Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398191.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1495.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11873
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.12, T:0.31
Warning! 1526 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:729 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 428--757 Score: 314
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
418 NNNNNNNNNN
*
428 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTTAAAAAATGAGTGG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTTAAAAAATGAAT-G
* * * * *
493 CTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGCCTTTTTCTTTATGTTTATCGAGGTAGACATTCAA
65 ATATAAATGGACTTTTCTTCTCAATAAATGCCTTTTTCTTTATATTTATCGAGGTAGAAATTCAA
*
558 TTATAATATGTTTTAATGAAAAAT-ATAAATA
130 TTATAATATATTTTAATGAAAAATGATAAATA
*
589 AANNNNNNNNNNAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTTTATAAAACGAGTAATAAGGC-TTTTAA
1 AA----------AATCAATTATGAGATTATAAAACCATT-TAAAACGAGTAATAAGGCTTTTTAA
* * * *
652 AGGAATGACAT-ATAATAAATGGACTCTTT-TTCTCAATGAATGGCTTTTT-TTATATATTTGTC
55 A-AAATGA-ATGAT-ATAAATGGACT-TTTCTTCTCAATAAATGCCTTTTTCTT-TATATTTATC
* * *
714 GAGGCTA-AAATTCAATTATAGTCTATTTTATTGAAAAATGATAA
115 GAGG-TAGAAATTCAATTATAATATATTTTAATGAAAAATGATAA
758 GCAATTTTAC
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 15, Indels: 25
0.77 0.09 0.14
Matches are distributed among these distances:
161 2 0.01
170 13 0.10
171 111 0.82
172 10 0.07
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (161 bp):
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTTAAAAAATGAATGA
TATAAATGGACTTTTCTTCTCAATAAATGCCTTTTTCTTTATATTTATCGAGGTAGAAATTCAAT
TATAATATATTTTAATGAAAAATGATAAATA
Found at i:1880 original size:172 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1432--2775 Score: 1009
Period size: 171 Copynumber: 8.0 Consensus size: 168
1422 NNNNNNNNNN
* *
1432 CATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAATATGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * ***** *
1497 TATAAAA-CTTTATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGTAGGAATCACACACAATAAATGGACTATT
65 TATAAAACCATT-TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT-TT
* ** * *
1561 CTT--CCAAATGAATGGCTTTTTCAACATGTTTATCGAGGCTAA
128 -TTAGCC-AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAG-TAA
* ** * * * *
1603 TATTCAATTATGGTATATTTTACTGAAAAATGGT-AAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 CATTCAATTATAATATGTTTTAAT-AAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
** * * *
1667 TTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTAGATATGGACTTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
1732 ATAGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAGA
129 -TAGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTA-A
* * *
1774 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAAGCAATTTTGAGA
1 CATTCAATTATAATATGTTTTAA-TAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
1839 TTTTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATGGACTTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTT
* * * *
1904 CTTA-CCCATGAATGCCTTTTTTCTTCATATTTCTCAAAGCAA
128 -TTAGCCAATGAATGCC-TTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAA
* * * **
1946 GCATTAAATTATAAGT-TGTTCTAA-AGAAAAGGTAAAAAAA-AAAACTTAAAATCAATTATGAG
1 -CATTCAATTATAA-TATGTTTTAATA-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
2008 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAGTGGACTTT
63 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * *
2073 TTGTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGTAGA
128 TT-AGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTA-A
* * * * *
2116 CATTC----A-AATA-----CAAT----CTGT--AAACATTCGACTTAAAATCAATTATAAGATT
1 CATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* ** * * *
2165 ATAAAATCATTTAAAAAGAGTAATAAGCCTTTTTAAGGAATGGGT--CGTACTAAATAGACTTTT
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC-TA-TAAATGGAC---T
* * ** * *
2228 TTTTTGCCAATAAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAA
126 TTTTAGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAA
* * *
2271 GCATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAACAAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGA
1 -CATTCAATTATAATATGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
2336 TTA-CAAAGCTTTATAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GATAGACAATAAATGGACTC
64 TTATAAAACCATT-TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT-GACTATAAATGGACTT
* * * * * *
2399 TTTATCTCAATGAATGGC-TTTTCTAT-ACGTTCACCTTG--GTTCA
127 TTTAGC-CAATGAATGCCTTTTTCT-TCATGTT--TCTCGAAG-TAA
* * * * * * *
2442 CATTCAATTATACTCTATTTTACTGAAAAATG-ATAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGA
1 CATTCAATTATAATATGTTTTAAT-AAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
2506 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * *
2571 CATA-CTAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCT-TAAGCTAGA
129 --TAGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAG-TA-A
* * * * * * * *
2613 TATTCAAGTATAATTTG-TTTACACCAAAAATTTAAAAACATTCGACTTAAAATCAATTATAAGA
1 CATTCAATTATAATATGTTTTA-A-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
2677 TTATAAAACTATTTAGAA-CGAGTAATAAGACTTTTTACA-TAATGGGTGGCTTTAAATGGACTT
64 TTATAAAACCATTTA-AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * *
2740 TTTGTGGCAATGAATGCCTTTTTCATCACGTTTCTC
127 TTT-AGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTC
2776 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 930, Mismatches: 171, Indels: 143
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
152 1 0.00
153 6 0.01
154 67 0.07
155 3 0.00
156 36 0.04
157 5 0.01
159 2 0.00
160 1 0.00
161 4 0.00
163 1 0.00
164 2 0.00
165 1 0.00
166 2 0.00
168 2 0.00
169 32 0.03
170 222 0.24
171 311 0.33
172 123 0.13
173 105 0.11
174 3 0.00
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
CATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTA
GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAA
Found at i:2411 original size:327 final size:324
Alignment explanation
Indices: 1814--2420 Score: 713
Period size: 327 Copynumber: 1.9 Consensus size: 324
1804 TGTAAAAAAA
* * * **
1814 ATTCAACTTAAAAGCAATTTTGAGATTTTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGG
1 ATTCAACTTAAAAGCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGACTTTTGAAGG
* * * * * *
1879 AATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTACCCATGAATGCCTTTTTTCTTCATATTTCTCAAAGC
66 AATGGGTCGCTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATACCTTTTTTCTTCACATTTCTCAAAGC
*
1944 AAGCATTAAATTATAAGTTGTTCTAAAGAAAAGGTAAAAAAAAAAACTTAAAATCAATTATGAGA
131 AAGCATTAAATTATAAGTTGTTCTAAAGAAAAGGTAAAAAAAAAAACTGAAAATCAATTATGAGA
* * * *
2009 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAGTGGACTTTT
196 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGATGACAATAAATGGACTCTT
* *
2074 TGTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGTAGACATTCAAATACAATCTGTAAAC
261 TATCTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGTAGACATTCAAATACAATCTGTAAAC
* * * * *
2138 ATTCGACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAAAGAGTAATAAGCCTTTTTAAGG
1 ATTCAACTTAAAAGCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGACTTTTGAAGG
* * * * *
2203 AATGGGTCG-TACTAAATAGACTTTTTTTTTGCCAATAAATATC-TTTTTCTTCACGTTTCTCGA
66 AATGGGTCGCTA-TAAATAGAC--TTTTCTTACCAATAAATACCTTTTTTCTTCACATTTCTCAA
* * * * * ***
2266 GGTAAGCATTCAATTATAA-TATGTTTTAACCA-AAAATGTAAACAAATTCAACTGAAAATCAAT
128 AGCAAGCATTAAATTATAAGT-TGTTCTAA--AGAAAAGGTAAA-AAAAAAAACTGAAAATCAAT
* * * * *
2329 TATGAGATTA-CAAAGCTTTATAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GATAGACAATAAA
189 TATGAGATTATAAAACCATT-TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGAT-GACAATAAA
*
2392 TGGACTCTTTATCTCAATGAATGGCTTTT
252 TGGACTCTTTATCTCAATGAATGCCTTTT
