Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397344.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_631.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 47675
ACGTcount: A:0.25, C:0.10, G:0.10, T:0.24
Warning! 14711 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:4002 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3657--4036 Score: 422
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
3647 NNNNNNNNNN
**
3657 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTAGATTTTTTCTACATTTTTG
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTAGATTTTTTAAACATTTTTG
* * * * * * * *
3722 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTGATAAACGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAA
66 ATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCTTCAAAAACATAAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAA
* * ********** **
3787 GCAAAGTACATTTATAGTNNNNNNNNNNTTCGAAAGCATTA
131 GAAAAGTACATTTACAGTCACTCAATCCTTAAAAAGCATTA
* * *
3828 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAAGTCATAATTGATTTTTAGCT-GATTTTTTAAATATTTTT
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAG-TAGATTTTTTAAACATTTTT
* * *
3892 GATTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTGCCTTCAAAAACATAAAGTAAAAGCCATCCGTTGGCA
65 GATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCTTCAAAAACATAAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA
* *
3957 CGAAAAGT-CTATTTACAGTCACTCAATCCTTAAAAAGCCTTA
130 AGAAAAGTAC-ATTTACAGTCACTCAATCCTTAAAAAGCATTA
* *
3999 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGAT
4037 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 172, Mismatches: 35, Indels: 4
0.82 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 170 0.99
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTAGATTTTTTAAACATTTTTG
ATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCTTCAAAAACATAAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAA
GAAAAGTACATTTACAGTCACTCAATCCTTAAAAAGCATTA
Found at i:4817 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4138--6520 Score: 2216
Period size: 171 Copynumber: 14.0 Consensus size: 171
4128 NNNNNNNNNT
* * * * * * *
4138 TTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGTCAACGGATGGCTTTTACTTTACAG-T
1 TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCAC-GTT
* ** *
4202 TTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATGCAAACTATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
65 TTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
*
4267 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGT
130 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGC
* * * * * *
4309 TTTTGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGAATGGCCTTTTCTTCACATTT
1 TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT
* * * * *
4374 CTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAGAAATTCAGCTTAAAATC
66 TTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* ** *
4438 AATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAATAC
131 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGC
* * * * * *
4479 TTTC-ACAAGCAT-AGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAAAGGTTTTTTCTTGACAT
1 TTTCGA-AGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGT
* * * ** ** *
4542 TTATCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTGCACCAAAAATGTAAAAACAAATTCAACTTAA
64 TTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATAT-AAAA-AAATTCAACTTAA
* * *
4607 AATCAATTATGAAATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGC
127 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGC
** * * * * * * * *
4652 TTTCGAATACTTGAGTGACTATAAATGGACTGTTCGTGCCAATGGATGGCTATTGCTTCATGTTT
1 TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT
* * *
4717 TTCAAGGTAGATATTTAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
66 TTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
*
4782 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGC
131 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGC
** * ** * * *
4823 TTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAACAT-ATTGG-TTTTGCTTCAC-C
1 TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-A-ATGAATGGCTTTTTCTTCACGT
* * * * *
4885 TTTTC-TGTGATAGATATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAT-TAAAAATTTAACTTAA
64 TTTTCAAG-G-TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * *
4948 AATCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAATAC
127 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGC
* * ** * * * **
4993 TTTCAAAGGTATGAGTG-CTTATAAATAAACTTTTC-TCTCTAATGGATGTCTTTAACTTTGCAC
1 TTTCGAAGGCATGAGTGAC-TATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGGCTTTTTC-TT-CAC
* * * * ** * ** *
5056 -TTTCT-AAGATAGACATTTAA-TATTAATCTGTTTTAACCAATAACGT-AAAAAACTCAACTTA
62 GTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTA-TAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * *
5117 AAATCAATTATGAGATTATAACACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
126 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGC
* * ** * * * * **
5163 TTTTGAACGTTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCGTG-CTAACGAATGGCTTTCGCTTCACGTT
1 TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTT
* * * * *
5227 TCTCAAGGTAGACATTCAATTAGAATATATTTTAA-AGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAA
65 TTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATA-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
*
5291 TCAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGC
129 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGC
* * * * * **
5334 TTTTGAAGGTATGGGTAACTATAAATAGACTTTGT-TTACCAATGAATGGC-TTTTCTTTCACGT
1 TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTGTCAATGAATGGCTTTTTC-TTCACGT
* *** * * * * *
5397 TTCTCAAAACAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAATATAAAACAATTCAGCTTGAAA
64 TTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * *
5462 TCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAAGC
129 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGC
* * *
5505 TTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAA-CAGATGGCTTTTGCTTCAC-TT
1 TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACGTT
* * ** *
5568 TTTCTTAGGTAGACATTTAATTATAATAAATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTGAACTTAAAA
65 TTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * *
5632 TCAACTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAATGA
129 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGC
* * * ** *
5675 TTTC-AAGGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTATTGTTAATGAATGAATTTTTCTTTACGTT
1 TTTCGAA-GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTT
* * * * * * * * *
5739 TCTCAAGGCAGATATGCAATCATAATCTTTTTTAACTAAAAACGTA-AAAAAAATTCAATTTCAA
65 TTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAA-ATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * *
5803 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAGGCGAGTAATAAGGC
128 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGC
** * * * * * * * *
5847 TTTTTAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACGTTTCATGCCAACGAATGGCTTTTGCTTCATG-TT
1 TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT
* * * * *
5911 TTGAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAA-TCAGCTTAAAATC
66 TTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* *
5975 AATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAATGC
131 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGC
* * * * * *
6016 -TTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGTACTTTGCTTGACAATGAAAGGTTTTTTCTTCACGTTT
1 TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT
* * * * * * * * *
6080 ATCAAAGTAGACAATCGATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAAATAAACTTGAAATC
66 TTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * * *
6145 AATTATAAGATTAGAAAACCACTTAAAGCAAGCAATAATTC
131 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGC
** * * *
6186 TTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTT
1 TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT
* * *** * * * *
6251 CTCAAGGCA-AGCATTCAATTATAATCTATTTTAGCCAAATATATAATAAAATTCAGCTAAAAAT
66 TTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * *
6315 CAATTATGATATTATAAAAACTTTTAAAGCAAATAATAATGC
130 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGC
** * * *
6357 TTTTAAAGGCAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAACGACATTTTCTTCACG-T
1 TTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTT
** * * ** ** *
6420 TTTCTAACATAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAACCATTAAAAAATTCAACTTAAAA
65 TTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* *
6485 TCAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
129 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
6521 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1793, Mismatches: 370, Indels: 98
0.79 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 51 0.03
169 110 0.06
170 574 0.32
171 800 0.45
172 122 0.07
173 134 0.07
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT
TTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGC
Found at i:5592 original size:682 final size:680
Alignment explanation
Indices: 4138--6514 Score: 2551
Period size: 682 Copynumber: 3.5 Consensus size: 680
4128 NNNNNNNNNT
* * * * * * * *
4138 TTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGTCAACGGATGGCTTTTACTTTACAGTT
1 TTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAACAGATGGCTTTTGCTTCAC-TTT
** *
4203 T-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATGCAAACTATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
65 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAAT
* ** * *
4267 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGTTTTTGAAA-GCATGGGTGACTAT
129 CAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGACTTTCAAAGGCATGAGTGACTAT
* * * * *
4331 AAATGGACTTTTTTTGTCAATGAATGGCCTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTAT
194 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GACTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTAT
** ** * * *
4396 AATCTGTTTTAATAAAAAATATAAGAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATT
258 AATCTGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* ** * * * *
4461 TAAAGTAAGTAATAATAC-TTTCACAAGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG-TCAATGA
