Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398198.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1500.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 2515 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:703 original size:170 final size:172
Alignment explanation
Indices: 419--1033 Score: 779
Period size: 169 Copynumber: 3.6 Consensus size: 172
409 NNNNNNGAGC
*
419 AATAAGGCTTTTG-AAGGCTTGGGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATGAATGTG-TATTT
1 AATAAGGCTTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATG-GCTTTTT
* * * * * *
481 CTTCATGTTTCCAAAAGTAAACATTCAATTAGAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAACTGA
65 CTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAACTCA
* * ** *
546 ACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAATCGTTT-AAGAGAGT
130 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGAGAGT
* * * * * *
588 GATAAGGCTTTT-AAGGGCTTGGGTGGCCATAAATGGGCTTTTCTCGCCAATGAATGGGTTTTTC
1 AATAAGGCTTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC
*
652 TTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAGC-AAAAATGTAAAAAAATTCA
66 TTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAACTCA
* *
716 ACTTAAACTCAATTATGAGATTATAAAATCATTTGAAGAGAGT
130 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGAGAGT
* * * *
759 AATAAGGCTTTTGAAAGG-TTGGGTGACTATAATTGGACTTTT-TGTACCAA-GAGTGGCTTTTT
1 AATAAGGCTTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTT
** * *
821 CTTCATGTTTTTCAA-GCAAACATTCAATTATAATCTCTTTTAACAAAAAATGTATAAAAACTCA
65 CTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAACTCA
* * *
885 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAAT
130 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGAGAGT
* * * *
928 AATAAAGCTTTT-AAAGGCTTGCGTGTCTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATG-ATGCCTTTTTC
1 AATAAGGCTTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC
*
991 TTCAGGTTTCCCAAGG-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
66 TTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
1034 TAATAATATT
Statistics
Matches: 384, Mismatches: 50, Indels: 24
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.02
169 194 0.51
170 136 0.35
171 44 0.11
172 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
AATAAGGCTTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC
TTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAACTCAA
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGAGAGT
Found at i:5551 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5178--5848 Score: 561
Period size: 170 Copynumber: 3.9 Consensus size: 170
5168 NNNNNNNNNN
* * * * *
5178 TGGCTAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTCAAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATAGT
1 TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGT
* ** * * * * ** *
5243 TTTGTAGTGC-CATAATTGATTTTAAGCTGAATGGTTTTACATTTTTGGTTGAAACAGATTATAA
66 TTTATA-ACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTAATTAAAACAGATTATAA
* ************
5307 TT-GAATGTTTACC-TTGAGAAACATGAAGAANNNNNNNNNNNN
129 TTAG-ATGTTTTCCTTTG-GAAACATGAAGAAAAAGAAAGTCAT
** * * ** *
5349 NNGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGTATTATTACTCTCTCTAAATAGT
1 TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGT
* * ** *
5414 TTTATAACCTTAAAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATT
66 TTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAATTAAAACAGATTATAATT
*
5479 AGATGTTTACCTTTGGAAACATGAAGAAATAA-AAAGTCAT
131 AGATGTTTTCCTTTGGAAACATGAAGAAA-AAGAAAGTCAT
* * ******
5519 TGTCAAGAAAAGCCCATTCATAGTTACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTANNNNNN
1 TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGT
**** * *
5584 NNNNTATCCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTATTTAAAACAGATTATAATT
66 TTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAATTAAAACAGATTATAATT
* * ** *
5649 -GAATGTTTTCCTTAGGAAACCTGAAGAAAAAGCCATTCAT
131 AG-ATGTTTTCCTTTGGAAACATGAAGAAAAAGAAAGTCAT
* * * *
5689 TGGCAA-AGAAAGCCCATTTATAGTT-CCTTAGGCCTTTAAAAGCCTTATCACTCTCTTTAAATA
1 TGGCAAGA-AAAGCCCATTTATAGTTACC-CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATA
** *
5752 GTTTTATAACCTCAACTTTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATA
64 GTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAATTAAAACAGATTATA
*
5816 ATTTA-ATGTTTTCC-TTGGTAAACTTGAAGAAAA
128 A-TTAGATGTTTTCCTTTGG-AAACATGAAGAAAA
5849 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 402, Mismatches: 86, Indels: 25
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 11 0.03
170 307 0.76
171 84 0.21
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGT
TTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAATTAAAACAGATTATAATT
AGATGTTTTCCTTTGGAAACATGAAGAAAAAGAAAGTCAT
Found at i:5944 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5361--6033 Score: 458
Period size: 170 Copynumber: 3.9 Consensus size: 169
5351 GCAAGAAAAA
* * * * *
5361 CCCATTTATAGTCACCC-AAGCCTTCAAAAG-TATTATTACTCTCTCTAAATAGTTTTATAACCT
1 CCCATTTATAGT-ACCCTAGGCCTTTAAAAGCCA-TATCACTCTCTTTAAATAGTTTTATAACC-
