Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398189.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1493.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5853
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.12, T:0.32
Warning! 601 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:501 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 246--1133 Score: 749
Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 169
236 TAATAAAAAA
* * * * *
246 TATATTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAACTCAATTATGAGATTACAAAAC
1 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TATAAAAC
* * *
311 TATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTAAGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAAT
65 TATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTGCCAAT
* * * **
376 GGATATATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATACACATTCAAT
129 GGATATCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCACACATTCAAT
* * * *******
417 TATAATCTGTCTTAATAAAAAATGTAAAAAAATGCAACTTAAAATCAATTATGAGCTNNNNNNNN
1 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT-ATAAAAC
** * * * ** *
482 NNTTTAAACTGATTAATAAGGCTTTCGACGGTATTAGTGACTATAAATTGACTTCTCTTGCCAAT
65 TATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAA-TGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * *
547 GGGTATCTTTTTCTTCACCTTTTTTGAGGCATACATTCAAT
129 GGATATCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCACACATTCAAT
* * *
588 TATAAT-TCGTTTTAATAAAAAAGGTAAAAACATTCAACTTGAAATCAATTATGAGGATATAAAA
1 TATAATCT-GTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATATAAAA
* * * *
652 CTAATTAAAGTGAGTAATAAGGCTTACGAAGGCATGGCTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
64 CTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGCCAA
* *
717 TGGATATCTTTTACTTCACATTTCTTAAGGCAGACATTCAAT
128 TGGATATCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCACACATTCAAT
* * * **
759 TATATTCTGTTTTAATAAAAAAT-AAAAAAAATTTTAACTTAAACCCAATTATGAGAT-TGCAAA
1 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAT--AAA
* ********** ** *
822 ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTNNNNNNNNNNGACTGACTATAAATGGACTTTTCCTGCCA
63 ACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGCCA
* ** * * * * *
887 ATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTT-GGGAAAAGCTTTTAAT
127 ATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCACA-CATTCAAT
* * ** * * * *
930 TTTAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTTATTTAAAGTCAATTATAAGATTATAAAAA
1 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TATAAAAC
** ** * * *
995 TATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTATTCTTGCCAAT
65 TATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGCCAAT
* * ** * * *
1060 GAATATCTTTTTCTTTAGGTTTCCTGAGGTACACATTCAAT
129 GGATATCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCACACATTCAAT
* *
1101 TATAATCTGTTTGAATAAAAAAATATAAAAAAA
1 TATAATCTGTTTTAAT-AAAAAATGTAAAAAAA
1134 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 571, Mismatches: 131, Indels: 29
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 16 0.03
171 520 0.91
172 33 0.06
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATATAAAACT
ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGACTTTTCTTGCCAATGG
ATATCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCACACATTCAAT
Found at i:696 original size:342 final size:331
Alignment explanation
Indices: 5--1133 Score: 912
Period size: 342 Copynumber: 3.3 Consensus size: 331
1 TTTT
* * * * *
5 GAAGGCATGGTTGACTATAATTGGACTTTACTTG-TCAATGAATATTTTTTTCTTCACGTTTCTC
1 GAAGGCATGGCTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGGATATATTTTTCTTCACGTTTCTC
* * * * * *
69 GAGGTAGC-CATTCAATTATATTCTATTTTACTAAAAAATGTAAAAAACTCAAATTAAAATTAAT
65 AAGGTA-CACATTCAATTATATTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATCAACTTAAAATCAAT
* * *
133 TACGAAGTTATAAAATCGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCTATGGGTGACTATATATG
129 TATG-AGTTATAAAATCGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCTATGAGTGACTATAAATG
198 GACTTCTCTTGCCAATAGATATCTTTTTCTTCATGTTTTAATAAAAAATATATTCTGTTTTAATA
193 GACTTCTCTTGCCAATAGATATCTTTTTCTTCATGTTTTAATAAAAAATATATTCTGTTTTAATA
* *
