Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397347.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_745.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 45050
ACGTcount: A:0.27, C:0.09, G:0.09, T:0.26
Warning! 13231 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1461 original size:146 final size:146
Alignment explanation
Indices: 1197--1471 Score: 335
Period size: 146 Copynumber: 1.9 Consensus size: 146
1187 TCATTATCAA
* * *
1197 GAAAAGTCCATTTATAGTAATCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACATGCTTCAAATGATTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTAAT-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACATACTTCAAATGATTGTATA
*
1262 ATCTCATAATTGATTTCAAGTCGAATTTCTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTA-AATTGAATG
65 ATCTCATAATTGATTTCAAGTCGAATTTCTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG
1326 TCAACCTTAAGAAACAT
130 TCAACCTTAAGAAACAT
* * * * *
1343 GAAAAGTCTATTTATAGTCACAT-ATTCCTTCCAAATCCTTATTAC-TCACTTTAAATGGTTGTA
1 GAAAAGTCCATTTATAGT-A-ATCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACAT-ACTTCAAATGATTGTA
* * * * *
1406 TAATCTGATAATTGATTTGAGGT-TAACTTT-TCTTACATTTTTTATTAGAACAGATTATAATTG
63 TAATCTCATAATTGATTTCAAGTCGAA-TTTCT-TTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTG
1469 AAT
126 AAT
1472 ATCTGCCTTA
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 14, Indels: 11
0.81 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
145 4 0.04
146 94 0.86
147 9 0.08
148 2 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (146 bp):
GAAAAGTCCATTTATAGTAATCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACATACTTCAAATGATTGTATAA
TCTCATAATTGATTTCAAGTCGAATTTCTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
CAACCTTAAGAAACAT
Found at i:4031 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3642--4971 Score: 1176
Period size: 171 Copynumber: 7.8 Consensus size: 170
3632 NNNNNNNNNC
3642 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-TTATTCTT-CCAA
1 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGCC-A
** * * * * *
3705 ATGAATGGGTTTCTCTACACGTTTCTCGAGGTA-AGCATTCAATTATAGTTTATTTTAATAAAAA
64 ATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAA
* * * *
3769 ATTTAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAC
128 ATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAA
* * * * * *
3812 CAGTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTTCAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAAT
1 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * *
3877 AAATGCCTTTTTCTTGATGTTTCACAAGGTAGACATTGAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAAT
66 GAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAAAT
* *
3941 GTAAAAACATTCAACATAAAGTCAATTATGAGATTATAAAAA
130 GTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAA
** * * *
3983 CATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACAATAAATGGACTTTTCTT-CCAAG
1 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-
* * * * * * * *
4047 TCAAT-CACTTTTTCTACAAGTTTCCCAAGGTCGGCATTCAATGATAGTCTGTTTTAATGAAAAA
65 TGAATGC-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAA
*
4111 TGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAA
129 TGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAA
*
4153 CTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
1 C-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * ** *
4218 TGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCGTGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT
65 TGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAAT
* * * *
4283 ATAAAATAATTCAGCTTAAAATTAATTATGAGATTA-CAAAA
130 GTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAA
* * *
4324 CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT-AGCTATAAACGGACTTTTTTTGCCA
1 C-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* * * ** ** *
4388 ATGAATTCTTTTTTCTTCACGTTTC-CTGAGACAGACATTCAATTATAAACT-TTTCTAATGAAA
64 ATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT-TAATAAAA
* * * * *
4451 AATGTAAAAAAATTTAACTTTAAATCAATTATCAGATTATACAAC
127 AATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAA
* * * *
4496 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTGAAAGGAATGTGTGACTATAAATTGACTTTTCTTACTAA
1 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * * * * * * **
4560 TGAATGTCTTTTTGTTCACATTTCTGAAAGTTGACATTTAATT-TAGTCTGTTTTAACCAAAAAT
65 TGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAAT
* * *
4624 GTAAAGAAATTCGACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
130 GTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAA
* ** * * * * * *
4666 CATTTGAAGCAAGTGATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTTACTATAAATAGACTTTTCTTACTAAT
1 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* ********** * * *
4731 GAATGCCTTTTTCTTCATGTNNNNNNNNNNAGACATTCAATTATAATCTGTTTAAACTAAAATAT
66 GAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAAAT
** * * ***********
4796 AAAAAAAATTGAACATAAAATCANNNNNNNNNNAAT-AAAA
130 GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAA
* * ** *** * *
4836 CTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCCTTTGAAAAAATGGACAACTATAAATAGACTTTTCTTACCAA
1 C-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
** * * * * * *
4901 TGAATGTGTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAT
65 TGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAAT
4966 GTAAAA
130 GTAAAA
4972 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 935, Mismatches: 197, Indels: 56
0.79 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 271 0.29
171 635 0.68
172 26 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
GAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATG
TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAA
Found at i:4655 original size:512 final size:511
Alignment explanation
Indices: 3641--4750 Score: 1333
Period size: 512 Copynumber: 2.2 Consensus size: 511
3631 NNNNNNNNNN
3641 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-TTATTCTTCCAA
1 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTCC-A
** * * * * *
3705 ATGAATGGGTTTCTCTACACGTTTCTCGAGGTAAGCATTCAATTATAGTTTATTTTAATAAAAAA
64 ATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAGCATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAA
* * * *
3770 TTTAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCAGTTAAAGTAAGTAACAAGGCT
129 TATAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAACCAGTTAAAGCAAGTAACAAGGCT
* * *
3835 TTTCAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATAAATGCCTTTTTCTTGATGTTTC
194 TTTCAAGGAATAGGTGACTATAAACGGACCTTTCTTGCCAATAAATGCCTTTTTCTTCACGTTTC
** * ** *
3900 ACAAGGTAGACATTGAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACATAAAGTCA
259 ACAAGACAGACATTCAATTATAAACTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAGTCA
*
3965 ATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACAATAAA
324 ATTATCAGATTATAAAAACATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACAATAAA
* *
4030 TGGACTTTTCTTCCAAGTCAATCACTTTTTCTACAAGTTTCCCAAGGTCGGCATTCAATGATAGT
389 TGGACTTTTCTTCCAAGTCAATCACTTTTTCTACAAGTTTCCCAAAGTCGACATTCAATGATAGT
** *
4095 CTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
454 CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* *
4153 CTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
1 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAA
* * *
4218 TGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCGTGGT-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAA
65 TGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAG-CATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAA
* * * * *
4282 TATAAAATAATTCAGCTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
129 TATAAAA-AATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAACCAGTTAAAGCAAGTAACAAGGC
* * * * * * *
4347 TTTTGAAGGAATGGGT-AGCTATAAACGGACTTTTTTTGCCAATGAATTCTTTTTTCTTCACGTT
193 TTTTCAAGGAATAGGTGA-CTATAAACGGACCTTTCTTGCCAATAAATGCCTTTTTCTTCACGTT
* * *
4411 TC-CTGAGACAGACATTCAATTATAAACT-TTTCTAA-TGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTTA
257 TCAC-AAGACAGACATTCAATTATAAACTGTTT-TAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAAC-ATA
* * ** * *
4473 AA-TCAATTATCAGATTATACAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTGAAAGGAATGTGTGA
318 AAGTCAATTATCAGATTATAAAAACATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGGGAGA
* * * * ** * * ** * *
4536 CTATAAATTGACTTTTCTTACTAA-TGAATGTCTTTTTGTTCACA-TTTCTGAAAGTTGACATTT
382 CAATAAATGGACTTTTCTT-CCAAGTCAATCACTTTTTCTACA-AGTTTCCCAAAGTCGACATTC
* * * *
4599 AAT-TTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAGAAATTCGACTTGAAATCAATTATGAGATTATAA
445 AATGATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
4663 AA
510 AA
* ** * * * * *
4665 CCATTTGAAGCAAGTGATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTTACTATAAATAGACTTTTCTTACTAA
1 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAA
4730 TGAATGCCTTTTTCTTCATGT
65 TGAATGCCTTTTTCTTCATGT
4751 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 506, Mismatches: 80, Indels: 24
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
511 2 0.00
512 257 0.51
513 239 0.47
514 8 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (511 bp):
CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAT
GAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAGCATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATA
TAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAACCAGTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTT
TCAAGGAATAGGTGACTATAAACGGACCTTTCTTGCCAATAAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCAC
AAGACAGACATTCAATTATAAACTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAGTCAAT
TATCAGATTATAAAAACATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACAATAAATG
GACTTTTCTTCCAAGTCAATCACTTTTTCTACAAGTTTCCCAAAGTCGACATTCAATGATAGTCT
GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
Found at i:4853 original size:512 final size:512
Alignment explanation
Indices: 3641--4971 Score: 1281
Period size: 512 Copynumber: 2.6 Consensus size: 512
3631 NNNNNNNNNN
** ** *
3641 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-TTATTCTT-CCA
1 CCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTT-TTCTTACC-
** * * * * * * * *
3704 AATGAATGGGTTTCTCTACACGTTTCTCGAGGTA-AGCATTCAATTATAGTTTATTTTAATAAAA
64 AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGTGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTAAATAAAA
* * * * * * * *
3768 AAT-TTAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCAGTTAAAGTA-AGTAACAA
128 AATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATAATAAAACTATTTAAAG-AGAGTAATAA
* * * * * *
3831 GGCTTTTCAAGGAATAGGT-GACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATAAATGCCTTTTTCTTGAT
192 GGCTTTTGAAGGAATGGGTAG-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCCTTTTTCTTCAT
* * * * *
3895 GTTTCAC-AAGGTAGACATTGAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACATA
256 GTTTC-CTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACATA
*
3959 AAGTCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGAC
319 AAGTCAATTATCAGATTATAAAAACATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGAC
* *
4024 AATAAATGGACTTTTCTTCCAAGTCAATCACTTTTTCTACAAGTTTCCCAAGGTCGGCATTCAAT
384 AATAAATGGACTTTTCTTCCAAGTCAATCACTTTTTCTACAAGTTTCCCAAAGTCGACATTCAAT
** *
4089 GATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
449 GATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* ** * * *
4153 CTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
1 CCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAA
* *
4218 TGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCGTGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT
66 TGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGTGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTAAATAAAAAAT
* * * * * * *
4283 ATAAAATAATTCAGCTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
131 ATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATAATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCT
* * * *
4348 TTTGAAGGAATGGGTAGCTATAAACGGACTTTTTTTGCCAATGAATTCTTTTTTCTTCACGTTTC
196 TTTGAAGGAATGGGTAGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCCTTTTTCTTCATGTTTC
** * * *
4413 CTGAGACAGACATTCAATTATAAACT-TTTCTAATGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTTAAA-T
261 CTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTT-TAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAAC-ATAAAGT
* * ** * * *
4476 CAATTATCAGATTATACAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTGAAAGGAATGTGTGACTAT
323 CAATTATCAGATTATAAAAACATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGGGAGACAAT
* * * ** * * ** * *
4540 AAATTGACTTTTCTTACTAA-TGAATGTCTTTTTGTTCACA-TTTCTGAAAGTTGACATTTAAT-
387 AAATGGACTTTTCTT-CCAAGTCAATCACTTTTTCTACA-AGTTTCCCAAAGTCGACATTCAATG
* * * *
4602 TTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAGAAATTCGACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAA
450 ATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * *
4665 CCATTTGAAGCAAGTGATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTTACTATAAATAGACTTTTCTTACTAA
1 CCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAA
********** *
4730 TGAATGCCTTTTTCTTCATGTNNNNNNNNNNAGACATTCAATTATAATCTGTTTAAACTAAAATA
66 TGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGTGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTAAA-TAAAAAA
* **********
4795 TA-AAAAAAATTGAACATAAAATCANNNNNNNNNNAATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGC
130 TATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATAATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGC
* ** ** * * * * *
4859 CTTTGAAAAAATGGACAACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGT-GTTTTTCTTTATGTT
195 TTTTGAAGGAATGGGTAGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-TCCTTTTTCTTCATGTT
*
4923 T-CTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAA
259 TCCT-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAATGTAAAA
4972 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 674, Mismatches: 127, Indels: 36
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
511 2 0.00
512 407 0.60
513 256 0.38
514 9 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (512 bp):
CCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAA
TGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGTGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTAAATAAAAAAT
ATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATAATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCT
TTTGAAGGAATGGGTAGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCCTTTTTCTTCATGTTTC
CTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAGTCAA
TTATCAGATTATAAAAACATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACAATAAAT
GGACTTTTCTTCCAAGTCAATCACTTTTTCTACAAGTTTCCCAAAGTCGACATTCAATGATAGTC
TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
Found at i:7522 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6845--7745 Score: 872
Period size: 171 Copynumber: 5.3 Consensus size: 171
6835 NNNNNNNNNN
* * * * *
6845 TAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATGAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGT-CTATTTCTT
1 TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAT-TCCTTTTTCTT
* ** * * * *
6909 CATCTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATGATATGTTTAAACTAAAAATGTAAAAAAATT-AAGC
65 CATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA-C
* * * * *
6973 ATAAAATCAATTTTGAGATAACAAAACCATTTAAAGAGAGTAA
129 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* ** * *
7016 TAAGACTTTTGAAAAAATGAGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTGCCAATGAATACGTTTTTCTT
1 TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATTCCTTTTTCTT
* * * * * * * *
7080 CATGTCTCTCGAGGTAGGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-TTATAAAATTCAGCT
65 CATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * *
7144 TAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGTGTGTAA
130 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * * * ** * *
7186 GAAGGCTTTTAAACGAATGGGTGACTATAAATGGGCCTTTCTTGCCAGA-GAA-TGCTTTTTCTT
1 TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCA-ATGAATTCCTTTTTCTT
* * * * * * **
7249 CACGTTTC-AAAAAGTAGACATTC-ATATATAATATATTTTGA-TAAAAAATAAAAAAACAATTC
65 CATGTTTCTCAAGA-TAGACATTCAAT-TATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAA-AATTC
*
7311 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAA
126 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * *
7357 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAGTGAATTCCTTTTTCTTC
1 TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATTCCTTTTTCTTC
* * * *
7422 ATGTTTCTCAAGATAAACTTTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTGAAAAAAATTAAAAT
66 ATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACT
* * *
7487 TAAAATCAATTTTGAGTTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAG
130 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * * *
7529 TAAGGTTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT-AGACTTTGCTTGCCAATGAATGCGTTTTTCTT
1 TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATTCCTTTTTCTT
* * * * ** * *
7593 CACGTTTCTTAAGTTAGACATTCGATTATAGCCTGTTTTAACCAAAAATGTCAAAAAATTCAACT
65 CATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * * * ** *
7658 TGAATTCAGTTATGAGATTACAAAATCC-TTTAAAACGAGTTA
130 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CCATTTAAAGTGAGTAA
* * *
7700 TAAGGATTTTGAAAGG-ATGAGAGACCATAAATGAACTTTTCTTGCC
1 TAAGGCTTTTG-AAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCC
7746 CCTGAATGGC
Statistics
Matches: 592, Mismatches: 118, Indels: 40
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 40 0.07
170 87 0.15
171 260 0.44
172 191 0.32
173 11 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATTCCTTTTTCTTC
ATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
Found at i:10271 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 10248--10300 Score: 63
Period size: 15 Copynumber: 3.6 Consensus size: 15
10238 TTCTTATATT
10248 ATATATTTTATTTTA
1 ATATATTTTATTTTA
*
10263 ATATTTTTTATTTTA
1 ATATATTTTATTTTA
* *
10278 AT-TATATTATTATA
1 ATATATTTTATTTTA
*
10292 AAATATTTT
1 ATATATTTT
10301 TAATAAGGTA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 6, Indels: 2
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
14 10 0.32
15 21 0.68
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ATATATTTTATTTTA
Found at i:10880 original size:173 final size:170
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10579 ATGAATGATT
* * *
10589 TTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACA-TCAATTATAATCTGCTTAAATCAAAACTGGAAAAAA
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* * * *
10653 TTTAACTTAAAATAAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGGAAGTAATAAGGCTTTAGAAGGA
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** * * *
10718 ATGTGTGACTATAAATAGACCTTTT-TCGCCAACGAATGTG
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* ** * * *
10758 TTTTTCTTCACATTTCTCGATATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAA
1 TTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGCTTAAATAAAAAATG---AAAA
* * * * *
10823 AAATTAAACATAAAATCAATTTTCAG-CTAATAAAACCATTTAAAGTG-AGTGATAAGGCTTTCG
63 AAATTAAACATAAAATAAATTATCAGAAT-ATAAAACCATTTAAAG-GAAGTAATAAGGCTTTAG
* *
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* *
10931 TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGATATTCAATTATAAT
1 TTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAAT
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TTAAACATAAAATAAATTATCAGAATATAAAACCATTTAAAGGAAGTAATAAGGCTTTAGAAGGA
ATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCGCCAACAAATGTC
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*
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1 AAAATATAAAATAAATT
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1 A
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AAAATATAAAATAAATT
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15677 NNNNNNNNNN
* * * * *
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* ** * * ** *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* *****************
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* * * *
16028 AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATT-AGTTTATAAAACCATTTAAAG-TACGTAAT-AGGATT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTT
* ** ** * * ** * ** ** * *
16090 TTCGAAGGCTTAAGTAACTATAAATGGACTTTTCATGTC-ACTGGTTGGCTTTGGCTTTACGTTC
64 TT-GAAAGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTC-TTTCAAATGAATGCCTTTTTCTACATGTTT
* * * *
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* * *
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1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * ** * *
16263 TAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TAGACAAGGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT
66 GAAA-GAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTTCA-AATGAATGCCTTTTTCTACATGTTTC-
* * *
16327 TGAGATAGACATTCAATTAT-GATCTGTTTTAACCAAAAATGT--A
128 TCAGGTAGACATTCAATTATAG-TCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA
* * * * ** *
16370 AAACAATTCAACTAAAAATCAGGTTTT-AGTTTATAAAACTTTTTAAATCGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCA-ATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
16434 TGACAA-ATTGAGAAACGATAAATGGACTTTTCTTTCAAATAAATGGCTTTTTCTACATGTTTTC
65 TGA-AAGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTTCAAATGAATGCCTTTTTCTACATG-TTTC
* * * *
16498 TGAGGTCGACATTCAATGATAGTCTGTTTTAA-TGAAAAA--TATA
128 TCAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAA
* *
16541 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTCATAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * *
16606 GAAGGAATGGGTGACTACAAGTGGACTTTTCTTATC-AATGAATGCCTTTTTCTATATGTTTCTC
66 GAAAGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTT-TCAAATGAATGCCTTTTTCTACATGTTTCTC
* *
16670 ATGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAA
130 A-GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA
* * * * * * * *
16714 AAAAAATTAAACATAAAATCAATTTTGAGATAACAAAGCCTTTTAAAGTGAGTAATAAGACTTCT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-T
* * * * *** ** *
16779 T-AAAGAATGGGTAACTATAAATAGAGTTTTCTTGCCAATGAATATATTTTTCTTTATGTCTCTC
65 TGAAAGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTTCAAATGAATGCCTTTTTCTACATGTTTCTC
* * * *
16843 GAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAA
130 -AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA
*
16887 AAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * *
16952 GAAGGAATGGGTGAA-TATAAATGGACTGTTT-TTGCTAATGAATTCATTTTTTCT-CATGTTTC
66 GAAAGAATGGGT-AACTATAAATGGACT-TTTCTTTCAAATGAATGC-CTTTTTCTACATGTTTC
* * * * *
17014 TAAAAGTATACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACTGAAAACT-T-AA
128 T-CAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAA
* * * * * * *
17059 AAACAATTCAACTTAAAATCAATTCTAAGATTACAAAATCATTTAAAGCGACTAATAAGCCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * ** * *
17124 GAAGGAATGGATGACTGTAAATGGA-TTATTCTTTCAAATGAATG-GGTTTGCTACACGTTTCTT
66 GAAAGAATGGGTAACTATAAATGGACTT-TTCTTTCAAATGAATGCCTTTTTCTACATGTTTC-T
* *
17187 GAGGTA-AGCATTCAATTATAGTCTATTTTAA-TAAAATATGT---
129 CAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAA-ATGTAAA
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17246 NNNNNNNNNN
Statistics
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*
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AACTTAAAAACAATTC
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17772 NNNNNNNNNN
* * ** * * * * *
17782 AGTTAAATTTCTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATCATTGAATGCCCACCTTGGGAAACATG
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* * * * **
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** * * *
17911 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTT
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** * * * *
17953 AGTTGAACATTTTTACATTTTTGGTTAAAACATAATATAATTGAATGTTTACCTTATGAAACATC
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTGA-GAAACAT-
* * *
18018 G-AGAAAAA-TACATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTGAAAAGCCTT
64 GAAGAAAAAGT-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CCTATTCCTTCAAAAGCCTT
* ** * **********
18081 GTTACTTGCTTTAAATGATTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTA
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* * * * ** * *
18124 AGTTGAA-TTTTTTACATATTTT-ATTCAAATAGACTATAATTGAATGCCTGTCTCAAGAAACGT
1 AGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-GAGAAACAT
* ** * * *
18187 -ATAGCAAAACCCATTCATTTGG-AAGAATAA-TCCATTCATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGC
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* * * *
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* ** * * *
18294 AGTGGAATTGTTTTTA-AGTTTTCAGTTAAAACAAACTATAATTAAATGGCTACCATGAGAAACA
1 AGTTGAATT-TTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TGAGAAACA
* * * *
18358 TG-AGAAAAAATGAATTCATTGGCAAGAACAGTCCATTTATATTCAGCC-ATTCCTTCAAAAGCC
63 TGAAGAAAAAGT-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC--CCTATTCCTTCAAAAGCC
* **********
18421 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNTA
125 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
* * * * *
18466 AGTTCAATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACGGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAGACAT
1 AGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TGAGAAACAT
* * * *
18531 GAAGAAATATGT-ATTCATTGGCAAGAAAACTCTATTTATAGTTACCC-ATTCCTTCAAAAACCT
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** * * * *
18594 TATTACTCACTTTAAAAAGCTTTGTTATCTGAAAATTGATTTTA
126 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
* * * * * ***
18638 TGTTTAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCATGAGAAANNN
1 AGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TGAGAAACAT
******* * * * * * * *
18703 NNNNNNNAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTACTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTA
64 GAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CCTATTCCTTCAAAAGCCTTA
* ** * *
18768 TAACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
128 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
* ** * * *
18810 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATCATTGAATGTCGACCTCAGAAAACATG
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTGAG-AAACATG
* * * * * * * * *
18875 TAGAAAAAGCCATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTA-ACATCTCCCATT-TTGTCAAAAGCTTT
65 AAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-GTC-CCTATTCCT-TCAAAAGCCTT
** * * * * *
18938 ATTACTCGGTTTAAAAGGTTTTATAAACTAAAAACTGATTTTC
127 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
* * *
18981 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAGAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACATG
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-GAGAAACATG
* * * * **
19046 AAGAAAAAGGCATTCATTGGCTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAA-CCTTAT
65 AAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CCTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
******
19110 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGNNNNNN
129 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
**** * * * * * *
19151 NNNNGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAAAAGGCTATAATTGAATGT-TCACCTTGGGGAACAT
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACC-TGAGAAACAT
* * * ** * * * * * * ** *
19215 AAAGCAAAAGCCAACCAATGACATGAAGAGTTCATTTATAGTCACTTAGGCCTTCGAAAGCCTTA
64 GAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CCTATTCCTTCAAAAGCCTTA
*
19280 TTACGT-ACTTTAAATGGTTTTATAAACT-AATAATTGATTTTA
128 TTAC-TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTA
* * * * ***
19322 AGTT-AATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAAACTATAATTAAATGTCTACCTGGAGAANNNN
1 AGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-GAGAA-ACA
****** * * * *
19386 NNNNNNAAAAG-CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATTCCTACAAAAGCCTT
63 TGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCT-ATTCCTTCAAAAGCCTT
* * *
19450 ATTACTCGCTTTAAATGGCTTTTA-AATGT-AACAATTGGTTTTA
127 ATTACTCACTTTAAATGG-TTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTA
* * * *
19493 AATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAATATAGACTATAATTGAATGTTCATATC-GAGAAACAT
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-TC-TACCTGAGAAACAT
* * ** *** *
19557 -AAAAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTTATTCATTCTTTCAAAAGCCTTA
64 GAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * *
19621 TTACTCGCTGTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
128 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
* * ** * * * * *
19663 ATTTTAATTTTGTTTACATTTTTTATTAAAACATACTATAATTAAATG-CTTGCCTTGGGAACCA
1 AGTTGAATTTT-TTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACC-TGAGAAACA
* * * * *** * *
19727 TGTACAAAAAGCCATTCA-TGGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTTTTTCATTTCTTCAAAAGCTT
63 TGAAGAAAAAGTCATTCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCT-ATTCCTTCAAAAGCCT
* * * *
19791 TATTACTCACTTTAAATGATTTTAGAATCTCATAATTGAATTTA
126 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
* * * * * *
19835 AGTTGAATGTTTTTACAGTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACAATGAGAGATATG
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-CTGAGAAACATG
* * * ** *
19900 AAGAAAAACGT-ATTCAATGGCAAGAAAACTCTATTTATAGTTACTCATTCTTTCAAAAGCCTTA
65 AAGAAAAA-GTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * *
19964 TTACTCACCTTAAATAGTTTTATTACCTCAAAATTGATTTTA
128 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
* * * * * *
20006 TGTTCAATTTTTTTTATATTTTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCATGAGAAACAT
1 AGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TGAGAAACAT
* * * *
20071 GAAGAAAAAAG-CATTTATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAACCTT
64 GAAG-AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCT-ATTCCTTCAAAAGCCTT
*
20135 ATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
127 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
* * * * * *
20178 AGTTGAATTGTTTTACCTTTTTTTGTTAAAA-AGGCTATAATTGAATAT-TCACCTTGGGAAACA
1 AGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACC-TGAGAAACA
* * ** * * * ** *
20241 TGAAGTAAAAGCCAACCAGTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGCCCT
63 TGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CCTATTCCTTCAAAAGCCTT
* * *
20306 ATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAAACT-AATAATTGATTTTA
127 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTA
* * *
20349 AG-TAAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAACAT
1 AGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-GAGAAACAT
* *
20413 GAAGAAAAA-TGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTT
64 GAAGAAAAAGT-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCT-ATTCCTTCAAAAGCCTT
* *
20477 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
127 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
* * ** *
20520 AGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTAAATGTCTAGTTTGAGAAACGT
1 AGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CCTGAGAAACAT
* * * * * * * * * * *
20585 GAAGAAGAGGACATTTATTGGCAAAAAAAGTTCATTTATTGGCACTCATTCGTTCAAAATCCTTA
64 GAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTA
* *
20650 TTACTCATTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTA
128 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
* * * * * * * *
20692 TGTTCAACATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAAAAACAT
1 AGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-GAGAAACAT
* * * * *
20757 GAAGAGAAAGGCATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
64 GAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTA
* ** *
20822 TTACTCAC-TTAAATGATTTCGTTATCTCAAAATTGATTTTA
128 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
* * * * * * * **
20863 TGGTCAACTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACTGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGT
1 AGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-GAGAAACAT
* * * * *
20928 GAAGAGAAA-TGCATTTATTAGTAAGAAAAGTCAATTTATA-TCCACTCATTCCTTCAAAAGCCT
64 GAAGAAAAAGT-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCC-CT-ATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * *
20991 TATTACAT-GCTTTAAATGGTTTTACAGA-CTTATAATTAATTTTA
126 TATTAC-TCACTTTAAATGGTTTTATA-ATCTCAAAATTGATTTTA
* * * * * * * *
21035 GGTTGACTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGTCTAT-ATTGAATGGT-TGCCTCTAGAAACAT
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT-GTCTACCT-GAGAAACAT
**
21098 GTTGAAAAAGTCATTCATT
64 GAAGAAAAAGTCATTCATT
21117 CAGAAGNNNN
Statistics
Matches: 2491, Mismatches: 583, Indels: 181
0.77 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 14 0.01
170 404 0.16
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172 910 0.37
173 21 0.01
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
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AGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
Found at i:18303 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 18282--18312 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
18272 TGTAATCTCA
18282 GAATTGATTTTAAGTG
1 GAATTGATTTTAAGTG
*
18298 GAATTGTTTTTAAGT
1 GAATTGATTTTAAGT
18313 TTTCAGTTAA
Statistics
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Consensus pattern (16 bp):
GAATTGATTTTAAGTG
Found at i:20099 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 17782--21014 Score: 2561
Period size: 343 Copynumber: 9.4 Consensus size: 342
17772 NNNNNNNNNN
* * ** * * * *
17782 AGTTAAATTTCTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATCATTGAATGCCCACCTTGGGAAACATG
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG
* * * * * * **
17847 TAGAAAAAGTGATTCACTTGG-AAGAAAAGTCCATTTATTGTCTC-CTATTCCTTCAAAGGTTTT
66 AAGAAAAAG-CATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTT
** * * * * **
17910 ATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTT-TAGTTGAA-CATTTTTACATTT
128 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAT-GTTCAATTTTTTTTACATTT
* * * * * *
17973 TTGGTTAAAACATAATATAATTGAATGTTTACCT-TATGAAACATCG-AGAAAAATA-CATTCAT
192 TTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGA-GAAACAT-GAAGAAAAA-AGCATTCAT
* * * * **
18035 TGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTGAAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATGAT
254 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGAT
**********
18100 TTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTA
319 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
* * * ** ** *
18124 AGTTGAA-TTTTTTACATATTTT-ATTCAAATAGACTATAATTGAATGCCTGTCTCAAGAAACGT
1 AGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT
** * * * *
18187 -ATAGCAAAACCCATTCATTTGG-AAGAATAA-TCCATTCATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGC
65 GA-AG-AAAAAGCATTCA-TTGGCAAGAA-AAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
* * * * * * ** *
18249 TTATTTCTCACTTCAAATGGTTTTGTAATCTCAGAATTGATTTTAAGTGGAATTGTTTTTA-AGT
126 TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTACA-T
* * * *
18313 TTTCAGTTAAAACAAACTATAATTAAATGGCTACCAT-GAGAAACATG-AGAAAAAATGAATTCA
190 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACC-TCGAGAAACATGAAGAAAAAA-GCATTCA
* * *
18376 TTGGCAAGAACAGTCCATTTATATTCAGC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
253 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* **********
18440 GTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNTA
317 ATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
* * ** * *
18466 AGTTCAATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACGGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAGACAT
1 AGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT
* * * * * *
18531 GAAGAAATATGTATTCATTGGCAAGAAAACTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAACCTTA
65 GAAGAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * *
18596 TTACTCACTTTAAAAAGCTTTGTTATCTGAAAATTGATTTTATGTTTAATTTTTTTTACATTTTT
129 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTACATTTTT
* * * ********** * *
18661 AGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCAT-GAGAAANNNNNNNNNNAAGGCATTCATTGAC
194 AGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACC-TCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGC
* * * * * * **
18725 AAGAAAAGTCTACTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATAACTTGCTTTAAATGATTTTA
258 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTA
*
18790 TAATCTCATAATTGATTTTA
323 TAATCTCAAAATTGATTTTA
* ** * * * *
18810 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATCATTGAATGTCGACC-TCAGAAAACAT
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACAT
* * * * * * * * * *
18874 GTAGAAAAAGCCATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTA-ACATCTCCCATT-TTGTCAAAAGCTT
65 GAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA-GTCACTCATTCCT-TCAAAAGCCT
** * * * *
18937 TATTACTCGGTTTAAA-AGGTTTTATAAACTAAAAACTGATTTTCA-GTTGAA-TTTTTTTACAT
127 TATTACTCACTTTAAATA-GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT-ATGTTCAATTTTTTTTACAT
* * * * * *
18999 TTTTGGTTAAAACAGATTAGAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT
190 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATT
* * * ** *
19064 GGCTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
255 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATT
******
19128 TTATAATCTCAAAATTGNNNNNN
320 TTATAATCTCAAAATTGATTTTA
**** * * * * * *
19151 NNNNGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAAAAGGCTATAATTGAATGT-TCACCTTGGGGAACAT
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAACAT
* * ** * * * * * ** *
19215 AAAGCAAAAGCCAACCAATGACATGAAGAGT-TCATTTATAGTCACTTAGGCCTTCGAAAGCCTT
65 GAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
19279 ATTACGT-ACTTTAAATGGTTTTATAAACT-AATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTATATT
128 ATTAC-TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTACATT
* * * **********
19341 TTTTGTTAAAACAAACTATAATTAAATGTCTACCTGGAGAANNNNNNNNNNAAAAGCATTCATTG
191 TTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTG
* * * * *
19406 GTAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATTCCTACAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTT
256 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GATT
* *
19471 TTA-AATGT-AACAATTGGTTTTA
320 TTATAATCTCAA-AATTGATTTTA
* * *
19493 AATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAATATAGACTATAATTGAATGTTCATA--TCGAGAAACA
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATG-TC-TACCTTGAGAAACA
