Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398185.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1489.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 9003
ACGTcount: A:0.32, C:0.11, G:0.10, T:0.34
Warning! 1145 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:795 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 481--939 Score: 506
Period size: 171 Copynumber: 2.7 Consensus size: 169
471 NNNNNNNNNN
* * * * * *
481 GAAATAGGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCTTGCCCTCAAA
1 GAAATATGAAGAAAAAAATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
* * * * ** * *
546 TGCCTTATTACTTGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTTAATTTTTTTGT
66 -GCCTTATTACTCGCTTTAAATG-CTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTAGAATTATTTTAT
* * *
611 GTGTTTCATTAAAACAAATAATTATTGAATGTCTGCCTCAG
129 ATGTTTCATTAAAACAAATAATTATTGAATGTCTACCTCAA
* *
652 GAAATATGAAGAAAAATATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
1 GAAATATGAAGAAAAAAATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AA
* *
717 AGCCTTGTTACTCGCATTAAATGCATTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTAGAATTATTTTAT
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGC-TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTAGAATTATTTTAT
* * * * * *
782 ATTTTTTATTAAAATAGATTATTATTGAATGTCTACCTTAA
129 ATGTTTCATTAAAACAAATAATTATTGAATGTCTACCTCAA
** * * * *
823 GAAACGTGAAGAAAAAAATATCCATTGGGAAGGAAA-CCTCATCTATAGTCACCCATGCCTTCAA
1 GAAATATGAAGAAAAAAATATCCATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATGCCTTC-A
* ** * *
887 AAGCCTTATTGCTCATTTTAAATAGCTTTATAACCTCATATTTAATTTTAAGT
64 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GCTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGT
940 TAATTNNNNN
Statistics
Matches: 242, Mismatches: 42, Indels: 8
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 236 0.98
172 5 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
GAAATATGAAGAAAAAAATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
GCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTAGAATTATTTTATAT
GTTTCATTAAAACAAATAATTATTGAATGTCTACCTCAA
Found at i:2372 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1361--4060 Score: 2555
Period size: 171 Copynumber: 15.8 Consensus size: 170
1351 NNNTAAATGA
* * * * * *
1361 TTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATGTTTTATTAAAATAAATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATAA
* * * * * * * *
1426 TTAAATGTTTACCT-TGAGAAATATAAAGAAAAAGATATCTACTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
66 TTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * *
1490 GTCACCCTTGCCTTCGAATGGCTTATTACTCACTTTAAAT-G
130 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATAT
* *
1531 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATAA
* * * * *
1596 TTGAATCTCTACCTC-GAGAAACATTAAGAAAAAGATATCCGTTGGCAAGAAAAATCTATTTATA
66 TTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * *
1660 ATCACCCATGACTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTTAATGA-
130 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAAT-AT
* * * **
1702 TTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTT-TAAAAACAGATTGTAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATAA
* *
1766 TTGAATGTCTACCTC-GAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGGCCATTTATA
66 TTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* **
1830 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
130 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TGCTTTAAATAT
* * * * ** * **
1872 CTTTATAATCTCATATTTGATTTTATGTTGAATTTGTTTATGTTTTTTTATTAAAAGAGATTTTA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTTATTAAAACAGATAATA
* * ** * * * * * *
1937 ATTGAATGTTTACCTCA-AAAATTGTGAAGAGAAAGGTATTCATTGCCAAAAAAAGCCCATTTAT
65 ATTGAATGTCTACCTCAGGAAA-CATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
** * *
2001 AGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAG
129 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATAT
* * * * * *
2044 TTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGCTGAATTGTTTTACATTTTTAATTAAAACAAATAGTAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATAA
* * * * * *
2109 CTGAATGTTTGCCT-AGGGAAACTTGAAGAAAAA-AGTCATTCATTAGCAA-AAAGAGTCCATTT
66 TTGAATGTCTACCTCA-GGAAACATGAAGAAAAAGA-T-ATCCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTT
* * * * * *