263 AAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAACTCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT
258 AAAAAGATAAAAAAACTCAACTTAAACTCAATTATGAGATTACAAAACTAATTAAAGTGAGTAAT
*
328 AAGGCTTTC
323 AAGGCTTAC
* * * * *
337 AAAGGTAAGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGGATATATTTTTCTTCACGTTTCTCA
1 GAAGGCATGGCTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATATATTTTTCTTCACGTTTCTCA
* * *
402 AGATACACATTCAATTATAATCTGTCTTAATAAAAAATGTAAAAAAATGCAACTTAAAATCAATT
66 AGGTACACATTCAATTATATTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAT-CAACTTAAAATCAATT
********** * * * * *
467 ATGAGCTNNNNNNNNNNTTTAAA-CTGATTAATAAGGCTTTCGACGGTATTAGTGACTATAAATT
130 ATGAG-TTATAAAATCGTTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGCTATGAGTGACTATAAATG
* * * * *
531 GACTTCTCTTGCCAATGGGTATCTTTTTCTTCACCTTTTTTGAGGCATACATTCAATTATAATTC
193 GACTTCTCTTGCCAATAGATATCTTTTTCTTCA--TGTTTT-A---ATA-A--AAAATAT-ATTC
* * * *
596 -GTTTTAATAAAAAAGGTAAAAACATTCAACTTGAAA-TCAATTATGAGGA-TATAAAACTAATT
248 TGTTTTAATAAAAAAGATAAAAAAACTCAACTT-AAACTCAATTATGA-GATTACAAAACTAATT
658 AAAGTGAGTAATAAGGCTTAC
311 AAAGTGAGTAATAAGGCTTAC
* * * * *
679 GAAGGCATGGCTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTACTTCACATTTCTTA
1 GAAGGCATGGCTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATATATTTTTCTTCACGTTTCTCA
* * * * **
744 AGGCAGACATTCAATTATATTCTGTTTTAATAAAAAAT-AAAAAAAATTTTAACTTAAACCCAAT
66 AGGTACACATTCAATTATATTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAA--TCAACTTAAAATCAAT
** * ********** *
808 TATGAGATTGCAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTNNNNNNNNNNGACTGACTATAAAT
129 TATGAG-TTATAAAATC-GTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCTATGAGTGACTATAAAT
* * *** * *
872 GGACTTTTCCTGCCAAT-GAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGGGAAAAGCTTTTAATTTTAAT
192 GGACTTCTCTTGCCAATAG-ATATCTTTTTCTTCATG-TT-TTAATAAAA------AA-TATATT
* * ** * * * * * *
936 CTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTTATTTAAAGTCAATTATAAGATTATAAAAATATTTA
247 CTGTTTTAATAAAAAAGATAAAAAAACTCAACTTAAACTCAATTATGAGATTACAAAACTAATTA
** **
1001 AAGCAAGTAATAAGGCTTTT
312 AAGTGAGTAATAAGGCTTAC
* * * * * * *
1021 AAAGGCATAGG-TGACTATAAATGGACTATTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTTAGGTTTC-C
1 GAAGGCAT-GGCTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATATATTTTTCTTCACGTTTCTC
* * * *
1084 TGAGGTACACATTCAATTATAATCTGTTTGAATAAAAAAATATAAAAAAA
65 -AAGGTACACATTCAATTATATTCTGTTTTAAT-AAAAAATGTAAAAAAA
1134 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 630, Mismatches: 129, Indels: 64
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
331 1 0.00
332 96 0.15
333 87 0.14
335 6 0.01
336 1 0.00
337 1 0.00
338 1 0.00
339 3 0.00
340 2 0.00
341 19 0.03
342 386 0.61
343 20 0.03
344 7 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (331 bp):
GAAGGCATGGCTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATATATTTTTCTTCACGTTTCTCA
AGGTACACATTCAATTATATTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTA
TGAGTTATAAAATCGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCTATGAGTGACTATAAATGGAC
TTCTCTTGCCAATAGATATCTTTTTCTTCATGTTTTAATAAAAAATATATTCTGTTTTAATAAAA
AAGATAAAAAAACTCAACTTAAACTCAATTATGAGATTACAAAACTAATTAAAGTGAGTAATAAG
GCTTAC
Found at i:1014 original size:513 final size:503
Alignment explanation
Indices: 6--1122 Score: 1128
Period size: 513 Copynumber: 2.2 Consensus size: 503
1 TTTTG
* * *
6 AAGGCAT-GGTTGACTAT-AATTGGACTTTACTTGTCAATGAATATTTTTTTCTTCACGTTTCTC
1 AAGGCATAGG-TGACTATAAATT-GACTTT-CTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTT
* * * *
69 GAGGTAGC-CATTCAATTAT-ATTCTATTTTACTAAAAAATGTAAAAAACTCAAATTAAAATTAA
63 GAGGTA-CACATTCAATTATAATTCTGTTTTAATAAAAAAGGTAAAAAACTCAAATTAAAATCAA
* * * *
132 TTACGAAGTTATAAAATCGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCTATGGGTGACTATATAT
127 TTACGAAGATATAAAATCGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTACGAAGCTATGGCTGACTATAAAT
* *
197 GGACTTCTCTTGCCAATAGATATCTTTTTCTTCATGTTTTAATAAAAAATATATTCTGTTTTAAT
192 GGACTTCTCTTGCCAATAGATATCTTTTACTTCATGTTTTAACAAAAAATATATTCTGTTTTAAT
* *
262 AAAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAACTCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAA
257 AAAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAACCCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
** * * *
327 TAAGGCTTTCAAAGGTAAGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGGATATATTTTTCTTC
322 TAAGGCTTTCAAAGGTAAGACTGACTATAAATGAACTTTTCCTGCCAATGAATATATTTTTCTTC
* *
392 ACGTTTCTCAAGATACACATTCAATTATAATCTGTCTTAATAAAAAATGTAAAAAAATGCAACTT
387 ACGTTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAATCTGTCTTAATAAAAAATATAAAAAAATGCAACTT
* * ********** * * *
457 AAAATCAATTATGAGCTNNNNNNNNNNTTTAAACTGATTAATAAGGCTTTCG
452 AAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTCA
* * ** * *
509 ACGGTATTA-GTGACTATAAATTGACTTCTCTTGCCAATGGGTATCTTTTTCTTCACCTTTTTTG
1 AAGGCA-TAGGTGACTATAAATTGACTT-TCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTG
* * * * *
573 AGGCATACATTCAATTATAATTC-GTTTTAATAAAAAAGGTAAAAACATTCAACTTGAAATCAAT
64 AGGTACACATTCAATTATAATTCTGTTTTAATAAAAAAGGTAAAAA-ACTCAAATTAAAATCAAT
* * *
637 TATGAGGATATAAAA-C-TAATTAAAGTGAGTAATAAGGCTTACGAAGGC-ATGGCTGACTATAA
128 TACGAAGATATAAAATCGT--TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTACGAA-GCTATGGCTGACTATAA
* * *
699 ATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTACTTCACAT-TTCTTAAGGCAGACATTCAATTATA
190 ATGGACTTCTCTTGCCAATAGATATCTTTTACTT--CATGTT-TTAA--CA-A-A---AAATATA
* * *
763 TTCTGTTTTAATAAAAAATA-AAAAAAATTTTAACTTAAACCCAATTATGAGATTGCAAAACTAT
245 TTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA-CTCAACTTAAACCCAATTATGAGATTACAAAACTAT
********** *
827 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTNNNNNNNNNNGACTGACTATAAATGGACTTTTCCTGCCAATGAA
309 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTAAGACTGACTATAAATGAACTTTTCCTGCCAATGAA
* * *** * * * *
892 TATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGGGA-AAAGCTTTTAATTTTAATCTGTTTTAATAAAAAATATA
374 TATATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAAA-CATTCAATTATAATCTGTCTTAATAAAAAATATA
*** * *
956 AAAAAATTTTATTTAAAGTCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTT
438 AAAAAATGCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAA-CTAAGTAATAAGGCTTT
*
1020 TA
502 CA
* * * *
1022 AAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTATTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTTAGGTTTCCTGA
1 AAGGCATAGGTGACTATAAATTGACT-TTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGA
*
1087 GGTACACATTCAATTATAA-TCTGTTTGAATAAAAAA
65 GGTACACATTCAATTATAATTCTGTTTTAATAAAAAA
1123 ATATAAAAAA
Statistics
Matches: 492, Mismatches: 96, Indels: 42
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
502 1 0.00
503 79 0.16
504 104 0.21
505 4 0.01
506 7 0.01
508 1 0.00
509 1 0.00
510 1 0.00
512 13 0.03
513 279 0.57
514 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (503 bp):
AAGGCATAGGTGACTATAAATTGACTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAG
GTACACATTCAATTATAATTCTGTTTTAATAAAAAAGGTAAAAAACTCAAATTAAAATCAATTAC
GAAGATATAAAATCGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTACGAAGCTATGGCTGACTATAAATGGAC
TTCTCTTGCCAATAGATATCTTTTACTTCATGTTTTAACAAAAAATATATTCTGTTTTAATAAAA
AATATAAAAAAACTCAACTTAAACCCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
GCTTTCAAAGGTAAGACTGACTATAAATGAACTTTTCCTGCCAATGAATATATTTTTCTTCACGT
TTCTCAAGATAAACATTCAATTATAATCTGTCTTAATAAAAAATATAAAAAAATGCAACTTAAAA
TCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTCA
Found at i:4536 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1764--4543 Score: 1822
Period size: 171 Copynumber: 16.3 Consensus size: 170
1754 NNNNNNNNNN
* * * *
1764 TATAATCTGTTTTAAT-AAAAATGTACAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAAT
1 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * **
1828 TATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCAAATGCATGGGTTG-CTATAAATAAACTTTT-TATGCCA
65 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGG-TGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCA
* ** * * * ** * ** * *
1891 ATCAATGGCATTTCCTACATGTTTATCGAGACAAACATTCAAC
128 ATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCTAGGTAGACATTCAAT
* * * * * * *
1934 TATTATCTGTCTTACTAAAAAATGAAAAACAAATTCAACTTAAAATTATTTAGGAGATTATAAAA
1 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * * * * *
1999 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTGAAGGTATTGCTGACTATTAGTAGACTTTTCTTTCCAA
