Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397346.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2504.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 45461
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.11, T:0.32
Warning! 6518 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:297 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 9--689 Score: 579
Period size: 171 Copynumber: 4.0 Consensus size: 169
1 TTCAAGTT
** * * * * * ** *
9 GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCATTAGAAAATGTGAA-A
1 GAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-C-CTATAAAACATGAAGT
* * * **** *
73 AAGAAACCATTCATT-AGCAAGAAAA-TCCATTTATAGCCACTCATTTTTTCGAAAGGCTTATTA
64 AA-AAGCCATCCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* **
136 CTTGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATCGATTTTAAGCA
127 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCA
* *
179 GAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTCATAAAACATGAAGT
1 GAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-CCT-ATAAAACATGAAGT
* * * * * *
244 AAAAGCCATCCATTGAGATGACAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTACTACA
64 AAAAGCCATCCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* ****
309 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTANNNN
129 TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCA
****** *
350 NNNNNNTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCT-TAGGAACCATGAA-
1 GAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-CCTATA--AAACATGAAG
* * *
413 TAAAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CTAAGCCTTCGAAAGCCATAT
63 T-AAAAGCCATCCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * *
476 TAC-T-CATGTTAAATGGTTTTATAATATTATAATTAATTTTAAACT
125 TACTTGC-T-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCA
* * * * * *
521 GAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCTTTGGAAAACATGAAGC
1 GAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTCCTAT--AAAACATGAAGT
* * * * * * * *
586 AAAAGCTATCCATTGATAGGAAAAGTCCATTTATAGTCAATTAAGTCTTTGAGAGCCTTATTACT
64 AAAAGCCATCCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* *
651 TGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAG
129 TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAG
690 TTCAAANNNN
Statistics
Matches: 406, Mismatches: 86, Indels: 37
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 70 0.17
171 328 0.81
172 2 0.00
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
GAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTCCTATAAAACATGAAGTAA
AAGCCATCCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTG
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCA
Found at i:658 original size:342 final size:330
Alignment explanation
Indices: 15--687 Score: 699
Period size: 342 Copynumber: 2.0 Consensus size: 330
5 AGTTGAATTT
* * **
15 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCATTAGAAAATGTGAAAAAGAAAC
1 TTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCATTAGAAAACATGAAAAAGAAAC
**** * *
80 CATTCATTAGCAAGAAAATCCATTTATAGCCACTCATTTTTTCGAAAGGCTTATTACTTGCTTTA
66 CATTCATTAGCAAGAAAATCCATTTATAGCCACTCAAGCCTTCGAAAGCCATATTACTTGC-TTA
* * * * * *
145 AATGGTTTCATAATCTCATAATCGATTTTAAGCAGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATAT
130 AATGGTTTCATAATATCATAATCAATTTTAAACAGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAT
* * * *
210 TATAATTGAATGTCTATCTCATAAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTGAGATGACAAGTCCATT
195 TATAATTGAATGTCTAGCTCATAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAGAGGAAAAGTCCATT
* * *
275 TATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTACTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTA
260 TATAGTCAATCAAGCCTTCGAAAGCATTACTACACGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTA
340 ATTTTA
325 ATTTTA
* * * * * *
346 NNNNNNNNNNTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAACCATG
1 ----------TTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCATTAGAAAACATG
* * * *
411 AATAAA-AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CTAAGCCTTCGAAAGCCAT
56 AA-AAAGAAACCATTCATTAGCAAGAAAA-TCCATTTATAGCCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCAT
* * * *
474 ATTACTCATG-TTAAATGGTTTTATAATATTATAATTAATTTTAAACTGAATTTTTTTACATTTT
118 ATTACT--TGCTTAAATGGTTTCATAATATCATAATCAATTTTAAACAGAATTTTTTTACATTTT
* * *
538 TTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-GCT-TTGGAAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTG
181 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCAT--AAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG
* * * * * * * **
601 ATAGGAAAAGTCCATTTATAGTCAATTAAGTCTTTGAGAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
244 AGAGGAAAAGTCCATTTATAGTCAATCAAGCCTTCGAAAGCATTACTACACGCTTTAAATAGTTT
*
666 TGTAATCTCATAATTAATTTTA
309 TATAATCTCATAATTAATTTTA
688 AGTTCAAANN
Statistics
Matches: 275, Mismatches: 50, Indels: 13
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
341 70 0.25
342 202 0.73
344 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (330 bp):
TTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCATTAGAAAACATGAAAAAGAAAC
CATTCATTAGCAAGAAAATCCATTTATAGCCACTCAAGCCTTCGAAAGCCATATTACTTGCTTAA
ATGGTTTCATAATATCATAATCAATTTTAAACAGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATT
ATAATTGAATGTCTAGCTCATAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAGAGGAAAAGTCCATTT
ATAGTCAATCAAGCCTTCGAAAGCATTACTACACGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAA
TTTTA
Found at i:2528 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2109--3062 Score: 603
Period size: 171 Copynumber: 5.6 Consensus size: 171
2099 TTAAAGTATA
* ** * ** * * *
2109 TATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTTATAATTGATTCAAAGTTAAATTTTTTAAAATTTT
1 TATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
** * * * * *
2174 T-ATTAAAGCATATTATAATTGAATGTCTATCTCTAGAAACGTGAA-ACAAAAGCTATCCATT-G
66 TGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACATGAAGAAAAAATC-ATTCATTGG
* *** * * * * **
2236 AAGGGAAAAAAATATTTATAGTCACTCATACCTTCTAAAGTAT
130 AA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCCTCAAAAGCCT
** ** * ******
2279 TATTGGTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTATNNNNN
1 TATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
******* * *
2344 NNNNNNNAATATATTGTAATTGAATGTCTATCTCGAGAAATATGAAGAAAAAATCATTCATTGGA
66 TGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGGA
2409 AAGAAAAGTC-ATTTCATAGTCACCCATGCCCTCAAAAGCCT
131 AAGAAAAGTCTATTT-ATAGTCACCCATGCCCTCAAAAGCCT
* * * * *
2450 TATTCCTTACTTTAAATGGTTTCATAAACTTATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTACATTTT
1 TATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * * * * *
2515 TTATTAAAATATATTGTAATTGAATGT-T-TGCTTTGAGAAA-AGTGAAG-CAAAAGCCTTCCAC
66 TGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAT-C-TCGAGAAACA-TGAAGAAAAAATCATT-CAT
* * ** * ** *
2576 TAGAAAGAAAAGTCT-GTTAGTAGTCACTTAAGCTTTCAAAAGTCT
127 TGGAAAGAAAAGTCTATTTA-TAGTCACCCATGCCCTCAAAAGCCT
* * *
2621 TATTA-TTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTT-AATTTGTTTATTCAT
1 TATTACTT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTT-TACAT
* * * * * * *
2684 TTTTGGTTTAAACATATTATAATTGAATGTCT-TCCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAATCGTTCAT
63 TTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAT-CTCGAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCAT
* *
2748 T-AACAAGAAAAGTCTATTTAT-GCTCACCTAT-CCCTTCAAAAGCCT
127 TGGA-AAGAAAAGTCTATTTATAG-TCACCCATGCCC-TCAAAAGCCT
* ********** * * *
2793 TATTACTCACTNNNNNNNNNNTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATGTTTTTTATATTT
1 TATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTT
* * * **
2858 TT-AGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA-CCCTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
65 TTGA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTCGAG-AAACATGAAGAAAAAATCATTCATT
* * * * * * *
2921 GGTAAGAAAAATCTATTTATTGTCACTCATGCCTTCATAAGCCA
128 GGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCCTCAAAAGCCT
* ** *
2965 TATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTCGAAGTTGACA-TTTTTTAAATTT
1 TATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTT
* ** *
3029 TTGGTTAATGTGTATTATAATTGAATGTCTATCT
65 TTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCT
3063 ATGGAAACGT
Statistics
Matches: 590, Mismatches: 162, Indels: 62
0.72 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 71 0.12
171 264 0.45
172 228 0.39
173 24 0.04
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
TATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
TGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGGA
AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCCTCAAAAGCCT
Found at i:2788 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2351--3076 Score: 505
Period size: 172 Copynumber: 4.2 Consensus size: 170
2341 NNNNNNNNNN
* * * ** *
2351 AATATATTGTAATTGAATGTCTAT-CTCGAGAAATATGAAGAAAAAATCATTCATTGGAAAGAAA
1 AATATATTATAATTGAATGTCT-TCCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAATCATTCATT-AAAAGAAA
* * *
2415 AGTC-ATTTCA-TAGTCACCCATGCCC-TCAAAAGCCTTATTCCTTACTTTAAATGGTTTCATAA
64 AGTCTATTT-AGTAGTCACCTAT-CCCTTCAAAAGCCTTATT-ATTACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * **
2477 ACTTATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTTATTAA
126 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAT-CATTTTTGGTTAA
* * * * * * * *
2522 AATATATTGTAATTGAATGT-TTGCTTTGAGAAAAGTGAAG-CAAAAGCCTTCCACTAGAAAGAA
1 AATATATTATAATTGAATGTCTT-CCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAATCATT-CATTA-AAAGAA
* * ** * * *
2585 AAGTCT-GTTAGTAGTCACTTAAGCTTTCAAAAGTCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
63 AAGTCTATTTAGTAGTCACCTATCCCTTCAAAAGCCTTATTATT-ACTTTAAATGGTTTTATAAT
* *
2649 CTCATAACTGATTTTAAGTT-AATTTGTTTATTCATTTTTGGTTTA
127 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTA-TCATTTTTGGTTAA
* *
2694 AACATATTATAATTGAATGTCTTCCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAATCGTTCATTAACAAGAAAA
1 AATATATTATAATTGAATGTCTTCCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAATCATTCATTAA-AAGAAAA
* **********
2759 GTCTATTTA-T-GCTCACCTATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTNNNNNNNNNNTTATAATC
65 GTCTATTTAGTAG-TCACCTATCCCTTCAAAAGCCTTATTA-TTACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * *
2822 TCATAATTGATTTTAAGCTAAATGTTTTTTAT-ATTTTTAGTTAA
128 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTATCATTTTTGGTTAA
* * * * * * ** **
2866 AATAGATTATAATTGAATGTCTACCCTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAA
1 AATATATTATAATTGAATGTCTTCCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAATCATTCATT-AAAAGAAAA
* * * * * *
2931 ATCTATTTA-TTGTCA-CTCATGCCTTCATAAGCCATATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATC
65 GTCTATTTAGTAGTCACCT-ATCCCTTCAAAAGCCTTATTA-TTACTTTAAATGGTTTTATAATC
** *
2994 TCATAATTGATTCGAAGTTGACATTTTTTA-AATTTTTGGTTAA
128 TCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTATCATTTTTGGTTAA
** *
3037 TGTGTATTATAATTGAATGTCTAT-CTAT-GGAAACGTGAAG
1 AATATATTATAATTGAATGTCT-TCCT-TGGGAAACGTGAAG
3077 CGAAAGCTAT
Statistics
Matches: 430, Mismatches: 98, Indels: 54
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 17 0.04
171 157 0.37
172 229 0.53
173 19 0.04
174 4 0.01
175 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AATATATTATAATTGAATGTCTTCCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAATCATTCATTAAAAGAAAAG
TCTATTTAGTAGTCACCTATCCCTTCAAAAGCCTTATTATTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATCATTTTTGGTTAA
Found at i:3493 original size:172 final size:160
Alignment explanation
Indices: 3275--3589 Score: 373
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
3265 GCATTCTTAC
* *
3275 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTAAATTTTTAGTT
1 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTAAATTTTTACTT
* *
3340 AAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTTAGGAACCA-TGAAGAAAAATG-CATTCATTGGCAAG
64 AAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTTAGGAA-AAGTGAAGAAAAA-GCCATTCATTGACAAG
3403 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGNNNNNNNNNNCCTTATTAA
127 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG----------CCTTATTAA
* * *
3447 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTATGTTGAATTTTTTACATTTTTACTTAA
1 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAATTTTTACTTAA
* * * * *
3512 AACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAAATGTGAAGAAAGAGCCATTCATTGACAAGAAA
66 AACAGATTATAATTGAATGTGTACCTTAGGAAAA-GTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAA
3577 AGTCCATTTATAG
130 AGTCCATTTATAG
3590 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 12, Indels: 7
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 47 0.37
171 38 0.30
172 42 0.33
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (160 bp):
TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAATTTTTACTTAA
AACAGATTATAATTGAATGTGTACCTTAGGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAA
GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTATTAA
Found at i:3624 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3257--3697 Score: 418
Period size: 171 Copynumber: 2.6 Consensus size: 169
3247 CCACTTATGC
* * *
3257 CTTCGAAAGCATTCTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
1 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--
* *
3322 TTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTTAGGAACCATGAAGAAAAA
64 TTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTGTACCTTAGGAACAATGAAGAAAAA
*
3387 TGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
129 TGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
********* * * *
3428 NNNNNNNNNNCCTTATTAATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTATGTTGAAT
1 -CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * *
3493 TTTTTACATTTTTACTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAA-AATGTGAAGAAAG
65 TTTTTAAATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTGTACCTTAGGAACAA--TGAAGAAAA
*********
3557 A-GCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGNNNNNNNNNN
128 ATG-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCATG
* * * * * *
3600 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTTAGTGGTTATATAATCTCGTAATTGATTTCAAGTTAAATT
1 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* **
3665 TTCTTAAATATTTAGTTAAAGTATATTATAATT
66 TT-TTAAATTTTTAGTTAAAACATATTATAATT
3698 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 208, Mismatches: 56, Indels: 10
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 47 0.23
171 87 0.42
172 73 0.35
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
TTTTAAATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTGTACCTTAGGAACAATGAAGAAAAATG
CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
Found at i:5020 original size:167 final size:168
Alignment explanation
Indices: 4744--5131 Score: 376
Period size: 167 Copynumber: 2.3 Consensus size: 168
4734 NNNNNNNNNN
* * *
4744 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTATTTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAGAG
* ** * * * * * *
4809 ATTATAGTTGAATGTTTGTCTTGGGAAATGTGAAGCACAAGCCATCCATTGG-AGTGAAAAG-TC
66 ATTATAATTGAATGTTACTCTTAGGAAACGTCAAGAAAAAGCCATCCATTGGTA-AGAAAAGTTC
* * **
4872 CTGTTATAG-CCATGCCTTCGAAAGCATTACTACTC-GTTT
130 AT-TTATAGTCCAAGCCTTCGAAAGCATTACTAC-CAACTT
* * *** * *
4911 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTATTTTTTAGTTGTGTTTTTTTGCATTTTTGGTTAAAAGAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTATTTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAGAG
* * *
4976 ATTATAATTTAATGTCTACT-TTAGGAACCGTCAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTC
66 ATTATAATTGAATGT-TACTCTTAGGAAACGTCAAGAAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTTC
* * *
5040 ATTTATAGTTACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACCAACTT
130 ATTTATAG-T--CCAAGCCTTCGAAAGCATTACTACCAACTT
* *
5082 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTTAA-TTTTTTACATT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-ATTTTTAAATTAAATTTTTTTACATT
5132 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 178, Mismatches: 34, Indels: 15
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 105 0.59
168 6 0.03
170 11 0.06
171 55 0.31
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.14, T:0.42
Consensus pattern (168 bp):
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTATTTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAGAG
ATTATAATTGAATGTTACTCTTAGGAAACGTCAAGAAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTTCA
TTTATAGTCCAAGCCTTCGAAAGCATTACTACCAACTT
Found at i:6839 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6328--7697 Score: 1206
Period size: 171 Copynumber: 8.0 Consensus size: 169
6318 CTTTAATGGA
* * * * *
6328 CAATGGATGGCTTTTTCTTCAT-GTGTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAG
1 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTTC-TAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTA-
* * * * * *
6391 ACAATGTAAAAAATTTCAACTTGAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
64 AAAATATAAAAAA-TT-AAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * *
6456 AGGCTTTTG-AAGGATTAGGTGACTATAAA-CGAACTTTCCTTGC
127 AGGCTTTCGAAAGCATGA-GTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGC
* * ** * *
6499 CAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-TTTTCTCGAGCCAGACATTCAATCATAATCTGTTTTAACTAA
1 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAA
* * * *
6563 AAATATAAAAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATTAAACCATTTAAAGTGAGTAA
65 AAATAT----AAAAAA-TTAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
** * * *
6628 TAAATCTTTCGAAAGCTTGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTAC
125 TAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
* *
6673 CAATGAATAGCTTTTTATTCATGGTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAA
1 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAA
* *
6738 AATATAACAAAATTAAATGTAAAATCAACTT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAA
66 AATATAA-AAAATTAAAT-TAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * *
6802 GACTTTAGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT
128 GGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
* * * * * * *
6844 CAATGAATGAC-TTTTCTTCA-CGTTTTTCAAGGTAAACATTCAAATATTATTTGTTTTAACTAA
1 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAA
* * * ** * * *
6907 AAGTGTAAGACAATTCAACCTAAATTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATTATAA
65 AAATATAA-AAAATT-AAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * *
6972 GGCTTT-TAAAGTCAT-AGATGACTGTAAATAGACTTTTTTTGT
128 GGCTTTCGAAAG-CATGAG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
* * * * *
7014 CAATGAATGGCTCTTTT-TTCA-CGTTTCCAAAGGCAAACCTTCAATTATAATATGTTTTAACT-
1 CAATGAATGGCT-TTTTCTTCATGGTTT-CTAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTA
* * * *
7076 AAAATA-AAAAAAAT-AATCTAAAATCAATTATGACATTATAATATCATTTAAAGCGAGTAATAA
64 AAAATATAAAAAATTAAAT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * *
7139 GACTTTCGAAAGTATGAGTGACTATAACTGGACTTTGT-TTGT
128 GGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATAGACTTT-TCTTGC
** * *** * *
7181 CAATGAATCACTTTTTCTTCATGTTTTCTAAAACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAA
1 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAA
* * * *
7246 AATGTAAAAAACTACAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAG
66 AATATAAAAAATTA-AA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * *
7311 GCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTAT-AATGGACTGTTCTTGC
129 GCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
* * * *
7351 CAATGAATGGCTTTTTCTTAGCAT--TTTCCCAA-ATCA-AAATTCAATTATAATATCTTTTAAC
1 CAATGAATGGCTTTTTCTT--CATGGTTT-CTAAGGT-AGACATTCAATTATAATATGTTTTAAC
* * *
7412 TAAAAATATAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATCATGAAACCATTTAAAGCTG-GTAA
62 TAAAAATATAAAAAATT-AAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAA
* * * *
7476 TAACGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
125 TAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
* * * * * *
7521 TAATGAATGG-TATTTTCTTGACGGTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAACT-TCTTTTAACGA
1 CAATGAATGGCT-TTTTCTTCATGGTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAA-TATGTTTTAACTA
* * * *
7584 AAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTCATA
64 AAAATATAAAAAA-TT-AAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * *
7649 AGGCTTTTG-AAGACTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC
127 AGGCTTTCGAAAG-CATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
7692 CAATGA
1 CAATGA
7698 TGTAATATCC
Statistics
Matches: 991, Mismatches: 160, Indels: 96
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 5 0.01
167 107 0.11
168 20 0.02
169 92 0.09
170 280 0.28
171 332 0.34
172 12 0.01
174 124 0.13
175 19 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAA
AATATAAAAAATTAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
TTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
Found at i:7308 original size:508 final size:503
Alignment explanation
Indices: 6366--7697 Score: 1345
Period size: 508 Copynumber: 2.6 Consensus size: 503
6356 TGAGGTAGAC
* * * * * * * *
6366 ATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAGACAATGTAAAAAATTTCAACTTGAAATCAATTACGAGAT
1 ATTCAAATATAATATCTTTTAACTA-AAAATATAAAAAA-TTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
* *
6430 TATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTAGGTGACTATAAA-CGAACTTT
64 TATAAAACCATTTAAAGCGAA-TAATAAGGCTTTTGAAGCA-TAGGTGACTATAAATAG-ACTTT
* ** * * *
6493 CCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTCTCGAGCCAGACATTCAATCATAATCTGTTTTA
126 TCTTG-CAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-CAAGGCAGACATTCAATTATAAT-TGTTTTA
* * *
6558 ACTAAAAATATAAAAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATTAAACCATTTAAAGTG
188 ACT-AAAATA-AAAAAAATAA--T--CTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAACCATTTAAAGCG
6623 AGTAATAA-ATCTTTCGAAAGCTTGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTT
246 AGTAATAAGA-CTTTCGAAAGCTTGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTT
*** * *
6687 TTATTCATGGTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAACAAAATT
310 TTATTCATGGTTTCTAAAACAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAACAAAACT
6752 AAATGTAAAATCAACTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGACTTTAGAAAGCAT
375 AAATGTAAAATCAACTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGACTTTAGAAAGCAT
* * * * *
6817 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGAC-TTTTCTTCA-CGTTTT-TCAAGGT-A
440 GAGTGACTAT-AATGGACTGTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTT-AGCATTTTCCCAA-ATCA
6878 AA
502 AA
* * * * * * *
6880 CATTCAAATATTATTTGTTTTAACTAAAAGTGTAAGACAATTCAACCTAAATTCAATTATGAGAT
1 -ATTCAAATATAATATCTTTTAACTAAAAATATAA-AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
6945 TATAAAACCATTTAAAGCGAATTATAAGGCTTTTAAAGTCATAGATGACTGTAAATAGACTTTTT
64 TATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAG-CATAGGTGACTATAAATAGACTTTTC
* *
7010 TTGTCAATGAATGGCTCTTTT-TTCACGTTTCCAAAGGCAAACCTTCAATTATAATATGTTTTAA
128 TTG-CAATGAATGGCT-TTTTCTTCACGTTTCC-AAGGCAGACATTCAATTATAAT-TGTTTTAA
* *
7074 CTAAAATAAAAAAAATAATC-TAAAATCAATTATGACATTATAATATCATTTAAAGCGAGTAATA
189 CTAAAATAAAAAAAATAATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAA-ACCATTTAAAGCGAGTAATA
* ** ** *
7138 AGACTTTCGAAAG-TATGAGTGACTATAACTGGACTTTGT-TTGTCAATGAATCA-CTTTTTCTT
253 AGACTTTCGAAAGCT-TGAGTGACTATAAATAAACTTT-TCTTACCAATGAAT-AGCTTTTTATT
* * *
7200 CATGTTTTCTAAAACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAA-AAAACTACAAC
315 CATGGTTTCTAAAACAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAACAAAACTA-AA-
* *** * * * * *
7264 T-TAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGG
378 TGTAAAATCAACTT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGACTTTAGAAAGCATGA
*
7327 GTGACTATAATGGACTGTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTAGCATTTTCCCAAATCAAA
442 GTGACTATAATGGACTGTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTAGCATTTTCCCAAATCAAA
* * * *
7389 ATTCAATTATAATATCTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATCA
1 ATTCAAATATAATATCTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
7454 TGAAACCATTTAAAGCTG-GTAATAACGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
66 TAAAACCATTTAAAGC-GAATAATAAGGCTTTTGAA-GCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * *
7518 TGCTAATGAATGG-TATTTTCTTGACGGTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAACTTCTTTTAAC
129 TGC-AATGAATGGCT-TTTTCTTCACGTTTCC-AAGGCAGACATTCAATTATAA-TTGTTTTAAC
* ** *
7582 GAAAAATGTAAAAAATTTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTC
190 -TAAAA--TAAAAAAAAT-AATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-CCATTTAAAGCGAGTA
* * * *
7646 ATAAGGCTTTTG-AAGACTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGA
250 ATAAGACTTTCGAAAG-CTTGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTACCAATGA
7698 TGTAATATCC
Statistics
Matches: 679, Mismatches: 105, Indels: 70
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
506 6 0.01
507 158 0.23
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509 11 0.02
510 14 0.02
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512 1 0.00
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515 146 0.22
516 13 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (503 bp):
ATTCAAATATAATATCTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
CAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATTGTTTTAACTAAAAT
AAAAAAAATAATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTC
GAAAGCTTGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTATTCATGGTTTCTA
AAACAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAACAAAACTAAATGTAAAATCAACT
TTGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGACTTTAGAAAGCATGAGTGACTATAATGGA
CTGTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTAGCATTTTCCCAAATCAAA
Found at i:9217 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8565--9940 Score: 1125
Period size: 170 Copynumber: 8.1 Consensus size: 170
8555 NNNNNNNNNN
* * * *
8565 AAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCT-GC-CATGCGAAAT
1 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCAT--GAAAC
* * * * * *
8628 GTGAAG-AGAAA-CCATTCATTGGTAA-AAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGC
64 ATGAAGCA-AAAGCCATCCATTGGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACTCATG-CTTTCAAAAC
* * ** *
8690 CCTATTACTCACTTTAAACAGTTTTATAATCGAATAATTGATTTG
126 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * *
8735 AAGTTGAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATACTGTAATTGAATGT-GA-ATCATTGGAAA
1 AAGTTG-AATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCA-T-GAAA
** * * * *
8798 CATGAAGTGAAAGCCATCCATTAG-AGAGAGAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCATTCAAAAGC
63 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCTTTCAAAA-C
* * * *
8862 ATTATTAGTCACTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
126 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* ** * * *
8907 AAATT-AATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATGTTTTAATGTCTATGTTA-GAAA-AT
1 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCATGAAACA-
** * * * * ** **
8969 GTGAAAAAAAAACCATTCATTGGCAAG-AAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTTTTCGAAAGGCT
65 -TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCTTTC-AAAACCT
** * *
9033 TATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTT
128 TATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * *
9076 AAGCTGAATTTTTTTATATTTTT-TTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTCATGAAACAT
1 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCATGAAACAT
* * *
9140 GAAGCAAAAGCCATCCATTGG-AGTGACAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCTTTCGAAAACATT
66 GAAGCAAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCTTTC-AAAACCTT
* * * * *
9204 ACTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTAATTTT
129 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * * *
9246 AAATTAAATTTTTTTATATTTTTA-TTAAAACATATTATAATTAAATATCTACCTTAGGAACCAT
1 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCATGAAACAT
* * * * * * *
9310 GAA-TAAAGAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTC
66 GAAGCAAA-AGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCTTTCAAAA-CCTT
* * * *
9374 ATTACTCACGTTAAATGGTTTTATAATATTATAATTGATTTT
129 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * **
9416 AAGCTGAATTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTTAATGTATAT-TTTTGAAAACA
1 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCATG-AAACA
** * * * *
9480 TGAAGCAAAAGATATCCATTGACAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG-TCTTCAAGAGCCT
65 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCT-TTCAA-AACCT
** *
9544 TATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT
128 TATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * *
9587 AAGTTCAA-ATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTCTATTTGAATGTCTATCT--TGGAAA-A
1 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCAT-GAAACA
* * * * * * *
9648 TGTGAA-TAAAAGGCTATTCATTGGCAAG-AAAGATCCATGTATAATCATTCATGCCTTTCAAAG
65 --TGAAGCAAAA-GCCATCCATTGGCAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACTCATG-CTTTCAAAA
*
9711 CCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
125 CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * *
9757 AAGTTAAATTTTTTGATATTGTT-GATTAACATAGATTATAAGTGAATG-CTTACCTCAGGAAAC
1 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TATCTCATGAAAC
* * * * * * *
9820 GTGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-AGTGAAAAGTCAATATATAGTCACTCATGCCTTCAAAATCA
64 ATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCTTTCAAAA-CC
*
9884 TTTTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
127 TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
9928 AAGTTG-ATTTTTT
1 AAGTTGAATTTTTT
9941 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 964, Mismatches: 195, Indels: 94
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 131 0.14
170 443 0.46
171 294 0.30
172 92 0.10
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCATGAAACAT
GAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCTTTCAAAACCTTAT
TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
Found at i:9583 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 8568--9929 Score: 1418
Period size: 341 Copynumber: 4.0 Consensus size: 338
8558 NNNNNNNAAG
* * * *
8568 TTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCATGCGAAATGTGAA
1 TTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAATATGAA
* * * *
8633 GAGAAA-CCATTCATTGGTAAAAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCC-CTATT
65 TA-AAAGCCATTCATTGGCAAGA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTC-ATT
* ** * * *
8696 ACTCACTTTAAACAGTTTTATAATCGAATAATTGATTTGAAGTTGAAATTTTTTTACATTTTTGG
127 ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTG-AATTTTTTTATATTTTT-G
* * * * ** *
8761 TTAAAATATACTGTAATTGAATGTGA-ATCATTGGAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTAGAGA
190 TTAAAATAGATTATAATTGAATGT-ATATCTTTGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGT
* * * * *
8825 GAGAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCATTCAAAAGCATTATTAGTCACTGTAAATGGTTTTATA
254 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCATTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
*
8890 ATCTCATAATTGATTTTAAA
319 ATCTCATAATTAATTTTAAA
** * ** * *
8910 TT-AATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATGTTTTAATGTCTATGTTAGAAAATGTGAA
1 TTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAATATG-A
* * * *** * *
8974 AAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTTTTCGAAAGGCTTATTAC
64 ATAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTCATTAC
** * * *
9039 TTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTTTTAA
129 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTGTTAA
* * * * *
9104 AATATATTATAATTGAATGTCTATCTCAT-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGTGACA
194 AATAGATTATAATTGAATGTATATCT-TTGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGTGAAA
* * * *
9168 AGTCCATTTATAGTCACTCATGCTTTCGAAAA-CATTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
258 AGTCCATTTATAGTCACTCATGCATTC-AAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATC
*
9232 TCACAATTAATTTTAAA
322 TCATAATTAATTTTAAA
* * * **
9249 TTAAATTTTTTTATATTTTTA-TTAAAACATATTATAATTAAATATCTACCTTAGGAACCATGAA
1 TTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAATATGAA
* * *
9313 TAAAGAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTCATTA
65 TAAA-AGCCATTCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTCATTA
* * * * *
9378 CTCACGTTAAATGGTTTTATAATATTATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTAGATTTTTAGTT
128 CTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTT-GTT
* * * * ** *
9443 AAAACAGATTATAATTTAATGTATATTTTTGAAAACATGAAGCAAAAGATATCCATTGACAG-GA
192 AAAATAGATTATAATTGAATGTATATCTTTGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-AGAGTGA
* * * **
9507 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTC-TTCAAGAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
256 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATG-CATTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
*
9571 TCTCATAATTAATTTTAAG
320 TCTCATAATTAATTTTAAA
* * * * *
9590 TTCAAA--TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTCTATTTGAATGTCTATCTTGGAAAATGTGA
1 TT-AAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGG-AAATATGA
* * * ** *
9653 ATAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAGATCCATGTATAATCATTCATGCCTTTC-AAAGCCTTAT
64 ATAAAA-GCCATTCATTGGCAAGAAAG-TCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCGAAAGCCTCAT
* * * * *
9717 TACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGATATTGTTGA
126 TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTG-
* * * ** *
9782 TTAACATAGATTATAAGTGAATGCT-TACCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGT
190 TTAAAATAGATTATAATTGAATG-TATATCTTTGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGT
* * * * *
9846 GAAAAGTCAATATATAGTCACTCATGCCTTCAAAATCATTTTTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
254 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCATTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
*
9911 ATCTCATAATTGATTTTAA
319 ATCTCATAATTAATTTTAA
9930 GTTGATTTTT
Statistics
Matches: 848, Mismatches: 147, Indels: 51
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 5 0.01
339 171 0.20
340 157 0.19
341 485 0.57
342 30 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (338 bp):
TTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAATATGAAT
AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTCATTACTC
ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTGTTAAAA
TAGATTATAATTGAATGTATATCTTTGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGTGAAAAGT
CCATTTATAGTCACTCATGCATTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
AATTAATTTTAAA
Found at i:11575 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 10701--12239 Score: 1149
Period size: 171 Copynumber: 9.0 Consensus size: 171
10691 ATTAAAGTAT
* **
10701 ATATTACTCACTTTAAATTG-TTTATAATCTCATAATTGATTCGAAGTTGAA-TTTTTTA-ATTT
1 ATATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TT
* * * * *
10763 TTTA-TTAAAGTATATTATAATTGAATGTCTATCTCTAG-AAATG-GAAGCAAAAGCTATCCATT
65 TTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATT
* * * * *
10825 GA-AGGGAAAAAAAT-TATTTATAGTCACTCATACCTTCCAAAG-C
129 GACA---AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCC
* * * *
10868 ATTATTGA-TCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGCTGAATTTTTTTACAT
1 A-TATT-ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * ** * * **
10932 TTTT-GATTCAAATATATTGTAATTGAATGTCTGTCTCAAGAAATA--TGAAGAAAAAATCATTC
64 TTTTAG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGAAA-ACGTGAAGCAAAAGCCATTC
* * * *
10994 ATTGGA-AAGAAAAGTCCCTCTATATTCACTCATGCCCTCAAAAGCC
126 ATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCC
* * * * *
11040 ---TTATTC-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTCTACGTTT
1 ATATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATT
* ** * * * *
11101 TTTA-TTAAAATATATTGTAATTGAATGTCT-GTTTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCAATCACT
65 TTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATT
* * * * *
11164 -AGCAA-ACAAAGT--TTGTTAGTAGTCACTTAAGCTTTCAAAAGTC
129 GA-CAAGA-AAAGTCCAT-TTA-TAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCC
* * * * *
11207 TTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTT-AATTTGTTTTTTCAT
1 ATATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTTACAT
* * * * * * * * ** *
11271 TTTTACTTTAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAATCGTTCATT
64 TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATT
* * * * * *
11336 GACAAGAAAAGTCCATCTATACTCGCCCATCCCTTCAAAGGCC
129 GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCC
* * **
11379 CTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGAATGTTTTTTACATT
1 ATATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATT
* * *
11444 TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTAGAAAACGTGAAG-AAAAGCCATTCATTG
65 TTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTG
* *
11508 ACAAGAAAAATCCATTTATTGTCACTCATGCCTTCAAAAGCC
130 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCC
* * ** * * *
11550 ATATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTCGAAGTTGACTTTTTTGAAATTT
1 ATATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
** * * * *
11615 TT-GATTAATGTATATTATAATTGAGTGTCTATCTATAG-AAACGTGAAGCAAAAGCTATCCATT
66 TTAG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATT
** ** * * *
11678 GGA-GGGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCATACCTTCCACAG-C
129 -GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCC
* * *
11720 ATTATTGA-TCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAA-TTGAATATTTTTACA
1 A-TATT-ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * * * * **
11783 TTTTT-GATTAAAATATATTGTAATTAAAGGTTTATCTTGGGAAACAAGAAGCAAAAGCCA-TCT
63 TTTTTAG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATTC-
** * ** * *
11846 ATTGGAGTAG-AACGTCCCGTTATAGCCACTCATGCCTTCGAAAG-C
126 ATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCC
* * ** * * *
11891 ATTACTATTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGATTTTTTTTAAATT
1 A-TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * ** * * ** **
11956 TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGCACCATGAATAAAAATTCATTCATTG
65 TTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTG
* * * *
12021 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
130 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCC
*
12063 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTT
1 ATATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * *
12127 TT-GCTTAAAACATATTCTAATTGAATGTTTTCCTTGGAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT
66 TTAG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-AAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATT
* ** * * *
12191 -AGTAAGATGAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCC
129 GA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCC
*
12234 TTATTA
1 ATATTA
12240 TAATTGAATT
Statistics
Matches: 1090, Mismatches: 225, Indels: 110
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 5 0.00
166 6 0.01
167 112 0.10
168 23 0.02
169 31 0.03
170 122 0.11
171 588 0.54
172 188 0.17
173 14 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
ATATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
TTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGA
CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCC
Found at i:12172 original size:513 final size:505
Alignment explanation
Indices: 10842--12182 Score: 1334
Period size: 513 Copynumber: 2.6 Consensus size: 505
10832 AAAAAATTAT
* *
10842 TTATAGTCACTCATACCTTCCAAAGCATTATTGATCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
1 TTATAGCCACTCATACCTT-CAAAGCATTATT-ATCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * ** * *
10907 GATTTCAAGCTGAATTTTTTTACATTTTT-GATTCAAATATATTGTAATTGAATGTCTGTCTCAA
64 GATTTTAAACTGATTTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG
* * * * * *
10971 GAAATATGAAGAAAAAATCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCCTCTATATTCACTCATGCCCTCAAA
128 GAAACATGAA-AAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAA
* * *
11036 AGCCTTA-T-TCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTCTACGT
192 AGCCTTATTCTCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACAT
* * *
11099 TTTTTATTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTGTT-TTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCAATCAC
256 TTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-TTCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAG-CAATCAC
* * *
11163 TAGCAAACAAAGTTTGTTAGTAGTCACTTAAGCTTTCAAAAGTCTTATTACTCTCTTTAAATGAT
319 TAGCAAACAAAGTTTGTTAGTAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
* * *
11228 TTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAATTTGTTTTTTCATTTTTACTTTAAACAGATTATAA
384 TTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAA-TTATTTTTACATTTTTACTTAAAACAGATTATAA
* * ** * *
11293 TTGAATGTCTTCCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAATCGTTCATTGACAAGAAAAGTCCA
448 TTAAAGGTCTTCCTTGGGAAACAAGAAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * ** * *
11351 TCTATA-CTCGCCCATCCCTTCAAAGGCCCTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 T-TATAGC-CACTCATACCTTCAAA-GCATTATTA-TCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
* *
11415 TTGATTTTAAACTGAATGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCT
62 TTGATTTTAAACTG-ATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
* * * ** * * *
11480 AGAAAACGTGAAGAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAATCCATTTATTGTCACTCATGCCTTCAA
126 AGGAAACATGAAAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAA
* ** *
11545 AAGCCATATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTCGAAGTTGACTTTTTTGA
191 AAGCCTTATT-CTC-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-A
* ** * * *
11610 AATTTTTGATTAATGTATATTATAATTGAGTGTCTATCTAT-AGAAACGTGAAGCAAAAGCTATC
253 CATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTTTCT-TGAGAAACGTGAAGCAAAAGCAAT-
* ** * * *
11674 CATTGGAG-GGA-AAAGTTTATTTA-TAGTCACTCATA-CCTTCCACAG-CATTATTGA-TCGCT
316 CACT--AGCAAACAAAGTTT-GTTAGTAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGTC-TTATT-ACTCGCT
*
11733 TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAA-TTGAA-TATTTTTACATTTTTGA-TTAAA
375 TTAAATGATTTTATAATCTCATAACTGATTTT-AAGTT-AATTATTTTTACATTTTT-ACTTAAA
* * * * * * **
11795 ATATATTGTAATTAAAGGT-TTATCTTGGGAAACAAGAAGCAAAAGCCA-TCTATTGGAGTAG-A
437 ACAGATTATAATTAAAGGTCTT-CCTTGGGAAACAAGAAGAAAAAACCATTC-ATT-GACAAGAA
* *
11857 ACGTCCCG
499 AAGT-CCA
* * *
11865 TTATAGCCACTCATGCCTTCGAAAGCATTACTATTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATT
1 TTATAGCCACTCATACCTTC-AAAGCATTATTA-TCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
* *
11930 GATTTTAAATTGATTTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG
64 GATTTTAAACTGATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG
* * * * * *
11995 CACCATGAATAAAAATTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
129 AAACATGAA-AAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAA
12060 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT
193 GCCTTATT-CTC-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT
* * * * *
12125 TTTTGCTTAAAACATATTCTAATTGAATGT-TTTCCTTGGAAAAACGTGAAGAAAAAGC
256 TTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTTT-CTT-GAGAAACGTGAAGCAAAAGC
12183 CATTCATTAG
Statistics
Matches: 675, Mismatches: 124, Indels: 62
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
509 6 0.01
510 106 0.16
511 50 0.07
512 89 0.13
513 243 0.36
514 168 0.25
515 11 0.02
516 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (505 bp):
TTATAGCCACTCATACCTTCAAAGCATTATTATCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAAACTGATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAA
ACATGAAAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCC
TTATTCTCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTG
ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTTTCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCAATCACTAGCAAA
CAAAGTTTGTTAGTAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
TCTCATAACTGATTTTAAGTTAATTATTTTTACATTTTTACTTAAAACAGATTATAATTAAAGGT
CTTCCTTGGGAAACAAGAAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
Found at i:12444 original size:266 final size:266
Alignment explanation
Indices: 11970--12505 Score: 869
Period size: 266 Copynumber: 2.0 Consensus size: 266
11960 GTTAAAACAG
* *
11970 ATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGCACCATGAATAAAAATTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAACCATGAATAAAAATTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
*
12035 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
66 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAT
* * *
12100 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGCTTAAAACATATTCTAATTGAATGTTTTCCTTGGA
131 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGCTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGA
* * **
12165 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGATGAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAA
196 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAA
*
12230 AGCCTT
261 AGCCGT
* * *
12236 ATTATAATTGAATTTCTACCTTGGGAACCATGAATAAAAATTCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCA
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAACCATGAATAAAAATTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* *
12301 TTTATAGTCACGCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAGT-AGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
66 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
12365 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGCTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTA-
130 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGCTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAG
* * *
12429 AGAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCG
195 A-AAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCG
12494 AAAGCCGT
259 AAAGCCGT
12502 ATTA
1 ATTA
12506 CTCACTTTAA
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 19, Indels: 4
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
265 2 0.01
266 247 0.99
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (266 bp):
ATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAACCATGAATAAAAATTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGCTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGA
AAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAA
AGCCGT
Found at i:12648 original size:437 final size:436
Alignment explanation
Indices: 11865--12653 Score: 1036
Period size: 437 Copynumber: 1.8 Consensus size: 436
11855 GAACGTCCCG
* *
11865 TTATAGCCACTCATGCCTTCGAAAGCATTACTATTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATT
1 TTATAGCCACGCATGCCTTCGAAAGCATTACTAGTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATT
* *
11930 GATTTTAAATTGATTTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG
66 GATTTTAAATTGATATTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAG
** * ** * * *
11995 CACCATGAATAAAAATTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
131 CAAAATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAA
* * * * * *
12060 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT
196 GCCGTATTACTCACTTTAAATGGTTATATAATCTCATAATTGATTTCAAGCTAAATTTTTTAAAT
* * * *
12125 TTTTGCTTAAAACATATTCTAATTGAATGTTTTCCTTGGAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCAT
261 TTTGGCTTAAAACATATTATAATTGAATGTTATCCTT-GAAAAACGTCAAGAAAAAGCCATTCAT
**
12190 TAGTAAGATGAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATAATTGAATTTCTAC
325 TAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATAATTGAATTTCTAC
12255 CTTGGGAACCATGAATAAAAATTCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCAT
390 CTTGGGAACCATGAATAAAAATTCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * *
12302 TTATAGTCACGCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAGT-AGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAT
1 TTATAGCCACGCATGCCTTCGAAAGCATTACTAGTCA-CTTTAAATAATTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
12366 TGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTT-GCTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTA
65 TGATTTTAAATTGATATTTTTTAAATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA
*
12429 AG-AAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTC
129 AGCAAAA--TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
*
12493 GAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATTGTTATATAATCTCATAATTGATTTCAAGCTAAATTTTCT
192 GAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATGGTTATATAATCTCATAATTGATTTCAAGCTAAATTTT-T
** * * *
12558 TAAATATTTGGC-TAAAGTATATTATAATTGAATGTCTAT-CTCT-AGAAATGTCAAGCAAAAGC
256 TAAAT-TTTGGCTTAAAACATATTATAATTGAATGT-TATCCT-TGAAAAACGTCAAGAAAAAGC
* * **
12620 TATTCATT-GTAGGAAAAAGTTTATTTATAGTCAC
318 CATTCATTAGTAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCAC
12654 TTATACCTTC
Statistics
Matches: 299, Mismatches: 44, Indels: 18
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
435 3 0.01
436 48 0.16
437 213 0.71
438 27 0.09
439 8 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (436 bp):
TTATAGCCACGCATGCCTTCGAAAGCATTACTAGTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATT
GATTTTAAATTGATATTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAG
CAAAATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAA
GCCGTATTACTCACTTTAAATGGTTATATAATCTCATAATTGATTTCAAGCTAAATTTTTTAAAT
TTTGGCTTAAAACATATTATAATTGAATGTTATCCTTGAAAAACGTCAAGAAAAAGCCATTCATT
AGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATAATTGAATTTCTACC
TTGGGAACCATGAATAAAAATTCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCAT
Found at i:12791 original size:608 final size:608
Alignment explanation
Indices: 11683--12798 Score: 1371
Period size: 608 Copynumber: 1.8 Consensus size: 608
11673 CCATTGGAGG
** * * *
11683 GAAAAGTTTATTTATAGTCACTCATACCTTCCACAGCATTATTGATCGCTTTAAATGATTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACGCATACCTTCCAAAGCATTATTGATAGCTTTAAATGATTTTATA
* *
11748 ATCTCATAATTGATTTTCAATTGAATATTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTGTAATTAAAGG
66 ATCTCATAATTGATTTTCAATTGAATATTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTAAAGG
* ** * * * * *
11813 TTTATCTTGGGAAACAAGAAGCAAAAGCCATCTATTGGAGTAGAACGTCCCGTTATAGCCACTCA
131 TTTACCTTAAGAAACAAGAAGAAAAAGCCATCTATTGGAGAAAAAAGTCCAGTTATAGCCACTCA
* * * * * * *
11878 TGCCTTCGAAAGCATTACTATTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGA
196 AGCCTTCGAAAGCAGTACTACTCACTTTAAATAATTATATAATCTCATAATTGATTTCAAACTAA
* * * * * *
11943 TTTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGCACCATGAATAAA
261 ATTTTCTTAAATATTTAGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGCACAATGAACAAA
* * * *
12008 AATTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
326 AACTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCATTATTACTCA
* *
12073 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGCTTAAAAC
391 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAAC
* *
12138 ATATTCTAATTGAATGTTTTCCTTGGAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGATGAGT
456 ATATTCTAATTGAATGTTATCCTTGGAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTAGTAAGATGAGT
12203 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATAATTGAATTTCTACCTTGGGAACCATG
521 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATAATTGAATTTCTACCTTGGGAACCATG
12268 AATAAAAATTCATTTATTGGCAA
586 AATAAAAATTCATTTATTGGCAA
* * *
12291 GAAAAGTCCATTTATAGTCACGCATGCCTTCGAAAGCCTTATT-AGTAGCTTTAAATGATTTTAT
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACGCATACCTTCCAAAGCATTATTGA-TAGCTTTAAATGATTTTAT
* *
12355 AATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGCTTAAAACATATTATAATTGAA
65 AATCTCATAATTGATTTTCAA-TTGAATATTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTAAA
* * * * *
12418 TGTTTGCCTTAAGAAA-ATGTGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCA-AAAAAAGTCCATTTATAGT
129 GGTTTACCTTAAGAAACA--AGAAGAAAAAGCCATCT-ATTGG-AGAAAAAAGTCCAGTTATAGC
* * **
12480 CAC-CTAAGCCTTCGAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATTGTTATATAATCTCATAATTGATTTC
190 CACTC-AAGCCTTCGAAAGCAGTACTACTCACTTTAAATAATTATATAATCTCATAATTGATTTC
* * ** * *
12544 AAGCTAAATTTTCTTAAATATTTGGCTAAAGTATATTATAATTGAATGTCTATCTCTA-G-A-AA
254 AAACTAAATTTTCTTAAATATTTAGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGGCACAA
* * * * **
12606 TGTCAAGCAAAAGCT-ATTCATT-GTAGGAAAAAGTTTATTTATAGTCACTTATACCTTCCAAAG
318 TG--AA-CAAAAACTCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAG
* *
12669 CATTATT-CGTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
379 CATTATTAC-TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA
* * * * *
12733 TTTTTGATTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTAT-CTT-GAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCC
442 TTTTTGATTAAAACATATTCTAATTGAATGT-TATCCTTGGAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATCC
12796 ATT
506 ATT
12799 GGAGTGAAAA
Statistics
Matches: 424, Mismatches: 69, Indels: 30
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
606 4 0.01
607 53 0.12
608 318 0.75
609 47 0.11
610 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (608 bp):
GAAAAGTCCATTTATAGTCACGCATACCTTCCAAAGCATTATTGATAGCTTTAAATGATTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTCAATTGAATATTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTAAAGG
TTTACCTTAAGAAACAAGAAGAAAAAGCCATCTATTGGAGAAAAAAGTCCAGTTATAGCCACTCA
AGCCTTCGAAAGCAGTACTACTCACTTTAAATAATTATATAATCTCATAATTGATTTCAAACTAA
ATTTTCTTAAATATTTAGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGCACAATGAACAAA
AACTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCATTATTACTCA
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAAC
ATATTCTAATTGAATGTTATCCTTGGAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTAGTAAGATGAGT
CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATAATTGAATTTCTACCTTGGGAACCATG
AATAAAAATTCATTTATTGGCAA
Found at i:12879 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 12291--13105 Score: 690
Period size: 171 Copynumber: 4.8 Consensus size: 167
12281 TTATTGGCAA
* * * *
12291 GAAAAGTCCATTTATAGTCACGCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAGTAGCTTTAAATGATTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
* * *
12356 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGCTTAAAACATATTATAATTGAATG
65 ATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTG-TTAAAATATATTATAATTGAATG
* ** * *
12420 TTTGCCTTAAGAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
129 TCTATCTT-AG-AAATGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGG-AG
* * * ** * *
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1 GAAAAGTCCATTTATAGTCATC-ATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAA-TGATTTTAT
* * * * * * * * *
12526 AATCTCATAATTGATTTCAAGCTAAATTTTCTTAAATATTTGGCTAAAGTATATTATAATTGAAT