2171 ATAGTCACACAGGTCTTCAAAAGTCTTATTA-TGTACCTAAAATAT
127 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTG--CTTTAAATAT
* * * * * *
2216 TTTTAGAATCTCGTAATTGGTTTTAACTTGAATTTTTATACATTTTTTGTTAAAGA-AGATAATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAA-ACAGATAATA
* * *
2280 ATTGAATGCCTAGCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
65 ATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * *
2345 TTTACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACT-CATTTTAAATAT
130 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTGC--TTTAAATAT
* * * * * ** * * *
2387 TTTTATAGTCTTA-ATATTGATTTCAAATTAAAAATTTTTATATTTGTTATTAAAACAGATTATA
1 TTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATA
* ** * * * *** *
2451 ATTGTATGTCTA-CTTTGAGAAATATTAAAAAAAAGATATCCATTCATAAGAAAAGTTCATTTAT
65 ATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* **
2515 AGTCATCCATGCCTTCAAAAGCGC-TATTACTCGCTTTAAATGG
129 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGC-CTTATTACT-GCTTTAAATAT
* * * * * * *
2558 CTTTATAATCTCATATTTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATAA
* * ** *
2623 TTGAATGTCTACCTCTA-GAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGATAAGAAAAGTCAATTTATA
66 TTGAATGTCTACCTC-AGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
** * * * * *
2687 GTCACCCACACTTTCAAAAGCCTTTTTTCTAGCTTGAAATGT
130 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATAT
* * * *
2729 TTTTATAATTTCATAATAGATTTTAAGGTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATAA
* * * * *
2794 TTGAATGTCTGCCTC-GAGAAATGA-GAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTAT
66 TTGAATGTCTACCTCAG-GAAA-CATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * *
2857 AGTTACCCACGCCTTCAAAAGGCTTTTTACTCGCTTTAAATAC
129 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATAT
* * ** * * * * *
2900 CTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTCCAATATTTTTACCTTTTTTGTTAAAATAAATAATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATAA
* * * * * **
2965 -TGAAATGTTTGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCTAGTGGCAAGAAAAAACCATTTATA
66 TTG-AATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
3029 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAT
130 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATAT
* *
3071 TTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTGAATTTTTTTAC-TTGTTTCATTAAAATAGATAAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATT-TTTTATTAAAACAGATAAT
* * * *
3134 TATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAACGATATCCAGTGGCAAGAAAAGTCCATCTAT
64 AATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * *
3199 CGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-CATTTTAAATGT
129 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTGC--TTTAAATAT
* * *
3242 TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTT--A-TTTTTAGTTAAAATAAATAAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATAAT
* **
3304 AATTGAATGTCTAACTCTA-GAAATGTGAAGCAAAAA-ATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
64 AATTGAATGTCTACCTC-AGGAAACATGAAG-AAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * *
3367 ATATTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACT-CATTTTAATTAT
127 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTGC--TTTAAATAT
* * * * * * *
3412 TTTTACAATCTTATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATAA
* * * ** *
3477 TT-ATATGTTTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGATATTTATTGGCAATAAAAGTCCATTTATA
66 TTGA-ATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * **
3541 GTCACCCATGCCTTCGAAAGGCTTATTACTCGTTTTAAATGG
130 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATAT
* * * * *
3583 CTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATAA
** * * * *
3648 TTGAATGTGGACCTCGGGAAACTTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAG
66 TTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * *
3713 TCACCCACGCCTTCAAAAGGCTTTTTACTCACTTTAAATAT
131 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATAT
* * * ** * *
3754 TTTTATAATATCGTAATTGATTTTAAGTCT-AATTTTTTGACATTTTTGCTTAAAATAAATAATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATA
* * ** * *
3818 ATTGAATGTCTGCTTCAAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCAGTGGCAAGAAAAGTCAATTTATA
65 ATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* ** * *
3883 ATCATTCATGTCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAT
130 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATAT
* * * * * * *
3925 TTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAATTGAATTTTTTTACGTGTTTCATTAAAACTGATAATTA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATAA
* * *
3990 TTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAAAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG
66 TTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
4055 TCACCC
131 TCACCC
4061 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2085, Mismatches: 383, Indels: 123
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 11 0.01
170 438 0.21
171 1345 0.65
172 287 0.14
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATAA
TTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTGCTTTAAATAT
Found at i:4879 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4361--6029 Score: 742
Period size: 171 Copynumber: 9.8 Consensus size: 169
4351 NNNNAATGGC
* * ** * * **
4361 TTTATAATCTCATATTTGATTTTAGGTTGAATTTGTT-TATGTTTTTTTGTTAAAACAGATTTTA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTATA-CATTTTTTATTAAAACAAATAATA
* * * * * * * *
4425 ATTGAATGTTTACCTCGA-AAACTGTGAAGAGAAAGGTATTCATTGGCAAAAAAAGCCCATTTAT
64 ATTGAATGTCTAGCTCTAGAAAC-GTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* ** * * *
4489 AGTCACCCATGCCTTTGAAACCCTTATTACTCTTTTTGAATAGT
128 AGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTC--TTTAAATATT
* ** * **********
4533 TTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGCGGAATTGTTT-TACATTTTTAATTAANNNNNNNNNNAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTATACATTTTTTATTAAAACAAATAATAA
* * * * ** * *
4597 CTGAATGT-TTGC-CTAGGGAAACCTAAAGAAAAAAGCCATTCATT-ACGAA-AAGAAGTCCATT
65 TTGAATGTCTAGCTCTA--GAAACGTGAAG-AAAAAGATATCCATTGGC-AAGAA-AAGTCCATT
* *** * * * * *
4658 TATAGTCACACAGGTCTTTAAAAGCTTTATTATGTGCCTAAAATATT
125 TATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTA-CT-CTTTAAATATT
* * * ** * *
4705 TTTAGAATCTCGTAATT-AGTTTTAACTTGAATTTTTATACATTTTTGGTTAAAGCAGATAATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTATACATTTTTTATTAAAACAAATAATAA
* * *
4769 TTGAATGTCTAGCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAT
65 TTGAATGTCTAGCTCTAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
*
4834 TTACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATATT
130 TCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTC--TTTAAATATT
* * * * * * * *
4876 TTTATAGTCTTATAATTGATTTCAAATTAAAAATTTTTAT--AGTTTTTATTAAAAAAAATTATA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT--GAATTTTTATACATTTTTTATTAAAACAAATAATA
* * * ** **
4939 ATTGTATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTCACAAGAAAAGTCCATTTATA
64 ATTGAATGTCTAGCTCTAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * ********* ***
5004 GTCATCCATTCCTTCGAAAGNNNNNNNNNNTGCTTTAAATGGC
129 GTCACCCATACCTTCAAAAG-CCTTATTACT-CTTTAAATATT
* * * * * *
5047 TTTATAATCTCATATTTAATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATACATTTTTTATTAAAACAAATAATAAT
** * * *
5112 TGAATGTCT-GCCTCTAGAAACGAAAAGAAAAAGATATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAG
66 TGAATGTCTAG-CTCTAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * ** * * *
5176 TTACGCACGCCTTCAAAAGGCTTTTTACTCGCTTTAAATACT
130 TCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACT--CTTTAAATATT
* ** * * *
5218 TTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTCCAATATTTT-TACATTTTTTGTTAAAATAAATGATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTATACATTTTTTATTAAAACAAATAATAA
* * *
5282 TTGAATGT-TTGC-CTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGATATCTAGTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
65 TTGAATGTCTAGCTC-TAG-AAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* ********************
5345 AGTCACCCATGCCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAATATT
128 AGTCACCCATACCT--TCAAAAGCCTTATTACTCTTTAAATATT
* * * * ** * *
5389 TTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTGAATTTTTTTACGTGTTTAATTAAATTAGATAATTA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTATACATTTTTTATTAAAACAAATAATAA
* * * * * *
5453 TTGAATGT-TTGC-CTCAGGAAACATGAAGAAAACGAGATCCAGTGGCAAGAAAAGTCCATCTAT
65 TTGAATGTCTAGCTCT-A-GAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * *
5516 AGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCCTATTACTCATTTTAAATGTT
128 AGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTC--TTTAAATATT
* * *
