Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398224.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_153.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11635
ACGTcount: A:0.30, C:0.10, G:0.10, T:0.29
Warning! 2426 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:885 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 603--1078 Score: 390
Period size: 170 Copynumber: 2.8 Consensus size: 170
593 NNNNNNNNNN
** * *
603 AATCAATTATGTGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTGAGTGACT
1 AATCAATTATCAGATTAGAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTGAGTGACT
* * *
668 ATAAACAGAATTTTCTTACCAAAGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTGAA-GCAGACATTCAAC
66 ATAAACAGAATTTTCTTACCAAAGAATGACTTTTGCCTCACATTTCCT-AAGGCAGACATTCAAC
* * *
732 TATAATATATTTTAACC-TAAATGTTAGAAAAATTAATTTAA
130 TATAAT-TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTAATTTAA
*
773 AATCAATTATCAGATTAGAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG-GCTGA
1 AATCAATTATCAGATTAGAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTGAG-TGA
* * * * ** * * * * *
836 CTATACATATACTTTTCTTGTCAATGAATGATTTTTTCCTCACATTTCCTAAGGTAGTCATTCAA
64 CTATAAACAGAATTTTCTTACCAAAGAATGACTTTTGCCTCACATTTCCTAAGGCAGACATTCAA
* * **
901 TTATAATTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACATAA
129 CTATAATTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATT-AATTTAA
********** * * * * *
944 AATCANNNNNNNNNNTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAGGTTTTTGAA-AGCTTGAGTGAC
1 AATCAATTATCAGATTAGAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA-CTTGAGTGAC
* * * * * * *
1008 TATAAACAGACTTTTCTTGCCAATAG-ATGGCTTTTGCTTTACGTTTCTTGAA-GCAGACATTCA
65 TATAAACAGAATTTTCTTACCAA-AGAATGACTTTTGCCTCACATTTCCT-AAGGCAGACATTCA
*
1071 ATTATAAT
128 ACTATAAT
1079 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 240, Mismatches: 56, Indels: 19
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 13 0.05
170 122 0.51
171 101 0.42
172 4 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AATCAATTATCAGATTAGAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTGAGTGACT
ATAAACAGAATTTTCTTACCAAAGAATGACTTTTGCCTCACATTTCCTAAGGCAGACATTCAACT
ATAATTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTAATTTAA
Found at i:1071 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 603--2616 Score: 750
Period size: 171 Copynumber: 11.8 Consensus size: 170
593 NNNNNNNNNN
** *
603 AATCAATTATGTGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGACTTGAGTGAC
1 AATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-CTTGAGTGAC
* *
667 TATAAACAGAATTTTCTTACCAA-AGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTGAAGCAGACATTCAA
65 TATAAACAGACTTTTCTTGCCAATA-GATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTGAAGCAGACATTCAA
* * * * **
731 CTATAATATATTTTAACCTAAATGTTAGAAAAATTAATTTAA
129 TTATAATATATTTTAACCAAAATGTAAAAAAAATTAACATAA
* * * *
773 AATCAATTATCAGATTAGAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG-GCTGAC
1 AATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGAG-TGAC
* * * * ** * * * *
837 TATACATATACTTTTCTTGTCAAT-GAATGATTTTTTCCTCACATTTCCT-AAGGTAGTCATTCA
65 TATAAACAGACTTTTCTTGCCAATAG-ATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTGAA-GCAGACATTCA
*
900 ATTATAAT-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACATAA
128 ATTATAATATATTTTAACC-AAAATGTAAAAAAAATT-AACATAA
********** * *
944 AATCANNNNNNNNNNTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAGGTTTTTGAAAGCTTGAGTGACT
1 AATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGAGTGACT
* * *
1009 ATAAACAGACTTTTCTTGCCAATAGATGGCTTTTGCTTTACGTTTCTTGAAGCAGACATTCAATT
66 ATAAACAGACTTTTCTTGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTGAAGCAGACATTCAATT
********** * *
1074 ATAATANNNNNNNNNNAAAA-ATATAAAAAAATTCAACTTAA
131 ATAATATATTTTAACCAAAATGTA-AAAAAAATT-AACATAA
** * * * * * *
1115 AATCACCTATGAGATTGTCAAACCATTTAACGCGAGTAATAAGACTTTTGAAAGCATG-GATGAC
1 AATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGAG-TGAC
* ** * * * ** * * * *********
1179 TATCAATGGACCTTTCTTGCCAAT-GAATGGATTTTTCTTCATGTTTCATGAGGTANNNNNNNNN
65 TATAAACAGACTTTTCTTGCCAATAG-ATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTGAAGCAGACATTCAA
* * * * * * *
1243 NTATAATCTGTTTTAACTAAAA-ATATAAAACAATCAA-ACTCAA
129 TTATAATATATTTTAACCAAAATGTA-AAAAAAATTAACA-T-AA
* * * * * * * * *
1286 AATAAATTATGAGATTATAAACCCATTTAAAGC-ACT-ATAAAGCTTTCGAAGGGTTAAGTGACT
1 AATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGAGTGACT
* * * * * ** * * *
1349 ATAAA-AGGAC-TGTCATACCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCAT-AGGCAAACATTTAA
66 ATAAACA-GACTTTTCTTGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTCC-TGAAGCAGACATTCAA
** * * *
1411 TTATAATATATTTTAATGTAAAATAT-AAAAATATTCAACTTAA
129 TTATAATATATTTTAA-CCAAAATGTAAAAAAAATT-AACATAA
* * * *
1454 AATCAATTATTAGGTTATAAAA-TATTTTAAAGCGAGTAATAAAGC--TTG-AA---T--G-G-C
1 AATCAATTATCAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGAGTGAC
* ** * * * * * ** * * * * *
1508 TGTAAATGGACTTTTCATACTAATGGATGGCTTTTGCTTGATGTTT-CTCCAGGCATATATTTAA
65 TATAAACAGACTTTTCTTGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCT-GAAGCAGACATTCAA
** * *
1572 TTATAATATATTTTAATAAAAATTGT-AAAACAATTCAACTTAA
129 TTATAATATATTTTAACCAAAA-TGTAAAAAAAATT-AACATAA
** * * * * * *
1615 AATCAATTAGGAGATTGTAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTT-AATGGTATGGGTGGC
1 AATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCT-TGAGTGAC
** **
1679 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GAGTGGCTTTTTG-TTCATGTTTCACATG-A-CAGACATT
65 TATAAACAGACTTTTCTTGCCAATAGA-TGGC-TTTTGCTTCACATTTC-C-TGAAGCAGACATT
** * * * *
1740 CAAACATAATCTGTTTGAACCAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAA
126 CAATTATAATATATTTTAACC--AAAATGTAAAAAAAATT-AACATAA
* * * * * ** * *
1787 AATTAATTATAACATTATAAAACCGTTAAAAGTAAGTAAAAAGGCTTTT-AAAGGTAT-AGCTGA
1 AATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCT-TGAG-TGA
* * * * * ** * *
1850 CTATAAATAGACGTTTCTTACCAATCA-ATGACTTTCT-CTTCACGTTTCCCAAAGTAAACATTC
64 CTATAAACAGACTTTTCTTGCCAAT-AGATGGCTTT-TGCTTCACATTTCCTGAAGCAGACATTC
* * * ** ** * *
1913 AATTACAATCTGTTTTAATAAAAAAATATAAGACAATTCAAC-TAAA
127 AATTATAATATATTTTAACCAAAATGTA-AAAAAAATT-AACAT-AA
* ** ** * * * * *
1959 AATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAAAGAGCAATGAGGGTTTTGAAGGCTTGAGTGAAT
1 AATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGAGTGACT
* **** * * ** * ** *
2024 ATAAATCA-ACATTTCTTGTTGTTGGATGGCCTTTGCTTCATGTTTCCTAAAAAAGACATTGAAT
66 ATAAA-CAGACTTTTCTTGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTGAAGCAGACATTCAAT
* ** *
2088 TATAACATATTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
130 TATAATATATTTTAACCAAAATGTA-AAAAAAATT-AACATAA
** * * * * * * * *
2130 AATCAATTAAGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAGTAATGCTTTCGAAGGCATGAATGACT
1 AATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGAGTGACT
* * * * * * *
2195 ATAAAAAGACTTTTTTTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTGAAGTAGACATTCAATT
66 ATAAACAGACTTTTCTTGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTGAAGCAGACATTCAATT
** * * * *
2260 ATAATATATTTTAAATAAAAATTTTAAAAAAATCAACTTAA
131 ATAATATATTTT-AACCAAAATGTAAAAAAAATTAACATAA
* * ** * * ** * * *
2301 AATCAATTATGACATTATAAAATAATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCAAAAACTTGGGTGAAT
1 AATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGAGTGACT
** * ** * * ** * *
2366 ATAAGTATACTTTT-TTAATCAAT-GAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCC--AAGGTAGACATTA
66 ATAAACAGACTTTTCTT-GCCAATAG-ATGGCTTTTGCTTCA-CATTTCCTGAA-GCAGACATTC
** * * *
2427 AATTATAATCCATTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAAAATTCAA-TTGAA
127 AATTATAATATATTTTAAC-CAAAATGT-AAAAAAAATT-AACAT-AA
* * *
2474 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-GATAATAATGG-TTTTGAAAGCTTTAGTAA
1 AATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG-TAATAA-GGCTTTTGAAAGCTTGAGTGA
* * * * * *
2537 ATATAAATGCA-A-TTTTCTTACCGATGGATGGCTTTTGCTTCATGA-TTCCTGAAGCAAACATT
64 CTATAAA--CAGACTTTTCTTGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCA-CATTTCCTGAAGCAGACATT
* * *
2599 CAACTACAATCTATTTTA
126 CAATTATAATATATTTTA
2617 TTTAAAAANN
Statistics
Matches: 1385, Mismatches: 373, Indels: 169
0.72 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
159 1 0.00
160 14 0.01
161 112 0.08
162 2 0.00
163 3 0.00
164 1 0.00
167 3 0.00
168 81 0.06
169 51 0.04
170 153 0.11
171 567 0.41
172 268 0.19
173 119 0.09
174 9 0.01
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGAGTGACT
ATAAACAGACTTTTCTTGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTGAAGCAGACATTCAATT
ATAATATATTTTAACCAAAATGTAAAAAAAATTAACATAA
Found at i:1653 original size:161 final size:161
Alignment explanation
Indices: 1361--1661 Score: 403
Period size: 161 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
1351 AAAAGGACTG
*
1361 TCATACCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCATAGGCAAACATTTAATTATAATATATTTTA
1 TCATACCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCACAGGCAAACATTTAATTATAATATATTTTA
* ** * * *
1426 ATGTAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATTAGGTTATAAAATATTTTAAAGCGAGT
66 ATGAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACATTTTAAAACGAGT
1491 AATAAAGCTTGAATGGCTGTAAATGGACTTT
131 AATAAAGCTTGAATGGCTGTAAATGGACTTT
* * * * *
1522 TCATACTAATGGATGGCTTTTGCTTGATGTTTCTC-CAGGCATATATTTAATTATAATATATTTT
1 TCATACCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTC-CACAGGCAAACATTTAATTATAATATATTTT
* *
1586 AAT-AAAAATTGTAAAACA-ATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTGTAAAACCA-TTTAAAAC
65 AATGAAAAA-TATAAAA-ATATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAA-CATTTTAAAAC
*
1648 GAGTAATAAGGCTT
127 GAGTAATAAAGCTT
1662 TTAATGGTAT
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 15, Indels: 8
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
160 4 0.03
161 114 0.94
162 3 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (161 bp):
TCATACCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCACAGGCAAACATTTAATTATAATATATTTTA
ATGAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACATTTTAAAACGAGT
AATAAAGCTTGAATGGCTGTAAATGGACTTT
Found at i:1913 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 1589--1980 Score: 423
Period size: 172 Copynumber: 2.3 Consensus size: 172
1579 ATATTTTAAT
* * * *
1589 AAAAATTGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTGTAAAACCATTTAAAACGAGTAA
1 AAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAGTTAAAACGAGTAA
* * * * * * * * * * * * *
1654 TAAGGCTTTTAATGGTATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAGTGGCTTTTTGTTC
66 AAAGGCTTTTAAAGGTATAGCTGACTATAAATAGACGTTTCTTACCAATCAATGACTTTCTCTTC
* * * *
1719 ATGTTTCACATGACAGACATTCAAACATAATCTGTTTGAACC
131 ACGTTTCACAAGACAGACATTCAAACACAATCTGTTTGAACA
* * * *
1761 AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATAACATTATAAAACC-GTTAAAA-GTAAGT
1 AAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAGTTAAAACG--AGT
1824 AAAAAGGCTTTTAAAGGTATAGCTGACTATAAATAGACGTTTCTTACCAATCAATGACTTTCTCT
64 AAAAAGGCTTTTAAAGGTATAGCTGACTATAAATAGACGTTTCTTACCAATCAATGACTTTCTCT
* ** * *
1889 TCACGTTTCCCAAAGTA-A-ACATTCAATTACAATCTGTTTTAATA
129 TCACGTTTCAC-AAG-ACAGACATTCAAACACAATCTGTTTGAACA
* * *
1933 AAAAAATATAAGACAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
1 AAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
1981 TTATTTAAAA
Statistics
Matches: 179, Mismatches: 37, Indels: 8
0.80 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 6 0.03
172 168 0.94
173 3 0.02
174 1 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.14, G:0.12, T:0.32
Consensus pattern (172 bp):
AAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAGTTAAAACGAGTAA
AAAGGCTTTTAAAGGTATAGCTGACTATAAATAGACGTTTCTTACCAATCAATGACTTTCTCTTC
ACGTTTCACAAGACAGACATTCAAACACAATCTGTTTGAACA
Found at i:2236 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 1760--2506 Score: 758
Period size: 343 Copynumber: 2.2 Consensus size: 342
1750 CTGTTTGAAC
* * * * * *
1760 CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATA-ACATTATAAAACCGTTAAAAGTAAGT
1 CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-AGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGT
* * * *
1824 AAAAAGGCTTTTAAAGGTATAGCTGACTATAAATAGACGTTTCTTACCAATCAATGACTTTCTCT
65 AAAAAGGCTTTCAAAGGCATAGATGACTATAAAAAGACGTTTCTTACCAATCAATGACTTTCTCT
* * * *
1889 TCACGTTTCCCAAAGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTT-AATAAAAAAATATAAGACAATTCA
130 TCACGTTTCCCAAAGTAAACATTCAATTACAATATATTTTAAAT-AAAAAATATAA-AAAAATCA
* * * * ** **
1953 ACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAA-AAGAGCAATGAGGGTTTTGAAGGCTTG
193 ACTAAAAATCAATTATGACATTATAAAATAATTTAAAGAA-AGCAATAAGGCTTTCAAAAACTTG
* *** * *
2017 AGTGAATATAAATCA-ACATTTCTT-GTTGTTGGATGGCCTTTGCTTCATG-TTTCCTAAAAAAG
257 AGTGAATATAAAT-ATAC-TTTCTTAATCAATGAATAGCCTTTGCTTCATGTTTTCC-AAAAAAG
* *
2079 ACATTGAATTATAA-CATATTTTAA
319 ACATTAAATTATAATC-CATTTTAA
*
2103 CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
1 CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
** * * * * * * ** *
2168 GTAATGCTTTCGAAGGCAT-GAATGACTATAAAAAGACTTTTTTTGCTAATGGATGGCTTT-TGC
66 AAAAGGCTTTCAAAGGCATAG-ATGACTATAAAAAGACGTTTCTTACCAATCAATGACTTTCT-C
* ** * * * *
2231 TTCACGTTTTCTGAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAAATAAAAATTTTAAAAAAATCAA
129 TTCACGTTTCCCAAAGTAAACATTCAATTACAATATATTTTAAATAAAAAATATAAAAAAATCAA
* * *
2296 CTTAAAATCAATTATGACATTATAAAATAATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCAAAAACTTGGG
194 CTAAAAATCAATTATGACATTATAAAATAATTTAAAGAAAGCAATAAGGCTTTCAAAAACTTGAG
* * * * ***
2361 TGAATATAAGTATACTTTTTTAATCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATT
259 TGAATATAAATATACTTTCTTAATCAATGAATAGCCTTTGCTTCATGTTTTCCAAAAAAGACATT
2426 AAATTATAATCCATTTTAA
324 AAATTATAATCCATTTTAA
* *
2445 CTAAAAAAGTAAAAAAAAATTCAA-TTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
