Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398233.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1537.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 22472
ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.10, T:0.28
Warning! 5480 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3251 original size:128 final size:128
Alignment explanation
Indices: 3027--3270 Score: 375
Period size: 128 Copynumber: 1.9 Consensus size: 128
3017 TGAGACTACA
*
3027 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGTATATAAATGGACTTTTCTTGC
1 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGTATATAAATGGACTTTTATTGC
* * *
3092 CAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTGTTAA-GCTAGACATTCAATTATAATTATGAGATTATG
66 CAATAAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCTA-ACATTCAATTATAATTATGAGATTATG
* *
3155 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG-ACTATAAATGGAGTTTTATTG
1 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGTA-TATAAATGGACTTTTATTG
* * *
3219 TCAATAAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTTAATATTCAATTATAAT
65 CCAATAAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCTAACATTCAATTATAAT
3271 ATGTTTTAAC
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 9, Indels: 4
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
127 1 0.01
128 101 0.96
129 3 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (128 bp):
AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGTATATAAATGGACTTTTATTGC
CAATAAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCTAACATTCAATTATAATTATGAGATTATG
Found at i:3756 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3366--4111 Score: 702
Period size: 172 Copynumber: 4.4 Consensus size: 171
3356 TGAAGGAATG
* **
3366 GACTTTTCTTGCTAATGAAT-ACCTTTTTCTT--TGCATTTCTTTAGGTAGACATTCAATTATAG
1 GACTTTTCTTGCTAATGAATGATC-TTTTCTTCATG--TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAG
* * * *
3428 TCTGTTTT-TCCTATAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGGCAATATAAAACCATT
63 TCTGTTTTAACC-AAAAATATAAAAAAATTTAAATTAAAATCAATTATGGCATTATAAAACCATT
* * * *
3492 TAAAGCAAGTAATGAGACTTTTGAAGGTATGGGTGACTATATATA
127 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATA
* * * * * * *
3537 GACCTTTCTTCCTAATAAATGATATTTTCTTCATGTTCCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCT
1 GACTTTTCTTGCTAATGAATGATCTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
* * * * * * *
3602 GTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAGTTTTGAG-ATTATAAAACCATTTA
66 GTTTTAACCAAAAATATA-AAAAAATTTAAATTAAAATCAATTATG-GCATTATAAAACCATTTA
* ** * * * *
3666 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGCGGCAATAAATG
129 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATA
** * * *
3709 GACTTTTCTTTTTAATGAAT-ATCTTTACCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTT
1 GACTTTTCTTGCTAATGAATGATCTTT-TCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTC
* * *
3773 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAACCAATTATGGCATTATAAAACTATTTAA
65 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAAATTAAAATCAATTATGGCATTATAAAACCATTTAA
*
3838 AGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATA
130 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATA
* * * * * *
3880 GACTTTTCTTGCCAATGAATGTTCTTTTCTTCATGTTTTTCGAGGTATACATTCAATTCTAGTTT
1 GACTTTTCTTGCTAATGAATGATCTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
* * * * * * * *
3945 GTTTTAACCAAAAATGTGTAAAGAATTGAAATTTAAATCAGTTTTGAG-ATTATAAAACTATTTA
66 GTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTTAAATTAAAATCAATTATG-GCATTATAAAACCATTTA
* * * * *
4009 CAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AGAGGAATAGGTGACTATAAATG
129 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGTATGGGTGACTATAAATA
* ** * * * * *
4052 GACTTTT-TGTGCCAATGGTTG-CCATTTTCTTCACGTTTGTCAAGCTAGACATTCAATTAT
1 GACTTTTCT-TGCTAATGAATGATC-TTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTAT
4112 TAAATATTTT
Statistics
Matches: 469, Mismatches: 92, Indels: 27
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 207 0.44
172 257 0.55
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
GACTTTTCTTGCTAATGAATGATCTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
GTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAAATTAAAATCAATTATGGCATTATAAAACCATTTAAA
GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATA
Found at i:3988 original size:343 final size:343
Alignment explanation
Indices: 3362--4028 Score: 980
Period size: 343 Copynumber: 1.9 Consensus size: 343
3352 CTTTTGAAGG
** * **
3362 AATGGACTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTCTTTGCATTTCTTTAGGTAGACATTCAATTATA
1 AATGGACTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTACCTTTACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATA
* * *
3427 GTCTGTTTTTCCTATAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGGCAATATAAAACCATT
66 GTCTGTTTTACCTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAACCAATTATGGCAATATAAAACCATT
*
3492 TAAAGCAAGTAATGAGACTTTTGAAGGTATGGGTGACTATATATAGACCTTTCTTCCTAATAAAT
131 TAAAGCAAGTAATGAGACTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACCTTTCTTCCTAATAAAT
*
3557 GATATTTTCTTCATGTTCCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACA
196 GATATTTTCTTCATGTTCCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACA
3622 AAGAATTCAAATTTAAATCAGTTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
261 AAGAATTCAAATTTAAATCAGTTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
3687 AAGAAATGGGCGGCAATA
326 AAGAAATGGGCGGCAATA
** * **
3705 AATGGACTTTTCTTTTTAATGAATATCTTTACCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATA
1 AATGGACTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTACCTTTACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATA
* * *
3770 GTTTGTTTTAACC-AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAACCAATTATGGCATTATAAAACTAT
66 GTCTGTTTT-ACCTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAACCAATTATGGCAATATAAAACCAT
* * * *
3834 TTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC-AATGA
130 TTAAAGCAAGTAATGAGACTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACCTTTCTT-CCTAATAA
* * * * * * *
3898 ATGTTCTTTTCTTCATGTT-TTTCGAGGTATACATTCAATTCTAGTTTGTTTTAACCAAAAATGT
194 ATGATATTTTCTTCATGTTCCTT-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
** * * *
3962 GTAAAGAATTGAAATTTAAATCAGTTTTGAGATTATAAAACTATTTACAGTGAGTAATAAGGCTT
258 ACAAAGAATTCAAATTTAAATCAGTTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
4027 TT
323 TT
4029 AGAGGAATAG
Statistics
Matches: 287, Mismatches: 34, Indels: 6
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
342 2 0.01
343 281 0.98
344 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (343 bp):
AATGGACTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTACCTTTACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATA
GTCTGTTTTACCTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAACCAATTATGGCAATATAAAACCATT
TAAAGCAAGTAATGAGACTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACCTTTCTTCCTAATAAAT
GATATTTTCTTCATGTTCCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACA
AAGAATTCAAATTTAAATCAGTTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
AAGAAATGGGCGGCAATA
Found at i:4103 original size:343 final size:343
Alignment explanation
Indices: 3362--4111 Score: 945
Period size: 343 Copynumber: 2.2 Consensus size: 343
3352 CTTTTGAAGG
* ** ** * ** *
3362 AATGGACTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTCTTTGCATTTCTTTAGGTAGACATTCAATTATA
1 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTACCTTCACGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATA
* * *
3427 GTCTGTTTTTCCTATAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGGCAATATAAAACCATT
66 GTCTGTTTTACCTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAACCAATTATGGCAATATAAAACCATT
*
3492 TAAAGCAAGTAATGAGACTTTTGAAGGTATGGGTGACTATATATAGACCTTTCTTCCTAATAAAT
131 TAAAGCAAGTAATGAGACTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACCTTTCTTCCTAATAAAT
*
3557 GATATTTTCTTCATGTTCCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACA
196 GATATTTTCTTCATGTTCCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACA
3622 AAGAATTCAAATTTAAATCAGTTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
261 AAGAATTCAAATTTAAATCAGTTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
* *
3687 AAGAAATGGGCGGCAATA
326 AAGAAATAGGCGACAATA
*** * * * * *
3705 AATGGACTTTTCTTTTTAATGAATATCTTTACCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATA
1 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTACCTTCACGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATA
* * *
3770 GTTTGTTTTAACC-AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAACCAATTATGGCATTATAAAACTAT
66 GTCTGTTTT-ACCTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAACCAATTATGGCAATATAAAACCAT
* * * *
3834 TTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC-AATGA
130 TTAAAGCAAGTAATGAGACTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACCTTTCTT-CCTAATAA
* * * * * * *
3898 ATGTTCTTTTCTTCATGTT-TTTCGAGGTATACATTCAATTCTAGTTTGTTTTAACCAAAAATGT
194 ATGATATTTTCTTCATGTTCCTT-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
** * * *
3962 GTAAAGAATTGAAATTTAAATCAGTTTTGAGATTATAAAACTATTTACAGTGAGTAATAAGGCTT
258 ACAAAGAATTCAAATTTAAATCAGTTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * *
4027 TT-AGAGGAATAGGTGACTATA
323 TTGA-AGAAATAGGCGACAATA
** * * *
4048 AATGGACTTTT-TGTGCCAATGGTTGCCATTT-TCTTCACGTTTGTCAAGCTAGACATTCAATTA
1 AATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATACC-TTTACCTTCACGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTA
4111 T
64 T
4112 TAAATATTTT
Statistics
Matches: 349, Mismatches: 52, Indels: 12
0.85 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
342 4 0.01
343 338 0.97
344 7 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (343 bp):
AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTACCTTCACGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATA
GTCTGTTTTACCTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAACCAATTATGGCAATATAAAACCATT
TAAAGCAAGTAATGAGACTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACCTTTCTTCCTAATAAAT
GATATTTTCTTCATGTTCCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACA
AAGAATTCAAATTTAAATCAGTTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
AAGAAATAGGCGACAATA
Found at i:4993 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4700--6986 Score: 2180
Period size: 171 Copynumber: 13.4 Consensus size: 170
4690 NNNNNNNNNA
* *
4700 ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAACTCTA-TT-TA---ACCCATTC
