Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398212.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1516.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 24026
ACGTcount: A:0.27, C:0.10, G:0.09, T:0.28
Warning! 6173 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:872 original size:170 final size:160
Alignment explanation
Indices: 695--1011 Score: 327
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
685 TATAATCTCA
* * *
695 TAATTGATTTTAAGTTGAAA-TTTTTTATATTTTTGGAT-AAAATAGAGAATAATTGAATGTCTA
1 TAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTT-GATCAAAACAGAAAATAATTGAATGTCTA
* * * *
758 CTTTGAGAAACATGAAG-AAAGTCCATTC-GTTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACCCATTC
64 CCTTGAGAAACATGAAGAAAAG-CCATTCAG-TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
*
821 CTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATTGTTT
127 CTTCAAAAGCGTTATTACTCACTTTAAATTGTTT
855 TNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATCAAAACAGAAAATAATTG
1 T----------AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATCAAAACAGAAAATAATTG
* * * **
920 AATGTTTTCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGGATTCAGTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
56 AATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCAGTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * *
985 CCTATTTCTTCAGAAGCGTTATTACTC
120 CCCATTCCTTCAAAAGCGTTATTACTC
1012 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 16, Indels: 19
0.78 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.01
169 6 0.05
170 64 0.51
171 50 0.40
172 5 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (160 bp):
TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATCAAAACAGAAAATAATTGAATGTCTACC
TTGAGAAACATGAAGAAAAGCCATTCAGTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
AAAAGCGTTATTACTCACTTTAAATTGTTT
Found at i:3853 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 3829--3869 Score: 73
Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19
3819 TAAAGCGATG
3829 AATGCCTTTCTTGCTGATA
1 AATGCCTTTCTTGCTGATA
*
3848 AATGCCTTTCTTGTTGATA
1 AATGCCTTTCTTGCTGATA
3867 AAT
1 AAT
3870 CTATTTTTCT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 21 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.17, G:0.15, T:0.44
Consensus pattern (19 bp):
AATGCCTTTCTTGCTGATA
Found at i:6810 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6388--7422 Score: 1117
Period size: 171 Copynumber: 6.1 Consensus size: 171
6378 TAAAGCTAAC
* * * *
6388 ATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTT-TTACTCGCTTTAAATTGTTTCATAGTCTCATAATTGA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *
6452 TTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTTGATAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAA
66 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA
* * *
6517 ACATGAAGAAAAACG-CATTTATTCGCAAGAAAAGTCTA-TT
131 ACATGAAGAAAAA-GACATTCATTCGAAAGAAAAGTCCATTT
* * * ** *
6557 ATGGTTACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGCTTTATAATCTCATAATTCA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGA
* *
6622 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAA
66 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA
* * *
6687 ATATGAAGAAAAAGATATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTT
131 ACATGAAGAAAAAGACATTCATTCGAAAGAAAAGTCCATTT
* ** *
6728 ATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATGGCTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTAA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *
6793 TTTTGAGATGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAA-TGAACTATAATTGAATGTCTACCTTGTG-
66 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG-ACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
* * *
6855 AACTATGTAGAAAAAGGCATTCATT-GCCAAGAAAAGTCCATTT
130 AAC-ATGAAGAAAAAGACATTCATTCG-AAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * *
6898 ATAGTCACTCATTCCTTCACAAGGCTTATTACTCGCTTGAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * * *
6963 TTTTGAACTAT-AATTTTTTTATATTTTTGGATAAACCAGACAATAATTGAATGCCCACCTTGAG
66 TTTT-AAGT-TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * *
7027 AAACATGAAGAAAAATACATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTT
129 AAACATGAAGAAAAAGACATTCATTCGAAAGAAAAGTCCATTT
* *
7070 ATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTG
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAATTG
* ** * * * *
7134 ATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATTCAAATAGACTATAATTGAATG-CTTCCCTTAAG
65 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTGAG
* * * * * *
7198 AAACAT-ATTGAAAAAGCCATTTATT-AAGAAGAAAATTCTATTT
129 AAACATGA-AGAAAAAGACATTCATTCGA-AAGAAAAGTCCATTT
* * * * * *
7241 ATAGTCACCCGTTTCTTCAAAAGCCTTATCACTTGCTTTCAATTGTTTTATAATCTCATAATTGA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * ** *
7306 TTTCAAGCT-AAGCTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATCAAATGTCGACCTTGAGA
66 TTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
* * *
7370 AACATAAAGCAAAAGGCATTCA-TCGACAAGAAAAGTCCATTT
130 AACATGAAGAAAAAGACATTCATTCGA-AAGAAAAGTCCATTT
7412 ATAGTCACCCA
1 ATAGTCACCCA
7423 AGCCTTATTA
Statistics
Matches: 719, Mismatches: 125, Indels: 42
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 27 0.04
170 248 0.34
171 315 0.44
172 124 0.17
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA
ACATGAAGAAAAAGACATTCATTCGAAAGAAAAGTCCATTT
Found at i:11357 original size:168 final size:167
Alignment explanation
Indices: 11131--12115 Score: 600
Period size: 169 Copynumber: 5.8 Consensus size: 167
11121 NNNNNNNNAG
* * * * *
11131 TCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGGTGTATAA-ACTCATAATTGATTT
1 TCACC-ATTCCTTTAAAAGCCTTATT-CTCACTTTAAATTGTTTTATAATA-TCATAATTGATTT
* *
11195 TAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTCATTAAACAGACTATAATTTAATGCTTACATAGAGAAACAT
63 TAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGATTAAACAGACTATAATTGAATGCTTACATAGAGAAACAT
* * *
11260 GTAGAAAAAGTAATTCATT-A-AAAAAAAGTCTATTTATAA
127 GTAGAAAAAGGAATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATCA
* *********
11299 TCACTCATTCCTTCAAAAGNNNNNNNNNNCACTTTAAATTGTTTTATAATATCATAATTGATTTT
1 TCAC-CATTCCTTTAAAAG-CCTTATTCTCACTTTAAATTGTTTTATAATATCATAATTGATTTT
* * * * *
11364 CAA-TTGAATTTTTTATGTTTTTGATTAAAACAAACAATAATTGAATG-TCTACCTTGAGAAACA
64 -AAGTTGAATTTTTTATATTTTTGATT-AAACAGACTATAATTGAATGCT-TACATAGAGAAACA
* * * *
11427 TG-AGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATCG
126 TGTAGAAAAAGGAATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATCA
* * * *
11468 TCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTCTCGCTTTAAATTGTTTTGTAATATCAAAATTGATTTTG
1 TCA-CCATTCCTTTAAAAGCCTTATTCTCACTTTAAATTGTTTTATAATATCATAATTGATTTTA
* * *
11533 AGTTGAATATTTTTATATTTTTGGTTAAAAAGACTATAATTGAATGCTTGCCATA-AGAAACATG
65 AGTTGAAT-TTTTTATATTTTTGATTAAACAGACTATAATTGAATGCTT-ACATAGAGAAACATG
*
11597 TA-AAAAAGGACATTCATTGAGAAGAAAACTCTATTTATCA
128 TAGAAAAAGGA-ATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATCA
* * * * **********
11637 TCACCTATTCCTTTAAAAGCTTTATTGCTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTTANNNNNNNNNNT
1 TCACC-ATTCCTTTAAAAGCCTTATT-CTCACTTTAAATTGTTTTATAATATCATAATTGATTTT
* ** * * *
11702 AAGTTGAATTTTTTTTACATATTTTG-TTAAAACAGGTTATAATTGAATG-TCTACCTCGTGAAA
64 AAGTTGAA--TTTTTTATAT-TTTTGATT-AAACAGACTATAATTGAATGCT-TACATAGAGAAA
** * * * * **
11765 CATAAAGAAAAATGTATTCATTTG-CAAGAAAAGTCCA-TTATGG
124 CATGTAGAAAAAGGAATTCA-TTGAGAAGAAAAGTCTATTTATCA
* * ********* * * * * *
11808 TTACCCATTCCTTCANNNNNNNNNNTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
1 TCA-CCATTCCTTTA-AAAGCCTTATTCTCACTTTAAATTGTTTTATAATATCATAATTGATTTT
* * * * * * * *
11873 AACTTGAATGTTTTTATATTTTTGATAAAACACACTATAATTGAATGCTTGCCTCGAAAAACATA
64 AAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTGATTAAACAGACTATAATTGAATGCTTACATAGAGAAACATG
** * * *
11938 TAGAAAAAGTTATTCATTGAGAAGAAAA-TACCACTCAT-A
128 TAGAAAAAGGAATTCATTGAGAAGAAAAGT-CTATTTATCA
* * * * * *
11977 GTCACCCATTCCTTCAAAAACCTT-TTACTCGCTTTAAATTATTTCATAATCTCATAATTGATTT
1 -TCA-CCATTCCTTTAAAAGCCTTATT-CTCACTTTAAATTGTTTTATAATATCATAATTGATTT
* * * * *
12041 TAAATT-AATTTTTTTTATATTTTTTAATAAAACAAACTATAATTGAATG-TCTACATTGAGAAA
63 TAAGTTGAA--TTTTTTATA-TTTTTGATTAAACAGACTATAATTGAATGCT-TACATAGAGAAA
* *
12104 TATGAAGAAAAA
124 CATGTAGAAAAA
12116 CGTATACATT
Statistics
Matches: 630, Mismatches: 148, Indels: 76
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 31 0.05
168 168 0.27