1 C-AAAAAA-TATAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
2507 GGATAATAAT
Statistics
Matches: 330, Mismatches: 62, Indels: 23
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
341 6 0.02
342 116 0.35
343 158 0.48
344 50 0.15
ACGTcount: A:0.43, C:0.12, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (342 bp):
CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
AAAAGGCTTTCAAAGGCATAGATGACTATAAAAAGACGTTTCTTACCAATCAATGACTTTCTCTT
CACGTTTCCCAAAGTAAACATTCAATTACAATATATTTTAAATAAAAAATATAAAAAAATCAACT
AAAAATCAATTATGACATTATAAAATAATTTAAAGAAAGCAATAAGGCTTTCAAAAACTTGAGTG
AATATAAATATACTTTCTTAATCAATGAATAGCCTTTGCTTCATGTTTTCCAAAAAAGACATTAA
ATTATAATCCATTTTAA
Found at i:2504 original size:515 final size:515
Alignment explanation
Indices: 1570--2504 Score: 1096
Period size: 515 Copynumber: 1.8 Consensus size: 515
1560 GCATATATTT
* * * * * * *
1570 AATTATAATATATTTTAATAAAAATTGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTGTAA
1 AATTATAACATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGATTATAA
* * * ** * **
1635 AACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAATGGTATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCC
66 AACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTGAATGGCATGAATGACTATAAAAAGACTTTTCTTGCC
* * * *
1700 AATGAGTGGCTTTTTGTTCATGTTTCACATGACAGACATTCAAACATAATCTGTTTGAACCAAAA
131 AATGAGTGGCTTTTTGTTCACGTTTCACATGACAGACATTCAAACATAATATATTTGAAACAAAA
* ** * *
1765 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATAACATTATAAAACCGTTAAAAGTAAGTAAAAAG
196 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAACATTATAAAACAATTAAAAGCAAGCAAAAAG
* ** *
1830 GCTTTTAAAGGTATAGCTGACTATAAATAGACGTTTCTTACCAATCAATGACTTTCTCTTCACGT
261 GCTTTAAAAACTATAGCTGAATATAAATAGACGTTTCTTACCAATCAATGACTTTCTCTTCACGT
* ** * * *
1895 TTCCCAAAGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAATAAAAAAATATAAGACAATTCAACTAAAA
326 TTCCCAAAGTAAACATTAAATTACAATCCATTTTAATAAAAAAATAAAAAAAAATTCAACTAAAA
**
1960 ATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAAAGAGCAATGAGGGTTTTGAAGGCTTGAGTGAATA
391 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAGCAATGAGGGTTTTGAAGGCTTGAGTGAATA
2025 TAAATCAACATTTCTTGTTGTTGGATGGCCTTTGCTTCATGTTTCCTAAAAAAGACATTG
456 TAAATCAACATTTCTTGTTGTTGGATGGCCTTTGCTTCATGTTTCCTAAAAAAGACATTG
*
2085 AATTATAACATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGTTTATAA
1 AATTATAACATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGATTATAA
* * * *
2150 AACCATTTAAAGCAAGTAGTAATGCTTTCGAA-GGCATGAATGACTATAAAAAGACTTTTTTTGC
66 AACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTT-GAATGGCATGAATGACTATAAAAAGACTTTTCTTGC
* * * ** *
2214 TAATG-GATGGC-TTTTGCTTCACGTTT-TC-TGAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAAA
130 CAATGAG-TGGCTTTTTG-TTCACGTTTCACATG-A-CAGACATTCAAACATAATATATTTGAAA
* * * * * *
2275 TAAAAATTTTAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAATAATTTAAAGCAAGCA
191 CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAACATTATAAAACAATTAAAAGCAAGCA
* * * * * * * * *
2339 ATAAGGCTTTCAAAAACT-TGGGTGAATATAAGTATAC-TTTTTTAATCAATGAAT-AGCTTTTT
256 AAAAGGCTTT-AAAAACTATAGCTGAATATAAATAGACGTTTCTT-ACCAATCAATGA-CTTTCT
* * * * * *
2401 CTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTAAATTATAATCCATTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAAAATT
318 CTTCACGTTTCCCAAAGTAAACATTAAATTACAATCCATTTTAA-TAAAAAAATAAAAAAAAATT
* *
2466 CAATTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
382 CAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
2505 GCGGATAATA
Statistics
Matches: 341, Mismatches: 70, Indels: 18
0.79 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
513 8 0.02
514 119 0.35
515 212 0.62
516 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (515 bp):
AATTATAACATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGATTATAA
AACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTGAATGGCATGAATGACTATAAAAAGACTTTTCTTGCC
AATGAGTGGCTTTTTGTTCACGTTTCACATGACAGACATTCAAACATAATATATTTGAAACAAAA
AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAACATTATAAAACAATTAAAAGCAAGCAAAAAG
GCTTTAAAAACTATAGCTGAATATAAATAGACGTTTCTTACCAATCAATGACTTTCTCTTCACGT
TTCCCAAAGTAAACATTAAATTACAATCCATTTTAATAAAAAAATAAAAAAAAATTCAACTAAAA
ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAGCAATGAGGGTTTTGAAGGCTTGAGTGAATA
TAAATCAACATTTCTTGTTGTTGGATGGCCTTTGCTTCATGTTTCCTAAAAAAGACATTG
Found at i:3018 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2744--3072 Score: 425
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
2734 TATTTTACCT
* ** * *
2744 AAAAATGTAAACAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATGATTTAAAGAGAGTCAT
1 AAAAATATAAACAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACAGAGTAAT
* * * ** *
2809 AAGGCTTTTAAAGGTTTGAGTAACTATAAATGGACTTTT-TGTACCAATGGATGGCTATTGCTTT
66 AAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTAACTATAAACAGACTTTTCT-TACCAATGGATGGCTATTGCTTC
*
2873 ATATTTCCTT--AGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAATA
130 ATATTT-CTTGAAG-CAAACATTCAATTATAATATATTTTAATA
*
2915 AAAAATATAAA-AACTTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCA-AGTA
1 AAAAATATAAACAAATTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-CAGAGTA
* * * *
2978 ATAAGGCTTTCCAAGGCTTAAGTGACTATAAACAGACTTTTCTTCCCAATGGATGGCTCTTGCTT
64 ATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTAACTATAAACAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTATTGCTT
3043 CATATTTCTTGAAGCAAACATTCAATTATA
129 CATATTTCTTGAAGCAAACATTCAATTATA
3073 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 17, Indels: 10
0.83 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.06
171 124 0.91
172 4 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAAAATATAAACAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACAGAGTAAT
AAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTAACTATAAACAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTATTGCTTCA
TATTTCTTGAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATA
Found at i:4309 original size:176 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3996--4461 Score: 510
Period size: 170 Copynumber: 2.7 Consensus size: 171
3986 NNNNNNNNNN
* *** *
3996 TTTTGCTTCATGTTTTCTGAAA-CAGACATTCAATTATAATATATTTTATTTAAAAATATAAAAG
1 TTTTGCTTCATGTTTCCT-AAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAA-
* * * * * * *
4060 AAACTGAACTCAAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGCAATAAGGGTTTCGAA
64 AAATTAAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTCAAA
* * * * *
4125 GGCTTGAGTGACTATAAGCAGATTTTTCTCGCTTATGGATGGTGATGGT
129 GGCTTGAGTGACTATAAACAGA-CTTT-T--CTTAT-CATCG-GATGGC
* * *
4174 TTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAAACATTCAATTATAATAT-TTTTCAACCAAAAATGTAAATA
1 TTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTT-AACCAAAAATGTAAAAA
* * * * *
4238 AATTAAACTTAAAATCACTTATGAGATTAT-AAA-TGATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTAAA
65 AATTAAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTCAAA
*
4301 GGCTTGAGTGACTATAAACAGACTTTTCTTGTCATCGGATGGC
129 GGCTTGAGTGACTATAAACAGACTTTTCTTATCATCGGATGGC
** * *
4344 TTTTGCTTCACATTTCCCAAAGCAGACATTTAATTATAATATATTTTAACCAAAAATG-AAAAAA
1 TTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* *
4408 AGTTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
66 A-TTAAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
4462 TANNNNNNNN
Statistics
Matches: 244, Mismatches: 37, Indels: 21
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.02
170 77 0.32
171 27 0.11
172 5 0.02
174 1 0.00
175 4 0.02
176 45 0.18
177 33 0.14
178 46 0.19
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
ATTAAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTCAAAGG
CTTGAGTGACTATAAACAGACTTTTCTTATCATCGGATGGC
Found at i:5009 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4615--5226 Score: 505
Period size: 171 Copynumber: 3.6 Consensus size: 170
4605 TTCCTAAAGC
* * * * * *
4615 AAACATTCAATTATAATAT-TTTTCAACCAAAAATGCAAATAAATTAAACTTAAAATCAATTATG
1 AAACATTCAATTATAATCTATTTT-AACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATG
* * * * *
4679 AGATTAT-AAA-TGATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGCTTGAGTGACTAT-AAACAG
65 AGATTATAAAACT-ATTTAAAGCTAGTAATAAGACTTTTGAAA-ACTTGACTGACTATCAAA-AA
* * * * *
4740 GC-TTTTCTTGTC-ATCGGATG-GCTT-TTGCTTCACATTTCTTAAAGC
127 ACTTTTTC-TGCCAAT-GAATGAG-TTCTT-CTTCACATTTCTCAAA-T
* * * * * **
4785 AGACATTCAATTATAATATATTTTCA-TAAAAAATGCAAAAACATTTTACTTAAAATTAATTATG
1 AAACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATG
* * * ** * *
4849 AGATTATAAAACTATTTAAGGCTAGTAATAATACTTTT-AAAAGTATGGGTGATTGT-AAAACAA
65 AGATTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGACTTTTGAAAACT-TGACTGACTATCAAAA-AA
* * * * *
4912 C-TTTTCTTGCCAATGAGT-AGGTTGTTCTTCACATTTTTGAACT
128 CTTTTTC-TGCCAATGAATGA-GTTCTTCTTCACATTTCTCAAAT
* * *
4955 CAAACTTTCAATTGTAATCTATTTTAACTACAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATG
1 -AAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATG
* * * * * *
5020 AGATTATAAAACTATTTAAAGTTAGTAGTAAGGCTTTTGAAACCTTGACTGACTATCAATATACT
65 AGATTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGACTTTTGAAAACTTGACTGACTATCAAAAAACT
* *
5085 TTTTCTGCCAATGAATGATTTCTTTTTCACATTTCTCAAAT
130 TTTTCTGCCAATGAATGAGTTCTTCTTCACATTTCTCAAAT
* * ** * *
5126 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACGTTCAACTAAAAATTAATTATTA
1 AAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGA
* *
5191 GATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
66 GATTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGACTTT
5227 CGAAGGCTTG
Statistics
Matches: 358, Mismatches: 68, Indels: 32
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 148 0.41
171 190 0.53
172 20 0.06
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGA
GATTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGACTTTTGAAAACTTGACTGACTATCAAAAAACTT
TTTCTGCCAATGAATGAGTTCTTCTTCACATTTCTCAAAT
Found at i:5627 original size:511 final size:510
Alignment explanation
Indices: 5095--6254 Score: 1200
Period size: 511 Copynumber: 2.3 Consensus size: 510
5085 TTTTCTGCCA
* *
5095 ATGAATGATTTCTTTTTCACATTTCTCAA-ATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA
1 ATGAATGATTT-TTCTTCACATTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCT-TTTTAACCAAAAA
* * * * *
5159 TGTAAAAACGTTCAACTAAAAATTAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGC
64 TATAAAAA-GTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC
* * * * * * * *
5224 TTTCGAAGGCT-TGGGTTACTCTAAATGGACTTTTCCTACCAATTAATGGCTTTTT-TTTTATGG
128 TTTCAAAGG-TATGGGTAACTATAAATGCACCTTTCCTACCAATGAATGG-TTTTTGCTTCATGG
* * * * * *
5287 TTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTAAATAAAAAATGTAAAAAAATTCTATC-TAAA
191 TTCTTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTAAACAAAAAATATAAAAAAATT-TAACTTAAA
** ** *
5351 ATCAATTAT-AAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACT
255 ATCAATTATGAA-ATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACT
* * *
5415 ATAAATGGACTTTTC-GAACAACT-GAT-GACTTTTGCTTTAAGTTTCCCT-AAGCAGACATTTA
319 ATAAATAGACTTTTCTG-ACAA-TGGATGGA-TTTTGCTTCAAGTTT-CCTGAAACAGACATTTA
* *
5476 ACTATAATATATTTTAATAAAAACTA-AAAAATAATTCAACATAAAATCAG-TTATGAGATTACA
380 ACTATAATATATTTTAACAAAAACTATAAAAA-AA-TCAACATAAAAT-AGTTTATAAGATTACA
** * ** * * * *
5539 AAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGGAGGCATGGGTGACTATAAATGAAAGTTTC-T-A
442 AAAACACATAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAAGAATAGGTGACTATAAATGAAACTTTCTTCA
5602 AATG
507 AATG
* * * * * * *
5606 ATGAATGACTTTTTCTTCACATTTTTGAAGACAAACATTCAATTATAAGCTATTTAACCAACAAT
1 ATGAATGA-TTTTTCTTCACATTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTTTTTAACCAAAAAT
* * * ** * *
5671 ATAAAAGAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGTTTATAAAACCACATAAGGCAAGTAATAAGGGT
65 ATAAAA-AGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
* * * *
5736 TTCAAAAGTATGGGTAACTATAAATGCACCTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTGCTTCATGTTTC
129 TTCAAAGGTATGGGTAACTATAAATGCACCTTTCCTACCAATGAATGGTTTTTGCTTCATGGTTC
* * * *
5801 TTAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
194 TTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTAAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
* * * *
5866 ATTATGAAATTCTAAAACCATTTAAAACGTGTAATAACGCTTTCAAAAGTTTGAGTGACTATAAA
259 ATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAA
* * * * *
5931 TAGACTTTTCTTGCCAATGGATGGATTTTGCTTCAAGTTTCCTGAAATAGGCATTTAATTATAGT
324 TAGACTTTTC-TGACAATGGATGGATTTTGCTTCAAGTTTCCTGAAACAGACATTTAACTATAAT
* * * * * *
5996 ATATTTTAACCAAAACTATAAAAAAATCAACTTAAAATTGTTTATAAGTTTATAAAATCACATAA
388 ATATTTTAACAAAAACTATAAAAAAATCAACATAAAATAGTTTATAAGATTACAAAAACACATAA
* * * *
6061 AGTAAGTAATAAGGTTTTCAAAAGAATAGGTGACTATAAATGCACCTTTCTTGCCAATG
453 AGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAAGAATAGGTGACTATAAATGAAACTTTCTT-CAAATG
*** * * *
6120 A--AATG-TTTTTCTTCTTGTTTCTTAAGGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAAT
1 ATGAATGATTTTTCTTCACATTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCT-TTTTAACCAAAAAT
* * * * *
6182 ATAAAAAAGTTTAACTTAGAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAAAGCT
65 AT-AAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
6247 TTCAAAGG
129 TTCAAAGG
6255 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 524, Mismatches: 106, Indels: 38
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 42 0.08
511 382 0.73
512 87 0.17
513 8 0.02
514 5 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (510 bp):
ATGAATGATTTTTCTTCACATTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTTTTTAACCAAAAATA
TAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
CAAAGGTATGGGTAACTATAAATGCACCTTTCCTACCAATGAATGGTTTTTGCTTCATGGTTCTT
AAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTAAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
TATGAAATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATA
GACTTTTCTGACAATGGATGGATTTTGCTTCAAGTTTCCTGAAACAGACATTTAACTATAATATA
TTTTAACAAAAACTATAAAAAAATCAACATAAAATAGTTTATAAGATTACAAAAACACATAAAGT
AAGTAATAAGGCTTTCAAAAGAATAGGTGACTATAAATGAAACTTTCTTCAAATG
Found at i:5864 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 5467--6252 Score: 919
Period size: 341 Copynumber: 2.3 Consensus size: 340
5457 TTCCCTAAGC
* * * * * *
5467 AGACATTTAACTATAATATATTTTAA-TAAAAACTA-AAAAATAATTCAACATAAAATCAGTTAT
1 AGACATTTAAATATAATCTATTTTAACCAAAAA-TATAAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTAT
* * * ** * *
5530 GAGATTACAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGGAGGCATGGGTGACTATAAAT-GAA
64 GAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAAGCATGAGTGACTATAAATAG-A
** * *
5594 AGTTTCTAAATGATGAAT-GACTTTTTCTTCACA-TTT-TTGAAGACAAACATTCAATTATAAG-
128 AGTTTCTAAACAATGAATGGA-TTTTGCTTCA-AGTTTCCTGAA-ACAAACATTCAATTAT-AGT
* * *
5655 CTA-TTTAACCAACAA-TATAAAAGAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGTTTATAAAACCACAT
189 ATATTTTAACCAA-AACTATAAAA-AAATCAACTTAAAATCGATTATAAGTTTATAAAACCACAT
* * *
5718 AAGGCAAGTAATAAGGGTTTCAAAAGTATGGGTAACTATAAATGCACCTTTCTTGCCAATG-AAT
252 AAAGCAAGTAATAAGGGTTTCAAAAGAATAGGTAACTATAAATGCACCTTTCTTGCCAATGAAAT
5782 GGTTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGT
317 -GTTTTT-CTTCATGTTTCTTAAGGT
*
5808 AGACATTTAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTTAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * ** **
5873 AATT-CTAAAACCATTTAAAACGTGTAATAACGCTTTCAAAAGTTTGAGTGACTATAAATAGACT
66 GATTAC-AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAAGCATGAGTGACTATAAATAGAAG
*** * * ** *
5937 TTTCTTGCCAATGGATGGATTTTGCTTCAAGTTTCCTGAAATAGGCATTTAATTATAGTATATTT
130 TTTCTAAACAATGAATGGATTTTGCTTCAAGTTTCCTGAAACAAACATTCAATTATAGTATATTT
* * * *
6002 TAACCAAAACTATAAAAAAATCAACTTAAAATTGTTTATAAGTTTATAAAATCACATAAAGTAAG
195 TAACCAAAACTATAAAAAAATCAACTTAAAATCGATTATAAGTTTATAAAACCACATAAAGCAAG
* *
6067 TAATAAGGTTTTCAAAAGAATAGGTGACTATAAATGCACCTTTCTTGCCAATGAAATGTTTTTCT
260 TAATAAGGGTTTCAAAAGAATAGGTAACTATAAATGCACCTTTCTTGCCAATGAAATGTTTTTCT
*
6132 TCTTGTTTCTTAAGGT
325 TCATGTTTCTTAAGGT
* * *
6148 AGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAGTTTAACTTAGAATCAATTATGA
1 AGACATTTAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA
* *
6213 GATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAA
66 GATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAA
6253 GGNNNNNNNN
Statistics
Matches: 377, Mismatches: 56, Indels: 25
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 115 0.31
341 226 0.60
342 36 0.10
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (340 bp):
AGACATTTAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA
GATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAAGCATGAGTGACTATAAATAGAAGT
TTCTAAACAATGAATGGATTTTGCTTCAAGTTTCCTGAAACAAACATTCAATTATAGTATATTTT
AACCAAAACTATAAAAAAATCAACTTAAAATCGATTATAAGTTTATAAAACCACATAAAGCAAGT
AATAAGGGTTTCAAAAGAATAGGTAACTATAAATGCACCTTTCTTGCCAATGAAATGTTTTTCTT
CATGTTTCTTAAGGT
Found at i:5872 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4587--6252 Score: 869
Period size: 170 Copynumber: 9.8 Consensus size: 171
4577 ATGGATGGTG
* * * * * * * **
4587 ATGGTTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATAT-TTTTCAACCAAAAATGC
1 ATGGTTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTTAAATATAATCTATTTT-AACCAAAAATAT
* * ** ** *
4651 AAATAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAATGATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
65 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACATAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
4715 TAAAGGCT-TGAGTGACTATAAA--CAGGCTTTTCTTGTC-ATCGG
130 CAAAAG-TATGGGTGACTATAAATGCA--CCTTTCTTGCCAAT-GA
* ** * * * * * * ** **
4757 ATGGCTTTTGCTTCACATTTCTTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTCATAAAAAATGCA
1 ATGGTTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTTAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATA
* ** * * ** * * ** *
4822 AAAACATTTTACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAGGCTAGTAATAATACTTTT
66 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACATAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
* * * *
4887 AAAAGTATGGGTGATTGTAAA-ACAACTTTTCTTGCCAATGA
131 AAAAGTATGGGTGACTATAAATGC-ACCTTTCTTGCCAATGA
* * ** * * * * * *
4928 GTAGGTTGTT-CTTCACATTT-TTGAA-CTCAAAC-TTTCAATTGTAATCTATTTTAACTACAAA
1 AT-GGTTTTTGCTTCATGTTTCTT-AAGGT-AGACATTT-AAATATAATCTATTTTAACCAAAAA
* * * ** ** *
4989 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTTAGTAGTAAGGC
62 TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACATAAAGCAAGTAATAAGGC
* ** ** * ** *
5054 TTTTGAAACCT-TGACTGACTATCAATATA-CTTTTTCTGCCAATGA
127 -TTTCAAAAGTATGGGTGACTATAAATGCACCTTTCT-TGCCAATGA
* * ** * * * * * * *
5099 ATGATTTCTT-TTTCACATTTCTCAA-ATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT
1 ATGGTTT-TTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTTAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATAT
** * * * * **
5162 AAAAACGTTCAACTAAAAATTAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
65 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACATAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * * *
5227 CGAAGGCT-TGGGTTACTCTAAATGGACTTTTCCTACCAATTA
130 CAAAAG-TATGGGTGACTATAAATGCACCTTTCTTGCCAATGA
* * * * * * * * * * ** *
5269 ATGGCTTTTT-TTTTATGGTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTAAATAAAAAATGT
1 ATGG-TTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTTAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATAT
* * ** ** *
5333 AAAAAAATTCTA-TCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTT
65 AAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACATAAAGCAAGTAATAAGGCTT
** * * * * *
5397 TTGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGA-CTTT-TCGAACAACTG-
129 TCAAAAG-TATGGGTGACTATAAATGCACCTTTCTTG-CCAA-TGA
** * * * * * * *
5439 ATGACTTTTGCTTTAAGTTTCCCTAA-GCAGACATTTAACTATAATATATTTTAA-TAAAAACTA
1 ATGGTTTTTGCTTCATGTTT-CTTAAGGTAGACATTTAAATATAATCTATTTTAACCAAAAA-TA
* * * * ** **
5502 -AAAAATAATTCAACATAAAATCAGTTATGAGATTACAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
64 TAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACATAAAGCAAGTAATAAGGCT
** * * * ** *****
5566 TTCGGAGGCATGGGTGACTATAAATGAAAGTTTCTAAATGATGA
128 TTCAAAAGTATGGGTGACTATAAATGCACCTTTCTTGCCAATGA
* ** ** * * * * *
5610 ATGACTTTTT-CTTCACATTT-TTGAAGACAAACATTCAATTATAAGCTA-TTTAACCAACAATA
1 ATG-GTTTTTGCTTCATGTTTCTT-AAGGTAGACATTTAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATA
* * * * *
5672 TAAAAGAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGTTTATAAAACCACATAAGGCAAGTAATAAGGGTT
64 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACATAAAGCAAGTAATAAGGCTT
*
5737 TCAAAAGTATGGGTAACTATAAATGCACCTTTCTTGCCAATGA
129 TCAAAAGTATGGGTGACTATAAATGCACCTTTCTTGCCAATGA
*
5780 ATGGTTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATA
1 ATGGTTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTTAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATA
* * * ** * ** *
5845 AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTCTAAAACCATTTAAAACGTGTAATAACGCTTTC
66 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACATAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
* * * *
5910 AAAAGTTTGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGG
131 AAAAGTATGGGTGACTATAAAT-GCACCTTTCTTGCCAATGA
* * * * * * * * *
5951 ATGGATTTTGCTTCAAGTTTCCTGAA-ATAGGCATTTAATTATAGTATATTTTAACCAAAACTAT
1 ATGGTTTTTGCTTCATGTTT-CTTAAGGTAGACATTTAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATAT
*** * * * * *
6015 AAAAAAA-TCAACTTAAAATTGTTTATAAGTTTATAAAATCACATAAAGTAAGTAATAAGGTTTT
65 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACATAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
* *
6079 CAAAAGAATAGGTGACTATAAATGCACCTTTCTTGCCAATGAA
130 CAAAAGTATGGGTGACTATAAATGCACCTTTCTTGCCAATG-A
* *
6122 AT-GTTTTT-CTTCTTGTTTCTTAAGGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATA
1 ATGGTTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTTAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATA
* * * ** * * *
6185 AAAAAGTTTAACTTAGAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAAAGCTTTC
66 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACATAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
6250 AAA
131 AAA
6253 GGNNNNNNNN
Statistics
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173 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ATGGTTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTTAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATA
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACATAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
AAAAGTATGGGTGACTATAAATGCACCTTTCTTGCCAATGA
Found at i:7710 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 7364--9458 Score: 1679
Period size: 171 Copynumber: 12.3 Consensus size: 168
7354 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
7364 TATAATTGAACGTATGCTTTTGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACATGAAAAGTTCATG
1 TATAATTGAATGTTTGC-TTAGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTCATT
* * * *
7429 TATAGCCACTCAAGCTTTAGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATCATCTCATAATTA
65 TATAGTCACTCAAGCTTTA-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * *
7494 ATTTTAAGTTAATTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGAT
129 ATTTTAAGTTAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATATAT
* * * * * *
7535 TATAATTAAAAGTTTGGCTTAGAAAATGTCAAGAAAAAGCC-CCTCATTGGCAAGAAAAGTTCAT
1 TATAATTGAATGTTT-GCTTAGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATC-CATTGACAAGAAAAGTTCAT
* * * *
7599 TTATAGTCACCCATG-TGTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTATATAATCTCATAATT
64 TTATAGTCACTCAAGCT-TTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * ** *
7663 GATTGTAAGTTATCTTTTTTTTGTATTTTTGGTTAAAAGATAT
128 GATTTTAAGTTA--ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATAT
* * * *
7706 TATAATTGAATGTGTGCTTCA-AGAAATATGAAGCAAGAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG-TCTA
1 TATAATTGAATGTTTGCTT-AGA-AAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTC-A
* * * * *
7769 TTTATAGTCACTTAAGCCTTTGATAGCCTTATTACTTG-TTTGAAATTGTTTTATAATCTCATAA
63 TTTATAGTCACTCAAG-CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * *
7833 CTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACATAT
126 TTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATAT
* * * * * * ** *
7877 TGTAATTGAATGTTTGCTCTAGGAAATCTGAAGCCAAACCCATCCATTGTCAATTAAAG-TCTGT
1 TATAATTGAATGTTTGCT-TAGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTC-AT
** * * *
7941 TTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATGATT
64 TTATAGTCACTCAAG-CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * *
8006 GATTTTGAGTTGAGTTTTTTTATA-ATTTGTATTAAAAGATAT
128 GATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTG-GTTAAAATATAT
* * * ** * * *
8048 TATAATTGATTGTCTGCTTTAAGAAACA--TAAAGCAAAAGGTATCCATTAAGAAGAAAAGTTTA
1 TATAATTGAATGTTTGC-TT-AGAAA-ATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTCA
* * * * ** * *
8111 TTTCTATTCACTCAAGCCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGCAATATCAAAAT
63 TTTATAGTCACTCAAG-CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
8176 TGATTTTCAGCTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGAA
127 TGATTTTAAG-TTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATAT
* * ** * * * * *
8219 AATAATTAAATGTTTGACACAGGAAATGTAAAGAAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAATAT-AT
1 TATAATTGAATGTTTG-CTTAGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT-TCAT
* * * * *
8283 TTATAGTCA-TCCAAGCTTTCAAAAGGCTTATTACTAGCATTAAATAGTTTTATAACCTCATAAT
64 TTATAGTCACT-CAAGCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * *
8347 TGATTTTACGTTGAGTTTTTTTATATTTTTGCTT-AAATATAT
127 TGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATAT
* * * * ** * * * * *
8389 TATAATTGAATGTCTACGTCAGGAAGCGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAACTCCTTT
1 TATAATTGAATGTTTGC-TTAGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTCATT
* * ** * * * *
8454 TATAGTCACCCATGTCTTCGAAAGCATTATTACTTGATTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTG
65 TATAGTCACTCAAG-CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* *
8519 ATTTTAAGCTGAA-TTTTTTACTTTTTTGGTTAAAATATAT
129 ATTTTAAG-TTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATAT
* * * * * *
8559 TATAATTCAATGTATT-CTTCAGGAAACGGGAAGCAAAAGCCATCCACTAACAAGAAAAG-TCTA
1 TATAATTGAATGT-TTGCTT-AGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTC-A
* * * * * *
8622 TTTATATTCACTCAAGCCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCCTAAT
63 TTTATAGTCACTCAAG-CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
8687 TGATATTAAGTTAAATTCCTTTTACATTTTTAGTTAAATATATAT
127 TGATTTTAAGTT-AATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAA-ATATAT
* ** ** * ** *
8732 TATAATTCAATGTTTATTTCAGAAAATAAGAAGTAAAAGCCATCCACCGATAAGAAAAG-TCTAT
1 TATAATTGAATGTTTGCTT-AGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTC-AT
* * * * * *
8796 TTATATTCACTCAGGCCTTTAAAACCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATT
64 TTATAGTCACTCAAG-CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
8861 AATTTTTAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTAGTTAAAATAGAT
128 GATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATAT
** *
8902 TATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAATGTGAAG-AAGAAGCCATTCATTGAC-AGAAAAAGTAT
1 TATAATTGAATGT-TTGCTTAGA-AAATGTGAAGCAA-AAGCCATCCATTGACAAG-AAAAGT-T
* * * * *
8964 -ATTTATAGTCAGTCAAGGTTTTAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCATA
61 CATTTATAGTCACTCAA-GCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* ** * *
9028 ATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTGTATTTAAAACAGAT
125 ATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATAT
* * * * * *
