Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398226.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1531.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2084
ACGTcount: A:0.30, C:0.12, G:0.10, T:0.33
Warning! 319 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:296 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1481 Score: 1608
Period size: 172 Copynumber: 8.6 Consensus size: 171
* * **
1 TATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTCGATTTTTTTTAC-TTTCTTGGTTAAAACCGAGTAAAAT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTC-AATTTTTTTACATTT-TTGGTTAAAA-C-AG-ACTAT
* ** * * * *
65 AATTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAATAAAAGTCCATTTGT
61 AATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* **
130 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAACAGTTT
126 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * *
176 TATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTATTTT-CTATTTTTGGTTAAAACAAACTATAAT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTT-TTTTAC-ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* ** * * * *
240 TGAATGCCTATGTCATGAAACATGAAGAAAAATGCACTCATTAGCAAGATAAGTCCATTTATAGT
64 TGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * *
305 CACACATTCTTTCAAAAGCCTTCTTACTCACTTTCAATGGTCT
129 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * *
348 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACATTTTTGGTTAAGACCGATTATAATT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
* * * *
413 GAATGTCTACATCGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
65 GAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* *
478 GCCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
130 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * *
520 TATAATTTCAAAATTGATTTTGAGTTCAATTTTTTTTACATTTTT--TTAAAAACTGACTGTAAT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTACATTTTTGGTT-AAAACAGACTATAAT
* * ** * * *
583 TGAATGTC-ACCCTCTAGAAACAT-AAGGAAAATAAATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATGTATAG
64 TGAATGTCTA-CCTCAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * **
646 TCACCCATTCCTTCGAAAGCCTAATTACTCACTTTCAATTATTT
128 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
** * * *
690 TATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGAGTATAATTG
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
* * ** *** * * * *
755 AATGTCTACATCAAGAAATATGAAGAAAAACACATTTGCTGGCAATAAAATTCTATTTATTGTCA
66 AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
**
820 CCTGTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
131 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * * * * *
861 TCTTACCTTAAAATTGATTTTATGTTCAACTTTTTTACAGTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
* * * ** * * * *
926 ATTGTCTAACTTAAGAAATGTGAAG-AAAATGCATTCATTGGTAAGAAATGTCTATTTATTGTCA
66 AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * *
990 CCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTCAATAGTTT
131 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* *
1031 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACTGATTATAATT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
* * * * * *
1096 GAATGTTTACATCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATGTATAGTC
65 GAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * *
1161 ACCCATTCCATCAAAAGCTTTTTTACTCACTTTAAATGGTTT
130 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * ** **
1203 TATAATCTCAAAATTGATTTTGAGTTTAATGTTTTTTATATTTTTTATTAAAATTGACTATAATT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
* * * * * *
1268 GAATGTCTACCTCAACAAACGTGAAGGAAAATGTATTCATTGGCAAGAAAGGTCTATTTATAGTC
65 GAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* ** * *
1333 ACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTCCAATTGCTT
130 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
** * * * * *
1375 TATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAGTATTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTG
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
* **
1440 AATGTCTACCTGAAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGG
66 AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGG
1482 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1083, Mismatches: 209, Indels: 32
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 15 0.01
170 216 0.20
171 287 0.27
172 513 0.47
173 5 0.00
174 6 0.01
175 38 0.04
176 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
Done.