Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398186.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_149.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 10382
ACGTcount: A:0.25, C:0.10, G:0.09, T:0.25
Warning! 3246 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2609 original size:171 final size:173
Alignment explanation
Indices: 2323--4409 Score: 1845
Period size: 172 Copynumber: 12.2 Consensus size: 173
2313 NNNNNNNGTT
* * * * * *
2323 CATTTTTTA-TTAAAATAGACTAGAATTGAATGTGTACCAT-GAGAAAAATGAAGAAAAAAGCAT
1 CATTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCAT
* * * * * *
2386 TCATTAGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAT
65 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * * * * *
2451 TGGTTTTGTATTAC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTA
130 TGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTA
* * *
2495 CATTTTTTAGTT-AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AACATAAAGACAAAGGTATT
1 CATTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATT
* * * *
2558 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAAT
66 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
2623 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTA
131 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTA
* * ** * * * * * *
2666 CA-TTTTTATTTAAAACATAGGAGAATTGAATGTCTACATTGAGAAATATAAAGAAAAAAGTATT
1 CATTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATT
* * * *
2730 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATACCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAAT
66 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * *
2795 AGTTTTGTAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TA
131 GGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTA
* * * * *
2836 TATTTTTTA-TTAAAATATG-CTATAATTGAATGTCTACCT-TATGAAACGTAAA-AAAATAGGG
1 CATTTTTTAGTTAAAACA-GACTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATAAAGAAAA-AGGC
* * * * * * * *
2897 ATTCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCATCTATTCCCTCAAGAGCCTTATTGCTAACTTTA
63 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * *
2962 AAT-GTTTTACAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTGTGAA
128 AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTA
* * * * * * *
3007 CATTTTTTA-CTAAAATAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAAGCATT
1 CATTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATT
* * ** * * *
3071 CATTAGCAACAAAAGTCTTTTTATAGTCACCCATTGCTTCAACAGCCTTATTAATCACTTTAAAT
66 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * * *
3136 GGTTTTATAATCTCAAAATTGGTTTTAAGTTCAATTCTTTTTTG
131 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTC-TTTGTA
* * * * * * * * * * *
3180 C-TTCTCTGGTTAAAACATATTATAATTAAACGTCTAGCTTGAGAAATATAAAGAAAAAAGCATT
1 CATTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATT
* * ** * *
3244 CATTGGCAAGAGAAGTCCATCTATAGTCACCTTTTCCTTTAAAGGCCTTATTACTCACTTTAAAT
66 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* *
3309 GTTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAATCTTTGTA
131 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTA
* * *
3352 CA-TTTTTAGTTAAAACACACTAGAATTGAATGTCT-CCTCTGAGAAATATGAAA-AAAAA-GCA
1 CATTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC-GAGAAACAT-AAAGAAAAAGGCA
* * * * *
3413 TTCATTGGCACGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGACTTACTACTCACTTTAA
64 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * * * * * *
3478 ATAGTTTTGTATTGTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTA
129 ATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTA
* * ** ** *
3522 CATTTTTT-GTTAAAACAAACTATAATCGAATGTCTATGTCGAGAAACATACCGAAAAACGCATT
1 CATTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATT
* * * * * *
3586 CGTTGACAACAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTCAATAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
66 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * *
3651 AGTTTTATAATCTCAAAATTTATTGAAATTTGAATTCTTTGTA
131 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTA
* * * * ** *
3694 CA-TTTTTGGTTAAAACAGAATATAATAT-AATGTTTATCTCGAGAAACATGGAGAAAAAGGAAT
1 CATTTTTTAGTTAAAACAGACTATAAT-TGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCAT
* * * *
3757 TCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTTTTTCTCACTTTAAA
65 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* *
3822 TGGTTTGATAATCCCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTA
130 TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTA
* * * * * * * * * *
3866 CA-TTATTGGTTAAAATAGATTCTAATTGATTGTCTAGCTCGACAAATATGAAGAAAAAGGCATT
1 CATTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATT
* * * * * * * * ** *
3930 AATTGGTAAGAAATGCCCATTTATAGTCACTCATTTCTTCAAGAGCATTATTTGTCAGTTTAAAT
66 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * *
3995 GGTTTTTTAATCTCAAAATTTATTTAAATTTGAATTCTTTGCA
131 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTA
* * * * * ** *
4038 CA-TTTTTGGTAAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCT-GAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCAT
1 CATTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCG-AGAAACATAAAGAAAAAGGCAT
* * *
4101 TCATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAG-CTGTATTAATCACTTTAA
65 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCACTTTAA
* * ** * ** *
4165 ATGGTTTTATAACCTCATAATCAATTTTAGGTAGAATGT-TTTG--
129 ATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT-TCTTTGTA
* * * ** * ** *
4208 -ATCTTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCAAGGGAAATGTGAAGAAAAAGGCAT
1 CAT-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCAT
* * * * * * *
4272 TCGTTGG-ATGGAAAAGTCTATTTACAGCCACCCAATT-CTTCAAAAGCTTTATTACTTACTTTA
65 TCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * *
4335 AATGGCTTTATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTGAACTT-TTT-TA
128 AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAA-TTCTTTGTA
** * *
4380 CA-TTTTCGGTTAAAAAAGGCTATAATTGAA
1 CATTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAA
4410 AAATTGATTT
Statistics
Matches: 1559, Mismatches: 313, Indels: 87
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 35 0.02
170 151 0.10
171 583 0.37
172 649 0.42
173 140 0.09
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (173 bp):
CATTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATT
CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTA
Found at i:6645 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6363--7430 Score: 780
Period size: 171 Copynumber: 6.2 Consensus size: 169
6353 AATAGTTCAA
* * * *
6363 CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTAAGTAATAAAGCTTTTGAAAAATTGGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAAA-TGGG
* * ** * * * *
6428 TGGCTGTAAATAGACTTTTCCAT-CCAACGAATACCATTTGCTTCACGTTTCCCATGGTAGACAT
65 TGACTATAAATAGA-TTTT-TTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCCCA-GGTAGACAT
* * * * * *
6492 TCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAAGGTCAAAAAGTTCTAT
127 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTCAAAAAATTCTAG
* *
6535 C-TAAAATTC-ATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTTGAAATAATGG
1 CTTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-AATGG
**
6598 GTGACTATAAATAGAGTTTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACAT
64 GTGACTATAAATAGA-TTTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTC-CCAGGTAGACAT
* * * *
6663 TCAATTATAATCTATTTTTACCAAAAATGTGCAAAGAATTC-AA
127 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGT-CAAAAAATTCTAG
* * * * *** * * * **
6706 ATTTAAATCAGTTTTGAGATTATAAATTTATTTAAACTGAGTAATAATGCTCTTGAGGGAATGGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA-AAAATGGG
* * * * * * ** *
6771 TGACTATAGATGGGCA-TTTCTTGCCATTGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTTGAGGTAGAGAT
65 TGACTATAAAT-AG-ATTTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTC-CCAGGTAGACAT
** * * * *
6835 TCAATTATTGTCTATTTTAACAAAAAACGTAAAAAAATTC-AA
127 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTCAAAAAATTCTAG
** ** * **
6877 CTTAAAATCAATTATG-GCATTGCAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGG
1 CTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-AAATGG
* * * * * * * *
6941 GTGAGTATAAATGGATTTTTCTTGCCGATGACTGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGATAGACAT
64 GTGACTATAAATAGATTTTT-TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTC-CCAGGTAGACAT
* * * *
7006 TCAATTCTAGTCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAGAATTC-AG
127 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTCAAAA-AATTCTAG
* * ** * ** *
7048 CTTAAAATCAATTATTACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCGTGA
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAA--AATGG
* * * ** * * * * * *
7112 GTAACTATAAATGGACTTTTTGTGCCAATGGTTGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCATACAT
64 GTGACTATAAATAGA-TTTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCC-CAGGTAGACAT
* *
7177 TCAATTAT-ATCCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATT-TAG
127 TCAATTATAAT-CTATTTTAACTAAAAATGTCAAAAAATTCTAG
* * * * * *
7219 CTTAAAAAT-AATTTTTAGATTATAAAGCCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAATTTG
1 CTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-AAATGG
* * * * *
7283 GTGGCTATAAATAGATTTTTTCTATCCAACGAATACCTTTTCCTTTC-CGTTTCCCATGGTAGAC
64 GTGACTATAAATAGATTTTTT-T-GCCAATGAATGCCTTTTTC-TTCACGTTTCCCA-GGTAGAC
* * * *
7347 ATTCAATTATAAACTTTTTTAACTAAAAAGGTCAAAAAATT-TAA
125 ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTCAAAAAATTCTAG
* *
7391 CCTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGA
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
7431 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 714, Mismatches: 150, Indels: 64
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 22 0.03
171 438 0.61
172 246 0.34
173 6 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAAATGGGT
GACTATAAATAGATTTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCCCAGGTAGACATTCAA
TTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTCAAAAAATTCTAG
Done.