323 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCA-AAGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGCT-AACGA
* * * * * * * ** *
4524 AAGGTTTTTTCTTGACATTTATCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTGCACCAAAAATGTA
386 ATGGCTTTTGCTTCACGTTT-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAACAAAAATGT-
* *
4589 AAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTT
449 AAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTT
* * * * *
4654 TCGAA--TACTTGAGTGACTATAAATGGAC--TGTTCGTGCCAATGGATGGCTATTGC-TTCATG
513 TCGAAGGTA--TGGGTGACTATAAAT-GACTTTGTT--TACCAATGAATGGCT-TTTCTTTCACG
* * * * * *
4714 TTTTTCAAGGTAGATATTTAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
572 TTTATCAAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTGAA
**
4779 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGC
637 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGC
* * ** *
4823 TTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAACATATTGG-TTTTGCTTCACCTT
1 TTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAACAGA-TGGCTTTTGCTTCA-CTT
** * * * *
4887 TTCT-GTGATAGATATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATTAAAAATTTAACTTAAAAT
64 TTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAAT
* *
4951 CAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAT-ACTTTCAAAGGTATGAGTG-CTTA
129 CAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGACTTTCAAAGGCATGAGTGAC-TA
** * * * * *
5014 TAAATAAACTTTTC-TCTCTAATGGATGTCTTTAACTTTGCAC-TTTCT-AAGATAGACATTTAA
193 TAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGACTTT-TC-TT-CACGTTTCTCAAGATAGACATTCAA
* * *
5076 -TATTAATCTGTTTTAACCAATAACGTAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAACA
254 TTA-TAATCTGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * *
5140 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAACGTTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCGTGCTAA
318 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCAAAGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGCTAA
* * * *
5205 CGAATGGCTTTCGCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAGAATATATTTTAAAGAAAAAT
383 CGAATGGCTTTTGCTTCACGTTT-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAACAAAAAT
* *
5270 GTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCT
447 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCT
* * *
5335 TTTGAAGGTATGGGTAACTATAAATAGACTTTGTTTACCAATGAATGGCTTTTCTTTCACGTTTC
512 TTCGAAGGTATGGGTGACTATAAAT-GACTTTGTTTACCAATGAATGGCTTTTCTTTCACGTTTA
** * * * *
5400 TCAAAACAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAATATAAAACAATTCAGCTTGAAATCA
576 TCAAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTGAAATCA
* * *
5465 ATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAAGC
641 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGC
* *
5505 TTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAACAGATGGCTTTTGCTTCACTTTT
1 TTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAACAGATGGCTTTTGCTTCACTTTT
* * * *
5570 -TCTTAGGTAGACATTTAATTATAATAAATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTGAACTTAAAATC
66 CTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * *
5634 AACTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAATGA-TTTCAAGGGCATGGGTGACTATA
130 AACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGACTTTCAAAGGCATGAGTGACTATA
* * * * ** * * *
5698 AATGGACTTTTATTGTTAATGAATGAATTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGCAGATATGCAATCATA
195 AATGGACTTTTCTTGTCAATGAATG-ACTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATA
* * * * *
5763 ATCTTTTTTAACTAAAAACGTAAAAAAAATTCAATTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
259 ATCTGTTTTAACCAAAAACGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * * * * * *
5828 TTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACGTTTCATGCCAACGAA
322 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCAAAGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGCTAACGAA
* * * *
5893 TGGCTTTTGCTTCATGTTTTGAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAA
387 TGGCTTTTGCTTCACGTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAACAAAAATGTAAA
* * *
5958 AAAA-TCAGCTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAATGC-TTCGA
452 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGA
* * * *
6021 AGGCATGGGTGACTATAAATGTACTTTGCTTGA-CAATGAAAGG-TTTTTTCTTCACGTTTATCA
517 AGGTATGGGTGACTATAAATG-ACTTTG-TTTACCAATGAATGGCTTTTCT-TTCACGTTTATCA
* * * * * *
6084 AAGTAGACAATCGATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAAATAAACTTGAAATCAATT
579 AAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATT
* * * * *
6149 ATAAGATTAGAAAACCACTTAAAGCAAGCAATAATTC
644 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGC
* * * * *
6186 TTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAA-TGAATGACTTTTTCTTCACGTT
1 TTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAACAG-ATGGCTTTTGCTTCACTTT
* * *** * * *
6250 TCTCAAGGCA-AGCATTCAATTATAATCTATTTTAGCCAAATATATAATAAAATTCAGCTAAAAA
65 TCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAA-AAAATTCAACTTAAAA
* * * * * * *
6314 TCAATTATGATATTATAAAAACTTTTAAAGCAAATAATAATG-CTTTTAAAGGCAT-AGGTGACT
128 TCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGACTTTCAAAGGCATGA-GTGACT
* *
6377 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAACGACATTTTCTTCACGTTT-TCTAACATAGACATTCAAT
192 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGAC-TTTTCTTCACGTTTCTC-AAGATAGACATTCAAT
* * * *
6441 TATAATTTGTTTTAACCAAAACCATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAAC
255 TATAATCTGTTTTAACCAAAAAC-GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
6506 CATTTAAAG
319 CATTTAAAG
6515 CAAGTANNNN
Statistics
Matches: 1408, Mismatches: 243, Indels: 86
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
680 11 0.01
681 284 0.20
682 579 0.41
683 74 0.05
684 359 0.25
685 93 0.07
686 8 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (680 bp):
TTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAACAGATGGCTTTTGCTTCACTTTT
CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCA
ACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGACTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAA
ATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAAT
CTGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
AGTGAGTAATAAGGCTTTTCAAAGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGCTAACGAATGGC
TTTTGCTTCACGTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAA
TTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGT
ATGGGTGACTATAAATGACTTTGTTTACCAATGAATGGCTTTTCTTTCACGTTTATCAAAGTAGA
CATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGC
Found at i:5933 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 4143--6520 Score: 2239
Period size: 341 Copynumber: 7.0 Consensus size: 338
4133 NNNNTTTTCG
* * * *
4143 AAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGTCAACGGATGGCTTTTACTTTACA-GTTTTCA
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAACGAATGGCTTTTGC-TT-CATGTTTTCA
** *
4207 AGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATGCAAACTATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
64 AGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * *
4272 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGTTTTTGAAAGCATGGGTGACTATAAATGG
128 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATG-ATTTCAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
* * * * *
4337 ACTTTTTTTGTCAATGAATGGCCTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTG
192 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * * * *
4402 TTTTAATAAAAAATATAAGAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGT
257 TTTTAATAAAAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* *
4467 AAGTAATAATACTTTCA
322 AAGTAATAATGCTTTTA
* * * * *
4484 CAA-GCAT-AGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAAAGGTTTTTTCTTGACAT-TTAT
1 -AAGGCATGA-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAACGAATGGCTTTTGCTT--CATGTTTT
* * * * ** * *
4546 CGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTGCACCAAAAATGTAAAAACAAATTCAACTTAAAATC
62 CAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTT-TAATAAAAA-ATATAAA-AAATTCAACTTAAAATC
* * * * ** * *
4611 AATTATGAAATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATACTTGAGTGACTATAA
124 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGATTTC-AAGGCATGGGTGACTATAA
* * * * * * * * *
4676 ATGGACTGTTCGTGCCAATGGATGGCTATTGCTTCATGTTTTTCAAGGTAGATATTTAATTATAA
188 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAA
* *
4741 TATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
253 TCTGTTTTAATAAAAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
**
4806 AAAGTGAGTAATAATGCTTTTA
317 AAAGCAAGTAATAATGCTTTTA
* * ** **
4828 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAC-ATATTGG-TTTTGCTTCACCTTTTC-
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAACGA-A-TGGCTTTTGCTTCATGTTTTCA
* * * * *
4890 TGTGATAGATATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATTAAAAATTTAACTTAAAATCAAC
64 AG-G-TAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * *
4955 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAT-ACTTTCAAAGGTATGAGTG-CTTATAAA
127 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGA-TTTC-AAGGCATGGGTGAC-TATAAA
** * * * ** * *
5018 TAAACTTTTCTCT-CTAATGGATGTCTTTAACTTTGCAC-TTTCT-AAGATAGACATTTAA-TAT
189 TGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTC-TT-CACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA-
** * *** * *
5079 TAATCTGTTTTAACCAATAACGTAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAACACCAT
250 TAATCTGTTTTAATAAAAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
** * *
5144 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
315 TTAAAGCAAGTAATAATGCTTTTA
* ** * * * *
5168 AACGTTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCGTG-CTAACGAATGGCTTTCGCTTCACGTTTCTCA
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTC-AACGAATGGCTTTTGCTTCATGTTT-TCA
* * *
5232 AGGTAGACATTCAATTAGAATATATTTTAA-AGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
64 AGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATA-AAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * *
5296 TATGATATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGTATGGGTAACTATAAATA
127 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATG-ATTTCAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* *** *
5361 GACTTTGT-TTACCAATGAATGGC-TTTTCTTTCACGTTTCTCAAAACAGACATTCAATTATAGT
