** * *
21553 GGATTGTAATTGAATGTTTTCCTTTGGAAACATTAAGGAAAAC-ACATTCATTGGCAAGAAAAGC
191 AAATTGTAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAACTA-ATTCATTGGCAAGAAAAGC
* * *
21617 CCATTTATAGTCTCCCAAGCCTTCAAAAG-CTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAAT-CCA
255 CCATTTATAGACACCCAAGCCTTCAAAAGTC-TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATACC-
* * *
21680 ATAATTGATTTTAAGCTGAATGGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACTGATTATAATTGAATGTTTG
318 ATAATTGATTTTAAGCTGAATAGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTC
* * * * * *
21745 CCTTGAGAAATATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCTAGGCC
383 CCTCGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
* * * * *
21810 TTCAAAAGCCTTATTACTTTCTTTAAATGGTTTTATAAACT-CATAATCGATTTTAAGTTGAATT
448 TTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTCAAATGGTTTTAT-AACTGCAAAATCGATTCTAAATTGAATT
* * * * ** * *
21874 GTT-TTATATT-TTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTTTTCCTTG-GAAACATGAAGAGAG
512 -TTATTACATTGTTAGG-TAAAACAGACTACAATTGAATGGTTGACTTGAGAAACATGAAGAAAA
* * *
21936 A-TCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC-AAAGGCCTTATTACTC
575 ACT-AATTCATTGACAAG-AAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAA-GCCGTATTACTC
* * * *
21999 TCTTTAAATGATTTTCTAATCGT-AAAATTTATTTTGAA-TTGAATTT
637 ACTTTAAATGATTTTATAATC-TCAAAATTGATTTT-AAGTTCAATTT
* * * * ** **********
22045 TATTACATTTTTGGCTAAAAAAGACTGTAATTGAATGTTTGGCTTGANNNNNNNNNNGAAAAACC
1 T-TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACC
* * *
22110 AATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCATCAAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA
65 CATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCA-CTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA
22167 CTCGCTTTAN
Statistics
Matches: 674, Mismatches: 114, Indels: 34
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
682 3 0.00
683 179 0.27
684 482 0.72
685 10 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (682 bp):
TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCC
ATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAGTTCTCTTTA
AATAGTTTTATAACTGCAAAATTGATTTTAAATTCAATTCTATTACATTGTTAGGTAAACAAATT
GTAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTT
ATAGACACCCAAGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATACCATAATTGA
TTTTAAGCTGAATAGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCCCTCGAGA
AACATGAAGAAAAACCCATTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
CCTTATTACTCTCTTCAAATGGTTTTATAACTGCAAAATCGATTCTAAATTGAATTTTATTACAT
TGTTAGGTAAAACAGACTACAATTGAATGGTTGACTTGAGAAACATGAAGAAAAACTAATTCATT
GACAAGAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATGATTT
TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTT
Found at i:22076 original size:513 final size:509
Alignment explanation
Indices: 20679--22646 Score: 1801
Period size: 513 Copynumber: 3.8 Consensus size: 509
20669 NTTGAATTCG
* * * * * * * *
20679 TTTACACTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTTAATATTTTCGTTGGGAAACATGAAGAAAAATCC
1 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCC
* * **
20744 ATTCATTGACAAGAAATGCCCATTTATAGCCA-CTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGTTCTCTTT
66 ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTT
* * * * * * *
20808 AAATAGTTTTAT-AACTGTAAAATTGATTTTAAATTCAATTTTATTACATTGTTGGGT-AAACAA
130 AAATAGTTTTATAAACT-CATAATTGATTTTAAGTTCAATTTT-TTATATTTTTGGTTAAAACAG
* * * ** * * **
20871 ATTGTAATTGATTGTTTGCCTCAAGAAGCATGAAGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
193 ATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAGAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* * * *
20936 TTTATAGACACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAAT
258 TTTATAGTCACCCAAGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAAT
** * ** * * *
21001 TGATTTTAAGTTGAGTATTTTTTACATTTTTGGTTATCACAGATTATTCTTGATTGTTTCCCTCG
321 TGATTTTAAGTTGA--ATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTTCCTTG
* * * * * *
21066 AGAAGCATGGAGAAAAAC-CTATTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA
384 -GAAACATGAAGGAAAACACAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCTCCCAAGCCTTCA
* * * * * *
21130 ATAGCCTTATTACTCTCTTCAAATGGTTTTATAACTGCAA-AATTGATTCTAAATTGAAT-TT
448 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA-TCCAATAATTGATTTTAAGTTGAATGTT
* * * * *
21191 TATTACATTGTTAGG-TAAAACAGACTATAATTGAATGGTTGACTTGAGAAACGTGAAGAAAAAC
1 T-TTACATT-TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAC
** * * * *
21255 TAATTCATTGACAAG-AAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCGTATTACTCACTT
64 CCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTT
* * *
21319 TAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAGTTTTTGTATATTTTTGGTTGAAACA
129 TAAATAG-TTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT-TATATTTTTGGTTAAAACA
* * *
21383 GATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAACCC
192 GATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAGAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
* * * * * *
21448 ATTTATAGTAACCTAAGCATTCAAAAGCCTTATTAGTTTCTTTAATTTGTTTTATAATCTCATAA
257 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCTCTTTAA-ATGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
21513 TTGATTTTAAGTTGAATTGCTTTATATTTTTAGTTAAAACGGATTGTAATTGAATGTTTTCCTTT
320 TTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTTCC-TT
*
21578 GGAAACATTAAGGAAAACAC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCTCCCAAGCCTTCA
383 GGAAACATGAAGGAAAACACAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCTCCCAAGCCTTCA
* * *
21642 AAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCCAATAATTGATTTTAAGCTGAATGGTT
448 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCAATAATTGATTTTAAGTTGAAT-GTT
* *
21705 TTTACATTTTTGGTTAAAACTGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAATATGAAGAAAAACCC
1 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCC
* * * *
21770 ATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCTAGGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTTCTTTA
66 ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
* * *
21835 AATGGTTTTATAAACTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGAT
131 AATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTATATTTTTGGTTAAAACAGAT
* * * *
21900 TACAATTGAATGTTTTCCTTG-GAAACATGAAGAGAGATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATT
195 TATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAGAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATT
* *
21964 TATAGTCACCCAAGCCTTCAAAGGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTCTAATCGT-AAAATT
260 TATAGTCACCCAAGCCTTCAAA-GCCTTATTACTCTCTTTAAATG-TTTTATAATC-TCATAATT
* * * * **
22028 TATTTTGAA-TTGAATTTTATTACATTTTTGGCTAAAAAAGACTGTAATTGAATGTTTGGCTT-G
322 GATTTT-AAGTTGAATTTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTTCCTTGG
********* * *
22091 ANNNNNNNNNNGAAAA-ACCAATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCAT-CAAAGCCTTC
385 A-AACATGAAGGAAAACA-CAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTC-TCCCAAGCCTTC
* * ********** *