1 ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* * * *
4760 TTTCAAAAGCCTTATTATTGACTTTAAAGT-GTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAATTTGAAG
66 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAA-
* * *
4824 TTTTTGACCTTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
129 TTTTTGACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * * * * * *
4866 ACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATCGTCGCCTATTC
1 ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* * *
4931 CTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT
66 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATT
* * *
4996 CTTTGTACATTTTTAGTTAGAATAGATTATAATTGAATGTAT
131 -TTTG-ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * * * *
5038 ACCTCAAGAAGCATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAACTTCATTTATAGTCACGCATTC
1 ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* * * *
5103 ATTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAT-GATTCTTATAA-CGTCATAATTAATTTTAAGTTGT
66 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TT-TTATAATC-TCATAATTGATTTTAATTTG-
* * * *
5166 ATTTTTTGACCTTTTTTA-TTAGAACAAATTATAATTGAATGTCT
127 AATTTTTGA-CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * * * * *
5210 ACCTTAGGAAACGTGAAGGAAAAGGTATTCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTC
1 ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* * * * *
5275 CTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTCAGTTGAACT
66 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAA--
* * * *
5340 TTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACATATTATAATTCAATGTAT
129 TTTTTGACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * ** *
5382 AGCTCGAGAAACGTGAAG-AAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTC
1 ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
**
5446 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATT-ACTTTTAAGTTCAA
66 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAA-TTTGA
* * ** *
5509 ATTTTTTTACATTTTTCGCCAAAACATATTATAATTGAATGTCT
128 A-TTTTTGACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* ** * * * *
5553 AACTTGACAAACGTGAAGAAAAAGGCATTTATTAGCAATAAAAGTCCATTTATA-TACACCCATT
1 ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-CACCCATT
* * * * * * * * ** *
5617 CCTTTACAACCCTTATTACTCATTTTCAATAGTTTTATAATCTCAAAATTAAATAAAATTTTAAT
65 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAA-
* * * * * * *
5682 TTTTTGTACATCTTTGGTTAAAATAAATTATAATCGAAGGTCA
129 TTTTTG-ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* *
5725 ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAATGG-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATA
1 ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAA-GGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
* * ** *
5789 CCTTCAAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATGGTGC-CATAATTGATTTTAAGTTGA
65 CCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAATTTGA
* * *
5853 ATTTCTTTACACTTTTAGTTAAAACCA-ACTATAATTGAATGTCT
128 ATTT-TTGACATTTTTAGTTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTCT
** * * * *
5897 ACCTCAAGAAACGAAAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTC
1 ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* * * * * *
5962 TTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTTTAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT
66 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATT
* * *
6027 ATTTGTACATTGTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCA
131 -TTTG-ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * *
6069 ACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAACTCTATTTATAGTCA-CCATTC
1 ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* ** * *
6133 TTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAGGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAACT
66 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAA-T
* * * *
6198 TTTTCACGTTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATATCT
130 TTTTGACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * *
6239 ACCTTC-AGAAACCT-ATAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT
1 ACC-TCAAGAAACGTGA-AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* * * * * * *
6302 TCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTAAAAATTAATTTTAAGTTGAA
64 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAA
* * * * ** * *
6367 TTTTTTACATTTTTTGATAAAAAAGGCTATAATTGAATATAT
129 TTTTTGACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
** *** * * * *
6409 GGCTTGGGGAAGGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATCC
1 ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
** * * **
6474 CTTCAAAAGCCTTATTACTTC-CTTTAAAT-GATTTTATAATCTTGTAACTAATTTTAAGTTCAA
66 CTTCAAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTTGA
* * * * *
6537 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTGTAATTGAAGGTCT
128 A-TTTTTGACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * * * *
6581 AGCTCGAGAAACGTTAAG-ACAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTC
1 ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* ***
6645 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTACAAAT
66 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-ATTTGAAT
* * ** *
6710 ATTTTTACATTTTTAGTTAAATCATTTTTTAATTGAATGTCT
130 -TTTTGACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * ** * *
6752 AACTC--GACAATGTGAAGAAAATGGCAACCATTGTCACA-AAAAGTCCATTGATAGTCACCCAT
1 ACCTCAAGA-AACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
** * * * * *
6814 TCCTTTGAAAGCCTTCTTACTCACGTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAACTGATTTAAATTTGAA
64 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAA
* * * * *
6879 TTCTTTGTATATTTTTAGTTTAAAAAAAACTAGAATTGAATGTCT
129 TT-TTTG-ACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * *
6924 AGCTAAAGAAACATGAAGAAGAAA-GCATTCATTGGCAAGACAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
1 ACCTCAAGAAACGTGAAGAA-AAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
6987 ACCTNNNNNN
Statistics
Matches: 1747, Mismatches: 312, Indels: 117
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
166 41 0.02
167 2 0.00
168 1 0.00
169 6 0.00
170 233 0.13
171 668 0.38
172 663 0.38
173 125 0.07
174 8 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATT
TTTGACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
Found at i:5110 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4700--6983 Score: 2182
Period size: 172 Copynumber: 13.4 Consensus size: 170
4690 NNNNNNNNNA
* * *
4700 ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAACTCTATTTA-A--C-CCATTCT
1 ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCC
* * *
4761 TTCAAAAGCCTTATTATTGACTTTAAAGT-GTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAATTTGAAGT
66 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAA-T
* * *
4825 TTTTG-ACCTTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
129 TTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * * * * *
4866 ACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATCGTCGCCTATTC
1 ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTC
* * *
4931 CTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT
65 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATT
* * *
4996 CTTTGTACATTTTTAGTTAGAATAGATTATAATTGAATGTAT
130 -TTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * * *
5038 ACCTCAAGAAGCATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAACTTCATTTATAGTCACGCATTC
1 ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTC
* * * * *
5103 ATTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAT-GATTCTTATAA-CGTCATAATTAATTTTAAGTTGT
65 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TT-TTATAATC-TCATAATTGATTTTAATTTGA
* * *
5166 ATTTTT-TGACCTTTTTTA-TTAGAACAAATTATAATTGAATGTCT
127 ATTTTTGT-A-CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * * * * *
5210 ACCTTAGGAAACGTGAAGGAAAAGGTATTCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTC
1 ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTC
* * * * *
5275 CTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTCAGTTGAACT
65 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAA-T
* * * *
5340 TTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACATATTATAATTCAATGTAT
129 TTTTGTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * ** *
5382 AGCTCGAGAAACGTGAAG-AAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTC
1 ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTC
**
5446 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATT-ACTTTTAAGTTCAA
65 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAA-TTTGA
* * ** *
5509 ATTTTTTTACATTTTTCGCCAAAACATATTATAATTGAATGTCT
127 ATTTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* ** * * * *
5553 AACTTGACAAACGTGAAGAAAAAGGCATTTATTAGCAATAAAAGTCCATTTATA-TACACCCATT
1 ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-CA-CCATT
* * * * * * * * ** *
5617 CCTTTACAACCCTTATTACTCATTTTCAATAGTTTTATAATCTCAAAATTAAATAAAATTTTAAT
64 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAA-
* * * * * * *
5682 TTTTTGTACATCTTTGGTTAAAATAAATTATAATCGAAGGTCA
128 TTTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
*
5725 ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAATGG-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATA
1 ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAA-GGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATT
* * ** *
5789 CCTTCAAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATGGTGC-CATAATTGATTTTAAGTTGA
64 CCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAATTTGA
* *
5853 ATTTCTT-TACACTTTTAGTTAAAACCA-ACTATAATTGAATGTCT
127 ATTT-TTGTACATTTTTAGTTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTCT
** * * * *
5897 ACCTCAAGAAACGAAAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTC
1 ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTC
* * * * * *
5962 TTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTTTAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT
65 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATT
* * *
6027 ATTTGTACATTGTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCA
130 -TTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * * *
6069 ACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAACTCTATTTATAGTCACCATTCT
1 ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCC
** * *
6134 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAGGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAACTT
66 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAA-TT
* * * *
6199 TTT-CACGTTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATATCT
130 TTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* *
6239 ACCTTC-AGAAACCT-ATAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT
1 ACC-TCAAGAAACGTGA-AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-AT
* * * * * * *
6302 TCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTAAAAATTAATTTTAAGTTGAA
63 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAA
* * * ** * *
6367 TTTTT-TACATTTTTTGATAAAAAAGGCTATAATTGAATATAT
128 TTTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
** *** * * * *
6409 GGCTTGGGGAAGGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATCC
1 ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTC
** * * **
6474 CTTCAAAAGCCTTATTACTTC-CTTTAAAT-GATTTTATAATCTTGTAACTAATTTTAAGTTCAA
65 CTTCAAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTTGA
* * * * *
6537 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTGTAATTGAAGGTCT
127 ATTTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * * *
6581 AGCTCGAGAAACGTTAAG-ACAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTC
1 ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTC
* ***
6645 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTACAAAT
65 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-ATTTGAAT
* ** *
6710 ATTTT-TACATTTTTAGTTAAATCATTTTTTAATTGAATGTCT
129 -TTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * ** * *
6752 AACTC--GACAATGTGAAGAAAATGGCAACCATTGTCACA-AAAAGTCCATTGATAGTCACCCAT
1 ACCTCAAGA-AACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAT
** * * * * *
6814 TCCTTTGAAAGCCTTCTTACTCACGTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAACTGATTTAAATTTGAA
63 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAA
* * * * *
6879 TTCTTTGTATATTTTTAGTTTAAAAAAAACTAGAATTGAATGTCT
128 TT-TTTGTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * *
6924 AGCTAAAGAAACATGAAGAAGAAA-GCATTCATTGGCAAGACAAGTCCATTTATAGTCACC
1 ACCTCAAGAAACGTGAAGAA-AAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
6984 CATACCTNNN
Statistics
Matches: 1752, Mismatches: 299, Indels: 128
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 45 0.03
169 7 0.00
170 235 0.13
171 662 0.38
172 676 0.39
173 122 0.07
174 5 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCC
TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTT
TTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
Found at i:5839 original size:687 final size:678
Alignment explanation
Indices: 4706--6983 Score: 2389
Period size: 687 Copynumber: 3.3 Consensus size: 678
4696 NNNAACCTCA
*
4706 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAACTC-TATT-TA---ACCCATTCTTTCAA
1 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAACTCAT-TTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * * *
4766 AAGCCTTATTATTGACTTTAAAGTG-TTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAATTTGAAGTTTTTG
65 AAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTC
* * * *
4830 ACCTTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGAATT
129 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGAATT
* * *
4895 CATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATCGTCGCCTATTCCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAAT
194 CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTAT-ATCACCTATTCCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * *
4960 AGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAGAATAGATTA
258 AGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATTTTTTGTACATTTTTAGTTAAAATAAATTA
* * * *
5025 TAATTGAATGTATACCTCAAGAAGCATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAACTTCATTTA
323 TAATTGAATGTATACCTCAAGAAACGTGAAG-AAAAAGGATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTA
* * * *
5090 TAGTCACGCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTCTTATAACGTCATAATTAA
387 TAGTCAC-CATACCTTCAAAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATGATT-TTATAATGCCATAATTAA
* *
5155 TTTTAAGTTGTATTTTTTGACCTTTTTTATTAGAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAA
449 TTTTAAGTTGAATTTTTT-ACCTTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAA
* * *
5220 ACGTGAAGGAAAAGGTATTCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
513 ACGTAAAGGAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
*
5285 CTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTCAGTTGAACTTTTTTTACAT
578 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT-AGTTGAA-TTTTTTTACAT
* *
5350 TTTTCA-TTAAAACATATTATAATTCAATGTATAGCTCG
641 TTTT-AGTTAAAACATATTATAATTGAATGTATAACTCG
** *
5388 AGAAACGTGAAG-AAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
1 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAA-CTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* *
5452 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT-ACTTTTAAGTTCAAATTTTTT
65 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTT-GAACTTTTT
* * ** * * * * *
5516 TACATTTTTCGCCAAAACATATTATAATTGAATGTCTAACTTGACAAACGTGAAGAAAAAGGCAT
128 CACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGAAT
* * * * * * *
5581 TTATTAGCAATAAAAGTCCATTTATATACACCCATTCCTTTACAACCCTTATTACTCATTTTCAA
193 TCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAT-CACCTATTCCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * * *
5646 TAGTTTTATAATCTCAAAATTAAATAAAATTTTAATTTTTTGTACATCTTTGGTTAAAATAAATT
257 TAGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATTTTTTGTACATTTTTAGTTAAAATAAATT
* * *
5711 ATAATCGAAGGTCA-ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAATGGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
322 ATAATTGAATGT-ATACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAA-GGATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATT
* **
5775 TATAGTCATCCATACCTTCAAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATGGTGCCATAAT
385 TATAGTCA-CCATACCTTC-AAAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATGA-TTTTATAATGCCATAAT
* * * *
5839 TGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACAC--TTTTAGTTAAAACCAACTATAATTGAATGTCTACCTC
446 TAATTTTAAGTTGAATTT-TTTAC-CTTTTTTA-TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTT
* * * * * *
5902 AAGAAACGAAAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCTTTCA
508 AGGAAACGTAAAGGAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * *
5967 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTTTAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTATTTG
573 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT-TAGTTGAATT-TTTT
* * *
6032 TACATTGTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA--TATCAACCTCA
636 TACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTAT-AA-CTCG
* * *
6075 AGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAACTCTATTTATAGTCA-CCATTCTTTCAA
1 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAACTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * *
6139 AAGCCTTATTACTCACTTTAAAGGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTCA
65 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTCA
* * * * * *
6204 CGTTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTCAGAAACCT-ATAGAAAAAGGTATT
130 CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGA-AGAAAAAGGAATT
* * *
6268 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
194 CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATA-TCACCTATTCCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * * * * **
6333 GGCTTTATAATCTAAAAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTT-TACATTTTTTGATAAAA-AAGGCT
258 AGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATTTTTTGTACATTTTTAGTTAAAATAA-ATT
* ** *** * *
6395 ATAATTGAATATATGGCTTGGGGAAGGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTT
322 ATAATTGAATGTATACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGG-ATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTT
* ** *
6460 ATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTTCCTTTAAATGATTTTATAAT-CTTGTAACTA
386 ATAGTCA-CCATACCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCCTTTAAATGATTTTATAATGC-CATAATTA
* * ** * * * * *
6524 ATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTGTAATTGAAGGTCTAGC-TCGA
448 ATTTTAAGTT-GAA-TTTTTTACCTTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-
* * * *
6588 GAAACGTTAA-GACAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAA
510 GAAACGTAAAGGAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * ** *
6652 AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTACAAATATTTTTA
575 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA-GT-TGAATTTTTTTA
* * * *
6717 CATTTTTAGTTAAATCATTTTTTAATTGAATGTCTAACTCG
638 CATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTATAACTCG
* * * ** * * * **
6758 A-CAATGTGAAGAAAATGGCAACCATTGTCACA-AAAAGTCCATTGATAGTCACCCATTCCTTTG
1 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCA-AGAAAACT-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * * *
6821 AAAGCCTTCTTACTCACGTTAAAT-AGTTTTATAATCTCAAAACTGATTTAAATTTGAA-TTCTT
64 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTT-TT
* * * * * * * **
6884 TGTATATTTTTAGTTTAAAAAAAACTAGAATTGAATGTCTAGCTAAAGAAACATGAAGAAGAAA-
127 T-CACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA-AAAG
* * *
6948 GCATTCATTGGCAAGACAAGTCCATTTATAGTCACC
189 GAATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATA-TCACC
6984 CATACCTNNN
Statistics
Matches: 1320, Mismatches: 224, Indels: 101
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
681 22 0.02
682 56 0.04
683 236 0.18
684 134 0.10
685 88 0.07
686 215 0.16
687 505 0.38
688 64 0.05
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (678 bp):
AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAACTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTCAC
ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCA
TTAGCAAGAAAAGTCCATTTATATCACCTATTCCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
TTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATTTTTTGTACATTTTTAGTTAAAATAAATTATAA
TTGAATGTATACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGT
CACCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCCTTTAAATGATTTTATAATGCCATAATTAATTTTAAG
TTGAATTTTTTACCTTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTAAAG
GAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
AACATATTATAATTGAATGTATAACTCG
Found at i:7499 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 7213--7984 Score: 952
Period size: 172 Copynumber: 4.5 Consensus size: 172