5560 TTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTCATTT-T--A-TTTTTAGTTAAAATAAATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT--TTTATACATTTTTTA-TTAAAACAAATAAT
* **********
5621 AATTGAATGTCTAACTCNNNNNNNNNNAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
63 AATTGAATGTCTAGCTCTAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * ** *
5686 ATTCACCCATGCCTTTAAAAGATTTATTACTCATTTTAATTATT
128 AGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTC--TTTAAATATT
* * * * * *
5730 TTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATT-AGATTTTTTTATATTTTTTATTGAAAA-AGATTATA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTATACATTTTTTATT-AAAACAAATAATA
* * * ** ** * **********
5793 ATT-ATATGTTTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAGATATTTATTGGCAATANNNNNNNNNNTAT
64 ATTGA-ATGTCTAGCTCTAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * ***
5857 AGTCACCCATGCCTTCGAAAGGCTTATTACTTGCTTTAAATGGC
128 AGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTAC-T-CTTTAAATATT
* * * * * * *
5901 TTTATAATATCATATTTGATTTTAAGTT-AGTTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATACATTTTTTATTAAAACAAATAATAAT
** * * * * * *
5965 TGAATGTGGACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAATATATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGT
66 TGAATGTCTAGCTCTAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
6030 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1103, Mismatches: 339, Indels: 112
0.71 0.22 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 21 0.02
170 207 0.19
171 680 0.62
172 170 0.15
173 19 0.02
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATACATTTTTTATTAAAACAAATAATAAT
TGAATGTCTAGCTCTAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCTTTAAATATT
Found at i:7888 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7103--7896 Score: 592
Period size: 171 Copynumber: 4.6 Consensus size: 171
7093 NNNNNNNNNN
* * * *
7103 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATG
* * * * * * * * * *
7168 TTTTTAAAATCTTATAATTGAATTTAAATTAAATTTTTTAATATTTTTTATTAAAACAGATTATA
66 TTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATAATA
* * *
7233 ATTGTATGTCTACCTCTA-GAAATATAAAGAAAAAGATATCC
131 ATTGAATGTCTACCTC-AGGAAACATGAAGAAAAAGATATCC
* * * * * * *
7274 ATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTTATCCATGCCTCCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATG
* * * * *
7338 TACTTTATAATCTCATATTTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTACATTCTTT-ATTAAAACAGATTA
66 T-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTGATTAAAACAAATAA
* ** * * * *
7402 TTATAAAATGTCTACCTCAAGAAACGTCAAGAAAAAGATATTC
129 TAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCC
* * * * * ** ** ** *
7445 ATTAGTAAGAAAAAAT-TATTTATAATCACTTACACCTTCGGAAGCCTTTTTACT-AGCTTGAAA
1 ATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCA-CTTTAAA
* * * * *
7508 TGTTTTTAGAATCTCATAATGGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAATAAATAA
64 TGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATAA
********** * * * *
7573 TANNNNNNNNNNTGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAAATATTC
129 TAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCC
* * * ** * *
7616 ATTCGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACGCCTTCAAAAGGTTTTTTACTCGCTTTCAATG
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATG
* ********** * * *
7681 GTTTTATAATCTCATAATTGANNNNNNNNNNAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATAATA
66 TTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATAATA
* * *
7746 ATTGAATGTCTGCC-CAGGAAATATGAAGGAAAAGATATCC
131 ATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCC
* * * * ** *
7786 AGTGGCAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGGTTTTTTACTCACTTTAATTG
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATG
* * *
7851 TTTTTATAATCTAACAATGGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
66 TTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
7897 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 480, Mismatches: 134, Indels: 19
0.76 0.21 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 117 0.24
171 354 0.74
172 9 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATG
TTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATAATA
ATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCC
Found at i:8310 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8002--8841 Score: 809
