Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398201.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1503.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Length: 4844
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.12, T:0.31
Warning! 520 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1777 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 645--4844 Score: 2794
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635 NNNNNNNNNG
* * *
645 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAGTATAAAAAAATTCAACTTCAACTCAATTAT
1 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTAT
* * * * * * *
710 TAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGATGACTATAAATAGAC
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * ** *
775 TTTTCTTTCCAATAAATATCTTTTTGTTTACATTTCTCAA
130 TTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAA
* *
815 GGTAGACATTCAATTCTAATCTGTTTTAAT-AAAAA-GT-AAAAAATTCAACATAAAATC-ATCT
1 -GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TTAAATCAAT-T
* * * ** *
876 ATGAGATTAGAAAATCATTTGAAGAAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGGGTGACAATAAATG
63 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATG
* * * *
940 TACTTTTCTTGA-GAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAA
127 GACTTTTCTT-ACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTT-AA
* * * * * * *
984 GTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATTTAAAAATATTTAACTTTAAATCAGTTAC
1 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TTAAATCAATTAT
* *
1049 GAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATA-GCTTGGGTGACTATAAATAGG
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGCTTGGGTGACTATAAAT-GG
** * * * *
1113 -CTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTAAGGTTTCCTTAG
128 ACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTT-CTTAA
* * * * *
1155 GTAGACATTCAACTGTAATTTGTTTTAGTAAAAAATG-AAAAAACATTCAACTTAAAGTAAATTA
1 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAA-TCAATTA
* * * * * *
1219 TCAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTGAA-AAGGCTTTGGAAGGCGTAGGTGACTATAAATGG
64 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT-AATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
* **** *
1283 ACTTTTTTTGTTGATGAATATCTTTCCTT-TCACAT-TTTC-TAA
128 ACTTTTCTTACCAATGAATATCTTT--TTCT-TCATGTTTCTTAA
* * * * *
1325 GGTAAACATTCAATTATAATCTATTTT--TAAAAAA-ATAAAAAAATTTAATTTCAAATCAATTA
1 -GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTA
* * * *
1387 TGAGATTATCAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAAGCTTTTGAAGG-TATAGGTGACTATAAATGG
64 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGG
* * * * ** * *
1451 ACATTTCATGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCTAG
128 ACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCT-TAA
* **
1494 GTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAA-CCAAAATG-AAAAAAACTTC-ACTTAAAGTC---TA
1 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAA-TCAATTA
* ** * *
1553 TGAGTTTGCAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGG-TATGGGTGACTATAAATGG
64 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGG
* * *
1617 ACTTTTCTTATCTATGAATATCTTTTCCTTCATGTTTCTTGAA
128 ACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTT-AA
* *
1660 GTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTCAAATCAATTAA
1 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTAT
*
1724 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGGGTGACTATAAATAGG-
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-GGA
* * ** * *
1788 CTTTTCTTGCAAATG-ATCGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCTTAG
129 CTTTTCTTACCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCATGTTT-CTTAA
* * * * * *** *
1830 GCAAACATTTAACTATAATCTATTTTAACCCAAAATGTAAAAAAAGTT-AACTAAAAATCAATTA
1 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACT-TAAATCAATTA
* * * * * * *
1894 AGAGATTGTAAAACCGTTTAAAGCAAATAATAAGG-TTTTCGAAGGCATGGGTGACTGTAAATGG
64 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
* * * ** *
1958 ACTTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTTCTTCACCTTTCTTGAG
128 ACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTT-AA
* * * * *
2001 GTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAACAAAGAATG-AAAAACCATTCAACTTAAAGTCAATTA
1 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAA-TCAATTA
* * * * *
2065 TGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAGG-TATAAGG-GACTATAAATA
