Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397351.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1059.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 43034
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.13, T:0.32
Warning! 4684 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:287 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2--817 Score: 797
Period size: 172 Copynumber: 4.8 Consensus size: 170
1 A
* *
2 CCAATGAATGGCTTTTTCTTCTTATTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATGATCTGTTTTCACCAA
1 CCAATGAATGGCTTTTTCTTCTTGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-ACCAA
* * *
67 AAAAGTAAAAACAATTCAACATAAAATCAAATGTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATA
65 AAAAGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATA
* * *
132 AGGCTTTTGAAGGTATAGGTTACTATAAATGGACTTTTCTTA
130 AGGCTTTCGAAGGT-TAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* *
174 CCAATGAATGGCTTTTTCTTCTTGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATGATCTGTTTTCACCAA
1 CCAATGAATGGCTTTTTCTTCTTGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-ACCAA
* *
239 AAAAGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAAATGTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATA
65 AAAAGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATA
* * *
304 AGGCTTTCGAAGGGTTGGGTAACTATAAATGGCCTTTTCTTG
130 AGGCTTTCGAA-GGTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * *
346 CCAATGAAT-GCTTTTTTCTTCATGTTTTCAAAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTGAACCA
1 CCAATGAATGGC-TTTTTCTTCTTGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT-TACCA
* * * **********
410 AAAACA-TAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTNNNNNNNNNNAA
64 AAAA-AGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAA
* * *
474 TAAGGCTTTCGACGGCTTAAGTGACTATAAATAGA-TTTT-TTGG
128 TAAGGCTTTCGAAGG-TTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-G
* * * * * * * *
517 CTAATGAATGGCATTTTCTTCATCGTTT-GCATGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAA
1 CCAATGAATGGCTTTTTCTTC-TTGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTACCAA
* * * * *
581 AAAATGTAAAAATAATTCAACTTAAAAT-TAATCATGAGATTATGAAACCATTTAAAGCGAGTAA
65 AAAA-GTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAAAT-ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAA
* * * * *
645 TAAGGGCTTT-AAAGGCATGGGTGCCTATAAGTGGACTTTTCTTG
128 TAA-GGCTTTCGAAGG-TTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * ** * ** * *
689 CAAATGCAT-GC-TTTTCTTCATACTTCTCAAGACAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAA
1 CCAATGAATGGCTTTTTCTTCTTGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTACCAAA
* * * * * * *
752 AATGTAAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAA
66 AAAGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAA
816 GG
131 GG
818 TTTGAGACAT
Statistics
Matches: 537, Mismatches: 91, Indels: 37
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 43 0.08
169 12 0.02
170 51 0.09
171 112 0.21
172 311 0.58
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
CCAATGAATGGCTTTTTCTTCTTGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTACCAAA
AAAGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAA
GGCTTTCGAAGGTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
Found at i:702 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 4--817 Score: 824
Period size: 343 Copynumber: 2.4 Consensus size: 342
1 ACC
* * * * * *
4 AATGAATGGCTTTTTCTTCTTATTTC-CCAAGGTAGACATTCAATTATGATCTGTTTTCACCAAA
1 AATGAAT-GC-TTTTCTTCATACTTCTCAAAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
* * * * *
68 AAAGTAAAAACAATTCAACATAAAATCAAATGTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAA
64 AAA-TAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAA
* * * * * *
133 GGCTTTTGAAGGTATAGGTTACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCTTG
128 GGCTTTCGAAGGTATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCATTTTCTTCTCG
* * * *
198 TTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATGATCTGTTTTCACCAAAAAAGTAAAAACAATTCAACTTAA
193 TTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTCAACAAAAAAGTAAAAACAATTCAACTTAA
* * * * **
263 AATCAAATGTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGGTTGGGTAACT
258 AATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACT
* *
328 ATAAATGGCCTTTTCTTGCC
323 ATAAATGGACTTTTCTTGCA
* * *
348 AATGAATGCTTTTTTCTTCAT-GTTTTCAAAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTGAACCAAA
1 AATGAATGC--TTTTCTTCATACTTCTCAAAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
**********
412 AACATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTNNNNNNNNNNAATAA
64 AA-ATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAA
* * *
477 GGCTTTCGACGGCT-TAAGTGACTATAAATAGA-TTTT-TTGGCTAATGAATGGCATTTTCTTCA
128 GGCTTTCGAAGG-TATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-ACCAATGAATGGCATTTTCTTC-
* * * *
539 TCGTTT-GCATGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTT-AACAAAAAATGTAAAAATAATTCAAC
190 TCGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTCAACAAAAAA-GTAAAAACAATTCAAC
* * *
602 TTAAAAT-TAATCATGAGATTATGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGCTTT-AAAGGCATGG
254 TTAAAATCAAAT-ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA-GGCTTTCAAAGGCATGG
** *
665 GTGCCTATAAGTGGACTTTTCTTGCA
317 GTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCA
* * * *
691 AATGCATGCTTTTCTTCATACTTCTCAAGA-CAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAA-C-AAAA
1 AATGAATGCTTTTCTTCATACTTCTCAAAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA
* * * * ** **
753 ATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGG
66 AT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGG
818 TTTGAGACAT
Statistics
Matches: 382, Mismatches: 77, Indels: 27
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.01
339 50 0.13
340 1 0.00
341 34 0.09
342 20 0.05
343 139 0.36
344 134 0.35
345 2 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (342 bp):
AATGAATGCTTTTCTTCATACTTCTCAAAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA
ATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGC
TTTCGAAGGTATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCATTTTCTTCTCGTTT
CCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTCAACAAAAAAGTAAAAACAATTCAACTTAAAAT
CAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATA
AATGGACTTTTCTTGCA
Found at i:898 original size:104 final size:104
Alignment explanation
Indices: 718--916 Score: 310
Period size: 104 Copynumber: 1.9 Consensus size: 104
708 ATACTTCTCA
* *
718 AGACAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
1 AGACAGATATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
*
783 TAAGAATATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTG
66 TAAGAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTG
* *
822 AGACATATATTCAATTATAATATGTTTTAAGCAAAAATG-CAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
1 AGACAGATATTCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * *
886 ATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAA
65 ATAAGAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAA
917 GAAAGCTTTT
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 8, Indels: 2
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
104 78 0.91
105 8 0.09
ACGTcount: A:0.49, C:0.08, G:0.10, T:0.33
Consensus pattern (104 bp):
AGACAGATATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
TAAGAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTG
Found at i:1238 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 830--4379 Score: 2863
Period size: 171 Copynumber: 20.7 Consensus size: 170
820 TGAGACATAT
* *
830 ATTCAATTATAATATGTTTTAAGCAAAAATG-CAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * * *
894 ATAAAATCATTTAAAGTGAGTAAGAAAGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAACGGAC-CTTCA
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG-GTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * * *
958 AGCCAAGGGATGGCTTTTTCCT-CACGTTTCTCGAGATTAAC
130 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTACA-TTTTCTCAAGGTAAAC
*** * * *
999 ATTCAATTATAATATGTTTTAAGTGAAAATGTAAAAAAACTCAACTTATAATCAATAATGAGATT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
1064 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCCTTCAAAGGCTTGGCTGACTAAAAATGAACTTTTCT
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGG-TGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * *
1129 TGTCAATGAATGGCTTTTTCCTTACA-ATTCTCATGGCAGAT
130 TGCCAATGAATGGCTTTTT-CTTACATTTTCTCAAGGTAAAC
* * ***
1170 GTTCAATTATAATCT-TTTTAGTGAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
1234 TATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTAGGTGACTATAAATAGACTTTTC
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT-GGTGACTATAAATGGACTTTTC
* *
1299 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTT-T-AAGGGCAGAC
129 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT-ACATTTTCTCAA-GGTAAAC
* * *
1341 ATTCAATTATAATATGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAAATCAGCTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
** * *
1406 ATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCA
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG-GTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * ** *
1471 TGCTAATGGATAGCTTTTGCTTCACTTTTTCT-AAGACAGAC
130 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTT-ACATTTTCTCAAGGTAAAC
* * * *
1512 ATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACTCAACCTAAAA-CAAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGAT
* * * * * *
1576 TATAAAATCATTTAAAGAGATTAATAAGGTTTTCGAACG-TATAGGTGACTATATATGGACTTTT
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-T-GGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * ** * * *
1640 CTTGCCAATGAATGACTTTTTCTT-CATGGTTCCCTTGACT-GAT
128 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTACAT-TTTCTCAAG-GTAAAC
* * * ** *
1683 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAACTCATC-CCAAATCAAATTATGTGAT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGAT
* * * * *
1747 TATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGG-TCTTGGTATGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTT
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGC-TTGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * ** **
1811 CTAGCTAATGAATGACTTTTCCTT-CATGGTTCTCATGACAGTC
128 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTACAT-TTTCTCAAGGTAAAC
* * * * *
1854 ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAGAAAAAAATTCTATTTAAAATCAATTATGAG
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGT---AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * *
1919 ATTATAAAATCTTTTAAAACAAGTAACAAGGCTTTCGAAGACTTAGGTGACTATAAATAGACTTT
63 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT-GGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * *
1984 TCTTGCTAAAGAATGGCTTTTACTTTACGTTTTCTCAAGGAAAAC
127 TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC-TTACATTTTCTCAAGGTAAAC
*** * * * * *
2029 ATTCAATTATAATATGTTTTAGTGAAAAATATAAAACAAATTCAACCTAAACTAAATTATAAGAT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
2094 TATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGTCTTT-GAACGCATATGGAG-CTATAAATGGGCTTT
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTCGAAGGC-T-TGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * ** *
2157 TGC-TACCAATGAATGGATATTTGTTCACA-TTTCTCCGGGTAGAC
127 T-CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT-ACATTTTCTCAAGGTAAAC
* * * * * ** * * *
2201 ATT-AATTTATAATCTATTTTTACTAAAAATATTTAAATATTCAACTTCAAATCTATTATGAGAT
1 ATTCAA-TTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
** * * *
2265 TATAAAATTATTTAAAACGAGTAATAAGG-TTGTTGAAGACTTTGGTGACTATAAATGGACTTTT
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TCGAAGGC-TTGGTGACTATAAATGGACTTTT
* ** * * * * *
2329 TTTTTCAATGAATAGTTTTTTC-TACACGTTTTC-AAAAGTATAC
128 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTACA--TTTTCTCAAGGTAAAC
* ** * * *
2372 ATTCATTTCCAAT-TCGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTCAAATTAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAATAT-GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
2435 TATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTC
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT-GGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * *
2500 TTACCAATGGATGG-TTTTT-TTTCATGTTTCTCAGGGTAAAC
129 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTACAT-TTTCTCAAGGTAAAC
* *
2541 ATTCAATTATAATATGTTTTTACCAAAAATGT-AAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
** * *
2605 ATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAGTATAAATGGACTTTT-T
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCT
** * *
2669 TAATCAATGAATGGCTTTTGT-TTCACATTTTGC-CAATGTAAAT
130 T-GCCAATGAATGGCTTTT-TCTT-ACATTTT-CTCAAGGTAAAC
* * * * * *
2712 ATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAACAAATCAACCTAAAATAAAGTATGAGAT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * **
2777 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TCTTCGAATGCATGAGAGACTATAAATAAACTTTT
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCTTG-GTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * *
2841 GTTACCAATGAATGGCTTTTTCTT-CATGGTTCCCAGGGTAGAT
128 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTACAT-TTTCTCAAGGTAAAC
* * * * *
2884 ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTGTGAGATT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
2949 ATAAAA-CTTTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTGTAAATGGACTTTTAC
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG-GTGACTATAAATGGACTTTT-C
* *
3013 -TGCCAATGAATGACTTTTT-TT-CATGTTTCTCAACGTAAAC
129 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTACAT-TTTCTCAAGGTAAAC
* * * *
3053 ATTCAATCATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAGAATTCAAACTTAAAATTAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
3118 TATAAAATCATTTGAAGCGAGCAATTAGGCTTTTGAAGG-TATAGGTGACTATAAATGGACTTTT
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-T-GGTGACTATAAATGGACTTTT
* **
3182 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTCCCAAGAAAAAC
128 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT-ACATTTTCTCAAGGTAAAC
* *
3226 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCACAC-CAAAATAAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
3290 TGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAG-TCTTC-AA-GCTCATGGGTGACTATGAATGGATTT
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCT--T-GGTGACTATAAATGGACTT
* * * *
3352 TTCTTTCCAATGCATGGCTTTTTCTT-TATGTTT-TCAAAGGCAAAC
126 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTACAT-TTTCTC-AAGGTAAAC
** * * *
3397 ATTCAGA-TATAATATGTTTTAATAAAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTATGAGA
1 ATTCA-ATTATAATATGTTTTAA-CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
3461 TTATAAAACAATTTGAAGCGATTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGATTGACTATAAATGGACTTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG-GTGACTATAAATGGACTTTT
* * * *
3526 CTTACTAATGAATGACTTTTTCTTA-ATGTTTTCCCAAGGT-AAC
128 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTACA--TTTTCTCAAGGTAAAC
* ***
3569 ATTCAATTATAATATGTTTTATCCAAAAATGTAAAAAAAAAGAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
3634 ATGAAACCATTTTAAA-CAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTTGGGTGACTATAGATAGACTTTTC
66 ATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT-GGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * **
3698 TTACCAATGAATGACTTTTTCTT-CATGTTTTTCCAAGACAAAC
129 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTACAT-TTTCT-CAAGGTAAAC
* * * *
3741 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATAAATTATGAAATT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
3806 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TCTTCGAACGCATGGTTGACTATAAGTGGATTTTTC
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCTTGG-TGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * *
3870 TTGTCAATAAATAGCTTTTTCTTTAGGA-TTCCT-TAGATAAAC
129 TTGCCAATGAATGGCTTTTTC-TTA-CATTTTCTCAAGGTAAAC
** * * * * *
3912 ATTCAATTCCAATCTATTTTAACCAAAAA---ATAATAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
3974 ACAAAACTATTTGAAA-TGAGTAATAACGCTTTTGAAGG-TATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
66 ATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-T-GGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * ** * * ** *
4037 GTTGACAAGGAATGGCCATTTGTT-CATGTTTTTTGAGGTAAAT
128 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTACAT-TTTCTCAAGGTAAAC
* * * * *
4080 ATTTAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAAATGAACTATGAGAT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGAT
** * * *
4145 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTC-AGAGTCATGAGTGACTATAAATAGACTTTT
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGCTTG-GTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
4209 CTCT-ACAAT-AGATGGATTTTGCTT-CATGTTTACT-GAGGTAGAC
128 CT-TGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTACAT-TTT-CTCAAGGTAAAC
* ** * * * * *
4252 ATTCAATTATAATCTAATTTAA-CAAACGATATAAAGAAATTAAACTTAAAATCAATTATGGGAT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAA-AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
** * * *
4316 TATAAAGTCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGATGACTATAAATGAACTTTT
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGG-TGACTATAAATGGACTTTT
4380 TGCAACATCT
Statistics
Matches: 2729, Mismatches: 523, Indels: 256
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
167 6 0.00
168 120 0.04
169 222 0.08
170 323 0.12
171 1081 0.40
172 584 0.21
173 242 0.09
174 103 0.04
175 45 0.02
176 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
GCCAATGAATGGCTTTTTCTTACATTTTCTCAAGGTAAAC
Found at i:2787 original size:683 final size:679
Alignment explanation
Indices: 830--4379 Score: 2949
Period size: 683 Copynumber: 5.2 Consensus size: 679
820 TGAGACATAT
* * * ** *
830 ATTCAATTATAATATGTTTTAAGCAAAAAT-GCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
** * * * * *
894 ATAAAATCATTTAAAGTGAGTAAGAAAGCTTTTGAAGGC-TTGAGTGACTATAAACGGAC-CTTC
66 ATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTTG-GTGACTATAAATGGACTTTTC