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 171
7992 NNNNNTTTTT
* ** * * * **
8002 TAAAACAAATTATAATT-ATATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGACAAAGATATCCATTGGCATG
1 TAAAACAAATAATAATTGA-ATGTCTGTCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAA
* ********** * * **
8066 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCNNNNNNNNNNAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-TACATTATA
65 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTTTTACTAGCTTTAAATGT-TTTTATA
* *
8130 ATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTTAC
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTGAC
* * * * * *
8173 TAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTCTAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGA
1 TAAAACAAATAATAATTGAATGTCTGTCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAAA
* * * * *
8238 AAAGTCCATTTATAGGCACCCATACCTTCGAAAGCCTTTTTACTAGCTTGAAATGTTTTTAGAAT
66 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTTTTACTAGCTTTAAATGTTTTTATAAT
* * *
8303 CTCATAATGGATTTTAAGATGAATTTTTTTAA-ATTTTTGGC
131 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAATATTTTTGAC
* * ** *
8344 TAAAACAAATAATAATTGAATGTCTGTCTCGGGAAACGAGAAGAAAAAGATATTTATTGGCAAGA
1 TAAAACAAATAATAATTGAATGTCTGTCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAAA
* * * * *
8409 AAAGTCTA-TTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGTCTTTTTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAAT
66 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTTTTACTAGCTTTAAATGTTTTTATAAT
** **
8473 CTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTT-ATATTTTTGGT
131 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTGAC
* * * ** * * *
8513 TAAAATAAATAATAATTAAATGTCTGCCTC-AGGAAATATGAAGAAAAAGATATCTAGTGGTAAA
1 TAAAACAAATAATAATTGAATGTCTGTCTCGA-GAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAA
* * * ** * *
8577 AAAAGTCGATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGGTTTTTTACTCGCTTTAATTGTTTTTATAA
65 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTTTTACTAGCTTTAAATGTTTTTATAA
* * * * * *
8642 TCTAATAGTGGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGT
130 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTGA-C
* * *
8684 TAAAATAAATAATAATTGAATGTCTG-CATCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCAATGGTAAA
1 TAAAACAAATAATAATTGAATGTCTGTC-TCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAA
* * *
8748 AAAAGTCTATTTATAGTCA-TCTTACCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGTTTTTATA
65 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTTTTACT-AGCTTTAAATGTTTTTATA
* *
8811 ATTTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTT
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
8842 TACGTGTTTC
Statistics
Matches: 557, Mismatches: 101, Indels: 23
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 74 0.13
170 199 0.36
171 272 0.49
172 11 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TAAAACAAATAATAATTGAATGTCTGTCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAAA
AAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTTTTACTAGCTTTAAATGTTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTGAC
Found at i:8595 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8098--8915 Score: 822
Period size: 170 Copynumber: 4.8 Consensus size: 170
8088 NNNNNNNNNN
* ** *
8098 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-TACATTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTT
1 AAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGT-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAATTTTTT
*** * * * ** *
8161 AATATTTTTTACTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTCTA-GAAATGTGAAGAAAAAGATA
64 -ATATTTTTGGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTGCCTC-AGGAAATATGAAGAAAAAGATA
* * * *
8225 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGGCACCCATACCTTCGA
127 TCCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
* * * * *
8269 AAGCCTTTTTACTAGCTTGAAATGTTTTTAGAATCTCATAATGGATTTTAAGATGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAATTTTTTA
* * * * * * *
8334 AATTTTTGGCTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTGTCTCGGGAAACGA-GAAGAAAAAGATATT
65 TATTTTTGGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAA-TATGAAGAAAAAGATATC
* * *
8398 TATTGGCAAGAAAAGTCTA-TTATAGTCACCCACACCTTCAA
