Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398200.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1502.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3775
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.10, T:0.32
Warning! 668 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:635 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 340--2317 Score: 1418
Period size: 172 Copynumber: 11.6 Consensus size: 171
330 NNNNNNATTT
* * * * * *
340 AATGTCTACCTTAAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAGGAAAAGCCCATTTATAGTCA
1 AATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
** * *** * * *
405 CCCAAACTTTCAAAAGCCTTATTACTTGTTTTGAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAG
66 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
* * * *
470 TTGAATTTTTTTTATATTTGTGGTTAAAGCAAATTATAATTG
131 TTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
** * * * *
512 AATGTCTACCTCAAGAAATGTAAAGAAAAAGGTATTTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
1 AATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * *
577 CCCATTGCTTCAAAATCCTTATTACTCTCTTTGAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAN
66 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAA-
********* * * *
642 NNNNNNNNNTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAACTA
130 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * ** * ** * * *
684 AATGTTTAGCTTGAGAAACTTAAAGCGAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
1 AATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * ** * * * *
749 CCCATTCGTTTAAAAGTTTTATTACTCAATTCAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAA-
66 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
* * * * * * *
813 TTCAAATTCTTTGTATATTTTTGGTTAAAATAGACTAAAAGTG
131 TT-GAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
** * * * *
856 AATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGCCCATTTATAGTCA
1 AATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* ********** * **
921 CTCANNNNNNNNNNAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTCATAATGC-CTGAATTGATTTTA
66 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTTA
* * * **
984 AGTTAAATGTTTTTATATTTTTGCCTAAAACAGATTATAATTG
129 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * *
1027 AATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAATAA-ACATTCATAGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTG
1 AATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAA-AAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
** * * * * * *
1091 ACCCATAGCTTCAAAAGTCTTCTAACTCACTTTAAATGGTTTAATAATGC-CATAATTGATTTTA
65 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTTA
* * *
1155 AGTTGAATTTCTTTACA-TTTTGGCT-AAATAGATTATAATTG
129 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * * * *
1196 AGTGTTTACCTCGAGAAACGTAAAGAAATAGGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
1 AATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
********** * *
1261 CCCATTCCTTCNNNNNNNNNNTTACTCACTTTAAAT-GACTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAA
66 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAA
* * **
1325 TTTAAAGTTTTTAAACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
130 GTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * *
1368 AATG-CTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAACTCCATTTCTAGTCA
1 AATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * *
1432 CTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG
66 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
* ** * *
1496 TTGAATTTTTTGATGTTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTA
131 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * ** * ** *
1537 AATATCTACCTTAGGAAACATGTAGATAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAATCA
1 AATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * ** *
1602 GCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTTAAATTAATTTTAAG
66 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
* * * * *
1667 TTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAATACTATTATTG
131 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * *** * * * * *
1708 AATGTTTGCCTTGGGAGACATCAAGCAAAA-GC-TAACTATTGGTACA-AAAAGTCCATTTATAG
1 AATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCAT-TC-ATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAG
** *** ** ** * **********
1770 TCACTTAAGACTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGNNNNNNNNNNT-AATAATTGATTT
63 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTT
* * * * * *
1834 TAAATTGAATTTCTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTAGAATTG
127 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * ** * * * * *
1879 AATGTCTACCTTAATAAATGTGAAGAAAAAAGAATTTATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGCCA
1 AATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* ********** * *
1943 CCCATACCTTCAAANNNNNNNNNNCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATAC-CATAATTGATTTTAA
66 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTTAA
* * * * *
2007 GTTAAATTATTATACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTG
130 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* ** * * * *
2049 AATATCTACCTCGTGAAATATAAAGAAAAAGGTATTCATTTGCAAGACAAGTCCATTTATAGTCA
1 AATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * *
2114 CCCATTTCC-TCACAAGCCTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGGTTTAAA
66 CCCA-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAA
* * * *
2178 TTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTA
130 GTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * *
2221 AATGT-TAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGAAAGAAAATTTCATTTATAGTC
1 AATGTCT-ACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
*
2285 ATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
65 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
2318 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1380, Mismatches: 395, Indels: 62
0.75 0.22 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 149 0.11
170 245 0.18
171 486 0.35
172 493 0.36
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
Found at i:1073 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 386--2317 Score: 682
Period size: 171 Copynumber: 11.3 Consensus size: 170
376 CATTGACAGG
* * * *** * *
386 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCA-AACTTTCAAAAGCCTTATTACTTGTTTTGAAT-AGTTTTAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAGC-TTCAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGA-TTTAAT
* * * * ** *
449 AATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTGTGGTTAAAGCAAATTATAATTGAA