64 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-T-GGGTGACTATAAATG
* ** ** *
2128 GACTTTTCTTACCGATGAATATC-TTTTCTTCACACTTTCAGAG
127 GACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCA-TGTTTCTTAA
* * * * * *
2171 GTCGACATTCAATTTTAATCTATTTAAATAAAAAATGTAAAAAAAATTCAATCTCAAATCAATTT
1 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGT-AAAAAAATTCAA-CTTAAATCAATTA
* * * * *
2236 TGAGATTATCAAACCATTTAAAGCGATTAGTAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGTCTATAAATGGA
64 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGA
*
2301 CTTTTCTTACCAATGAAT-CCATTTTTCTTCACAT-TTTC-TAA
129 CTTTTCTTACCAATGAATATC-TTTTTCTT--CATGTTTCTTAA
* * * *
2342 GGTAGATATTTAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATG-AAAAAAAATCAACTTAAAGTCAATT
1 -GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATT
* * * * * * * *
2405 ATGACATTATAAAACCACTTCAAGCGAGTAATATGACTTTT-AAGGGCATAGGTGACAATAAATG
63 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCTTGGGTGACTATAAATG
* * *
2469 GACTTTCCTTACCAATGAATATCTTTTTCGTCATGTTTCTCAA
127 GACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAA
* * * * *
2512 GGTAGACATTTAATTATAATTTGTTTCAATAAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTCAAATCAATTA
1 -GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTA
* * * * * * ** * * **
2576 TGAGATTATATAACTATTTAATCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTGTAAAATCGTTTAAAGTGA
64 TGAGATTATAAAACCATTTAA--AGC---GAGT-AA-TAAG-GCTT-TTGAA-GGCTT-GGGTGA
* * * * *
2641 GTA-ATAA-GG-CTTTTGAAGGCATAGGTCACTATAAATGGA-C-TTTTCTTGCTAATGAATATC
118 CTATA-AATGGACTTTT-----CTTA---C-CAATGAAT--ATCTTTTTCTT-C--ATG--T-TT
**
2701 CTTTTC
165 C-TTAA
* ** * * * * * **** ** *** *
2707 CTCATG-TTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAATCA
1 GT-A-GACAT-TCAA-TTATA-ATCT-GTTTTAA--T-AAAAAATGTAAAA---AAATTCAA-CT
* * * * * **
2771 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACAATTAAAGCAAATAATAAGGCTTACGAAGG-TATG
53 T----AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TG
* * * ** *
2835 GGTGAGTATAAATGGACTTTTCTCACCCACA-AAAGGT-TTTTTCTTCATGTTTCTCAA
113 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CCA-ATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAA
********** *
2892 GGTAGACATTNNNNNNNNNNCTGTTTTAA-ACAAAAATG-AAAAACATTCAACTTAAAATCAATT
1 -GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATT
* * * *
2955 ATGAGTTTATAAAGCCATTTAGAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGGCTATAAATAG
63 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-G
* * ** * *
3020 G-CTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTTCTTAG
127 GACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATG-TTTCTTAA
* * ** * **
3063 GCAGACATTCAACTATAATCTGTTTTAACCAAAGATAAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTAT
1 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTAT
* ** * * * * *
3128 GGGATTATAAAATTATTTCAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGAAC
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGAC
* * **
3193 TTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTT--TGCATTTCCCAA
130 TTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATG--TTTCTTAA
* * * *
3233 GGTAGACATTCAATTCTATTCTGTTTTTATAAAAAAAT-T-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
1 -GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATT
* * ** * * *
3296 ATGAGATTAGAAAATCATTTAAAGTAAGTTACAAGGCTTTTGAA-GCTTGGGTGACTGTAAATAG
63 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-G
* * * * * * *
3360 G-CTTTTCTTGCCAATGAA-AGGCTATTTCGTAAGGTTTCCTTAG
127 GACTTTTCTTACCAATGAATA-TCTTTTTCTTCATGTTT-CTTAA
* * *
3403 GTTA-ACATTCAATTGTAATCTATTTTAACAAAAAATG-AAAAAACATTCAACTTAAAGTCAATT
1 G-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAA-TCAATT
* ** * * * * *
3466 ATGAGATTATACAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTGGAAGGCGTAGGTGACTATAAATTG
63 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
** * * *
3531 ACTTTTCTTGTCAGTGAATATCTTTTTCTTCATATTTCTCAA
128 ACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAA
* * * * * *
3573 GCTAGACATTTAATTATCATCTATTTTAATAAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAGTTG
1 G-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTA
* * * *
3638 TGAGATTATCAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATT-GGTGACTATAAATGG
64 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-TTGGGTGACTATAAATGG
** *
3702 ACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAA
128 ACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAA
* * * * ** * *
3744 GATAGATATTTAATTATAATCTATTTTCACCAGAAATG-AAAAAATTTCAACTTAAAGTCAATTA
1 G-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTA
* * * **
3808 TGAGTTTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGG-TTTTGAAGGCATGGACGACTATAAATGG
64 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
* * *
3872 ACTTTTCTTACCAATGAAAATCTTTTTCTTCATGTTTCCCTAG
128 ACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTT-CTTAA
* * *
3915 GTAGACATTGAATTATAATCTGTTTGAA-AGAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTGAAATCAATT
1 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA-AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTT-AAATCAATT
* * ** * * *
3979 AAGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTCTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-A
63 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
* * * * *
4043 AGCTTTTCTTGCCAATAAATGA-CTTTTTCTTTAGGTTTTCTTAG
128 A-CTTTTCTTACCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCATG-TTTCTTAA
* * * * * * ** * *
4087 GCAGGCATGCAACTATAATATGTTTGAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTAC
1 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTAT
* * * * * * *
4152 AAGATTATAAAACCATTTGAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTTACTATAAATGGAA
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * *
4217 TTTTCTTGCCAATCAACATCTTTTTCTTCAAGTTTATCGAT
130 TTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCT-TAA
** ** *
4258 GTAGACACTT-AATTATAATGGGTTTTAACCAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAGCTAATTA
1 GTAGACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAATC-AATTA
* * * * * * * *
4321 T-ACGGTTATAAAATCATTTAAAGTGACTAATAAGAG-TTTTG-AGGGTATAGGTGGCTATCAAT
64 TGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTTGAAGGCT-TGGGTGACTATAAAT
* * * * ** **
4383 GGACTTTTCTTATCAAAGAATATCATTTTCCTCACATTTCCCAA
126 GGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAA
*
4427 CTTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATG-AAAGAAAATTCAACTTCAAATCAATT
1 -GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAA-AAAATTCAACTT-AAATCAATT
* * * *
4491 ATGAGATTATAAAACTATATAAAACGAGTAATAAGG-TTTCGAAAGGCTTGGGTGACTATAAATA
63 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCTTGGGTGACTATAAAT-
* * ** * *
4555 GG-CTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTCCTTAG
126 GGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTT-CTTAA
* * * * * ** * *
4599 GCAAACATTCAACTGTAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAGTCAATTAT
1 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTAT
* ** * * * * * *
4664 GAGATTATAAATCCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTAACTGTAAAGGGAC
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGAC
** *
4729 TTTTCTCGCCAATGAATATCCTTTTCTTCATGTTTCTTAA
130 TTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAA
* **
4769 GGTAGACATTTAATTATAATC-GATTTTAACCAAAAATG-AAAAACAATTCAACTTAAAGTCAAT
1 -GTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTTAATAAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAA-TCAAT
4832 TATGAGATTATAA
62 TATGAGATTATAA
Statistics
Matches: 3151, Mismatches: 672, Indels: 412
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 119 0.04
167 23 0.01
168 254 0.08
169 145 0.05
170 876 0.28
171 1287 0.41
172 236 0.07
173 12 0.00
174 6 0.00
175 3 0.00
176 2 0.00
177 8 0.00
178 5 0.00
179 5 0.00
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181 13 0.00
182 1 0.00
184 5 0.00
185 3 0.00
186 3 0.00
187 2 0.00
188 12 0.00
189 5 0.00
190 1 0.00
191 4 0.00
192 7 0.00
193 5 0.00
194 5 0.00
195 3 0.00
196 6 0.00
197 3 0.00
198 4 0.00
199 14 0.00
200 5 0.00
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205 3 0.00
206 5 0.00
207 1 0.00
208 2 0.00
210 27 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAATCAATTATG
AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACT
TTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAA
Found at i:2157 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 644--4844 Score: 3253
Period size: 341 Copynumber: 12.2 Consensus size: 338
634 NNNNNNNNNN
* * * *
644 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAGTATAAAAAAATTCAACTTCAACTCAATTA
1 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAA-T-GAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTA
* * * *
709 TTAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GGATGACTATAAATAG