22154 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAGTGTTT
447 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-CAATAATTGATTTTAAGTTGAATG---
22218 TT
508 TT
* * **
22220 TTTA-ATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA--TTTACCTTGAGAATTATGAAGAAAAACCC
1 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCC
* *************** *
22282 ATTTATT-NNNNNNNNNNNNNNNTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTGTA
66 ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
* * * * * *
22346 AATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTTTAATTATTTTATATTTTTAGG-TAACATAGA
131 AATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTATATTTTT-GGTTAAAACAGA
* * *
22410 TTATAATTGATTATTTACCTTGAGAAACATGGAG-GAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
194 TTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAG-AAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* ********* * *
22474 TTTATAGTCACTCAAGNNNNNNNNNNCCTAATTACTCTTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
258 TTTATAGTCACCCAAG-CCTTCAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
22539 TGATTTTATGTTGAACTTTTTT-CTATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATTTTTTCATGG
321 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAC-ATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTTCCTTG
* *
22603 GAAACTTGAA-GAAAA-AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTT
384 GAAACATGAAGGAAAACA-CAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTT
22647 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1188, Mismatches: 227, Indels: 83
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
511 156 0.13
512 394 0.33
513 472 0.40
514 156 0.13
515 10 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (509 bp):
TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCC
ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
AATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATT
ATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAGAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTT
ATAGTCACCCAAGCCTTCAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATT
TTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTTCCTTGGAAACAT
GAAGGAAAACACAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCTCCCAAGCCTTCAAAAGCCTT
ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCAATAATTGATTTTAAGTTGAATGTT
Found at i:22192 original size:684 final size:679
Alignment explanation
Indices: 20894--22646 Score: 1794
Period size: 684 Copynumber: 2.6 Consensus size: 679
20884 GTTTGCCTCA
* * *
20894 AGAAGCATGAAGAAAAACTA-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGACACCCAAGCCTTCG
1 AGAAACATGAAGAAAAAC-ACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA
* *
20958 AAAG-TCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAGTATTTT
65 AAAGCT-TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CCATAATTGATTTTAAGTTGA--ATTTT
* * ** * * * *
21022 TTACATTTTTGGTTATCACAGATTATTCTTGATTGTTTCCCTCGAGAAGCATGGAGAAAAACCTA
126 TTACATTTTTGGTTAACACTGATTATAATTGATTGTTTACCTTGAGAAACATGGAGAAAAACCCA
* * * * *
21087 TTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAATAGCCTTATTACTCTCTTCAA
191 TTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTTCTTTAA
* * * * *
21152 ATGGTTTTAT-AACTGCAAAATTGATTCTAAATTGAATTTTATTACATTGTTAGG-TAAAACAGA
256 ATGGTTTTATAAACT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTATATT-TTTGGTTAAAACAGA
* ** * * *
21215 CTATAATTGAATGGTTGACTTGAGAAACGTGAAGAAAAACTAATTCATTGACAAG-AAAGCCCAT
318 CTATAATTGAATGTTTTCCTTG-GAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCAT
*
21279 TTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
381 TTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATT
* * * * * *
21344 GATTTTAAGTTCAGTTTTTGTATATTTTTGGTTGAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAG
446 GATTTTAAGTTCAATTTTTGTACATTTTTGGCTAAAAAAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAG
* *
21409 AAATATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTAACCTAAGCATTCAAAA
511 AAATATGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTAACCAAAGCATTCAAAA
* **
21474 GCCTTATTAGTTTCTTTAATTTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TGCTTTAT
576 GCCTTATTACTCGCTTTAATTTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTGCTTTAT
* * *
21538 -ATTTTTAGTTAAAACGGATTGTAATTGAATGTTTTCCTTTG
641 AATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA--TTTACC-TTG
* * *
21579 -GAAACATTAAGGAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCTCCCAAGCCTTCAA
1 AGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* *
21643 AAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCCAATAATTGATTTTAAGCTGAATGGTTTTT
66 AAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCC-ATAATTGATTTTAAGTTGAAT--TTTTT
* * * * *
21708 ACATTTTTGGTTAAAACTGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAATATGAAGAAAAACCCATT
128 ACATTTTTGGTTAACACTGATTATAATTGATTGTTTACCTTGAGAAACATGGAGAAAAACCCATT
* *
21773 CATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCTAGGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTTCTTTAAAT
193 CATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTTCTTTAAAT
* * *
21838 GGTTTTATAAACTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTAC
258 GGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* *
21903 AATTGAATGTTTTCCTTGGAAACATGAAGAGAGATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
322 AATTGAATGTTTTCCTTGGAAACATGAAGA-AAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
* * * *
21968 GTCACCCAAGCCTTC-AAAGGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTCTAATCGT-AAAATTTAT
386 GTCACCCAAGCCTTCGAAA-GCCGTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATC-TCAAAATTGAT
* * ** **
22031 TTTGAA-TTGAATTTTAT-TACATTTTTGGCTAAAAAAGACTGTAATTGAATGTTTGGCTTGANN
449 TTT-AAGTTCAATTTT-TGTACATTTTTGGCTAAAAAAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGA
******** * * * *
22094 NNNNNNNNGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCATCAAAGCCTTCGAAAG
512 AATATGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTAACCAAAGCATTCAAAAG
********** * ** *
22159 CCTTATTACTCGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTGTTTTTTTTA
577 CCTTATTACTCGCTTTAATTTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTGCTTTATA
* *
22224 ATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATTTACCTTG
642 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATTTACCTTG
** * * *************** *
22262 AGAATTATGAAGAAAAACCCATTTATT-NNNNNNNNNNNNNNNTTATAGTCACCTAAGCCTTCAA
1 AGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* * * * * * *
22326 AAGCCTTATTACTCTCTGTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTTTAATTATTTTA
66 AAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTA
* * *
22391 TATTTTTAGG-TAACA-TAGATTATAATTGATTATTTACCTTGAGAAACATGGAGGAAAACCCAT
129 CATTTTT-GGTTAACACT-GATTATAATTGATTGTTTACCTTGAGAAACATGGAGAAAAACCCAT
********** *
22454 TCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CTCAAGNNNNNNNNNNCCTAATTACTCTT-TTTA
192 TCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TTCTTTA
* * *
22517 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAACTTTTTTCTATTTTTGGTTAAAACAGAC