* * * ** * *
5424 TAAAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATT-AGATGTTTA
63 TCAAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA-ATGTTTT
* * ** * *
5488 CCTTTGGAAACATGAAGAAATAA-AAAGTCATTGTC-AAGAAAAG
127 CCTTAGGAAACCTGAAGAAA-AAGCCATTCATTGGCAAAG-AAAG
* * * * * ********** *
5531 CCCATTCATAGTTACCC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTANNNNNNNNNNTATCCTC
1 CCCATTTATAG-TACCCTAGGCCTTTAAAAGCCATATCACTCTCTTTAAATAGTTTTATAACCTC
5595 AAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATA-TTTTTATTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTT
65 -AAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTT
5658 CCTTAGGAAACCTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAGAAAG
127 CCTTAGGAAACCTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAGAAAG
* * *
5701 CCCATTTATAGTTCCTTAGGCCTTTAAAAGCCTTATCACTCTCTTTAAATAGTTTTATAACCTCA
1 CCCATTTATAGTACCCTAGGCCTTTAAAAGCCATATCACTCTCTTTAAATAGTTTTATAACCTCA
* *
5766 ACTTTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTTAATGTTTTCCT
66 A-ATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCT
* **********
5831 T-GGTAAACTTGAAGAAAANNNNNNNNNNTGGC-AAGAAAAG
130 TAGG-AAACCTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAG-AAAG
* * * * **
5871 -CCATTTATAGTCACCCTA-GTCTTTAAAAGTCATATTACT-TGCTTTAAATGGTTTTAT-AGTT
1 CCCATTTATAGT-ACCCTAGGCCTTTAAAAGCCATATCACTCT-CTTTAAATAGTTTTATAACCT
* * ** **
5932 GCATAATTGATTTTAAGTTTAGGTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGGGT
64 -CA-AATTGATTTTAAG-TTA--ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
** *
5997 TTTCC-TAGAGAAATATGAAGAAGAAATCCATTCATTG
124 TTTCCTTAG-GAAACCTGAAGAA-AAAGCCATTCATTG
6034 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 393, Mismatches: 86, Indels: 45
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 75 0.19
170 246 0.63
171 13 0.03
172 51 0.13
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
CCCATTTATAGTACCCTAGGCCTTTAAAAGCCATATCACTCTCTTTAAATAGTTTTATAACCTCA
AATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTT
AGGAAACCTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAGAAAG
Found at i:6450 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 6421--6460 Score: 53
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
6411 GCTTGGGTGA
*
6421 CAATAAATGGGTTTTTCTTGC
1 CAATAAATGGATTTTTCTTGC
* *
6442 CAATGAATGTATTTTTCTT
1 CAATAAATGGATTTTTCTT
6461 CATGTTTCCG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 3, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 16 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.12, G:0.15, T:0.47
Consensus pattern (21 bp):
CAATAAATGGATTTTTCTTGC
Found at i:6657 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6316--8331 Score: 1948
Period size: 171 Copynumber: 11.8 Consensus size: 171
6306 NNNNNNNNNN
* * * * *
6316 TATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTTTGATG-TTATAAAA
1 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTAT-AAA
* * * *
6380 AC-ATTTAAGGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACAATAAATGGGTTTTTCTTGCCA
64 ACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCA
** *
6444 ATGAATGTATTTTTCTTCATGTTTC-CGAAGGTAAACATTTAAT
129 ATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAAACATTCAAT
* * * * *
6487 TATAATCTGTGTTAACTAAACATAAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGATATTTTAAAAC
1 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
6552 TATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAT
66 TATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAT
* * * * *
6617 GAGTGGGTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGAAAATATTTAAT
131 GAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAT
*** *
6658 TATAAAT-TGTTTTAACTAAAAATGTGAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
1 TAT-AATCTGTTTTAACTAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* *
6722 CTATTTAACGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGG-TTTTCTT-CCAA
65 CTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAA
* * * * *
6785 CGAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTAAAGGTCAACATTTAAT
130 TGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAT
* * ** ** * * * * *
6827 TATAATCTGTTTTAACTAAAACTGTAAAAACTATTCAGGTTAAAAACAACTATGGGACTACAAAA
1 TATAATCTGTTTTAACTAAAAAT-AAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * *
6892 CTATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTTGAAGGCTTGGGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
65 CTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAA
** * * **
6957 AAAATGAGTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGCT-AACATTCAAT
130 TGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG-TAAACATTCAAT
* * *
6999 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAAAC-TAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAA
1 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATAAAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAA
* * * * * * * *
7063 AC-ATTTAAAGAGAGTAAAAAGGCTTTCGAAGGCTTGGATAACCATAAATGAGCTTTGCTCGCCA
64 ACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCA
* * * *
7127 ATGAATTGGTTTTTCTTCATCTTTCTAAAGGTAAACATTAAAT
129 ATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAT
* * * *
7170 TATAATCTTTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAAC
1 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * *
7235 CATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TGTGGGTGACTAGAAATGGGCTTTTCCTGCCAA
66 TATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAA
** * *
7299 TGAATGCATTTTTCTTCAATGTTTC-CAAAGCTAAACATTCTAT
130 TGAATGGGTTTTTCTTC-ATGTTTCTC-AAGGTAAACATTCAAT
* * * * * * * * *
7342 TATAATCTATTGTAACCAAAAATATAAAAAAAA-TCAACTGAAAATCGATTTTAAGGTTAGAAAA
1 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATA-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * *
7406 CCATTTAAAGAGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GGATTTTGCTTACCA
65 CTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTT-CTTGCCA
* * * * **
7470 ATGAATGGATTTCTTCTTCATATTTCTCTA-GAAAGACCCTCAAT
129 ATGAATGGGTTT-TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAA-ACATTCAAT
* * * *
7514 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAACTAAACTTAAAATCAATTATGCA-ATTATAAA
1 TATAATCTGTTTTAACTAAAAAT-AAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAA
** * * * *
7578 A-TCATTTAAAGCA-AGTAATAAAACTTTTAAAGACTAGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGC
64 ACT-ATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGC
* * * * * *
7640 TATTCAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTACT-AAGGAAAACATTCAAT
127 CAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGTAAACATTCAAT
* *
7685 TATAATCTGTTTTAA-TCAAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATGT-TGAGGTTATAAA
1 TATAATCTGTTTTAACT-AAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT-TATGAGATTATAAA
* * * * * *
7747 ACTATTTAAGGAGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGAG-GACTATAAATGGACTTTCCTTGTC
64 ACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTT-GGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCC
* * * * * *
7811 AATGAATTGCTTTTTCTTTAGGTTTCCCAAGGAAAACATTCAAT
128 AATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAT
* * * *
7855 TATAATCTGTTTTAAAC-AAAAATATAAAAAATTTAAACTTAAAATCAATTTTGAGGA-TATAAA
1 TATAATCTGTTTT-AACTAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAA
* * * * * *
7918 ACTATTTAGAGAGAGTAATAAGACTTTTAAAGGCTTGGGTGACCATGAATGGGCTTTTCTTGACA
64 ACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCA
* * **
7983 ATGACTGTGCATTTCTTCATGTTTC-CAAAGGTAAACA-TCTAAT
129 ATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAAACATTC-AAT
* ** * * * **
8026 TATAATTTGTTTTAACTAAAAAT-GTAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAAC
1 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
** * * *
8090 TATTTAAAGAGAGTAATAATACTTTTGAAGGCTTGGATGACTATAAATGAGTTTTTCTTGCCAAT
66 TATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAT
**********
8155 GAATGNNNNNNNNNNCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAT
131 GAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAT
* * * ** * * *
8196 TTTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACTATTCAGCTTAAAATCAATTATG-GCACTACAAA
1 TATAATCTGTTTTAACTAAAAAT-AAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAA
* ** *
8260 ACTATTTAAAGCGAGTAATGGGGCTTTTGAAGACTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCA
64 ACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCA
8325 ATGAATG
129 ATGAATG
8332 TGTNNNNNNN
Statistics
Matches: 1522, Mismatches: 270, Indels: 105
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.00
169 116 0.08
170 326 0.21
171 646 0.42
172 346 0.23
173 81 0.05
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TATAATCTGTTTTAACTAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
TATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAT
GAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAT
Found at i:6970 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 6316--8331 Score: 2074
Period size: 341 Copynumber: 5.9 Consensus size: 341
6306 NNNNNNNNNN
* * * *
6316 TATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTTTGATGTTATAAAAA
1 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTAT-AAAA
* * *
6381 C-ATTTAAGGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACAATAAATGGGTTTTTCTTGCCAA
65 CTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT-GGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAA
* * * * *
6445 TGAATGTATTTTTCTTCATGTTTC-CGAAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTGTTAACTAAACA
128 TGAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA
* * ** *
6509 T-AAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGATATTTTAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGG
192 TGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGG
* *
6573 CTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAGTGGGTTTTTCTTCATATT
257 CTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCATATT
*
6638 TCTCAAGGAAAATATTTAAT
322 TCTCAAGGAAAACATTTAAT
* * * * *
6658 TATAAAT-TGTTTTAACTAAAAATGTGAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