7203 NNNNNNNNNN
* * * * * *
7213 TAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTATCTCGATAAG
1 TAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAG
* * * * *
7278 CATGAAGAAAAAAGCATTTATT-AGCAAGAAAACTCCAATTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGC
66 CATAAAGAAAAAGGCATTCATTGAGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* *
7342 TTTATTACTCACTTTAAACGATTTTATAATCTCAAAATTGATT
131 CTTATTACTCACTTTAAA-GATTTTATAATCTCAAAATTAATT
* *
7385 TAAATTTAAATTCTTTGAACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAG
1 TAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAG
* * * *
7450 CATAAAGAAAAAGGCATTTATTGA-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTGAAAAGC
66 CATAAAGAAAAAGGCATTCATTGAGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * *
7514 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
131 CTTATTACTCACTTTAAA-GATTTTATAATCTCAAAATTAATT
* * * *
7557 TAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAAC-T-TTATAATTGAATGTCAACCTCAGGAAA
1 TAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAG
* * * *
7620 CATGAAGAAAAAGGCATTCATTG-GTAAGAAAACTACATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGC
66 CATAAAGAAAAAGGCATTCATTGAGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
*
7684 CTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCT-AATAATTAATT
131 CTTATTACTCACTTT-AAAGATTTTATAATCTCAA-AATTAATT
* * * * ** * * *
7727 TTAAGTGGAACT-TTTCAACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTGAA-AA
1 TAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAA
* * * * * *
7790 ACATAAAGCAAAAGGCATTCATT-AGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCATTCCTTCAAAAG
65 GCATAAAGAAAAAGGCATTCATTGAGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* *
7854 CCTTATTACTCACTATAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTAATT
130 CCTTATTACTCACTTTAAAGA-TTTTATAATCTCAAAATTAATT
* * *
7898 TAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTCAATGTCTACCTCAAGAAG
1 TAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAG
*
7962 CATAAAGAAAAAGGTATTCATTG
66 CATAAAGAAAAAGGCATTCATTG
7985 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 517, Mismatches: 70, Indels: 26
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 22 0.04
170 128 0.25
171 168 0.32
172 198 0.38
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
TAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAG
CATAAAGAAAAAGGCATTCATTGAGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
CTTATTACTCACTTTAAAGATTTTATAATCTCAAAATTAATT
Found at i:7846 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 7213--7985 Score: 1000
Period size: 341 Copynumber: 2.2 Consensus size: 340
7203 NNNNNNNNNN
* * *
7213 TAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTATCTC-GATAA
1 TAAATTTGAATTCTTTGTACA-TTTTTGTTAAAAC--TTTATAATTGAATGTCTACCTCAGA-AA
* * * * *
7277 GCATGAAGAAAAAAGCATTTATTAGCAAGAAAACTCCAATTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGC
62 -CATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAACTACAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * * * * * *
7342 TTTATTACTCACTTTAAACGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTAAATTCTTTGAACAT
126 CTTATTACTCACTTTAAAAGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAAGTGAAACTCTTTCAACAT
* *
7407 TTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAGCATAAAGAAAAAGGCATTTATT
191 TTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATT
* * * * *
7472 GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
256 GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTATAAATAGTT
*
7537 TTATAATCTCAAAATTGATT
321 TTATAATCTCAAAATTAATT
*
7557 TAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACTTTATAATTGAATGTCAACCTCAGGAAACA
1 TAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTT-GTTAAAACTTTATAATTGAATGTCTACCTCA-GAAACA
* * *
7622 TGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAACTACATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTT
64 TGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAACTACAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * *
7687 ATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCT-AATAATTAATTTTAAGTGGAACT-TTTCAACATTT
129 ATTACTCACTTTAAAAGATTTTATAATCTCAA-AATTAATTTAAAGTGAAACTCTTTCAACATTT
* * * *
7750 TTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTGAA-AAACATAAAGCAAAAGGCATTCATT-
193 TTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTG
* * *
7813 AGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTATAAATAGTT
257 A-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTATAAATAGTT
7878 TTATAATCTCAAAATTAATT
321 TTATAATCTCAAAATTAATT
* * *
7898 TAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTATTAAAA-TAGATTATAATTCAATGTCTACCTCAAGAAG
1 TAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGTTAAAACT---TTATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAA
* *
7962 CATAAAGAAAAAGGTATTCATTGG
62 CATGAAGAAAAAGGCATTCATTGG
7986 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 376, Mismatches: 43, Indels: 22
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 7 0.02
341 165 0.44
342 164 0.44
343 8 0.02
344 31 0.08
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
TAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGTTAAAACTTTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAACATG
AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAACTACAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
TACTCACTTTAAAAGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAAGTGAAACTCTTTCAACATTTTTA
GTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAA
GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTATAAATAGTTTTATA
ATCTCAAAATTAATT
Found at i:11479 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 10964--12656 Score: 1272
Period size: 171 Copynumber: 9.9 Consensus size: 171
10954 NNNNNNNNNN
* * *
10964 TATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAGGGTTTTATAAACTCATAATTG
1 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * ** * * *
11029 ATTTTAAG-TTAAACCTTTTGACCTTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGG
66 ATTTTAAGTTTAAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAAGTGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAG
* *
11093 AATAC-TGTAGAAAAAGGTATTCATT-GACAAGAAAAGTCCATT
130 AA-ACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCATT
* ********** * * * * * * * *
11135 TATAATCNNNNNNNNNNTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTCAATAGCTTTATAATCTAAAAATTA
1 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * ** ** * * * * *
11200 ATTTT-AGATTGAATTTTTTACATTTTTGGCTAAAAAAGGCTATAATTGAATATCTGCCTTGGGG
66 ATTTTAAGTTTAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAAGTGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGA
* * *
11264 GACGTGAACAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATT
131 AACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATT
* * *
11305 TATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTTC-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACT
1 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA-CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
11369 GATTTTAAGTTCAAATTTTCTTACATTTTTTGTTAAAAGTTATTGTAATTGAAGGTCTAGCTCGA
65 GATTTTAAGTTTAAATTTT-TTACATTTTTTGTTAAAAGTGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA
* * * *
11434 GAAACGTTAAGACAAA-GTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
129 GAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATT
* * * *
11476 TATAGTC-CCTTATTCC-TCTAAAAGCTTTATTACTCATTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAAT
1 TATAGTCACC-CATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* ** * * *
11539 TGATCTTAAGTGAAAATATATTTACATTTTTTATTAAAA-T-ATTTTATAATTGAATGTCTAGCT
64 TGATTTTAAGTTTAAAT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAAGTGA--TTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * * ** *
11602 CGACAAACATGAACAAAATGACAACCATTAGCACA-AAAACTCCATT
126 CGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCA-AGAAAAGTCCATT
* * * * * *
11648 TATAGTCACTCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAACTG
1 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * ** * ** * *
11713 A-TTTAAATTTGAATTCTTTATACA-TTATTGGTAAAAGAAACTGGAATTGAATGTATACCTCTA
66 ATTTTAAGTTTAAATT-TTT-TACATTTTTTGTTAAAAGTGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA
* *
11776 GAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATT
129 GAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * * *
11819 TATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTCATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATGC-CATAATT
1 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATT
* * * * * * *
11883 GGTTTTCAG-TTAAAGTTTTTTA-TTTTTTTAATTAAAAAG-GACTATAATTAAATGTCTATCTC
65 GATTTTAAGTTTAAA-TTTTTTACATTTTTT-GTT-AAAAGTGATTATAATTGAATGTCTACCTC
* ** ** *
11945 GAGAAACGTAAAGGTAAAGATATTCATTAGGAAGAAAAGTCCATT
127 GAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATT
** * * * * * * *
11990 TATAGTTGCCCATTTCTTCGAAAGCCTTATAACTCTCATTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTG
1 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * *
12055 A-TTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAA-TAGATTATAATTGAATATCTACCTCA
66 ATTTTAAGTTTAAATT-TTT-TACATTTTTTGTTAAAAGT-GATTATAATTGAATGTCTACCTCG
* * * *
12118 AGGAACATGAAGAAAAAGGCATTTATTAGGAA-AACAAGTCCATT
128 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAA-AAGTCCATT
* * * * ** * * *
12162 TATTGTCACGCATACCTTCAAAAGCCTCATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATACTGTCATAATTG
1 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * ** ** * *
12227 ATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTAGGAAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
66 ATTTTAAGTTTAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAAGTGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGA
* * * * * *
12292 AATGTAAAGAAAAAGGTATTCATTAGCACGAAAAATCTATT
131 AACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * *
12333 TATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGATTTTATAATATCAAAATTG
1 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * ** * * *
12398 A-TTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATACTTGAATAT-TAACCTCA
66 ATTTTAAGTTTAAATT-TTT-TACATTTTTTGTTAAAAGTGATTATAATTGAATGTCT-ACCTCG
* * * * *
12461 AGAAATGTGAAGAAACAGGCATTTATTAACAAGAAAACTCCATT
128 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATT
* * *
12505 TATAGTTACCCATTCTTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