255 AATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGAC
* * * *
22582 TATAATTGAATTTTTTCATGGGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTT
319 TATAATTGAATGTTTTCCTTGGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTT
22647 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 880, Mismatches: 163, Indels: 53
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
681 6 0.01
682 213 0.24
683 108 0.12
684 512 0.58
685 16 0.02
686 25 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (679 bp):
AGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
AAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACA
TTTTTGGTTAACACTGATTATAATTGATTGTTTACCTTGAGAAACATGGAGAAAAACCCATTCAT
TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTTCTTTAAATGGT
TTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
GAATGTTTTCCTTGGAAACATGAAGAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC
CCAAGCCTTCGAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT
TCAATTTTTGTACATTTTTGGCTAAAAAAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATATGAAG
AAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTAACCAAAGCATTCAAAAGCCTTATTAC
TCGCTTTAATTTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTGCTTTATAATTTTTAGT
TAAAACAGATTATAATTGAATTTACCTTG
Found at i:23270 original size:171 final size:166
Alignment explanation
Indices: 22747--23594 Score: 565
Period size: 171 Copynumber: 5.0 Consensus size: 166
22737 NNNNNNNNNN
* * * *
22747 AAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTAGTTTAAACATATTATAATTGAATGTTTTCG
1 AAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT-CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTTCC
* * * ** * * * *
22812 TTGGGAAACATGAATAGAAA-TC-CATTTTTTAGCAGGAAAAGCTTATTTATAGCCACCCAAGCC
64 ATAGGAAACATG-A-AGAAAGACACATTCATT-GCAAGAAAAGC-CATTTATAGTCACCAAAGCC
* * * *
22875 CTCAAAAGCCATATTACTCTTTTTAAATGGTTTTATAACTGTA
125 TTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACT-CA
* * * * * * * * * *
22918 AAATTGATTTTAAATTCAATTTTATTACATTATTGGGTAAAACAAACTGTAATCGAATGTTTTCC
1 AAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TT-CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTTCC
* * ** * * *
22983 -TCAAGAAACAGGAAGGAAAGTTA-ATTCATTGTGAAGAAAAGCCCATTTATAGAT-ATCTAAGC
64 AT-AGGAAACATGAA-GAAAGACACATTCATTG-CAAGAAAAG-CCATTTATAG-TCACCAAAGC
* * *****
23045 CTTCGAAAGCCTTAGTACTCTCTTTAAATGGTTTTATANNNNNN
124 CTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATA-ACTCA
**** * *
23089 NNNNTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTCTATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATATACC
1 AAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTC-ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTTCC
* *
23154 ATTGGAAACATGAAGAAAGACACATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTT
64 ATAGGAAACATGAAGAAAGACACATTCATT-GCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACCAAAGCCTT
* * *
23219 CAAAAGCCTTATTACTCTTTTTTAATGATTTTATAACCTCA
127 CAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAA-CTCA
******** *
23260 AAATTGATTTTAAGTTGANNNNNNNNNNATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTTCC
1 AAATTGATTTTAAGTTGA--ATTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTTCC
* * ** * * *
23325 ATAGGAAACCTAAAGAAAGAGTCATTCCTTGACAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCAAAGCCTT
64 ATAGGAAACATGAAGAAAGACACATTCATTG-CAAG-AAAAGCCATTTATAGTCACCAAAGCCTT
** *
23390 CAAAAGCC-TCGTACTCTCTATAAATGGTTTTATAATCTCA
127 CAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAA-CTCA
* * * * ***********
23430 TAATTTATTTTAAGTTGATTTTTTTTCTATTTTTATTTAAAACAGATTATAANNNNNNNNNNGCC
1 AAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTC-ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTTCC
* * * **
23495 ATGGGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGAAAGAAAAGCTCATTTATACACACCAAAGCCTT
64 ATAGGAAACATGAAGAAAGACACATTCATT-GCAAGAAAAGC-CATTTATAGTCACCAAAGCCTT
*
23560 CAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAACGGTTTTATA
127 CAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATA
23595 GCATTAAAAT
Statistics
Matches: 515, Mismatches: 138, Indels: 48
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 136 0.26
171 363 0.70
172 10 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (166 bp):
AAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTTCCAT
AGGAAACATGAAGAAAGACACATTCATTGCAAGAAAAGCCATTTATAGTCACCAAAGCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACTCA
Found at i:24931 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 24628--26335 Score: 1702
Period size: 171 Copynumber: 10.1 Consensus size: 170
24618 TGAAAATTGA
* * * * * *
24628 TTTTAGTTAAAACATATTATAATTGTATATTTACCTTTG-GAAAAATGAAGAAAAACACATTCAT
1 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC-TTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCAT
* ** * **
24692 TGG-AATGAAAAGCTCATTTATACACACCCAAGCCTTCAGAAGCCTTATTACTCTCTTTAAACAG
65 TGGCAA-GAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGG
* * * * *
24756 TTTTATAGCATTAAAATTGATTTTAAGTTTAACTGTTTCACAT
129 TTTTATAACATCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACAT
* * * *
24799 TTTTGGTTAAAATAGATTATAACTAAATGTTTACCTTGAGAAACATGAATAAAAACCCATTCATT
1 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT
* * *
24864 GGCTAG-AAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCATTCAAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATAGT
66 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
* *
24928 TTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTACAT
130 TTTATAACATCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACAT
* * * * * * * *
24970 TTTTGGTTCAAACAGATTAGAATTTAATGTTTTCCTTGGGAAACTTGAAGAGAAATCCATTCATT
1 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT
*
25035 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTATAAATGGTT
66 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTT
* * * *
25100 TTATAATC-TCATAATTTATTTTAGGTTGAATTTGTTTTCTAT
131 TTATAA-CATCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTAC-AT
* ** * *
25142 TTTTAGTTAAAACCA-ATTATAATTGAATGTTCGCCTTGGGAAACATGAGGAAAAACCCATTCAT
1 TTTTGGTTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCAT
* * *
25206 TGGCAAGAAAAGCCCATTTATGGTCACCCAAGCCTTCAATAGCCTTATTACTTTCTTTAAATGGT
65 TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
* * * *
25271 TTTATAACCTCAAAATTAATTTGAAGTTGAATTTTTTTAAAT
130 TTTATAACATCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACAT
* * * ** *
25313 TTTTGTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTAGCTTTG-GAAACATGAAGAAAGATACAGTCAT
1 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTA-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCAT
* * * *
25377 TGTCAAGAAAAGCCCATTTATATTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
65 TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
** *
25442 TTTATAATGTCAAAATTGATTTTAAGTT-ACATTTTTTTATAT
130 TTTATAACATCAAAATTGATTTTAAGTTGA-A-TTTTTTACAT
* * * * *** * *
25484 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTTCCTCGTGAAACATGAAGAAAAAGTAATTTATC
1 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT
* * ** * **
25549 AGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAACCAAGCCTTCAAAAGTTTTTTTACTCTCTTTAAATATTT
