Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398179.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1483.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 16430
ACGTcount: A:0.28, C:0.09, G:0.09, T:0.27
Warning! 4472 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:813 original size:169 final size:160
Alignment explanation
Indices: 509--820 Score: 294
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
499 CATGAGATTA
* * *
509 TAAAACCATTTAAGGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGATACTATAAATGGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAAGCTTTCGAAGGAATGAGATACTATAAATGGACTTTTCTT
* * *** ** *
574 CCAAACAAATCAATTTTTTTATACGTTTATTGAGGTAGGCATTAAATTATAGTTTGCTTTAACAA
66 ACAAACAAATCAATTTTTTCATACGTTTACCAAGGTACACATTAAATTATAGTCTGCTTTAACAA
639 AAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATTAAT
131 AAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATTAAT
*
669 TNNNNNNNNNNAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAAGC-TTCGAAGGAATG-GGTAACTATAAA
1 T----------AAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAAGCTTTCGAAGGAATGAGAT-ACTATAAA
* * *
731 TGGACTTTTCTTGACAAA-AAAT-ACTTTTTTCATCACGTTTCCCAAGGTACACATTCAATTATT
54 TGGACTTTTCTT-ACAAACAAATCAATTTTTTCAT-ACGTTTACCAAGGTACACATTAAATTA-T
* *
794 A-TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
116 AGTCTGCTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
821 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 17, Indels: 21
0.76 0.11 0.13
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.01
168 11 0.09
169 79 0.66
170 29 0.24
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (160 bp):
TAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAAGCTTTCGAAGGAATGAGATACTATAAATGGACTTTTCTT
ACAAACAAATCAATTTTTTCATACGTTTACCAAGGTACACATTAAATTATAGTCTGCTTTAACAA
AAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATTAAT
Found at i:5479 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4783--6306 Score: 929
Period size: 171 Copynumber: 8.9 Consensus size: 169
4773 NNNNNNNNNN
* * ** * *
4783 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATA-TAACA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACT-ATA
** ** * ** * * *
4847 ATTGAACATCTACCTTAAGAAACGTGATGAAAAATGCTTTCATTGGCAAGTAAAGTCTATTTATA
64 ATTGAATGT-TACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAA-GCAATCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * *
4912 GCCACTCATT-CTATCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGT
127 GTCACCCATTCCT-TTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * *************** * *
4955 TTCATAATCTCAAAATTGATTTTAAGNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTT-AGTTAGAACAGATTATA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATTTTTCA-TTAAAACAGACTATA
* * * * * ** * **
5019 ATTGAATGTTTACCTCGCGAAAAGTGAAGAAAAAGACATTGATTGGTGAGAAAAATCCATTCGTA
64 ATTGAATG-TTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAG-CAATCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * *
5084 GTAACCCATT-CTTTCAAAA-CTTTATTACTCATTTTAAATGGT
127 GTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* ********** *
5126 TTTATAATCTCATAATTGATATTAAGTT-ATATTTNNNNNNNNNNTTCATTAAACCAGACTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAA
* * * * * * * *
5190 TTGAATACTTGCCTTGGGAAACAT-ATAGAAAAAGCCATTTATAAAG-AAGAAAAGTCCATTTAT
65 TTGAAT-GTTACCTCGAGAAACGTGA-AGAAAAAG-CAATCAT-TAGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * ********** *
5253 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCATANNNNNNNNNNTAAATGAT
126 AGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * ** *
5297 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGATGAATTTGTTTTAGATTTTTGGTTAAAACA-AATAATA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTCATTAAAACAGACT-ATA
* * *
5361 ATTGAATGTGTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCAATCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
64 ATTGAATGT-TACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCAATCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * *
5426 TCACCTATTCCTTTAAAACCCTTGTTACTCACCTTAAATAGT
128 TCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * * *
5468 TTCGA-AATCTCATATTTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTACATTTTTCATTCAAACAGACTATAA
1 TT-TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAA
* * ** * * * * * *
5531 GTAAATGATTGTCTCGA-AAATGTGTAGAAAAATACATTTATTCAG-AAGAAAAGTCTATTTATA
65 TTGAATG-TTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAA-GCAATCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * *
5594 GTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGT
127 GTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * * *
5637 TTTATAATCTCAAAATTGAATTTAAGTTCAATTTTTTTTTTACTTTTT-AGTTAAAACAGATTAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATA-TTTTTCA-TTAAAACAGACTAT
* * * ** * * *
5701 AATTGAATATTTATCTCAAGAAAAATGAAGAAAAAGGAAATCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTAT
63 AATTGAAT-GTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAA-GCAATCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTAT
*
5766 AGTAACCCATT-CTTTCAAAAG-CTTATTACTCACTTTAAATGGT
126 AGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * * *
5809 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTCTTTTTTACATTTCTGATTAAAATAGACTAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA--AT-TTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTAT
* * * * * * *
5874 AATT-ATTTGCATACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCTATCCATT-GATAAGAAAAGTCTATTT
63 AATTGA-ATG-TTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCAAT-CATTAG-CAAGAAAAGTCCATTT
* * ** * * * *
5937 ATAGTCACCCATTCCATCAAAAAACTTCTTAGTAACCTTAAATGGT
124 ATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * *
5983 TTTATAACCTTATAATTG-TATTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAA
* * * *
6047 TTGAATGCTTGCCTTGAGAAACGTGTAA-AAAAAGTCATTCATTACCAAGAAAAGTCCATTTATA
65 TTGAATG-TTACCTCGAGAAACGTG-AAGAAAAAG-CAATCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATA
** *
6111 GTCTTCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
127 GTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
*
6154 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-GTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAAT
* * *
6218 TAAATGTTTACCTC-AGAAA-ATGTATAGAAAAA-CACATTTATTTAG-AAGAAAAGTCCATTTA
66 TGAATG-TTACCTCGAGAAACGTG-A-AGAAAAAGCA-A-TCA-TTAGCAAGAAAAGTCCATTTA
*
6279 TAGTCTCCCATTCCTTTAAAAGCCTTAT
125 TAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTAT
6307 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1031, Mismatches: 267, Indels: 110
