Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398157.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1460.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4919
ACGTcount: A:0.24, C:0.08, G:0.08, T:0.21
Warning! 1924 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:353 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2--1304 Score: 1229
Period size: 171 Copynumber: 7.7 Consensus size: 170
1 T
* * * *
2 TCAACTTAAACTTAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCG-AGGA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGA
* * * ** * * * ** *
66 ATTGGTGGCTATAAATAGACTTTT-TTTTTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAG-CAA
65 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTTAATGAATGGATTTTTCTTAATGTTTCCCAAGACAG
* *
129 ACATTCAGTTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
130 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
* * * * * * *
170 TTCAACTTAAAATCAATTACGAGAGTATAAAACCATTTAAAGCGACTAAAAAGGCATTCGAAGGC
1 -TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * * * * **
235 ATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTAGTTAGTGAATGGATTTTTCTTTATGTTTTCCAAGGTAG
65 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTTAATGAATGGATTTTTCTTAATGTTTCCCAAGACAG
* *
300 ACATTCAATTGTTATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAAA
130 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AAA
* * * *
342 TCAAATTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* ** ****
407 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT--ATCTTGTTCTTAATGTTTTTTGAGACA
66 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTTAATGAATGGAT-TT-TTCTTAATGTTTCCCAAGACA
* * *
470 GACATTCAATTATAACCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAT
129 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
* * * * * *
512 TCAACTTAAACTCAATTATAAAATTACAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTTG-AGGA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGA
* * * * *
576 ATGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCT--TTCAAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAG-T
65 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTT--AATGAATGGATTTTTCTTAATGTTTCCCAAGAC
* * * *
638 AGACATTCAATTATAATTTTTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
128 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
* * * * ** * * *
681 TTAACTTAAAATTAACTACGAGATTATAAAACCATTTAAAATGACTAATAAGG-TTTTTAAAGAC
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-
* * *
745 ATGGGTGACTATAAACGGACTTTTCTAGTCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCCCAAGACAG
65 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTTAATGAATGGATTTTTCTTAATGTTTCCCAAGACAG
* * *
810 ACATTCAATTGTTATCAGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
130 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
*
851 TTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
1 -TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * * * * *** ****
916 ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAGTAAATACCTTTTTCTTAATGTTTTTTGAGACAG
65 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTTAATGAATGGATTTTTCTTAATGTTTCCCAAGACAG
* * *
981 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TCAAAAATATCAAAAAAT
130 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGT-AAAAAAA
* * *
1023 TCAACTTAAACTCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTACG-AGGA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TGAAGGA
* * * * *
1087 ATAAGGG-G-CTATAAATAGACTTTTCT--TTCCAAAGACT-AACTTTTTCTTAACGTTTCCCAA
65 AT--GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTT--AATGAATGGA-TTTTTCTTAATGTTTCCCAA
* * * * * * *
1147 GGA-AGATATTAAATTATAATTTGATTTAACCAACAATGTAAAAACAT
125 -GACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-AA
* * * * * *
1194 TCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCCTTCGAAGGCA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * * *
1259 TGGGTGACTATAAGTGGGCTTTTCTAGTCAATGAATAGCTTTTTCT
66 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTTAATGAATGGATTTTTCT
1305 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 919, Mismatches: 180, Indels: 68
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.00
168 4 0.00
169 209 0.23
170 168 0.18
171 508 0.55
172 22 0.02
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTTAATGAATGGATTTTTCTTAATGTTTCCCAAGACAGA
CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
Found at i:965 original size:510 final size:512
Alignment explanation
Indices: 1--1304 Score: 1879
Period size: 510 Copynumber: 2.6 Consensus size: 512
* *
1 TTCAACTTAAACTTAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCGAGGA
1 TTCAACTTAAACTCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAGGA
* ** **
66 ATTGGTGGCTATAAATAGACTTTT-TTTTTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGCAA-
66 ATAGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTTCAAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAG-AAG
* *
129 ACATTCAGTTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGA
130 ACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGA
* * * *
194 GTATAAAACCATTTAAAGCGACTAAAAAGGCATTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTT
195 TTATAAAACCATTTAAAGTGACTAATAAGGCATTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTT
* * * * ** *
259 CTAGTTAGTGAATGGATTTTTCTTTATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTGTTATCTGTTTTAA
260 CTAGTCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCCCAAGACAGACATTCAATTGTTATCAGTTTTAA
* *
324 CTAAAAATGTAAAACAAATCAAATTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTA
325 CTAAAAATGTAAAACAAATCAAATTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * *
389 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTGTTCTT
390 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATACCTTGTTCTT
454 AATGTTTTTTGAGACAGACATTCAATTATAACCTGTTTTAA-CTAAAAATAT-AAAAAA
455 AATGTTTTTTGAGACAGACATTCAATTATAACCTGTTTTAATC-AAAAATATCAAAAAA
* * * * *
511 TTCAACTTAAACTCAATTATAAAATTACAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTTGAGGA
1 TTCAACTTAAACTCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAGGA
* * *
576 ATGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTTCAAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGTAGA
66 ATAGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTTCAAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGAAGA
* * * *
641 CATTCAATTATAATTTTTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATTAACTACGAGAT
131 CATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGAT
* ** ** * * *
705 TATAAAACCATTTAAAATGACTAATAAGGTTTTTAAAGACATGGGTGACTATAAACGGACTTTTC
196 TATAAAACCATTTAAAGTGACTAATAAGGCATTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTC
770 TAGTCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCCCAAGACAGACATTCAATTGTTATCAGTTTTAAC
261 TAGTCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCCCAAGACAGACATTCAATTGTTATCAGTTTTAAC
*
835 TAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
326 TAAAAATGTAAAACAAA-TCAAATTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * *
899 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAGTAAATACCTTTTTCTT
390 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATACCTTGTTCTT
**
964 AATGTTTTTTGAGACAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATATCAAAAAA
455 AATGTTTTTTGAGACAGACATTCAATTATAACCTGTTTTAATCAAAAATATCAAAAAA
*
1022 TTCAACTTAAACTCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTACGAGGA
1 TTCAACTTAAACTCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAGGA
* ** *
1087 ATAAGG-GGCTATAAATAGACTTTTCTTTCCAAA-GACTAACTTTTTCTTAACGTTTCCCAAGGA
66 AT-AGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTT-CAAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAA-GA
* * * * * * *
1150 AGATATTAAATTATAATTTGATTTAACCAACAATGTAAAAACATTCTACTTAAAATCAATTATGA
128 AGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGA
* *
1215 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGC-AATAAGGCCTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAGTGGGCT
193 GATTATAAAACCATTTAAAGTGA-CTAATAAGGCATTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCT
* *
1279 TTTCTAGTCAATGAATAGCTTTTTCT
257 TTTCTAGTCAATGAATGGATTTTTCT
1305 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 699, Mismatches: 85, Indels: 17
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
509 3 0.00
510 376 0.54
511 182 0.26
512 45 0.06
513 92 0.13
514 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (512 bp):
TTCAACTTAAACTCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAGGA
ATAGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTTCAAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGAAGA
CATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGTGACTAATAAGGCATTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTC
TAGTCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCCCAAGACAGACATTCAATTGTTATCAGTTTTAAC
TAAAAATGTAAAACAAATCAAATTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATACCTTGTTCTTA
ATGTTTTTTGAGACAGACATTCAATTATAACCTGTTTTAATCAAAAATATCAAAAAA
Done.