Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398222.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1527.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8407
ACGTcount: A:0.26, C:0.09, G:0.09, T:0.27
Warning! 2376 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1622 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 995--2208 Score: 1175
Period size: 342 Copynumber: 3.5 Consensus size: 342
985 CTACCTTAAG
* * * * *
995 AAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTTTTTACAGTCACTTATGCTTTCGAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCTATGCCTTCGAAA
* * * * * *
1060 GCCATATTAGTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTACA
66 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA
* * * * ** * * *
1125 TTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCCACTTCAACAAATGTAAAGCAAAAACCACCCAT
131 TTGTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACTT-AAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAT
* * * * ** *
1190 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGCTTTCAAAAG-CTTTAGAGCTCGTTTTAAATGG
195 TGGGAAGAAAAGTCTATTTATAATCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTTTTA-CTCGCTTTAAATGG
* * * *
1254 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTTTTCTTTTTGCTTGAAACATATTAT
259 TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTTTAT-TTTTTGCTTAAAATATATTAT
* *
1319 AATTGAGTGTCTACTTTGGA
323 AATTGAATGTCTGCTTTGGA
* * * *
1339 AAACATGATGAAAAAGCCATTCGTTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCTATGCCTTCCAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTACAGTCACCTATGCCTTCGAA
* * *
1403 AGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATCA-C-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT
* * *
1466 ATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAG-AAAAGGCCTTTC
130 ATTGTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTAAGAAACATGAAGCAAAA-GCCATCC
* *
1530 ATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAATCAC-CTATGCCTTCCAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAAT
193 ATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAATCACTC-ATGCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAAT
* * * *
1594 AGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAA-TG-TTTTTATATTTTTGATTAAAATAAATT
257 GGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTTTAT-TTTTTGCTTAAAATATATT
* * *
1657 AAAATTGAATGACTGCTTCAGG-
321 ATAATTGAATGTCTGCTT-TGGA
* * * ** ** * *
1679 AAATATGATGCAAAA-CTCAACCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTTTAGTCA-CTCATGGCTTTGA
1 AAACATGAAGAAAAAGC-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCT-ATGCCTTCGA
* * * * * *
1742 AAACCTTATTACTCGCTTCAAATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCA
64 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
** * * * * * * * *
1807 TATTGTTGGCTAAAACAGAATGTAATTGACTGTTTGCCTAAGAAA-TTGTTAAGCAAAAGCCATC
129 TATTGTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACTTAAGAAACATG--AAGCAAAAGCCATC
* * * * *
1871 CATT-GGAGGGAAAAGTCTATTTACAATCACTCATGCCTTCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAA
192 CATTGGGA-AGAAAAGTCTATTTATAATCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAA
* * * *
1935 TGGTTTTATAATGTCATAATTAGTTTTAAGTTGAATTGTTTTGTATTTTTT-CTTAAAATATATT
256 TGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTTTATTTTTTGCTTAAAATATATT
* * *
1999 GTATTTGAATGTCTGCCTT--A
321 ATAATTGAATGTCTGCTTTGGA
* * * * * **
2019 ACAACCATGAAGCAAAAGCCATTTATTGG-ATAGAAAGGTCCATTTACAGTCACCCATGCCTTTA
1 A-AA-CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCTATTTACAGTCACCTATGCCTTCG
* ** * * * *
2083 AAAGCCTTATTGCTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTAATTTAAATTTAAATTTTTTT
63 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * **
2148 ATATTTTTGATTAAAATATATTTTAATTGAATGTCTACTTAGAGAAACGCGAAGCAAAAGC
128 ATATTGTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACTTA-AGAAACATGAAGCAAAAGC
2209 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 706, Mismatches: 138, Indels: 54
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.00
340 113 0.16
341 25 0.04
342 450 0.64
343 29 0.04
344 86 0.12
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (342 bp):
AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCTATGCCTTCGAAA
GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA
TTGTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
GGGAAGAAAAGTCTATTTATAATCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTT
TTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTTTATTTTTTGCTTAAAATATATTATAAT
TGAATGTCTGCTTTGGA
Found at i:1713 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 989--2208 Score: 1041