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 20 0.02
169 122 0.12
170 178 0.17
171 304 0.29
172 231 0.22
173 123 0.12
174 53 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAAT
TGAATGTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCAATCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
CCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
Found at i:5820 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 4997--6306 Score: 1156
Period size: 341 Copynumber: 3.8 Consensus size: 338
4987 NNNNNNNNNN
* ** * *
4997 TTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGCGAAAAGTGAAGAAAAAGACATTGAT
1 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAAGA-AATCAT
* * ** *
5062 TGGTGAGAAAAA-TCCATTCGTAGTAACCCATT-CTTTCAAAA-CTTTATTACTCATTTTAAATG
65 TGG-CAAAAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCCTTT-AAAAGC-TTATTACTCACTTTAAATG
* ********* *
5124 GTTTTATAATCTCATAATTGATATTAAGTT-ATATTTNNNNNNNNNNTTCATTAAACCAGACTAT
127 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATATTT-TTTACATTTTTCATTAAAACAGACTAT
* * * * ** * *
5188 AATTGAAT-ACTTGCCTTGGGAAACATATAGAAAAAGCCATTTATAAAGAAGAAAAGTCCATTTA
191 AATTAAATGA-TTACC-TCGAAAATGTATAGAAAAA-ACATTTATTAAGAAGAAAAGTCCATTTA
* * ********* *
5252 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCATANNNNNNNNNNTAAATGATTTTATAATCTCATAATT-AA
253 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA-TTACTAACTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAA
* * *
5316 TTTTAAGATGAATTTGTTTTAGA
317 -TTTAAGTTGAATTTTTTTTATA
* * * * * * *
5339 TTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTGTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCAATCATT
1 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAAGAAATCATT
* * * * * * *
5404 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAACCCTTGTTACTCACCTTAAATAGTT
66 GGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCCTTTAAAA-GCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * * * *
5469 TCGA-AATCTCATATTTGATTTTAGGTTGA-ATTTTTTACATTTTTCATTCAAACAGACTATAAG
130 T-TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAAT
** * * *
5532 TAAATGATTGTCTCGAAAATGTGTAGAAAAATACATTTATTCAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
194 TAAATGATTACCTCGAAAATGTATAGAAAAA-ACATTTATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
5597 TCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAATTTAA
258 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-AACTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAA
* *
5662 GTTCAATTTTTTTTTTA
322 GTTGAATTTTTTTTATA
* * *
5679 CTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTATCTCAAGAAAAATGAAGAAAAAGGAAATCA
1 -TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAA-GAAATCA
5744 TTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATT-CTTTCAAAAGCTTATTACTCACTTTAAATGG
64 TTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCCTTT-AAAAGCTTATTACTCACTTTAAATGG
* * * *
5808 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTCTTTTTTACATTTCTGATTAAAATAGACTA
128 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA---TATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTA
** * * ** * * *
5873 TAATTATTTGCA-TACCTTGAGAAATGTGA-AGAAAAAGCTATCCATTGATAAGAAAAGTCTATT
190 TAATTAAATG-ATTACCTCGA-AAATGT-ATAGAAAAAAC-ATTTATTAAGAAGAAAAGTCCATT
* ** * * * *
5936 TATAGTCACCCATTCCATCAAAAAACTTCTTAGTAACCTTAAATGGTTTTATAACCTTATAATTG
251 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAA-CTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* *
6001 TATTTAACTTGAA-TTTTTTTATA
315 AATTTAAGTTGAATTTTTTTTATA
* * * ** * * *
6024 TTTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTGAGAAACGTGTAA-AAAAAGTCATTC
1 -TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAAAGTG-AAGAAAAAG-AAATC
** * *** *
6087 ATTACCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
63 ATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCCTTTAAAAG-CTTATTACTCACTTTAAATG
* *
6152 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-AGTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATA
127 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATA
* *
6216 ATTAAATGTTTACCTCAGAAAATGTATAGAAAAACACATTTATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATA
192 ATTAAATGATTACCTC-GAAAATGTATAGAAAAA-ACATTTATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATA
* *
6281 GTCTCCCATTCCTTTAAAAGCCTTAT
255 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
6307 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 774, Mismatches: 164, Indels: 61
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 108 0.14
341 243 0.31
342 139 0.18
343 4 0.01
344 73 0.09
345 112 0.14
346 95 0.12
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (338 bp):
TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAAGAAATCATT
GGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCCTTTAAAAGCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTA
AATGATTACCTCGAAAATGTATAGAAAAAACATTTATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTG
AATTTTTTTTATA
Found at i:7400 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6910--8572 Score: 1116
Period size: 170 Copynumber: 9.8 Consensus size: 170
6900 NNNNNNNNNN
** * *
6910 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGGGTGACCATAAATAGA
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATGGA
** * * * *
6974 CTTTTCTTGTTAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTAT
64 CTTTTCTTGCCAATGAATTGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGT
* * *
7039 TTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTTAAGTT-AAATACAATTAT
129 TTTAACTAAAAAA-GTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-CAATTAT
* * * ** * *
7081 GAGATTATAAAACCATTTAAGGCT-ACTAATAAGTCTTTTGATGGAATGGGAGACTATAAATAGA
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAG-GTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGA
** * * * *
7145 CTTTTCTTATCAATGAATAGCTTTTTCTTGACGTTTCTCAA-GCTAGGCACTT-AATTATAGTAT
64 CTTTTCTTGCCAATGAATTGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGC-AAGCA-TTCAATTATAGTCT
* * *
7208 G-TTTAAATGAGAAATA-TAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTAT
127 GTTTTAACT-A-AAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* *
7252 GAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTGAAAGAATGGGTTACTATAAATGGACT
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * ** ** ** ** *
7317 TTTCTTGCCAATGATTTCCTTTTTCTTCATTTTTCTTGAGATAAATATTCAATTATAATCTGTTT
66 TTTCTTGCCAATGAATTGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTT
* * * *
7382 TAACTAAAAAAGTAAAAAACATTGAACTTAAATTCAGTTTT
131 TAACTAAAAAAGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * *
7423 GAGATTACAAAACCATTTAAA-TCGAGCAACAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAATAGA
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGG-TTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * * * * *
7487 CTTTT-TTTCTGAAT-AAATGTATTTTTCTACACATTTCTCAAGACAAGCATTTACTTATAGTCT
64 CTTTTCTTGC-CAATGAATTG-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCT
* * *
7550 GTTTTAA-TGAAAAATGT-AAAAAATTGAACTTAAAATCAAATAT
127 GTTTTAACT-AAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * ** *
7593 GAGATT-TCAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAGGGTTTT-AAAGGAATATGAGACTATAAATGG
1 GAGATTAT-AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GGTTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATGG
* * * * ** * * * *
7656 ACTTTT-TTACAAATGAATGGTTTTTTCCACACGTTTCTTAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCCG
63 ACTTTTCTTGCCAATGAATTGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTG
*
7720 TTTTAA-TGAAATATA-TAAAAAAATTCAACTT-AAATACAATTAT
128 TTTTAACT-AAA-AAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-CAATTAT
* * * * *
7763 AAGATTATAAAACCATTTAAGGCT-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGA
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGG-TTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGA
** * * * * * * * * *
7827 CTTTTCTT-CCAAAAAAAT-CAATTTCTT-TTTATGTTTATCGAGGTAGGCATTAAATTATAGTT
64 CTTTTCTTGCCAATGAATTGC--TTT-TTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTC
* * * *
7889 TATTTTAAC-AAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATTAATTTT
126 TGTTTTAACTAAAAAA-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * *
7933 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTACTAAGGCTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * *
7998 TTTCTTGACAAAGAA-TGCTTTTTTCATCACGTTTCTCAAGGCACA-CATTCAATTATTGTCTGT
66 TTTCTTGCCAATGAATTGC-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCA-AGCATTCAATTATAGTCTGT
* * *
8061 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA-CTAGTTAT
129 TTTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTAT
* * ********* *
8103 GACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTNNNNNNNNNNTT-AAAGGAATGGGTGACTATAAACGGA
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT-AATAAGGTTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATGGA
* * * *
8167 CTTTTCTTGCCAATGAA-TGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGACACA-CATTCAATTATTA-TTT
64 CTTTTCTTGCCAATGAATTGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCA-AGCATTCAATTA-TAGTCT
* ********** *
8229 GTTTTAACTAAAAATGTAAAAAANNNNNNNNNNAAATTAATTAT
127 GTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* ** * * * * * *
8273 GAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATATGACTTCTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGGGC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-GTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * **
8338 TTTTCTT-CTTAATAAATGGCTTTTTCTGT-ACGTTTCTCAGGGCAAGTATTCAATTATAGTCNN
65 TTTTCTTGC-CAATGAATTGCTTTTTCT-TCACGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTG
******** * *
8401 NNNNNNNNAAAAATA-TAAAAAAATAT-AACTCAATATCAATTAT
128 TTTTAACTAAAAA-AGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * *
8444 GAGACTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAAGTTTTGAAAGAATGGGTTACTACAAATGGACT
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* ** * * *
8509 TCTCTCACCAATGAA-TGTCTTTTTCTTCAC-TTCTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGT
66 TTTCTTGCCAATGAATTG-CTTTTTCTTCACGTT-TCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGT
8572 T
129 T
8573 CTANNNNNNN
Statistics
Matches: 1159, Mismatches: 268, Indels: 131
0.74 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 144 0.12
170 536 0.46
171 383 0.33
172 90 0.08
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACT
TTTCTTGCCAATGAATTGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTT
TAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
Found at i:9092 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 8680--9933 Score: 1063
Period size: 171 Copynumber: 7.3 Consensus size: 169
8670 NNNNNNAACG
* * * *
8680 TGAT-GAAAAATGCATTCATTGGCAAGTAAAGTCCATTTATAGCCACCCA-TGCTATCAAAAGCC
1 TGATAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT-TC-AAAG-C
* * * *
8743 TTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATT
62 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATT
** * *
8808 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTCA-AGAAA-A
126 TTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCT-AGAGAAACA
* * * * * * *
8851 GTGA-AGGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTAACCCTTTCTTTCAAAACTT
1 -TGATA-GAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAGC-T
* * *
8915 TATTACTCGTTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-ATATTTTTTTATATTT
63 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTT
* *
8979 TTCATTAAACCAGACTATAATTGAATATTTACCCTAG-GAAACA
127 TTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTA-CCTAGAGAAACA
* * * *
9022 T-ATAGAAAAAGCCATTCATTAAG-AAGAAAAGTCTATTTATAGCCA-TCCATTCCTTCGAAAGT
1 TGATAGAAAAAG-CATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATTCCTTC-AAAGC
* *
9084 TATATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATT
62 T-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * * *
9148 TTT-AGTTAAAACA-AATAATAATT-ATATGTGTGCCTCGAGAAA-A
126 TTTCA-TTAAAACAGACT-ATAATTGA-ATGTTTACCTAGAGAAACA
9191 GTGA-AGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAAGCT
1 -TGATAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTC--AAAGCT
* * *
9255 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGGTTTTAAGTTGAATTTGTTTTATATTT
63 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTT
** * * * *
9320 TTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTGTGCCTTGAGAAACA
127 TTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTAGAGAAACA
* * * *
9363 TGAT-GAAAAAAGCATTCTTTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAGCCTC
1 TGATAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAG-CTT
* * * *
9427 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTGTTACATTTTT
64 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
** * * ** * * *
9491 TGTTAAAACAAACTATAATTTAATGCCTACCTCGATAAACG
129 CATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTAGAGAAACA
* ** * * * * * *
9532 T-ATAAAAAAATTAATTTATTTGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCATTCAGAAGCCT
1 TGATAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCA-AAG-CT
* *
