Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398230.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1535.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4490
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Warning! 155 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1362 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1362 Score: 827
Period size: 171 Copynumber: 8.0 Consensus size: 171
* * * *
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTCA-AGTAACATGAAG-AAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGCCC
1 ATTATAATTAAATGTCTACCT-AGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * **********
64 ATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACACTTTAAATGGTTTTATNNNNNNNNNN
65 ATTTATAGTCACCTATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTC-CCTTAAAAGGTATTATAATCTCATAA
*
129 TTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAA-CAA
129 TTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGATTAAAATCAG
* * * * * * * *
171 AATACAGTTGAATGTTTACCTA-AGGAAATATGAAGAAAAAGCTATTCGTTGGCAAGAAAAG-CC
1 ATTATAATTAAATGTCTACCTAGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * *** * *
234 TATTTATAGTCACCCAAGCCTTCTAAAGCATTATTACTTATTTTAAATA-GTTTTATCATCTCAT
65 -ATTTATAGTCACCTATGCTTTCAAAAGCCTTATTAC-TCCCTTAAA-AGGTATTATAATCTCAT
********** * *
298 AATTGA-TTTGAAGTTGAANNNNNNNNNNTTTTTTATTGAAA-CAG
127 AATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATCAG
* * * **
342 ATTATAATTAAATGTCTACCTTGAAAAACCTGAAGAAAAAGATGCTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
1 ATTATAATTAAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * *
407 TTTATAGTCACTTATGCCTTCCAAAA-CCTTATCACTCGCTTTAAATGGT-TTCATAATCTCATA
66 TTTATAGTCACCTATG-CTTTCAAAAGCCTTATTACTC-CCTTAAAAGGTATT-ATAATCTCATA
*
470 ATTGACTTTAAGTTGAATGTTTATTCAT-TTTTTG-TTAAAA-CAG
128 ATTGACTTTAAGTTGAAT-TTT-TTTATATTTTTGATTAAAATCAG
* ***********************
513 ATTATAATTAAATGTCTACCTTA-AGAAACCT-ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAGTC
1 ATTATAATTAAATGTCTACC-TAGAGAAACATGA-AGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * *
576 CATTTATAGTCACCTATGCTTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGG-ATTTATAATATTAT
64 CATTTATAGTCACCTATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTC-CCTTAAAAGGTA-TTATAATCTCAT
* * *
640 AATTGACTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTAATGAAAA-CAG
127 AATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATCAG
*** * * * * **
684 ATTACCGTTGAA-GTTTGCCTA-AGTAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA-TCC
1 ATTATAATTAAATGTCTACCTAGAG-AAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * *
746 TTATTTATTAGTTACCCA-GCTGTTC--AAGCCTATTCATTA-TCACTTAAAATGGTTTTATAAT
65 --ATTTA-TAGTCACCTATGCT-TTCAAAAGCC--TT-ATTACTCCCTTAAAA-GGTATTATAAT
* * *
807 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTT-CA-TTTTGATTAAAATCA-
122 CTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATCAG
* * * *
854 ATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGTAAGAAAAGTCCA
1 ATTATAATTAAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * * * **
919 TTTATAGTCAACAATGCCATT-AATAGCCTTATTACTCACTTTAATGG-ATTTATAATCTTGTAA
66 TTTATAGTCACCTATG-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTAAAAGGTA-TTATAATCTCATAA
* * * *
982 CTGACTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTCTG-CTAAAA-CAG
129 TTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT-TGATTAAAATCAG
* * * * * ** *
1024 GTTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTCACAAGAAAAGTCTA
1 ATTATAATTAAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * *
1089 TATATAGTCACCCATAT-C-TTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATA
66 TTTATAGTCA-CC-TATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTAAAA-GGTATTATAATCTCATA
* * *
1152 ATTGACTTTAAGTT-AATTTTTTTTTCATTTTCGGTTAAAATC-G
128 ATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTGATTAAAATCAG
** * *
1195 ATTATTGTTAAATGTTTACATAGAGAAACATGAAG-AAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
1 ATTATAATTAAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* *
1259 TTTATAGTCATCTATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCTCCTTAAAAGGTATTATAATCTCATTAT
66 TTTATAGTCACCTATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTC-CCTTAAAAGGTATTATAATCTCATAAT
