Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397350.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_947.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 17191 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2981 original size:173 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2694--3239 Score: 610
Period size: 170 Copynumber: 3.1 Consensus size: 171
2684 NNNNNNNNNN
** * * *
2694 TAAATGGTTTTCCAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAGAATAG
1 TAAATGGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAG
*
2759 ATTATAATTGAGTGTTTACCTCAAGAAACATGAAAAGAACATGATTCATTGGCAAGAGAAGTCCA
66 ATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAAAGAACATGATTCATTGGCAAGAGAAGTCCA
**********
2824 TTTANNNNNNNNNNTGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTG
131 TTTAAAGCAAACCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTG
* * * * *
2865 TAAATGGTTTTATAAGGTCATATTTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTTTCTATTTTTAGTTAAAAC
1 TAAATGGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTAC-ATTTTTGGTTAAAAT
* * * *
2929 AGATTATAATTGAGTTTTTTGCCTCAAGAAACATGGAGAGAATATGATTCATTGGCAAGAGAAGT
64 AGATTATAATTGAG-TGTTTGCCTCAAGAAACATGAAAAGAACATGATTCATTGGCAAGAGAAGT
* * * *
2994 CTATTTAGAGTCATTCATATCCTACAAAGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTT
128 CCATTTAAAG-CA---A-A--C--C-ATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTG
* * *
3048 TAAATGGTTTTACATGCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTT-AAATAG
1 TAAATGGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAG
* *
3112 ATTATAATTGAGTGTTTGTCTCAAAAAACATGAAAAGAACATGATTCATTGGCAAGAGAAGTCCA
66 ATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAAAGAACATGATTCATTGGCAAGAGAAGTCCA
* * * * *
3177 TTGATAGCCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCCCTG
131 TTTAAAGCAAACCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTG
3218 TAAATGGTTTTATAAGCTCATA
1 TAAATGGTTTTATAAGCTCATA
3240 TTTAAAAGCC
Statistics
Matches: 309, Mismatches: 52, Indels: 29
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 56 0.18
171 30 0.10
172 26 0.08
173 52 0.17
176 1 0.00
179 1 0.00
180 51 0.17
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183 56 0.18
184 10 0.03
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TAAATGGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAG
ATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAAAGAACATGATTCATTGGCAAGAGAAGTCCA
TTTAAAGCAAACCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTG
Found at i:3422 original size:216 final size:215
Alignment explanation
Indices: 3044--3455 Score: 544
Period size: 216 Copynumber: 1.9 Consensus size: 215
3034 CTTATTACTC
* * * * *
3044 GCTTTAAATGGTTTTACATGCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTAAATGCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATCTTTTTACATTTTTGCTAAAA
* * * * *
3109 TAGATTATAATTGAGTGTTTGTCTCAAAAAACATGAAAAGAACATGATTCATTGGCAAGAGAAGT
66 AAGATGATAATTAAGTGTTTGTCTCAAAAAACATGAAAAAAACATGATTCATTGGCAAGAAAAGT
* *
3174 CCATTGATAGCCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCCCTGTAAATGGTTTTATAAGCTCAT
131 CCATTGATAGCCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCCCTGTAAATGGCTTTACAAGCTCAT
3239 ATTTAAAAGCCTTGCTGCTT
196 ATTTAAAAGCCTTGCTGCTT
3259 GCTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGCTAAATCTTTTTACATTTTTGCTCAA
1 GCTTTAAATGGTTTTA-AATGCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATCTTTTTACATTTTTGCT-AA
****
3323 AAAAGATGATAATTAAGTGTTT-TCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGC-T-ATTCATTGGCAAGA
64 AAAAGATGATAATTAAGTGTTTGT-CTCAAAAAACATGAA-AAAAA-CATGATTCATTGGCAAGA
* * * * * * *
3385 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTACAAT
126 AAAGTCCATTGATAGCCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCCCTGTAAATGGCTTTACAAG
3450 CTCATA
191 CTCATA
3456 ATTGATTTTA
Statistics
Matches: 169, Mismatches: 23, Indels: 9
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
215 55 0.33
216 108 0.64
217 5 0.03
218 1 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (215 bp):
GCTTTAAATGGTTTTAAATGCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATCTTTTTACATTTTTGCTAAAA
AAGATGATAATTAAGTGTTTGTCTCAAAAAACATGAAAAAAACATGATTCATTGGCAAGAAAAGT
CCATTGATAGCCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCCCTGTAAATGGCTTTACAAGCTCAT
ATTTAAAAGCCTTGCTGCTT
Found at i:3529 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3259--6186 Score: 2652
Period size: 171 Copynumber: 17.2 Consensus size: 170
3249 CTTGCTGCTT
* * * *
3259 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATCTTTTTACATTTTTGCTCAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * ***
3324 AAAGATGATAATTAAGTGTTTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAG
65 ACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAG
*
3389 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
130 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * *
3430 GCTTTAAATGGCTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAA
** * * * * *
3495 TTAGATTATAGTTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAGAATG-TGAATCATTGGCGAG-AAA
65 ACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGGCAAGAAAA
*
3558 GTCCATTTATGGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTC
129 GTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTC
* * *
3600 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTCAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTGGTCAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * *
3665 AAAGATTATAATTTAGTGTTTAG-CTCCAA-AAACATGAAGAAAAAGCCACTCATTGGCTAGAAA
65 ACAGATTATAATTGAGTGTTT-GCCT-CAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAA
* * * *
3728 AGTCCATTTATAGCCACGCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACAC
128 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
3771 ACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTT-AACTTTCTTTACATTTTTTGTCAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTT-TTTACATTTTTGGTTAA
* ** * *** * * * *
3835 AACAAATTGGAAATGAGTG-TTGCCCTTGGGAAACGTGAGGAAAAAGCCATTCATTGGGAAGAAA
64 AACAGATTATAATTGAGTGTTTG-CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAA
* * * * * *
3899 AGCCCATTTATAGTCATCCATGCCTTTGGAAGCCTTACTACTT
128 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * *
3942 GCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATTATCGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTCAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * *** * **
4007 ATAGATTATAATTGAGCT-TTTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAAA-ATCATTCATCAGCAAGAAA
65 ACAGATTATAATTGAG-TGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGGCAAGAAA
* *
4070 AGTCCTTTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTC
128 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * * *
4113 ACTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATCTTTCTACATATTTGATTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * * * * *
4178 ACAGATTAAAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGATGAAAAAGATATTCATCT-TCAAGAAAA
65 ACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCAT-TGGCAAGAAAA
* * * * * * *
4242 GTCTATTTGTAGTCACCCGTACCTTTGGAAGCCTTATTGC-C
129 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * * * *
4283 ATCTTTAAATGGTTTTGTAAGCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTCCTTTATA-TTTTGGCTAA