Period size: 171 Copynumber: 7.1 Consensus size: 170
979 AAATATCTAC
** * * * * * *
989 CTTAAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTTTTTACAGTCACTTATGCTT
1 CTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCT
* * * * * *
1054 TCGAAAGCCATATTAGTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTT
66 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTT
* **
1119 TTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCCA
131 TTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTG
* ** * * * * * *
1159 CTTCAACAAATGTAAAGCAAAAACCACCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCA-CTCAAGC
1 CTT-AAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCT-ATGC
* * * * *
1223 TTTCAAAAGCTTTA-GAGCTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
64 CTTCGAAAGCCTTATTA-CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-
* * * * * * *
1287 TGTTTTTTTTCTTTTTGCTTGAAACATATTATAATTGAGTGTCTA
127 TG-TTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTG
** * * * *
1332 CTTTGGAAAACATGATGAAAAAGCCATTCGTTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCTATGC
1 CTTAAG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCTATGC
* * * * *
1396 CTTCCAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATCA-C-CATAATTGATTTTAAGTTGAATT
64 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATG
* * * *
1459 TTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAC
129 TTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-G
* * * *
1502 CTTAAGAAACATGAAG-AAAAGGCCTTTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCTATGCC
1 CTTAAGAAACATGAAGCAAAA-GCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCC
* * * * * *
1566 TTCCAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATGT
65 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGT
* * *
1631 TTTTATATTTTTGATTAAAATAAATTAAAATTGAATGACTG
130 TTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTG
* * * * *
1672 CTTCAGGAAATATGATGCAAAA-CTCAACCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTTTAGTCA-CTCATG
1 CTT-AAGAAACATGAAGCAAAAGC-CATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCT-ATG
* * * * * * *
1735 GCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTCAAATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAAT
63 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* ** * * * * * *
1800 -TTTTTCATATTGTTGGCTAAAACAGAATGTAATTGACTGTTTG
128 GTTTTT-ATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTG
* * * * *
1843 CCTAAGAAA-TTGTTAAGCAAAAGCCATCCATTGG-AGGGAAAAGTCTATTTACAATCA-CTCAT
1 CTTAAGAAACATG--AAGCAAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCT-AT
* *
1905 GCCTTCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATT-AGTTTTAAGTTGA
62 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTT-A
* * * *
1969 ATTGTTTTGTAT-TTTTT-CTTAAAATATATTGTATTTGAATGTCTG
125 AATGTTTT-TATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTG
* * ** * * * *
2014 CCTTAACAACCATGAAGCAAAAGCCATTTATTGG-ATAGAAAGGTCCATTTACAGTCACCCATGC
1 -CTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGC
** * ** * * * * *
2078 CTTTAAAAGCCTTATTGCTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTAATTTAAATTTAAATT
64 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATG
* *
2143 TTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTTTAATTGAATGTCTA
129 TTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTG
**
2185 CTTAGAGAAACGCGAAGCAAAAGC
1 CTTA-AGAAACATGAAGCAAAAGC
2209 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 836, Mismatches: 180, Indels: 67
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 116 0.14
170 46 0.06
171 527 0.63
172 21 0.03
173 118 0.14
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCT
TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTT
TTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTG
Found at i:1955 original size:513 final size:512
Alignment explanation
Indices: 984--2180 Score: 1320
Period size: 513 Copynumber: 2.3 Consensus size: 512
974 TATTTAAATA
* * ** * *
984 TCTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTTTTTACAGTCACTTA
1 TCTACCTTAAGAAACATG-AAGAAAAGCCTTTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCTA
* * * * * * *
1049 TGCTTTCGAAAGCCATATTAGTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAA
65 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAA
* * *
1114 ATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCCACTTCAACAAATGTAAAGCAA
130 ATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGACCACTTCAACAAATATAAAGCAA
* *
1179 AAACCACCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGCTTTCAAAAGCTTTAGAGCTCG
195 AAACCAACCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGCTTTCAAAACCTTTAGAGCTCG