9596 TATTACTAGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG-TATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
63 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* ** *
9660 TTCAATAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCA-AGAAACG
127 TTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCT-AGAGAAACA
* * * * *
9703 TG-TAGAGAAAGCCATTCATTTGTC-A-AAAAGTCCATTTATAGTCTC-CTATTCCTTTAAAACC
1 TGATAGAAAAAG-CATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCC-TTCAAA-G
* * * * * *
9764 CTTGTTACTCACTTTAAATAGTTTTGA-AATCTCACATTTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTTAC
61 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTAC
** * * * *
9828 ATTTTTGGTTAGAACATATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAA-A
123 ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTAGAGAAACA
* * * * *
9874 GTGA-ATAAAAAGACATTCATTGG-AGAGAAAAGTCCATTTGTAGTAACCCATTCTTTCAAA
1 -TGATAGAAAAAG-CATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAA
9934 ACTTNNNNNN
Statistics
Matches: 883, Mismatches: 143, Indels: 112
0.78 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.01
169 179 0.20
170 252 0.29
171 260 0.29
172 155 0.18
173 28 0.03
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TGATAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAGCTTAT
TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCA
TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTAGAGAAACA
Found at i:9433 original size:340 final size:338
Alignment explanation
Indices: 8680--9934 Score: 1310
Period size: 340 Copynumber: 3.7 Consensus size: 338
8670 NNNNNNAACG
* * *
8680 TGAT-GAAAAATG-CATTCATTGGCAAGTAAAGTCCATTTATAGCCACCCA-TGCTATCAAAAGC
1 TGATAGAAAAA-GCCATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCA-CCATTCCT-TCAAAAGC
* * * *
8742 CTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACAT
63 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACAT
* * * *
8807 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAAAGTGAAGGAAAAGGCATTCATT
127 TTTTGGTTAAAACAAATTATAATTATATGTTTACCTCGAGAAAAGTGAA-GAAAAAGCATTCATT
* * * *
8872 GGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTAACCCTTTCTTTCAAAA-CTTTATTACTCGTTTTCAATGGTT
191 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCTTTCAAAAGC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* *
8936 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-ATATTTTTTTATATTTTTCATTAAACCAGACTATAAT
255 TTATAATCTCATAA-TGGTTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAAT
* * *
9000 TGAATATTTACCCTAGGAAACA
318 TGAATGTCTACCTTA-GAAACA
*** * * *
9022 T-ATAGAAAAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCTATTTATAGCCATCCATTCCTTCGAAAG-TT
1 TGATAGAAAAAGCCATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCA-CCATTCCTTCAAAAGCCT
* *
9085 ATATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATT
65 -TATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * * *
9148 TTTAGTTAAAACAAATAATAATTATATGTGTGCCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAGCATTCATTGG
128 TTTGGTTAAAACAAATTATAATTATATGTTTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAGCATTCATTGG
* * *
9213 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
193 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCTTTC-AAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
** *
9278 ATAATCTCATAACTGGTTTTAAGTTGAATTTGTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTG
257 ATAATCTCATAA-TGGTTTTAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTG
* *
9343 AATGTGTGCCTTGAGAAACA
320 AATGTCTACCTT-AGAAACA
* *
9363 TGAT-GAAAAAAG-CATTCTTTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTC-AAAGCC
1 TGATAG-AAAAAGCCATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCAC-CATTCCTTCAAAAGCC
* * *
9425 TCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTGTTACATTT
64 TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * ** * * * ** *
9489 TTTGTTAAAACAAACTATAATT-TAATGCCTACCTCGATAAACGT-ATAAAAAAATTAATTTATT
129 TTGGTTAAAACAAATTATAATTAT-ATGTTTACCTCGAGAAAAGTGA-AGAAAAA-GCATTCATT
* * * ** * * * * *
9552 TGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCATTCAGAAGCCTTATTACTAGCCTTAAATGGTT
191 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCTTTCAAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * *
9617 TTATAATCTCATAATTGTATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCAATAAAACAGACTATAATT
255 TTATAATCTCATAATGGT-TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATT
* * *
9682 GAATGCCTACCTCAAGAAACG
319 GAATGTCTACCT-TAGAAACA
* * * * *
9703 TG-TAGAGAAAGCCATTCATTTGTC-A-AAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTTAAAACCC
1 TGATAGAAAAAGCCATTCA-TTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACC-ATTCCTTCAAAAGCC
* * * * *
9765 TTGTTACTCACTTTAAATAGTTTTGA-AATCTCACATTTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTTACA
64 TTATTACTCACTTTAAATAGTTTT-ATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACA
* * *
9829 TTTTTGGTTAGAACATATTATAATTGA-ATGTTTACCTCGAGAAAAGTGAATAAAAAGACATTCA
126 TTTTTGGTTAAAACAAATTATAATT-ATATGTTTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAG-CATTCA
*
9893 TTGG-AGAGAAAAGTCCATTTGTAGTAACCCATTCTTTCAAAA
189 TTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCTTTCAAAA
9935 CTTNNNNNNN
Statistics
Matches: 765, Mismatches: 113, Indels: 69
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 79 0.10
340 313 0.41
341 182 0.24
342 99 0.13
343 90 0.12
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (338 bp):
TGATAGAAAAAGCCATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCATTCCTTCAAAAGCCTT
ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
GGTTAAAACAAATTATAATTATATGTTTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAA
GAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCTTTCAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC
TACCTTAGAAACA
Found at i:9654 original size:511 final size:508
Alignment explanation
Indices: 8679--9935 Score: 1380
Period size: 511 Copynumber: 2.5 Consensus size: 508
8669 NNNNNNNAAC
* * * *
8679 GTGATGAAAAATGCATTCATTGGCAAGTAAAGTCCATTTATAGCCACCCA-TGCTATC-AAAAGC
1 GTGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCT-TCAAAAAG-
8742 CTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACAT
62 CTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACAT
* * * * *
8807 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAAAGTGAAGGAAAAGGCATTCATT
127 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAAA-TGATGAAAAAAGCATTCATT
* * * ** *
8872 GGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTAACCCTTTCTTTCAAAACTTTATTACTCGTTTTCAATGGTTT
191 -GCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTAACCCATTCTTTCAAAACCTCATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * *
8937 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTATATTTTTTTATATTTTTCATTAAACCAGACTATAATTG
255 TATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTATATTTTGTTACATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTG
** * * *
9002 AATATTTACCCTAGGAAACATATAGAAAAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCTATTTATAGCCA
320 AATACCTACCCGAGGAAACATATAAAAAAAGCAATTCATTAAGAAGAAAAGTCTATTTATAGCCA
* * * *
9067 TCCATTCCTTCGAAAGTTATATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAG
385 TCCATTCATTCGAAAGCTATATTACTAGCCTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAG
* ** * *
9132 TTGAATTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACA-AATAATAATT-ATATGTGTGCCTCGAGAAAA
450 TTGAATTTTTTACATTTTTCA-ATAAAACAGAAT-ATAATTGA-ATGCCTACCTCAAGAAAA
9191 GTGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAAGCTT
1 GTGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAAGCTT
* * * * * * * *
9256 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGGTTTTAAGTTGAATTTGTTTTATATTTT
65 GTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTT
** * * * *
9321 TGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTGTGCCTTGAGAAACATGATGAAAAAAGCATTCTTTGTC
130 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAA-ATGATGAAAAAAGCATTCATTG-C
* * * * *
9386 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
193 AAGAAAAGTCCATTTGTAGTAACCCATTCTTTCAAAACCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
** *
9451 AATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGA-A-TTTGTTACATTTTTTGTTAAAACAAACTATAATTTAA
258 AATCTCAAAATTAATTTTAAGTT-ATATTTTGTTACATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAA
* * * ** * * *
9514 TGCCTACCTCGA-TAAACGTATAAAAAAATTAATTTATT-TGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-
322 TACCTACC-CGAGGAAACATATAAAAAAAGCAATTCATTAAG-AAGAAAAGTCTATTTATAGCCA
* *
9576 TCTCATTCATTC-AGAAGCCT-TATTACTAGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-GTATT
385 TC-CATTCATTCGA-AAG-CTATATTACTAGCCTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAAT-TT
* *
9638 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCAATAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAAC
446 TAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTCAATAAAACAGAATATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAAA
* * * * * **
9702 GTGTAGAGAAAGCCATTCATTTGTC-A-AAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTTAAAACCC
1 GTGAAGAAAAAG-CATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAAGC
* * * *
9765 TTGTTACTCACTTTAAATAGTTTTGA-AATCTCACATTTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTTACA
63 TTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTT-ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTTACA
* *
9829 TTTTTGGTTAGAACATATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAAA-G-TGAATAAAAAGACATTC
126 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAAATGATG-A-AAAAAG-CATTC
*
9892 ATTGGAGAGAAAAGTCCATTTGTAGTAACCCATTCTTTCAAAAC
188 ATTGCA-AGAAAAGTCCATTTGTAGTAACCCATTCTTTCAAAAC
9936 TTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 620, Mismatches: 100, Indels: 50
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
509 7 0.01
510 135 0.22
511 356 0.57
512 118 0.19
513 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (508 bp):
GTGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAAGCTTG
TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTT
GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAAATGATGAAAAAAGCATTCATTGCAAG
AAAAGTCCATTTGTAGTAACCCATTCTTTCAAAACCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
CTCAAAATTAATTTTAAGTTATATTTTGTTACATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATACC
TACCCGAGGAAACATATAAAAAAAGCAATTCATTAAGAAGAAAAGTCTATTTATAGCCATCCATT
CATTCGAAAGCTATATTACTAGCCTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAT
TTTTTACATTTTTCAATAAAACAGAATATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAAA
Found at i:10574 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 10060--11081 Score: 962
Period size: 169 Copynumber: 6.0 Consensus size: 169
10050 ATTAGTAGCC
* * *
10060 TTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTG-TATTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAACAC
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAC
* * * * *
10124 AGACTATATTTGAATG-CTTGCCTTGAGAAACGTGTAGAAAAATCCATTCATTAAG-AAGAAAAG
64 AGACTATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAACATGTAGAAAAA-GCATTCATT-GGCAAGAAAAG
* *
10187 TCCCA-TTATAGTCTCACATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCT
126 T-CCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCT
10231 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAA-A
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACA
* * * * * *
10294 AACTATAATTAAATGTCTACC-TGA-AAAAATGTGTAGAAAAACACATTTATTCAG-AAGAAAAG
65 GACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA--TGTAGAAAAA-GCATTCATT-GGCAAGAAAAG
** * * *
10356 TCCATTTATAGTCTGCCATTACTTTAAAATCCTTATTACTTGCT
126 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * **
10400 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTAATATTTTTGGTTAAAACA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACA
* * * * *
10465 TACAACAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGTAAAGTCC
65 GACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * ** * * *
10530 ATATATATTCACCCATTGTTTTGAAAGCCTTATTTCTGGCT
129 ATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * *
10571 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTCAAGTTTATTTTTTT-TCTTTTTTAGTTAAAACA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACA
* * * * * * * * * *
10635 GATTATAATTGAATGTTTGCCTCGACAAAAATGAAGAAAAAGAAAATCATTGGCAAGAAAAGTCT
65 GACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* *
10700 ATTTGTAGTAACCCATT-CTTTCAAAA-CCTTATTACTCGCT
129 ATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * *
10740 TTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAG
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAG
* * * *
10805 ACTATAATT-AAGTGGT-TACCTTGGGAAACCTGTAGAAAAAGTCATTCATTTGTAAG-AAAGCT
66 ACTATAATTGAA-T-GTCTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAG-T
** * * * * * *
10867 CCATTTATACCCAGCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTAGTAGCC
127 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * *
10910 TTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTG-TATTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAC
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAC
* * * * *
10974 AGACTATAATTGAATG-CTTACCTTGGGACACGTGTAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGT
64 AGACTATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAACATGTAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * **
11038 CCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
127 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCT
11081 T
1 T
11082 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 695, Mismatches: 130, Indels: 52
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 12 0.02
169 243 0.35
170 177 0.25
171 241 0.35
172 15 0.02
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAG
ACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCT
Found at i:11015 original size:340 final size:336
Alignment explanation
Indices: 10042--11081 Score: 1041
Period size: 340 Copynumber: 3.1 Consensus size: 336
10032 NNNNNNATCA
* * * * * * *
10042 AAAAACTTATTAGTAGCCTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTG-TATTTAACTTGAATTTTTT
1 AAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTCAATTTTTT
* * * * * *
10106 TATATTTTTTATTAACACAGACTATATTTGAATGCTTGCCTTGAGAAACGTGTAGAAAAATCCAT
65 TATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGGTTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAATCCAT
*
10171 TCATTAAGAAGAAAAGTCCCA-TTATAGTCTCA-CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
130 TCATT-AGAAGAAAAGT-CCATTTATA--CTCACCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTAGCTTTA
* *
10234 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAA-AAAC
191 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAC
* * *
10297 TATAATTAAATGTCTACC-TGAAAAAATGTGTAGAAAAACACATTTATTCAG-AAGAAAAGTCCA
255 TATAATTGAATGT-TACCTTGAAAAAA-GTGTAGAAAAA-ACATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCA
*
10360 TTTATAGTCTGCCATTACTTT-
316 TTTATAGTCTCCCATT-CTTTC
* *
10381 AAAATCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTT
1 AAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT
* * * * * * *
10446 AATATTTTTGGTTAAAACATACAACAATTGAAT-GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCA
65 TATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGGT-TACCTTGAGAAACATGTAGAAAAATCCA
* * * * ** * * *
10510 TTCATTGGCAAGTAAAGTCCATATATATTCACCCATTGTTTTGAAAGCCTTATTTCTGGCTTTAA
129 TTCATTAG-AAGAAAAGTCCATTTATACTCA-CCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAA
* * * * *
10575 ATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTCAAGTT-TATTTTTTTTC-TTTTTTAGTTAAAACAGAT
192 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGAC
* * * * * *
10638 TATAATTGAATGTTTGCCTCGACAAAAA-TGAAGAAAAAGAAAATCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
255 TATAATTGAATG-TTACCTTGA-AAAAAGTGTAGAAAAA-ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* **
10702 TTGTAGTAACCCATTCTTTC
317 TTATAGTCTCCCATTCTTTC
* *
10722 AAAACCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-ATTTTTTTT
1 AAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
* * *
10786 ATATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATT-AAGTGGTTACCTTGGGAAACCTGTAGAAAAAGT-CA
66 ATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAA-TGGTTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAA-TCCA
* * * * * *
10849 TTCATTTGTAAG-AAAGCTCCATTTATACCCAGCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTAGTAGCCTTA
129 TTCATTAG-AAGAAAAG-TCCATTTATACTCA-CCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTAGCTTTA
* * *
10913 AATGGTTTTACAATCTCATAATTGTATTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGAC
191 AATGGTTTTATAATCTCATAATTG-ATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAC
** * * *
10978 TATAATTGAATGCTTACCTTGGGACACGTGTAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATT
255 TATAATTGAATG-TTACCTTGAAAAAAGTGTAGAAAAAA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* *
11043 TATAGTCTCTCATTCCTTC
318 TATAGTCTCCCATTCTTTC
*
11062 GAAAGCCTTATTACTCGCTT
1 -AAAACCTTATTACTCGCTT
11082 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 570, Mismatches: 105, Indels: 50
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 9 0.02
339 145 0.25
340 325 0.57
341 83 0.15
342 3 0.01
343 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (336 bp):
AAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
ATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGGTTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAATCCATT
CATTAGAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGG
TTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAAT
TGAATGTTACCTTGAAAAAAGTGTAGAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
CCCATTCTTTC
Found at i:12030 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11182--12869 Score: 1042
Period size: 171 Copynumber: 9.9 Consensus size: 170
11172 NNNNNNNNNN
* * * * * *
11182 ATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAAAGAATGGGTTACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATG
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAAAG
* * * * * ** ** * * * ** * * *
11246 ATTTCCTTGTTCTTCATTTTTCTTGAGATAAATATTCAATTAGAATCTATTTTAACTAAACAAGT
66 AATGCTTTTTTCATCACGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAAAGT
* * * *
11311 AAAAAAAATTGAACTTAAATTCAATTTTAAGATTATAAAACC
131 -AAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACC
* * * * *
11353 ATTTAAATCGAG---TAAGGCTTTTCAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTCTGA-AT
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-T-TGACAA
* * * * * * *
11414 A-AATG-TGTTTTTC-TACACATTTTTCAAGGCA-AGCATTTACTTATCATCTGTTTTAA-TAAA
64 AGAATGCT-TTTTTCAT-CACGTTTCTCAAGGTACA-CATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAA
* * * * *
11474 AAATGT-AAAACATTTAACTTAAAATCAAATATGATATT-TCAAAACT
126 AAA-GTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTATGAGATTAT-AAAACC
* * * * * ** * * * *
11520 ATTTAATGTGAGTAACAAGGGTTTTAAAGGAATATGAGACTATATATGGACTTTT-TTTATAAAT
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAAA-
* ** ** * * **
11584 GAATGGC-TTTTTC-TACATGTTTCTTGAGGTAGGCATTCAATTATTGTCTATTTTAATGAAAAA
65 GAAT-GCTTTTTTCAT-CACGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAA
*
11647 TA-TAAACAAAATTCAACTTAAATACAATTATGAGATTATAAAACC
128 -AGTAAA-AAAATTCAACTTAAA-ATAATTATGAGATTATAAAACC
* * ** * *
11692 ATTTAAGGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTAAAAATGGACTTTTCTT--CTAAA
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGAC-AAA
* * * * ** * * *
11755 TAAAT-CAATTTTTTTAT-ACGTTTATCGAGGTAGGCATTAAATTATAATTTGTTTTAA-CAAAA
65 -GAATGC--TTTTTTCATCACGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAA
* * *
11817 AATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATTATTTTTGAGATTATAAAACT
127 AA-GTAAAAAAATTCAACTTAAAA-TAATTATGAGATTATAAAACC
*
