Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397348.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_819.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 43526
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.11, T:0.30
Warning! 7922 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1330 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 894--2566 Score: 1472
Period size: 171 Copynumber: 9.8 Consensus size: 171
884 NNNNNNNNNN
* * * * *
894 TTCTTGCCAATGAATG-TATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAGAATCTGTAT
1 TTCTTGCCAATGAATGCT-TTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
* * ** *
958 TAATCAAAAATGTAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATT-TGGGGATTGGAAAACCATTTAAAGC
65 TAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGA
* * *
1022 GAGTAATAAGGATTTTGAAGGAATAAGTAACTATAAATGGACTT
128 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTT
* * *
1066 TTCTTGCTAATGAATGC-CTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
1 TTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
******************** * *
1130 AANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAAAGA
66 AA-CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGA
* * *
1195 GTAATAAGGCTTCTGAAGGAATGTGTGGCTATAAATGGACTT
130 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTT
** * * *
1237 TTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTTTTCATATTTTTTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTT
1 TTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
* * * * *
1302 AACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAGTTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAG
66 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAG
* *
1367 TACTAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTT
131 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * *
1408 TTCTT-CTCAATGAATGGC-TCTTTTTACATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATA-TCCTAT
1 TTCTTGC-CAATGAAT-GCTTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGT-CTGT
** * * * * *
1470 TTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTGAAATCAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTACAGT
63 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA
* *
1534 GAGTAGTAAGGCTTTTGAA-GAGATGGGTGACTATAAATGGACTT
128 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * ** * * * * *
1578 TTTTTGCCAATAAATACCTTTTTCGTCACATTTGC-CAAGATAGACATTCAATTACACTCTATTT
1 TTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTTTTCACGTTT-CTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
* * * * * *
1642 TAACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATTAATTCTAAGATTATAAAACTATTTAAACAGA
65 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGA
* * *
1707 GTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTT
130 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * *
1749 TTTTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTT-ACGTTTCTCAGGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTT
1 TTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
* * * *
1813 TAACCAAAAATGTGAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATTAGCTTATAAAACCATTTAAAGCA-
65 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AG
* ** * *
1877 AGTAATATGGCTTTCT-AAGGCTTCAGTGACTATAAATGAACTT
129 AGTAATAAGGCTTT-TGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTT
* ** * * * * *
1920 TTCGTGCCAAT-AGATGGC-TTTTGCTTCACGTTCCCCGAGGCAGACATTCAATTACAG-C-GTT
1 TTCTTGCCAATGA-AT-GCTTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTG-T
* * * * *
1981 TGTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTCAATTTAAAATCAATAATGAGATT-TGAAAACCTTTTAAA
63 T-TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAA
* * * *
2044 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAAT-GAATAT
126 GAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACT-T
* ** * * * * * *
2090 TTTTTTTCAATGAAAGGC-TTTTTTAT-ATGTTTCTCGAGATAAACATTCAATTATAGTCTGTTT
1 TTCTTGCCAATG-AATGCTTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
* ** * * * *
2153 TGA-TGAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGTGA
65 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGA
* * * *
2217 ATAGTAAGGCTTTTGAAGGGATG-GATGACTATAAGTGGACTT
130 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-TGACTATAAATGGACTT
* * * * * * * *
2259 TTCTTACTAATGAAT-ATCCTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTACATTTTGTTT
1 TTCTTGCCAATGAATGCT-TTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
* *
2323 TAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGA
65 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGA
* *
2388 GTAATAAGACTTTTGAAAGAAT-AGGTGACTATAAATGGACTT
130 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTT
** * * *
2430 TTCTTATCAATGAATGCCTTTTTCTTT-ATGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAGTCTGTTT
1 TTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
* * * * * * * *
2494 TAACAAAAAATGTGAAAAAATTCAATTTAGAATCAACTATTAGCTTATAAAACCATTTAAAGTGA
65 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGA
*
2559 GTAGTAAG
130 GTAATAAG
2567 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1193, Mismatches: 265, Indels: 87
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 10 0.01
169 119 0.10
170 270 0.23
171 715 0.60
172 78 0.07
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAG
TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTT
Found at i:1645 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 894--2566 Score: 1555
Period size: 341 Copynumber: 4.9 Consensus size: 340
884 NNNNNNNNNN
* *** ** * * *
894 TTCTTGCCAATGAATGTATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAGAATCTGTATT
1 TTCTTGCCAATAAATACCTTTTTCTTCACATTTC-CAAGGTAGACATTCAATTACACTCTGTTTT
* * * * ** *
959 AATCAAAAATGTAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATT-TGGGGATTGGAAAACCATTTAAAGCG
65 AACCAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAAATTAATTAT-GAGATTATAAAACCTTTTAAAGCG
* * *
1023 AGTAATAAGGATTTTGAAGGAATAAGTA-ACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATGCCTT
128 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAG-AGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGCCTT
* * * * ******************
1086 TTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNN
191 TTTTACATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CGAAAAATGTAAAAAAAT
** * ** * *
1151 NNAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAA
255 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAA
* *
1216 TGTGTGGCTATAAATGGACTT
320 TGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * ** * * *
1237 TTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTTTTCATATTTTTTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTT
1 TTCTTGCCAATAAATACCTTTTTCTTCACA-TTTCCAAGGTAGACATTCAATTACACTCTGTTTT
*
1302 AACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAGTTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAG
65 AACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAG
* * *
1367 TACTAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTCTTTT
130 TAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCCT-TTTT
* * * *
1432 TACATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATA-TCCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTGA
194 TACATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGT-CTATTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * *
1496 AATCAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTACAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAA-GAGATG
258 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGA-ATG
1559 GGTGACTATAAATGGACTT
322 GGTGACTATAAATGGACTT
* * * *
1578 TTTTTGCCAATAAATACCTTTTTCGTCACATTTGCCAAGATAGACATTCAATTACACTCTATTTT
1 TTCTTGCCAATAAATACCTTTTTCTTCACATTT-CCAAGGTAGACATTCAATTACACTCTGTTTT
* * * *
1643 AACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATTAATTCTAAGATTATAAAA-CTATTTAAA-CAG
65 AACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGC-G
* * * *
1706 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTAC-CAATGAATGCCTTT
128 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGCCTTT
** * * * *
1770 TTCTTTACGTTTCTCAGGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTGAAAAAATT
192 TT-TACATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATT
* * * ** * * **
1835 TAACTTAAAATCAATTATTAGCTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATATGGCTTTCT-AAGGCT
256 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTT-TGAAGGAA
** *
1899 TCAGTGACTATAAATGAACTT
320 TGGGTGACTATAAATGGACTT
* * ** * * * * * *
1920 TTCGTGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTCCCCGAGGCAGACATTCAATTACAGCGT-T-TG
1 TTCTTGCCAATAAATACCTTTTTCTTCACATT-TCCAAGGTAGACATTCAATTACA-C-TCTGTT
* * * * *
1983 TTAACTAAAAATAT-AAAAAATTCAATTTAAAATCAATAATGAGATT-TGAAAACCTTTTAAAGT
63 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTAT-AAAACCTTTTAAAGC
* * * * * * *
2046 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAAT-GAATATTTTTTTTCAATGAAAGGCTT
127 GAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGGACT-TTTCTTCTCAATGAATGCCTT
* * * * * * * *
2110 TTTTATATGTTTCTCGAGATAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTGATG-AAAATGTAAAAATATT
191 TTTTACATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATT
* * * *
2174 CAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGTGAATAGTAAGGCTTTTGAAGGGAT
256 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAAT
* *
2239 GGATGACTATAAGTGGACTT
321 GGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * *
2259 TTCTTACTAATGAATATCC-TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTACATTTTGTTT
1 TTCTTGCCAATAAATA-CCTTTTTCTTCACATTTC-CAAGGTAGACATTCAATTACACTCTGTTT
* * *
2323 TAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGA
64 TAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGA
* * *
2388 GTAATAAGACTTTTGAAAGAAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTT
129 GTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGA-GAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCCTTTT
** * * * *
2452 TCTTTATGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTGAAAAAATTC
193 T-TACATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * * *
2517 AATTTAGAATCAACTATTAGCTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAG
257 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAG
2567 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1088, Mismatches: 207, Indels: 71
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
337 1 0.00
338 3 0.00
339 136 0.12
340 147 0.14
341 411 0.38
342 276 0.25
343 110 0.10
344 4 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
TTCTTGCCAATAAATACCTTTTTCTTCACATTTCCAAGGTAGACATTCAATTACACTCTGTTTTA
ACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGT
AATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCCTTTTTTA
CATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
ACTATAAATGGACTT
Found at i:4642 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4342--5521 Score: 1084
Period size: 171 Copynumber: 6.9 Consensus size: 170
4332 NNNNNNNNNN
* * * * * *
4342 CTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTACTAAAGCTTTTAAAGGAATGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG
* * *
4407 AGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGA-CTTTTT-TTACACGTTTCCTAAGGCAGAC
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGAAT-ACCTTTTTCTT-CACGTTT-CTCAGGTAGAC
* * *** *
4469 ATTCAATTATAGCCTATTTTAATGTAAAATATAAAAAAAATTAAA
127 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAA
* * * * * *
4514 ATTAAAAT-AATTTTGAGATTATAAAATCATTTACAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAA-GAGATAA
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGA
* *
4577 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTGC-CAGGATAGACA
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTT-CTCAGG-TAGACA
* * * *
4641 TTCAATTATACTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCAA
128 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * ** *
4684 CTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAA-TAGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGAATGC
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
* * * *
4748 GTGACTATAAATAGACATTTT-TTACCAATGAATAACTTTTTCTTTATGTTTCTCAGGTTAGACA
65 GTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAGG-TAGACA
* * * *
4812 TTCAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAATGTGAAAAAATTTAA
128 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * ** * ** ** * *
4855 CTTAAAATCAATTATTAGCTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATATGGCTTTCCAAGGCTTCAA
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG
* * ** * * * *
4920 TGACTATAAATGTACTTTT-TGTCCCAAT-AGAT-GGTTTTTGCTTTACGTTCCCTAAGGCAGAC
66 TGACTATAAATGGACTTTTCT-TACCAATGA-ATACCTTTTT-CTTCACGTT-TCTCAGGTAGAC
* *
4982 ATTCAATTACAGCCT-TTTGTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAA
127 ATTCAATTATAGTCTGTTT-TAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * ** *
5025 TTTAAAATCAATAATGAGATTAGAAAACTTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG
* * * * * * * *
5090 AGACTATACATGAACATTTT-TTCCCAACGAA-AGGCTTTTT-TAT-ATGTTTCTCGAGATAGAC
66 TGACTATAAATGGAC-TTTTCTTACCAATGAATA-CCTTTTTCT-TCACGTTTCTC-AGGTAGAC
* ** * * *
5151 ATTCAATTATAGTCTGTTTTGA-TGAAAATGTTAAAATATTCAA
127 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * * * *
5194 CTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAATGAATAGTAAGGCTTTTGAAGGGATGGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG
* * * *
5259 TAACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCTAGACATT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AGGTAGACATT
* * * **
5324 CAATTACATTTTGCATTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
130 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
* *
5365 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAAT-AG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-
* * * * * *
5429 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTTTTTTTTTACGTTTCTCAAGGTACACAT
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AGGTAGACAT
5494 TCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAT
129 TCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAT
5522 GTGNNNNNNN
Statistics
Matches: 814, Mismatches: 164, Indels: 61
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 12 0.01
169 117 0.14
170 153 0.19
171 512 0.63
172 20 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG
TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAGGTAGACATTC
AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
Found at i:10117 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 9197--10591 Score: 1125
Period size: 171 Copynumber: 8.1 Consensus size: 167
9187 NNNNNNNNNN
* * * * * *
9197 TGAAGAAAAAAGCATTCCTTAGCAAGAAATGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCACAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGGCATTCATT-GCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTT
*
9262 ATTGCTC-CTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACA-TTGAATTTTTTTACATTT
64 ATTACTCAC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTT--ATTT
* * * ** *
9325 TTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTAAAGAAATA
125 TTGATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
* * * *
9368 TGAA-AAAAAGGATATTCATTGGGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGTCT
1 TGAAGAAAAAGG-CATTCATT--GCAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCT
* * *
9432 TATTACTCGCTATAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
63 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT--ATTTT
* * * * * *
9497 TGGTTAAAACAGA-TA-ATATTGAATGTCTATCTCGTGAAACG
126 TGATTAAAATAGACTATA-ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
* * * * * * * *
9538 TTAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAACTCTATTTGTAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGGCATTCATT-GCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * *
9603 ATTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTCAAATTTATTTACCTTTT
64 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTA--TTTT
* * * * * *
9668 TCATTAAAATAGACTTTAACTAAATGTCTATCTTGAGAAAAA
126 TGATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
* * * * *
9710 AGAAGAAAAACG-ATTTAATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCT
1 TGAAGAAAAAGGCA-TTCATT-GC-AAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * * ** * **
9774 TACTACTCAATTTAAATTGTTTTATAAACTAATAGCTGATTTCAAGTTGAAGTTTTTCACATTTT
63 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT-TTATTTT
* * * * *
9839 TGATTAAAAACATACTATAATTGAATGTGTACTTTGAGAAACG
126 TGATT-AAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
** * * * * * **
9882 CAAAGCAAAAGGCCTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTTCTTTGAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGGCATTCATT-GCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTT
*
9947 ATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTTGATTTTT
64 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTT-ATTTTT
* * * * * * *
10012 GGTTAAAATATAATGTAATTCAATGTCTACCATGAGAAACG
127 GATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
* * * * *
10053 TGAAGAAAAAGGGATTCATTGCTATAAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATCCCTTCATAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGGCATTCATTGC-A-AAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
10118 ATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGCTGAATATTTGTATATTTTT
64 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTT-TTTATTTTT
* * * *
10183 CATTAAAATAGACTATCATTGAATGTTTACCTTGATAAACA
127 GATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
* * * * *
10224 TGTAGAAAAAGCCATTCGTTG-AGAAGAAATGTCCATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCT
1 TGAAGAAAAAGGCATTCATTGCA-AA-AAA-GTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * *
10288 TATAACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTTATAGTT
63 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTAT--TT
* * ** * * *
10353 TTGGTTAAAAAAGGTTATATTTGAATGTCTACCTTGAGGAACG
125 TTGATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
* ** * * * ** ** * *
10396 TAAAGCTAAAGCCATCCATTGACACAAAAAATTTATTTATAGTCACTCAAGCGTT-AGAAAGCTT
1 TGAAGAAAAAGGCATTCATTG-CA-AAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCA-AAAGCCT
* **
10460 TATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAAAT-AAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTT
63 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT--TATTT
* * * * *
10524 TTGGTTAAAAGAGATTGTAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACA
125 TTGATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
*
10567 TGAAGAAAAAGGCACTCATTAGCAA
1 TGAAGAAAAAGGCATTCATT-GCAA
10592 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 971, Mismatches: 216, Indels: 75
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 9 0.01
170 118 0.12
171 469 0.48
172 359 0.37
173 13 0.01
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (167 bp):
TGAAGAAAAAGGCATTCATTGCAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTGATT
AAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
Found at i:10184 original size:514 final size:506
Alignment explanation
Indices: 9198--10586 Score: 1363
Period size: 514 Copynumber: 2.7 Consensus size: 506
9188 NNNNNNNNNT
** * *
9198 GAAGAAAAAAG-CATTCCTTAGCAAGAAATGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCACAAGCCTT
1 GAAG-AAAAAGCCATTAATTAGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTT
* ** *
9262 ATTGCTCCTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACATTGAATTTTTTTACATTTTT
65 A-TACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTAAT-ATTGATTTTA-ATTGAATTTTTTTACATTTTT
* ** * **
9327 GATT-AAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTAAAGAAATATGAAA--AAAAGGATATTCATTG
127 GATTAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AA-ACGAAAGCAAAAGG-CCTTCATT-
* * * * * *
9389 GGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCA-AAAGTCTTATTACTCGCTATAAAAGGTT
188 GGCAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTT-AGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTT
9453 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAA--T-A
252 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT--ATTTTTGGTT-AAA-AGATAATGTAA
* * * * * * *
9515 TTGAATGTCTATCTCGTGAAACGTTAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAACTCTATTTGTAG
313 TTGAATGTCTACCT-GAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGCTAAGAAAACTCCATTTATAG
* * *
9580 TCACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTAATTTT
377 TCACCCATCACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAACTAATTTT
* * * *
9645 AAGTTCAAATTTATTTACCTTTTTCATTAAAATAGACTTTAACTAAATGTCTATCTTGAGAAAAA
442 AAGCTCAAATTTATATA-CTTTTTCATTAAAATAGACTATAACTAAATGTCTACCTTGAGAAAAA
9710 A
506 A
* * * * *
9711 GAAGAAAAA-CGATTTAATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTT
1 GAAGAAAAAGCCA-TTAATTAGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTT
* * * * * *
9775 ACTACTCAATTTAAATTGTTTTATAAACTAATAGCTGATTTCAAGTTGAAGTTTTTCACATTTTT
65 A-TACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTAATA-TTGATTTTAA-TTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * *
