Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398237.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1540.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6022
ACGTcount: A:0.16, C:0.07, G:0.07, T:0.17
Warning! 3149 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:4013 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3325--4448 Score: 801
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 169
3315 NNNNNNNTCA
* * * * * *
3325 AAAATTCCATTTGTAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCGTTATTACTTC-CTTTAAATGATTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
3389 AACTAATAATTGTTTTTAAGTTGAGCATTTTTTTCATTTTTGGTT-AAAAAGACTCGAATTGAAA
65 ATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAGTA-TTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGACTAGAATTGAAT
* * * * *
3453 GTCTACCTCAAGAAATATGAAAAAACAAGCACTCATTGGCAAA
129 GTCTACCTCAAGAAACATG-AAGAA-AAGCATTCATTAGCAAG
* * * * * * * *
3496 AAAAGTCCATTAATGGTCACCCGTA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTAATG
1 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * * * * * *
3560 ATGTCATAATTGATTTTAAGTAGAATCTTTTCATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATAGAATG
65 ATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAGTATTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGACTAGAATTGAATG
* * *
3625 TCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAGGTATTCATCAGCAAG
130 TCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA-GCATTCATTAGCAAG
* * * * *
3666 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-ACTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATG
1 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
3730 ATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTCACATTTTTGGTTAAAAAATG-CTACAATTGAA
65 ATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAGTATTTTT-ACATTTTTGGTTAAAAAA-GACTAGAATTGAA
* * *** * ** *
3793 TGCCTTCCTTGGGGAAA-GTGAAGGAAAAGCCAACCATTAGCATG
128 TGTCTACC-TCAAGAAACATGAA-GAAAAG-CATTCATTAGCAAG
* * * *
3837 AAAAGTTCATTTGTAGGT-TCTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATA-GTCTCTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * * *
3901 AACTAATGATCGTTTTTAAGTTGAGTATTTTTACATTTTTGGTTGAAACAGACTAGAGTTGCATG
65 ATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAGTATTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGACTAGAATTGAATG
* * *
3966 GCTACCTCAAGAAACATGAAGAAATATGCATTTATTGGCAAG
130 TCTACCTCAAGAAACATGAAGAAA-A-GCATTCATTAGCAAG
* * * * * *
4008 AAAAGTCCATTTATGGTCGCCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTGCAT-ACTTTAAATAGTTTTAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * ** * *
4071 GATGTCATAATTGATTTTAAGTT--GTATCTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGTTTATAATTGC
64 AATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAGTAT-TTTT-ACATTTTTGGTTAAAAAAGACTAGAATTGA
* * *
4134 ATGTCTACTTCAAGAAACAGGAAGAAAAGTCTATTCATCAGCAAG
127 ATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAG-C-ATTCATTAGCAAG
* * ** *
4179 AAAAGTCTATTTATAATCATC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTC-TCTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
4243 ATCTCAA-AATTCATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAATG--TACAATTGAA
65 ATCT-AATAATTGATTTTAAGTTGAGTATTTTTACATTTTTGGTTAAAAAA-GACTAGAATTGAA
* *** ** * **
4305 TGTCTGCCTTGGGTAAAGCA--AAGCAAAAGCAAACCATTGGCCTG
128 TGTCTACCTCAAG-AAA-CATGAAG-AAAAGC-ATTCATTAGCAAG
* * * * * * *
4349 AAGAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCGTCGAAAGCCTTAATACTAGGTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* *
4414 ACTAATAA-TCATTTTTAAGTTGAGTATTTTTACAT
66 TCTAATAATTGA-TTTTAAGTTGAGTATTTTTACAT
4449 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 750, Mismatches: 166, Indels: 75
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 17 0.02
170 269 0.36
171 442 0.59
172 20 0.03
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCTCTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
TCTAATAATTGATTTTAAGTTGAGTATTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGACTAGAATTGAATGT
CTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGCATTCATTAGCAAG
Found at i:4301 original size:512 final size:510