169 207 0.33
170 105 0.17
171 60 0.10
172 50 0.08
173 9 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (167 bp):
TCACCATTCCTTTAAAAGCCTTATTCTCACTTTAAATTGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAA
GTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAACAGACTATAATTGAATGCTTACATAGAGAAACATGTAG
AAAAAGGAATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATCA
Found at i:12958 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 12462--13860 Score: 600
Period size: 171 Copynumber: 8.2 Consensus size: 169
12452 NNNNNNNNNN
* * * *
12462 TTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTGTCATTAAAAC
1 TTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAA
* * * ** ** **
12527 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTACTAAATGTGAAGAAAAAAATATTCATTGACAAGAAAAGTA
66 AGACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTA
* * *
12592 CATTTATTGTCACCTATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGG
130 CATTTATAGTCACCTATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
** **********
12633 TTTAAAAGGTTNNNNNNNNNNATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAA
1 TTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAA
* * * * ** * *
12698 TGTCTATAATTGAATGCTTGCCTCAAGAAACATGTTGAAAAAGACATTCATTGAGAAGAAAAGTC
66 AGACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGACAAGAAAAGTA
**********
12763 CATTTATANNNNNNNNNNCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
130 CATTTATAGTCACCTATTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
12803 TTTAAATTATTTTATAATCTGATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGA-TAAAA
1 TTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-CATTAAAA
* *
12867 AAGACAATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTT
65 AAGACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTA
* *
12932 CTTTTATAGTCATCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
130 CATTTATAGTCACCTATTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGC
*************************************** *
12973 TTT---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTACATTTTTCATTAAAAT
1 TTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAA
** * * * * * *
13035 AGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGCTATTTACTAAGAAGAAAAGT-
66 AGACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGC-ATTCATTGACAAGAAAAGTA
* * *
13099 CTATCTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
130 C-ATTTATAGTCACCTATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
13141 TTTCAATTGTTTCATAATGTCATAATTGATTTTAAGCT-AAGTTTTTTTACATTTTT-AGTTAAA
1 TTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTCA-TTAAA
* * * ** ** * * *
13204 ACAA-ACTATAATCGAATGTCGACCTTGAGAAATGTG-AGAAAAAAGGCATTCATCGATAAAAAA
64 A-AAGACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAA-GCATTCATTGACAAGAAA
* * * * *******
13267 AGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATNNNNNNN
126 AGTACATTTATAGTCACCTATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
*** * * * * *
13312 NNNAGATGGTTTTATGAA-CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAA
1 TTTAAATTGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAA
* * * * *
13376 CAGA-TAATATTTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGTAA-AAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAA
65 AAGACT-ATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAACATG-AAGAAAAAG-CATTCATTGACAAGAAAA
** * * * **
13439 GTTTATTTATAGCCACTTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTAAC
127 GTACATTTATAGTCACCTATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * ********** ** *
13483 TTTAAATTATTTTATAATTTCATAATTGATTTTANNNNNNNNNNTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
1 TTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAA
* * * * * * *
13548 AGATTATAATTGAACGTCTA-CT-ATGAGAAACGTAAAGAAAAATGTATTCATTGATAAGAAAAG
66 AGACTATAATTGAATGCCTACCTCA--AGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGACAAGAAAAG
* * * * * *
13611 TCCTTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTTGT
128 TACATTTATAGTCACCTATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
13654 TTTAAATTGATTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAT
1 TTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAA
********** * * * * *
13719 AGACTATAATTGNNNNNNNNNNNT-AAGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTTATTAAGAAGAAAAGT
66 AGACTATAATTG-AATGCCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGACAAGAAAAGT
* * * *
13783 -CTATTTATAGTCATCAATTCCTTCAAAAACTTTATTACTCGC
129 AC-ATTTATAGTCACCTATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* *
13825 TCT-CATATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
1 TTTAAAT-TGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
13861 CTAANNNNNN
Statistics
Matches: 881, Mismatches: 312, Indels: 70
0.70 0.25 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 56 0.06
168 51 0.06
169 29 0.03
170 149 0.17
171 581 0.66
172 11 0.01
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAA
AGACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTAC
ATTTATAGTCACCTATTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
Found at i:13438 original size:342 final size:332
Alignment explanation
Indices: 13015--13864 Score: 708
Period size: 342 Copynumber: 2.5 Consensus size: 332
13005 NNNNNNNNNN
* * * * *
13015 TTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGCT
1 TTTACATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGTAAAAAAAGCC
* * * ** *
13080 ATTTACTAAGAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTC
66 ATTCACTAAGAAGAAAAGTCTATCTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTA
*
13145 AATTGTTTCATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTAAGTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAAC
131 AATTATTTCATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTAAGTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAAC
* * *
13210 TATAATCGAATGTCGACCT-TGAGAAATGT-GAGAAAAAAGGCATTCATCGATAAAAAAAGTCCA
196 TATAATCGAACGTCGA-CTATGAGAAACGTAAAG-AAAAAGGCATTCATCGATAAAAAAAGTCCA
* *
13273 TTTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATNNNNNNNNNNAGATGGTTTTATGAACTCATAAT
259 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT----------AGATGGTTTTATGAACTCATAAT
13338 TGATTTTAAGTTAAATTTT
314 TGATTTTAAGTTAAATTTT
* *
13357 TTTATATTTTTAATTAAAACAGA-TAATATTTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGTAAAAAAAGC
1 TTTACATTTTTAATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGTAAAAAAAGC
* * * * ** *
13421 CATTCATTGAGAAGAAAAGTTTATTTATAGCCACTTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTAACTTT
65 CATTCACTAAGAAGAAAAGTCTATCTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTT
* * ********** * *
13486 AAATTATTTTATAATTTCATAATTGATTTTANNNNNNNNNNTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
130 AAATTATTTCATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTAAGTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAA
* * * * * * * *
13551 TTATAATTGAACGTCTACTATGAGAAACGTAAAGAAAAATGTATTCATTGATAAGAAAAGTCCTT
195 CTATAATCGAACGTCGACTATGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATCGATAAAAAAAGTCCAT
* *
13616 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAG-TTGTTTTAAATTGATTTATAATCTCAAAAT
260 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA-TAGATGGTTTT--A-TG------AA-CTCATAAT
13680 TGATTTTAAG-TAGAATTTT
314 TGATTTTAAGTTA-AATTTT
* * ********** *
13699 TTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGNNNNNNNNNNNT-AAGAAACGTGTAGAAAAAGC
1 TTTACATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTG-AATGTCTACCTCAAGAAACGTGTAAAAAAAGC
* * * * * * * * **
13763 CATTTATTAAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCAATTCCTTCAAAAACTTTATTACTCGCTCT
65 CATTCACTAAGAAGAAAAGTCTATCTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACT-T
* * *
13828 CATATGT-TTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAA
129 TAAAT-TATTTCATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTAA
13865 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 403, Mismatches: 86, Indels: 38
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
332 6 0.01
333 2 0.00
334 1 0.00
335 2 0.00
341 7 0.02
342 372 0.92
343 12 0.03
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (332 bp):
TTTACATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGTAAAAAAAGCC
ATTCACTAAGAAGAAAAGTCTATCTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTA
AATTATTTCATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTAAGTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAAC
TATAATCGAACGTCGACTATGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATCGATAAAAAAAGTCCATT
TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATAGATGGTTTTATGAACTCATAATTGATTTTAAGTT
AAATTTT
Found at i:14326 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 13965--14456 Score: 453
Period size: 170 Copynumber: 2.9 Consensus size: 169
13955 NNNNNNNNNN
* * * *
13965 TATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGA-TAAAAAAGACAATAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGATAAATTTTTTTACATTTTT--ATTAAAAAAGACTATAATT
* * *
14029 GAATGCTTACCTCAAGAAACCTGAAGAAAAAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTTCTTTTATAGTCA
64 AAATGCTTACCTCAAGAAACCTGAAGAAAAAGCATTCACTAAGAAGAAAAGTTCTTTTATAGTCA
* * * **********
14094 TCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTNNNNNNNNNN
129 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTATCAATTGTT
*
14135 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGATAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGATAAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAAAAGACTATAATTA
** * *
14200 AATGCTTACCTCAAGAAATGTGTAGAAAAAGCTATTTACTAAGAAGAAAAG-TCTATTTATAGTC
65 AATGCTTACCTCAAGAAACCTGAAGAAAAAGC-ATTCACTAAGAAGAAAAGTTCT-TTTATAGTC
* *
14264 ACCCGTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTT-TCAATTGTT
128 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTATCAATTGTT
* * *
14305 TCATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAGTTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAA-ACTATAAT
1 T-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGATAAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAA-AAGACTATAAT
** * * * * *
14369 CGAATG-TCGACCTCGAGAAACATG-AGAAAAAGGCATTCATCGATAA-AA-AAAA-TCCATTTA
63 TAAATGCT-TACCTCAAGAAACCTGAAGAAAAA-GCATTCA-C--TAAGAAGAAAAGTTCTTTTA
* *
14429 TAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTAT
123 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
14457 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 267, Mismatches: 43, Indels: 24
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 131 0.49
171 129 0.48
172 3 0.01
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGATAAATTTTTTTACATTTTTATTAAAAAAGACTATAATTAA
ATGCTTACCTCAAGAAACCTGAAGAAAAAGCATTCACTAAGAAGAAAAGTTCTTTTATAGTCACC
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTATCAATTGTT
Found at i:15611 original size:150 final size:151
Alignment explanation
Indices: 15400--15705 Score: 393
Period size: 150 Copynumber: 2.0 Consensus size: 151
15390 CCTTGGCAAG
* * * * *
15400 AAAAGTCCCTTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATTATTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATACTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTCTAAATTATTTTAT-A
* * *
15465 TCAT-ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTT-TTAAAACGGGCTATAATTGAATG
65 TCATCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAACAGGCTATAATTGAATG
* *
15528 CGTGCCTC-AAGAAAGGTGTAGA
130 CGTACCTCGAA-AAACGTGTAGA
* * * *
15550 AAAAGTCCATTTATACTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTCTCAATTGTTTTATAT
1 AAAAGTCCATTTATACTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTCTAAATTATTTTATAT
** * * *
15615 TTTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAACAGTCTATAATTGAATGT
66 CATCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAACAGGCTATAATTGAATGC
*
15680 TTACCTCGAAAAACGTGTAGA
131 GTACCTCGAAAAACGTGTAGA
15701 AAAAG
1 AAAAG
15706 ACAATCATTA
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 20, Indels: 5
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
149 3 0.02
150 87 0.65
151 41 0.31
152 2 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (151 bp):
AAAAGTCCATTTATACTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTCTAAATTATTTTATAT
CATCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAACAGGCTATAATTGAATGC
GTACCTCGAAAAACGTGTAGA
Found at i:19528 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 18976--19546 Score: 555
Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 169
18966 NNNNNNNNNN
* *
18976 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATGAA-CTCATAATTATTTTTAAGT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTAT-AATCTCATAATTAATTTTAAGT