64 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGG-TGACTATAAATAG
* * * * * *
773 ACTTTTCTTTCCAATAAATATCTTTTTGTTTACA-TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAATCT
128 ACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCA-AGTTTCT-TAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* * * *
837 GTTTTAAT-AAAAA-GT-AAAAAATTCAACATAAAATC-ATCTATGAGATTAGAAAATCATTTGA
191 GTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT-TATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * **
898 AGAAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACAATAAATGTACTTTTCTTGAGAATGAATAGC
255 AGCAAGTAATAAGG-TTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATAGC
* *
963 TTTTTCTTCATGTTTTTTGAA
319 TTTTTCTTCACGTTTCTT-AA
* * * * *
984 -GTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATTTAAAAATATTTAACTTTAAA-TCAGTT
1 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAA-TGAAAAAAATTCAAC-TTAAAGTCAATT
* * * * *
1047 ACGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATA-GCTTGGGTGACTATAAATA
63 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGCATAGGTGACTATAAATA
* * * * * *
1111 GGCTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTT-AAGGTTTCCTTAGGTAGACATTCAACTGTAATT
127 GACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCAA-GTTT-CTTAGGTAGACATTCAATTATAATC
* * * * *
1175 TGTTTTAGTAAAAAATG-AAAAAACATTCAACTTAAAGTAAATTATCAGATTATAAAATCATTTA
190 TGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * *
1239 AAGCAAGTGAA-AAGGCTTTGGAAGGCGTAGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTTGATGAATA
254 AAGCAAGT-AATAAGG-TTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATA
* * *
1303 TC-TTTCCTTTCACATTT-TCTAA
317 GCTTTTTC-TTCACGTTTCT-TAA
* * * *
1325 GGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTTAA-AAAAAT-AAAAAAATTTAATTTCAAA-TCAATTA
1 GGTAGACATTCAATTATAATCT-GTTTTAACAAAAATGAAAAAAATTCAACTT-AAAGTCAATTA
* * * * *
1387 TGAGATTATCAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGA
64 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGA
* * * ** * *
1452 CATTTCATGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCTAGGTAGACATTTAATTATAATCTGT
129 CTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCT-TAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
** * * ** *
1517 TTTAA-CCAAAATG-AAAAAAACTTC-ACTTAAAGTC---TATGAGTTTGCAAAACTATTTAAAG
193 TTTAATAAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
1576 CGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCT-ATGAATATCT
257 CAAGTAAT-AAGGTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCTAATGAATAGCT
* *
1640 TTTCCTTCATGTTTCTTGAA
320 TTTTCTTCACGTTTCTT-AA
* *
1660 -GTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTCAAA-TCAATT
1 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATG-AAAAAAATTCAACTT-AAAGTCAATT
* * * *
1722 AAGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGGGTGACTATAAATAG
63 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAG
* * ** * * * *
1787 GCTTTTCTTGCAAATG-ATCGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCTTAGGCAAACATTTAACTATAATCT
128 ACTTTTCTTGCCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCAAGTTT-CTTAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* *** * * * *
1851 ATTTTAACCCAAAATGTAAAAAAAGTT-AACTAAAAATCAATTAAGAGATTGTAAAACCGTTTAA
191 GTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* *
1915 AGCAAATAATAAGGTTTTCGAAGGCATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATAGC
255 AGCAAGTAATAAGGTTTT-GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATAGC
* *
1980 TTTTTCTTCACCTTTCTTGA
319 TTTTTCTTCACGTTTCTTAA
* * *
2000 GGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAACAAAGAATGAAAAACCATTCAACTTAAAGTCAATTA
1 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAA-AATGAAAAA-AATTCAACTTAAAGTCAATTA
* * * *
2065 TGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGTATAAGG-GACTATAAATAG
64 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-AGGTGACTATAAATAG
* * * ** * * *
2129 ACTTTTCTTACCGATGAATATC-TTTTCTTCACACTTTCAGAGGTCGACATTCAATTTTAATCTA
128 ACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCA-AGTTTCTTAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * * *
2193 TTTAAATAAAAAATGTAAAAAAAATTCAA-TCTCAAATCAATTTTGAGATTATCAAACCATTTAA
192 TTTTAATAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * *
2257 AGCGATTAGTAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGTCTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-CC
255 AGCAAGTAATAAGG-TTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATAGC
*
2321 ATTTTTCTTCACATTT-TCTAA
319 -TTTTTCTTCACGTTTCT-TAA
* * * *
2342 GGTAGATATTTAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATCAACTTAAAGTCAATTAT
1 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTAT
* * * * * * *
2407 GACATTATAAAACCACTTCAAGCGAGTAATATGACTTTT-AAGGGCATAGGTGACAATAAATGGA
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCATAGGTGACTATAAATAGA
* * * * * * *
2471 CTTTCCTTACCAATGAATATCTTTTTCGTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATTTGT
129 CTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCT-TAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * * * *
2536 TTCAATAAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTCAAATCAATTATGAGATTATATAACTATTTAATCA
193 TTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA--A
* * ** ** * * *
2600 ACTTAAAGTCAATTATGAGATTGTAAAATCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAG
256 GC---AAGT-AA-TA--AGGTT-TTGAA--G---GCA-TG-G--GT--GAC-TAT-AA---AT-G
* * * * * *
2665 GTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATATCCTTTTCCTCATGTTTCTCAA
296 G--ACT-T---T--TC-TT----GCTAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAA
* * * *
2721 GGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTA
1 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATG-AAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTA
* * * * ** * * * *
2786 TGAGATTATAAAAACAATTAAAGCAAATAATAAGGCTTACGAAGGTATGGGTGAGTATAAATGGA
64 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGA
** * ** * * **********
2851 CTTTTCTCACCCACA-AAAGGT-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTNNNNNNNNNNCT
129 CTTTTCT-TGCCA-ATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCT-TAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* * * *
2914 GTTTTAA-ACAAAAATG-AAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAGCCATTTAG
191 GTTTTAATA-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * *
2977 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGGCTATAAATAGG-CTTTTCTTGCTAATGAATGG
255 AGCAAGTAATAAGG-TTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCTAATGAATAG
*
3041 CTTTTTCTTCAAGTTTTCTT-A
318 CTTTTTCTTCACG-TTTCTTAA
* * * *
3062 GGCAGACATTCAACTATAATCTGTTTTAACCAAAGATAAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTA
1 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAT-GAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTA
* ** * *
3127 TGGGATTATAAAATTATTTCAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAAT-GA
64 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAG-
* ** * *
3191 ACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTTGC-A-TTTCCCAAGGTAGACATTCAATTCTATTC
128 ACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTC-TT-CAAGTTT-CTTAGGTAGACATTCAATTATAATC
* * * *
3254 TGTTTTTATAAAAAAAT-T-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAATCATTTA
190 TGTTTTAAT-AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * *
3317 AAGTAAGTTACAAGGCTTTTGAA-GCTTGGGTGACTGTAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAA-A
254 AAGCAAGTAATAAGG-TTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCTAATGAATA
* * * *
3379 GGCTATTTCGTAAGGTTTCCTT-A
317 -GCTTTTTCTTCACGTTT-CTTAA
* *
3402 GGTTA-ACATTCAATTGTAATCTATTTTAACAAAAAATGAAAAAACATTCAACTTAAAGTCAATT
1 GG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGAAAAAA-ATTCAACTTAAAGTCAATT
* ** * * * *
3466 ATGAGATTATACAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTGGAAGGCGTAGGTGACTATAAATTG
63 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAG
* * * * * *
3531 ACTTTTCTTGTCAGTGAATATCTTTTTCTTCATA-TTTCTCAAGCTAGACATTTAATTATCATCT
128 ACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCA-AGTTTCT-TAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* * * * * *
3595 ATTTTAATAAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAGTTGTGAGATTATCAAACCATTTAAA
191 GTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * *
3660 GCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCT
256 GCAAGTAATAAG-GTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATAGCT
3725 TTTTCTTCACGTTTCTTAA
320 TTTTCTTCACGTTTCTTAA
* * * * * * *
3744 GATAGATATTTAATTATAATCTATTTTCACCAGAAATGAAAAAATTTCAACTTAAAGTCAATTAT
1 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTAT
* * * *
3809 GAGTTTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGG-TTTTGAAGGCAT-GGACGACTATAAATGG
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTTGAAGGCATAGG-TGACTATAAATAG
* * * * *