1 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * *
12570 ATTTTAAGTGTACATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAT-TTTATAATTGAATGTCTAGCTTGA
66 ATTTTAAGTTTAAAT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAA-GTGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA
**
12634 GAAACGAAAAGAAAAAGGCATTC
129 GAAACGTGAAGAAAAAGGCATTC
12657 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1176, Mismatches: 301, Indels: 89
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 153 0.13
171 566 0.48
172 421 0.36
173 32 0.03
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
ATTTTAAGTTTAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAAGTGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGA
AACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATT
Found at i:11700 original size:343 final size:343
Alignment explanation
Indices: 10964--12648 Score: 1415
Period size: 343 Copynumber: 4.9 Consensus size: 343
10954 NNNNNNNNNN
* * * * *
10964 TATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAGGGTTTTATAAACTCATAATTG
1 TATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAACTG
* * ** * * * * * * ***
11029 ATTTTAAGTT-AAACCTTT-TGACCTTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGG
66 ATTTAAATTTGAATTCTTTGT-ACATTTTTAGTTAAAAGAGATTATAATTGAATATCTACCTCAA
* * * **********
11092 GAATAC-TGTAGAAAAAGGTATTCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAATCNNNNNNNNNNTCA
130 GAA-ACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCA
* * * * * * * *
11155 AAAGCCTAATTACTCGCTTTCAATAGCTTTATAATCTAAAAATTAATTTTAGATTG--AAT-TTT
193 AAAGCCTCATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTGAAAATATTT
*** * * * * * ** *
11217 TTACATTTTTGGCTAAAAAAGGCTATAATTGAATATCT-GCCTTGGGGGACGTGAACA-AAAAGG
257 TTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAG-CTCGAGAAACGT-AA-AGAAAAGA
* *
11280 CATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATT
319 TATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * *
11305 TATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTTC-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACT
1 TATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTA-CTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAACT
* ** * ** * ** *
11369 GATTTTAAGTTCAAATT-TTCT-TACATTTTTTGTTAAAAGTTATTGTAATTGAAGGTCTAGCTC
65 GA-TTTAAATTTGAATTCTT-TGTACATTTTTAGTTAAAAGAGATTATAATTGAATATCTACCTC
* * * * * * * * *
11432 GAGAAACGTTAAGACAAA-GTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCTTATTCC-TCT
128 AAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTC-
* * * * *
11495 AAAAGCTTTATTACTCATTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCATAATTGATCTTAAGTGAAAATATA
192 AAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAAAATATT
* *** * * * * *
11559 TTTACATTTTTTATTAAAATATTTTATAATTGAATGTCTAGCTCGACAAACATGAACAAAATGAC
256 TTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAGCTCGAGAAACGTAAAGAAAA-GAT
** *
11624 AACCATTAGCACA-AAAACTCCATT
320 ATTCATTAGCA-AGAAAAGTCCATT
* *
11648 TATAGTCACTCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAACTG
1 TATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAACTG
* * * * * ** * * *
11713 ATTTAAATTTGAATTCTTTATACATTATT-GGTAAAAGAAACTGGAATTGAATGTATACCTCTAG
66 ATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAAGAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAG
*
11777 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAA
131 AAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAA
* * * * * *
11842 GCCTCATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATGC-CATAATTGGTTTTCAGTTAAAGT-TTTTTA
196 GCCTCATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTGAAAATATTTTTA
* * * *
11905 -TTTTTTTAATTAAAA-AGGACTATAATTAAATGTCTATCTCGAGAAACGTAAAGGTAAAGATAT
260 CATTTTTT-ATTAAAACA-GACTATAATTGAATGTCTAGCTCGAGAAACGTAAA-GAAAAGATAT
*
11968 TCATTAGGAAGAAAAGTCCATT
322 TCATTAGCAAGAAAAGTCCATT
** * * * * *
11990 TATAGTTGCCCATT-TCTTCGAAAGCCTTATAACTCTCATTAAATGATTTTATAATCTCAAAATT
1 TATAGTCACCCATTCT-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAACT
*
12054 GATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTCAA
65 GATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAAGAGATTATAATTGAATATCTACCTCAA
* * * * *
12119 GGAACATGAAGAAAAAGGCATTTATTAGGAA-AACAAGTCCATTTATTGTCACGCATACCTTCAA
130 GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAA
** * * ** *
12183 AAGCCTCATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATACTGTCATAATTGATTTTAAGT-TCAATTTTTTT
194 AAGCCTCATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAAAATATTTTT
* ** * * * *
12247 ATA-TTTTTAGGAAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTAAAGAAAAAGGTAT
259 ACATTTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAGCTCGAGAAACGTAAAG-AAAAGATAT
* * *
12311 TCATTAGCACGAAAAATCTATT
322 TCATTAGCAAGAAAAGTCCATT
* * *
12333 TATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGATTTTATAATATCAAAATTG
1 TATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAACTG
* *
12398 ATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATACTTGAATAT-TAACCTCAA
66 ATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAAGAGATTATAATTGAATATCT-ACCTCAA
** * * * * * * * * *
12462 GAAATGTGAAGAAACAGGCATTTATTAACAAGAAAACTCCATTTATAGTTACCCATTCTTTAAAA
130 GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAA
* * * *
12527 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGTACATATTTTTA
195 AGCCTCATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAAAATATTTTTA
** *** * *
12592 CATTTTTGGTTAAAACATTTTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACGAAAAGAAAA
260 CATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAGCTCGAGAAACGTAAAGAAAA
12649 AGGCATTCNN
Statistics
Matches: 1087, Mismatches: 217, Indels: 78
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 6 0.01
341 139 0.13
342 258 0.24
343 626 0.58
344 54 0.05
345 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (343 bp):
TATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAACTG
ATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAAGAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAG
AAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAA
GCCTCATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAAAATATTTTTAC
ATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAGCTCGAGAAACGTAAAGAAAAGATATTCAT
TAGCAAGAAAAGTCCATT
Found at i:11971 original size:514 final size:507
Alignment explanation
Indices: 11268--12630 Score: 1288
Period size: 514 Copynumber: 2.6 Consensus size: 507
11258 TTGGGGGACG
* *
11268 TGAACAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* *
11333 ATTATTTCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTCAAATTTTCTTACATTTT
66 ATTA-CTCCTTTAAAT-GTTTTATAATC-CATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTT-TTA-ATTTT
* * * * *
11398 TT-GTT-AAAAGTTATTGTAATTGAAGGTCTAGCTCGAGAAACGTTAA-GACAAAGTATTCATTG
125 TTAGTTAAAAAG-GATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGGA-AAAGTATTCATTG
* *
11460 GCAAGAAAAGTCCATTTATAG-T-CCCTTATTCCTCTAAAAGCTTTATTACTCATTTTAAAAGGT
188 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCC-TATTCCTCTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGT
11523 TTTATAATCTCATAATTGATCTTAAGTGAAAATATATTTACATTTTTTATTAAAATATTTTATAA
252 TTTATAATCTCATAATTGAT-TTAAGTG-AAATAT-TTTACATTTTTTATTAAAATATTTTATAA
* *
11588 TTGAATGTCTAGCTCGACAAACATGAACAAAATGACAACCATTAGCACAAA-AACTCCATTTATA
314 TTGAATGTCTAGCTCAACAAACATGAACAAAAAGACAACCATTAGCA-AAACAACTCCATTTATA
* * * * *
11652 GTCACTCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCAAAACTGATT
378 GTCACGCATACCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAAAACTGATT
* * * * * *
11716 TAAATTTGAATTCTTTATACATTATT-GGTAAAAGAAACTGGAATTGAATGTATACCTCTAGAAA
442 TAAAGTTCAATT-TTTATACATTATTAGGAAAAACAAACTAGAATTGAATGTATACCTCAAGAAA
11780 CA
506 CA
* * * * *
11782 TGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTC
1 TGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
11847 ATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATGCCATAATTGGTTTTCAGTTAAAGTTTTTTATTTTTTT
66 ATTACTC-CTTTAAAT-GTTTTATAAT-CCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTAATTTTTT
* * * * *
11912 AATTAAAAAGGACTATAATTAAATGTCTATCTCGAGAAACGTAAAGGTAAAGATATTCATTAGG-
127 AGTTAAAAAGGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGGAAAAG-TATTCATT-GGC
* * * * * *
11976 AAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCCC-ATTTCT-TCGAAAGCCTTATAACTC-TCATTAAATGATT
190 AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCTATTCCTCT-AAAAGCCTTATTACTCAT-TTTAAATGGTT
* * * * **
12038 TTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAA
253 TTATAATCTCATAATTGATTT-AA-GTGAAATATTT-TACATTTTTTA-TTAAAATATTTTATAA
* * ** * * *** * * *
12102 TTGAATATCTACCTCAAGGAACATGAAGAAAAAGGCATTTATTAGGAAAACAAGTCCATTTATTG
314 TTGAATGTCTAGCTCAACAAACATGAACAAAAAGACAACCATTAGCAAAACAACTCCATTTATAG
** * * * * *
12167 TCACGCATACCTTCAAAAGCCTCATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATACTGTCATAATTGATTTT
379 TCACGCATACCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAACTGATTTA
* * * * * * **
12232 AAGTTCAATTTTTTTATATTTTTAGGAAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATG
444 AAGTTCAATTTTTATACATTATTAGGAAAAACAAACTAGAATTGAATGTATACCTCAAGAAACA
* * * * *
12296 TAAAGAAAAAGGTATTCATTAGCACGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * *
12361 GTTACTCACTTTAAATGATTTTATAATATCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACA-TTT
66 ATTACTC-CTTTAAATG-TTTTATAAT-CCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTT-TA-ATTTT
* * * * * * *
12425 TTAGTTAAAACA-GATTATACTTGAATAT-TAACCTCAAGAAATGTGAA-GAAACAGGCATTTAT
125 TTAGTTAAAA-AGGATTATAATTGAATGTCT-ACCTCGAGAAACGTAAAGGAAA-A-GTATTCAT
** * * *
12487 TAACAAGAAAACTCCATTTATAGTTACCC-ATT-CTTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
186 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCTATTCCTCT-AAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATG
* ** *
12550 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGTACATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACATTTTAT
250 GTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTG-AAATA-TTTTACATTTTTTATTAAAATATTTTAT
12615 AATTGAATGTCTAGCT
312 AATTGAATGTCTAGCT
12631 TGAGAAACGA
Statistics
Matches: 683, Mismatches: 132, Indels: 67
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
512 6 0.01
513 70 0.10
514 439 0.64
515 153 0.22
516 15 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (507 bp):
TGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
ATTACTCCTTTAAATGTTTTATAATCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATTTTTTAGTT
AAAAAGGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGGAAAAGTATTCATTGGCAAGAAA
AGTCCATTTATAGTTACCCTATTCCTCTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATC
TCATAATTGATTTAAGTGAAATATTTTACATTTTTTATTAAAATATTTTATAATTGAATGTCTAG
CTCAACAAACATGAACAAAAAGACAACCATTAGCAAAACAACTCCATTTATAGTCACGCATACCT
TCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAACTGATTTAAAGTTCAATTTT
TATACATTATTAGGAAAAACAAACTAGAATTGAATGTATACCTCAAGAAACA
Found at i:15248 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 14779--17211 Score: 2079
Period size: 171 Copynumber: 14.2 Consensus size: 170
14769 GCTAGACCTG
* * * * * *
14779 CAATTACAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTGAACTCAAAATCAGTTATGAGATTAT
1 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTCAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
14844 AAAACCATTTAAA-TGAAGTAATAGGGCTATTGAAGGAAT-GAGTGAATATAAATAGACTTTTCT
65 AAAACCATTTAAAGTG-AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * ** * * *
14907 TGCTAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTCCCCCAAGGCAGATATT
128 TGCCAATGAATAC-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATT
** * * * * * *
14951 CAATTATAGCCTTTTTTATCCAAAAATGT-AAGAAATTCAACTTAAAATTAATTTTTAGATTATA
1 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * *
15015 AAGCCATTGAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
66 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * *
15080 CATTGAATACATTTTTCTACAGGTTTCCCAAGGTAGACATT
131 CAATGAATAC-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATT
* * * * * * * *
15121 CAATTGTAATCTGTTCTAACCATAGAGGTCAAAAAGTTTAACTTAAAATCTATTATGAGATTATA
1 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * * *
15186 AAATCTTTTAAAGTTAGTAATAATGTTTTTCAAAGAATAGGCGACTATAAATGGAGTTTTCTTGC
66 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* ** *
15251 CAATGAATACCTTTTTGTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATT
131 CAATGAATA-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATT
* * * * * * * * *
15292 CAATTATAACCTGTTTTAACTAACAATGGACAAAGAATTCAAATTTATATCAATTTTGAGATTAT
1 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-GTCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
15357 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGAAATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTT
65 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * *
15421 GTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTCCCCAAGGTAGGCATT
129 GCCAATGAAT-ACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATT
* * *
15464 CAATTAT-ACCT-TTTTGAGCCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
1 CAATTATAATCTGTTTT-AACCAAAAATGTCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* *
15526 AAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGAAATAGATGACTATAAATGGACTTTTCTT
65 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * *
15590 GCCAATGAATACCTTTTTCTACAGGTTTTTCAAAGTAGACATT
129 GCCAATGAATA-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATT
* * * * *
15633 CAATGAAAATCTGTTCTAACCAAAAAGGTCAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
1 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
15698 AAACCCTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
66 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * *
15763 TAATGAATATCTTTTCCTTTACGTTTCTCGAGGTAAACATT
131 CAATGAATA-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATT
* * * *
15804 CAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATG-GCATTAT
1 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTAT
* * * * * * * *
15867 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTA
65 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * *
15932 CCAGTGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTCGACATT
130 CCAATGAATAC-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATT
* * * * * ** * *
15974 CAATTCTAGTTTGTTTTAACAAAAAATGTACAAAGACCTCAAACTT-AAATCAGTTTTGAGATTA
1 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-CAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** *
16038 TAAAATAATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAA-AGGGTGACTATAAATGGACTTTT-
64 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATA-GGTGACTATAAATGGACTTTTC
** * * * * * *
16100 TGTGCCAATGGTTTCCATTTTCTTCATGTTTGTCGAGGTAGACGTT
127 T-TGCCAAT-GAATACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATT
** * * * * * *
16146 CAATTATAAAATATTTTAATCAAAAATCTTAAAATATTTGC-ACTTAAAATCATTTATGAGATTA
1 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTCAAAA-AATT-CAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* *
16210 TAAAACCATTTAAAGTGAGTGAT-AGAGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
64 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-GCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* ** * **
16274 TGCCAATGAATACCTCGTCTTCATGTTTCTCAAGCCAGA-ACTT
128 TGCCAATGAATACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA-TT
* * * * * *
16317 CAATTACAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTGAACTTCAAATCAGTTATGAGATTAT
1 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTCAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
16382 AAATCCATTTAAAG-GAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGTGAATATAAATAGACTTTTCT
65 AAAACCATTTAAAGTG-AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * *
16445 TGTCGATGAATATCTTTTTCTTCACATTCCCCAAGGCAGACATT
128 TGCCAATGAATA-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATT
** * * * *
16489 CAATTATAGCCT-TTTTGACCCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTCAAATTAATTTTGAGATTAT
1 CAATTATAATCTGTTTT-AACCAAAAATGTCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
16552 AAAGCCATTTCAAGTGAGTAATAAAGCTGTTG-AAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
65 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * *
16616 TCCAATGAATATCTTTTCCTAT-AGGTTTCCCAAGGCAGACATT
129 GCCAATGAATA-CTTTTTCT-TCACGTTTCTCAAGGTAGACATT
* ** * * * *
16659 CAATTATAATCTATTCCAACCAAAAAGGTCAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGACATTGTA
1 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
16724 AAACCCTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGAGTTTTCTTGC
66 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * *
16789 CAATGAAT-GTCTTTTCTTCAAGTTTTTTAAAGTTGACATT
131 CAATGAATACT-TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATT
* * ** * * * *
16829 CAATTATAAACAGTAATAACCAAAAATGT-ATAAAGAATTCAAATTTATATCAATTTTGAGATTA
1 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTCA-AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
16893 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATTGATGAATATAAATAGACTTTT-T
64 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
** * * * * *
16956 TATCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGATCCCCAAGGCAGACATT
128 TGCCAATGAAT-ACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATT
** * * * *
17000 CAATTATAGCCT-TTTTGAGCCAAAAATG-CAAAAAATTCAACGTAAAATGAATTTTGAGATTAT
1 CAATTATAATCTGTTTT-AACCAAAAATGTCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
17063 AAAGCCATTCAAAGTGAGTAATAAGG-TGTTTG-AAGAA-ATGAGTGATTATAAATTGACTTTTC
65 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT-TTTGAAAGAATA-G-GTGACTATAAATGGACTTTTC
** * * * *
17125 TTTTCAATGAATACCTTTTTCTACAGGTTT-TCTAAAGCAGACATT
127 TTGCCAATGAATA-CTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATT
* * * *
17170 CAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAAGGTCAAAAACTTCAAC
1 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTCAAAAAATTCAAC
17212 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1813, Mismatches: 383, Indels: 131
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.00
169 201 0.11
170 533 0.29
171 678 0.37
172 381 0.21
173 15 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
CAATGAATACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATT
Found at i:15589 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 14790--17211 Score: 2180
Period size: 341 Copynumber: 7.1 Consensus size: 341
14780 AATTACAATA
* * * *
14790 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTGAACTCAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTA
1 TGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * *
14855 AA-TGAAGTAATAGGGCTATTGAAGGAAT-GAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAAT
64 AAGTG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * ** * * ** * * *
14918 GCTTTTTTCTTCACGTCCCCCAAGGCAGATATTCAATTATAGCCTTTTTTATCCAAAAATGTA-A
127 ACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGGACA
* * * * * * *
14982 GAAATTCAACTTAAAATTAATTTTTAGATTATAAAGCCATTGAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGA
192 AAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * **
15047 AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCATTGAATACATTTTTCTACAGGTTTCCCAAG
257 AGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCCCAAG
* *
15112 GTAGACATTCAATTGTAATC
322 GTAGACATTCAATTATAACC
* * * * * * * * * *
15132 TGTTCTAACCATAGAGGTCAAAAAGTTTAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAATCTTTTAA
1 TGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * *
15197 AGTTAGTAATAATGTTTTTCAAAGAATAGGCGACTATAAATGGAGTTTTCTTGCCAATGAATACC
65 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACC
* ** ** * * *
15262 TTTTTGTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAACCTGTTTTAACTAACAATGGACAAAG
130 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGGACAAA-
* * * * * *
15327 AATTCAAATTTATATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAG
194 AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * *
15392 AAATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTCCCCAAGGT
259 AAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGT
*
15457 AGGCATTCAATTAT-ACC
324 AGACATTCAATTATAACC
* *
15474 T-TTTTGAGCCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAGCCATTTAA
1 TGTTTT-AACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
* *
15538 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACC
65 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACC
* * * * * * * * *
15603 TTTTTCTACAGGTTTTTCAAAGTAGACATTCAATGAAAATCTGTTCTAACCAAAAA-GGTCAAAA
130 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGGACAAAA
* *
15667 AGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
195 A-TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * * * * * *
15732 GAATAGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTCCTTTACGTTTCTCGAGGT
259 AAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGT
* **
15797 AAACATTCAATTATAGTC