* ** * * * *
19556 T-AAAAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTTATTCATTCTTTCAAAAGCCTT
64 TGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * *
19620 ATTACTCGCTGTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAT-TTTAATTTTGTTTACATTT
128 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT-ATGTTCAATTTTTTTTACA-TT
* * * * * * *
19684 TTTA-TTAAAACATACTATAATTAAATG-CTTGCCTTGGGAACCATGTA-CAAAAAGCCATTCA-
191 TTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTC-TACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCAT
* *** * *
19745 TGGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTTTTTCATTTCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGA
254 TGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA
* * *
19810 TTTTAGAATCTCATAATTGAATTTA
318 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
* * ** * *
19835 AGTTGAATGTTTTTACAGTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACAATGAGAGATATG
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG
* * * * *
19900 AAGAAAAACGTATTCAATGGCAAGAAAACTCTATTTATAGTTACTCATTCTTTCAAAAGCCTTAT
66 AAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * *
19965 TACTCACCTTAAATAGTTTTATTACCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTATATTTTTG
130 TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTACATTTTTA
* * * * *
20030 GTGAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCAT-GAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTTATTGGCA
195 GTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACC-TCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCA
* * * *
20094 AGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTAT
259 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAT
20159 AATCTCAAAATTGATTTTA
324 AATCTCAAAATTGATTTTA
* * * * * *
20178 AGTTGAATTGTTTTACCTTTTTTTGTTAAAA-AGGCTATAATTGAATAT-TCACCTTGGGAAACA
1 AGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAACA
* ** * * * * ** *
20241 TGAAGTAAAAGCCAACCAGTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGCCCT
64 TGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
20306 ATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAAACT-AATAATTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTTACATTT
128 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTACATTT
* * *
20369 TTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGG
192 TTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGG
*
20434 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTT
257 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTT
*
20498 TATAATCTCATAATTGATTTTA
321 TATAATCTCAAAATTGATTTTA
* ** *
20520 AGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTAAATGTCTAGTTTGAGAAACGT
1 AGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT
* * * * * * * *
20585 GAAGAAGAGGACATTTATTGGCAAAAAAAGT-TCATTTATTGGCACTCATTCGTTCAAAATCCTT
65 GAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * **
20649 ATTACTCATTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAACATTTTTTACATTTT
128 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTACATTTT
* * * * * *
20714 TAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAGAAAGGCATTCATTAGC
193 TAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGC
* **
20779 AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC-TTAAATGATTTCG
258 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTA
*
20843 TTATCTCAAAATTGATTTTA
323 TAATCTCAAAATTGATTTTA
* * * * * ** **
20863 TGGTCAACTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACT-GATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATG
1 AGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-TAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
* * * * *
20927 TGAAGAGAAATGCATTTATTAGTAAGAAAAGTCAATTTATA-TCCACTCATTCCTTCAAAAGCCT
64 TGAAGA-AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT-CACTCATTCCTTCAAAAGCCT
* *
20991 TATTACAT-GCTTTAAATGGTTTTA
127 TATTAC-TCACTTTAAATAGTTTTA
21015 CAGACTTATA
Statistics
Matches: 2299, Mismatches: 508, Indels: 167
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 9 0.00
341 476 0.21
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344 404 0.18
345 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (342 bp):
AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG
AAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAG
TTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAG
AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAA
TCTCAAAATTGATTTTA
Found at i:20858 original size:514 final size:510
Alignment explanation
Indices: 17793--21080 Score: 2663
Period size: 514 Copynumber: 6.4 Consensus size: 510
17783 GTTAAATTTC
* * * * * * *
17793 TTTACATTTTTCA-TTAAAATAGACTATCATTGAATGCCCACCTTGGGAAACATGTAGAAAAAGT
1 TTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAA-T
* * * ** *
17857 G-ATTCACTTGG-AAGAAAAGTCCATTTATTGTCTC-CTATTCCTTCAAAGGTTTTATTACTTGC
64 GCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * ** *
17919 TTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTTAGTTGAACATTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
127 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * ** *
17984 ATAATATAATTGAATGTTTACCTT-ATGAAACATCG-AGAAAAATACATTCATTGGCAAGAAAGG
192 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACAT-GAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * ** * *******
18047 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTGAAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATGATTTTATNNNNNNN
254 TTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
*** * * * * * * **
18112 NNNTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATATTTTA-TTCAAATAGACTATAATTGAATGCCTGTC
319 AAATTGATTTTATGTTAAATTTTTTACAT-TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACC
** * * * * *
18176 TCAAGAAACGT-ATAGCAAAACCCATTCATTTGGAAGAATAA-TCCATTCATAGTCACCCATTCC
383 TTGAGAAACATGA-AGCAAAAGCCATTCA-TTGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACTCATTCC
* * * * * * *
18239 TTCAAAAGGCTTATTTCTCACTTCAAATGGTTTTGTAATCTCAGAATTGATTTTAAGTGGAATTG
445 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT-GAATTT
18304 TT
509 TT
* * * *
18306 TTTA-AGTTTTCAGTTAAAACAAACTATAATTAAATGGCTACCAT-GAGAAACATG-AGAAAAAA
1 TTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACATGAAG-AAAAA
* * *
18368 TGAATTCATTGGCAAGAACAGTCCATTTATATTCAGC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
63 TGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
********** * *
18432 TTTAAATGGTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTCAATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAA
127 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
** * * * * *
18497 CGGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAGACATGAAGAAATATGTATTCATTGGCAAGAAAA-C
191 TAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAA-AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* ** * * * *
18561 TCTATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAAAAGCTTTGTTATCTGA
255 TC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * *
18626 AAATTGATTTTATGTTTAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTAC
319 AAATTGATTTTATG-TTAA-ATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTAC
* ********** * * * * *
18691 CATGAGAAANNNNNNNNNNAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTACTTATAATCACCCATTCCT
382 CTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT
* * ** *
18756 TCAAAAGCTTTATAACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
446 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TGAATTTT
18821 T
510 T
* * * *
18822 TTATA-TTTTTTA-TTAAAACAGACTATCATTGAATGTCGACCTC-AGAAAACATGTAGAAAAA-
1 TT-TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAACATGAAGAAAAAT
* * * * * * * *
18883 GCCATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTA-ACATCTCCCATT-TTGTCAAAAGCTTTATTACTCG
64 G-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-GTCACTCATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * * *
18946 GTTTAAAAGGTTTTATAAACTAAAAACTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
126 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * *
19011 CAGATTAGAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCTAGAAAAG-
191 TAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
**
19075 TCTATTTATAGTCACCCATTCCTT-TGAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
255 TC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
********** * * * * *
19139 AAATTGNNNNNNNNNNGAATTTTTTTATATTTTT-GATTAAAAAAGGCTATAATTGAATGT-TCA
319 AAATTG-ATTTTATGTTAAATTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTAAATGTCT-A
* * * ** * * * * * **
19202 CCTTGGGGAACATAAAGCAAAAGCCAACCAATGACATGAAGAGTTCATTTATAGTCACTTAGGCC
381 CCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCC
* * * *
19267 TTCGAAAGCCTTATTACGT-ACTTTAAATGGTTTTATAAACT-AATAATTGATTTTAAGTTAATT
445 TTCAAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTGAATT
19330 TTT
508 TTT
* * * * * *********
19333 TTTATATTTTTTGTTAAAACAAACTATAATTAAATGTCTACCTGGAGAANNNNNNNNNNAAAA-G
1 TTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAA-ACATGAAGAAAAATG
* * *
19397 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATTCCTACAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
65 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
19462 AAATGGCTTTTA-AATGTAACAATTGGTTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAATATAG
130 AAATGG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAG
* * * ** *
19526 ACTATAATTGAATGTTCATA--TCGAGAAACATAAAAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCC
194 ACTATAATTGAATG-TC-TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTC
* ** * * * * * *
19589 ATTTATAGTTATTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
257 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
* * * *
19654 TTGATTTTAATTTTAATTTTGTTTACATTTTTTA-TTAAAACATACTATAATTAAATG-CTTGCC
322 TTGATTTT-ATGTTAAATTT-TTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTC-TACC
* * * * * *** *
19717 TTGGGAACCATGTA-CAAAAAGCCATTCATGGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTTTTTCATTTCT
383 TTGAGAAACATGAAGC-AAAAGCCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT
* * * * *
19781 TCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAGAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAA-TGT
446 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TGAATTTT
19845 T
510 T
* * * * * * *
19846 TTTACAGTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACAAT-GAGAGATATGAAGAAAAACG
1 TTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-CTCGAGAAACATGAAGAAAAATG
* * * * * * * *
19910 TATTCAATGGCAAGAAAACTCTATTTATAGTTACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTT
65 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * * *
19975 AAATAGTTTTATTACCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTATATTTTTGGTGAAAATAG
130 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAG
* * * *
20040 ATTATAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTTATTGGCAAGAAAAGTTCA
194 ACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCA
* *
20105 TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
258 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * * * *
20170 TGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACCTTTTTTTGTTAAAA-AGGCTATAATTGAATAT-TC-ACCT
323 TGATTTTATGTTAAATT-TTTTA-CATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATT-AA-ATGTCTACCT
* * ** * * * **
20232 TGGGAAACATGAAGTAAAAGCCAACCAGTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTC
384 TGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCA-TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTC
* * * *
20297 AAAAGCCCTATTACTTACTTTAAAT-AGTTTTATAAACT-AATAATTGATTTTAAGTAAATTTTT
448 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTGAATTTTT
*
20360 TTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAATGC
1 TTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAATGC
* *
20425 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
66 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
*
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131 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGA
* ** * * * *
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* * * * * * *
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* **
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324 GATTTTATGTT-AA-ATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTTGA
* * *
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** * * * *
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* * * * * ** *
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* * * *
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* * * * * * *
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*
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** * * *
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* * * * * * *
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* *