9073 TACAATTGAAAGTTTGCCTTTAAAAAATGTGAAG-AACAAGCTA-CTCATTGGCAAGAAAAGTTT
1 TATAATTGAATGTTTG-C-TTAGAAAATGTGAAGCAA-AAGCCATC-CATTGACAAGAAAAGTTC
* * * * ** *
9136 GTTTATAATCACCCATGCTTTTAAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
62 ATTTATAGTCACTCAAGC-TTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
*
9201 TTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATAT
126 TTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATAT
* *
9245 TATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCAATGACAAGAAAAG-TCTAT
1 TATAATTGAATGTTTGC-TTAGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTC-AT
* * **
9309 TTATAGTCACTCAAGCCTTTCAAAGCGTTATTACTCG-TGTTAAAT-CATTTATAATCTCATAAT
64 TTATAGTCACTCAAG-CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
*
9372 TGATTTTAAGTTTAATTTATTTACATTTTTGGTTGAAAA-ATAT
127 TGATTTTAAG-TTAATTTTTTTACATTTTTGGTT-AAAATATAT
* * ** *
9415 TATAATTGAATTTTTGCTTTAGGAAACATGAAGCAAAAACCATC
1 TATAATTGAATGTTTGC-TTAGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATC
9459 ACCATCCATT
Statistics
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0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 26 0.02
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
TATAATTGAATGTTTGCTTAGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTT
ATAGTCACTCAAGCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
TTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATAT
Found at i:8026 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 7386--9458 Score: 1909
Period size: 342 Copynumber: 6.1 Consensus size: 342
7376 TATGCTTTTG
* * * *
7386 GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACATGAAAAGT-TCATGTATAGCCACTCAAG-CTTTAG
1 GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTA-
* *
7449 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATCATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AATTGTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTT
* * * * * * * *
7513 TATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAAAGTTTGGCT-TAGAAAATGTCAAGAAAAAGCC-
128 TACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT-GCTCTAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCA
* * * * ** *
7576 CCTCATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATGTGTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTT
192 TC-CATTGACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * **
7639 AAATGGTTATATAATCTCATAATTGATTGTAAGTT-ATCTTTTTTTTGTATTTTTGGTTAAAAGA
255 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA--ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAGA
*
7703 TATTATAATTGAATGTGTGCTTCAA
318 TATTATAATTGAATGTTTGCTTCAA
* * * * * *
7728 GAAATATGAAGCAAGAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAT
1 GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAA
* * * * *
7793 AGCCTTATTACTTG-TTTGAAATTGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTA
66 AGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * *
7857 CATTTTTGGTTAAAACATATTGTAATTGAATGTTTGCTCTAGGAAATCTGAAGCCAAACCCATCC
130 CATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCTCTAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCC
* ** * * *
7922 ATTGTCAATTAAAGTCTGTTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATG
195 ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * * * *
7987 GTTTTATAATCTAATGATTGATTTTGAGTTGAGTTTTTTTATA-ATTTGTATTAAAAGATATTAT
260 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-GTTAAAAGATATTAT
* * *
8051 AATTGATTGTCTGCTTTAA
324 AATTGAATGTTTGCTTCAA
* ** * * * * * *
8070 GAAACATAAAGCAAAAGGTATCCATTAAGAAGAAAAGTTTATTTCTATTCACTCAAGCCTTCAAA
1 GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAA
* ** * * * * * *
8135 ACCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGCAATATCAAAATTGATTTTCAGCTGAATTTTTTTAT
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
** * * * *
8200 ATTTTTGGTTAAAATAGAAAATAATTAAATGTTTGACAC-AGGAAATGTAAAGAAAAAGCCATCC
131 ATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTG-CTCTAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCC
* * * * * * *
8264 ATTGACAAAAAAAATATATTTATAGTCA-TCCAAGCTTTCAAAAGGCTTATTACTAGCATTAAAT
195 ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * * *
8328 AGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTACGTTGAGTTTTTTTATATTTTTGCTT-AAATATATTAT
259 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAGATATTAT
* * * *
8392 AATTGAATGTCTACGTCAG
324 AATTGAATGTTTGCTTCAA
* * * * * * * * **
8411 GAAGCGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAACTCCT-TTTATAGTCACCCATGTCTTCGA
1 GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAA
* * * * * *
8475 AAGCATTATTACTTGATTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGCTGAA-TTTTTTA
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * *
8539 CTTTTTTGGTTAAAATATATTATAATTCAATGTATT-CT-TCAGGAAACGGGAAGCAAAAGCCAT
130 CATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TTGCTCT-AGGAAATGTGAAGCAAAAGCCAT
* * * *
8602 CCACTAACAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAA
193 CCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * * * *
8667 TAGTTTTATAACCTCCTAATTGATATTAAGTTAAATTCCTTTTACATTTTTAGTTAAATATATAT
258 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAA-AGATAT
* **
8732 TATAATTCAATGTTTATTTC-A
321 TATAATTGAATGTTTGCTTCAA
* ** * * *
8753 GAAA-ATAAGAAGTAAAAGCCATCCACCGATAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAGGCCTTTA
1 GAAACAT--GAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTA
* * * * *
8817 AAACCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTAATTTTTAGTTGAATTTTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * *
8882 ACA-TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAC-CTTGAGAAATGTGAAG-AAGAAGCCA
129 ACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCTCTAG-GAAATGTGAAGCAA-AAGCCA
* * * ** * * *
8944 TTCATTGAC-AGAAAAAGTATATTTATAGTCAGTCAAGGTTTTAAAAGCCTTACTACTCACTTTA
192 TCCATTGACAAG-AAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * ** * *
9008 AATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTGTATTTAAAACAGAT
256 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAGATAT
* * *
9073 TACAATTGAAAGTTTGCCTTTAA
321 TATAATTGAATGTTTG-CTTCAA
* ** * * * * * * * *
9096 AAAATGTGAAG-AACAAGCTA-CTCATTGGCAAGAAAAGTTTGTTTATAATCACCCATGCTTTTA
1 GAAACATGAAGCAA-AAGCCATC-CATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTA
** * *
9159 AAAGTATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* *
9224 ACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATC
129 ACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCTCTAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATC
* *
9289 CAATGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTC-AAAGCGTTATTACTCG-TGTTAA
194 CATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAA
** * *
9352 AT-CATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTATTTACATTTTTGGTTGAAAA-ATAT
257 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT-AAAAGATAT
* * *
9415 TATAATTGAATTTTTGCTTTAG