191 GACTTT-TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC-TTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT
* * * * * * *
5424 CTATTTTAATCAAAAATATAAAACAATTCAGCTTGAAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTA
254 CTGTTTTAATAAAAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* **
5489 AAGCAAGTAATAAAGCTTTCG
318 AAGCAAGTAATAATGCTTTTA
* *
5510 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAC-AGATGGCTTTTGCTTCACT-TTTTCT
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAACGA-ATGGCTTTTGCTTCA-TGTTTTC-
* * * * *
5573 TAGGTAGACATTTAATTATAATAAATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTGAACTTAAAATCAACT
63 AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
*
5638 ATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAATGATTTCAAGGGCATGGGTGACTATAAATGG
128 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGATTTCAA-GGCATGGGTGACTATAAATGG
* ** ** * * * * * *
5703 ACTTTTATTGTTAATGAATGAATTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGCAGATATGCAATCATAATCTT
192 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * * * *
5768 TTTTAACTAAAAACGTAAAAAAAATTCAATTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAG
257 TTTTAA-TAAAAA-ATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * *
5833 GCGAGTAATAAGGCTTTTT
320 GCAAGTAATAATGCTTTTA
* * * * * * *
5852 AAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACGTTTCATGCCAACGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTGAAG
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAACGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCAAG
* * * * * *
5917 GCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATCAGCTTAAAATCAATTATG
66 GTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * *
5982 ACATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAATG-CTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGTACT
131 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGATTTC-AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * * *
6046 TTGCTTGACAATGAAAGGTTTTTTCTTCACGTTTATCAAAGTAGACAATCGATTATAATCTGTTT
195 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * *
6111 TAATGAAAAATATAAAAAAAA-TAAACTTGAAATCAATTATAAGATTAGAAAACCACTTAAAGCA
260 TAAT-AAAAA-ATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* *
6175 AGCAATAATTCTTTTA
323 AGTAATAATGCTTTTA
* * * * *
6191 AAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAA
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAACGAATGGCTTTTGCTTCATGTTT-TCAA
* * *** * * *
6256 GGCA-AGCATTCAATTATAATCTATTTTAGCCAAATATATAATAAAATTCAGCTAAAAATCAATT
65 GGTAGA-CATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * * * *
6320 ATGATATTATAAAAACTTTTAAAGCAAATAATAATGCTTTTAAAGGCATAGGTGACTATAAATGG
128 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATG-ATTTCAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
* * * * ** *
6385 ACTTTTCTTGTCAATGAACGACATTTTCTTCACGTTT-TCTAACATAGACATTCAATTATAATTT
192 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* * * *
6449 GTTTTAACCAAAACCAT-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACCATTTAA
256 GTTTTAA-TAAAA-AATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
6513 AGCAAGTA
319 AGCAAGTA
6521 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1669, Mismatches: 307, Indels: 120
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 105 0.06
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343 162 0.10
344 118 0.07
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
AAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAACGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCAAG
GTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGATTTCAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
AATAAAAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGT
AATAATGCTTTTA
Found at i:7619 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6973--7878 Score: 714
Period size: 171 Copynumber: 5.3 Consensus size: 169
6963 NNNNNNNNNN
* * * * *
6973 TTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATACTGCTTCCGAAGGTATGGGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGAATGGGT
* ** * * * * * * *
7038 GACTATAAATAGACTTTTCTTATCAAAGGATGACTTTTACTTCACCTATTTTAGGGTAGACATTC
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGT-TTTTAAGATAGACATTC
* * *
7103 AACTATAATATATTTTAATCGAAAATATAAAAAATTGAAC
130 AATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAATTCAAC
* * * *
7143 TTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCAAAGGAATAGGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGAATGGGT
* * * * * * ** ***
7208 GACTATCAATGAACCTTTCTCT-CCAACGGATGTCTTTTGCTTCGTGCTTCCCAAGATAGACATT
66 GACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACG-TTTTTAAGATAGACATT
*
7272 AAATTATAATATATTTTAA-CTAAAAATATAAAAAAATTCAAC
129 CAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATAT-AAAAAATTCAAC
********** * * * ** **
7314 TNNNNNNNNNNTATGAGATTATAAAACTATTTGAAGTGAGTAATAA-GTCTTTCGAAGGCTTAAG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATG-CTTTCGAAGGAATGGG
* * * * * * *
7378 TGACTATAAGTGGACTTTTCGTGCCAGT-AGATGGCTTTTGGTTCACGTTTTTAAAGGTTGACAC
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTGCTTCACGTTTTT-AAGATAGACAT
* * * *
7442 TCAATTATAAAATATTTTAATGAAAAAAATAAAAAACATCAAC
128 TCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAA-TTCAAC
* * * *
7485 TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTATGCTTCCGAAGGAATGGGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGAATGGGT
* * * * * * * *
7550 GGCTACAAATGCACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGACAAACATTC
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTT-TTAAGATAGACATTC
* * * * *
7615 AATTATAATTTGTTCTAA-CAAAAAACATAAAACAATTTAAC
130 AATTATAATATATTTTAATC-AAAAATATAAAA-AATTCAAC
** * * * * * * *
7656 CCAAAATTAATTTTGGGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTTGAAAGCATGGGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGAATGGGT
* * *
7721 GACTATAAATGGACCTTTATTGCGAATGAATGGCTCTTT-CTTCACGTTTATT--GATACGAACA
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCT-TTTGCTTCACGTTT-TTAAGATA-G-ACA
* * * * *
7783 TTCAATTATAATCT-TCTTCAACCAAAAATGTAAAAAATTTCAAA
127 TTCAATTATAATATAT-TTTAATCAAAAATATAAAAAA-TTCAAC
*
7827 TTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTT
7879 TGNNNNNNNN
Statistics
Matches: 569, Mismatches: 146, Indels: 41
0.75 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 137 0.24
171 418 0.73
172 10 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGAATGGGT
GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTAAGATAGACATTCA
ATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAATTCAAC
Found at i:10628 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 9320--10661 Score: 789
Period size: 170 Copynumber: 7.9 Consensus size: 169
9310 NNNNNNNNNN
* * *
9320 CAGATTATAATTGAATGT-TCACCTCATGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT--CATAAGAAA
1 CAGATTATAATTGAATGTCTGA-CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCGTTGGCA-AA-AAA
* * ** ** *
9382 AGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAACGCATTATTACTTACTTTAAACGGTTTTATAAACT
63 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * * * *
9447 TATGATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTATGATTTTAG-TCAAAA
128 CATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTAT-ATTTTTGATTAAAA
* * * * * * * * * *
9490 TAGATTATAATTGAATATCT-ACGT-TAGAAAACATGAAAAAAAAGGCGTTCATTGGTAAGAAAA
1 CAGATTATAATTGAATGTCTGAC-TCAAG-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCGTTGGCAAAAAAA
********** *
9553 GTCCATTNNNNNNNNNNCATGCCTTCAAAAGCATTATTAC-CTGCTTTAAA-AGATTTTATAATG
64 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTC-GCTTTAAATAG-TTTTATAATC
* * * * *
9616 TCATAATTGATTTTGAGCTGAATTTTATTATATATTTGGTGAAAA
127 TCATAATTGATTTTAAG-TTAATTTT-TTATATTTTTGATTAAAA
* ** * * * * ** *
9661 -ATGATTATAATTGACTACCTG-CTTTGAA-AAACATGAATAAAAAGCCATTCATTATCAAGAAA
1 CA-GATTATAATTGAATGTCTGAC--TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCGTTGGCAAAAAA
* ********** * * * *
9723 AGTCTATTTATAGTCACCNNNNNNNNNNAAAGAATTATTGCTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATCT
63 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * * *
9788 TATAATTGATTTCAAGTTCATTGTTTTATATTTTTCATTAAAA
128 CATAATTGATTTTAAGTTAATT-TTTTATATTTTTGATTAAAA
* * * * * **
9831 CAGATTATAATTGAATGTCT-AC-CATGATAAATGTGAAGAAAAAGTCTTTCATTGGCAAGCAAA
1 CAGATTATAATTGAATGTCTGACTCA--AGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCGTTGGCAAAAAAA
* * * *
9894 GTACATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATGTC
64 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
* *
9959 ATAATTGATTTTGAGTTAATTTGTTTTTATATTTTTTATTAAAA
129 ATAATTGATTTTAAGTTAA--T-TTTTTATATTTTTGATTAAAA
* * * *
10003 CAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTCAA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCGTTGGCACAAAAAA
1 CAGATTATAATTGAATGTCTGAC-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCGTTGGCA-AAAAAA
** * * *
10067 -TCCATTTATAGTCACTAAAGCCTT-AGAAAGTC-TTATTACACGCCTTAAATAGTTTTATAATC
64 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA-AAAG-CATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
* ******** * *
10129 TCATAATTGATTTGAAGNNNNNNNNNNTTACATTTTTGGTTAAAA
127 TCATAATTGATTTTAAG--TTAATTTTTTATATTTTTGATTAAAA
* * * * ** * * ** * ** *
10174 AAGATTATAATTGCATATCTGCCTTGAGAAACGTAAAGTAAAATTCATTCATTAACAATAAAAGT
1 CAGATTATAATTGAATGTCTGACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCGTTGGCAAAAAAAGT
* * * * **********
10239 TCATTTATAGTCACCTAGGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGNNNNNNNNNNTCAT
66 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * *
10304 AGTTGATTTTAAGTTCAATTTTTTGTATTTTTTATTAAAA
131 AATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTATATTTTTGATTAAAA
*** * * * * * * *
10344 TTTATTATAATTGAATGTCT-ACTATAAAAAAAGTGAAGCAAAAGCC-GTCTGTTGACAAGAAAA
1 CAGATTATAATTGAATGTCTGACT-CAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC-GTTGGCAAAAAAA
* * * * ** *
10407 GTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGTATTATTACAAGCTTTAAATAGTTTTATAATGTC
64 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
* *
10472 ATAATTGATTTTAAGCTGAATTATTTTACATTTTTGATTAAAA
129 ATAATTGATTTTAAG-TTAATT-TTTTATATTTTTGATTAAAA
* * * * *
10515 CAGACTATAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAATGTGAA-AAGAAAGCCATTCGTTGGCAAAAAAAA
1 CAGATTATAATTGAATGTCTGACTCAAGAAACGTGAAGAA-AAAGCCATTCGTTGGCAAAAAAAG
* * * * *