* * * * * * * *
1244 TTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTTTTCTTTTTGCTTGA
260 CTTCAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATCTGTTGGCTTAA
* * * * ** * * *
1309 AACATATTATAATTGAGTGTCTACTTTGGAAAACATGATGAAAAAGCCATTCGTTGGCAAGAAAA
325 AACAGAATATAATTGACTGTCTACCTAAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA
* * * *
1374 GTTCATTTATAGTCACCTATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATCACCAT
390 GTTCATTTACAATCACCTATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCAT
* *
1439 AATT-GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
455 AATTAG-TTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTGTTGCTTAAAATAGATTATAATTGAATG
* *
1497 TCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAGGCCTTTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCTA
1 TCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAA-GCCTTTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCTA
* * * *
1562 TGCCTTCCAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAA
65 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAA
* * * ** ** * *
1627 ATGTTTTTATATTTTTGATTAAAATAAATTAAAATTGAATGACTGCTTCAGGAAATATGATGC-A
130 ATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGACCACTTCAACAAATATAAAGCAA
* * * * * *
1691 AAACTCAACCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTTTAGTCACTCATGGCTTTGAAAACC-TTATTA-C
195 AAAC-CAACCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCA-AGCTTTCAAAACCTTTA-GAGC
* *
1754 TCGCTTCAAATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTCATAT-TGTTGGC
257 TCGCTTCAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTT-ATATCTGTTGGC
* * * *** * * *
1817 -TAAAACAGAATGTAATTGACTGTTTGCCTAAGAAATTGTTAAGCAAAAGCCATCCATTGG-AGG
321 TTAAAACAGAATATAATTGACTGTCTACCTAAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA-A
* *
1880 GAAAAG-TCTATTTACAATCA-CTCATGCCTTCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
385 GAAAAGTTC-ATTTACAATCACCT-ATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
1943 TAATGTCATAATTAGTTTTAAGTTGAATTGTTTTGTATTTTTTCTTAAAATATATTGTATTTGAA
448 TAA--CCATAATTAGTTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTGTTGCTTAAAATAGATTATAATTGAA
2008 TG
511 TG
* * * * *
2010 TCTGCCTTAACAACCATGAAGCAAAAGCCATTT-ATT-GGATAGAAAGGTCCATTTACAGTCACC
1 TCTACCTTAAGAAACATGAAG-AAAAGCC-TTTCATTGGGA-AGAAAAGTCTATTTACAGTCACC
* * * * * * *
2073 CATGCCTTTAAAAGCCTTATTGCTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTAATTTAAATTT
63 TATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT
*
2138 AAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTTTAATTGAATG
128 AAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATG
2181 TCTACTTAGA
Statistics
Matches: 567, Mismatches: 103, Indels: 28
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
510 5 0.01
511 96 0.17
512 23 0.04
513 424 0.75
514 19 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (512 bp):
TCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAGCCTTTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCTAT
GCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAA
TTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGACCACTTCAACAAATATAAAGCAAA
AACCAACCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGCTTTCAAAACCTTTAGAGCTCGC
TTCAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATCTGTTGGCTTAAA
ACAGAATATAATTGACTGTCTACCTAAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
TTCATTTACAATCACCTATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCATA
ATTAGTTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTGTTGCTTAAAATAGATTATAATTGAATG
Found at i:5500 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5201--8402 Score: 1981
Period size: 171 Copynumber: 18.7 Consensus size: 170
5191 NNTGCTTTAG
* * * * * * *
5201 GAAACATGATGCAAAAGCCATCCATT-AGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACACAAGCCTTCGA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGA
* * * * * *
5265 AAGCCATATTACTAGCTTTAAATGATTTTATAATCT-AAAACTTGATTTTAAATTAAATTTTTTT
65 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTT-GATTTTTTT
** * *
5329 ACATTTTTGGTTAAAACAGAAAAT-ATTGAAATGTTTTCCTTGA
128 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG-AATGTCTACCTTGA
* * * * * * *
5372 GAAACAGGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAAAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATGCATTTGAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAA
* * *
5437 AGCCTTATTACTTTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAGACTTTTTTAC
66 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTTTTTTAC
* * * *
5502 ATTTTTCGTTGAAACAGATT-TCATTTATATGTCTACCTT-A
130 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA-ATGTCTACCTTGA
