Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398169.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1473.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 703
Length: 1173
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.06, T:0.46
Warning! 88 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:645 original size:243 final size:245
Alignment explanation
Indices: 3--706 Score: 712
Period size: 251 Copynumber: 2.8 Consensus size: 245
1 TC
* **
3 TTTATTATTTTTATTTAAAAATTAAAA-TTATTATATTGTTACATACTTTT-AGTTCGATAATAT
1 TTTATTATTTTTATTTAAAAATTAAAATTTA-TATATCGTTACATACTTTTAACCT-GATAATAT
*
66 AAATATAAATACTTATTTTTCATTAAAATTAAATTTTTTTACTTAATAAACTTATTACGTTAACT
64 AAAT-TAAA-A-TTATTTTTCATTAAAATTAAATTTTTTTACTTAATTAACTTATTACGTTAACT
* * * * **
131 CTCACA-CATTTACGTTAAGATTTAAAATTTGGTTAATCCACCGTTATAAGTTTTTACGTCAATT
126 CTCACATC-TTTACGTTAAAATTTAAAATTTAGTTATTTCACTTTTATAAGTTTTTACGTCAATT
* * * * *
195 CTTACGGTTTTATGTCAAGGCATTTTTATGTTAATTTTGAACGATAATTATTTTTA
190 CTTACAGTTTTATGTCAAGGCATTTCTATGTCAATATTAAACGATAATTATTTTTA
* * * * *
251 TTCTTATTATTCTTTATTTAAAAGTAAAAATTT-TAATATCATTACATACTTTCAACCCGATAAT
1 -T-TTATTATT-TTTATTTAAAAATTAAAATTTAT-ATATCGTTACATACTTTTAACCTGATAAT
* *
315 ATAAA-TACAAATGTTTATTTTTCATTAAAATTAAATTTTTTTACTTAATTAATTTATTACATTA
62 ATAAATTA-AAA---TTATTTTTCATTAAAATTAAATTTTTTTACTTAATTAACTTATTACGTTA
* * * * *
379 ACTTTCTA-ATATTTACATTAAAATTTAAAATTTAGTTATTTTACTTTTATAAGTTTTTATGTCA
123 ACTCTC-ACATCTTTACGTTAAAATTTAAAATTTAGTTATTTCACTTTTATAAGTTTTTACGTCA
* * * * *
443 ATTTTTATAGTTTTACT-TTAAGGC-TTATCTATGTCAATATTAAACTATAATTCTTTTTCA
187 ATTCTTACAGTTTTA-TGTCAAGGCATT-TCTATGTCAATATTAAACGATAATTATTTTT-A
*
503 -TTATTATTTTTATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTA-ACTACTTTTAACCTGAAAATATA
1 TTTATTATTTTTATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTACA-TACTTTTAACCTGATAATATA
* * * * * *
566 AATTTAAA-T-TTTTTCAATAAAATTATATTTTTTTATTTAATTGACTTGTTACGTTAACTCTCA
65 AATTAAAATTATTTTTCATTAAAATTAAATTTTTTTACTTAATTAACTTATTACGTTAACTCTCA
* ** * * ** *
629 CATCTTTATGTTAAAATTTAAAATTTAACTATTTCATTTTTATAAATTTTTACACCAATTGTTAC
130 CATCTTTACGTTAAAATTTAAAATTTAGTTATTTCACTTTTATAAGTTTTTACGTCAATTCTTAC
* *
694 AATTTTACGTCAA
195 AGTTTTATGTCAA
707 AACTTAAAAA
Statistics
Matches: 373, Mismatches: 64, Indels: 42
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
242 1 0.00
243 105 0.28
244 1 0.00
247 1 0.00
248 50 0.13
249 14 0.04
250 13 0.03
251 182 0.49
252 6 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.05, T:0.49
Consensus pattern (245 bp):
TTTATTATTTTTATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTACATACTTTTAACCTGATAATATAA
ATTAAAATTATTTTTCATTAAAATTAAATTTTTTTACTTAATTAACTTATTACGTTAACTCTCAC
ATCTTTACGTTAAAATTTAAAATTTAGTTATTTCACTTTTATAAGTTTTTACGTCAATTCTTACA
GTTTTATGTCAAGGCATTTCTATGTCAATATTAAACGATAATTATTTTTA
Done.