2421 CTATACGTTC
Statistics
Matches: 232, Mismatches: 42, Indels: 15
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
323 2 0.01
324 72 0.31
325 40 0.17
326 31 0.13
327 87 0.38
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (324 bp):
ATTCAACTTAAAAGCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGACTTTTGAAGG
AATGGGTCGCTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATACCTTTTTTCTTCACATTTCTCAAAGC
AAGCATTAAATTATAAGTTGTTCTAAAGAAAAGGTAAAAAAAAAAACTGAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGATGACAATAAATGGACTCTT
TATCTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGTAGACATTCAAATACAATCTGTAAAC
Found at i:5166 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4201--6913 Score: 2084
Period size: 171 Copynumber: 15.9 Consensus size: 169
4191 TACAATCTGT
** **
4201 AAACATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TAATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTT
1 AAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * * * **
4265 TAAGGAATGGGTCG-C-ACTAAATTGATTTTTTTTTGCCAATAAATATCTTTTTCTTCACGTTTC
65 GAAGGAATGGGT-GACTA-TAAATGGA-CTTTTTTAGACAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTC
* * * * *
4328 TTGAGGTA-AGCATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTCAA
127 TTAAGGTAGA-CATTCAAGTATAATCTG-TTTAA-CAAAAAT-TTAA
* * *
4374 CAA-ATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACT-TTATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
1 AAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT-TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * *** * ** * *
4437 AAAGAAATGACAGA-TAACAAATGGACTCTTTTT-CTCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTAC
65 GAAGGAATGGGTGACT-ATAAATGGACT-TTTTTAGACAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTT--
* * * * * * * *
4500 CTT--GGTTA-ACATTCAATTGTAGTCTATTTTAGAAAAA-TGAT
126 CTTAAGG-TAGACATTCAAGTATAATCTGTTTAACAAAAATTTAA
* * * *
4541 AAACAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
1 AAAC-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * * * * *
4606 GAAAGAATTGGTGACTCTAAATGGACTTTTATT-GCCAATGACTACTTTTTTCTTCATGTTTCTC
65 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTAGACAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCT-
* * *
4670 TGA-GTAGACATAT-AAATATAATCTGTTTTAAACAAAAATGTACAA
128 TAAGGTAGACAT-TCAAGTATAATCTG-TTT-AACAAAAAT-T-TAA
* * * * * *
4715 AAAAATT-AATTTAAAAGCAATTCTGAGATTATAAAACTATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTG
1 AAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* ** ** *
4779 AAGGAATGGGT-AGCTATAAATGGACTTTTCTT-GCCCGTGAATGCCTTTTTCTTCATTTTTCTC
66 AAGGAATGGGTGA-CTATAAATGGACTTTT-TTAGACAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTT
* * * ** *
4842 GAGGTACACATTCAATTATAGCCTGTTTTAA-AGAAAATGTAAAA
129 AAGGTAGACATTCAAGTATAATCTG-TTTAACA-AAAAT-T-TAA
* *** *
4886 AAAAAAAGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTT
1 AAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * * *
4950 GGAGGAATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCATACTACTGAATGCCTTCTTT-TTCATGTTTCT
65 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTAGAC-AATGAATGCCTT-TTTCTTCACGTTTCT
* *
5013 TAAAGTAGACATTCAAGTATAATCTATTTACACCAAAAATTTAA
128 TAAGGTAGACATTCAAGTATAATCTGTTTA-A-CAAAAATTTAA
* * * * * *
5057 AAACATTCGACTTAAAATCAATTATAAGGTTATAAAACTATTTAAAACGAATAATAAGGCTTTTT
1 AAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * * * *
5122 ACA-GAATGGGTGGCTCTAAATGAACTTTTTGAGGCAACGAATGCCTTTTTCATCACGTTTCTTG
66 A-AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTAGACAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTA
* *
5186 AGATAGACATTTAAGTATAATCTGTTTACACAAAAAATTTAA
130 AGGTAGACATTCAAGTATAATCTGTTTA-AC-AAAAATTTAA
* * *
5228 AATA-ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA-AAAAATCATTTAAAGCGATTAATAAGGCTTT
1 AA-ACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * *
5291 TAAAGGGATAGGTGAATAGAAATGGACTTTTTCTA-ATAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCT
64 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTT-TAGACAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCT
* * * * * *
5355 CAAGGTAGACATTAAATTATAATCTCTTTTAAGTAAAAATGTAA
128 TAAGGTAGACATTCAAGTATAATCT-GTTTAA-CAAAAATTTAA
* * *
5399 AAACAATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTATT
1 AAAC-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * * * *
5464 GAAGGAATGGGTGGCTATAAATAGATTTTTTTA-ACCATGAATACCTTTCTT-TTCACATTTCTC
65 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTAGACAATGAATGCCTTT-TTCTTCACGTTTCTT
* * * * ** **
5527 GAGGTAGATATTTAATTATAGCCTGTTTTAA-AGAAAATAGAA
129 AAGGTAGACATTCAAGTATAATCTG-TTTAACA-AAAATTTAA
* * * * *
5569 AAAAAATGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTG
1 AAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * *
5634 AAGGGAA-GGGCGACTATAAATGGACTTCTCTT-G-CAAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCT
66 AA-GGAATGGGTGACTATAAATGGACTT-TTTTAGAC-AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCT
* * * * * *
5696 CAAGGTAGGCATTCAACTATAAGCTGTTTAAAAGAAAATGTAAAA
128 TAAGGTAGACATTCAAGTATAATCTGTTTAACA-AAAAT-T-TAA
* * * *
5741 AAAAATT-AACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
1 AAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * *
5805 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCATGTCAATGAATGTCTTTTTGTTCACGTTTCCTA
66 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTA-GACAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTA
5869 AGGTAGACATTCAAGTATAATCTGTTTACACCAAAAATTTAA
130 AGGTAGACATTCAAGTATAATCTGTTTA-A-CAAAAATTTAA
* ** * * * * * *
5911 AAACTTTTGACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAAGAAGGTTTTTT
1 AAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * * **
5976 ACGGAATGGGTGGCTCTAAATGGA-TTTTTTATGGCAATGAATGCCTTTTTCATCATGTTTCTCG
66 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTA-GACAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTA
6040 AGGTAGACATTCAAGTATAATCTGTTTACACCAAAAATTTAA
130 AGGTAGACATTCAAGTATAATCTGTTTA-A-CAAAAATTTAA
* * * *
6082 AATA-ATTCAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
1 AA-ACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * ** * * *
6146 AAAGGGATTAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-ATAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTT
65 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTAGACAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTT
* * * * *
6210 GAGGTAGACATTAAATTATAATCTGTTTTAACTACAAATGTAA
129 AAGGTAGACATTCAAGTATAATCTG-TTTAAC-AAAAATTTAA
* * * *
6253 AAACAATTCGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGACTATT
1 AAAC-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * * *
6318 AAAGGAATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTA-CCCATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTT
65 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTAGACAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTT
* * * ** * *
6382 GAGGAAGACATTCAATTATAGCCTATTTTAA-AGAAAATGTAA
129 AAGGTAGACATTCAAGTATAATCT-GTTTAACA-AAAATTTAA
*
6424 AAACAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
1 AAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * * *
6489 AAGGGAA-GGGTGACTATAAATGGTCTTCTCTT-GCCAATGAATGTCTTTGTCTTCATGTTTTTT
66 AA-GGAATGGGTGACTATAAATGGACTT-TTTTAGACAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTT
* * * * * *
6552 GAGGAAAATATTCAATTATAAGT-TGTTTTAA-AGAAGATATTAA
129 AAGGTAGACATTCAAGTATAA-TCTG-TTTAACA-AAAAT-TTAA
* * * * *
6595 AAA-AATCAACTTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTG
1 AAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* ** * * * * *
6659 AAGGATTGGGTGACTATAAAAAGAC-TTTTCATGTCAATGGATGTCTTTTTCTTCACATATTC-T
66 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTA-GACAATGAATGCCTTTTTCTTCACGT-TTCTT
* * *
6722 AAGGCAGACATTCAAGTATAATCTATTTACAGAAAAAATTTAA