* * * * * * **
5542 GGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAAGTCTTCAA
1 -GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGA
* * * * * *
5607 AAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTATAC
65 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTAC
* * * * **
5672 ATTTTTGATTAAAACAAATTATAATTGAGTGTTTGTCTTG-
130 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * * * **
5712 GAAA-ATGTAA-AGAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCAGTTCTAGTCACCCATGCCTACG
1 GAAACATG-AAGA-AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTG
** * * * *
5775 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTATAATCTCATAATTTATTTTAAATTAAATTTTTTT
64 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTTTTTT
* * * * * *
5839 ATATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTGACTATCTGCCTT-A
128 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * * * * ** *
5881 GGAAACATGAGGCAAAAGCCATCCATCGA-AGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATATCTTCG
1 -GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTG
* ** * * * * * *
5945 ACAGGATTATTACTCGATGTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGGTTTTAAGTTGATTTTTTTT
64 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA--TTTTTT
** * * * *
6010 TACATTTTTTATTGAAATATATTATAATTGATTGTCTACCTTGA
127 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * * * * * *** * *
6054 GAAACATAAAGTAAAAGCCATTTATTGGA-TAGAAAAGT-CATTCATTGGTAAAAAAGTTCATTT
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCA-TGCCTTT
* * * * * ** * * * * * *
6117 -ATAGTCAC-TAATGCTTTCCAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTAAAATCTCATAATT
63 GAAAG-C-CTTATTAC-TT-----G-CTT-TAAAT-GGTTT-TATAATCTCATAAT-TGAT-TTT
* * * * * * * **
6180 AATTTTAAGTTAATTTTTTTTACTTTTTTGGTTCAAATATATTATAATTGAATGTATGCCTCAA
114 AA------GTTGA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * ** ** * * * * * *
6244 GAAACTTGAAGCAAAAGTTACCCATTGGCAAAAAAAAAATCCATTTATAATCATTCA-GACCTTC
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-G-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG-CCTTT
* ** * * *
6308 AAAAGCCTTATT-CATCACTTAAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGA-TTTG
63 GAAAGCCTTATTAC-TTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTTTT
* * ** *
6371 TT-CATATTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGT-TTTCTTCAA
126 TTACAT-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GA
** * * * * *
6416 GAAA-AGTGAAGAAAAAGTTATT-TTTTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CTATTCCTTC
1 GAAACA-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTT
* * *
6478 GAAAACTTTATTA-TTCGCTTTGAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
63 GAAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTT
* * * * * *
6542 TTACATTTTTGATTAAAACAGATAATATTTAAATATCTACCTTAA
126 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * * * *
6587 GAAACATGGATAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTACAATCACTTATG-CTTTCGA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTT-GA
* * * * * *
6651 AAGCCATATTAGTTTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATCGAATTTTTTTA
65 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTA
* * *
6716 CATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTTCAA
129 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GA
* * * * * * * *
6758 CAAATATAAAGCAAAAA-CCACTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAG-CTTTCA
1 GAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTT-G
** * *
6821 AAAGCCTTAGAACTTGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTC
64 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GA-TTTTT-
* * * * *
6886 TTAC-TCTTTTGGTTGAAACATATTATAATTGAGTGTCTACTTTGG
126 TTACAT-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * ** **
6931 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CTATATCTTCCA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTTGA
** *
6995 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA-ACATGC-CATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTT
65 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA-AT-CTCATAATTGATTTTAAG-TTGATTTTTT
* * * *
7058 TATATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAA
127 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * **
7102 GAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAA
* * *
7167 AGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTAC
66 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTAC
* * **
7232 AATTTTTGGTTAAAATC-TATTATAATTAAATGTCTATATT-A
130 -ATTTTTGGTTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * * ** * * * * *