1 -GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAA
* * * * *** *
4347 AACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAACAGCTATTCATTGGCAAGAAAA
64 AACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAA
* * * *
4412 GTCCATTCATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCTTTATTACTT
129 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * * *
4454 GCTTGAAATGGTTTTACAATCTCATAACTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTCTGGTCAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * *
4519 ATAGATTATAATTGAGTGTTTTCCTCAAGAAACGTGAAG-AGAA-CATGATTCATTGGCAAGAGA
65 ACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGC-T-ATTCATTGGCAAGA-A
* *
4582 AA-TCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTC
127 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
4625 GCTTTGAATGGTTTTATAAGCTCATATTTGATTTTAAGTTGAGTTCTTT-CATGTTTTGGTT-AA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT-TTTTGGTTAAA
* * * *** * ** * * * *
4688 ACAGATTATATTTGAATGCTTGCCTTTTGAATCGGGAGGCAAACA-CCATTCATTAGCAAGAAAA
65 ACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAG-AAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAA
* * * *
4752 GTCTATTTATAGTCACCCATGCCGTCGAAAACCTTATTACTT
129 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * * * * *
4794 GCTTGAAATGGTTTTACAATCTCATAACTGATTTTAATTTGAATTTTTTTATATTTCTGATCAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * * *
4859 ATAGATTATAATTGAGTGTTTTCCTCAAGAAACGTGAAGAGAACG-TGATTCATTGGCAAGAGAA
65 ACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGGCAAGAAAA
* * *
4923 GTCCATTTATAGTTATCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTC
129 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
4965 GCTTTGAATAGTTTTATAAGCTCATATTTGATTTTAAGTTGAA-TTCTT-CTATGTTTTGGTTAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAC-AT-TTTTGGTTAA
* * *** * * * * * *
5028 AACAGATTAT-ATTCGAATGCTTGCCTTTTGAATCAGGGAGCAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAA
64 AACAGATTATAATT-GAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAA
* * * *
5092 AGTCTATTTATGGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTT
128 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * *
5135 GCTTGAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTATAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * *
5200 ATCA-ATTATAA-TGAGTGTTTGACTGAAGAAACGTGAAG-AGAA-CATGATTCATTGGCAAGAG
65 A-CAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGC-T-ATTCATTGGCAAGAA
* * * * *
5261 AAGTCCATTTAGAGTCATCCATACCTTCCAATGCCTTATTACTC
127 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* ** * ** *
5305 GCTCTAAATGGTTTTCCAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATTTAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * ** ** * * *
5370 ATAAATTATAATAGAGCATTTGCCTCAAGAAATGTGAAG-AGAA-CATGATTCATTGGTAAGAGA
65 ACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGC-T-ATTCATTGGCAAGAAA
* *
5433 AGTCCATTTAGAGTCATCCATACCTTCCAAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
128 AGTCCATTTATAG---T-C--A-C--CC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* ** * * *
5486 ACTTTAAATGGTTTTGCAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAGA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * *
5551 ATAGAATATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAA-AAGAA-CGTGATTCATTGGCAACAGA
65 ACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGC-T-ATTCATTGGCAAGAAA
5614 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
128 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * *
5657 GCTATAAATGGTTTTATAAGCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCTATTTTTGGTTAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAC-ATTTTTGGTTAA
* * * * * *
5722 AACATATTATAATTCAGTTTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCACGAAAA
64 AACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAA
* *
5787 GTCCATTTATAGTTACCTATGCCTTTCG-AAGCCTTATTACTC
129 GTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTC
* **
5829 GCTTTAAATGGTTTTATAATC-CA-ATTGCTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTTATTA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT--TGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTA
* * ** * *
5892 AAACAGATTAAAATTCAGTGCCTACCTCAAGAAACATGATG-AAAAGC-ATTCATTGGCAAGAAA
63 AAACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAA
* * * * * * * *
5955 AGTGCATTTGTAGTCGCTCAAGCCTTTGGAAGCCTTATTACTA
128 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* *
5998 TCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-T-CA------A-ATTTTTGGTTAAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
** * * ***
6054 CAGATTATGTCTTGA-TGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAG
66 CAGATTAT-AATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAG
*
6118 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
130 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
*
6159 GCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAAT
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
6187 CTCATAATTG
Statistics
Matches: 2233, Mismatches: 444, Indels: 170
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
159 37 0.02
160 10 0.00
161 77 0.03
167 1 0.00
168 8 0.00
169 209 0.09
170 569 0.25
171 1010 0.45
172 155 0.07
173 9 0.00
174 3 0.00
175 2 0.00
177 2 0.00
178 1 0.00
180 2 0.00
181 136 0.06
182 2 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
CAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGT
CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
Found at i:3891 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 3259--6186 Score: 2468
Period size: 341 Copynumber: 8.6 Consensus size: 337
3249 CTTGCTGCTT
* * * *
3259 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATCTTTTTACATTTTTGCTCAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTCAAA
* * * * *
3324 AAAGATGATAATTAAGTGTTTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAG
65 ACAGATTATAATTTAGTG-TTTGCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* *
3389 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTACAATCTCA
129 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCA
* * * ** **
3454 TAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAATTAGATTATAGTTGAGTGTTTGCC
194 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATT-TAAATGAGTGTTTGCC
* * * * * *
3519 TCAAGAAACATGAAGAGAATGTGAATCATTGGCGAGAAAGTCCATTTATGGTCACCCATGCCTTT
258 TCAAGAAACATGAGGAAAAAG-GATTCATTGGCAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTT
3584 CAAAGCCTTATTACTC
322 CAAAGCCTTATTACTC
*
3600 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTCAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTGGTCAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTCAAA
* **** * *
3665 AAAGATTATAATTTAGTGTTTAGCTCCAAAAACATGAAGAAAAAGCCACTCATTGGCTAGAAAAG
65 ACAGATTATAATTTAGTGTTT-GCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * * * *
3730 TCCATTTATAGCCACGCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACACACTTTAAATGGTTTTATAATTTCA
129 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCA
* * * * *
3795 TAATTAATTTTAAGTT-AACTTTCTTTACATTTTTTGTCAAAACAAATTGGAAATGAGTG-TTGC
194 TAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATT-TAAATGAGTGTTTG-
*** * * * * *
3858 CCTTGGGAAACGTGAGGAAAAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCCATGCC
256 CCTCAAGAAACATGAGGAAAAAG-GATTCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
** * *
3923 TTTGGAAGCCTTACTACTT
319 TTTCAAAGCCTTATTACTC
* *
3942 GCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATTATCGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTCAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTCAAA
* * * * ** **
4007 ATAGATTATAATTGAGCTTTTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATCAGCAAGAAAAG
65 ACAGATTATAATTTAG-TGTTTGCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * **
4072 TCCTTTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCA
129 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCA
* * * * * * * * *
4137 TAATTGATTTTATGTTGAATCTTTCTACA-TATTTGATTAAAACAGATTAAAATTAAATGTCTAC
194 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTTAAA-TGAGTGTTTGC
* * * * * * *
4201 CTCAAGAAACATGATGAAAAAGATATTCATCT-TCAAGAAAAGTCTATTTGTAGTCACCCGTACC
257 CTCAAGAAACATGAGGAAAAAG-GATTCAT-TGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
** *
4265 TTTGGAAGCCTTATTGC-C
319 TTTCAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
4283 ATCTTTAAATGGTTTTGTAAGCTCA-TATTTGATTTTAAGTTGAATTCCTTTATA-TTTTGG-CT
1 -GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTA-TTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTC-
* ** * *
4345 AAAACAGATTAT-ATTTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAACAGCTATTCATTGGCAAGA
62 AAAACAGATTATAATTT-AGTGT-TTGCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * * *
4409 AAAGTCCATTCATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCTTTATTACTTGCTTGAAATGGTTTTACAAT
125 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAAT
* * * * * * *
4474 CTCATAACTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTCTGGTCAAAATAGATTATAATTGAGTGTT
190 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATT-TAAATGAGTGTT
* * * * * * *
4539 TTCCTCAAGAAACGTGAAGAGAACATGATTCATTGGCAAGAGAAATCCATTTATAGTCATCCATG
254 TGCCTCAAGAAACATGAGGA-AAAAGGATTCATTGGCAAGA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATG
*
4604 CCTTCCAAAGCCTTATTACTC
317 CCTTTCAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
4625 GCTTTGAATGGTTTTATAAGCTCA-TATTTGATTTTAAGTTGAGTTCTTT-CATGTTTTGGT-TA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT-TTTTGGTCAA
* * ** * ** * * *
4687 AACAGATTAT-ATTTGAATGCTTGCCTTTTGAATCGGGAGGCAAACA-CCATTCATTAGCAAGAA
64 AACAGATTATAATTT-AGTGTTTG-CTTGGGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
* * * * *
4750 AAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCGTCGAAAACCTTATTACTTGCTTGAAATGGTTTTACAATC
126 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATC
* * * * * * *
4815 TCATAACTGATTTTAATTTGAATTTTTTTATA-TTTCTGATCAAAATAGATTATAATTGAGTGTT
191 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATT-TAAATGAGTGTT
* * * * * * *
4879 TTCCTCAAGAAACGTGAAGAGAACGTGATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTTATCCATG
254 TGCCTCAAGAAACATGAGGAAAAAG-GATTCATTGGCAAGA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATG
*
4944 CCTTCCAAAGCCTTATTACTC
317 CCTTTCAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
4965 GCTTTGAATAGTTTTATAAGCTCA-TATTTGATTTTAAGTTGAA-TTCTT-CTATGTTTTGGTTA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAC-AT-TTTTGGTCA
* * * ** * * * * *
5027 AAACAGATTAT-ATTCGAATGCTTGCCTTTTGAATCAGGGAGCAAAAGCCATTCATTAGCAAGAA
63 AAACAGATTATAATT-TAGTGTTTG-CTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
* * * * *
5091 AAGTCTATTTATGGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTGAAATGGTTTTACAATC
126 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATC
* *
5156 TCATAATTGATTATAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATCA-A-TTATAATGAGTGTT
191 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA-CAGATTTA-AATGAGTGTT
* * * * * * * * *
5219 TGACTGAAGAAACGTGAAGAGAACATGATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTAGAGTCATCCATA
254 TGCCTCAAGAAACATGAGGA-AAAAGGATTCATTGGCAAGA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* *
5284 CCTTCCAATGCCTTATTACTC
317 CCTTTCAAAGCCTTATTACTC
* ** * * ** **
5305 GCTCTAAATGGTTTTCCAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATTTAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTCAAA
* * ** ** *** ** * * *
5370 ATAAATTATAATAGAGCATTTGCCTCAAGAAATGTGAAGAGAACATG--ATTCATTGGTAAGAGA
65 ACAGATTATAATTTAGTGTTTG-CTTGGGAAACATGAAGA-AA-AAGCCATTCATTGGCAAGAAA
* * *
5433 AGTCCATTTAGAGTCATCCATACCTTCCAAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
127 AGTCCATTTATAG---T-C--A-C--CC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * *
5498 TTTGCAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTAC-TTTTTTGGTTAGAATAGAATATAA
182 TTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-GTTAAAACAG-ATTTAA
* *
5562 TTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGA--AAAGAACGTGATTCATTGGCAACAGAAGTCCATTTAT
245 ATGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAGGAAA-AA-G-GATTCATTGGCAAGA-AAGTCCATTTAT
5625 AGTCACCCATGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTC
306 AGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTC
* * * *
5657 GCTATAAATGGTTTTATAAGCTCA-TATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCTATTTTTGGTTA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTA-TTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAC-ATTTTTGGTCA
* * * *** * *
5721 AAACATATTATAATTCAGTTTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCACGAAA
63 AAACAGATTATAATTTAGTGTTTG-CTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
* * *
5786 AGTCCATTTATAGTTACCTATGCCTTTCG-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
127 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATC
* * * * * *
5850 -CA-ATTGCTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTAAAATTCAGTGC
191 TCATAAT--TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTTAAA-TGAGTGT
* * * * * * * * *
5913 CTACCTCAAGAAACATGATG-AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTGTAGTCGCTCAAG
253 TTGCCTCAAGAAACATGAGGAAAAAGGATTCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
** *
5977 CCTTTGGAAGCCTTATTACTA
317 CCTTTCAAAGCCTTATTACTC
* * * *
5998 TCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-T-CA------A-ATTTTTGGTTAAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTCAAAA
* ** *
6054 CAGATTAT-GTCTT-GATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAA
66 CAGATTATAAT-TTAG-TGT-TTGCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
* * *
6117 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGCTTTTATAATCTC
128 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTC
6182 ATAAT
193 ATAAT
6187 CTCATAATTG
Statistics
Matches: 2132, Mismatches: 372, Indels: 175
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
329 6 0.00
330 113 0.05
331 3 0.00
332 2 0.00
339 13 0.01
340 428 0.20
341 793 0.37
342 375 0.18
343 99 0.05
344 14 0.01
345 1 0.00
346 1 0.00
347 2 0.00
348 1 0.00
349 2 0.00
350 11 0.01
351 79 0.04
352 117 0.05
353 72 0.03
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (337 bp):
GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTCAAAA
CAGATTATAATTTAGTGTTTGCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATA
ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTTAAATGAGTGTTTGCCTCA
AGAAACATGAGGAAAAAGGATTCATTGGCAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAA
GCCTTATTACTC
Found at i:4543 original size:512 final size:513
Alignment explanation
Indices: 3259--6186 Score: 2622
Period size: 512 Copynumber: 5.7 Consensus size: 513
3249 CTTGCTGCTT
* *
3259 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCT-AAATCTTTTTACA-TTTTTGCTCA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTC-TTTTACATTTTTTGCTCA
* * * *** *
3322 AAAAAGATGATAATT-AAGTGTTTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAA
65 AAACAGATTATAATTGAA-TG-TTACCTCAAGAAACATGAAGAAACAGCTATTCATTGGCAAGAA
* * *
3386 AAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTACAATC
128 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATC
* * * * *
3451 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAATTAGATTATAGTTGAGTGTTT
193 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTT
* ** * * * *
3516 GCCTCAAGAAACATGAAGAGAATGTGAATCATTGGCGAG-AAAGTCCATTTATGGTCACCCATGC
258 GCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* *
3580 CTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTCAAGTTGAAT
323 C-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * *
3644 CTTTTTACATTTTTGGTCAAAAAAGATTATAATTTAGTGTTTAGCTCCAA-AAACATGAAGAAAA
387 CTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTACCT-CAAGAAACGTGAAGAAAA
* * * * * * *
3708 AGCCACTCATTGGCTAGAAAAGTCCATTTATAGCCACGCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACAC
451 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
* * *
3771 ACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTT-AACTT-TCTTTACATTTTTTG-TC
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTCT-TTTACATTTTTTGCTC
* ** * * * *** * * * * *
3833 AAAACAAATTGGAAATGAGTGTTGCCCTTGGGAAACGTGAGGAAAAAGCCATTCATTGGGAAGAA
64 AAAACAGATTATAATTGAATGTT-ACCTCAAGAAACATGAAGAAACAGCTATTCATTGGCAAGAA
* * * * * *
3898 AAGCCCATTTATAGTCATCCATGCCTT-TGGAAGCCTTACTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAT
128 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCT-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAAT
* * * * *
3962 CCCATTATCGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTCAAAATAGATTATAATTGAGCT-T
192 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAG-TGT
* *** ** *
4026 TTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATCAGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCAT
256 TTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* * * *
4091 GCCTTCTAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTATGTTGAA
321 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * * *
4156 TCTTTCTACATATTTGATTAAAACAGATTAAAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGATGAAAA
386 TCTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAA
** * * * * * * *
4221 AGATATTCATCT-TCAAGAAAAGTCTATTTGTAGTCACCCGTACCTTTGGAAGCCTTATTGC-C
451 AGCCATTCAT-TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
* * * * * * *
4283 ATCTTTAAATGGTTTTGTAAGCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTCCTTTATA-TTTTGGCT-A
1 -GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTTGCTCA
* ***
4346 AAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAACAGCTATTCATTGGCAAGAAA
65 AAACAGATTATAATTGAATGT-TACCTCAAGAAACATGAAGAAACAGCTATTCATTGGCAAGAAA
* * * *
4411 AGTCCATTCATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCTTTATTACTTGCTTGAAATGGTTTTACAATCT
129 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCT
* * * * *
4476 CATAACTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTCTGGTCAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTT
194 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTG
* * * * *
4541 CCTCAAGAAACGTGAAGAGAACATGATTCATTGGCAAGAGAAA-TCCATTTATAGTCATCCATGC
259 CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * * * *
4605 CTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTATAAGCTCATATTTGATTTTAAGTTGAGT-
323 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATC
* * * * * *** * * * *
4669 TCTTT-CATGTTTTGGTT-AAACAGATTATATTTGAATGCTTGCCTTTTGAATCGGGAGGCAAAC
388 TTTTTACAT-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTACCTCAAGAAACGTGAAG-AAAA
* * * * * *
4732 A-CCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCGTCGAAAACCTTATTACTT
451 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
* * * * * * * *
4794 GCTTGAAATGGTTTTACAATCTCATAACTGATTTTAATTTGAATTTTTTTATA-TTTCTGATCAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTTGCTCAA
* * * * *
4858 AATAGATTATAATTGAGTGTTTTCCTCAAGAAACGTGAAGAGAAC-G-TGATTCATTGGCAAGAG
66 AACAGATTATAATTGAATG-TTACCTCAAGAAACATGAAGA-AACAGCT-ATTCATTGGCAAGAA
* * * * * * *
4921 AAGTCCATTTATAGTTATCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATAGTTTTATAAGC
128 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATC
* * * * * *
4986 TCATATTTGATTTTAAGTTGAATTCTTCT--ATGTTTTGGTTAAAACAGATTAT-ATTCGAATGC
193 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAATAGATTATAATT-GAGTGT
*** * * * * ** * * *
5048 TTGCCTTTTGAATCAGGGAGCAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATGGTCACCCAT
256 TTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* * * * *
5113 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTGAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTATAAGTTGAA
321 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* *
5178 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATCA-ATTATAA-TGAGTGTTTGA-CTGAAGAAACGTGAAGAG
386 TCTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-CAGATTATAATTGAGTGTTT-ACCTCAAGAAACGTGAAGA-
* * * * * ** *
5240 AACATG--ATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTAGAGTCATCCATACCTTCCAATGCCTTATTAC
448 AA-AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
5303 TC
512 TC
* ** * * ** *
5305 GCTCTAAATGGTTTTCCAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATTTAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTTGCTCAA
* * ** *
5370 ATA-A-ATTATAATAGAGCAT-TTGCCTCAAGAAATGTGAAGAGAACA--TGATTCATTGGTAAG
66 A-ACAGATTATAATTGA--ATGTTACCTCAAGAAACATGAAGA-AACAGCT-ATTCATTGGCAAG
* * * * *
5430 AGAAGTCCATTTAGAGTCATCCATACCTTCCAAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
126 AAAAGTCCATTTATAG---T-C--A-C--CC-ATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * *
5495 GGTTTTGCAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAGAATAGAATAT
181 GGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTAT
** * * *
5560 AATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAA-AAGAACGTGATTCATTGGCAACAGAAGTCCATTTA
246 AATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAA-AAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * *
5624 TAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATAAGCTCATATTTGAT
310 TAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * *
5689 TTTAAGTTGAATTTTTTTTCTATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTCAGTTTTTGCCTCAAGAA
375 TTTAAGTTGAATCTTTTTAC-ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTACCTCAAGAA
* * *
5754 ACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCACGAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATGCCTTTCG-AAG
439 ACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTT-GAAAG
5818 CCTTATTACTC
503 CCTTATTACTC
* *
5829 GCTTTAAATGGTTTTATAATC-CA-ATTGCTGATTTTAAGTTGAA-TCTTTTTACATTTTTT-AT
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT--TGATTTTAAGTTGAATTC-TTTTACATTTTTTGCT
* * * * * *
5890 TAAAACAGATTAAAATTCAGTGCCTACCTCAAGAAACATGATGAAA-AGC-ATTCATTGGCAAGA