11862 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAAAG
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAAAG
* * * *
11926 AATACTTTTTTCATCACGTTTCCCAACGTACACATTCAATTATTATCTACTTTTAACCAAAAAAG
66 AATGCTTTTTTCATCACGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATTATCT-GTTTTAACCAAAAAAG
* *
11991 TAAAAAAATTCAAATTAAAACTAGTTATGAGATTATAAAACC
130 TAAAAAAATTCAACTTAAAA-TAATTATGAGATTATAAAACC
* * * *
12033 AGTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAAT
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAAA
* * * *
12097 GAATGC-TTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTACACATTCAATTATTATTTGTTTTAACCAAAAATG
65 GAATGCTTTTTTCATCACGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAAAG
* *
12161 TAAAAAAATTCAACTTACAATTAATTATGAGATTATAAAATC
130 TAAAAAAATTCAACTTA-AAATAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * ***
12203 ATTTAAAGCGAGTAATATGACTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAACGGACTTTTCTTCTTAATA
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAA-A
* ** * * * ** **
12268 -AATGGTATTTTTTGT-ACATTTCCCAAGGCA-AGCATTCAATTA-TAGTCTGGCTTAATGAAAA
65 GAATGCT-TTTTTCATCACGTTTCTCAAGGTACA-CATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACCAAAA
* *
12329 ATA-TAAAAATATAT-AACTTAATATCAATTATGAGATTATAAAACC
127 A-AGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACC
* * * * * * * *
12374 ATTCAAAACGAGTAATAAAG-TTTTGAAAGAATGGGTTACTA-CAATGGACTTTTC-TCACCAAT
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGA-CAAA
* * * * * * *
12436 GAATG-TCTTTTTCTTCACTTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTA-TATATGTTCTAACCAAAAAT
65 GAATGCT-TTTTTCATCACGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAAA
* * * *
12499 GTTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACT
129 G-TAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACC
* * * * * *
12543 ATTAAAATCGAGTAACAAGGCTTTTGATA-GAATGGGT-AGCTATAAATGGACGTTACTTGTCAA
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATGGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGACAA
* * * * * *
12606 TA-AATGCATTTTTCATCAAGTTTCTTAATGTAGACATTCAATTATTATATGTTTTAACCAAAAA
64 -AGAATGCTTTTTTCATCACGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAA
* *** * *
12670 TGTAAAAAAAAAAAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACA
128 AGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACC
********** * * * *
12714 ATTTAAAGCNNNNNNNNNNGCTTTTAAAAGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTGA-AT
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-T-TGACAA
**
12778 A-AAT-CTATTTTTC-TACACGTTTC-CTAAGGTA-AGCATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAA-TG
64 AGAATGCT-TTTTTCAT-CACGTTTCTC-AAGGTACA-CATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACCA
12836 AAAAA-TAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
124 AAAAAGT-AAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTAT
12870 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1193, Mismatches: 248, Indels: 153
0.75 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 41 0.03
168 45 0.04
169 217 0.18
170 320 0.27
171 367 0.31
172 190 0.16
173 11 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAAAG
AATGCTTTTTTCATCACGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAAAGT
AAAAAAATTCAACTTAAAATAATTATGAGATTATAAAACC
Found at i:12171 original size:511 final size:507
Alignment explanation
Indices: 11581--12869 Score: 1367
Period size: 511 Copynumber: 2.5 Consensus size: 507
11571 TTTTTTTATA
* * * * * * **
11581 AATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCTTGAGGTAGGCATTCAATTATTGTCTATTTTAATGAAAA
1 AATGAAT-GCTTTTTCTTCAAGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTATATGTTTTAACCAAAA
* * *
11646 ATATAAACAAAATTCAACTTAAATACAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGCTAGTAATAAG
65 ATGTAAA-AAAATTCAACTTAAAT-CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* *
11711 GCTTTTGAAGGAATAAGAGACTAAAAATGGACTTTTCTTCTAAATAAATCAATTTTTTTATACGT
128 GCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTAAATAAATCAATTTTTTTATACGT
* * * * * * ** *
11776 TTATCGAGGTAGGCATTAAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAAT
193 TT-CCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * ** * *
11841 TATTTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
257 CAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAACGAGTAATAAAGCTTTGAAAGAATGGGTGACTA-AA
* *
11906 ATGGACTTTTCTTGA-CAAAGAATACT-TTTTTCATCACGTTTCCCAACGTACACATTCAATTAT
321 ATGGACTTTTC-TCACCAAAGAAT-CTCTTTTTCATCACGTTTCCCAACGTAAACATTCAATTA-
* * * *
11969 TATCTACTTTTAACCAAAAAAG-TAAAAAAATTCAAA-TTAAAA-CTAGTTATGAGATTATAAAA
383 TATAT-CTTCTAACCAAAAAAGTTAAAAAAATT-AAACTTAAAATC-AATTATGACATTATAAAA
* * *
12031 CCAGTT-AAAGCGAGTAATAA-GCTTTTTGA-AGGAATGGGT-GACTATAAATGAACTTTTCTTG
445 CCA-TTAAAAGCGAGTAACAAGGC-TTTTGATA-GAATGGGTAG-CTATAAATGAACGTTACTTG
12092 CC
506 CC
* * * *
12094 AATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTACACATTCAATTATTATTTGTTTTAACCAAAAA
1 AATGAATGCTTTTTCTTCAAGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTATATGTTTTAACCAAAAA
* * * *
12159 TGTAAAAAAATTCAACTTACAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATATGAC
66 TGTAAAAAAATTCAACTTA-AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * ** * *
12224 TTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAACGGACTTTTCTTCTTAATAAAT-GGTATTTTTTGTACATT
130 TTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTAAATAAATCAAT-TTTTTTATACGTT
* ** *
12288 TCCCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGGCTTAATGAAAAATATAAAAATATAT-AACTTAATA
194 T-CCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAA-AT-TCAACTTAAAA
* * *
12352 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAACGAGTAATAAAGTTTTGAAAGAATGGGTTACTACA
256 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAACGAGTAATAAAGCTTTGAAAGAATGGGTGACTAAA
* * * * * * *
12417 ATGGACTTTTCTCACCAATGAATGTCTTTTTCTTCACTTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAT
321 ATGGACTTTTCTCACCAAAGAATCTCTTTTTCATCACGTTTCCCAACGTAAACATTCAATTATAT
* * * *
12482 ATGTTCTAACCAAAAATGTTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACTATTA
386 ATCTTCTAACCAAAAAAGTTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTA
* * *
12547 AAATCGAGTAACAAGGCTTTTGATAGAATGGGTAGCTATAAATGGACGTTACTTGTC
451 AAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGATAGAATGGGTAGCTATAAATGAACGTTACTTGCC
* * * *
12604 AATAAATGCATTTTTCATCAAGTTTCTTAATGTAGACATTCAATTATTATATGTTTTAACCAAAA
1 AATGAATGC-TTTTTCTTCAAGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTATATGTTTTAACCAAAA
*** * **********
12669 ATGTAAAAAAAAAAAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCNNNNNNNNNNG
65 ATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * * * * *
12734 CTTTTAAAAGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTGAATAAATCTATTTTTCTACACGTT
129 CTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTAAATAAATCAATTTTTTTATACGTT
*
12799 TCCTAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAATC
194 TCC-AAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATC
12864 AATTAT
258 AATTAT
12870 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 640, Mismatches: 118, Indels: 39
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
509 19 0.03
510 113 0.18
511 380 0.59
512 120 0.19
513 8 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (507 bp):
AATGAATGCTTTTTCTTCAAGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTATATGTTTTAACCAAAAA
TGTAAAAAAATTCAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
TTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTAAATAAATCAATTTTTTTATACGTTTC
CAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
TATGAGATTATAAAACCATTCAAAACGAGTAATAAAGCTTTGAAAGAATGGGTGACTAAAATGGA
CTTTTCTCACCAAAGAATCTCTTTTTCATCACGTTTCCCAACGTAAACATTCAATTATATATCTT
CTAACCAAAAAAGTTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTAAAAGC
GAGTAACAAGGCTTTTGATAGAATGGGTAGCTATAAATGAACGTTACTTGCC
Found at i:12697 original size:340 final size:337
Alignment explanation
Indices: 11191--12712 Score: 1088
Period size: 340 Copynumber: 4.5 Consensus size: 337
11181 NATTTAAAGT
* * * * * * * * *
11191 GAGTAATAAGG-TTTTGAAAGAATGGGTTACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGATTTCCTTG
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGCATTT
* ** *** * ** * *
11255 TTCTTCATTTTTCTTGA-GATAAATATTCAATTAGAATCTATTTTAACTAAACAA-GTAAAAAAA
66 TTCATCAAGTTTCCCAACG-T-AACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAA-AATGT-AAAAAA
** * * * * * * *
11318 ATTGAACTTAAATTCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAATCGAGT-A-AGGCTTTTCAAGGA
127 ATAAAACTTAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCAGTTAAAACGAGTAATAAGCTTTTGAAAGA
* ** * * * * * * *
11381 ATGGGAGACTATAAAT-AGACTTTTCTTC-TGAATAAATGTGTTTTTCTACACATTTTTCAAGGC
191 ATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTC-TCACCAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGT
* * * * ** * * * * *
11444 AAGCATTTACTTATCATCTGTTTTAATAAAAAATGT-AAAACATTTAACTTAAAATCAAATATGA
253 AAACATTCAATTAT-ATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTTTGA
* * *
11508 TATT-TCAAAACTATT-TAATGT
317 GATTAT-AAAACTATTAAAAT-C
* * * ** * * * * * *
11529 GAGTAACAAGGGTTTTAAAGGAATATGAGACTATATATGGACTTTTTTTATAAATGAATGGC-TT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAAT-GCATT
* *** * * * * ** *
11593 TTTC-TACATGTTTCTTGAGGTAGGCATTCAATTATTGTCTATTTTAATGAAAAATATAAACAAA
65 TTTCAT-CAAGTTTCCCAACGTA-ACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAA
** * ** * *
11657 ATTCAACTTAAATACAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
127 ATAAAACTTAAAT-CAATTATGAGATTATAAAACCAGTTAAAACGAGTAATAA-GCTTTTGAAAG
** * * * * * *
11722 AATAAGAGACTAAAAATGGACTTTTCTTCTA--AATAAAT-CAATTTTT-TTATACGTTTATCGA
190 AATGGGTGACTATAAATGAACTTTTC-TC-ACCAATGAATGC--TTTTTCTT-CACGTTTCTCGA
** * * *
11783 GGTAGGCATTAAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATTATTTT
250 GGTAAACATTCAATTAT-ATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTT
*
11847 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGT-
314 TGAGATTATAAAACTA-TTAAAATC
* * *
11871 GAGTAATAAGGC-TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAA-AGAATACTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATA-AATGCATT
* * *
11934 TTTCATCACGTTTCCCAACGTACACATTCAATTATTATCTACTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAA
65 TTTCATCAAGTTTCCCAACGTA-ACATTCAATTATTATCT-GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * * * *
11999 TTCAAA-TTAAAACTAGTTATGAGATTATAAAACCAGTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTTTGAAGG
128 -TAAAACTTAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCAGTTAAAACGAGTAATAAGC-TTTTGAAAG
** *
12063 AATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAC
190 AATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTCACCAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAA
* *
12128 ACATTCAATTATTATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTACAATTAATTATGAGA
255 ACATTCAATTA-TATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTTTGAGA
* *
12193 TTATAAAA-TCATTTAAAGC
319 TTATAAAACT-ATTAAAATC
* * * * * * *
12212 GAGTAATATGACTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAACGGACTTTTCTTCTTAATAAATGGTATT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAAT-GCATT
** * * ** ** * *
12277 TTTTGT-ACA-TTTCCCAAGGCAAGCATTCAATTA-TAGTCTGGCTTAATGAAAAATATAAAAAT
65 TTTCATCA-AGTTTCCCAACGTAA-CATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
*
12339 ATATAACTTAATATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTCAAAACGAGTAATAAAG-TTTTGAAA
127 ATAAAACTTAA-ATCAATTATGAGATTATAAAACCAGTT-AAAACGAGTAAT-AAGCTTTTGAAA
* * * *
12402 GAATGGGTTACTA-CAATGGACTTTTCTCACCAATGAATGTCTTTTTCTTCACTTTTCTCGAGGT
189 GAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTCACCAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGT
* * * *
12466 AAACATTCAATTATATATGTTCTAACCAAAAATGTTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGA
253 AAACATTCAATTATATTTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTTTGA
*
12531 CATTATAAAACTATTAAAATC
317 GATTATAAAACTATTAAAATC
* * *
12552 GAGTAACAAGGCTTTTGATA-GAATGGGT-AGCTATAAATGGACGTTACTTGTCAATAAATGCAT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATGGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGCAT
** * *
12615 TTTTCATCAAGTTTCTTAATGTAGACATTCAATTATTATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
64 TTTTCATCAAGTTTCCCAACGTA-ACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
*
12680 AAAAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
128 TAAAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAAC
12713 AATTTAAAGC
Statistics
Matches: 949, Mismatches: 180, Indels: 108
0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
338 18 0.02
339 170 0.18
340 275 0.29
341 258 0.27
342 216 0.23
343 10 0.01
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (337 bp):
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGCATTT
TTCATCAAGTTTCCCAACGTAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATAA
AACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAGTTAAAACGAGTAATAAGCTTTTGAAAGAATGGG
TGACTATAAATGAACTTTTCTCACCAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTC
AATTATATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAA
ACTATTAAAATC
Done.