66 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTT
* *
25614 TTATAAC-TGCAAAATTGATTTTAAATTCAATTTTATTACAT
131 TTATAACAT-CAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACAT
* * * * * * * * ** * **
25655 TGTTGGGTAAAATAAACTGTAATCGAATGTTTGCCTCAAGAAGCATGAAGAAAAACTAATTCATT
1 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT
* * *
25720 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGACACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAACGGTT
66 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTT
* * * *
25785 TTATAATATCATAATTGATTTTAGGTTGAGTATTTTTTACAC
131 TTATAACATCAAAATTGATTTTAAGTTGA--ATTTTTTACAT
** * * * *
25827 TTTTGGTTATCACAGATTATACTT-AATTGTTTACCTCGAGAAGCATGAAGAAAAACCCATTCAC
1 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCAT
* *
25891 TGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
65 TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
* *
25956 GTTATAACCA-CAAAATTG-----AA--T---TTTATTACAT
130 TTTATAA-CATCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT
* * * * * ** * ** *
25987 TGTTGGCTAAAACAGACTGTAATTGAAAGTTTGGCTTGAGAAACCTGAAGAAAAACTAATTTATT
1 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT
* * * * *
26052 GGCAAGGAAATCCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGGT
66 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTT
* * * *
26117 TTATAATC-TCATAATTGATTTTGAGTTCAGTATTTTTTTCAT
131 TTATAA-CATCAAAATTGATTTTAAGTT--GAATTTTTTACAT
* * * ** *
26159 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAA--TTTACTTTGAGAAATTTGAA-AAAAACCTATTCATT
1 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT
** ** ** *
26221 GTTAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTGCAAAGGGTT
66 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTT
* *
26286 TTATAATC-TCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTACAT
131 TTATAA-CATCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACAT
26327 TTTTGGTTA
1 TTTTGGTTA
26336 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1272, Mismatches: 228, Indels: 77
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
160 124 0.10
161 2 0.00
165 2 0.00
167 6 0.00
168 15 0.01
169 90 0.07
170 54 0.04
171 640 0.50
172 328 0.26
173 11 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT
GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTT
TTATAACATCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT
Found at i:25601 original size:514 final size:507
Alignment explanation
Indices: 24628--26335 Score: 1824
Period size: 514 Copynumber: 3.4 Consensus size: 507
24618 TGAAAATTGA
* * * * *
24628 TTTTAGTTAAAACATATTATAATTGTATATTTACCTTTG-GAAAAATGAAGAAAAACACATTCAT
1 TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC-TTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCAT
* * *
24692 TGG-AATGAAAAGCTCATTTATACACACCCAAGCCTTCAGAAGCCTTATTACTCTCTTTAAACAG
65 TGGCAA-GAAAAGCCCATTTATAGACACCCAAGCCTTCA-AAGCCTTATTACTCTCTTTAAACGG
* * * * * * * *
24756 TTTTATAGCATTAAAATTGATTTTAAGTTTAACTGTTTCACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAA
128 TTTTATAACATCAAAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
* * * *
24821 CTAAATGTTTACCTTGAGAAACATGAATAAAAACCCATTCATTGGCTAG-AAAGCCCATTTATAG
193 -TTAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGTCAAGAAAAGCCCATTTATAG
* * * *
24885 TCACCCAAGCCATTCAAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTT
257 TCACCTAAGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAT-TCAAAATTGATTT
* * * * * * *
24950 TAAGTTGAATTTATTTACATTTTTGGTTCAAACAGATTAGAATTTAATGTTTTCCTTGGGAAACT
320 TAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACA
* * *
25015 TGAAGAGAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTT
384 TGAAGAAAAAT-AATTTATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTT
* *
25080 ATTACTCTCTATAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAGGTTGAATTTGTTTTCTAT
448 ATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTT-TTTTC-AT
** * *
25142 TTTTAGTTAAAACCA-ATTATAATTGAATGTTCGCCTTGGGAAACATGAGGAAAAACCCATTCAT
1 TTTTAGTTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCAT
* * * *
25206 TGGCAAGAAAAGCCCATTTATGGTCACCCAAGCCTTCAATAGCCTTATTACTTTCTTTAAATGGT
65 TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGACACCCAAGCCTTCAA-AGCCTTATTACTCTCTTTAAACGGT
* * * *
25271 TTTATAACCTCAAAATTAATTTGAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGTTTAAAACAGATTATAAT
129 TTTATAACATCAAAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
* * ** * *
25336 TGAATGTTTAGCTTTG-GAAACATGAAGAAAGATACAGTCATTGTCAAGAAAAGCCCATTTATAT
194 T-AATGTTTA-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGTCAAGAAAAGCCCATTTATAG
*
25400 TCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTT
257 TCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAT-TCAAAATTGATTTT
* * *
25465 AAGTTACATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTTCCTCGTGAAACAT
321 AAGTTA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACAT
** * ** *
25530 GAAGAAAAAGTAATTTATCAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAACCAAGCCTTCAAAAGTTTTT
385 GAAGAAAAA-TAATTTATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTA
** * ** * *
25595 TTACTCTCTTTAAATATTTTTATAA-CTGCAAAATTGATTTTAAATTCAATTTTATTACAT
449 TTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAGGTTGAATTTT-TTTCAT
* * * * * * * * * ** * **
25655 TGTTGGGTAAAATAAACTGTAATCGAATGTTTGCCTCAAGAAGCATGAAGAAAAACTAATTCATT
1 TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT
25720 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGACACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAACGGTT
66 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGACACCCAAGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAACGGTT
* * * * * * ** *
25785 TTATAATATCATAATTGATTTTAGGTTGAGTATTTTTTACACTTTTGGTTATCACAGATTATACT
130 TTATAACATCAAAATTGATTTGAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
* * *
25850 TAATTGTTTACCTCGAGAAGCATGAAGAAAAACCCATTCACTGGT-AAGAAAAGCCCATTTATAG
194 TAA-TGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCA-TTGTCAAGAAAAGCCCATTTATAG
* *
25914 TCA-CTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTGTTATAA-CCACAAA---A--T
257 TCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATTCA-AAATTGATTT
* * * * * ** *
25972 T--G--AATTTTATTACATTGTTGGCTAAAACAGACTGTAATTGAAAGTTTGGCTTGAGAAACCT
320 TAAGTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACAT
* * *
26033 GAAGAAAAACTAATTTATTGGCAAGGAAATCCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTA
385 GAAGAAAAA-TAATTTATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTA
* * *
26098 TTACTCGCTTTAAATGGGTTTATAATCTCATAATTGATTTT-GAGTTCAGTATTTTTTTCAT
449 TTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG-GTT--GAATTTTTTTCAT
* * ** *
26159 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAA--TTTACTTTGAGAAATTTGAA-AAAAACCTATTCATT
1 TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT
** ** * ** *
26221 GTTAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTGCAAAGGGTT
66 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGACACCCAAGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAACGGTT
* *
26286 TTATAATC-TCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTACATTTTTGGTTA
130 TTATAA-CATCAAAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTA
26336 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 995, Mismatches: 175, Indels: 62
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
500 17 0.02
501 95 0.10
502 13 0.01
503 137 0.14
504 28 0.03
505 5 0.01
506 1 0.00
508 2 0.00
510 1 0.00
512 3 0.00
513 151 0.15
514 506 0.51
515 36 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (507 bp):
TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT
GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGACACCCAAGCCTTCAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAACGGTTT
TATAACATCAAAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTA
ATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGTCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC
CTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATTCAAAATTGATTTTAAGTT
AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAA
AAATAATTTATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTCAT
Found at i:25950 original size:685 final size:671
Alignment explanation
Indices: 24633--26275 Score: 1760
Period size: 685 Copynumber: 2.4 Consensus size: 671
24623 ATTGATTTTA
* * * * * * *
24633 GTTAAAACATATTATAATTGTATATTTACCTTTGGAAAAATGAAGAAAAACACATTCATTGGAAT
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTAGCTTTGGAAACATGAAGAAAAATACATTCATTGCAA-
* * **
24698 GAAAAGCTCATTTATACACACCCAAGCCTTCAGAAGCCTTATTACTCTCTTTAAACAGTTTTATA
65 GAAAAGCCCATTTATACTCACCCAAGCCTTCA-AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
24763 GCATT-AAAATTGATTTTAAGTTTA-ACTGTTTCACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAACTAAA
129 --ATTCAAAATTGATTTTAAG-TTACATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * ** * *
24826 TGTTTACCTTGAGAAACATGAATAAAAACCCATTCATTGGCTAGAAAGCCCATTTATAGTCACCC
191 TGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATCAGCAAGAAAGCCCATTTATAGTCAACC
* * * *
24891 AAGCCATTCAAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTT
256 AAGCCATTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATAGCAAAATTGATTTTAAATT
* * * * * * ** * *** *
24956 GAATTTATTTACATTTTTGGTTCAAACAGATTAGAATTTAATGTTTTCCTTGGGAAACTTGAAGA
321 CAATTTATTTACATTGTTGGGTAAAACAAACTAGAATCGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGA
* * *
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386 AAAATCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGACACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * *
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451 CTCTATAAACGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTGTTTACTACTTTTAGTTA
* * * * *
25151 AAACCAATTATAATTGAATGTTCGCCTTGGGAAACATGAGGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAA
516 AAACCAATTATAATTGAATGTTCACCTCGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCACTGGCAAGAAA
* * * *
25216 AGCCCATTTATGGTCACCCAAGCCTTCAATAGCCTTATTACTTTCTTTAAATGGTTTTATAACCT
581 AGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTGTTATAA-C-
* * *
25281 CAAAATTAATTTGAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTG
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* * *
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1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTAGCTTTGGAAACATGAAGAAAAATACATTCATTG-CAA
* *
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* *
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129 AT-TCAAAATTGATTTTAAGTTACATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
* * ** *
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193 TTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATCAGCAAG-AAAGCCCATTTATAGTCAACCA
** * *
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257 AGCCATTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAA-TAGCAAAATTGATTTTAAATT
* *
25641 CAATTT-TATTACATTGTTGGGTAAAATAAACT-GTAATCGAATGTTTGCCTCAAGAAGCATGAA
321 CAATTTAT-TTACATTGTTGGGTAAAACAAACTAG-AATCGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAA
*
25704 GAAAAA-CTAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGACACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATT
384 GAAAAATC-AATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGACACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATT
*
25768 ACTCTCTTTAAACGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAGGTTGAGTATTT-TTTAC-ACTTTT
448 ACTCTCTATAAACGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAGGTTGA--ATTTGTTTACTACTTTT
* ** * * *
25831 GGTTATCA-CAGATTATACTT-AATTGTTTACCTCGAGAAGCATGAAGAAAAACCCATTCACTGG
511 AGTTAAAACCA-ATTATAATTGAA-TGTTCACCTCGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCACTGG
* *
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574 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTGTT
*
25959 ATAACCACAAAATTGAATTTTATTACATTGTTG
639 ATAACCACAAAATTGAATTTTATTAAATTGTTG
* * * * * * *
25992 GCTAAAACAGACTGTAATTGAAAGTTTGGC-TTGAGAAACCTGAAGAAAAACTA-ATTTATTGGC
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTAGCTTTG-GAAACATGAAGAAAAA-TACATTCATT-GC
* * * * * *
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* * *
26120 TAATCTCATAATTGATTTTGAGTT-CAGTATTTTTT-TCATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATT
127 TAAT-TCAAAATTGATTTTAAGTTACA-T-TTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATT
* * ** * * * **
26183 GAA--TTTACTTTGAGAAATTTGAA-AAAAACCTATTCAT-TGTTAAGAAAAGTACATTTATAGT
188 GAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATCAG-CAAG-AAAGCCCATTTATAGT
*
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AAAAGCCCATTTATACTCACCCAAGCCTTCAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAT
TCAAAATTGATTTTAAGTTACATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
ACCTCGAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATCAGCAAGAAAGCCCATTTATAGTCAACCAAGCC
ATTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATAGCAAAATTGATTTTAAATTCAATT
TATTTACATTGTTGGGTAAAACAAACTAGAATCGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAT
CAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGACACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTA
TAAACGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTGTTTACTACTTTTAGTTAAAACC
AATTATAATTGAATGTTCACCTCGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCACTGGCAAGAAAAGCCC
ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTGTTATAACCACAAAA
TTGAATTTTATTAAATTGTTG
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* * * *
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* **
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* *
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* * * * *
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* ** * *
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* * ** *
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* * * *
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* *
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* * *
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* ** * * * ** * *
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* **
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*
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1 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATG-GTTTTTCTT