*
1324 TGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAT
130 TGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAAT
1363 AGGTTACAGT
Statistics
Matches: 902, Mismatches: 230, Indels: 120
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 40 0.04
169 38 0.04
170 295 0.33
171 448 0.50
172 77 0.09
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
ATTATAATTAAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACCTATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTAAAAGGTATTATAATCTCATAATT
GACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATCAG
Found at i:1387 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 569--1390 Score: 919
Period size: 341 Copynumber: 2.4 Consensus size: 340
559 NNNNNNNNNN
* * *
569 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCTTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCAACTATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTC-CCTTAAATGGATTTATAA
* * * * * *
634 TATTATAATTGACTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTAATGAAAACAGATTACCGTTGAA-GT
65 TCTTATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGGTTACAGTTGAATGT
* ** * * * * ** * *
698 TTGCCTAAGTAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAATCCTTATTTATTAGTTACCC
130 TTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGACATCCATTCACAAGAAAATCCTTATATATTAGTCACCC
* * *
763 AGCTGTTCAAGCCTATTCATTATCACTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
195 AGATCTTCAAGCC-ATTCATTATCACTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTG
* * *
828 AATGTTTTTCATTTTGATTAAAATCAATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAA
259 AATGTTTTTCATTTTGATTAAAATCAATTATAATTAAATGTCTACATAGAGAAACATGAAGAAAA
*
893 AGATATTCATTAGTAAG
324 AGATATTCATTAGCAAG
* * * * *
910 AAAAGTCCATTTATAGTCAACAATGCCATT-AATAGCCTTATTACTCACTTTAATGGATTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCAACTATG-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTAAATGGATTTATAA
* * * * * ** * *
974 TCTTGTAACTGACTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTCTGCTAAAACAGGTTATAATTGAATGT
65 TCTTATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGGTTACAGTTGAATGT
* *
1039 CTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTCACAAGAAAAGT-C-TATATA-TAGTCACC
130 TTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGACATCCATTCACAAGAAAA-TCCTTATATATTAGTCACC
* * *
1101 CATATCTTCAAAAGCC-TT-GTTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAG
194 CAGATCTTC--AAGCCATTCATTA-TCACTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAG
* * * ** *
1164 TT-AATTTTTTTTTCATTTTCGGTTAAAATCGATTATTGTTAAATGTTTACATAGAGAAACATGA
256 TTGAA--TGTTTTTCATTTT-GATTAAAATCAATTATAATTAAATGTCTACATAGAGAAACATGA
*
1228 AG-AAAAGATATTCATTGGCAAG
318 AGAAAAAGATATTCATTAGCAAG
* *
1250 AAAAGTCCATTTATAGTCATCTATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCTCCTTAAAAGG-TATTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCAACTATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTC-CCTTAAATGGAT-TTATA
* * *
1314 ATCTCATTATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGGTTACAGTT-AATT
64 ATCTTATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGGTTACAGTTGAA-T
*
1378 ATTTACCTTGGGA
128 GTTTACCTTGGGA
1391 GATGTGAAAA
Statistics
Matches: 394, Mismatches: 74, Indels: 26
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 5 0.01
339 58 0.15
340 138 0.35
341 189 0.48
342 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCAACTATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTAAATGGATTTATAAT
CTTATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGGTTACAGTTGAATGTT
TACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGACATCCATTCACAAGAAAATCCTTATATATTAGTCACCCA
GATCTTCAAGCCATTCATTATCACTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA
TGTTTTTCATTTTGATTAAAATCAATTATAATTAAATGTCTACATAGAGAAACATGAAGAAAAAG
ATATTCATTAGCAAG
Found at i:1775 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1453--1810 Score: 434
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
1443 NNNNNNNNNN
* * * *
1453 ATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATGTTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGACTCTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGA
* * * * * * *
1518 ATCTCTAACTTAGGAAACGTGAGGGAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCCAGTCAC
66 ATCTCTAACTTAGAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGCCAC
* * * *
1583 CTATGCCTTCTAAACCCTTATTATTTGCTTTAAATAATTTT
131 CCAAGCCTTCTAAACCCTTATTAATCGCTTTAAATAATTTT
* * *
1624 ATAAGCTCATAATTGACTCTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAGTTGA
1 ATAATCTCATAATTGACTCTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGA
* * * *
1689 ATGTCT-GCTTAAGAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGCC
66 ATCTCTAACTT-AGAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTACAGCC
* * **
1752 ACCCAAGCGTT-TGAAAGCCTTATTAATCGCTTTAAATGGTTTT
129 ACCCAAGCCTTCT-AAACCCTTATTAATCGCTTTAAATAATTTT
1795 ATAATCTCATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGA
1811 TTTGNNNNNN
Statistics
Matches: 157, Mismatches: 27, Indels: 6
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.04
171 151 0.96
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
ATAATCTCATAATTGACTCTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGA
ATCTCTAACTTAGAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGCCAC
CCAAGCCTTCTAAACCCTTATTAATCGCTTTAAATAATTTT
Found at i:2638 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1915--4490 Score: 1999
Period size: 171 Copynumber: 15.2 Consensus size: 170
1905 NNNNNNNNNN
* *
1915 ATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGGGTAATAAGGCTTTAGAAGG
1 ATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * ** **
1980 CTTGGATGACTATAAATAGG-CTTTTCCTATCAATGAATGGCTTTCTTTTCAAGTTTCCTTAG-G
66 CATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTT-TTTTCAAGTTT--TTAGAG
* * * * ** * * *
2043 -TAGACGTTCAACTGTTATCTGTTTTAACCAAAAGTGTACAAAA
127 TTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAA
* * * * *
2086 ATTCAACTT-AATGTCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAATTAAGTAATAAGGC-TTTCAGA
1 ATTCAACTTCAA-ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA-A
* * * * * * * *
2149 GGTATGGGTGACCATAAATGGACTTTTTTTGCCGATGAATATATTTTTCTTCACGTTTCTCGAAG
64 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTT-TTCAAGTTTTTAG-AG
* * *
2214 TTA-ACATTCAAATTGTAATCTGTTTTAA-CAAAAAAAGTAAAACAA
127 TTAGACATTC-AATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATA-TAAAA-AA
* * * * * * * * * * * *
2259 TTTC-GCTTTAAATCAAGTATGGGATCAAAAAACCATTTAAAGCGATTAATAAGACTTTCGATGG
1 ATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * *
2323 CATGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTACCAATGAATGATTTTTTTTTCACA-TTTATCGAGGT
66 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ATCTTTTTTTCA-AGTTTTTAGAGTT
* * * **
2387 A-AAATTTTAATTATAATCAGTTTTACCT-AAAA-ATAAAAAA
129 AGACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAA
* * *
2427 ATTTAACTT-AAAGTCAATTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAG
1 ATTCAACTTCAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* ** * * * *
2491 GCATAGAAGAATGTAAATGGACTTTTCTTACCGATGAATATCTTTTCTTTCAAGTTTTTAGAGTT
65 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTT-TTTCAAGTTTTTAGAGTT
* *
2556 AGAC-TTTAATTATAATCT-ATTTAATTAAAAATATAAAAAAA
129 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATAT-AAAAAA
* * * * * *
2597 ATTCAACTTCAAACCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTGGAAGA
1 ATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
** * * * * * ** *
2662 TTTGGGTAATTATAAACAGG-CTTTTCTTGTCAATGCATGGCTTTTTCTTCAGGTTTCCTTAG-G
66 CATGGGTGACTATAAA-TGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTT-TTCAAGTTT--TTAGAG
* * * **
2725 -CAGACATTCAACTGA-AATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
127 TTAGACATTCAA-TTATAATCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAA
* * * *
2768 ATTCAAC-TGAAAGTCAATTATG-GCATTATAAAACTATTTAAAG-CACGTAATAAGGCTTTTAA
1 ATTCAACTTCAAA-TCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGA-GTAATAAGGCTTTTGA
* ** * * *
2830 AGGAATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCATT-ACGCTTCTTA-
63 AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTT--TTCAAG-TTTTTAG
* * * *
2893 AGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATACAAAAAA
125 AGTTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAA
* **
2939 A-TCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
1 ATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * ** *
3003 CTTGGGTGGCTATAAATAGG-CTTTCCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCTTAG-G