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ATTTTTTATTATAT
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* *
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* *
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22211 TATTATACAA
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* *
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* *
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22298 A
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ATTTTATTTTTTATATTTT
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22135 TAATCTTATA
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*
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* * * * * * ** *
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**** * * * **
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** * * ** *
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* * * *
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* **
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** * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * **
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* * * *
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* * * * * **
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* *
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* * * * * *
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* * * *
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*
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* ** * * * *
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** * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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** * *
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1 TAAGGCT-TTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT
* * * * * * *
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*
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* * **
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* * * * * * * *
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65 CATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAAAATTGAA
* * * * * * *
24204 CTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACTATCTCAAGTGTA-TAA
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* * ** * * * ** *
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** * * * * * *
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66 ATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACA
* * * * *
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* * * * *
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* * * ** * * *
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* *
24547 ATTAAAACCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
130 A-TAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * * * *
24591 TAAGGCTTTTGAAGGAACGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGTCTTTTTCTTC
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* * * *
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*
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131 TAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* ** * **
24763 TAAGGTTTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAAAGAATGTGTTTTT-TC
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* * * * * *
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* ** * *
24889 CTTAAAAT-AATCATGAGGGT-ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
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* * * * ** * *
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1 TAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTC
** * * * ** * *
24997 ACATTTCTTAAGGTACACATTCAATTAGAATCCATTTTAACCAAAAATGTAAGAAACATTGAACA
66 ATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACA
* * *
25062 TAAAATCAA-TTCGAGATAATAAAACTATTTAAAATGAGTAA
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* * ** * *
25103 TGAA-TC-TTTAGAACGAATGGACGACTATAAATAGACTTTTCATGCCAATGAATGTCC-TCTTC
1 T-AAGGCTTTTA-AAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CCTTTTTC
* * * * * *
25165 TTCACGTTTCTTGGGGTACACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAA-TAA
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* *
25229 ACATAAAA-CTAATTTTGACATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
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* * * ***
25274 TAAGGATTTTGAGGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATATTTTTCTTC
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*
25339 ACGTTT-TTGA
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25349 AGNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2169, Mismatches: 411, Indels: 119
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Matches are distributed among these distances:
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22529 CAACACTACC
* * * * * *
22539 TAAGGGTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACTAATGAATGATTTTTTTTTT
1 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGA-CTTTTTCTT
** * * *
22604 CACGTTTTTTGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTAAATCAAAACTG-AAAAAAATTTG-AC
65 CATATTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTAAA-CAAAAATGTAAAAAAA-TTGAAC
* * * * * * * * * * *
22667 TTAAAATAAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAGGGGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGAAT-GCA
128 ATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAG-G
** * * * * *
22731 CAACTATAAATAGACTTTTCTCGTCAACGAATGTGTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATT
192 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTCTTCACATCTCTCGAGGTAGACATT
* ** * * * * * * *
22796 CAATTCTAGTCTGTTTTAATGAATAATGTAAAAAAAATTGAACATAAAATCAATTTTCAACTAAG
257 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAA-AA-ATATAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGCTAAT
* * *
22861 AAAATCATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTCAAAGGAATAA-GTGACTATAAATGAACTTTTCTT
320 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAA-AAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
* *
22925 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTTTTTTAACCA
384 ACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTATTTTAACCA
* ** * *
22990 AAACTGCAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAGAAAGCCATTTAAAGC-ATGTAAT
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* * * *
23054 AAGGCTTTTGAAGGAATAGGTCACTAGAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTACTTCA
513 AAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
* * * * * ***
23119 TATTTC-TAGAGGTAGACATTCAATT-TAGTCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCGGCTT
577 TGTTTCTTA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAGAATTCAAATT
* * *
23182 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
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* *
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* * * *
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* * * *
23351 CATAAAATCAATTTTGAAATAATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTG-AAGAA-ACG
127 CATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATA--
* * * * * *
23414 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCGTTTTTCTTCACGTTTCTCTAGGTAGATA
190 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTCTTCACATCTCTCGAGGTAGACA
* * *
23479 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATA-AAAAAATTGAACATAAAATCAATTTTGAGCTAAT
255 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGCTAAT
* * * *
23543 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTCGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCATA
320 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAAAAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTA
*
23608 CCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACC-A
385 CCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTATTTTAACCAA
* * * * *
23672 AACTATAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCGTGTAATAA
450 AAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * *
23737 GGCCTTTGAAGGAATGCGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTAGG
515 GGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATG
** * * *
23802 TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATTTTTTTTAACCAAAAATATACAAAGAATTCCAATTAA
579 TTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATA-AAAGAATTCAAATTAA
** * *
23867 AATTAATTTTGAGATTATAAAACCATTTATAGTGAGTAA
643 AACCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * *
23906 TAAGG-TCTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTTAATGAATGACTTTTTCAT
1 TAAGGCT-TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCTT
* * * *
23970 CATATTTTTTGAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTAAACAAAAAATGTAAAAACAATTGAGC
65 CATATTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTAAAC-AAAAATGTAAAAA-AATTGAAC
* *
24035 ATAAAATCGATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGATAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGT
128 ATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGT
* * *
24100 GACTATAAATAGAATTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTCTTCATATCTCTCGAGGTAAACATTC
193 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTCTTCACATCTCTCGAGGTAGACATTC
* * * * *
24165 AATTATAATCTGTTTTGA-CAAAAGATATAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGCTTATAA
258 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAA-ATATAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGCTAATAA
* * * * * * * * **
24229 AACTATCTCAAGTGTA-TAATAAGGCTTTTGAACGAAAAGGTGATTATAAATGGACCTTTCTTGT
322 AACCATTTAAAGTG-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGAAAAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTAC
* * * * *
24293 TAGTGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCACGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAA
386 CAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAA
* * *
24358 AATATAAGAAA-ATTCAACTTAAGAGCAACTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
451 AATATAA-AAACATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * *
24422 GGCTTTTGAAAGAATGGATGACTATAAATTGACTTTTTTTACTAATGAATGCCTTTTTCTTCATG
515 GGCTTTTGAAGGAATGG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATG
* * *
24487 TTGCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTGAACCAAAAAAATATAAAGAATTCAAATTAA
579 TTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATA-AAAGAATTCAAATTAA
*
24552 AACCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
643 AACCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * *
24591 TAAGGCTTTTGAAGGAACGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGTCTTTTTCTTC
1 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTC
* * * *
24656 TTGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTAAACCAAAAATGTAAAAACAATTGAACA
66 ATATTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTAAA-CAAAAATGTAAAAA-AATTGAACA
* *
24721 TAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGTTTTTGAAAGAATGGGTG
129 TAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTG
** * ** *
24786 ACTATAAATAGACTTTTCTTATCAAAGAATGTGTTTTT-TCTCATGTCTCTCGAGGTAGACATTT
194 ACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTCT-TCACATCTCTCGAGGTAGACATTC
* * *
24850 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATCATGAGGGT-ATAA
258 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGA-GCTAATAA
* * * * * *
24913 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAAATGGGTGACTATAAATAAATTTTTCTTAT
322 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAAA-AGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTAC
* * ** * * * **
24977 CAATGATTGCCTTTCTCTTCACATTTCTTAAGGTACACATTCAATTAGAATCCATTTTAACCAAA
386 CAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAA
* * * * * * **
25042 AATGTAAGAAACATTGAACATAAAATCAA-TTCGAGATAATAAAACTATTTAAAATGAGTAATGA
451 AATATAA-AAACATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-A
* * * * * *
25106 A-TCTTTAGAACGAATGGACGACTATAAATAGACTTTTCATGCCAATGAATGTCC-TCTTCTTCA
514 AGGCTTTTGAAGGAATGG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CCTTTTTCTTCA
* ** * * * * *
25169 CGTTTCTTGGGGTACACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAAT-AAACAT
577 TGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAGAATTCAAA-TT
* * *
25233 AAAACTAATTTTGACATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
641 AAAACCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * *
25274 TAAGGATTTTGAGGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ATATTTTTCTT
1 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGA-CTTTTTCTT
25338 CA
65 CA
25340 CGTTTTTGAA
Statistics
Matches: 1819, Mismatches: 259, Indels: 79
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
680 1 0.00
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686 11 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (681 bp):
TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTC
ATATTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTGAACATA
AAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGAC
TATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTCTTCACATCTCTCGAGGTAGACATTCAAT
TATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGCTAATAAAACC
ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAAAAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATG
AATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAAATAT
AAAAACATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
TGAAGGAATGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTA
AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAGAATTCAAATTAAAACCAATT
TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
Found at i:24633 original size:513 final size:508
Alignment explanation
Indices: 22539--25344 Score: 2718
Period size: 513 Copynumber: 5.5 Consensus size: 508
22529 CAACACTACC
* * * * * * * *
22539 TAAGGGTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACTAATGAATGATTTTTTTTTT
1 TAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG-TCTTTTTCTT
* * * * * * * * **
22604 CACGTTTTTTGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTAAATCAAAACTGA-AAAAAATTTGACT
65 CATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-ATAAAAAATTCAACT
* * * * * * * ****
22668 TAAAATAAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAGGGGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGAATGCACA
129 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGTAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAAAGGGTG
* * * ** ** *
22733 ACTATAAATAGACTTTTCTCGTCAACGAATGTGTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCA
193 ACTATAAATAGACCTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCA
* * * ** * * * * * * *
22798 ATTCTAGTCTGTTTTAATGAATAATGTAAAAAAAATTGAACATAAAATCAATTTTCA-ACTAAGA
258 ATTATAATTTGTTTTAACCAA-AA-ATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGA-TTATA
* * * **
22862 AAATCATTTAAAGTGAGTGATAAGGC-TTTCAAAGGAATAAGTGACTATAAA-TGAACTTTTCTT
320 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATTG-ACTTTTCTT
* * * *
22925 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTTTTTTAACCA
383 GCTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
* ** * * * * * *
22990 AAACTGCAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAGAAAGCCATTTAAAG-CATGTAA
448 AAAATATAAAAA-ATTGAA-ATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGA-GTAA
* * *
23053 TAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTCACTAGAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTACTTC
1 TAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTC
* * * * * **
23118 ATATTTCTAGAGGTAGACATTCAATT-TAGTCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCGGCTT
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** *
23182 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
130 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGTAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAAAGGGTGA
* * * * * *
23247 CTATAAATAGA-CTGTTCTTAG-CAATGAATGCATTTTTTTTCATATTTCTTGAAGTAAACATTC
194 CTATAAATAGACCT-TTCTT-GTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTC
* * * * * *
23310 AATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAGGAAATTGAACATAAAATCAATTTTGAAATAATA
257 AATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAA--AAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
* * * *
23375 AAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTG-AAGAAACGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
320 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTG
* * * * * *
23439 CCAATGAATGCGTTTTTCTTCACGTTTCTCT-AGGTAGATATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTA
384 CTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
*
23503 AAAATA-AAAAAATTGAACATAAAATCAATTTTGAGCTAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
448 AAAATATAAAAAATTGAA-ATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * * * * *
23564 TAGGGCTTTCGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCAATGAATGCCTTTTTCTTC
1 TAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTC
* * * *
23629 ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACC-AAACTATAAAAATATTTAACTT
66 ATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA-ATTCAACTT
* * * * *
23693 AAAATCAATTTTGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCGT-GTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGCGTG
130 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-GTAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAAAGGGTG
* * * * *
23757 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTAGGTTTCTCGAGGTAGACATTCA
193 ACTATAAATAGACCTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCA
* *
23822 ATTATAATTTTTTTTAACCAAAAATATACAAAGAATTCCAA-TTAAAATTAATTTTGAGATTATA
258 ATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATATA-AAA-AATT-CAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
* *
23886 AAACCATTTATAGTGAGTAATAAGG-TCTTT-AAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
320 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT-TTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTT
* * * * * * * * *
23949 GTTAATGAATGACTTTTTCATCATATTTTTTGAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTAAACAA
383 GCTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
* * *
24014 AAAATGTAAAAACAATTGAGCATAAAATCGATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGAT-AGTAA
448 AAAATAT-AAAA-AATTGA-AATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAA
* * *
24078 TAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATAGAATTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTCTTC
1 TAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTC
* * * * *
24143 ATATCTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTGA-CAAAAGATATAAAAAATTCAGCTT
66 ATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA-ATATAAAAAATTCAACTT
* * * * *
24207 AAAATCAATTATGAGCTTATAAAACTATCTCAAGTGTA-TAATAAGGCTTTTGAACGAAAAGGTG
130 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-GTAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAAAGGGTG
* * * * *
24271 ATTATAAATGGACCTTTCTTGTTAGTGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCACGAGGTAGACATTCA
193 ACTATAAATAGACCTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCA
* * * * *
24336 ATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAGAAAATTCAACTTAAGAGCAACTTTGAGATTATAAA
258 ATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAA
* * * *
24401 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGATGACTATAAATTGACTTTTTTTACTA
322 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCTA
* *
24466 ATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTGCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTGAACCAAAAA
387 ATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC--AAA
* * * *
24531 AATATAAAGAATTCAAATTAAAACCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
450 AATATAAAAAATTGAAA-TAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
** * *
24591 TAAGGCTTTTGAAGGAACGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGTCTTTTTCTTC
1 TAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTC
* ** * * * *
24656 TTGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTAAACCAAAAATGTAAAAACAATTGAACA
66 ATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAA-AATTCAACT
* * * *
24721 TAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGAG-AGTAATAAGGTTTTTGAAAGAATGGGT
129 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-GTAGTAATAAGGCTTTTG-AAGAAAGGGT
* * * ** *
24785 GACTATAAATAGACTTTTCTTATCAAAGAATGTGTTTTT-TCTCATGTCTCTCGAGGTAGACATT
192 GACTATAAATAGACCTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCT-TCATGTTTCTCGAGGTAGACATT
* * * ** **
24849 TAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATCATGAGGGTATAA
256 CAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAA
* ** * *
24913 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGAAATGGGTGACTATAAATAAATTTTTCTT-A
321 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGC
* * ** * * **
24976 TCAATGATTGCCTTTCTCTTCACATTTCTTAAGGTACACATTCAATTAGAATCCATTTTAACCAA
385 T-AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
* * * *
25041 AAATGTAAGAAACATTGAACATAAAATCAA-TTCGAGATAATAAAACTATTTAAAATGAGTAA
449 AAATATAA-AAA-ATTGAA-ATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * * * * * *
25103 TGAA-TCTTTAGAACGAAT-GGACGACTATAAATAGACTTTTCATGCCAATGAATGTCCTCTTCT
1 T-AAGGCTTTTGAAGGAATAGG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCT
* * * * * * *
25166 TCACGTTTCTTGGGGTACACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATAAAC
64 TCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAAC
* * * * * * *
25231 ATAAAA-CTAATTTTGACATAATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATAAGGATTTTGAGGGAATGG
128 TTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-GTAGTAATAAGGCTTTTGA-AGAAAGG
* * *** *
25294 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATATTTTTCTTCACGTTT
190 GTGACTATAAATAGACCTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTT
25345 TTGAAGNNNN
Statistics
Matches: 1918, Mismatches: 318, Indels: 115
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 7 0.00
511 519 0.27
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514 367 0.19
515 149 0.08
516 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (508 bp):
TAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTC
ATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTA
AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGTAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAAGGGTGACT
ATAAATAGACCTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATT
ATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCA
TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCTAATGA
ATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATA
AAAAATTGAAATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
Found at i:26297 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 25863--28527 Score: 844
Period size: 171 Copynumber: 15.6 Consensus size: 170
25853 NNNNNNNNNN
* * *
25863 ATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAATCTTTAGAACG
1 ATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTT-GAAGG
* * * * * * * * *
25928 AATGGATGACAATAAATGGACTTTT-TATGCCGATGAATGTCCTCTTGTTCACATTTCTAGGGGT
65 AATGGAAGACTATAAATAGACTTTTCT-TGCCAATGAATATCCTTTTCTTCACATTTCTTGAGGT
* * * *
25992 AGACATTTAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
129 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAA
* * * * * * * *
26035 AATGAACATAAAACCAATTTTGCGATAATAAATCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAGGG
1 ATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-AGCTTTGAAGG
* ** *
26100 AATGGGTA-ACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATATTTTTCTTCACGTTT-TTGAAGG
65 AAT-GGAAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCCTTTTCTTCACATTTCTTG-AGG
* * *
26163 TAGACATTCCATTGTAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
128 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
* * * * *
26206 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGAAAGCTTTGAAGGA
1 ATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTGAAGGA
* * ** * *
26271 ATGAAAGACTATAAATATACTTTTCTT-CTCAATGAAT-GGCTTTTTTTACACATTTCTTGAGGC
66 ATGGAAGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATGAATATCCTTTTCTT-CACATTTCTTGAGGT
** **
26334 A-AGCATTCAA-TATAGGCTGTTTTAATTAAAAA-AGTAAAAAA
129 AGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATA-TAAAAAA
* * * * * * * *
26375 ATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGG
1 ATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAG-CTTTGAAGG
** ** * * *
26440 AATGGGTGGTTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCC-TTTCTTCACATTTCTTGAGGTT
65 AATGGAAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCCTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTA
* * *
26503 TACATTCAATTATAATCAGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAAA
130 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT--ATAAAAAA
*
26546 ATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATAACAAAACCATTT-AAGTGAGTAATAANNNNNNNNNNNN
1 ATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA------------
*****************************************************************
26610 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
54 AGCTTTGAAGGAATGGAAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCCTTTTCTTCACAT
**********
26675 NNNNNNNNNNAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
119 TTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAA
* * * * *
26728 ATTAAACATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAATTAAGTAATAAGGATTTTGAAGG
1 ATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAG-CTTTGAAGG
* * * * * * * * * * *
26793 AATAGG-TGACAATAAGTGGACTTTTTTTGACAATGAATGTTCTCTTCTTCACATTTCTTAAAGT
65 AAT-GGAAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCCTTTTCTTCACATTTCTTGAGGT
* *