64 AATGCCATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATTTTTTATATTTTTGGCTAAAATAGATTATAATTGAA
* * ** * * * *
514 TGTCTACCTCAAGAAATGTAAAGAAA-AAGGTATTTATTGGTAAG
127 TGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAATAA-ACATTCATAGGCAAA
* * * * * * *
558 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAATCCTTATTACTCTCTTTGAAT-AGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAGCTTCAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGA-TTTAATA
* ******** * * * * * *
622 AT-CTCAAAATTGATTTTAANNNNNNNNNNTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAACTAAA
65 ATGC-CATAATTGATTTTAA--GTTAAATTTTTTATATTTTTGGCTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * * * * * * *
686 TGTTTAGCTTGAGAAACTTAAAGCGAA-AGACATTCATTGACAAG
127 TGTCTACCTCGAGAAACGTAAAG-AAATAAACATTCATAGGCAAA
* * * ** * * * * *
730 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT-TCGTTTAAAAGTTTTATTACTCAATTCAAATGGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAGC-TTCAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGATTTAATA
* * * * * *
794 AT-CTCAAAATTGATTTCAA-TTCAAATTCTTTGTATATTTTTGGTTAAAATAGACTAAAAGTGA
65 ATGC-CATAATTGATTTTAAGTT-AAATT-TTT-TATATTTTTGGCTAAAATAGATTATAATTGA
* * * *
857 ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAA-AAAGCATTCATTGGCAAA
126 ATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAATAAA-CATTCATAGGCAAA
* * ********** * *
902 AAAAGCCCATTTATAGTCACTCANNNNNNNNNNAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTCATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAGCTTCAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGATTTAATAA
* *
967 TGCC-TGAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTGCCTAAAACAGATTATAATTGAATG
66 TGCCAT-AATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTATATTTTTGGCTAAAATAGATTATAATTGAATG
1031 TCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAATAAACATTCATAGGCAAA
129 TCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAATAAACATTCATAGGCAAA
* * * *
1073 AAAAGTCCATTTATAGTGACCCATAGCTTCAAAAGTCTTCTAACTCACTTTAAATGGTTTAATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAGCTTCAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGATTTAATAA
* * *
1138 TGCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACA-TTTTGGCT-AAATAGATTATAATTGAGTGT
66 TGCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTATATTTTTGGCTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* ** * *
1201 TTACCTCGAGAAACGTAAAGAAATAGGCATTCATTA-GTAAG
130 CTACCTCGAGAAACGTAAAGAAATAAACATTCA-TAGGCAAA
* ** ********** *
1242 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCNNNNNNNNNNTTACTCACTTTAAATGACTTT-ATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAGCTTCAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGA-TTTAATA
* * * * * * *
1306 AT-CTCAAAATTGATTTAAATTTAAAGTTTTTAAACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
65 ATGC-CATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTT-TATATTTTTGGCTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * * *
1370 TG-CTACCTCAAGAAACATGAAGAAA-AAGACATTCATTGGCAAG
127 TGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAATAA-ACATTCATAGGCAAA
* * * * * * *
1413 AAAACTCCATTTCTAGTCACTCAT-TCTTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTT-ATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAGC-TTCAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGATTTAATA
* * * * * * *
1476 AT-CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTGATGTTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTAAAT
65 ATGC-CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-ATATTTTTGGCTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * ** * ** *
1540 ATCTACCT-TAGGAAACATGTAG--ATAAAGGCATTCATTGATAAG
128 GTCTACCTCGA-GAAACGTAAAGAAATAAA--CATTCATAGGCAAA
* * ** * *
1583 AAAAGTCCATTTATAATCAGCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAGCTTCAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGA-TTTAATA
** * * * * * * * * *
1647 AT-CTTTAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAATACTATTATTGAAT
65 ATGCCAT-AATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTGGCTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * * * * * * * * * * *
1711 GTTTGCCTTGGGAGACATCAAGCAA-AAGC-TAACTATTGGTACA
128 GTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAATAAACAT-TC-ATAGGCAAA
** ** * ** ********
1754 AAAAGTCCATTTATAGTCACTTA-AGACTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGNNNNNNN
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAG-CTTCAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGATTTAATA
***** * * * * * * *
1818 NNNTAATAATTGATTTTAAATTGAATTTCTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTAGAATTGAATG
65 ATGCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTATATTTTTGGCTAAAATAGATTATAATTGAATG
** * * * * * *
1883 TCTACCTTAATAAATGTGAAGAAA-AAAGAATTTATTGGC-AA
129 TCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAATAAA-CATTCATAGGCAAA
* * * ********** * *
1924 GAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACCTTCAAANNNNNNNNNNCTCGCTTTAAAT-AGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAGCTTCAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGA-TTTAATA
* * * * * * * *
1988 ATACCATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTATACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATA
65 ATGCCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTATATTTTTGGCTAAAATAGATTATAATTGAATG
* ** ** ** *
2053 TCTACCTCGTGAAATATAAAGAAA-AAGGTATTCATTTGCAAG
129 TCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAATAA-ACATTCATAGGCAAA
* ** * * * * *
2095 ACAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCCTCACAAGCCTTATTACTCAATTTAAAT-AGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAGCTTCAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGA-TTTAATA
* * * * * * * * * *
2159 AT-CTCAAAATTGGTTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAA
65 ATGC-CATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTT-TATATTTTTGGCTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * *
2223 TGT-TAACCTCAAGAAACATGAAGAAA-AAGACATTCATTGG-AAA
127 TGTCT-ACCTCGAGAAACGTAAAGAAATAA-ACATTCATAGGCAAA
* * * ** *
2266 GAAAATTTCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
1 -AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAGCTTCAAAAGCCTTATAACTCACTTT
2318 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1330, Mismatches: 370, Indels: 120
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 154 0.12
170 250 0.19
171 462 0.35
172 451 0.34
173 10 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAGCTTCAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGATTTAATAA
TGCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTGGCTAAAATAGATTATAATTGAATGTC
TACCTCGAGAAACGTAAAGAAATAAACATTCATAGGCAAA
Done.