129 CATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
* * * *
8439 AAGTCTTTTTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTAT
1 AAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAAATTTTTTAT
* *
8504 ATTTTTGGTTAAAATAAATAATAATTAAATGTCTGCCTCAGGAAATATGAAGAAAAAGATATCTA
66 ATTTTTGGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAATATGAAGAAAAAGATATCCA
* * * * *
8569 GTGGTAAAAAAAGTCGATTTATAGTCACCCATGCTTTCAA
131 TTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
** * * * * *
8609 AAGGTTTTTTACTCGCTTTAATTGTTTTTATAATCTAATAGTGGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAATTTTTTA
* * * **
8674 CATTTTTAGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTGCATC-GAGAAACGTGAAGAAAAAGATATC
65 TATTTTTGGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTGCCTCAG-GAAATATGAAGAAAAAGATATC
* * * *
8738 CAATGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCA-TCTTACCTTCAA
129 CATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
* * * * *
8779 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTGAAATTTTTTA
** * ** ** * * * *
8844 CGTGTTTCATTAAAATTGATAATTATTAAATGTCTGCCTCTGAAAATATGAAGAAAAAGATATCC
65 TATTTTTGGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAATATGAAGAAAAAGATATCC
*
8909 GTTGGCA
130 ATTGGCA
8916 CTCCAAAAAA
Statistics
Matches: 540, Mismatches: 97, Indels: 21
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 79 0.15
170 243 0.45
171 209 0.39
172 8 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAAATTTTTTAT
ATTTTTGGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAATATGAAGAAAAAGATATCCA
TTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
Found at i:8637 original size:340 final size:340
Alignment explanation
Indices: 8098--8908 Score: 973
Period size: 340 Copynumber: 2.4 Consensus size: 340
8088 NNNNNNNNNN
* ****
8098 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTACATTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-A
* * * * * * ** *
8163 TATTTTTTACTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTCTA-GAAATGTGAAGAAAAAGATATC
65 TATTTTTCATTAAAATAAATAATAATTAAATGTCTGCCTC-AGGAAATATGAAGAAAAAGATATC
* * *
8227 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGGCACCCATACCTTCGAAAGCCTTTTTACTAGCTTGAAAT
129 CAGTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGGCACCCATACCTTCAAAAGCCTTTTTACTAGCTTGAAAT
* *
8292 GTTTTTAGAATCTCATAATGGATTTTAAGATGAATTTTTTTAAATTTTTGGCTAAAACAAATAAT
194 GTTTTTAGAATCTAATAATGGATTTTAAGATGAATTTTTTTAAATTTTTAGCTAAAACAAATAAT
* ** * *
8357 AATTGAATGTCTGTC-TCGGGAAACGAGAAGAAAAAGATATTTATTGGCAAGAAAAGTCTA-TTA
259 AATTGAATGTCTG-CATCGAGAAACGAGAAGAAAAAGATATCCAATGGCAAAAAAAGTCTATTTA
8420 TAGTCACCCACACCTTCAA
323 TAGTCA-CCACACCTTCAA
* * * * * **
8439 AAGTCTTTTTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTAT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAT
** *
8504 ATTTTTGGTTAAAATAAATAATAATTAAATGTCTGCCTCAGGAAATATGAAGAAAAAGATATCTA
66 ATTTTTCATTAAAATAAATAATAATTAAATGTCTGCCTCAGGAAATATGAAGAAAAAGATATCCA
* * * * * ** * * *
8569 GTGGTAAAAAAAGTCGATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGGTTTTTTACTCGCTTTAATTGT
131 GTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGGCACCCATACCTTCAAAAGCCTTTTTACTAGCTTGAAATGT
* * * * * *
8634 TTTTATAATCTAATAGTGGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATAATAA
196 TTTTAGAATCTAATAATGGATTTTAAGATGAATTTTTTTAAATTTTTAGCTAAAACAAATAATAA
* *
8699 TTGAATGTCTGCATCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCAATGGTAAAAAAAGTCTATTTATAG
261 TTGAATGTCTGCATCGAGAAACGAGAAGAAAAAGATATCCAATGGCAAAAAAAGTCTATTTATAG
* **
8764 TCATCTTACCTTCAA
326 TCACCACACCTTCAA
* *
8779 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTT-T
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAT
* ** * * *
8843 ACGTGTTTCATTAAAATTGATAATTATTAAATGTCTGCCTCTGAAAATATGAAGAAAAAGATATC
66 A--TTTTTCATTAAAATAAATAATAATTAAATGTCTGCCTCAGGAAATATGAAGAAAAAGATATC
8908 C
129 C
8909 GTTGGCACTC
Statistics
Matches: 395, Mismatches: 70, Indels: 10
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
339 4 0.01
340 275 0.70
341 116 0.29
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAT
ATTTTTCATTAAAATAAATAATAATTAAATGTCTGCCTCAGGAAATATGAAGAAAAAGATATCCA
GTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGGCACCCATACCTTCAAAAGCCTTTTTACTAGCTTGAAATGT
TTTTAGAATCTAATAATGGATTTTAAGATGAATTTTTTTAAATTTTTAGCTAAAACAAATAATAA
TTGAATGTCTGCATCGAGAAACGAGAAGAAAAAGATATCCAATGGCAAAAAAAGTCTATTTATAG
TCACCACACCTTCAA
Done.