26857 AGACATTCAA-T-T-GTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAA
129 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
* * * * * ** *
26896 ATTTAACTTAAAATCTATTATGATATTCTAAAACCTTTTAAAGTGAGTAA-AAAGGCTTTTGAAG
1 ATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAA-GC-TTTGAAG
* * * ** **
26960 GAAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAT-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAG
64 GAATGGA-AGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ATCCTTTTCTTCACATTTCTTGAG
* * * * * * *
27023 GTAGATAATCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAGAATGTAAAATA
127 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
* * * * * ** *
27067 GTTCAACATAAAATCAATTATT-AGTTTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAGGGCTTTCAA--
1 ATTGAACATAAAATCAATT-TTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTGAAGG
* * * * * * * * **
27129 AA-GCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCACTG-GT-TGGCTTTTGCTTCACGTTCCCC
65 AATG--GAA--GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATAT-CCTTTT-CTTCACATTTCTT
* * ** * *
27191 AAGGTGGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACC-AAAATGTAAAAAA
124 GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
* * * * * * ***********
27237 AATCATCTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGNNNNNNNNNNTTTTTGAAGG
1 ATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTG-AGTAATAAAGCTTTGAAGG
** * * * * ** * ** *
27302 AATGGGTGGCTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTCATGGT
65 AATGGAAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCCTTTTCTTCACATTTCTTGA-GGT
*
27366 AGACATTCAATTATAACCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
129 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAA
* * * * *
27409 ATTGAACATAAAATCAATTTTGAGACAATAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGT
1 ATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGC-TTTGAAGG
* * * * * ** * *
27474 AATGGATA-ACTCTAAATAGAGTTTT-TTTCTCAATGAATAT-TTTTTTTTCATGTCTCTCGAGG
65 AATGGA-AGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATGAATATCCTTTTCTTCACATTTCTTGAGG
* * * * * * *
27536 TTGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAATTGTAAAAAC
128 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
** * * * * * * ** * * *
27579 ATTCTACTTAAAAGCAATTATGAGATTATAAAGCTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGA
1 ATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGC-TTTGAAGG
* * * * * * * *
27644 AATGAAAAATTATAAATGGACTTTTCTT-CTCCATGAATAGCTTTTTC-T-ACATTGTTCCTGAG
65 AATGGAAGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATGAATATCCTTTTCTTCACA-T-TTCTTGAG
* * * * **
27706 GCAGGCATTCAATTATAGTATGTTTTAATGAAAAATATAAAAAA
127 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
* * ** * **
27750 ATT-AAAATTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGCT-AGTAATAAGAATTTTGAA
1 ATTGAACA-TAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAA-AGCTTTGAA
* * * * * * *
27813 GGAAT-GAGTGACTATAAAT-GAACCTTTCTTGTCAATGAAT-GCTTTTTTCTTCACGTTTCTCG
63 GGAATGGA-AGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATATC-CTTTTCTTCACATTTCTTG
** * * * * *
27875 ATATAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACA
125 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
* * **** * * *
27921 ATTTAACTTAAAATCAATTATTTCTTTAA-AAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGCAG
1 ATTGAACATAAAATCAATT-TTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGC-TTTGAAG
** * * **
27985 GAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATA-CTTTTTTCTTCATGTTTCTCT-AG
64 GAATGGAAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATC-CTTTTCTTCACATTTCT-TGAG
* * *
28048 GTAGACATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
127 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
* * * ** ** * * *
28092 ATTCAACTTAAAATTAATTTTGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCAATTAAT-AGGCTTCCGAAGG
1 ATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTT-TGAAGG
* * * * ** * * * * ** ***
28156 -CTTG-AGTTACTATAAATCGACTTTTCATATCAATG-GT-TGGCTTTTATTTCACGTACCCCAA
65 AATGGAAG--ACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATAT-CCTTTT-CTTCACATTTCTTGA
* * ** ** * *
28217 GGCAAACATGAAATTATAGCCT-TTTCTAACCAAAAATGT-AAAAC
126 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT-TAACCAAAAATATAAAAAA
* * * * * ** * *
28261 ACTAAAC-TTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGATTTTTAAAAG
1 ATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-AGCTTTGAAGG
* * * * ** * ** *
28325 AATGGATGACTATAAATAAACTTTTCTAGCCAATGAAT-GCCTTTTTCTTCATGTTCCTCAAGAT
65 AATGGAAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCC-TTTTCTTCACATTTCTTGAGGT
* *
28389 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
129 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
* * * * * * * * *
28431 ATTCAACTTAAAATCAGTTTTTAGTTTATAAAACCTTTTAAA-TGGATTAATAAGGCTTTTGACA
1 ATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAAGC-TTTGA-A
* * * *
28495 -AAATGGAAAACGATAAATGGACTTTTCTT-CCAA
63 GGAATGGAAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAA
28528 ATAAATGGCT
Statistics
Matches: 1806, Mismatches: 577, Indels: 222
0.69 0.22 0.09
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 2 0.00
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173 10 0.01
174 1 0.00
181 1 0.00
182 43 0.02
183 42 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
ATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTGAAGGA
ATGGAAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCCTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAG
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
Found at i:26386 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 25871--26594 Score: 576
Period size: 169 Copynumber: 4.2 Consensus size: 169
25861 NNATTGAACA
* * * * * * *
25871 TAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAA-TCTTTAGAACGAATGGAT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGAAAGTCTTT-GAAGGAATGAAA
* * * * * *
25935 GACAATAAATGGACTTTT-TATGCCGATGAATGTCCTCTTGTTCACATTTCTAGGGGT-AGACAT
65 GACTATAAATAGACTTTTCT-TGCCAATGAATG-CCT-TTCTTCACATTTCTTGAGGTCA-ACAT
* ** * * * * *
25998 TTAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAAATGAACA
126 TCAATTATAAGCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACT
* * * * * * * * * **
26043 TAAAACCAATTTTGCGATAATAAATCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGT-TTTGAGGGAATGGGT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGAA-AGTCTTTGAAGGAAT-GAA
*** *
26107 A-ACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATATTTTTCTTCACGTTT-TTGAAGGT-AGACA
64 AGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATG-A-ATGCCTTTCTTCACATTTCTTG-AGGTCA-ACA
* *
26169 TTCCATTGT-AGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACT
125 TTCAATTATAAG-CTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACT
26214 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGAAAG-CTTTGAAGGAATGAAAG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGAAAGTCTTTGAAGGAATGAAAG
* * *
26278 ACTATAAATATACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTTTTTACACATTTCTTGAGG-CAAGCATT
66 ACTATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GCCTTTCTT-CACATTTCTTGAGGTCAA-CATT
* ** *
26341 CAA-TATAGGCTGTTTTAATTAAAAA-AGTAAAAAAATTTAACT
127 CAATTATAAGCTGTTTTAACCAAAAATA-TAAAAAAATTCAACT
* * * * * ***
26383 TAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGAAAGTCTTTGAAGGAATGAAAG
** * **
26448 GTTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTCTTCACATTTCTTGAGGTTTACATTCAAT
66 ACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTCTTCACATTTCTTGAGGTCAACATTCAAT
* * * * *
26513 TATAATCAGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAAAATTGAACA
131 TATAAGCTGTTTTAACCAAAAAT--ATAAAAAAATTCAACT
* * *
26554 TAAAATCAATTTTGAGATAACAAAACCATTT-AAGTGAGTAA
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
26595 TAANNNNNNN
Statistics
Matches: 446, Mismatches: 81, Indels: 52
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 24 0.05
169 109 0.24
170 98 0.22
171 95 0.21
172 109 0.24
173 8 0.02
174 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGAAAGTCTTTGAAGGAATGAAAG
ACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTCTTCACATTTCTTGAGGTCAACATTCAAT
TATAAGCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACT
Found at i:27110 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 26685--28492 Score: 1399
Period size: 171 Copynumber: 10.6 Consensus size: 170
26675 NNNNNNNNNN
* * * *
26685 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTAAACATAAAATCAATTTTG
1 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTT-
* * * * * *
26750 AGATAATAAAACCATTTAAATTAAGTAATAAGGATTTTGAAGGAAT-AGGTGACAATAAGTGGAC
64 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGAC
* * * ** * *
26814 TTTTTTTGACAATGAATG-TTCTCTTCTTCACATTTCTTAAAGT
128 TTTTCTTGCCAATGAATGATT-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT
* * * * *
26857 AGACATTCAA-T-T-GTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCTATTATGA
1 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTA
* * * *
26919 TATTCTAAAACCTTTTAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTT
26984 TTCTTGCCAATGAATGATTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT
130 TTCTTGCCAATGAATGATTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT
* * * * * * *
27025 AGATAATCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAGAATGTAAAATAGTTCAACATAAAATCAATTATTA
1 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTA
* * * ** * ** *
27090 GTTTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAGGGCTTTCAAAAGCTTAAGTGACTATAAATGGACTT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTT
* * ** ** * * * *
27155 TTCATGCCACTGGTTGGCTTTTGCTTCACGTTCCCCAAGGT
130 TTCTTGCCAATGAATGATTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT
* * * * * *
27196 GGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACC-AAAATGTAAAAAAAATCATCTTAAAATTAATTTTGA
1 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTT-A
*********** * * *
27260 GATTATAAAACCATTTAAAGTGNNNNNNNNNNTTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATGGAATT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTT
* ** * *
27325 TTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCATGGT
130 TTCTTGCCAATGAATGATTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT
** * * *
27366 AGACATTCAATTATAACCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTGAACATAAAATCAATTTTG
1 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTT-
** * * * * * * *
27431 AGACAATAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTAATG-GATAACTCTAAATAGAG
64 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-TGACTATAAATGGAC
* * * *
27495 TTTT-TTTCTCAATGAAT-ATTTTTTTTTCATGTCTCTCGAGGT
128 TTTTCTTGC-CAATGAATGATTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT
* * * * * * * *
27537 TGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAATTGTAAAAACATTCTACTTAAAAGCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTA
* * ** * * *** *
27602 GATTATAAAGCTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGAAAAATTATAAATGGACTT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * *
27667 TTCTT-CTCCATGAAT-AGCTTTTTCTACATTGTTCCT-GAGGC
130 TTCTTGC-CAATGAATGA-TTTTTTCTTCA-TGTTTCTCAAGGT
* * ** * * * *
27708 AGGCATTCAATTATAGTATGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTAAAATTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTA
* * ** * *
27773 GATTGTAAAACTATTTAAAGCT-AGTAATAAGAATTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACC
65 GATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * **
27837 TTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCGATAT
129 TTTCTTGCCAATGAATGATTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT
* * * * *
27879 AGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATTT
1 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTA
** * * * * *
27944 CTTTAAAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGCAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTT
* *
28009 TTCTTGTCAATGAAT-ACTTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGT
130 TTCTTGCCAATGAATGA-TTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT
* * * *
28050 AGACATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTTTGA
1 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTT-A
* ** * ** ** * *
28115 GATTGTAAAACCATTTAAAGCAATTAAT-AGGCTTCCGAAGGCTTGAGTTACTATAAATCGACTT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTT
* ** ** * * * ** * *
28179 TTCATATCAATGGTTGGCTTTTAT-TTCACGTACCCCAAGGC
130 TTCTTGCCAATGAAT-GATTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT
* ** * * * *
28220 AAACATGAAATTATAGCCT-TTTCTAACCAAAAATGT-AAAACACTAAACTT-AAATCAATTTTG
1 AGACATTCAATTATAGTCTGTTT-TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTT-
* ** * * **
28282 AGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGATTTTTAAAAGAATG-GATGACTATAAATAAAC
64 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-TGACTATAAATGGAC