129 AAGGTAGACATTCAAGTATAATCTGTTTA-A-CAAAAATTTAA
* * * * * * *
6765 AAACTTTCGACTCAAAATCAATTATAAGATTATATAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTT
1 AAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * * * * * *
6830 ACGAAATGTGT-AGCTCTAAATAGAC-TTTTCATGGCAATGAATGCCTTTTTCATCATGTTTCTC
66 AAGGAATGGGTGA-CTATAAATGGACTTTTTTA-GACAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTT
*
6893 AAGATAGACATTCAAGTATAA
129 AAGGTAGACATTCAAGTATAA
6914 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2068, Mismatches: 376, Indels: 194
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 6 0.00
168 8 0.00
169 199 0.10
170 358 0.17
171 918 0.44
172 545 0.26
173 29 0.01
174 5 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTAGACAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAA
GGTAGACATTCAAGTATAATCTGTTTAACAAAAATTTAA
Found at i:5989 original size:854 final size:852
Alignment explanation
Indices: 3932--6913 Score: 3417
Period size: 854 Copynumber: 3.5 Consensus size: 852
3922 NNNNNNNNNN
* * * *
3932 TAAGACTTTTGAA-GGAATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCC-ATGAATGCTTTTTTTCT
1 TAAGGCTTTTGAAGGGAA-GGG-GACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATG-TCTTTTTCT
** * ** * *
3995 TCACATTTCTTGAGACAAGCATTCAATTATAAGCTGTTTTAAAGAAAATGT-AAAAACAAT-AAC
63 TCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAAGCTGTTTTAAAGAAAATGTAAAAAAAAATCAAC
* ********** * *
4058 TTAAAATCAATTATGAGATTATAANNNNNNNNNNAGCGAGTAATACGGCTTTTGAAAGAATGGGT
128 TTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * ** * * **
4123 GACCATAAGTGGACTTTTTGTATCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTT-CTTGGAGTAGACATT
193 GACTATAAATGGACTTTTCATGTCAATGAATGTCTTTTT-TTCACGTTTCCTAAG-GTAGACATT
* * * *
4187 CAAG--T-A-C-----A-ATC-----TGT--AAACATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
256 CAAGTATAATCTATTTACACCAAAAATTTAAAAACATTCGACTTAAAATCAATTATAAGATTATA
* * * * * *
4235 AAA-TAATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGAATGGGTCGCACTAAATTG-ATTTTTTTT
321 AAACT-ATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTTACGGAATGGGTGGCTCTAAA-TGAACTTTTTTA
* * ** * * * * *
4298 TGCCAATAAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTA-AGCATTCAATTATAATATGTTTTA-A
384 TGGCAATGAATGCCTTTTTCATCACGTTTCTCGAGATAGA-CATTCAAGTATAATCTG-TTTACA
* * * * * *
4361 TAAAAAATGTCAACA-AATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACTTTATAAAGCGAGT
447 CAAAAAAT-TTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAAAAAACATT-TAAAGCGAGT
** ** *
4425 AATAAGGCTTTTAAAGAAAT-GACAGATAACAAATGGACTCTTTTTCT--CAATGAATGGCTTTT
510 AATAAGGCTTTTAAAGGGATAGTGA-AT-ACAAATGGA--CTTTTTCTAATAATGAAT-GCTTTT
* * ** * * * *
4487 TCTACACGTTTAC-CTTGGTTA-ACATTCAATTGTAGTCTATTTT-AG-AAAAATG-ATAAACAA
570 TCTTCACATTT-CTCAAGG-TAGACATTAAATTATAATCTATTTTAAGTAAAAATGTAAAAACAA
* * * *
4547 TT-TAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTCGAAA
633 TTCT-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTATT-GAAG
* * * * * *
4610 GAATTGGTGACTCTAAATGGACTTTTATT-GCCAATGACTACTTTTTTCTTCATGTTTCTCTGA-
696 GAATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTATTAACC-ATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTC-GAG
* * ** * * * *
4673 GTAGACATATAAATATAATCTGTTTTAAACAAAA-ATGTACAAAAAAATTAATTTAAAAGCAATT
759 GTAGACATTTAATTATAGCCTGTTTTAAAGAAAATA-GTA-AAAAAAATCAACTTAAAATCAATT
* * *
4737 CTGAGATTATAAAACTATTTAATGTGAGTAA
822 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
* * ** *
4768 TAAGGCTTTTGAA-GGAATGGGTAGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCCGTGAATGCCTTTTTCTT
1 TAAGGCTTTTGAAGGGAA-GGGGA-CTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTT
* * **
4832 CATTTTTCTCGAGGTACACATTCAATTAT-AGCCTGTTTTAAAGAAAATGTAAAAAAAAAAAGAA
64 CATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAAG-CTGTTTTAAAGAAAATGT-AAAAAAAAATCAA
* * * * *
4896 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGGAGGAATGAG
127 CTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * * * *
4961 TGACTATAAATGGACTTTTCAT-ACTACTGAATGCCTTCTTTTTCATGTTTCTTAAAGTAGACAT
192 TGACTATAAATGGACTTTTCATGTC-AATGAATGTCTT-TTTTTCACGTTTCCTAAGGTAGACAT
*
5025 TCAAGTATAATCTATTTACACCAAAAATTTAAAAACATTCGACTTAAAATCAATTATAAGGTTAT
255 TCAAGTATAATCTATTTACACCAAAAATTTAAAAACATTCGACTTAAAATCAATTATAAGATTAT
* * *
5090 AAAACTATTTAAAACGAATAATAAGGCTTTTTACAGAATGGGTGGCTCTAAATGAACTTTTTGA-
320 AAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTTACGGAATGGGTGGCTCTAAATGAACTTTTTTAT
* * *
5154 GGCAACGAATGCCTTTTTCATCACGTTTCTTGAGATAGACATTTAAGTATAATCTGTTTACACAA
385 GGCAATGAATGCCTTTTTCATCACGTTTCTCGAGATAGACATTCAAGTATAATCTGTTTACACAA
*
5219 AAAATTTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAAAAAATCATTTAAAGCGATTAATA
450 AAAATTTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAAAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATA
*
5284 AGGCTTTTAAAGGGATAGGTGAATAGAAATGGACTTTTTCTAATAATGAATGCTTTTTTCTTCAC
514 AGGCTTTTAAAGGGATA-GTGAATACAAATGGACTTTTTCTAATAATGAATGC-TTTTTCTTCAC
*
5349 ATTTCTCAAGGTAGACATTAAATTATAATCTCTTTTAAGTAAAAATGTAAAAACAATTCTACTTA
577 ATTTCTCAAGGTAGACATTAAATTATAATCTATTTTAAGTAAAAATGTAAAAACAATTCTACTTA
5414 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTATTGAAGGAATGGGTGGC
642 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTATTGAAGGAATGGGTGGC
* * ** *
5479 TATAAATAGA-TTTTTTTAACCATGAATACCTTTCTT-TTCACATTTCTCGAGGTAGATATTTAA
707 TATAAATGGACTTTTATTAACCATGAATACCTTT-TTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTTAA
*
5542 TTATAGCCTGTTTTAAAGAAAATAG-AAAAAAAATGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
771 TTATAGCCTGTTTTAAAGAAAATAGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* *
5606 CCATTTAAAGCAAGTAA
836 CTATTTAAAGCGAGTAA
*
5623 TAAGGCTTTTGAAGGGAAGGGCGACTATAAATGGACTTCTCTTGCAAATGAATGTCTTTTTCTTC
1 TAAGGCTTTTGAAGGGAAGGG-GACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTC
* ** * * *
5688 ATGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAACTATAAGCTGTTTAAAAGAAAATGTAAAAAAAAATTAACTT
65 ATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAAGCTGTTTTAAAGAAAATGTAAAAAAAAATCAACTT
*
5753 AAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
130 AAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
5818 CTATAAATGGACTTTTCATGTCAATGAATGTCTTTTTGTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAA
195 CTATAAATGGACTTTTCATGTCAATGAATGTCTTTTT-TTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAA
* * *
5883 GTATAATCTGTTTACACCAAAAATTTAAAAACTTTTGACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAA
259 GTATAATCTATTTACACCAAAAATTTAAAAACATTCGACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAA
* * * *
5948 CCATTTAAAACGAGTAAGAAGGTTTTTTACGGAATGGGTGGCTCTAAATGGA-TTTTTTATGGCA
324 CTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTTACGGAATGGGTGGCTCTAAATGAACTTTTTTATGGCA
* * *
6012 ATGAATGCCTTTTTCATCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAAGTATAATCTGTTTACACCAAAAA
389 ATGAATGCCTTTTTCATCACGTTTCTCGAGATAGACATTCAAGTATAATCTGTTTACACAAAAAA
* * *
6077 TTTAAAATAATTCAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
454 TTTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA-AAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * *
6142 TTTTAAAGGGATTAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTAATAATGAATACCTTTTTCTTCACATT
518 TTTTAAAGGGA-TAGTGAATACAAATGGACTTTTTC-TAATAATGAAT-GCTTTTTCTTCACATT
** * * * *
6206 TCTTGAGGTAGACATTAAATTATAATCTGTTTTAACTACAAATGTAAAAACAATTCGACTTAAAA
580 TCTCAAGGTAGACATTAAATTATAATCTATTTTAAGTAAAAATGTAAAAACAATTCTACTTAAAA
* *
6271 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGACTATTAAAGGAATGGGTGGCTAT
645 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTATTGAAGGAATGGGTGGCTAT
* * * * *
6336 AAATGGACTTTTCTTACCCATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGAAGACATTCAATTAT
710 AAATGGACTTTTATTAACCATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTTAATTAT
* *
