Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NW_018398193.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1497.0, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 775

Length: 1293
ACGTcount: A:0.46, C:0.05, G:0.09, T:0.33

Warning! 75 characters in sequence are not A, C, G, or T


Found at i:1152 original size:242 final size:245

Alignment explanation


    Indices: 538--1215  Score: 781
    Period size: 242  Copynumber: 2.7  Consensus size: 245

        528 TTTTAAATAA

                    *            *      *                 *      *      * *  
        538 AATAATAAGAATAAAAATAATCATAGTATAAAATTGACATAGATAAGTCTTAAAGTAAAATTTTA
          1 AATAATAATAATAAAAATAATTATAGT-CAAAATTGACATAGATAAATCTTAACGTAAAACTGTA

                            *        * *   *                     *    *      
        603 AGAATTGACGTAAAAATTTATAAAAATAGAACAATTAAATTTTAAATCTTAACCTAAACATATGA
         65 AGAATTGACGTAAAAACTTATAAAAGTGGAATAATTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATATATGA

                              *                              *               
        668 GAGTTAACGTAATAAGTTTATTAAGTAAAAAAAAATCTAATTTTAGTGATAAATAAATATTTAAA
        130 GAGTTAACGTAATAAGTTAATTAAGT-AAAAAAAATCTAATTTTAGTGAAAAATAAATATTTAAA

                  *                                      *        
        733 TATATATTCTAGGACTAAAAATGTTTAACGATACATAAATTTTATTTTTTAAAT
        194 TATATAGTCTAGGACTAAAAATGTTTAACGATACATAAATTTTATATTTT--AT

                                      *                            *         
        787 AAAAAATAATAATAATAAAAATAATTGTAGTTCAAAATTGACATAGATAAATCTTGACGTAAAAC
          1 ----AATAATAATAATAAAAATAATTATAG-TCAAAATTGACATAGATAAATCTTAACGTAAAAC

                 * *       **********       *                                
        852 TGTAACAGTTGACGTNNNNNNNNNNAAAAGTGAAATAATTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATAT
         61 TGTAAGAATTGACGTAAAAACTTATAAAAGTGGAATAATTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATAT

            *                    *    *            * *                       
        917 GTGAGAGTTAACGTAATAAGTCAATTGAGTAAAAAAAATTTTATTTTAGTGAAAAATAAATATTT
        126 ATGAGAGTTAACGTAATAAGTTAATTAAGTAAAAAAAATCTAATTTTAGTGAAAAATAAATATTT

                         **       *             *                  
        982 AAATATATAGTCTTTGACTAAATATGTTTAACGATATATAAATTTTA-ATTTT-T
        191 AAATATATAGTCTAGGACTAAAAATGTTTAACGATACATAAATTTTATATTTTAT

                                                *           *                
       1035 -A-AATAATAATAAAAATAATTATAGCTCAAAATTGTCATAGATAAATTTTAACGTAAAACTGTA
          1 AATAATAATAATAAAAATAATTATAG-TCAAAATTGACATAGATAAATCTTAACGTAAAACTGTA

                                 *  *                      *           *   * 
       1098 AGAATTGACGTAAAAACTTATGAAGGTGGAATAATTAAATTTTAAATTTTAACGTAAATGTATTA
         65 AGAATTGACGTAAAAACTTATAAAAGTGGAATAATTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATATATGA

              *                                         *         
       1163 GAATTAACGTAATAAGTTAATTAAGT-AAAAAAATCTAATTTTAATGAAAAATA
        130 GAGTTAACGTAATAAGTTAATTAAGTAAAAAAAATCTAATTTTAGTGAAAAATA

       1216 TGCATTTATA


Statistics
Matches: 354,  Mismatches: 70, Indels: 14
        0.81            0.16        0.03

Matches are distributed among these distances:
 241   24  0.07
 242  126  0.36
 243    1  0.00
 248    1  0.00
 251    4  0.01
 252   74  0.21
 253  123  0.35
 254    1  0.00

ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.10, T:0.34


Consensus pattern (245 bp):   
AATAATAATAATAAAAATAATTATAGTCAAAATTGACATAGATAAATCTTAACGTAAAACTGTAA
GAATTGACGTAAAAACTTATAAAAGTGGAATAATTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATATATGAG
AGTTAACGTAATAAGTTAATTAAGTAAAAAAAATCTAATTTTAGTGAAAAATAAATATTTAAATA
TATAGTCTAGGACTAAAAATGTTTAACGATACATAAATTTTATATTTTAT
Done.