9840 GATTAAAAACATACTATAATTGAATGTGTACTTTGAGAAACGCAAAGCAAAAGGCCTTCATTGGT
127 GATTAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACG-AAAGCAAAAGGCCTTCATTGGC
* * *
9905 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTTCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
191 AA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTAGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* *
9970 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTTGATTTTTGGTTAAAATATAATGTAATTCAA
255 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTT-ATTTTTGGTTAAAAGATAATGTAATTGAA
* * *
10035 TGTCTACCATGAGAAACGTGAAGAAAAAGGGATTCATTGCTATA-AAAAGTCCATTTATAGTTAC
318 TGTCTACC-TGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGCTA-AGAAAACTCCATTTATAGTCAC
* * * *
10099 CCATCCCTTCATAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAG
381 CCATCACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTAATAACTAATTTTAAG
* * * * * * * * *
10163 CTGAATATTTGTATA-TTTTTCATTAAAATAGACTATCATTGAATGTTTACCTTGATAAACAT
445 CTCAA-ATTTATATACTTTTTCATTAAAATAGACTATAACTAAATGTCTACCTTGAGAAAAAA
* ** * * *
10225 GTAGAAAAAGCCATTCGTTGAG-AAGAAATGTCCATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTT
1 GAAGAAAAAGCCATTAATT-AGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTT
* * * * * *
10289 ATAACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTTATAGTTT
65 AT-ACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCT-AATATTGATTTT-AATTGAA-TTTTTTTACATTTT
* * * * * *
10354 TGGTTAAAAA-AGGTTATATTTGAATGTCTACCTTGAGGAACGTAAAGCTAAA-GCCATCCATTG
126 TGATTAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACG-AAAGCAAAAGGCC-TTCATTG
* * ** ** * *
10417 ACACAAAAAATTTATTTATAGTCACTCAAGCGTTAGAAAGCTTTATTACT-TACTTTAAATGGTT
189 GCA-AAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTAGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTT
** * *
10481 TTATAAAT-AAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTTTTGGTTAAAAGAGATTGTAAT
252 TTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT--TATTTTTGGTTAAAAGATAATGTAAT
* * *
10545 TGAATGTCTAGCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCACTCATT
314 TGAATGTCTA-CCTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT
10587 AGCAAGNNNN
Statistics
Matches: 718, Mismatches: 127, Indels: 61
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
512 15 0.02
513 122 0.17
514 414 0.58
515 158 0.22
516 9 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (506 bp):
GAAGAAAAAGCCATTAATTAGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTA
TACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTAATATTGATTTTAATTGAATTTTTTTACATTTTTGATT
AAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGAAAGCAAAAGGCCTTCATTGGCAAAAA
AGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTAGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCT
CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTGGTTAAAAGATAATGTAATTGAATGTCTACC
TGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGCTAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATCACTTC
AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAACTAATTTTAAGCTCAAATTTAT
ATACTTTTTCATTAAAATAGACTATAACTAAATGTCTACCTTGAGAAAAAA
Found at i:10436 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 9197--10577 Score: 1049
Period size: 343 Copynumber: 4.0 Consensus size: 339
9187 NNNNNNNNNN
* * * * * * ** * *
9197 TGAAGAAAAAAGCATTCCTTAGCAAGAAATGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCACAAGCCTT
1 TGAAG-AAAAAGCCTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTTCTTTAAAAGCCTT
** * * * *
9262 ATTGCTC-CTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACATTGAATT-TTTTTACATTT
65 ATAACTCAC-TTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTCTTTTT-GATTT
* * * * * ** * ** *
9325 TTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACC-TAAAGAAATATGAAA-AAAAGGATATTCATT
128 TTGGTTAAAAAAGAATATAATTCAATGTCTACCAT-GAGAAACGT-AAAGAAAAAGCCATCCATT
** * * * * * *
9388 GGGA-AAAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTATAAAAGGT
191 GCTACAAAAAA-TCCATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT-TTAAATGT
* * * * *
9452 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TA-ATA
254 TTTATAATCTAATAACTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTCATATTTTTGATTAAAACAGACTATA-A
* * * *
9515 TTGAATGTCTATCTCGTGAAACG
317 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
* * * * * * * *
9538 TTAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAACTCTATTTGTAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTT
1 TGAAG-AAAAAGCCTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTTCTTTAAAAGCCTT
** * * * *
9603 ATTGCTCACTTTAAATA-GTTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTCAAATT-TATTT-ACCT
65 ATAACTCACTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AAATTCTTTTTGA--T
** * * * * * * * ** * **
9665 TTTTCATTAAAATAGACTTTAACTAAATGTCTATCTTGAGAAA-AAAGAAGAAAAA-CGATTTAA
126 TTTTGGTTAAAAAAGAATATAATTCAATGTCTACCATGAGAAACGTA-AAGAAAAAGCCA-TCCA
* *
9728 TTAGC-A-AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTACTACTCAATTTAAAT
189 TT-GCTACAAAAAA-TCCATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-
* * * * *
9791 TGTTTTATAAACTAATAGCTGATTTCAAGTTGAAGTTTTTCACATTTTTGATTAAAAACATACTA
251 TGTTTTATAATCTAATAACTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTCATATTTTTGATT-AAAACAGACTA
* * *
9856 TAATTGAATGTGTACTTTGAGAAACG
314 TAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
** * * *
9882 CAAAGCAAAAGGCCTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTTCTTTGAAAGCCTT
1 TGAAG-AAAAAGCCTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTTCTTTAAAAGCCTT
* * * * *
9947 ATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTTGATTTTT
65 ATAACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTCTTTTTGATTTTT
* * * * ** *
10012 GGTTAAAATATAATGTAATTCAATGTCTACCATGAGAAACGTGAAGAAAAAGGGATTCATTGCTA
130 GGTTAAAAAAGAATATAATTCAATGTCTACCATGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATCCATTGCTA
* * * *
10077 TAAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATCCCTTCATAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAT
195 CAAAAAATCCATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG-TTTTAT
* * * * *
10142 AATCTCATAACTGATTTTAAGCTGAATATTTGT-ATATTTTTCATTAAAATAGACTATCATTGAA
259 AATCTAATAACTGATTTTAAGTTGAAT-TTT-TCATATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAA
* *
10206 TGTTTACCTTGATAAACA
322 TGTCTACCTTGAGAAACA
* * * *
10224 TGTAGAAAAAGCCATTCGTTGAG-AAGAAATGTCCATTTATAGTCTCTCA-TTCTTTCAAAAGCC
1 TGAAGAAAAAGCC-TTCATTG-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTTCTTT-AAAAGCC
* *
10287 TTATAACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAATTAAATT-TTTTTTATAG
63 TTATAACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTCTTTTTGAT--
** * * * * **
10351 TTTTGGTTAAAAAAGGTTATATTTGAATGTCTACCTTGAGGAACGTAAAGCTAAAGCCATCCATT
126 TTTTGGTTAAAAAAGAATATAATTCAATGTCTACCATGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATCCATT
** * ** * * *
10416 GAC-ACAAAAAATTTATTTATAGTCACTCAAGCGTT-AGAAAGCTTTATTACTTACTTTAAATGG
191 G-CTACAAAAAATCCATTTATAGTCACCCATCCCTTCA-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-G
* * * * * *
10479 TTTTATAAAT-AAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTTTTGGTTAAAAGAGATTGTA
253 TTTTAT-AATCTAATAACTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTCATATTTTTGATTAAAACAGACTATA
*
10543 ATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACA
316 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
10567 TGAAGAAAAAG
1 TGAAGAAAAAG
10578 GCACTCATTA
Statistics
Matches: 842, Mismatches: 163, Indels: 68
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 2 0.00
341 121 0.14
342 265 0.31
343 320 0.38
344 132 0.16
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
TGAAGAAAAAGCCTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTTCTTTAAAAGCCTTA
TAACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTCTTTTTGATTTTTG
GTTAAAAAAGAATATAATTCAATGTCTACCATGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATCCATTGCTAC
AAAAAATCCATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTATAA
TCTAATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTCATATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC
TACCTTGAGAAACA
Found at i:11793 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 11495--12360 Score: 589
Period size: 171 Copynumber: 5.1 Consensus size: 168
11485 NNNNNNNATG
* * * * * * *
11495 AAAAATATAAAAAAATTAAAATTAAAAT-AATTATGAGATTATAAAATCATTTACAGT-GAGTAG
1 AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTA-AATAGAGTAA
** *
11558 TAAGGCTTTTGAA-GAGAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTGTCAATGAAT-ACCATTTT
64 TAAGGCTTTTGAAGGA-ATGA-GTGACTATAAAT-GAC-TTTTTTTCCCAATGAATGA-CTTTTT
*
11620 CTTCACATTTGCCAGGATAGACATTCAATTACACTCTATTTTAACA
124 CTTCACATTT-CCAGGATAGACATTCAATTACACTCTGTTTTAACA
* * *
11666 AAAAATGTAAAAAATCCAACCTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAATAGAGTAATA
1 AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAATAGAGTAATA
* * *
11731 AGGCTTTTAAAGGAATGTGTGACTATAAATAGACTTGTTTTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCA
66 AGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT-GACTT-TTTTTCCCAATGAATGACTTTTTCTTCA
** * * * *
11796 TGTTTCTCAGGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACC
129 CATTTC-CAGGATAGACATTCAATTACACTCTGTTTTAACA
* * * ** * *
11837 AAAAATGTGAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATTATCTTATAAAACAATTTAAAGCA-AGTAA
1 AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAA-TAGAGTAA
* ** * ** * ** * *
11901 TATGGCTTTCCAACGCTTCAGTGACTATAAATGAACTTTTCATCCCAATAAATG-GTTTTTGCTT
64 TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATG-ACTTTTTTTCCCAATGAATGACTTTTT-CTT
* * * * * *
11965 TACGTTCCCCAAGG-CAGACATTCAATTACAGCAT-T-TTGTAACC
127 CACATT-TCC-AGGATAGACATTCAATTACA-C-TCTGTTTTAACA
* * * * *
12008 AAAAATATAAAAAATTCAA-TGTAAAATCAATAATGAGATTAGAAAACCTTTTAAAGT-GAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAA-TAGAGTAA
* * * *
12071 TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGAACATTTTTTCCCAATGAAAGGCTTTTT-TAT
64 TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATG-ACTTTTTTTCCCAATGAATGACTTTTTCT-T
** * * *
12135 -ATGTTTCTAGAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT--CA
127 CACATTTCCAG-GATAGACATTCAATTACACTCTGTTTTAACA
* * * *
12175 TGAAAATGTAAAAATATTCAACTTCAAATCAATTATAAGGTTATAAAACCATTTAAA-ATGAATA
1 -AAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAATA-GAGTA
* * * * * * *
12239 GTAAGGTTTTTGAAGGGATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAT-ACTTTTTTCT
63 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTTTTCCCAATGAATGAC-TTTTTCT
* ** * * * * * *
12303 GCATGTTTCTCAAGCTAGACATTCAAGTACATTTTGTTTTAACC
126 TCACATTTC-CAGGATAGACATTCAATTACACTCTGTTTTAACA
* *
12347 AAAACTATAAAAAA
1 AAAAATGTAAAAAA
12361 ACTTCNNNNN
Statistics
Matches: 543, Mismatches: 117, Indels: 71
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.01
168 15 0.03
169 108 0.20
170 142 0.26
171 192 0.35
172 80 0.15
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAATAGAGTAATA
AGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGACTTTTTTTCCCAATGAATGACTTTTTCTTCACA
TTTCCAGGATAGACATTCAATTACACTCTGTTTTAACA
Found at i:13928 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 13031--14331 Score: 1182
Period size: 171 Copynumber: 7.6 Consensus size: 170
13021 NNNNNNNNNN
* * * * *
13031 TAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCCATGAGT
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * * * * ** *
13096 GCCTTTTTCTTCATGTTCCTCAAGCTAAATATTCAATTACAATCTCTTTTAACCAAAAACCTGAA
66 GCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA-AATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAA
** * *
13161 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATTTGTTTATAAAATCATT
130 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * * *
13202 TAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCT-AAGG-CTTGAGTGACTATAAATAGATTTTTCGTGCCAATGG
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TGAAGGAATAG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA
** * ** * * * ** * * *
13265 ATGGGTCTAGCTTCACG-TTCTCTAAGGAAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAATAT
64 ATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTA-AATCTGTTTTAACAAAAAATGT
* * * ***
13329 AAAAAAAATTTAAGTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAATTTTT
127 -AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * * * *
13374 TAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAA-AAATGGGAGACTATAAATAGGCATTTCTT-CTTAATGAA
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATGAA
* * * * * *
13437 TGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTACATTATGTTTTAACTAAAAATGTAA
65 TGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA-AATCTGTTTTAACAAAAAATGTAA
*
13502 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATT
129 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * *
13544 TAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * * * * * * * **
13609 ACGTTTTACTTTATGTTTCTCAAGATACACATTCAATTATAGTATGTTTTAATC-AAGAATGCGA
66 GCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA-AATCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAA
* * * * *
13673 AAAAATTCAACTTAAAATTAACTATTAGTTTATAAAACGATT
129 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
** * * * * * * *
13715 TAAAGTTAGTAGTAAGACTTTTGAAGGGATGGGTGACTATAAACAGACTTTTCTTGTCAATAAAT
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * *
13780 ACCTTTTTCTTCATGTTTCACAAGGTAGACATTCAGTTAAAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAA
66 GCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAAA-TCTGTTTTAACAAAAAATGTAAA
* * *
13845 TAAATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATT
130 -AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * *
13887 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTAAAGCAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCCTGCCAATGAAT
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * * * *
13952 GCCTTTTTCTTGATATTTCTCAATGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATATAAT
66 GCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA-AATCTGTTTTAACAAAAAATGTAA-
* *
14017 AAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCTTT
129 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * * *
14059 TATAGCGAGTAATAAGTCTTTTGTAA-GAGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAA
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAA
* ** * * ** *
14123 TATCC-TTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGATATTTAATTATAATCTGTTTTAA-TTAAAATATA
65 T-GCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA-AATCTGTTTTAACAAAAAATGTA
* * * *
14186 AAAAAATTCAACGTAAAATTAATTATGACATTATAAAACTATT
128 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * *
14229 TAAAGCGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGTAT-GTGTGACTATAAATAGACTTTTTTTACCAATGAA
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * **
14293 TGCTTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATT
65 TGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
14332 CTAGTCTGTT
Statistics
Matches: 920, Mismatches: 189, Indels: 43
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.00
170 191 0.21
171 388 0.42
172 331 0.36
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT
GCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA
AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
Found at i:15584 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 15311--16242 Score: 897
Period size: 172 Copynumber: 5.4 Consensus size: 171
15301 ACATCCCCCA
* * * * * *
15311 AGGTAAACATTTAATTATAA-CATTTTTTAA-CAAAAAAAGTAAAAAAATTTAACTAAAAATCAA
1 AGGTAGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACCAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * *
15374 TTTTGTGATTATAAAACTATTTAAAGTGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGATGACTATAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAAT
*
15439 GGACTTTTCTTG-TCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCG
129 GGACTTTTCTTGCT-AATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCG
* * *
15482 AGGTAGACATTCAATTAGAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAGAAAATTAAACTTAAAATCAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
15547 TTTGAGATTATAAAATCATTTAATGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGAAATGG--GCAGCTATAAA
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATG-A-CTATAAA
* * *
15610 TAGA-TTTTGCTTGCTAATGAATGCATTTTTCTTCACGTTTCTTG
128 TGGACTTTT-CTTGCTAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCG
* * * * *
15654 AGGTAGACATTCAATTATAATGTGTGTTAACCAAAAATGTGAAACAAATTTAACTTAAAATCAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * ** *
15719 TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAAACTTTTGAAGGAATGGATGGCTATAAATG
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATG
* * * * * *
15784 GATTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTT-TTCACATATCTCA
130 GACTTTTCTTGCTAATGAAT-GCTTTTTTCTTCACGTTTCTCG
* * * *
15826 AGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTATAATCAA
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC--AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * *
15891 TTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTTGAAGGAATGGAAGACTATAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAAT
* * * * *
15956 AGAC-TTTCTTTCTTAATGAATGGTTTTATT-TACACGTTTC-CT
129 GGACTTTTCTTGC-TAATGAATGCTTTT-TTCTTCACGTTTCTCG
* * ** ** * * * *
15998 A---AGGCAAGTCAATTATAGCCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAATATTGAAGTTAAAATCAAT
1 AGGTAGAC-ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
16060 TATAAGATTATAAAACCATTTACAGTGAGTAATAACGCTTTAGAA-GAGATGGGTGACTATAAAT
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGATGACTATAAAT
* * *
16124 GGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTGGC-C-
129 GGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTT-TCTCG
* * * * * * * *
16166 ACAGTAAAAATTTAATTACACTCTGTTTTAACCAAAAATATAAATATATTCAACTTAAAATCAAT
1 A-GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
16231 TATGAGATTATA
65 TATGAGATTATA
16243 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 624, Mismatches: 112, Indels: 50
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.01
168 100 0.16
169 12 0.02
170 21 0.03
171 89 0.14
172 282 0.45
173 109 0.17
174 7 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGG
ACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCG
Found at i:15766 original size:344 final size:336
Alignment explanation
Indices: 15323--16242 Score: 990
Period size: 344 Copynumber: 2.7 Consensus size: 336
15313 GTAAACATTT
* * * * * *
15323 AATTATAACATTTTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAATTTAACTAAAAATCAATTTTGTGATTATAA
1 AATTATAACCTGTGTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAA
* * * *
15388 AACTATTTAAAGTGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
65 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTG-C
* *
15453 AATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTAGAATCTGTTTTAACTAAAA
129 AATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTC-AGGTAGACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAA
* * * * *
15518 ATATAAAGAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAATGTGAATAATAAG
193 ATATAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAG
* *
15583 GCTTTTGAAGAAATGGGCAG-CTATAAATAGATTTTGCTTGC-TAATGAATGCATTTT-TCTT-C
257 GCTTTTGAAGAAAT-GGAAGACTATAAATAGACTTT-CTTGCTTAATGAATG-ATTTTAT-TTAC
* * * *
15644 ACGTTTCTTGAGGTAGACATTC
318 ACGTTTCCTAAGG--CA-AGTC
** *
15666 AATTATAATGTGTGTTAACCAAAAATGTGAAACAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
1 AATTATAACCTGTGTTAACAAAAAATGT-AAA-AAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
* * * *
15731 AAACCATTTAAAGAGAGTAATAAAACTTTTGAAGGAATGGATGGCTATAAATGGATTTTTCTTGC
64 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTG-
* ** * * * *
15796 CAATGAATATCTTTTTT-TTCACATATCTCAAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAA
128 CAATGAAT-GCTTTTTTCTTCATGTTTCTC-AGGTAGACATTCAATTACAATCTGTTTTAACC--
* * * * *
15860 AAAAATAAAAAAAAATTCAACTTATAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTACT
189 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAAT
* * *
15925 AAGGCTTTTGAAGGAATGGAAGACTATAAATAGACTTTCTTTCTTAATGAATGGTTTTATTTACA
254 AAGGCTTTTGAAGAAATGGAAGACTATAAATAGACTTTCTTGCTTAATGAATGATTTTATTTACA
15990 CGTTTCCTAAGGCAAGTC
319 CGTTTCCTAAGGCAAGTC
* * ** * * * *
16008 AATTATAGCCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAATATTGAAGTTAAAATCAATTATAAGATTATAA
1 AATTATAACCTGTGTTAACAAAAAATGTAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAA
* * * *
16073 AACCATTTACAGTGAGTAATAACGCTTTAGAA-GAGATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
65 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGA-ATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * * *
16137 TAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTGGC-CACAGTAAAAATTTAATTACACTCTGTTTTAACCAA
129 -AATGAATGCTTTTTTCTTCATGTT-TCTCA-GGTAGACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAA
* *
16201 AAATATAAATATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