64 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * * *
2064 TGGATATCTTTTTGTTCATGTCT-CCTGAGCTAGACATTCAAT
129 TGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCT-AGGTAGACATTCAAT
********** * * * * *
2106 TATAATCTGTNNNNNNNNNNAATGTAAAAACATTCAACTTAAAACTAATTATAAGATTACAAAAT
1 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAATC-AATTATGAGATTATAAAAC
* ** *
2171 CATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAGATATGGGTGACTTTAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
65 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * *
2236 GAATATCTTTTTCTTTATGTTTCCCTAGGTAGACTTTTAAT
130 GAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCTAGGTAGACATTCAAT
* * * *
2277 TATAATCTTTTTTAATAAAAAACGT-AAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGGTTATAAAAT
1 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * *
2341 CACTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAAT
65 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* *************************** *
2406 G--GA--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGAAT
130 GAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCTAGGTAGACATTCAAT
* * * * * * *
2443 CATAACCTGTTTTAATAAAAAATATAAACAAATACAACTTAAAGCCAATTATGAGATTACAAAAC
1 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * ********** *
2508 CATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTATCGAAGGCATGAGTGACTATAAANNNNNNNNNNTTACCAAT
65 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
** * *
2573 GAATATCTTTTTCTTTGTGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
130 GAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCTAGGTAGACATTCAAT
** * * * * * *
2614 TATGTTCTATTTTAATAGAAAATGAAAAAAAATTTAACTTAAACCGAATTATGAGATTACAAAAC
1 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAATC-AATTATGAGATTATAAAAC
* * * * ** *
2679 CATTTAAAGCGAGTAATAAAGTTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATAAACTTTTTCTTGCCGA
65 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAA
* * * * * * * *
2744 TGGACAT-TTTTT-TTTAGGTTTCTCAAAGTAGAAATTCAAT
129 TGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCTAGGTAGACATTCAAT
** * * * * *
2784 TATAGCCTGTTTTAAGAAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAACCCAATTATGAGATTACAAAA
1 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAA-TCAATTATGAGATTATAAAA
* *********
2849 CCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTC-ANNNNNNNNNNTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
64 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* * * * * * *
2913 ATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCGCAAGGAAGGCTTTTAAT
128 ATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCTAGGTAGACATTCAAT
* * * * * *
2956 TTTAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAACTCGACTTAAAGTCAATTATGAGGTTATAAAAT
1 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * *
3021 CATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCGAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAAT
65 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * *
3086 -ATATATCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTAAAT
130 GA-ATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCTAGGTAGACATTCAAT
* * * *
3127 CATAATCT-TTTTGAATAAAAAA-ATATAAAAAATTCAACTTAAACCCAATTATGAAATTATAAA
1 TATAATCTGTTTT-AATAAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTATAAA
* * * * *
3190 ACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTGTTAACC
63 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCC
* * * * *
3255 -GTGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
127 AATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCTAGGTAGACATTCAAT
* ********** * * *
3298 TATAATCTATTNNNNNNNNNNATGTAAAAACATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTACAAAAC
1 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * *
3363 CATTTAAAGCAAGTAATGAGGCTATCGAAGGC-TAGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAA
65 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * ** *
3427 TGAATAACTTTTTCTTTACATTT-CTTGAGGTA-AGCATTCAAT
129 TGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCT-AGGTAGA-CATTCAAT
* * *
3469 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAATAATTCAACTTAGAATTAATTATGAGATTATAAAAC