10579 TCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCATTATTACTCGGTTTAAATGGTTTTATAATATCA
65 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
10644 TAATTGATTTTAAGTTAA
130 TAATTGATTTTAAGTTAA
10662 ATNNNNNNNN
Statistics
Matches: 867, Mismatches: 260, Indels: 90
0.71 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
169 8 0.01
170 364 0.42
171 347 0.40
172 136 0.16
173 9 0.01
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
CAGATTATAATTGAATGTCTGACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCGTTGGCAAAAAAAGT
CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
AATTGATTTTAAGTTAATTTTTTATATTTTTGATTAAAA
Found at i:10653 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 9766--10661 Score: 882
Period size: 341 Copynumber: 2.6 Consensus size: 341
9756 ATTATTGCTC
* * * ** * * *
9766 GCTTTAAGTGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTCAAGTTCATTGTTTTATATTTTTCATTAAAA
1 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTGAATTATTTTACATTTTTGATTAAAA
* * **
9831 CAGATTATAATTGAATGTCT-AC-CATGATAAATGTGAAGAA-AAAGTCTTTCATTGGCAAGCAA
66 CAGATTATAATTGAATGTCTGACTCA--AGAAATGTGAA-AAGAAAGTCATTCATTGGCAAAAAA
* * * *
9893 AGTAC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATG
128 AGT-CTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATA
*
9957 TCATAATTGATTTTGAGTTAATTTGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTC
192 TCATAATTGATTTTAAGTTAA-TTGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTC
* * *
10022 TGCCTTCAAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCGTTGGCACAAAAAATCCATTTATAGTCACTAAAG
256 TGACTTAAAAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCGTTGGCACAAAAAATCCATTTATAGTCACTAAAG
* *
10087 CCTTAGAAAGTCTTATTACAC
321 CCTTAGAAAGTATTATTACAA
* * ********* *
10108 GCCTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGNNNNNNNNNNTTACATTTTTGGTTAAA
1 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAG-TGAATTATTTTACATTTTTGATTAAA
* * * * ** * * ** *
10173 AAAGATTATAATTGCATATCTGCCTTGAGAAACGT--AAAGTAAAATTCATTCATTAACAATAAA
65 ACAGATTATAATTGAATGTCTGACTCAAGAAATGTGAAAAG--AAAGTCATTCATTGGCAAAAAA
* * **********
10236 AGT-TCATTTATAGTCACCTAGGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGNNNNNNNNNN
128 AGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATA
* * ***
10300 TCATAGTTGATTTTAAGTTCAA-T-TTTTTGTATTTTTTATTAAAATTTATTATAATTGAATGTC
192 TCATAATTGATTTTAAGTT-AATTGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTC
* *
10363 T-ACTATAAAAAAAGTGAAGCAAAAGCCGTCTGTT-G-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
256 TGACT-TAAAAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCGTTGGCACAA-AAAA-TCCATTTATAGTCACT-
* *
10425 ATA-CCTTCGAAAGTATTATTACAA
317 AAAGCCTTAGAAAGTATTATTACAA
* *
10449 GCTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTATTTTACATTTTTGATTAAA
1 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAG-TGAATTATTTTACATTTTTGATTAAA
* * * * * *
10514 ACAGACTATAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAATGTGAAAAGAAAGCCATTCGTTGGCAAAAAAAA
65 ACAGATTATAATTGAATGTCTGACTCAAGAAATGTGAAAAGAAAGTCATTCATTGGCAAAAAAAG
* *
10579 TCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCATTATTACTCGGTTTAAATGGTTTTATAATATCA
130 TCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCA
10644 TAATTGATTTTAAGTTAA
195 TAATTGATTTTAAGTTAA
10662 ATNNNNNNNN
Statistics
Matches: 432, Mismatches: 106, Indels: 34
0.76 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 4 0.01
340 11 0.03
341 255 0.59
342 37 0.09
343 122 0.28
344 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTGAATTATTTTACATTTTTGATTAAAA
CAGATTATAATTGAATGTCTGACTCAAGAAATGTGAAAAGAAAGTCATTCATTGGCAAAAAAAGT
CTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCAT
AATTGATTTTAAGTTAATTGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGACT
TAAAAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCGTTGGCACAAAAAATCCATTTATAGTCACTAAAGCCTTA
GAAAGTATTATTACAA
Found at i:12235 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11920--12787 Score: 617
Period size: 171 Copynumber: 5.1 Consensus size: 170
11910 NNNNAATCCT
* *
11920 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTT-TATATTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGTAT-TTT
** * * * * *
11983 TTGGCTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGACATCCATTGG
65 TT-ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAAGGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGG
********* * *
12048 NNNNNNNNNNT-CATTTATAGTCACCCATGCCTGTAAAAGCGC
129 -CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCAC
* * * *
12090 TATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATATCATAGTTGATTTTAAGTTTAATTTTTTGTATTTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGTATTTTT
* *
12155 TATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAAGGTGAAGCAAAAGCCAACCGTTGGCA
66 TATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAAGGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCA
* * * *
12220 GGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTTGAAAGCAT
131 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCAC
**********
12260 TATTACTCGCTTTAAATGGTTNNNNNNNNNNATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTGTATT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTGTATT
* * * * ** * *
12325 TTTCATTAAAATACATTATAATTGAATGTCTACCTGAAAAAATATGAAGCAAGAAACCATCCGTT
63 TTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAAGGTGAAGCAA-AAGCCATCCATT
* * * ** * **
12390 GGCACGAAAAGTCCATTTGTAGTTAGTCAAGCCTTCGAAAGC-C
127 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCAC
* * * * *
12433 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTCA-TTTAAGTTGATTTTTTTTTACATT
1 -TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGT--ATT
** * * * * * * * * *
12497 TTTGGTTAAAACAAATTATAATTCAATG-CTTGCC-TCGAGAAGCGTGAAGAAAAAGCCTTTCAT
63 TTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTC-TACCTTAGAAAAG-GTGAAGCAAAAGCCATCCAT
* * * *
12560 TGAG-AAGAAAACTCTATTTATAGTCGCCCATGCCTTTAAAAGCAT
126 TG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCAC
* * * * * * **
12605 TATTACTCGCATTAAATAGTTTTATAATGTTATAATTGATTTTAAGCTGAAATTGTTTACATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTGTATTTT
* * * * * * *
12670 TTGTTAAAGA-AGATTATAATTGAGTGT-TCGCCTAATG-AAACGTGAAG-AAAGAGCCATTCAT
65 TTATTAAA-ATATATTATAATTGAATGTCT-ACCTTA-GAAAAGGTGAAGCAAA-AGCCATCCAT
* * * * * *
12731 TCGTAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCAT
126 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCAC
12776 TATTACTCGCTT
1 TATTACTCGCTT
12788 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 546, Mismatches: 129, Indels: 45
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 172 0.32
171 177 0.32
172 51 0.09
173 74 0.14
174 71 0.13
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGTATTTTT
TATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAAGGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCA
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCAC
Found at i:12479 original size:173 final size:173
Alignment explanation
Indices: 11919--12655 Score: 500
Period size: 170 Copynumber: 4.3 Consensus size: 173
11909 NNNNNAATCC
* * * *
11919 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA--TTTTTTTATAT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTGTAT
*** * * ** * * *
11981 TTTTGGCTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTGGGAAACG-TGAAGCAAAAGA-CATCCA
66 TTTTCATTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTA-CCTGAAAAAAGATGAAGCAAAA-ACCAACCG
********* * * *
12044 TTGGNNNNNNNNNNT-CATTTATAGTCACCCATGCCTGT-AAAAGCG
129 TTGG-CACGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCT-TCGAAAGCA
* * * *
12089 CTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATATCATAGTTGATTTTAAGTTTAA---TTTTTTGTAT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTGTAT
* * * * * *
12151 TTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAAGGTGAAGCAAAAGCCAACCGTT
66 TTTTCATTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTGAAAAAAGATGAAGCAAAAACCAACCGTT
* *
12216 GGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTTGAAAGCA
131 GGCACGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTCGAAAGCA
**********
12259 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTNNNNNNNNNNATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTGTAT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTGTAT
* * *
12324 TTTTCATTAAAATACATTATAATTGAATGTCTACCTGAAAAAATATGAAGCAAGAAACCATCCGT
66 TTTTCATTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTGAAAAAAGATGAAGCAA-AAACCAACCGT
* * * *
12389 TGGCACGAAAAGTCCATTTGTAGTTAGTCAA-GCCTTCGAAAGCC
130 TGGCACGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAATGCCTTCGAAAGCA
* * * * **
12433 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTCA-TTTAAGTTG-ATTTTTTTTTACAT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTGTAT
** * * * * ** ***
12496 TTTTGGTTAAAACAAATTATAATTCAATG-CTTGCCTCGAGAAGCG-TGAAG-AAAAAGCCTTTC
66 TTTTCATTAAAATAAATTATAATTGAATGTC-TACCT-GAAAAAAGATGAAGCAAAAA-CCAACC
* * * * * * **
12558 ATTGAG-AAGAAAACTCTATTTATAGTCGCCCATGCCTTTAAAAGCA
128 GTTG-GCACGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTCGAAAGCA
* * * * *
12604 TTATTACTCGCATTAAATAGTTTTATAATGTTATAATTGATTTTAAGCTGAA
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAA
12656 ATTGTTTACA
Statistics
Matches: 448, Mismatches: 102, Indels: 31
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 9 0.02
170 168 0.38
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172 54 0.12
173 71 0.16
174 71 0.16
175 3 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (173 bp):
TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTGTAT
TTTTCATTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTGAAAAAAGATGAAGCAAAAACCAACCGTT
GGCACGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTCGAAAGCA
Found at i:14595 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 14228--14964 Score: 603
Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 168
14218 NNNNNNNNNN
* * * * *
14228 ACTTAAAATCAGTTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTATTCTTCTTAAGGCATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTT-TTAAGGCATGA
* * * * *
14293 GTGACTATAAATGCACTTTTCTTACCATTGAATGGATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACAT
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGATTTTTCTTCACATTTCTTAAGG-GAACAT
* *
14358 TCAATTATAAT-TTGTTCTAACCAAAAACA-TCAAAAAATTNN
129 TCAATTATAATCTT-TT-TAACCAAAAACATTAAAAAAATT-C