191 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
16243 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 482, Mismatches: 81, Indels: 32
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 40 0.08
340 12 0.02
341 119 0.25
342 26 0.05
343 26 0.05
344 145 0.30
345 104 0.22
346 10 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (336 bp):
AATTATAACCTGTGTTAACAAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAA
TGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAGGTAGACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAAATA
TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTT
TTGAAGAAATGGAAGACTATAAATAGACTTTCTTGCTTAATGAATGATTTTATTTACACGTTTCC
TAAGGCAAGTC
Found at i:19077 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 18557--19122 Score: 476
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 168
18547 NNNNCTATCT
** * * **
18557 TGAGAAACAAGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATCCCTTC
1 TGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATATCTTC
* * * ** *
18622 AAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAAACTAATAGCTAATTTTAAGAT-AAAAGTTT
65 -AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGATGAATA-TTT
* *
18686 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAATGAATGTGTACC
128 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * * *
18727 TTGAGAAACATAAAGCAAAAGGCCTTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATTGTCACC-TATTCCT
1 -TGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATA-T-CT
* ********** * * * *
18791 TCGAAAGCCTTATTACTCTCTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTT
63 TC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGATGAATATT
* * * * *
18856 TTTAGATTTTTGGTTAAAATAGAATGTAATTGAATGTCTACTA
127 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-C
* *
18899 TGAGAAACGTGAAG-AAAAGGGATTCATT-GCTCAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATATCTT
1 TGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATATCTT
* * *
18962 CATAAGCCTTACTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATATTT
64 CA-AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGATGAATATTT
* ** * *
19027 GTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGCC
128 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* * * *
19068 TGAAGAAACGTGTAGAAAAAGTCATTCATTGAG-AAAAAAAGGTCTATTTATAGTC
1 TG-AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT-AGCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTC
19123 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 302, Mismatches: 80, Indels: 25
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.02
170 124 0.41
171 154 0.51
172 17 0.06
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
TGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATATCTTCA
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGATGAATATTTTTA
CATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
Found at i:20172 original size:344 final size:322
Alignment explanation
Indices: 19822--20611 Score: 870
Period size: 324 Copynumber: 2.4 Consensus size: 322
19812 NNNNNNNNNN
*
19822 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCA-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTCCTCTCTTTAA
1 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CATATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAA
* * * *
19886 ATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTA-AGTTGGATTGTTTTCACATTTTTTATTAAAATAGA
65 ATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTGATA-TTGAATT-TTTT-ACATTTTTGATTAAAACAGA
* * * *
19950 CTTTAACAGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGGCATTCATTGGGAAGAAAAGTCAA
127 ATGTAACAGAATGTCTACCTTAAGAAA-ATG-AG-AAAAAGGCATTC-CTGGCAA-AAAAGTCAA
*
20015 TTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACCTT-AAATGGTTTCATAAACTAATAG
187 TTTATAGTCACCCAT-CCTTCAAAAGCCTTACTACTCA-CTTCAAATGGTTTCATAAACTAATAA
* *
20079 TTAATTTTAAATTGAAT-TTTTTCATATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTGCNNNNN
250 TTAATTTT-AACTGAATATTTTT-ATA---TTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTGC-----
20143 NNNNNACGTAAAGAAAAAAGCAT
305 -----ACGTAAAGAAAAAAGCAT
*
20166 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACATATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
1 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACATATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
* * * *
20231 TGGTTTTATAATCTTAGAATTGATTTGATATTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAATGT
66 TGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTGATATTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGAATGT
** * * *
20296 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAAATGAGAAAAAGGTATTCCTGGCAAAAAAGTCTATTTATAGTC
131 AACAGAATGTCTACCTTAAGAAAATGAGAAAAAGGCATTCCTGGCAAAAAAGTCAATTTATAGTC
* * * *
20361 ACCCATCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAC
196 ACCCATCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTCAAATGGTTTCATAAACTAATAATTAATTTTAAC
** * *
20426 TGAATAGTTTTTATATTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTAAACGTGTAAGAAAAAACCAT
261 TGAATA-TTTTTATATTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTGCACGT-AAAGAAAAAAGCAT
* * * * * * *
20490 TCATTGGGAAGAAATATTCCATTTATATTCTCACATTCCTTTAAAA-CCTTATTACTCACTTTAA
1 TCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACATATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAA
* ** * * * * * *
20554 AAGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAATTGAATTTTTTATACTTTTGTTTAAAA
65 ATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTGATATTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAA
20612 AAGGCTAAAA
Statistics
Matches: 392, Mismatches: 47, Indels: 34
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
323 4 0.01
324 91 0.23
325 25 0.06
333 27 0.07
335 10 0.03
336 50 0.13
337 28 0.07
338 5 0.01
339 11 0.03
340 2 0.01
341 3 0.01
342 39 0.10
343 6 0.02
344 90 0.23
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (322 bp):
TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACATATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
TGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTGATATTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGAATGT
AACAGAATGTCTACCTTAAGAAAATGAGAAAAAGGCATTCCTGGCAAAAAAGTCAATTTATAGTC
ACCCATCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTCAAATGGTTTCATAAACTAATAATTAATTTTAAC
TGAATATTTTTATATTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTGCACGTAAAGAAAAAAGCAT
Found at i:20210 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 19708--21453 Score: 966
Period size: 171 Copynumber: 10.3 Consensus size: 170
19698 NNNTTACTTG
** * * * * * *
19708 CTTTAAATATTTTTATAAACAAATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTCACATTTTTGGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTAA-AATTAATTTTAAATTGAA-TTTTTTCACATTTTTGATTAAA
* * * * **********
19773 AGAGACTGTAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACATAAAG-NNNNNNNNNNTCATTGGCAAGAAAA
64 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAA
*
19837 GTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTCCTCT
129 GTCCATTTATAGTCA-CAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT
* * *
19880 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGGATTGTTTTCACATTTTTTATTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCT-AAAATTAATTTTAAATTGAATT-TTTTCACATTTTTGATTAAA
* * ** * *
19945 ATAGACTTTAACAGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGGCATTCATTGGGAAGAAAA
64 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * * *
20010 GTCAATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTACTACTCA
129 GTCCATTTATAGTCA-CAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT
* * * * *
20053 CCTTAAATGGTTTCATAAACTAATAGTTAATTTTAAATTGAATTTTTTCATATTTTTGATTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTAA-AATTAATTTTAAATTGAATTTTTTCACATTTTTGATTAAAA
********** *
20118 CAGACTATAATTGAATGTGC-NNNNNNNNNNACGTAAAGAAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAA
65 CAGACTATAATTGAATGT-CTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAA
*
20181 GTCCATTTATAGTCACATATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCT
129 GTCCATTTATAGTCACA-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT
* * * * *
20224 CTTTAAATGGTTTTATAATCTTAGAATTGATTTGATATTGAATTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATC-TAAAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTCACATTTTTGATTAAAA
* * * * * *
20288 CAGAATGTAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-AT-GAG-AAAAAGGTATTC-CTGGCAA-AAAAG
65 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * *
20348 TCTATTTATAGTCACCCA-TCCTTCAAAAGCCTTACTACTCA
130 TCCATTTATAGTCA-CAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT
* * * * * *
20389 CTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AACTGAATAGTTTTT---A-TATTCATTAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCT-AAAATTAATTTTAAATTGAAT--TTTTTCACATTTTTGATTAA
* * * * *
20449 AACAGACTATAATTGAATGT-AAACGT--G-----T-AAGAAAAAA-CCATTCATTGGGAAGAAA
63 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA
* * * * *
20504 TATTCCATTTATATTCTCACATTCCTTTAAAA-CCTTATTACTCA
128 -AGTCCATTTATAGTCACA-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT
* ** * * * *
20548 CTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAATTGAATTTTTT-ATACTTTTGTTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCT-AAAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTCACATTTTTGATTAAAA
* * * * ** * ** * * * *
20612 AAGGCTAAAATTGAATATCTACCTTGGGGAATGTAAAG-CAAAAGCCATCCATTGGCACGAAAAG
65 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * *** *
20676 TTCATTTATAGTCACTGAA-GCCTTGGTAATCCTTATTACT-T
130 TCCATTTATAGTCAC--AATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT
* ************ *
20717 GCTTTAAATGGTTTTATAAGCTAATAATTGNNNNNNNNNNAAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAA
1 -CTTTAAATGGTTTTATAATCTAA-AATTAATTTTAAATTGAATTTTTTCACATTTTTGATTAAA
* * * * * * * *
20782 ACAGATTATAATTGAATGTTTACTTTGAGAAACGTAAAG-AACAAGGTATTCATTGGCAAAAAAA
64 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAA
* * *
20846 GTCCATTTATAGTCACCTATTACTTTAAAAGCCTTATTACTCT
129 GTCCATTTATAGTCA-CAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT
* ********** * * * * *
20889 GTTTAAATNNNNNNNNNNTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATATTT-ACATTTTTGGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCT-AAAATTAATTTTAAATTGAAT-TTTTTCACATTTTTGATTAAA
* * * * * * * * * * *
20953 ACAGAGTGTAATTAAATTTTTACCTT-GGCCAACGTGAAG-AAAAAGGCATTCATTGACAAAAAA
64 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACATAAAGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA
* * *
21016 AGTCCATTTATAGTCACCCA-TCTCTTCAAAAGCCTTATTATTCA
128 AGTCCATTTATAGTCA-CAATTC-CTTCAAAAGCCTTATTACTCT
* * * * * *
21060 CTGTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAACTTTAATTCTTTT-ACATTTTTCATTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATC-TAAAATTAATTTTAAATTGAATT-TTTTCACATTTTTGATTAAA
* * * * ** * ** *
21124 ACAGACTATAATTGAATG-CTTGCCTCAGGAAACGTGTA-AAAAAAGCCATTCATT-AAAAAAGA
64 ACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA-A
* * * * * * *
21186 AAGTCTATTTATAATCTTCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACGCG
127 AAGTCCATTTATAGTC-ACAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT
* * * * * * * *
21231 CTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTATAAGTTGATTTTTTTTAC-TTTTTTAGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCT-AAAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTCACATTTTTGA-TTAAA
* * * ** * *
21295 ACAGACTATAATTG-ATGTCTATCTTGAGATATGTGAA-AAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAA
64 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * * *
21358 ATCCATTTACAGCCATCCACTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT
129 GTCCATTTATAGTCA-CAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT
* * *
21401 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTCACAT
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTAAAATTAATTTTAAATTGAATTT-TTTCACAT
21454 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1211, Mismatches: 301, Indels: 125
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
156 7 0.01
157 10 0.01
158 9 0.01
159 55 0.05
160 18 0.01
161 23 0.02
162 6 0.00
163 25 0.02
164 9 0.01
165 49 0.04
166 24 0.02
167 12 0.01
168 7 0.01
169 46 0.04
170 200 0.17
171 479 0.40
172 143 0.12
173 89 0.07
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTAAAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTCACATTTTTGATTAAAAC
AGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
CCATTTATAGTCACAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT
Found at i:21256 original size:342 final size:333
Alignment explanation
Indices: 19822--21453 Score: 1234
Period size: 342 Copynumber: 4.8 Consensus size: 333
19812 NNNNNNNNNN
* * * *
19822 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATTCCTTCAAAAGCCTTATTCCTCTCTTTAA
1 TCATTGGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACAC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * ** *
19886 ATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGGATTGTTTTCACATTTTTTATTAAAATAGAC
65 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGAC
* * * * * * *
19951 TTTAA-CAGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGGCATTCATTGGGAAGAAAAGTCAA
128 TATAATTA-AATGTCTACCTT--GGAACGTGAAG-AAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCA
* * * *
20015 TTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACCTTAAATGGTTTCATAAACTAATAGT
189 TTTATAGTCACCCAT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTAAATGGTTTTATAATCTAATAAT
* * * * ***
20080 TAATTTTAAATTGAATTTTTTCATATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTGCNNNNNNN
252 TGATTTTAACTTGAATTTTTTCACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTGC----CTG
*** **
20145 NNNACGTAAAGAAAAAAG-CAT
313 GAAACGTGTA-AAAAAAGCCAT
* * * * *
20166 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACATATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
1 TCATTGGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * *
20231 TGGTTTTATAATCTTAGAATTGATTTGATA-TTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAATG
66 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTA
* ** * * *
20295 TAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAATG-AGAAAAAGGTATTC-CTGGC-AAAAAAGTCTATTTAT
130 TAATTAAATGTCTACCTTG-GAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTAT
* *
20357 AGTCACCCATCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
194 AGTCACCCATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT-AAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTT
*
20422 TAAC-TGAATAGTTTTT---A-TATTCATTAAAACAGACTATAATTGAA--TG--T--AAACGTG
258 TAACTTGAAT--TTTTTCACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTGCCTGGAAACGTG
*
20476 TAAGAAAAAACCAT
321 TAA-AAAAAGCCAT
* * * * * * *
20490 TCATTGGGAAGAAATATTCCATTTATATTCTCACATTCCTTTAAAA-CCTTATTACTCACTTTAA
1 TCATT-GGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * * * * *
20554 AAGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAATTGAATTTTTTATACTTTTGTTTAAAAAAGGCTA
65 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTA
* * * * * * * * ** *
20619 AAATTGAATATCTACCTTGGGGAATGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGGCACGAAAAGTTCATTTA
130 TAATTAAATGTCTACCTT--GGAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTA
** * *** * ** * **
20684 TAGTCACTGAAGCCTTGGTAATCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTAATAATTGNN
193 TAGTCAC-CCATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC-TTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGAT
********* ** * * *
20749 NNNNNNNNAAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACTTTGAGAAA
256 TTTAACTTGAATTTTTTCACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG--TGC-CTG-GAAA
**
20814 C--GTAAAGAACAAGGTAT
317 CGTGTAAA-AA-AAGCCAT
* * *
20831 TCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATTACTTTAAAAGCCTTATTACTCTG-TTTA
1 TCATTGGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACAC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTA
********** * *
20894 AATNNNNNNNNNNTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATATTTACATTTTTGGTTAAAACAGAG
64 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAC
* * * *
20959 TGTAATTAAATTTTTACCTTGGCCAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATT
128 TATAATTAAATGTCTACCTTGG--AACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATT
* *
21024 TATAGTCACCCATCTCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTGTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTG
191 TATAGTCACCCATC-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACT-TAAATGGTTTTATAATCTAATAATTG
*
21089 ATTTTAACTTTAATTCTTTT-ACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTCAGG
254 ATTTTAACTTGAATT-TTTTCACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG--TGCCT--GG
21153 AAACGTGTAAAAAAAGCCAT
314 AAACGTGTAAAAAAAGCCAT
* * * * * *
21173 TCATT-AAAAAAGAAAGTCTATTTATAATCTTC-CATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACGCGCTTTA
1 TCATTGGAAAAA-AAAGTCCATTTATAGTC-ACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * *
21236 AAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTATAAGTTGATTTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGAC
64 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAC
* * * * *
21301 TATAATT-GATGTCTATCTTGAGATATGTGAAAAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAA-TCCAT
128 TATAATTAAATGTCTACCTTG-GA-ACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAA-AAAAAGTCCAT
* * * * *
21364 TTACAGCCATCCACTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AATT
190 TTATAGTCACCCA-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC-TTAAATGGTTTTATAATCTAATAATT
*
21428 GATTTTAAGTTGAATTTGTTTCACAT
253 GATTTTAACTTGAATTT-TTTCACAT
21454 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1010, Mismatches: 219, Indels: 121
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
322 1 0.00
323 11 0.01
324 92 0.09
325 34 0.03
326 11 0.01
327 4 0.00
328 23 0.02
329 40 0.04
330 5 0.00
331 3 0.00
332 23 0.02
333 25 0.02
334 1 0.00
335 8 0.01
336 50 0.05
337 29 0.03
338 3 0.00
339 15 0.01
340 64 0.06
341 154 0.15
342 303 0.30
343 14 0.01
344 96 0.10
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (333 bp):
TCATTGGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
AATTAAATGTCTACCTTGGAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAG
TCACCCATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAA
CTTGAATTTTTTCACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTGCCTGGAAACGTGTAAAA
AAAGCCAT
Found at i:22897 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 22493--24902 Score: 1257
Period size: 171 Copynumber: 13.8 Consensus size: 171
22483 GAAGGATGAA
* ** * * * * * *
22493 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGGAAAAGGCATTCGTTGATGAGAAAAGTCCATTTAT
1 AATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTAT
* * * * *
22558 AGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
66 AGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * *
22623 GTAAGATGAAGTTTTGTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTAT
131 TTAAGTTGAA-TTTT-TTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTAT
*** * * *
22666 AATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAACATTTATCGGCAAGAAAAGTTCATTTAT
1 AATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTAT
* * * * *
22731 AGTAACACATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGATTTAAATAGTTTTACAATCTCATATTTGATT
66 AGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
22796 TTAGGTTGAATATTTTTACATTTTTTGTTAGAACAGATTAC
131 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTAT
* * * * *
22837 AAATGAATGTCTGCTTTGGGATACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAGAGTTCATTTAT
1 AATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTAT
* * * * * * * *
22902 AGTCAGTCTTTCCTTTAAAAGCCTTACTACTC-ACTTTAAATAGTTTTGTAATCTTAAAATT-AA
66 AGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * *
22965 TTTAGAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAATCAGACTAT
130 TTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTAT
* * * * * * *
23008 AATTGAATGCCTGCCTT-AGTAAACGTGTAGAAAAA-CTAATTTATTTGAAAGAAAAG-TCTATT
1 AATTGAATGTCTGCCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGGT-ATTCATTGGTAAGAAAAGTTC-ATT
* * * * * * *
23070 TAGAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGTCATT-TTAGTCGCTTTAAATACTTTTATAATCTCATAATT
63 TATAGTCACTCATTCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * *
23134 GATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
127 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTAT
* * * * * * * **
23179 AATTGAATATCTACTTTGAAAAAAATGGAGAAAAAGGTATTCATAGACAAGAAAAGTTCATTTAT
1 AATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTAT
* * * * * * * *
23244 AGTCACACATACTTTTAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTATATTATCTCAAAATTGAT
66 AGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * *
23308 TTTAAGCTCAATTTTTTTAAATTTTTTGTTAAAACAGATTAT
130 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTAT
* * *
23350 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAA-GTCATTCATT-GTAAAGAAAAG-TCTATT