1 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA-AATCAATTATGAGATTATAAAAC
* ********** ** * *
3534 TATTTAANNNNNNNNNNAAAACTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGGCAAT
65 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * *
3599 GTATATCTTTTTCTTCACGTTT-CTTGAGGTAAACTTTCAAT
130 GAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCT-AGGTAGACATTCAAT
* * * * * **********
3640 TATAATCTGTTTTAA-GAAAAATATAAAAAGACTCGACTTAAAATCAATTATGAGNNNNNNNNNN
1 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * *
3704 CATTTAAACCAAATAATAAGGC-TTCTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAA
65 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * * *
3768 T-ATATATCTTTTTCTTCACGTTT-CTTGAAGTTGACATTCAAT
129 TGA-ATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCT-AGGTAGACATTCAAT
* * * * * *
3810 TATAATTTGTTTTAAT-AAAAATGTACAAAAACTCAACTTCAAATCAGTTATGAGGTTATAAAAT
1 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * ** * * *
3874 CATTTAAAGAGAGCAACAAGGCTTTTAAATGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTTGGCCA
65 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTT-GCCA
* ** ** * ** * *
3939 ATTAATGGCTTTTTCTTCATGTTTATCGAGACAAATATTCAAT
128 ATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCTAGGTAGACATTCAAT
* ** * * * * *
3982 TATTATCTG-CCTGATGGAAAAATGTAAAAAAAAATT-AAGTTAAAATCATTTATGAAATTATAA
1 TATAATCTGTTTTAAT-AAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * ** *
4045 AACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTTGCAA-GCATGGGTGACTATTAGTAAACTTTTCTTTC
62 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* **********
4109 CAATGGATATCTTTTTNNNNNNNNNNCCCTAGGTAGACATTCAAT
126 CAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCTAGGTAGACATTCAAT
* * * * * ** *
4154 TTTAATCTATTTTAATAAAAAATGTTAAAGAATTCTACTTAAAGTTGATTATGAGATTATAAAAA
1 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * *
4219 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAA-ACTGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAA
65 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * *
4283 TGAATATCTTTTTCTTCATATTTCCCAAGGTAGATATTCAAT
129 TGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCTAGGTAGACATTCAAT
* * * *
4325 TATAGTCTGTTTAAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTGTAAAAC
1 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* *
4390 CATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACT-TGAAATGGACTTTTCTTGCCAA
65 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT-AAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * *
4454 TGAATATTTTTTTCTTTATGTTTCCCTAGGTAGACTTTCAAT
129 TGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCTAGGTAGACATTCAAT
*
4496 TATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAA
1 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAA
4544 NNNNNNNNNN
Statistics
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TATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
AATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCTAGGTAGACATTCAAT
Found at i:5158 original size:171 final size:161
Alignment explanation
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4709 TCATAACCTG
* * * * * *
4719 TTTTAATAAAAAATATAAACAAATACAACTTAAAGCCACTTATGAGATTACAAAACCATTAAAAG
1 TTTTAAGAAAAAATA-AAAAAAAT-TAACTTAAAACCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAA-
* *
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63 -G------AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTC-TGCCAATGAATATCT
* * * **
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120 TTTACTTAACACTTATCAAGGTAAACATTCAATTATAGCCTA
* *
4890 TTTTAATAAAAAATAAAAAAAATTAACTTAAACCCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAANNNN
1 TTTTAAGAAAAAATAAAAAAAATTAACTTAAAACCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAA----
** * * * * * *
4955 NNNNNNAAGGTTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTGCCGATGGATGTC-TTT
62 ----AGAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTCTGCCAATGAATATCTTTT
***
5019 ATCTTAAGGTTTATCAAGGTAGAA-ATTCAATTATAGCCTA
123 A-CTTAACACTTATCAAGGTA-AACATTCAATTATAGCCTA
*
5059 TTTTAAGAAAAAATACAAAACAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAG
1 TTTTAAGAAAAAATA-AAAAAAATT-AACTTAAAACCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAG
** *
5124 NNNNNNNNNNGGCTTTCGAAGGCATGACTGACTATAAATGGA-TTTTTCTTGCCAATGAATATCT
64 --------AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTC-TGCCAATGAATATCT
* * * *
5188 TTTTCTTCACATTTCTCAAGG
120 TTTACTTAACACTTATCAAGG
5209 AAGGCTTTTA
Statistics
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0.74 0.12 0.13
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.12, T:0.31
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CTTATCAAGGTAAACATTCAATTATAGCCTA
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Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 170
4709 TCATAACCTG
* * * * *
4719 TTTTAATAAAAAATATAAACAAATACAACTTAAAGCCACTTATGAGATTACAAAACCATTAAAAG
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* * *
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65 CGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAATATCTT
* * * *
4849 TTACTTCACACTTCTGAAGGTAA-ACATTCAATTATATTCTA
130 TTTCTTCACATTTCTCAAGG-AAGACATTCAATTATAATCTA
* * ***
4890 TTTTAATAAAAAATAAAAAAAATT-AACTTAAACCCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAANNN
1 TTTTAATAAAAAATAAAAACAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGC
******* * * * * * *
4954 NNNNNNNAAGGTTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTC-TGCCGATGGATGTCTT
66 GAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA-TTTTTCTTGCCAATGAATATCTT
* * ** * * * **
5018 TATCTTAAGGTTTATCAAGGTAGAAATTCAATTATAGCCTA
130 TTTCTTCACATTTCTCAAGGAAGACATTCAATTATAATCTA
*
5059 TTTTAAGAAAAAATACAAAACAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAG
1 TTTTAATAAAAAATA-AAAACAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAG
********** *
5124 NNNNNNNNNNGGCTTTCGAAGGCATGACTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAATATCTT
65 CGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAATATCTT
* * * * *
5189 TTTCTTCACATTTCTCAAGGAAGGCTTTTAATTTTAATCTG
130 TTTCTTCACATTTCTCAAGGAAGACATTCAATTATAATCTA
* * * ** * ** * *
5230 TTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAACTCGACTTAAAGTCAATTTTGAGGCTATAAAATCATTTAAA
1 TTTTAATAAAAAA--TAAAAACAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAA
********** * * * * *
5295 GC-AAGTAATAANNNNNNNNNNGGTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTTCCAAT-AGATAT
64 GCGAA-TAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGA-ATAT
** * * *
5358 CTTTTTCTTCATGTTTACT-AAGG-TGAACATTAAATTATAATCTG
127 CTTTTTCTTCACATTT-CTCAAGGAAG-ACATTCAATTATAATCTA
* * * * *
5402 TTTGAATAAAAAAATATTAAAA-AATTCAACTTAAACCCAATTATCAAATTATAAAACCATTTAA
1 TTTTAAT-AAAAAATA--AAAACAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAA
* * * * **
5466 AGC-AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTA-G-GTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCCGTGAATAT
63 AGCGAA-TAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAATAT
* * ****
5528 CTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAANNNN
127 CTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGAAGACATTCAATTATAATCTA
****** * *
5572 NNNNNNTAAAAAATGTAAAAAC-ATTCAACTTAAAACGAATTATGAGATTACAAAACCATTAAAA
1 TTTTAATAAAAAA--TAAAAACAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAA
* * * * ** * *
5636 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAGGGGTGACTATAAATGGGCTTTTGTTGCCAATGAATAACT
64 GCGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAATATCT
* ** *
5701 TTTTCTTTACATTTCTTGAGGTAA-TCATTCAATTATAATCTA
129 TTTTCTTCACATTTCTCAAGG-AAGACATTCAATTATAATCTA
* * * * * *
5743 TTTTAATAAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAGAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAG
1 TTTTAATAAAAAAT-AAAAACAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAG
* * * *
5808 CGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
65 CGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
5850 CTTT
Statistics
Matches: 744, Mismatches: 190, Indels: 52
0.75 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 188 0.25
170 87 0.12
171 294 0.40
172 160 0.22
173 14 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (170 bp):
TTTTAATAAAAAATAAAAACAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGC
GAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAATATCTTT
TTCTTCACATTTCTCAAGGAAGACATTCAATTATAATCTA
Done.