321 TATAATTGAATGTTTGCTTCAA
*
9437 GAAACATGAAGCAAAAACCATC
1 GAAACATGAAGCAAAAGCCATC
9459 ACCATCCATT
Statistics
Matches: 1397, Mismatches: 289, Indels: 90
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 137 0.10
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (342 bp):
GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAA
AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
ATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCTCTAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCA
TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAGATATTATAA
TTGAATGTTTGCTTCAA
Found at i:11294 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 10495--11600 Score: 965
Period size: 171 Copynumber: 6.5 Consensus size: 171
10485 NNNNNNNNNN
* * * *
10495 ATATTATAATTGAATGTTTGCTTCAAGAAATATGAAGCAAGAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTC
1 ATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * ** * * * *
10560 TGTTTATAGTCACTTAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATTGTTTTATAATCTCATA
66 TATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAACCTCATA
* *
10625 ACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
131 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * * * *
10666 ATATTGTAATTGAATGTTTGC-TCTAGGAAATC-TAAAACTAAAGCCATCTATTGTG-AAGAAAA
1 ATATTATAATTGAATGTCTGCTTC-AGGAAA-CATGAAGCAAAAGCCATCCATTG-GCAAGAAAA
* * * *
10728 GTCTGTTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-ATTTTAAATGGTTTTATAATCT
63 GTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATAGTTTTATAACCT
* * * * * * * *
10792 AATGATTGGTTTTGAA-TTGAGTTTTTTTATA-ATTTGTATTAAAAG
127 CATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-GTTAAAAT
* * * * * ** *
10837 ATATTATAATTGATTGTCTGCTTTAAGAAACATAAAGCAAAAGGCATCCATCAAG-AAGAAGAGT
1 ATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAT-TGGCAAGAAAAGT
* * * * * * ** *
10901 CCATTTCTATTCACTCAAGCCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATATCAA
65 CTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAACCTCAT
* * * * * *
10966 AATTGATTTTCAGCTAAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAAC
130 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* ** * * * ** * ** * * *
11008 AGAAAATAATTAAATGTCTGATACAGGAAATGTAAATTAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTA
1 ATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * *
11073 TATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGGCTTATTACTAGCA-TTAAATAGTTTTATAACCTCAT
66 TATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-ATTTAAATAGTTTTATAACCTCAT
* * * * *
11137 AATTGATTTTACGTTGAGTTTTTTTATATTTTTGCTT-CAAT
130 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * *
11178 ATATTATAATTGAATGTCTACGTCAGGAAGCATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTC
1 ATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT-
* * * * * * * *
11243 CT-TTTATAGTCACCCATGTCTTCGAAAGCATTATTACTTGATTTTAATAGTTTTATAACATCAT
65 CTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAACCTCAT
* *
11307 ATTTGATTTTAAGCTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
130 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * ** * * ** *
11348 ATATTATAATTCAATGTATTCTTCAGGAAACGGGAAGCAAAAGGCATCCACTAACAAAAAAAGTC
1 ATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTC
** * *
11413 TATTTATTTTCACTCAAGCCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATA
66 TATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAACCTCATA
* *
11478 ATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTTACATTTTTAGTTAAAAT
131 ATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * ** * * ** **
11520 ATATTATAATTCAATGTTTATTTCAGGAAACGTGAAGTAAAAGCCATCCACCGATAAGAAAAGTC
1 ATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTC
*
11585 TATTTATATTCACTCA
66 TATTTATAGTCACTCA
11601 GGTTTTATTA
Statistics
Matches: 742, Mismatches: 173, Indels: 39
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 19 0.03
170 241 0.32
171 383 0.52
172 99 0.13
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
ATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTC
TATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAACCTCATA
ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
Found at i:11629 original size:162 final size:163
Alignment explanation
Indices: 10932--11632 Score: 462
Period size: 170 Copynumber: 4.2 Consensus size: 163
10922 TTCAAAACCC
* * * * *
10932 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATATCAAAATTGATTTTCAGCTAAATTGTTTTATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACATCATAATTGATTTTAAGCTAAATT-TTTTACATTT
* * * ** * * ** * * ** ** ***
10997 TTGGTTAAAACAGAAAATAATTAAATGTCTGATACAGGAAATGTAAATTAAAAGCCATCCATTGA
65 TTAGTTAAAATATATTATAATTCAATGTATTCTTCAGGAAACGGGAAGCAAAAGCCATCCACCAA
* * * *
11062 CAAAAAAAGTATATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAA
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* * * * * ** *
11100 GGCTTATTACTAGCATTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTACGTTGAGTTTTTTTATA
1 ---TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACATCATAATTGATTTTAAGCT-AAATTTTTTACA
* * * * * * **
11165 TTTTT-GCTT-CAATATATTATAATTGAATGTCTACGTCAGGAAGCATGAAGCAAAAGCCATCCA
62 TTTTTAG-TTAAAATATATTATAATTCAATGTATTCTTCAGGAAACGGGAAGCAAAAGCCATCCA
***** * * * * *
11228 TTGGTAAGAAAAGTCCT-TTTATAGTCACCCATGTCTTCGAAAGCA
126 CCAACAAAAAAAGT-CTATTTATATTCACTCAAGCCTT-------A
* * * * *
11273 TTATTACTTGATTTTAATAGTTTTATAACATCATATTTGATTTTAAGCTGAATTTTTTACATTTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACATCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTACATTTT
* * *
11338 TGGTTAAAATATATTATAATTCAATGTATTCTTCAGGAAACGGGAAGCAAAAGGCATCCACTAAC
66 TAGTTAAAATATATTATAATTCAATGTATTCTTCAGGAAACGGGAAGCAAAAGCCATCCACCAAC
*
11403 AAAAAAAGTCTATTTATTTTCACTCAAGCCTTCAAAA
131 AAAAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTT----A
* *
11440 CCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTTAC
1 ---TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACATCATAATTGATTTTAAGCTAAA-T-TTTTTAC
* * *
11505 ATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTCAATGT-TTATTTCAGGAAACGTGAAGTAAAAGCCATCC
61 ATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTCAATGTATT-CTTCAGGAAACGGGAAGCAAAAGCCATCC
* * * *
11569 ACCGATAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTC-AG-GTT-
125 ACCAACAAAAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTA
11605 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
11633 TCT
Statistics
Matches: 426, Mismatches: 89, Indels: 39
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
162 28 0.07
167 2 0.00
169 17 0.04
170 225 0.53
171 60 0.14
172 92 0.22
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (163 bp):
TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACATCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTACATTTT
TAGTTAAAATATATTATAATTCAATGTATTCTTCAGGAAACGGGAAGCAAAAGCCATCCACCAAC
AAAAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTA
Done.