1 AATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGT-ATTCATTGGT-AAGAAAAGTTC-ATT
* * * *
23412 TAT-GATCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
63 TATAG-TCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
23476 AATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
127 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTAT
* * * * *** **
23521 AATTGAATGACTTCCTTAAAGAAA-GTGAAGAAAAATACATTCATTGCCAAGAAAAG-TCTATTT
1 AATTGAATGTCTGCCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTTC-ATTT
* * * * *
23584 ATGGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTATAATCTCCCATTCCTTTAAAAGCC
64 ATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGA-TTTA-AA--T---AGT--TTTATAA-TC
* * * * * ** * ** * * ** * *
23648 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCTAAAATTGATT-TT-AAGCTGAATT-T
119 TCA-TAATTGATTTTAA--GTTGAAT-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG-ATTAT
** * * * * * ** * * * ** *
23703 TTTTTATGTGTTTG-GTT-A-AAACAGATTATAGTTGAATGTCTACCTCAAGAAAAGGGAAAGAA
1 AATTGA-ATGTCTGCCTTGAGAAAC--ATGA-AG-AAAAAG-GTA-TTC-----ATTGGTAAGAA
* *
23765 AAGGCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCATTTAAAAGCCTTATTACTC-
54 AA-G------TT-------------CATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * ** *
23829 ACTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-ACAGGTTTTTACATTTTTGGTTAA
99 A-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTTGTT-A
* *
23893 AAAAAGACTAT
161 AAACAGATTAT
* * * ** * * * * * * *
23904 AATTGAACGTCTGCCTT-AGGTAACGTGAAGTGAAAGCTATCCCTTGGCACGAAAAATCCATTTA
1 AATTGAATGTCTGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTA
* ** * * * * * * * *
23968 TAGCCACTCAAGCGTTCAAAAGCCTTCTAATTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTAATAATTGAT
65 TAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * *
24033 TTTAAGTTG-ATTTTTTTACGTTTTTGGTTCAAACAGACTAT
130 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTAT
** ** * * * * * *
24074 AATACACCGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAGA-GCATTCATCGGCAAGAAAAG-TCTATTTA
1 AATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTTC-ATTTA
* * * * * *
24137 TAGTCTCTCATT-CTTCCAAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGA
65 TAGTCACTCATTCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * *
24201 TTTCT-AGTTGAATTATTTTATATTTTTTTGATAAAATAGACTAG
129 TTT-TAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTTGTTAAAACAGATTAT
* * * * * * * *
24245 AATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGTAGAAAAAGCTATTTACTT-GAAAGAAAAGTCCATTTA
1 AATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCA-TTGGTAAGAAAAGTTCATTTA
** * * * * * *
24309 TAGT-TTTCTATTCTTTCAGAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTATTACAATCGCATAATTG
65 TAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
** * * ** * * *
24372 ATTTTTGGTTAAATGTTTTTACATCCTTTATTAAGACAGACTAT
128 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTAT
* * * *
24416 AATTGAATGTCTGTCTTGAAAAACAT-ATAGAAAACA--TCATTCATTTGAAAGAAAAGTTCATT
1 AATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGA-AGAAAA-AGGT-ATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATT
* * * * * *
24478 TATAGTCTCCCATTCCTTTAAAAGCCTTATGACTCGCTTTAAA-AGCTTTATAATCTCATAATTG
63 TATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * * * *
24542 ATTTTAGGTTAAATGTGTTTACATCTTTTGTTAAGATATACTAT
128 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTAT
* * ** * *
24586 AATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGTAGAAAACA-CCATTCATTTG-AATGAAAAGTCCATTT
1 AATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAA-AGGTATTCATTGGTAA-GAAAAGTTCATTT
* * * * * *
24649 ATAGTCACTCATACCTTTAAAAGCCTTATTAC-CCACTTTAAACAATTTTACAATCTCA-AATTG
64 ATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * *
24712 ATTATAAGTTAAATTTTTTTAAAATTTTTTTGGTTAAAACAGATTAT
128 ATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACA-TTTTTT-GTTAAAACAGATTAT
* * * * ** ** * * * *
24759 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACCTAAAGAAAAAGACATTCATTGACAGGATAGGTCCATTTAT
1 AATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTAT
* * * *
24824 AGTCAACT-ATTCCTTCAAAACCCTCATCACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
66 AGTC-ACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
*
24887 TTTTAGGTTGAATTTT
129 TTTTAAGTTGAATTTT
24903 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1691, Mismatches: 433, Indels: 225
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 77 0.05
170 224 0.13
171 780 0.46
172 176 0.10
173 219 0.13
174 25 0.01
177 1 0.00
179 9 0.01
180 4 0.00
181 8 0.00
182 12 0.01
183 14 0.01
184 9 0.01
185 2 0.00
186 2 0.00
191 9 0.01
192 9 0.01
197 1 0.00
198 10 0.01
199 12 0.01
200 8 0.00
201 20 0.01
202 3 0.00
203 9 0.01
205 1 0.00
208 1 0.00
210 2 0.00
211 40 0.02
212 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTAT
AGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTAT
Found at i:23824 original size:211 final size:210
Alignment explanation
Indices: 23423--23834 Score: 571
Period size: 211 Copynumber: 2.0 Consensus size: 210
23413 ATGATCTCTT
* *
23423 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTA
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGCTA
* * *
23488 AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGACTTCCTTAAAGAAAGTGAAGAA
66 AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGACTACCTCAAAGAAAGGGAAGAA
* * * * *
23553 AAATACATTCATTGCCAAGAAAAGTCTATTTATGGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
131 AAAGACATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTC
23618 ACTTTATAATCTCCC
196 ACTTTATAATCTCCC
* *
23633 ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-CTAAAATTGATTTTAAGCT
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-AAAATTAATTTTAAGCT
* * * *
23697 GAATTTTTTT-TATGTGTTTGGTTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTACCTC-AAGAAAAGGGA
65 AAATTTTTTTATAT-T-TTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGACTACCTCAAAG-AAAGGGA
* * * *
23760 A-AGAAAAGGCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCATTTAAAAGCCTTAT
127 AGA-AAAAGACATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCATTCAAAAGCCTTAT
23824 TACTCACTTTA
191 TACTCACTTTA
23835 AATTGTTTTA
Statistics
Matches: 177, Mismatches: 20, Indels: 9
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
209 4 0.02
210 72 0.41
211 101 0.57
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (210 bp):
ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGCTA
AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGACTACCTCAAAGAAAGGGAAGAA
AAAGACATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTC
ACTTTATAATCTCCC
Found at i:24283 original size:341 final size:343
Alignment explanation
Indices: 23641--24891 Score: 813
Period size: 341 Copynumber: 3.7 Consensus size: 343
23631 CCATTCCTTT
* *
23641 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCTAAAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATACTAAAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTT
* * * ** * *
23706 TTATGTGTTTGGTTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTACCTCAAGAAAAGGGAAAGAAAAGGCT
66 TTACGTGTTTGGTTAAAACAGACTATAATACAACGTCTACCTCAAGAAAAGGGAAAGAAAAGGCA
* *
23771 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCATTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
131 TTCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
*
23836 ATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTACAGGTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAGAC
196 ATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTACAGGTTTTTACATTTTT-GTTAAAAAAAGAC
* * **
23901 TATAATTGAACGTCTGCCTTAGGTAACGTGAAGTGAAAGCTATCCCTTGGCACGAAAAATCCATT
260 TAGAATTGAACGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATCCCTTGGCACGAAAAATCCATT
23966 TATAGCCACTCAAGCGTTC
325 TATAGCCACTCAAGCGTTC
* * *
23985 AAAAGCCTTCTAATTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-ACTAATAATTGATTTTAAGTTG-A-TTTT
1 AAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATACTAA-AATTGATTTTAAGCTGAATTTTT
* * * * *
24047 TTTACGTTTTTGGTTCAAACAGACTATAATACACCGTCTACCTCGAGAAACA-TG-AAG-AAAGA
65 TTTACGTGTTTGGTTAAAACAGACTATAATACAACGTCTACCTCAAGAAA-AGGGAAAGAAAAG-
* * * **
24109 GCATTCATCGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTC-TTCCAAAAGCCTTATTGCTTGCT
128 GCATTCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCATT-CAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * *
24173 TTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTCT-AGTTGA-A-TTATTTTATATTTTT-TTGATA
192 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT-TAAGTT-ACAGGT-TTTTACATTTTTGTT-A-A
* * * * * ** * *
24234 AAATAGACTAGAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGTAGAAAAAGCTATTTACTT-GAAAGAA
252 AAAAAGACTAGAATTGAACGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCTA-TCCCTTGGCACGAA
* *** ** *
24298 AAGTCCATTTATAG-TTTTCTATTCTTTC
316 AAATCCATTTATAGCCACTC-AAGCGTTC
* * * * * * * * * * * *
24326 AGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTATTACAAT-CGCATAATTGATTTT-TGGTTAAATGTT
1 AAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATAC-TAAAATTGATTTTAAGCTGAATTTTT
* * * * ** * ** ** *** * *
24389 TTTACATCCTTT-ATTAAGACAGACTATAATTGAATGTCTGTCTTGA-AAAACATATAGAAAACA
65 TTTACGT-GTTTGGTTAAAACAGACTATAATACAACGTCTACCTCAAGAAAAGGGAAAGAAAA-G
* ** * * * * * * * *
24452 TCATTCATTTGAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCCTTTAAAAGCCTTATGACTCGCTT
128 GCATTCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * * * * *
24517 TAAA-AGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATGTGTTTACATCTTTTGTT-AAGATA
193 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTACAGGTTTTTACAT-TTTTGTTAAAAAAA
* * * * * * * * * * * * *
24580 TACTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGTAGAAAACA-CCATTCATTTGAATGAAAAGTC
257 GACTAGAATTGAACGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAA-AGCTATCCCTTGGCACGAAAAATC
* * *
24644 CATTTATAGTCACTCATA-CCTTT
321 CATTTATAGCCACTCA-AGCGTTC
* * * *** * * * * *
24667 AAAAGCCTTATTACCCACTTTAAACAATTTTACAAT-CTCAAATTGATTATAAGTTAAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATACTAAAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTT
* ** * * ** * * ***
24731 TAAAATTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAACCTAAAGAAAAAG
66 T--TACGTGTTTGGTTAAAACAGACTATAATACAACGTCTACCTCAAGAAAAGGGAAAG-AAAAG
* * * * * * * * * *
24795 ACATTCATTGACAGGATAGGTCCATTTATAGTCAACT-ATTCCTTCAAAACCCTCATCACTCACT
128 GCATTCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACT
*
24859 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
192 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
24892 GGTTGAATTT
Statistics
Matches: 713, Mismatches: 156, Indels: 76
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 26 0.04
341 317 0.44
342 125 0.18
343 162 0.23
344 81 0.11
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (343 bp):
AAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATACTAAAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTT
TTACGTGTTTGGTTAAAACAGACTATAATACAACGTCTACCTCAAGAAAAGGGAAAGAAAAGGCA
TTCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
ATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTACAGGTTTTTACATTTTTGTTAAAAAAAGACT
AGAATTGAACGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATCCCTTGGCACGAAAAATCCATTT
ATAGCCACTCAAGCGTTC
Found at i:24650 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 23632--24891 Score: 979
Period size: 172 Copynumber: 7.4 Consensus size: 170
23622 TATAATCTCC
* * *
23632 CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-CTAAAATTGATTTTAAGC
1 CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGT
* ** * * * ** *
23696 TGAAT-TTTTTTTATGTGTTTGGTTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTACCTCAAGAAA-AGGG
65 TAAATGTTTTTACAT-T-TTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACA-TG
** * * *
23759 AAAGAAAAGGCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
127 -AAGAAAAACCATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * *
23804 CATTCATTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * *
23869 ACAGGTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAGACTATAATTGAACGTCTGCCTT-AGGTAACGTGAA
66 AAATGTTTTTACATTTTTGGTT-AAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGA-GAAACATGAA
* * * * * * * * * *
23933 GTGAAAGCTATCCCTTGGCACGAAAAATCCATTTATAGCCACT
129 G-AAAAACCATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
** * * * * * * * *
23976 CAAGCGTTCAAAAGCCTTCTAATTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * ** ** * *
24041 -GATTTTTTTACGTTTTTGGTTCAAACAGACTATAATACACCGTCTACCTCGAGAAACATGAAGA
66 AAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGA
* * ** * * *
24105 AAGAGCATTCATCGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCT
131 AAAACCATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * ** *
24145 CATT-CTTCCAAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTCT-AG
1 CATTCCTT-TAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAAG
* * * * * * * * *
24208 TTGAAT-TATTTTATATTTTTTTGATAAAATAGACTAGAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTG
64 TTAAATGT-TTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATG
* * * * **
24272 TAGAAAAAGCTATTTACTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGT-TTT
127 AAGAAAAA-CCATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * **
24316 CTATT-CTTTCAGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTATTACAATCGCATAATTGATTTTTGG
1 C-ATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * *
24380 TTAAATGTTTTTACATCCTTT-ATTAAGACAGACTATAATTGAATGTCTGTCTTGAAAAACAT-A
64 TTAAATGTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGA
* * * *
24443 TAGAAAACATCATTCATTTGAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCC
128 -AGAAAA-ACCATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * *
24488 CATTCCTTTAAAAGCCTTATGACTCGCTTTAAA-AGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT
1 CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * *
24552 AAATGTGTTTACATCTTTT-GTTAAGATATACTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGTAG
66 AAATGTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAG
*
24616 AAAACACCATTCATTTGAATGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
130 AAAA-ACCATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * *** * *
24658 CATACCTTTAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAACAATTTTACAATCTCA-AATTGATTATAAGTT
1 CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * *
24722 AAATTTTTTTAAAATTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACCTAA
66 AAATGTTTTT-ACA--TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGA
* * * *
24787 AGAAAAAGACATTCA-TTGACAGGATAGGTCCATTTATAGTCAACT
128 AGAAAAA-CCATTCATTTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACT
* * * *
24832 -ATTCCTTCAAAACCCTCATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
1 CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
24892 GGTTGAATTT
Statistics
Matches: 861, Mismatches: 195, Indels: 62
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 78 0.09
170 205 0.24
171 176 0.20
172 276 0.32
173 111 0.13
174 13 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
AAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGA
AAAACCATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
Found at i:26351 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 25921--27756 Score: 1542
Period size: 171 Copynumber: 10.8 Consensus size: 170
25911 AGAATCTGTG
* * * * * *
25921 TTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCATTTTTGAGATTATAAAATCATTTAATGT
1 TTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
25986 GAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTTG-CTAGAAATGGACTTTGCTTGCCAATGAATGCATT
65 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGC-TT
* * * * * * * * *
26050 TTTCTTCACATTTCTCAAGATAGACAATAAATTATAATGTGTG
128 TTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATT
* * * *
26093 TTAACCAAAAATGTGAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGGGATTAGAAAACCATTTAAAGC
1 TTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* *
26158 GAGTAATAAGGATTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTT
65 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTT
* * *
26223 TTTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTT
130 TTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATT
* * *
26264 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTACAAAACCTTTTAAAGCG
1 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * *
26329 AGTACTAAGGCTTTTAAAGGAAT-GAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CACAATGAATGGCCT
66 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGAAT-GCTT
* * * *
26392 TTTTTACACGTTTC-CTAAGGCA-AGCATTCAAATATAGCCTATT
128 TTTTTTCACGTTTCTC-AAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTATT
** * * * ** ** *
26435 TTAATGAAAAATATAAAAAAATTAAAATTAAAAT-AATTATGAGATTATAAAATAATTTACCGTG
1 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * **
26499 AGTAGTAAGGCTTTTGAA-GAGATGGGTAACTATAAATGGATTTTTCTTACCAATGAAAACTTTT
66 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTT
* * * *
26563 TTCTTCACATTTGCT-AAGATAGACATTCAATTACACTCTATT
130 TT-TTCACGTTT-CTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATT
* * *
26605 TTAA-AAAAAATGT-AAAATATTCAACTTAAAATTAATTAT-AGGATTATAAAACCATTTAAA-C
1 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGC
* ** * *
26666 AGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-GAGTGACTATAAATAAACTTTTTTTACCAATGAATGCCT
65 -GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTT
* * * *
26730 TTTTCTCTATGTTTCTTAGGGTAGACATTCAATTATAGTCTATT
128 TTTTTTC-ACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATT
* * * * * * * *
26774 TTAA-AAAAAATGTGAAAAAATTTAACTAAAAATCAATTATTAGCTTATGAAACCATTTAAAGCA
1 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* *** ** *
26838 AGTAATATGGCTTCCCAAGGCTTTA-GTGACTATAAATGGACTTTT-TGTCCCAAT-AGATGGCT
66 AGTAATAAGGCTTTTGAAGG-AATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TACCAATGA-AT-GCT
* * * * * * *
26900 TTTGCTTT-ATGTTCCCCAAGGCAAACATTCAATTAT-GAACT-TT
127 TTT-TTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAG-TCTATT
* * *
26943 TGTAACCAAAATAT-T--AAAAATTCAA-TCTAAAATCAATAATGAGATTAGAAAACCTTTTAAA
1 T-TAACCAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * *** * * * * *
27004 GTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAAT-GACAAACTATAAATGAACATTTT-TTCCCAATTAAAGG
63 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTACCAATGAATGC
* * *
27067 TTTTTTTAT-ATGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAGTCTATT
126 TTTTTTT-TCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATT
* * * *
27112 TT-------GATG--AAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTG
1 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * * * *
27168 AATAGTAAAGCTTTTGAAGGGATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTT
66 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-GCTTTT
* * * * * *
27233 TCTTCACGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTACATTTTGTT
130 TTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATT
* * **
27274 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAAG
1 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * *
27339 AGTAATAAGACTTTTGAAGAAATAGGTTACTATAAATAGACTTTTCTTATCAGTGAATGCCTTTT
66 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG-CTTTT
* * *
27404 TCTTT-ACGTTTTTCAAGGTACACATTCAATTATAGTCTGTT
130 T-TTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATT
* * * * * * * *
27445 TTAACCAAAAATGTGAAAAAATTCAATTTAGAATCAACTATTAGCTTATAAAACCATTTCAAGTG
1 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * *
27510 AGTAGTAAGGCTTTTAAAGGGATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGC---TT
66 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTT
* * * * * *
27572 CTTCATGTTTCTCAATGTAGACATTTAGTTAAAGTCTATT
131 TTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATT
* * *
27612 TTAACCAAAAATGTAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTTTCAGATTATAAAACTATTTAAA-C
1 TTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
27676 AGAGGAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAGTGCCTT
65 -GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG-CTT
*
27741 TTTCTTT-ATGTTTCTC
128 TTT-TTTCACGTTTCTC
27757 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1336, Mismatches: 261, Indels: 134
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
160 6 0.00
161 81 0.06
162 39 0.03
166 2 0.00
167 50 0.04
168 140 0.10
169 215 0.16
170 311 0.23
171 364 0.27
172 126 0.09
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTT
TTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATT
Found at i:26761 original size:339 final size:340
Alignment explanation
Indices: 25921--27755 Score: 1609
Period size: 339 Copynumber: 5.4 Consensus size: 340
25911 AGAATCTGTG
* * * * ***
25921 TTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCATTTTTGAGATTATAAAATCATTTAATGT
1 TTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACA
* * * * * *
25986 GAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTTG-CTAGAAATGGACTTTGCTTGCCAATGAATGCATT
65 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTT
** * * * * * * * * ** *
26050 TTTCT-TCACATTTCTCAAGATAGACAATAAATTATAATGTGTGTTAACCAAAAATGTGAAACAA
129 TTTCTCT-ATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATATGAAA-AA
* * * * * * *
26114 ATTCAACTTAAAATCAATTTTGGGATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTGAAGG
192 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGG
* * ** * *
26179 AATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTTTCACATTTCTCAAGGTAG
257 -ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAAACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAG
* * * *
26244 ACATTCAATTATAGTATGTT
321 ACATTCAATTAAACTCTATT
* * *
26264 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTACAAAACCTTTTAAAGC-
1 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-CA
* * *
26328 GAGTACTAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CACAATGAATGGCCT
65 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGAAT-GCCT
* * * * * *
26392 TTTT-TAC-ACGTTTCCTAAGGCA-AGCATTCAAATATAGCCTATTTTAATGAAAAATATAAAAA
128 TTTTCT-CTATGTTTCTTAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATATGAAAA
* * * ** **
26454 AATTAAAATTAAAAT-AATTATGAGATTATAAAATAATTTACCGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAG
191 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAG
* * * *
26518 AGATGGGTAACTATAAATGGATTTTTCTTACCAATGAAAACTTTTTTCTTCACATTTGCT-AAGA
256 -GATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAAAC-TTTTTCTTCACGTTT-CTCAAGG
*
26582 TAGACATTCAATTACACTCTATT
318 TAGACATTCAATTAAACTCTATT
* * *
26605 TTAA-AAAAAATGT-AAAATATTCAACTTAAAATTAATTAT-AGGATTATAAAACCATTTAAACA
1 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAACA
* ** *
26667 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATAAACTTTTTTTACCAATGAATGCCTTT
65 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTT
* * *
26732 TTCTCTATGTTTCTTAGGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAA-AAAAAATGTGAAAAAATT
130 TTCTCTATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATATGAAAAAATT
* * * * ** * * *** *
26796 TAACTAAAAATCAATTATTAGCTTATGAAACCATTTAAAGCAAGTAATATGGCTTCCCAAGGCTT
195 CAACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGG-AT
** * *** * * * * * * *
26861 TAGTGACTATAAATGGACTTTT-TGTCCCAATAGATGGCTTTTGCTTTATGTTCCCCAAGGCAAA
259 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TACCAAT-GAAAACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGA
26925 CATTCAATTATGAACT-T-TT
322 CATTCAATTA--AACTCTATT
* * * * *
26944 GTAACCAAAATAT-T--AAAAATTCAA-TCTAAAATCAATAATGAGATTAGAAAACCTTTTAAAG
1 TTAACCAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAC
* * *** * * * * *
27005 TGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGACAAACTATAAATGAACATTTT-TTCCCAATTAAAG-GT
64 AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTACCAATGAATGCCT
* * ** * *
27068 TTTTTTATATGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAGTCTA-TTT--TG------ATGAAAATA
128 TTTTCTCTATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATATGAAAAAA
* * *
27124 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAATAGTAAAGCTTTTGAAGGG
193 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAA-GG
* * * *
27189 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCTAG
257 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAA-AACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAG
* * * *
27254 ACATTCAATTACATTTTGTT
321 ACATTCAATTAAACTCTATT
* * *
27274 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAAG
1 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACAG
* * * * * *
27339 AGTAATAAGACTTTTGAAGAAAT-AGGTTACTATAAATAGACTTTTCTTATCAGTGAATGCCTTT
66 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTT
* * * * ** *
27403 TTCTTTACGTTT-TTCAAGGTACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTGAAAAAAT
130 TTCTCTATGTTTCTT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATATGAAAAAAT
* * * * * *
27467 TCAATTTAGAATCAACTATTAGCTTATAAAACCATTTCAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTAAAGGGA
194 TCAACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAA-GGA
* * ** * *
27532 TGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATG--AA-TGCTTCTTCATGTTTCTCAATGTAGAC
258 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAAACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGAC
* * *
27594 ATTTAGTTAAAGTCTATT
323 ATTCAATTAAACTCTATT
* * *
27612 TTAACCAAAAATGTAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTTTCAGATTATAAAACTATTTAAACA
1 TTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACA
* * * *
27677 GAGGAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAGTGCCTTT
65 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTT
*
27742 TTCTTTATGTTTCT
130 TTCTCTATGTTTCT
27756 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1193, Mismatches: 245, Indels: 111
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
328 2 0.00
329 5 0.00
330 122 0.10
331 8 0.01
332 83 0.07
333 34 0.03
334 3 0.00
337 3 0.00
338 127 0.11
339 404 0.34
340 98 0.08
341 63 0.05
342 220 0.18
343 21 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACAG
AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTT
TCTCTATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATATGAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGATGG
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAAACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATT
CAATTAAACTCTATT
Found at i:28692 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 28379--31281 Score: 2520
Period size: 171 Copynumber: 17.0 Consensus size: 170
28369 TAAGGCTTGA
* * * * * ** * * * * *
28379 GTGACTATAAATGGATTTTTCGTGCCAATGGATGGCTTTAACTGCACG-TTCTCTAAGGAAAACC
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACA
* * * * * * * *
28443 TTCATTTATAGCCTTTTTTAATCAAAAATATAAAAAATTTAATTTAAAATCAATAATGAGATTAT
65 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
***
28508 AAAATTTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
130 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* ********** * * *
28549 GAGACTATAAATGGNNNNNNNNNNTTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTACACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * * *
28614 TCAATTACATTTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTAT
66 TCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
28679 AAAACAATTTAAAGAGAGTAATAAGG-TTTTCAAAGGAATAG
130 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGG
* * * * * ** *
28720 GTAACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATCCCTTTTACTTTTTGTTTCTCAAGGTACACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * *
28785 TCAATTATAGTCTGTTTTAATCC-AAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATTAGTTTA
66 TCAATTATAGTCTGTTTTAA-CCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * ** *
28849 TAAAACGATTTAAAGTGAGTGGTAAGGCTTTTGAAGGGATGG
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* ** * * * *
28891 GTGACTATAAATGGATTTTTCTTACCAATAAATACCATTTTCTTCATGTTTCACAAGGTAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * * * *
28956 TCAGTTAAAGTTTGTTTTAACCAAAAATGTAAATAAATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
66 TCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * ** *
29021 TAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTCAAAGCAATGG
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * * *
29063 GTGACTATAAATAGACTTTTCCTGTTAATGAATGCCTTTTTCTTGATATTTCTCAAGGTAAACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
*
29128 TCAATTATTA-TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTA
66 TCAATTA-TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
29192 TAAAACCTTTTATAGCGAGTAATAAGTCTTTTGTAGGAATGG
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
** * ** *
29234 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCC-TTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGATA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACA
* * ** * * *
29298 TTTAATTATAATCTG-TTTAATTTAAATATGTGAAAAAATTCAACGTAAAATCAATTATGACATT
65 TTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
29362 ATAAAAGCATTTACAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAG
128 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * *
29405 GTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTAATGTTTCTTGAA-GTAGACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGGTAGACA
* * * * *
29469 TTCAATTCTAGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGACATCA
65 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* *
29534 T-AAA--ATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGG
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * ** * * **
29573 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAAACGC
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * * *
29638 TCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCAACCTAAAAAT-AATTATTAGTTTA
66 TCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * ** *
29702 TAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCCTTTGAAGGCTTGA
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * ** ** * * * * * * *
29744 GTGACAATAAATGAACTTTTCACGTCAATGGTTGGCTTTTGCTTCATGTTCCCCATGGCACACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
* ** * * * * *
29809 TTAGGTATAGCCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTTTGAGATTAT
66 TCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
29874 -AAACTATTTAGAGTGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGAATGG
130 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
** * * * *
29914 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGAGAATGAATTCCTTTTTCTTCACAG-TTCCCAAGGTAGATA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCA-TGTTTCTCAAGGTAGACA
* * * * *
29978 TTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTCAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
65 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* *
30043 AAAACCATTTAAAGCAAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
130 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * *
30084 GTGACTATAAATGGACCTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCGAGATAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * * * *
30149 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAATTTTTAAAAAAATTAAACTTATAATCAATT-TGGAGA
66 TCAATTATAGTCTGTTTTAAC-CAAAAA--TGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGA
* * * * * * *
30213 TTATAAAACCGTTTAAAGTGGGTAATAAGACTTTTAAAGGTATGA
126 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * * * * * *
30258 GTGACGATAAATGGACTTTT-TTTTCAAATGAATGGCGTTTACTACATGTTTTTCAAGGCATG-T
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA-GAC
* *
30321 ATTCAATTATAGTCTGTCTTAA-CAAAAGATGTAAAAACAGTT-AACCTAAAATCAATTATGAGA
64 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAA-ATGTAAAAA-A-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
30384 TTATAAAACC-TGTTAAAGCGAGTCATAAGCCTTTTGAAGGAATGG
126 TTATAAAACCAT-TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * * ** **
30429 GAGACTATAAATGAACTTTTCTT-TCAAATGAATG-GTGTTTTCTGCATATTTCTTGAGACA-AG
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGCCT-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA-
* * ** * *
30491 CATTCAATTATAGTCTGTCTTAA-CAAAAGATGTAAAAACATTTAACCAAAAATCAGTTATGCGA
63 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAA-ATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
30555 TTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
126 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
** * * * *
30600 AAGACTATAAATGGACTTTTCTT-TCAAGTGAATGACTTTTTCTACATGTTTCCCAAGGCA-AGC
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAA-TGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA-C
* * * * *
30663 ATTCAATTCTAGTCTATTTTATCAAAAAATGTAAAATAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATT
64 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * **
30728 ACAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTTG-AGGAATAA
128 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGG
* ** * * **
30771 GAGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCGATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACGG
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * * *
30835 T-ATATTATAGTCTGTTTGAACCAAAAACGTAAAAAATATCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTA
66 TCA-ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * ** *
30899 TAAAACCATTTAAAACGAATTAGAAGACTTCTGAAGGCTTGA
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * * * ** * * **
30941 GTGGCTATAAGTGGCCTTTTCGTGCCAATGAATGGCTTTCGCTTCATGTTGC-CTAAGGAAGATG
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACA
* * * * *
31005 TTCAATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAATATAAAAAACTGCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
65 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
31070 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAATGAATGG
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* ** * * ** *
31112 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAAGCCTTTTCTTTTC-CCTTTCTTAAGGTAGACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTT-TCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACA
* * * ** ** * *
31176 TTCAACTATAATCTATTTTAACTGAAAGCGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATT-TTAGGATT
65 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATT
* *
31240 ATAAAACCATTTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATG
128 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
31282 AGAGATTATA
Statistics
Matches: 2199, Mismatches: 470, Indels: 127
0.79 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 134 0.06
169 48 0.02
170 441 0.20
171 1243 0.57
172 195 0.09
173 12 0.01
174 123 0.06
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
TCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
Found at i:28935 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 28443--32765 Score: 2795
Period size: 342 Copynumber: 12.5 Consensus size: 340
28433 AAGGAAAACC
* * * * * * * * *
28443 TTCATTTATAGCCTTTTTTAATCAAAA-ATATAAAAAATTTAATTTAAAATCAATAATGAGATTA
1 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTA
*** * *********
28507 TAAAATTTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGNNNNNNNNN
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
*** ** * * * *
28572 NTTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTACATTTTGTTTTAACCA
130 ACCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
* *
28637 AAAATGTAAAAAGATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGAGAGTAATA
195 AAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATA
* * * * * **
28702 AGG-TTTTCAAAGGAATAGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATCCCTTTTACTTTT
259 AGGCTTTT-GAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
*
28766 TGTTTCTCAAGGTACACA
323 TGTTTCTCAAGGTAGACA
* * *
28784 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATCCAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATTAGTTTA
1 TTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTA
* * ** * *
28849 TAAAACGATTTAAAGTGAGTGGTAAGGCTTTTGAAGGGATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTT
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * *
28914 ACCAATAAATACCATTTTCTTCATGTTTCACAAGGTAGACATTCAGTTAAAGTTTGTTTTAACCA
130 ACCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
* * * *
28979 AAAATGTAAATAAATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAAT
195 AAAATGTAAA-AAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAT
** * * * * *
29044 AAGGCTTTCAAAGCAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCCTGTTAATGAATGCCTTTTTCTTGA
258 AAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
* *
29109 TATTTCTCAAGGTAAACA
323 TGTTTCTCAAGGTAGACA
* *
29127 TTCAATTATTA-TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATT
1 TTCAATTA-TAGTCTGTTTTAACC-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATT
* * * *
29191 ATAAAACCTTTTATAGCGAGTAATAAGTCTTTTGTAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
** * * *
29256 TACCAATGAATATCC-TTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGATATTTAATTATAATCTG-TTTAAT
129 TACCAATGAATA-CCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-
** * * * * * *
29319 TTAAATATGTGAAAAAATTCAACGTAAAATCAATTATGACATTATAAAAGCATTTACAGCGAGTA
192 CCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTA
* * * * *
29384 ATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTT
256 ATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTT
* *
29449 AATGTTTCTTGAA-GTAGACA
321 CATGTTTC-TCAAGGTAGACA
* * * * * * *
29469 TTCAATTCTAGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGACATCA
1 TTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-CAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTA
* *
29534 T-AAA--ATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * ** * * ** *
29596 GCCAATAAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAAACGCTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCA
130 ACCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
* * * *
29661 AAAATGTAAAAATATTCAACCTAAAAAT-AATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAACCA-AGTAA
195 AAAATGTAAAAA-ATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-GAGAGTAA
* * * * ** ** * *
29724 TAAGGCCTTTGAAGG-CTTGAGTGACAATAAAT-GAACTTTTCACGTCAATGGTTGGCTTTTGCT
257 TAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCT
* * * * *
29787 TCATGTTCCCCATGGCACACA
320 TCATGTTTCTCAAGGTAGACA
* ** * * * *
29808 TTTAGGTATAGCCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATT-TTGAGATT
1 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACC-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGATT
* * * *
29872 AT-AAACTATTTAGAGTGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * *
29936 TGA-GAATGAATTCCTTTTTCTTCACAG-TTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTCTAA
129 T-ACCAATGAATACCTTTTTCTTCA-TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
* * * *
29999 CCAAAAATGTCAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTG
192 CCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTA
* * *
30063 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTT
256 ATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTT
* * *
30128 CATATTTCTCGAGATAGACA
321 CATGTTTCTCAAGGTAGACA
* * * * * *
30148 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAATTTTTAAAAAAATTAAACTTATAATCAATT-TGGAG
1 TTCAATTATAGTCTGTTTTAAC--CAAAA--TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-TAG
* * * * * * * *
30212 ATTATAAAACCGTTTAAAGTGGGTAATAAGACTTTTAAAGGTATGAGTGACGATAAATGGACTTT
61 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * ** * * * * * * *
30277 TTTTTCAAATGAATGGCGTTTACTACATGTTTTTCAAGGCATG-TATTCAATTATAGTCTGTCTT
126 TCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA-GACATTCAATTATAGTCTGTTTT
* *
30341 AA-CAAAAGATGTAAAAACAGTT-AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-TGTTAAAGC
190 AACCAAAA-ATGTAAAAA-A-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT-TTAAAGA
* * * * *
30403 GAGTCATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAAT-GAACTTTTCTT-TCAAATGAATG-GT
251 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGTC-AATGAATGCCT
* * ** **
30465 GTTTTCTGCATATTTCTTGAGACA-AGCA
314 -TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA-CA
* * * * ** * ** *
30493 TTCAATTATAGTCTGTCTTAACAAAAGATGTAAAAACATTTAACCAAAAATCAGTTATGCGATTG
1 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTA
* **
30558 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGAAGACTATAAATGGACTTTTCTT
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * *
30623 -TCAAGTGAATGA-CTTTTTCTACATGTTTCCCAAGGCA-AGCATTCAATTCTAGTCTATTTTAT
130 ACCAA-TGAAT-ACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
* * * **
30685 CAAAAAATGTAAAATAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCTAGTA
192 CCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTA
* * * * *
30750 ATAAGGCTTTTTG-AGGAATAAGAGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCGATGAATG-CTTTTTCT
256 ATAAGGC-TTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCT
*
30813 TCATGTTTCTCAAGGTAGACG
320 TCATGTTTCTCAAGGTAGACA
* * * *
30834 GT-ATATTATAGTCTGTTTGAACCAAAAACGT-AAAAAATATCAACTTAAAATCAATTATTAGTT
1 TTCA-ATTATAGTCTGTTTTAACC-AAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATTAGAT
* * * * * * ** * * * *
30897 TATAAAACCATTTAAAACGAATTAGAAGACTTCTGAAGGCTTGAGTGGCTATAAGTGGCCTTTTC
63 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * ** ** * * ** * *
30962 GTGCCAATGAATGGCTTTCGCTTCATGTTGC-CTAAGGAAGATGTTCAATTATAGCCTTTTTTAA
128 TTACCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
* * * *
31026 CCAAAAATATAAAAAACTGCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
192 CCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTA
* * * ** * *
31091 ATAAGGCTTTTAAATGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAAGCCTTTTCTTT
256 ATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTT-TCT
** *
31156 TC-CCTTTCTTAAGGTAGACA
320 TCATGTTTCTCAAGGTAGACA
* * * * ** *
31176 TTCAACTATAATCTATTTTAACTGAAAGCGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATT-TTAGGATT
1 TTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-CAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTA-GATT
* * * * * * *
31240 ATAAAACCATTTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGATTATAAAGTGAGTAATAA
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA-TG-G-ACT-T
** *** * ** ** ** * * * * **
31305 GGCTTTTAAAGGAATA-AGTGATCATAAATAGACTTTTCTCACCA-AT-GA-ATGCATTTTTCTT
125 TTCTTACCAATGAATACCTTTTTC-TTCAT-G---TTTCTCA--AGGTAGACATTCAATTATAGT
** * * * * *** * ** *
31366 CAAT-TCCTTTAAGGAAATAT-TCAATTATAGTCTGTTTTAACCAA-AAATGTGAAAAAATTTAA
183 C--TGT--TTTAACCAAAAATGT-AA-AAAATTC-AACTTAA--AATCAAT-T-ATGAGA-TT-A
** * * * ** * * *
31428 CTTAAAATTAATT-ATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA--AGGAA
235 --TAAAACCATTTAAAGAGAGTAAT-AAGGCTTTTGAA--G-G-AAT-AGG----TGACTA-TAA
* * *** * * ** * * * *
31489 TAGGAGACCATAAATGGACTTTTCTTTGTAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGATAGA
287 -A-TAGA-CTTTTCTTGTC-AAT---------GAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA
31554 CA
339 CA
* * * * *
31556 TTCAATTATAATCTAG-TTTAACAAAAAATTTTAAAAAAATTGAGCTTAAAATCAATT-TTGAGA
1 TTCAATTATAGTCT-GTTTTAAC-CAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGA
* * * * * *
31619 TAATATAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTT
62 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
** * * * * * * *
31684 TCTTGTCAATGAATACCTTGTTCTCCATTTTTCTCGAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTCTA
126 TCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA
* * *
31749 ACCAAAAATGTAAAACAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAC
191 ACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAG
* * * * **
31813 TAA-AACGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTCTAAATAGACTTTT-TT-TCCAAATAAATG-GGTT
254 TAATAA-GGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGT-C-AATGAATGCCTTT
* * * *
31874 TTCTACACGTTTC-CTAAGGCAGGCA
316 TTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACA
* ** * * *
31899 TTCAATTATAGTCTGCTTTAATGAAAAATGTAAAAATATTTAACTCAAAATCAATT-TTGAGATT
1 TTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGATT
* * * * *
31963 ATAAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAAAT-GCTGACTATAAATGGACTCTTC
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * * * * * * *
32027 TTGCTAATGAATACATTTTTCTTCATGTATCCCAAAGCAGGCGTTCATTTATAATCTGTTCTAAC
128 TTACCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC
* ** **
32092 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATGGTAAAACCATTTAAATCGAGTAA
193 CAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAA
* ** * **
32157 TAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCGATGAATGTTTTTTTCTT
257 TAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTT
32221 CATGTTTCTCAAGGTAGACA
321 CATGTTTCTCAAGGTAGACA
* * * * * *
32241 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAACAAAACTTCATCTTACAATCAATTATGAGAG
1 TTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-CAAAATGTAAA-AAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATTAGAT
** * * *
32306 TATAAAATTAATTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTC
63 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
** * * * **
32371 TTGTCAACGAATGCCTTTTCCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATT-T-GCATCCT-TTTT
128 TTACCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAG--T-CTGTTTT
* * * * * * * *
32433 AACTAAAAAT-TAAAAAAAATTAAAATTAAATTCAATTTTGAGGTTATAAAATCATTTAAA-ATA
190 AACCAAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA-G
* * * * * * *
32496 AGTAATAAGACTTTTAAAGG-CTTGAGTGACTATAAATAGAC-TTTCTGTGCCAATGGATGGCTT
252 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAATAGACTTTTCT-TGTCAATGAATGCCTT
* * * * * **
32559 GTGCTTTATGTTTCTTAAGGCAGTTA
315 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACA
** * * * * *
32585 TTCAATTATAACCTTTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATCTA-TCTAAAATCAATTATAAGATT
1 TTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-CAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATTAGATT
* * * * * * * *
32649 ATAGAACGATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGATTATAAATAGACTTTTTT
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
** * * *
32714 TGTCAATAAATACCTTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATA
129 TACCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
32766 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3096, Mismatches: 710, Indels: 349
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
338 11 0.00
339 250 0.08
340 137 0.04
341 551 0.18
342 871 0.28
343 410 0.13
344 377 0.12
345 137 0.04
346 13 0.00
347 1 0.00
349 7 0.00
350 7 0.00
351 3 0.00
352 14 0.00
353 9 0.00
354 5 0.00
355 6 0.00
356 5 0.00
357 4 0.00
358 4 0.00
359 13 0.00
360 10 0.00
361 3 0.00
362 2 0.00
363 4 0.00
364 13 0.00
365 10 0.00
366 4 0.00
367 4 0.00
368 7 0.00
369 6 0.00
370 8 0.00
371 5 0.00
372 15 0.00
373 3 0.00
374 9 0.00
375 9 0.00
378 14 0.00
379 10 0.00
380 46 0.01
381 61 0.02
382 18 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
CCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAA
AAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAG
GCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGT
TTCTCAAGGTAGACA
Found at i:29243 original size:514 final size:510
Alignment explanation
Indices: 28379--32764 Score: 2987
Period size: 514 Copynumber: 8.5 Consensus size: 510
28369 TAAGGCTTGA
* * * * ** * * * * *
28379 GTGACTATAAATGGATTTTTCGTGCCAATGGATGGCTTTAACTGCACG-TTCTCTAAGGAAAACC
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACA
* * * * * * *
28443 TTCATTTAT-AGCCTTTTTTAATCAAAAATATAAAAAATTTAATTTAAAATCAATAATGAGATTA
65 TTCAATTATAAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
*** * * *********
28507 TAAAATTTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGNNNNNNNNN
130 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * *
28572 NTTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTACATT-T-TGTTTTAAC
195 GTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT--ATTATCTGTTTTAAC
* * * *
28635 CAAAAATGTAAAAAGATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGAGAGTAA
258 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * *
28700 TAAGG-TTTTCAAAGGAAT-AGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATCCCTTTTACT
323 TAAGGCTTTT-GAAGGAATGA-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTACT
** *
28763 TTTTGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCCAAAATGTGAAAAAATTCAAC
386 TCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CCAAAATGT-AAAAAATTCAAC
* * * ** *
28828 TTAAAATCAACTATTAGTTTATAAAACGATTTAAAGTGAGTGGTAAGGCTTTTGAAGGGATGG
449 TTAAAATCAATTATTAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * * *
28891 GTGACTATAAATGGATTTTTCTTACCAATAAATACCATTTTCTTCATGTTTCACAAGGTAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * *
28956 TCAGTTA-AAGTTTGTTTTAACCAAAAATGTAAATAAATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
66 TCAATTATAAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATT
* ** * * *
29020 ATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTCAAAGCAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCC
129 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * *
29085 TGTTAATGAATGCCTTTTTCTTGATATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACC
194 TGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACC
* * *
29150 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCTTTTATAGCGAGTAAT
259 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * *
29215 AAGTCTTTTGTAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCCTTTT-CTTC
324 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAAT-GCCTTTTACTTC
** * * * ** *
29279 ATGTTTCTTGAGGTAGATATTTAATTATAATCTG-TTTAATTTAAATATGTGAAAAAATTCAACG
388 ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CCAAA-ATGT-AAAAAATTCAACT
* * * * *
29343 TAAAATCAATTATGACATTATAAAAGCATTTACAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAG
450 TAAAATCAATTATTAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * *
29405 GTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTAATGTTTCTTGAA-GTAGACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGGTAGACA
* * * * * *
29469 TTCAATTCT-AGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGACATC
65 TTCAATTATAAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
29533 AT-AAA--ATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
129 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * ** * * ** *
29595 TGCCAATAAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAAACGCTCAATT-CTAGTCTGTTTTAAC
194 TGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAAC
* * * * * *
29659 CAAAAATGTAAAAATATTCAACCTAAAAAT-AATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAACCAAGTA
258 CAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* ** * *** ** * *
29723 ATAAGGCCTTTGAAGGCTTGAGTGACAATAAAT-GAACTTTTCACGTCAATGGTTGGCTTTTGCT
322 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTACT
* * * * * * ** * * *
29787 TCATGTTCCCCATGGCACACATTTAGGTATAGCCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAAC
386 TCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACC-AAAATGT-AAAAAATTCAAC
* * * *
29852 TTAAAATTAATT-TTGAGATTAT-AAACTATTTAGAGTGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGAATGG
449 TTAAAATCAATTATT-AGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
** * * * *
29914 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGAGAATGAATTCCTTTTTCTTCACAG-TTCCCAAGGTAGATA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA-TGTTTCTCAAGGTAGACA
* * *
29978 TTCAATTATAA-TCTGTTCTAACCAAAAATGTCAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
65 TTCAATTATAAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** * *
30042 TAAAACCATTTAAAGCAAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTT
130 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * *
30107 GTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTA
195 GTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAAC-C
* * * * * *
30172 AAAAATTTTTAAAAAAATTAAACTTATAATCAATT-TGGAGATTATAAAACCGTTTAAAGTGGGT
259 AAAAA--TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * * * * *
30236 AATAAGACTTTTAAAGGTATGAGTGACGATAAATGGACTTTT-TTTTCAAATGAATGGCGTTTAC
321 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATC-AATGAATGCCTTTTAC
* * * * * *
30300 TACATGTTTTTCAAGGCATG-TATTCAATTATAGTCTGTCTTAACAAAAGATGTAAAAACAGTT-
385 TTCATGTTTCTCAAGGTA-GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAA-ATGTAAAAA-A-TTC
* * * * *
30363 AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTGTTAAAGCGAGTCATAAGCCTTTTGAAGGAATG
446 AACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACAT-TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
30428 G
510 G
* * * * * * * ** **
30429 GAGACTATAAATGAACTTTTCTTTCAAATGAATG-GTGTTTTCTGCATATTTCTTGAGACA-AGC
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCT-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA-C
* ** * *
30492 ATTCAATTAT-AGTCTGTCTTAA-CAAAAGATGTAAAAACATTTAACCAAAAATCAGTTATGCGA
64 ATTCAATTATAAGTCTGTTTTAACCAAAA-ATGTAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* **
30555 TTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGAAGACTATAAATGGACTTTT
127 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * *
30620 CTT-TCAAGTGAATGACTTTTTCTACATGTTTCCCAAGGCA-AGCATTCAATT-CTAGTCTATTT
192 CTTGTCAA-TGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATTA-TCTGTTT
* * * * * *
30682 TATCAAAAAATGTAAAATAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCTA
254 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * ** *
30747 GTAATAAGGCTTTTTG-AGGAATAAGAGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCGATGAATG-CTTTT
319 GTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTT
* ** * *
30810 TCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACGGT-ATATTATAGTCTGTTTGAACCAAAAACGTAAAAAATAT
383 ACTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA-ATTATAGTCTGTTTTAACC-AAAATGTAAAAAAT-T
* * * * * * * **
30874 CAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAACGAATTAGAAGACTTCTGAAGGCTT
445 CAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
*
30939 GA
509 GG
* * * * * ** * * **
30941 GTGGCTATAAGTGGCCTTTTCGTGCCAATGAATGGCTTTCGCTTCATGTTGC-CTAAGGAAGATG
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACA
* * * ** *
31005 TTCAATTAT-AGCCTTTTTTAACCAAAAATATAAAAAACTGCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
65 TTCAATTATAAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
31069 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAATGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
129 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
** * * ** * * * *
31134 TACCAATGAAAGCCTTTTCTTTTC-CCTTTCTTAAGGTAGACATTCAACTATAATCTATTTTAAC
194 TGTCAATGAATGCCTTTT-TCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAAC
** ** * * *
31198 TGAAAGCGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATT-TTAGGATTATAAAACCATTTCAAGCGAGTA
258 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * *** * * * *** **
31262 ATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGATTATAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGAT
322 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAA-T-AG-ACT-TTTCTTATCAATGAATGCCTTTT
** * * * * ** **
31327 -CATAAATAGACTTTTCTCACCA-AT-GA-ATGCATTTTTCTTCAAT-TCCTTTAAGGAAATAT-
383 AC-TTCAT-G---TTTCTCA--AGGTAGACATTCAATTATAGTC--TGT--TTTAACCAAA-ATG
* * * *** * ** * * *
31386 TCAATTATAGTCTGTTTTAACCAA-AAATGTGAAAAAATT-TAACTTAA-AATTAATTA-TGAGA
436 T-AA-AAAATTC-AACTTAA--AATCAAT-T-ATTAGATTATAA---AACATTTAA--AGCGAG-
* ** * *
31447 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
488 TAAT-AAGGCTTTTGAA--G-G-AAT--GG
* * * ** * * * *
31477 CTTTTGA--AGGAATAGGAGACCATAAATGGACTTTTCTTTGTAATGAATGACTTTTTCTTCACG
1 ---GTGACTA-TAA-ATG-GA-C-T---T-TTC-TTGC----CAATGAATGCCTTTTTCTTCATG
* * * * * *
31540 TTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAA-TCTAG-TTTAACAAAAAATTTTAAAAAAATTGAGCTT
49 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAGTCT-GTTTTAACCAAAAA-TGT-AAAAAATTTAACTT
* * * * * *
31603 AAAATCAATTTTGAGATAATATAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTCAAAGGTATGGGTG
111 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGGGTG
* * * * * *
31668 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATACCTTGTTCTCCATTTTTCTCGAGGTAGATATTCA
175 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
* * *
31733 ATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
240 ATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * *
31797 AATCATTTAAAGTGACTAA-AACGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTCTAAATAGACTTTT-TT-T
304 AACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAT
* ** * * * * * *
31859 CCAAATAAATGGGTTTT-CTACACGTTTC-CTAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGCTTTAATG
368 -C-AATGAATGCCTTTTACTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-C
* * * * *
31922 AAAAATGTAAAAATATTTAACTCAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAG
429 CAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAA
31986 TAAGGCTTTTGAAGGAAAT-G
491 TAAGGCTTTTGAAGG-AATGG
* * * * * * * * * * *
32006 CTGACTATAAATGGACTCTTCTTGCTAATGAATACATTTTTCTTCATGTATCCCAAAGCAGGCGT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * * * **
32071 TCATTTATAA-TCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATGG
66 TCAATTATAAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
*
32135 TAAAACCATTTAAA-TCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
130 TAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
** * **
32199 TACCGATGAATGTTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAAC
194 TGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAAC
* * * * * ** * *
32263 TAAAAATATAAACAAAACTTCATCTTACAATCAATTATGAGAGTATAAAATTAATTAAAGCGAGC
258 CAAAAATGTAAA-AAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * *
32328 AATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAACGAATGCCTTTTCC
321 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTAC
** *
32392 TTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATT-T-GCATCCT-TTTTAACTAAAAAT-TAAAAAAAAT
385 TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAG--T-CTGTTTTAAC-CAAAATGT--AAAAAAT
* * * * *** * * *
32453 TAAAATTAAATTCAATT-TTGAGGTTATAAAATCATTTAAAATAAGTAATAAGACTTTTAAAGGC
444 TCAACTTAAAATCAATTATT-AGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* *
32517 TTGA
507 ATGG
* * * * * * * * **
32521 GTGACTATAAATAGAC-TTTCTGTGCCAATGGATGGCTTGTGCTTTATGTTTCTTAAGGCAGTTA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACA
* * * * * *
32585 TTCAATTATAA-CCTTTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATCTATC-TAAAATCAATTATAAGAT
65 TTCAATTATAAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * *
32648 TATAGAACGATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGATTATAAATAGACTTTTT
128 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * *
32713 TTGTCAATAAATACCTTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTAT
193 TTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
32765 AANNNNNNNN
Statistics
Matches: 2998, Mismatches: 697, Indels: 354
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
508 28 0.01
509 123 0.04
510 241 0.08
511 130 0.04
512 522 0.17
513 226 0.08
514 689 0.23
515 407 0.14
516 156 0.05
517 5 0.00
518 4 0.00
519 1 0.00
520 5 0.00
521 11 0.00
522 6 0.00
523 11 0.00
524 7 0.00
525 5 0.00
526 11 0.00
527 11 0.00
528 3 0.00
529 7 0.00
530 7 0.00
532 5 0.00
533 2 0.00
534 1 0.00
535 8 0.00
536 6 0.00
537 5 0.00
538 11 0.00
539 9 0.00
540 4 0.00
541 5 0.00
542 13 0.00
543 7 0.00
544 6 0.00
545 10 0.00
546 1 0.00
547 4 0.00
548 5 0.00
549 9 0.00
550 2 0.00
551 50 0.02
552 64 0.02
553 153 0.05
554 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (510 bp):
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
TCAATTATAAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
TCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAA
AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
GGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTACTTCATG
TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAAT
CAATTATTAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
Found at i:31322 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 31261--31322 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 3.4 Consensus size: 17
31251 TCAAGCGAGT
31261 AATAAGGCTTTTAAAGG
1 AATAAGGCTTTTAAAGG
* * *
31278 AATGAGAGATTATAAAGTGAG
1 AATAAG-GCTTTTAAA--G-G
31299 TAATAAGGCTTTTAAAGG
1 -AATAAGGCTTTTAAAGG
31317 AATAAG
1 AATAAG
31323 TGATCATAAA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 6, Indels: 10
0.68 0.12 0.20
Matches are distributed among these distances:
17 11 0.32
18 8 0.24
19 1 0.03
20 1 0.03
21 8 0.24
22 5 0.15
ACGTcount: A:0.45, C:0.03, G:0.24, T:0.27
Consensus pattern (17 bp):
AATAAGGCTTTTAAAGG
Found at i:31332 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 31257--31332 Score: 125
Period size: 39 Copynumber: 1.9 Consensus size: 39
31247 CATTTCAAGC
* *
31257 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGATTATAAAGT
1 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGAGATCATAAAGT
*
31296 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGATCATAAA
1 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGAGATCATAAA
31333 TAGACTTTTC
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 3, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
39 34 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.04, G:0.24, T:0.28
Consensus pattern (39 bp):
GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGAGATCATAAAGT
Found at i:31472 original size:209 final size:210
Alignment explanation
Indices: 31080--31489 Score: 531
Period size: 209 Copynumber: 2.0 Consensus size: 210
31070 TAAAACCATT
* ** *
31080 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAATGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAA
1 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCACCAATGAAA
* * ** * * ** *
31145 GCCTTTTCTTTTCCCTTTCTTAAGGTAGACATTCAACTATAATCTATTTTAACTGAAAGCGTAAA
66 GCATTTTCTCTTCAATTCCTTAAGGTAAACATTCAACTATAATCTATTTTAACCAAAAACGTAAA
* * *
31210 AAAATTCAGCTTAAAATCAATTTTAGGATTATAAAACCATTTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAA
131 AAAATTCAACTTAAAATCAATTTGAGGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAA
31275 AGGAATGAGAGATTA
196 AGGAATGAGAGATTA
31290 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGA-TCATAAATAGACTTTTCTCACCAATGAA
1 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGACT-ATAAATAGACTTTTCTCACCAATGAA
* * * * * * *
31354 TGCATTTT-TCTTCAATTCCTTTAAGG-AAATATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTG
65 AGCATTTTCTCTTCAATTCC-TTAAGGTAAACATTCAACTATAATCTATTTTAACCAAAAACGTA
* *
31417 AAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
129 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
*
31481 TGAAGGAAT
193 TAAAGGAAT
31490 AGGAGACCAT
Statistics
Matches: 171, Mismatches: 26, Indels: 7
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
209 99 0.58
210 72 0.42
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (210 bp):
TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCACCAATGAAA
GCATTTTCTCTTCAATTCCTTAAGGTAAACATTCAACTATAATCTATTTTAACCAAAAACGTAAA
AAAATTCAACTTAAAATCAATTTGAGGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAA
AGGAATGAGAGATTA
Found at i:32148 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 31290--32766 Score: 1208