* * * * * *
19040 TAAATTTATTACATTATTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGC-CGACCTCGAGAGACATAAAG
65 TAAATTTTTTACATT-TTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATACTCTACCTTGAGAAACATGAAG
* * *
19104 AAAAAACACAATT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
129 --AAAA-GCAATTCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACC
********** * ***
19147 CANNNNNNNNNNAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACCGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT
* * * * *
19212 TAATTTTTTACATTTTTCGTTAAAATAAACTGTAATTGAATACT-TGCCTTGAGAAACATGTAA-
66 AAATTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATACTCTACCTTGAGAAACATG-AAG
* * * *
19275 AAAAGCCACTCATTGAGAA-AAAAAGTCTATTTATAGTCACC
129 AAAAGCAATTCATTGACAAGAAAAA-TCCATTTATAGTCACC
* *
19316 CATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTGAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT
* *
19381 AAACTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAAT-CTCTACCTT-AGAAAACATGAA
66 AAA-TTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATACTCTACCTTGAG-AAACATGAA
** * *
19444 GTAAAAGGTATTCAATGCCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACC
128 G-AAAAGCAATTCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACC
* * * * *
19487 CATTCCTACAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT
19547 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 317, Mismatches: 71, Indels: 24
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.02
169 83 0.26
170 49 0.15
171 171 0.54
172 7 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT
AAATTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATACTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA
AAGCAATTCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACC
Found at i:23335 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 23142--23709 Score: 523
Period size: 170 Copynumber: 3.3 Consensus size: 170
23132 ATTTTTCTTT
* * * *
23142 ACGTTTCTCGAAGTAAACATTTAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAACTTAGCTT
1 ACGTTTCTCGAGGCACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAACTTA-CTT
* * *
23207 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACAACTGAGAGCGGGAAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
65 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTGAGAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
*
23272 CTATAAATAGAATTTTCTTCTTAATAAATGACTTTTTTTAC
130 CTATAAATAGACTTTTCTTCTTAATAAATGACTTTTTTTAC
* * * * * * *
23313 ACATTTTTTGAGGCACACATTTAATTATAGACTGTTTTAA-AAAAAATGTAAAAAAATTTTACTT
1 ACGTTTCTCGAGGCACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAA-CTTACTT
********** * * * *
23377 AAAATCAATTATGANNNNNNNNNNCAATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGA
65 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTGAGAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* ** * * *
23442 GTATAAAGGGACTTTTATTGTTAATGAATG-CATTTTTCTT-C
130 CTATAAATAGACTTTTCTTCTTAATAAATGAC-TTTTT-TTAC
* * * * * * ****
23483 ATGTTTCTCGAAGTAAACATTCAATTATACTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACTTNNNNN
1 ACGTTTCTCGAGGCACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAACTT-ACTT
***** * * * *
23548 NNNNNCAATTATGAGATTATAAAATAATTGAGAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGA
65 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTGAGAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* *
23613 CTATAAATATACTTTTCTTCTTAATAAATGA-ATTTTTTAC
130 CTATAAATAGACTTTTCTTCTTAATAAATGACTTTTTTTAC
* * * *
23653 ACGTTTCTCAAGGCACGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAGTGAAAAATGTAAAAAAA
1 ACGTTTCTCGAGGCACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAA
23710 TTCAACTNNN
Statistics
Matches: 300, Mismatches: 90, Indels: 15
0.74 0.22 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 179 0.60
171 118 0.39
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
ACGTTTCTCGAGGCACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAACTTACTTA
AAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTGAGAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
TATAAATAGACTTTTCTTCTTAATAAATGACTTTTTTTAC
Done.