64 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT-TTTTGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* * *
12591 GTCTATCTCTAGAAATGTCAAGCAAAAGCTATTCATTGTAG
128 GTCTATCT-TAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGAG
** * * * *
12632 GAAAAAGTTTATTTATAGTCACTTATACCTTCCAAAGCATTATT-CGTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 G-AAAAGTCCATTTATAGTCA-TCATGCCTTCGAAAGCATTATTAC-TCGCTTTAAATGATTTTA
*
12696 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTGTAATTGAA
63 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTG-TTAAAATATATTATAATTGAA
*
12761 TGTCTATCTTGAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAG
127 TGTCTATCTT-AGAAATGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGAG
** * * * *
12803 TGAAAAGTCCCCTCATAGCCATCATGCCTTCGAAAGCATTACTACTCGTTTTAAATGATTTTATA
1 -GAAAAGTCCATTTATAGTCATCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
* * * * *
12868 GTCTCATAATTAATTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTACAGTTGAATG
65 ATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATG
* ** ** * *
12933 -CT-TGCCTTGAAAAATGTGAAAAAAAAGTTATTCATTGACAA
129 TCTAT--CTT-AGAAATGTGAAGCAAAAGCCATTCATTG-GAG
* ********** *
12974 GAAAAGCCCATTTATAGNNNNNNNNNNTTTCGAAAGCCTTATTAC-CTGCTTTAAAT-AGTTTTA
1 GAAAAGTCCATTTATAG-TCATCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTC-GCTTTAAATGA-TTTTA
* ** * *
13037 TAATCTCATAATTCATTTTAAACTGAATTGTTTTTACATTTTTGATAAAAATATATTATAATTGA
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GAAAAGTCCATTTATAGTCATCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
TCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTC
TATCTTAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGAG
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13209 NNNNAATGGT
* * * *
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* * * *
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* * * *
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* *
13390 -TTATAATCTTATAATTGATTTTAAGCTGAA-TGTTTTTTACATATTTAGTTAAAACATATTATA
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* * * *
13453 ATTAAATGTGTGCACTCAG-AAACGCGAAGAAAAAGCCA-TTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
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** * **
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*
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1 -TTTATAATCTTATAATTGATT
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TTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTGAATTGTTTTTTCATATTTAGTTAAAACAGAATATAAT
TAAATGTCTGCCTCAGAAAACACGAAGAAAAAGCAGTTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATACT
CACCCATGCCTTCAAAAGTCATATTACTCGCTTTAAATAG
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*
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AAGAACAAGTCATTCATTGGC
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14301 TTTGAAAGCC
*
14311 ATATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTCGAAGTTAAATTTTTTTAAATTT
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*
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* *
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65 TTTTATTAAACTAT
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1 AT
14469 TATAATTGAA
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ATATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTCGAAGTTAAATTATTTTAAATTT
TTTATTAAACTAT
Found at i:14813 original size:421 final size:417
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Period size: 421 Copynumber: 2.6 Consensus size: 417
14103 GAAAAAGTCC
* * * * * * *
14113 ATTTATACTCACCCATC-CCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
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* * * * * *
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* * * * *
14242 G-GAACGTAAAGAACAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTCATGCCTTTGA
129 GAAAACATGAAGAAAAAGT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTATCACTCATGCCTTTGA
* * *
14306 AAGCCATATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTCGAAGTTAAATTTTTTTA
193 AAACCATATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTGAATTTTTTTA
*
14371 AATTTTTTATTAAAGTATATATTACTCGCTTTAAAATGTTTTATAATCTTATAATTGATTCGAAG
258 AATTTTTTATTAAAGTATATATTACTCGCTTTAAAATATTTTATAATCTTATAATTGATTCGAAG
* *
14436 TTGAAT-TATTTTAAATTTTTTATTAAACTATATTATAATTGAATGTCTATCTCTGGAAACGTGA
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* *
14531 ATTTATAGTCACTCACACCTTCCAAAGCATTATTGGTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAA
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* **
14661 AGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTATTGCTCATGCCTTTG
128 AGAAAACATGAAGAAAAAG-TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTATCACTCATGCCTTTG
* *
14726 AAAACCATATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTCTAAGTTGAATTTTTTT
192 AAAACCATATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTGAATTTTTTT
* *
14791 AAATTTTTTATTAAAGTATATATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATTTTATAATTGATTCGAA
257 AAATTTTTTATTAAAGTATATATTACTCGCTTTAAAATATTTTATAATCTTATAATTGATTCGAA
* *
14856 GTTGAATATTTTTAAATTTTTTATTAAAGTATATTATAATTGAATGTCTCTCTCTGAAAACATGA
322 GTTGAATATTTTTAAATTTTTTATTAAACTATATTATAATTGAATGTCTATCTCTGAAAACATGA
*
14921 AGCAAAAGCTATCCATTGAAGGGAAAAGTTT
387 AGCAAAAGCTATCCATTGAAAGGAAAAGTTT
* * * * *
14952 GTTTATAGTCACTCATACCTTCCAAAGTATTATTGATCGCTTTAAATAGTTTTATAAGCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCACACCTTCCAAAGCATTATTGATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * *
15017 TTGATTTCAAGTTAAA--CTTTTT-TGCACTTTTGACTAAAATATACTGTAATTGAATGTCTGTC
66 TTGATTTTAAGCTAAATGCTTTTTAT--A-TTTTG-TTAAAACA-AATATAATTAAATGTCTGTC
* * * * * *
15079 C-CGAGAAACATGAAGAAAAATATATTCATTGGAAAGAAAAGTCCCTTTA-TAGTCACCCATACC
126 CTAGA-AAACATGAAGAAAAA-GTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTA-TCACTCATGCC
* * * * *
15142 -TTCAAAAGCCATATTCCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
188 TTTGAAAA-CCATATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTGAATT
* * *
15206 GTTCTACATTTTTTATTAAA
252 TTTTTAAATTTTTTATTAAA
15226 ACATATTGTA
Statistics
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.41
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ATTTATAGTCACTCACACCTTCCAAAGCATTATTGATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAAGCTAAATGCTTTTTATATTTTGTTAAAACAAATATAATTAAATGTCTGTCCTAGA
AAACATGAAGAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTATCACTCATGCCTTTGAAAA
CCATATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTGAATTTTTTTAAAT
TTTTTATTAAAGTATATATTACTCGCTTTAAAATATTTTATAATCTTATAATTGATTCGAAGTTG
AATATTTTTAAATTTTTTATTAAACTATATTATAATTGAATGTCTATCTCTGAAAACATGAAGCA
AAAGCTATCCATTGAAAGGAAAAGTTT
Found at i:14861 original size:78 final size:78
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14722 TTTGAAAACC
* * *
14732 ATATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTCTAAGTTGAATTTTTTTAAATTT
1 ATATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTCGAAGTTGAATATTTTTAAATTT
14797 TTTATTAAAGTAT
66 TTTATTAAAGTAT
*
14810 ATATTACTCGCTTTAAATTA-TTTTATAATTTTATAATTGATTCGAAGTTGAATATTTTTAAATT
1 ATATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTTATAATTGATTCGAAGTTGAATATTTTTAAATT
14874 TTTTATTAAAGTAT
65 TTTTATTAAAGTAT
14888 AT
1 AT
14890 TATAATTGAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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79 2 0.03
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ATATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTCGAAGTTGAATATTTTTAAATTT
TTTATTAAAGTAT
Found at i:15019 original size:171 final size:168
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Period size: 171 Copynumber: 7.3 Consensus size: 168
14801 TTAAAGTATA
** * * ** *
14811 TATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATTTTATAATTGATTCGAAGTTGAATATTTTTAAATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTT
* * *
14876 TTATTAAAGTATATTATAATTGAATGTCTCTCTCTGAAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGAA
65 TTATTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTCTCTCTGAAAACATGAAGAAAAAGCTATCCATTGAA
* * * *
14941 GGGAAAAGTTTGTTTATAGTCACTCATACCTTCCAAAGTAT
130 --GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCAT
* * * * * *
14982 TATTGA-TCGCTTTAAATAGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTCAAGTTAAACTTTTTTGCACTT
1 TATT-ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTT
* * * * * ** *
15046 TTGACTAAAATATACTGTAATTGAATGTCTGTC-CCGAGAAACATGAAGAAAAATATATTCATTG
64 TTTATTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTCTCTCTGA-AAACATGAAGAAAAAGCTATCCATT-
** *
15110 GAAAGAAAAGTCCCTTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCA-
127 G-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAG-CAT
* * *
15153 TATTCCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTCTACATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTT
* ** *
15218 TTATTAAAACATATTGTAATTGAATGTCTGCT-T-TGGAAAATGTGAAGTAAAAG-TCATCCACT
65 TTATTAAAATATATTGTAATTGAATGTCT-CTCTCT-GAAAACATGAAGAAAAAGCT-ATCCA-T
* * * * *
15280 AGCAAAAAAAGTCT-GTTAGTAGTCACTTA-AGCTTTCAAAAGTC-T
126 TG-AAGAAAAGTCTATTTA-TAGTCACTCATA-CCTTCAAAAG-CAT
* * * * *
15324 TGTTATTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTT-ATTTTAAGTTAATTTATTTTTTTCA-
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGA---ATTTTTTACAT
* * * * **
15387 TTTTTAGTTTAAATAGATTGTAATTTAATGTCT-TC-CTTAGGAAATGTGAAGAAAAAGTCGT-T
62 TTTTTA-TTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTCTCTC-T-GAAAACATGAAGAAAAAG-C-TAT
* * *
15449 -CATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATACTCAC-CTATCCCTTCAAAAGCCT
122 CCATT-G-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATACCTTCAAAAGCAT
* * * *
15497 TATCACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATGTTTTTTACA-TT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTT
* * * * * * * *
15561 TTTAGTTAAAACAAAGTATAATTGAATATCTGC-CT-TAGAAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCAT
64 TTTA-TTAAAATATATTGTAATTGAATGTCT-CTCTCT-GAAAACATGAAGAAAAAGCTATCCAT
* * * *
15624 TGGCAAGAAAAGTCCACTTATCGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCA-
126 T-G-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAG-CAT
* * * ** *
15669 TATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTCGAAGTTGAATTTTTTTAAATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTT
** * ** * * * **
15734 TGGTTAAAGTATATTACAATTGAATGTCTATCACT-AGAAACGTGAAGCGAAAGCTATCCATTGG
65 TTATTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTCTCTCTGA-AAACATGAAGAAAAAGCTATCCATT-G
* * * *
15798 AGGAAAAAGTTTATTTATATTCACTCATACCTTCCAAAGCAT
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** * * * * *
15840 TATTGGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTTAGTTAAATTCTTTTATATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTT
* * * * * * *
15905 TAATTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTGT-TTTGAGAAACAAGAAGCAAAAGCCATCTATTAG
65 TTATTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTCTCTCTGA-AAACATGAAGAAAAAGCTATCCATT-G
* * * * *
15969 AGTGGAAAGTCCT-GTTATAG-CAACTCATGCCTTCGAAAGCAT
128 A-AGAAAAGT-CTATTTATAGTC-ACTCATACCTTCAAAAGCAT
* * * * * * * *
16011 TACTACTTGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAACTAACTTTAAATTGAATTTTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
16068 TTTTACATTT
Statistics
Matches: 853, Mismatches: 180, Indels: 107
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (168 bp):
TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTT
TATTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTCTCTCTGAAAACATGAAGAAAAAGCTATCCATTGAAG
AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCAT
Found at i:21531 original size:172 final size:170
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Period size: 172 Copynumber: 9.3 Consensus size: 170
21051 NNNNNNTAAG
* * * *
21061 AAAATTTAACTTGAAATCAATTAT-AGGATTATATAACCCTTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCG
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCG
* * * * * * * * *
21125 AACGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTGC-TTGTCAATGAATAGCTTTTTC-TTCACGTTCCCA
65 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCACTCT-AATGAATGGCTTTTGCTTTCATGTT-CCA
* * *
21188 AGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAAGCAAAAATG-TAA
128 AGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGAAAA
* * * *
21230 AACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCGA
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGA
* * * * **
21295 AGGTATGGGTGACTATAAACGGAGTTTTCTTAC-C-AATGAATGAATTTT--TATTCATGGTTCC
66 AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC--ACTCTAATGAATGGCTTTTGCT-TTCAT-GTT-C
*
21356 CAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGAAAAA
126 CAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATG-AAAA
* * *
21402 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAGTAATGCTTTCAA
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGA
* ** * * *
21467 AGGCATGAGTGGCTATAACGGGACTTTTCACTCTAAAGGATGGCTTTTGCTTCTCATGTCCCAAG
66 AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCACTCTAATGAATGGCTTTTGCTT-TCATGTTCCAAG
* * ** *
21532 ATAGACATTCAATTACAATATATTTTAATTAAAAAT-ATAA
130 GTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGAAAA
* * * * **
21572 AAAATTCAACTAAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACCATTTGAAGCGACCAATAATGCTTT-GA
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCG-
** * ** * * * * * * * *
21636 AAGATATAAGTGACTATAAATAAACATTTCCCACCAATGGATAGCTTTTGC-GTCATGTTTCTAG
65 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCACTCTAATGAATGGCTTTTGCTTTCATG-TTCCA-
* * * ***
21700 AGATAG-CATTCAATTATAATACACTTTAACCAAAAATTTTAA
128 AGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGAAAA
** * *
21742 AAAATTCAACTTTGAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAAT-ATGACTTTTG
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATG-CTTTCG
* * * *
21806 AAGCCATGAGTGA-TAATAAATGGACTTTTCTTAC-C-AATGAATGGTTTTTTC-TTCACGTTTT
65 AAGGCATGAGTGACT-ATAAATGGACTTTTC--ACTCTAATGAATGGCTTTTGCTTTCA--TGTT
*** * * * *
21867 CTGGGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
125 CCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATG-AAAA
* * * * * * *
21914 AACATTTAGCTTAAATTCAATTATGAGAGTATAAAACCA-TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGA
* * *** * * ** * * * *
21978 AGGGAT-AGGTGAGTATAAATGGACTTTTTTTTACCAATGAACGAATTTTTCTTTAAGTTTTCAA
66 AGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCACT-CTAATGAATGGCTTTTGCTTTCA-TGTTCCA
* * * * * *
22042 AGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTAAACTATAAATGAAAAA
128 AGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATG-AAAA
** * * *
22086 ACAAATT-AACTTAAAAT-AAGTTATGAGATTATAAAAATATTTAAAACGAATAATAA-GATTTT
1 A-AAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATG-CTTT
* * * * * **
22148 CGAAAGCCTAAGTGACTACTAACA--GACTTTTC-TTGCTAGTGGTTGGCTTTTGC-TTCA----
63 CGAAGGCATGAGTGACTA-TAA-ATGGACTTTTCACT-CTAATGAATGGCTTTTGCTTTCATGTT
* * * * * * * *
22205 -CAAAGCATACATTCAATCACAATATATTTTAATCAAAAATGTAGA
125 CCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGAAAA
** * ** * * *
22250 AAAATTTGACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGAAATAAGGCTTTTGA
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGA
* ** *** * *
22315 AGGCATGGGTGACTATAAAAAGACTTTTGTTTTCCAATGAATGGCTTTTTC-TTCATGTTTTTCC
66 AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-CACTCTAATGAATGGCTTTTGCTTTCATG---TTCC
* * *
22379 AA-GCAGACATTCAATTACAATATATTTTAATCAAAAAT-ATAAA
127 AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGA-AAA
** * * *
22422 AAAATTCAACTTGGAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAACGA-TCAATAATGCTTTGG
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT-AATAATGCTTTCG
* * * ** * * * * *
22486 AATGTATGAGTGGCTATAAATAAACTTTTCCCT-TCAATGGATAGCGTTTGC-TTCATGTTTCTA
65 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCACTCT-AATGAATGGCTTTTGCTTTCATG-TTCCA
* * * * ** **
22549 CAGATAGAAATTCAATTATAATAAACTTTAATAAAAAATTTTAAA
128 -AGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAA-TGAAAA
* ** *
22594 AAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAATAATA
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
22649 TATACTTTAA
Statistics
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0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
162 1 0.00
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174 9 0.01
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGA
AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCACTCTAATGAATGGCTTTTGCTTTCATGTTCCAAGG
TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGAAAA
Found at i:22697 original size:78 final size:78
Alignment explanation
Indices: 22566--22727 Score: 249
Period size: 78 Copynumber: 2.1 Consensus size: 78
22556 AAATTCAATT
*
22566 ATAATA-AACTTTAATAAAAAATTTTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAA
1 ATAATATAACTTTAATAAAAAATTTTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAAGTATGAGATTATAAAA
22630 -TAATTTAAAGCGA
66 CT-ATTTAAAGCGA
*
22643 ATAATATATACTTTAATAAAAAATTTT-AAAAAATTCAACTTCGAATCAAGTATGAGATTATAAA
1 ATAATATA-ACTTTAATAAAAAATTTTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAAGTATGAGATTATAAA
*
22707 ACTATTTGAAGCGA
65 ACTATTTAAAGCGA
*
22721 GTAATAT
1 ATAATAT
22728 GGCTTTTAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.51, C:0.08, G:0.07, T:0.33
Consensus pattern (78 bp):
ATAATATAACTTTAATAAAAAATTTTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAAGTATGAGATTATAAAA
CTATTTAAAGCGA
Found at i:22997 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 22648--23404 Score: 602
Period size: 172 Copynumber: 4.4 Consensus size: 171
22638 AGCGAATAAT
* * * ** * * *
22648 ATATACTTTAATAAAAAATTTTAAAAAATTCAACTTCGAATCAAGTATGAGATTATAAAACTATT
1 ATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * * * * * * * *
22713 TGAAGCGAGTAATATGGCTTTTAAAGGTATGAGTGACAATAAAAGAACTTCTCTTGCCAATGAAT
66 TAAAGCAAGTGATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAACAG-ACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * *** * *
22778 GGCTTTTTCTTCAAGCTT-CTTGGGACAGACATTTAATGATC-
130 GGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGACAGACATTCAATTA-CA
* * * * *
22819 ATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAATGATTCAGA-TTAAAACCAATTATAAGATTATAAAATC
1 ATATATTTTAA-TAAAAAATATAAAAA-AATTCA-ACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * * *
22882 TTTTAAAGCAAGTGATAAGACTTTTGAAGGGAGGGGTAAGTATTAATAGACTTTTCTTGCCAATG
63 ATTTAAAGCAAGTGATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGACTA-TAACAGACTTTTCTTGCCAATG
* *
22947 AACGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGA-AGACATTCAATTATA
127 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGACAGACATTCAATTACA
* * ** ** * *
22991 ATCTGTTAAAACCAAAAATGGA-AAAACAAATT-AACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACC
1 ATATATTTTAATAAAAAAT--ATAAAA-AAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACC
* * ** * * *
23054 ATTTAAAG-AGAGTAATAAGACTTTTGAAAGCATAAGTGACTACTAACAGACTTTTTTTGCTAGT
63 ATTTAAAGCA-AGTGATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGACTA-TAACAGACTTTTCTTGCCAAT
* * * **
23118 GGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTCAA--ATCAGACATTCAATTACA
126 GAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGA-CAGACATTCAATTACA
** * **
23163 ATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACAAAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATT
1 ATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACCATT
** * ** *
23228 TAAAGCAAG-GAATAAGGTTTTTGAAGGCATGGCTGACTATAGAGGGACTTTTCTTTCCAATGAA
66 TAAAGCAAGTG-ATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGACTATA-ACAGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * * *
23292 TGGCATTTTCTTCATATTTCTCTA-GACAGACATTCAATTACA
129 TGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGACAGACATTCAATTACA
* * * *
23334 ATATATTTTTATCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTGAAACCAATTATGAGATTATAAAACCATT
1 ATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACCATT
23399 TAAAGC
66 TAAAGC
23405 GACTAATAAT
Statistics
Matches: 460, Mismatches: 106, Indels: 40
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
ATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACCATT
TAAAGCAAGTGATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAACAGACTTTTCTTGCCAATGAATG
GCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGACAGACATTCAATTACA
Found at i:23279 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 22648--23573 Score: 571
Period size: 171 Copynumber: 5.4 Consensus size: 168
22638 AGCGAATAAT
* * * * ** * *
22648 ATATACTTTAATAAAAAATTTTAAAAAATTCAACTTCGAATCAAGTATGAGATTATAAAACTATT
1 ATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * * * * * * * * *
22713 TGAAGCGAGTAATATGGCTTTTAAAGGTATGAGTGACAATAAAAGAACTTCTCTTGCCAATGAAT
66 TAAAGCAAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCATG-GTGACTATAACAG-ACTT-TTTTTCTAATGGAT
* * * *** * *
22778 GGCTTTTTCTTCAAGCTTCTTGGGA-CAGACATTTAATGATC-
128 GGCTTTTGCTTCACG-TTTTTCAAATCAGACATTCAATTA-CA
* * * * * *
22819 ATCTGTTTTAA-CTAAAAATATAAAAATGATTCAGA-TTAAAACCAATTATAAGATTATAAAATC
1 ATATATTTTAATC-AAAAATATAAAAA-AATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * ** * * * * * * *
22882 TTTTAAAGCAAGTGATAAGACTTTTGAAGGGAGGGGTAAGTATTAATAGACTTTTCTTGCCAATG
63 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCA-TGGTGACTA-TAACAGACTTTT-TTTCTAATG
* * * * ** *** *
22947 AACGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAGACATTCAATTATA
125 GATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTCAAATCAGACATTCAATTACA
* * ** * *
22991 ATCTGTTAAAACCAAAAATGGA-AAAACAAATT-AACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACC
1 ATATATTTTAATCAAAAAT--ATAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
** * * *
23054 ATTTAAAG-AGAGTAATAAGACTTTTGAAAGCATAAGTGACTACTAACAGACTTTTTTTGCTAGT
63 ATTTAAAGCA-AGTAATAAGGTTTTTGAAGGCAT-GGTGACTA-TAACAGACTTTTTTT-CTAAT
23118 GGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTCAAATCAGACATTCAATTACA
124 GGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTCAAATCAGACATTCAATTACA
* ** **
23163 ATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACAAAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATT
1 ATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* ** * *
23228 TAAAGCAAGGAATAAGGTTTTTGAAGGCATGGCTGACTATAGAGGGACTTTTCTTTCCAATGAAT
66 TAAAGCAAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCATGG-TGACTATA-ACAGACTTTT-TTTCTAATGGAT
** * *
23293 GGCATTTT-CTTCATATTTCTCTAGA-CAGACATTCAATTACA
128 GGC-TTTTGCTTCACGTTTTTC-AAATCAGACATTCAATTACA
* * * *
23334 ATATATTTTTATCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTGAAACCAATTATGAGATTATAAAACCATT
1 ATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * ** * * * *
23399 TAAAGCGACTAATAATGTTTTAAAAGGTATGAGTGACTATAAATAAACTTTTTCCTT-TAATAGA
66 TAAAGCAAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCATG-GTGACTAT-AACAGACTTTTT--TTCTAATGGA
** * * *
23463 TATCTTTTGCTACACGGTTTT-AGAGAT-AGACATTCAATTATA
127 TGGCTTTTGCTTCACGTTTTTCA-A-ATCAGACATTCAATTACA
* * ** **
23505 ATATACTTTAATCAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTCGAATCAATTATGAGATTATAAAATAATT
1 ATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
23570 TAAA
66 TAAA
23574 TTGAGTAATA
Statistics
Matches: 587, Mismatches: 136, Indels: 64
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 14 0.02
171 314 0.53
172 241 0.41
173 15 0.03
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
ATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
TAAAGCAAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCATGGTGACTATAACAGACTTTTTTTCTAATGGATGGC
TTTTGCTTCACGTTTTTCAAATCAGACATTCAATTACA
Found at i:23549 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 22856--23573 Score: 781
Period size: 342 Copynumber: 2.1 Consensus size: 341
22846 GATTCAGATT
* * * *
22856 AAAACCAATTATAAGATTATAAAATCT-TTTAAAGCAAGTGATAAGACTTTTGAAGGGAGGGGTA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAT-TATTTAAAGCAAGTGATAAGACTTTTGAAGGCAGGGCTA
* * * *
22920 AGTATTAATAGACTTTTCTTGCCAATGAACGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAGACATTCA
65 ACTATTAAGAGACTTTTCTTGCCAATGAACGGCATTTTCTTCATATTTCCCAAGGAAGACATTCA
* * * * * *
22985 ATTATAATCTGTTAAAACCAAAAATGGAAAAACAAATTAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAA
130 ATTACAATATATTAAAACCAAAAATAGAAAAACAAATTAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAA
* * *
23050 AACCATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTGAAAGCATAAGTGACTACTAACAGACTTTTTTTGCT
195 AACCATTTAAAGAGACTAATAAGA-TTTTAAAAGCATAAGTGACTACTAACAAACTTTTTTT-CT
* * * * * *
23115 AGTGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTCAAATCAGACATTCAATTACAATATATTTTAATAAAAA
258 AATAGATAGCTTTTGCTACACGGTTTTCAAATCAGACATTCAATTACAATATACTTTAATAAAAA
23180 ATATAAAAAAATTCAACAA
323 ATATAAAAAAATTCAACAA
** * *
23199 AAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCAAG-GAATAAGGTTTTTGAAGGCATGGCTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCAAGTG-ATAAGACTTTTGAAGGCAGGGCTA
* * * * *
23263 ACTA-TAGAGGGACTTTTCTTTCCAATGAATGGCATTTTCTTCATATTTCTCTA-GACAGACATT
65 ACTATTA-AGAGACTTTTCTTGCCAATGAACGGCATTTTCTTCATATTTCCCAAGGA-AGACATT
*** * * * *
23326 CAATTACAATATATTTTTATCAAAAATATAAAAA-AATTTAACTTGAAACCAATTATGAGATTAT
128 CAATTACAATATATTAAAACCAAAAATAGAAAAACAAATTAACTTAAAACCAATTATGAGATTAT
* * * *
23390 AAAACCATTTAAAGCGACTAATAATG-TTTTAAAAGGTATGAGTGACTA-TAAATAAACTTTTTC
193 AAAACCATTTAAAGAGACTAATAA-GATTTTAAAA-GCATAAGTGACTACT-AACAAACTTTTT-
* *
23453 CTT-TAATAGATATCTTTTGCTACACGGTTTT-AGAGAT-AGACATTCAATTATAATATACTTTA
254 -TTCTAATAGATAGCTTTTGCTACACGGTTTTCA-A-ATCAGACATTCAATTACAATATACTTTA
* * **
23515 ATCAAAAATTTAAAAAAATTCAACTT
316 ATAAAAAATATAAAAAAATTCAACAA
** *
23541 CGAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAA
23574 TTGAGTAATA
Statistics
Matches: 312, Mismatches: 52, Indels: 23
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
341 9 0.03
342 173 0.55
343 128 0.41
344 2 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (341 bp):
AAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCAAGTGATAAGACTTTTGAAGGCAGGGCTAA
CTATTAAGAGACTTTTCTTGCCAATGAACGGCATTTTCTTCATATTTCCCAAGGAAGACATTCAA
TTACAATATATTAAAACCAAAAATAGAAAAACAAATTAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGAGACTAATAAGATTTTAAAAGCATAAGTGACTACTAACAAACTTTTTTTCTAAT
AGATAGCTTTTGCTACACGGTTTTCAAATCAGACATTCAATTACAATATACTTTAATAAAAAATA
TAAAAAAATTCAACAA
Found at i:23630 original size:78 final size:78
Alignment explanation
Indices: 23505--23662 Score: 239
Period size: 78 Copynumber: 2.0 Consensus size: 78
23495 TTCAATTATA
*
23505 ATATACTTTAATCAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTCGAATCAATTATGAGATTATAAAATAATT
1 ATATACTTTAATCAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTCGAATCAATTATGAGATTATAAAACAATT
**
23570 TAAATTGAGTAAT
66 TAAAGCGAGTAAT
* *
23583 ATATACTTTAAT-AAAATATTTTAAAAAATTCAA-TTCCGAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
1 ATATACTTTAATCAAAA-ATTTAAAAAAATTCAACTT-CGAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
23646 TTTAAAGCGAGTAAT
64 TTTAAAGCGAGTAAT
23661 AT
1 AT
23663 GGTTTTCAAA
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 5, Indels: 4
0.89 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
77 6 0.08
78 67 0.92
ACGTcount: A:0.49, C:0.09, G:0.07, T:0.35
Consensus pattern (78 bp):
ATATACTTTAATCAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTCGAATCAATTATGAGATTATAAAACAATT
TAAAGCGAGTAAT
Found at i:25159 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 23621--27083 Score: 2431
Period size: 171 Copynumber: 20.4 Consensus size: 169
23611 TTCAATTCCG
* * * * *
23621 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATATGGTTTTCAAAGGCATGAGTGACA
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GCTTGAGTGACT
* * * * * * *
23686 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCCTTCATGTTTCCT-GGGACAAACATTTAAT
65 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTCCTAAGG-TAGACATTCAAT
* * *
23750 CATAATTTGTTTTAACTAAAAATATAAAAATAATTCAACTTAA
129 TATAATATGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAA
* * ** * *
23793 AATCAATTATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTCTGAAGGGATGGGTGAG
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAA-GCTTGAGTGAC
* * *** *
23857 TATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAACGGTTTTTTCTTCACATTTCCCAA-GTAAGACATTCAA
64 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTCCTAAGGT-AGACATTCAA
* * * *
23920 TGATAATCTGTTTAAACTAAAAA--TAAAAAAAATCAACTTAA
128 TTATAATATGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * ** *
23961 AATCAGTTATGAGATTA-AAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTAAAAGATTGAGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAA-CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGCTTGAGTGAC
* * * * * * * * *
24025 TACT-AATAGACATTTCTTACTAGTGGATGACTTTTGCTTCA-CGTTCCTCAA-GCAGACATTCA
64 TA-TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTCCT-AAGGTAGACATTCA
** *
24087 ATTATAATATGTTTTAATCAAAAATACAAAAAAACTCAACTTAA
127 ATTATAATATGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* ** * ** * *
24131 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGGTTTTAAAGGCATGGGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GCTTGAGTGACT
* * * * * * * * *
24196 ATAAAGGGACTTTTCTTTCTAATGAATGACTTTTTTTTTAT-GTTTCTAGAGGAAGACATTCAAA
65 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTCCTA-AGGTAGACATTCAAT
** * * *
24260 TATTTTCTGTTTTAACCAAAAGTGT-AAAACATTCAAC-TAA
129 TATAATATGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * *
24300 AAGTCAATCATGAGATTACAAAACCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCTTAAGATGA
1 AA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GCTTGAG-TGA
* * ** * * **
24365 C-ATAAATGGAC-TTTCTTA-CAATGGATGGCTTTTGCTTC-CCGTTTCTGAGACAGACATTCAA
63 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTCCTAAGGTAGACATTCAA
* * *
24426 TT-T-ATATAG-TTTAAC-CAAATAGTAAAAACATTTAACTT-A
128 TTATAATAT-GTTTTAACAAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * * *
24465 AATCAATTATGAG-TTATAAAACTATTT-AAGTGAATAAAAATGCTTT-GAGGCATGGGTGACTA
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCTTGAGTGACTA
* * * * * * * *
24527 TAAATTGACTTTTC--ACTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCA-CGTTTCT-AGGCAAACATTCACT
66 TAAATGGACTTTTCTTAC-C-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTCCTAAGGTAGACATTCAAT
* * *
24588 TATAACTA--TTTTAACCAATAATATAAAAAGATTCAACTTAA
129 TATAA-TATGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
** ** * *
24629 AATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTGGAAAGCATGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGCTTGAGTGACT
* * * * * * *
24694 ATAAATGGACTTTTCTTATCAATAAATGACTTTTTATTTA-GATTTTCC-AAGATAGACATTCAA
65 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG--GTTCCTAAGGTAGACATTCAA
* * * * *
24757 ATAGAATCTGTTTTAACCACAAATGT--AAAAATTTAACTTAA
128 TTATAATATGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * ********** *
24798 AATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTNNNNNNNNNNATAAGGCTTTTGAAGACTTGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG-CTTGAGTGACT
* * ** * * * * * * * *
24863 ATAAATGGACTTTTCCTATCAATGGGTAGCATTTGCTTCATGTTTCCCAAAGCAAACATTCAATT
65 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTCCTAAGGTAGACATTCAATT
* * * *
24928 ATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCAGCTTAN
130 ATAATATGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
********* * * *
24969 NNNNNNNNNTGATATTATAAAACCATTTAATGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG-CTTGAGTGACT
* * * *
25034 ATAAATAGACTTTTCTTACCAACGAATGGCTTTTTATTCATGGTTCCCAAGGTAGACATTCAATT
65 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTCCTAAGGTAGACATTCAATT
*********
25099 ATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATNNNNNNNNN
130 ATAATATGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * *
25140 NATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GCTTGAGTGACT
*** * * **** * *
25205 ATAAATGGAC-TTTCTTGTTAATGAATGGC-TTTTCTTTATGTTTCAGGGGGCAGACATTCAATA
65 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTCCTAAGGTAGACATTCAATT
* * * *
25268 ATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAA
130 ATAATATGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * ** *
25309 AATCAATTATGAGATTATAAAATCGTTTAAAGTGAGT--T-AGGCTTT-GAAAGAATAAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGCTTGAGTGACT
* * * * * **
25370 ATCAGTGGACTTTTGTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-GTTCCTGAGACAGACATTCAATT
65 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTCCTAAGGTAGACATTCAATT
* * * *
25434 ATAATTTGTTTTAACCAAAATATAAAAAAATTCAACTAAA
130 ATAATATGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * *
25474 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCAAATGCTTAAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GCTTGAGTGACT
** * * * * *
25539 ATAAATGGACTTTTCGCACCAATGGATGGCTTGTGCTTTACAT--TTCCTAAGGCAGATATTCAA
65 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTC-TT-CATGGTTCCTAAGGTAGACATTCAA
* * *
25602 TTATAATTTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAA
128 TTATAATATGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
** * ** * * *
25645 AATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCAAGTAATAATACTTTCAAAGGCATGGGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GCTTGAGTGACT
* * * * * ** * * ** * * *
25710 ATAAATGAACTTTACTCT-CTAATGGATGTCTTTGGCTTAATGTTTGATAAGATAAATATTCAAT
65 ATAAATGGACTTTTCT-TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTCCTAAGGTAGACATTCAAT
* * * *
25774 TATAATATATTTTAACTAAAAATATTAAAAAATTCAACTTGA
129 TATAATATGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * *
25816 AATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCTTGGGTGATT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GCTTGAGTGACT
* * ** * * *
25881 ATAAAT-GAGCTTTTCTTACCAATGAGTCGAATTTTCTTCACGGTTCCTAAGGCAGACACTCAAT
65 ATAAATGGA-CTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTCCTAAGGTAGACATTCAAT
* * * * *
25945 TATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAACAAATTCAGCTGAA
129 TATAATATGTTTTAA-CAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAA
* * * * * *
25988 AATTAATTGTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGAG-TTTAGAAGGTATGAGTGAT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTCGAAGCT-TGAGTGAC
*** * * * * * * *
26052 TATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGTATGACTTTCTTC-TCACGTTTCTTGAGGCAGACATTCAA
64 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTT-TTCTTCATGGTTCCTAAGGTAGACATTCAA
* * * * *
26116 ATCTTATCAT-TTTTAACAAAAGTG-AAAATAAAATCAACTTAA
128 TTATAAT-ATGTTTTAACAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAA
* ** *** * ** *
26158 AATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAATATTTTTGAAG---GAAAGAGTA
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCTTGAGTGACTA
** ** * * *
26220 TAAATCAACTTTAATGGA-CAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATT
66 TAAATGGACTTTTCT-TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTCCTAAGGTAGACATTCAATT
* * ** * *
26284 ATAATCTATTTTAATGGACAATGTAAAAAATTTCAACTTAA
130 ATAATATGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * *
26325 AATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTTAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GCTTGAGTGACT
* * * * * *
26390 ATAAATGAACTTTCCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATTGTT-CTCGAGGTAGACATTCAAT
65 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTCCT-AAGGTAGACATTCAAT
* * * *
26454 CATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTTAACTTAA
129 TATAATATGTTTTAAC-AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAA
* * ** * * *
26497 AATTAATTATGAGAATATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCCTGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GCTTGAGTGACT
* * *
26562 ATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTATTCATGGTTTCTAAGGTAGACATTCAATT
65 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTCCTAAGGTAGACATTCAATT
26627 ATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TGTAA
130 ATAATATGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAA
* * * * * * *
26668 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTGGAAAGCATGGGTAACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGCTTGAGTGACT
** * * * *
26733 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-CGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAA
65 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTCCT-AAGGTAGACATTCAAT
* * * *
26797 TATTATTTGTTTTAACTAAAAGTGTAAAACAATTCAACTTAA
129 TATAATATGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
*********** * * *
26839 AATCAATTCNNNNNNNNNNAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAGTCATGAATGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG-CTTGAGTGACT
* * * * *
26904 GTAAATGGACTTTTCTTGA-CAATGAATGGCTCTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACCTTCAAT
65 ATAAATGGACTTTTCTT-ACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTCCTAAGGTAGACATTCAAT
* * * *
26968 TATAATATGTTTTAACCAAAA--CAAAAAAAATCAACCTAA
129 TATAATATGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * *
27007 AATCAATTATGACATTATAATATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-ATGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCT-TGA-GTGAC
27071 TATAAATGGACTT
64 TATAAATGGACTT
27084 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2593, Mismatches: 595, Indels: 210
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
159 5 0.00
160 13 0.01
161 20 0.01
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163 30 0.01
164 32 0.01
165 111 0.04
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173 9 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCTTGAGTGACTA
TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTCCTAAGGTAGACATTCAATTA
TAATATGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
Found at i:26340 original size:509 final size:504
Alignment explanation
Indices: 23741--27083 Score: 2018
Period size: 509 Copynumber: 6.6 Consensus size: 504
23731 CCTGGGACAA
* * * *
23741 ACATTTAATCATAATTTGTTTTAACTAAAAATATAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAATAT-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * ** *
23806 ATTATAAAACCCTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGGA-TGGGTGAGTATAAATG-GACT
63 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT-TGAA-AGATTAAGTGACTATAAATGAG-CT
* * ** ** *
23869 TTTCTT-CCAATGAACGGTTTTTTCTTCACAT-TTCCCAAGTAAGACATTCAATGATAATCTGTT
125 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT--CATGTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * * *
23932 TAAACTAAAAATA-AAAAAAA-TCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTA-AAAAGCCATTTAAAGC
188 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTAAAAATTAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGC
* * * * * * * * *
23994 GAGTAATGAG-GCTTTTAAAAGATTGAGTGACTACT-AATAGACATTTCTTACTAGTGGATGACT
252 GAGTAATAAGAGC-TTTAGAAGGTTGAGTGACTA-TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCT
* * **
24057 TT-TGCTTCACGTTCCTCAA-GCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATACAAAAAA
315 TTCT--TTCACGTTTCT-AAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAA
* ** *** *
24120 ACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGGTTTTAAAGG
376 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAATACTTTCAAAGG
** *** ** ** * * *** *
24185 CATGGGTGACTATAAAGGGACTTTTCTTTCTAATGAATGACTTTTTTTTTATGTTTC-TAGAGGA
441 CA--GAAGACTATAAATCAACTTTAATCACTAATGGATGGCTTTGGCTTAATGTTTCATA-A-GA
24249 -AG
502 TAG
* ** * * * * * *
24251 ACATTCAAATATTTTCTGTTTTAACCAAAAGTGTAAAACATTCAAC-TAAAAGTCAATCATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAA-TCAATTATGAGA
* * * * *
24315 TTACAAAACCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCTTAAGATGAC-ATAAATG-GAC-T
64 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT-TGAAAGATTAAG-TGACTATAAATGAG-CTT
* * * ** * * *
24377 TTCTT-ACAATGGATGGCTTTTGCTTCCCGTTTCTGAGACAGACATTCAATT-TATAT-AG-TTT
126 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATA-ATCTGTTTT
* * * * *
24438 AACC--AAATAGTAAAAACATTTAACT-TAAATCAATTATGAG-TTATAAAACTATTT-AAGTGA
190 AACCAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTAAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGA
* * * * *
24498 ATAA-AA-ATGCTTT-G-AGGCATGGGTGACTATAAATTGACTTTTC--ACTCTAATGGATGGCT
254 GTAATAAGA-GCTTTAGAAGG-TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-C-AATGAATGGCT
* * * * * *
24557 TT-TGCTTCACGTTTCT-AGGCAAACATTCACTTATAA-CTATTTTAACCAATAATATAAAAAGA
315 TTCT--TTCACGTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAA
* ** ** *
24619 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTGGAAA-G
377 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAATACTTT-CAAAGG
* ** ** * ** * *** *
24683 CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-TCAATAAATGACTTTTTATTTAGAT-TTTC-CAAG
441 CA-GA-AGACTATAAATCAACTTTAATCACT-AATGGATGGC-TTTGGCTTA-ATGTTTCATAAG
24745 ATAG
501 ATAG
* * * * * * * *
24749 ACATTCAAATAGAATCTGTTTTAACCACAAATGT-AAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGAT
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* ********** *
24813 TATAAAACTATTTNNNNNNNNNNATAAGGCTTTTG-AAGACTTGAGTGACTATAAATG-GACTTT
65 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTGAAAGA-TTAAGTGACTATAAATGAG-CTTT
* ** ** * * * ** * * *
24876 TCCTATCAATGGGTAGCATTTGCTTCATGTTTCCCAAAGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTA
127 TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * * ********** * * * *
24941 ACCAAAAATGTAAAAATATTCAGCTTANNNNNNNNNNTGATATTATAAAACCATTTAATGCAAGT
191 ACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTAAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGT
* * * * *
25006 AATAAG-GCTTTCGAAGACTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGAATGGCTTTTTA
256 AATAAGAGCTTTAGAAG-GTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTCT-
* * * * * ****
25070 TTCATGGTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATNNNN
319 TTCA-CGTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAA
****** **
25135 NNNNNNATCAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGG
382 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAACAAGTAATAATACTTTCAAAGGCA--G
** ** * *** * * * *** **
25199 GTGACTATAAATGGACTTT-CTTGTTAATGAATGGCTTT-TCTTTATGTTTCAGGGGGCAG
444 AAGACTATAAATCAACTTTAATCACTAATGGATGGCTTTGGCTTAATGTTTCATAAGATAG
* * *
25258 ACATTCAATAATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAAT-AAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
25323 TTATAAAATCGTTTAAAGTGAGT--T-AGGCTTTGAAAGAATAAGTGACTATCAGTG-GACTTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGATTAAGTGACTATAAATGAG-CTTTT
* * *
25384 GTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTCCTGAGACAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAAC
128 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* *
25449 C-AAAATATAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
193 CAAAAATATAAAAAAATTCAACTAAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
* * * ** *
25513 TAAG-GCCTTCA-AATGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCGCACCAATGGATGGCTTGTGCT
258 TAAGAG-CTTTAGAA-GGTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTT-T-CT
* * * *
25576 TT-ACATTTCCTAAGGCAGATATTCAATTATAATTTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAGTTCAA
319 TTCACGTTT-CTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * *
25640 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCAAGTAATAATACTTTCAAAGGCATGGG
382 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAATACTTTCAAAGGCA--GA
* * * * * * *
25705 TGACTATAAATGAACTTTACTCTCTAATGGATGTCTTTGGCTTAATGTTTGATAAGATAA
445 AGACTATAAATCAACTTTAATCACTAATGGATGGCTTTGGCTTAATGTTTCATAAGATAG
* * * *
25765 ATATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATTAAAAAATTCAACTTGAAATTAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAATA-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ** *
25830 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCTTGGGTGATTATAAATGAGCTTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGATTAAGTGACTATAAATGAGCTTTT
* * * ** * * * *
25895 CTTACCAATGAGTCGAATTTTCTTCACGGTTCCTAAGGCAGACACTCAATTATAATCTATTTTAA
128 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TGTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * *
25960 CCAAAAATATAAAACAAATTCAGCTGAAAATTAATTGTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGT
192 CCAAAAATATAAAA-AAATTCAACTAAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGT
* *** * *
26025 AATAAGAG-TTTAGAAGGTATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGTATGACTTTCTT
256 AATAAGAGCTTTAGAAGGT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTCTT
* * * * * *
26089 CTCACGTTTCTTGAGGCAGACATTCAAATCTTATCAT-TTTTAACAAAAGTG-AAAATAAAATCA
320 -TCACGTTTC-TAAGGCAGACATTCAATTATAAT-ATATTTTAACAAAAATGTAAAA-AAATTCA
* * ** * **
26152 ACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAATATTTTTGAAGG-A-AA
381 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAATACTTTCAAAGGCAGAA
* * ** * * *
26215 GAGTATAAATCAACTTTAATGGAC-AATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAG
446 GACTATAAATCAACTTTAAT-CACTAATGGATGGCTTTGGCTTAATGTTTCATAAGATAG
* * *
26274 ACATTCAATTATAATCTATTTTAATGGACAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAAT-AAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
26339 TTAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTTAGTGACTATAAATGAACTTTC
64 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTGAAAGATTAAGTGACTATAAATGAGCTTTT
* * *
26404 CTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATTGTT-CTCGAGGTAGACATTCAATCATAATCTGTTTTA
128 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TGTTCCT-GAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * * * *
26468 ACTAAAAATATAAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAATTATTTAAAGTGAG
191 ACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTAAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAG
* * * *
26533 TAATAA-AGCTTTCGAAGGCCTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTT
255 TAATAAGAGCTTTAGAAGG-TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTCT
* * *
26597 ATTCATGGTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCA
319 -TTCA-CGTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCA
* * *
26662 A-TGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTGGAAA-GCAT
381 ACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAATACTTT-CAAAGGCA-
* ** ** * ** * * *
26725 G-GGTAACTATAAATGGACTTT--TCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-TCAAGGT
443 GAAG--ACTATAAATCAACTTTAATC-ACT-AATGGATGGCTTTGGCTTAATGTTTCAT-AAGAT
*
26786 AA
503 AG
* * * * * * ******
26788 ACATTCAAATATTATTTGTTTTAACTAAAAGTGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTCNNNNN
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
***** * * * *
26853 NNNNNAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCG-AAGTCATGAA-TGACTGTAAATG-GACT
64 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-GAAAG--ATTAAGTGACTATAAATGAG-CT
* * ** * * *
26915 TTTCTTGACAATGAATGGCTCTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACCTTCAATTATAATATGTTT
125 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * *
26980 TAACC-AAAACA-AAAAAAA-TCAACCT-AAAATCAATTATGACATTATAATA-TCATTTAAAGC
189 TAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA-CTAAAAATTAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGC
*
27040 GAGTAATAAG-GCTTTCGAAGGTAT-ATGTGACTATAAATGGACTT
252 GAGTAATAAGAGCTTTAGAAGGT-TGA-GTGACTATAAATGGACTT
27084 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2235, Mismatches: 477, Indels: 242
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
496 6 0.00
497 56 0.03
498 155 0.07
499 52 0.02
500 63 0.03
501 7 0.00
502 22 0.01
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514 298 0.13
515 9 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (504 bp):
ACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGATTAAGTGACTATAAATGAGCTTTTCTT
GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
AAATATAAAAAAATTCAACTAAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
GAGCTTTAGAAGGTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTCTTTCACGT
TTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAATACTTTCAAAGGCAGAAGACTATAAAT
CAACTTTAATCACTAATGGATGGCTTTGGCTTAATGTTTCATAAGATAG
Found at i:26365 original size:680 final size:681
Alignment explanation
Indices: 23621--26846 Score: 1925
Period size: 680 Copynumber: 4.8 Consensus size: 681
23611 TTCAATTCCG
* * * **
23621 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATATGGTTTTCAAAGGCA-TGAGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCAAAGG-ATTGAGTGAC
* * * * ** * * *
23685 AATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCCTTC-ATGTT-TCCTGGGACAAACATTTA
65 TATAAATGAACTTTACTTGCCAATAAATGGCTTTGGCTTCAATGTTCT-C-GAGATAAACATTCA
* * * * *
23748 ATCATAATTTGTTTTAACTAAAAATATAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
128 ATCATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAATATAA
* * ** * * *
23813 AACCCTTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTCTGAAGGGATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTT-C
193 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTC-GAAGGCCTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTAC
** * ** * ** * * * * * *
23876 CAATGAA-CGGTTTTTTCTTCACATTTCCCAAGTAAGACATTCAATGATAATCTGTTTAAACTAA
257 CAATGAATC-GAATTTTATTCACGGTTCCTAAGGCAGACACTCAATTATAATATATTTTAACCAA
* * *
23940 AAATA-AAAAAAA-TCAACT-TAAAATCAGTTATGAGATTA-AAAAGCCATTTAAAGCGAGTAAT
321 AAATATAAAAAAATTCAA-TGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCAAGTAAT
* * * * * * * * *
24001 GAGGCTTTTA-AAAG-ATTGAGTGACTACT-AATAGACATTTCTT-ACTAGTGGATGACTTTTGC
384 AAGAC-TTTAGAAAGCA-TGAGTAACTA-TAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGACTTTTTC
* * * * * ** *
24062 TTCACGTTCCTCAA-GCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-TCAAAAATACAAAAAAACTCA
445 TTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATTATATGTTTTAACT-AAAAGTGTAAAAAAAATCA
* * * * *** *
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509 ACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAATATTTTTGAAGG-A---
** * *** ** ** * * * ** * ** *
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570 AAGAGTATAAATCAACTTTAATGGAC-AATGGATGGCTTGTGCTTCACATTTCCTA-AGGCAGAC
* ** * * * *
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633 ATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAA
* * * ** * * * * *
24300 AAGTCAATCATGAGATTACAAAACCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCTTAAGATGA
1 AA-TCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCAAAGGATTGAG-TGA
* * ** * ** * *
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* * * * * * *
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* * * *
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192 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAA-GCTTTCGAAGGCCTGAGTGACTATAAA-TGAACTTTTCTT
* ** * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* ** * ** * * * *
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446 TCACG-TTTCT-CAAGGCAAACATTCAAATATTATATGTTTTAACTA-AAAGTGTAAAAAAAATC
* * * ********** ***
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508 AACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAATATTTTTGAAG----G
** * ** ** * * ** * * *
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569 AAAGAGTATAAATCAACTTTAAT-GGA-CAATGGATGGC-TTGTGCTTCACATTTCCTAAGGCAG
* * * * *
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631 ACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAA-AGTTCAACTTAA
********* * * * * *
24969 NNNNNNNNNTGATATTATAAAACCATTTAATGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACTTGAGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCAAAGGA-TTGAGTGAC
* * ** *** * * * *
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* * * ********** * *
25096 ATTATAATATGTTTTAA-TCAAAAATGT-AAAAAAATNNNNNNNNNNATCAATTATGAGATTATA
128 ATCATAATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAATATA
* *** * * * * * **
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192 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCCTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTAC
* ** * * * * **** * * * * **
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* * **
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322 AATATAAAAAAATTCAA-TGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCAAGTAATA
* * * * * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* ** **** ** * * *
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515 AATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAATATTTTTGAA-G--GAA-AGAGT
** * * *
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576 ATAAATCAACTTTAAT-GGA-CAATGGATGGCTTGTGCTTCACATTTCCTAAGGCAGACATTCAA
*
25602 TTATAATTTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAA
639 TTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAA
* ** * *
25645 AATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCAAGTAATAATACTTTCAAAGGCA-TGGGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCAAAGG-ATTGAGTGAC
* ** * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * *
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** * *
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* * ** *
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** * *
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* * ** *
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* ** * * *
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* * * *
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*
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* ** * * * * * * *
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326 TAAAAAAATTCAATGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGACTT
* * *
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* * * *
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26845 TT
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28968 NNNNNNNNNN
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* * * ** * * * * *
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* * * * * ** *
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* *
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*
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** * *
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TTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAACCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTAATAC
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* *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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Found at i:29745 original size:78 final size:79
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* * *
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*
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*
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1 AT
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Found at i:30660 original size:171 final size:170
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* *
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* * * *
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* ** * * **
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* * * *
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* ** * * * ** * *
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* * * * * ** *