** * * * * * * *
957 AAGCCAAGGGATGGCTTTTTCCTCACGTTTCTC-GAGATTAACATTCAATTATAATATGTTTTAA
130 TTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTT-TCAAAG-TAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA
*** * * * * *
1021 GTGAAAATGTAAAAAAACTCAACTTATAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
193 CCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * * *
1086 AGAAGGCCTTCAAAGGCTTGGCTGACTAAAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCCT
258 ATAA-GCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG-TTTTT-CT
* * * * ** * ***
1151 TACA--ATTCTCATGGCAGATGTTCAATTATAATCT-TTTTAGTGAAAAATGTAAAAACAATTCA
320 TTCATGTTTCTCATGACAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTC-
* * * *
1213 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTAG
383 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGG
** * * *
1278 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTT-TAAGGGCAGACA
448 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTT-TTCACGTTTTCCAA-GGCAAACA
* * * *
1342 TTCAATTATAATATGTTTTAA-CGAAAAATGTAAAAAAAATCAGCTTAAAATCAATTATGAGATT
511 TTCAATTATAATATGTTTTAATC-AAAAATATAAAAAAAATCAACCTAAAATAAATTATGAGATT
** * *
1406 ATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTCGAAGGC-T-TGAGTGACTATAAATGAACTTT
575 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTCTTT-GAAGGCATATGAGAG-CTATAAATGGACTTT
* * * * * * ** **
1468 TCATGCTAATGGATAGCTTTTGCTTCAC-TTTTTCTAAGACAGAC
638 TC-TACCAATGAATGGATTTTG-TTCACATTTCTC-CGGGTAGAC
* * * * *
1512 ATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACTCAACCTAAAA-CAAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATC-AATTATGAGAT
* * *
1576 TATAAAATCATTTAAAGA-GATTAATAAGG-TTTTCG-A-ACGTATAGGTGACTATATATGGACT
65 TATAAAATCATTTAAA-ACGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGAC-T-TTGGTGACTATAAATGGACT
* * *** * *
1637 TTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGGTTCCCTTG-ACTGATATTCAATTATAATATGTT
126 TTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCAAAGTA--AACATTCAATTATAATATGTT
* * ** * *
1701 TTAACCAAAAATATAAAAAAACTCATC-CCAAATCAAATTATGTGATTATAAAACCATTTAAAGA
189 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * * * **
1765 GAGTAATAAGGTCTTGGTATGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCTAATGAATGACTTT
253 GAGTAATAAGCT-TTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTT
* * ** * *
1830 TCCTTCATGGTTCTCATGACAGTCATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAGAAAAAA
317 TCTTTCATGTTTCTCATGACAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT---AAAAAA
* * * * *
1895 ATTCTATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCTTTTAAAACA-AGTAACAAGGCTTTCGAAG
379 ATTC-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAA-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * *
1959 ACTTAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-GCTAAAGAATGGCTTTTACTTT-ACGTTTTCTCAA
442 GCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATC-AATGAATGGCTTTT--TTTCACGTTTTC-CAA
* * * * *
2022 GGAAAACATTCAATTATAATATGTTTTAGTGAAAAATATAAAACAAATTCAACCTAAACTAAATT
503 GGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAA-AAAATCAACCTAAAATAAATT
* * *
2087 ATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGTCTTTGAACGCATATG-GAGCTATAAATG
567 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTCTTTGAAGGCATATGAGAGCTATAAATG
*
2151 GGCTTTTGCTACCAATGAATGGATATTTGTTCACATTTCTCCGGGTAGAC
632 GACTTTT-CTACCAATGAATGGAT-TTTGTTCACATTTCTCCGGGTAGAC
* * ** * * * *
2201 ATT-AATTTATAATCTATTTTTACTAAAAATATTTAAATATTCAACTTCAAATCTATTATGAGAT
1 ATTCAA-TTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
*
2265 TATAAAATTATTTAAAACGAGTAATAAGG-TTGTTGAAGACTTTGGTGACTATAAATGGACTTTT
65 TATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTT-TTGAAGACTTTGGTGACTATAAATGGACTTTT
* ** * * * * * **
2329 TTTTTCAATGAAT-AGTTTTTTCTACACGTTTTCAAAAGTATACATTCATTTCCAAT-TCGTTTT
129 CTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTTC-AAAGTAAACATTCAATTATAATAT-GTTTT
* * * * * *
2392 AA-CAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTCAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG
191 AACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * *
2456 CAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATGGTTTTT-T
256 TAAT-AAGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTCT
* ** * *
2520 TTCATGTTTCTCAGGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTTACCAAAAATGT-AAAAAATTCAG
320 TTCATGTTTCTCATGACAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA-
2584 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGG
384 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGG
* * * * * *
2649 TGAGTATAAATGGACTTTT-TTAATCAATGAATGGCTTTTGTTTCACATTTTGCCAATGTAAATA
449 TGACTATAAATAGACTTTTCTT-ATCAATGAATGGCTTTT-TTTCACGTTTT-CCAAGGCAAACA
*
2713 TTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAACAAATCAACCTAAAATAAAGTATGAGATT
511 TTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAA-AAATCAACCTAAAATAAATTATGAGATT
* * **
2778 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTCTTCGAATGC--ATGAGAGACTATAAATAAACTTTT
575 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTCTTTGAAGGCATATGAGAG-CTATAAATGGACTTTT
* * * *** *
2841 GTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTC-CCAGGGTAGAT
639 -CTACCAATGAATGG-ATTTTGTTCACATTTCTCC-GGGTAGAC
*
2884 ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTGTGAGATT
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
2949 ATAAAA-CTTTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-AGC-ATGAGTGACTGTAAATGGACTTTT
66 ATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-CTTTG-GTGACTATAAATGGACTTTT
* *
3011 AC-TGCCAATGAATGACTTTTT-TTCATGTTTCTCAACGTAAACATTCAATCATAATATGTTTTA
129 -CTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTT-TCAAAGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTA
* * * *
3074 ACCAAAAATATAAAAGAATTCAAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTGAAGCGAG
192 ACCAAAAATATAAAAAAATTC-AACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * *
3139 CAATTAGGCTTTTGAAGG-TATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT
256 TAA-TAAGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG-TTTTT
* * * * *
3203 CTTCACAT-TTTCCCAAGAAAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
318 CTT-TCATGTTTCTCATGACAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
** * * ** * * *
3267 CACACCAAAATAAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAG-TCTTCAA-GCTC
382 CAC-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-
* * * * * * *
3330 ATGGGTGACTATGAATGGATTTTTCTT-TCCAATGCATGGCTTTTTCTTTATGTTTTCAAAGGCA
445 -TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAT-CAATGAATGGCTTTTT-TTCACGTTTTCCAAGGCA
* * * * *
3394 AACATTCAGA-TATAATATGTTTTAATAAAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTATG
507 AACATTCA-ATTATAATATGTTTTAAT-CAAAAATATAAAAAAAATCAACCTAAAATAAATTATG
* * * * * *
3458 AGATTATAAAACAATTTGAAGCGATTAATTAGG-CTTTCAAAGGCATGAT-TGA-CTATAAATGG
570 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTCTTT-GAAGGCAT-ATGAGAGCTATAAATGG
* * * *
3520 ACTTTTCTTACTAATGAAT-GACTTTT-TCTTA-ATGTTTTCCCAAGGTA-AC
633 ACTTTTC-TACCAATGAATGGA-TTTTGT-TCACAT-TTCT-CC-GGGTAGAC
* * * * **
3569 ATTCAATTATAATATGTTTTATCCAAAAATGTAAAAAAAAAGAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * *
3634 ATGAAACCATTTTAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GTTTGGGTGACTATAGATAGACTTTTC
66 ATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTT-GGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * *
3698 TTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTCCAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA
130 TTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATG-TTTTCAAAG-TAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA
* *
3763 CCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATAAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
193 CCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * * * * *
3828 ATAAGGTCTTCGAACGCATGGTTGACTATAAGTGGATTTTTCTTGTCAATAAATAGCTTTTTCTT
258 ATAAGCT-TTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGTTTTTCTT
* * * * ** * * *
3893 T-AGGATTC-CTTAGATAAACATTCAATTCCAATCTATTTTAACCAAAAA---ATAATAATTCAA
321 TCATGTTTCTCAT-GACAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC-A
* * * * * *
3953 CTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAACTATTTGAAATGAGTAATAACGCTTTTGAAGG-TATGG
384 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGG
* * * * * *** * *
4017 GTGACTATAAATAGACTTTTGTTGA-CAAGGAATGGCCATTTGTTCATGTTTTTTGAGGTAAATA
448 GTGACTATAAATAGACTTTTCTT-ATCAATGAATGG-CTTTTTTTCACGTTTTCCAAGGCAAACA
* * * * * *
4081 TTTAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAAATGAACTATGAGATT
511 TTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAAATCAAC-CTAAAATAAATTATGAGATT
* * * *
4146 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA--TACTTTCAGAGTC--ATGAGTGACTATAAATAGACTT
575 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGT-CTTTGA-AGGCATATGAGAG-CTATAAATGGACTT
**
4207 TTCT-CTACAAT-AGATGGATTTTGCTTCATGTTTACT--GAGGTAGAC
637 TTCTAC--CAATGA-ATGGATTTTG-TTCACATTT-CTCCG-GGTAGAC
* * * * * *
4252 ATTCAATTATAATCTAATTTAA-CAAACGATATAAAGAAATTAAACTTAAAATCAATTATGGGAT
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAA-AATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
4316 TATAAAGTCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-TTGGATGACTATAAATGAACTTTT
65 TATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTTGG-TGACTATAAATGGACTTTT
4380 TGCAACATCT
Statistics
Matches: 2316, Mismatches: 422, Indels: 259
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
680 2 0.00
681 39 0.02
682 158 0.07
683 755 0.33
684 207 0.09
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690 23 0.01
691 5 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (679 bp):
ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTTGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
TGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCAAAGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCA
AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
AGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTCTTTCATG
TTTCTCATGACAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCACTTAAAA
TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTAT
AAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTTTCACGTTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATA
ATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAAATCAACCTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATT
TAAAGCGAGTAATAAGGTCTTTGAAGGCATATGAGAGCTATAAATGGACTTTTCTACCAATGAAT
GGATTTTGTTCACATTTCTCCGGGTAGAC
Found at i:7058 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 7026--7080 Score: 74
Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
7016 GCCATGGTCT
7026 GTGATATACATGGCAAGGCCACAA
1 GTGATATACATGGCAAGGCCACAA
** *
7050 GTTGATATATGTGGCTAGGCCACAA
1 G-TGATATACATGGCAAGGCCACAA
7075 GTGATA
1 GTGATA
7081 CACACGATTG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 2
0.84 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
24 6 0.22
25 21 0.78
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.27, T:0.24
Consensus pattern (24 bp):
GTGATATACATGGCAAGGCCACAA
Found at i:9710 original size:172 final size:168
Alignment explanation
Indices: 9486--10431 Score: 830
Period size: 171 Copynumber: 5.5 Consensus size: 168
9476 NNNNNNNNNN
* * *** *
9486 TTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCACAAAATGGTTTTATAATCTAATAATT
1 TTATAATCACCTATGCCTTC-AAAGGCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
9551 GATTCTAAGTAGAATTTGTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTTAG
64 GATTTTAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAG
* *
9616 GAAACATACAGAAAAAACCATGCATAGGCAAGAAAAGTCCAT
128 GAAACATA-AGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
*
9658 TTATAATCACCTATGCCTTCTAAGGCGTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
1 TTATAATCACCTATGCCTTCAAAGGC-TTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * *
9723 GATTTT-ATTTTAAATTTTTTACCATTTTTATTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCTTTAG
64 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAG
*** *
9787 GAAA-AGTAAAGAAAAGGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
128 GAAACA-T-AAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* ** * * *
9829 TTATACTCACGGATGCCGTCGAAGGCATTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
1 TTATAATCACCTATGCCTTCAAAGGC-TTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATT
** * ** * **
9894 GATTTTTGGTTGAATTTTTTTATATCTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGGCTCAAA
64 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGG
* **
9959 AAACATGTAGAAAAAACCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCAT
129 AAACAT-AAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
**
10000 TTATAATCA-CTCATGCCTT-TGAGAGCTTCATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
1 TTATAATCACCT-ATGCCTTCAAAG-GCTT-ATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * * * *
10063 TTGATCTTAATTTCAATTCTTTTAACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAACTGATTGTTGACCCT
62 TTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * *
10128 GGGAACCATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
126 AGGAAACAT-AAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * **
10172 TTACAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
1 TTATAATCACCTATGCCTTC-AAAGGCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * *
10237 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-GTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAAT-TCCTGCCTT-T
64 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTACCTTAG
* * * * *
10299 CAAACGTGAAG-AAAAGCCATTCATTGGTAACAAAAGTCCAT
128 GAAACAT-AAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * * *
10340 TTATAGTCACTTATGTCTTTGAAAGCCTTATTGCTCAG-TTCAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
1 TTATAATCACCTATG-CCTTCAAAGGCTTATTACTC-GCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAAT
* * *
10404 TGATTTTAGGTTGAATGTTTTTACATTT
63 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
10432 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 629, Mismatches: 126, Indels: 41
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 99 0.16
169 14 0.02
170 38 0.06
171 271 0.43
172 199 0.32
173 6 0.01
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
TTATAATCACCTATGCCTTCAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAA
ACATAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
Found at i:11348 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 10534--12712 Score: 2000
Period size: 170 Copynumber: 12.8 Consensus size: 171
10524 NNNNNNNNTA
* * * * * * * *
10534 TTTTCTAAGACAAAGATTCAATTATAATATGTTGTAACTAAAAATGTAAAAAAACTCAACCTAAA
1 TTTTCAAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * *
10599 ATCAAGTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGATTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTAACTG
66 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTA
* * * * *
10664 TAAATGGACTTCTCTTGTCAATGAATGGCTTTTCCTTTATG
131 TAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACG
* * * * *
10705 -TTTCAGA-GCTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGACTAATAATATAAAAAAATTCAACTTCA
1 TTTTCAAAGGC-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* *
10768 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGATT
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACT
* * * * * *
10833 ATTAATGAATTTTTCTT-TCCAACGAATGACTTTTTCTTCACA
130 ATAAATGGACTTTTCTTAT-CAATGAATGGCTTTTTCTTCACG
*** ** * * *
10875 TTTTTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTACTTTAACTGAAAATATAAAACAATTCAACCTAAA
1 TTTTCAAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * ** * *
10940 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAATAATAAAACCTTT-GAAGGAATGGGTAACT
66 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACT
* * *
11004 ATAAATGGACTTTTCTT-GCTAATGCATGGCTTTTTCTTCATG
130 ATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACG
* * * * * * * * *
11046 TTTCCTAAGGTAAATATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAAAATAAAAAAATTTACCTTAA
1 TTTTCAAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * *
11111 AATCAATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAA-GCATTTTGAAGGCATGGGTGAC
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCATGGGTGAC
* *
11175 TATAAATGGTCTTTTCTTATTAATGAATGGCTTTTTCTTCACG
129 TATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACG
* *
11218 TTTTCAAAGGCAGACATTCAATTATAATCCGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTC-ACTTAAA
1 TTTTCAAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * *
11282 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTGGAA-CTAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACT
66 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACT
* * * *
11346 ATAAATGAACTTTTCTTATGAATGAGTGG-TATTTTCTTCATG
130 ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCT-TTTTCTTCACG
* * * * * * *
11388 TTTTTAGAGGCAGACCTTGAATTATAATCTGTTTTGAC-AAATAATATAAAAAAAAATCAA--TA
1 TTTTCAAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA-AATAT-AAAAAAATTCAACTTA
* * * *
11450 CAATCAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTT-GAAGGCTTGGGTAA
64 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTCGAAGGCATGGGTGA
* * * * *
11514 CTATAAATAGTCTTTACTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCA--
128 CTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACG
* ** * ** * ** * *
11556 -TTACACTTGTGGTAGGCATTCAATTATAATTTGTTTTAAGAAAAAATATGAAATAATTCAACTT
1 TTTTCA---AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* * * *
11620 AAAATCAATTATGTA-ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGGGTG
63 AAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTG
* *
11684 ACTATAAATGGACTTTTCTT-GCTAATGAATGACTTTTTCTTCACG
127 ACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACG
** * * * * *
11729 TTTTCTGAGGTAAACATTTAATTATAATTTGTTTTAAC------TA-AAAGAAATTCAACCTAAA
1 TTTTCAAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * ** * * * *
11787 ATTAACTAAGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCCTTCGATGGTATGGGTGATTA
66 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTA
* * *
11852 TAAATGAACTTTTC-T-TCACATCTAACT-GCTTTTTCTTTACG
131 TAAATGGACTTTTCTTATCA-AT-GAA-TGGCTTTTTCTTCACG
* * * * ** * *
11893 TTTCCTAAGACAAACATACAATTATAATCTGTTTTAACTAAATGTGT-AAAAAATTCAACATAAA
1 TTTTCAAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * *
11957 ATCAATTAAGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTAACTA
66 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTA
* * *
12022 TAAATGGACTTTTCTT-TCTAATGAAAGGCTTTTTCTTGATG
131 TAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACG
* * * * * *
12063 TTTTCTTACAGG-AAATATTCAATTATAATATATTTTAA-TCAAAAATAT-AAAAACTTCAACCT
1 TTTTC--AAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* * * * **
12125 AAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGACATAAGTGA
63 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
* * * * * * *
12190 CTATAAACGAAATTTTTTTATCAATGAATGGCTATTTGTTCACA
128 CTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACG
* ** * * * * * *
12234 TTTTCTAAGATAAACATTCAATTATAATTTGTTTCAACCAAAAATATAAAAAACTTTAACTCAAA
1 TTTTCAAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * **
12299 ATTAACTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTTATAATGCTTTCGAAGGCATGGGCAACTA
66 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTA
* ** * * * *
12364 TAAATGGA-TTTTCCTCCCTAATGGATGGCTTTTGCTTTACA
131 TAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACG
* * * * ** * *
12405 TTTGCTAAGGCAAACATTGAATTATAATGTAATTTAACCAACAATATAAAGAAAATTCAACTTAA
1 TTTTCAAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAA-AAAATTCAACTTAA
* * * * ** * *
12470 ATTTAATTATGAGACTATTAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTAGGTGACT
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACT
* *
12535 ATAAATTGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG
130 ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACG
* *
12577 TTTTCAAAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-T-CAAATATATAAAAAATTCAACTTAA
1 TTTTCAAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATA-AAAAAATTCAACTTAA
* * * * *
12640 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCCTGGGTGACT
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACT
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130 ATAAATGG
12713 CCATTCATTC
Statistics
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Consensus pattern (171 bp):
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ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTA
TAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACG
Found at i:12430 original size:341 final size:339
Alignment explanation
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10523 NNNNNNNNNT
* * * * *
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1 ATTTTCTAAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTCAACTC-A
* * * *
10597 AAATCAAGTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGATTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTAAC
64 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAAC
* * * * *
10662 TGTAAATGGACTTCTCTTGTC-AATGAATGGCTTTTCCTTTATG-TTTC--AGAGCTAGACATTC
129 TATAAATGGACTTTTCTT-TCTAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTTCTAAG-GC-AAACATTC
* * * * *
10723 AATTATAATCTGTTTTGACTAATAATATAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAA
191 AATTATAATCTATTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * *
10788 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGATTATTAATGAATTTTTCTT-TC
255 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAA-TTTTCTTAT-
* *
10852 CAACGAATGACTTTTTCTTCAC
318 CAATGAATGGCTTTTTCTTCAC
* * * ** *
10874 ATTTTTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTACTTTAACTGAAAATATAAAACAATTCAAC-CTA
1 ATTTTCTAAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAA-AATTCAACTC-A
* * * ** *
10938 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAATAATAAAACCTTT-GAAGGAATGGGTAA
64 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAA
* * * * * * *
11002 CTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGCATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAAATATTCAA
128 CTATAAATGGACTTTTCTTTCTAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTTCTAAGGCAAACATTCAA
* * *
11067 TTATAATCTATTTTAACCAAAAAAAATAAAAAAATT-TACCTTAAAATCAATTATAAGATTATAA
193 TTATAATCTATTTTAA-C-AAAAATATAAAAAAATTCAACC-TAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * **
11131 AACAATTTAAAGTGAGTAATAA-GCATTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGTCTTTTCTTAT
255 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-CTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GAATTTTCTTAT
*
11195 TAATGAATGGCTTTTTCTTCAC
318 CAATGAATGGCTTTTTCTTCAC
* * * * * *
11217 GTTTTCAAAGGCAGACATTCAATTATAATCCGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTC-ACTTAA
1 ATTTTCTAAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTCAACTCAA
* * *
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65 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAAC
* * * * * * * *
11345 TATAAATGAACTTTTCTTAT-GAATGAGTGG-TATTTTCTTCATGTTTT-TAGAGGCAGACCTTG
129 TATAAATGGACTTTTCTT-TCTAATGAATGGCT-TTTTCTTTACGTTTTCTA-AGGCAAACATTC
* * * * *
11407 AATTATAATCTGTTTTGACAAATAATATAAAAAAAAATCAA--TACAATCAATTGTGAGATTATA
191 AATTATAATCTATTTTAACAAA-AATAT-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * *
11470 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGCTTGGGTAACTATAAAT-AGTCTTTACTTG
254 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAAT-TTT-CTTA
*
11534 TCAATGAATAGCTTTTTCTTCATTAC
317 TCAATGAATGGCTTTTTCTTC---AC
* * ** ** * ** * *
11560 A-CTTGT--GGTAGGCATTCAATTATAATTTGTTTTAAGAAAAAATATGAAATAATTCAACTTAA
1 ATTTTCTAAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTCAACTCAA
* * * *
11622 AATCAATTATGTA-ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
65 AATCAATTATG-AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAAC
* * * * * *
11686 TATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTCTGAGGTAAACATTTAAT
129 TATAAATGGACTTTTCTTTCTAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTTCTAAGGCAAACATTCAAT
* * * * * * *
11751 TATAATTTGTTTTAAC-----TA-AAAGAAATTCAACCTAAAATTAACTAAGAGATTATAAAACT
194 TATAATCTATTTTAACAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
** * * *
11810 ATTTAAAATGAGTAATAAGGCCTTCGATGGTATGGGTGATTATAAATGAACTTTTC-T-TCACAT
259 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAA-TTTTCTTATCA-AT
* *
11873 CTAACT-GCTTTTTCTTTAC
322 -GAA-TGGCTTTTTCTTCAC
* * * ** *
11892 GTTTCCTAAGACAAACATACAATTATAATCTGTTTTAACTAAATGTGTAAAAAATTCAACAT-AA
1 ATTTTCTAAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAAC-TCAA
* * *
11956 AATCAATTAAGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTAACT
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACT
* * * *
12021 ATAAATGGACTTTTCTTTCTAATGAAAGGCTTTTTCTTGATGTTTTCTTACAGG-AAATATTCAA
130 ATAAATGGACTTTTCTTTCTAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTTC-TA-AGGCAAACATTCAA
* * *
12085 TTATAATATATTTTAATCAAAAATAT-AAAAACTTCAACCTAAAATAAATTATGAGATTATAAAA
193 TTATAATCTATTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * ** * *
12149 CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGACATAAGTGACTATAAACGAAATTTTTTTATCAA
257 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATG-AATTTTCTTATCAA
* *
12214 TGAATGGCTATTTGTTCAC
321 TGAATGGCTTTTTCTTCAC
* * * * *
12233 ATTTTCTAAGATAAACATTCAATTATAATTTGTTTCAACCAAAAATATAAAAAACTTTAACTCAA
1 ATTTTCTAAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAA-TTCAACTCAA
* * * * * * *
12298 AATTAACTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTTATAATGCTTTCGAAGGCATGGGCAACT
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACT
** * * * * *
12363 ATAAATGGA-TTTTCCTCCCTAATGGATGGCTTTTGCTTTACATTTGCTAAGGCAAACATTGAAT
130 ATAAATGGACTTTT-CTTTCTAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTTCTAAGGCAAACATTCAAT
* * * * * * * *
12427 TATAATGTAATTTAACCAACAATATAAAGAAAATTCAACTTAAATTTAATTATGAGACTATTAAA
194 TATAATCTATTTTAA-CAAAAATATAAA-AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* ** * * *
12492 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTAGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTATCAA
257 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA-TGAATTTTCTTATCAA
*
12557 TGAATGGCTTTTTCTTCAT
321 TGAATGGCTTTTTCTTCAC
* * * *
12576 GTTTTC-AAAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TCAAATATATAAAAAATTCAACTTA
1 ATTTTCTAAGA-CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAATTCAACTCA
* * * * *
12639 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCCTGGGTGAC
64 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAAC
12704 TATAAATGG
129 TATAAATGG
12713 CCATTCATTC
Statistics
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0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
332 2 0.00
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Consensus pattern (339 bp):
ATTTTCTAAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACTCAAA
ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTA
TAAATGGACTTTTCTTTCTAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTA
TAATCTATTTTAACAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
TTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAATTTTCTTATCAATGAAT
GGCTTTTTCTTCAC
Found at i:13011 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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12702 ACTATAAATG
* * * * * * **
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1 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
* * ** * * * * *
12777 TTAAATGGGTTTATGATCTTATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATGTTTGGTTAAAACA
66 TTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACA
* * *
12842 GATTGTAATTGAATGTTT-CTAGTGAAAAATGTGATGAAAAA
131 GATTATAATTGAATGTTTCCTAGGGAAAAAT-TGAAGAAAAA
** * * * *
12883 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTGCCCACACCTTCGAACGCCTTATTTCTTACT
1 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * * *
12948 TTAAATAGTTTTCTAATCCCTTAATTGATTTTAGGTTTAATTTTTTAATATTTTTTATTAAAACA
66 TTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACA
* * *
13013 GATTATACTTGAATGTTTGCCTTGGGAAACA-TGAAGAAAAA
131 GATTATAATTGAATGTTT-CCTAGGGAAAAATTGAAGAAAAA
* ** * * *
13054 GCCATTCTTTGATAAGAAAAGT-TCATTTAT-GATCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACCCA
1 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAG-TCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
* * * * *
13117 CTTCAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTCAAGTGTAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAA
64 CTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAA
* * * *
13182 TAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAAATATT-AAGACAAA
129 CAGATTATAATTGAATGTTT-CCTAGGGAAAA-ATTGAAGAAAAA
* * *
13226 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCAC
1 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
* * ** * * *
13290 TTTAAACGGTTATATAATGTCATAATTGATTTTAAGTCTAATTTTTTTGTA-TTTTTGTTAAAAT
65 TTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAC
* * **
13354 AGATTATAATTGAATTTCTTCC-ATGGAAGCCA-TGAAGAAAAA
130 AGATTATAATTGAATGT-TTCCTAGGGAA-AAATTGAAGAAAAA
* ** *
13396 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA--C-TAGCCTTCGAATGTATTATTACTCGC
1 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
*** ** * * *
13458 TTTAAATGGTTTTATAATCTTGTAATTGATTTTTAA-TGAAATATTTTTACATTTTTTATTAAAA
65 TTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGA-TTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAA
** * *** *
13522 TGGATTATAATTGAATGTCTGCC-ATGGG-AACCGTGAAGAAGAA
129 CAGATTATAATTGAATGT-TTCCTA-GGGAAAAATTGAAGAAAAA
* * * ********** *
13565 GCCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAANNNNNNNNNNTCGC
1 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
* ** * * * * * *
13629 TTTAAATGATTTTATAATTTCATAACTGATATTAAGTTAAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAAA
65 TTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAC
* * *
13694 AGATTATAATTGAATGTCTGT-CTTGGGAGACA-TGAAGAAAAA
130 AGATTATAATTGAATGT-T-TCCTAGGGAAAAATTGAAGAAAAA
* ** * * * * *
13736 GCCATGCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTATACCTTCGAAGGCCTTATTACTCGCT
1 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * *
13801 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
66 TTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAG-TTTAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAC
* * **
13865 AGACTATAATTGAATGTTTGCT-TTGAAGAACA-TGAAGAAAAA
130 AGATTATAATTGAATGTTTCCTAGGGAA-AA-ATTGAAGAAAAA
** * * * * ** * * * *
13907 GCCATTCATTCACTAGAAAAGTCCAGTTATATTCACTTA-AGTCTTCAAAAGCCTTATTGCTCTC
1 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * * * *
13971 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAACTTAAAGTTTTTCTTTTATTGTTGGTTAAA
65 TTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTT-TTATATTTTTTGTTAAA
* * *
14036 ATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCA-AGAAATA-TGAAG-AAAA
128 ACAGATTATAATTGAATGTTT-CCT-AGGGAAAAATTGAAGAAAAA
* * * * *
14079 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCAGCCAAGAAGGCTTCGAAAGCCTTATTACTC
1 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCCA-TA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTC
** * * * * * * *
14144 GTTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTCTGGTTAAA
63 ACTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAA
* * * * * *
14209 ACAAATTATGATTGAATGTCTGCCTTA-AGAAACA-TGAAGAAATA
128 ACAGATTATAATTGAATGT-TTCC-TAGGGAAAAATTGAAGAAAAA
* * * * * ** * * *
14253 GTCATTCATTGACAGGAAAAGTCCA-TTATAGCCACTTATGA-CTTCGAAATCCTTATCACTCGC
1 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT-ACCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * * * * * * *
14316 TTTAAATAGTTTGACAATCTCA-CATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATATTTGGTTAAAAC
65 TTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAC
* * * *** * *
14380 CGATTATAATTGAATGTCTACTTTCAGAAATATT-AAGGAAAA
130 AGATTATAATTGAATGT-TTCCTAGGGAAAAATTGAAGAAAAA
* * * * * *
14422 GCCATTCATTGGTAAGAAAACTCCATTTATAGTCACTCATGCCATCGAAAGCCTTATTACTCACT
1 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
* *** * * * *
14487 TCAAACAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGCTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACA
66 TTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACA
** * * * *
14552 TG-TTATAATTGAAAATTTACATTGAGAAAACA-TAAAGAAAAA
131 -GATTATAATTGAATGTTT-CCTAGGGAAAA-ATTGAAGAAAAA
* * * * *
14594 GTCATTTATTGGCAAGAAAAGTGC-ATTTACAGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCG
1 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
14657 CTTTAAATGG
64 CTTTAAATGG
14667 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1432, Mismatches: 298, Indels: 107
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 57 0.04
169 169 0.12
170 149 0.10
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174 34 0.02
175 59 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
TTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACA
GATTATAATTGAATGTTTCCTAGGGAAAAATTGAAGAAAAA
Found at i:13360 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 12712--14666 Score: 1754
Period size: 342 Copynumber: 5.7 Consensus size: 340
12702 ACTATAAATG
* * * * * * * *
12712 GCCATTCATTCGCAAGAAAAATCCATTTATAGCCATCCATACCTTCGAAAGCTTTATTACTTGCT
1 GCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * * *
12777 TTAAATGGGTTTATGATCTTATAATTGATTTTAGGT-TGAATTTTTTTACATGTTTGGTTAAAAC
65 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGT-AATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAC
* ** *
12841 AGATTGTAATTGAATGTTT-CTAGTGA-AAAATGTGATGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
129 AGATTATAATTGAATGTTTCCT--TGAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* ** * * ** * * *
12904 TCTATTTATAGTTGCCCACA-CCTTCGAACGCCTTATTTCTTACTTTAAATAGTTTTCTAATCCC
192 TCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * * *
12968 TTAATTGATTTTAGGTTTAATTTTTTAATATTTTTTATTAAAACAGATTATACTTGAATGTTTGC
256 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGC
13033 CTTGGGAAACATGAAGAAAAA
320 CTTGGGAAACATGAAGAAAAA
* * * * *
13054 GCCATTCTTTGATAAGAAAAGTTCATTTAT-GATCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACCCAC
1 GCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCA-CTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * *
13118 TTCAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTCAAGTGTAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAT
64 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGTAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAC
* * * * *
13183 AAATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAAATATTAAGACAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
129 AGATTATAATTGAATGTTT-CCTTGAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * *
13248 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAACGGTTATATAATGTCAT
193 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * *
13313 AATTGATTTTAAGTCT-AATTTTTTTGTATTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAAT-TTCTTCC
258 AATTGATTTTAAGT-TAAATTTTTTTATATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT-TGCC
* *
13376 AT-GGAAGCCATGAAGAAAAA
321 TTGGGAA-ACATGAAGAAAAA
* * * **
13396 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTA-GCCTTCGAATGTATTATTACTCGCTT
1 GCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
** * * * **
13460 TAAATGGTTTTATAATCTTGTAATTGATTTTTAA-TGAAATATTTTTACATTTTTTATTAAAATG
66 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTGTAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACA
* * * * * * *
13524 GATTATAATTGAATGTCTGCCATG-GGAACCGTGAAGAAGAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAATC
130 GATTATAATTGAATGT-TTCCTTGAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* ********** * *
13588 CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAANNNNNNNNNNTCGCTTTAAATGATTTTATAATTTCATA
194 CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * *
13653 ACTGATATTAAGTTAAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTGTCTT
259 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
*
13718 GGGAGACATGAAGAAAAA
323 GGGAAACATGAAGAAAAA
* * * *
13736 GCCATGCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTATACCTTCGAAGGCCTTATTACTCGCT
1 GCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