7273 GGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTG-CAATAAAAGTGGATTTAGAGTCATTTA-ACACTTCG
1 -GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC-CTTTG
*
7336 AAAGCCTTATTAC-T-CATTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTT
64 AAAGCCTTATTACTTGC-TTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTT
* * * * * **
7399 TTACATTTTTAGTTAAAATC-TATTATTATTGAATGTCTGCATCAA
126 TTACATTTTTGGTTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * ** * * * * * ** **
7444 GAGACATAAAGGCAAAGCTATCCATTG-TAAGTAAAGTCGATTTATAGTCGTTCAACCCTTTGAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAA
* * *
7508 AGCTTTATTACTTGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTAC
66 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTAC
* * * * **
7573 ATTTTTAGTT-AAATAGATTATATTTGAATGTTTATGTTG-
130 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * * *
7612 GGAACATGAAGAGAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTCATAGTCACTCAT-TCTTTCG
1 GAAACATGAAGA-AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTT-G
* * * * *
7675 GAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTAATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTCT
64 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTT
* * * * *
7740 ACATTTTTGGTAAAAATATATTATAATTGAATAGT-TACTTTGG
128 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT-GTCTACCTTGA
* * * * * * * *
7783 GAAACATGAAGCAAAAGTCATCCACT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATATTTACTCAAGCCTTAGA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGA
*** * * *
7847 AA-CCTTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTAATTTTAAGTTAATTTTTTTA
65 AAGCC-TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTA
* * * * * **
7911 CA-TTTTGGCTCAAAAGAGATTACATTTAAATGAATACCTTGA
129 CATTTTTGG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
** * ** * * * * *
7953 GAAATGTGAGGAAAAAATCATTCATTGACAATAAAAGCCCATTTATAGTCACTTAT-ACTTTCAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTT-GA
* * ***********
8017 AAGCCATATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGNNNNNNNNNNAAATTTTTTTA
65 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTTGATTTTTTTA
* * * * * *
8082 TATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-TCTTCAA
129 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GA
* * * * * * *
8124 TAAATATGAAGTAAAAA-CCATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCATTCAAGCCTTCGA
1 GAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGA
** * * *
8188 AAGCCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTTAGTTGATTTTTTTA-
65 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTAC
* * * * * *
8252 A--------AAAAATAGATAATATTTGAATGCCTGCCTTGCA
130 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG-A
* ** * * * **
8286 -AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATCAACAAAAAAAGTCCATTTATAGTGACCCATGCCTTCAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAA
* * *
8350 AACGTTATTACATGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
66 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
8403 AAATT
Statistics
Matches: 2357, Mismatches: 556, Indels: 246
0.75 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
160 5 0.00
161 111 0.05
162 4 0.00
168 48 0.02
169 234 0.10
170 478 0.20
171 952 0.40
172 239 0.10
173 132 0.06
174 10 0.00
179 5 0.00
180 4 0.00
181 12 0.01
182 7 0.00
183 12 0.01
184 5 0.00
185 4 0.00
190 65 0.03
191 12 0.01
192 13 0.01
193 5 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAA
AGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTACA
TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
Found at i:6095 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 6066--6118 Score: 61
Period size: 20 Copynumber: 2.7 Consensus size: 19
6056 AACATAAAGT
* *
6066 AAAAGCCATTTATTGGATAG
1 AAAAGTCATTTATTGG-TAA
*
6086 AAAAGTCATTCATTGGTAA
1 AAAAGTCATTTATTGGTAA
6105 AAAAGTTCATTTAT
1 AAAAG-TCATTTAT
6119 AGTCACTAAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 2
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
19 7 0.25
20 21 0.75
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (19 bp):
AAAAGTCATTTATTGGTAA
Found at i:8078 original size:510 final size:508
Alignment explanation
Indices: 5195--8251 Score: 2150
Period size: 510 Copynumber: 5.9 Consensus size: 508
5185 NNNNNNNNTG
* * * * *
5195 CTTTAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACACAAGCC
1 CTTTAGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCA-TAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGCC
* * * * * * *
5260 TTCGAAAGCCATATTACT-AGCTTTAAATGATTTTATAATCT-AAAACTTGATTTTAAATTAAAT
65 TTAGAAAGCCTTATTACTCA-TTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTAATTTTAAGTTAAAT
* * * * * *