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* * ** * * *
30852 AATGTCTATCTTGGGAAACAAAAAGCAAAAGCCATCCATTA
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * *
31022 GAATGTCTACCTTGGGAACCATGAATAAAAATTCATTCATTG
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* ** * * * * *
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* * **
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* *
31193 AATGTTTACCTTGGAAAA-ATGTGAAGAAAAAG-CTATTCATTG
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* * * * * *
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* * * * **
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Statistics
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173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGA
ATGTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTA
Found at i:31162 original size:513 final size:511
Alignment explanation
Indices: 30426--31375 Score: 1149
Period size: 513 Copynumber: 1.9 Consensus size: 511
30416 AAAGCCTTAT
* *
30426 TACTCGCTTTAATGGTTTTAGAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTAG
1 TACTCACTTTAATGGTTTTAGAATCTCATAACTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTTACATTTTTAG
* * *
30491 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCCTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTAGTAAG
66 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAG
* * * * *
30556 AAAAGTCCATTTATTATCACTCATGCCTTCAAAAGCCCTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
131 AAAACTCCATTTATTATCACCCATACCTTCAAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAA
* **
30621 TCTCATAACTGATTCGAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAGTATATTATAATTGAATGT
196 TCTCATAACTGATTCGAAGTTGAA-TTTTTTAAATTTTTACTTAAAACATATTATAATTGAATGT
* * * * ** *
30686 CTATCTCTAGAAACA-TGAAGCAAAAGCTATCCATTAGAGGAA-AAAGTTTATTTATAGTCACTC
260 CTACCT-TAGAAAAAGTGAAGAAAAAGCTATCCATT-G-GCAACAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* ** * * * *
30749 ATA-CCTTCCAAAGCATTATTGGTCGCTTCAAATAGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTTAGTT
322 A-AGCCATCCAAAGCATTATTACTCGCTTCAAAGAGTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
30813 AAAGTTTTTTATAGT-TTTAATTAAAATGTATTGTAATTGAATGTCTATCTTGGGAAACAAAAAG
386 AAA-TTTTCTAAAATATTTAATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTGGGAAACAAAAAG
30877 CAAAAGCCATCCATTAGAGTGAAAAGTCCTGTTATAGCCATTCATGCTTTCGAAAGCATCAC
450 CAAAAGCCATCCATTAGAGTGAAAAGTCCTGTTATAGCCATTCATGCTTTCGAAAGCATCAC
* *
30939 TACTCACTTTAAATGGTTTT-GTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAT-TTTTTTATATTTTT
1 TACTCACTTT-AATGGTTTTAG-AATCTCATAACTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTTACATTTTT
* * * * * * * ** *
31002 GGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTCTACCTTGGGAACCATGAATAAAAATTCATTCATTGGCA
64 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCA
** * * ** * *
31067 AGAAAACTCTGTTTA-TAGTCACCCATACTTTCGAAAGCGTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
129 AGAAAACTCCATTTATTA-TCACCCATACCTTCAAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* ** * * *
31131 CAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTATATTTTTTCTTAAAACATATTATAATTGAAT
193 CAATCTCATAACTGATTCGAAGTTGAATTTTTTAAATTTTTACTTAAAACATATTATAATTGAAT
* * *
31196 GTTTACCTTGGAAAAATGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGCAAAGTCCATTTATAGTCACC
258 GTCTACCTTAGAAAAA-GTGAAGAAAAAGCTATCCATTGGCAA-CAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * *
31261 CAAGCCATCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
321 CAAGCCATCCAAAGCATTATTACTCGCTTCAAAGAGTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* *
31326 AAATTTTCTAAAATATTTAGTTAAAGTATATTATAATTGAATGTCTATCT
386 AAATTTTCTAAAATATTTAATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCT
31376 CTAGNNNNNN
Statistics
Matches: 361, Mismatches: 67, Indels: 18
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
511 9 0.02
512 51 0.14
513 267 0.74
514 34 0.09
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (511 bp):
TACTCACTTTAATGGTTTTAGAATCTCATAACTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTTACATTTTTAG
TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAG
AAAACTCCATTTATTATCACCCATACCTTCAAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAA
TCTCATAACTGATTCGAAGTTGAATTTTTTAAATTTTTACTTAAAACATATTATAATTGAATGTC
TACCTTAGAAAAAGTGAAGAAAAAGCTATCCATTGGCAACAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGC
CATCCAAAGCATTATTACTCGCTTCAAAGAGTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT
TTCTAAAATATTTAATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTGGGAAACAAAAAGCAAAAG
CCATCCATTAGAGTGAAAAGTCCTGTTATAGCCATTCATGCTTTCGAAAGCATCAC
Found at i:31999 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 31546--32116 Score: 512
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 169
31536 NNNNNNNNNA
* *
31546 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATTTTTTTGATTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAA-TTTTTTTATATTTTTGATAAAA
* * ** * * *
31611 ATATATTGTAATTGAATGTCTATCT-TAGGAAACGCGATTCAAAAGCTATCCATTGGGGTGAAAA
65 ATATATTATAATTGAATGTC-ATCTCTA-GAAATGCGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAA
* * * *
31675 GTACCC--TCATAGCCACTTATACCTTTGAAAGCATTACTACTCG
128 G--CCCTTTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTACTACT-G
* * * * * * *
31718 ATTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TGAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTTGATAAAA
* * * * * * * * * * ** *
31782 ACAGATTACAGTTGAATG-CCTGC-CATGAAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCCAAAAA
65 ATATATTATAATTGAATGTCAT-CTC-T-AGAAATGCGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAA
* *
31845 AGCCCTTTTATAGTTA-TCCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACATG
127 AGCCCTTTTATAGTCACT-CATA-CCTTTGAAAGCCTTACTAC-TG
*
31889 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATAAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATAAAAA
* *
31954 TATATTATAACTGAATGTCAATCTCTAGAAATGCAAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAG-
66 TATATTATAATTGAATGTC-ATCTCTAGAAATGCGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGC
** ** * *
32018 TTTATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGTCTTACTACCCG
130 CCT-TTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTACTA-CTG
* * *
32060 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTTCTTTATATTTTT
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT
32117 TATTANNNNN
Statistics
Matches: 315, Mismatches: 66, Indels: 37
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 11 0.03
171 247 0.78
172 51 0.16
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATAAAAA
TATATTATAATTGAATGTCATCTCTAGAAATGCGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGCC
CTTTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTACTACTG
Found at i:32941 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 32705--34861 Score: 1799
Period size: 171 Copynumber: 12.6 Consensus size: 170
32695 TTAGTTGAGT
* * * * * * **** *
32705 TTTTTTGCATTTTTGGTTAAAAGAGATTATAATTTAATGTCTACCTTAGCTGCCATCAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAA
* * ** * *
32770 GCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTAGTTATAGTTACCTAAGCCTTCGAAAGAATTATTACCCATT
66 GCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
32835 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATT-AA
131 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAA
* * * * * * * *
32875 TTTTTTACATATTTGATTAATACATATTATAATTCAATATTTGCTTTGGGAAAACTTGAAGAAAA
1 TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGG-AAACATGAAGAAAA
* * ** *
32940 AGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTCTAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
65 AGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
* * *
33005 TTTAAATGGCTTTATAATC-CATAATTAATTTTAAGTTAAA
130 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * *
33045 GTTTTTTACATTTTTGCTTAAAAGAGATTATAATTGATTGTCTACC-TGTGGAATCGTCAAGAAA
1 -TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTG-GGAAACATGAAGAAA
* * * *
33109 AAGCCATTCGTTAGCAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTCGGAAGCCTTATTAC-
64 AAGCCATTCATTGGCAA-AAAAAGTCTATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* *
33172 CAGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGAT
127 CA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAA
* * * *
33218 TTTTTTACATTTTTGGTT-AAA-AGTATTATAATTGAATGTTTG-ATATGGGTAAACATTAAGAA
1 TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAG-ATTATAATTGAATGTCTGCCT-TGGG-AAACATGAAGAA
* * * * *
33280 AAAGTCATTCATTGGCAAGAACAA-TCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
63 AAAGCCATTCATTGGCAA-AAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
*
33344 CACTTTTAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
127 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * *
33388 GCTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAACATGAAGAGA
1 -TTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAA
* ** *
33452 AAGCCATTCATTGACAAGCAAAGTCCA-TT-TAGTCACCTATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTC
64 AAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCTA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * **
33514 ACTTTAAATGTTTTTATAATGTTATAATTGATTTTTGGTTGAA
128 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * *
33557 TTTTTTTAGA-TTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTGAAAGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAG
1 -TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAA
* * * * * * *
33621 AGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATAA--CTTTGTAAGCCTTATTATTC
65 AGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCA-CC-TAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * *
33684 GCTTTGAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
128 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * ** *
33727 TTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATAATATTTGAATGTCTGTCTTGGGAAATGTAAAGAAAA
1 -TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAA
* * * * * * * **
33792 AGCCATTAATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCCAAAGTCTTATTACTTGC
65 AGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
*
33857 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGAT
130 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAA
* * * * * * * *
33899 TTTTTTATATTTTT-AGTTAAAAAATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAACCATGAATAAAA
1 TTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAA
* ** * * * *
33963 AGCTATTTGTTGGTAAGAAAAGT-TCATTTTTAGTCA-CTAAGGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
65 AGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCTAA-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * *
34026 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAA
128 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
34069 TTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAGATTATGATTGAATGTTTGCCTTAAGCATA-ATGAAGAA
1 -TTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GGGAAACATGAAGAA
* * ** * * *
34132 AAAGCTATTCATTGGTAAGGAAAGT-TCATTTATAGTTACCTAATCCTTCAAAAGCCTTATTACT
63 AAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * *
34196 CGA-TTTAAATAGTTTTCTAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAAA
127 C-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AA
* * * * * *
34241 TTTTTTGCATTGTCT-ATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAA
1 TTTTTTACATT-TTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAA
* * * * ** * * **
34305 AGCTATCCATTGCCTATTAAAGT-TCATTTATAGTCA-CTCATGCCTTCAAAAGTATTATTACTC
65 AGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * *
34368 ATTTTAAATGGTTTTATATTGTCATAATTAATTTTAAGTTGAA
128 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * *
34411 TTTTTTTACATTTTTGGTTGAAACTGATTA-AACTTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGCAA
1 -TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAA-TTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAA
* * * * * *
34475 AAGCTATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAGCCTTCGAATGCCTTATTAGTCG
64 AAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
* * * *
34540 GTTTAAATGCTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAATTGAA
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * ***
34582 TTTTTTTAAAACTTTTAATTAAAA-ATGATAAGATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAAC--GCAAGA
1 -TTTTTT-ACATTTTTGATTAAAACA-GATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATG-AAG-
* * * * * * * * * **
34644 AAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGCATTC--TAGTTTTATTAC
61 AAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * * *
34707 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCACAATTAATTTCAAGTTGAA
126 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * ** * *
34752 TTTTTTTAC-TTTTTTAGTTGAAATAGACTATAATTGAGTGTCTACCTCAGGAACCGTGAAGAAA
1 -TTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAA
* * * *
34816 ATGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CTCATTTATAATCACCCAAGCCT
64 AAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCTAAGCCT
34862 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1616, Mismatches: 313, Indels: 117
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 75 0.05
169 147 0.09
170 234 0.14
171 973 0.60
172 182 0.11
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAA
GCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
Found at i:35954 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 35548--38317 Score: 1976
Period size: 171 Copynumber: 16.3 Consensus size: 171
35538 NNNGTTAGAT
* * * * * *
35548 TTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTTCCTT-AGGAACTATG-AGTAA
1 TTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAC-ATGAAG-AA
* ** * * * *
35610 AAAGCCATTTGTTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-AAGGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
63 AAAGCTATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAA-TCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * *
35674 TACTTTAAAT-AGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAG-TAAAA
127 CACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA
* * * * *
35718 TTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATGATTGAATATCTACCTTAAG-AACAATGAAGAAAA
1 TTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAC-ATGAAGAAAA
* * **
35782 AGCTATTCATTGATAAGGAAAGTTCATTTATAGTCACTTAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGC
65 AGCTATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * *
35847 TTTAAATGATTTTCTAATCTCATAATTAATTTTTAGTTGAAA
130 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA
* ** **
35889 TTTTTTACATTGTCCATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
* * * ** * **
35954 GCCATCCATT-ATCCATTAAAGTTCATTTATAGTCACTC-ATACCTT-TAAAGTATTATTACTCA
66 GCTATTCATTGAT-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * *
36016 CTTTAAAT-AGTTTTATATTGTCATAATTAATTTTAAGTTG-AA
129 CTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA
* * * * *
36058 TGTTTTTACATTTTTTGTTGAAACT-GATTAAAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAA-ACA
1 T-TTTTTACATTTTTTATT-AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGA-A
* * * * * *
36121 AAAGCTGTTCATTGGTAAG-AAAGGTCTATTTATAGTCGCTTAATCCTTCAAAAGCCTTATTAGT
63 AAAGCTATTCATTGATAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACTCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACT
*** * * ** *
36185 TGGTTTAAATGGTTTTATTATCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAAT
127 CACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA
** * * * * ** * *
36230 TTTTTTA-AAATTTTAGTTAAAA-ATGATAAGATTTGAATGTTTGTCTCAGGAAATGCGA-GAA-
1 TTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATA-GATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA--C-ATGAAG
* * * * * * *
36291 AAAAGGCT-TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATGCGTTCTAAAGTCTTATTA
61 AAAAAGCTATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAT-CCTTCAAAAGCCTTATTA
** * * * *
36354 CTCGTTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCACAATTAATTTCAAGTTGAAT
125 CTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA
* * * * *
36401 TTTTTTAC-TTTTTTAGTTAAAATAGATTTTAATTGAGTGTCTA-CTTCAGGAACCTTGAAGAAA
1 TTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACATGAAGAAA
* * ** * * * * * *
36464 ATGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAATCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATTCA
64 AAGCTATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * *
36529 CTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTAATTTTAAATTG-AA
129 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA
* * * * * * *
36571 TTTTTTAATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATATCTATCTTGAGAAACGTGAA-ACCA
1 TTTTTT-ACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGA-AA
* * * * * * ** *
36635 AAGAC-ATCCATTAGA-GAGTAAAGTTTATTTATAGTAACTCATTCCTTTGAAAGCATTATTACT
64 AAG-CTATTCATT-GATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * *
36698 CGCTATAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAAC
127 CACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA
* * * * * * * *
36743 TTTTTTATATTTTTGATTACAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAATATGAAGCAAAA
1 TTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
* * * * **
36808 GCCATCCATT-AGTACA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCA
66 GCTATTCATTGA-TA-AGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * **
36871 CATTAAAGGATTTTATAAACTTATAATTGATTTTAAGTTGACC
129 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA
** * **
36914 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-CGAATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAA
1 TTTTTTACATTTTTTATTAAAATAG-ATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAA
* * * *
36978 AGCTATTCATTGATAAGAAAA-TTCTACTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCCTATTACTCA
65 AGCTATTCATTGATAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACTCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* *
37042 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
129 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA
* * * * * *
37085 TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATGGAATGTCTACCCCTAA-AAACATAAAGAGAA
1 TTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTTAAGAAACATGAAGAAAA
* * * ** *
37149 AGCCATTCATTGACAAG-AAAGTCCATTTATAGTC-C-CACATGCCTTTGAAAGCCTTAGTACTC