* * *
13801 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTG-AATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
65 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTGTAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAC
* * * ** *
13865 AGACTATAATTGAATGTTTGCTTTGA-AGAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTCACTAGAAAAGT
129 AGATTATAATTGAATGTTT-CCTTGAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * ** * * * *
13929 CCAGTTATATTCACTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATTGCTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
193 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * *
13994 AATTGATTTCAACTTAAAGTTTTTCTTTTATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGC
258 AATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTT-TTATATT-TTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGC
*** *
14059 CTCAAGAAATATGAAG-AAAA
320 CTTGGGAAACATGAAGAAAAA
* * * * *
14079 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCAGCCAAGAAGGCTTCGAAAGCCTTATTACTC
1 GCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA--C--TATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * * * *
14144 GTTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTAATTTTAAGT-TGAATGTTTTTATATTTCTGGTTAA
62 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGT-AATTTTTTTACATTTTTTGTTAA
* * * * * * * *
14208 AACAAATTATGATTGAATGTCTGCCTTAAG-AAACATGAAGAAATAGTCATTCATTGACAGGAAA
126 AACAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTGAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
* ** * * * * * * *
14272 AGTCCA-TTATAGCCACTTATGACTTCGAAATCCTTATCACTCGCTTTAAATAGTTTGACAATCT
190 AGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * * * * *
14336 CA-CATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATATTTGGTTAAAACCGATTATAATTGAATGTCTA
255 CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAT-TTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG
* ** * * *
14400 CTTTCAGAAATATTAAGGAAAA
319 CCTTGGGAAACATGAAGAAAAA
* * *
14422 GCCATTCATTGGTAAGAAAACTCCATTTATAGTCACTCATGCCATCGAAAGCCTTATTACTCACT
1 GCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
* *** * *
14487 TCAAACAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGCTG-AATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAC
65 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGTAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAC
** * * * *
14551 ATG-TTATAATTGAAAATTTACATTGAGAAAACATAAAGAAAAAGTCATTTATTGGCAAGAAAAG
129 A-GATTATAATTGAATGTTT-CCTTGAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * *
14615 TGCATTTACAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGG
192 TCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
14667 NNNNNNNNNN
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TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGTAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
ATTATAATTGAATGTTTCCTTGAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGG
AAACATGAAGAAAAA
Found at i:15182 original size:170 final size:171
Alignment explanation
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14879 NNNNNNNNNN
* *
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* * * * ** *
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* * *
15017 ATGTCTTCCTTCAAACACATGAGGAAAAAGCCATTCATTTG
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* * * * * * * *
15058 CAAGAAAAGT-CTTTTATAGTCACCCAATCCTTTGTAAGCCTTATTACTCCCTTAAAATGATTTC
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
15122 ATAATCTGATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
66 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * *
15187 ATGTCTTCCTTCAAAAACATGAGGAAAAAGCTATTCATTTG
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* * *
15228 CAAGAAAAGTCC-TTTATAGTCACCCAATCCTTTGAAAGCCTTATTACTC-TTTTGAAATGGTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTT
* * * **
15291 TATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAACCTTTTTTATATTGTTGGTTAAATTAGATTATAATT
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* * ** * **
15356 GAATCTCTACCTT-AGTAAACATGAAGCCAAAGCCATCCATTAAA
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* * *
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1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
** * * * *
15463 TATAATCGT-ATAGCTGATTTT--GTGTCAGATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAC
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* * * *** * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * ** * *
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1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * ** *
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** * * *
15869 GAATGTCTACC-TCGGTAAATATGAAGCAAAAGCCATCCA-TTG
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* * * ** * * *
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1 CA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * *
15974 TATAATCTCATAGTTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGCTAAAACAGATTATACTT-
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* *** * *
16038 AATTGTCTACCATGGCAACCATGAAGAAAAAGTCATTCA-TTG
130 AA-TGTCTACCTTCAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTG
* * * * * *
16080 ACAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAATCCTTATTACTCACTTTAAATGATTT
1 -CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * *
16145 TATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTG
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* *
16210 AATGTCTACC-TCTAAAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTGG
130 AATGTCTACCTTC-AAAAACATG-AAGAAAAAGCCATTCATTTG
* * * * *
16253 CAAGAAAACTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATCAAAAGCCTTATTACTCG-TTTCAAACGGTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTT
* * * **
16317 AATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATGTTGTTGGTTAAATTAGATTATAATTG
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * **
16382 AATGTCTACC-TCAGTAAACATGAAGCAAAAGCCACCCA-TTG
130 AATGTCTACCTTCA-AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTG
* * ** *
16423 GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
1 CA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * * * * *
16488 TATAATCTCATAATTAATTTTAGGATGAATGTTTTCACATTTGTGGTTAAAATAGATTATAATTA
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * ** * * **
16553 AATGTTTACCTTAAAAAATGTGAAGTAAAAGCCAATCATTCA
130 AATGTCTACCTTCAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTG
* * ** * * *
16595 TAAGAAAAAG-CAATTTATAGTCACTTATA-CCTTCAAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
1 CAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * * **
16658 TTATAATCTCA-AAGTTGATTTTAATTTGAACTTTTTTATATTGTTAGTTAGATTAGATTATAAT
64 TTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
* * * *
16722 TGAATGTCTGCC-T-AATTAGACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TTG
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* * *
16765 GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTC-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTT
1 CA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * * * * * *
16829 TTACAATCTCATAGTTGATTTTAGGATGAATGTTTTCACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATT
64 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* ** * ** * * * **
16894 AAATGT-TTGCTTGAAAGGCGTGAAGTAAAAGCCATTCCTTCA
129 GAATGTCTACCTTCAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTG
* * * * *
16936 CAATAAAGGTCTATTTATAGCCACCCATA-CCTTTGAAAGCCTTA-TATCTCGCTTTAAATGGTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTA-CTCGCTTTAAATGGTT
* * * * * * * ** *
16999 TCATAATCTTATAGTTAATTTTGAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAATTCAAACAGATTATAATT
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* * * ** *
17064 GAATGTCTACC-TCAAGAAACGTGAATAAATAGCCATTTGTTGG
129 GAATGTCTACCTTCAA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTG
* * * * **
17107 TAATAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
17172 ATAATCTCATAATTGATGTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGA
66 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
* ** ** *
17236 ATGCCTACCCCCAAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAG
131 ATGTCTACCTTCAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTG
* * * * *
17277 CAAGAAAAGTCCATTTACATTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * ** *
17342 ATAATCTCATAATTAATTTTTAGCTGAATTTTTTTAT-TTTGTTGGTTAAATTAGATCATAATTG
66 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT-TTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * ** * * * *
17406 AATGTCGACCAT-AGTAAATGTGATGCAAAA-TCATTCCATTAG
130 AATGTCTACCTTCA-AAAACATGAAGAAAAAGCCATT-CATTTG
* * * *
17448 -AGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCATTATTACTTGCTTTAAATAGTT
1 CA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * * *
17511 TTATAATCTCATAGTTGATTTTTAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACATATCATAATT
64 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* * ** * * * *
17575 GAATGTCTGCCTT-AGTAAATGTGAATAAATACCCATTCATTGG
129 GAATGTCTACCTTCA-AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTG
*** * * *
17618 C-AGAAAAAGTTTGTTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAG-CTCTATTACTTGCTTTAAATGGTT
1 CAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGGTT
*
17681 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTATATATTTT--TTAAAACATATTATAAT
64 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT-TTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
* * * *
17743 TGAATGTTTACCTTTGAAAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTAG
128 TGAATGTCTACC-TTCAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTG
* * * * * * *
17788 CAAGAAAA-TTCATTTACAGTTACTCAAGCCTTC-AATAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * *
17851 TACAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
17889 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2309, Mismatches: 437, Indels: 169
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
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ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
ATGTCTACCTTCAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTG
Found at i:15798 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 14889--17871 Score: 2414
Period size: 341 Copynumber: 8.8 Consensus size: 337
14879 NNNNNNNNNN
* * *
14889 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC-TTAAA-GATTTC
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * ** *
14952 ATAATCTAATGATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTCAGTTAGAACAGATTATAATTGA
66 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * *
15017 ATGTCTTCCTTCAAACACATGAGGAAAAAGCCATTCATTTGCA-AGAAAAGT-CTTTTATAGTCA
130 ATGTCTACC-TCAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * * * * *
15080 CCCAATCCTTTGTAAGCCTTATTACTCCCTTAAAATGATTTCATAATCTGATAATTAATTTTAAG
193 -CCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT--G
* * * * **
15145 T-TAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTCAAAAACATGA
255 TGTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TCCTTGAAAAATGTGA
* *
15209 GGAAAAAGCTATTCATTTG-
319 AGAAAAAGCCATTCA-TTGA
* * * *
15228 CAAGAAAAGTCC-TTTATAGTCACCCAATCCTTTGAAAGCCTTATTACTC-TTTTGAAATGGTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTT
* * **
15291 TATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAACCTTTTTTATATTGTTGGTTAAATTAGATTATAATT
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* * * ** * ** * *
15356 GAATCTCTACCTTAGTAAACATGAAGCCAAAGCCATCCATTAAACAAAAAAGTCCATTTATAGTC
128 GAATGTCTACCTCA-AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * **
15421 ACTCATA-CCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCGT-ATAGCTGATTTT
192 AC-CA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTT
* * * * * * * * * **
15484 GTGTCAGATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATACTTTAATATCTGCTATGGCAACCT-
254 GTGTGA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTCCT-T-GAAAAATG
* *
15548 TGAGGAAAAAGCCATCCATTGA
316 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGA
* * * * *
15570 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCTAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATGTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* *
15635 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTCATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
66 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * ** *
15700 TGCCTGCCTCCAAAAATGTGAGGAAAAAGCCATTCATTGGTA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAG
131 TGTCTACCT-CAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-
* * ** * *
15764 CCAAGCCTTTGAAACCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATATTTGATCTTAAGT
193 CCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TT-TGT
* ** * * ** *
15829 G-GAATTTGTTTTACATTGTTT-GTTAGATTAGATTATTATTGAATGTCTACCTCGGTAAATATG
256 GTGAATTT-TTTTACATT-TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-CCTTGAAAAATGTG
* *
15892 AAGCAAAAGCCATCCATTGGA
318 AAGAAAAAGCCATTCATT-GA
* * * ** * * *
15913 -GAGAAAAATCCATATATAGTCGGCAT-G-CTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
15975 ATAATCTCATAGTTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGCTAAAACAGATTATACTT-A
66 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
*** * * * *
16039 ATTGTCTACCATGGCAACCATGAAGAAAAAGTCATTCATT-GACAAGAAAAGTCCTTTTATAGTC
130 A-TGTCTACC-TCAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGA-GAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * *
16103 ACCTAAGCCTTCAAAATCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAA
192 ACC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT--
* * *
16168 GT-TGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCTAAAAACATG
254 GTGTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-CCT-TGAAAA-ATG
* * *
16232 -AAAAAAAAAGCCATTCATTGG
316 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGA
* * * * * *
16253 CAAGAAAACTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATCAAAAGCCTTATTACTCG-TTTCAAACGGTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTT
* **
16317 AATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TATGTTGTTGGTTAAATTAGATTATAATT
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATAT-TT-TTGGTTAAAACAGATTATAATT
* * **
16381 GAATGTCTACCTCAGTAAACATGAAGCAAAAGCCACCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTC
128 GAATGTCTACCTCA-AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTC
** * *
16446 ACCTAAGCCTTTAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAG
192 ACC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-G
* * * * * * *
16511 -GATGAATGTTTTCACATTTGTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTACCTTAAAAAATGTG
255 TG-TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-CCTTGAAAAATGTG
* * *
16575 AAGTAAAAGCCAATCATTCA
318 AAGAAAAAGCCATTCATTGA
* * * * * * *
16595 TAAGAAAAAG-CAATTTATAGTCA-CTTATACCTTCAAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
1 CAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCTA-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * **
16658 TTATAATCTCA-AAGTTGATTTTAATTTGAACTTTTTTATATTGTTAGTTAGATTAGATTATAAT
64 TTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
* * * *
16722 TGAATGTCTGCCT-AATTAGACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAG
127 TGAATGTCTACCTCAA--AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * *
16786 TCACCTCAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAGTTGATTTT
190 TCACC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * ***
16851 AG-GATGAATGTTTTCACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGCTTGAAAGGCGT
254 -GTG-TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTCCTTGAAAAATGT
* * *
16915 GAAGTAAAAGCCATTCCTTCA
317 GAAGAAAAAGCCATTCATTGA
* * * * *
16936 CAATAAAGGTCTATTTATAGCCACCCATA-CCTTTGAAAGCCTTA-TATCTCGCTTTAAATGGTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC-TAGCCTTCGAAAGCCTTATTA-CTCGCTTTAAATGGTT
* * * * * * ** *
16999 TCATAATCTTATAGTTAATTTTGAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAATTCAAACAGATTATAATT
64 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* * * ** * *
17064 GAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAATAAATAGCCATTTGTTGGTA-ATAAAAGTCCGTTTATAGT
128 GAATGTCTACCTCAA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGT
* **
17128 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATGTTA
191 CA-CCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TT-
* * * * * ***
17193 AGT-TGAA-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGCCTACCCCCAAAAATGT
253 TGTGTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-CCTTGAAAAATGT
17256 GAAGAAAAAGCCATTCATT-A
317 GAAGAAAAAGCCATTCATTGA
* * * *
17276 GCAAGAAAAGTCCATTTACATTCA-CCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTT
1 -CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCT-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * ** *
17340 TTATAATCTCATAATTAATTTTTAGCTGAATTTTTT-TATTTTGTTGGTTAAATTAGATCATAAT
64 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATA-TTT-TTGGTTAAAACAGATTATAAT
* * ** * * * * *
17404 TGAATGTCGACCAT-AGTAAATGTGATGCAAAA-TCATTCCATTAGAGAGAAAAGTCTATTTATA
127 TGAATGTCTACC-TCA-AAAACATGAAGAAAAAGCCATT-CATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATA
* * * *
17467 GTCACCCATA-CCTTCGAAAGCATTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAGTTGATT
189 GTCA-CCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
17531 TT-TAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACATATCATAATTGAATGTCTGCCTT-AGTAA
252 TTGT-G-TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-CCTTGA-AAA
* * * *
17593 ATGTGAATAAATACCCATTCATTGG
313 ATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA
*** * *
17618 C-AGAAAAAGTTTGTTTATAGTCACCC-ATGCCTTTGAAAG-CTCTATTACTTGCTTTAAATGGT
1 CAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCTA-GCCTTCGAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGGT
* *
17680 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATATATTTT--TTAAAACATATTATAAT
63 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATAT-TTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
* * * * * *
17743 TGAATGTTTACCTTTGAAAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTAGCA-AGAAAA-TTCATTTACA
127 TGAATGTCTACC--TCAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GGAGAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * *
17806 GTTACTCAAGCCTTC-AATAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTAATT
189 GTCAC-CAAGCCTTCGAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
17870 TT
252 TT
17872 AAGTTAAATT
Statistics
Matches: 2137, Mismatches: 403, Indels: 208
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
338 42 0.02
339 102 0.05
340 221 0.10
341 938 0.44
342 508 0.24
343 316 0.15
344 10 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (337 bp):
CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
TGTCTACCTCAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCA
AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGTGTGAA
TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTCCTTGAAAAATGTGAAGAAAAA
GCCATTCATTGA
Found at i:18800 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 18513--19963 Score: 1317
Period size: 171 Copynumber: 8.5 Consensus size: 170
18503 NNNNNNNAAA
* * * * *
18513 TCTATTTACAGTCACCCATGCCTTCGAAGGCCTTATTTCTCTCTTTAAATGGTTTTATAATATCA
1 TCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * *
18578 TAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTAACATTTATAGTTAAAACATATTATAATTGAAGGTTTGCC
66 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC
* *
18643 TTGAAAAACATAAA-CGAAAAGCCATTCATTCATATGAAAAG
131 TTGAAAAACATAAAGC-AAAAGCCATTCATTGACA-GAAAAG
* * * *
18684 TCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTGAAATAGTTTTATAATCTCA
1 TCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* ** * * * * *
18749 TAATTGATTCTAAGTCAAATTTTTTTAAATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTC
66 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC
** * * *
18814 TCAAAAAACCTAAAGCAAAAGCCATCCATTGGCATGAAAAG
131 TTGAAAAACATAAAGCAAAAGCCATTCATTGACA-GAAAAG
* * * * * * *
18855 TCTGTTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTGTCACTTGCTTTAAATGGTTTTATCATCTCA
1 TCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * *
18920 TAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTGGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC
66 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC
** * ** **
18985 TCT-AAAAACATGGAGAAAAAGCCATTCAACGGGGAGAAAAG
131 T-TGAAAAACATAAAGCAAAAGCCATTC-ATTGACAGAAAAG
* * * * *
19026 TCCATTTATAATCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-TTTTAATAGGTTTTATAATCTC
1 TCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTTATAATCTC
* * ** *
19090 ATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTATTGGTTAAATTAGATTATCATTGAATGTTTGC
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGC
* ** * * *
19155 CTT-AGTAAACATGTAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAA
130 CTTGA-AAAACATAAAGCAAAAGCCATTCATT-GACAGAAAAG
* * * * * * * *
19197 TCCATATATAGTCACCTATACCTTCGAAAGCATTATTACTCACTCTAAATGGTTTTGTAATCTCA
1 TCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * *
19262 TAATTGATTTTGAGTTAAATGTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTAGACTTGAATGTCT-AC
66 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC
** *
19326 TATGGCAATCATAAAG-ACAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
131 T-TGAAAAACATAAAGCA-AAAGCCATTCATTGAC-AGAAAAG
* * * * * *** *
19368 TTTATCTATAGTCACCTAAGGCTTCGAAATTTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA
1 TCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * *
19433 TAATTAATTCTAAGTTGAATATTTTTACATATTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACC
66 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC
** * * *
19498 TCCAAAAACATGAGGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
131 TTGAAAAACATAAAGCAAAAGCCATTCATTGAC-AGAAAAG
* * * **
19539 T-TCATTTATAGTCATCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTC
1 TCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * ** * *
19603 ATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTGTTGGCTAAATTAGATTAT-ATTAAATATTTGC
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGC
* * * * ** *
19666 C-TCAGTAAACATGAAGCAAAAGCCATCCACTAAAGAGAAAAG
130 CTTGA-AAAACATAAAGCAAAAGCCATTCA-TTGACAGAAAAG
* ** * *
19708 TCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTCA
1 TCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * **
19773 TAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATACTTGAATGTTTTTC
66 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC
* * *
19838 TTGAGAAACATGACAA--AATAGCCATTCCTTTG-CAAGAAAAG
131 TTGAAAAACAT-A-AAGCAAAAGCCATT-CATTGAC-AGAAAAG
* * * * * * *
19879 TCTGTTTATATTAACCTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATACTCTCA
1 TCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* *
19944 TAATTAATTTTATGTTGAAT
66 TAATTGATTTTAAGTTGAAT
19964 AGATTAGAGT
Statistics
Matches: 1030, Mismatches: 226, Indels: 48
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 107 0.10
170 69 0.07
171 834 0.81
172 16 0.02
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC
TTGAAAAACATAAAGCAAAAGCCATTCATTGACAGAAAAG
Found at i:19491 original size:513 final size:507
Alignment explanation
Indices: 18524--19964 Score: 1643
Period size: 513 Copynumber: 2.8 Consensus size: 507
18514 CTATTTACAG
* * * * *
18524 TCACCCATGCCTTCGAAGGCCTTATTTCTCTCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTT
1 TCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * ** * * *
18589 AGGTTGAATTGTTTAACATTTATAGTTAAAACATATTATAATTGAAGGTTTGCCTT-GAAAAACA
65 AAGTTGAATTTTTTTATATTT-TGGTTAAATTAGATTAT-ATTGAATGTTTGCCTTAG-TAAACA
* * * * *
18653 T-AAACGAAAAGCCATTCATTCATATGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCAT
127 TGAAGC-AAAAGCCATCCATTAAGA-GAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCAT
* * * * *
18717 TATTACTCACTTGAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTCAAATTTTTTTAAATTTT
190 TATTACTCACTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTATATTTT
* * * ** * *
18782 TTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCTCA-AAAAACCTAAAG-CAAAAGCCATCCATTG
254 TAGTTAAAACAGATTATACTTGAATGTCT-TCT-ATGGAAACATAAAGAC-AAAGCCATTCATT-
* * * *
18845 GCATGAAAAGTCTGTTTATAGTCA-CTCAAGCCTTCGAAAGCCTTGTCACTTGCTTTAAATGGTT
315 GCAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACCT-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * *
18909 TTATCATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TGTTTTACATTTTGGGTTAAAACAGATTATAAT
379 TTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATGTTTTACATTTTGGGTTAAAACAAATTATAAT
* * * ***
18973 TGAATGTTTGCCTCTAAAAACATG-GAGAAAAAGCCATTCAACGGGGAGAAAAGTCCATTTATAA
444 TGAATGTCTACCTCCAAAAACATGAG-GAAAAAGCCATTCAACGACAAGAAAAGTCCATTTATAA
*
19037 TCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTT-AATAGGTTTTATAATCTCATATTTGATTT
1 TCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
19101 TAAGTTGAATTTTTTTATATTATTGGTTAAATTAGATTATCATTGAATGTTTGCCTTAGTAAACA
64 TAAGTTGAATTTTTTTATATT-TTGGTTAAATTAGATTAT-ATTGAATGTTTGCCTTAGTAAACA
* * * * * *
19166 TGTAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAATCCATATATAGTCACCTATACCTTCGAAAGCATT
127 TGAAGCAAAAGCCATCCATT-AAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCATT
* *
19231 ATTACTCACTCTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATGTTTTTATATTTTT
191 ATTACTCACT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTATATTTTT
* * * * *
19296 GGTTAAAACATATTAGACTTGAATGTCTACTATGGCAATCATAAAGACAAAGCCATTCATTGACA
255 AGTTAAAACAGATTATACTTGAATGTCTTCTATGG-AAACATAAAGACAAAGCCATTCATTG-CA
* * * * *** *
19361 AGAAAAGTTTATCTATAGTCACCTAAGGCTTCGAAATTTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
318 AGAAAAGTCTGTTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
*
19426 AATCTCATAATTAATTCTAAGTTGAATAT-TTTTACATATTT-GGTTAAAACAAATTATAATTGA
383 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATGTTTTACAT-TTTGGGTTAAAACAAATTATAATTGA
** * *
19489 ATGTCTACCTCCAAAAACATGAGGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAG
447 ATGTCTACCTCCAAAAACATGAGGAAAAAGCCATTCAACGACAAGAAAAGTCCATTTATAA
*
19550 TCATCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
1 TCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * *
19615 AAGTT-AAATTTTTTATATTGTTGGCTAAATTAGATTATATTAAATATTTGCCTCAGTAAACATG
65 AAGTTGAATTTTTTTATATT-TTGGTTAAATTAGATTATATTGAATGTTTGCCTTAGTAAACATG
* **
19679 AAGCAAAAGCCATCCACTAAAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CTCATGCCTTTAAAAGCATTA
129 AAGCAAAAGCCATCCA-TTAAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAGCATTA
* * *
19743 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTATATTTTTA
192 TTACTCAC-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTATATTTTTA
* * *
19808 GTTAAAACAGATTATACTTGAATGTTTTTCT-TGAGAAACATGACAA-A-ATAGCCATTCCTTTG
256 GTTAAAACAGATTATACTTGAATG-TCTTCTATG-GAAACAT-A-AAGACAAAGCCATT-CATTG
* * * * *
19870 CAAGAAAAGTCTGTTTATATTAACCTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTT
316 CAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* *
19935 ATACTCTCATAATTAATTTTATGTTGAATA
381 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATA
19965 GATTAGAGTT
Statistics
Matches: 787, Mismatches: 117, Indels: 50
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 2 0.00
511 248 0.32
512 49 0.06
513 469 0.60
514 19 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (507 bp):
TCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
AGTTGAATTTTTTTATATTTTGGTTAAATTAGATTATATTGAATGTTTGCCTTAGTAAACATGAA
GCAAAAGCCATCCATTAAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCATTATTAC
TCACTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAA
AACAGATTATACTTGAATGTCTTCTATGGAAACATAAAGACAAAGCCATTCATTGCAAGAAAAGT
CTGTTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
AATTAATTTTAAGTTGAATATGTTTTACATTTTGGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACC
TCCAAAAACATGAGGAAAAAGCCATTCAACGACAAGAAAAGTCCATTTATAA
Found at i:21424 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 21077--22843 Score: 1559
Period size: 171 Copynumber: 10.4 Consensus size: 169
21067 NNNNNNNCCT
* * * * * * *
21077 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGGTTTCAACTT-
1 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * *
21141 AA--ATTTT-T-TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAATATGAAGAAA
66 AATTTTTTTATATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAA
*
21202 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATATAT-GCTCACCC
131 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCC
* *
21241 AAGGCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTG
1 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
** * * *
21306 AAAGTTTTTATATTTCTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATATTTACCTTAAGAAACATGAAGAA
66 AATTTTTTTATATTT-TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAA
* * * *
21371 ATAGTCATTCATTGGCAGGAAAAGTCCATTTATAGCCACTC
130 A-AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * * *
21412 ATGACTTCGAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATAGTTTGACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
1 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * *
21477 AATTTTTTTACATATTTGGTTAAAACCA-ATTATAATTGAATGTCTGCATTTAA-AAACATTAA-
66 AATTTTTTTATAT-TTTGGTTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTCTAC-CTTAAGAAACATGAAG
* * * *
21539 AAAACGTCATTAATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
128 AAAA-GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * *** *
21582 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTCAAACAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTG
1 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * ** * **
21647 AATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAAAATTTACCTTGGGAAAACATGAAGA
66 AATTTTTTTATA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACATGAAG-
21712 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
128 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * * *
21754 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGACTTTAAGTTA
1 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * ** * * * *
21819 AATTGTTTTTACATTTTTTGACAAAACAGATTATACTTGAATGTCGACCAT-GGAAACCATGAAG
66 AATT-TTTTTATA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA-CATGAAG
***
21883 AAAAAGCCATTCATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
128 -AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * * * *
21926 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAAT-GATTCATAATTTGATAATTAATTTTAAGTT-
1 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * *
21989 AAATTTTTTATATTGTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTCAA-AAACGTGAGGC
66 AATTTTTTTATATT-TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACATGAAG-
* *
22053 AAAAACCATTCATTCGCAAGAAAAGTCC-TTTATAGTCACCC
128 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * *
22094 AAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTC-CTTTTAAATAGTTTTATACTCTCATAATTTATTTTAATTT
1 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* ** * * * * * * *
22158 GAACCTTTTTTATATTGTTGGTTAAATTAGCTTATGATTGAATCTCTATCTT-AGTAAATAGGAG
65 GAA-TTTTTTTATATT-TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACATGAA
* * *
22222 GTCAAAGCCATCCATT-GAAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
127 G-AAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * ** *
22266 ATA-CCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCGT-ATACCTGATTTTATGT
1 A-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * ** *
22329 TGGATCTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCCAA-AAATGTGAG
64 TGAATTTTTTTATA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAAGAAACATGAA
*
22393 GATAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
127 GA-AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * * *
22437 AAGCCTTCGAAA-CCTTTATTACTTGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATATTTGATCTTGAGTT
1 AAGCCTTCGAAAGCC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
** * * ** * * **
22501 GAATTTTTTTGCATTGTTTGTTAGATTAGATTATCATTGAATGTCTGCC-TCGGTAAACATGAAG
65 GAATTTTTTTATATT-TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACATGAAG
* * * * **
22565 CAAAAGCCATCCATTAG-AGAGAAAAATCCATATATAGT-AGGC
128 -AAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * * * * *
22607 ATGCTTTTGAAAGCATTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTGAGTTG
1 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * *
22672 AATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTATACTTGAATGTCTATCAT-GGCAACCATGAAGA
66 AATTTTTTTATA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACATGAAG-
* * * *
22736 AAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCT
128 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * * *
22778 AAGCCTTCAAAATCTTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTG
1 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
22843 A
66 A
22844 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1303, Mismatches: 248, Indels: 97
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
164 55 0.04
165 2 0.00
167 5 0.00
168 44 0.03
169 96 0.07
170 314 0.24
171 495 0.38
172 248 0.19
173 44 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
AATTTTTTTATATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAA
AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
Found at i:22254 original size:512 final size:506
Alignment explanation
Indices: 21086--22841 Score: 1681
Period size: 512 Copynumber: 3.4 Consensus size: 506
21076 TAAGCCTTCA
* * * * * * * *
21086 AAAGCCTTATTGCTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGGTTTCAACTT-AA---ATTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * ** *
21147 -T-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-T-TGCCTCAAGAAATATGAAG-AAAAGCCA
66 ATATTTTTGGTTAAAATAGATTAT-ATTGAATATCTAT-CTTGGA-AAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * *
21207 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATATAT-GCTCACCCAAGGCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
128 TTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * *
21271 AATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAAA-GTTTTTATATTTCTGGTTAAAACAAA
192 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * * *
21335 TTATAATTGAATATTTACCTTAAGAAACATGAAGAAATAGTCATTCATTGGCAGGAAAAGTCCAT
256 TTATAATTGAATATCTACC-T-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
* * * * * * * *
21400 TTATAGCCACTCATGACTTCGAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATAGTTTGACAATCTCATAATT
319 TTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTCATAATCTCATAATT
* * * * *
21465 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATAT-TTGGTTAAAACCA-ATTATAATTGAATGTCTGCATTT
383 GATTTTAAGTT-AAATTTTTTATAT-TGTTAGTTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTC
* * *
21528 AAAAACATTA--AAAAACGTCATTAATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
445 AAAAACATGAGCAAAAAC--CATTCATTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCG
* * * *
21591 AAAGCCTTATTACTCACTTCAAACAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * *
21656 ATATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAAAATTTACCTTGGGAAAACATGAAGAAAAAGCCAT
66 ATATTTTTGGTTAAAATAGATTAT-ATTGAATATCTATCTT-GGAAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * *
21721 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAA
129 TCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * * **
21786 TGGTTTTATAATCTCGTAATTGACTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTTTTGACAAAACAGATT
194 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATT
* * * * **
21851 ATACTTGAATGTCGACCATGGAAACCATGAAGAAAAAGCCATTCATTAATAAGAAAAGTCCATTT
258 ATAATTGAATATCTACC-TAGAAA-CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
21916 ATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATGATTCATAATTTGATAATTAAT
321 ATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTCATAATCTCATAATTGAT
*
21981 TTTAAGTTAAATTTTTTATATTGTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTCAAAAAC
386 TTTAAGTTAAATTTTTTATATTGTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTCAAAAAC
* * *
22046 GTGAGGCAAAAACCATTCATTCGCAAGAAAAGTCC-TTTATAGTCACCCAAGCTTTCG
451 ATGA-GCAAAAACCATTCATTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCG
* * * *
