Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397349.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_32.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 43062
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.33
Warning! 3000 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1678 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1377--2369 Score: 805
Period size: 171 Copynumber: 5.9 Consensus size: 169
1367 AGATTATATG
* * *
1377 GCTTTCAAAAGCT-TGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATAAATGGC-TTTTACTTCAT
1 GCTTTC-AAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT-GATGGCTTTTTA-TTCAT
* * * ** * * * * *
1440 GTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTGGAATATATTTTAACCAAAAATGTAACATAA-TCGAATTTA
63 ATTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTC-AACTTA
* * *
1504 AAATCAATTATGAGATGATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATGAT
126 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAA
* * *
1548 GCTTTCTAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATAGATGGCTTTTGATTCATAT
1 GCTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT-GATGGCTTTTTATTCATAT
* * *
1613 ATCCTAAGGGAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAACAATATAAAAGAATTCAACTTAAAA
65 TTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAA-AATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * *
1678 TTAATTATGAGATTGT------A---AAA-CGAGTAATAAG
129 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAA
* * * * * * * * *
1709 GCTTTCAAAAGCATGGGT-AATCATAAATGGACTTTTGTTGCTAATGAATGGTTTTTTTTTCA-A
1 GCTTTCAAAGGTATGAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTACCAATG-ATGGCTTTTTATTCATA
* * * * * *
1772 GTTTTCTAAGGCAAAACATTCAATTATAATCTACTTTTATA-AAAAATGTGAAACAATTCAACTT
64 -TTTCCTAAGG-TAGACATTCAATTATAATCTA-TTTTA-ACAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* **
1836 TAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAA
125 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAA
*
1881 GCTTTCAAAGGCT-TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATTGATGG-TTTTTGCA-TCA
1 GCTTTCAAAGG-TATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAA-TGATGGCTTTTT--ATTCA
** * * *
1943 CGTTTCCTGAA-GCAGACATTCAATTATAATAC-ATTTTAGCCAAAAATACAAAAAAATTCAACT
62 TATTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAAT-CTATTTTA-ACAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* *
2006 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAA
124 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAA
* * * * ** * **
2052 GCCTTCAAAGGTATGCGTGACTAAAAATGAACTTTTCTTATTAATGAATGGCTTTTTCTTCGCAT
1 GCTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG-ATGGCTTTTTATTCATAT
* * *
2117 TTCC-AAGCTAGAAAATT-AACTATAATCTATTTTAACCAAAAA-AGTAAAAAAATTCAACTTAA
65 TTCCTAAGGTAG-ACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAA
* * * *
2179 AATCAATTATGAGATAATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAG
127 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAA
** * * ** * * **
2222 GCTTTTGAAGATATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTTTCAATTGATGACTTTTTCTTCATGC
1 GCTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAA-TGATGGCTTTTTATTCATAT
* * * ** *
2287 TT-CTCGAGGTAGACATTCAATTATACTCTATTTTTACAAAAA-ATGTGAAAAATTTAACTTAAA
65 TTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAA
*
2350 ATCAATTGTGAGATTATAAA
128 ATCAATTATGAGATTATAAA
2370 TAGTTTTATA
Statistics
Matches: 664, Mismatches: 115, Indels: 87
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
160 4 0.01
161 63 0.09
162 56 0.08
163 8 0.01
164 1 0.00
165 1 0.00
168 1 0.00
169 6 0.01
170 187 0.28
171 265 0.40
172 66 0.10
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
GCTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGATGGCTTTTTATTCATATT
TCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAA
Found at i:2658 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2366--3707 Score: 982
Period size: 171 Copynumber: 7.9 Consensus size: 170
2356 TGTGAGATTA
* *
2366 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTAT-TTTTAT--TGAAAATA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT-TGGTTAAAATA
** * * *
2427 TTTTATAATTGAATGTCT-ACATCT-AGAAACATGAAGAAAAAG-CTATTCATTAGTAAGAAAAG
65 GATTATAATTGAATGTCTGTC-T-TGGGAAACATGAAGCAAAAGTC-ATT-ATTAGTAAGAAAAG
* * * *
2489 TCCATTTATAGTCAACCCTA-TCTTCTAAAACTTTATTACTTGCTT
126 TCCATTTATAGTC-ACCCAAGCCTTCTAAAACCTTATTACTCGCTT
* * *
2534 TGAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATCTTTTTTATATTTTTGGTTAGAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATA
* * * * * *
2598 TATAATAATTAAATGTTTGTCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCTATTAGCAAGAAAAGTAC
65 GATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGTCAT-TATTAGTAAGAAAAGTCC
* * * * * *
2663 ATTTATAGGCACTCAAGCCTTCCAAAGCTTTATTACTTG-TGT
129 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCTAAAACCTTATTACTCGCT-T
* * * * *** * * * * *
2705 CAAATAGTTTTATAATGTCATTATTGATTTTAAAAAGAATGTTTTCATATTTTCGACTCAAAA-A
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTG-GTTAAAATA
* * *
2769 GATTATAATTGAATGTCTATCTTGGGAAACATGAAG-AAAGAGACATTTATTAGCAAGAAAAGTC
65 GATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGGAAACATGAAGCAAA-AGTCA-TTATTAGTAAGAAAAGTC
* * *
2833 CATTTATAGTCA-CCAATGCCTTCAAAAACCTTATTAATCACTT
128 CATTTATAGTCACCCAA-GCCTTCTAAAACCTTATTACTCGCTT
* * * *
2876 TAAATGCTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACT-TTTTTCGTTAAAATA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAATA
* * * * * * *
2940 AATTATATTTGAATGACTGT-TTTGGATAACATAAAG-AAAATGTCATTCATTGGTAAAAAAAGG
65 GATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGGA-AACATGAAGCAAAA-GTCATT-ATTAGTAAGAAAA-G
* *
3003 TCTATTTATAGTCACTCATA-CCTTC-AGAAACCTTATTACTCGCTT
126 TCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCTA-AAACCTTATTACTCGCTT
* * * *
3048 TAATTAGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-TCTTTTGGTTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT-TTTTGGTTAAAATA
* * * * ** * * ** *
3112 GATTATAATTAAATG-CCGATCATGAGAAATGTAAAGCAAAAGCCACCCATT-GATAAGAGAAGT
65 GATTATAATTGAATGTCTG-TCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGTCA-TTATTAG-TAAGAAAAGT
* * ***
3175 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTT-TAAAAGCTTTATTACTTATTT
127 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCTAAAA-CCTTATTACTCGCTT
* * * * *
3219 TAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTGTGGTTAAAATAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAG
* * * * * * *
3284 ATTATAATTGAATATCTATCTTGAG-AA-ATGTAA-AAAAAATCATTCATTGGTAAAAAAAGTCC
66 ATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGGAAACATG-AAGCAAAAGTCATT-ATTAGTAAGAAAAGTCC
* * *
3346 ATTTATAGTCACCCACGCC-TGTAAAAGCCTTATTACTCGTTT
129 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCTAAAA-CCTTATTACTCGCTT
* * *
3388 TAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTGTTGGTTAAAATAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAG
* * * * ** * ** *
3453 ATTATAATTGAATGTGTGCCTTAGGAGATGTGAAGCAAAAGCCATCCCTT-GGAGAGAAAAGTCC
66 ATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGTCAT-TATTAGTA-AGAAAAGTCC
* * * * * *
3517 ATTTATAGTCA-CAAATGCCTTCGAAAGCATTATTATTGGCTT
129 ATTTATAGTCACCCAA-GCCTTCTAAAACCTTATTACTCGCTT
* * ** * * *
3559 TAAATAGTTATATAATCTTGTAATTAATTTTAAGTTGAATTTTATTA-ATTTTTTGTTAAAAT-G
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAG
* ** * * * * * * * *
3622 TATTATAATTGAACGTCTACCTAGAGAAACATTAAGTAAAA-TCCATCCATTGGCAAGAAATGTC
66 -ATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGT-CAT-TATTAGTAAGAAAAGTC
* *
3686 CATTTATAGTCACTCAGGCCTT
128 CATTTATAGTCACCCAAGCCTT
3708 TGAAATTCAA
Statistics
Matches: 931, Mismatches: 191, Indels: 102
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 29 0.03
169 151 0.16
170 119 0.13
171 483 0.52
172 139 0.15
173 9 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAG
ATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGTCATTATTAGTAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCACCCAAGCCTTCTAAAACCTTATTACTCGCTT
Found at i:3460 original size:340 final size:341
Alignment explanation
Indices: 2366--3707 Score: 1164
Period size: 343 Copynumber: 3.9 Consensus size: 341
2356 TGTGAGATTA
** *
2366 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTT--ATTTTTATTGAAAATAT
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTT-AAAATAG
* * * * * **
2428 TTTATAATTGAATGTCTA-CATCTAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGTAAGAAAAGTCC
65 ATTATAATTGAATGTCGATCAT-GAGAAACATGAAGCAAAAGCCACCCATTAGTAAGAAAAGTCC
* * * *
2492 ATTTATAGTCAACCCTAT--CTTCTAAAA-CTTTATTACTTGCTTTGAATGGTTTTATAATCTCA
129 ATTTATAGTC-A-CCAATGCCTTC-AAAAGCTTTATTACTTACTTTAAATGCTTTTATAATCTCA
* * * * * * * *
2554 TAATTGATTTTAAGTT-AATCTTTTTTATATTTTTGGTTAGAACATATAATAATTAAATGTTTGT
191 TAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATATCTAT
* * * * * * *
2618 CTTGGGAAACATG-AAGCAAAAGTCA-TCTATTAGCAAGAAAAGTACATTTATAGGCACTCAAGC
255 CTTGAGAAACATGTAA-AAAAAATCATTC-ATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGC
* * * *
2681 CTTCCAAAGCTTTATTACTTGTGT
318 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTT
* * * *** * * * * *
2705 CAAATAGTTTTATAATGTCATTATTGATTTTAAAAAGAATGTTTTCATATTTTCGACTCAAAA-A
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT-G-GTTAAAATA
* * * * *** *
2769 GATTATAATTGAATGTCTATCTTGGGAAACATGAAG-AAAGAGACATTTATTAGCAAGAAAAGTC
64 GATTATAATTGAATGTCGATCATGAGAAACATGAAGCAAA-AGCCACCCATTAGTAAGAAAAGTC
* * * *
2833 CATTTATAGTCACCAATGCCTTCAAAAACCTTATTAATCACTTTAAATGCTTTTATAATCTCATA
128 CATTTATAGTCACCAATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTTACTTTAAATGCTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * *
2898 ATAGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACTTTTTTCGTTAAAATAAATTATATTTGAATGA-CTGTTT
193 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAAT-ATCTATCT
* * *
2962 TG-GATAACA--TAAAGAAAATGTCATTCATTGGTAAAAAAAGGTCTATTTATAGTCACTCATA-
257 TGAGA-AACATGTAAA-AAAA-ATCATTCATTGGCAAAAAAA-GTCCATTTATAGTCACTCA-AG
*
3023 CCTTCAGAAA-CCTTATTACTCGCTT
317 CCTTCA-AAAGCCTTATTACTCGTTT
* * *
3048 TAATTAGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTC-TTTTGGTTAAAACA
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA--CATTTTGGTTAAAATA
* * ** * *
3112 GATTATAATTAAATGCCGATCATGAGAAATGTAAAGCAAAAGCCACCCATT-GATAAGAGAAGTC
64 GATTATAATTGAATGTCGATCATGAGAAACATGAAGCAAAAGCCACCCATTAG-TAAGAAAAGTC
* *
3176 CATTTATAGTCACTCAA-GCCTTTAAAAGCTTTATTACTTATTTTAAATGCTTTTATAATCTCAT
128 CATTTATAGTCAC-CAATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTTACTTTAAATGCTTTTATAATCTCAT
* *
3240 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTGTGGTTAAAATATATTATAATTGAATATCTATCT
192 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATATCTATCT
* * *
3305 TGAG-AA-ATGTAAAAAAAATCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTGT
257 TGAGAAACATGTAAAAAAAATCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT-T
3368 -AAAAGCCTTATTACTCGTTT
321 CAAAAGCCTTATTACTCGTTT
* *
3388 TAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTGTTGGTTAAAATAG
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTGGTTAAAATAG
* * * ** *
3453 ATTATAATTGAATGT-G-TGCCTTAGGAGATGTGAAGCAAAAGCCATCCC-TT-GGAGAGAAAAG
65 ATTATAATTGAATGTCGAT-CATGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCA-CCCATTAGTA-AGAAAAG
* * * * *
3514 TCCATTTATAGTCACAAATGCCTTCGAAAGCATTATTA-TTGGCTTTAAATAG-TTATATAATCT
126 TCCATTTATAGTCACCAATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTT-ACTTTAAAT-GCTTTTATAATCT
** * * * * **
3577 TGTAATTAATTTTAAGTTGAATTTTATTA-ATTTTTTGTTAAAATGTATTATAATTGAACGTCTA
189 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATATCTA
* * ** * * * *
3641 CCTAGAGAAACAT-TAAGTAAAATCCATCCATTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCAGGC
254 TCTTGAGAAACATGTAAAAAAAAT-CATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGC
3705 CTT
318 CTT
3708 TGAAATTCAA
Statistics
Matches: 817, Mismatches: 141, Indels: 89
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.00
339 73 0.09
340 230 0.28
341 79 0.10
342 178 0.22
343 239 0.29
344 16 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAATAGA
TTATAATTGAATGTCGATCATGAGAAACATGAAGCAAAAGCCACCCATTAGTAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCACCAATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTTACTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATT
GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATATCTATCTTGAG
AAACATGTAAAAAAAATCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCGTTT
Found at i:3742 original size:340 final size:336
Alignment explanation
Indices: 2823--3742 Score: 724
Period size: 340 Copynumber: 2.7 Consensus size: 336
2813 ATTTATTAGC
* * * * * * *
2823 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTCAAAAACCTTATTAATCACTTTAAATGCTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTTACTTTAAATGCTTATA
* * * * * *
2888 TAATCTCATAA-TAGATTTTAAGTTGAATTCTT-TTACTTTTTTCGTTAAAATAAATTATATTTG
66 TAATCTCATAATTA-ATTTTAAGTTAAATT-TTATTACATTTGTGGTTAAAATATATTATAATTG
* *** * ** * * * *
2951 AATGA-CTGTTTTG-GATAACATAAAGAAAATGTCATTCATTGGTAAAAAAAGGTCTATTTATAG
129 AA-CATCTACCTAGAGA-AATGTAAA-AAAA-ATCATCCATTGGCAAAAAAA-GTCCATTTATAG
* ** ** * * * *
3014 TCACTCATACCT-TCAGAAA-CCTTATTACTCGCTT-TAATTAGTTTTAAAATCTCATAATTGAT
189 TCACCCACGCCTGT-A-AAAGCCAAATTAATC-ATTATAA--AG-TTTATAACCTCATAATTGAT
3076 TTTAAGTTGAATTTTTTTATTCTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGCCGATCATGAGAAA
248 TTTAAGTTGAATTTTTTTA-TCTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGCCGATCATGAGAAA
3141 TGTAAAGCAAAAGCCACCCATTGAT
312 TGTAAAGCAAAAGCCACCCATTGAT
* * * * * *
3166 AAGAGAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCTTTATTACTTATTTTAAATGCTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTTACTTTAAATGCTTATA
* *
3231 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTGTGGTTAAAATATATTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTATTACATTTGTGGTTAAAATATATTATAATTGAA
* * * * *
3296 TATCTATCTTGAGAAATGTAAAAAAAATCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
131 CATCTACCTAGAGAAATGTAAAAAAAATCATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
** * * *
3361 CGCCTGTAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
196 CGCCTGTAAAAGCCAAATTAATCATTATAAA--G-TTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * *
3426 ATTTTTTTA-CATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATG-TG-TGCCTTAGGAGATGTGAAG
258 ATTTTTTTATC-TT-TTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGCCGAT-CATGA-GAAATGTAAAG
3488 CAAAAGCCATCCC-TTGGA-
319 CAAAAGCCA-CCCATT-GAT
* * *
3506 GAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-AAATGCCTTCGAAAGCATTATTA-TTGGCTTTAAATAG-TT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAA-GCCTTCAAAAGCATTATTACTT-ACTTTAAAT-GCTT
** * * * *
3568 ATATAATCTTGTAATTAATTTTAAGTTGAATTTTATTA-ATTTTTTGTTAAAATGTATTATAATT
63 ATATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTATTACATTTGTGGTTAAAATATATTATAATT
* ** * *
3632 GAACGTCTACCTAGAGAAACAT-TAAGTAAAATCCATCCATTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGT
128 GAACATCTACCTAGAG-AA-ATGTAAAAAAAAT-CATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * **
3696 CACTCAGGCCTTTGAAATTCAAATTAAAATCAATTATAAA-TTTATAA
190 CACCCACGCCTGTAAAAGCCAAATT--AATC-ATTATAAAGTTTATAA
3743 AATCATTTAA
Statistics
Matches: 478, Mismatches: 75, Indels: 51
0.79 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
338 3 0.01
339 50 0.10
340 214 0.45
341 72 0.15
342 7 0.01
343 123 0.26
344 9 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (336 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTTACTTTAAATGCTTATA
TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTATTACATTTGTGGTTAAAATATATTATAATTGAA
CATCTACCTAGAGAAATGTAAAAAAAATCATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
CGCCTGTAAAAGCCAAATTAATCATTATAAAGTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
TTTTTATCTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGCCGATCATGAGAAATGTAAAGCAAAAGC
CACCCATTGAT
Found at i:4103 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3710--5115 Score: 1382
Period size: 171 Copynumber: 8.3 Consensus size: 171
3700 CAGGCCTTTG
* * * * * *
3710 AAATTCAAATTAAAATCAATTAT-AAATTTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAAT-AGATCTTCCA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG-GCTTTCG
** * * * * ** *
3773 AAGGCATGCTTGACTAGAAATGGACTTTTCTTGTAAATGGGTGGCTTTCGCTTTGTGTTT-CTCG
64 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-A
* * * * * *
3837 AGGTAAATATCCAATTATCATCTATTTTAACTAAAACA-G-AAAG
128 AGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA-ATGTAAAA
* **
3880 AAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATTCTTTCGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA
* ** *
3945 GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTCAATGGATGGCTTTCACTTTATGTTTCCTAAGG
66 GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGG
* * ** *
4010 AAAACATTCAATTATAATATGTTTTTGCCAAAAATTTAAAA
131 TAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * *
4051 AAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAAGCTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * ** * *
4116 GGCTTTAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATACATGGTTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGG
66 GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGG
* * * *
4181 CAAACAATCAATTATAATCTGTTTTTACTAAAAATGTAAAA
131 TAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * *
4222 AAATTCAACTTAATATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAATGCTTTCGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * *
4287 GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGGTGGCTTTTGCTTCACGTTT-CTCATG
66 GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAG
* * * *
4351 GTCAACATTCAATTGTAATCTATTTTAACCAAAAAAGTAAAA
130 GTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
** **
4393 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATACTTTCGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * * *
4458 GGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGTATAGCTTTTACTTCACGTTTCCTAAGG
66 GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGG
* * *** * * *
4523 CAAACATTCAAGTATAATCTGTTTTTGTCAATAGTTTAAAA
131 TAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * *** * **
4564 AAATTCAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCGTTTAAATTGAGTGATAAGGCTTTTAAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * ** * * * * *
4629 GGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTGTTGGCAATTAATGGCTTTTTCTTTACGTTTTCTGAGG
66 GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGG
* * *
4694 TAGACATTAAATTAT-A--TGTTTTAACCAAAATTGT-AAA
131 TAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * *
4731 AAATTAAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * ** * * *
4796 GGC-TAGGGTGAATAAAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTACATGTGTTCC-AA
66 GGCAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT-TTCCTAA
* * * * *
4859 AGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGCAAAA
129 GGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* *
4902 AAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * ** * * * *
4967 GGCATGGGTGACTATAAATGGACATTCCTTACCAATGAAAGGCTTTTTCTTC-TCATTTCCTAAG
66 GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAT-GTTTCCTAAG
* ** * * * *
5031 GCAGTCATTCAAATATAATTTGTTTTAACAAAAAATGTATAA
130 GTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * *
5073 AAATTCAGCTAAAAATTAATTATAAGATTAT-AAACCATTTAAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
5116 TAGTTATTGA
Statistics
Matches: 1032, Mismatches: 188, Indels: 32
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 117 0.11
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169 1 0.00
170 163 0.16
171 731 0.71
172 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA
GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGG
TAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
Found at i:4954 original size:509 final size:509
Alignment explanation
Indices: 3848--5116 Score: 1498
Period size: 509 Copynumber: 2.5 Consensus size: 509
3838 GGTAAATATC
* * *
3848 CAATTATCATCTATTTTAACTAAAACAGAAAGAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAA
1 CAATTATAATCTATTTTAACTAAAA-AGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* *
3913 AACCATTTAAAGCAAGTAATAATTCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTC
65 AACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTC
* * * * * * *
3978 AATGGATGGCTTTCACTTTATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTTTGCCAAAA
130 AAT-GATAGCTTTTACTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAAATATAATATGTTTTTGACAAAA
* * * *
4043 ATTTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAAG
194 ATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAATCAAGTAATAAAG
* * * * *
4108 CTTTTGAAGGCTTTAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATACATGGTTTTTGCTTCATGTT
259 CTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTAGCAATACATGGTTTTTGCTTCACGTT
* * * * *
4173 TCCCAAGGCAAACAATCAATTATAATCTGTTTTTACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAATAT
324 TCCCAAGGCAAACAATAAATTATAA-CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAAT
* * * *
4238 CAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATA
388 CAATTACGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAATAAA
** ** * **
4303 AATGGACTTTTCTTGTCAATGGGTGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCATGGTCAACATT
453 AATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTACACGTTTCTCAAAGTCAACATT
* *
4360 CAATTGTAATCTATTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
1 CAATTATAATCTATTTTAA-CTAAAAAG-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
4425 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAATACTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGT
64 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGT
* * * *
4490 CAATGTATAGCTTTTACTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAAGTATAATCTGTTTTTGTCAAT
129 CAATG-ATAGCTTTTACTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAAATATAATATGTTTTTGACAAA
* * ** * *
4555 AGTTTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCGTTTAAATTGAGTGATAAG
193 AATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAATCAAGTAATAAA
* * * *
4620 GCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAAT-AGACTTTTGTTGGCAATTA-ATGGCTTTTT-CTTTA
258 GCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTAGCAA-TACATGG-TTTTTGCTTCA
* ** * * * *
4682 CGTTTTCTGAGGTAGACATTAAATTAT-A-TGTTTTAACCAAAATTGT-AAAAAATTAAACTTAA
320 CGTTTCCCAAGGCAAACAATAAATTATAACTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAA
* * * * *
4744 AATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TAGGGTGAA
385 AATCAATTACGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GAGTGAA
* *
4808 TAAAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTACATGTGTTC-CAAAGT-AGACATT
449 TAAAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTACACGT-TTCTCAAAGTCA-ACATT
*
4869 CAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGCAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATA
1 CAATTATAATCTATTTTAACTAAAAA-G-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
** * * * * **
4934 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACATTCCTTAC
64 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGT
* * * * ** * *
4999 CAATGAAAGGCTTTTTCTTCTCATTTCCTAAGGCAGTCATTCAAATATAATTTG-TTTTAACAAA
129 CAATGATA-GCTTTTACTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAAATATAATATGTTTTTGAC-AA
* * * *
5063 AAATGTATAAAAATTCAGCTAAAAATTAATTATAAGATTAT-AAACCATTTAAAT
192 AAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAT
5117 AGTTATTGAA
Statistics
Matches: 646, Mismatches: 99, Indels: 28
0.84 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
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514 7 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (509 bp):
CAATTATAATCTATTTTAACTAAAAAGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTCA
ATGATAGCTTTTACTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAAATATAATATGTTTTTGACAAAAAT
TTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAATCAAGTAATAAAGCT
TTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTAGCAATACATGGTTTTTGCTTCACGTTTC
CCAAGGCAAACAATAAATTATAACTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAA
TTACGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAATAAAAAT
GGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTACACGTTTCTCAAAGTCAACATT
Found at i:5690 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5250--6085 Score: 716
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 170
5240 GGAAAATGTG
* * * ** * * * *
5250 AAGAAAAAGTCATTTATTGACAAGAAAATTTTATTTATTGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * *
5315 TATTTGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT--TTTTTTTTACATTTTTAG
66 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGG
* * * ** * * * ***
5378 TTAAAATATATTATAATTGAATACCTACTTCGAGAAACGTG
131 TTAAAACA-GTTATATTTGAATGTCTGCCTCTAGAAACACA
* * * * * * ** *
5419 AAGCAAAAGTCATCCACTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTAGTCACTCAAGCCTTTAAAAACCT
1 AAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TT-TA-TAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCT
* * **
5484 TGTTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGTATTTTTTTACATTTT
63 TATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTT
*
5549 TTGTTAAAACAGTTAATATTTGAATGTCTGCCTCTAGAAACACA
128 TGGTTAAAACAGTT-ATATTTGAATGTCTGCCTCTAGAAACACA
* *
5593 AAGAAAAAG-CTATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTT
1 AAGAAAAAGTC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTA
* * *
5657 TTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT
65 TTACT-TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT
* * * ****
5721 GGTTAAAATC-GATTATATTTAAATGTCTGCCTCAAAAAATGTT
129 GGTTAAAA-CAG-TTATATTTGAATGTCTGCCTCTAGAAACACA
* * ** *
5764 AAGAAAAAATCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC--A-
1 AAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
* *
5826 TA-TTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TAATTTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTG
66 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAA-TTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTG
* * * *
5889 ATTCAAATATA-TTATAATTGAATGTCTG-CTTTAGGAAACACA
130 GTT-AAA-ACAGTTATATTTGAATGTCTGCCTCTA-GAAACACA
* * * * * * * * *
5931 GAGTAAAAGAT-ATCCACTAGCAAAAAAAGTCCAGTTACAGTTA-TTGAAGCCTTCGAAA-CCAT
1 AAGAAAAAG-TCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTT-AAGCCTTCGAAAGCC-T
* * *
5993 TATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTGTTTTACATTTT
63 TATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTT
*
6057 GGGTTAAAACAGATTATATTT-ATATGTCT
128 TGGTTAAAACAG-TTATATTTGA-ATGTCT
6086 ACCTAGGGGA
Statistics
Matches: 542, Mismatches: 97, Indels: 55
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 8 0.01
167 115 0.21
168 8 0.01
169 32 0.06
170 33 0.06
171 200 0.37
172 73 0.13
173 5 0.01
174 68 0.13
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (170 bp):
AAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGG
TTAAAACAGTTATATTTGAATGTCTGCCTCTAGAAACACA
Found at i:7668 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 6973--10246 Score: 2311
Period size: 341 Copynumber: 9.6 Consensus size: 340
6963 TTTTACTTGT
* * **
6973 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-GCTTTTTTT-TCATTTTTAGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT-ATTTTTAGTTAAAA
** * * * * * * * * **
7036 CAAATAATATTTGAATGTCAGCCTCAGGAAACATGAAG-TAAAAGTCATTCATT-GACAACTAAA
65 -TGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATATGAAGAAAAAACT-ATCCATTAG-CAAGAAAA
* * * * *
7099 GTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATTA-TTTTATAATAT
127 GTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCT
* * *
7163 CATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTCT-
191 CATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
* ** * *
7226 GCTTCTGAAAACGTGTAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGC
256 TCTTAAG-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
* * *
7291 CTTCGCAAGCCTTATTACTTGC
320 CTTCGAAAG-TTTATTACTCGC
*
7313 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTACAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTA-AAA
* * * *
7378 TGATTATAGTTGAATGTCTG-CT-AGGGAAATGTGAAGAAAAAACTATTCATT-G-ATAGAAAAA
65 TGATTATAATTGAATGTCTGCCTCA-AGAAATATGAAGAAAAAACTATCCATTAGCA-AG-AAAA
* ** * * *
7439 GTCCATTTATAGTCACTAATACCTTTGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCAC
127 GTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
* * * * * * * * *
7504 GTAATTAATTTTAAATTGAATCTTTTTATATTATTGGTTAAAATAGACTATAGTTAAATGTCTGT
192 ATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAT
** * ** * *
7569 CTTAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCTTTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCTT
257 CTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCT
* *
7634 TCCAAAGTATTATTACTCAC
322 TCGAAAGT-TTATTACTCGC
* * * *
7654 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAA-TTTTTTACATATTT-GATTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAG-TTAAAA
* * ** * * * * * * * *
7717 TATATTATAATTAAAAATCTACCTCGAGAAATGTGAAGCAAAAACTACCCATTGGCAAGGAAAGC
65 T-GATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATATGAAGAAAAAACTATCCATTAGCAAGAAAAGT
* * * * * * *
7782 CCATTTACAGTCACT-AAAGCCTTCAAATGCCTTACTACTCTCTTTAAGTAGTTTTATATTCTCA
129 CCATTTATAGTCACTCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * * *
7846 TAATTTATTTTAAGTTGGATATTTTTATATGTTTAGCTAAAACAG-GTAGTATTTGAATGT-TTT
193 TAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTA-TAATTGAATGTCTAT
** * * * * * * * *
7909 CCTTGGGAAATGTGAAGAAAAAGCTATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACC
257 -CTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC
* *
7974 TTCAAAAGCTTTATTACTTGC
321 TTCGAAAG-TTTATTACTCGC
* *
7995 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTAGATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAA-
* * * ** * * * *
8060 AGATTATATTTGAATGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCACTAGCAAGAAAAGTT
65 TGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATATGAAGAAAAAACTATCCATTAGCAAGAAAAGTC
*
8125 CATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCAT
130 CATTTATAGTCACTCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * ** * * *
8188 AATTGATTTTAAG-TCAGATTTTTCAATATTTTTGGTAAAAACATATTATAATTGAATGTCTACC
194 AATTAATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATC
* * * * * * *
8252 TTAAGAAACGTGAAGTGAAAA-TCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTACAATCAGC-CATACC
258 TTAAGAAACGTGAAG-CAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATGCC
*
8315 TTC-AACAGACTTATTACTCGC
321 TTCGAA-AG-TTTATTACTCGC
* * * *
8336 ATTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGTATATTTTTAGTTAAACT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAA--
** * * * * *
8401 AT-ATTATAATTGAATGTCTG-CTTTAGAAAATATAAAGCAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAG
64 ATGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAG-AAATATGAAGAAAAAACTATCCATTAGCAAGAAAAG
* * * * * * *
8464 TTCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTTGCATTAAATGGTTTTATAATCTC
128 TCCATTTATAGTCACTC-ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
* ** * * *
8528 ATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTTACGTTTTT--TAAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGT
192 ATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAT
** * * ** * * ***
8591 CTTGGGAAACATAAATAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTTT
257 CTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCT
* * * *
8656 TTGAAATCTTTAGTACTCTC
322 TCGAAA-GTTTATTACTCGC
* * * *
8676 TTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTGGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAT
* * * * * **
8741 AGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAAAAATGTGAAGCAAAAGGTATCCATTAG-AA-AAGAAGG
66 -GATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATATGAAGAAAAAACTATCCATTAGCAAGAA-AA-G
* ** * *
8804 TCCATTTATAGTCACTCATACTTTCAAAATTCTTATTGCTCGCTTTAAAT-GTTTTTACAATCTC
128 TCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTC
* * * * * *
8868 ATAATTAATTTTAAGTTGAA-ATTTTTACT-TTTTTGGTTAAAACAAATAATATTTCAATGT-TT
192 ATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
* * * * * * *
8930 TCCTTAAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCTAAGAAAAGCCCATTAATAATCACCCATA
256 T-CTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT-
* *
8994 G-CTTTGAAAGCTTTATTACTTGC
318 GCCTTCGAAAG-TTTATTACTCGC
* *
9017 TTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT-GAATAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAG-TTAAAA
* * * * * * * *
9081 TTTATTATAATTGAATGTCTAG-CTCAGGAAATATAAAG-CAACAGTCGTCCATTAGAAAGAAAA
65 -TGATTATAATTGAATGTCT-GCCTCAAGAAATATGAAGAAAAAACT-ATCCATTAGCAAGAAAA
* ** ** ** *
9144 GTTCATTTATAGTCACTCATGTCTTCAAAAGTATTATTGGTCGCTTTAAATTA-TTTTATATTCT
127 GTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCT
* * * * * * * * *
9208 CATAATTGATTTGAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTGGAT-AAACTATATTATAATTAAATATTT
191 CATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCT
* * ** * * * * ** *
9272 ACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGTAACCCATTGGTAAGAAAACTCCATTTATAGACGTTCAAGC
255 ATCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
* * * *
9337 ATTTGAGAGCTTTATTACTCAC
320 CTTCGAAAG-TTTATTACTCGC
* * * * * * *
9359 TTTAAAAGGTTTTATGATCTCATATTTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTAGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTT-AAA-
* * * * * ** * *
9424 ATG-TTACAATTGAATGT-TCGTCTCAAAAAACATGAAGAAAAAACCATTTATTGGCATGAAAAG
64 ATGATTATAATTGAATGTCT-GCCTCAAGAAATATGAAGAAAAAACTATCCATTAGCAAGAAAAG
* * * * * * *
9487 TCAATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTATTATAATCTTA
128 TCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * * * * *
9552 TAATTGAA-TTTATGTTAAATTTTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGATTATAACTGAATGTCTAC
193 TAATT-AATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAT
* ** * * ** * * **
9616 CTTAAGAAATGTGGTGCTAAAGCCATCTATTGGGGAG-AAAGTCTATTTATATTCACTCCGGCCT
257 CTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCT
* *
9680 TCGAAAGAATTATTACTAGC
322 TCGAAAG-TTTATTACTCGC
* * ** *
9700 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT-AGTTTTAACTTGGATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAA
* *** * * * * * *
9763 TATATTATAATTGAATGTCTATATTAAGAAACATGAAGTAAAAGCTATCCGTT-GACAAAAAAAA
65 T-GATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATATGAAGAAAAAACTATCCATTAG-C-AAGAAAA
*** ** * * *
9827 AAGCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAAT-GGTTTATAATCT
127 GTCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
** * * * * * *
9890 CAT-A--AA---TAA-TT---TTTTTAAAAAATTTTGATTAAAACATATTATATTTGAATATCT-
191 CATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
* * * * * * * * * *
9944 GC-CAAGGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAATTCTATTTATAGTCACTCATA
256 TCTTAA--GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* * * *
10008 TCTTTGAAAGCCTTATTACTCAC
319 CCTTCGAAAG-TTTATTACTCGC
* * * * * * *
10031 CTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTGTTTATATTGTTGGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAA
* * * * * * * * * * *
10096 TAAATTATATTTTAATGTCTACCTTAGGAAACATGATG-CAAAAGTCATCCATT-GAAAAGAAAA
65 T-GATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATATGAAGAAAAAACT-ATCCATTAG-CAAGAAAA
* * * * * *
10159 GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTAC-CTACTTTAAATTGTTTTATCATCT
127 GTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* *
10223 CATAATTGATTTTAAGCTGAATTT
191 CATAATTAATTTTAAGTTGAATTT
10247 NNNNNNNNNN
Statistics
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (340 bp):
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAT
GATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATATGAAGAAAAAACTATCCATTAGCAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
TTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTA
AGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGA
AAGTTTATTACTCGC
Found at i:7671 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6951--10246 Score: 2476
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6941 CACTTTAAAA
* * * *
6951 GCCTTC-AAAGCCTT-TTACTTGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTG-C
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * * *
7013 TTTTTTT-TCATTTTTAGTTAAAACAAATAATATTTGAATGTCAGCCTCAGGAAACATGAAGTAA
66 TTTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGCAA
* * ** * *
7077 AAGTCATTCATTGACAACTAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT
130 AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * * *
7119 ACCTTCAAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATTA-TTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTG-
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * ** * *
7182 ATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTG-CTTCTGAAAACGTGTAGCA
65 ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAG-AAACATGAAGCA
* *
7246 AAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
129 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * *
7289 GCCTTCGCAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * ** *
7354 TTTTTTTATATTTTTGGTTACAAAT-GATTATAGTTGAATGTCTG-C-TAGGGAAATGTGAAGAA
66 TTTTTTTATATTTTTGGTTA-AAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTA-AGAAACATGAAGCA
* * * * *
7416 AAAACTATTCATTGA-TAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAT
129 AAAGCCATCCATTGACAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * * * * * *
7459 ACCTTTGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCACGTAATTAATTTTAAATTGAA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * *
7524 TCTTTTTATATTATTGGTTAAAATAGACTATAGTTAAATGTCTGTCTTAAGAAATATGAAGCAAA
66 TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAA
* * *
7589 AGCCATCCTTTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAT
131 AGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * ** * *
7630 GCTTTCCAAAGTATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * ** * ** **
7694 ATTTTTTACATATTTGATTAAAATATATTATAATTAAAAATCTACCTCGAGAAATGTGAAGCAAA
66 TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAA
* * * * * * * * *
7759 AACTACCCATTGGCAAGGAAAGCCCATTTACAGTCACTAAA
131 AGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * * * *
7800 GCCTTC-AAATGCCTTACTACTCTCTTTAAGTAGTTTTATATTCTCATAATTTATTTTAAGTTGG
1 GCCTTCGAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * * * * ** ** *
7864 ATATTTTTATATGTTTAGCTAAAACAG-GTAGTATTTGAATGTTTTCCTTGGGAAATGTGAAGAA
65 ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTA-TAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGCA
* * * *
7928 AAAGCTATTCATT-AGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAT
129 AAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * * * *
7971 ACCTTCAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTT-AG
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-
* * * * * * *
8035 ATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAA
65 ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGCAA
* * *
8100 AAGCCATCCACT-AGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAA
130 AAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * *
8142 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TCAG
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-
** * * * * * *
8205 ATTTTTCAATATTTTTGGTAAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGTGA
65 ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAG-CA
* * * *
8270 AAA-TCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTACAATCAGC-CAT
129 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCAT
* * * * *
8312 ACCTTC-AACAGACTTATTACTCGCATTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGA
1 GCCTTCGAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * *
8376 ATTTTTGTATATTTTTAGTTAAACTATATTATAATTGAATGTCTG-CTTTAGAAAATATAAAGCA
65 ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAG-AAACATGAAGCA
* *
8440 AAAGCCATTCATT-AGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC-CTAT
129 AAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AT
* * * * * *
8483 GCCTTCGAAAGCCTTGTTACTTGCATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTGAA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
** * * ** * **
8548 TTTTTTTACGTTTTT--TAAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGGAAACATAAATAAAA
66 TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAA
* * *
8611 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
131 AGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
*** * * * * * * *
8652 TTTTTTGAAATCTTTAGTACTCTCTTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * **
8717 TTTTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAAAAATGTGAAGCAAA
66 TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAA
** * *
8782 AGGTATCCATTAGAAAAG-AAGGTCCATTTATAGTCACTCAT
131 AGCCATCCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * ** * * *
8823 ACTTTCAAAATTCTTATTGCTCGCTTTAAAT-GTTTTTACAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * * * * * *
8887 A-ATTTTTACT-TTTTTGGTTAAAACAAATAATATTTCAATGTTTTCCTTAAAAAACGTGAAGAA
65 ATTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGCA
* * * * *
8950 AAAGCCATTCATTG-CTAAGAAAAGCCCATTAATAATCACCCAT
129 AAAGCCATCCATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * * * *
8993 AG-CTTTGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
1 -GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
** ** * * * *
9057 ATTTTTTTATATTTTTGAATAAAATTTATTATAATTGAATGTCTAG-CTCAGGAAATATAAAGCA
65 ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-GCCTTAAGAAACATGAAGCA
* * * *
9121 ACAGTCGTCCATTAGA-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAT
129 AAAGCCATCCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * ** ** * *
9164 GTCTTCAAAAGTATTATTGGTCGCTTTAAATTA-TTTTATATTCTCATAATTGATTTGAAGTTGA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * * * * * *
9228 GTTTTTTTACATTTTTGGATAAACTATATTATAATTAAATATTTACCTTGAGAAACGTGAAGCAA
65 ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGCAA
** * ** * * ** *
9293 AAGTAACCCATTGGTAAGAAAACTCCATTTATAGACGTTCAA
130 AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * * * * * *
9335 GCATTTGAGAGCTTTATTACTCACTTTAAA-AGGTTTTATGATCTCATATTTAATTTTAAGTTGA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * * * *
9399 ATTTTTTTACACTTTTAGTTAAAACATG-TTACAATTGAATGT-TCGTCTCAAAAAACATGAAGA
65 ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATA-GATTATAATTGAATGTCT-GCCTTAAGAAACATGAAGC
* ** * * * *
9462 AAAAACCATTTATTGGCATGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCAT
128 AAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * * * * * *
9506 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTATTATAATCTTATAATTGAATTTATGTTAAA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * ** ** *
9571 TTTTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGATTATAACTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGGTGCTAA
66 TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAA
* *** * * **
9636 AGCCATCTATTGGGGAG-AAAGTCTATTTATATTCACTCCG
131 AGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
** * * *
9676 GCCTTCGAAAGAATTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT-AGTTTTAACTTGG
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGA
* * *** *
9740 ATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATATTAAGAAACATGAAGTAA
65 ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGCAA
* * * *** *
9804 AAGCTATCCGTTGACAAAAAAAAAAGCATTTATAGTCACTCAA
130 AAGCCATCCATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * *
9847 GCCTTTGAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAA---A---TAA-TT---
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
** * * * * * * * *
9901 TTTTTAAAAAATTTTGATTAAAACATATTATATTTGAATATCTGCC--AAGGGAAACATGAAGAA
66 TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAA--GAAACATGAAGCA
* * ** * *
9964 AAAGTCATTCATTGGTAAGAAAATTCTATTTATAGTCACTCAT
129 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
** * * * *
10007 ATCTTTGAAAGCCTTATTACTCACCTTAAAT-GATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * * *
10071 ATGTTGTTTATATTGTTGGTTAAAATAAATTATATTTTAATGTCTACCTTAGGAAACATGATGCA
65 AT-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGCA
* *
10136 AAAGTCATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
129 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * * *
10179 GCCTTCGAAAGCATTATTAC-CTACTTTAAATTGTTTTATCATCTCATAATTGATTTTAAGCTGA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
10243 ATTT
65 ATTT
10247 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2465, Mismatches: 580, Indels: 163
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
159 2 0.00
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161 59 0.02
163 2 0.00
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174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAA
AGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
Found at i:11751 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11244--12377 Score: 1086
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 170
11234 TCCAGCAATG
* * * * * * **
11244 TGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAATGTTCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGTC-T
1 TGAACAAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAG-CAT
* * *
11308 TATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTT
65 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * * * * **
11373 GGGTTAAATTAGATTATATTTGAATGTCTGCCTCCA-AAAATG
130 TGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-CCT-TAGGAAACA
* * * * * * * * *
11415 TGAAGAATAAGTCATTCATT-AAGAAGAAAAGTCCATTAATAGTCA-TCCATACCTTAGAAAGCC
1 TGAACAAAAAGCCATCCATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATGCCTTTGAAAGCA
* * * ** * *
11478 TAATCACTCGCTTTAAAT-GACTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTT
64 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
*
11542 TTGGTTAAAACTA-ATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAGACA
129 TTGGTTAAAA-TATATTATAATTGAATGTCT-CCTTAGGAAACA
* * *
11585 TGAACAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATATATAGTCACTCATGCCTTTCAAAGCATT
1 TGAACAAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCATT
* * * *
11650 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATACTTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTT
66 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * *
11715 GGTTAAAATAGATTACAATTGAATGCCTATCTTAGGAAACA
131 GGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-CCTTAGGAAACA
* * * * * **
11756 TAAAGC-AAAAGTCATCCATTGGAAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTAATACCTTCAAAAGCAT
1 TGAA-CAAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCAT
* *
11820 TATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTT
65 TATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * *
11884 TTGGATCAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTT-GAGAAACA
129 TTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-CCTTAG-GAAACA
* * * * *
11927 TGAAGC-AAAAGCTACCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
1 TGAA-CAAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCAT
* * * * * *
11991 TATTACT-AGTTTTAAATGGTTTTATAATGTTATAATTGCTTTTAACTTGAATTTGTTTACATTT
65 TATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
** * * * * * *
12055 TTTATTAAAACATAATATAAGTCAATGTCTTCCTCAAGAAACA
129 TTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTC-TCCTTAGGAAACA
* * * * * *
12098 TGAAGAAAAAGCCATTCGTTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGTCTTTGAAAGCCTT
1 TGAACAAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCATT
** * * *
12163 ATTACTTGCTTTAAACGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT
66 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * *
12228 GATTAAAATATATTATAATAGAATATCTGCTTCATGAAACA
131 GGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTCCTT-AGGAAACA
* * * * * * * * *
12269 TAAAGC-AAAAGCCATCCATTAGTACGAAAAGTCCACTAATAGTCACTCAAGACTTTGAAACCAT
1 TGAA-CAAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCAT
* *
12333 TATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAA
65 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
12378 ATTGGATGTT
Statistics
Matches: 791, Mismatches: 154, Indels: 36
0.81 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
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172 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TGAACAAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCATT
ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
GGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTCCTTAGGAAACA
Found at i:12007 original size:342 final size:337
Alignment explanation
Indices: 11244--12389 Score: 1214
Period size: 342 Copynumber: 3.4 Consensus size: 337
11234 TCCAGCAATG
* * * * ** *
11244 TGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAATGTTCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGTCTT
1 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTT
* * * * *
11309 ATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTG
66 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTT
* * * * ** *
11374 GGTTAAATTAGATTATATTTGAATGTCTGCCTCCAAAAATGTGAAGAATAAGTCATTCATT-AAG
131 GGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-TCT-CAGAAACATGAAGAA-AAGTCATTCATTGGA-
* * * * **
11438 AAGAAAAGTCCATTAATAGTCA-TCCATACCTTAGAAAGCCTAATCACTCGCTTTAAAT-GACTT
192 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATACCTTA-AAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTT
* * *
11501 AAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAACTA-ATTATAATTG
255 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGATAAAA-TATATTATAATTG
*
11565 AATGTCTGCCTTAGGAGACA
319 AATGTCT-CCTTAGGAAACA
* * * * * *
11585 TGAA-CAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATATATAGTCACTCATGCCTTTCAAAGCAT
1 TGAAGC-AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * *
11649 TATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATACTTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTT
65 TATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTT
* * * * *
11714 TGGTTAAAATAGATTACAATTGAATGCCTATCTTAGGAAACATAAAGCAAAAGTCATCCATTGGA
130 TGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-TCTCA-GAAACATGAAG-AAAAGTCATTCATTGGA
* * *
11779 AAGAAAAATCCATTTATAGTCACTAATACCTTCAAAAGCATTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTA
192 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTT-AAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTA
* * *
11844 TAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGATCAAATATATTATAATTGAA
256 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGATAAAATATATTATAATTGAA
*
11909 TGTTTACCTT-GAGAAACA
321 TGTCT-CCTTAG-GAAACA
* *
11927 TGAAGCAAAAGCTACCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTT
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* * * * *
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66 ATTACTCA-CTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATGTT-TTTACATTT
** * * * * * * *
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129 TTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTT-CTC-AGAAACATGAAG-AAAAGTCATTCATTGG
* * * * * * *
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191 AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT-ACCTTAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTT
* *
12185 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-GATTAAAATATATTATAATAG
255 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGA-TAAAATATATTATAATTG
* * *
12249 AATATCTGCTTCATGAAACA
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* * * * * * *
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* * *
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ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTT
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AAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATC
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGATAAAATATATTATAATTGAATGTCT
CCTTAGGAAACA
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* * * *
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* * * *
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* * * ** **
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*
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* * * *
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* * *
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* * *
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* * * * *
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* *
11762 AAAAGTCATCCATTGGAAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTAATACCTTCAAAAGCATTATTACT
1 AAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAA-ACCTTCAAAAGCATTATTACT
* *
11827 -AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGATC
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* * ** * *
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* * * * * **
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* * * * *
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254 AAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTGTTTACATTTTTGATTAAAAC-TAATTATAAGTCA
* * * * *
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* * * **
12144 TCATGTCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAACGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
383 TCATGCCTTTCAAAGCATTATTACTCACTTTAAA-GAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * *
12208 TTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATAGAATATCTGCTTCATGAAACATAAA
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12273 GC
512 GC
* * * * * ** *
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* * *
12339 TCA-CTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAA-TTGGATGTTTTAATATTT
64 TCAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGA-TTTAAAGTTGGATTTTTTTATATTT
12397 GTAACGATTG
Statistics
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AAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAACCTTCAAAAGCATTATTACTC
AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTAAAGTTGGATTTTTTTATATTTTTGGATCA
AATTAGATTATAATTGAATGTCTACCTCCAAAAACATGAAGAATAAGTCACCCATTAAGAAGAAA
AGTCCATTAATAGTCATCCATACCTTAGAAAGCCTAATCACTAGCTTTAAATGACTTAAAATCTC
ATAATTGATTTTAACTTGAATTTGTTTACATTTTTGATTAAAACTAATTATAAGTCAATGTCTGC
CTCAAGAAACATGAACAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATATATAGTCACTCATGCCT
TTCAAAGCATTATTACTCACTTTAAAGAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTT
TTTACATTTTTGATTAAAATAGATTACAATAGAATACCTGCTTCAGGAAACATAAAGC
Found at i:14880 original size:17 final size:17
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Indices: 14860--14906 Score: 51
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14850 TCCTTTCTCC
*
14860 CTTTCTCTCCTTCCTTT
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*
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CTTTCTCTCCTTCATTT
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*
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*
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*
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14920 TGGTAGTGGG
Statistics
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CTTTCTCTTCTCTTCTC
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17161 NNNNNNNNNN
* * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * *
17468 ACCAAAAGATGTGAAAAAAAT-TTGACCTAAAATTAAGTATGAGATTAT
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* * * * ** *
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1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTC
* * * * *
17581 CTAGTGGTTGGCTTTTGCTTCATGTGTTCCAAGGCAGACATTTAAATATAACCTGTTTTAATAAA
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* * **
17687 AAAACCATTTAAAACAACTAATAAGGCTTTTAAAGGCATT-GGTGACTATAAAT-AGAC-TTTCT
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCT
* ** * * * *
17749 TGCC-AATGAATGATTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTA-AAAATTAAATTATGATC-GATTTTA
64 T-CCTAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC-AAGGCAGACATTTAAA-TATAATCTG-TTTTA
* *
17811 ACCAAAAAAATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
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* ** ** ** * * *
17857 AAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTCAGTGACTATAAATGGACATTT-TTG
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTC
** * * * * * * *
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* *
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* * * * *
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1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
* * * * *
18090 GCC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-----GC---CATTGAATTATGATCTATTTTAACTA
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* * *
18146 AAAACATAAAAAAAT-TCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTGT
128 AAAA-ATAAAAAAATCT-AGCTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * * *
18188 GAAACCATTTACAGCGAGTAATGAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACAATAAATGAACTTTTCTTA
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTC
* * * * * * * * *
18253 CTAAT-AATGGCTTTTGCTTTAGGTTTCCTGAGGCAGACATTCAAATATAATATATTTTATCTAA
66 CTAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC-AAGGCAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAAC-AA
* * * ** *
18317 AAATGTAATATAATTCTAG-TTAAAATCAATTATGAGGCTAC
129 AAA-ATAA-AAAAATCTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * * * *
18358 AAAACCATTTATAGTGAGTAA-CAGGCTTTC-AAAGATATGGGTGACTATAAGT-AGACTTTTCT
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCT
* * * * * * * *
18420 T-GTCAATGGATGGCTTTTACTTAACGTTTCTTAAGGTA-AGCATTCAATTATAATCTGTTTTAA
64 TCCT-AATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGCAGA-CATTTAAATATAATCTGTTTTAA
* * * *
18483 CTAAAAAGGTGAAAACAT-TTGACTTAAAAAT-AATTATGAGATTAT
126 C-AAAAA-ATAAAAAAATCTAG-CTT-AAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * ** * * *
18528 AAAATCGTTTAAAGTAAATAATAAGAATTTTGAAGGCTTGAGTGAATATAAATGAACTTTTC-TC
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTC
* * * ** * * * *
18592 GCTAGTAGATGGCTTTTACTTCACATTTCCCAAAGCAAACATTTAAATACAATTTGTTTTAACAA
66 -CTAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CCAAGGCAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAACAA
* * *
18657 AAAATATAAAACATCTAGCTTAAAATCAATGATGAGATAAT
129 AAAATA-AAAAAATCTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
18698 AAAACCATTTAAAGCATGTAATAAGCCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAGT-AGACTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTT
* * * * * * *
18762 -ATCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTATCCCTAGGCAGACATTCT-ATTATAATCTGTTTTAAC
65 CCT-AATGGATGGCTTTTTCTTCATGT-TTCCAAGGCAGACATT-TAAATATAATCTGTTTTAAC
* * * *
18825 AAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTAT
127 AAAAAA--TAAAAAAATCTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTAT
** * * * * *
18869 AAAAATATTTAAAGTAAGTAATAAGGATTTCAAAGGCATGGG-GCACTATAAATGGACTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTG-ACTATAAATGAACTTTTCTT
* * * ** * * * *
18933 ACC-AGT-GAGTAGTTTTTTCTTTGTGGTTCCTATA-GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
65 -CCTAATGGA-TGGCTTTTTCTTCATGTTTCC-A-AGGCAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAA
* *
18995 CCAAAAATATAAAAATAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
126 -CAAAAA-ATAAAAAAATCT-AGCTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * * *
19040 AAAACCAATTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGATAACAATAAATGACCTTTTCTTG
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTC
* ** * * ** * * * * * *
19105 CTAGTGGATCACTTTTGCTTCACGTTTCTTAGAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAGCAAA
66 CTAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCAAG-GCAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAACAAA
* * *
19170 AAATGTAAAAACAAT-TCAACTTAGAATCAATTATGAGATTGT
130 AAA--TAAAAA-AATCT-AGCTTAAAATCAATTATGAGATTAT
**
19212 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG-TTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTT
* * * * * * * **
19275 -ATCAATGGATGGCTTTTGCCTCACAT-TTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTGTGC
65 CCT-AATGGATGGCTTTT-TCT-TCATGTTTCCAAGGCAGACATTTAAATATAATCTGTTT-TAA
* * * * * *
19338 CAAAAATGTGAAAACATTTGGCTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
126 CAAAAA-ATAAAAAAATCTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
19382 AAAATCGTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAAC-TTTTCTT
* * * * * *
19447 GCTAATGGATAGCTTTTTCATCATGTTTCCCAAGACAGACATTTAAATATAATTTGTTTGAACAA
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*
19512 AAAATGTAAAAAATCTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTAT
129 AAAAT-AAAAAAATCTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * **********
19553 AAAACTATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTNNNNNNNNNNTGGGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTT
* * * * * * * *
19617 -GTCAATGAATGACTTTTTCTTCACAT-TTTCTAAGGTAGAC-TTGAATTATAATCTGTTTTAGC
65 CCT-AATGGATGGCTTTTTCTT--CATGTTTCCAAGGCAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAAC
* * *
19679 TAAAAATATAAAAAAAAATC-AACTTAAAGTCAATCATGAGATTAT
127 -AAAAA-AT--AAAAAAATCTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTAT
** * * * * * * *
19724 AAAACCATTTAAAGTGATTAAGAAGGCTTCTC-AAGTCATGGGTGACAATAAAGGAACATTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT-TCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
* * * * * * * * * * *
19788 GCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAAAGCAAATATTTAATTACAATATATTTTAACCA
65 CCTAATGGATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCAAGGCAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAA-CA
* * ** *
19853 ACAATATAAAAAAAT-TCAACACAAATTCAATTATGAGATTAT
128 A-AAAATAAAAAAATCT-AGCTTAAAATCAATTATGAGATTAT
** * *********** *
19895 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAANNNNNNNNNNNCTATAAAT-AGACTTTTTTT
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTT
** * * * * * * * * *
19959 GTTAGTGAATGGCTTTTTTTTCATGCTTCCCTAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTA
65 CCTAATGGATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCAAGGCAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAAC-A
** ** * *
20024 AAAATATAAATCAAT-TCAATTTTAAATTAATTATGAGATTAT
128 AAAA-ATAAAAAAATCT-AGCTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * *
20066 AAAACTATTTAAACCAAGTAATAAGGATTGCAAAGGCATGGGTGGCTATAAATGAACTTTTCTTG
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-
* * * * * * *
20131 CC-AAT-GAGTAGCTTTTTCTTCATGGTTCCTATGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACC
65 CCTAATGGA-TGGCTTTTTCTTCATGTTTCC-AAGGCAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAA-C
* * * * *
20194 AAAACTATTAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTAT
127 AAAA-AATAAAAAAATCTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTAT
********** * * * *
20237 AANNNNNNNNNNAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTA
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTC
* * * * *** ** * * * *
20302 TTAATCGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTTGAGGTTGACATTCAATTATAATATAG-TTTAATAA
66 CTAATGGATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCAAGGCAGACATTTAAATATAATCT-GTTTTAACAA
* * *
20366 AAAATGTAAAAAAATTTTA-CTTAAAATTAATTATGAGATTAA
129 AAAA--TAAAAAAA-TCTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTAT
** ** ** * * * *
20408 AAAATTATTTAAAAAAAGTAATAATACTTTTGAAGG-TCTAGGTGACTATAAATGGACATTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
* * * * * ** *
20472 GCC-AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATGATCCATTTTAATT
65 -CCTAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC-AAGGCAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAA-C
** * * * * *
20536 AAAAGTGTAAAAGAAT-TCAACTTAAAGTAAATTATTAGATTAT
127 AAAA-AATAAAAAAATCT-AGCTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * ** * * * *
20579 AAAATCATTTAAAACGCGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATGTAAATGAACTTTT
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTT
20640 TGTTAGGATG
Statistics
Matches: 2525, Mismatches: 613, Indels: 320
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
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173 85 0.03
174 55 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTC
CTAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCAAGGCAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAACAAAA
AATAAAAAAATCTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTAT
Found at i:18771 original size:672 final size:672
Alignment explanation
Indices: 17505--19236 Score: 1564
Period size: 672 Copynumber: 2.6 Consensus size: 672
17495 TAAAATTAAG
* * ** * *
17505 TATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAATG
1 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGACAATAAATG
* * ** * * *
17570 AACTTTCCTTCCTAGTGGTTGGCTTTTGCTTCATGTGTTCCAAGGCAGACATTTAAATATAACCT
66 AACTTTCCTTACTAATGAATGGCTTTTGCTTCAGGTGTTCCAAGGCAGACATTCAAATATAACAT
* * *
17635 GTTTTAATAAAAAATTATAAAAAATCTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
131 ATTTTAATAAAAAATTATAAAAAATCTAGCTTAAAATCAATTATGAGACTACAAAACCATTTAAA
* * * *
17700 ACAACTAATAAGGCTTTTAAAGGCATTGGTGACTATAAATAGACTTTCTTGCCAATGAATGATTT
196 ACAACTAATAAGGCTTTCAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTCTTGCCAATGAATGACTT
* * * *
17765 TTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAAAAATTAAATTATGATCGATTTTAACCAAAAAAATAAAAAAAT
261 TTACTTAACGTTTCCTAAGGTAAAAATTAAATTATAATCGATTTTAACCAAAAAAATAAAAAAAT
* * **
17830 CCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCT
326 CCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTAAATAATAAGAATTTTAAAGGCT
* * * * * * * * *
17895 TCAGTGACTATAAATGGACATTTTTGCTGGTGGATGACTTCTACTTCATATTTCCCAAGGTAGAT
391 TCAGTGAATATAAATGAACATTTTTGCTAGTAGATGACTTCTACTTCACATTTCCCAAAGCAAAC
* * *
17960 ATTTAAATACAATCTGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAACCTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTA
456 ATTTAAATACAATCTGTTTTAAACAAAAATATAAAAAACCTAGCTTAAAATCAATGATGAGATAA
* * *
18025 TAAAACCATTCAAAGTAGGTAATAAAGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTT
521 TAAAACCATTCAAAGCAGGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTT
* *
18090 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTGCCATTGAATTATGATCTATTTTAACTAAAAACATAA
586 ACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTGCCATTGAATTATGATCTATTTTAACTAAAAACATAA
18155 AAAAATTCAACTTAAAGTCAAT
651 AAAAATTCAACTTAAAGTCAAT
* * * * **
18177 TATGAGATTGTGAAACCATTTACAGCGAGTAATGAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACAATAAATG
1 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGACAATAAATG
* * * *
18242 AACTTTTCTTACTAAT-AATGGCTTTTGCTTTAGGT-TTCCTGAGGCAGACATTCAAATATAATA
66 AACTTTCCTTACTAATGAATGGCTTTTGCTTCAGGTGTTCC-AAGGCAGACATTCAAATATAACA
* * * *
18305 TATTTT-ATCTAAAAATGTA-ATATAATTCTAG-TTAAAATCAATTATGAGGCTACAAAACCATT
130 TATTTTAAT-AAAAAAT-TATA-AAAAATCTAGCTTAAAATCAATTATGAGACTACAAAACCATT
* *** * * * * * *
18367 TATAGTGAGTAA-CAGGCTTTCAAAGATATGGGTGACTATAAGTAGACTTTTCTTGTCAATGGAT
192 TAAAACAACTAATAAGGCTTTCAAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTCTTGCCAATGAAT
* * ** * * ** *
18431 GGCTTTTACTTAACGTTTCTTAAGGTAAGCATTCAATTATAATCTG-TTTTAACTAAAAAGGTGA
256 GACTTTTACTTAACGTTTCCTAAGGTAAAAATTAAATTATAATC-GATTTTAACCAAAAAAATAA
* *** *
18495 AAACATTTGACTTAAAAAT-AATTATGAGATTATAAAATC-GTTTAAAGTAAATAATAAGAATTT
320 AAAAATCCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CAATTTAAAGTAAATAATAAGAATTT
* * * *
18558 TGAAGGCTTGAGTGAATATAAATGAAC-TTTTCTCGCTAGTAGATGGCTTTTACTTCACATTTCC
383 TAAAGGCTTCAGTGAATATAAATGAACATTTT-T-GCTAGTAGATGACTTCTACTTCACATTTCC
* * *
18622 CAAAGCAAACATTTAAATACAATTTGTTTT-AACAAAAAATATAAAACATCTAGCTTAAAATCAA
446 CAAAGCAAACATTTAAATACAATCTGTTTTAAAC-AAAAATATAAAAAACCTAGCTTAAAATCAA
* * *
18686 TGATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCATGTAAT-AAGCCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAG
510 TGATGAGATAATAAAACCATTCAAAGCAGGTAATAAAG-CTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * ** *
18750 TAGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTATCCCTAGGCAGACATTCTATTATAAT
574 TAAACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGT-T---T--GC---CATTGAATTATGAT
* * ** * * *
18815 CTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAAT
630 CTATTTTAACTAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAAT
* ** ** * * * *
18858 TATAAGATTATAAAAATATTTAAAGTAAGTAATAAGGATTTCAAAGGCAT-GGGGCACTATAAAT
1 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTG-ACAATAAAT
* * * * * * * * * * *
18922 GGACTTTTCTTACCAGTGAGTAGTTTTTTCTT--TGTGGTTCCTATA-GTAGACATTCAATTATA
65 GAACTTTCCTTACTAATGAATGGCTTTTGCTTCAGGT-GTTCC-A-AGGCAGACATTCAAATATA
* ** * * *
18984 ATC-TGTTTTAACCAAAAA-TATAAAAATAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
127 A-CATATTTTAATAAAAAATTATAAAAA-ATCT-AGCTTAAAATCAATTATGAGACTACAAAACC
* * * * * * * * * * *
19046 AATTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGATAACAATAAAT-GACCTTTTCTTGCTAGT
189 ATTTAAAACAACTAATAAGGCTTTCAAAGACATGGGTGACTATAAATAGA-C-TTTCTTGCCAAT
* * * * * * * * ** *
19110 GGATCACTTTTGCTTCACGTTT-CTTAGAGCAAACATTCAATTATAATATATTTT-AGCAAAAAA
252 GAATGACTTTTACTTAACGTTTCCTAAG-GTAAAAATTAAATTATAATCGATTTTAACCAAAAAA
* * * * * * *
19173 TGTAAAAACAATTCAACTTAGAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
316 -ATAAAAA-AATCCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTAAATAATAAG
19237 GTTTCGAAGG
Statistics
Matches: 843, Mismatches: 177, Indels: 68
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
670 39 0.05
671 219 0.26
672 245 0.29
673 1 0.00
676 1 0.00
678 2 0.00
680 11 0.01
681 112 0.13
682 88 0.10
683 85 0.10
684 40 0.05
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (672 bp):
TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGACAATAAATG
AACTTTCCTTACTAATGAATGGCTTTTGCTTCAGGTGTTCCAAGGCAGACATTCAAATATAACAT
ATTTTAATAAAAAATTATAAAAAATCTAGCTTAAAATCAATTATGAGACTACAAAACCATTTAAA
ACAACTAATAAGGCTTTCAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTCTTGCCAATGAATGACTT
TTACTTAACGTTTCCTAAGGTAAAAATTAAATTATAATCGATTTTAACCAAAAAAATAAAAAAAT
CCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTAAATAATAAGAATTTTAAAGGCT
TCAGTGAATATAAATGAACATTTTTGCTAGTAGATGACTTCTACTTCACATTTCCCAAAGCAAAC
ATTTAAATACAATCTGTTTTAAACAAAAATATAAAAAACCTAGCTTAAAATCAATGATGAGATAA
TAAAACCATTCAAAGCAGGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTT
ACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTGCCATTGAATTATGATCTATTTTAACTAAAAACATAA
AAAAATTCAACTTAAAGTCAAT
Found at i:19432 original size:513 final size:508
Alignment explanation
Indices: 17171--20639 Score: 2513
Period size: 513 Copynumber: 6.8 Consensus size: 508
17161 NNNNNNNNNN
* *
17171 AAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGACCTTTTCTTA
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGA-CTTTTCTTA
* * *
17236 -CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACTTTTCTTGAA-GCAGACATTCAATTATAA-CATATTTTAAC
65 TC-AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-TTCAAGGCAGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAAC
* * *
17298 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAGCCATTTAAA-TCGAGTA
127 CAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-GAGTA
* * ** * * *
17362 ATAAGGCTTTTCGAAGG-TATGGATGAATATAAATTGACTTTTCTTATCAATGGATGGATTTTGC
191 ATAAGGCTTTT-GAAGGCT-TGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGG-TAGCTTTTTC
* ** * * * * * *
17426 CTCACATTTTCTAAGGTAAACATTCAATTATAAACTATTTTTACCAAAAGATGTGAAAAAAATTT
252 TTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA-ATGT--AAAAAATTC
* * * * * * ** * *
17491 GACCTAAAATTAAGTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGC-TT
314 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATG
* * * * * * * * *
17555 AAGTGACTATAAATGAACTTTCCTTCCTAGTGGTTGGCTTTTGCTTCATGTGTTCCAAGGCAGAC
379 GA-TGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGGATGACTTTTTCTTCACGT-TTCCTAGGCAGAC
* * * * * *
17620 ATTTAAATATAACCTGTTTTAATAAAAAAT-TATAAAAAA-TCTAGCTTAAAATCAATTATGAGA
442 ATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATA-AAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGA
17683 TTAT
505 TTAT
* * * * *
17687 AAAACCATTTAAAACAACTAATAAGGCTTTTAAAGGCATTGGTGACTATAAATAGAC-TTTCTTG
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTA
* * ** * * * * * * * *
17751 CCAATGAATGATTTTTTCTTCATG-TTTCCTAAGGTAAAAATTAAATTATGATC-GATTTTAACC
65 TCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTC-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTG-TTTTAACC
** ** *
17814 AAAAAAATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAAT
128 AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * *** * *
17879 AAGGCTTTTAAAGGCTTCAGTGACTATAAATGGACATTT-TTGCTGGTGG-ATGACTTCTACTTC
193 AAGGCTTTTGAAGGCTT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGTA-G-CTTTTTCTTC
* * * * * * * * *
17942 ATATTTCCCAAGGTAGATATTTAAATACAATCTGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAA-CCTAGCTT
255 ATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTC-AACTT
* * * * *
18006 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTAGGTAATAA-AGCTTTCGAAGGTATGGGTG
319 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGA-CTTTCGAAGGCATGGATG
* * * * * *
18070 ACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TT--T--GC---CATTGAA
383 ACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGGATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTAGGCAGACATTCAA
* * * * *
18127 TTATGATCTATTTTAACTAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTGT
448 TTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
18188 GAAACCATTTACAGCGAGTAATGAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACAATAAATGAACTTTTCTTA
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTA
* * * * * * * * * *
18253 -CTAAT-AATGGCTTTTGCTTTA-GGTTTCCTGAGGCAGACATTCAAATATAATATATTTTATCT
65 TC-AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTC-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
* * * ** * *
18315 AAAAATGTAATATAATTCT-AGTTAAAATCAATTATGAGGCTACAAAACCATTTATAGTGAGTAA
128 AAAAATGTAAAAAAATT-TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * * * * * * * *
18379 -CAGGC-TTTCAAAGATATGGGTGACTATAAGTAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTACTT
192 TAAGGCTTTTGAAGGCT-T-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGG-TAGCTTTTTCTT
* * * * * * **
18442 AACGTTTCTTAAGGTA-AGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAGGTGAAAACATTTGAC
254 CATGTTTCCTAAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAAC
* * * * * * *
18506 TTAAAAAT-AATTATGAGATTATAAAATCGTTTAAAGTAAATAATAAGAATTTTGAAGGC-TTGA
317 TT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGA
* * * * * * * * * *
18569 GTGAATATAAATGAACTTTTCTCGCTAGTAGATGGCTTTTACTTCACATTTCCCAAAGCAAACAT
381 -TGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGGATGACTTTTTCTTCACGTTT-CCTAGGCAGACAT
* * * * * * * * *
18634 TTAAATACAATTTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAACA-TCTAGCTTAAAATCAATGATGAGATAA
444 TCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTA
18697 T
508 T
* * *
18698 AAAACCATTTAAAGCATGTAATAAGCCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAGTAGACTTTTCTTA
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTA
* * * * ** * * *
18763 TCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTATCCCTAGGCAGACATTCTATTATAATCTGTTTTAACAAA
65 TCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
* * ** *
18828 AAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGTAAGTAATAA
130 AAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* ** * * * * * **
18893 GGATTTCAAAGGCATGGGGCACTATAAATGGACTTTTCTTACCAGTGAGTAGTTTTTTCTTTGTG
195 GGCTTTTGAAGGCTTGGTG-ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-GTAGCTTTTTCTTCATG
* *
18958 GTTCCTATA-GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAATATTCAACTTAA
258 TTTCCTA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAA
* * *
19022 AATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGATAACA
321 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGATGACT
* * * * * *
19087 ATAAATGACCTTTTCTTGCTAGTGGATCACTTTTGCTTCACGTTTCTTAGAGCAAACATTCAATT
386 ATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGGATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTAG-GCAGACATTCAATT
* * * * *
19152 ATAATATATTTTAGCAAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAGAATCAATTATGAGATTGT
450 ATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* *
19212 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG-TTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTA
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTA
* * * *
19276 TCAATGGATGGCTTTTGCCTCACATTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTGT-GCCA
65 TCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTT-TAACCA
* * ** * * * **
19340 AAAATGTGAAAACATTTGGCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCGTTTAAAGCAAGTAATA
129 AAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * *
19405 AGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTTCTTGCTAATGGATAGCTTTTTCATCA
194 AGGCTTTTGAAGGCTTG-GTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGG-TAGCTTTTTCTTCA
* ** * * * * * *
19470 TGTTTCCCAAGACAGACATTTAAATATAATTTGTTTGAACAAAAAATGTAAAAAA-TCTAGCTTA
256 TGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTC-AACTTA
* * * ********** *
19534 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTNNNNNNNNNNTGGGTGAC
320 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGATGAC
* * * * *
19599 TATAAAT-AGACTTTTCTTG-TCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTTCTAAGGTAGAC-TTGA
385 TATAAATGA-ACTTTTCTTGCT-AATGGATGACTTTTTCTTCACGTTTCCT-AGGCAGACATTCA
* * * * * *
19661 ATTATAATCTGTTTTAGCTAAAAATATAAAAAAAAATCAACTTAAAGTCAATCATGAGATTAT
447 ATTATAATCTATTTTAACAAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
** * * * * * *
19724 AAAACCATTTAAAGTGATTAAGAAGGCTTCTC-AAGTCATGGGTGACAATAAAGGAACATTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT-TCAAAGGCATGGGTGACTATAAATG-ACTTTTCTT
* * * * * * * *
19788 -GCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACG-TTTTCTAAAGCAAATATTTAATTACAATATATTTTAAC
64 ATC-AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTC-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * * ** *
19851 CAACAATATAAAAAAATTCAACACAAATTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
127 CAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
********** * * ** * * * *
19916 TAAGGCTTTTGAANNNNNNNNNNNCTATAAATAGACTTTTTTTGTTAGTGAATGGCTTTTTTTTC
192 TAAGGCTTTTGAA-GGCTTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-GTAGCTTTTTCTTC
* * * * * *
19981 ATGCTTCCCT-AGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAATCAATTCAATT
255 ATG-TTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTCAACT
* * * * * * *
20045 TTAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAACCAAGTAATAAGGA-TTGCAAAGGCATGGGT
318 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA-GACTTTCGAAGGCATGGAT
* * * * *
20109 GGCTATAAATGAACTTTTCTTGCCAAT-GA-GTAGCTTTTTCTTCATGGTTCCTATGGTAGACAT
382 GACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGGATG-A-CTTTTTCTTCACGTTTCCTA-GGCAGACAT
* * * * *
20172 TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAACTATTAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTAT
444 TCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
********** *
20237 AANNNNNNNNNNAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTA
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTA
* * ** ** * **
20302 TTAATCGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTTGAGGTTGACATTCAATTATAATATAG-TTTAATAA
65 TCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCT-GTTTTAACCA
* * * ** ***
20366 AAAATGTAAAAAAATTTTACTTAAAATTAATTATGAGATTAAAAAATTATTTAAAAAAAGTAATA
129 AAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
** * * *
20431 ATACTTTTGAAGGTCTAGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGCCAAT-GAATGACTTTTTCTTCA
194 AGGCTTTTGAAGG-CTTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGTA-G-CTTTTTCTTCA
* * ** ** *
20495 TGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATGATCCATTTTAATTAAAAGTGTAAAAGAATTCAACTTA
256 TGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTA
* * * * * ** * * *
20560 AAGTAAATTATTAGATTATAAAATCATTTAAAACGCGTAATAAGGCTTTCAAAGGC-TTGAGTGA
320 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGA-TGA
* *
20624 ATGTAAATGAACTTTT
384 CTATAAATGAACTTTT
20640 TGTTAGGATG
Statistics
Matches: 2277, Mismatches: 577, Indels: 201
0.75 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
499 7 0.00
500 25 0.01
501 241 0.11
502 100 0.04
503 8 0.00
504 2 0.00
508 4 0.00
509 2 0.00
510 176 0.08
511 133 0.06
512 363 0.16
513 876 0.38
514 174 0.08
515 113 0.05
516 51 0.02
517 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (508 bp):
AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGACTTTTCTTAT
CAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
AATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
GCTTTTGAAGGCTTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGTAGCTTTTTCTTCATGTTT
CCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCA
ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGATGACTATAAA
TGAACTTTTCTTGCTAATGGATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTAGGCAGACATTCAATTATAATC
TATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
Found at i:20633 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 17171--20639 Score: 2427
Period size: 342 Copynumber: 10.2 Consensus size: 340
17161 NNNNNNNNNN
* * *
17171 AAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGACCTTTTCTTA
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTA
* * *
17236 CTAATGGATGGCTTTTGCTTCAC-TTTTCTTGAA-GCAGACATTCAATTATAA-CATATTTTAAC
66 CTAAT-GATGGCTTTTGCTTCACGTTTTC-T-AAGGTAGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAAT
* * * * * *
17298 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAGCCATTTAAATCGAGTAA
127 AAAAAATGTAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
* * * * ** * * *
17363 TAAGGCTTTTCGAAGGTATGGATGAATATAAATTGACTTTTCTTATCAATGGATGGA-TTTTGCC
192 TAAGGC-TTTCGAAGG-CTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GACTTTTTCT
* * * * * * **
17427 TCACATTTTCTAAGGTAAACATTCAATTATAAACTATTTTTACCAAAAGATGTGAAAAAAATTTG
254 TCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTA-TTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTCA
* * *
17492 ACCTAAAATTAAGTATGAGATTAT
317 ACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * ** * ** * *
17516 AAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGAACTTTCCTTC
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTA
* * * * * * * * *
17581 CTAGTGGTTGGCTTTTGCTTCATGTGTTCCAAGGCAGACATTTAAATATAACCTGTTTTAATAAA
66 CTAAT-GATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
* *
17646 AAAT-TATAAAAAA-TCTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAACTAAT
130 AAATGTA-AAAAAATTCTA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
** * *
17709 AAGGCTTTTAAAGGCATTGGTGACTATAAATAGAC-TTTCTTGCCAATGAATGATTTTTTCTTCA
193 AAGGCTTTCGAAGGC-TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCA
* * * * * * * *
17773 TGTTTCCTAAGGTAAAAATTAAATTATGATCGATTTTAACCAAAAAA-ATAAAAAAATCCAACTT
257 CGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
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321 AAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * * ** * * *
17857 AAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTCAGTGACTATAAATGGACATTT-TTG
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTA
** * * * ** * * * * * *
17921 CTGGTGGATGACTTCTACTTCATATTTCCCAAGGTAGATATTTAAATACAATCTGTTTTAA-ACA
66 CTAAT-GATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA-A
* * * *
17985 AAAATGT-AAAAAA-CCTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTAGGTAAT
129 AAAATGTAAAAAAATTCTA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* * * *
18048 AAAGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
193 AAGGCTTTCGAAGG-CTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCA
* * * * **
18113 TG-TT--T---GC---CATTGAATTATGATCTATTTTAACTAAAAACATAAAAAAATTCAACTTA
257 CGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* *
18169 AAGTCAATTATGAGATTGT
322 AAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
18188 GAAACCATTTACAGCGAGTAATGAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACAATAAATGAACTTTTCTTA
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTA
* * * * * * * * * *
18253 CTAATAATGGCTTTTGCTTTAGGTTTCCTGAGGCAGACATTCAAATATAATATATTTT-ATCTAA
66 CTAATGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAA
* * * ** * * ** *
18317 AAATGTAATATAATTCTAGTTAAAATCAATTATGAGGCTACAAAACCATTTATAGTGAGTAA-CA
130 AAATGTAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
* ** * * * * * *
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* * * * * * * * **
18446 TTTCTTAAGGTAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAGGTGAAAACATTTGACTTAAA
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18511 AAT-AATTATGAGATTAT
323 AATCAATTATGAGATTAT
* * * * ** ** * * * **
18528 AAAATCGTTTAAAGTAAATAATAAGAATTTTGAAGGCTTGAGTGAATATAAATGAACTTTTCTCG
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTA
* * * * * * * * * * * * *
18593 CTAGTAGATGGCTTTTACTTCACATTTCCCAAAGCAAACATTTAAATACAATTTGTTTTAACAAA
66 CTAAT-GATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
* * * * *
18658 AAATAT-AAAACA-TCTAGCTTAAAATCAATGATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCATGTAATA
130 AAATGTAAAAAAATTCTA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* * * **
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194 AGGCTTTCGAAGGC-TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCAC
* * * * * *
18786 GTATCCCT-AGGCAGACATTCTATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTTAACTTA
258 GT-TTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
*
18850 AAATCAATTATAAGATTAT
322 AAATCAATTATGAGATTAT
** * * *
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1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTG-ACTATAAATGAACTTTTCTT
* * * * * *** * * **
18933 ACCAGTGAGTAGTTTTTTCTTTGTGGTTCCTATA-GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
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* * * *
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128 AAAAATGTAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* * * * * * * * *
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* * *
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* *
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* *
19212 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG-TTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTT
* * *
19275 A-TCAATGGATGGCTTTTGCCTCACATTTT-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTGT-G
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** * * * * * *
19337 CCAAAAATGTGAAAACATT-TGGCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCGTTTAAAGCAAGT
126 TAAAAAATGTAAAAAAATTCT-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGT
* * * *
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* * * * * * * * * *
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*
19527 TAGCTTAAAATCAATTATGAGATTAT
316 -AACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * **********
19553 AAAACTATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTNNNNNNNNNNTGGGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTT
* * * * * *
19617 -GTCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTTCTAAGGTAGAC-TTGAATTATAATCTGTTTTAGCT
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* * * * * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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** *
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** ** *********** *
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1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTT
** * ** * ** *
19959 GTTAGTGAATGGCTTTTTTTTCATGCTTCCCT-AGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACT
65 ACTAATG-ATGGCTTTTGCTTCACG-TTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-T
* ** * * * * * *
20023 -AAAAATATAAATCAATTCAATTTTAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAACCAAGTAA
127 AAAAAATGTAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
* * * * *
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* * * * * * * * * *
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254 TCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
*
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319 TTAAAATCAATTATGAGATTAT
********** *
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1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTA
* * * * *
20302 TTAATCGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTTGAGGTTGACATTCAATTATAATATAG-TTTAATAA
66 CTAAT-GATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCT-GTTTTAATAA
* * * ** **
20366 AAAATGTAAAAAAATTTTACTTAAAATTAATTATGAGATTAAAAAATTATTTAAAAAAAGTAATA
129 AAAATGTAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
** * * * * *
20431 ATACTTTTGAAGGTCTAGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCAT
194 AGGCTTTCGAAGG-CTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCAC
* * * ** * *
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* * *
20561 AGTAAATTATTAGATTAT
323 AATCAATTATGAGATTAT
* * ** * * * *
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CAATTATGAGATTAT
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1 AAGTTATTGGGCTTAATTGAT
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* *
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* ** ** * * * * *
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* * * * *
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* * *********
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* * * * * * * *
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* *
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* * * * * *****
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***** * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* ** * * *
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* * * *
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* ** * *
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* * * * * * *********
24768 CATTCAATTAAAATCTGTTTCAA-CAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATCAANNNNNNNNN
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* * * * * * *
24832 NATAAAACCATTTAAAGCAAGTATTAAGGCTTTCAAAGGCGTGGGTGACTATAAAT-AGACTTCT
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* * * * * *
24896 CTTGCCAAT-AAGTGGCTTTTTCTTCACGTTT-CTGAGGTAAA
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* * * * * * *
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1 CATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAA-A-GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** * * *
25001 TTATAAAACTATTTAAAGCGGGTAACAAGGCATTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTT
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* * *
25066 CTTACTAATGGATAGCTTTTGCTTTATGTTTCCTGAA-GTAGA
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* * * * * * *
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1 CATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAAGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
25173 TATAAAATCATTTCAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGTAT-AGGTGACTATAAAT-AGACTTT
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* ** * * *
25236 TCCTATTAATGGATAGCTTTTGCTTCTCAT-TTT-TTAAGATAGA
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* * * * * * *
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* * ** * *
25343 TATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCAATCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTG
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* * *
25408 TTGCTAGTGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGATAGA
130 TTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAGA
* * * * * * *
25449 CATTTAAATATAATATGTTTTAA-CAGATAATGTAAACAAA-CCTAACTTGAAATCAATTATGAG
1 CATTCAATTATAATATATTTTAACCA-AAAAAGTAAA-AAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * *
25512 ATTATAAAACCATTTAAGGCAAGTAATAAGCCTTTTGAAGGTATGGGTGATTATAAAT-AGACTT
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* * * * * * *
25576 TTCTT-ATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-TTCACGGTAAA
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* * * * *
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** * * * * * *
25683 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCATTCGAAGACTTTAGTGACTATAAATGGATTTT
63 ATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTT
* * * * *
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* * ***
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* * * *
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* * * ** *
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* * * * *
25961 CATTTAATTATAGTATATTTT-ACTCAACAATA-TAAAAAATTGAATTTAAAATCAATTAT-ATG
1 CATTCAATTATAATATATTTTAAC-CAA-AAAAGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-G
* * * * * *
26023 ATTATAAAACCATATAAAGCGAGTATTAAGGCTTTCAAATGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
63 ATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTT
* * * *
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128 TCT-TGCTAATGGATGGC-TTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAGA
* * * * *
26132 CATTCAACTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAAGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
26197 TATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCATTCGAAGGCTTGAGCGAAC-GTAAAT-AGACTT
65 TATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTG-ACTATAAATGA-ACTT
* * * * * *
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127 TTCTT-GCTAATGGATGGCTTTTGCT-TCATGTTTCCTA-AGGTAGA
* * * * *
26303 CATTCAATTATAACATATTTTAAGCAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAAGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
26368 TATAAAACTATCTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-
65 TATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTC
* * * *
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* * * * *
26474 CATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATA-TAAAAAAAATT-AACTTAAAATTAATTATGAG
1 CATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAA-AGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * *
26537 ATTGTAAAACCGTTTAAAGCAAGTGATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGGCAATAAATGAACTTT
63 ATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTT
* * * * * **
26602 TC-TGCCAATGGATGACTTTTG-TTGTACTTTTTTC-AAGACAGA
128 TCTTGCTAATGGATGGCTTTTGCTT-CA-TGTTTCCTAAGGTAGA
* * * * * * * *
26644 CATTTAATTATAATATATTTTAACTAAATATGTAAAAAATTCAA-TTTAAATTAAATATAAGATT
1 CATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAAGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
26708 ATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTT
66 ATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAAC-TTTTC
* * * * * * *
26773 TTAC-AATAGATGCCTTTTACTTCTTGTATCCTAAGGCAGA
130 TTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAGA
* * * *
26813 AATTCAATTATAATCTATTTTAA-GAAACAATA-TAAAAATATTCAACTTATAATCAATTATGAG
1 CATTCAATTATAATATATTTTAACCAAA-AA-AGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
** * *
26876 ATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTACAAAT-AGACT
63 ATTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACT
* * ** * * ** * * *
26939 TTTCTTGCCAATGAATGAATTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGCAAA
126 TTTCTTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAGA
* * * * * * *
26984 CATTCAAATATAATCTATTTAAACCATATATGTAAAAAAGTTCAACTAAAAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAAGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * * * * *
27049 TGTTAAACTAATTAAAGCAAGTAATAACG-TGTTCAAAGGCAT-AGGTTAGTATGAAT-AGACTT
65 TATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGA-ACTT
* * * * * * * *
27111 TTCTTG-TCAATGAATAGCTTTTTCTTTATGCTT-CGAGAGGCAAA
127 TTCTTGCT-AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTA-AGGTAGA
* *** * * * * *
27155 GATTCAATTATAATCCGTTTTAACTAAAAATGTACAAAAGTTTAACTTGAAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAAGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * * *
27220 TATAAAACCATTTAAGGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCCTGACTAACTGTAAGT-AGACTTTT
65 TATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTT
* * * * *
27284 CTTGCTAATGAATAGTTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCA-A
129 CTTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAGA
* * * * * *
27325 AATATACAATTATAATATAATTTAATCAAAAATA-TAAAAAAATAAACTTAAAATCAATTATAAG
1 CAT-T-CAATTATAATATATTTTAACCAAAAA-AGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * ********** *
27389 ATTCTAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGANNNNNNNNNNGACTATAAATGGACTTT
63 ATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTT
* * * * * ** *
27454 TCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCTATGACAAA
128 TCTTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CCTAAGGTAGA
* * * ** * * * *
27498 TATTCAAATATAATCTATTTTAATTAGAAAAGTAAAAAAGTAAACTTAAAATCAATAATGAGATT
1 CATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAAGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
27563 GTAAAACCATTTACAA--TGAGTAATAAGGCTTTCCAAGGCTTGAGTGACTGTAAATGGACCTTT
66 ATAAAACCATTTA-AAGCT-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTT
* * * * *
27626 CTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTGCCTAAGGCATA
129 CTTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAGA
* * * * * ******
27668 GA-TCAGTTAGAATATATTTTAA-CAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATTAATTANNNNNN
1 CATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAAGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
**** * * * * *
27731 NNNNAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAGTGA-TAATAAATGGACTTTT
65 TATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT-ATAAATGAACTTTT
* * * * ** *
27795 -TCTG-TCAATGGATGACATTTGCTAT-ATGTTTCTTGAGACAAA
129 CT-TGCT-AATGGATGGCTTTTGCT-TCATGTTTCCTAAGGTAGA
* * * * * *
27837 CATTTAGTTATAATATATTTTAACTAAATATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATGAGAT
1 CATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAAG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* ** * *
27902 TATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAATACTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACCTTTT
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** ** ** ***
27967 -TTTTTCAATGGATGGCAATTGCTTCACATTTCCTAAAACAGA
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* * *
28009 CATTCAATTACAATCTGATTTT-ACC-AAAATGTAAAAAAATTCAA-TGTAAAATCAATTATGAG
1 CATTCAATTATAATAT-ATTTTAACCAAAAAAGT-AAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAG
* ********** * * *
28071 ATTATAAAACCACTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTCNNNNNNNNNNGTGATTATAGATGGACTT
63 ATTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTT
* * * ** *
28135 TT-TTTCTCAATAGATGG-TGTTTGCTTTACT-TTTTTTGAGGTAGA
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* * ** * *
28179 CATTCAGTTATAATATATTGTAACCATCAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAAGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
28244 TAGAACACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGGGACCATAAATGAACTTTT
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* * * * ** *
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* * * * * * * *
28350 CATACAATTATAATATGTTTTTTA-GAAAAATATGAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATCAA
1 CATTCAATTATAATAT-ATTTTAACCAAAAA-A-GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * ** *
28414 ATTAT-AAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTAGAAACCTTGAGTGACTATAAATAGAA-TT
63 ATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GAACTT
* ** * * * *
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* * * *
28521 CATTGAATGATAATCTATTTTAACCAACAATA-TAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 CATTCAATTATAATATATTTTAACCAA-AAAAGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
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* * * * *
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* *
28693 CATTCAATTATAATATATTTTAAACAAAAATA-TAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 CATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAA-AGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * * *
28757 TTATAAAACTATTTAAAG-TGAATAATAATAG-TTGCGAAGGCTTGAGTGAGTATTAGTGGACTT
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* * * *
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** * * *
28864 CATTCAATTATAATATATTTTAAATAAAAATA-TAAAACAATTTAACTTAAAATTAATTACGAGA
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* * * * * *
28928 TTATAAAACTATTTAAAG-TGAATAATAATGG-TTTCGAAGGCTTGAGTGACTATTAGTGGACTT
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*
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* * * * *
29035 AATTCAATAATAATATATTTTAA-TAAAAAATATAAAAAGATTCAATTTAAAATCAATTATGAGA
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* * * * ** * *
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* * * * * * * *
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1 CATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAA-GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * ** * *
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* * * * * *
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** ** * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * ** * * * *
29780 TTATAAAACCATTTCAAGCAAGTAATTAA-GCTTTTTAAGGTATGGGTGATTATAAATGGACTTT
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* * * * *
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* * ** * * *
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1 CATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAAGTAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGAT
** *
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* * ** *
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* *
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* *
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* * * * * *
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*
30242 -ATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTATGAGA
1 CATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAA-GT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
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* * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * * * ** *
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* * ** *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * *
30711 TCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGAAGA
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* * * **********
30754 CATTGAATTAGAATCTATTTTAACCAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAANNNNNNNNNNGAGA
1 CATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAA-AGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
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* * **
30881 TTCTTTCTAATGGATGGCATTTGCTTCACATTTCCTAAAAAGGTAGA
127 TTCTTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT---AAGGTAGA
* * * * *
30928 CATTCAATTATAATCTCTTTTAACCAACAATA-TAAAGAAAATTCAACTTAAAAGCAATTACGAG
1 CATTCAATTATAATATATTTTAACCAA-AAAAGT-AA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * *
30992 ATTA-CAAACCATTGAAAG-TGAGTAATAAGG-TTGTCAAAGGCTTGAGTGATTGTTAAT-AGAC
63 ATTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTT-TCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-AC
* * * * *
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* **********
31099 CATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTNNNNNNNNNNTATGAGATT
1 CATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAAGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
31164 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTAT-ATGTAACTATAAAT-AGACTTTT
66 ATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGA-ACTTTT
* * * *
31227 CTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT
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31258 NNNNNNNNNN
Statistics
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TGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAGA
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* * * *
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* * *
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* *
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* * * * * *
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*
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* * * *
27920 TAGTAATAATACTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACCTTT
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27966 TTTTTTCAAT
Statistics
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0.76 0.09 0.14
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.01
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Consensus pattern (160 bp):
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AACTTAAAATTAATTAAAATCATTTAAAGC
Found at i:32092 original size:171 final size:169
Alignment explanation
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31765 NNNNNNNNTG
* * * * *
31775 GTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGATTTAAATAGTTT
1 GTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
* * * * * *
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* * * *
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* * ****
31945 AGTAAAAAAAGTTCATTTATTGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATNNNN
1 -GTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTT
****** * * *
32010 NNNNNNTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTTGTTAAACA-AGACTATAAT
65 TTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAA-ATAGATTATAAT
32074 TGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCA-CTCATT
128 TGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATC-CATT
* ** * * *
32116 GTCAAGAAAAA-TCCATTTATAGTCATCCACACCTTTAAAATCCTTATTACTTACTTTAAATAGT
1 GT-AA-AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGT
* *
32180 TTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATATT
64 TTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAAT
** *
32245 TGAATGTTTACCTTAAGG-AATGTGAAGAAAAAGCCATTCATT
128 TGAATGTTTACCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATT
* * * * * * *
32287 GATAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTAAAATGGTT
1 G-TAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTT
* * * *
32352 TT--AATTTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTGTTTA-TTAAAATAGATCATAATT
65 TTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATT-TTTAGTTAAAATAGATTATAATT
* * * * * *
32414 GAATGTTTGCCTTAAGAAATAGGAAGCACAAGCCATCCATT
129 GAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATT
* * * * * ** * * *
32455 GGAAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCGTACCTT-TGAAGCATTATTA-TTCACTTTAAATGGT
1 GTAAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATAGT
* * * * *
32518 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTTATATTGTTAGTTAAAATAGATTATCA
64 TTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAA
* * * * *
32583 TTTAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCTC-TT
127 TTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATC-CATT
* * * * ** * * * *
32626 GGAAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATGGCTTTGAAAGCGTTATTATTTCCTTTAAATGGTT
1 GTAAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTT
* * * ** * * * * *
32691 TTATAATCTCATCATTAATTGCAAG-TCAAGTTTTTTTACATTTTTTGTGAAAATATATTATAGT
65 TTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAAT
* * * ** * **
32755 TAAATATCTACCTT-GAGAAATGTGAAGCAAAAGTTA-CGCATT
128 TGAATGTTTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATC-CATT
* * * * **
32797 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CCTGAAGCCCTT-AAAA----TATTGCTCACTTTAAATAG
1 -GTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC-CATG-CCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG
* * * * *
32856 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGGAGTTTTTTAC-TTTTTTGATTAAAACAGA-TAGT
63 TTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATAGATTA-T
* * * * * *
32919 ATTTGAATATTT-GCTTGGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT
125 AATTGAATGTTTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATT
* ** * * *
32964 GGTAAGAAACA-TATATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGT
1 -GTAA-AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGT
* * * * * * * *
33028 TTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATTAGATTTTTTTACATTTTTTGTTCAAACAGATTATATT
64 TTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAAT
* * *
33093 TAAATATTTACCTT-GTGAAACATGAAGCAAAAGCCATCC-TCT
128 TGAATGTTTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATCCAT-T
* * * * ** * *
33135 -AACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCGCTCAAACTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTTAAACTA
1 GTA-AA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGC-TTTAAA-TA
** ** * * *
33199 -TTTTCTAATCTCATAATT-ATTTTTAAGTCAAATTTTTT-CACTTTTTTGTTAAAAACATATTA
62 GTTTTAGAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTACA-TTTTTAGTT-AAAATAGATTA
33261 TAATTG
124 TAATTG
33267 GTAAGAAAAG
Statistics
Matches: 1056, Mismatches: 211, Indels: 107
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 17 0.02
167 129 0.12
168 88 0.08
169 53 0.05
170 23 0.02
171 625 0.59
172 118 0.11
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
GTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
TAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGA
ATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATT
Found at i:32140 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 32098--32140 Score: 50
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
32088 AGGAAACATG
*
32098 AAGAAAAAGCCACTCATTGTC
1 AAGAAAAAGCCACTCATAGTC
* * *
32119 AAGAAAAATCCATTTATAGTC
1 AAGAAAAAGCCACTCATAGTC
32140 A
1 A
32141 TCCACACCTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 4, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 18 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.19, G:0.12, T:0.23
Consensus pattern (21 bp):
AAGAAAAAGCCACTCATAGTC
Found at i:32779 original size:510 final size:507
Alignment explanation
Indices: 31776--33130 Score: 1385
Period size: 510 Copynumber: 2.6 Consensus size: 507
31766 NNNNNNNTGG
* * * *
31776 TAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGATTTAAATAGTTTT
1 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * *
31841 ATAATCTCATAATTAATTTCAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTTA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTA-TTAAAATAGA-TATAATTGA
* * * * * * *
31906 ATGTCTGCTTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTAGTAAA-AAAAGTTCATTTATTGTCA
127 ATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATT-GGAAAGAAAAGTACATTTATAGTCA
* * **********
31970 CCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATNNNNNNNNNNTCTCATAATTGATTTTAAG
191 CCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * *
32035 TTAAATATTTTTACATTTTTTGTTAAACAAGACTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAA
256 TT-AATTTTTTTACATTTTTTGTTAAA-AAGATTAT-ATTTAATGTTTACCTTAGGAAACATGAA
* ** *
32100 GAAAAAGCCA-CTCATTGTCAAGAAAAATCCATTTATAGTCATCCACACCTTTAAAATCCTTATT
318 GCAAAAGCCATCTCATTGGAAAGAAAAATCCATTTATAGTCATCCACACCTTTAAAAGCCTTATT
* ** **
32164 ACTTACTTTAAATAGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTAGT
383 ACTTACTTTAAATAGTTTTAGAATCTCATAATTAATTGCAAGTCAAGTTTTTTTACATTTTTAGT
* * * * * * **
32229 TAAAATAGATTATATTTGAATGTTTACCTTAAGGAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA
448 GAAAATAGATTATAGTTAAATATCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCACGCATTGA
* * *
32289 TAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTAAAAT-GGTTT
1 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* *
32353 -TAATTTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTGTTTATTAAAATAGATCATAATTGAA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATT-TTTATTAAAATAGAT-ATAATTGAA
* * * * * * *
32417 TGTTTGCCTTAAGAAATAGGAAGCACAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAATCACT
128 TGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTACATTTATAGTCACC
* ** *
32482 CGTACCTT-TGAAGCATTATTA-TTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
193 CATACCTTCAAAAGCCTTATTACTT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * *
32545 TCAATTGTTTTTATATTGTTAGTTAAAATAGATTATCATTTAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAA
257 T-AATT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAA-AGATTAT-ATTTAATGTTTACCTTAGGAAACATGAA
*** * *
32610 GCAAAAGCCATCTC-TTGGAAAGAAAAATCCATTTATAGTCA-CTCATGGCTTTGAAAGCGTTAT
318 GCAAAAGCCATCTCATTGGAAAGAAAAATCCATTTATAGTCATC-CACACCTTTAAAAGCCTTAT
* * * * * *
32673 TATTTCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATCATTAATTGCAAGTCAAGTTTTTTTACATTTTTTG
382 TACTTACTTTAAATAGTTTTAGAATCTCATAATTAATTGCAAGTCAAGTTTTTTTACATTTTTAG
* * * ** *
32738 TGAAAATATATTATAGTTAAATATCTACCTTGAGAAATGTGAAGCAAAAGTTACGCATTGG
447 TGAAAATAGATTATAGTTAAATATCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCACGCATTGA
* * * * *
32799 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CCTGAAGCCCTT--AAA--ATATTGCTCACTTTAAATAGTTT
1 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-CATG-CCTTCGAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* * * *
32859 TATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGGAGTTTTTTACT-TTTTTGATTAAAACAGATAGTATTT
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTA-TATTTTT-ATTAAAATAGATA-TAATT
* * * * * *
32923 GAATATTTG-CTTGGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAACA-TATATTTATAG
125 GAATGTTTGCCTT-AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAA-AGTACATTTATAG
*
32986 TCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTT
188 TCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * *
33051 AAATTAGATTTTTTTACATTTTTTGTTCAAACAGATTATATTTAAATATTTACCTT-GTGAAACA
253 AAGTTA-ATTTTTTTACATTTTTTGTT-AAAAAGATTATATTT-AATGTTTACCTTAG-GAAACA
33115 TGAAGCAAAAGCCATC
314 TGAAGCAAAAGCCATC
33131 CTCTAACAAG
Statistics
Matches: 690, Mismatches: 128, Indels: 52
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
506 14 0.02
507 4 0.01
508 35 0.05
509 188 0.27
510 355 0.51
511 38 0.06
512 4 0.01
513 52 0.08
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (507 bp):
TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTATTAAAATAGATATAATTGAATGT
TTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCAT
ACCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAT
TTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAGATTATATTTAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGC
CATCTCATTGGAAAGAAAAATCCATTTATAGTCATCCACACCTTTAAAAGCCTTATTACTTACTT
TAAATAGTTTTAGAATCTCATAATTAATTGCAAGTCAAGTTTTTTTACATTTTTAGTGAAAATAG
ATTATAGTTAAATATCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCACGCATTGA
Found at i:33144 original size:338 final size:336
Alignment explanation
Indices: 31828--33226 Score: 1174
Period size: 338 Copynumber: 4.1 Consensus size: 336
31818 TATTACTTGA
* * *
31828 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTCAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAAAAT
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTT-TTTTATATTTTTAGTTAAAAT
* * * * *
31893 ATATTATAATTTAATGTCTGCTTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTAGTAA-AAAAAGT
65 AGATTATAATTTAATGTCTGCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAAGT
* * **********
31957 TCATTTATTGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATNNNNNNNNNNTCTCAT
129 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * *
32022 AATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTTGTT-AAACAAGACTATAATTGAATGTTTACC
194 AATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAC-AGATTATAATTAAATATTTACC
* * *
32086 TT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCA-CTCATTGTCAAGAAAAATCCATTTATAGTCATCC--ACA
258 TTGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATC-CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC--CCTGA-A
*
32147 CCTTTAAAATCCTTATTACTTAC
318 CCTTTAAAA----TATTACTCAC
* *
32170 TTTAAATAGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAT
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAG-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAAT
* * * * ** *
32235 AGATTAT-ATTTGAATGTTTACCTTAAGGAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAG-AAAAG
65 AGATTATAATTT-AATGTCT-GCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAAG
* * * * * * *
32298 TCCATTTGTAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTAAAATGG-TTT-TAATTTTA
128 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * * *
32361 TAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTATATTGTTTATTAAAATAGATCATAATTGAATGTTTGCC
193 TAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATATTTACC
* * * * * * *
32425 TTAAGAAATAGGAAGCACAAGCCATCCATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCGTACCT
258 TTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCT-GAACCT
* *
32489 TTGAAGCATTATTATTCAC
321 TT-AA--AATATTACTCAC
* * * *
32508 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTTATATTGTTAGTTAAAA
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAGT-TTTTTATATTTTTAGTTAAAA
* * * *
32573 TAGATTATCATTTAATGTCTGCCTT-AGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCTC-TTGGAAAGAAAA
64 TAGATTATAATTTAATGTCTG-CTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGTAAGAAAA
* * ** * * *
32636 A-TCCATTTATAGTCACTCATGGCTTTGAAAGCGTTATTATTTCCTTTAAATGGTTTTATAATCT
126 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * ** * * * * * *
32700 CATCATTAATTGCAAGTCA-AGTTTTTTTACATTTTTTGTGAAAATATATTATAGTTAAATATCT
191 CATAATTGATTTTAAGTTAGA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATATTT
** ** **
32764 ACCTTGAGAAATGTGAAGCAAAAGTTA-CGCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCTGAAG
255 ACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATC-CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCTGAA-
* *
32828 CCCTTAAAATATTGCTCAC
318 CCTTTAAAATATTACTCAC
*
32847 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGGAGTTTTTTACT-TTTTT-GATTAAA
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAGTTTTTTA-TATTTTTAG-TTAAA
* * * *
32910 ACAGA-TAGT-ATTTGAATATTTGCTTGGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAA
63 ATAGATTA-TAATTT-AATGTCTGCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAA
* ** * *
32973 CA-TATATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATC
125 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * *
33037 TTATAATTGATTTTAAATTAGATTTTTTTACATTTTTTGTTCAAACAGATTATATTTAAATATTT
190 TCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATATTT
* * * * * *
33102 ACCTTGTGAAACATGAAGCAAAAGCCATCC-TCTAACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCGCTCAAA
255 ACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAT-TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCTGAAC
*
33166 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
319 CTTT-AAAA----TATTACTCAC
*
33189 TTTTAAACTA-TTTTCTAATCTCATAATT-ATTTTTAAGT
1 -TTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGT
33227 CAAATTTTTT
Statistics
Matches: 846, Mismatches: 165, Indels: 91
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
337 17 0.02
338 255 0.30
339 235 0.28
340 40 0.05
341 28 0.03
342 233 0.28
343 36 0.04
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (336 bp):
TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATA
GATTATAATTTAATGTCTGCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATATTTACCTTG
AGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCTGAACCTTTAAA
ATATTACTCAC
Found at i:34016 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 33423--34531 Score: 1086
Period size: 172 Copynumber: 6.5 Consensus size: 171
33413 NNNNNNNNNN
* * **
33423 TTAACTAAAAATGTACAAGGAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGT
1 TTAACCAAAAATATACAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGT
* * * * *
33488 AAGTAATATGGCTTTTAAAAGAATTA-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTT
66 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAA-TAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTT
* * * * *
33552 TTTCTTTATGTTTTTTGAGGTAGACATTTAATTATTATCTGTT
130 TTTCTTAATGTGTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-T
* * * *
33595 TTAACC-AAAAT-TACAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGA
1 TTAACCAAAAATATACAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGT
* * * *
33658 GAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAAT-ACTTG
66 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTT-
* * * * *
33721 TTTATTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
130 TTTCTTAATGTGTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * ** * * *
33763 TCTAACTAAAAATCTA-AAAAAAATCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAG
1 T-TAACCAAAAATATACAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAG
* * * *
33827 TGATTAATAAGGCTTTTAAACGAATAGGTGA-TCATAAATGAACATTTCTTGCCAATGAATGCCT
65 TGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCT
* *
33891 TTTTCTTAATGTGTCTTGAGCTAGACATTCAATTATAAACTCGT
129 TTTTCTTAATGTGTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCT-GT
* * *
33935 TTAACCAAAACTATACAAAGAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTAAAAAATCATTTAAAGT
1 TTAACCAAAAATATACAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGT
** * *
34000 G-GATAATTTGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACCAT-AATGGGA-TATTTCTTGGCAATGAATGCC
66 GAG-TAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAAT-GGACT-TTTCTTGCCAATGAATGCC
* *
34062 TTTTTCTTAATGTGTCTCGAGGTAGGCATTCAATTATAATCTCGT
128 TTTTTCTTAATGTGTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCT-GT
* * * *
34107 TGAATCAAAAATATACAAAGAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTA-AAAATTTATTTAAAG
1 TTAACCAAAAATATACAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA-TCATTTAAAG
* * * * *
34171 TGGGTAATAAGGCTTTTACAGGAATTA-ATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGTCT
65 TGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAA-TAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCT
* *
34235 TTTTCTTCACAT-T-TCTTGAGATAGACATTCAATTATAATCTATT
129 TTTTCTT-A-ATGTGTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCT-GT
* * * * * * *
34279 TTAACTAAAAATGTA-AAATAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTCAAG
1 TTAACCAAAAATATACAAA-AAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAG
* * * * * ** * * *
34343 CGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAATAAACTTTTCTTACCAGTGAATACCTT
65 TGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTT
* *
34408 TTTCTTCACA-GT-T-TTAGGGGTAGACATTCAATTATAATATGT
130 TTTCTT-A-ATGTGTCTT-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * * * * * *
34450 TTCAACTAAAAATGTAAAAAAAAAATT-GAATGTTAAACCAATTTTGAGTTTATAAAACCATTTA
1 TT-AACCAAAAA--TATACAAAAAATTCAAAT-TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTA
34514 AAGTGAGTAATAAGGCTT
62 AAGTGAGTAATAAGGCTT
34532 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 779, Mismatches: 127, Indels: 60
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.01
169 69 0.09
170 133 0.17
171 96 0.12
172 407 0.52
173 15 0.02
174 51 0.07
175 3 0.00
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TTAACCAAAAATATACAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGT
GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
TTCTTAATGTGTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
Found at i:35115 original size:171 final size:172
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34670 TTATATTCTG
* * * *
34680 TTTTAACAAAAAATGTAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTTTG-AGAATATAAAACTATTTAA
1 TTTTAACAAAAAATG-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * *
34744 AGTGAGTAATAATGCTTTTGAAGGAATGGGT-AATTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGC
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* * * * * *
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129 CTTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAGACATTCAAATATAATCCA
* * * ** * *
34851 TTTTAACTAAAAATGTAAAGAAATTTGACCTAAAATCAATTAT-AAGATTATAAAATCATTTAAA
1 TTTTAACAAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGATTATAAAACCATTTAAA
* ** *
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* **
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* *
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1 TTTTAACAAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * **
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* * * **
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130 TTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAGACATTCAAATATAA-TCCA
* * * *
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1 TTTTAACAAAAAATGA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGATTATAAAACCATTTAA
* ********** * * ** * *
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65 AGCGAGTAATAAAG-CTTTTGAAGGAATGAGTGAATATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATG
* * * ***
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* * ** * * * *
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1 TTTTAACAAAAAATGA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGATTATAAAACCATTTAA
** * ********** * ** *
35426 AGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAANNNNNNNNNNTAAAT-GAACTTTTCTTATCAATGAATAC
65 AGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGAATATAAATAG-GCTTTTCTTGCCAATGAATGC
* * * ** *
35490 CTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTTTATTATAAT--A