Alignment explanation
Indices: 3325--4448 Score: 1529
Period size: 512 Copynumber: 2.2 Consensus size: 510
3315 NNNNNNNTCA
* * * * *
3325 AAAATTCCATTTGTAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCGTTATTACTTC-CTTTAAATGATTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGGTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
3389 AACTAATAATTGTTTTTAAGTTGAGCATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAAAGACTCGAATTGAAAG
65 AACTAATAATCGTTTTTAAGTTGAGTA-TTTTTACATTTTTGGTTAAAAAGACTAGAATTGAAAG
* * *
3454 TCTACCTCAAGAAATATGAAAAAACAAGCACTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTAATGGTCACCCG
129 GCTACCTCAAGAAACATGAAAAAACAAGCACTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTAATGGTCACCCA
*
3519 TACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTAATGATGTCATAATTGATTTTAAGTAGA
194 TACCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-TTTAAATAGTTTAATGATGTCATAATTGATTTTAAGTAGA
* * * *
3584 ATCTTTTCATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATAGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAA
258 ATCTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATAGAATGTCTACCTCAAGAAACAGGAAGAAA
* * * *
3649 AGGTATTCATCAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAACTTCAAAAGCCTTATTGCTCGC
323 AGCTATTCATCAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATAACTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * *
3714 TTTAAATGGTTTTATGATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAAA
388 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAAA
* ** * *
3779 ATGCTACAATTGAATGCCTTCCTTGGGGAAAGTGAAGGAAAAGCCAACCATTAGCATG
453 ATGCTACAATTGAATGCCTGCCTTGGGGAAAGCAAAGCAAAAGCAAACCATTAGCATG
* * *
3837 AAAAGTTCATTTGTAGGT-TCTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATA-GTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
3901 AACTAATGATCGTTTTTAAGTTGAGTATTTTTACATTTTTGGTTGAAACAGACTAGAGTTGCATG
65 AACTAATAATCGTTTTTAAGTTGAGTATTTTTACATTTTTGGTT-AAAAAGACTAGAATTGAAAG
* * * * * * * *
3966 GCTACCTCAAGAAACATGAAGAAATATGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATGGTCGCCCA
129 GCTACCTCAAGAAACATGAAAAAACAAGCACTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTAATGGTCACCCA
* * *
4031 TACCTTCAAAAGCCTTATTGCATAC-TTTAAATAGTTTTATGATGTCATAATTGATTTTAAGTTG
194 TACCTTCAAAAGCCTTATTAC-T-CGTTTAAATAGTTTAATGATGTCATAATTGATTTTAAGTAG
* * * * *
4095 TATCTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGTTTATAATTGCATGTCTACTTCAAGAAACAGGAAGAA
257 AATCTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATAGAATGTCTACCTCAAGAAACAGGAAGAA
* * **
4160 AAGTCTATTCATCAGCAAGAAAAGTCTATTTATAATCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
322 AAG-CTATTCATCAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATAACTTCAAAAGCCTTATTACTC
4225 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTGAATCTTTTT-ACATTTTTGGTTAA
386 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTGAAT-TTTTTCACATTTTTGGTTAA
* * * *
4289 AAAATG-TACAATTGAATGTCTGCCTTGGGTAAAGCAAAGCAAAAGCAAACCATTGGCCTG
450 AAAATGCTACAATTGAATGCCTGCCTTGGGGAAAGCAAAGCAAAAGCAAACCATTAGCATG
* * * *
4349 AAGAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCGTCGAAAGCCTTAATACTAGGTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATGGTTTTATAA
*
4414 ACTAATAATCATTTTTAAGTTGAGTATTTTTACAT
66 ACTAATAATCGTTTTTAAGTTGAGTATTTTTACAT
4449 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 535, Mismatches: 69, Indels: 16
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
511 20 0.04
512 393 0.73
513 116 0.22
514 6 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (510 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATGGTTTTATAA
ACTAATAATCGTTTTTAAGTTGAGTATTTTTACATTTTTGGTTAAAAAGACTAGAATTGAAAGGC
TACCTCAAGAAACATGAAAAAACAAGCACTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTAATGGTCACCCATA
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTAAATAGTTTAATGATGTCATAATTGATTTTAAGTAGAATC
TTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATAGAATGTCTACCTCAAGAAACAGGAAGAAAAGC
TATTCATCAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATAACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAAAATG
CTACAATTGAATGCCTGCCTTGGGGAAAGCAAAGCAAAAGCAAACCATTAGCATG
Done.