5323 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-AAATATTGAAATGTTTTCCTTGAGAAACAG-GAAGAAA
128 TTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACATATTAAT-TTG-AATGTCTACCTTGAGAAA-TGTGAGGAAA
** * * * * ** * *
5386 AAGCCATTCATTGATAAAAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATGCATTT-GAAAGCCTTATTACTT
189 AAATCATTCATTGACAATAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATAC-TTTCAAAAGCCTTATTACTT
* * * * * * *
5450 TCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AGACTTTTTTACATTTTTCGTTGA
253 GCTTTAAATGGTTTTA-AATCTCATAATTGATTTCAAGTTGA-ATTTTTTTACATTGTTAGTTAA
* * * * * *
5514 AACAGATT-TCATTTATATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAA
316 AATAGATTATAATTGA-ATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
* * * * * *
5578 AGTCCATTTATAGTCATTCAAG-TCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
380 AGTCTATTTATAGTCACTCATGCT-TTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * * * * *
5642 TCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTATACATTTTTGATTAAAACAAATTATAATTGAGTGT-TT
444 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA
* * * * * * * * * *
5706 GTCTT-GGAAA-ATGTAAAG-AAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCAGTTCTAGTCACCCAT
1 CT-TTAGGAAATATG--AAGCAAAAGCCATCCATAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAA
* * * *
5768 GCC-TACGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTATAATCTCATAATTTATTTTAAATTAA
62 GCCTTA-GAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAA
* * * * * * * ** *
5831 ATTTTTTTATATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTGACTATCTGCCTT-AGGAAACATGAGGCA
126 ATTTTTTTACATT-TTGGTTAAAACATATTA-ATTTGAATGTCTACCTTGA-GAAATGTGAGGAA
** * * * * ** * * **
5895 AAAGCCATCCATCGA-AGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATA-TCTTCGACAGGATTATTAC
188 AAAATCATTCATTGACA-ATAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATACT-TTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * * * * * *
5958 TCGATGTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGGTTTTAAGTTGATTTTTTTTTACATTTTTTA-T
251 TTGCTTTAAATGGTTTTA-AATCTCATAATTGATTTCAAGTTGA-ATTTTTTTACA-TTGTTAGT
* * * * * * *
6022 TGAAATATATTATAATTGATTGTCTACCTTGAGAAACATAAAGTAAAAGCCATTTATTGG-ATAG
313 TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AG
* * * *
6086 AAAAGTCATTCATTGGTAAAAAAGTTCATTTATAGTCACTAATGCTTTCCAAAGTCTTATTACTC
377 AAAAG----TC--------------T-ATTTATAGTCACTCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTT
* * * * * *
6151 ACTTTAAATAATTTTAAAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACTTTTTTGGTTCA
423 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTGGTTAA
* *
6215 AATATATTATAATTGAATGTATG
486 AATATATTATAATTGAATGTCTA
* * * ** * * * * *
6238 CCTCAAGAAACT-TGAAGCAAAAGTTACCCATTGGCAAAAAAAAAATCCATTTATAATCATTC-A
1 CTTTAGGAAA-TATGAAGCAAAAGCCATCCA-TAGC--AAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAA
* * * *
6301 GACCTTCA-AAAGCCTTATT-CATCACTTAAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTT
62 G-CCTT-AGAAAGCCTTATTAC-TCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT
** * * * * * ** * * *
6364 GGATTTGTTCATATTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGT-TTTCTTCAAGAAAAGTGAAGA
124 AAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACATATTA-ATTTGAATGTCTACCTT-GAGAAATGTGAGGA
* * * * * * * * * *
6428 AAAAGTTATT-TTTTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAA-CTTTATTA
187 AAAAATCATTCATTGA-CAATAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATACTTTC-AAAAGCCTTATTA
* * *
6491 -TTCGCTTTGAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTGA
250 CTT-GCTTTAAATGGTTTTA-AATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTGTTAG-
* * * * * * * *
6554 TTAAAACAGATAATATTTAAATATCTACCTTAAGAAACATGGATAAAAAGCCATTCATTGACAAG
312 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * * *
6619 AAAAGTCTATTTACAATCACTTATGCTTTCGAAAGCCATATTAGTTTCTTTAAATAGTTTTATAA
377 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
* *
6684 TCTCATAATTGATTTTAAATCGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGT
442 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGT
6749 CTA
506 CTA
* ** * * *
6752 CTTCAACAAATATAAAGCAAAAACCA-CTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGC
1 CTTTAGGAAATATGAAGCAAAAGCCATC-CA-TAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGC
* ** *** * *
6816 TTTCA-AAAGCCTTAGAACTTGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
64 CTT-AGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAA-
* * * * * * * *
6880 TTTTTCTTACTCTTTTGGTTGAAACATATTATAATTGAGTGTCTACTTTGGGAAACGTGAAGAAA
127 TTTTT-TTAC-ATTTTGGTTAAAACATATTA-ATTTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAGGAAA
** * * * * *
6945 AAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATA-TCTTCCAAAGCCTTATTACTC
189 AAATCATTCATTGACAATAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATACT-TTCAAAAGCCTTATTACTT
* * * * *
7009 ACTTTAAATGGTTTTAACATGC-CATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTGTTGGTTAA
253 GCTTTAAATGGTTTTAA-AT-CTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTGTTAGTTAA
*
7073 AATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAA
316 AATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * * * *
7138 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
381 GTCTATTTATAGTCACTCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
* * *
7203 GTAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACAATTTTTGGTTAAAATCTATTATAATTAAATGTCTA
446 ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAC-ATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA
* * ** * * * *
7268 -TATTAGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGCAATAAAAGTGGATTTAGAGTCATTTAA-CA
1 CT-TTAGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGC-
* * *
7331 CTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT
64 CTTAGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATT
* * * ** * ** *
7396 TTTTTACATTTTTAGTTAAAATC-TATTATTATTGAATGTCTGCATCAAGAGACAT-AAAGGCAA
129 TTTTTACA-TTTTGGTTAAAA-CATATTAAT-TTGAATGTCT--ACCTTGAGAAATGTGAGGAAA
** * * * * * *
7459 AGCT-ATCCATTGTA-AGT-AAAGTCGATTTATAGTC-GTTCA-ACCCTTT-GAAAGCTTTATTA
189 AAATCATTCATTG-ACAATAAAAGTCCATTTATAGTCACTT-ATA--CTTTCAAAAGCCTTATTA
* *
7518 CTTGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTT
250 CTTGCTTTAAATGGTTTTA-AATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTGTTAGTT
* * ** * *
7583 -AAATAGATTATATTTGAATGTTTATGTT-GGGAACATGAAGAGAAAA-CCATTCATTGGCAAGA
314 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGA-AAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * *
7645 AAAGTCTATTCATAGTCACTCATTCTTTCGGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTAATAAT
378 AAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* *
7710 CTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTTGGTAAAAATATATTATAATTGAATAGT
443 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAAT-GT
7775 -TA
506 CTA
* * * * *
7777 CTTTGGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATATTTACTCAAGCC
1 CTTTAGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCA-TAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGCC
*
7842 TTAGAAA-CCTTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTAATTTTAAGTT-AATT
65 TTAGAAAGCC-TTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATT
* * * * **
7905 TTTTTACATTTTGGCTCAAAAGAGATTACATTTAAATGAATACCTTGAGAAATGTGAGGAAAAAA
129 TTTTTACATTTTGG-TTAAAACATATTA-ATTTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAGGAAAAAA
* *
7970 TCATTCATTGACAATAAAAGCCCATTTATAGTCACTTATACTTTCAAAAGCCATATTACTTGCTT
192 TCATTCATTGACAATAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATACTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTT
*********** * * * *
8035 TAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGNNNNNNNNNNAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAT
257 TAAATGGTTTTA-AATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTGTTAGTTAAAATAG
* * * **
8100 ATTATAATTGAATGTCT-TCTTCAATAAATATGAAGTAAAAA-CCATTCATTGATAAGAAAAGT-
321 ATTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * ** * * *
8162 TCATTTATAGTCATTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAGTCTCAT
384 T-ATTTATAGTCACTCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* *
8227 AATTGATTTTTAGTTGATTTTTTTA
448 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
8252 AAAAAATAGA
Statistics
Matches: 2020, Mismatches: 407, Indels: 238
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
507 8 0.00
508 14 0.01
509 108 0.05
510 416 0.21
511 189 0.09
512 273 0.14
513 49 0.02
514 149 0.07
515 352 0.17
516 65 0.03
517 1 0.00
529 4 0.00
530 67 0.03
531 40 0.02
532 16 0.01
533 76 0.04
534 151 0.07
535 41 0.02
536 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (508 bp):
CTTTAGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGCCT
TAGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTT
TTTACATTTTGGTTAAAACATATTAATTTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAGGAAAAAATCAT
TCATTGACAATAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATACTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
TGGTTTTAAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTGTTAGTTAAAATAGATTAT
AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
AGTCACTCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
TTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA
Done.