66 CATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTT-TTCAAGTTT--TTAGAG
* * * * *
3066 -CAGACATTCAAATGTAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAA
127 TTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAA
* * * *
3109 ATTCAACTT-AAAGCCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAACT-AGTAATAAGGCTTTTGAAG
1 ATTCAACTTCAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
*** * * ** *
3172 GCATAACTGACAATAAATAGACTTTTCTTAACAATGAAT-T-TTTTTCCTTCATGTTTTCT-GAG
65 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTT--TTCAAGTTTT-TAGAG
* * ** * *
3234 GTAGACATTCAATTATAATATGTTTCGATAAAAAATGTAAAAAA
127 TTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAA
* *
3278 ATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA-TCGAGTAATAAGGCTTTTGAAT
1 ATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * *
3342 GCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTAGATTTTCTTAG-G
65 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTT-TTCA-AGTTT-TTAGAG
* * * * * * *
3406 CT-GACAATTCAACTGTAATTTATTTT-ATTAAAAATGTAAAAAC
127 TTAGAC-ATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAA
* * * *
3449 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 ATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * ** * * **
3514 CATGGGTGACAATAAATGGACCTTCCTTGCCAACGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTCCTA-AGGC
66 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTT-TTCAAGTTT-TTAGAGTT
* * * * *
3578 AAACATTCAATTATTATCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAA
129 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAA
* * * * *
3620 ATTCAA-GTCAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCGTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
1 ATTCAACTTC-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
** * * * * * *
3684 GCATGGACGACGAGAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTCCTTCATGTTTCTCA-AG-
65 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTT-TTTCAAGTTT-TTAGAGT
* * * ** *
3747 TAGACATTCAATTATAATCTATTTTCATAAAAAAGGTAAAAAT
128 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAA
* * * ** * *
3790 ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAATAATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTAGAAGG
1 ATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * *
3855 CATAGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTC-A-TTTTTCTGAAGG
66 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTT-TTCAAGTTTTT-AG-AGT
* * *
3918 TAAAGATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAA
128 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAA
* * *
3960 ATTCAACTT-AAAGTCAATTATGAAATTATAAATCCATTTAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTTGAAG
1 ATTCAACTTCAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * *
4024 GCATAGGTAACTATAAATGGAC-TTTCTT-----T---T-TC-----TTCATGTGTCTCGAGTTA
65 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTTTCAAGTTTTTAGAGTTA
* *
4074 GACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA
130 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAA
* * * * * *
4115 ATTCAACTTCAAATCAATTATAAGAGTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTATGGAAGG
1 ATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* ** *
4180 CTTGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTATTTAG-G
66 CATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTT-TTCAAG-TT-TTTAGAG
* * * * ** *
4243 -CAGATATTCAACTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAGAA
127 TTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAA
* * *
4286 ATTTAACTT-AAAGTCAATTATGAGACTATAAATCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
1 ATTCAACTTCAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * *
4350 GCATAGGTGACTATAAGTGGACTTTTGTAGCCAATGAATATCTTTTTCTTC-ACTTTTCTCGAGT
65 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTT-TTCAAGTTTT-TAGAGT
* *
4414 TAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAATATAAAAAA
128 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAA
*
4456 ATTCAACTTCAAATCGATTATGAGATTATAAAACC
1 ATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
Statistics
Matches: 1923, Mismatches: 375, Indels: 215
0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