6401 AGCCTATTTTAAAGAAAAT-GTAAAAACAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
775 AGCCTGTTTTAAAGAAAATAGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
6465 TTAAAGCGAGTAA
840 TTAAAGCGAGTAA
* *
6478 TAAGGCTTTTGAAGGGAAGGGTGACTATAAATGGTCTTCTCTTGCCAATGAATGTCTTTGTCTTC
1 TAAGGCTTTTGAAGGGAAGGG-GACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTC
* * * * * * * *
6543 ATGTTTTTTGAGGAAAATATTCAATTATAAGTTGTTTTAAAGAAGATAT-TAAAAAAATCAACTT
65 ATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAAGCTGTTTTAAAGAAAATGTAAAAAAAAATCAACTT
* * *
6607 AAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGATTGGGTGA
130 AAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
** * * *
6672 CTATAAAAAGACTTTTCATGTCAATGGATGTCTTTTTCTTCACATATT-CTAAGGCAGACATTCA
195 CTATAAATGGACTTTTCATGTCAATGAATGTCTTTTT-TTCACGT-TTCCTAAGGTAGACATTCA
** * * *
6736 AGTATAATCTATTTACAGAAAAAATTTAAAAACTTTCGACTCAAAATCAATTATAAGATTATATA
258 AGTATAATCTATTTACACCAAAAATTTAAAAACATTCGACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAA
* * * *
6801 ACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTTACGAAATGTGTAGCTCTAAAT-AGAC-TTTTCATGG
323 ACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTTACGGAATGGGTGGCTCTAAATGA-ACTTTTTTATGG
* *
6864 CAATGAATGCCTTTTTCATCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAAGTATAA
387 CAATGAATGCCTTTTTCATCACGTTTCTCGAGATAGACATTCAAGTATAA
6914 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1851, Mismatches: 231, Indels: 110
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
835 2 0.00
836 90 0.05
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841 1 0.00
842 1 0.00
843 1 0.00
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858 83 0.04
859 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (852 bp):
TAAGGCTTTTGAAGGGAAGGGGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCA
TGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAAGCTGTTTTAAAGAAAATGTAAAAAAAAATCAACTTA
AAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
TATAAATGGACTTTTCATGTCAATGAATGTCTTTTTTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAGT
ATAATCTATTTACACCAAAAATTTAAAAACATTCGACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACT
ATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTTACGGAATGGGTGGCTCTAAATGAACTTTTTTATGGCAAT
GAATGCCTTTTTCATCACGTTTCTCGAGATAGACATTCAAGTATAATCTGTTTACACAAAAAATT
TAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
TAAAGGGATAGTGAATACAAATGGACTTTTTCTAATAATGAATGCTTTTTCTTCACATTTCTCAA
GGTAGACATTAAATTATAATCTATTTTAAGTAAAAATGTAAAAACAATTCTACTTAAAATCAATT
ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTATTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATGG
ACTTTTATTAACCATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTTAATTATAGCCTG
TTTTAAAGAAAATAGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
CGAGTAA
Found at i:6871 original size:683 final size:683
Alignment explanation
Indices: 4210--6904 Score: 2498
Period size: 683 Copynumber: 3.9 Consensus size: 683
4200 TAAACATTTG
** *
4210 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGAATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGG
* * * * * * * *
4275 GTCG-C-ACTAAATTGATTTTTTTTTGCCAATAAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAG
66 GT-GACTA-TAAATGGA-CTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGG-AAG
* * * * * * * * *
4338 -CATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTCAACAA-ATTCAACTGAAAATCAATTATGAG
127 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACAGAAAATGTAAAAAACAATCAACTTAAAATCAATTATAAG
* * * *** *
4401 ATTAAAAAACT-TTATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGACAGA-TAACAAATGGAC-
192 ATTATAAAACTATT-TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT-ATAAATGGACT
* * * * ** * * * *
4463 TCTTTTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTACCTT--GGTTAACATTCAATTGTAGTCTA
255 TCTCTTGC-CAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTT--CTTGAGGAAAACATTCAAGTATAATCTG
* * * * * * *
4526 TTT-TAGAAAAATGATAAACAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
317 TTTACACAAAAAT-TTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * *
4590 GAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATT-GGTGACTCTAAATGGACTTTT-ATTGCCAATGACTACTT
381 GAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGATTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCA-TGTCAATGAATGCTT
** * * * *
4653 TTTTCTTCATGTTTCTC-TGAGTAGACATAT-AAATATAATCTGTTTTAA-ACAAAAATGTACAA
444 TTTTCTTCACATTTCTCAAG-GTAGACAT-TCAAGTATAATCTCTTTTAAGA-AAAAAT-T-TAA
* * * * * *
4715 AAAAATT-AATTTAAAAGCAATTCTGAGATTATAAAACTATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTG
504 AAACATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
* ** ** * **
4779 AAGGAATGGGTAGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCCGTGAATGCCTTTTTCTTCATTTTTCTCGA
569 AAGGAATGGGTAGCTATAAATAGACTTTTCTTAACAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTCGA
* * * *
4844 GGTACACATTCAATTATAGCCTGTTTTAAAGAAAATGTAAAAAAAAAAAGA
634 GGTAGACATTAAATTATAGCCTGTTTTAAAGAAAATGT-AAAAACAAATGA
* * ** *
4895 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGGAGGAATGA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGG
* * * * * *
4960 GTGACTATAAATGGACTTTTCATACTACTGAATGCCTTCTTT-TTCATGTTTCTTAAAGTAGACA
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTT-TTTCTTCATGTTTCTTAAGGAAGACA
* * * * *
5024 TTCAAGTATAATCTA-TTTACACCA-AAAAT-TTAAAAACATTCGACTTAAAATCAATTATAAGG
130 TTCAATTATAATCTATTTTA-A-CAGAAAATGTAAAAAACAATCAACTTAAAATCAATTATAAGA
* * * * * *
5086 TTATAAAACTATTTAAAACGAATAATAAGGCTTTTTACA-GAATGGGTGGCTCTAAATGAACTT-
193 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTC
* * * * * *
5149 T-TTGAGGCAACGAATGCCTTTTTCATCACGTTTCTTGA-GATAGACATTTAAGTATAATCTGTT
257 TCTT--GCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGA-AAACATTCAAGTATAATCTGTT
* * * *
5212 TACACAAAAAATTTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAAAAAATCATTTAAAGCG
319 TACAC-AAAAATTTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * *
5277 ATTAATAAGGCTTTTAAAGGGA-TAGGTGAATAGAAATGGACTTTTTC-TAAT-AATGAATGCTT
382 AGTAATAAGGCTTTTGAA-GGATTGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCAT-GTCAATGAATGCTT
* * * *
5339 TTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTAAATTATAATCTCTTTTAAGTAAAAATGTAAAAACA
444 TTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAAGTATAATCTCTTTTAAGAAAAAATTTAAAAAC-
* * *
5404 ATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTATTGAAGG
508 ATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * *
5469 AATGGGTGGCTATAAATAGA-TTTTTTTAACCATGAATACCTTTCTT-TTCACATTTCTCGAGGT
573 AATGGGTAGCTATAAATAGACTTTTCTTAACAATGAATACCTTT-TTCTTCACATTTCTCGAGGT
* *
5532 AGATATTTAATTATAGCCTGTTTTAAAGAAAATAG-AAAAA-AAATGA
637 AGACATTAAATTATAGCCTGTTTTAAAGAAAAT-GTAAAAACAAATGA
** * *
5578 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGAA-G
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATG
* * * * ** * * *
5642 GGCGACTATAAATGGACTTCTCTTGCAAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGGCA
65 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGAAGACA
* * * * * *
5707 TTCAACTATAAGCT-GTTTAAAAGAAAATGTAAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATAAGATT
130 TTCAATTATAATCTATTTTAACAGAAAATGTAAAAAACAATCAACTTAAAATCAATTATAAGATT
* * * *
5771 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCA
195 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCT
* * * * * *
5836 TGTCAATGAATGTCTTTTTGTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAGTATAATCTGTTTACACC
260 TGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGAAAACATTCAAGTATAATCTGTTTACA-C
* ** * *
5901 AAAAATTTAAAAACTTTTGACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAAG
324 AAAAATTTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * * * * * *
5966 AAGGTTTTTTACGGAATGGGTGGCTCTAAATGGATTTTTTATGGCAATGAATGCCTTTTTCATCA
388 AAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCA
** * * **
6031 TGTTTCTCGAGGTAGACATTCAAGTATAATCT-GTTTACACCAAAAATTTAAAATA-ATTCAAC-
453 CATTTCTCAAGGTAGACATTCAAGTATAATCTCTTTTA-AGAAAAAATTTAAAA-ACATTCAACT
* * * * **
6093 CTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGGATTAGT
516 C-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * *
6158 -GACTATAAATGGACTTTTCTTAATAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATT
580 AG-CTATAAATAGACTTTTCTTAACAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATT
** ** *
6222 AAATTATAATCTGTTTTAACTACAAATGTAAAAACAATTCG-
644 AAATTATAGCCTGTTTTAAAGA-AAATGTAAAAACAAAT-GA
* * *
6263 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGACTATTAAAGGAATG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATG
* * *
6327 GGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTACCCATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGAAGACA
65 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGAAGACA
** *
6392 TTCAATTATAGCCTATTTTAA-AGAAAATGT-AAAAACAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
130 TTCAATTATAATCTATTTTAACAGAAAATGTAAAAAACAATCAACTTAAAATCAATTATAAGATT
*
6455 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGAA-GGGTGACTATAAATGGTCTTCTC
195 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTCTC
* * * * *
6519 TTGCCAATGAATGTCTTTGTCTTCATGTTTTTTGAGGAAAATATTCAATTATAAGT-TGTTTTA-
259 TTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGAAAACATTCAAGTATAA-TCTG-TTTAC
* * *
6582 A-AGAAGATATTAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
322 ACA-AAAAT-TTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* ** *
6646 AATAATGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAAAAGACTTTTCATGTCAATGGATG-TCTTTTTC
385 AATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTCAATGAATGCT-TTTTTC
* * *
6710 TTCACATATTCT-AAGGCAGACATTCAAGTATAATCT-ATTTACAGAAAAAATTTAAAAACTTTC
449 TTCACAT-TTCTCAAGGTAGACATTCAAGTATAATCTCTTTTA-AGAAAAAATTTAAAAACATTC
* * * ** * * *
6773 GACTCAAAATCAATTATAAGATTATATAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTTACGAAATG
512 AACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * ** * * ** * *
6838 TGTAGCTCTAAATAGACTTTTCATGGCAATGAATGCCTTTTTCATCATGTTTCTCAAGATAGACA
577 GGTAGCTATAAATAGACTTTTCTTAACAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTAGACA
6903 TT
642 TT
6905 CAAGTATAAN
Statistics
Matches: 1641, Mismatches: 301, Indels: 138
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
681 2 0.00
682 101 0.06
683 705 0.43
684 326 0.20
685 288 0.18
686 214 0.13
687 5 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (683 bp):
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGG
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGAAGACAT
TCAATTATAATCTATTTTAACAGAAAATGTAAAAAACAATCAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTT
GCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGAAAACATTCAAGTATAATCTGTTTACACAA
AAATTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
GCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCACAT
TTCTCAAGGTAGACATTCAAGTATAATCTCTTTTAAGAAAAAATTTAAAAACATTCAACTCAAAA
TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAGCTAT
AAATAGACTTTTCTTAACAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTAAATTAT
AGCCTGTTTTAAAGAAAATGTAAAAACAAATGA
Found at i:7726 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 7014--8399 Score: 1296
Period size: 171 Copynumber: 8.1 Consensus size: 169
7004 NNNNNNATTT
* * * *
7014 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGGATGAGTGACTATAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * *
7079 CTTTT-TT-CAACAATGAATG-CATTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTAAATTATAATA
66 CTTTTCTTGC--CAATGAATGTC-TTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATC
* **
7141 TGTTTTAACGAAAAAAGTAAAAACAATTTGACTTAAAATCAATTA
128 TGTTTTAAC-AAAAATGT-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * * * * *
7186 TGAGATTATAAAGCTATTTAAAGTGAGTAATAAGACTATTGAAGGAATAGGTGGCTATAAATAGT
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * *** * **
7251 CTTTTTTTACCCATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGCTGTAGACATTCAATTATAGCCTGT
66 CTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGT
* *
7316 TTTAA-AACAAATGTAAAAAAATAAACTTAAAATCAATTA
131 TTTAACAA-AAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
7355 CGAGATTATAAAACCATTTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAG-ATGGGGTGACTATAAATGG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGGTGACTATAAATGG
* * * * * * *
7419 ACTTTTCTTGCCAACGAATATTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGACAGACATTCATTTATAAGCTG
65 ACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTG
*
7484 TTTTAA-AAAATATATAAAAAA---AACTTAAAATCAATTA
130 TTTTAACAAAA-ATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* *
7521 TGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAAGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
* * * *
7586 CTTTTCTTGCTAATGAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAAGTATAATCTG-
66 CTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGT
* *
7650 TTTACACTAAAAATTTAAAAACATTCAACTTAAATTCAATTA
131 TTTA-AC-AAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTA
* * ** * * * * * * *
7692 TAAGATTATAAAACCATTTAAAACGTTTAATAAGGATTTTCAAAGAATAGGTGGCTCTAAATAGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * *
7757 CTTTTCTTGTCAATAAATATCTTTTTATTCACGTTTCTTAAGGTATG-CATTCAATTATAATATG
66 CTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCA-GACATTCAATTATAATCTG
*
7821 TTTTAACCAAAAACGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTA
130 TTTTAA-CAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * ***
7863 TGAGATTATAAAA-CTTTATAAAACAAGTAATAATAAGGATTTTGAACGAATGACAGA-TAATAA
1 TGAGATTATAAAACCATT-TAAAGC--G-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT-ATAA
* * ** * * * ** * * *
7926 ATGGACTCTTCTTCCCAATGAATGGGTTTTTCTGCACGGTTATCGAGGCTGATATTCAATTATAG
61 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAA
* * * *
7991 TCTATTTT-ACTGAAAAATCATAAATAATTTAACTTAAAATCAATTA
126 TCTGTTTTAAC--AAAAAT-GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * **
8037 TGAGATTATAAACCCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTGCAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
** * *
8102 CTTTAATTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAA-GTAGACATACAATTATAATCTG
66 CTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTT-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTG
** *
8166 TTTTAAGCAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAAAGAATTT
130 TTTTAA-CAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * *
8207 TGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
* * * *
8272 CTTTTCTTACTC-ATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAAGTATAACCT-
66 CTTTTCTTGC-CAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTG
* * * *
8335 ATTTACACTAAAAATTTAAAGACATTCGACTTAAAATCAATTA
130 TTTTA-AC-AAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTA
* *
8378 TGAGGTTATAAAACTATTTAAA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAA
8400 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 983, Mismatches: 192, Indels: 79
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
165 4 0.00
166 127 0.13
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168 9 0.01
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170 142 0.14
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172 122 0.12
173 8 0.01
174 117 0.12
175 7 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
CTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGT
TTTAACAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
Found at i:8046 original size:345 final size:338
Alignment explanation
Indices: 7014--8399 Score: 1121
Period size: 341 Copynumber: 4.1 Consensus size: 338
7004 NNNNNNATTT
* * * *