Period size: 171 Copynumber: 8.6 Consensus size: 169
31280 TGAGAGATTA
* * * ** *
31290 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGA-TCATAAATAGACTTTTCTCACCAATGAA
1 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAA
* * * * * * * *
31354 TGCATTTTTCTTCA-ATTCCTTTAAGG-AAATATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTG
65 TAC-TTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAACCAAAAATGTA
* * *
31417 AAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATT
127 AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * *
31460 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACCATAAATGGACTTTTCTTTG-TAATGAA
1 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGCTAATGAA
* * * * *
31524 TGACTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAATCTAGTTTAACAAAAAATTTTA
65 T-ACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT-GTTTAACCAAAAA-TGTA
* * * * * *
31589 AAAAAATTGAGCTTAAAATCAATTTTGAGATAATATAACCATT
127 AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * *
31632 TAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-TCAATGA
1 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGA
* * * * *
31696 ATACCTTGTTCTCCATTTTTCTCGAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTA
64 ATA-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT-TAACCAAAAATGTA
* * *
31761 AAACAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATT
127 AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * * * * * *
31804 TAAAGTGACTAA-AACGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTCTAAATAGACTTTTTTTCCAAATAAA
1 TAAAGTGAGTAATAA-GGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAA
*** * * * * * **
31868 TGGGTTTTCTACACGTTTC-CTAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGCTTTAATGAAAAATGTAA
65 TACTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAACCAAAAATGTAA
* * * *
31932 AAATATTTAA-CTCAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATT
128 AAAAATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * *
31974 TAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAA-ATGCTGACTATAAATGGACTCTTCTTGCTAATGAA
1 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATA-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAA
* * * * * * *
32038 TACATTTTTCTTCATGTATCCCAAAGCAGGCGTTCATTTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAA
65 TAC-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT-TAACCAAAAATGTAA
**
32103 AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATGGTAAAACCATT
128 AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* **
32145 TAAA-TCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCGATGA
1 TAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGA
** * * *
32208 ATGTTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATATA
64 AT-ACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAACCAAAAATGTA
* * * * ** *
32273 AACAAAACTTCATCTTACAATCAATTATGAGAGTATAAAATTAAT
127 AA-AAAA-TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * *
32318 TAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-TCAACGAA
1 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAA
* * ** * * *
32382 TGCCTTTTCCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATT-TGCATCCTTTTTAACTAAAAAT-TA
65 T-ACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT-AAT-CTGTTTAACCAAAAATGT-
* ** * * * *
32445 AAAAAAATTAAAATTAAATTCAATTTTGAGGTTATAAAATCATT
126 AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * * * * * *
32489 TAAAATAAGTAATAAGACTTTTAAAGG-CTTGAGTGACTATAAATAGAC-TTTCTGTGCCAATGG
1 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCTAATGA
* * * * * * ** * * *
32552 ATGGCTTGTGCTTTATGTTTCTTAAGGCAGTTATTCAATTATAACCTTTTTTAACAAAAAATGTA
64 AT-ACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC-TGTTTAACCAAAAATGTA
* * * * * *
32617 AAAAAAATCTATCTAAAATCAATTATAAGATTATAGAACGATT
127 AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * *
32660 TAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGTGATTATAAATAGACTTTTTTTG-TCAATAA
1 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGA
* *
32723 ATACCTTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAA
64 ATA-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAA
32767 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1041, Mismatches: 221, Indels: 89
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 204 0.20
171 475 0.46
172 144 0.14
173 212 0.20
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAT
ACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTAACCAAAAATGTAAAAA
AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
Found at i:34929 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 33945--35492 Score: 618
Period size: 171 Copynumber: 9.0 Consensus size: 169
33935 NNNNNNNNNN
* * *
33945 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTTACATTTTTTGGTTAAAA
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTGAA---TTGTTTTACATTTTTT-ATTAAAA
* * * * * * ** *
34010 CAAATTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAATATGAAGAAAATGGCATTTATTGGCAAAAAAAG
62 CATACTATAATTGAATGTCTGCCTTAGA-AAACATGAGGAAAA-ACCATTTATT-GCAAGAAAAG
* * *
34074 TCTATTTATATTCACAC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
124 TCCATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTT
* ********** * * * * * * *
34120 AAATCGTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTT-AGATTGATTTTTTTTATATTTTTGATTAAAAAAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-CTGAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAACAT
* * * * * * * * ** * * *
34184 GCTATAATTGAATGTCTGCCTTTGGGAATCATAAAGCACAAGCCATCCATTGGCACGAGAAGTCT
65 ACTATAATTGAATGTCTGCC-TTAGAAAACAT-GAGGAAAAACCATTTATT-GCAAGAAAAGTCC
** * * **********
34249 ATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTTAAAAGTCTNNNNNNNNNNTTT
127 ATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTT
** * * * **
34292 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTCAATTTTTTTAAAATTTTTGGTTAAAA-AG
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTT-ACATTTTTTATTAAAACA-
* * * * ** ** * * *
34356 GA-TGAAAATTGAATCTCTACCTT-GAGAAATGTGAAGGAAAAGGCATTCATTGACGATAAAAGT
64 TACT-ATAATTGAATGTCTGCCTTAGA-AAACATG-AGGAAAAACCATTTATTG-CAAGAAAAGT
* * * *
34419 CCATTTATAGCCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTT
125 CCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTT
* *** * * * * *
34464 AATTTACTTTATAATCTCATAATTGATTGTAAGATGAAGTTTTGTTTACA-TTTTCAGTTAAAAC
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTGAA-TTGT-TTTACATTTTTTA-TTAAAAC
* * * * * * *
34528 AGACTATAAATGAATGTCTACCTTCAG-AAACATGAAGAAAAAAACATTCATCGGCAAGAAAAGT
63 ATACTATAATTGAATGTCTGCCTT-AGAAAACATG-AGGAAAAACCATTTAT-TGCAAGAAAAGT
*************** *
34592 CCATTTATAGTCACCNNNNNNNNNNNNNNNCTTATTACTCGA-TTT
125 CCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTC-ACTTT
* * * * ** * * *
34637 AAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTG-ATTGTTTTTACATTTTTGGTTAGAATAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTGAATTG-TTTTACATTTTTTATTAAAACAT
* * * * * * * ********* *
34701 ATTATAAATGAATGTCTGCTTTGGGATACATGAAGAAAAANNNNNNNNNNAGCAAGAAGAGTCCA
65 ACTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACATGAGGAAAAA--CCATTTATTGCAAGAAAAGTCCA
** * * *
34766 TTTATAGTCAGATTTTCCTTCAAAAGCCTTGCTACTTACTTT
128 TTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTT
* * * * * * *
34808 AAATAGTTTTCTAATCTCAAAATTGATTTTGAGTTAAATAT-TTTTACATTTTTCATTAAACCAT
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTGAAT-TGTTTTACATTTTTTATTAAAACAT
* * *
34872 ACTATAATTGAATGCCTGCCTTAGAAAACATGTAGGAAAACCCATTTATTTGCAAGAAAAGTCTA
65 ACTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACATG-AGGAAAAACCATTTA-TTGCAAGAAAAGTCCA
* * ** * * *
34937 TTTAAAGTC-TCTCATTCCTTCAAAAG-CTGTTTTAGTCGCTCT
128 TTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCT-TACTACTCACTTT
* * * **
34979 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGACTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAGAACGG
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-CTGAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAACAT
* * * * *** *
35043 ATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAAA-ATGAAGAAAAAGGTTTTCATTGACAAGAAAATTCC
65 ACTATAATTGAATGTCTGCCTT-AGAAAACATGAGGAAAAACCATTT-ATTG-CAAGAAAAGTCC
* * * *
35107 ATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT
127 ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTT
* * * * * *
35150 AAATGGTTATATTATCTCAAAATTGATTTTAAGCTCAATTTTTTTAAATTTTTTATTAAAACAAA
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAACATA
* * * * **
35215 TTATAATTGAATGT-TGACC-TCGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTTATTGCAAAGAAAAGTGT
66 CTATAATTGAATGTCTG-CCTTAGA-AAACATGAGGAAAAA-CCATTTATTGC-AAGAAAAGTCC
* * **
35278 ATTTATGGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTTGCTTT
127 ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTT
* * * * ** *
35321 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAACATA
* * * * *
35386 CTATAACTGAATGTCTTCCTTA-AACGAAGC--GAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
66 CTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAA--AA-CATGAGGAAAAA-CCATTTATT-GCAAGAAAAGTC
* * * * *
35448 TATTTATGGTCACTTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT
126 CATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTT
35492 A
1 A
35493 TAATCTCCCA
Statistics
Matches: 1004, Mismatches: 315, Indels: 112
0.70 0.22 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 34 0.03
171 576 0.57
172 209 0.21
173 151 0.15
174 8 0.01
175 24 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAACATA
CTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACATGAGGAAAAACCATTTATTGCAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTT
Found at i:34998 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 34291--35492 Score: 852
Period size: 342 Copynumber: 3.5 Consensus size: 342
34281 NNNNNNNNTT
* ** * * * *
34291 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTCAATTTTTTTAAAATTTTTGGTTA-AAAA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTT-ACATTTTTGGTTAGAACA
* * ** * ** * * *
34355 GGATGA-AAATTGAATCTCTACCTTGAGAAATGTGAAGGAAAAGGCATTCATTGACGATAAAAGT
65 -GATTATAAA-TGAATGTCTACCTTGAGAAAAATGAAGAAAAAGGTTTTCATAGACAAGAAAAGT
* * * * * * *
34419 CCATTTATAGCCAC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAATTTACTT-TATAATCTC
128 CCATTTATAGTCACAC-ATACCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAA-ATAGTTATATAATCTC
* * * * * * * *
34482 ATAATTGATTGTAAGATGAAGTTTTGTTTACA-TTTTCAGTTAAAACAGACTATAAATGAATGTC
191 AAAATTGATTTTAAGCT-AAATATT-TTTAAATTTTTCA-TTAAAACAAACTATAATTGAATG-C
** ** * * * * * **
34546 T-ACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATCGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCNN
252 TGACCTAGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTTAT-TGCAAAGAAAAGTCTATTTAAAGTCTCCTA
************* * * *
34609 NNNNNNNNNNNNNCTTATTACTCGATT
316 TTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTC
* *
34636 TAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTG-ATTGTTTTTACATTTTTGGTTAGAATA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTG-TTTTACATTTTTGGTTAGAACA
* * * * * ********* *
34700 GATTATAAATGAATGTCTGCTTTGGGATACATGAAGAAAAANNNNNNNNNNAG-CAAGAAGAGTC
65 GATTATAAATGAATGTCTACCTTGAGAAAAATGAAGAAAAA-GGTTTTCATAGACAAGAAAAGTC
* ** * * * * *
34764 CATTTATAGTCAGATTTTCCTTCAAAAGCCTTGCTACTTACTTTAAATAGTTTTCTAATCTCAAA
129 CATTTATAGTCACACATACCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTTATATAATCTCAAA
* * * * *
34829 ATTGATTTTGAGTTAAATATTTTTACATTTTTCATTAAACCATACTATAATTGAATGCCTG-CCT
194 ATTGATTTTAAGCTAAATATTTTTAAATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATG-CTGACC-
* *
34893 TAGA-AAACATGTAGGAAAACCCATTTATTTGC-AAGAAAAGTCTATTTAAAGTCT-CTCATTCC
257 TAGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTTA-TTGCAAAGAAAAGTCTATTTAAAGTCTCCT-ATTCC
** *
34955 TTCAAAAG-CTGTTTTAGTCGCTC
320 TTCAAAAGCCT-TACTACTCGCTC
** * *
34978 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGACTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAGAACGG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAGAACAG
* * * *
35043 ATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAAAATGAAGAAAAAGGTTTTCATTGACAAGAAAATTCCA
66 ATTATAAATGAATGTCTACCTTGAGAAAAATGAAGAAAAAGGTTTTCATAGACAAGAAAAGTCCA
* * * * *
35108 TTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTATATTATCTCAAAAT
131 TTTATAGTCACACATACCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTTATATAATCTCAAAAT
* * * * * *
35173 TGATTTTAAGCTCAATTTTTTTAAATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTGACCTCGA
196 TGATTTTAAGCTAAATATTTTTAAATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGCTGACCTAGA
** * **
35238 GAAACATGAAGAAAAAGTCATTTATTGCAAAGAAAAGTGTATTTATGGTCTCCTATTCCTTCAAA
261 GAAACATGAAGAAAAACCCATTTATTGCAAAGAAAAGTCTATTTAAAGTCTCCTATTCCTTCAAA
* *
35303 AGCCTTACTACTTGCTT
326 AGCCTTACTACTCGCTC
* * * *
35320 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAACAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAGAACAG
* * * ** * ** * *
35385 ACTATAACTGAATGTCTTCCTT-A-AACGAAGCGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
66 ATTATAAATGAATGTCTACCTTGAGAA--AAATGAAGAAAAAGGTTTTCATAGACAAGAAAAGTC
* * ** * * *
35448 TATTTATGGTCACTTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
129 CATTTATAGTCACACATACCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTA
35493 TAATCTCCCA
Statistics
Matches: 670, Mismatches: 166, Indels: 45
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 2 0.00
341 14 0.02
342 477 0.71
343 26 0.04
344 108 0.16
345 43 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (342 bp):
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAGAACAG
ATTATAAATGAATGTCTACCTTGAGAAAAATGAAGAAAAAGGTTTTCATAGACAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACACATACCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTTATATAATCTCAAAAT
TGATTTTAAGCTAAATATTTTTAAATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGCTGACCTAGA
GAAACATGAAGAAAAACCCATTTATTGCAAAGAAAAGTCTATTTAAAGTCTCCTATTCCTTCAAA
AGCCTTACTACTCGCTC
Found at i:35692 original size:211 final size:209
Alignment explanation
Indices: 35286--35703 Score: 529
Period size: 211 Copynumber: 2.0 Consensus size: 209
35276 GTATTTATGG
* * * * *
35286 TCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT
1 TCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATATT
* * *
35351 AAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAACTGAATGTCTTCCTTAAACGAAGC
66 AAGCTGAATTGTTTTATATTTTTGATTAAAACAGACTATAACTGAATGTCTTCCTCAAAC-AAGC
* * * * *
35416 GAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATGGTCACTTATTCCTTTAAAAGCCTTA
130 GAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCATTTAAAAGCCTTA
35481 TTACTCACTTTATAA
195 TTACTCACTTTATAA
* *
35496 TCTCCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATC-CTAAAATTAATAT
1 TCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTC-AAAATTAATAT
* * * * * **
35560 TAAGCTGAATTTTATTTATGTTTTTTATTAAAATAGATTATAGTTGAATGT-TTACCTCAAGA-A
65 TAAGCTGAATTGT-TTTATATTTTTGATTAAAACAGACTATAACTGAATGTCTT-CCTCAA-ACA
* *
35623 AGGGGAA-AGAAAAGGCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCATTTAAAAG
127 A-GCGAAGA-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCATTTAAAAG
35687 CCTTATTACTCACTTTA
190 CCTTATTACTCACTTTA
35704 AATGGTTTTA
Statistics
Matches: 178, Mismatches: 24, Indels: 11
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
209 1 0.01
210 71 0.40
211 105 0.59
212 1 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (209 bp):
TCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATATT
AAGCTGAATTGTTTTATATTTTTGATTAAAACAGACTATAACTGAATGTCTTCCTCAAACAAGCG
AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCATTTAAAAGCCTTAT
TACTCACTTTATAA
Found at i:36046 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 35489--36804 Score: 906
Period size: 171 Copynumber: 7.7 Consensus size: 167
35479 TATTACTCAC
* * * * *
35489 TTTATAATCTCCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATC-CTAAAA
1 TTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAA
* * * ** * * * * *
35553 TTAATATTAAGCTGAATTTTATTTATGTTTTTTATTAAAATAGATTATAGTTGAATGTTTACCTC
65 TTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTA-CATTTTTGTT-AAACAGACTATAATTGAATG-CTACCTC
*** * * * * *
35618 AAGAAAGGGGAAAGAAAAGGCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
126 AAGAAACATG-TAGAAAAAGCATTCATTGGAAAAAAAAGTCCA
* * * * * *
35661 TTTATAGTCACTCATTCATTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCAAAAT
1 TTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * **
35726 TGATTTTAAGTTGCA--GTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAGGCTATAATTGAACGTCTATCTTG
66 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTT--AAACAGACTATAATTGAATG-CTACCTCA
* ** * ** * * ** *
35789 GGAAATGTGAAGCGAAAGCCGTCCATT-GACACGAAAAGTACA
127 AGAAACATGTAGAAAAAG-CATTCATTGGA-AAAAAAAGTCCA
* * * ** * * * * * * * *
35831 CTTATAGCCACTCAAGCCTTTAGAAGCCTTCTAATTCGTTTTAAATGGTTTTATAAACTGATAAT
1 TTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* ** *
35896 TGATTTTAAGTTGACTTTTTTTATGTTTTTAGTTCAAACAGACTATAATAT-ACCAT-CTACTTC
66 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTT-AAACAGACTATAAT-TGA--ATGCTACCTC
* * * * * *
35959 AAGAAACATGAAGAAAAAGTATTCATCGGCAATAAAAGTCTA
126 AAGAAACATGTAGAAAAAGCATTCATTGGAAAAAAAAGTCCA
* * * *
36001 TTTATAGTCTCTCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * ***
36066 TGATTTCAAATTGAATTATTTTACATTTTTTGATAAATAGACTAGAATTGAATGCTTGCCTTGGG
66 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAACAGACTATAATTGAATGC-TACCTCAAG
*
36131 AAACATGTAGAAAAAGCCATTCACTTGG-AAGAAAAGTCCA
129 AAACATGTAGAAAAAG-CATTCA-TTGGAAAAAAAAGTCCA
* * * * *
36171 TTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAACCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCGCATAAT
1 TTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* ** * * * * *
36236 TAATTTTTGGTTAAATATTTTTACGTCCTTTGTTAAGACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTCAA
66 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTGTTAA-ACAGACTATAATTGAATG-CTACCTCAA
** * **
36301 -AACACATGTAGAAAACCCCATTCATTTGAAAAAAAAGTTTA
128 GAA-ACATGTAGAAAA-AGCATTCATTGGAAAAAAAAGTCCA
* * * *
36342 TTTATAGTCT-TCTATTCCTTCAAAAACCTTATGACTCGCTTGAAAAGGTTTTATAATCTCATAA
1 TTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
36406 TTGATTTTAGGTTAAATGTTTTTACATCTTTTGATAAGACAGACTTTAATTGAATGCCTACCTCG
65 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTGTTAA-ACAGACTATAATTGAATG-CTACCTCA
* * *
36471 GGAAACATGTAGAAAACACCATTCATTTGAAAAAAAAGTCCA
127 AGAAACATGTAGAAAA-AGCATTCATTGGAAAAAAAAGTCCA
* * * * * * * * * *
36513 TTTATAGTCACTCATACATTTAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAACGATTTTACAATCTCAAAAT
1 TTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
36578 TGATTATAAGTTCAATTGTTTTTAAACTTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
66 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACA-TTTTT-GTT-AAACAGACTATAATTGAATG-CTACCTC
* * * *
36643 AAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT-GACAAGAAAGGTCCA
126 AAGAAACATGTAGAAAAA-GCATTCATTGGA-AAAAAAAGTCCA
* * * * *
36686 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
36751 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTAGTTAGAATAGATTATAATTGAAT
66 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTA-AACAGACTATAATTGAAT
36805 ATCTACCTTG
Statistics
Matches: 898, Mismatches: 213, Indels: 67
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 7 0.01
169 46 0.05
170 290 0.32
171 320 0.36
172 106 0.12
173 125 0.14
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (167 bp):
TTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAACAGACTATAATTGAATGCTACCTCAAGAA
ACATGTAGAAAAAGCATTCATTGGAAAAAAAAGTCCA
Found at i:36516 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 35952--36780 Score: 900
Period size: 344 Copynumber: 2.4 Consensus size: 339
35942 AATATACCAT
* ** * * *
35952 CTACTTCAAGAAACATGAAGAAAAA-GTATTCATCGGCAATAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCAT
1 CTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGTCTCT-AT
* * * * * * *
36016 TCCTCCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTCAAATTGAA
65 TCCTTCAAAAGCCTTATCACTTGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * *
36081 TTATTTTACATTTTTTGATAAATAGACTAGAATTGAATGCTTGCCTTGGGAAACATGTAGAAAAA
130 TT-TTTTACA-TTTTTGATAAACAGACTAGAATTGAATGCCTACCTCGGGAAACATGTAGAAAAA
* * * * * *
36146 GCCATTCACTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAACCTTACTACTCACT
193 GCCATTCACTTGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACATTCAAAAACCTTACTACCCACT
* * * * ** *
36211 TTAAATGGTTTTACAATCGCATAATTAATTTTTGGTT-AAATATTTTT-ACGTCCTTT-GTTAAG
258 TTAAACGATTTTACAATCGCAAAATTAATTATAAGTTCAAATATTTTTAAC-T-CTTTGGTTAAA
36273 ACAGACTATAATTGAATGC
321 ACAGACTATAATTGAATGC
* * * *
36292 CTGCCTCAA-AACACATGTAGAAAACCCCATTCATTTGA-AAAAAAAGTTTATTTATAGTCTTCT
1 CTACCTCAAGAA-ACATGAAGAAAAACCCATTCA-TTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGTC-TCT
* * * * * *
36355 ATTCCTTCAAAAACCTTATGACTCGCTTGAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTA
63 ATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTTGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
**
36420 AATGTTTTTACATCTTTTGATAAGACAGACTTTAATTGAATGCCTACCTCGGGAAACATGTAGAA