154 29 0.02
155 81 0.04
156 14 0.01
160 2 0.00
161 2 0.00
164 2 0.00
165 1 0.00
167 8 0.00
168 44 0.02
169 202 0.11
170 631 0.33
171 730 0.38
172 155 0.08
173 22 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTTTCAAGTTTTTAGAGTTAG
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAA
Found at i:2766 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1915--4490 Score: 2029
Period size: 341 Copynumber: 7.6 Consensus size: 341
1905 NNNNNNNNNN
* * *
1915 ATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGGGTAATAAGGCTTTAGAAGG
1 ATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * ** * *
1980 CTTGGATGACTATAAATAGGCTTTTCCTATCAATGAATGGCTTTCTT-TTCAAGTTTCCTTAGGT
66 CTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT-TTCTTCAGGTTTCCTTAGGC
* ** * * *
2044 AGACGTTCAACTGTTATCTGTTTTAACCAAAAGTGTACAAAAATTCAACTTAATGTCAATTATGA
130 AGACATTCAACTGAAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGA
* * * * * * * * **
2109 GATTATAAATCCATTTAAATTAAGTAATAAGGC-TTTCAGAGGTATGGGTGACCATAAATGGACT
195 GATTAAAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGCATAGATGAATATAAATGGACT
* * * * * * * *
2173 TTTTTTGCCGATGAATATATTTTTCTTCACGTTTCTCGAAGTTA-ACATTCAAATTGTAATCTGT
259 TTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTTTAG-AGGTAGACATTC-AATTATAATCTGT
* *
2237 TTTAACAAAAAAAGTAAAACAA
322 TTTAATAAAAATA-TAAAA-AA
* * * * * * * * * *
2259 TTTC-GCTTTAAATCAAGTATGGGATCAAAAAACCATTTAAAGCGATTAATAAGACTTTCGATGG
1 ATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * ** * ** * *
2323 CATGGGTGACTATAAAT-GCACTTTTCTTACCAATGAATGATTTTTTTTTCACATTT-ATCGAGG
66 CTTGGGTGACTATAAATAG-GCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTCCT-TAGG
* * * * * *
2386 TA-AAATTTTAA-TTATAATCAGTTTT-ACCTAAAAA--TAAAAAAATTTAACTTAAAGTCAATT
129 CAGACA-TTCAACTGA-AATCTGTTTTAACC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATT
* * *
2446 ATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATAGAAGAATGTAAATGG
191 ATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGATGAATATAAATGG
* * * *
2511 ACTTTTCTTACCGATGAATATC-TTTTCTTTCAAGTTTTTAGAGTTAGAC-TTTAATTATAATCT
256 ACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTC-TTCAAGTTTTTAGAGGTAGACATTCAATTATAATCT
*
2574 -ATTTAATTAAAAATATAAAAAAA
320 GTTTTAA-TAAAAATAT-AAAAAA
* * * * * *
2597 ATTCAACTTCAAACCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTGGAAGA
1 ATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * *
2662 TTTGGGTAATTATAAACAGGCTTTTCTTGTCAATGCATGGCTTTTTCTTCAGGTTTCCTTAGGCA
66 CTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTCCTTAGGCA
* * *
2727 GACATTCAACTGAAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTGAAAGTCAATTATG-G
131 GACATTCAACTGAAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAG
* * * * * * *
2791 CATTATAAAACTATTTAAAG-CACGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATA-AGTGACTATAAATGAAC
196 -ATTAAAAAACCATTTAAAGTGA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGA-TGAATATAAATGGAC
* * *
2854 TTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCATT-ACGCTTCTTA-AGGTAGACATTCAATTATAATATG
258 TTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTC-TTCAAG-TTTTTAGAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
2917 TTTTAATAAAAA-ATACAAAAA
321 TTTTAATAAAAATATA-AAAAA
* *
2938 AATCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
1 ATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * *
3003 CTTGGGTGGCTATAAATAGGCTTTCCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCTTAGGCA
66 CTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTCCTTAGGCA
* * * * *
3068 GACATTCAAATGTAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGCCAATTATAAG
131 GACATTCAACTGAAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAG
* * * *
3133 ATTATAAAACTATTTAAACT-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATA-ACTGACA-ATAAATAGACT
196 ATTAAAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGA-TGA-ATATAAATGGACT
** * *
3195 TTTCTTAACAATGAAT-T-TTTTTCCTTCATGTTTTCT-GAGGTAGACATTCAATTATAATATGT
259 TTTCTTGCCAATGAATATCTTTTT-CTTCAAGTTTT-TAGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
** *
3257 TTCGATAAAAAATGTAAAAAA
322 TTTAAT-AAAAATATAAAAAA
* * * *
3278 ATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAATG
1 ATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * *
3343 CATGAGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTAGATTTTCTTAGGC
66 CTTGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTCCTTAGGC
* * * * ** * *
3407 TGACAATTCAACTGTAATTTATTTT-ATTAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATG
130 AGAC-ATTCAACTGAAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATG
* * * *
3471 AGATTAAAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACA-ATAAATGGAC
194 AGATTAAAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGATGA-ATATAAATGGAC
* * * ** * * * * * *
3535 CTTCCTTGCCAACGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTCCTA-AGGCAAACATTCAATTATTATCTAT
258 TTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTT-TTAGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
*
3599 TTTAATGAAAAATGTAAAAAA
322 TTTAAT-AAAAATATAAAAAA
* * * *
3620 ATTCAA-GTCAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCGTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
1 ATTCAACTTC-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* ** * * * ** * * * * *
3684 GCATGGACGACGAGAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTCCTTCATGTTT-CTCAAGT
65 GCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTCCTTAGGC
* * * ** * * * *
3748 AGACATTCAA-TTATAATCTATTTTCATAAAAAAGGTAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATG
130 AGACATTCAACTGA-AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATG
** * * * * *
3812 AGATTAAAAAATAATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTAGAAGGCATAGGTGACTCTAAATGGACT
194 AGATTAAAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGATGAATATAAATGGACT
* * * *
3877 TTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTC-A-TTTTTCTGAAGGTAAAGATTCAATTATAATCTGT
259 TTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTTT-AG-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
*
3940 TTTAATAAAAATGTAAAAAA
322 TTTAATAAAAATATAAAAAA
* * * * *
3960 ATTCAACTT-AAAGTCAATTATGAAATTATAAATCCATTTAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTTGAAG
1 ATTCAACTTCAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * * * * * *
4024 GCATAGGTAACTATAAAT-GG----AC-T-----T---T--CTTTTTCTTCATGTGT-CTCGAGT
65 GCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTCCT-TAGG
* * * ** *
4072 TAGACATTCAA-TTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAA-TCAATTA
129 CAGACATTCAACTGA-AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAGTCAATTA
* * * * * * * * * * *
4135 TAAGAGTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTATGGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGG
192 TGAGATTAAAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGATGAATATAAAT-GG
** * * * * * *
4200 -CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTATT-TAGGCAGATATTCAACTGTAATCT
256 ACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTT-TTAGAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* *
4263 GTTTTAACCAAAAATATAAAGAA
320 GTTTTAA-TAAAAATATAAAAAA
* * * * *
4286 ATTTAACTT-AAAGTCAATTATGAGACTATAAATCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
1 ATTCAACTTCAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
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4350 GCATAGGTGACTATAAGT-GGACTTTTGTAGCCAATGAATATCTTTTTCTTCA-CTTTTCTCGAG
65 GCTTGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTCCT-TAG
** * * * * * *
4413 TTAAACATTCAA-TTATAATCTATTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAA-TCGATT
128 GCAGACATTCAACTGA-AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAGTCAATT
*
4475 ATGAGATTATAAAACC
191 ATGAGATTAAAAAACC
Statistics
Matches: 1826, Mismatches: 328, Indels: 159
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
324 16 0.01
325 156 0.09
326 96 0.05
327 3 0.00
328 2 0.00
329 1 0.00
334 1 0.00
335 1 0.00
337 1 0.00
338 22 0.01
339 170 0.09
340 339 0.19
341 663 0.36
342 230 0.13
343 122 0.07
344 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
ATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
CTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTCCTTAGGCA
GACATTCAACTGAAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAG
ATTAAAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGATGAATATAAATGGACTTT
TCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTTTAGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
ATAAAAATATAAAAAA
Done.