324 AGACATTCAATTATAACC
* * * * *
15815 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATG-GCATTATAAAACTATTTAA
1 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * * *
15879 AGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAGTGAATGCT
65 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACC
* * * * * * *
15944 TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTC-GACATTCAATTCTAGTTTGTTTTAACAAAAAATGTACAAA
130 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGG-CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGGACAAA
** * ** * *
16008 GACCTCAAACTT-AAATCAGTTTTGAGATTATAAAATAATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTAA
194 -AATTC-AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
** * * ** ** *
16072 AGGAAA-GGGTGACTATAAATGGACTTTT-TGTGCCAATGGTTTCCATTTTCTTCATGTTTGTCG
257 A-GAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCCCA
* **
16135 AGGTAGACGTTCAATTATAAAA
320 AGGTAGACATTCAATTATAACC
* * * *
16157 TATTTTAATCAAAAATCTTAAAATATTTGC-ACTTAAAATC-ATTTATGAGATTATAAAACCATT
1 TGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAA-AATT-CAACTTAAAATCAATTT-TGAGATTATAAAACCATT
*
16220 TAAAGTGAGTGAT-AGAGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
62 TAAAGTGAGTAATAAG-GCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
** * * * * *
16284 TACC-TCGTCTTCATGTTTCTCAAGCCAGA-ACTTCAATTACAATATGTTTTAACCAAAAATGTA
126 TACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGGA
* * * * * *
16347 AAAAAATTTGAACTTCAAATCAGTTATGAGATTATAAATCCATTTAAAG-GAAGTAATAAGGCTT
190 CAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG-AGTAATAAGGCTT
* * * * * * * *
16411 TTGAAGGAATGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGTCGATGAATATCTTTTTCTTCACATTCCC
253 TTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCC
* *
16476 CAAGGCAGACATTCAATTATAGCC
318 CAAGGTAGACATTCAATTATAACC
* * * * *
16500 T-TTTTGACCCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTCAAATTAATTTTGAGATTATAAAGCCATTTCA
1 TGTTTT-AACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * *
16564 AGTGAGTAATAAAGCTGTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATATC
65 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACC
* * * * ** *
16629 TTTTCCTAT-AGGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTCCAACCAAAAA-GGTCAAA
130 TTTTTCT-TCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGGACAAA
* * * * *
16692 AAGTTCAACTTAAAATCAATTATGACATTGTAAAACCCTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAA
194 AA-TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* ** ***
16757 -AGAATGGGTGACTATAAATGGAGTTTTCTTGCCAATGAATGTC-TTTTCTTCA-AGTTTTTTAA
258 GA-AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACA-TTTCCCAA
* * *
16819 AGTTGACATTCAATTATAAAC
321 GGTAGACATTCAATTATAACC
* ** * * * *
16840 AGTAATAACCAAAAATGTATAAAGAATTCAAATTTATATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTA
1 TGTTTTAACCAAAAATGTA-AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * * ** *
16905 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATTGATGAATATAAATAGACTTTT-TTATCAATGAATGC
64 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAC
* * * ** * *
16969 CTTTTTCTTCACGATCCCCAAGGCAGACATTCAATTATAGCCT-TTTTGAGCCAAAAATGCA-AA
129 CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACCAAAAATGGACAA
* * * *
17032 AAATTCAACGTAAAATGAATTTTGAGATTATAAAGCCATTCAAAGTGAGTAATAAGG-TGTTTGA
193 AAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT-TTTGA
* * * ** * ** * * *
17096 AGAAATGAGTGATTATAAATTGACTTTTCTTTTCAATGAATACCTTTTTCTACAGGTTTTCTAAA
257 AGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCCCAAG
* *
17161 GCAGACATTCAATTATAATC
322 GTAGACATTCAATTATAACC
* * * *
17181 TGTTCTAACAAAAAAGGTCAAAAACTTCAAC
1 TGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAAC
17212 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1666, Mismatches: 365, Indels: 100
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 4 0.00
340 260 0.16
341 705 0.42
342 307 0.18
343 304 0.18
344 84 0.05
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCT
TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGGACAAAAA
TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAA
ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGTAG
ACATTCAATTATAACC
Found at i:15760 original size:512 final size:512
Alignment explanation
Indices: 14779--17211 Score: 2811
Period size: 512 Copynumber: 4.8 Consensus size: 512
14769 GCTAGACCTG
* * * * ** *
14779 CAATTACAATATGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTTGAACTCAAAATCAGTTATGAGATTA
1 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTATAAAAAA-TTCAAATTTAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
14843 TAAAACCATTTAAATG-AAGTAATAGGGCTATTGAAGGAATGAGTGAATATAAATAGACTTTTCT
65 TAAAACTATTTAAA-GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCT
* * * * * *
14907 TG-CTAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTCCCCCAAGGCAGATATTCAATTATAGCCTTTTTTATC
129 TGTC-AATGAATGCCTTTTTCTTCACATTCCCCAAGGCAGACATTCAATTATAGCCTTTTTGAGC
* * * * *
14971 CAAAAATGTAAGAAATTCAACTTAAAATTAATTTTTAGATTATAAAGCCATTGAAAGCGAGTAAT
193 CAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * *
15036 TAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCATTGAATACATTTTTCTACA
258 AAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTACA
* * * * *
15101 GGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTGTAATCTGTTCTAACCATAGAGGTCAAAAAGTTTAACTTA
323 GGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAAGGTCAAAAAGTTCAACTTA
* * * * * * *
15166 AAATCTATTATGAGATTATAAAATCTTTTAAAGTTAGTAATAATGTTTTTCAAAGAATAGGCGAC
388 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGCGAC
* * ** *
15231 TATAAATGGAGTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTGTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATT
453 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACC-TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATT
* * * * * * * *
15292 CAATTATAACCTGTTTTAACTAACAATGGACAAAGAATTCAAATTTATATCAATTTTGAGATTAT
1 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTATAAAAAATTCAAATTTAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
15357 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTG
66 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTG
* *
15422 TCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTCCCCAAGGTAGGCATTCAATTATA-CCTTTTTGAGCCAA
131 TCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTCCCCAAGGCAGACATTCAATTATAGCCTTTTTGAGCCAA
15486 AAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAG
196 AAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* *
15551 GCTTTTGAAGAAATAGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTACAGGT
261 GCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTACAGGT
* * * *
15616 TTTTCAAAGTAGACATTCAATGAAAATCTGTTCTAACCAAAAAGGTCAAAAAGTTCAACTTAAAA
326 TTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAAGGTCAAAAAGTTCAACTTAAAA
*
15681 TCAATTATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGCGACTAT
391 TCAATTATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGCGACTAT
* * * * *
15746 AAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTCCTTTACGTTTCTCGAGGTAAACATT
456 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTT-CTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATT
* * * * *
15804 CAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAA--TATAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATG-GCATTA
1 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTATAAAAAATTCAAATTTAAATCAATTATGAG-ATTA
* * *
15866 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
65 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTT
** * * ** * * * * * * *
15931 ACCAGTGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTC-GACATTCAATTCTAG-TTTGTTTTAAC
130 GTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTCCCCAAGG-CAGACATTCAATTATAGCCTT-TTTGAGC
* ** * *** *
15994 AAAAAATGTACAAAGACCTCAAACTT-AAATCAGTTTTGAGATTATAAAATAATTTAAAGTTAGT
193 CAAAAATGTA-AAA-AATTC-AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGT
* ** * *
16058 AATAAGGCTTTTAAAGGAAA-GGGTGACTATAAATGGACTTTT-TGTGCCAATGGTTTCCATTTT
255 AATAAGGCTTTTGAA-GAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATACCTTTTT
* * * * * ** * * * ** * *
16121 CTTCATGTTTGTCGAGGTAGACGTTCAATTATAAAATATTTTAATCAAAAATCTTAAAATATTTG
318 CTACAGGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAAGGTCAAAA-AGTT-
* * * *
16186 C-ACTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTGAT-AGAGCTTTTGAAGGAA
381 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGTGAGTAATAAG-GCTTTTGAAAGAA
* ** * **
16249 TAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTCGTCTTCATGTTTCTCAAGCCAGA-
445 TAGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGAC
16313 ACTT
510 A-TT
* * * * * *
16317 CAATTACAATATGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTTGAACTTCAAATCAGTTATGAGATTA
1 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTATAAAAAA-TTCAAATTTAAATCAATTATGAGATTA
* * *
16381 TAAATCCATTTAAAG-GAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGAATATAAATAGACTTTTCT
65 TAAAACTATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCT
* ** *
16445 TGTCGATGAATATCTTTTTCTTCACATTCCCCAAGGCAGACATTCAATTATAGCCTTTTTGACCC
129 TGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTCCCCAAGGCAGACATTCAATTATAGCCTTTTTGAGCC
* * *
16510 AAAAATGTAAAAAATTCAACTTCAAATTAATTTTGAGATTATAAAGCCATTTCAAGTGAGTAATA
194 AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * * * *
16575 AAGCTGTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATATCTTTTCCTATAG
259 AGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTACAG
* * * *
16640 GTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTCCAACCAAAAAGGTCAAAAAGTTCAACTTAA
324 GTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAAGGTCAAAAAGTTCAACTTAA
* * * * *
16705 AATCAATTATGACATTGTAAAACCCTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAAGAATGGGTGACT
389 AATCAATTATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGCGACT
* ** * * * * *
16770 ATAAATGGAGTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTCTTCAAGTTTTTTAAAGTTGACATT
454 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATT
* * ** * * *
16829 CAATTATAAACAGTAATAACCAAAAATGTATAAAGAATTCAAATTTATATCAATTTTGAGATTAT
1 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTATAAAAAATTCAAATTTAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
16894 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATTGATGAATATAAATAGACTTTT-TTA
66 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTG
16958 TCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGA-TCCCCAAGGCAGACATTCAATTATAGCCTTTTTGAGCCA
131 TCAATGAATGCCTTTTTCTTCAC-ATTCCCCAAGGCAGACATTCAATTATAGCCTTTTTGAGCCA
* * * *
17022 AAAATGCAAAAAATTCAACGTAAAATGAATTTTGAGATTATAAAGCCATTCAAAGTGAGTAATAA
195 AAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * **
17087 GG-TGTTTGAAGAAATGAGTGATTATAAATTGACTTTTCTTTTCAATGAATACCTTTTTCTACAG
260 GGCT-TTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTACAG
* * * *
17151 GTTT-TCTAAAGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAAGGTCAAAAACTTCAAC
324 GTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAAGGTCAAAAAGTTCAAC
17212 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1609, Mismatches: 276, Indels: 72
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
509 1 0.00
510 127 0.08
511 244 0.15
512 535 0.33
513 443 0.28
514 124 0.08
515 132 0.08
516 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (512 bp):
CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTATAAAAAATTCAAATTTAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTG
TCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTCCCCAAGGCAGACATTCAATTATAGCCTTTTTGAGCCAA
AAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAG
GCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTACAGGT
TTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAAGGTCAAAAAGTTCAACTTAAAA
TCAATTATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGCGACTAT
AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATT
Found at i:18120 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 17930--18649 Score: 553
Period size: 172 Copynumber: 4.2 Consensus size: 168
17920 AAAAAAAAGC
* *
17930 ATTCATTA-GAAAACAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTT
1 ATTCATTAGGAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTT
* * * * * *
17994 AAGTAGTTTTAGTATACCATAATTAGTTTTAGGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTCAATATAC
65 AAATAGTTTTA-TATACCATAATTAGTTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAACAGAT
*
18059 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAATGGTAAAGAT
129 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAA-GGAAAAGAT
* * ** *
18100 ATTCATTAGGAAGAAAAGTCCATTTATAG-CTGCTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
1 ATTCATTAGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATACCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTT
* * * * *
18164 AAACTA-TTTTATA-ATCTCA-AAGCTTA--TTTAAATTCGAATTCTTTATACATTTTTAGTTAA
65 AAA-TAGTTTTATATA-C-CATAA--TTAGTTTTAAGTT-AAATT-TTTTTATATTTTTGGTT-A
* * * **
18224 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGGAACAGGAAGAAAAAGGC
122 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC-GTAAGGAAAAGAT
* * **
18272 ATTTATTAGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTGAAAAGCCTCATTACTTTCTTTA
1 ATTCATTAGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTA
* * * **
18337 AATGGTTTTATATTGCCATAA-CAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGGAAAAACAGA
66 AATAGTTTTATA-TACCATAATTAG-TTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT-GGTTAAACAGA
* * ** *
18401 TTATAATTGAATGTCAACCTTAAGAAATATAAAGAAAAGAT
128 TTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAGGAAAAGAT
* * * * * *
18442 ATTCATT-GGCAAGAAAACTCCATCTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTT
1 ATTCATTAGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTT
** ********** * *
18506 AAAGGGTTTTATA-ATCTCATNNNNNNNNNNAAGTTCAAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAACA
65 AAATAGTTTTATATA-C-CATAATTAGTTTTAAGTT-AAATTTTTTTATATTTTTGGTT-AAACA
* * * * * * **
18570 TATTATAATTGAATGTGTAGCTCAATAAATGTGAAGAAAAAGGC
126 GATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGT-AAGGAAAAGAT
*
18614 ATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCA
1 ATTCATTAGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
18650 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 431, Mismatches: 92, Indels: 52
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 15 0.03
170 143 0.33
171 113 0.26
172 145 0.34
173 14 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
ATTCATTAGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTA
AATAGTTTTATATACCATAATTAGTTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAACAGATTA
TAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAGGAAAAGAT
Found at i:18295 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 18258--18298 Score: 57
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
18248 CTCAAGGAAC
*
18258 AGGAAGAAAAAGGCATTTATT
1 AGGAAGAAAAAGCCATTTATT
18279 AGGAAG-AAAAGTCCATTTAT
1 AGGAAGAAAAAG-CCATTTAT
18299 AGTCACCCAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 5 0.28
21 13 0.72
ACGTcount: A:0.46, C:0.07, G:0.22, T:0.24
Consensus pattern (21 bp):
AGGAAGAAAAAGCCATTTATT
Found at i:18348 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 17858--18520 Score: 560
Period size: 170 Copynumber: 3.9 Consensus size: 171
17848 NNNAAATTTG
* * * * ** *
17858 AATTCTTTATACATTTTTGGTTAAAACAAACTAGAATTGAATGTAAACCTTGAGAAACATGAA-A
1 AATT-TTTATACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACAGGAAGA
* *
17922 AAAAAAGCATTCATTA-GAAAACAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTCATTA
65 AAAAGA-CATTCATTAGGAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTCATTA
* * * **
17986 CTCGCTTTAAGTAGTTTTAGT-ATACCATAA-TTAGTTTTAGGTTA
128 CTCACTTTAAATGGTTTTA-TAATACCATAACTTA-TTTTAAATTA
* * * * * * * * *
18030 AATTTTTTTATATTTTTGGTT-CAATATACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC-GTAATGG
1 AATTTTTATACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACAGGAA-GA
* * * * ** *
18093 TAAAGATATTCATTAGGAAGAAAAGTCCATTTATAG-CTGCTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTAC
65 AAAAGACATTCATTAGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATACCTTCAAAAGCCTCATTAC
* *
18157 TCACTTTAAACT-ATTTTATAAT-CTCA-AAGCTTA-TTTAAATTCG
129 TCACTTTAAA-TGGTTTTATAATAC-CATAA-CTTATTTTAAATT-A
* * *
18200 AATTCTTTATACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGGAACAGGAAGA
1 AATT-TTTATACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACAGGAAGA
* * *
18265 AAAAGGCATTTATTAGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTGAAAAGCCTCATTACT
65 AAAAGACATTCATTAGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTCATTACT
** * * ** *
18330 TTCTTTAAATGGTTTTATATTGCCATAACAGATTTTAAGTTA
130 CACTTTAAATGGTTTTATAATACCATAACTTATTTTAAATTA
* * ** * * * **
18372 AATTTTTTTATATTTTTAGGAAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTTAAGAAATATAAAG-A
1 AATTTTTATACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACAGGAAGAA
* * * * * * *
18436 AAAGATATTCATT-GGCAAGAAAACTCCATCTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCT
66 AAAGACATTCATTAGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTCATTACT
*
18500 CACTTTAAAGGGTTTTATAAT
130 CACTTTAAATGGTTTTATAAT
18521 CTCATNNNNN
Statistics
Matches: 392, Mismatches: 80, Indels: 40
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 15 0.04
170 161 0.41
171 91 0.23
172 111 0.28
173 14 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AATTTTTATACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACAGGAAGAA
AAAGACATTCATTAGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTCATTACTC
ACTTTAAATGGTTTTATAATACCATAACTTATTTTAAATTA
Found at i:18567 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 17858--18649 Score: 857
Period size: 342 Copynumber: 2.3 Consensus size: 342
17848 NNNAAATTTG
* * * * ** * *
17858 AATTCTTTATACATTTTTGGTTAAAACAAACTAGAATTGAATGTAAACCTTGAGAAACATGAAAA
1 AATTCTTTATACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTATACCTCAAGAAACAGGAAGA
* *
17923 AAAAAGCATTCATTA-GAAAACAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTCATTAC
66 AAAAGGCATTCATTAGGAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTCATTAC
* * * ***
17987 TCGCTTTAAGTAGTTTTAGTATACCATAATTAGTTTTAGGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTC
130 TCGCTTTAAATAGTTTTAGTATACCATAATCAGTTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGAAA
* * * * * *
18052 AATATACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAATGGTAAAGATATTCATTAGGAAGAAAA
195 AACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATAATAGAAAAGATATTCATTAGGAAGAAAA
* * * * *
18117 GTCCATTTATAGCTGCTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACTATTTTATAATCTC
260 CTCCATCTATAGCTACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGATTTTATAATCTC
*
18182 AAAGCTTATTTAAATTCG
325 AAAGCTTATTTAAATTCA
* * *
18200 AATTCTTTATACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGGAACAGGAAGA
1 AATTCTTTATACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTATACCTCAAGAAACAGGAAGA
* *
18265 AAAAGGCATTTATTAGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTGAAAAGCCTCATTACT
66 AAAAGGCATTCATTAGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTCATTACT
** * *
18330 TTCTTTAAATGGTTTTA-TATTGCCATAA-CAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGGA
131 CGCTTTAAATAGTTTTAGTA-TACCATAATCAG-TTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT-GGA
* * *
18393 AAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTTAAGAAATATAA-AGAAAAGATATTCATT-GGCAAGA
193 AAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATAATAGAAAAGATATTCATTAGG-AAGA
* * *
18456 AAACTCCATCTATAG-TCACCCA-TTCTTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAAGGGTTTTATA
257 AAACTCCATCTATAGCT-ACCCATTTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGATTTTATA
********** *
18519 ATCTCATNNNNNNNNNNAAGTTCA
320 ATCTCA-AAGCTTATTTAAATTCA
* * * * * * * *
18543 AATTGTTT-TATATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTGTAGCTCAATAAA-TGTGAAG
1 AATTCTTTATACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTATACCTCAAGAAACAG-GAAG
*
18606 AAAAAGGCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCA
65 AAAAAGGCATTCATTAGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
18650 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 375, Mismatches: 65, Indels: 20
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
341 13 0.03
342 313 0.83
343 49 0.13
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (342 bp):
AATTCTTTATACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTATACCTCAAGAAACAGGAAGA
AAAAGGCATTCATTAGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTCATTACT
CGCTTTAAATAGTTTTAGTATACCATAATCAGTTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGAAAA
ACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATAATAGAAAAGATATTCATTAGGAAGAAAAC
TCCATCTATAGCTACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGATTTTATAATCTCA
AAGCTTATTTAAATTCA
Done.