128 AAT-TTTTTACAT-TTTTGATAA-ACAGACTAGAATTGAATGCCTACCTCGGGAAACATGTAGAA
* * * *
36485 AACA-CCATTCATTTGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACATTTAAAAGCCTTATTACC
190 AA-AGCCATTCACTTGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACATTCAAAAACCTTACTACC
* * * * *
36549 CACTTTAAACGATTTTACAATCTCAAAATTGATTATAAGTTCAATTGTTTTTAAACTTTTTGGTT
254 CACTTTAAACGATTTTACAATCGCAAAATTAATTATAAGTTCAAATATTTTT-AACTCTTTGGTT
* * *
36614 AAAATAGATTATAATTGAATGT
318 AAAACAGACTATAATTGAATGC
* ** * * * * *
36636 CTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCAT
1 CTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGTC-TCTAT
36701 TCCTTCAAAAGCCTTATCACTTGCTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
65 TCCTTCAAAAGCCTTATCACTTGCTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
36765 ATTTTTTGACATTTTT
129 ATTTTTT-ACATTTTT
36781 AGTTAGAATA
Statistics
Matches: 401, Mismatches: 72, Indels: 29
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 19 0.05
341 96 0.24
342 126 0.31
343 25 0.06
344 128 0.32
345 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
CTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGTCTCTATT
CCTTCAAAAGCCTTATCACTTGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
TTTTTACATTTTTGATAAACAGACTAGAATTGAATGCCTACCTCGGGAAACATGTAGAAAAAGCC
ATTCACTTGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACATTCAAAAACCTTACTACCCACTTTA
AACGATTTTACAATCGCAAAATTAATTATAAGTTCAAATATTTTTAACTCTTTGGTTAAAACAGA
CTATAATTGAATGC
Found at i:37791 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 37229--37962 Score: 436
Period size: 170 Copynumber: 4.3 Consensus size: 170
37219 CCTTTCCTTT
* * * * ** *
37229 AAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATAGTTTTACAATC-CTAAAATTGATTTTAAGCTGAATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAATTGAATTATT
* *** * * * * ** * *
37293 TTACGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAGTTGAATGTTTACCTCAAGAAA-AGGGAA-AGAAAAGG
65 TTACATTTTTCAAT-AAACAGACTAGAATTGAATGATTACCTTGAGAAACA-TGAAGA-AAAAGC
* * * * * * * **
37356 CTTTCA-TTGGCCAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCATTT
127 CATTCACTCGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTCC
* * ** *
37400 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTGCAGTT-TT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTG-AATTATT
* * * * * * ** * **
37464 TTACATTTTTGGTTAA-AAAAAGGCTATAATTGAACGTTTGTCTTG-GAAAACGTGAAGCGAAAG
65 TTACA-TTTT--TCAATAAACAGACTAGAATTGAATGATTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAG
* * * * * ** **
37527 CCATCCA-TTGGCATGAAAAGTGCACTTATAG-C-CACTCAGGCCTTT
126 CCATTCACTCGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-CT-ATTCCTCC
* * * * ** * * * * *
37572 AGAAGCCTTCTAATTCGTTTTAAATAGTTTTATAAACTGATAGTTGATTTTAAATTGACTTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTATTT
* * *
37637 TACGTTTTT-AATTCAAACAGACTATAATAT-ACT-ATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-
66 TACATTTTTCAA-T-AAACAGACTAGAAT-TGAATGAT-TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGC
* * **
37698 TATTCA-TCGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTTTTATTCCTCC
127 CATTCACTCGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTCC
** * * *
37742 AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTCAAATTGAATTATTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTATTT
* * * * *
37807 TACATTTTTCAATAAATAGACTAGAATTGAATGGTTACCTTGGGGAACATGTAGAAAAAGCCATT
66 TACATTTTTCAATAAACAGACTAGAATTGAATGATTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* *
37872 CACTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTC
131 CACTCGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTCC
* *
37912 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTACAATCACATAATTGATTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
37963 TGGTTAAATA
Statistics
Matches: 431, Mismatches: 108, Indels: 49
0.73 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 37 0.09
170 168 0.39
171 103 0.24
172 119 0.28
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTATTT
TACATTTTTCAATAAACAGACTAGAATTGAATGATTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
CACTCGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTCC
Found at i:38127 original size:171 final size:156
Alignment explanation
Indices: 37938--38247 Score: 300
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 156
37928 ACTTTAAATA
* * **
37938 GTTTTACAATCACATAATTGATTTTTGGTTAAATATTTTTACATCCTTTGTTAAGACAAACTATA
1 GTTTTACAATCACATAATTGATTTTAGGTTAAATATTTATACATCCTTTACTAAGACAAACTATA
* * *
38003 ATTGAATG-CTTGGCTCGAAAAACATGTAAAAAAC-ACTATTCATTTGAAAGAAAAGTTCATTTA
66 ATTGAATGTC-TGCCTCGAAAAACATGTAAAAAACGAC-ATTCATTTGAAAAAAAAGTCCATTTA
*
38066 TAGTCTCTCATTNNNNNNNNNNNNNNNTGACTCGCTTGAAAAG
129 TAGTCACTCATT---------------TGACTCGCTTGAAAAG
* * * * * *
38109 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATGTTTATACATCTTTTACTAAGATAGACTATA
1 GTTTTACAATCACATAATTGATTTTAGGTTAAATATTTATACATCCTTTACTAAGACAAACTATA
* * *
38174 ATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGTAGAAAACGGCATTCATTTGAAAAAAAAGTCCATTTATA
66 ATTGAATGTCTGCCTCGAAAAACATGTAAAAAACGACATTCATTTGAAAAAAAAGTCCATTTATA
38239 GTCACTCAT
131 GTCACTCAT
38248 ACATTTAAAN
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 17, Indels: 4
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
171 118 0.98
172 2 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (156 bp):
GTTTTACAATCACATAATTGATTTTAGGTTAAATATTTATACATCCTTTACTAAGACAAACTATA
ATTGAATGTCTGCCTCGAAAAACATGTAAAAAACGACATTCATTTGAAAAAAAAGTCCATTTATA
GTCACTCATTTGACTCGCTTGAAAAG
Found at i:41657 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 41372--42815 Score: 1314
Period size: 171 Copynumber: 8.5 Consensus size: 171
41362 CCATTGACGT
* * * ** * * *** ** *
41372 GAAAAGTCTATTTATTGTCACTCAAGCCTTCGAAGGCCTTATTACTTGGTTTAAAGGGTTTCATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* * * * * * * * * **
41437 AACTAATGATTGTTTTTAAGTTGAACATTTTTACATTTTTTGTTAAAACATACTAGAATTAAACA
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* ** *
41502 TCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACACATTCCTTGGCAA
131 TCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAA
* * * * * *
41543 GAAAAGTGCATTTATAATCACCCATACCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* * *
41608 ATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAATTAAAACAGACTAGAATTGAATG
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* *
41673 TCTACCTCAAGCAACATGAAGGAAAAA-GCATTCATTGGCAA
131 TCTACCTTAAGAAACATGAA-GAAAAAGGCATTCATTGGCAA
* * *
41714 AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAT-CTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACAGTTTTAT
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * * * * *
41778 AATGTCATAATTGATTTTACGTTG-A-ATTTTT---TTTTTAGTCAAAATAGATTATAATTAAAT
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * * ****
41838 ATCTACCTCAAGAAACATAAAG-AAAAGGATATTCATTAATGA
130 GTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGG-CATTCATTGGCAA
* * * *
41880 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTACAAAAGACTTATTACTCGCTGTAAA-AGGTTTTAT
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA-GTTTTAT
* * * * *
41944 AATGTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACTTTTTTGGTT-AAACAGA-TAATAATTGAA
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACT-ATAATTGAA
* * * * *
42007 TGTCTATCTTGAGAAATATCAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAG
129 TGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAA
* * * *
42050 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTGCTCATTTTAAATAGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* * * * * *
42115 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-ATTTATTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTTTAACTAAA
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATA-TT-TTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* ** * * *
42179 TGTCTATCTTGTGAAATATGAAG-AAAAGGCATTCATAGGTAA
129 TGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAA
* * * *
42221 TAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA-TCGCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATCGTTTTAT
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * * *
42285 AAACTAATAGTTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTCACATTTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGA
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTT-ACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
* * * *
42348 ATGTGTACCTTGAG-AACATAAAGCAAAAGGCATTCATTGGCAA
128 ATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAA
* * *
42391 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCTCTTTACATAGTTTTAT
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * * * *
42455 AATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAT-TGTTTTACATTTTTAGTTAAAAGAAAATGTAATTGAA
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* ** *
42519 TGTCTGCCTTAAGAAATGTGAAGAAAAA-GCTATTTATTGAG-AA
129 TGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGC-ATTCATTG-GCAA
* * *
42562 GAAATGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAAGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* * * * * * *
42627 ATCTCATTATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA-AGGCTATAATTGAATG
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * * * * * *
42691 TTTGCCTT-AGAGAACGTGAGGATAAAGCCATCCATTGACAT
131 TCTACCTTAAGA-AACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAA
* ** ** *** ** *
42732 GAAAAATCCATTTATAGTCACTGAAGCCTAGGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* *
42797 AGCTAATAATTGATTTTAA
66 ATCTCATAATTGATTTTAA
42816 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1050, Mismatches: 188, Indels: 71
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
164 4 0.00
165 4 0.00
166 126 0.12
168 5 0.00
169 26 0.02
170 380 0.36
171 462 0.44
172 42 0.04
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
TCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAA
Found at i:42384 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 41445--43525 Score: 1356
Period size: 341 Copynumber: 6.0 Consensus size: 337
41435 TAAACTAATG
* * * * ** ** *
41445 ATTGTTTTTAAGTTGAACATTTTTACATTTTTTGTTAAAACATACTAGAATTAAACATCTACCTC
1 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA-TTTAATTAAATGTCTACCTT
* ** * * * * * *
41510 AAGAAACATGAAGAAAAACACATTCCTTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAATCACCCATACCTTCA
64 AAGAAATATGAAG-AAAAGGCATTCATAGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * * * *
41575 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTT
128 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * ** *
41640 ACATTTTTAATTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTCAAGCAACATGAAGGAAAAA-GCAT
193 ACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AACAT-AAAGAAAAAGGCAT
* * *
41704 TCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATATCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
256 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-TCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAA
* *
41769 CAGTTTTATAATGTCATA
320 TAGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
41787 ATTGATTTTACGTTGAA-TTTTT---TTTTTAGTCAAAATAGATTATAATTAAATATCTACCTCA
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATT-TAATTAAATGTCTACCTTA
* * * * * *
41848 AGAAACATAAAGAAAAGGATATTCATTA-ATGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTACA
65 AGAAATATGAAGAAAAGG-CATTCA-TAGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * * * *
41912 AAAGACTTATTACTCGCTGTAAAAGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTT
128 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* *
41977 AC-TTTTTTGGTT-AAACAGA-TAATAATTGAATGTCTATCTTGAGAA-ATATCAAGAAAAAGGC
193 ACATTTTTT-ATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAACATA--AAGAAAAAGGC
* * *
42038 ATTCATTGGCAGGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTGCTCATTTTA
254 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTA
*
42103 AATAGTTTTATAATCTCAAA
318 AATAGTTTTATAATCTCATA
* * * *
42123 ATTGATTTTAAGTTCAAATTTATTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTTTAACTAAATGTCTATCT
1 ATTGATTTTAAGTT-GAATTT-TTTACATTTTTAGTTAAAACAGA-TTTAATTAAATGTCTACCT
** * *
42188 TGTGAAATATGAAGAAAAGGCATTCATAGGTAATAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA-TCGCTTC
63 TAAGAAATATGAAGAAAAGGCATTCATAGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC-CTTC
* ** * *
42252 AAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATCGTTTTATAAACTAATAGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
127 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * *
42317 CACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTGTACCTTGAGAACATAAAGCAAAAGGCATT
192 TACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAACATAAAGAAAAAGGCATT
* *
42382 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTC-AAAGCCTTATTACTC-TCTTTAC
257 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-C-TTCAAAAGCCTTATTACTCAT-TTTAA
42445 ATAGTTTTATAATCTCATA
319 ATAGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
42464 ATTGATTTGAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAAGAAAATGTAATTGAATGTCTGCCTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAA-CAGATTTAATTAAATGTCTACCTT
* * * * * *
42529 AAGAAATGTGAAGAAAAAGCTATTTATTGAG-AAGAAATGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTC
64 AAGAAATATGAAGAAAAGGC-ATTCATAG-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * *
42593 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAATTAAATTTTTT
127 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* ** * * * * * * * *
42658 TATATTTTTGGTTAAAA-AGGCTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAGAACGTGAGGATAAAGCCAT
192 TACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAACATAAAGAAAAAGGCAT
* * * * ** ** * ***
42722 CCATTGACATGAAAAATCCATTTATAGTCACTGAAGCCT-AGGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
256 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTCA--AAAGCCTTATTACTCATTTTAA
* * *
42786 ATGGTTTTATAAGCTAATA
319 ATAGTTTTATAATCTCATA
* *
42805 ATTGATTTTAANNNNNNNNNNNNNTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTTACA
1 ATTG------A-------------TTT-TAA----GT--TGAA---T---TT-------TTTACA
* * * ** * *
42870 TTTTTGGTTAAAACAGAGTGTAATTGAATGTCTATATT-GGAAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCA
27 TTTTTAGTTAAAACAGA-TTTAATTAAATGTCTACCTTAAG-AAATATGAAG-AAAAGGCATTCA
* * * * ****
42934 TTA-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-TCTCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTGTNNNN
89 -TAGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAA
****** * * * * * **
42997 NNNNNNATAATCTCATAATTGATTTTAACTTCAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACTGGTTAT
152 GGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTAT
** * * *
43062 AATTGAATGTCTATATTG-GCAA-ATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTT
217 AATTGAATGTCTACCTTGAG-AACA--TAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* *********** *
43125 ATAGTCACTCATCTCTTCAAAAGCCTTACNNNNNNNNNNAAATGGTTTTATAATCTCATA
279 ATAGTCACCCAT-TCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * *
43185 ATTGATTTTAACTTCAATTGTTTTACATTTTTTTA-TTAAAACTTGCTATAATTGAATGTCTATC
1 ATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACA--TTTTTAGTTAAAAC-AGATTTAATTAAATGTCTACC
** * * * *
43249 TTGGGAAACGT-TTAA-AAAAGGCCATTCATTAGG-GAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTC
62 TTAAGAAA--TATGAAGAAAAGG-CATTCA-TAGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* * * * * * * *
43311 TTTCAAAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATACTCTCATAACTGATTTTAAGTTGATTT
123 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATT
**********
43376 TTTTTACATTTTTNNNNNNNNNNGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA-ATGTGAAA-AAAA
188 TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAACA--T-AAAGAAAA
* * *
43439 AAGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-T
250 AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCAT
43503 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
314 -TTTAAATAGTTTTATAATCTCA
43526 A
Statistics
Matches: 1369, Mismatches: 271, Indels: 197
0.75 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
333 1 0.00
334 2 0.00
335 11 0.01
336 124 0.09
337 139 0.10
338 3 0.00
339 4 0.00
340 85 0.06
341 371 0.27
342 112 0.08
343 223 0.16
344 17 0.01
345 1 0.00
347 1 0.00
348 1 0.00
349 1 0.00
351 1 0.00
354 3 0.00
356 1 0.00
360 6 0.00
361 5 0.00
365 1 0.00
367 3 0.00
370 1 0.00
372 1 0.00
373 1 0.00
374 1 0.00
378 7 0.01
379 143 0.10
380 96 0.07
381 2 0.00
382 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (337 bp):
ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTTAATTAAATGTCTACCTTAA
GAAATATGAAGAAAAGGCATTCATAGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA
TTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAACATAAAGAAAAAGGCATTCATT
GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTT
TATAATCTCATA
Found at i:43119 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 42829--43525 Score: 619
Period size: 171 Copynumber: 4.1 Consensus size: 170
42819 NNNNNNNNNN
* * * * * ** * *
42829 TTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAGTGTAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTCAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACTG-GTATAAT
42894 TGAATGTCTATATTGGAAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
65 TGAATGTCTATATTGGAAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
*******
42959 CACTCATCTCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTGTNNNNNNN
130 CACTCATCTCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTGTAAATGGT
***
43000 NNNATAATCTCATAATTGATTTTAACTTCAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACTGGTTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTCAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACTGG-TATAAT
* *
43065 TGAATGTCTATATTGGCAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGT
65 TGAATGTCTATATTGGAAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
**********
43130 CACTCATCTCTTCAAAAGCCTTACNNNNNNNNNNAAATGGT
130 CACTCATCTCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTGTAAATGGT
* * *
43171 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTCAATTGTTTTACATTTTTTTATTAAAACTTGCTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTCAATTTTTTTACA-TTTTTCATTAAAAC-TGGTATAA
* * * ** **
43236 TTGAATGTCTATCTTGGGAAACGTTTA-AAAAAGGCCATTCATTAGGGAGAAAAGTCCATTTATA
64 TTGAATGTCTATATTGGAAAATGTGAAGAAAAAGG-CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * *
43300 GTCTCTCAT-TCTTTCAAAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAAAGGT
128 GTCACTCATCTC-TTCAAAAGCCTTACTACTCACTGTAAATGGT
* * * * * ********** *
43343 TTTATACTCTCATAACTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTNNNNNNNNNNGACTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTCAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACTG-GTATAAT
** * * * *
43408 TGAATGTCTACCTT-GAGAAATGTGAAAAAAAAAGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAG
65 TGAATGTCTATATTGGA-AAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * * *
43472 CCACCCAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGT
129 TCACTCATCT-CTTCAAAAGCCTTACTACTCACTGTAAATGGT
43514 TTTATAATCTCA
1 TTTATAATCTCA
43526 A
Statistics
Matches: 426, Mismatches: 91, Indels: 18
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.01
171 286 0.67
172 135 0.32
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTCAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACTGGTATAATT
GAATGTCTATATTGGAAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
ACTCATCTCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTGTAAATGGT
Found at i:43324 original size:172 final size:161
Alignment explanation
Indices: 43003--43324 Score: 396
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
42993 NNNNNNNNNN
* *
43003 ATAATCTCATAATTGATTTTAACTTCAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACTGGTTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAACTTCAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACTGGCTATAATTGA
*
43068 ATGTCTATATTGGCAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC
66 ATGTCTATATTGGCAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC
43133 TCATCTCTTCAAAAGCCTTACNNNNNNNNNNAAATGGTTTT
131 TCATCTCTTCAAAAGCCTTAC----------AAATGGTTTT
* *
43174 ATAATCTCATAATTGATTTTAACTTCAATTGTTTTACATTTTTTTATTAAAACTTGCTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAACTTCAATTGTTTTACA-TTTTTCATTAAAACTGGCTATAATTG
* * ** ** *
43239 AATGTCTATCTTGGGAAACGTTTA-AAAAAGGCCATTCATTAGGGAGAAAAGTCCATTTATAGTC
65 AATGTCTATATTGGCAAACGTGAAGAAAAAGG-CATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTC
*
43303 TCTCAT-TCTTTCAAAAGCCTTA
129 ACTCATCTC-TTCAAAAGCCTTA
43325 GTACTCGCTT
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 13, Indels: 5
0.88 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
171 46 0.34
172 89 0.66
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (161 bp):
ATAATCTCATAATTGATTTTAACTTCAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACTGGCTATAATTGA
ATGTCTATATTGGCAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC
TCATCTCTTCAAAAGCCTTACAAATGGTTTT
Done.