** ** *
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*
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* *
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1 ATAAGGCTT-TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAT-GGTTTTTCT
* * * * *
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* * *** * *
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* * * * * *
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1 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATG-GTTTTTCTT
** * * * *
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* *
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* * * * *
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1 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGG-TTTTTCTT
* * * *
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* * * * *
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1 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAA-TGGTTTTTCTT
* ** * * * *
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* *
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128 TTAAAATCAATTATGAGAT--TATAAAACCATTTAAAGAGAGTA
*
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1 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGG-TTTTTCTT
* * * * * * * * *
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65 CAGTTTTCC-A-AGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * *
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1 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTT
28184 NNNNNNNNNN
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* * * *
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** *** * * *
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* *
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* * * ** *
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* * * * * *
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* *
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** * * * * * *
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* ** * * ** * * *
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26946 GTA
505 GTA
* *
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1 ATAAGGCTTTTGAAGGC-TTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGT-ATTTTTCG
* ** * * * * ** * *
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*
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128 TTAAAATCAA-TTTATGAGTTATAAAATAATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGG
*
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* *
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* * * *
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*
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386 CAATGAATGGGTTTTTCTTCGTGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAA
* *
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* * * * * *
27461 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGAGTACAAATGGGCTTTTCTTTCTAATGAATGTTTTTTTCTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTG-GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTATTTTTCGT
* * * *
27526 CTTTTTTCCAAAGGTAAATATTCAATTATAATCCGTTTTAACTAAAAATAG-AAAAAAATTCAAC
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* * * *
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128 TTAAAATCAATTTATGAG-TTATAAAATAATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGG
* * * * * *
27654 CGACTATAAATGAGCTTCTCTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCATATCTCTTAAGGAAAACATT
192 TGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCAAATTTCCTAAGGAAAACATT
*
27719 CAATTGTAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
257 CAATTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
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322 AAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGATTTGAAGGCTTGGGTGACTATAATTGGGCTTTTCTTGCC
* * * *
27849 ATTAAATTGGTTTTTCTTCAG-GTTTCTCAAGGCTAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAA
387 AATGAATGGGTTTTTCTTC-GTGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAA
* * *
27913 AATATGAAAAAATAAAGCTTAAAATCAATTTTAATGCTATAAAACCGTTTAAAGAGAGTA
450 AATGTG-AAAAATTAA-CTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACCGTTTAAAGAGAGTA
*
27973 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTTTCGT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGCTT-GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTATTTTTCGT
* * * * * * * * * *
28038 CATGTTCCTAGAGGCAAACATTCAATCATAATCTATTTTAACTAAAAATGTGAAACAATTAAATT
65 CTTTTTCC-AAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* ** * *
28103 TAAAATCAATTTTATG-GCTATAAAACCATTTCAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGT
129 TAAAATCAA-TTTATGAGTTATAAAATAATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGT
28167 GACTATAAATGGGCTTT
193 GACTATAAATGGGCTTT
28184 NNNNNNNNNN
Statistics
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TTTTTCCAAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
AAATCAATTTATGAGTTATAAAATAATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
TATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCAAATTTCCTAAGGAAAACATTCAAT
TGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
TATTTAAAGAGAGTAATAAGGATTTGAAGGCTTGGGTGACTATAATTGGGCTTTTCTTGCCAATG
AATGGGTTTTTCTTCGTGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATGTG
AAAAATTAACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACCGTTTAAAGAGAGTA
Found at i:29047 original size:171 final size:171
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28606 NNNNNNNNNN
* * *
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* * * * * * *
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** *
28746 AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGAC-TTTGAA
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* * *
28786 GGCTTGGGTGACTATAATTGGGCTTTTCTTGCCAATGAAT-TAGTTTTTCTTCAGGTTTCTCAAG
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* *
28850 GCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAGTAAACTTAAAATCAATTTT
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* **
28915 AATGCTATAAAACTGTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAA
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* * * *
28957 GGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTT-TCTGCCAATGAATGGATGTTTCGTCATGTTTCTGACG
1 GGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT-TGCCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCTCAAG
* * * * *
29021 GCAAACATTCAATTATGATGTGTTTTAACTAAAAATATGAAATAATTAAACTTAAAATCAATTTT
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* * * *
29086 AAGGCTATAAAACCATTTCAAGGGAGTAATAAGGGTTTCGAA
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* * * * * *
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* * * * * *
29193 AAAACATTTAATTGTAATATGTTTTCA-TCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTT
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* ** * *
29257 AAAGCTATAAAACCATTTCTAGGGAGTAATAAGGCTTTTAAA
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* * * * * * *