129 CTTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAGACATTCAAATATAATCCA
* * *
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1 T-TTTAACAAAAAATG-----AAAAAAAATTCAAC-TTAAAATCAATTATGAAGATTATAAAACC
* * * ********************************* ** *
35595 ATCTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCCTTTT
59 ATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGAATATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATG
** *** * * * ** ** * *
35660 TCTTTATGTTTCTTGA-G---GTAGACATTCA-ATT-ATAATCT-AT--T
124 AATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAGACATTCA-AATATAATCCA
* * ** * * * * * * *
35701 TTAATCA-AAAATGTAAAAAAC--TTCAATTTAAAATTAATTAT-TAGTTTAT-AAACTATTTAA
1 TT-TTAACAAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGATTATAAAACCATTTAA
* * * ********** * * ** *
35761 AGCAAGTAACAAGGCTTTTGAANNNNNNNNNNACTATAAAT-GGACTTTTCATGCCAATGGTTGG
65 AGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGAATATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGC
** * * ** * * * *
35825 AATTTCCTTTACG-TTCCCGAAGGTAGACACTCAATTAT-AGCCTT
129 CTTTTTCTTCACGTTTCTAG-AGGTAGACATTCAAATATAATCC-A
* * *
35869 TTTTAACTAAAAATAT-AAAAACAATTCATCTTAAAATCAATT-TGGAGATTATAAAACCATTTA
1 TTTTAAC-AAAAA-ATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * * * *
35932 AAGTGAGTAATAAGGC-TTTGAAGAAATG-GTG-A-CTAAAT-GAACTTTTCTTGTCAATAAATA
64 AAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGAATATAAATAG-GCTTTTCTTGCCAATGAATG
* * * * **
35992 TCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAGGTCGACA-TC-AAT-TCAATCTG
128 CCTTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAGACATTCAAATAT-AATCCA
* ** *
36034 TTTTAATCAAAATAT--AAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAATACCACTTA
1 TTTTAA-CAAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGATTATAAA-ACCATTTA
* * * * * *
36096 AAGCGAATAATAAGGCTTTT-AAAGAATGAGTGACTATAAAT-GAAC-TTTCTTACCAATGAATG
64 AAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGAATATAAATAG-GCTTTTCTTGCCAATGAATG
* * * **
36158 -CTTTTTTTTCATGTTTCTAGAGGTAGACA-TCAATTATAATCTG
128 CCTTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAGACATTCAAATATAATCCA
* * * * *
36201 TTTTAAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCTTTTAG
1 TTTT-AACAAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * *
36265 AGCGAGTAAGAATGCTTTTGAA-GAATGTGTGACTAT-AA-AGACTTTTCTTGCCAGTGAAT-CC
65 AGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGAATATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGCC
* * * ** * * *
36326 CTTTTCTTAATGTTT-TTCAGGTAGATATTCAATTAT-ATCTA
130 TTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAGACATTCAAATATAATCCA
* * * * * *
36367 TTTTAACCAAAAATGTCAAAAAAAATTGAACTT-AAATTAATT-TGGAGTTTAT-AAATCATTTA
1 TTTTAACAAAAAATG--AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * * * * * * * *
36429 ATGTGAGTAGTAAGGC-TTTAAAGGAATGAGTGACTATACACAGACTTTGCTTG-TAAAGAAATG
64 AAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGAATATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATG-AATG
* * * * ** **
36492 CATTTTTCTTCACGCTTCTTA-AGGTAAACATTCAATTATGGTCTG
128 CCTTTTTCTTCACGTTTC-TAGAGGTAGACATTCAAATATAATCCA
* * * * * * *
36537 CTTTAACCAAAAATG-TAAAAAATTCAACTAAAAACCAATTATG-AG-GTAT-AAATCATTTAAA
1 TTTTAACAAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * ** * * * * **
36598 GCGAGTAATAAGGATTTTGAAGGAATG-GAAGACCAT-AATAGACATTTCTTCCCAACGAATAAC
66 GCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAG-TGAATATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGCC
* * * * * * * *
36661 TCTTTCTAT-ATGTTTGT-GAGGCAAACATTTAATTATAAGTCTA
130 TTTTTCT-TCACGTTTCTAGAGGTAGACATTCAAATATAA-TCCA
* **
36704 TTTTAACAAAAAAT-ATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATG-AGATTAT-AAATTATTTAA
1 TTTTAACAAAAAATGA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGATTATAAAACCATTTAA
** * * * * * * *
36766 AATGA-TAATAAGGATTTT-AAGGAATGGGAGACTATAAAT-GGACTTTTCTTTCAAATGAATG-
65 AGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGAATATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGC
* * ** * * * *
36827 GTTTTTCTACACGTTTCTA-AGACAGTCATTCAATTATAGT-CT
129 CTTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAGACATTCAAATATAATCCA
** * ** * * *
36869 TTTTAATGAAAAATG-TAACCAATTCAACATAAAATTAATTAT-AAGATTATCAAACCATTTAAA
1 TTTTAACAAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * ** * * * * *
36932 GCAAGTAATAAGGCTTCTGAAGAAAT-AAAGACTATAAATAGAC-TTTCCT-CTAAATGAATGGC
66 GCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGAATATAAATAGGCTTTTCTTGC-CAATGAATGCC
** * * **
36994 TTTTTCTTCATATTTCTA-AGGCAGGACATTC--ATATAGTCTG
130 TTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTA-GACATTCAAATATAATCCA
* ** *
37035 CTTTAATGAAAAAT-ATAAAAAAATTTAACTTAAAATC-ATTATG-AGATTATAAAACCATTTAA
1 TTTTAACAAAAAATGA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * *
37097 AGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAAGAATGTGAGACTA-AAAT-GGACTTTTCTT-CTAAATAAATG
65 AGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGAATATAAATAGG-CTTTTCTTGC-CAATGAATG
* * * * * * *
37159 AC-TTTTCTACACATTTGCT-GAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTA
128 CCTTTTTCTTCACGTTT-CTAGAGGTAGACATTCAAATATAATCCA
*** * * *
37203 -TTTAGTGAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATTAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAA
1 TTTTAACAAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGATTATAAAACCATTTAAA
* * ** * *
37266 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAAAATGGGTGACTATAAA-AGGACTATTTC-T-CTCAATGAATG
66 GCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGAATATAAATAGG-CT-TTTCTTGC-CAATGAATG
* * * * * * * * **
37328 GCATTTTCTTCATGTTTCCCA-AGGCA-AGCCTTCAATTATAGTCTG
128 CCTTTTTCTTCACGTTT-CTAGAGGTAGA-CATTCAAATATAATCCA
** * * * *
37373 TTTTAATGAAACATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACTATTTAAA
1 TTTTAACAAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * * *
37437 ACGAGTGATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACA-ATAAAT-GGACTTTTTTTACCAATGAATGC
66 GCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGA-ATATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGC
* * * * * * **
37500 CTTTTTCTTCACATTTTTTGAGGCAAACACTT-AATTATAATCTG
129 CTTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAGACA-TTCAAATATAATCCA
* * * * * *
37544 TTTTAACAAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTTTG-AGATTATAAAACTATTTAG
1 TTTTAACAAAAAATG-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * *
37608 AGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATG-GTAGAATATAAATAGACTTTCCTT-CTCAATGAATG
65 AGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGT-GAATATAAATAGGCTTTTCTTGC-CAATGAATG
* ** * *
37671 CCTTTTTCTAT-ACGTTTCTCAGA--CAGACATTCATTTATAGTCTA
128 CCTTTTTCT-TCACGTTTCT-AGAGGTAGACATTCAAATATAATCCA
* * * *
37715 TTTTAATAAAAAATGTAAAAGAA-TCAACTTAAAATCAATTAT--AGTTTATAAAACCATTTAAA
1 TTTTAACAAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * *
37777 GCGAGTAAT-ATGCTTTTAAAGGAAT-AGGTG-ATATAGATAGACTTTTCTTACTAATGAATACC
66 GCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGA-GTGAATATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGCC
** * * * ***
37839 TTTTTCTTCATATTTCTTGAAGTAGACATTCAATTATAATTTG
130 TTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAGACATTCAAATATAATCCA
* * * * * **
37882 TTTTAATAAAAAATGCACAAAGAATTCAGCTTAAAATCAATTACGAAG-TTATAAAATTATTTAA
1 TTTTAACAAAAAATG-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGATTATAAAACCATTTAA
** * *
37946 AATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AG-GAGACAATAAAT-GGACTTTTCTT-CTCAATGAA
65 AGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGA-A-TATAAATAGG-CTTTTCTTGC-CAATGAA
* * * * * * * *
38007 TGGCTTTTT-TTATATGTTTTTTA-AGGTAGGCATTCAATTAT-AGCCTG
126 TGCCTTTTTCTT-CACG-TTTCTAGAGGTAGACATTCAAATATAATCC-A
* * *
38054 TTTTAACAAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACTATTTAA
1 TTTTAAC-AAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * *
38118 AGTGAGTAATCAGGCATTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTCCCAATGAATGC
65 AGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGAATATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGC
* * ** * * ***
38182 CTTTCTCTTTATATTTC-ATGAGGTAGACATTCAATTATAGTTTG
129 CTTTTTCTTCACGTTTCTA-GAGGTAGACATTCAAATATAATCCA
** * * *
38226 TTTTAATTAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATCATAAAACCATTTAAA
1 TTTTAACAAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGATTATAAAACCATTTAAA
** ************* * * **
38290 TTGAGTAATAANNNNNNNNNNNNCATG-GATGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCTAATGAATAT
66 GCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAG-TGAATATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGC
* * * **
38353 CTTTTTCTTCACATGTCTCA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTG
129 CTTTTTCTTCACGTTTCT-AGAGGTAGACATTCAAATATAATCCA
* * * * * * *
38397 TCTTAACCAAAAAT-ATAAAAAAATACAACTTAAAATTATTTAT-TAGTTTATAAAACCATTTAA
1 TTTTAACAAAAAATGA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * ** * **
38460 AGCAAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATGAGAGACTATAAAAAAACTTTTCTTCCCAATGAATGTA
65 AGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGAATATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGCC
* * * * * *
38525 TTTTT-TTACATGTTTCTCA-AGGCA-AGTATTCAATTATAGTCTA
130 TTTTTCTT-CACGTTTCT-AGAGGTAGA-CATTCAAATATAATCCA
* ** * ** * * *
38568 TATTAATGAAAAAGGTCAAAAAATTCACCTTAAAATCAATTCTG-AGATTAT-AAACTATTTAAA
1 TTTTAACAAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * *
38631 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATACCT
66 GCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGAATATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGCCT
* * * * *
38696 TTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAAT--A
131 TTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAGACATTCAAATATAATCCA
* * * * * *
38736 TGTTTAAAATAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTAAAACCAATTTTG-AGATTATAAAACCATTT
1 T-TTTAACA-AAAAATG-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGATTATAAAACCATTT
** * * * * *
38800 AAATTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATTAGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCTAATGAAT
63 AAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGAATATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * * * ***
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127 GCCTTTTTCTTCACGTTTCT-AGAGGTAGACATTCAAATATAATCCA
* * *
38910 TTTTAACCAAAAAT-ACAAAAAAATTCAACTTAAAACCAACTT-TG-AGATTATAAAACTATTTA
1 TTTTAACAAAAAATGA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * * * *
38972 AAGTGAGTAATAAGGCTTCTGAAAGAATGGGTGACTATAAAT-GGACTTCTCTTGCCAATAAAT-
64 AAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGAATATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATG
** * * *
39035 ATTTGTTTCTTCATGTTTCCTA-AGTTAGACATTCAATTATAA-CC-
128 CCTT-TTTCTTCACGTTT-CTAGAGGTAGACATTCAAATATAATCCA
* * * * * *
39079 TGTTCTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCACTTATG-AGATTATAAAACCACTTA
1 T-TT-TAACAAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGATTATAAAACCATTTA
* * * * ** *
39143 AAGTGA-TAAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGGCTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAAC
64 AAGCGAGT-AATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGAATATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * * * *
39206 GTCCTTTTT-TTAATGTTTCTTGAGGCAGTCATTCAATTATAATCTC-
127 G-CCTTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAGACATTCAAATATAATC-CA
* * *
39252 TTTTAACCAAAAATGTACAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATT-T-AGAGATTATAAAATCATTT
1 TTTTAACAAAAAATG-A-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-AGATTATAAAACCATTT
* * * * * *
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* * * * * **
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125 ATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAGACATTCAAATATAATCCA
* * * *
39425 TTTTAACTAAAAATGTAAAAGAAATTCAACTTAAAATTAATTATG-AGATTATAAAATCATTTAA
1 TTTTAACAAAAAATG-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGATTATAAAACCATTTAA
** * * * * * * * * *
39489 AATGAGCAATAACG-TGTTTGAAGCAACG-GAGACTATAAAT-GGACTTTTGTTCCCAATAAATG
65 AGCGAGTAATAAAGCT-TTTGAAGGAATGAGTGAATATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATG
* * * ** * * ***
39551 ACTTTTTCTACACGTTTCTTGAGGTAGGTATTCAACTATAGTTTG
128 CCTTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAGACATTCAAATATAATCCA
** * *
39596 TTTTAATTAAAAATG-TAAAAAATATCTACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAA
1 TTTTAACAAAAAATGAAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * ** *
39659 AGCGTGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGT-AACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATAAATGC
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* * * * ***
39723 C-TTTTGTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATG
129 CTTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAGACATTCAAATATAATCCA
* * * * * *
39766 TTTTAACAAAAAAATGCACAAAGAATTCAGCTTAAAATCAATTTTG-AGATTATAAAACAATTTC
1 TTTTAAC-AAAAAATG-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGATTATAAAACCATTTA
* * * * *
39830 GAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AGGTTACTATAAAT-GGACTTTTCTTACCAATGAAT
64 AAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGA-GTGAATATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * * **
39893 GCCTTTTTCTTCACATTTCTTA-AGGTAGACATTCAATTACATTCTG
127 GCCTTTTTCTTCACGTTTC-TAGAGGTAGACATTCAAATATAATCCA
* * * * * * * * *
39939 TTTTAGCAAAAAATGTAGAAAACATTGAACATAAAATGAATTTTG-AGATAATAAACCCATTTAA
1 TTTTAACAAAAAATG-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGATTATAAAACCATTTAA
* * ** * * * * *
40003 AGTGAGTAACAGGGCTTATGAAGGAA-AATGTGAGTATAAATAGACTTTTCTAGCCAATGAATGC
65 AGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGA-GTGAATATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGC
* * * * *
40067 ATTTTTCTTTATGTTTATTA-AGGTAGACATTCAATTATAGTAT-C-
129 CTTTTTCTTCACGTTT-CTAGAGGTAGACATTCAAATATA--ATCCA
** *
40111 TTTTAA-ATAAAAAT-ATAAAAACGTTCAACTTAAAATTAATTATG-AGATTATAAAACCATTTA
1 TTTTAACA-AAAAATGA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * * *
40173 AAACGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTT-TCT-CTAAATGAAT
64 AAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGAATATAAATAGGCTTTTCT-TGC-CAATGAAT
** * * * *
40236 GGGTTTTTCTACACG--T-TA-AGGAAAGA-ATTCAATTATAGT-CA
127 GCCTTTTTCTTCACGTTTCTAGAGG-TAGACATTCAAATATAATCCA
* * *
40277 GTTTTAATAAAACAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTACAAAACCATTTA
1 -TTTTAACAAAAAATGA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * * * *
40340 AAGCGAGTAATAAGGCTCTTAAAGGAAT-AGATAAATATAAAT-GAACTTTTCATACTAATGAAT
64 AAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAG-TGAATATAAATAG-GCTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * * **
40403 GCTTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
127 GCCTTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAGACATTCAAATATAATCCA
* * * * * *
40449 TTTTAACAAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTAAAGTCAATTTTG-AGATTATAAAACCATTTAT
1 TTTTAACAAAAAATG-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * *
40513 AGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACA-ATAAATA
65 AGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGA-ATATAAATA
40555 CCTTTTTCTT
Statistics
Matches: 4467, Mismatches: 973, Indels: 526
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
160 50 0.01
161 20 0.00
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Consensus pattern (172 bp):
TTTTAACAAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGATTATAAAACCATTTAAA
GCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGAATATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGCCT
TTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAGACATTCAAATATAATCCA
Found at i:38108 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 37532--40553 Score: 2608
Period size: 171 Copynumber: 17.7 Consensus size: 170
37522 GCAAACACTT
* * * *
37532 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * *
37597 AAACTATTTAGAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGTAGAATATAAATAGACTTTCCTTCT
65 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGT-GACTATAAATGGACTTTTCTTCT
* * * **
37662 CAATGAATGCCTTTTTCTATACGTTTC-TCAGACAGACATTC
129 CAATGAATGCCTTTTTTTATATGTTTCTTAAGGTAGACATTC
* * * * *
37703 ATTTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAGAA-TCAACTTAAAATCAATTAT-AGTTTATAA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
37766 AACCATTTAAAGCGAGTAAT-ATGCTTTTAAAGGAATAGGTGA-TATAGATAGACTTTTCTTACT
66 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CT
*
37829 -AATGAATACCTTTTTCTTCATA--TTTCTTGAA-GTAGACATTC
129 CAATGAATGCCTTTTT-TT-ATATGTTTCTT-AAGGTAGACATTC
* * * * * * *
37870 AATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATGCACAAAGAATTCAGCTTAAAATCAATTACGA-AGTTAT
1 AATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTAT
** * * *
37934 AAAATTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACAATAAATGGACTTTTCTTC
64 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC
* * *
37999 TCAATGAATGGCTTTTTTTATATGTTTTTTAAGGTAGGCATTC
128 TCAATGAATGCCTTTTTTTATATGTTTCTTAAGGTAGACATTC
* *
38042 AATTATAGCCTGTTTTAACAAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
1 AATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
38107 AAACTATTTAAAGTGAGTAATCAGGCATTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCC
65 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCT
* *
38172 CAATGAATGCCTTTCTCTTTATA--TTTCATGAGGTAGACATTC
129 CAATGAATGCCTTT-T-TTTATATGTTTCTTAAGGTAGACATTC
* ** * *
38214 AATTATAGTTTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* *************
38279 AACCATTTAAATTGAGTAATAANNNNNNNNNNNNCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT
66 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTT-CT
** * *
38344 -AATGAATATCTTTTTCTTCACATG--TCTCAAGGTAGACATTC
129 CAATGAATGCCTTTTT-TT-ATATGTTTCTTAAGGTAGACATTC
* * * * * * * * *
38385 AATTATAATCTGTCTTAACCAAAAATATAAAAAAATACAACTTAAAATTATTTATTAGTTTATAA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
** * * *** *
38450 AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATGAGAGACTATAAAAAAACTTTTCTTCCC
66 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTC
** * * * *
38515 AATGAATGTATTTTTTTACATGTTTCTCAAGGCA-AGTATTC
130 AATGAATGCCTTTTTTTATATGTTTCTTAAGGTAGA-CATTC
* * ** * * * *
38556 AATTATAGTCTATATTAATGAAAAAGGTCAAAAAATTCACCTTAAAATCAATTCTGAGATTAT-A
1 AATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* *
38620 AACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC-
66 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CT
* * *
38684 CAATGAATACCTTTTTCTT-TATGTTTCTTGAGGTAGACATTT
129 CAATGAATGCCTTTTT-TTATATGTTTCTTAAGGTAGACATTC
* * * * * * *
38726 AATTATAATATG-TTTAAAATAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTAAAACCAATTTTGAGATTAT
1 AATTATAGTCTGTTTTAACA-AAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
38790 AAAACCATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATTAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
64 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-
* * *
38855 CT-AATGAAT-ACTTTTTTCT-TCATGTTTCTCAAGGTAAACATTC
127 CTCAATGAATGCCTTTTTT-TAT-ATGTTTCTTAAGGTAGACATTC
* * * ** *
38898 AATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAACCAACTT-TGAGATTATA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATA
* * * *
38962 AAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGC
65 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-C
* * * *
39027 -CAATAAAT--ATTTGTTTCT-TCATGTTTCCTAAGTTAGACATTC
128 TCAATGAATGCCTTT-TTT-TAT-ATGTTTCTTAAGGTAGACATTC
** * * * * *
39069 AATTATAACCTGTTCTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCACTTATGAGATTATAA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * *
39134 AACCACTTAAAGTGA-TAAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGC
66 AACCATTTAAAGTGAGT-AATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-C
* * * *
39198 -CAATGAACGTCCTTTTTTTA-ATGTTTCTTGAGGCAGTCATTC
128 TCAATGAATG-CCTTTTTTTATATGTTTCTTAAGGTAGACATTC
* * * *
39240 AATTATAATCTCTTTTAACCAAAAATGTACAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATT-TAGAGATTA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTA
* * * *
39304 TAAAATCATTTAGAGT-AGGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATTGGTGACTATAAATAGAC-TTTCT
63 TAAAACCATTTAAAGTGA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
*
39367 GTGC-CAATGAATGCCTTTTTGTT-TATGTTTCTTGAGGTAGACATTC
126 -T-CTCAATGAATGCCTTTTT-TTATATGTTTCTTAAGGTAGACATTC
* * *
39413 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAGAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * * * *
39478 AAATCATTTAAAATGAGCAATAACG-TGTTTGAAGCAACGGAGACTATAAATGGACTTTTGTTCC
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* * * * * * **
39542 CAATAAATGACTTTTTCTACACGTTTCTTGAGGTAGGTATTC
129 CAATGAATGCCTTTTTTTATATGTTTCTTAAGGTAGACATTC
* * ** *
39584 AACTATAGTTTGTTTTAATTAAAAATGT-AAAAAATATCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * *
39648 AAACCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTAACTATAAATAGACTTTTCTTAT
65 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTCT
* * * *
39713 CAATAAATGCCTTTTGTT-CATGTTTCTTGAGGTAGACATTC
129 CAATGAATGCCTTTTTTTATATGTTTCTTAAGGTAGACATTC
* * * * * *
39754 AATTATAATATGTTTTAACAAAAAAATGCACAAAGAATTCAGCTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
1 AATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * *
39819 AAAACAATTTCGAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTTACTATAAATGGACTTTTCTTA
64 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-
*
39884 C-CAATGAATGCCTTTTTCTTCACA--TTTCTTAAGGTAGACATTC
127 CTCAATGAATGCCTTTTT-TT-ATATGTTTCTTAAGGTAGACATTC
* * * * * * * * *
39927 AATTACATTCTGTTTTAGCAAAAAATGTAGAAAACATTGAACATAAAATGAATTTTGAGATAATA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * *
39992 AACCCATTTAAAGTGAGTAACAGGGCTTATGAAGGAAAAT-GTGAGTATAAATAGACTTTTCTAG
65 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG--AATGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-T
* *
40056 C-CAATGAATGCATTTTTCTT-TATGTTTATTAAGGTAGACATTC
127 CTCAATGAATGCCTTTTT-TTATATGTTTCTTAAGGTAGACATTC
* * * ** *
40099 AATTATAGTATCTTTTAA-ATAAAAATATAAAAACGTTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACA-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
** * * *
40163 AAACCATTTAAAACGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTT-TCTC
65 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCT-TC
* ** * * * *
40227 TAAATGAATGGGTTTTTCTACACG----TTAAGGAAAGA-ATTC
128 TCAATGAATGCCTTTTTTTATATGTTTCTTAAGG-TAGACATTC
* * * * *
40266 AATTATAGTCAGTTTTAATAAAACATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * * *
40331 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCTTAAAGGAATAGATAAATATAAATGAACTTTTCATACT
66 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTCT
** **
40396 -AATGAATG-CTTTTTTCT-TCACATTTCTCGAGGTAGACATTC
129 CAATGAATGCCTTTTTT-TAT-ATGTTTCTTAAGGTAGACATTC
* * * * *
40437 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTAAAGTCAATTTTGAGATTATA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
40502 AAACCATTTATAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACAATAAAT
65 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAAT
40554 ACCTTTTTCT
Statistics
Matches: 2332, Mismatches: 416, Indels: 205
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 39 0.02
167 176 0.08
168 45 0.02
169 52 0.02
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172 673 0.29
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175 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
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AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCA
ATGAATGCCTTTTTTTATATGTTTCTTAAGGTAGACATTC
Found at i:38602 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 34664--40872 Score: 3497
Period size: 342 Copynumber: 18.4 Consensus size: 339
34654 TGAGGTAGGC
* * *
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* * * * * * *
34728 ATATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAAGGAATGGGTAATTATAAATAGACTTTT
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** ** * * *
34793 CTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTT-CATGTTTCTCGAGG-TAGACATTCAATT-TAGTTCGTTTT
129 CTTCCCAATGAATGTATTTTT-TTACATGTTTCTCGAGGCAAG-TATTCAATTATAGTTTGTTTT
** * * * *
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192 AATC-AAAAATGTCAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * ** **
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** * * **
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318 TTCTT-ATATGTCTTAAGGTAGA
* * * *
35005 CATTCAAATATAATCCAT-TTTAACAAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAA
1 CATTCAATTATAAT-C-TGTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ** * * *
35069 TTGTAAAACCATTTAAGGCAAGTAATAAGGCCTTTCAAGGAATGAGTGCCTATAAATGGACTTTT
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* ** ** * * * * *
35134 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT-CACCTTTCTAGAGG-TAGACATTCAATTAAAGGCTT-TTT
129 CTTCCCAATGAATGTATTTTT-TTACATGTTTCTCGAGGCAAG-TATTCAATTATA-GTTTGTTT
* * *
35196 TAA-CAAAAA-GAT-ATAAAAATACAACTTAAAATCAATTTTAAGAATATAAAACCATTTAAAGT
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*********** ** *
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253 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTT
* * *
35323 TT-TT-TCACGTTTTCTAAGGCAGA
318 TTCTTAT-ATG-TCT-TAAGGTAGA
* * * ** * * *
35346 CATTCAATTATAATTTGTTCTAACCAAAAATATAAAAGTATTCAACCTAATATCAATTATGAAAT
1 CATTCAATTATAATCTGTT-TAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * ********** *
35411 TATAAAACCCTTTGAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAANNNNNNNNNNTAAATGAACTTTTC
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** *** * * * ** * *
35476 TTATCAATGAATACCTTTTTCTT-TATGTTTCTCGAGG-TAGACATTTTATTATAATATG-TTTA
130 TTCCCAATGAATGTATTTTT-TTACATGTTTCTCGAGGCAAG-TATTCAATTATAGTTTGTTTTA
* * * *
35538 ACCAAAAATGTAAAAAAAAAAAATCCAACATT-AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATCTAAA
193 ATCAAAAATGT-----CAAAAAATTCAAC-TTAAAATCAA-TTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
********************************
35602 GTGAGTAATAAGGC-TTT-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATG----CCT
251 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCT
*
35657 TTTTCTT-TATGTTTCTTGAGGTAGA
316 TTTTCTTATATG--TCTTAAGGTAGA
* * * * * *
35682 CATTCAATTATAATCTATTTTAA-TCAAAAATGTAAAAAACTTCAATTTAAAATTAATTATTAGT
1 CATTCAATTATAATCT-GTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** * **********
35746 TTAT-AAACTATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTTGAANNNNNNNNNNACTATAAATGGACTTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * ** * * * * * * *
35810 CATGCCAATGGTTGGAATTTCCTTTAC--G-TTCCCGAAGG-TAGACACTCAATTATAGCCTT-T
129 CTTCCCAATGAAT-GTATTT-TTTTACATGTTTCTCG-AGGCAAG-TATTCAATTATAG-TTTGT
* * *
35870 TTTAA-CTAAAAATATAAAAACAATTCATCTTAAAATCAATTTGGAGATTATAAAACCATTTAAA
189 TTTAATC-AAAAATGTCAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTT-GAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
35934 GTGAGTAATAAGGC-TTTGAAGAAAT-GGTGAC--TAAATGAACTTTTCTTGTCAATAAATATCT
251 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCT
* * * *
35995 TTTTCTT-CATGTTTCTCAGGTCGA
316 TTTTCTTATATGTCT-TAAGGTAGA
* * * **
36019 CA-TCAATT-CAATCTGTTTTAA-TCAAAATATAAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAATCTG-TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
36081 TATAAATACCACTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTT-AAAGAATGAGTGACTATAAATGAAC-TTT
65 TATAAA-ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * *
36144 CTTACCAATGAATGCT-TTTTTTT-CATGTTTCTAGAGG-TAG-ACATCAATTATAATCTGTTTT
129 CTTCCCAATGAATG-TATTTTTTTACATGTTTCTCGAGGCAAGTA-TTCAATTATAGTTTGTTTT
* * * * * *
36205 AAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAGAGCGA
192 AATC-AAAAATGTCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
* * * * *
36270 GTAAGAATGCTTTTGAA-GAATGTGTGACTATAAA--GACTTTTCTTGCCAGTGAAT-CCCTTTT
255 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTT
* *
36331 CTTA-ATGTTTTTCAGGTAGA
320 CTTATATG-TCTTAAGGTAGA
* * * * *
36351 TATTCAATTAT-ATCTATTTTAACCAAAAATGTCAAAAAAAATTGAACTT-AAATTAATT-TGGA
1 CATTCAATTATAATCT-GTTTAACTAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GA
* * * * * * **
36413 GTTTAT-AAATCATTTAATGTGAGTAGTAAGGC-TTTAAAGGAATGAGTGACTATACACAGACTT
62 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTT
* ** * * * * ** * ** * * *
36476 TGCTT-GTAAAGAAATGCATTTTTCTT-CACGCTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATGGTCTGCT
127 TTCTTCCCAATG-AATGTATTTTT-TTACATGTTTCTCGAGGCAAGTATTCAATTATAGTTTGTT
* * * * * *
36539 TTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTAAAAACCAATTATGAG-GTAT-AAATCATTTAAAGCG
190 TTAATCAAAAATGTCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* ** * * * * * * *
36601 AGTAATAAGGATTTTGAAGGAATGGAAGACCAT-AATAGACATTTCTTCCCAACGAATAACTCTT
254 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTT
* * * *
36665 TC-TATATGTTTGTGAGGCAAA
319 TCTTATATGTCT-TAAGGTAGA
* * * * *
36686 CATTTAATTATAAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 CATTCAATTATAA-TCT-GTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
** * * * *
36751 TTAT-AAATTATTTAAAATGA-TAATAAGGATTTT-AAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * * *
36813 CTTTCAAATGAATG-GTTTTTCTACACGTTTCT-AAGAC-AGTCATTCAATTATAGTCT-TTTTA
129 CTTCCCAATGAATGTATTTTTTTACATGTTTCTCGAGGCAAGT-ATTCAATTATAGTTTGTTTTA
* ** * * * * **
36874 ATGAAAAATGT-AACCAATTCAACATAAAATTAATTATAAGATTATCAAACCATTTAAAGCAAGT
193 ATCAAAAATGTCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
* * *** * * * **
36938 AATAAGGCTTCTGAAGAAAT-AAAGACTATAAATAGAC-TTTCCT-CTAAATGAATGGCTTTTTC
257 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATACCTTTTTC
* *
37000 TTCATATTTC-TAAGGCAGGA
321 TT-ATATGTCTTAAGGTA-GA
* * *
37020 CATTC-A-TATAGTCTGCTTTAA-TGAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATC-ATTATGAGA
1 CATTCAATTATAATCTG-TTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
37081 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAAGAATGTGAGACTA-AAATGGACTTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
** * * * ** * * * * *
37145 CTTCTAAATAAATG-ACTTTTCTACACATTTGCT-GAGGTAGGCATTCAATTATAGTCT-ATTTA
129 CTTCCCAATGAATGTATTTTTTTACATGTTT-CTCGAGGCAAGTATTCAATTATAGTTTGTTTTA
* * *
37207 GTGAAAAATGT-AAAACAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
193 ATCAAAAATGTCAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
** * ** *
37271 TAATAAGGCTTTTGAAAAAATGGGTGACTATAAAAGGACTATTTC-T-CTCAATGAATGGCATTT
256 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGC-CAATGAATACCTTTT
* * ** *
37334 TCTTCATGTTTCCCAAGGCA-A
319 TCTT-ATATGTCTTAAGGTAGA
* * * *
37355 GCCTTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TGAAACATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
1 -CATTCAATTATAATCTG-TTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** * * * * *
37419 ATTATAAAACTATTTAAAACGAGTGATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACAATAAATGGACTTT
63 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * ** * ** * *
37484 TTTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACAT-TTT-TTGAGGCAAACACTT-AATTATAATCTGTT
128 TCTTCCCAATGAATGTATTTTT-TT-ACATGTTTCTCGAGGCAAGTA-TTCAATTATAGTTTGTT
* * * *
37546 TTAA-CAAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAGAG
190 TTAATC-AAAAATGT-CAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
37610 TGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-GGTAGAATATAAATAGACTTTCCTT-CTCAATGAATGCC
252 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT-GACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATACC
* * * **
37673 TTTTTC-TATACGTTTCTCAGACAGA
315 TTTTTCTTATATGTCT-TAAGGTAGA
* * * * *
37698 CATTCATTTATAGTCTATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAGAA-TCAACTTAAAATCAATTAT-AGT
1 CATTCAATTATAATCT-GTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
37760 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-ATGCTTTTAAAGGAAT-AGGTGA-TATAGATAGACTTT
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* * *** * * * * * *
37822 TCTTACTAATGAATACCTTTTTCTT-CATATTTCTTGAAG-TAGACATTCAATTATAATTTGTTT
128 TCTTCCCAATGAATGTATTTTT-TTACATGTTTCTCGAGGCAAG-TATTCAATTATAGTTTGTTT
* * * ** *
37885 TAATAAAAAATG-CACAAAGAATTCAGCTTAAAATCAATTACGA-AGTTATAAAATTATTTAAAA
191 TAATCAAAAATGTCA-AAA-AATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGA-TTATAAAACCATTTAAAG
* * * **
37948 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACAATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCT
252 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATACCT
* *
38012 TTTT-TTATATGTTTTTTAAGGTAGG
316 TTTTCTTATATG--TCTTAAGGTAGA
** * *
38037 CATTCAATTATAGCCTGTTTTAACAAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 CATTCAATTATAATCTG-TTTAAC-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
38102 TTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATCAGGCATTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
** * * *
38167 CTTCCCAATGAATGCCTTTCTCTTT--ATATTTCAT-GAGG-TAGACATTCAATTATAGTTTGTT
129 CTTCCCAATGAATGTATTT-T-TTTACATGTTTC-TCGAGGCAAG-TATTCAATTATAGTTTGTT
* * *
38228 TTAATTAAAAATGT-AAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAATT
190 TTAATCAAAAATGTCAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
************* * * *
38292 GAGTAATAANNNNNNNNNNNNCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTT
253 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTT
* *
38357 TTCTTCACATGTCTCAAGGTAGA
318 TTCTT-ATATGTCTTAAGGTAGA
* * * * * * *
38380 CATTCAATTATAATCTGTCTTAACCAAAAATATAAAAAAATACAACTTAAAATTATTTATTAGTT
1 CATTCAATTATAATCTGT-TTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
** * * ***
38445 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATGAGAGACTATAAAAAAACTTTTC
65 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * *
38510 TTCCCAATGAATGTATTTTTTTACATGTTTCTCAAGGCAAGTATTCAATTATAGTCTATATTAAT
130 TTCCCAATGAATGTATTTTTTTACATGTTTCTCGAGGCAAGTATTCAATTATAGTTTGTTTTAAT
* * * *
38575 GAAAAAGGTCAAAAAATTCACCTTAAAATCAATTCTGAGATTAT-AAACTATTTAAAGTGAGTAA
195 CAAAAATGTCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* *
38639 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTT-
259 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTA
*
38703 TATGTTTCTTGAGGTAGA
324 TATG--TCTTAAGGTAGA
* * * * * * *
38721 CATTTAATTATAATATGTTTAAAATAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTAAAACCAATTTTGAGA
1 CATTCAATTATAATCTGTTT-AACTAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
38786 TTATAAAACCATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATTAGTGACTATAAATGGACTTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * ** *
38851 CTTGCTAATGAA--TACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATTTGTTTT
129 CTTCCCAATGAATGTA-TTTTTT-TACATGTTTCTCGAGGCAAGTATTCAATTATAGTTTGTTTT
* * * *
38914 AACCAAAAAT-ACAAAAAAATTCAACTTAAAACCAACTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGA
192 AATCAAAAATGTC-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
* * * * *
38978 GTAATAAGGCTTCTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATAAATA-TTTGTT
255 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTT-TT
* * * *
39042 TCTTCATGTTTCCTAAGTTAGA
319 TCTT-ATATGTCTTAAGGTAGA
* * * *
39064 CATTCAATTATAACCTGTTCTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCACTTATGAGAT
1 CATTCAATTATAATCTGTT-TAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
39129 TATAAAACCACTTAAAGTGA-TAAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGGCTATAAATGGACTTTT
65 TATAAAACCATTTAAAGTGAGT-AATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * *
39193 CTTGCCAATGAACGTCCTTTTTTTA-ATGTTTCTTGAGGC-AGTCATTCAATTATAATCTCTTTT
129 CTTCCCAATGAATGT-ATTTTTTTACATGTTTCTCGAGGCAAGT-ATTCAATTATAGTTTGTTTT
* * * *
39256 AACCAAAAATGTACAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTAGAGATTATAAAATCATTTAGAGT-
192 AATCAAAAATGT-C-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * *
39320 AGGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATTGGTGACTATAAATAGAC-TTTCTGTGCCAATGAATGCCTT
254 A-GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATACCTT
* *
39384 TTTGTT-TATGTTTCTTGAGGTAGA
317 TTTCTTATATG--TCTTAAGGTAGA
*
39408 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAGAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGA
1 CATTCAATTATAATCTG-TTTAACTAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
39473 TTATAAAATCATTTAAAATGAGCAATAACG-TGTTTGAAGCAACG-GAGACTATAAATGGACTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT-TTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * * *
39536 TGTTCCCAATAAATG-ACTTTTTCTACACGTTTCTTGAGGTAGGTATTCAACTATAGTTTGTTTT
128 TCTTCCCAATGAATGTA-TTTTTTTACATGTTTCTCGAGGCAAGTATTCAATTATAGTTTGTTTT
* * * *
39600 AATTAAAAATGT-AAAAAATATCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGT
192 AATCAAAAATGTCAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
* * * * ** * *
39664 GTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTAACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATAAATGCCTTTTG
255 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTT-
* * * *
39729 T-TCATGTTTCTTGAGGTAGA
319 TCTTATATGTCTTAAGGTAGA
* * * * * *
39749 CATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAAATGCACAAAGAATTCAGCTTAAAATCAATTTTGAG
1 CATTCAATTATAATCTG-TTTAAC-TAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** * *
39814 ATTATAAAACAATTTCGAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AGGTTACTATAAATGGACTT
63 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTT
* ** ** * * *
39878 TTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACA--TTTCTTAAGG-TAGACATTCAATTACA-TTCTG
127 TTCTTCCCAATGAATGTATTTTT-TT-ACATGTTTCTCGAGGCAAG-TATTCAATTATAGTT-TG
* * * * * *
39939 TTTT-AGCAAAAAATGT-AGAAAACATTGAACATAAAATGAATTTTGAGATAATAAACCCATTTA
188 TTTTAATC-AAAAATGTCA-AAAA-ATTCAACTTAAAATCAA-TTTGAGATTATAAAACCATTTA
* * * *** * * * *
40002 AAGTGAGTAACAGGGCTTATGAAGGAAAATGTGAGTATAAATAGACTTTTCTAGCCAATGAATGC
249 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAC
* *
40067 ATTTTTCTT-TATGTTTATTAAGGTAGA
314 CTTTTTCTTATATG--TCTTAAGGTAGA
* * ** *
40094 CATTCAATTATAGTATCT-TTTAAATAAAAATATAAAAACGTTCAACTTAAAATTAATTATGAGA
1 CATTCAATTATA--ATCTGTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
** * * *
40158 TTATAAAACCATTTAAAACGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
** ** * * * * * **
40223 -TCTCTAAATGAATGGGTTTTTCTACACG--T-T-AAGGAAAGAATTCAATTATAGTCAGTTTTA
129 CT-TCCCAATGAATGTATTTTTTTACATGTTTCTCGAGGCAAGTATTCAATTATAGTTTGTTTTA
* * * *
40283 AT-AAAACATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAG
193 ATCAAAA-ATGTCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
* * * * * * * * * * * *
40347 TAATAAGGCTCTTAAAGGAATAGATAAATATAAATGAACTTTTCATACTAATGAATGCTTTTTTC
256 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTC
* * **
40412 TTCACATTTCTCGAGGTAGA
321 TT-ATATGTCTTAAGGTAGA
* * * * *
40432 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTAAAGTCAATTTTGAGA
1 CATTCAATTATAATCTG-TTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
40497 TTATAAAACCATTTATAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACAATAAAT--A-----
64 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * * *
40555 ----CC------T-T-TTTCTTCACA--TTTCTCGAAG-TAGACATTCAATTATAATCTATTTTA
129 CTTCCCAATGAATGTATTTTTTTACATGTTTCTCGAGGCAAG-TATTCAATTATAGTTTGTTTTA
* * * * * **
40605 ACCAAAAATGT-AAAGTAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAATCATTTAAAGCAAG
193 ATCAAAAATGTCAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
** * * * * * *
40669 TAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGA-TAATAAATAGACTTTTCGTGTCAATGGATAACTTTTA
256 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTT-
* *
40733 T-TT-TACGTTCCTTAAGGCAGA
319 TCTTATATG-T-CTTAAGGTAGA
* * ** * * *
40754 TAGTCAATTATAGCCTTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAAT-AAGTTTTGAGA
1 CATTCAATTATAATCTGTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGA
** * * * *
40817 AAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTTAAGGAATGGGTGACTATAAA
64 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAA
40873 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 4622, Mismatches: 992, Indels: 529
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
319 2 0.00
320 80 0.02
321 22 0.00
322 133 0.03
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330 13 0.00
331 61 0.01
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347 6 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
CATTCAATTATAATCTGTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
TCCCAATGAATGTATTTTTTTACATGTTTCTCGAGGCAAGTATTCAATTATAGTTTGTTTTAATC
AAAAATGTCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTATA
TGTCTTAAGGTAGA
Found at i:40711 original size:151 final size:150
Alignment explanation
Indices: 40406--40711 Score: 409
Period size: 150 Copynumber: 2.0 Consensus size: 150
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* *
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* * **
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* *
40536 GAATGGGTGACAATAAATACC
130 GAATGAGTGACAATAAATAAC
*
40557 TTTTTCTTCACATTTCTCGAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAGT
1 TTTTTCTTCACATTTCTCGAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAG-
* * * *
40621 AATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGTTTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAA
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* ** *
40685 GGCTTGAGTGATAATAAATAGAC
129 AGAATGAGTGACAATAAATA-AC
40708 TTTT
1 TTTT
40712 CGTGTCAATG
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 17, Indels: 6
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
149 4 0.03
150 68 0.50
151 63 0.47
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (150 bp):
TTTTTCTTCACATTTCTCGAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAGA
ATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAAG
AATGAGTGACAATAAATAAC
Done.