63 CAAAACAGATTATAATTGAATG-TTACCTCAAGAAACATGAAGAAACAGCTATTCATTGGCAAGA
* * * * * * ** *
5953 AAAGTGCATTTGTAGTCGCTCAAGCCTT-TGGAAGCCTTATTACTATCTTTAAATGGTTTTATAA
127 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCT-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAA
* * **
6017 TCTCATAATTGATTTTAAG-T-CA-------A-ATTTTTGGTTAAAACAGATTATGTCTTGA-TG
191 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTAT-AATTGAGTG
* * *** *
6071 TCTACCTTGGGAAACATGAAG-AAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
255 TTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAATC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* *
6135 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAAT
319 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
6187 CTCATAATTG
Statistics
Matches: 1949, Mismatches: 390, Indels: 164
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
501 2 0.00
502 116 0.06
503 5 0.00
509 9 0.00
510 248 0.13
511 330 0.17
512 589 0.30
513 232 0.12
514 4 0.00
515 1 0.00
517 1 0.00
518 1 0.00
519 1 0.00
520 2 0.00
521 63 0.03
522 167 0.09
523 38 0.02
524 140 0.07
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (513 bp):
GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTTGCTCAA
AACAGATTATAATTGAATGTTACCTCAAGAAACATGAAGAAACAGCTATTCATTGGCAAGAAAAG
TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCA
TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTGCC
TCAAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTT
TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCA
TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
Found at i:5602 original size:181 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5462--6036 Score: 490
Period size: 172 Copynumber: 3.4 Consensus size: 169
5452 ATACCTTCCA
* * *
5462 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGCAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
1 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* *
5527 ATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAGAATAGAATATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAAAG
66 ATTTTTTTTACTTTTTTGGTTA-AATA-AATATAATTGAGTATTTGCCTCAAGAAACGTGAAAAG
* *
5592 AACGTGATTCATTGGCAACAGAAGTCCATTTATAGTCACCC
129 AACGTGATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTAGAGTCACCC
* * * *
5633 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATAAGCTCATATTTGATTTTAAGTTG
1 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* *
5698 AATTTTTTTT-CTATTTTTGGTTAAA-ACATATTATAATTCAGTTTTTGCCTCAAGAAACGTGAA
66 -ATTTTTTTTACT-TTTTTGGTTAAATA-A-A-TATAATTGAGTATTTGCCTCAAGAAACGTGAA
* ** * * * * *
5761 GAA-AAAGCCATTCATTGGCACGAAAAGTCCATTTATAGTTACCT
126 -AAGAACGTGATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTAGAGTCACCC
* * * *
5805 ATGCCTTTCG-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-CA-ATTGCTGATTTTAAG
1 AAGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTACAATCTCATAAT--TGATTTTAAG
* * * * * *** * *
5867 TTGAATCTTTTTACATTTTTT-ATTAAA-ACAGATTAAAATTCAGTGCCTACCTCAAGAAACATG
63 TTGATTTTTTTTAC-TTTTTTGGTTAAATA-A-A-TATAATTGAGTATTTGCCTCAAGAAACGTG
* * * * * *
5930 ATGAA-AA-G-CATTCATTGGCAAGAAAAGTGCATTT-GTAGTCGCTC
124 A-AAAGAACGTGATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTAG-AGTCACCC
* * ** * *
5974 AAGCCTTTGGAAGCCTTATTACTATCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
1 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGT
6037 CAAATTTTTG
Statistics
Matches: 345, Mismatches: 44, Indels: 32
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 76 0.22
170 8 0.02
171 113 0.33
172 138 0.40
173 7 0.02
ACGTcount: A:0.31, C:0.15, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
ATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAATAAATATAATTGAGTATTTGCCTCAAGAAACGTGAAAAGAA
CGTGATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTAGAGTCACCC
Found at i:7141 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6541--7146 Score: 697
Period size: 172 Copynumber: 3.5 Consensus size: 171
6531 ATAAATGACA
* *
6541 GATTATAATTGAGTGTTTGCCTTG-GCAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTT
1 GATTATAATTGAGTGTTTGCCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * *
6605 CATTTATAGTCACCTATGCCTTCCAAAACTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATTA
65 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATTA
* *
6670 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA-C
130 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGTAAAAATC
* ** * * * ** * ** *
6711 AAATTATAATTGAGTGTTTTTCTTTAGAAACATGAAGCAAATGTGATTCATAGGTAAGAAAAATC
1 -GATTATAATTGAGTGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * *
6776 CATTCACAGTCACCTATGCCTTTCATAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
65 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCCA-AAGCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATT
* * * *
6841 ATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTGGTCGAAACAT-
129 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGT--AAAAATC
* * * * *
6885 -ATTATAATTGAGTGTTTGTCTTGAGAAACATTAA-AAAAATGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTA
1 GATTATAATTGAGTGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * *
6948 CATTTATAGCCACCCATGCCTTCCAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATT
65 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGC-TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATT
*
7013 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTGACA-TTTTGGTAAAAATC
129 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGTAAAAATC
* * *
7054 GATTATATTTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCC
1 GATTATAATTGAGTGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCC
7119 ATTTATAGT-AGCCCATGCCTTCCAAAGC
66 ATTTATAGTCA-CCCATGCCTTCCAAAGC
7147 CTAATTGATT
Statistics
Matches: 362, Mismatches: 62, Indels: 23
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.01
169 1 0.00
170 82 0.23
171 89 0.25
172 182 0.50
174 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
GATTATAATTGAGTGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATTAT
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGTAAAAATC
Found at i:7461 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7202--9957 Score: 2040
Period size: 170 Copynumber: 16.2 Consensus size: 171
7192 TCTGCTTCAG
* * * * * * ** * ***
7202 GAAACATGATGCAAAAGCCATCCATTTGCATGAAAAATCCATTTATAGTCATTCATGCATTTTGA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAA
* * * * * *
7267 AGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTACAATTTCATAATTAATTTTAAGTTTAATTGTTTTAC
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTAC
* * *
7332 ATTTTTGATTAAAACAAATTATAATTGAGTGTTTGGCTTGA
131 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTGA
* * ** * **
7373 GAAACGTGAAGAAAATGAGATTCATTGGTAAGAAAAGTTAATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAA
* * ** * * *
7438 AGCCTTATTACTCGCTCTAAATAGTTTTGCAATCTCATAATTAATTTTAAGTGGAA-TGTTTTAT
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTAC
* *
7502 ATGTTTGG-TACAAACAGATTATAGTTGAGTGTTTGCCTTGA
131 ATTTTTGGTTA-AAACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTGA
** * ** * *
7543 GAAATGTGAAGAAAACAAG--ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTATACGTGCCTTCA
1 GAAACATGAAG-AAA-AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCC
* * * *