7014 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGGAT-GAGTGACTATAAATGG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAG-GTGACTCTAAATGG
* * * *
7078 ACTTTT-TT-CAACAATGAAT-GCATTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTAAATTATAAT
65 ACTTTTCTTGC--CAATGAATATC-TTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAAT
* * * *
7140 ATGTTTTAACGAAAAAAGTAAAAACAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCTATTT
127 CTGTTTTAAC-AAAAATGT-AAAA-AA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTT
** * * * ** * * * *
7205 AAAGTGAGTAATAA-GACTATTGAAGGAAT-AGGTGGCTATAAATA-GTCTTTTTTTACCC-ATG
187 AAAACGAATAATAAGGA-TTTTGAACGAATGA-CAGACTATAAA-AGGACTCTTCTT-CCCAATG
** * ** * * ** *
7266 AATGCCTTTTTCTTCAC-GTT-TCTTGCTGTAGACATTCAATTATAGCCTGTTTTA-A--AACAA
248 AATGGGTTTTTCTGCACGGTTATCAAG--GCAGACATTCAAGTATAATCT-ATTTACACTAA-AA
* * *
7326 ATGTAAAAA-AATAAACTTAAAATCAATTA
309 ATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
7355 CGAGATTATAAAACCATTTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAG-ATGGGGTGACTATAAATGG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAAT-AGGTGACTCTAAATGG
* * * ** * *
7419 ACTTTTCTTGCCAACGAATATTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGACAGACATTCATTTATAAGCTG
65 ACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
*
7484 TTTTAA-AAAATATATAAAAAA--AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACG
130 TTTTAACAAAA-ATGTAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAACG
* * * *** * * * *
7546 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGCTAATGAATGTGTTTT
193 AATAATAAGGATTTTGAACGAATGACAGACTATAAAAGGACTCTTCTTCCCAATGAATGGGTTTT
* * * * * * *
7611 TCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAAGTATAATCTGTTTACACTAAAAATTTAAAAACATTC
258 TCTGCACGGTTATCAAGGCAGACATTCAAGTATAATCTATTTACACTAAAAATATAAAAACATTC
*
7676 AACTTAAATTCAATTA
323 AACTTAAAATCAATTA
* * ** * * * *
7692 TAAGATTATAAAACCATTTAAAACGTTTAATAAGGATTTTCAAAGAATAGGTGGCTCTAAATAGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAGGTGACTCTAAATGGA
* * * *
7757 CTTTTCTTGTCAATAAATATCTTTTTATTCACGTTTCTTAAGGTATG-CATTCAATTATAATATG
66 CTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTA-GACATTCAATTATAATCTG
* *
7821 TTTTAACCAAAAACGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTTTATAAAA
130 TTTTAA-CAAAAATGTAAA-AAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACATT-TAAAA
*
7886 CAAGTAATAATAAGGATTTTGAACGAATGACAGA-TAATAAATGGACTCTTCTTCCCAATGAATG
191 C--G-AATAATAAGGATTTTGAACGAATGACAGACT-ATAAAAGGACTCTTCTTCCCAATGAATG
* * * * * *
7950 GGTTTTTCTGCACGGTTATCGAGGCTGATATTCAATTATAGTCTATTT-TACTGAAAAATCATAA
252 GGTTTTTCTGCACGGTTATCAAGGCAGACATTCAAGTATAATCTATTTACACT-AAAAAT-ATAA
* *
8014 ATA-ATTTAACTTAAAATCAATTA
315 AAACATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * *
8037 TGAGATTATAAACCCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTGC-AAATGG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAGGTGACT-CTAAATGG
** * *
8101 ACTTTAATTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAA-GTAGACATACAATTATAATCT
65 ACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCT
** * * *
8165 GTTTTAAGCAAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAAAAGAATTTTGAGATTGTAAAACCATTTAAAG
129 GTTTTAA-CAAAAATGT-AAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAA
* * * * *** * * * * **
8230 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTACTC-ATGAATGTCT
191 CGAATAATAAGGATTTTGAACGAATGACAGACTATAAAAGGACTCTTCTT-CCCAATGAATGGGT
* * * * * * * *
8294 TTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAAGTATAACCTATTTACACTAAAAATTTAAAGACA
255 TTTTCTGCACGGTTATCAAGGCAGACATTCAAGTATAATCTATTTACACTAAAAATATAAAAACA
*
8359 TTCGACTTAAAATCAATTA
320 TTCAACTTAAAATCAATTA
* *
8378 TGAGGTTATAAAACTATTTAAA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAA
8400 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 846, Mismatches: 158, Indels: 82
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
334 6 0.01
335 107 0.13
336 14 0.02
337 128 0.15
338 10 0.01
339 15 0.02
340 9 0.01
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343 1 0.00
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346 11 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAGGTGACTCTAAATGGA
CTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
TTTAACAAAAATGTAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACATTTAAAACGAAT
AATAAGGATTTTGAACGAATGACAGACTATAAAAGGACTCTTCTTCCCAATGAATGGGTTTTTCT
GCACGGTTATCAAGGCAGACATTCAAGTATAATCTATTTACACTAAAAATATAAAAACATTCAAC
TTAAAATCAATTA
Found at i:8389 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 7014--8399 Score: 1333
Period size: 345 Copynumber: 4.1 Consensus size: 339
7004 NNNNNNATTT
* * * *
7014 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGGA-TGAGTGACTATAAATGG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATTG-GTGACTACAAATGG
* * *
7078 ACTTTT-TT-CAACAATGAAT-GCATTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTA-AATTATAA
65 ACTTTTCTTGC--CAATGAATATC-TTTTTCTTCACGTTTCTTGAAGTAGACA-TACAATTATAA
* * * *
7139 TATGTTTTAACGAAAAAAGTAAAAACAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCTATT
126 TATGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAA-AA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * * *
7204 TAAAGTGAGTAATAAGACTATTGAAGGAATAGGTGGCTATAAATAGTCTTTTTTTACCCATGAAT
188 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTACCCATGAAT
* *** * * * * *
7269 GCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGCTGTAGACATTCAATTATAGCCTGTTTTA-A--AACAAATGTA
253 GTCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAAGTATAACCT-ATTTACACTAA-AAATTTA
* * *
7331 AAAAAATAAACTTAAAATCAATTA
316 AAACATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
7355 CGAGATTATAAAACCATTTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAG-ATGGGGTGACTATAAATGG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAAT-TGGTGACTACAAATGG
* * * * * * **
7419 ACTTTTCTTGCCAACGAATATTTTTTTCTTCACGTTTC-TCAAGACAGACATTCATTTATAAGCT
65 ACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAAG-TAGACATACAATTATAATAT
* *
7483 GTTTT-A-AAAAATATATAAAAAA--AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAA
129 GTTTTAACAAAAATGTA-AAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * ** *
7544 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGCTAATGAATGTGTT
193 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTACCCATGAATGTCTT
* * *
7609 TTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAAGTATAATCTGTTTACACTAAAAATTTAAAAACAT
258 TTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAAGTATAACCTATTTACACTAAAAATTT-AAAACAT
*
7674 TCAACTTAAATTCAATTA
322 TCAACTTAAAATCAATTA
* * ** * * * * *
7692 TAAGATTATAAAACCATTTAAAACGTTTAATAAGGATTTTCAAAGAATAGGTGGCT-CTAAATAG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATTGGTGACTAC-AAATGG
* * * *
7756 ACTTTTCTTGTCAATAAATATCTTTTTATTCACGTTTCTT-AAGGTATG-CATTCAATTATAATA
65 ACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAA-GTA-GACATACAATTATAATA
* * *
7819 TGTTTTAACCAAAAACGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTTTATA
128 TGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT-T-
* * * *** * *
7883 AAACAAGT-AATAATAAGGATTTTGAACGAAT-GACAGATAATAAATGGACTCTTCTT-CCCAAT
189 --A-AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCT-ATAAATGGACTTTTCTTACCC-AT
** * * * ** * * * ** *
7945 GAATGGGTTTTTCTGCACGGTTATCGAGGCTGATATTCAATTATAGTCTATTT-TACTGAAAAAT
249 GAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAAGTATAACCTATTTACACT-AAAAAT
* *
8009 CATAAATA-ATTTAACTTAAAATCAATTA
313 -TTAAA-ACATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * *
8037 TGAGATTATAAACCCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTGCAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATTGGTGACTACAAATGGA
** * *
8102 CTTTAATTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAAGTAGACATACAATTATAATCTGT
66 CTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAAGTAGACATACAATTATAATATGT
** * *
8167 TTTAAGCAAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAAAAGAATTTTGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTG
131 TTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
*
8232 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTACTCATGAATGTCTTTT
195 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTACCCATGAATGTCTTTT
*
8297 TCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAAGTATAACCTATTTACACTAAAAATTTAAAGACATTC
260 TCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAAGTATAACCTATTTACACTAAAAATTTAAA-ACATTC
*
8362 GACTTAAAATCAATTA
324 AACTTAAAATCAATTA
* *
8378 TGAGGTTATAAAACTATTTAAA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAA
8400 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 840, Mismatches: 163, Indels: 84
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
334 4 0.00
335 119 0.14
336 5 0.01
337 125 0.15
338 15 0.02
339 9 0.01
340 22 0.03
341 226 0.27
342 41 0.05
343 1 0.00
344 33 0.04
345 233 0.28
346 7 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATTGGTGACTACAAATGGA
CTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAAGTAGACATACAATTATAATATGT
TTTAACAAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTACCCATGAATGTCTTTTT
CTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAAGTATAACCTATTTACACTAAAAATTTAAAACATTCAA
CTTAAAATCAATTA
Found at i:9032 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8672--10475 Score: 1449
Period size: 171 Copynumber: 10.6 Consensus size: 171
8662 NNNNNNNNNN
* * * ** *
8672 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGGATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAACAATGAATGCATTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAATGCCTTTT
* * * * * * *
8737 TCTTCACGTTTCTTAAGGAAAACATTAAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAGAAAT
66 TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC-AAAAATGTAAAAA-AAAA
* * * *
8802 TTGACTTAAAATCATTTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTG
129 TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * *
8845 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAGTGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCATACCCATGAATGCCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAATGCCTTTT
* * ** *
8910 TCTTCACATTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAGCCTATTTTAA-AGAAAATGTAAAAAAAAAC
66 TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACA-AAAATGTAAAAAAAAAT
* * *
8974 TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCTTTTAAAGCA
130 TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * *
9016 AATAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATTAATACCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAATGCCTTTT
* * ** * * * ** *
9081 TCTTCAGGATTCTTTAGGTAGACATTCAAGTATAATCT-GTTTACACCAAAAT-TTCAAAAACAT
66 TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTA-ACAAAAATGTAAAAAAAAAT
* *
9144 TCGACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
130 T-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * ** * * *
9187 AGTAATAAGACTTTTTAAGAAATAAGTGGCTCTAAATAGACTTTTCATGCCAATGAATGCCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAATGCCTTTT
* * * * * * * *
9252 TCATCATGTTTCTCAAGATAGACTTTCAAGTATAATCT-GTTTACACCAAAAAT-T-TAAAATAA
66 TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTA-A-CAAAAATGTAAAAAAAAA
* * *
9314 TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
129 TT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * *** * *
9358 AGTAATAAGGCTATTAAAGGGATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTAATAATGAA-GAC---A
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAATGCCTTTT
* * * *
9419 TGTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTAAATTATAATCTATTTTAACTAAAAA--TAAAAAATAAA
66 TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC-AAAAATGTAAAAAA-AAA
* * * *
9482 TTGATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
129 TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * * * *
9525 AGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATGAAATTCTCTTGCCCATGAATGTCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAATGCCTTTT
* ** * *
9590 TCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGCCTGTTCTAA-AGAAAATGT-------AA-
66 TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACA-AAAATGTAAAAAAAAAT
9646 T-A---AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
130 TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * *
9684 AGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACATTTCATACCAAAGAATGCTTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAATGCCTTTT
* * * * ** * * * *
9749 TCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAAGCATAATCT-GTTTACACCAAAAAT-TTAAAAACAT
66 TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTA-A-CAAAAATGTAAAAAAAAA
* * * *
9812 TTGACTTAAAATCATTTATGAGATTATATAACCATTTAAAACG
129 TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * ** * * * *
9855 AGTAATAAGGCTTTTTAAGAAATGAGTGACTCTAAATGGACTTTTTTTGCTAATAAATACTTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAATGCCTTTT
* * * * * * *
9920 TCTTCACGTTTCTCGAGGTAGGAGC--TCAATTATAATATGTTTTAATAAAAA-ATATAAATAAA
66 TCTTCACGTTTCTCAAGGTA-GA-CATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAATGTAAAAAAAAA
* * * * *
9982 TTCAACTTAAAATTAATTATGACATTAT--GA-GATTATAAAGTG
129 TT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT-TAAAGCG
* * * * *
10024 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GATAGACAATAAATGGACTCTTT-TTCCCAATGAATG-ATT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT-GACTATAAATGGACT-TTTCATGCCAATGAATGCCTT
* * * * ** * * *
10086 TTTCTACATGTTTAC-CGAGGCT-GACATTTAATTATTGTCTATTTTACCAAAAAATG-ATAAAC
64 TTTCTTCACGTTT-CTCAAGG-TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC-AAAAATGTAAAAAA
* *
10148 AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACG
126 AAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * *
10194 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-ATTGTCAATGAATGTCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCA-TGCCAATGAATGCCTTT
* * * * * * *
10258 TTCTTCACGTTTCTCAAAGTATACATACAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATG-CAGAAAAAA
65 TTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAAAA
** * * *
10322 TTCAACTTAAAAGAAATTTTGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTG
129 TT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * * *
10366 AGTAATAAGACTTTTGAATGAATGGGTGGCTATAAATGGATTTTTCTTCCCCATGAATGCCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAATGCCTTTT
* ** * * *
10431 TCTTCACATTTCTTGAGGTACACATACAATTATAACCTATTTTAA
66 TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
10476 NNNNNNNNNN
Statistics
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AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAATGCCTTTT
TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAATGTAAAAAAAAATT
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
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9479 AAATTGATTT
* * *
9489 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * * * * * *
9554 CTATAAATGAAATTCTCTTGCCCATGAATGTCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
66 CTATAAATGAAATTCTCATACCAAAGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAA
** *
9619 TTATAGCCTGTTCTAAAGAAAATGTAATA
131 GCATAACCTGTTCTAAAGAAAATGTAATA
* *
9648 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * *
9713 CTATAAATAGACATT-TCATACCAAAGAATG-CTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTC
66 CTATAAAT-GAAATTCTCATACCAAAGAATGTC-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTC
*
9776 AAGCATAATCTGTT
129 AAGCATAACCTGTT
9790 TACACCAAAA
Statistics
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AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
CTATAAATGAAATTCTCATACCAAAGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAA
GCATAACCTGTTCTAAAGAAAATGTAATA
Found at i:10988 original size:172 final size:170
Alignment explanation
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10636 NNNNNNNNNN
* * *
10646 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCATACTAATGAA
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCAATGAA
* * ** * *
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* * ** *
10775 -TAAACATTTGACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCAT
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* * * * *
10817 TTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGAATGGGTGGCTCTAAATGGACTTTTCATGCCAATGAA
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCAATGAA
* * * *
10882 GGCCTGTTTTTATCTCGTTTCTCGAGATAGACATTCAAGTATAATCT-ATTTACACTAAAAATTT
66 TGCCT-TTTTT-TCACGTTTCTCAAGATAGACATTCAAGTATAATCTGTTTTA-ACTAAAAATTT
* *
10946 AAAATAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCAT
128 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * * * * *
10989 TTAAAGTAAGTAATAAGGTTTTTAAAGGGATGAGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTAACAATGAA
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCAATGAA
** * * *** * * * * * *
11054 TATCTTTTTATTCACATTTCTCGAGGCGGACATTAAATTATAATCTATTTTAACCAAAAGTGTAA
66 TGCCTTTTT-TTCACGTTTCTCAAGATAGACATTCAAGTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT-TTA
** *
11119 AAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCAT
129 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * ** * * *
11161 TTAAAGTGAGAAATAAGGCTTTTGAATGAATGGGTGGTTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAA
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCAATGAA
* * *
11226 TGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCA-AG-CATTCAATTAT-AGCTTGTTTTAAAT-AAAATG
66 TGCCTTTTT-TTCACGTTTCTCAA-G-ATAGACATTCAAGTATAATC-TGTTTTAACTAAAAAT-
* *
11287 TAAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
126 TTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * *
11332 TGAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAGTGGACTTTTCATGCCAATGAA
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCAATGAA
* * * * **
11397 TG-CTTCTTTCTTCACATTTCTTAA-AGTAGACATTCAAGTATAGTCTGTTTTAACT-ACAATCG
66 TGCCTT-TTT-TTCACGTTTCTCAAGA-TAGACATTCAAGTATAATCTGTTTTAACTAAAAATTT
* * *
11459 AGAAATAATTCACCTTAAAATCCATTAT-ATGATTATAAAACCAT
128 A-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCAT
* * * ** *
11503 TTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTG-AGAGAATTGGTGACTCTAAATGGACTTTTTTTGCCAATGA
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCAATGA
** * * * * * * *
11567 AT-TTTTTTTCTTCATGTTTCTTAATG-TAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAACTAT
65 ATGCCTTTTT-TTCACGTTTCTCAA-GATAGACATTCAAGTATAATCTGTTTTAACTAAAAATTT
* * * * *
11630 AAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGATATTAT-AAATCTT
128 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * *
11672 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTC-TTCTTAATGA
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATAC-CAATGA
* * * * *
11736 ATGACTTTTTCTACATGTTTAC-CAAGGCA-AG-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TGAAAAA
65 ATGCCTTTTT-TTCACGTTT-CTCAA-G-ATAGACATTCAAGTATAATCTGTTTTAACT-AAAAA
* * * * ** * *
11797 TATAAGAACATTCAACTTAAAATTAAAAATGACATTATAAAACTAT
125 TTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * *
11843 TTAAAGCGAGTAATAAAGTTTTTGAAGGA
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
11872 TT
Statistics
Matches: 858, Mismatches: 165, Indels: 64
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 56 0.07
170 153 0.18
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173 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
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TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCAATGAA
TGCCTTTTTTTCACGTTTCTCAAGATAGACATTCAAGTATAATCTGTTTTAACTAAAAATTTAAA
AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
Found at i:11310 original size:343 final size:335
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Indices: 10646--11725 Score: 1159
Period size: 343 Copynumber: 3.2 Consensus size: 335
10636 NNNNNNNNNN
* * *
10646 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCATACTAATGAA
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATAC-AATGAA
* * * ** ***
10711 TGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGATATTCAAGTATAATCTGTTTAAGCCAAAAAATTTT
65 T-TCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCAGACATTCAAGTATAATCTTTTTAA-CCAAAATGTAAA
* * *
10776 AAACATTTGACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTT
128 AAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTG
* * *
10841 AAGGAATGGGTGGCTCTAAATGGACTTTTCATGCCAATGAAGGCCTGTTTT-TATCTCGTTTCTC
193 AA-GAATGGGTGGCTCTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCT-TTTTCT-TCACGTTTCTC
* * * * *
10905 GAGATAGACATTCAAGTATAATCT-ATTTACACTAAAAATTTAAAATAATTCAACTTAAAATCAA
255 AAGA-AG-CATTCAATTATAATCTGTTTTA-ACT-AAAATTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
*
10969 TTTTGAGATTATAAAACCAT
316 TTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * * *
10989 TTAAAGTAAGTAATAAGGTTTTTAAAGGGATGAGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTAACAATGAA
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCAT-ACAATGAA
* ** * * *
11054 TATCTTTTTATTCACATTTCTCGAGGCGGACATTAAATTATAATCTATTTTAACCAAAAGTGTAA
65 T-TCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCAGACATTCAAGTATAATCT-TTTTAACCAAAA-TGTAA
* * *
11119 AAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGTGAGAAATAAGGCTTTT
127 AAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * *
11184 GAATGAATGGGTGGTTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCA
192 GAA-GAATGGGTGGCTCTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCA
* * *
11249 AGGCAAGCATTCAATTAT-AGCTTGTTTTAAATAAAATGTAAAAAAAATCCAACTTAAAATCAAT
256 A-G-AAGCATTCAATTATAATC-TGTTTTAACTAAAAT-TAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
11313 TATGAGATTATAAAACCAT
317 TATGAGATTATAAAACCAT
* * *
11332 TGAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAGTGGACTTTTCATGCCAATGAA
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* * * * * * *
11397 TGCTTCTTTCTTCACATTTCTTAAAGTAGACATTCAAGTATAGTCTGTTTTAACTACAATCG-AG
65 TTCTT-TTTCTTCACATTTCTTAAGGCAGACATTCAAGTATAATCT-TTTTAACCAAAAT-GTAA
* * *
11461 AAATAA-TTCACCTTAAAATCCATTAT-ATGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTT
127 AAAAAATTTGA-CTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTT
* * * ** *
11524 TTGAGAGAATTGGTGACTCTAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAAT-TTTTTTTCTTCATGTTTCT
190 TTGA-AGAATGGGTGGCTCTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCT
* * * * * *
11588 TAATGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAACTATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAA
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* * *
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316 TTATGAGATTATAAAACCAT
* *
11672 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTC
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11726 TTCTTAATGA
Statistics
Matches: 616, Mismatches: 105, Indels: 35
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 57 0.09
341 79 0.13
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343 266 0.43
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345 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (335 bp):
TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATACAATGAAT
TCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCAGACATTCAAGTATAATCTTTTTAACCAAAATGTAAAAAA
AATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
AATGGGTGGCTCTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGAAG
CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAATTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACCAT
Done.