Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398188.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1492.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2990
ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.10, T:0.33
Warning! 385 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1553 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--1555 Score: 1597
Period size: 171 Copynumber: 9.1 Consensus size: 170
* * * ** *
1 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTGTCTCAAAAAAC
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAAC
* * * * *
66 ATGCAAAAAAGGCATTCATTAAGAA-AAAGAGTCCATTGATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCT
66 ATGTAAAAAAAGCATTCATTGAGAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCT
130 TATTACTCGCTTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAATT-AGTT
130 TATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TT
* * ** * * *
171 TTAAGTAGAA-TTTTTTATATTTTTAATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTC--GAGAC
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAAC
* * * * * **
233 ATGTGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAACTCTATTTAGAGTCACTCACTCCTTCAAAAAA
66 ATGT-AA-AAA-AAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGG
** *
298 CTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCGTAATTGATT
128 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * ** * *
341 TTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAAGTGATTGTTTGTCTCAAAAAAG
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAAC
* * * * * *
406 AT-CAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAG-AAATTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTTAGAAGCCT
66 ATGTAAAAAAAG-CATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCT
* * *
469 TATTACCCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATT
130 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * * *
510 TTAAGTTCAATTTTTTTATATATTTTT-TTAAAATAGACTATAATTGAAAGCTTGCCTGAGGAAA
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAA
* * * * *
574 -ACTGTAGAAAAAA-CTATTCATTGAGAAGAAAAATCCATTTTTAGTTACCCATTCTTTCAAAAG
65 CA-TGTA-AAAAAAGC-ATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAG
* * * *
637 CCTTATTACTCGGTTTAAAT-GATTTTATAATCTTATAACTGATT
127 GCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * *
681 TTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTCT-TTCAAAGAGA-TAATAATTGAATGTCTAACTCGAGAA
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTTTACCTCAAGAA
* * * * * * * * * * *
744 ACGTGCAGAAAAAGCCATTGACTCAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTAACCCATTCCTTAAAAACG
64 ACATGTAAAAAAAG-CATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGG
*
809 CTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTATAACCTCATAATTGATT
128 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * ** *
851 TTAAGTTCAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACATACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGACA
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAA
* * * * *
915 CGTG-AAGAAACAAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACTCACTCCTTTAAAAAG
65 CATGTAA-AAA-AAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGG
979 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
128 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * **
1022 TTAAATTGAATTTTTTTATA-TTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACTTTGAGAAA
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAA
* * * *
1086 C--GTAAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACTCACTCCTTCAAAAA
65 CATGT-AA-AAA-AAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAG
*
1149 GCTTCTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
127 GCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
1193 TTAAGTTGAATTCTTTTATA-TTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAA
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAA
* * * * *
1257 CGTG-AAGAAAGAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGG
65 CATGTAA-AAA-AAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGG
* *
1321 CTTAATACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATT
128 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * *
1364 TTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAAC
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAAC
** *
1429 ATGTAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTTTATTTTTAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCT
66 ATGTAAAAAAAG-CATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCT
* * * *
1494 TATTACCCGCTTTTAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATT
130 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
1535 TTAAGTTGAATTTTTTTACAT
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACAT
1556 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1179, Mismatches: 170, Indels: 71
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 6 0.01
168 4 0.00
169 166 0.14
170 275 0.23
171 713 0.60
172 10 0.01
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAAC
ATGTAAAAAAAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTT
ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
Done.