******** * *
14399 NNNNNNNNTCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTAAAGGCATGA
1 ACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTT-AAGGCATGA
* * * * * *
14464 ATGACTATAAATGGACCTTTCTTACGAATGAATGGCTCTTTCTTCACATTTCTTGAGGTGAACAT
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGATTTTTCTTCACATTTCTTAAGG-GAACAT
**
14529 TCAATTATAATCTTCTTTAA-CAAAAA-ATGTAAAAACTTTC
129 TCAATTATAATCTT-TTTAACCAAAAACAT-TAAAAAAATTC
* * *
14569 AGCTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAATACTTTTAAAGGCATG
1 A-CTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTT-AAGGCATG
* * * *** * * * * *
14634 GGTGACTATATATGGACTTTTATTGTTAATGAATGAATTTTTCTTTACATTTCTCAA-AGAAGAT
64 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGATTTTTCTTCACATTTCTTAAGGGAACAT
14698 ATGCAATTATAATCTTTTTTAACC-AAAA-ATGTAAAAAAATTC
129 -T-CAATTATAATC-TTTTTAACCAAAAACAT-TAAAAAAATTC
********* * * * * * *
14740 ANNNNNNNNNNAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTCTAACGCTTG
1 A-CTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTT-TAAGGCATG
* * * * *
14805 AGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCAA-CAGATGGCTTTTGCTTCACATTT-TTAAAGGCAGA
64 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA-ATGGATTTTTCTTCACATTTCTT-AAGGGA-A
* * *
14868 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATA-TAAAAAAATTT
126 CATTCAATTATAATCT-TTTTAACCAAAAACATTAAAAAAATTC
*
14911 ACTCAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTT
1 ACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTT
14965 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 439, Mismatches: 110, Indels: 35
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 52 0.12
171 363 0.83
172 14 0.03
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
ACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTAAGGCATGAG
TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGATTTTTCTTCACATTTCTTAAGGGAACATTC
AATTATAATCTTTTTAACCAAAAACATTAAAAAAATTC
Found at i:14707 original size:342 final size:332
Alignment explanation
Indices: 14066--14964 Score: 778
Period size: 342 Copynumber: 2.7 Consensus size: 332
14056 NNNNNNNNNA
* * * * ** * *
14066 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTCGAA-GGTTTAAGTAACT
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCTAACGCATGAA-TGACT
* ** * * * * *
14130 ATAAATTGATTTTTCGTACCAACGGATGGCTTTTGGTTCAC-GTTTTAAAGGCAGACACTCAATT
65 ATAAATGGACCTTTCATACCAACAGATGGCTTTTGCTTCACATTTTTAAAGGCAGACATTCAATT
** * * ********** * *
14194 ATAAAATATTTTAATGAAAAATATNNNNNNNNNNACTTAAAATCAGTTATGAAATTATAAAACCA
130 ATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTTACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCA
* * * *
14259 TTTAAAGCGAGTAATTATTCTTCTTAAGGCATGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTACCATTGA
195 TTTAAAGCGAGTAATAATACTT-TTAAGGCATGGGTGACTATAAATGCACTTTTATTACCAATGA
* * * *
14324 ATGGATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAAT-TTGTTCTAACCAAAAACAT
259 ATGAATTTTTCTTCACATTTCTCAAAGCAAACATGCAATTATAATCTT-TTCTAACCAAAAACAT
* *
14388 CAAAAAATTNNNNNNNNN
323 AAAAAAATT--------C
* * * *
14406 NTCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTT-TAAAGGCATGAATGACT
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCT-AACGCATGAATGACT
* * * * *
14470 ATAAATGGACCTTTCTTACGAA-TGAATGGCTCTTT-CTTCACATTTCTT-GAGG-TGAACATTC
65 ATAAATGGACCTTTCATACCAACAG-ATGGCT-TTTGCTTCACATTT-TTAAAGGCAG-ACATTC
* *
14531 AATTATAATCT-TCTTTAA-CAAAAA-ATGTAAAAACTTTCAGCTTAAAATCAATTATGACATTA
126 AATTATAATCTGT-TTTAATCAAAAATAT-AAAAAAATTT-A-CTTAAAATCAATTATGACATTA
* * * *
14593 TAAAACTATTTAAAACGAGTAATAATACTTTTAAAGGCATGGGTGACTATATATGGACTTTTATT
187 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTT-AAGGCATGGGTGACTATAAATGCACTTTTATT
*** * * *
14658 GTTAATGAATGAATTTTTCTTTACATTTCTCAAAG-AAGATATGCAATTATAATCTTTTTTAACC
251 ACCAATGAATGAATTTTTCTTCACATTTCTCAAAGCAA-ACATGCAATTATAATCTTTTCTAACC
**
14722 AAAAATGTAAAAAAATTC
315 AAAAACATAAAAAAATTC
** * * *
14740 ANNNNNNNNNNAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTCTAACGCTTG
1 A--------TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCTAACGCATG
* *
14805 AGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCAACAGATGGCTTTTGCTTCACATTTTTAAAGGCAGACA
58 AATGACTATAAATGGACCTTTCATACCAACAGATGGCTTTTGCTTCACATTTTTAAAGGCAGACA
*
14870 TTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTTACTCAAAATCAATTATGACATTAT
123 TTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTTACTTAAAATCAATTATGACATTAT
*
14935 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTT
188 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTT
14965 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 448, Mismatches: 81, Indels: 59
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.01
340 82 0.18
341 90 0.20
342 251 0.56
343 20 0.04
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (332 bp):
ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCTAACGCATGAATGACTA
TAAATGGACCTTTCATACCAACAGATGGCTTTTGCTTCACATTTTTAAAGGCAGACATTCAATTA
TAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTTACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCAT
TTAAAGCGAGTAATAATACTTTTAAGGCATGGGTGACTATAAATGCACTTTTATTACCAATGAAT
GAATTTTTCTTCACATTTCTCAAAGCAAACATGCAATTATAATCTTTTCTAACCAAAAACATAAA
AAAATTC
Found at i:15508 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15156--15781 Score: 570
Period size: 171 Copynumber: 3.7 Consensus size: 170
15146 CAATAATTCT
* * * * *
15156 TTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTCTATTCATG-TTT
1 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTT
* * * * *
15220 CTCAAGGTAGGCAGTCAATTATAATC-ATTTTTAACCAAATATACA-ACAAAATTCAGCTCAAAA
66 CT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTA-TTTTAACTAAA-A-ACATAAAAAATTCAGCTTAAAA
* * * *
15283 TCAATTATGACATTATAAAATCTTTTAAAGCAAGTAATAATGTT
127 TCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATATG
* * ** *
15327 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAGCGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTT
1 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTT
* * *
15392 CTAACGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAACATAAAAAATTCAACTTAAAATTAA
66 CTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAACATAAAAAATTCAGCTTAAAATCAA
* *
15457 TCATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATATG
131 TTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATATG
* * * * *********
15497 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACGAATGAATGGCTTTTTCTNNNNNNNNN
1 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTT
* * * * *
15562 NTGAGGT-GAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAA-ATTTAAAACAATTGAGCTTAAAG
66 CTAAGGTAG-ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAACA--TAAAA-AATTCAGCTTAAAA
* * *
15624 TCAATTACGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAAT-A-ATG
127 TCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATATG
* ** * * * *
15666 CTTTCTAAGATATGAGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGTC-AAGGAAAGCCTTTTTCTTCATGT
1 -TTT-GAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG-CAAATGAATGCCTTTTTCTTCATGT
* * **
15730 TTATC-AAGGCATACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
63 TT-TCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAACATAAAAAA
15782 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 366, Mismatches: 75, Indels: 29
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 13 0.04
170 142 0.39
171 197 0.54
172 13 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTT
CTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAACATAAAAAATTCAGCTTAAAATCAA
TTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATATG
Found at i:16389 original size:168 final size:168
Alignment explanation
Indices: 16111--16439 Score: 428
Period size: 168 Copynumber: 2.0 Consensus size: 168
16101 AAAATTAAAC
** *
16111 TTAAAATCAACTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGGGT
1 TTAAAATCAACTATGACATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAAAATGCTTTCAAAGGCATGGGT
* ** * * * *
16176 GACTGTAAATGGATCTTTTTTGCGAATGAATGGCTCTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAAACATTC
66 GACTATAAATAAATCTTTTTTACGAATGAAAGGCTCTTTCTTCACGTTTATCGAGGCAAACATTC
*
16241 AATTATAATCT-TCTTTAACCAAAAATGTAAATTTCAGT
131 AATTATAATATGT-TTTAACCAAAAATGTAAATTTCAGT
* * **
16279 TTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAAAATTCTTTTGAAGGCATGGGT
1 TTAAAATCAACTATGACATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAAAATGCTTTCAAAGGCATGGGT
** * *
16344 GACTATAAATAAAT-TTTTCTTATTAATGAAAGGCTTTTTCTTCACGTTTATCGAGGTAAACATT
66 GACTATAAATAAATCTTTT-TTACGAATGAAAGGCTCTTTCTTCACGTTTATCGAGGCAAACATT
* * *
16408 GAATTATAATATGTTTTAATCGAAAATGTAAA
130 CAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAA
16440 ACAAATTCAA
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 22, Indels: 4
0.84 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.03
168 132 0.96
169 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
TTAAAATCAACTATGACATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAAAATGCTTTCAAAGGCATGGGT
GACTATAAATAAATCTTTTTTACGAATGAAAGGCTCTTTCTTCACGTTTATCGAGGCAAACATTC
AATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAATTTCAGT
Found at i:16553 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 16063--16644 Score: 584
Period size: 172 Copynumber: 3.4 Consensus size: 170
16053 TTCTAGGGTC
* * * *
16063 AACATTCAACTATAATATATTTTAATCGAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAACTATGAG
1 AACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
16128 GTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTGTAAATGGATCTT
66 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT-ATGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA-CTT
* * * * *
16193 TT-TTGCGAATGAATGGCTCTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCA
129 TTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTATTGAGGTA
* * * * **
16234 AACATTCAATTATAATCT-TCTTTAACCAAAAATGT---AAATTTCAGTTTAAAATCAATTATGA
1 AACATTCAATTATAATATAT-TTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * ** ** *
16295 CATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAAAATTCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAATTT
65 GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGT-AATATGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
** * *
16360 TTCTTATTAATGAAAGGCTTTTTCTTCACGTTTATCGAGGTA
129 TTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTATTGAGGTA
* * * * * *
16402 AACATTGAATTATAATATGTTTTAATCGAAAATGTAAAACAAATTCAACTTAAAATGAATTATCA
1 AACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * **
16467 GATTATAAAA-TCATTTACAGCGAGTAATATGGCTTTCAAAGGCTTGACTGACTATAAATGGACT
65 GATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAT-GCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * *
16531 TTTCATACCAACGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTTGAGGTA
128 TTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTATTGAGGTA
* * * * *
16574 GATATTCAATTGTAATGTATTTTAATAAAAAAATATAAAAAAATAT-AACTTAAAATCAATTATG
1 AACATTCAATTATAATATATTTTAAT-CAAAAATATAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATG
16638 AGATTAT
64 AGATTAT
16645 CTTTTGCTTC
Statistics
Matches: 329, Mismatches: 70, Indels: 23
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.01
168 131 0.40
169 3 0.01
170 1 0.00
171 34 0.10
172 145 0.44
173 11 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATATGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
CTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTATTGAGGTA
Found at i:18071 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 17756--18344 Score: 599
Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 169
17746 NNNNNNNNNN
* * * * * *
17756 ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATTATTCTTCTAAAGG
1 ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTTGAAGG
* * * *
17821 CATGAGTGACTATAAATGCACTTTTCTTACCATTGAATGGCTTTTTTTTCACATTTCTCAAGATA
66 CATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTA
* * *
17886 AACATTCCATTATAATTTGTTCTAACCACAAATATAAAAAA
130 AACATTCAATTATAATTTGTT-TAACCAAAAATGTAAAAAA
* * *
17927 ATTTAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAATACTTTTGAAGG
1 ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTTGAAGG
* * * ** * *
17992 CATCGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTACAAATGAATGGCTCTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTG
66 CAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTA
* * **
18057 AACATTTAATTATAATCTTCTTTAATGAAAAATGT-AAAAA
130 AACATTCAATTATAAT-TTGTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * **
18097 ATTTCAGCTTAAAATCAATTATGACATGATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGTTTTTGAAG
1 ATTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTTGAAG
* * * * *
18162 CCATGGGTGATTATAAATAGACTTTTCTT-CTCAATGAAAGGCTTTTTCTTCACATTTATCAAGG
65 GCAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGG
* ** * **
18226 CAAGTATTGAATTATAACCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAA
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* * * * * ** *
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1 ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTTGAAGG
*
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CATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAA
ACATTCAATTATAATTTGTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
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18435 NNNNNNNNNN
** *
18445 AACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTCAAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGAA-CTTTCAT-
1 AACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCAAAGG-TATAAGTGACTATAAAT-GAACCTTT-ATC
* * ** * * ***
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63 TCCAACGGATGGCTTTTGCTTCATGCTTCCCAAGATAGACATTTAATTATAATATATTTTAACCA
************ * * * *
18572 NNNNNNNNNNNNAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
128 AAAATATCAAAAAATTCAACTTAAAATTAACTATGAGATTAGAA
* * * * * *
18616 AACTATGTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATAAGAGACTATAAATGGA-CTTT-TCTTA
1 AACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCAAAGGTATAAGTGACTATAAATGAACCTTTATC-T-
* * * * * ********** * * *
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* * * *
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128 AAAATATCAAAAAATTCAACTTAAAATTAACTATGAGATTAGAA
** *
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1 AACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCAAAGGTATAAGTGACTATAAATGAACCTTTATCTCC
*
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66 AACGGATGGCTTTTGCTTCATGCTTCCCAAGATAGACATTTAATTATAATATATTTTAACCAAAA
*
18917 AGT-T-AAATAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTAGAA
131 A-TATCAAA-AAATTCAACTTAAAATTAACTATGAGATTAGAA
* * *
18958 ATCCATTTAAAGTGAGTAATAAGT-CTTTCGAAGGCT-TAAGTGACTATAAATTG-A-CTTT-TC
1 AACCATTTAAAGCGAGTAATAA-TACTTTCAAAGG-TATAAGTGACTATAAA-TGAACCTTTATC
*
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AACGGATGGCTTTTGCTTCATGCTTCCCAAGATAGACATTTAATTATAATATATTTTAACCAAAA
ATATCAAAAAATTCAACTTAAAATTAACTATGAGATTAGAA
Found at i:19070 original size:171 final size:171
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18710 NNNNNNNNAT
* * * * * *
18720 TCAACTATAATATATTTTAATCAAAAATATCCAAAAATTGAACTTAGAATTAACTATGAGATTAT
1 TCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATCAAAAAATTCAACTTAAAATTAACTATGAGATTAG
** *
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66 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCAAAGGTATAAGTGACTATAAATGAACCTTTATCT
* * * * *
18850 CCAACGGATGTCTTTTGCTTCATGCTTCCCAAGATAGACAT
131 CCAACGGATGGCTTTTGCTTCACGCTTCCAAAGACAGACAC
* *
18891 TTAATTATAATATATTTTAACCAAAAAGT-T-AAATAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATT
1 TCAATTATAATATATTTTAACCAAAAA-TATCAAA-AAATTCAACTTAAAATTAACTATGAGATT
* * *
18954 AGAAATCCATTTAAAGTGAGTAATAAGT-CTTTCGAAGGCT-TAAGTGACTATAAATTG-A-CTT
64 AGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-TACTTTCAAAGG-TATAAGTGACTATAAA-TGAACCTT
* * ** *
19015 T-TCGTACCAACGGATGGCTTTTGGTTCACGTTTTTAAAGGCAGACAC
126 TATC-T-CCAACGGATGGCTTTTGCTTCACGCTTCCAAAGACAGACAC
* **
19062 TCAATTATAAAATATTTTAATGAAAAATAT-AAAAAATT
1 TCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATCAAAAAATT
19100 NNNNNNNNNN
Statistics
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TCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATCAAAAAATTCAACTTAAAATTAACTATGAGATTAG
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCAAAGGTATAAGTGACTATAAATGAACCTTTATCT
CCAACGGATGGCTTTTGCTTCACGCTTCCAAAGACAGACAC
Found at i:20935 original size:172 final size:170
Alignment explanation
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20541 NNNNNNNNTT
* * *
20551 TAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGAAT
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* *
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* * *
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* *
20721 TAAAGCAAGTAATAATGCTTTCGAAGGCAT-ATGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG-CAATGAA
1 TAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAA
** * * * * *
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*
20847 AAAAACAATTTCAACTTAAAATTAATTATGAAATTATAAAACCAT-
128 -AAAA-AA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATG
* * * ** *
20892 TAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAACGTTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTC
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20946 ATACTAATGG
Statistics
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TAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAA
GACCTTTTCTTCACGTTTATCGAGGTAAAAACTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAA
AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATG
Found at i:24549 original size:171 final size:169
Alignment explanation
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24126 ATCGAAGCAA
* * * *
24136 ACATTGAAATATAATCTATTTTAATCGAAAATATAAAAAAA-TCAACTTAAAATGAATTATCAGA
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* * * *
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* ** *
24264 TCATACCAACGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTCGAGGTAG
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* * * *********
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1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATGAAAAATA-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATCAGA
* * *
24371 NTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGACTGACTATAAATGGACTTTT
64 TTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGACTGATTATAAATGGACTTTT
** *
24436 CTTGTCAACGGATGGCTTTTTCTTCACCTTTTATAG-GGTAG
129 CTTACCAACGGATGGCTTTTGCTTCACCTTTT-TAGAGGTAG
* *
24477 ACATTCAATTATAATATATTTTAATGAAAAATACAAACAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATGAAAAATA-AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGA
* * ** * * *
24542 TTATAAAACCGTTTAAAATGAGTGATAATGCTTT-GAAAGGCATG-CGTGATTATAAATGAACCT
64 TTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCG-AAGGCATGAC-TGATTATAAATGGACTT
* ** * * *
24605 TTCTCT-CCAATGGATATCTTTTGCTTCACGC-TTTCAAAGATAG
127 TTCT-TACCAACGGATGGCTTTTGCTTCAC-CTTTTTAGAGGTAG
* * * **
24648 ATATTTAATTATAATGTATTTTAACCAAAAATATAAAAAA
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24688 ATTTAATTTA
Statistics
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ACATTCAATTATAATATATTTTAATGAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGATT
ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGACTGATTATAAATGGACTTTTCT
TACCAACGGATGGCTTTTGCTTCACCTTTTTAGAGGTAG
Found at i:29951 original size:21 final size:20
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* *
29948 TAATGAATGGCTTTTTTT
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29966 CATGTTTCTC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TAATAAATGACTTTTTTTGC
Found at i:30644 original size:171 final size:170
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30342 NNNNNNNNNN
* * * * *
30352 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACGTTTTTGGTAAAAACATATT
1 ATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT
* * * * * *
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* * *
30480 TTATAGTCACCCATGCCATCGAAAA-CATAATTACTTGCTTTAA
128 TTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAAGCATTATTACTCGCTTTAA
* * * * * *
30523 ATAGTTTTATAATATCAAAATTAATTTTAAGCTGAATTTTTCTACATTTTTGGCTAAAACAGATT
1 ATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT
* * *
30588 ATAATTGAATGTCTGTCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGACCATTT
66 ATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCT-TTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * ** *
30653 ATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTATCACGCATTTTTA
130 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAA
* ** * * * * * * *
30694 ATGGTTTTACAAACTTATAATTTATTTCAAGTTGAGTTTTTTTATATATATTT--TTAAAACAAA
1 ATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACAT-T-TTTGGTTAAAACAGA
* * * * * ** * *
30757 TTATAATTGAATGTCTTCCTCGATAAACATGAAGAAAAAGCCTTTTATCGGCAAGCAAAGTACAT
64 TTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAG-CTTTCATTAGCAAGAAAAGTCCAT
* * *******
30822 TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACACNNNNNNN
128 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAA
*** * * *
30865 NNNGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATT
1 ATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT
* * * * ** * * * * * *
30930 ATAATTAAATATATGCCTCAAAAAACGTGAAGTAAAACCCATCCGTTAACACGAAAAGTCTATTT
66 ATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAG-AAAAAGCTTTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTT
** * * * *
30995 ATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAG
130 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAA
* * * * ** *
31036 ATGGTGTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATGTTTTTGGTCAAAACAGATT
1 ATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT
* * * * * * * *
31101 ATTATTGAAAGTCTTCCTCTAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTT
66 ATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAG-CTTTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTT
* *
31166 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTGTTACTTGCTTTAA
130 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAA
* * * ** *
31207 GTGGTTTGATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAA-TTTTTTAAATTTTTTTATTAAAATAGAT
1 ATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGAT
** * * * * *
31271 TATAATTGAATGTCTGCCTTGATAAATGTGAAGAAAACACCTTTCATTAGCAAGCAAAGTACATT
65 TATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAA-AGCTTTCATTAGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * * *
31336 TATAGACACCTATACCTTCGAAAGCATTATTGCTAGCTTTAA
129 TATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAA
** ** * **********
31378 ACAGTTTTATAATGTTTTAATTAATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTNNNNNNNNNN
1 ATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT
* * * * * *
31443 ATAATTGAATGTCTGCCTCAA-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCGTT-GACATGAAAAGTCCATT
66 ATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAG-CTTTCATTAG-CAAGAAAAGTCCATT
* ** * * * * * *
31506 TATACTCACTTAAGCTTTCGAAAGCTTTATCACTCTCTTTAA
129 TATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAA
*
31548 ATGGTTTTATAATCTCAT
1 ATGGTTTTATAATGTCAT
31566 TATAATTAAA
Statistics
Matches: 797, Mismatches: 230, Indels: 33
0.75 0.22 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 90 0.11
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ATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT
ATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCTTTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTA
TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAA
Found at i:31387 original size:513 final size:510
Alignment explanation
Indices: 30355--31565 Score: 1250
Period size: 513 Copynumber: 2.4 Consensus size: 510
30345 NNNNNNNATG
* * * * * *
30355 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACGTTTTTGGTAAAAACATATTAAA
1 GTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATA
* * * * * * * * *
30420 ATTGAATGTCTACCTTAAAAATCGTGATGGAAAAGCCTTTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATA
66 ATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCGTTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
** * * * * * * *
30485 GTCACCCATGCCATCGAAAA-CATAATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATATCAAAATTAATT
131 GTCACTTAAGCCTTC-AAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATT
*
30549 TTAAGCTGAATTTTTCTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTCAAGAAAC
195 TTAAGCTGAATTTTTCTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTGTCTCAAGAAAC
* * * * *
30614 GTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGACCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCAT
260 ATGAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAAAAAAGACCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCAT
* * * * * *
30679 TATCACGCATTTTTAATGGTTTTACAAACTTATAATTTATTTCAAGTTGAGTTTTTTTATATATA
325 TATCACGC--TTTTAATGGTTTGACAAACTCATAATTGATTTCAAGCTGAGATTTTTTAAATATA
* * *
30744 TTTTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTTCCTCGATAAACATGAAGAAAAAGCCTTTTATCGGC
388 TTTTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCGATAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATCAGC
* * *********
30809 AAGCAAAGTACATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACACNNNNNNNNNN
453 AAGCAAAGTACATTTATAGACACCCATACCTTCGAAAGCATTATTACAC-ATTTAAACA
* *
30868 GTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATA
1 GTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATA
* * * * * * * *
30933 ATTAAATATATGCCTCAAAAAACGTGAAGTAAAACCCATCCGTTAACACGAAAAGTCTATTTATA
66 ATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCGTTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * *
30998 GTCACTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAGATGGTGTTATAATCTCATAATTGATTT
131 GTCACTTAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTT
* * * ** * *
31063 TAGGTTGAATTTTTTTATGTTTTTGG-TCAAAACAGATTATTATTGAAAGTCT-TCCTCTAGAAA
196 TAAGCTGAATTTTTCTACATTTTTGGCT-AAAACAGATTATAATTGAAAGTCTGT-CTCAAGAAA
* *
31126 CATGAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCA
259 CATGAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAAAAAAGACCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCA
* * * ** * *
31191 TTGTTACTTGC-TTTAAGTGGTTTGATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGA-ATTTTTTAAATT
324 TTATCAC--GCTTTTAA-TGGTTTGACAAACTCATAATTGATTTCAAGCTGAGATTTTTTAAATA
* * * * **
31254 TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGATAAATGTGAAGAAAACA-CCTTTCAT
386 TATTT-TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCGATAAACATGAAGAAAA-AGCCTTTCAT
* * *
31318 TAGCAAGCAAAGTACATTTATAGACACCTATACCTTCGAAAGCATTATTGCTAGC-TTTAAACA
449 CAGCAAGCAAAGTACATTTATAGACACCCATACCTTCGAAAGCATTATTAC-A-CATTTAAACA
** * **********
31381 GTTTTATAATGTTTTAATTAATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTNNNNNNNNNNATA
1 GTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATA
* *
31446 ATTGAATGTCTGCCTC-AAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCGTTGACATGAAAAGTCCATTTATA
66 ATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCGTTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * *
31510 CTCACTTAAGCTTTCGAAAGCTTTATCACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
131 GTCACTTAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
31566 TATAATTAAA
Statistics
Matches: 568, Mismatches: 120, Indels: 21
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
512 113 0.20
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GTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATA
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GTCACTTAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTT
TAAGCTGAATTTTTCTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTGTCTCAAGAAACA
TGAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAAAAAAGACCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCATT
ATCACGCTTTTAATGGTTTGACAAACTCATAATTGATTTCAAGCTGAGATTTTTTAAATATATTT
TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCGATAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATCAGCAAG
CAAAGTACATTTATAGACACCCATACCTTCGAAAGCATTATTACACATTTAAACA
Found at i:34740 original size:24 final size:24
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Indices: 34713--34767 Score: 56
Period size: 24 Copynumber: 2.3 Consensus size: 24
34703 GTAACTCCGA
*
34713 ATATCACTTATGGCCTAGCCACAT
1 ATATCACTCATGGCCTAGCCACAT
* * * * *
34737 ATATAACTCGTGGCCTTGCTACGT
1 ATATCACTCATGGCCTAGCCACAT
34761 ATATCAC
1 ATATCAC
34768 ATACTATGGC
Statistics
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24 24 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.27, G:0.15, T:0.31
Consensus pattern (24 bp):
ATATCACTCATGGCCTAGCCACAT
Found at i:37953 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 37707--38255 Score: 556
Period size: 172 Copynumber: 3.2 Consensus size: 169
37697 TTTACTTAAC
* * * *
37707 GTTTCTCAAGGTAAACATTCAA-TATAATATAGTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAT
1 GTTTATCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTTAACTTA-
* **
37771 AAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
64 AAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
*
37835 TATAAATGGATCTTTCTTGTCAATGAATA-GCCTATTCTTTAT
129 TATAAATGGA-CTTTCTTGTCAATGAA-AGGCCTATTCTTCAT
* * *
37877 GTTT-CCTAAGGCAAACTTTCAATTATAATCTATTTTAATAAAATATATAAAACAAATTTAGCTT
1 GTTTATC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAA-ATATAAAA-AAATTTAACTT
* * * *
37941 AAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAATGCTTTCGATGGCATAAGTGA
63 AAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGA
* * *
38006 CTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAAAGGCTTTTTCTTCAT
128 CTATAAATGGAC-TTTCTTGTCAATGAAAGGCCTATTCTTCAT
* * * * * * * *
38049 GTTTATCGAGGCAGACATTCAATTACAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTA
1 GTTTATCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAATAT-AAAAAAATTTAACTTA
* * * ** *
38114 AAATCAATTATGAAATTATAAAATCA-TTAAA-AAAATAATAACGCTTTCGAATACTTGAGTGAC
64 AAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * *
38177 TATAAATGGACTTTTCATGCCAAT-AGATGG-CTATTGCTTCAT
129 TATAAATGGAC-TTTCTTGTCAATGA-AAGGCCTATT-CTTCAT
* ** * * *
38219 GTTTTTCAAGATAGACATTTAATTATAATATATTTTA
1 GTTTATCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTA
38256 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 316, Mismatches: 51, Indels: 24
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.02
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173 9 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
GTTTATCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAA
ATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTA
TAAATGGACTTTCTTGTCAATGAAAGGCCTATTCTTCAT
Found at i:39121 original size:18 final size:18
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Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
39075 TGTTAATATT
39085 TTATTTTATTAATAAAATA
1 TTATTTTATT-ATAAAATA
39104 TTATTTTATT-TCAAAATA