7606 AAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A-ATTGTT
* * * * * *
7671 TTACATTTTTTTGTCAAAACAGATTGTAATT-ATGTTTTTTCC-TAA
127 TTACA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA-GTGTTTGCCTTGA
* * *
7716 GGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCCA
1 -GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCA
* * * * * * *
7781 AAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATTATTGATTTTGAGATGATTTGTTTTG
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT-
* * * * * *
7846 A-ATTTTTGGTTACAATAGATTATATTTGAATGTCTACCTT-A
129 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTGA
* * * *
7887 GAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCA
1 G-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCA
* * * * * * *
7952 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATATTCTCAAAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTA
* * * * *
8017 CA-TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAG--TTCA
130 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGT-TTGCCTTGA
* * * * **
8057 GGAAACATGACA-CAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTG
1 -GAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCC
*
8121 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATT-TTT
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTGTTT
* * *
8185 TACA-TTTTGGTTAAAATAGAATATAATTGAGTGTTTGCCTAG-
128 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTGA
* * * *
8227 GAAATCATGAAGAAAAAACTATTCATTGTCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCA
1 GAAA-CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCA
* * ********** *
8292 AGGCCTTATTACTTGCTTTNNNNNNNNNNATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTA
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTA
* * * * * * **
8357 CATTTTTGGTTAAAATAGATTAAAATTCAATGTCTACCTCAA
130 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTGA
** * * * ***
8399 GAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAGAGTCCATTTGTAGTCACCCATGCCTTTGGA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAA
* * * * * * * *
8464 AGCCCTATTATTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTAATTTTTAG-TCAAATGTTTTTA
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTG-TTTTA
* * * * * * *
8528 TATTTTAGGTTAAAACAGATTGTATTTTAATGTTTGCCTTGG
130 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTGA
* * * * * *
8570 GAAACAT-AATAAAAAAGCTATTCACTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTCA
1 GAAACATGAA-GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCA
********** *
8634 AAGNNNNNNNNNNCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAACTT-TTTT
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTT
* * * **
8697 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAGTAACTGTTTGCCTAAA
129 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTGA
** * ** * *
8740 GAAATGTGAAGAAAATGTGATTCATTGGCAAG-AAAGTTTCATTTATATTCACCCATGCCTTCCA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCA
* * *
8804 AAGCCTTAATACTCG-TATTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTT
65 AAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT
** * * * *
8867 TTATTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAGTTTTTGGC-TCA
129 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTGA
* * **
8909 GAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCA-TGGCAAGAAAAGTCC-TTTGATAGCCACCCATGCCTTAT
1 G-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCACCCATGCCTTCC
* * * * * * * *
8972 AAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTAGAATCTCATTACTGATTTTAAGTTGATTTTTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT
* *
9037 ACATTTTTGGTCAAAACCA-ATTATAGTTGAGTGTTTGCCTCT-A
129 ACATTTTTGGTTAAAA-CAGATTATAATTGAGTGTTTGCCT-TGA
** * * * *
9080 GAAACATGAAGACGAGGCCATTCATTAGCAAGAAATA-TCTATTTATAGTTACCCATGCCTTCCA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCA
* * * *
9144 AAGCCATATTTCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATGGATTTTAAGTTGAATT-TTTT-
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTA
***************************************
9207 --TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
130 CAT-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTGA
**** * *
9248 NNNNCATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATG-CTGTCCA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT-TCCA
* * *
9312 AAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-ATATTGATTTCAAGTTGAATT-TTGT
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTGAATTGTT-T
* * * ** *
9375 TACATTTTTGGTCAAAAAAAATTGGAATTGAGTG-TTGCCCTTGG
128 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTG-CCTTGA
* * * ***
9419 GAAACATGAGGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTGTAGTCACCCATGTCTTTGG
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCCA
* * ** * * * * *
9483 AAGCCTTACTACTTGCTTTAAATAATTTTATAATCCCATTATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTA
* * * *
9548 CATTTTTAGTCAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTTCCTTGG
130 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTGA
* * *
9590 GAAACCTGAAGAAAAAG-CATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCC-A
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAA
* * * * *
9653 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGA-TTTATG-TGAATCT-TTCTG
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TGTTTTA
* * * * * * * **
9715 CATATTTGATTAAAACAGATTAAAATTAAATGTCTACCTCAA
130 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTGA
* ** * * ***
9757 GAAACATGATGAAAAAGTGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCATACCTTTGGA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAA
* ** * * * *
9822 AGCCTTATTGCTATCTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTAT
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTAC
* * *
9887 A-TTTTGGCTAAAACAGATTAT-ATCTGCA-TGTCTACCTTTG-
131 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT-TG-AGTGTTTGCC-TTGA
*
9927 GAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
9958 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2007, Mismatches: 503, Indels: 151
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 57 0.03
168 146 0.07
169 173 0.09
170 743 0.37
171 722 0.36
172 32 0.02
173 15 0.01
174 118 0.06
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAA
AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTAC
ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTGA
Found at i:8392 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 7224--9957 Score: 1799
Period size: 341 Copynumber: 8.0 Consensus size: 341
7214 AAAAGCCATC
* * * ** * ***
7224 CATTTGCATGAAAAATCCATTTATAGTCATTCATGCATTTTGAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAA
* * * * * *
7288 TAGTTTTACAATTTCATAATTAATTTTAAGTTTAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATTA
65 TTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTA
* * * * * * ** **
7353 TAATTGAGTGTTTGGCTTGA-GAAACGTGAAGAAAATGAGATTCATTGGTAAGAAAAGTTAATTT
130 TAATTGAATGTCTAG-TTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTT
* * **
7417 ATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATAGTTTTGCAATCTCATAATTAA
194 ATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAA
* * * *
7482 TTTTAAGTGGAATGTTTTATATGTTTGG-TACAAACAGATTATAGTTGAGTGTTTGCCTT-GAGA