22103 AAAGCCTTATTACTC-CTTTTAAATAGTTTTATACTCTCATAATTTATTTTAATTTGAACCTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCAC-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
* * * * * * * * * **
22167 TTATATTGTTGGTTAAATTAGCTTATGATTGAATCTCTATCTTAGTAAATAGGAGGTCAAAGCCA
64 TTATATTTTTGGTTAAAATAGATTAT-ATTGAATATCTATCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * *
22232 TCCATT-GAAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTT
128 TTCATTGGAA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTT
* ** * ** *
22295 AAATAGTTTTATAATCGT-ATACCTGATTTTATGTTGGATCTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAG
191 AAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAG
* ** * *
22359 ATTATAATTGAATATCTACCTCCAAAAATGTGAGGATAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
255 ATTATAATTGAATATCTACCT--AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
* * * *
22424 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAA-CCTTTATTACTTGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAT
318 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCC-TTATTACTCGCTTTAAATGA-TTCATAATCTCATAA
* * * * * ** *
22488 TTGATCTTGAGTTGAATTTTTT-TGCATTGTTTGTTAGATTAGATTATCATTGAATGTCTGCC-T
381 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAT--ATTGTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT
** * * * * ** *
22551 CGGTAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAATCCATATATAGT-AGGCATGCTTTT
444 C-AAAAACATG-AGCAAAAACCATTCATTAGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTC
22615 G
506 G
* * * * *
22616 AAAGCATTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTGAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * *
22681 ATATTTTTGATTAAAATAGATTATACTTGAATGTCTATCATGGCAACCATGAAGAAAAAGACATT
66 ATATTTTTGGTTAAAATAGATTATA-TTGAATATCTATCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * *
22746 CATT-GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAATCTTTATTACTCACTTTAAA
130 CATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* *
22810 TGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT
194 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
22842 GANNNNNNNN
Statistics
Matches: 1015, Mismatches: 197, Indels: 71
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
505 44 0.04
506 2 0.00
509 3 0.00
510 4 0.00
511 146 0.14
512 393 0.39
513 301 0.30
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515 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (506 bp):
AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
ATATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTGAATATCTATCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
ATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATA
ATTGAATATCTACCTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTCATAATCTCATAATTGATTTTAA
GTTAAATTTTTTATATTGTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTCAAAAACATGAG
CAAAAACCATTCATTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCG
Found at i:22748 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 21077--22843 Score: 1510
Period size: 341 Copynumber: 5.2 Consensus size: 340
21067 NNNNNNNCCT
* * * * * * *
21077 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGGT-TTCAACTT
1 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATCTT-AAGTT
* * * ** *
21141 AAATTTTTTT---TTAG-T--TAAAAT-AGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAG-AAATATGAA
65 GAATTTTTTTACATT-GTTGGTTAAATCAGATTAT-ATTGAATGTCTGCCT-TGGTAAACATGAA
* * * * * *
21198 G-AAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATATAT-GCTCACCCAAGGCTTCGAAAGCCTTAT
127 GCAAAAGCCATCCATTAGAAGAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * ** * *
21260 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAAAGTTTTTATATTTCTGG
191 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA
* * * * * *
21325 TTAAAACAAATTATAATTGAATATTTACCTTAAG-AAACATGAAGAAATAGTCATTCATTGGCAG
255 TTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCCT--GCAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
* *
21389 GAAAAGTCCATTTATAGCCACTC
318 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * * * *
21412 ATGACTTCGAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAAT-AGTTTGACAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATCTTAAGTT
* * *** *
21476 GAATTTTTTTACATAT-TTGGTTAAAACCA-ATTATAATTGAATGTCTGCATTTAAAAACATTAA
65 GAATTTTTTTACAT-TGTTGGTT-AAATCAGATTAT-ATTGAATGTCTGCCTTGGTAAACATGAA
* ** *
21539 --AAAACGTCATTAATTAGTA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
127 GCAAAA-GCCATCCATTAGAAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * *
21601 TACTCACTTCAAACAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTG
191 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-GTTGAATTTTTTTATA-TTTTTG
* * * * *
21666 -TTAAAACATATTATAATTGAAAATTTACCTTGGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
254 ATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCCT--GCAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
21730 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
317 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * *
21754 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGA-CTTTAAGTT
1 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATC-TTAAGTT
* * * ** * *
21818 AAATTGTTTTTACATTTTTTGACAAAACAGATTATACTTGAATGTC-GACCATGG-AAACCATGA
65 GAATT-TTTTTACATTGTTGGTTAAATCAGATTATA-TTGAATGTCTG-CCTTGGTAAA-CATGA
* * * *
21881 AGAAAAAGCCATTCATTA-ATA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTA
126 AGCAAAAGCCATCCATTAGA-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * * * * * * *
21944 TTACTCGCTTAAAAT-GATTCATAATTTGATAATTAATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTGTT-
190 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTGAATTTTTTTATATTTTTG
* * * * * *
22006 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-TCCTTCAAAAACGTGAGGCAAAAA-CCATTCATTCG
254 A-TTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCCTGC--AAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGG
22069 CAAGAAAAGTCC-TTTATAGTCACCC
315 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * *
22094 AAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTC-CTTTTAAAT-AGTTTTATACTCTCATAATTTATTTTAATT
1 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC-TTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATCTTAAGT
* * * * * ** * * * *
22157 TGAACCTTTTTTATATTGTTGGTTAAATTAGCTTATGATTGAATCTCTATCTTAGTAAATAGGAG
64 TGAA-TTTTTTTACATTGTTGGTTAAATCAGATTAT-ATTGAATGTCTGCCTTGGTAAACATGAA
* *
22222 GTC-AAAGCCATCCATT-GAAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTAT
127 G-CAAAAGCCATCCATTAGAAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
** * *
22285 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCGT-ATACCTGATTTTATGTTGGATCTTTTTATATTTTT-
191 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTA-GTTGAATTTTTTTATATTTTTG
* * * * *
22348 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTA-CCTCCAAAAATGTGAGGATAAAGCCATTCATTGGT
254 A-TTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCCTGCAAACA--TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
22412 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
316 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
*** * *
22437 AAGCCTTCGAAA-CCTTTATTACTTGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATATTTGATCTTGAGTT
1 AAGCCTTCGAAAGCC-TTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATCTTAAGTT
* * * * *
22501 GAATTTTTTTGCATTGTTTGTTAGATTAGATTATCATTGAATGTCTGCCTCGGTAAACATGAAGC
65 GAATTTTTTTACATTGTTGGTTAAATCAGATTAT-ATTGAATGTCTGCCTTGGTAAACATGAAGC
* * ** * * * *
22566 AAAAGCCATCCATTAG-AGAGAAAAATCCATATATAGT-AGGCATGCTTTTGAAAGCATTATTGC
129 AAAAGCCATCCATTAGAAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * *
22629 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTA
194 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTA
* * * * * * * *
22694 AAATAGATTATACTTGAATGTCTATCATGGCAACCATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAA
258 AAACAGATTATAATTGAATATCTACCCT-GCAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
* *
22759 AGTCTATTTATAGTCACCT
322 AGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * *
22778 AAGCCTTCAAAATCTTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTG
1 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATCTTAAGTTG
22843 A
66 A
22844 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1161, Mismatches: 207, Indels: 122
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
335 57 0.05
336 2 0.00
338 2 0.00
339 3 0.00
340 178 0.15
341 411 0.35
342 315 0.27
343 125 0.11
344 64 0.06
345 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATCTTAAGTTG
AATTTTTTTACATTGTTGGTTAAATCAGATTATATTGAATGTCTGCCTTGGTAAACATGAAGCAA
AAGCCATCCATTAGAAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAA
CAGATTATAATTGAATATCTACCCTGCAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
CATTTATAGTCACCC
Found at i:23600 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 23257--26711 Score: 2211
Period size: 171 Copynumber: 20.4 Consensus size: 170
23247 ACATTTGTGA
* * * ** * * *
23257 TTAAAATAGAATATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAACGTGAAGTAAAAGCCATTCATT-CATAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGA-AAG
* * * * * * *
23321 AAAAGTCAATTTATAGTCATCT-ATACCTTCGGAAGCGTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* *
23385 ATCTCATAATTGATTTTAATTTGAACTTTTTTATATTGTTAG
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAG
* ** * * * *
23427 TTAGATTAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCACTAACCATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCA-AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAG
* *
23492 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTCA-GCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
23556 ATCTCATAGTTGATTTTAGGATGAATGTTTTTACATTTTTAG
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTAG
** * * * * * * * * *
23598 TTAAAACCTATCATAATTGAATGTCTGCCTTAGTAAATATGAATAAATACCCATTCATTGGCAGG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCA-AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAG
* * *
23663 AAAAGTCCGTTTATAGTCACC-CATGCCTTTGAAAG-CTGTATTACTCGCTGTAAATGGTTTTAT
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTCATGCCTTCGAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * *
23726 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTCTTATATTTTTTG
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAG
* * * * *
23768 ATAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTCTAAAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTC-AAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAG
************************************************* *
23833 AAAA-TCCA-TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
*
23896 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTATA-TTTTAG
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTAG
** * * * * * * ** * * *
23937 TTAAATTAGATTATAATTGAATGTCTACATTAGTAAATATGAAGCAAAAGTGATCCGTTGGAGAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCA-AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAG
** * ** * *
24002 AAAAGTCCATTTATAGTCACC-CATATCTTCAAAAGTATTATTACTGGTTTTAAATGGTTTTATA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
24066 ATCTCATAATTGATTTCAAGTTTAACGTTTTCATATTTTTAG
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAG
* * * * * *
24108 TTCAAACAGATTATAATTGAATGTC-GACCTTGAGAAACATAAAGTAAACA-CCATTCATTGGCA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG-CC-TCAAAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGAA
* * * * * * *
24171 AGAAAAATCTATTTATAGTCACC-AAAGGCTTCGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTA
63 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
24235 TAACCTCATTATTGATTTTAAGTTGAAATGTTTTACATTTTT-G
128 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTATATTTTTAG
* * * * * * * *
24278 ATCAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACTTTGAGAAACATTAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
1 -TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC-CTCAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAA
* * *
24343 -AAAAGTCCATTTATAG-CGACCT-ATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTA
64 GAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
24405 TAACCTCATAATTGATTTTAGGATGAATTTTCTTATATTTTTGG
128 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTATATTTTTAG
* * * * * *
24449 TTAAAACGGATTACAATTGAATGTATGCTTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGCTAAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GAAA
* * *
24514 -AAAAATCCATTTACAGTCACC-CATGCCTTC-AAAGGCCTTATTTA-TCTCTTTAAATGGTTTT
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTCATGCCTTCGAAA-GCCTTA-TTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
24575 ATAATATCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTATAG
127 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTAG
* * * * * *
24620 TTAAAACAGATTATAATTGAAGGTTTGCCTTGAAAAATATAAAGAAAAAGCCATTCATT-AATAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC-TCAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGA-AA
* * * * *
24684 GAAAAGTCTATTTATAGTCA-CTCATGCCTTCGAAAGCATTATTATTCACTTGAAATGGTTTTAT
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* ** *
24748 AATCTCATAATTGATTCTAAGTCAAATTTTTATAAATTTTTAG
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TATATTTTTAG
* * * * * * * ***
24791 TTAAAATAGATTATAATTTAATGTCTGTCTCAGAAAACCTAAAGTAAAAGCCATCCATTGGCGTG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCA-AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAG
* * * * * * * *
24856 AAAAGTCCATTTATAGCCA-CTCAAGTCGTCGAAAGCCTTGTCACTCGCCTTAAATGGTTTTATC
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * *
24920 ATCCCATAATTGATTTTAAGTAGAATTGTTTTACATTTTTAG
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTAG
* * *
24962 TTAAAACAGATTATAATT-ACATGTCTGCCTCTAAAATCATGAAGAAAAAACCATTCATCGGGAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGA-ATGTCTGCCTC-AAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT-TGGAA
* ** *
25026 A-AAAAGTCCATTTATAGTCACC-CAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCG-TTTTAATAGGTTTT
63 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTT
* * * * *
25088 ATAATCTCATATTTGATCTTAAGTTTAATTTTTTTATATTGTTGG
127 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAG
** * * * * * * * * * *
25133 TTAAATTAGATTATCATTGAATGTCTGTCTTAGTAAACATAAAGCAAAAGTCATCCATTCGAGAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCA-AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAG
* * *
25198 AAAAATCCATATATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
25262 ATCTCATAGTTAATTTTGAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGG
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAG
* * * * * * * *
25304 TTAAAATAGATTAGACTTGAATGTCTACCATGACAATCATGAAGAAAAAGTCATTCATT-GATAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC-TCAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGA-AA
* * * * * * **
25368 GAAAAGTCTATCTATAGTAACCT-AAGGCTTCGAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATGAATTTAT
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
25432 AATCTCATAGTTAATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGG
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTAG
* * * * * *
25475 TCAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCCAAAAATATTAGGAAAAAGCCATTCATT-GACAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT-CAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGA-AA
* * * * * * * **
25539 GAAAAGTCCATTTATAATCATCT-AAGCCTTCCAAAGCCGTATTGCCCATTTTAAATGGTTTTAT
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
25603 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTGTTGG
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAG
** * * * * *
25646 TTAAATTAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCAGTAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-GAAGA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCA-AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAA-A
* * * * *
25710 AAAAAGTCTATTTATAGTCACC-CATACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * ** *
25774 AAGCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTATTGCATTTTTTG
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTATATTTTTAG
* * * * * * * * * * * *
25817 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCATTGAGAAACATAAACAAATAGTCATGCCTTTGCAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC-CTCAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAG
* * * *
25882 AAAAGTCCATTTATATTCACCT-ATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGATTTTAG
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTAT
* * ** * ***
25946 GA--TGA-CGTT--TTTT-ACTT---TTTTTTAT-TAAAATAG
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATAT-TTTTAG
* * ** * ** * * * *
25979 ATT---ATA-ATT-GAA-TGTTTG-C--CTTGGAACACATGAAGTAAAAGTCATTCATTAGTAAA
1 -TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GGAAA
*
26035 -AAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTT-TAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTCATGCCTTCGA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * *
26097 TAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTACAATTTTTGG
128 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTA-TATTTTTAG
* * * * * *
26142 TT-AAA-AGAAT-TAATTGAATGTTTGCCTCCGAAAGCGTGAAGAAAAA-CC--TCATTGGCAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT-CAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAG
* * *
26201 AGAAGT-CATTTATAGTCACC-CACG-CTTCGAAGGCC-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-
* * ** * * *
26262 AATATCAT-ATCT-AATTTGGGTTGAATTGTTTACA--TTTGG
129 AATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAG
* * * * * *
26301 TTAAGATAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-AGGAAAACTTGAAGACAAAGCCATTCATT-CATA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCA--AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGA-A
* * * ********** *
26364 AGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTG
63 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * *
26428 TAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGG
128 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTAG
* * ** * * * * *
26472 TT-AAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTAGTAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTATGA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGA
* *** * * *
26536 AAAGTCCATTTATAATCA-CTCAAATCTTCAAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAA
66 AAAGTCCATTTATAGTCACCTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
26600 GCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACACTTTTGG
131 TCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTATATTTTTAG
* * ** * * * *
26641 TTAAAACATATTATAATTGAATATCTGCCTTTGAAAACGTGAATAAAATGCCATTCATTGGCAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC-TCAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAG
26706 AAAAGT
65 AAAAGT
26712 GTAACAACCC
Statistics
Matches: 2527, Mismatches: 638, Indels: 239
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
152 9 0.00
153 70 0.03
154 5 0.00
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157 8 0.00
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160 4 0.00
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACCTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAG
Found at i:26088 original size:153 final size:153
Alignment explanation
Indices: 25810--26089 Score: 395
Period size: 153 Copynumber: 1.8 Consensus size: 153
25800 TTTTATTGCA
* *
25810 TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCATTGAGAAACATAAACAAATAGTCATGCCT
1 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCATTGAGAAACATAAACAAATAGTCATGCAT
* * * *
25875 TTGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGA
66 TAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTAGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGA
25940 TTTTAGGATGACGTTTTTTACTT
131 TTTTAGGATGACGTTTTTTACTT
* * ** *
25963 TTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTG-GAACACATGAAGTAAA-AGTCATTC
1 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCATTGAGAA-ACAT-AAACAAATAGTCATGC
* *
26026 ATTAGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTAG-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
64 ATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACC-TTAGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
26090 GGTTTTATAA
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 13, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
152 3 0.03
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Consensus pattern (153 bp):
TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCATTGAGAAACATAAACAAATAGTCATGCAT
TAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTAGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGA
TTTTAGGATGACGTTTTTTACTT
Found at i:26607 original size:169 final size:167
Alignment explanation
Indices: 25977--26711 Score: 674
Period size: 169 Copynumber: 4.4 Consensus size: 167
25967 TTATTAAAAT
* * * * *
25977 AGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAACACATGAAGTAAAAGTCATTCATTAGTAAAAAAAGTC
1 AGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAA-ACGTGAAG-AAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * *
26042 CATTTATAGTCACCTATGCCTTTAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
64 CATTTATAGTCACCAAT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * *
26107 ATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTACAATTTTTGGTTAAA-
128 ATTGATTTGAAGTTGAATTGTTTTAC-ATTTTTGGTTAAAC
* ** * * *
26147 AGAAT-TAATTGAATGTTTGCCTCCGAAAGCGTGAAGAAAAACC--TCATTGGCAAGAGAAGT-C
1 AGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAA-CGTGAAGAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
* * * *
26208 ATTTATAGTCACCCA-CGCTTCGAAGGCC-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAATATCAT-
65 ATTTATAGTCACCAATC-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATA
* * *
26270 ATCTAATTTG-GGTTGAATTG-TTTACA--TTTGGTTAAGAT
128 AT-TGATTTGAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAA-AC
* **
26308 AGATTATAATTGAATGTTTGCC-TAGGAAAACTTGAAGACAAAGCCATTCATTCATAAGAAAAGT
1 AGATTATAATTGAATGTTTGCCTTA-G-AAACGTGAAGA-AAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGT
* * ********** *
26372 CCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTGTAATCTCAT
63 CCATTTATAGTCAC-CAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
26437 AATTGATTTGAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAC
127 AATTGATTTGAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAC
* * *
26478 AGATTATAATTGAATGTCTT-CCTTAGTAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTATGAAAAGTC
1 AGATTATAATTGAATGT-TTGCCTTAGAAACGTGAAG-AAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * * *
26542 CATTTATAATCACTCAAAT-CTTCAAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTCAT
64 CATTTATAGTCAC-C-AATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* *
26606 AATTGATTTTAAGTTGAAATT-TTTTACACTTTTGGTTAAAAC
127 AATTGATTTGAAGTTG-AATTGTTTTACATTTTTGGTT-AAAC
* * * * * *
26648 ATATTATAATTGAATATCTGCCTTTGAAAACGTGAATAAAATGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
1 AGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAG-AAACGTGAAGAAAA-GCCATTCATTGGTAAGAAAAGT
26712 GTAACAACCC
Statistics
Matches: 452, Mismatches: 83, Indels: 59
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
159 9 0.02
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ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (167 bp):
AGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAACGTGAAGAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
GATTTGAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAC
Found at i:27677 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 27390--28781 Score: 1038
Period size: 171 Copynumber: 8.2 Consensus size: 170
27380 NNNNNNNATG
* * * * ** *
27390 CATTGGCAAGAAGAGTGCAATTATAATTGCCCATGCGTTCGAA-AGCCTTATTACTTGCTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAGA-CCTTATTACTTGCTTTAAA
* * * * *
27454 TGCTTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTTGAATTATTTTACAGTTTTAGTTAAAACAGATTA
65 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTA
** * * *
27519 TAATAAAATGTCTGCCTTAGGAATCGTGAAGAAAAACCCATT
130 TAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAT-ATGAAGAAAAAGCCATT
* * *
27561 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-GATCAGCCATGCATTCGAAGACCTTATTCCTTGCTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCATGCCTTCGAAGACCTTATTACTTGCTTTAAA
* ** * *
27625 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATCCTTTTACATTTTTAGTTCAAACATATTA
65 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTA
*
27690 TAATTGAATGTTTACC-TAGGGAAAATATGAAG-AAAAGTCCATT
130 TAATTGAATGTTTGCCTTA-GG--AATATGAAGAAAAAG-CCATT
** * * *
27733 CATTGGCAAG-AAAGTTTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAATG-CCTTATTGCTTCCTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA-GACCTTATTACTTGCTTTAAA
** * * * *
27796 TACTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTTACATGTTTGGTTAAAACAAAT
65 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
* * * * * *
27860 TATACTTGAATGTTTACCAT-GGAAACCATGAATAAAAAGCTATT
128 TATAATTGAATGTTTGCCTTAGG-AA-TATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * * **
27904 CATAGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAA-AGCCTTATTACTCACTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAGA-CCTTATTACTTGCTTTAAA
* * * **
27968 TGATTTTATAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTGAATGTTTTTACGTTTTTAGTTAAAGTAGATT
65 TGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATT
* * * *
28032 ATAATTGAATGTTTATCCCT--GAAAATGTAAAGAAAAAGCAATT
129 ATAATTGAATGTTT-GCCTTAGGAATATG--AAGAAAAAGCCATT
* * * * * * * * *
28075 CACTGGCAAAAAAAGTTCATTTATA-ACCCCCAAGCATTC-AAAAGCCTTATTA-TTCGTTTTAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAGA-CCTTATTACTT-GCTTTAA
* * * * * * * *
28137 ATAGTTTTATAAACTCGTAATGGATTTTAAGTTGAATTATCTCACATTTTTGGTTAAAACAGATT
64 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATT
* * * * * *
28202 ATAATTGAATGTTTGTCTCAGTAAACATGAAGCAAAAGCCATC
129 ATAATTGAATGTTTGCCTTAG-GAATATGAAGAAAAAGCCATT
* * *
28245 CATTGG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAGGCATTATTACTCGCTTTAAA
1 CATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAGACCTTATTACTTGCTTTAAA
* * * * *
28309 TGGTTTTATAAATGCT-A-AATTGATTTTAAGTAGAACTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACATAT
65 TGGTTTTAT-AAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
* * * * *
28372 TATAATTGAATGTCTGCCTCAGAAAATATGAAGAGAAAGCCATG
128 TATAATTGAATGTTTGCCTTAG-GAATATGAAGAAAAAGCCATT
* ** * *
28416 CATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTCATGCCTTCAAAGGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAGACCTTATTACTTGCTTTAAAT
* * * ** * *
28481 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAAAGTTTTTATATTTTT-GATTAAAACATATTA
66 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTA
* * * * *
28545 TAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATAAAGCAAAAGTCATT
130 TAATTGAATGTTTGCCTTAG-GAATATGAAGAAAAAGCCATT
** * * * * * * *
28587 CATTGATAATAAAAGTCTATTTATAG-CTACACATGCCTTC-AAAAGTCTTACTACTAG-TATTA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATGCCTTCGAAGA-CCTTATTACTTGCT-TTA
* * * * * * * * * *
28649 AATGATTTTATAATCTTATAGTTAAATTTGAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTA-TCAAAATAGA
63 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGA
* * ** * * *
28713 -T-T--TTAAATGTCTATCTTAGGAAATGTGAACAAATAGCCATT
127 TTATAATTGAATGTTTGCCTTAGG-AATATGAAGAAAAAGCCATT
* * *
28754 TAGTGGCGAGAAAAGTCCATTTATAGTC
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
28782 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 978, Mismatches: 199, Indels: 91
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 45 0.05
168 1 0.00
169 11 0.01
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172 158 0.16
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAGACCTTATTACTTGCTTTAAAT
GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTAT
AATTGAATGTTTGCCTTAGGAATATGAAGAAAAAGCCATT
Found at i:28603 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 27390--28700 Score: 1221
Period size: 342 Copynumber: 3.8 Consensus size: 339
27380 NNNNNNNATG
* * * * ** * *
27390 CATTGGCAAGAAGAGTGCAATTATAATTGCCCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
* * * *
27455 -GCTTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTTGAATTATTTTACAGTTTT-AGTTAAAACAGATT
65 AG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATT
** * * * * * *
27518 ATAATAAAATGTCTGCCTTAGGAATCGTGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
127 ATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
27583 AT-GATCAGCCATGCATTCGAAGACCTTATTCCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
192 ATAG-TCACCCATGCCTTCGAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * *
27647 ATTTTAGGTTGAATCCTTTTACATTTTTAGTTCAAACATATTATAATTGAATGTTTACCT-AGGG
256 ATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTCA--G
27711 AAAATATGAAGAAAAGTCCATT
319 AAAATATGAAGAAAAG-CCATT
* * * *
27733 CATTGGCAAG-AAAGTTTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAATGCCTTATTGCTTCCTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
* * * * * *
27797 ACTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTTACATGTTTGGTTAAAACAAATTA
65 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA--ATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTA
* * * * * * * * *
27862 TACTTGAATGTTTACCATGGAAACCATGAATAAAAAGCTATTCATAGACAAGAAAAGTCTATTTA
128 TAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * *
27927 TAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT-AG
193 TAGTCACCCATGCCTTCGAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-
* * ** * *
27991 TTTTAAGTTGAATGTTTTTACGTTTTTAGTTAAAGTAGATTATAATTGAATGTTTATCC-CTGAA
257 TTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTA-CCTCAGAA
* * *
28055 AATGTAAAGAAAAAGCAATT
321 AATATGAAG-AAAAGCCATT
* * * * * *
28075 CACTGGCAAAAAAAGTTCATTTATA-ACCCCCAAGCATTCAAAAGCCTTATTA-TTCGTTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC-AAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAA
* * * * * * *
28138 TAGTTTTATAAACTCGTAATGGATTTTAAGTTGAATTATCTCACATTTTTGGTTAAAACAGATTA
64 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTA
* * * * * *
28203 TAATTGAATGTTTGTCTCAGTAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGA-GAGAAAAGTCCATTT
128 TAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GACAAGAAAAGTCCATTT
*
28267 ATAGTCACCCATGCCTTCGAAGGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAATGCT-A-AATT
192 ATAGTCACCCATGCCTTCGAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AAT-CTCATAATT
* * * * *
28330 GATTTTAAGTAGAA-CTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAG
255 GATTTTAAGTTGAATC-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTCAG
*
28394 AAAATATGAAGAGAAAGCCATG
319 AAAATATGAAGA-AAAGCCATT
* * ** *
28416 CATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTCATGCCTTCAAAGGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAA-GCCTTATTACTTGCTTTAAAT
* * * *
28481 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAAAGTTTTTATATTTTTGATTAAAACATATTAT
65 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTAT
* * * * * *
28546 AATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATAAAGCAAAAGTCATTCATTGATAATAAAAGTCTATTTAT
129 AATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * * * * *
28611 AG-CTACACATGCCTTCAAAAGTCTTACTACTAG-TATTAAATGATTTTATAATCTTATAGTTAA
194 AGTC-ACCCATGCCTTCGAAGGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *
28674 ATTTGAGTTAAATTTTTTTATATTTTT
257 TTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTT
28701 TATCAAAATA
Statistics
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Consensus pattern (339 bp):
CATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATA
GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAA
TTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
TCACCCATGCCTTCGAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
AAGTTGAATCTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTCAGAAAATAT
GAAGAAAAGCCATT
Found at i:29193 original size:171 final size:171
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28881 NAAAAATCTA
* * * *
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* * * * *
28956 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCATTGAATGGCTTTTAATTCATGCTTCCCAAGATGAACAT
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* *
29021 TCAATTATAATCTGTTTGAACCAAAAATATAAAAGAATTCT
131 TCAATTATAATATATTTGAACCAAAAATATAAAAGAATTCT
* * * * *
29062 ACTTAAAACCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATGAGGCTTTTGAAGACTCGG
1 ACTTAAAACCAATTATAAGATTATAAAACCATATAAAACGAGTAATAAGCCTTTCGAAGACTAGG
* * * ** * *
29127 ATGACTATAAATGGACTTTTCTTTCTAATAAATAGCTTTTGTTTCATGTTTCTCATAG-TAAACA
66 ATGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATAAATAGCTTTTAATTCATGCTTCCCA-AGATAAACA
* * ****
29191 TTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAA-AANNNNN
130 TTCAATTATAATATATTTGAACCAAAAATATAAAAGAA-TTCT
***** * * * * * ** * *
29233 NNNNNAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAGAGCGAGTAATAATACTTTTGAA-AGCTTG
1 ACTTAAAACCAATTATAAGATTATAAAACCATATAAAACGAGTAATAAGCCTTTCGAAGA-CTAG
** * * * * *** *** *
29297 GACAACTATAAAT-AGACTTTT-TTTCCTAATGAATGGGTTTGGCTTCACATTTCCCAAGGTAAA
65 GATGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCC-AATAAATAGCTTTTAATTCATGCTTCCCAAGATAAA
* * * ** * *
29360 AATTTAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCA
128 CATTCAATTATAATATATTTGAACCAAAAATATAAAAGAATTCT
** * * * * * * * * *
29404 ACTTAAAATGAATTATGAGATTATAGAACCATTTACAGCAAGTAATAAGACTTTCAAAGA-TATG
1 ACTTAAAACCAATTATAAGATTATAAAACCATATAAAACGAGTAATAAGCCTTTCGAAGACTAGG
* * * * * *** *
29468 AGTGGCTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAA-CGACTTTT-GTT-TTGCGTTTCTTGAGGTAA
66 A-TGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATAAATAG-CTTTTAATTCATGC--TTCCCAAGATAA
** * * * * * * *
29530 ATGTTGAATGATAATATATTTTCAATCAAGAATGTAAAA-AATTCA
127 ACATTCAATTATAATATA-TTTGAACCAAAAATATAAAAGAATTCT
* ** * * *
29575 ACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAATG-CTTTCGAAGGCTTA
1 ACTTAAAACCAATTATAAGATTATAAAACCATATAAAACGAGTAATAA-GCCTTTCGAAGAC-TA
* * * *
29639 GG-TGAATATAAAT-AGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTT
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29680 TCTTCATATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACTTAAAACCAATTATAAGATTATAAAACCATATAAAACGAGTAATAAGCCTTTCGAAGACTAGG
ATGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATAAATAGCTTTTAATTCATGCTTCCCAAGATAAACAT
TCAATTATAATATATTTGAACCAAAAATATAAAAGAATTCT
Found at i:33475 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 11.5 Consensus size: 171
33159 TACTTGCTTA
* * ** * **
33169 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTGACA-TTTTGGCTAAAACATT
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGA
** * * * * *
33233 TTATAATTGAATGT-TTGCCTCAGGAAACATGTAGAAAAAACTATTCATTGGCAAAAAAAGTTCA
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* * *
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* * * * * * *
33339 TAATAGTTTTATAATC-CTATAATCGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATATTCGATTAAAATAT
1 AAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAG
** * * * **
33403 ATTATAATT-AAGTGTCTACCCTAGGAAATGTGAAGCAAAATCTATTCATTGATAAGAAAAGTCC
65 ATTATAATTGAA-TGTCTACCCTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * *
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* * * * * *
33510 AAATAGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATAGTTTT-AGTTAAAACAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATAG
* * * * ** *
33574 ATTATAATTGAATGTCTGCCATAGGAATCGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGACCA
65 ATTATAATTGAATGTCTACCCTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * *
33639 TTTATAGTTACCAAAGGCTTCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTT
130 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCTCTTT
* * * * *
33681 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTGTTT--ATTGTTGGTTACATTAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTACATTTTTGATTAAAATAG
* * * * * * * * *
33744 ATTATAATTGAATATTTACCTTAGTAAACATAAAGTAAAAGCAATCCATTAG-AGAGAAAAGTCC
65 ATTATAATTGAATGTCTACCCTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCC
* *
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* * * * * *
33851 AAATGGTTTTATAACCTCACAGTTGATTTTGAGCTGAATTTGTTTTACATTGTTTTG-TTAGAAT