1 TTATTTTATTAT-AAAATA
39122 TT
1 TT
39124 CCTCTCGCCT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
17 1 0.05
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ACGTcount: A:0.41, C:0.03, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (18 bp):
TTATTTTATTATAAAATA
Found at i:39421 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 39374--39422 Score: 55
Period size: 22 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22
39364 TAATCTCATA
* *
39374 ATTA-ATTTTAAGTTAAATTTT
1 ATTATATTTTAAGTTAAAATAT
* *
39395 TTTATATTTTCAGTTAAAATAT
1 ATTATATTTTAAGTTAAAATAT
39417 ATTATA
1 ATTATA
39423 ATTAAATGTC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 5, Indels: 1
0.79 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 3 0.14
22 19 0.86
ACGTcount: A:0.39, C:0.02, G:0.04, T:0.55
Consensus pattern (22 bp):
ATTATATTTTAAGTTAAAATAT
Found at i:39535 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 39240--40033 Score: 591
Period size: 171 Copynumber: 4.6 Consensus size: 169
39230 ATTTTTTATT
** * * * * *
39240 AAATATATTATAATTAAATGTCTGTCTTGAAAA--ACTCGAAGTAAAAGCTATCCATTGACGCGG
1 AAATATATTATAATTAAATGTCTACCTAGAAAAGTA-T-GAAGCAAAAG-AATCCATTGA-GAGA
* * * *
39303 AAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAATC-TTATTACTCACCTTAAATAGTTTTATAA
62 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCG-AAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
*
39367 TCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTCAGTTA
126 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTCAGTTA
* * *
39411 AAATATATTATAATTAAATGTCTATCTTGGAAAGTATGAAGCAAAAGAGATCCATTGGAGAGAAA
1 AAATATATTATAATTAAATGTCTACCTAGAAAAGTATGAAGCAAAAGA-ATCCATT-GAGAGAAA
* * * * * * * *
39476 GGTTCATTTATTGTCACTCATGCCTTTGAAAGTATTATTACTCATTTTAAACGGTTTTATAATCT
64 AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
** * * * ********
39541 CATTGTCGACTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTNNNNNNNN
129 CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTCAGTTA
** * * *
39582 NNATATATTATAATTGAATGTCTACCCTAGAAAAG-GTGAAGCAAAAGCCATCCATTGCCAG-GA
1 AAATATATTATAATTAAATGTCTA-CCTAGAAAAGTATGAAGCAAAAG-AATCCATTG--AGAGA
* * **********
39645 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTNNNNNNNNNNTTAAATGGTTTTATAAT
62 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
*
39710 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTTGTATTTTTCA-TTA
127 CTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTATA-TTTTCAGTTA
* * * * * *
39754 AAATATATTCTAATTCAATGTCTACCTAAAAAAATATGAAGCAAAAGCAATCCGTTGACACGAAA
1 AAATATATTATAATTAAATGTCTACCTAGAAAAGTATGAAGCAAAAG-AATCCATTGAGA-GAAA
* * * * **
39819 AGCCCATTTATAGTCATTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
64 AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * *
39884 GATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTCAGTTA
129 CATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTTATATTTTCAGTTA
* * * * * * * * *
39926 AAACAGATTATAATTCAATGTTTGCCTCGATAAACG--TGAAG-AAAA-AACTTTTCATTAATAA
1 AAATATATTATAATTAAATGTCTACCTAGA-AAA-GTATGAAGCAAAAGAA---TCCATTGA-GA
* * *
39987 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTC
60 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTC
40034 GCTNNNNNNN
Statistics
Matches: 483, Mismatches: 118, Indels: 43
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 5 0.01
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173 7 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
AAATATATTATAATTAAATGTCTACCTAGAAAAGTATGAAGCAAAAGAATCCATTGAGAGAAAAG
TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTCAGTTA
Found at i:40635 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 40137--40861 Score: 406
Period size: 171 Copynumber: 4.2 Consensus size: 170
40127 NNNNNNNNNN
* * * ** * *
40137 ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTG-AATTTTTTTTATTTTTTA-
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGAAATTTTTTTAATTGTTTAG
* * * * * * * * * *
40200 TTAAAATATATTACAATTGAATGTGTAC-C-TTAAAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCGTTGGCA
66 TTAGAACAAATTATAATTGAATGT-T-CGCATCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATACATTCGCA
* * * * * ******
40263 CGAAAACTCTATTTATAGTCATTCAAGCCTTCGAAAGNNNNNNN
129 AGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAG-CATATT
*** * * ** * *
40307 NNNCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATT-TTCA
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGAAATTTTTTTA-ATTGTTTA
* * * * * * ** * * **
40371 GTTAAAACAAATTATAATTCAATGTTTGCCTCGATAAATGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTAACAA
65 GTTAGAACAAATTATAATTGAATGTTCGCATCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATACATTCGCAA
********** * *
40436 GAAAANNNNNNNNNNAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTATTATT
130 GAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCA-TATT
*
40479 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAACTGAAA-TTTTTTACATT-TTTA
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGAAATTTTTTTA-ATTGTTTA
* * * * ** *
40542 GTTA-AAGAAGATTATAATTGAATGTTCGCATTAAGAAACGTGAAGAAAGAGTTATTCATTCGCA
65 GTTAGAACAA-ATTATAATTGAATGTTCGCATCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATACATTCGCA
* * *********
40606 ATAAAGGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGNNNNNNNNNNT
129 AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCG-AAAGCATATT
* * * * * * *
40650 ACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTT-AAGTTAAATTTTTTTATTTGTTTGG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGAAATTTTTTTAATTGTTTAG
* * * *
40714 TTAGAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATACATTGGTAAG
66 TTAGAACAAATTATAATTGAATGTTCGCATCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATACATTCGCAAG
* * *
40779 AAAAGTGCATTTGTAGCCACCTATGCCTTCGAAAGCATAGTT
131 AAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCGAAAGCATA-TT
* *
40821 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAA
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
40862 GTTTATTTTT
Statistics
Matches: 409, Mismatches: 131, Indels: 28
0.72 0.23 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 52 0.13
171 245 0.60
172 112 0.27
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGAAATTTTTTTAATTGTTTAG
TTAGAACAAATTATAATTGAATGTTCGCATCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATACATTCGCAAG
AAAAGTCCATTTATAGTCACCATGCCTTCGAAAGCATATT
Found at i:42428 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 42119--42712 Score: 692
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 168
42109 NNNNNNNTTA
* * * * * * *
42119 CTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGCTGAAATTTTTTATTTTTTTTATTAAAG
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAG-TTAAATTTTTTATATTTTTCATTAAAA
** * * ** *
42184 TATATTACCATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAGGCCATTCATTAACA-AGAAAGG
65 TATATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA-GCCATCCATTGGCAGA-AAAGT
42248 TCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCG
128 TC-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCG
42290 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAA-TTTTTTATATTTTTCATTAAAA
* *
42355 TATATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATTAAGTAAAAGCCATCCGTTGGCATGAAAAGT
65 TATATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAGCCATCCATTGGCA-GAAAAGT
* * * *
42420 TCATTTATAGTTACTCAAGCCTTCGAAATCCTTATTACTCG
128 TCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCG
* * * *
42461 TTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTGTTATAGTTTT-AGCTAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTT-TTATATTTTTCA-TTAAA
* * * * *
42525 ATATATTATAATTGAATGTTTATCTTGGGAAGCATGAAGCAAAAGACATCCATTAGAG-AGAAAG
64 ATATATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAGCCATCCATT-G-GCAGAAAA
* * * *
42589 GTTTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTATTATTACTCG
126 GTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCG
* * * * * * *
42632 TTTTAAATGGTTTTCTAATTTCATAGTTAATTTTAAGTT-GATTTTTTATATTTTTCATTTAAAT
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTCATTAAAAT
42696 ATATTATAATTGAATGT
66 ATATTATAATTGAATGT
42713 CTACTGCAAA
Statistics
Matches: 365, Mismatches: 49, Indels: 20
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 31 0.08
170 15 0.04
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173 2 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.12, T:0.43
Consensus pattern (168 bp):
CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTCATTAAAAT
ATATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAGCCATCCATTGGCAGAAAAGTTCA
TTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCG
Found at i:46238 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 46021--46422 Score: 409
Period size: 172 Copynumber: 2.3 Consensus size: 171
46011 CCAATAACAT
* * * * * *
46021 AAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAACACTATTTAACA-TGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAAATATTTAA-AGTAAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
46085 CGAA-CATTTGAGTGACTATAAAT-AGACTTTTCGTGCTAATGGATGGCTTTTGC-TTCACATTT
65 CGAAGCA-TGGA-CGACTATAAATAAG-CTTTTCGTACCAATGAATAGCTTTT-CTTTCACATTT
* *
46147 CTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAAAGAAAAAT-TATA
126 CTCAAGACAAACATTCAATTATAATATATTTTAAACAAAAATGT-TA
* * * * * *
46193 AAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAATTATTTAAAGTAAGTAATAATGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAAATATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTC
** ** *
46258 GAAGGCATGGACGACTATAAATAAGCTTTTTTTACCAATGAATAGCTTTTCTTTCATGTTTTTCA
66 GAA-GCATGGACGACTATAAATAAGCTTTTCGTACCAATGAATAGCTTTTCTTTCACATTTCTCA
* * * * * *
46323 AGATAATCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTTA
130 AGACAAACATTCAATTATAATATATTTTAAACAAAAATGTTA
* *
46365 AAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGACATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATAA
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAAATATTTAAAGTAAGTAATAA
46423 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 189, Mismatches: 35, Indels: 12
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
171 2 0.01
172 179 0.95
173 6 0.03
174 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAAATATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTC
GAAGCATGGACGACTATAAATAAGCTTTTCGTACCAATGAATAGCTTTTCTTTCACATTTCTCAA
GACAAACATTCAATTATAATATATTTTAAACAAAAATGTTA
Done.