1 TAT-AATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAA
* * * *
6722 CTATTTAACGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGTTTTCTT-CCAAC
65 CTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT-GGTGACTATAAATGGCTTTTCTTGCCAAT
* * * * *
6786 GAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTAAAGGTCAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAACTG
129 GAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG
** ** * * * * * *
6851 TAAAAACTATTCAGGTTAAAAACAACTATGGGACTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAGGGCT
194 TAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCT
* * **
6916 TTTGAAGGCTTGGGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAAAAATGAGTTTTTCTTCATATTTC
259 TTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCATATTTC
** ** *
6981 TTGAGGCTAACATTCAAT
324 TCAAGGAAAACATTTAAT
6999 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAAAC-TAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAA
1 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTTTGAGGTTAT-AAA
* * * * *
7063 AC-ATTTAAAGAGAGTAAAAAGGCTTTCGAAGGCTTGGATAACCATAAATGAGCTTTGCTCGCCA
64 ACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGG-TGACTATAAATG-GCTTTTCTTGCCA
* * * *
7127 ATGAAT-TGGTTTTTCTTCATCTTTCTAAAGGTAAACATTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAA
127 ATGAATGT-GTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* * * *
7191 ATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAG
191 ATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAG
* *
7255 GCTTTTGAAGG-TGTGGGTGACTAGAAATGGGCTTTTCCTGCCAATGAATGCA-TTTTTCTTCAA
256 GCTTTTGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATG-AGTTTTTCTTC-A
* **
7318 TGTTTC-CAAAGCTAAACATTCT-AT
318 TATTTCTC-AAGGAAAACATT-TAAT
* * * * * * * *
7342 TATAATCTATTGTAACCAAAAATATAAAAAAAATCAACTGAAAATCGATTTTAAGGTTAGAAAAC
1 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAAC
* * * *
7407 CATTTAAAGAGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGATTTTGCTTACCAAT
66 TATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG-GTGACTATAAATGGCTTTT-CTTGCCAAT
* * * **
7472 GAATG-GATTTCTTCTTCATATTTCTCTA-GAAAGACCCTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
129 GAATGTG-TTT-TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* * **
7535 ATGTAAAAAAAACTAAACTTAAAATCAATTATGCAATTATAAAA-TCATTTAAAGCA-AGTAATA
191 ATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACT-ATTTAAAG-AGAGTAATA
** * * * * * * *
7598 AAACTTTTAAAGACTAGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGCTATTCAATG-GCTTTTTCTTCA
254 AGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGAG-TTTTTCTTCA
*
7661 -AGTTTACT-AAGGAAAACATTCAAT
318 TA-TTT-CTCAAGGAAAACATTTAAT
*
7685 TATAATCTGTTTTAA-TCAAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATGTTGAGGTTATAAAA
1 TATAATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAA
* * * * *
7748 CTATTTAAGGAGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGAG-GACTATAAATGGACTTTCCTTGTCA
65 CTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT-G-GTGACTATAAATGG-CTTTTCTTGCCA
* * * * *
7812 ATGAAT-TGCTTTTTCTTTAGGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACAAAA
127 ATGAATGTG-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* * * * *
7876 ATAT-AAAAAATTTAAACTTAAAATCAATTTTGAGGA-TATAAAACTATTTAGAGAGAGTAATAA
191 ATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAA
* * * * * * * ** *
7939 GACTTTTAAAGGCTTGGGTGACCATGAATGGGCTTTTCTTGACAATGACTGTGCATTTCTTCATG
255 GGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCATA
* *
8004 TTTC-CAAAGGTAAACATCTAAT
320 TTTCTC-AAGGAAAACATTTAAT
* * * * *
8026 TATAATTTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAACTCAACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAAC
1 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAAC
** * *
8090 TATTTAAAGAGAGTAATAATACTTTTGAAGGCTTGGATGACTATAAATGAGTTTTTCTTGCCAAT
66 TATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGG-TGACTATAAATG-GCTTTTCTTGCCAAT
********** *
8155 GAATGNNNNNNNNNNCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTTTAATCTGTTTTAACCAAAAATG
129 GAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG
** * * * * * **
8220 TAAAAACTATTCAGCTTAAAATCAATTATGGCACTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATGGGGCT
194 TAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCT
*
8285 TTTGAAGACTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATG
259 TTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATG
8332 TGTNNNNNNN
Statistics
Matches: 1381, Mismatches: 238, Indels: 110
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 146 0.11
341 456 0.33
342 395 0.29
343 239 0.17
344 70 0.05
345 71 0.05
346 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
TATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAAC
TATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGTGACTATAAATGGCTTTTCTTGCCAATGA
ATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA
AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT
TGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCATATTTCTC
AAGGAAAACATTTAAT
Done.