65 AGCTATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCA-AT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * *
37211 GCTTTAAATGATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGCAT
128 ACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA
* * ** * *
37255 TTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAACCATGAATAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
* * * * * *
37320 -ATCATTCATTGACAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCG
66 GCT-ATTCATTGATAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACTCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * *
37383 CATTAAATAGTTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGCTG-AA
129 CTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA
* * * * *
37426 TATTTTACA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTCTACTTTGAGAAATATGAAGCAAA
1 TTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAG-AAA
* ** * *
37490 AA-CAACCCATTAATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGT-CTT-AGAAAGCTTTATTACT
64 AAGCTATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAA-TCCTTCA-AAAGCCTTATTACT
** *
37552 TGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTT-AAA
127 CACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA
* * * * * * ** *
37596 -TTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTCTATTTGAATGTCTATCTTGAA-AAATGTGAATAAAA
1 TTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACATGAAGAAAA
* * * * * * * * *
37659 ACCCATTCATTGATAAGAAATGTCCATATATAGTCAC-CCATGCCTTCCAAAGCCTTCTTACTTA
65 AGCTATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * *
37723 CTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATACTTAATTTGAAGTTG-AA
129 CTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA
* * * * * *
37765 TTGTTTTATA-TTGTTAGTTAAAATAGATTATAAGTGAATG--T---TT-GGAAACGTGAAGCAA
1 TT-TTTTACATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAA
* ** * ** *
37823 AAG-TCATCCATTGGAGT--GAAAAGTGAATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCAAAAGTATTTTTA
64 AAGCT-ATTCATT-GA-TAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAT-CCTTCAAAAGCCTTATTA
* *
37884 CTCACTTTAAATG-TTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
125 CTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA
* ** * * * * ** * *
37930 TTTTTTACATATTTGGTTAAACTATATTGTAGTTGAATGTCTGTCTTAGGAAACGA-GAAGCAAA
1 TTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAC-ATGAAGAAAA
* * * * *
37994 AG-TCATCCATT-AGCAAGAAAAG-TCTATTTATAGTTACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
65 AGCT-ATTCATTGA-TAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACTCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * *
38056 CACTTTAAGTGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTTTA-TTG-AA
127 CACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAAA
* ** * * ** * * * *
38100 TTTGTTTACACTTTTGGTAAAAACAGAAAATATTTGAATGTCTGCCTTTAGAAACATAAAGAAAA
1 TTT-TTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAA
* * * * * *
38165 AGCTATTCATTGGA-AAGAAAAGTCCCTTTATAGTCAC-CCATACCTTCAAAAGCCTCATTCCTT
65 AGCTATTCATT-GATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * *
38228 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAATTTG-AA
128 ACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA
* *
38271 TTTTTCTACATTTTTTATTAAAATATATTACAATTGAATGTCT-CCTT
1 TTTTT-TACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
38318 TGTAAAGCAA
Statistics
Matches: 2064, Mismatches: 426, Indels: 220
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
164 50 0.02
165 69 0.03
166 5 0.00
167 2 0.00
168 11 0.01
169 144 0.07
170 546 0.26
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172 87 0.04
173 8 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
TTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
GCTATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA
Found at i:39540 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 38495--40205 Score: 1265
Period size: 171 Copynumber: 10.0 Consensus size: 170
38485 NNNNNNNNNN
* * *
38495 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTACTCT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCT-T
* * * ** ** * ** * *
38560 -CTAATGGATGTCTTTGGCTGAAT-GTTTGCTGAGATAAATATTCAATTATAATATAT-TTTAAC
65 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATCGTTT-CTAAGGCAGACATTCAATTAT-AT-TATGTTTAAC
* * * * * * *
38622 AAAAAATATTAAAAAATTTAACTTGAAATTAATTATGAGATTAA
127 TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * ** * * * * * * *
38666 AAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCAAATGCTTGGGTAATTGTAAATGAGCTTTTCTTG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG
* * * * * * *
38731 CCAAT-AA-GTCAAATTTTCTTCA-CGGTTCCTGAGGCAGATACTCAATTTTAATCTAT-TTTAA
66 CCAATGAATGGC--TTTTTCTTCATC-GTTTCTAAGGCAGACATTCAATTAT-AT-TATGTTTAA
* * * *
38792 -TCAAAAAT-TAAAAAAATTTAACTTGAAATTAATTGTGAGATTAT
126 CT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * *
38836 AAAACTATTTAAAGTGAGTAAT-AAGACTTTAGAAGGTATGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
* * * * * *
38900 GCCAATGAATGAC-TTTT-TTCTAGCGTTTTTTGAGGCAGACATTCAAATCT-TATCATTTTTAA
65 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTC-ATCG-TTTCTAAGGCAGACATTC-AAT-TATATTATGTTTAA
* * *
38962 CCAAAAGTG-AAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAAT
126 CTAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * ** *
39007 AAAATCATTTAAAGTGAGTAATAATGTTTTTGAAGGCA--A--GAGTATAAATGAACTTTAATGG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG
* * *
39068 ACAATGGATGGCTTTTTCTTCAT-GTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT-TTTAA-T
66 CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATCGTTT-CTAAGGCAGACATTCAATTAT-AT-TATGTTTAACT
* * * ** *
39130 GGACAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAACAATGAGATTAG
128 -AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
39174 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-ATTAGGTGACTATAAATGAGCTTTCCTT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGAACTTTTCTT
* * * * * *
39238 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTGTTT-TCAAGGCAGACAATCAATCATAATCTGTTTTAACA
65 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATCGTTTCT-AAGGCAGACATTCAATTATATTATG-TTTAACT
* *
39302 AAAAATATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTAT
128 AAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * * *
39347 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAATCTTTCGAAGGCTTGAGTGACAATAAATGAAATTTTGTTA
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG
* * *
39412 CCAATGAATGGCTTTTTATTCATGGTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATATTATGTTCTAACTAA
66 CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATCGTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATATTATGTT-TAACTAA
* *
39477 AAATGTAAAAAAATTAAACGTAAAATCAATTATGAGATTAT
130 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
39518 AAAACCATTTAAAGCAAGTAAT-AAGACTTTGGAAAGCAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTTGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGAACTTTTCT
* * * * **
39581 TGTCAATGAATGGC-TTTTCTTCA-CGTTTCTCAATGTAAACATTCAAACATTATT-TGTTTTAA
64 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATCGTTTCT-AAGGCAGACATTCAATTA-TATTATG-TTTAA
* * *
39643 CCAAAAGTGTAAAACAATTCAAGC-TAAAATCAATTATGAGATTAT
126 CTAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * * *
39688 AAAACCATTGAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGTCATG-GATGACTGTAAATGGAGTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGAG-TGACTATAAATGAACTTTTCTT
** * * * *
39752 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTCT-TGGACAAACATTTAATCATAATCTAT-TTTAAC
65 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATCGTTTCTAAGG-CAGACATTCAATTAT-AT-TATGTTTAAC
*
39815 TAAAAATATAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
127 TAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
39860 AAAACCCTTTAAAGCAAGTAA-AAAGGCTTTTGAAGGGAT-AGGTGAGTATAAATGGACTTTTCT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAA-GCTTTTGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGAACTTTTCT
* ** * * * * * *
39923 T-CTAATGAACAGCTTTTTCTTCA-CATTATCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTAAAC
64 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATCGTT-TCTAAGGCAGACATTCAATTATATTATGTTT-AAC
*
39986 TAAAAATG-AAAAAATATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTAT
127 TAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
40030 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTAAAAGCTTGAGTGACTACT-AAT-AGACTTTTCT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTA-TAAATGA-ACTTTTCT
* * * * * * *
40093 TGCTAGTGGATGGCTTTTGCTTCA-CGTTTCCTCAA-GCAGACATTCAATTACAATATATTTGAA
64 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATCGTTT-CT-AAGGCAGACATTCAATTATATTATGTTT-AA
* *
40156 -TAAAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
126 CT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
40201 AAAAC
1 AAAAC
40206 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1235, Mismatches: 229, Indels: 152
0.76 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 8 0.01
167 106 0.09
168 17 0.01
169 28 0.02
170 342 0.28
171 486 0.39
172 105 0.09
173 139 0.11
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG
CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATCGTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATATTATGTTTAACTAAA
AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
Found at i:39943 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 38632--40205 Score: 1466
Period size: 342 Copynumber: 4.6 Consensus size: 342
38622 AAAAAATATT
* * * ** * *
38632 AAAAAAT-TT-AACTTGAAATTAATTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTT
1 AAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTT
** * * * * * * * * *
38695 TCAAATGCTTGGGTAATTGTAAATGAGCTTTTCTTGCCAAT-AA-GTCAAATTTTCTTCACGGTT
66 TTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGC--TTTTTCTTCATGGTT
* * * * * * * * *
38758 CCTGAGGCAGATACTCAATTTTAATCTATTTTAATCAAAAAT-TAAAAAAATTTAACTTGAAATT
129 TCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * ** * * * *
38822 AATTGTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTAGAAGGTATGGGTGATTATAA
194 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGGATAGGTGACTATAA
* * ** *
38887 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTT-TTCTAGCGTTTTTTGAGGCAGACATTCAAATC-T
259 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCTTC-AGCGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAA-CAT
* *
38950 TATCAT-TTTTAACCAAAAGTG
322 AATC-TGTTTTAACCAAAAATG
* * * *
38971 AAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAATGTTT
1 AAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTT
* * ** * * *
39036 TTGAAGGC---A-AGAGTATAAATGAACTTTAATGGACAATGGATGGCTTTTTCTTCAT-GTTTC
66 TTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTT-
* ** * * *
39096 CTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATGGACAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCA
130 CTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
** * * *
39161 ACAATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGATTAGGTGACTATAA
195 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGGA-TAGGTGACTATAA
* ** * * *
39225 AT-GAGCTTTCCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTGTTT-TCAAGGCAGACAATCAATCAT
259 ATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCAGCGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAACAT
* *
39288 AATCTGTTTTAACAAAAAATATA
322 AATCTGTTTTAAC-CAAAA-ATG
* * *
39311 AAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAATCTT
1 AAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTT
* * * * * *
39376 TCGAAGGCTTGAGTGACAATAAATGAAATTTTGTTACCAATGAATGGCTTTTTATTCATGGTTTC
66 TTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTTC
* * * *
39441 TAAGGTAGACATTCAATTAT-AT-TATGTTCTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTAAACGTAAAAT
131 TAAGGCAGACATTCAATTATAATCTAT-TT-TAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * *
39503 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTGGAAAGCATAGGTGACTATA
193 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGGATAGGTGACTATA
* * * *
39568 AATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTCTTCA-CGTTTCTCAATGTAAACATTCAAACATT
258 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCTTCAGCGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAACATA
* *
39632 ATTTGTTTTAACCAAAAGTG
323 ATCTGTTTTAACCAAAAATG
* * * *
39652 TAAAACA-ATTCAAGC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGTGAATAATAAGGC
1 -AAAAAATATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGC
* * * * * **
39715 TTTTGAAGTCATG-GATGACTGTAAATGGAGTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATT
64 TTTTGAAGGCTTGAG-TGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGT
* * * *
39779 TTCT-TGGACAAACATTTAATCATAATCTATTTTAACT-AAAAATATAAAAATAATTCAACTTAA
128 TTCTAAGG-CAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAA
* * * *
39842 AATCAATTATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGGATAGGTGAGT
190 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGGATAGGTGACT
* ** * *
39907 ATAAATGGACTTTTCTT-CTAATGAACAGCTTTTTCTTCA-CATTATC-CAAGGAAAACATTCAA
255 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCAGCGTT-TCTCAAGGCAAACATTCAA
** * *
39969 TTATAATCTGTTTAAACTAAAAATG
318 ACATAATCTGTTTTAACCAAAAATG
* * *
39994 AAAAAATATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTT
1 AAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTT
* * * * * * *
40059 TTAAAAGCTTGAGTGACTACT-AAT-AGACTTTTCTTGCTAGTGGATGGCTTTTGCTTCA-CGTT
66 TTGAAGGCTTGAGTGACTA-TAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTT
* * * *
40121 TCCTCAA-GCAGACATTCAATTACAATATATTTGAATAAAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAAA
129 T-CT-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
40185 TCAATTATGAGATTATAAAAC
192 TCAATTATGAGATTATAAAAC
40206 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1011, Mismatches: 181, Indels: 84
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
336 3 0.00
337 67 0.07
338 116 0.11
339 22 0.02
340 74 0.07
341 233 0.23
342 279 0.28
343 49 0.05
344 159 0.16
345 9 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (342 bp):
AAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTT
TTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTTC
TAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGGATAGGTGACTATAAAT
GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCTTCAGCGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAACATAATC
TGTTTTAACCAAAAATG
Found at i:42301 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 42019--42327 Score: 390
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 172
42009 ATATAGATGT
* *******
42019 TCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTTAAAAAAATTCAACTTGAAATTAATTATNNNNNNN
1 TCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTTAAAAAAATTCAACTTGAAATTAATTATGAGATTA
*** * * *
42084 NNNAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCTTGGGTGATTATAAAT-GAGCTTTTCT
66 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTAGAATGCTAGGGTGATTATAAATGGA-CTTTTCT
*
42148 TGCCAATGAGTCGAATTTTCTTCACGATTCCTAAGACAAACAC
130 TACCAATGAGTCGAATTTTCTTCACGATTCCTAAGACAAACAC
* * *
42191 TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATG-TAAAAAAATTCAGCTTGAAATTAATTGTGAGATTA
1 TCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTTAAAAAAATTCAACTTGAAATTAATTATGAGATTA
* * *
42255 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAGTAAGACTTTAGAA-GGTAAGGGTGATTATAAATGGACTTTTCT
66 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTAGAATGCT-AGGGTGATTATAAATGGACTTTTCT
42319 TACCAATGA
130 TACCAATGA
42328 ATGACTTTTT
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 21, Indels: 5
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.02
171 83 0.73
172 29 0.25
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (172 bp):
TCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTTAAAAAAATTCAACTTGAAATTAATTATGAGATTA
TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTAGAATGCTAGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTT
ACCAATGAGTCGAATTTTCTTCACGATTCCTAAGACAAACAC
Found at i:43480 original size:171 final size:164
Alignment explanation
Indices: 43303--43831 Score: 464
Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 164
43293 NNNNNNNNNN
43303 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTAAAAGCTTGAGTGACTACTAATAGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTT-AAAGC-TGAGTGACTA-TAATAGACTTT
* * *
43368 TCTTGCTAGTGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTCAAGCAAACATTCAATTACAATATATTTGA
62 TCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCAT-AAGCAAACATTCAATTACAATATATTT-A
* *
43433 ATCAAAAATGTAAAAAAACTAAACTTCAAATCAATTATGAG
125 A-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAG
* * * * *
43474 ATTATAAAACCATTGAAAGTAAGTAATAAGACTTTTCAAGGCATGGGTGACTATAA-AGGGACTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-GTTTT-AAAGC-TGAGTGACTATAATA--GACTT
* * * * * * * *** * *
43538 TTCTTTCCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTTT-GTAAAGGAAGACATTCAAATATTTTTTGTTT
61 TTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCAT-AAGCAA-ACATTCAATTACAATAT-ATT
* * ** * *
43602 TAACGAAAAGTGT-AAAACATTCAACTGAAAATCAATCATGAT
123 TAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAG
* * * *
43644 ATTATAAAACTACTTAAAGTGAGTAATAAGG-CTT-AAG-TGACT-A-TA-AATAGACTTTTCTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTAAAGCTGAGTGACTATAATAGACTTTTCTT
* * * **
43703 GCCAATCGATGACTTTTGCTTCTTGTTTCATGAGACGGACATTCAATTACAATATAGTTTAACCA
66 GCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCATAAG-CAAACATTCAATTACAATATA-TTTAA-CA
* *
43768 AATATGTAAAAAAAATTCAACTTCAAATTAATTATGAG
128 AAAATGT-AAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAG
43806 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
43832 AAATGCTTTT
Statistics
Matches: 279, Mismatches: 66, Indels: 35
0.73 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
160 57 0.20
161 4 0.01
162 50 0.18
163 1 0.00
164 3 0.01
166 2 0.01
168 2 0.01
169 1 0.00
170 58 0.21
171 98 0.35
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (164 bp):
ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTAAAGCTGAGTGACTATAATAGACTTTTCTT
GCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCATAAGCAAACATTCAATTACAATATATTTAACAAAA
ATGTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAG
Done.