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACA-T-TTTTGATTAAAAT
* * * * *
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* * * * * *
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127 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCTCTTT
* *
34023 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAGTTTTTTGACATTTTT-AGTTAAAATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATA
* * * * * * *
34086 GTTTATAATTGAATGTCTGCCTCCA-AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGGAAATTT
64 GATTATAATTGAATGTCTACC-CTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * *
34150 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAATG-CTTTGTTACTCGT-TTT
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* * * ** ** ** *
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1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGA
* * * ** ** * **
34259 TTATAATTAAATGTCTACCTTGGGAAATGTGAAGCCAAACCCATTCATT-GCAAAGAAAAGTGTA
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* * * *
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130 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTCTT-ATTACTCTCTTT
* * * * * * * *
34365 AATTGGTTTTATAATCTCGTAATTAATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTATTGGTTAAATTAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGA
* ** * * ** * *
34429 TTATAATTGAATGTCT-GCCTCAATAAATATTAAGCGAAAGCGATCCATTGG-AGAGAAAAGTCC
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* ** * **
34492 ATTTATAGTCATCCGTGCCTTTGAAAG-CATTATTACAATCTTT
129 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTC-TTATTACTCTCTTT
* * * * * *
34535 AAATGGTATTATAATCTCATAGTTGATTTTGAGTTGAATATTTTTATATTTTT-AGTTAAAATAA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATAG
* * ** * * * *
34599 ATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAAAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCGTTGGCAAGAAAAGTTCA
65 ATTATAATTGAATGTCTACCCTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * *
34664 TTTATAGTCACTCAAACCTTTGAAA-TCTTTTATACTTTCTTT
130 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTAT-TACTCTCTTT
** * * * *
34706 AAATTCTTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGATTACAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGA
** * * * * *
34771 TTATTAA-TGAATACCTA-CCTTGAGAAACATGAAGAAATAGTCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
66 TTA-TAATTGAATGTCTACCCTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * *
34834 GTTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TACTTC
129 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCT-CTTT
* * * * * *
34877 AAATAGTTTCATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAAA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGA
** * * * * * * * *
34940 TTATAAGAGGATGTATGA-CATGGGAAACTTGAAGAAAAAGCCATGCATAGGTAAGAAAAGTCCA
66 TTATAATTGAATGTCT-ACCCTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* *
35004 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTCTTATTTCTCTCTTT
130 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCTCTTT
* * * * * * *
35046 AAATGGTTTTATAATCTCATTATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTA-TTTTTTTATTAAAACATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGA
35110 TTATAATTGAATGT
66 TTATAATTGAATGT
35124 TTGCCTAAAG
Statistics
Matches: 1405, Mismatches: 321, Indels: 118
0.76 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 131 0.09
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171 718 0.51
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173 48 0.03
174 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGA
TTATAATTGAATGTCTACCCTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCTCTTT
Found at i:35266 original size:18 final size:19
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Period size: 19 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19
35233 AGGTGAAAGG
35243 AATATTTTA-GAATAAAAT
1 AATATTTTATGAATAAAAT
*
35261 AATATTTTATTAATAAAAT
1 AATATTTTATGAATAAAAT
35280 AATATT
1 AATATT
35286 AAAATATTAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
18 9 0.39
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Consensus pattern (19 bp):
AATATTTTATGAATAAAAT
Found at i:37212 original size:171 final size:170
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Indices: 36897--37276 Score: 485
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
36887 NNNNNNNNNN
* * * *
36897 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGTCATTGACGACTATAAATGGATTTTTCTCTA
1 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTGACGACTATAAATCGACTTTTCTCTA
* * * * * * *
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*
37027 ATATAAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATA
130 ATATAAAGAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGACTATA
* * *
37068 AAACCATTTAAAGTGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGATGACTATAAATCGACTTTTCT-TA
1 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT-GACGACTATAAATCGACTTTTCTCTA
* * * * * *
37132 TCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTTCAAAGGCAGACATTTAATTGTAATCTGTTTTAATCAA
65 T-AATGAATG-CTTTTGCTTCATGTTTACAAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGATTTAACCAA
* *
37197 AAATATAAA-AAAATTCAACTTGAAACCAATTATGAGATTATA
128 AAATATAAAGAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGACTATA
* *
37239 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT
1 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT
37277 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 179, Mismatches: 27, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
170 5 0.03
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ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.35
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AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGACGACTATAAATCGACTTTTCTCTAT
AATGAATGCTTTTGCTTCATGTTTACAAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGATTTAACCAAAAA
TATAAAGAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGACTATA
Found at i:37762 original size:171 final size:172
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 4.0 Consensus size: 172
37459 NNNNNNNNNN
* * * *
37469 TGCCAATGAATGGCTCTTTCTTCACATTTTCCCATGGCAAATATTCAATTATAATATGTTTCAAC
1 TGCCAATGAATGGCTCTTGCTTCACATTTTCCCAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTCAAC
* * * *
37534 AAAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAA
66 AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
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131 CAAGGCATTCGAAGGCTTAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCA
* * * *
37641 TGCCAATGGATGGCT-TTGGCTTCACA-TTTCCTAAGACAAACATTCAATTATCATCTGGTTT-A
1 TGCCAATGAATGGCTCTT-GCTTCACATTTTCCCAAGACAAACATTCAATTATAATAT-GTTTCA
* * * * * * *
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* * * *********
37768 AATAAGGCTTTCTAAGGCTTAGGTGACTATAAATGNNNNNNNNN
129 AACAAGGCATTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCA
* * * * * * **
37812 NGCCAATGAATGGCT-TGTTCTTCACGTTTT-CCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTTTTTTGA
1 TGCCAATGAATGGCTCT-TGCTTCACATTTTCCCAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTCAA
** * * * * ** * * *
37875 CCGAAAATGTAAAAACATTTAACCTAAAATCAACTATAAGATAATAAAACCGTTTAAAGCAAGTA
65 CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * ** * * *
37940 ATAAGGCCTTTAAAGGCATGGGTGATTATAAATGGACTTTTC-
130 ACAAGGCATTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCA
* * * * * * * *****
37982 T-TC-ATGTTTAATGGCTTTTTCTT--CATGTTTCCTAAGGCAAACATTTAATTAAAATNNNNNN
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***** * * *
38043 NNNNTAAAAAA-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGATTACAAAACCATTTAAAGCA
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* * * *
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38152 ATTTCTAATG
Statistics
Matches: 395, Mismatches: 103, Indels: 27
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Matches are distributed among these distances:
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169 3 0.01
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Consensus pattern (172 bp):
TGCCAATGAATGGCTCTTGCTTCACATTTTCCCAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTCAAC
AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
CAAGGCATTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCA
Found at i:39691 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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39035 NNNNNNNGCT
* * * * *
39045 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAGTTATTTCACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * * ** * *
39110 TTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCATGGGACCCATGAAGAAAAGCTATTCATTGAC
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
39215 ATGTTGCTCGGTTGAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTT-A-TTGAATTTTTTTATATTA
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* * *
39278 TT-GATCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTT-CCTCTA-AAAACATGAAGAAAATACTATTCAT
66 TTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTACCT-TAGAAAACATGAAGAAAA-GCCATTCAT
* * *
39340 TGGCAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCC
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* * * *
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1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * *
39448 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTACCTCCA-AAAACATGAAGAAAAAACTATGCATTG
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* * * *
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* * * * * * *
39554 TTATTAGTTGCTTCAAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTCTACGTTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
*
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* * * *
39684 TAAGAAAAGTACATTTATAGTCACACATACCTTC-AAAGGCC
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* * * * * * * * *
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1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATT
* * * *
39790 TTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACGTCCA-AAAACATGAA-AAAAGTTATCATTCA
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* * * * *
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* * *
39898 TTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * *
39963 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCAT-GAGAAACATGAAGTAAAAGCCATTCATTA
66 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGA-AAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTG
* * ** *
40027 GCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCA
129 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * * * *
40069 TTATTACTCGCATT-AATAGTTTTACAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * **
40133 TCAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTAATCA
66 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTA-GAAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTG
** * * *
40198 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAAGCTTTTGAAAGCC
129 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * * * * * *
40240 TTATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAACTTGAATTGTGTCATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * *
40305 TTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCCA-AAAACATGAAGAAAGAGCCATTCATTG
66 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT-TAGAAAACATGAAGAAA-AGCCATTCATTG
* *
40369 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCC
129 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * * * * * **
40411 ATATTACTTGCTTCAAATTGTTTTGTAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * ** * * * * * *
40476 TTGGTTAAAACAAATAATTCTTAAATATCTGCCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATGT-ATTG
66 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAACATGAAG-AAAAGCCAT-TCATTG
* * * * *
40540 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATACCTTCGAAGGTC
129 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * *
40582 TTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACTTTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * * **
40647 TTAGTTAAAGCATATTACAATTGAATGTTT-GCTTCAAAAAATATGAAGAAAAGCCATTTGTTGG
66 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-AGAAAACATGAAGAAAAGCCATTCATTGG
* * * *
40711 GAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATACCTTCGGAAGCC
130 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * * * *
40752 TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTGTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * *
40817 TT-GCTTAAAACAGATTAT-ATTCGAATGTTTTCCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATT
66 TTAG-TTAAAACAGATTATAATT-GAATGTTTACCTTAGAAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATT
** * * *
40880 GGTGAGAAAAGTTCATTTATAGTCAACCATGCCTTC-AAGAGCT
128 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA-AGCC
* * *
40923 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG-TTTTAAGTTGACTTGTTTTAGATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
** * * * * * *
40987 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAACATGTACCCTAG-GAACAATGAAGAAAAAACTATTCATTA
66 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAAC-ATGAAG-AAAAGCCATTCATTG
* * * *
41051 GAAACAAAAGTCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTCGAAAGCC
129 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * * * * * *
41093 TTATAACTTGATTTAAATGGTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACTTTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * *
41158 TTAGTTAAAACAGATTTTAATTAAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAGTCCATT
66 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAG-CCATT
41217 TATAATCACC
Statistics
Matches: 1649, Mismatches: 308, Indels: 89
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 51 0.03
169 91 0.06
170 541 0.33
171 693 0.42
172 178 0.11
173 86 0.05
174 8 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAGCCATTCATTGGC
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
Found at i:41244 original size:150 final size:150
Alignment explanation
Indices: 41056--41366 Score: 398
Period size: 150 Copynumber: 2.1 Consensus size: 150
41046 CATTAGAAAC
* *
41056 AAAAGTCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATAACTTGATTTAAA-TGGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAATCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATAACTTGATTTAAACT-GTTTTATA
* * * * *
41120 ATCTCTTAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACTTTTTTAG-TTAAAACAGATTTTAATTAAAT
65 ATCTCATAATTGATTTCAGGTTAAATTTTTTTACATTTCT-GTTTAAAACAGATTATAATTAAAT
** *
41184 GTTTGCCTTGGGAAACATGAAG
129 GTTTGCCTCAGAAAACATGAAG
* * * *
41206 AAAAGTCCATTTATAATCACCCATA-TCTT-TAAAGGCCTTATTACTTGCTTTAAACTGTTTTAT
1 AAAAGTCCATTTATAATCACCCA-AGCCTTCGAAA-GCCTTATAACTTGATTTAAACTGTTTTAT
* *
41269 AATCTCATAGTTGATTTCAGGTTAAATTTTTTTACATTTCTGTTTAAAACAGATTATAATTGAAT
64 AATCTCATAATTGATTTCAGGTTAAATTTTTTTACATTTCTGTTTAAAACAGATTATAATTAAAT
41334 GTTTGCCTCAGAAAACATGAAG
129 GTTTGCCTCAGAAAACATGAAG
41356 AACAAG-CCATT
1 AA-AAGTCCATT
41367 CATTGGCAAG
Statistics
Matches: 140, Mismatches: 16, Indels: 10
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
149 4 0.03
150 131 0.94
151 5 0.04
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (150 bp):
AAAAGTCCATTTATAATCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATAACTTGATTTAAACTGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTCAGGTTAAATTTTTTTACATTTCTGTTTAAAACAGATTATAATTAAATGT
TTGCCTCAGAAAACATGAAG
Found at i:41607 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 41203--42143 Score: 643
Period size: 171 Copynumber: 5.5 Consensus size: 170
41193 GGGAAACATG
* * * * * * *
41203 AAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATA-TCTTTAAAGGCCTTATTACTTGCTTTAAACT-GTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTT
* * ** * * * *
41266 TATAATCTCATAGTTGATTTCAGGTTAAATTTTTTTACATTTCTGTTTAAAACAGATTATAATTG
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTG
* * *
41331 AATGTTTGCCTCAGAAAACATGAAGAACAAGCCATTCATTGGC
129 AATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGAA-AAGCCATTCATTAGC
* *************************
41374 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
41439 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTGTGGTTAAAACAGATGATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * *
41504 TGTTTGTCTTAGAAAATATGAAGTAAAATCCATCCATTGGC
131 TGTCTGCCTTAGAAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTAGC
* * * * * *
41545 ATGAAAGGTCCATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTCGAATGCCTTGTTACTTGCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
41609 ATAA-CATCATAATTAATTTTAGATTGAATTTTCTTATATTTTTGGTTAAAAAATATTATAATTG
65 ATAATC-TCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTG
* * *
41673 AATGTTTGCCTTGAAAAAATATGAAGAAAGAGCCATTCATTAGC
129 AATGTCTGCCTT-AGAAAACATGAAGAAA-AGCCATTCATTAGC
* * * * **
41717 AAGAAAACTCCATTTACAGTCATCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
********** * * * * *
41782 NNNNNNNNNNATTGATTGTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTTTAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * **
41847 TGTCTGGCATGGGACCCATGAAGAAAAGCCATTCATTAGC
131 TGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAAGCCATTCATTAGC
* * * * * **********
41887 AAGACAAGTTCATTTATAATCACCTAAGCCTTCGAAAGCCNNNNNNNNNNCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * *
41952 TAATCTCATAATTTG-TTTTAAGTTGATTTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAA
66 TAATCTCATAA-TTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGA
* * *
42016 ATGTCTGCCTTTGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATT-GAT
130 ATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTAG-C
* * * *
42058 AAGAAAATTCGATTTATAGTCATCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
*
42123 TAGTCTCATAATTGATTTTAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAA
42144 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 570, Mismatches: 187, Indels: 26
0.73 0.24 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 129 0.23
171 313 0.55
172 127 0.22
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAA
TGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAAGCCATTCATTAGC
Done.