* ** * *
28346 TTTTCTAGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTCCTCAAGAT
128 TTTTCTTGCCAATGAATGATTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT
* * *
28389 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTTTTA
1 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA-ATTTTA
* * *
28454 GTTTATAAAACCTTTTAAA-TGGATTAATAAGGCTTTTGA
65 GATTATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTTGA
28493 CAAAATGGAA
Statistics
Matches: 1270, Mismatches: 332, Indels: 69
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 157 0.12
169 110 0.09
170 306 0.24
171 603 0.47
172 94 0.07
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTAG
ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTT
TCTTGCCAATGAATGATTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT
Found at i:29324 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 29071--29388 Score: 340
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
29061 TAAAACCATT
* * * *
29071 TAAAGCGAGTGACAAGGCTTTTGAAAGAGTTGGTGACTATAAATGGATCTTTCTTACCAATGAAT
1 TAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAAGAGATGGAGACTATAAATAGATCTTTCTTACCAATGAAT
*
29136 ACCTTTTTCTTCATGTTTCACAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAAT-AAAAATGTAA
66 ACCTTTTTCTTCATGTTTCACAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT-AATGAAAAACGTAA
**
29200 AAACGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
130 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
29232 TANNNNNNNNNNAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGAGAGATTATAAATAGATTTTTCT
1 TA----------AAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAAGAGATG-GAGACTATAAATAGATCTTTCT
** *
29296 T-CTCAATGAATGA-CTTTTT-TTACATGTTTCATTAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTA
55 TAC-CAATGAAT-ACCTTTTTCTT-CATGTTTCACAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA
29358 ATGAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
117 ATGAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
29389 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 14, Indels: 20
0.79 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
161 2 0.02
170 8 0.06
171 117 0.91
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (161 bp):
TAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAAGAGATGGAGACTATAAATAGATCTTTCTTACCAATGAAT
ACCTTTTTCTTCATGTTTCACAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAACGTAAA
AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
Found at i:33474 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 33271--33603 Score: 310
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
33261 TTTGAGATAA
* ** *
33271 TAAAACCTTTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTGAAAAAATAAGTGACTATAAATAGATGTTTTTA
1 TAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTGAAAAAATAAGTGACTATAAATAGA-CCTTTCA
* ** * ** * *
33336 GCC-AGTGAATGTGTTTTTCTTCATGTCTCTTGAAGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
65 GCCTAGCGAATGCCTTTTTCTTCACGTCTCACGAAGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACC
*
33400 AAAAATGT-AAAAAATTCAGCTTAAAATCAAT
130 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * ** ** *
33431 NNNNNNNNNNTAAAACCATTTAAAGTGTGTAATAAGGCTTTTGAACGAATGGGTGACTATAAATG
1 ----------TAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTGAAAAAATAAGTGACTATAAATA
* * * *
33496 GACCTTTCATCCTAGCGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCACGAGGTAAACATTCAATTATAATAT
56 GACCTTTCAGCCTAGCGAATGCCTTTTTCTTCACGTCTCACGAAGTAAACATTCAATTATAATAT
* *
33561 ATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAGTCAAT
121 ATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
33602 TA
1 TA
33604 TGAGATTATA
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 27, Indels: 13
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
161 2 0.01
169 6 0.04
170 106 0.79
171 20 0.15
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (161 bp):
TAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTGAAAAAATAAGTGACTATAAATAGACCTTTCAG
CCTAGCGAATGCCTTTTTCTTCACGTCTCACGAAGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCA
AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
Found at i:34007 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 33187--34249 Score: 577
Period size: 171 Copynumber: 6.2 Consensus size: 168
33177 NNNNNNNTTC
* * * ** ** * *
33187 ATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTGAAATAAAAAATT-TAAAAAAATTGATA-
1 ATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CCAAAATTGTAAAAACATTCA-AC
* * * * * * * * *
33250 ATAAAATTAATTTTGAGATAATAAAACCTTTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTGAAAAAAT-AAG
64 TTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GTTTTGAAAGAATGCA-
* * ***
33314 TGACTATAAATAGA-TGTTT-TTAGCCAGTGAATGTGTTTTTCTT
126 TGACTATAAATGGACT-TTTCTT-GCCAATGAATACCTTTTTCTT
* * * * *
33357 CATGTCTCTTGAA-GTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAGC
1 -ATGTTTCTT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAATTGTAAAAACATTCAAC
******** * * * **
33420 TTAAAATCAATNNNNNNNNNNTA-AAACCATTTAAAGTGTGTAATAAGGCTTTTGAACGAATGGG
64 TTAAAATCAAT--TATGAGATTATAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAAGAATGCA
* * ** *
33484 TGACTATAAATGGACCTTTCAT-CCTAGCGAATGCCTTTTTCTTT
126 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATACCTTTTTC-TT
* *** * * * * *
33528 ACGTTTCACGAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTT
1 ATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAATTGTAAAAACATTCAACTT
* * * ********* *
33593 AAAGTCAATTATGAGATTATAAAATCTTTTAAAGCGAGTAATAAGNNNNNNNNNNGAATAG-GTG
66 AAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GTTTTGAAAGAAT-GCATG
* * ** **
33657 ACTATAAATGGACCTTTGTTGCCAATGAATGTCTTTTTCACC
128 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTC-TT
** *** * * * *
33699 ACATTTCACGAGTTAGATATTTAATTATAATCTATTTTAACCAAAATTGTAAAAACATTTAACTT
1 ATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAATTGTAAAAACATTCAACTT
* * * ********** *
33764 AAAATCATTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTTGNNNNNNNNNNTAA
66 AAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAAGAATGCATGA
*
33829 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATACCTTTTTCTT
129 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTT
* * * *
33869 CTCGTTTCTAAAGGTAGACAATCAATTATAATCTATTTTAACCAAAATTGTAAAAACATTCAACC
1 AT-GTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAATTGTAAAAACATTCAACT
* *
33934 TAAAATCAATTATGAGATTATCAAACCAGTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAAGAATGCATG
65 TAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAAGAATGCATG
* * **
33999 AGTATAAATGGAATTTTCTT-CCAAATGAATGGCTTTTTCTAT
128 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATACCTTTTTCT-T
* * * * ** **********
34041 GTGTTTCTTAACGCA-AGCATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAANNNNNNNNNNATTCAACT
1 ATGTTTCTTAAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAATTGTAAAAACATTCAACT
* *** **
34105 TAAAATCAATTATGAGATTATAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTTTAGAGATGGGTGA
65 TAAAATCAATTATGAGATTATAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGAAAGA-ATGCATGA
*
34170 CTATAAATGGACTTTTCTTGGGGCAATGAATACCTTTTT-TT
129 CTATAAATGGACTTTTCTT--GCCAATGAATACCTTTTTCTT
*
34211 AATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
1 -ATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTT
34250 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 681, Mismatches: 181, Indels: 60
0.74 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 12 0.02
170 172 0.25
171 475 0.70
172 21 0.03
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
ATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAATTGTAAAAACATTCAACTT
AAAATCAATTATGAGATTATAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGAAAGAATGCATGACT
ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTT
Found at i:37080 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 36784--37142 Score: 402
Period size: 172 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
36774 NNNNNNNNNN
* ** * * *
36784 GAGTAATAAGGCTTTGGAAGGAATGTGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTT
1 GAGTAATAAGGATTTTAAAGGAATGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTGTCAATAAATGCCTTT
** * * * *
36849 CTCTTCAGCTTTATTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCACAAATATAAAAAAAGT
66 CTCTTCAGCTTTATCAAAGTACACATTCAATTATAACCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA-T
*
36914 TGAACATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAA-TCATTTAAAGT
130 TGAACATAAAATCAATTATGAGATAATAAAACT-ATTTAAAGT
* *
36956 GAGTAATAAGGATTTTAAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTATT-TTGTCAATAAATGTC-T
1 GAGTAATAAGGATTTTAAAGGAATGGGTGACAATAAATAGACTT-TTCTTGTCAATAAATGCCTT
* * * * * *
37019 TCTTCTTCA-CGTTTCTCAAAGTACACATTTAATTGTAGCCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAC
65 TC-TCTTCAGC-TTTATCAAAGTACACATTCAATTATAACCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
** * * *
37083 ATTTTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAGAGT
128 ATTGAACATAAAATCAATTATGAGATAATAAAACTATTTAAAGT
*
37127 GAGTAATAAGGTTTTT
1 GAGTAATAAGGATTTT
37143 GANNNNNNNN
Statistics
Matches: 156, Mismatches: 27, Indels: 9
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
171 54 0.35
172 100 0.64
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
GAGTAATAAGGATTTTAAAGGAATGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTGTCAATAAATGCCTTT
CTCTTCAGCTTTATCAAAGTACACATTCAATTATAACCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT
GAACATAAAATCAATTATGAGATAATAAAACTATTTAAAGT
Found at i:44832 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 43971--45047 Score: 1015
Period size: 172 Copynumber: 6.3 Consensus size: 171
43961 NNNNNNNNNN
* ** * * * * *
43971 AAAGCCTTGTTACTCTTTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGGTCAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * ** * *
44036 TACATTTTTAGTTTAAACAAATCCTAATTGAATGTCTACTTCAAGAAAGATGAAGAAAAAGGCAT
66 TACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCAT
* * *
44101 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAATCACTCATTCCTTT-A
131 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT--TTTCA
* * *
44143 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT-AGTTTTAATTTGAATTCTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * *
44207 GTACATTTTTTA-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACCTGAAAAAAAAAGG
65 TTACA-TTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATG-AAGAAAAAGG
* * * * * *
44271 TATTCATTGGCAAGAAAAATGCATTTATAGTCATCGATTCCTTCA
128 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-TTTCA
*
44316 AAAGCTTTATTA-T-GCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGC--TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * *** * *
44379 TTT-TATTTTTTGTT-AAACA-AGGCTATAATCGAATGTCTATCTTGTGAAACGTGGAA-TAAAA
64 TTTACATTTTTAGTTAAAACATA--TTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAT-GAAGAAAAA
* * * * * * ** *
44440 GCCA-TCTATTGG-AACAAAAAGTCTAATTATAGTTACTCAGGCTTTCG
126 GGCATTC-ATTGGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TTTTTCA
* * ** *
44487 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACT-AACAATTGATTTTAAGTCCAA--TTAT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * **
44549 TTACATTTTTTGTTTAAAATATACTATAATTGAATGTTTACCTCTAGAAACATGAAGAAAAAACC
65 TTACATTTTTAG-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGC
* *
44614 CTTCATTGGCAA-AAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCA
129 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-TTTCA
* * * *
44657 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTTAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * *
44722 TACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCATGAAACATTAAGAAAAAGGCAT
66 TACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCAT
* *
44787 TCACTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTTGTTCA
131 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTT-TTCA
* * * * *
44829 AAAGCCTTATTACACACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATT-ACTTTTAAGATGAA--TTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * **
44891 TTACA--TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAAAAACATGAAGAAAAACACA
65 TTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCA
* * * *
44954 TTCATTGGCAAGAAAAGACTATATATAGTCACCAATATTTTCA
130 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-TTTTCA
* *
44997 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTA
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
45048 TGC
Statistics
Matches: 742, Mismatches: 130, Indels: 70
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 126 0.17
169 8 0.01
170 98 0.13
171 181 0.24
172 222 0.30
173 106 0.14
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
TACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCAT
TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTTTCA
Done.