29299 GGCTTGGGTGACCATAAATGGGCTTTTGTTGCTAGTGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCTAGG
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* * * * * *** * *
29364 AAAACATTCAATTATAGTATGTTTTAAGTAAAAATTTTAAAAAATGCTACTTAAAATCAATTATG
66 AAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTA
** * * *
29429 AGATTTTAAAACCATTTAAAGAAAGCAATAAGGCTTTTGAA
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* * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* ** * * * * *
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1 GGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG
* * * * *
29706 AAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAACAATTAAACTTAAAATCGATTTTG
66 AAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTA
* * * *
29771 AGGCTATAAAATCGTTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCGAA
131 AGGCTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * *
29812 GACTTCGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATTAATGGCTCTTTT-TTCAGGTTTCTCATG
1 GGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGAT-TTTTCTTCATGTTTCTCAAG
* * * * *
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* *
29940 TAAGGCTATAAAATCATTTCAAA-TGAGTAATAAGGCTTTTGAA
129 TAAGGCTATAAAACCATTT-AAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * *
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1 GGCTTG-GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCTCAAG
* * * * *
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65 GAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT-ATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTT
* ** * *
30111 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTATTGAA
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30180 NNNNNNNNNN
Statistics
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AAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTA
AGGCTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAA
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Alignment explanation
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30877 NNNNNNNNNN
* * *
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** * * * * **
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* * * ** * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * * * **
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* * * * * * *
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* * *
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** ** * * *
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* * ** * * *
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* * * *
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* * *
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* *
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* * *
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* *
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* * *
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* * *
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* ** * * ** *
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* * * * *
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** * * **
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* * *
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*
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* * *
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* * *
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* * *
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* * * * *
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* ** * * * *
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* * * ** * *
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* ** * * * * *
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* * * * *
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* * ********** *
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* * *
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* * * * * *
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* *
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* * ***
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1 ATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATG
******* * * * * * * * *
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* *
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* *****
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1 ATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATG
********** * * * * * *
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* * * *
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* ********** *
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1 ATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATG
** * * * * * ** *
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* * * * *
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********** * * *
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********** * * * *
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* * * * * *
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130 ATTGAATGTTTGCC-TTGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTC
* * ***********
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1 ATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATG
* * * * * * * *
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66 GTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAATTGAA-TTTTTTAC-ATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * *
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* * * * ***********
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* * * * * * * *
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** * * * *
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* * *
34133 ATTGGCAAGAAAGGCCCATTTATAGTCACACAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATG
1 ATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATG
* * *
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66 GTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAATTGA-ATTTTTTA
34239 TNNNNNNNNN
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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* * *
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* ** * * * * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
35632 AATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAATCCCATTCACTA
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*
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1 GCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCT
35727 NNNNNNNNNN
Statistics
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Consensus pattern (171 bp):
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TATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
AATGTTTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTG
Found at i:35411 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 34481--35726 Score: 1550
Period size: 341 Copynumber: 3.7 Consensus size: 341
34471 NNNNNNNNNN
*
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* * *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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* * *