259 TTTTAAGTGAAATTTTTTATAT-TTTGGTTA-AAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTAG-GA
* *
7545 AAT-GTGAAGAAAACAA-GATT
321 AATCATGAAGAAAA-AACTATT
* ** * * * *
7565 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTATACGTGCCTTCAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
* * * * *
7630 TGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTTTTTACATTTTTTTGTCAAAACAGAT
66 TGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTG-A-ATTGTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGAT
* ** * * *
7695 TGTAATT--ATGT-TTTTTCCTAAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCC
128 TATAATTGAATGTCTAGTT-C--AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
* * * * *
7757 ATTTATAGCCACCCATGCCTTCCAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATTA
190 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * *
7822 TTGATTTTGAGATG-ATTTGTTTTGA-ATTTTTGGTTACAATAGATTATATTTGAATGTCTACCT
255 TTAATTTTAAG-TGAAATT-TTTT-ATA-TTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCT
* * * *
7885 TA-GAAAACATAAAGAAAAAGCCATT
316 TAGGAAATCATGAAGAAAAAACTATT
* * *
7910 CATTGGGAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
* * * * * *
7975 TGTTTTATATTCTCAAAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAATATATTAT
66 TGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* *
8039 AATTGAATGTCTAGTTCAGGAAACATGACA-CAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA
131 AATTGAATGTCTAGTTCAGGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA
* ** * *
8103 TAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
195 TAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAAT
* * * * *
8168 TTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTGGTTAAAATAGAATATAATTGAGTGTTTGCC-TAGGAAAT
260 TTTAAG-TGAAATTTTTTATATTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTAGGAAAT
8232 CATGAAGAAAAAACTATT
324 CATGAAGAAAAAACTATT
* * * ****
8250 CATTGTCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAGGCCTTATTACTTGCTTTNNNN
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
****** * * * *
8315 NNNNNNATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTAA
66 TGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* ** * ** * *
8380 AATTCAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAGAGTCCATTTGT
131 AATTGAATGTCTAGTTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAT
*** * * * *
8445 AGTCACCCATGCCTTTGGAAGCCCTATTATTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTAATT
196 AGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATT
* * * * *
8510 TTTAGTCAAATGTTTTTATATTTTAGGTTAAAACAGATTGTATTTTAATGTTTGCCTTGGGAAA-
261 TTAAGTGAAAT-TTTTTATATTTT-GGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTAGGAAAT
*
8574 CAT-AATAAAAAAGCTATT
324 CATGAAGAAAAAA-CTATT
* * * * ***********
8592 CACTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTCAAAGNNNNNNNNNNCGCTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
* * *
8657 GGTTTTACAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAACTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTA
66 TGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTA
* * * * * ** * ** * *
8720 TAAGT-AACTGT-TTGCCTAAAGAAATGTGAAGAAAATGTGATTCATTGGCAAG-AAAGTTTCAT
130 TAATTGAA-TGTCTAG-TTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAG-TCCAT
* * *
8782 TTATATTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTAATACTCG-TATTAAATGGTTTTATAATCCCATAAT
192 TTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * * *
8846 TGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTTTATTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAGTTTTTGGCTCA-
256 TAATTTTAAG-TGAAATTTTTTATA-TTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTAG
* *
8909 GAAAACATGAAG-AAAAAGTCATT
319 GAAATCATGAAGAAAAAACT-ATT
* ** *
8932 CA-TGGCAAGAAAAGTCC-TTTGATAGCCACCCATGCCTTATAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
* * * * * * *
8995 -TGATTTTAGAATCTCATTACTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTCAAAACCA-AT
65 TTG-TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAA-CAGAT
* * * * ** * * * *
9058 TATAGTTGAGTGT-TTGCCTCTA-GAAACATGAAGACGAGGCCATTCATTAGCAAGAAATA-TCT
128 TATAATTGAATGTCTAG-TTC-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAA-AGTCC
* * * *
9120 ATTTATAGTTACCCATGCCTTCCAAAGCCATATTTCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
190 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
** ***************************************
9185 TGGATTTTAAGTTG-AATTTTTT-T-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
255 TTAATTTTAAG-TGAAATTTTTTATATTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTAG
***** * * *
9247 NNNNNCATAAAGAAAAAGCCATT
319 GAAATCATGAAGAAAAAACTATT
* *
9270 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATG-CTGTCCAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT-TCCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
* * * * * *
9334 TGGTTTTATAATCTCA-ATATTGATTTCAAGTTGAATT-TTGTTACATTTTTGGTCAAAAAAAAT
65 TTGTTTTATAATCTCATA-ATTAATTTTAAGTTGAATTGTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
** * * * *
9397 TGGAATTGAGTGT-T-GCCCTT-GGGAAACATGAGGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CC
128 TATAATTGAATGTCTAG---TTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
* * *** * * ** * *
9458 TATTTGTAGTCACCCATGTCTTTGGAAGCCTTACTACTTGCTTTAAATAATTTTATAATCCCATT
190 -ATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * *
9523 ATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTTCCTT
254 ATTAATTTTAAGTGAAA-TTTTTTATA-TTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTT
* * *
9588 GGGAAA-CCTGAAGAAAAAGC-ATT
317 AGGAAATCATGAAGAAAAAACTATT
* * **
9611 TATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCC-AAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
* * * * * * * *
9675 GGTTTTATATTCTCATAATTGA-TTTATG-TGAATCT-TTCTGCATATTTGATTAAAACAGATTA
66 TGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAT-TGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTA
* * ** * * ** * *
9737 AAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGATGAAAAAGTGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTG
130 TAATTGAATGTCTAGTTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA
* *** * ** * * *
9802 TAGTCACCCATACCTTTGGAAGCCTTATTGCTATCTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATATTTGAT
195 TAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAAT
* * * * * *
9867 TTTAAGTTG-AATTCTTTTATATTTTGGCTAAAACAGATTATATCTGCATGTCTACCTTTGGAAA
260 TTTAAG-TGAAATT-TTTTATATTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTAGGAAA
*
9931 -CATGAAGAAAAAGCTATT
323 TCATGAAGAAAAAACTATT
9949 CATTGGCAA
1 CATTGGCAA
9958 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1854, Mismatches: 461, Indels: 159
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
337 49 0.03
338 169 0.09
339 286 0.15
340 392 0.21
341 552 0.30
342 116 0.06
343 31 0.02
344 127 0.07
345 128 0.07
346 4 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (341 bp):
CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
TGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
AATTGAATGTCTAGTTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAT
AGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATT
TTAAGTGAAATTTTTTATATTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTAGGAAATCA
TGAAGAAAAAACTATT