3872 ACTTTTCTTACCAATGAAAATCTTTTTCTTCATGTTTCCCTAGGTAGACATTGAATTATAATCTG
128 ACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTT-CTTAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * * * *
3937 TTTGAA-AGAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTGAAATCAATTAAGAGATTATAAAACTATTTAA
192 TTTTAATA-AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * *
4001 AGTAAGTAATAAGGCTCTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-AAGCTTTTCTTGCCAATAAAT-G
255 AGCAAGTAATAAGG-TTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCTAATGAATAG
* *
4064 ACTTTTTCTTTAGGTTTTCTT-A
318 -CTTTTTCTTCACG-TTTCTTAA
* * * * * * *
4086 GGCAGGCATGCAACTATAATATGTTTGAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTA
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** * * * *
4151 CAAGATTATAAAACCATTTGAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTTACTATAAATGGA
64 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGA
* * * * * * **
4216 ATTTTCTTGCCAATCAACATCTTTTTCTTCAAGTTTATCGATGTAGACACTT-AATTATAATGGG
129 CTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCT-TAGGTAGACA-TTCAATTATAATCTG
** * * *
4280 TTTTAACCAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTT-AAAGCTAATTAT-ACGGTTATAAAATCATTTAA
192 TTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGA-GATTATAAAACCATTTAA
** * * * * * * * * *
4342 AGTGACTAATAAGAGTTTTGAGGGTATAGGTGGCTATCAATGGACTTTTCTT-ATCAAAGAATAT
255 AGCAAGTAATAAG-GTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATAG
* * * **
4406 CATTTTCCTCACATTTCCCAA
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** *
4427 CTTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGAAAGAAAATTCAACTTCAAA-TCAATT
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* * * * * *
4491 ATGAGATTATAAAACTATATAAAACGAGTAATAAGG-TTTCGAAAGGCTTGGGTGACTATAAATA
63 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCATAGGTGACTATAAATA
* * ** * * * * * *
4555 GGCTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTCCTTAGGCAAACATTCAACTGTAATAT
127 GACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTT-CTTAGGTAGACATTCAATTATAATCT
** * * * *
4620 GTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAA
191 GTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * * * * *
4685 GTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTAACTGTAAAGGGACTTTTCTCGCCAATGAATATCC
256 GCAAGTAATAAGG-TTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATAGCT
*
4750 TTTTCTTCATGTTTCTTAA
320 TTTTCTTCACGTTTCTTAA
*
4769 GGTAGACATTTAATTATAATC-GATTTTAACCAAAAATGAAAAACAATTCAACTTAAAGTCAATT
1 GGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTTAA-CAAAAATGAAAAA-AATTCAACTTAAAGTCAATT
4833 ATGAGATTATAA
63 ATGAGATTATAA
Statistics
Matches: 3092, Mismatches: 591, Indels: 354
0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
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334 93 0.03
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352 2 0.00
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Consensus pattern (338 bp):
GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATG
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AATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAG
TAATAAGGTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTTCT
TCACGTTTCTTAA
Found at i:2754 original size:209 final size:210
Alignment explanation
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2376 AATGAAAAAA
* *
2386 AATCAACTTAAAGTCAATTATGACATTATAAAACCACTTCAAGCGAGTAATATGACTTTTAAGGG
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* * *
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* * * *
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* * * ** * *
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* * * *
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65 GCATAGGTCACAATAAATGGACTTTCCTTACCAATGAATATCCTTTTCCTCATGTTTCTCAAGGT
* *
2724 AGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGA
130 AGACATTTAATTATAATCTGTTTCAATAAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGA
2789 GATTATA
195 GATTATA
2796 AAAACAATTA
Statistics
Matches: 177, Mismatches: 22, Indels: 3
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
209 143 0.81
210 34 0.19
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (210 bp):
AATCAACTTAAAGTCAATTATGACATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAGGG
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GACATTTAATTATAATCTGTTTCAATAAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAG
ATTATATAACTATTT
Done.