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* ** * * * * * *
34884 TATAATCGT-AAAA-TATATTTTTTGTTGAATTTTATTACATTCTTGGGTAAAACAGACTGTAAT
66 TATAATCCTCAAAATTA-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
* * * * * * ** * *
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* * * *
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195 CAACC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTT-ATA-ACCTCAAAATTGATTT
* * * * *
35075 TAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATCATTGAATATTTTCCTTAGAAAACA
257 TAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTTCCTTGGAAAACA
35140 TGAAGAAAAACCCATTCATTG
321 TGAAGAAAAACCCATTCATTG
* * * * * * * *
35161 GCAAGAAAAACCCATTTATAGTTACTCAAGCCTTCAATAGCCTTATTACACTCTTTACATAGTTT
1 GCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTATAAATTGTTT
* * *
35226 TATAA-CCTCAAAATTAATTCTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGCTTAAAACAGATAATAATT
66 TATAATCCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* *
35290 GAATGTTTACCTTTGGAAACATGAAGAAAGACACATTCATTGACAAGAACAGCCCATTTATAGTC
131 GAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAGACACATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTC
*
35355 AACCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAG
196 AACCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAG
* * * * *
35420 TTGAAGTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAGAAATTATAATTGAATGTTTTCCATGGAAAACCTGAA
261 TTGAA-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTTCCTTGGAAAACATGAA
* *
35485 GAAAGATCCAGTT-ATTG
325 GAAAAACCCA-TTCATTG
* * * *
35502 ACAAGAAAAGCCCATTTATAGGCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCTCTATAAATGGTTT
1 GCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTATAAATTGTTT
* * * * * *
35567 TATAAT-CTCATAACTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTATAGTTTTGGTTAAAACATATTATAATT
66 TATAATCCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* * *
35631 GAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAA-ATCCCATTCACT-AGTAAGAAAAGCCCATTTATAG
131 GAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAGA-CACATTCATTGA-CAAGAAAAGCCCATTTATAG
*
35694 TCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCT
194 TCAACCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCT
35727 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 765, Mismatches: 123, Indels: 36
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
337 1 0.00
338 39 0.05
339 48 0.06
340 130 0.17
341 390 0.51
342 151 0.20
343 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
GCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTATAAATTGTTT
TATAATCCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
GAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAGACACATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTC
AACCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAG
TTGAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTTCCTTGGAAAACATGAAG
AAAAACCCATTCATTG
Found at i:36224 original size:170 final size:172
Alignment explanation
Indices: 35967--36411 Score: 565
Period size: 170 Copynumber: 2.6 Consensus size: 172
35957 NNNNNNNNNN
* ** *
35967 AAGAAAATGCT-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGGAAGCCTTA
1 AAGAAAAT-CTCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTA
* **************
36031 TTACTCTCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTNNNNNNNNNNNNNNTTTT-
65 TTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTATATTTTA
* *
36095 TGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTTGGA-AAACATG
130 GGCTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACC-TGGAGAAACATG
* *
36138 AAGAAAATCTCATTCACTGGTAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTAT
1 AAGAAAATCTCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTAT
* *
36202 TACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTATATTTTAG
66 TACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTATATTTTAG
* *
36267 GCTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTGGAGAAACATG
131 GCTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTGGAGAAACATG
* * *
36309 AAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTAT
1 AAGAAAATCTCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTAT
*
36374 TACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
66 TACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
36412 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 235, Mismatches: 35, Indels: 7
0.85 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 89 0.38
171 72 0.31
172 74 0.31
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
AAGAAAATCTCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTAT
TACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTATATTTTAG
GCTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTGGAGAAACATG
Found at i:36881 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 36538--37134 Score: 534
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 171
36528 NNNNNNNNNN
* * * * *
36538 TAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAGTTTT-CGTTAAAACA
1 TAAATGATTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTAGGCTAAAACA
* * ** * *
36602 GATTATAATTGAATGTTGACCTTGGGAAACATGATGAAAATCCCATTGTCTAGTAAGAAAAGCCC
65 GATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAATCCCATTCACTGGTAAAAAAAGCCC
* *
36667 ATTTATTGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTGTTAGTCTCTT
130 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTGTTACTCTCTT
* * * * *********
36709 TAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATNNNNNNNNNNAAACA
1 TAAATGATTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTAGGCTAAAACA
* * * *
36774 AATTATAATTAAATGTTTACCTTGGAAAACATGAAGAAAATCCCATTCACTGGTAAAAAAAGTCC
65 GATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAATCCCATTCACTGGTAAAAAAAGCCC
**********
36839 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAANNNNNNNNNNACTCTCTT
130 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTGTTACTCTCTT
* *
36881 TAAATGATTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTAGGCTAAAACAG
1 TAAATGATTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAGGCTAAAACAG
* ** * * *
36946 ATTATAATTGAATGTTTGCCAGGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAATAAAAGCCCA
66 ATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAATCCCATTCACTGGTAAAAAAAGCCCA
********** * *
37011 TTTATAGTCACCCANNNNNNNNNNAGCCTTATTACTCTCTT
131 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTGTTACTCTCTT
* * * * * * *
37052 TAAAT-AGTTTCATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTATATTTTCA-GTTAAAAC
1 TAAATGA-TTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT-AGGCTAAAAC
37115 AGATTATAATTGAATGTTTA
64 AGATTATAATTGAATGTTTA
Statistics
Matches: 338, Mismatches: 84, Indels: 8
0.79 0.20 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
171 201 0.59
172 135 0.40
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TAAATGATTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAGGCTAAAACAG
ATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAATCCCATTCACTGGTAAAAAAAGCCCA
TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTGTTACTCTCTT
Done.