Found at i:19897 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 19700--20052 Score: 442
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
19690 NNNNNNNNNA
* * * *
19700 TAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTAGAAATGGATTTCTCTT
1 TAAAACCATTTAAAACGAGCAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGATGACTAGAAATGGACTTCTCTT
* * *
19765 GCCAATGAATCA-CATTCTTTTCATATTTCCTGAGGCAAACACTCAATTATAATCT-ATTTTAAC
66 ACCAATGAATCATCATTCTCTTCATATTTCATGAGGCAAACACTCAATTATAAT-TGATTTTAAC
*
19828 CAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAGATCAATTA-TGAGATTG
130 CAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTACT-AGATTG
* * **
19871 TAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTGGAAGGTATGGATGACTCTAAATGGACTTCTCTT
1 TAAAACCATTTAAAACGAGCAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGATGACTAGAAATGGACTTCTCTT
* ** * * * *
19936 ACCAATGATTCATGTTTCTCTTCATGTTTCATGAGGCAAACACTCTATTATAATTGATTTTTACT
66 ACCAATGAATCATCATTCTCTTCATATTTCATGAGGCAAACACTCAATTATAATTGATTTTAACC
* * * *
20001 AAAAATTTTAAAAATTTAACTTAAAATCAATTACTAGGTTG
131 AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACTAGATTG
*
20042 TAAAATCATTT
1 TAAAACCATTT
20053 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 155, Mismatches: 24, Indels: 6
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
171 102 0.66
172 53 0.34
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TAAAACCATTTAAAACGAGCAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGATGACTAGAAATGGACTTCTCTT
ACCAATGAATCATCATTCTCTTCATATTTCATGAGGCAAACACTCAATTATAATTGATTTTAACC
AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACTAGATTG
Found at i:23597 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 23060--24297 Score: 969
Period size: 171 Copynumber: 7.2 Consensus size: 171
23050 NNNNNNNNNN
* * * **
23060 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAACTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTT
* *** * * * * ** * * **
23125 CATCATTTTTCACAAGGTAGACATTCAAATGTAATCTGTTTTAAATAAAAATATGAAACAATTTG
66 CCTCCCGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * ** **
23190 ACTCAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTGTTTAAAGATA
131 ACTTAAAATCAATTATGAGCTTGTAAAACCATTTAAAGCGA
** * * * * * * * *
23231 GTAATAAGGCTCCCAAAAGCATGGGTGGCTACAAATAGACTTTTCTTAGCT-ATGATTAGCTTTC
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCTAATGAATGGCTTTT
* ** * * * * * *
23295 TCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTTTAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTC
65 TCCTCCCGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTC
*********** *
23360 AACTTAAAAT-NNNNNNNNNNNTATAAAACCATTTAAAGCGA
130 AACTTAAAATCAATTATGAGCTTGTAAAACCATTTAAAGCGA
* * * *
23401 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAATTGGAATTTTCTTGCTAATGAATGGTTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTT
* * * * * *
23466 CCTCCCGTTCCCCAATGCAAACATTTAAATATATTCTGTTTTAACCAAAATTATAAAAAAATTCA
66 CCTCCCGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCA
* * *
23531 ACTTGAAATCAATTATAAGCTTGTAAAACCATTTAGAGCGA
131 ACTTAAAATCAATTATGAGCTTGTAAAACCATTTAAAGCGA
* * ** * *
23572 GTCATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATCACATTCT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTT
* ** ** * * * *********** * * *
23637 CTTCATGTTTCTTGAGGCCAACACTCAACTATAATCTANNNNNNNNNNAACTATAAAAGAATTTA
66 CCTCCCGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * *
23702 ACTTAAAATTAATTATGAGATTGTTAAACCATTTAAAACGA
131 ACTTAAAATCAATTATGAGCTTGTAAAACCATTTAAAGCGA
* *
23743 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTA-AAATGGACTTTTCTTGCTAATGAACGGCTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTT
* * * * *
23807 TCTCCCGTTTCTAAAGGTAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAGCCAAAAATATAAAAAGA-TCA
66 CCTCCCGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * ** *
23871 ACTTAAAATCAAATATAAGCTTATAAAACCATTTAAAAAGT
131 ACTTAAAATCAATTATGAGCTTGTAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * ** * *
23912 GTAATAAGGCTTTAGAAGGTATGGATGACTATAAATGGA-TTTCTCTTGCCAATGAATCACATTC
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTGCTAATGAATGGCTTTT
* * * ** * * * * * * *******
23976 TCTTCACATTTCTTGAGGCAATCACTCAACTATAATCTATTTTAACCAAAACTGTANNNNNNNNN
65 TCCTCCCGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATA--AAAAAAT
* *
24041 NCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGA
128 TCAACTTAAAATCAATTATGAGCTTGTAAAACCATTTAAAGCGA
* *
24085 GTAATATA-GCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGATTTT
1 GTAATA-AGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTT
* **
24149 TCCTCCCATTT-TCCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAAATAAAAATATAAAAAAATT
65 TCCTCCCGTTTCT-CAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT
* ** * **
24213 TAACTTAAAATCAATTATGAGCTAATAAAATCATTTAAAGTAA
129 CAACTTAAAATCAATTATGAGCTTGTAAAACCATTTAAAGCGA
* *
24256 GTAGTAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTACAAATGGACTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
24298 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 814, Mismatches: 241, Indels: 24
0.75 0.22 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 68 0.08
170 253 0.31
171 359 0.44
172 3 0.00
173 127 0.16
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTT
CCTCCCGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAATTATGAGCTTGTAAAACCATTTAAAGCGA
Found at i:41192 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 40884--41320 Score: 499
Period size: 170 Copynumber: 2.5 Consensus size: 169
40874 NNNNNNNTAT
* * *
40884 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTGTGGTTAAAACAGACGATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTT-TTTACATTT-TTGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * *
40949 ATCTACCTTGAG-AA-ATGTAAGGAAACAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATGTCTAGTCA
64 GTCTACCTTGAGAAACATG-AA-GAAA-AAGCCATTCATTGGCAAGAAAACTCCATGTATAGTCA
* * * *
41011 CCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTA-TCTTTAAATAGTCTTAC
126 CCAACTCCTTCAAAAGGCTTATTAC-ACTCTCTAAATAGTCTTAC
* * * *
41055 AATTTCATAATTGATTTTGGGTTGAATTTTTTACATTTTCTATTAAAACCA-ACTATAATTAAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTACATTTT-TGTTAAAA-CAGACTATAATTGAAT
* * * *
41119 GTCTACCTCGAGAAACATGCAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAACTCCATTTATAGTCATC
64 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAAACTCCATGTATAGTCACC
* * *
41183 AACTCCTTCAAAAGGCTTATTACACTCTCTAAATGGTTTTAT
128 AACTCCTTCAAAAGGCTTATTACACTCTCTAAATAGTCTTAC
* *
41225 AATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATGTTTTTGTCTATTTTTGGTTAAAAAAGACTATAATTGA
1 AATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAAT-TTTTT-AC-ATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGA
41290 ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGC
62 ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGC
41321 ATNNNNNNNN
Statistics
Matches: 224, Mismatches: 30, Indels: 22
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.02
170 126 0.56
171 37 0.17
172 6 0.03
173 50 0.22
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
AATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
CTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAACTCCATGTATAGTCACCAAC
TCCTTCAAAAGGCTTATTACACTCTCTAAATAGTCTTAC
Done.